Maiorkas a fost membru al echipei de tranziție prezidențială a lui Barack Obama înainte de a-și asuma funcția
în ianuarie 2009, unde a condus echipa responsabilă pentru Departamentul de Justiţie al Departamentului de Justiţie. Mayorkas a fost numit de președintele Obama ca director al Serviciilor de cetățenie și imigrare din SUA (USCIS). La 20 mai 2009, nominalizarea a fost primită de Senat; la 7 august 2009, nominalizarea a fost confirmată de Senat prin vot vocal. În calitate de director al USCIS, Mayorkas a condus cetățenia Statelor Unite prin eficiența managementului și responsabilitatea fiscală și a protejat integritatea sistemului de imigrare. El a implementat procesul de acțiune amânată pentru sosirea copiilor (DACA) în șaizeci de zile. El a condus eforturile guvernului SUA de a salva copiii orfani în urma cutremurului din ianuarie 2010 din Haiti și a condus avansarea unei unități a victimelor infracțiunilor care, pentru prima dată, a dus la capacitatea agenției de a administra numărul maxim de vize pentru victimele infracțiunilor.