Cech a jucat în primul meci al lui Chelsea din sezonul 2012-13 în Community Shield împotriva lui Manchester City, dar nu a reușit să păstreze clean sheet-ul, Chelsea fiind în jos cu 3-2 în favoarea golurilor lui Yaya Touré, Carlos Tevez și Samir Nasri. A jucat şi în ultima Supercupă UEFA.
a fost jucat la Stade Louis II din Monaco, în care a concediat patru goluri în timp ce Chelsea a pierdut 4-1 în fața câștigătorilor UEFA Europa League, Atlético Madrid. În octombrie 2012, Čech a luat brățara căpitanului, deoarece căpitanul obișnuit al lui Chelsea, John Terry, a fost eliminat cu o interdicție de patru meciuri.