Terorismul a devenit o problemă de securitate naţională din ce în ce mai importantă în timpul administraţiei Clinton. În ultimii ani ai războiului sovietic-afgan, Osama bin Laden a organizat Al-Qaeda, o organizaţie militantă sunnită. Liderii al-Qaeda au disprețuit valorile occidentale, și au fost în mod special indignați de prezența militară a SUA în Arabia Saudită. Al-Qaeda a crescut în anii 1990 și s-a angajat în terorism în Orientul Mijlociu și în alte locuri. Grupul a revendicat responsabilitatea pentru 1993 World Trade Center bombardament, bombardamentele de două ambasade SUA
în Africa de Est, şi bombardarea unei nave americane în portul din Yemen. Ca represalii, Clinton a ordonat bombardarea instalaţiilor Al-Qaeda din Afganistan şi Sudan. Agenţia Centrală de Informaţii şi armata au urmărit mişcările lui bin Laden în încercarea de a-l captura sau ucide, dar Bin Laden a scăpat de captura adânc în munţii Afganistanului.