În timp ce cea mai mare parte a Luftwaffe-ului era ocupată cu bătălia terestră, III./KG 26 a căutat să întrerupă comunicaţiile maritime sovietice. Au scufundat petrolierul "Mikhail Gromov", dar liderul flotei "Tashkent", distrugătorul "Bezuprechnyy" și transportul "Abkhaziya" au scăpat pentru a aduce 2.785 de soldați în fortăreață. Sprijinul aerian a continuat cu 643 de lansări pe 3 iunie, 585 pe 4 iunie și 555 pe 5 iunie, unele echipaje germane efectuând în medie 18 misiuni pe zi. Până la începutul atacului terestru de pe 7 iunie, Luftwaffe a efectuat 3.069 de zboruri și au fost aruncate 2.264 de tone de explozibil și 23.800 de bombe incendiare. Multe dintre bombele aruncate au fost de 1.000 kg SC 1000, 1.400 kg SC 1400 și 2.500 kg SC 2500. Armele de calibru greu au fost îndreptate spre bunkerele sovietice din beton. Ivan Laskin, comandantul Diviziei 172 de pușcași din sectorul nordic, își amintește: "Bombardierii în grupuri de douăzeci până la treizeci ne-au atacat fără să-și pese de țintele lor. Au venit, val după val, şi literalmente au săpat pământul în toată zona noastră de apărare. Avioanele germane au zburat deasupra poziţiilor noastre toată ziua. Cerul era acoperit de fumul exploziilor a mii de bombe şi de proiectile. Un imens nor gri închis de fum şi praf s-a ridicat din ce în ce mai sus şi în cele din urmă a eclipsat soarele". Campania aeriană germană împotriva Sevastopolului în iunie 1942 a depăşit cu mult bombardamentele germane asupra Varşoviei
, Rotterdam sau Londra. Din 3 până în 6 iunie, Luftwaffe-ul a efectuat 2.355 de operațiuni și a lansat 1.800 de tone de explozibili puternici.