La izbucnirea războiului cu Franţa în 1793, a fost numit comandantul navei-amiral Hotham, de 100 de tunuri, şi a participat la asediul Toulonului. În urma revocării amiralului Samuel Hood la sfârșitul anului 1794, Hotham a devenit comandant-șef al flotei mediteraneene, iar Holloway a devenit căpitanul flotei. Ca atare, a luat parte la bătălia de la Genova.
În martie 1795 şi în bătălia de la Insulele Hyères în iulie. La sfârșitul anului, Hotham a fost înlocuit de amiralul Sir John Jervis, iar Holloway a fost numit comandant al diviziei de 98 de tunuri. El a fost prezent în ea la Spithead Mutiny în mai 1797 și, ulterior, a comandat Flota Canalului Mânecii.