În al doilea război mondial, armata japoneză a invadat
şi a ocupat Malaya, Borneo de Nord, Sarawak şi Singapore timp de peste trei ani. În acest timp, au apărut tensiuni etnice şi naţionalismul a crescut. Sprijinul popular pentru independență a crescut după ce Malaezia a fost recucerită de forțele aliate. Planurile britanice de după război de a uni administrația Malaiei sub o singură colonie a coroanei numită "Uniunea Malaieză" s-au întâlnit cu o opoziție puternică din partea malailor, care s-au opus slăbirii conducătorilor malaiezi și acordării cetățeniei etnicilor chinezi. Uniunea Malayană, înființată în 1946, și constând din toate posesiunile britanice din Peninsula Malaeană, cu excepția Singapore, a fost rapid dizolvată și înlocuită la 1 februarie 1948 de Federația Malaiei, care a restabilit autonomia conducătorilor statelor malaeziene sub protecție britanică.