Lima a câștigat prestigiu după ce a fost desemnată capitală a viceregatului Peru și locul unei "Real Audiencia" în 1543. În timpul secolului următor, a înflorit ca centru al unei rețele comerciale extinse care a integrat viceregatul cu restul Americii, Europei și Orientului Îndepărtat. Cu toate acestea, orașul nu a fost lipsit de pericole; prezența piratilor și a corsarilor în Oceanul Pacific a dus la construirea zidurilor din Lima între 1684 și 1687. Cutremurul din Peru din 1687
a distrus majoritatea clădirilor orașului; cutremurul a marcat un punct de cotitură în istoria orașului, deoarece a coincis cu o recesiune comercială și o concurență economică în creștere cu orașe precum Buenos Aires.