IndiGo a fost fondată în 2006 ca o companie privată de Rahul Bhatia de la InterGlobe Enterprises și Rakesh Gangwal, un NRI cu sediul în Statele Unite. InterGlobe a avut o participație de 51,12% în IndiGo, iar 47,88% a fost deținută de compania Caelum Investments, cu sediul în Virginia, a lui Gangwal. IndiGo a plasat o comandă fermă pentru 100 de aeronave Airbus A320-200 în iunie 2005 cu planuri de a începe operațiunile la mijlocul anului 2006. IndiGo a preluat livrarea primei sale aeronave la 28 iulie 2006, aproape un an după plasarea comenzii. A început operațiunile la 4 august 2006 cu un serviciu de la New Delhi la Imphal prin Guwahati. Până la sfârșitul anului 2006, compania aeriană avea șase aeronave și nouă aeronave au fost achiziționate în 2007.
Compania lui Gangwal din Virginia, Caelum Investments