Van Erp a demontat și a reconstruit cele trei platforme circulare superioare și stupele. De-a lungul drumului, Van Erp a descoperit mai multe lucruri pe care le-ar putea face pentru a îmbunătăți monumentul; el a depus o altă propunere, care a fost aprobată cu costul suplimentar de 34.600 de florine. La prima vedere, Borobudur a fost restaurat la vechea sa glorie. Van Erp a mers mai departe reconstruind cu grijă chattra (parasolul cu trei nivele) pe vârful stupei principale. Cu toate acestea, mai târziu a demontat chattra, citând că nu au fost folosite suficiente pietre în construcția originală.
34.600