După Gettysburg, Munsell a luat parte la bătălia de la Kelly's Ford, la bătălia de la Mine Run
, și bătălia de Manassas Gap. Apoi a primit o permisie prelungită pentru a participa la Școala Militară Liberă din Washington, D.C., de unde a plecat ca locotenent. Apoi s-a alăturat regimentului său și a luat parte la bătălia de la Cold Harbor, asediul Petersburgului și a doua bătălie de la Deep Bottom. În ultima luptă, Munsell a fost capturat și ținut prizonier de război până la eliberarea sa în 1865. S-a întors în companie din nou, acum ca căpitan.