Clubul a fost fondat la 4 februarie 1899 sub numele de Fußballverein Werder de un grup de 16 elevi de liceu care au câștigat un premiu de echipament sportiv. Elevii au luat numele clubului de la un cuvânt german pentru "peninsula fluviului", care a descris terenul de pe malul râului pe care au jucat primele lor meciuri de fotbal. Predecesorul clubului Bremen, cunoscut sub numele de SV Werder, a jucat primul său meci pe 10 septembrie 1899 împotriva ASC 1898 Bremen venind cu o victorie de 1<unk>0. În 1900, FV Bremen a fost reprezentat la înființarea Asociației de Fotbal Germană (BDF) la Leipzig.
Fußballverein Werder