În martie 1798 a fost o agitaţie momentană cauzată de invazia franceză a Elveţiei când oraşul Bern a fost atacat. Necker a fost tratat cu respect, când armata a trecut prin conacul lui. În iulie 1798 a fost scos de pe lista emigranților. Casa sa din al 9-lea arrondissement din Paris a fost vândută (sau ocupată de?) soțul lui Juliette Récamier. La începutul lunii iunie 1800 Necker s-a întâlnit cu Napoleon în drum spre Marengo.
- Da, domnule. În secret, Napoleon i-a spus despre planurile sale de a restabili o monarhie în Franța. Publicarea cărții lui Necker "Ultimele opinii despre politică și finanțe" în 1802 l-a supărat pe primul consul. A ameninţat-o pe doamna de Staël cu exilul din Paris din cauza acestei cărţi. Deși Necker nu fusese niciodată republican înainte, spre sfârșitul vieții sale, s-a angajat serios în proiectul de a crea și consolida o republică "unică și indivizibilă" în Franța. Necker a prezis apoi suprimarea Tribunatului așa cum a avut loc sub Consulatul francez. Cererea sa de două milioane de dolari pentru trezoreria statului nu a fost recunoscută de Senatul francez. Necker a fost înmormântat lângă soția sa în grădina Castelului Coppet; mausoleul a fost sigilat în 1817, după ce Germaine a fost înmormântat și acolo. Carta din 1814 semnată de Ludovic al XVIII-lea la Saint-Ouen sûr Seine conținea aproape toate articolele în sprijinul libertății propuse de Necker înainte de Revoluția din 14 iulie 1789. Prin urmare, George Armstrong Kelly l-a numit "bunicul liberalismului de restaurare".