McKinnon s-a născut și a crescut în orașul Long Island din Sea Cliff, New York, de către Laura Campbell, părinte educator, și Michael Thomas Berthold, arhitect. Ea are o soră mai mică, Emily Lynne. Tatăl ei a murit când ea avea 18 ani. În copilărie, McKinnon a cântat la mai multe instrumente. Ea a început să cânte la pian când avea 5 ani, la violoncel când avea 12 ani, și s-a învățat singură să cânte la chitară când avea 15 ani. A absolvit North Shore High School în 2002 și Universitatea Columbia în 2006 cu o diplomă în teatru, unde a fost co-fondatorul unui grup de comedie, Tea Party, care s-a concentrat pe comedie muzicală improvizată. La Columbia, a jucat în trei spectacole Varsity: V109 "Dial for Deadline", V110 "Off-Broadway" și V111 "The Sound of Pranges".
Petrecerea ceaiului