Din 1919 până în 1923, Wegener a făcut o lucrare de pionierat în reconstrucția climatului din epocile trecute (cunoscut acum sub numele de "paleoclimatologie"), în strânsă colaborare cu Milutin Milanković, publicând Die Klimate der geologischen Vorzeit (<unk>Climatele trecutului geologic<unk>) împreună cu socrul său, Wladimir Köppen, în 1924.
Soţia lui şi cele două fiice ale lor.