În vara anului 1808, relațiile cu Austria s-au deteriorat, Corpul III a fost redistribuit în Franconia pentru a supraveghea granița, Morand fiind staționat în Neumarkt. Când Războiul celei de-a Cincea Coaliții a izbucnit în aprilie 1809, divizia sa a fost transferată temporar la mareșalul Lannes, luptând la Abensberg, Landshut
, și Eckmühl la 20-22 aprilie. Înapoi cu Corpul III, a luptat la Wagram, unde a fost rănit.