Porter a început serviciul naval ca cadet la vârsta de 10 ani sub comanda tatălui său, comodorul David Porter, pe fregată. Pentru restul vieţii sale, a fost asociat cu marea. Porter a servit în războiul mexican în atacul asupra fortului din orașul Vera Cruz. La izbucnirea Războiului Civil, el a făcut parte dintr-un plan de a deține Fort Pickens, lângă Pensacola, Florida, pentru Uniune; execuția sa a perturbat efortul de a elibera garnizoana de la Fort Sumter, ducând la căderea lui Sumter. Porter a comandat o flotilă independentă de bărci de mortar la capturarea New Orleans. Mai târziu, a fost avansat la gradul de contraamiral în comandă a escadrilei râului Mississippi, care a cooperat cu armata comandată de generalul-maior Ulysses S. Grant în Campania Vicksburg. După căderea Vicksburg, a condus forțele navale în campania dificilă Red River din Louisiana. La sfârșitul anului 1864, Porter a fost transferat din interiorul țării pe coasta Atlanticului, unde a condus Marina SUA în asalturile comune asupra Fort Fisher
, ultima acţiune navală semnificativă a războiului.