Maguire s-a căsătorit cu designerul de bijuterii Jennifer Meyer în 2003, în timp ce filma filmul Seabiscuit la Universal Studios, iar cei doi s-au logodit în aprilie 2006. Fiica lor s-a născut în noiembrie 2006. Maguire și Meyer s-au căsătorit la 3 septembrie 2007, în Hawaii. Al doilea lor copil, un fiu, s-a născut în mai 2009.
Kona, Hawaii