Scrie o continuare pentru acest paragraf - În timpul ocupaţiei germane naziste a Poloniei
În al doilea război mondial, cercetările lui Weigl au atras atenţia naziştilor. Când au ocupat Lviv, i-au ordonat să înființeze o fabrică de producție de vaccin tifos la Institutul său. Weigl a angajat un număr de prieteni evrei și colegi la fabrica de producție. Aproximativ o mie de oameni au lucrat acolo. Weigl a angajat și a protejat intelectuali polonezi, evrei și membri ai subteranului polonez. Mulţi dintre aceşti oameni pe care i-a angajat l-au ajutat în cercetările sale despre tifos şi experimentele cu păduchi. Mulți dintre asociații săi evrei au ajutat în primul rând să hrănească păduchii și, în schimb, au primit hrană, protecție și doze de vaccin atunci când a fost dezvoltat pe deplin. Vaccinurile sale au fost introduse ilegal în ghetourile din Lviv şi Varşovia, în diferite lagăre de concentrare şi chiar în anumite închisori ale Gestapoului. S-a estimat că Weigl a fost capabil să salveze aproximativ 5.000 de vieți în timpul domniei naziste. Institutul său a fost închis ulterior de către Uniunea Sovietică după ofensiva lor anti-germană din 1944.