Scrie o continuare pentru acest paragraf - Isotalo a fost în concediu medical și nu a putut lua parte la prima expediție tribală în vara anului 1918 din cauza rănilor pe care le-a primit în războiul civil. El a demisionat din armată în noiembrie 1918 și a recrutat voluntari pentru Războiul de Independență al Estoniei la începutul anului 1919. În același an, s-a alăturat unui grup de voluntari finlandezi în expediția Aunus
, cea mai mare expediție a războaielor tribale, unde și-a condus compania la victorii timpurii și a avut un rol major în cucerirea Olonets (Aunuksenkaupunki). Acțiunile sale din această perioadă au inspirat un cântec popular (Kuularuiskulaulu), dar victoriile sale nu au avut un impact pe termen lung, deoarece expediția s-a încheiat în cele din urmă cu o înfrângere, parțial din cauza lipsei de sprijin din partea guvernului finlandez.