În 1963, națiunea a stabilit o republică federală, cu Azikiwe ca primul său președinte. Dezechilibrul și corupția percepută a procesului electoral și politic au condus la două lovituri de stat militare în 1966. Prima lovitură de stat a fost în ianuarie 1966
și a fost condusă în mare parte de soldați igbo sub comanda maiorilor Emmanuel Ifeajuna și Chukwuma Kaduna Nzeogwu. Complotorii au reușit să-i asasineze pe Sir Ahmadu Bello și Abubakar Tafawa Balewa, alături de lideri proeminenți din Regiunea de Nord și, de asemenea, pe premierul Samuel Akintola din Regiunea de Vest, dar complotorii de lovitură de stat s-au luptat să formeze un guvern central. Președintele Senatului, Nwafor Orizu, a predat controlul guvernului Armatei, sub comanda unui alt ofițer Igbo, generalul Johnson Aguiyi-Ironsi. Mai târziu, contra-coupul din 1966, susținut în primul rând de ofițeri militari din nord, a facilitat ascensiunea lui Yakubu Gowon ca șef de stat militar. Tensiunea a crescut între nord și sud; Igbos din orașele din nord au suferit persecuții și mulți au fugit în Regiunea de Est.