Munster a fost trasă în prima fază pentru Heineken Cup 2011-12 alături de Northampton Saints, Scarlets și Castres. Au învins Northampton 23 la 21 în primul meci de la Thomond Park, după un gol în minutul 83 de la Ronan O'Gara. În cel de-al doilea meci de biliard, Munster a învins Castres 24-27, iar O'Gara a marcat din nou un gol în prelungire pentru a-și asigura victoria. Munster a câștigat al treilea meci de biliard, în deplasare la Scarlets, 17 la 14. În meciul de întoarcere, o săptămână mai târziu, Munster a câștigat 19 la 13. O victorie de 26-10 asupra lui Castres pe 14 ianuarie 2012 a asigurat calificarea Munsterului pentru sferturile de finală ale Cupei Heineken 2011-12. Munster și-a încheiat meciurile de pool din 2011-12 cu o victorie de 51-36 împotriva lui Northampton Saints, asigurându-și poziția de lider în sferturile de finală și câștigând 6 din 6 meciuri de pool pentru prima dată. Munster a pierdut în sferturile de finală împotriva Ulster 22-16, pierzând doar al doilea meci pe teren propriu în Cupa Heineken. Munster a terminat al treilea în 2011 <unk>12 Pro12
, și a jucat Ospreys departe în semifinale play-off, pierdând 45 <unk> 10. A fost anunțat pe 22 februarie 2012 că McGahan va părăsi Munster la sfârșitul sezonului 2011-12 pentru a prelua rolul de coordonator de antrenament în echipa de management a Australiei. Rob Penney, antrenorul echipei Canterbury și al echipei Noua Zeelandă sub 20 de ani, a fost ales să-i ia locul lui McGahan, fiind dezvăluit ca următorul antrenor al Munster pe 2 mai 2012.