Pe 1 iunie 1862, în timp ce comanda o brigadă a Uniunii în Fair Oaks
Howard a fost rănit de două ori în braţul drept, care a fost ulterior amputat. (A primit Medalia de Onoare în 1893 pentru eroismul său la Fair Oaks.) Generalul de brigadă Philip Kearny, care și-a pierdut brațul stâng, l-a vizitat pe Howard și a glumit că vor putea să cumpere împreună mănuși. Howard s-a recuperat suficient de repede pentru a se alătura armatei pentru bătălia de la Antietam, în care a urcat la comanda diviziei în Corpul II. A fost promovat general-maior în noiembrie 1862 și a preluat comanda Corpului XI în aprilie următor, înlocuind generalul-maior Franz Sigel. Întrucât corpul era compus în mare parte din imigranți germani, dintre care mulți nu vorbeau engleza, soldații erau resentiți față de noul lor lider și au cerut în mod deschis readucerea lui Sigel.