În mai 1864 a fost transferat să comande artileria în timpul asediului Petersburgului. La 12 decembrie 1864, președintele Abraham Lincoln l-a nominalizat pe Abbot pentru numirea la gradul de general de brigadă de brevet al voluntarilor, pentru a fi numit de la 1 august 1864, iar Senatul SUA a confirmat numirea la 20 februarie 1865. În decembrie 1864 a fost numit comandant al artileriei de asediu din Armata Potomacului și Armata lui James care asediază Petersburg. În ianuarie 1865, generalul Alfred H. Terry i-a cerut generalului Abbot să-i însoțească forța expediționară la Fort Fisher. Abbot a comandat o brigadă provizorie de artilerie de asediu în timpul cuceririi de succes
A doua bătălie de la Fort Fisher.