În timpul celui de-al doilea război mondial, grădina zoologică a fost bombardată de două ori.
, de către nazişti în 1941 şi de către aliaţi în 1944, avariind puternic infrastructura şi ucidând majoritatea animalelor. De asemenea, grădina zoologică a pierdut şapte hectare de teren. Bombardarea grădinii zoologice din 1941 a fost descrisă în "Al Doilea Război Mondial" al lui Winston Churchill și în filmul "Underground" al lui Emir Kusturica din 1995. Miodrag Savković, directorul grădinii zoologice în timpul ocupației din timpul celui de-al Doilea Război Mondial, a fost arestat imediat de noile autorități comuniste și împușcat, deși nu sunt cunoscute nici acuzațiile împotriva lui, nici locul său de odihnă.