O'Malley a fost numit episcop coadjutor al diecezei Saint Thomas pe 30 mai 1984, de către Papa Ioan Paul al II-lea. El a primit consacrarea episcopală pe 2 august următor de către episcopul Edward John Harper, cu arhiepiscopul James Hickey și episcopul Eugene Marino care au servit ca co-consacratori.
Arhiepiscopul