Confederația Peru-Bolivia a fost opusă de țările vecine de la începuturile sale, în special Chile și Argentina, ca o potențială amenințare militară și economică și pentru sprijinul acordat disidenților în exil. Războiul Confederației
a fost declanşată la scurt timp după formarea sa, când Chile şi Argentina au invadat independent ţara. Argentina a fost înfrântă în 1837, dar o forță combinată a disidenților din Chile și nordul Peruului, cunoscută sub numele de Armata Unită de Restaurare, a fost victorioasă în bătălia de la Yungay în ianuarie 1839, care a pus capăt "de facto" confederației, deoarece Peru și Bolivia au fost restaurate ca state independente, iar Santa Cruz a fugit în exil. Confederația Peru-Bolivia a fost declarată oficial dizolvată la 25 august 1839, de către generalul Agustín Gamarra, după numirea sa ca președinte al Peru.