Callaghan a devenit ofițer comandant al crucișătorului și a comandat-o în manevre în vara anului 1901, înainte de a deveni ofițer comandant al navei de luptă de pe stația mediteraneană în decembrie 1901. El a devenit căpitan la șantierul naval Portsmouth la începutul anului 1904 și ofițer comandant al navei de luptă de pe stația mediteraneană la scurt timp după aceea. El a fost numit asistent naval al regelui la 25 aprilie 1904. Promovat la gradul de contraamiral la 1 iulie 1905, a devenit comandant secund al Flotei Canalului Mânecii, cu steagul său în crucișătorul de luptă, în 1906, și comandant al escadrilei a 5-a de crucișătoare, cu steagul său în crucișătorul blindat, în 1907. Numit comandant al Ordinului Regal Victorian la 3 august 1907, el a continuat să fie comandant al Flotei Mediteraneene cu steagul său pe cuirassat în 1908. În această din urmă funcție, el a ajutat la furnizarea de ajutor pentru supraviețuitorii cutremurului din Messina.
, care a cauzat pierderea a aproximativ 123.000 de vieți, în decembrie 1908, pentru care a fost avansat la gradul de Cavaler Comandant al Ordinului Regal Victorian la 30 aprilie 1909 și numit Mare Ofițer al Ordinului Coroanei Italiei la 15 aprilie 1912. Promovat viceamiral pe 27 aprilie 1910, a devenit comandant al Flotei de Acasă, cu steagul său pe cuirassat mai târziu în acea lună. El a fost promovat Cavaler Comandor al Ordinului Bath la 24 iunie 1910.