Saleh s-a născut în satul Hafir Meshou, la nord de Dongola. El a urmat școala primară Al-Hafir din 1995, apoi școala primară Al-Barqeeq din 1998, apoi școala centrală Al-Barqeeq pentru a-și primi educația mediteraneană. A studiat la școala secundară Dongola din 1964 până în 1968. A absolvit Academia Militară Sudanese cu gradul de locotenent în 1973. A servit ca comandant al Forțelor Speciale din 1985 până în 1987 și din nou din 1988 până în 1989. Ca ofițer de armată, Saleh a luat parte la forțele militare din iunie 1989 care l-au adus pe Omar al-Bashir la putere, și a servit ca membru al Consiliului de Comandă Revoluționar pentru Salvarea Națională, care a guvernat Sudanului în urma loviturii de stat. Saleh a deținut poziții proeminente în agențiile de securitate sudaneze. El a fost director al Serviciului de Securitate Națională din 1990 până în 1995, ministru al Afacerilor Interne din 1995
Primul vicepreședinte