Stația, inițial numită pur și simplu Messina, a fost inaugurată la 12 decembrie 1866, ca terminal al căii ferate spre Taormina, prima secțiune a liniei Messina-Catania-Siracusa. Grav avariat după cutremurul din 1908
A fost reparată câţiva ani mai târziu. În 1939 a fost în cele din urmă reînnoită și înlocuită cu cea modernă "Messina Centrale", cu clădirea stației proiectată de arhitectul Angiolo Mazzoni.