În 1939, după invazia Poloniei, forţele germane de ocupaţie naziste
a închis universitatea. Bărbații sănătoși erau obligați să lucreze, așa că între 1940 și 1944 Wojtyła a lucrat ca mesager într-un restaurant, muncitor manual într-o carieră de calcar și pentru fabrica de produse chimice Solvay, pentru a evita deportarea în Germania. În februarie 1940, l-a întâlnit pe Jan Tyranowski, care l-a introdus în spiritualitatea carmelitană și în grupurile de tineri "Rozariu viu". În același an, a avut două accidente majore, suferind o fractură craniană după ce a fost lovit de un tramvai și suferind leziuni care l-au lăsat cu un umăr mai mare decât celălalt și cu o înclinare permanentă după ce a fost lovit de un camion într-o carieră. Tatăl său, un fost subofițer austro-ungar și ulterior ofițer în armata poloneză, a murit de un atac de cord în 1941, lăsând-o pe Wojtyła ca singurul membru supraviețuitor al familiei imediate. "Nu am fost la moartea mamei mele, nu am fost la moartea fratelui meu, nu am fost la moartea tatălui meu", a spus el, reflectând asupra acestor momente din viața sa, aproape patruzeci de ani mai târziu, "La douăzeci de ani, am pierdut deja toți oamenii pe care i-am iubit".