În martie 1799, Armata Dunării s-a angajat în două bătălii majore, ambele în sud-vestul Germaniei. La bătălia de la Ostrach
La 21-22 martie 1799, prima bătălie a războiului celei de-a doua coaliții, forțele austriece, sub comanda Arhiducelui Carol, au învins Armata Dunării a lui Jourdan. Francezii au suferit pierderi semnificative și au fost obligați să se retragă din regiune, ocupând noi poziții la vest la Messkirch (Mößkirch, Meßkirch), apoi la Stockach și Engen. La a doua bătălie, la Stockach, la 25 martie 1799, armata austriacă a obținut o victorie decisivă asupra forțelor franceze și a împins din nou armata franceză spre vest. Jourdan i-a instruit pe generalii săi să ia poziții în Pădurea Neagră, iar el însuși a stabilit o bază la Hornberg. De acolo, generalul Jourdan a delegat comanda armatei șefului său de stat major, Jean Augustin Ernouf, și a călătorit la Paris pentru a cere mai multe și mai bune trupe și, în cele din urmă, pentru a solicita un concediu medical.