Branch a intrat în armata confederată, în mai 1861, ca soldat în Raleigh Rifles. Mai târziu în aceeași lună a acceptat funcția de comandant general al statului, dar a demisionat pentru serviciul pe teren. În septembrie a fost ales colonel al Regimentului 33 din Carolina de Nord. A fost numit general de brigadă în ianuarie 1862. După bătălia de la New Bern, brigada sa a fost atașată diviziei lui A.P. Hill din Corpul lui Stonewall Jackson. Era general de brigadă în divizia lui Hill. Brigada lui Branch a luptat în Bătălia de la Hanover, Bătăliile de Șapte Zile, Cedar Mountain, Second Manassas, Chantilly
, și Harper Ferry