Deschisă în 1898, clădirea a înlocuit un predecesor din lemn construit în același loc în 1875. Clădirea bine construită, cu arcade în formă de arcade, a supravieţuit atât Revoluţiei din 1906 cât şi
şi cutremurele din 1989 cu mici daune. A servit ca destinație pentru navetiștii care veneau la San Francisco din East Bay, care călătoreau pe flotele de feriboturi din Pacificul de Sud și Sistemul Key. A servit, de asemenea, ca legătură cu San Francisco pentru liniile feroviare transcontinentale din Pacificul de Sud, Santa Fe și Pacificul de Vest, care s-au încheiat în Oakland, și pentru Pacificul de Nord-Vest, care mergea spre nord din Marin County. Pirurile feribotului de la nord de turnul cu ceas au servit sistemul Key, Santa Fe și Pacificul de Nord-Vest, în timp ce pierele de la sud de turn au servit Pacificul de Sud și Pacificul de Vest. O cale ferată în fața clădirii a permis transferuri convenabile la tramvaie. Un mare pod pentru pietoni traversa Embarcadero în fața clădirii Ferry pentru a facilita traversarea în siguranță a pieței aglomerate și a hub-ului de tranzit. În anii 1940, podul a fost demontat pentru a furniza resturi de metal pentru cel de-al Doilea Război Mondial.