Se crede că familia Balaenopteridae s-a desprins de celelalte familii ale subordinii Mysticeti încă din Oligocenul mediu (28 milioane de ani în urmă). Linia de origine a balenelor albastre s-a desprins de celelalte rorquals în timpul Miocenului, între 7,5 și 10,5 milioane de ani în urmă. Cu toate acestea, fluxul de gene între specii pare să fi continuat dincolo de acea dată. Balena albastră are cea mai mare diversitate genetică a oricărei balene baleine, și o diversitate mai mare decât media dintre mamiferele moderne.
Balena cu cocoşă, balena cu pene, balena Bryde, balena sei şi balena minke