Compușii care conțin niobiu sunt rareori întâlniți de majoritatea oamenilor, dar unii sunt toxici și ar trebui tratați cu grijă. Expunerea pe termen scurt și lung la niobiu și clorură de niobiu, două substanțe chimice solubile în apă, a fost testată la șobolani. Șobolanii tratați cu o singură injecție de pentacloroxid de niobiu sau niobiu au o doză letală orală medie (LD între 10 mg / kg și 100 mg / kg). Pentru administrarea la șobolani este un studiu cu randament mai scăzut; după șapte zile se obține o toxicitate biologică de 940 mg / kg.
nici un rol biologic cunoscut