Scrie o continuare pentru acest paragraf - Cu izbucnirea războiului filipinez-american
Malone a fost transferat la noul Regiment de Infanterie 27 în Filipine la mijlocul anului 1901 și a luat parte la urmărirea liderului rebelilor Emilio Aguinaldo în mlaştinile și mlaştinile din Luzon. I s-a ordonat să se întoarcă în Statele Unite și, după promovarea sa la gradul de căpitan pe 2 noiembrie 1901, a fost numit instructor de chimie la Academia Militară a Statelor Unite la West Point, New York. În această calitate, Malone l-a învățat pe viitorul general al armatei și beneficiarul Medaliei de Onoare, Douglas MacArthur.