Villalobos a fost unul dintre principalii lideri ai Armatei Revoluționare a Poporului, sau "Ejército Revolucionario del Pueblo", un grup care a apărut în El Salvador la începutul anilor 1970 ca o federație liberă de celule cu rădăcini în diferite grupuri marxiste și de stânga catolice. ERP a fost una dintre cele cinci organizații care s-au alăturat în 1980 pentru a forma Frontul Național de Eliberare Farabundo Martí în timpul războiului civil salvadorian.
, în care gherilele de stânga au luptat împotriva guvernului de dreapta din El Salvador, dominat de armată și susținut de SUA. Student la economie și activist de stânga, Villalobos s-a alăturat ERP în 1971, la vârsta de 19 ani. De atunci a fost acuzat de implicare în uciderea în 1975 a lui Roque Dalton, poetul revoluționar și colegul său lider ERP care a fost împușcat de camarazii săi după ce o luptă de putere în grup a dus la acuzații că a fost spion CIA. La acea vreme, uciderea a dus la divizări și recriminații în cadrul ERP și la critici din partea altor stângari, dar după 1980 Villalobos a devenit unul dintre principalii strategii militari ai FMLN. ERP sub conducerea sa a fost descrisă ca "cea mai eficientă organizație militară din stânga salvadoreză" în timpul războiului civil, Villalobos dezvoltând o "reputație pentru strălucirea strategică". Financial Times l-a descris pe Villalobos ca fiind "Adevăratul maestru al războiului de gherilă din America Latină din secolul al XX-lea", mai presus de Che Guevara.