Cea mai frecventă formă de încrucișare cromozomală este recombinarea omologă, în care cele două cromozomi implicate au secvențe foarte similare. Recombinarea non-omologă poate fi dăunătoare pentru celule, deoarece poate produce translocații cromozomiale și anomalii genetice. Reacția de recombinare este catalizată de enzime cunoscute sub numele de recombinații, cum ar fi RAD51. Primul pas în recombinare este o distrugere dublă cauzată fie de o endonuclează, fie de o deteriorare a ADN-ului la capătul de vest. O serie de etape de recombinare poate fi implicată și în repararea ADN-ului, în special în răspunsul celulei la ruperile de două fire.
clivarea joncțiunii și religarea