Federer s-a născut în Basel, Elveția. Tatăl său, Robert Federer, este un elvețian-german din Berneck din Cantonul St. Gallen, iar mama sa, Lynette Federer (născută Durand), este un afrikaner din Kempton Park, Gauteng, Africa de Sud. Federer are un frate, sora sa mai mare, Diana, care este mama unui set de gemeni. Deoarece mama sa este sud-africană, el deține atât cetățenia elvețiană, cât și cea sud-africană.
Lynette.