Stallman s-a născut pe 16 martie 1953, în New York City, într-o familie de origine evreiască. Părinții săi sunt Alice Lippman, o profesoară de școală, și Daniel Stallman, un broker de tipografie. Stallman a avut o relație dificilă cu părinții săi, deoarece tatăl său a avut un obicei de băutură și a abuzat verbal de mama sa vitregă.
Departamentul de biologie de la Universitatea Rockefeller