Khan a cerut public ca Pakistanul să-şi ceară scuze poporului din Bangladesh pentru atrocităţile comise în 1971.
, el a numit operațiunea din 1971 o "greșeală" și a comparat-o cu tratamentul actual al pashtunilor în războiul împotriva terorismului. Cu toate acestea, el a criticat în mod repetat procesele pentru crime de război din Bangladesh în favoarea condamnaților. Khan este adesea batjocorit ca "Taliban Khan" din cauza poziției sale pacifiste cu privire la războiul din nord-vestul Pakistanului. El crede în negocieri cu talibanii și în retragerea armatei pakistaneze din zonele tribale aflate sub administrarea federală (FATA). El este împotriva atacurilor cu drone americane și are planuri de a retrage Pakistanul din războiul condus de SUA împotriva terorismului. Khan se opune, de asemenea, aproape tuturor operațiunilor militare, inclusiv asediul Lal Masjid.