La începutul celui de-al Doilea Război Mondial, în septembrie 1939, Polonia a fost invadată de Germania și de ocupația germană nazistă
a început. Pe 6-8 septembrie 1939, "Einsatzgruppe II" a intrat în oraș pentru a comite diferite crime împotriva polonezilor. Au avut loc percheziții în masă în organizațiile, birourile și casele polonezilor și arestări în masă ale preoților, profesorilor, intelectualilor și luptătorilor din cele trei revolte antigermane din Silezia (1919-1921). Sinagoga a fost arsă în timp ce minoritatea germană a salutat cu entuziasm invadarea forţelor naziste. Deja în septembrie 1939, germanii au ucis peste 20 de polonezi în zonele actuale Lasowice, Strzybnica și Repty Śląskie. Printre victime erau mineri, foşti insurgenţi şi un director de şcoală din apropierea oraşului Chorzów. Germania a înființat și a operat o închisoare pentru polonezi în oraș. În timpul ocupației, Armia Krajowa (Armata de Acasă, principala organizație de rezistență subterană poloneză) a întreprins o campanie de sabotaj împotriva forțelor naziste, transportului feroviar și industriei locale. Germanii au operat două lagăre de muncă forțată din lagărul de prizonieri de război Stalag VIII-B/344 din oraș. Eliberarea Sileziei a avut loc la începutul anului 1945; pentru a salva infrastructura industrială a regiunii, Armata Roșie a deschis o ofensivă susținută de un număr masiv de trupe cu utilizarea minimă a artileriei grele și a bombardamentelor aeriene. Potrivit martorilor, întreaga operațiune a fost extrem de rapidă; nenumărate mulțimi de soldați ruși, umăr la umăr, au trecut prin oraș în câteva minute, urmate de aproape complet. Eliberarea de sub ocupația nazistă a avut un preț mare și Polonia și-a pierdut din nou libertatea; deși oficial o țară suverană, de fapt statul era condus de un regim marionetă instalat și controlat pe deplin de Uniunea Sovietică a lui Iosif Stalin.