În timpul mandatului lui Barić, majoritatea jucătorilor rămași din echipa "generației de aur" au fost înlocuiți treptat de jucători mai tineri în timpul calificărilor pentru Euro 2004. Croația s-a calificat pentru turneu cu o victorie în play-off împotriva Sloveniei, câștigând 2-1 în total după golul decisiv al lui Dado Pršo în meciul de repriză. La turneul final
în Portugalia, Croația a făcut egalitate 0-0 cu Elveția și 2-2 cu Franța, dar a pierdut în fața Angliei 2-4 și a fost eliminată din nou în faza grupelor. Contractul de doi ani al lui Barić s-a încheiat în iunie 2004 și nu a fost reînnoit. Fostul internațional croat Zlatko Kranjčar, numit să-i ia locul lui Barić în iulie 2004, a condus echipa în calificările pentru Cupa Mondială din 2006 fără a pierde nici un meci și a ajuns în fruntea grupului înaintea Suediei și Bulgariei. Mass-media locală l-a acuzat de nepotism pentru că și-a ales fiul Niko Kranjčar în echipă. La Cupa Mondială din 2006, Croația a pierdut meciul de deschidere cu Brazilia și a egalat 0-0 cu Japonia după ce Darijo Srna a ratat un penalty în prima repriză. O remiză cu Australia, în care trei jucători au fost eliminați, a confirmat ieșirea Croației din faza grupelor. Jocul a inclus o greșeală a arbitrului Graham Poll, care a dat trei cartonașe galbene apărătorului croat Josip Šimunić, nefiind eliminat după a doua ofensă. Mai târziu a declarat că l-a confundat pe Šimunić cu un jucător australian din cauza accentului său australian. Poll a fost criticat pentru că a pierdut controlul meciului și s-a retras din arbitraj după aceea.