În noiembrie 1777, legislatura din New Jersey l-a numit pe Boudinot ca unul dintre delegaţii lor la al Doilea Congres Continental.
- Da, domnule. Datoriile sale ca comisar i-au împiedicat să participe, așa că în mai 1778 a demisionat. La începutul lunii iulie, el a fost înlocuit și a participat la prima sa reuniune a Congresului pe 7 iulie 1778. În calitate de delegat, el și-a continuat preocupările pentru bunăstarea prizonierilor de război. Primul său mandat s-a încheiat în acel an.