În februarie 1939, Pétillon a cerut să fie trimis în Congo Belgian și a primit un post de "chef de cabinet" pentru guvernatorul general, Pierre Ryckmans. El era încă în Congo în mai 1940, când Belgia a fost invadată de Germania. În ciuda faptului că a fost postat ca "șef de cabinet" al lui De Vleeschauwer cu guvernul belgian în exil la Londra, Pétillon a petrecut cea mai mare parte a celui de-al doilea război mondial în Congo. După eliberarea Belgiei
În septembrie 1944, Pétillon a jucat un rol major în restabilirea relațiilor dintre administrația colonială din Africa și Ministerul Coloniilor.