Insula a fost numită după versiunea spaniolă a unui amiral galician în serviciul Portugaliei (Xoán da Nova sau de Novoa în galiciană; João da Nova în portugheză) care a ajuns pe insulă în 1501. Insula nu a fost niciodată locuită când a devenit o posesie a Franței în 1897. În 1921, Franța a decis să transfere administrația lui Juan de Nova de la Paris la Tananarive în colonia sa Madagascar și Dependențe. Înainte de independența Madagascarului, Franța a transferat administrația la Saint-Pierre pe insula Reunion. Madagascar a devenit independent în 1960 și își revendică suveranitatea asupra insulei din 1972. Depozite de guano (fosfat) au fost exploatate de la începutul secolului al XX-lea până în 1970. Insula a fost abandonată în timpul celui de-al doilea război mondial și a fost vizitată de submarinari germani. Instalații, inclusiv o linie feroviară, hangar, case și ruine de jetty, sunt în posesia sa.
În 1960