Din cele opt specii de conifere documentate, pădurile de pin Lodgepole acoperă 80% din totalul suprafețelor împădurite. Alte conifere, cum ar fi Subalpine Fir, Engelmann Spruce, Rocky Mountain Douglas-fir și Whitebark Pine, se găsesc în tufișuri împrăștiate în întregul parc. Începând cu anul 2007, pinul alb este amenințat de o ciupercă cunoscută sub numele de rugină albă a pinului; cu toate acestea, aceasta este în mare parte limitată la pădurile din nord și vest. În Yellowstone, aproximativ șapte la sută din speciile de pin alb au fost afectate de ciuperci, în comparație cu infestările aproape complete din nordul Montana.
Fir subalpin, Spruce Engelmann, Douglas-fir din Munții Stâncoși și Pin Whitebark