În aprilie 1863, a condus o brigadă sub comanda lui Stonewall Jackson. Pentru că îl cunoştea pe Colston din perioada când amândoi erau profesori la VMI, Jackson l-a recomandat pe Colston să conducă o divizie. La bătălia de la Chancellorsville din 2 mai, Colston a condus una dintre diviziile implicate în atacul de flanc al lui Jackson asupra flancului drept al armatei Uniunii. Divizia sa a fost plasată în a doua linie pe 3 mai. În cele două zile de luptă, divizia lui a pierdut 31% din victime. Cu toate acestea, pe 3 mai, "Raleigh Colston, cel mai puțin experimentat dintre generalii de divizie ai lui Lee, s-a dovedit dureros de lent în direcționarea oamenilor săi în acțiune". Lee l-a eliberat pe Colston de la comanda diviziei pe 20 mai. În noiembrie 1863, vărul său Raleigh T. Colston, absolvent al VMI din 1850 care devenise colonel al Regimentului 2 Infanterie Virginia (de asemenea parte a Brigăzii Stonewall), a devenit unul dintre puținele victime ale bătăliei de la Mine Run.
- Da, domnule.