După invazia comună germano-sovietică a Poloniei, care a început al doilea război mondial în septembrie 1939, orașul a fost ocupat de Germania.
, care a desfășurat o campanie de genocid împotriva populației locale poloneze și evreiești. Chełmża a fost unul dintre locurile de execuții ale polonezilor efectuate de Germania în 1939 ca parte a "Intelligenzaktion". Mulți polonezi locali, în special profesori, au fost masacrați în pădurea Barbarka din Toruń de astăzi, de asemenea, ca parte a "Intelligenzaktion". Statul german la acea vreme considera polonezii și evreii ca fiind "untermenschen" și a planificat eradicarea lor ca grupuri naționale. Pentru a scăpa de această soartă, mulți polonezi locali au luat grupurile III și IV din Volksliste. La începutul anului 1945, în Chełmża, muncitorii forțați polonezi evacuați din Jajkowo au fost recrutați cu forța de către germani în Organizația Todt, însă unii au reușit să scape. Ca urmare a exterminării și represiunilor germane, populația orașului a scăzut la 10.000 în martie 1945.