La 1 decembrie 1943, Tsugaru a fost repartizată Flotei Expediționare a Treia din Sud. La 24 martie 1944, a fost desfășurat de la Palau pentru a exploata strâmtoarea Balabac din Filipine, după care a fost staționat la Balikpapan în Borneo. Una dintre minele din această misiune este creditată cu scufundarea navei, în iulie 1944. Pe 31 mai, "Tsugaru" a fost desemnată pentru Operațiunea KON.
(Relief of Biak), transportând întăriri din Zamboanga pe Mindanao în efortul de a contracara debarcările americane. La 21 iunie, după ce a plecat din Sorong, Noua Guinee, spre insula Halmahera, Tsugaru a fost torpilat de submarinul K-XIV al Marinei Regale Olandeze, care a provocat daune grave. După reparații temporare, ea a încercat să ajungă la Manila, dar a fost văzută pe 29 iunie lângă Biak de către nava americană HMS Arrow, care a tras o serie de șase torpile. Doi au lovit "Tsugaru", care s-a scufundat la poziție mai puțin de 25 de minute mai târziu, cu pierderea majorității echipajului, inclusiv comandantul său, căpitanul Nakatsu.