O moştenire majoră a mandatului lui Holder ca procuror general a fost transferul cazurilor de terorism către instanţele federale civile. Sub Holder, DOJ a încercat cu succes mulți teroriști în instanța federală, asigurând condamnări și pedepse pe viață împotriva unui șir de inculpați, inclusiv Sulaiman Abu Ghaith (Purtătorul de cuvânt al lui Osama bin Laden); Ahmed Ghailani (un conspirator în 1998 atentatele cu bombă din Africa de Est
); și Abu Hamza (un agent al-Qaeda). Faisal Shahzad (tentativa de atentat cu bomba de la Times Square); și Omar Farouk Abdulmutallab (eșuatul "bombardier în lenjerie intimă") s-au declarat vinovați în instanța federală și au fost condamnați la închisoare pe viață în timpul mandatului lui Holder. În timpul mandatului lui Holder, alți teroriști - inclusiv Najibullah Zazi (care a complotat un atac în metrou din New York) și Ahmed Abdulkadir Warsame (un susținător al-Shabab) au pledat vinovați și au cooperat cu guvernul. Matt Olsen, directorul Centrului Național Antiterorist din 2011 până în 2014, a scris în 2015: "Prin persistența sa, Holder a demonstrat înțelepciunea și valoarea urmăririi penale a teroriștilor în instanțele civile și a cimentat această abordare pentru viitoarele administrații".