A murit pe 26 iulie 2011 în Osaka, la vârsta de 80 de ani, din cauza complicațiilor provocate de pneumonie. Cu cinci zile înainte de moartea sa, publicația sa trimestrială, "Sakyo Komatsu Magazine", a lansat un număr cu un articol despre gândurile sale despre tsunami-ul din 2011
- Da, domnule. În articol, Komtasu și-a exprimat speranța că țara sa va evolua după catastrofă. "Am crezut că nu m-ar deranja să mor în orice zi... dar acum mă simt ca trăind un pic mai mult și de a vedea cum va merge Japonia de acum încolo", a scris el.