În aprilie 1944, a predat comanda Diviziei 2 Blindate generalului major Edward H. Brooks, a fost desemnat șef de stat major al Armatei a treia, fiind din nou sub comanda generalului-locotenent George Patton. Gaffey a servit în această calitate în timpul campaniei din Europa de Vest
, din momentul în care Armata a treia a debarcat în Franța în iulie 1944 și a jucat un rol major în Operațiunea Cobra și în Bătălia de la Falaise Gap, urmată de avansul aliatilor de la Paris la Rin și în Bătălia de la Metz. În decembrie 1944 l-a înlocuit pe generalul-maior John Shirley Wood ca comandant al Diviziei 4 Blindate, care a jucat un rol major în Bătălia de la Ardenne, ajutând la ruperea asediului Bastogne. El a rămas la comanda diviziei până în martie 1945, spre sfârșitul războiului în Europa, când a devenit comandant general al Corpului XXIII. El a renunțat la comanda Corpului XXIII în septembrie, când războiul s-a încheiat datorită capitulării Japoniei.