Forțele celei de-a doua coaliții au invadat Italia ocupată de francezi și, după cinci bătălii anterioare, o armată comună ruso-austriacă sub comanda lui Suvorov l-a învins pe Moreau în bătălia de la Cassano pe 27 aprilie 1799 și astfel a ocupat Torino și Milano și astfel a luat înapoi Republica Cisalpină de la Franța. Suvorov a învins apoi armata franceză pe Terrivva. Pentru a remedia situația, Joubert a fost numit noul șef al Armatei Italiei la 5 iulie, dar armata sa a suferit o înfrângere de către ruși în bătălia de la Novi.
, la 15 august; Joubert însuși a fost împușcat în inimă când a început bătălia, iar armata sa a fost înfrântă. Republicile surori înființate de francezi în Italia s-au prăbușit rapid, lăsând doar Genova sub controlul francez.