Scrie o continuare pentru acest paragraf - Bătălia de la Alcácer Quibir în 1578 a văzut moartea tânărului rege Sebastian. Unchiul lui Sebastian şi succesorul său, cardinalul Henry, avea 66 de ani la acea vreme. Moartea lui Henric a fost urmată de o criză de succesiune, trei nepoți ai lui Manuel I revendicând tronul: Infanta Catarina, Ducesa de Braganza (căsătorită cu Ioan, al 6-lea Duce de Braganza), António, Prior de Crato și Regele Filip al II-lea al Spaniei. António fusese aclamat rege al Portugaliei de către locuitorii din Santarém pe 24 iulie 1580, iar apoi în multe orașe din întreaga țară. Unii membri ai Consiliului guvernatorilor din Portugalia care l-au susținut pe Filip au evadat în Spania și l-au declarat succesorul legal al lui Henric. Filip a mărșăluit în Portugalia și a învins trupele loiale Priorului lui Crato în bătălia de la Alcântara
- Da, domnule. Trupele care ocupau mediul rural (Tercios) comandate de al 3-lea Duce de Alba au sosit la Lisabona. Ducele de Alba a impus provinciilor portugheze o supunere a lui Filip înainte de a intra în Lisabona, unde a confiscat o imensă comoară; între timp, el a permis soldaților săi să jefuiască împrejurimile capitalei. Filip a fost recunoscut ca rege de Cortes de Tomar în 1581, începând domnia Casei de Habsburg asupra Portugaliei. Când Filip a plecat în 1583 la Madrid, l-a numit pe nepotul său, Albert al Austriei, vicerege la Lisabona. În Madrid a înființat un Consiliu al Portugaliei pentru a-l sfătui în afacerile portugheze.