După moartea regelui Henric (31 ianuarie 1580), Francisc al Portugaliei a fost unul dintre puținii membri ai aristocrației superioare care l-au sprijinit activ pe "Dom" António ca rege al Portugaliei. El a fost numit de noul rege ca constabil al său și au participat împreună la bătălia de la Alcântara (1580)
, apărând Lisabona de armatele spaniole, conduse de Ducele de Alba.