După o perioadă ca instructor în Marea Britanie, Plagis s-a întors în acțiune în septembrie 1943 ca comandant al escadrilei nr. 64, pilotând Spitfire Mk VC peste nordul Franței. A preluat comanda escadrilei nr. 126 (Gulful Persic) în iunie 1944, și a condus multe atacuri asupra pozițiilor germane în timpul invaziei Franței și a campaniei care a urmat; a fost doborât deasupra Arnhem în timpul operațiunii "Market Garden"
, dar doar rănit ușor. După ce s-a convertit la Mustang III, a comandat o aripă cu baza la RAF Bentwaters care a sprijinit misiunile de bombardament. El a terminat războiul cu gradul de comandant de escadrilă și a rămas în RAF după aceea, operând Gloster Meteors la conducerea escadrilei nr. 266 (Rhodesia).