În 1900, Ōkubo a fost promovat în locotenent general și șef de personal al Inspectoratului General de Formare Militară. În mai 1902, a devenit comandant al Diviziei a 6-a de infanterie IJA. În timpul războiului ruso-japonez, Divizia a 6-a de infanterie IJA a fost atașată la Armata a doua japoneză, dar după bătălia de la Shaho
a fost transferat la Armata a patra japoneză înainte de bătălia de la Mukden. După război, a fost decorat cu Ordinul Soarelui Răsare, clasa I și cu Ordinul Zmeului de Aur, clasa II. În iulie 1906, a fost transferat la comanda Diviziei a 3-a IJA și în septembrie 1907 a fost ridicat la nobilimea "kazoku" cu titlul de "danshaku" (baron).