Scrii o continuare pentru acest paragraf - Familia lui Bačkis din Lituania a fost persecutată de sovietici; fratele său Juozas a fost deportat în Siberia
în iunie 1941 unde a murit un an mai târziu. Klimas a fost arestat de Gestapo în septembrie 1943, ceea ce l-a lăsat pe diplomatul Bačkis în Franța. În același an, Bačkis și-a apărat teza de doctorat cu privire la Concordatul lituanian (publicat în limba lituaniană în 2007). După război, Franța nu a recunoscut oficial serviciile diplomatice lituaniene, letone sau estoniene, dar le-a permis să funcționeze neoficial. Bačkis a continuat să educe diferiți oficiali despre ocupația Lituaniei și să facă lobby pentru nerecunoașterea RSS Lituaniei pentru a asigura continuitatea statului. A publicat, de asemenea, buletine informative despre afacerile lituaniene (inclusiv 33 de numere ale "Questions Lithuaniennes", 8 numere ale "Bulletin Lithuanien" și cartea "Peuples opprimés. La tragédie des Etats Baltes"), a ajutat refugiații lituanieni, etc. În 1948, Bačkis a făcut contacte cu Juozas Lukša, un partizan anti-sovietic care a reușit să scape de Cortina de Fier, și l-a ajutat să răspândească informații despre lupta armată. În 1949, Comitetul pentru Țările Europei Centrale și de Est, prezidat de parlamentarul britanic Harold Macmillan și reprezentând diferite națiuni din Blocul de Est, a fost înființat de Mișcarea Europeană. Bačkis a devenit vicepreședinte al Comitetului în 1951. El a fost, de asemenea, reprezentant al Lituaniei la Uniunea Federaliștilor Europeni, s-a alăturat Nouvelles équipes internationales (Noile echipe internaționale) și Adunării Națiunilor Europene Captive. Bačkis a cerut, de asemenea, reinstituirea Academiei Catolice Lituaniene de Științe și a prezentat în mod activ lucrări de cercetare în sesiunile sale. În 1950, a fost decorat cu Ordinul Sfântului Grigorie cel Mare de către Vatican.