Zebley a fost un agent special al FBI care a lucrat pentru Divizia Antiterorism a Biroului timp de şapte ani. Ca agent FBI, Zebley investigat al-Qaeda lui
atentatele cu bombă la ambasadele SUA din Africa de Est în 1998, iar după atacurile din 11 septembrie a fost repartizată echipei PENTTBOM a FBI, care a investigat teroriştii responsabili de atacuri. Zebley a făcut parte din echipa de arestare care l-a capturat pe unul dintre atacatorii ambasadei, Khalfan Khamis Mohamed, în octombrie 1999 în Cape Town, Africa de Sud. Zebley a fost unul dintre anchetatorii care au construit cazul împotriva lui Zacarias Moussaoui, care a fost în cele din urmă condamnat la închisoare pe viață. Zebley a fost un martor sumar în procedura penală a lui Moussaoui, mărturisind despre modul în care mărturisirea lui Moussaoui în 2005 ar fi putut ajuta la depistarea deturnărilor din 11 septembrie în luna dinaintea atacurilor, dacă ar fi furnizat informații veridice atunci când a fost arestat pentru prima dată.