Malaika a fost căsătorită cu actorul-regizor-producător Arbaaz Khan în 1998, pe care l-a cunoscut în timpul unei filmări pentru o reclamă de cafea. La 28 martie 2016, au anunțat separarea, invocând probleme de compatibilitate. Cuplul a divorțat oficial la 11 mai 2017. Împreună au un fiu, Arhaan, născut la 9 noiembrie 2002. Custodia fiului după divorț este cu Malaika. În timp ce Arbaz are drepturi de vizită asupra fiului său, conform acordului încheiat în Curtea de Familie Bandra. Sora ei este actrița Amrita Arora, iar foștii ei socri sunt actorul Salman Khan și fostul actor-regizor-producător Sohail Khan.
11 mai 2017