Terorismul a apărut ca o problemă importantă de securitate naţională în administraţia Clinton, şi a devenit una dintre problemele dominante ale administraţiei Bush. La sfârșitul anilor 1980, Osama bin Laden a înființat al-Qaeda, o organizație multinațională militantă islamistă sunnită care a căutat să răstoarne guvernele susținute de Occident în Arabia Saudită, Iordania, Egipt și Pakistan. Ca răspuns la decizia Arabiei Saudite de a începe găzduirea soldaților americani în 1991, al-Qaeda a început o campanie teroristă împotriva țintelor din SUA, orchestrarea atacuri cum ar fi 1998
Bombardarea USS Cole. În timpul primelor luni ale mandatului lui Bush, organizațiile de informații americane au interceptat comunicații care indicau că al-Qaeda plănuia un alt atac asupra Statelor Unite, dar oficialii de politică externă nu erau pregătiți pentru un atac major asupra Statelor Unite. Bush a fost informat cu privire la activitățile al-Qaeda, dar s-a concentrat pe alte probleme de politică externă în timpul primelor luni de mandat.