Sezonul 2012-13 Atlético Madrid a fost cel de-al 82-lea sezon din istoria clubului. Atlético a concurat în La Liga, Copa del Rey
, și în Europa League ca campioni în apărare. Au fost eliminați în runda de 32 de Rubin Kazan. Au câștigat Copa del Rey după ce au învins rivalii Real Madrid cu 2 la 1 în prelungirea meciului.