Opt ani după ce a concurat la ultima sa olimpiadă, Ndjissipou s-a calificat pentru a treia oară pentru echipa central-africană, la vârsta de 31 de ani, la maratonul bărbaților.
la Jocurile Olimpice de Vară din 2004 de la Atena, primind un loc la Campionatul Mondial IAAF de la Paris. El a terminat cursa cu un timp de 2:21:23, fiind în urma alergătorului italian și medaliat cu aur Stefano Baldini și a brazilianului Vanderlei de Lima (a cărui cursă a fost înfrântă și împinsă de protestatorul irlandez Cornelius Horan) cu o estimare de zece secunde. Ndjissipou a fost numit de către Comitetul Național Olimpic () să poarte steagul Africii Centrale la ceremonia de deschidere.