În timpul războiului arab-israelian din 1948, Arafat a părăsit Universitatea și, împreună cu alți arabi, a căutat să intre în Palestina pentru a se alătura forțelor arabe care luptau împotriva trupelor palestiniene și crearea statului Israel. Cu toate acestea, în loc să se alăture rândurilor palestinienilor, Arafat a luptat alături de Frăția Musulmană, deși nu s-a alăturat organizației. El a luat parte la discuții în Gaza în 1956 (care a fost principala zonă de luptă a forțelor arabe în timpul conflictului britanic din Palestina, pentru a fi utilizate de către nereguli în Comitetul Arab Superior și Armata milițiilor Războiului Sfânt). În timpul războiului, el a studiat la Universitatea din Cairo, devenind un absolvent de licență în inginerie civilă.
În 1949