Criza succesiunii din 1580 a inițiat o perioadă de șaizeci de ani de monarhie duală în Portugalia și Spania sub Habsburgii spanioli. Aceasta este denumită "Dominionul filipinez" ("Domínio Filipino"), deoarece toți cei trei regi spanioli din acea perioadă au fost numiți Filip ("Filipe"). În 1589, Lisabona a fost ţinta unei incursiuni a Armadei engleze
Condusă de Francis Drake, în timp ce Regina Elisabeta a susținut un pretendent portughez în Antonio, Prior de Crato, dar sprijinul pentru Crato a fost lipsit și expediția a fost un eșec. Războiul de restaurare portughez, care a început cu o lovitură de stat organizată de nobilime și burghezie la Lisabona și executată la 1 decembrie 1640, a restaurat independența Portugaliei. Perioada cuprinsă între 1640 și 1668 a fost marcată de ciocniri periodice între Portugalia și Spania, precum și de episoade scurte de război mai serios până la semnarea Tratatului de la Lisabona în 1668.