Scrie o continuare pentru acest paragraf - După invazia germană a Poloniei, care a declanșat cel de-al Doilea Război Mondial în septembrie 1939, "SS-Totenkopf-Standarte Brandenburg" a intrat în oraș pentru a comite diferite crime împotriva populației. Deja la sfârșitul lunii septembrie 1939, germanii au ucis ostatici polonezi din Kłodawa în pădurea Rzuchów din apropiere, iar unul dintre primarii de dinaintea războiului, Władysław Zalewski, a fost ucis în noiembrie 1939 în Środa Wielkopolska. În timpul ocupației Germaniei naziste
, orașul a fost redenumit "Tonningen" (1940 <unk> 1945). Deja în 1940, mișcarea de rezistență subterană poloneză a fost formată în oraș și, de asemenea, a fost organizată școala secretă poloneză. În 1941, mai mult de 1.500 de evrei Kłodawieni au fost uciși de germanii naziști în lagărul de exterminare Chełmno. În 1943, germanii au arestat unii dintre membrii rezistenței poloneze locale, care au fost apoi condamnați la moarte sau la închisoare. Preotul parohiei Kłodawa, părintele Teofil Choynowski, a fost ucis în lagărul de concentrare Dachau în 1943. Kłodawa a fost în cele din urmă eliberată pe 19 ianuarie 1945 de Armata Roșie și restaurată în Polonia.