Scrie o continuare pentru acest paragraf - Pe 28 noiembrie 2012, din nou în cupă internă
, Manquillo a jucat în cel de-al doilea meci cu echipa principală a lui Atlético, jucând 63 de minute într-o victorie de 3-0 la Real Jaén. La 6 decembrie, el a jucat în înfrângerea în deplasare 0<unk>1 în fața FC Viktoria Plzeň în faza grupelor din UEFA Europa League.