Alte mecanisme de protecție utilizate de bacterii includ protecția fizică prin secretarea enzimelor care digerează bariera, de exemplu, prin utilizarea unui sistem de secreție de tip II. În mod alternativ, utilizând un sistem de secreție de tip III, acestea pot introduce un tub gol în celula gazdă, oferind o cale directă pentru ca proteinele să se deplaseze de la agentul patogen la gazdă. Aceste proteine sunt adesea utilizate pentru a închide apărarea gazdă. O strategie de evaziune utilizată de mai mulți agenți patogeni pentru a evita sistemul imunitar înnăscut este să se ascundă în interiorul celulelor gazdă (numite și patogeni intracelulari).
celule imune, anticorpi și complement