Panis avea potenţialul pentru un sezon mare în timp ce conducea pentru Alain Prost, care a cumpărat Ligier. Cu anvelope Bridgestone, a obţinut primul podium al companiei de anvelope la Brazilia. A fost al doilea în Argentina înainte de pensionare. După 6 curse, a ajuns pe locul trei în campionat datorită unui alt podium cu locul doi în Spania. O victorie ar fi fost posibilă în acea cursă dacă nu ar fi fost reținut în timp ce a trecut pe traseu timp de șapte ture, pierzându-l cu un total de 6 secunde în fața liderului Jacques Villeneuve. La Marele Premiu al Canadei din 1997, el și-a rupt ambele picioare într-un accident de mare viteză, ceea ce l-a făcut să rateze următoarele șapte curse ale sezonului. Locul său în echipă a fost ocupat de Jarno Trulli, până când s-a întors pentru ultimele trei curse ale sezonului. A obţinut locul şase la Luxemburg.
şi părea să arate că s-a recuperat complet de la accident, conducând la fel de bine ca înainte de accident. În ciuda faptului că a ratat jumătate din an, el a reușit totuși să ajungă pe locul 9 în campionat cu 16 puncte.