Allen s-a născut pe 21 ianuarie 1953, în Seattle, Washington, ca fiu al lui Kenneth Sam Allen și Edna Faye (născută Gardner) Allen. Allen a frecventat Lakeside School, o școală privată din Seattle, unde s-a împrietenit cu Bill Gates, cu doi ani mai tânăr decât el, cu care a împărtășit un entuziasm pentru computere.
Harvard.