În decembrie 1941, şcoala a fost suspendată din cauza invaziei japoneze în Malaezia.
şi a fost redeschis în 1945 după ocupaţia japoneză a Malaiei. În acest moment, instituţiile funcţionează ca un întreg (统筹统办). Școala primară Jit Sin și mai multe alte școli erau sub un termen general de instituție, Școala Chung Hwa (中华学校), care avea mai multe școli în alte locații dintr-o regiune. Pentru Școala Primară Jit Sin, a fost amplasată la o fabrică de ambalaje de lapte în Aston Road, care era în spatele clădirii Han Chiang Association. Datorită privării de educație în timpul războiului, educația oferită era gratuită și numărul de studenți era enorm. Pentru campusul filialei Jit Sin au fost peste 1000 de studenți. La sfârşitul anului 1945, şcolile s-au întors la modul lor iniţial. Școala primară Jit Sin a fost redeschisa oficial în 1946.