A început sezonul următor învingând fosta sa echipă, Lazio, pentru a câștiga Supercoppa Italiana 2004.
- Da, domnule. Milan a ajuns, de asemenea, în finala Ligii Campionilor în 2005, pierzând în fața lui Liverpool la penalități, în timp ce în Serie A, au terminat în spatele campionilor Juventus. În ciuda faptului că a terminat pe locul al doilea atât în Serie A, cât și în Liga Campionilor, Nesta a fost ales în 2005 în FIFPro World XI pentru prima dată în carieră, pentru performanțele sale.