În 1648, Războiul de Treizeci de Ani s-a încheiat în cele din urmă prin Pacea de la Westfalia. Ferdinand al III-lea a continuat politicile de recatolicizare și centralizare ale tatălui său. După moartea sa în 1657, el a fost succedat de singurul său fiu supraviețuitor, Leopold I. În timpul celui de-al patrulea război austro-turc din 1663, armata turcă a invadat Moravia înainte de a fi oprită în bătălia de la Saint Gotthard
- Da, domnule. Leopold a continuat să poarte războaie cu otomanii și cu Franța pe tot parcursul domniei sale lungi. El a crescut corvée la trei zile pe săptămână, ceea ce a provocat Revolta Țăranilor din 1680. Procesele infame de vrăjitoare de la Losiny Estate au avut loc între 1678 și 1696, rezultând în aproape 100 de morți. Au mai avut loc proteste împotriva creşterii forţei de muncă, dar toate în zadar. În 1705, domnia lui Ferdinand al III-lea s-a încheiat, iar fiul său, Iosif I, i-a succedat. Iosif I a plănuit să adopte multe reforme administrative, dintre care majoritatea nu a avut șansa să le termine, din cauza morții sale premature de variolă. Cu un an înainte de moartea sa, el a emis o scrisoare prin care ordona ca tuturor romilor din Ținuturile Coroanei Boemei să li se taie una din urechi. Dacă se întorceau după ce fuseseră expulzaţi, toţi bărbaţii romi trebuiau spânzuraţi fără a fi judecaţi. Scrisori similare au fost publicate și în alte teritorii sub domnia sa și au condus la ucideri în masă ale romilor. După moartea prematură a lui Iosif I în 1711, tronul austriac a trecut la fratele său mai mic, Carol al VI-lea.