În vara următoare, Ménez a suferit probleme de spate și a fost supus unei intervenții chirurgicale în Monaco. La 21 august, a fost exclus pentru o lună, deoarece au apărut complicații ulterioare. O infecție a însemnat că a ratat primele 26 de meciuri din sezonul 2015-16 și a fost împiedicat să joace până la revenirea sa într-o ligă 2-1.
victoria asupra Genoa pe 14 februarie 2016. La 1 martie, el a început un meci pentru prima dată din aprilie 2015, jucând 76 de minute și marcând de două ori într-o înfrângere de 5-0 în Coppa Italia cu Alessandria, trimițând Milanul în finală pentru prima dată din 2003.