Scrii o continuare pentru acest paragraf - Marina a fost una dintre singurele ramuri ale armatei sovietice care a fost în plină pregătire atunci când a început invazia germană a Uniunii Sovietice. A fost plasată în poziția de pregătire nr. 2 pe 19 iunie, iar la miezul nopții din 21 iunie comandantul suprem al marinei, amiralul Kuznetsov, a mutat-o în poziția de pregătire nr. 1. În calitate de șef al personalului Flotei Baltice, Panteleyev a fost puternic implicat în pregătirea flotei pentru război. La sfârșitul lunii august, în timpul invaziei, a participat la evacuarea sovietică din Tallinn.
, comandând o detașare de acoperire a navelor de război sovietice, și la 1 septembrie a preluat comanda unei flotile de transporturi, canoniere și alte nave pentru a evacua o parte din Corpul 50 de pușcași din Koivisto. A descris scena din Tallinn în jurnalul său: Inamicul a schimbat tactica, infiltrându-se în grupuri mici... Toate aerodromurile capturate de inamic. Avioanele noastre au zburat spre est. Flota şi oraşul sunt bombardate. Frumoasa Pirita care arde... Alte suburbii arde, de asemenea. Incendii mari în oraş. Baricadele sunt construite la intrarea în port. Fum peste tot... Focul navelor şi bateriilor de pe ţărm nu s-a diminuat. Postul nostru de comandă de la Minna Harbour este în mod constant sub foc.