A fost făcut căpitan în martie 1805. În iulie 1805 el a recomandat 22 de tunuri pentru a servi în Marea Mediterană, iar în octombrie 1806 a preluat comanda 36 de tunuri. Elliot a comandat-o pentru următorii șase ani și a navigat spre Indiile de Est și China la 15 februarie 1807. La 8 octombrie 1808 a urmărit și a capturat corveta franceză "Iéna" de 18 tunuri în Golful Bengal, iar la 15 iulie 1809 bărci din "Modeste" și a tăiat corveta "Tuijneelar" de 8 tunuri în Strâmtoarea Sunda. Elliot a luat apoi parte la operaţiunile de capturare Java
între august şi septembrie 1811. A preluat comanda flotei de 38 de tunuri în 1813 și a fost implicat în reprimarea piratilor din Borneo în iunie. Acțiunile sale în timpul acestor campanii au atras atenția superiorilor săi, la fel ca și ajutorul acordat colonelului McGregor în restaurarea sultanului din Palembang. Sfârșitul războaielor napoleoniene l-a lăsat fără nicio comandă, deși a reușit să obțină un post de comandant al HMS "Victory", apoi a servit ca navă de pază la Portsmouth de la 1 mai 1827 până la 24 ianuarie 1832. Serviciul său în această perioadă i-a adus lui Elliot laudele Ducelui de Clarence, viitorul rege William al IV-lea.