A comandat fregata cu șurub în Escadronul de Blocare a Atlanticului de Nord în 1864-65, și o divizie a Escadronului Amiralului Porter în cele două bătălii de la Fort Fisher în decembrie 1864 și ianuarie 1865
- Da, domnule. Thatcher a fost numit apoi comandant al escadrilei din Golful de Vest, începând imediat operațiunile în cooperare cu generalul Canby, comandantul Armatei Mississippiului de Vest, în capturarea Mobile, Alabama. După un scurt și puternic bombardament, Fortul Spaniol și Fortul Blakeley au fost capturate de Armata Uniunii la 9 aprilie 1865. Cu principalele apărări ale orașului pierdute, trupele confederate au evacuat Mobile pe 12 aprilie. Generalul Granger și contramiralul Thatcher au cerut o predare formală și au luat posesia orașului.