Ma a fost transferat împreună cu fratele său, Ma Fulu, şi cu câţiva veri ca ofiţeri sub comanda generalului Dong Fuxiang, la Beijing, în 1898. În timpul Rebeliunii Boxerilor, trupele musulmane au ajuns să fie cunoscute sub numele de "Curajorii din Kansu" și au luptat împotriva Alianței celor opt națiuni. Ma Fuxiang a ucis mulţi străini în luptă. Ma a condus un atac de cavalerie împotriva armatei străine a Alianței celor opt națiuni în bătălia de la Langfang, înfrângându-i și forțând europenii să fugă. El și Ma Fulu au planificat personal și au condus atacul, înconjurând trupele străine cu o mișcare de pinci. Invazia străină a Beijingului a fost deranjată de eforturile lor pentru încă o lună. Trupele musulmane s-au angajat într-o luptă feroce la Poarta Zhengyang din Beijing. Ma Fulu, și patru dintre verii săi au fost uciși în acțiune în 1900 în Beijing în timpul bătăliei de la Peking (1900)
În total, o sută de soldaţi din satul său natal au murit în acea bătălie de la Zhengyang. El a comandat o brigadă, iar Ma Fuxiang a preluat poziția după moartea fratelui său. Pentru restul Răscoalei Boxerilor, unitatea sa s-a angajat în Asediul Legatiilor Internaționale (Răscoala Boxerilor). El a escortat familia imperială la Xi'an.