Cu toate acestea, rezistența la fluorochinolone în rândul bacteriilor care cauzează infecții urinare a crescut. FDA recomandă utilizarea fluorochinolonelor singure atunci când alte opțiuni sunt disponibile din cauza riscurilor mai mari de efecte secundare grave. Aceste medicamente scurtează în mod substanțial timpul de recuperare, toate fiind la fel de eficiente. O tratament de trei zile cu trimethoprim, TMP / SMX sau o fluorochinolonă este de obicei suficient, în cazul în care nitrofurantoina sau fosfomycina sunt de obicei primele tratamente. Cefalosporinele, amoxicilina / acidul clavulanic sau o fluorochinolonă pot fi, de asemenea, utilizate.
Trei