Scrii o continuare pentru acest paragraf - Ali Shkupi nu a fost activ în timpul celui de-al Doilea Război Mondial, deși s-a opus invaziei italiene
, precum și cel german. Naziştii i-ar fi ars casa din Tirana. După război, s-a reinstalat în Shkodër. A murit la 3 decembrie 1953 și a fost înmormântat în Shkoder. A fost re-îngropat în Tirana în anii '80. În 1992, Ali Shefqet Shkupi a fost decorat pentru "Activitatea patriotă de primă clasă" de guvernul albanez.