Scrie o continuare pentru acest paragraf - Încheierea războiului civil în primăvara anului 1865 a oferit un mare impuls pentru Fenieni, datorită numărului de soldați irlandezi-americani care au fost dizolvați și nerăbdători să vadă servicii în altă parte. Banii au fost turnați în trezoreria Fenian; probabil 500.000 de dolari au fost subscrise între 1860 și 1867. Au existat multe diferențe între O'Mahony și James Stephens și Consiliul Central în ceea ce privește politica care trebuia urmată pentru realizarea obiectivului lor, dar O'Mahony a rămas președinte al organizației timp de mai mulți ani. El nu a luat nici o parte personal în tentativa de insurecție în Irlanda sau în raidurile asupra Canadei
, deși sfatul său a contat mult în aceste întreprinderi.