Scrii o continuare pentru acest paragraf - Müller a început sezonul 2013-14 sub noul antrenor Pep Guardiola jucând în Supercupă Germană. La 5 august, Müller a înscris un hat-trick, Bayern câștigând cu 5-0 în meciul din prima rundă a Cupei Germaniei 2013-14 împotriva lui Schwarz-Weiß Rehden. În meciul de deschidere al Bundesligaii din 2013-14, Müller a ratat pentru prima dată o penalti. Câteva secunde mai târziu, salvarea de la penalty a lovit mâna lui Álvaro Domínguez, ceea ce a dus la un alt penalty pe care David Alaba l-a convertit. După aceasta, Müller a declarat: "Încă sunt fericit să iau penalități, dar cred că David Alaba este omul principal pentru lovituri de lovituri pentru moment". A jucat în Supercupă UEFA
- Da, domnule.