Scrii o continuare pentru acest paragraf - Infantul a murit în vara anului 1468 și a fost înlocuit ca pretendent la tron de sora sa Isabella. Carrillo a acționat ca principalul ei consilier și, împreună cu Pedro de Peralta (Pedro de Peralta y Ezpeleta), a jucat un rol major în aranjarea căsătoriei ei cu Ferdinand al II-lea al Aragonului în octombrie 1469. Cu toate acestea, când monarhii catolici au venit la putere după moartea lui Henric al IV-lea, în decembrie 1474, au intrat imediat în conflict cu Carrillo. Carrillo nu a acceptat tratamentul lor autoritar față de el, nici ascensiunea dușmanului său, cardinalul Pedro González de Mendoza, ca cancelar al regatului. Acest lucru l-a condus la o ciocnire cu familia Mendoza, o bătălie pe care a pierdut-o în Războiul de Succesiune Castiliană
care a urmat (1475<unk>1479). Schimbând complet politica sa, Carrillo s-a alăturat taberei conduse de regele Portugaliei, care a susținut pretenția la tronul castilian de către nepoata sa, prințesa Ioana la Beltraneja, împotriva pretenției Isabellei I.