După moartea lui Cromwell şi prăbuşirea regimului, Charles al II-lea a fost restaurat în 1660 şi Scoţia a devenit din nou un regat independent. Scoția și-a recâștigat sistemul de drept, parlamentul și biserica, dar și Lorzii articolelor (prin care coroana a gestionat parlamentul), episcopii și un rege care nu a vizitat țara. El a hotărât în mare parte fără referire la Parlament, printr-o serie de comisari. Acestea au început cu John, conte de Middleton și s-au încheiat cu fratele și moștenitorul regelui, James, duce de York (cunoscut în Scoția ca duce de Albany). Legile engleze de navigaţie i-au împiedicat pe scoţieni să se angajeze în ceea ce ar fi putut fi un comerţ profitabil cu coloniile engleze. Restaurarea episcopatului a fost o sursă de probleme, în special în sud-vestul țării, o zonă cu puternice simpatie prezbiteriene. Abandonând biserica oficială, mulţi dintre locuitori au început să asiste la adunări ilegale, cunoscute sub numele de conventicole. Încercările oficiale de a le suprima au dus la o revoltă în 1679, înfrântă de James, Ducele de Monmouth, fiul nelegitim al regelui, în bătălia de la Bothwell Bridge
- Da, domnule. La începutul anilor 1680 a început o fază mai intensă de persecuție, numită mai târziu "Timpul uciderii". Când Charles a murit în 1685 şi fratele său, un romano-catolic, i-a succedat ca rege James al VII-lea al Scoţiei (şi al II-lea al Angliei), situaţia s-a înrăutăţit.