Potheinos, a considerat că acest acord a favorizat de fapt Cleopatra în favoarea lui Ptolemeu al XIII-lea și că armata acestuia din urmă de 20.000 de oameni, inclusiv Gabiniani, ar putea înfrânge, cel mai probabil, armata lui Cezar de 4.000 de soldați neajutorați. El a decis să-l pună pe Ahile să conducă forțele lor spre Alexandria pentru a-i ataca pe Cezar și Cleopatra. Rezultatul asediului palatului
cu Cezar şi Cleopatra prinşi înăuntru a durat până în anul următor, 47 î.Hr. A inclus incendierea de către Cezar a unor nave în port care au răspândit incendiile și au ars o parte din Biblioteca Alexandriei. Cezar a reuşit să-l execute pe Potheinos după ce acesta a încercat să-l asasineze. Arsinoe al IV-lea și-a unit forțele cu Achillas și a fost declarată regină. La scurt timp după aceea, ea l-a pus pe tutorele ei, Ganymede, să-l ucidă pe Ahile şi să-i ia poziţia de comandant al armatei ei. Ganymede l-a păcălit apoi pe Cezar să ceară prezența fostului său prizonier Ptolemeu al XIII-lea ca negociator, doar pentru a-l face să se alăture armatei lui Arsinoe al IV-lea. Cunoscând detaliat palatul, Ganimedes a pompat apă de mare în rezervoare prin conducte de apă, dar Cleopatra și Cezar au contracarat acest lucru prin construirea de puțuri de apă dulce.