Cunoscut pentru părul său lung blond, tricoul cu numărul 15 și porecla de "El Matador", Hernández și-a jucat prima sa echipă internațională împotriva Uruguayului pe 1 februarie 1995. Hernández a marcat primul său gol internațional pe 16 noiembrie 1995 împotriva Iugoslaviei. Hernández a câștigat notabilitate în timpul Copa América din 1997
, unde a marcat șase goluri și a devenit cel mai mare marcator al turneului. La Cupa Mondială FIFA din 1998, a terminat printre cei mai buni scoreri ai competiției cu patru goluri și a devenit primul jucător mexican care a marcat mai mult de două goluri în istoria Cupei Mondiale. Cele 35 de goluri pe care le-a înscris pentru Mexic îl leagă de Carlos Hermosillo pentru a urma Cuauhtémoc Blanco (39 de goluri), Jared Borgetti (46 de goluri) și Javier Hernandez (51 de goluri) ca cel de-al patrulea cel mai mare marcator al națiunii.