Completează următoarea frază: Debutul lui Niyonkuru la o competiție internațională a fost la Campionatul Mondial de Cross Country IAAF din 2005. El a concurat în cursa de juniori și a terminat pe locul 33 din 133 de sportivi într-un timp de 25 de minute și 32 de secunde. La Jeux de la Francophonie din 2005, Niyonkuru a concurat la 10.000 de metri. Niyonkuru a terminat pe locul patru cu un timp de 29 de minute și 18,08 secunde, la doar 0,03 secunde în urma medaliatului de argint, marocanul Abderrahim Goumri. Niyonkuru a concurat apoi la Campionatul Mondial Junior din 2006. El a terminat pe locul cinci la 10.000 de metri într-un timp de 28 de minute și 59,92 secunde. A fost cu 6,63 de secunde în urma câștigătorului cursei, Ibrahim Jeilan din Etiopia. În 2007, Niyonkuru a concurat la Campionatul Mondial de Cross Country 2007 în cursa junior masculin. A terminat pe locul 13 în 24 de minute şi 56 de secunde. El a terminat cu 49 de secunde în urma medaliatului de aur, kenianul Asbel Kiprop. La Campionatul Mondial Militar de Atletism din 2009, Niyonkuru a câștigat medalia de argint la 10.000 de metri. Timpul său de 29 de minute și 37,14 secunde a fost de 23,67 secunde în spatele medaliatului de aur, Essa Ismail Rashed din Qatar. Niyonkuru a fost cu 4,97 secunde înaintea medaliatului de bronz, tunisianul El Akhdar Hachani. Niyonkuru a câștigat Maratonul Auray-Vannes din 2015 cu un timp de o oră, trei minute și douăzeci de secunde. La Jocurile Olimpice de Vară din 2016, Niyonkuru a concurat în
Maratonul masculin pe 21 august 2016, dar nu a terminat cursa. În 2017 a concurat în maratonul masculin la Campionatele Mondiale de Atletism din 2017, plasându-se pe locul 71 în 2:42:27.