Completați următoarea frază: În sezonul următor, Nesta a marcat primul său gol pentru Milan într-o victorie cu 2-1 asupra lui Chievo în Serie A. El a început să reapară ca jucător titular pentru club și a fost unul dintre cei mai consecvenți jucători ai Milanului pe tot parcursul sezonului 2009-10 sub Leonardo. Nesta și-a continuat parteneriatul excelent cu colegul său Thiago Silva pe tot parcursul sezonului 2010-11 sub conducerea lui Massimiliano Allegri, formând o formidabilă pereche defensivă, primind doar 24 de goluri în 38 de meciuri în timpul victoriei lui Milan
Campania din Serie A. Milan a reușit, de asemenea, să ajungă în semifinale la Coppa Italia, dar au fost din nou eliminați în runda a 16-a a Ligii Campionilor. De-a lungul sezonului 2010-11, speculațiile au indicat că Nesta se va retrage la sfârșitul sezonului. Cu toate acestea, el a confirmat mai târziu că a vrut să mai joace un sezon la Milan înainte de a se retrage și a semnat o prelungire a contractului la 18 mai 2011, care l-a păstrat în echipa Milan până în vara anului 2012. Nesta a fost ales să facă parte din echipa anului Serie A pentru performanțele sale în timpul succesului titlului de la Milan în acel sezon.