În ianuarie și februarie 1554, rebeliunea lui Wyatt a izbucnit; ea a fost în scurt timp suprimată. Elisabeta a fost adusă în fața curții și interogată cu privire la rolul ei, iar la 18 martie a fost închisă în Turnul Londrei. Elisabeta a protestat cu fervoare împotriva nevinovăției ei. Deși este puțin probabil că a complotat cu rebelii, se știa că unii dintre ei au abordat-o. Cel mai apropiat confident al Mariei, ambasadorul lui Carol al V-lea, Simon Renard, a susținut că tronul ei nu va fi niciodată în siguranță cât timp Elisabeta trăia; iar cancelarul, Stephen Gardiner, a lucrat pentru ca Elisabeta să fie judecată. Susținătorii Elisabetei în guvern, inclusiv Lordul Paget, au convins-o pe Maria să-i cruțească sora, în absența unor dovezi solide împotriva ei. În schimb, la 22 mai, Elisabeta a fost mutată de la Turnul Woodstock, unde a fost arestată și a petrecut aproape un
Turnul Londrei