Părinții săi și sora sa și-au păstrat credința evreiască, dar Stein și fratele său, Ernst Eduard, au fost botezați ca luterani, aparent pentru a-i elibera de antisemitismul care le-ar fi refuzat accesul la educație și avansare. Acasă, familia a vorbit germană și maghiară, limba renașterii naționaliste maghiare în secolul al XIX-lea, iar Stein a fost mândru de această moștenire pentru tot restul vieții sale. A frecventat gimnaziile catolice și luterane din Budapesta, unde a studiat greaca, latina, franceza și engleza înainte de a merge pentru studii avansate la universitățile din Viena, Leipzig și Tübingen.
Evreiesc.