Scrie o continuare pentru acest paragraf - Rowley a servit ca colonel al 13 Infanterie Pennsylvania de la 25 aprilie 1861, până la 6 august din același an. Apoi a devenit colonel al Regimentului de Infanterie Voluntară 102 din Pennsylvania. A fost rănit în bătălia de la Seven Pines.
, în timp ce conducea regimentul său în Armata Potomac. El a condus o brigadă în Corpul VI în bătălia de la Fredericksburg. Promovat la gradul de general de brigadă la 29 noiembrie 1862, Rowley a comandat apoi o brigadă a Corpului I în bătălia de la Chancellorsville. El a fost comandant al Diviziei a 3-a, Corpul I la începutul bătăliei de la Gettysburg, în timp ce generalul Abner Doubleday a fost comandant al corpului. (Chapman Biddle a condus brigada lui Rowley.) La 1 iulie 1863, brigada a suferit pierderi grele în confruntarea cu confederații din divizia generalului-maior Harry Heth. A fost aruncat de pe cal în timpul retragerii când s-a oprit la pârâu. Bolnav de infecţie de boli de mărimea ouălor de găină pe coapsele sale interioare, era febril şi temperamental. În urma unei confruntări între Rowley și generalul de brigadă Lysander Cutler cu privire la comportamentul unora dintre ofițerii din Wisconsin, Cutler a depus plângere de beție în aprilie 1864. Având la dispoziție mai puțin de 24 de ore pentru a pregăti apărarea pentru proces, Rowley a fost condamnat de o curte marțială pe care autorul John F. Krumwiede afirmă că a fost "fără imparțialitate și a mărșăluit pe propria sa tambur". Deși a fost reinstaurat la ordinul secretarului de război Edwin M. Stanton și al președintelui Abraham Lincoln, lui Rowley i-a fost atribuită doar o comandă districtuală în vestul statului Pennsylvania, din cauza disputa dintre comandantul armatei, generalul George G. Meade, și comandantul corpului, generalul Gouverneur K. Warren. Blocat de acțiunile generalului Darius N. Couch în încercarea de a opri invazia din Pennsylvania din 1864 a generalului confederat Jubal Early, el a demisionat la 29 decembrie 1864.