La vârsta de trei ani, Suharto a fost returnat mamei sale, care s-a căsătorit cu un fermier local pe care Suharto l-a ajutat în câmpurile de orez. În 1929, tatăl lui Suharto l-a dus să locuiască cu sora sa, care era căsătorită cu un supraveghetor agricol, Prawirowihardjo, în orașul Wuryantoro într-o zonă agricolă săracă și cu randament scăzut, lângă Wonogiri. În următorii doi ani, a fost dus înapoi la mama sa în Kemus Daruharjo de către tatăl său și apoi a fost readus la Wuryantoro de către tatăl său.
În timp ce trăia cu Hardjowijono