Pe uscat, Alexeyev a avut dezacorduri serioase si continue cu generalul Kuropatkin, fostul ministru al razboiului, cu privire la strategia folosita impotriva japonezilor. Alexeev l-a forțat pe Kuropatkin să ia o poziție mai agresivă, în ciuda insistenței lui Kuropatkin de a purta un război de uzură defensiv până la finalizarea căii ferate trans-siberiene, care ar aduce întăriri și provizii. În urma unui ordin direct din partea țarului, Alexeyev a părăsit Port Arthur pe 5 mai 1904 pentru Mukden, și în urma înfrângerii rusești în bătălia de la Shaho
(5-17 octombrie 1904, New Style), a fost eliberat de la comandă și a primit ordin să se întoarcă la Sankt Petersburg pe 12 octombrie 1904.