A fost selectat pentru echipa naţională la Copa America Centenario.
şi a făcut parte din echipa argentiniană care a ajuns în finală. Apărătorul a jucat în finala în care Chile a câștigat cu 4-2 la penalități după ce meciul s-a încheiat fără goluri. El nu a fost selectat ca unul dintre primii patru penalizatori. Funes Mori a marcat primul său gol internațional pe 6 octombrie 2016 într-o remiză 2 la 2 împotriva Peru, într-un meci în care a acceptat și un penalty.