În sezonul următor, Van Persie a semnat un contract profesional de trei ani și jumătate cu Feyenoord și a marcat cinci goluri într-o victorie 6-1 în Cupa KNVB împotriva AGOVV Apeldoorn pe 6 februarie 2003. Cu toate acestea, în urma ciocnirilor cu managerul său Bert van Marwijk, Van Persie a fost retrogradat în echipa de rezervă. În timpul unui meci cu rezervele Feyenoord și Ajax, el a fost unul dintre mai mulți jucători Feyenoord atacați de huliganii care au invadat terenul. Războiul lui Van Persie cu Van Marwijk a continuat când a fost trimis acasă în ajunul Supercupului UEFA din 2002
finala împotriva Real Madrid după antrenorul a fost nemulțumit cu limbajul corpului lui Van Persie după ce a fost rugat să se încălzească pentru o calificare Liga Campionilor. Van Persie și-a încheiat turbulentul prim sezon complet cu prima echipă, după ce a marcat opt goluri în 28 de meciuri, în plus față de locul doi în Cupa KNVB.