Un număr de variante specifice ale genelor cresc riscul cu o cantitate mică până la moderată. Tulburările genelor unice care duc la migrene sunt rare. Una dintre acestea este cunoscută sub numele de migrena hemiplegică familială, un tip de migrena cu aura, care este moștenită într-un mod autosomal dominant. S-a demonstrat că patru gene sunt implicate în migrena hemiplegică familială. Trei dintre aceste gene sunt implicate în transportul de ioni. A patra este o proteină axonală asociată cu exocitoza complexă. O altă tulburare genetică asociată cu migrena este sindromul CADASIL sau autopatia arterială dominantă autosomală cu infarct subcortical și leucopatie.
rară