Inundaţiile sunt o problemă majoră de-a lungul râului Mississippi. Având un bazin fluvial atât de mare şi o mare cantitate de apă, râul face ca oraşele de-a lungul ţărmurilor săi să fie foarte susceptibile la inundaţii frecvente. Serviciul Naţional de Meteorologie a raportat că, între 1980 şi 2002, nouă inundaţii din Statele Unite au provocat pierderi totale de peste un miliard de dolari. În termeni de pierdere monetară şi efecte asupra societăţii, Marele Potop din 1993
a fost cel mai rău.