Scrie o continuare pentru acest paragraf - Bourdais a testat semnificativ pentru echipa Toro Rosso în timpul iernii, deși a fost nesigur de o unitate care se îndreaptă spre noul an. Pe 6 februarie 2009 a fost confirmat ca pilot Toro Rosso pentru un al doilea an, fiind partenerul lui Sébastien Buemi. În ciuda a două puncte în acest an la Marele Premiu al Australiei
Şi în Monaco, Bourdais s-a luptat să se asorteze cu colegul său mai puţin experimentat. În Spania, Bourdais a lovit mașina lui Buemi în timp ce terenul a încercat să evite un Jarno Trulli în primul tur, terminând cursa pentru ambii piloți. La Marele Premiu al Marii Britanii, Bourdais s-a ciocnit cu pilotul McLaren, Heikki Kovalainen, punând capăt cursei pentru amândoi. La Marele Premiu al Germaniei a suferit o defecțiune mecanică după ce s-a calificat ultimul cu peste o secundă.