Mai târziu în război, a dus trupe în India şi a participat la debarcările din Madagascar, Africa de Nord.
, Italia și Insulele Azore. În 1945 a fost folosită ca navă de comandă pentru Winston Churchill și delegația britanică la Conferința de la Yalta. La sfârșitul războiului din Europa, "Franconia" a făcut mai multe călătorii peste Atlantic, transportând trupe americane și refugiați care se întorceau. După Ziua Victoria, a fost angajată pentru repatrierea trupelor britanice, inclusiv a prizonierilor de război eliberați din India. În timpul serviciului guvernamental, ea a acoperit și transportat 189.239 de militari.