Completați următoarea frază: Alpha a fost activă în timpul celui de-al doilea război cecen care a început în 1999, precum și în timpul celui de-al doilea război cecen care a urmat.
Insurgenţă în Caucazul de Nord. În timpul bătăliei de la Komsomolskoye din 2000, lunetiștii Alfa atașați Grupului de Vest al forțelor federale al lui Vladimir Șamanov au fost desfășurați în încercarea de a suprima lunetiștii lui Ruslan Gelayev din sat. Potrivit veteranilor unității, operațiunile la care a luat parte Alpha au condus la arestarea comandantului cecen Salman Raduyev în 2000, la uciderea comandantului cecen Arbi Barayev în 2001, la uciderea președintelui separatist cecen Aslan Maskhadov în 2005 și la uciderea liderului militant străin Abu Hafs în Dagestan în 2006. În urma transferului responsabilității pentru operațiunile din Cecenia de la Ministerul Apărării la FSB în ianuarie 2001 și înainte de politica de "cecenizare" care a început în 2003, membrii Alpha (împreună cu restul personalului rus și miliția cecenă pro-Moscova) au participat la cel puțin 10 "grupuri speciale combinate" (SSG) mixte, considerate echipe ale morții de către grupurile pentru drepturile omului și observatorii externi. Se crede că SSG-urile s-au aflat în spatele multor dintre numeroasele "curățări de nume/adrese" ("imeny/adressny zachistki"): de obicei raiduri nocturne efectuate de bărbați mascați în vehicule neidentificate, vizând combatanți rebeli activi sau foști, susținătorii lor, rudele lor sau alți civili pentru dispariții forțate sau ucideri extrajudiciare. În 2005, Human Rights Watch a declarat că disparițiile au ajuns la amploarea unei crime împotriva umanității și că "Rusia are distincția de a fi lider mondial în disparițiile forțate". UFSB-ul din Cecenia a format, de asemenea, o unitate locală Alpha, despre care se crede că este similară în rolul său cu SSG-urile.