După ce mijlocașul Javi Martínez s-a mutat la FC Bayern München, Athletic a fost eliminat din faza grupelor Ligii Europei 2012/13 și a fost eliminat din Copa del Rey
de către clubul basc Eibar de nivelul trei. Coborârea a fost o amenințare până la sfârșitul sezonului, iar ultimul meci de campionat la "vechiul" San Mamés s-a încheiat cu înfrângere. Athletic s-ar muta în curând într-un nou stadion, deși în stare parțial finalizată. Bielsa l-a promovat pe tânărul apărător francez Aymeric Laporte în echipă, în timp ce atacantul Fernando Llorente a finalizat un transfer gratuit la Juventus.