Scrie o continuare pentru acest paragraf - Brescia a câștigat Cupa Anglo-Italiană în 1994, cea mai mare realizare notabilă din întreaga lor istorie până în prezent. Brescia a ajuns de fapt în fruntea fotbalului abia în 2000, când clubul anterior necunoscut a semnat cu fostul jucător mondial al anului FIFA, Roberto Baggio, care a condus Brescia la un al șaptelea loc în sezonul 2000-01, calificându-se astfel pentru Cupa UEFA Intertoto. Succesiv, Brescia a ajuns în finala Cupei Intertoto, apoi a pierdut în fața lui Paris Saint-Germain conform regulii golurilor în deplasare după ce a obținut o remiză 0<unk>0 în deplasare în prima etapă și o remiză 1<unk>1 la domiciliu în a doua etapă. Baggio a petrecut patru ani la Brescia înainte de a se retrage în 2004 și în timpul acestor patru ani istorici, Brescia a devenit cunoscută sub numele de "Brescia lui Baggio". În timpul celor patru ani în care Baggio a jucat pentru Brescia, clubul a înregistrat cea mai bună perioadă de ședere în Serie A. Cu toate acestea, în sezonul următor după pensionarea lui Baggio (2004-05), Brescia a fost retrogradată din Serie A în ultima zi, terminând pe locul 19. Brescia s-a luptat să revină în top după retrogradare și în cele din urmă s-a întors în Serie A după ce a învins Torino cu un agregat de 2-1. În sezonul 2010-11
Cu toate acestea, au fost retrogradați în Serie B. În sezonul 2014/2015, au fost retrogradați în Lega Pro după ce au terminat pe locul al doilea din ultimul clasament. Cu toate acestea, după declararea falimentului Parmei și retrogradarea în Serie D, Brescia a fost printre echipele selectate pentru a le înlocui în Serie B. O nouă promovare în Serie A a fost asigurată în sezonul 2018-19, cu două meciuri de rezervă.