În primii ani ai Războiului Civil, cazarmele de nord au fost folosite pentru a reţine ofiţerii confederaţi luaţi prizonieri de război în aşteptarea transferului în alte închisori ale Uniunii, cum ar fi Camp Johnson în Ohio, Fort Delaware sau Fort Warren în Boston Harbor. Fortul Columbus și Castelul Williams au servit, de asemenea, ca lagăr temporar de prizonieri de război și spital de detenție pentru prizonierii confederați în timpul războiului. Generalul William H. C. Whiting (CSA) a murit de dizenterie în februarie 1865 în spitalul poștal la scurt timp după capitularea sa în bătălia de la Fort Fisher
În Carolina de Nord. A fost cel mai înalt ofiţer confederat care a murit ca prizonier de război.