În urma acestui eveniment, ombudsmanul pentru drepturile omului din Guatemala, Ramiro de León Carpio, a succedat ca președinte, în conformitate cu constituția. L-a numit pe Pérez șef al personalului său prezidențial, poziție pe care a deținut-o până în 1995. Considerat un lider al facțiunii armatei guatemaltece care a favorizat o rezoluție negociată a războiului civil guatemaltec de 30 de ani
, Pérez a reprezentat armata în negocierile cu forțele de gherilă. Au obţinut Acordurile de Pace din 1996.