Scrie o continuare pentru acest paragraf - Doherty a început sezonul 2012-13 pierzând cu 4-5 în fața lui Stuart Bingham în runda a doua a turneului Wuxi Classic și 3-5 în fața lui Martin Gould în prima rundă a turneului Australian Goldfields Open
.&lt;ref name="2012/13"&gt;&lt;/ref&gt; În cele din urmă, el a compilat primul break oficial 147 din cariera sa la minor-ranking 2012 Paul Hunter Classic în Germania, în timpul unei victorie în prima rundă împotriva Julian Treiber. A ajuns în sferturile de finală ale evenimentului, pierzând cu 0-4 în fața lui Mark Selby. Doherty a fost învinsă în calificările pentru Mastersul de la Shanghai și Campionatul Regatului Unit din 2012 și nu a reușit să avanseze dincolo de runda wildcard a Campionatului Internațional. La al cincilea turneu european, Scottish Open, a învins pe Luca Brecel și Ryan Day pentru a ajunge în semifinale, unde a pierdut cu 2 la 4 împotriva lui Ding Junhui. Doherty a fost eliminat în prima rundă a German Masters de Peter Lines, dar apoi a avut cea mai bună cursă a sezonului la Welsh Open. El a bătut de patru ori campionul mondial John Higgins 4-1 și Tom Ford 4-3 pentru a ajunge în sferturi de finală. L-a condus pe Stuart Bingham cu 2-0, dar o serie de poturi ratate l-au făcut pe Doherty să-și piardă încrederea și a continuat să piardă cu 3-5. Cursul său menționat mai sus în semifinalele de la Scottish Open l-a ajutat să termine pe locul 16 în Ordinul de Merit PTC pentru a se califica ca unul dintre cei mai buni 26 de jucători pentru Finala, dar a pierdut cu 2 la 4 în fața lui Kurt Maflin în prima rundă. Doherty aproape că a reușit să-și revină împotriva lui Matthew Selt în runda finală a calificărilor pentru Campionatul Mondial, de la 4<unk>9 în jos a egalat la 9<unk>9, dar a pierdut cadrul decisiv. Rezultatul a însemnat că acesta a fost primul sezon în care Doherty nu a participat la nici unul dintre evenimentele Triple Crown din snooker. Doherty și-a crescut clasamentul cu opt poziții în timpul sezonului pentru a-l termina pe locul 27 în lume.