Regatul a rămas independent până când a fost anexat de Imperiul Mughal în 1581, după moartea lui Chandrasen Rathore. A rămas sub controlul direct al mogulilor până când Udai Singh a fost restabilit pe tron ca vasal și i s-a dat titlul de Raja în 1583. La sfârșitul secolului al XVII-lea, a fost sub controlul strict al împăratului mogol Aurangzeb, dar casa conducătoare a lui Rathore a fost autorizată să rămână semi-autonomă pe teritoriul lor. În acest timp, Durgadas Rathore s-a luptat pentru a păstra dinastia Rathore și a eliberat Marwar de Imperiul Mughal după 31 de ani de război. La sfârșitul secolului al XVIII-lea și la începutul secolului al XIX-lea, regatul a fost invadat de hoardele maratha din Scindia și Holkar. Marwar a fost falit din punct de vedere financiar din cauza tributurilor grele impuse de Maratha și armata sa renumită a fost acum subțire din cauza războaielor interne și a rebeliunilor nobililor săi, forțând conducătorii săi să ceară ajutor britanicilor. Britanicii nu au avut nici un rol în afacerile statului până la 6 ianuarie 1818, când Raja de atunci, Man Singh, a intrat într-o alianță subsidiară, după care Rajasii din Marwar (sau Jodhpur) au continuat ca conducători ai unui stat princiar. În timpul Rebeliunii indiene din 1857, nobilii Rajput din Pali, sub conducerea lui Thakur Kushal Singh Rathore, au condus o rebeliune împotriva lui Raja Takht Singh și a britanicilor, însă rebeliunea a fost pusă capăt de către armatele britanice sub comanda colonelului Holmes după un asediu al fortului Thakurs din Auwa. Armatele din statul Jodhpur au luptat în Primul Război Mondial pentru britanici. Au luptat activ în Afganistan şi în Orientul Mijlociu şi au înregistrat o serie de victorii pentru imperiul britanic. Lancierii din Jodhpur, cu sprijinul lancierilor din Mysore, au învins o mare armată de turci și germani în bătălia de la Haifa (1918). Alte bătălii la care au participat au fost bătăliile de la Suez, Gaza
, Valea Iordanului, Abu Tellul și Megiddo.