A treia saptamana a lui Toni cu clubul a fost mai putin de succes, deoarece leziunile si ciocnirile cu managerul clubului, Luigi Delneri, l-au vazut luptand pentru a castiga forma si timpul de joc. După ce Verona a fost văzută retrogradată din sezonul 2015/16 din Serie A
, Toni și-a confirmat retragerea din fotbal la 4 mai 2016. El a marcat ultimul gol din carieră în meciul final de la penalty, într-o victorie cu 2-1 asupra campionilor Serie A, Juventus, cu un penalty în stil Panenka, și mai târziu a început jocul care a dus la al doilea gol al lui Verona; aceasta a fost a 23-a apariție și al șaselea gol al sezonului de campionat. În minutul 85, un Toni vizibil emoționat a fost înlocuit și a primit o ovație în picioare de la fani. În total, el a reușit 48 de goluri de campionat pentru Verona în timpul celor trei sezoane în prima divizie italiană cu clubul, 157 de goluri în carieră în Serie A în 344 de apariții în campionat și un total de 324 de goluri în carieră în toate competițiile (cu 659 de apariții și 306 de goluri la nivel de club și 47 de apariții și 16 goluri cu echipa națională italiană). Toni și-a explicat decizia de a se retrage după meci, afirmând că nu va juca în ultimul meci al sezonului al lui Verona, într-un meci în deplasare împotriva fostei sale echipe Palermo, deoarece a vrut să joace ultimul meci din carieră pe stadionul echipei sale.