Scrii o continuare pentru acest paragraf - Morrison a fost un susținător timpuriu al mișcării de reformă din Canada de Sus și a participat la întâlniri pentru a încuraja schimbarea politică. El a vorbit în mod repetat împotriva rebeliunii armate și l-a încurajat pe William Lyon Mackenzie să continue să solicite sprijin pentru reformele sale. Nu a participat la Rebeliunea din Canada Superioară.
şi a rămas în casa lui. Cu toate acestea, a fost arestat și acuzat de trădare pentru planificarea și executarea rebeliunii și a fost găsit nevinovat la un proces ulterior. Temându-se de alte acuzații, Morrison a fugit în Statele Unite și a reluat practica medicinei. Când majoritatea participanților la rebeliune au fost amnistiate în 1843, el s-a întors la Toronto pentru a-și continua practica medicală și a servit în diferite comisii de medicină. El a murit pe 19 martie 1856, de paralizie în Toronto.