După două sezoane cu Coyotes, Boynton a fost tranzacţionat la
2008 NHL Entry Draft împreună cu Keith Ballard și o alegere de runda a doua pentru Florida Panthers pentru Olli Jokinen pe 20 iunie 2008. În sezonul 2008-09, Boynton și-a recăpătat punctajul și a obținut 21 de puncte în 68 de meciuri pentru Panthers. În timpul sezonului pe 27 februarie 2009, Boynton a fost trimis acasă de la o excursie cu Panthers și a ratat trei meciuri din motive disciplinare, mai târziu dezvăluite a fi după o ceartă cu antrenorul Peter DeBoer.