După sfârşitul războiului, Hirszfeld şi soţia sa s-au întors la Varşovia, unde a înfiinţat un institut de ser pe modelul Institutului Ehrlich pentru Terapie Experimentală din Frankfurt. Curând a devenit director adjunct și șef științific al Institutului de Igienă din Varșovia și, în 1924, profesor acolo. În 1931 a fost numit profesor titular la Universitatea din Varșovia și a servit în multe comisii internaționale. După ocuparea Poloniei
de către armata germană Hirszfeld a fost concediat ca "non-arian" de la Institutul de Igienă, dar, prin protecția prietenilor, a reușit să facă mai multe lucrări științifice acasă până în februarie 1941; a fost, totuși, aproape imposibil pentru el să publice.