În timpul celui de-al Doilea Război Mondial, oraşul a fost sub ocupaţie germană.
Din 5 septembrie 1939 până la 22 ianuarie 1945, zona a făcut parte din Reichsgau Wartheland. Populația poloneză a fost supusă diferitelor infracțiuni, inclusiv crime, deportări în lagărele de concentrare naziste și expulzări. Locuitorii din Margonin au fost printre cei 41 de polonezi uciși în satul apropiat Morzewo pe 7 noiembrie 1939. Pe 10-12 decembrie 1939, germanii au expulzat mulți locuitori polonezi în districtul Varșovia al guvernului general din Polonia centrală ocupată de germani. Germanii au operat o închisoare nazistă în oraș și un lagăr de muncă forțată pentru evrei. Mișcarea de rezistență subterană poloneză a fost activă în Margonin, iar mulți dintre membrii săi au murit în lagărele de concentrare, după ce germanii au descoperit operațiunile lor. După cel de-al Doilea Război Mondial, zona a revenit Poloniei.