Naziştii au preluat puterea la începutul anului 1933 şi au transformat rapid Germania într-o dictatură unipartidistă. Antisemitismul a fost integrat în politica publică și a devenit progresiv mai opresiv pentru cei afectați. După pogromul din Kristallnacht
În noiembrie 1938, Isidor Pinkus şi-a pierdut clienţii. A doua zi după pogrom, i s-a înmânat la școală o scrisoare adresată tatălui ei de la primarul Berlinului, în care tatăl lui Ellen era rugat să o elimine din școală. Un profesor a luat-o deoparte şi i-a şoptit că îi doreşte "tot ce e mai bun", în timp ce alţi profesori şi colegii ei de clasă au uitat în altă parte. Pentru elevii evrei, excluderea de la școală s-a dovedit a fi permanentă. Ea nu a avut niciodată ocazia să dea examenele finale ("Abitur") și, în ciuda încercărilor ulterioare de recuperare după ce a părăsit Germania, nu a reușit niciodată să-și finalizeze școala.