Întorcându-se acasă în martie 1801, i s-a ordonat să se pregătească pentru o croazieră de un an în Marea Mediterană într-o escadrilă comandată de comodorul Richard Dale. La propria sa cerere, Decatur a fost eliberat de la comanda navei "Philadelphia" de către căpitanul Samuel Barron. Escadrila a ajuns la Gibraltar pe 1 iulie, cu comodorul Dale pe fregată. "Philadelphia" a fost îndrumat să navigheze prin strâmtori şi să blocheze coasta Tripoli, deoarece în mai 1801 Paşa Yusuf Karamanli ameninţase să declanşeze războiul
pe Statele Unite şi a confiscat nave comerciale americane pentru răscumpărare.