Se spune că declinul a început la 6 august 1284, când flota numeric superioară a Pisei, sub comanda lui Albertino Morosini, a fost înfrântă de tacticile strălucite ale flotei genoveze, sub comanda lui Benedetto Zaccaria și Oberto Doria, în dramatica bătălie navală de la Meloria
- Da, domnule. Această înfrângere a pus capăt puterii maritime a Pisei și orașul nu s-a mai recuperat niciodată pe deplin; în 1290, genovezii au distrus pentru totdeauna Porto Pisano (portul Pisei) și au acoperit pământul cu sare. Regiunea din jurul Pisei nu a permis orașului să se recupereze de la pierderea a mii de marinari de pe Meloria, în timp ce Liguria a garantat suficienți marinari pentru Genova. Cu toate acestea, comerţul cu mărfuri a continuat, deşi în cantităţi reduse, dar s-a încheiat atunci când râul Arno a început să-şi schimbe cursul, împiedicând galerele să ajungă în portul oraşului, în susul râului. Probabil că şi zona din apropiere a fost infestată de malarie. Adevăratul sfârşit a venit în 1324, când Sardinia a fost pierdută în întregime în mâinile aragonilor.