Scrie o continuare pentru acest paragraf - Adam Stanislaus Krasinski a fost exmatriculat din dieceză ca urmare a Insurecţiei din 1863
, dar totuși a continuat să guverneze eparhia până în 1883, când s-a retras la Cracovia. Succesorul său, Charles Hrynieweki, a fost exilat la Jaroslav după doi ani de episcopat, iar în 1890 a abdicat și s-a retras în Galiția. În timpul exilului său, Ludovic Zdanowicz a guvernat eparhia ca vicar patriarhal. În 1890, Anthony Francis Audziewicz, un canon din Sankt Petersburg și un teolog învățat, a fost numit episcop de Vilnius. El a murit în 1895; eparhia a fost apoi condusă de Louis Zdanowicz, episcop titular de Dionysias. În 1897, canonul Ștefan Alexander Zwerowicz i-a succedat și a fost transferat în 1902 la Scaunul de la Sandomir. El a fost înlocuit de baronul Edward Ropp, care a început să organizeze mișcarea catolică în dieceză, provocându-și astfel ostilitatea guvernului rus. După ce episcopul Ropp a fost alungat la Pskov, dieceza a fost încredințată lui Casimir Nicholas Michalkiewicz ca administrator apostolic.