A murit de cancer la Erevan, Armenia, la 20 iulie 1990, la vârsta de 66 de ani, lăsând această lucrare finală, Mărturisirea, neterminată. A supraviețuit în negativul său original ca Parajanov: Ultima primăvară (film), asamblat de prietenul său apropiat Mihail Vartanov în 1992. Federico Fellini, Tonino Guerra, Francesco Rosi, Alberto Moravia, Giulietta Masina, Marcello Mastroianni și Bernardo Bertolucci au fost printre cei care au plâns public moartea sa. Au trimis o telegramă în Rusia cu următoarea declarație: "Lumea cinematografului a pierdut un magician". Întrebare: Câți ani avea Parajanov când a murit?
66