În Germania, la 3 noiembrie 2019, Niko Kovač a părăsit Bayern München de comun acord după o înfrângere cu 5-1 în fața lui Eintracht Frankfurt, asistentul său Hansi Flick fiind promovat ca antrenor interimar. În primul său meci, Bayern a învins Olympiakos cu 2-0 în faza de grupă a Ligii Campionilor UEFA la 6 noiembrie 2019. În aprilie 2020, Bayern München l-a numit pe Flick ca antrenor permanent cu un contract până în 2023. Flick a condus cu succes Bayern să câștige Bundesliga, DFB-Pokal și UEFA Champions League, completând astfel tripla continentală pentru a doua oară în istoria clubului. În sezonul următor, el a condus Bayern să câștige Supercupul UEFA 2020.
Împotriva Sevillei. El a condus, de asemenea, Bayern la câștigarea primului său sextuplu după ce a câștigat Cupa Mondială a Cluburilor în februarie 2021 învingând echipa mexicană Tigres.