Messier s-a înscris la Universitatea de Stat din Michigan, urmând paşii fratelui său mai mare, Mitch. A jucat pentru Spartans timp de patru ani și a fost selectat în prima echipă All-Star în anul 1991-92. După al doilea an, Messier a fost selectat de New York Rangers în 1989 NHL Entry Draft
, al 118-lea în general. În timpul său cu Spartans, unii dintre colegii săi de echipă au inclus Rod Brind'Amour, Kip Miller, Jason Woolley, Bryan Smolinski și Rem Murray.