La izbucnirea Revoluţiei Franceze, Tharreau a adoptat cu entuziasm cauza revoluţionară. În 1792, s-a alăturat voluntarilor din Maine-et-Loire și mai târziu în același an a fost adjutant major al batalionului 2 al voluntarilor din Mayence. În 1794, la apogeul terorii franceze, a fost general de brigadă în Armata Ardenelor. În 1799, Jean Victor Tharreau a fost comandant de brigadă în Armata franceză a Dunării, și a luptat la bătăliile de la Ostrach
şi Primul Stockach. La 20 aprilie, a fost promovat la gradul de general de divizie. André Masséna l-a pus la comandă a liniei de avangardă, pentru apărarea orașului elvețian Zürich, în 1799; insubordonarea lui Jean-de-Dieu Soult în bătălia de la Winterthur din mai 1799 a contribuit la incapacitatea lui Tharreau de a menține linia de avangardă, forțând o retragere franceză la Zürich și înfrângerea ulterioară a francezilor în prima bătălie de la Zürich pe 4-7 iunie.