O persoană cu TBM complet susceptibilă poate dezvolta rezistență secundară (câștigată) în timpul tratamentului din cauza tratamentului inadecvat, a neutilizării regimului prescris în mod corespunzător (lipsa de conformitate) sau a utilizării medicamentelor de calitate scăzută. TBC rezistentă la medicamente este o problemă serioasă de sănătate publică în multe țări în curs de dezvoltare, deoarece tratamentul său este mai lung și necesită medicamente mai scumpe. MDR-TB este definit ca rezistență la cele două medicamente de primă linie cele mai eficiente pentru TBC: rifampicina și izoniazid. TBC rezistentă la medicamente este, de asemenea, rezistentă la trei sau mai multe dintre cele șase clase de medicamente de a doua linie. TBC total rezistentă la medicamente este rezistentă la toate medicamentele utilizate în prezent. A fost observată pentru prima dată în Italia în 2003, dar nu a fost raportată pe deplin până în 2012 și a fost descoperită în India.
rezistență secundară (câștigată)