După moartea colonelului Edward D. Baker la Ball's Bluff, Wistar a devenit comandantul Regimentului 71 Pennsylvania și a fost promovat la gradul de colonel la 11 noiembrie 1861. Regimentul 71 a participat la Campania Peninsulară din 1862, deși nu este clar dacă Wistar a fost de fapt prezent; la Bătălia de la Seven Pines
(31 mai și 1 iunie) regimentul a fost condus de maiorul său, iar în timpul bătăliilor de șapte zile (30 iunie și 1 iulie) comandat de locotenentul său colonel.