San Andreas Fault a cauzat cutremurele din 1906 și 1989. Cutremure minore apar în mod regulat. Amenințarea cu cutremure majore joacă un rol important în dezvoltarea infrastructurii orașului. Orașul a construit un sistem auxiliar de alimentare cu apă și și-a îmbunătățit în mod repetat codurile de construcție, necesitând adaptări pentru clădirile mai vechi și standarde mai înalte de inginerie pentru construcții noi. Cu toate acestea, există încă mii de clădiri mai mici care rămân vulnerabile la daune cutremurelor. USGS a lansat modelul de prognoză a cutremurelor din California, care prezice apariția cutremurelor în California. Linia de coastă a San Francisco a crescut dincolo de limitele sale naturale.
materialul dragat din golf, precum și materialul rezultat din excavarea tunelului Yerba Buena