În seara zilei de 29 septembrie 1913, Diesel a urcat la bordul vaporului german SS Dresden în Antwerp, în drum spre o întâlnire a companiei Consolidated Diesel Manufacturing în Londra, Anglia. A luat cina la bordul navei și apoi s-a retras în cabina sa la aproximativ 10 p.m., lăsând cuvântul să fie chemat în dimineața următoare la 6:15 a.m.; dar nu a mai fost văzut niciodată viu. Dimineața, cabina sa era goală și patul său nu fusese dormit, deși cămașa lui de noapte era curată și ceasul său fusese lăsat acolo unde putea fi văzut din pat. Pălăria sa și haina sa pliată curat au fost descoperite sub perete după raidul comis. Zece zile mai târziu, echipajul vasului olandez Coertzen a venit pe lângă cadavrul unui om plutind în Marea Norvegiei de Nord.
Anvers