A condus pentru echipa Footwork şi a impresionat în primele runde, ocupând locul 5 la Interlagos şi locul 6 la Buenos Aires. La scurt timp după ce echipa a fost preluată de organizația TWR a lui Walkinshaw. În timpul Marelui Premiu al Belgiei
o parte a suspensiei maşinii lui Verstappen s-a rupt, provocându-i un accident grav. A ajuns cu o rană la gât. Inițial, Verstappen a fost prezentat puternic în planurile lui Walkinshaw pentru 1997 (noul proprietar la un moment dat a amenințat că îl va înlocui cu un șofer plătit dacă nu semnează pentru un alt sezon), dar disponibilitatea surpriză a lui Damon Hill (care va fi în curând încoronat campion mondial) l-a văzut căzut în schimb. Forma sa în a doua jumătate a sezonului a scăzut pe măsură ce dezvoltarea pe terenul de mașini din 1996 s-a oprit, TWR Arrows concentrându-se în schimb pe 1997.