După invazia nazistă din 1941, Societatea Filarmonică şi-a încetat activitatea, iar majoritatea arhivelor sale nepreţuite au fost distruse. În timpul ocupaţiei germane a Kievului, clădirea Societăţii a fost transformată într-un "Club de ofiţeri germani". Acesta a fost unul dintre motivele importante pentru care clădirea nu a fost distrusă, rămânând una dintre puținele clădiri supraviețuitoare de dinainte de război de pe strada Khreshchatyk. După eliberarea Kievului
, clădirea Societății Filarmonice și-a reluat activitatea în 1944, de îndată ce ostilitățile s-au îndepărtat de Kiev.