În ianuarie 1964, a avut loc o răscoală la cazarma militară din Jinja, al doilea oraș din Uganda și casa celui de-al 1-lea batalion al armatei din Uganda. Au existat răscoale similare în alte două state din Africa de Est; toate cele trei țări au cerut sprijinul trupelor din partea armatei britanice. Înainte de sosirea lor, totuși, Obote l-a trimis pe ministrul său de apărare, Felix Onama, să negocieze cu răscoalații. Onama a fost ținut ostatic și a fost de acord cu multe cereri, inclusiv majorări semnificative ale salariilor pentru armată și promovarea rapidă a multor ofițeri, inclusiv a viitorului președinte. În 1965, kenienii au fost excluși din pozițiile de conducere în cadrul guvernului, iar acest lucru a fost urmat de îndepărtarea masivă a kenienilor din Uganda în 1969, sub îndrumarea lui Obote.
a suspendat constituţia şi s-a declarat preşedinte în martie 1966,