Când a izbucnit războiul cu Franţa în 1809, von Hiller a primit comanda Corpului VI al Armatei care acoperea aripa stângă a armatei austriece. Când împăratul Napoleon I al Franței a căzut pe aripa stângă a austriecilor la 20 aprilie în bătălia de la Abensberg, Hiller a sosit și a preluat comanda V, VI și II Armeekorps de rezervă. Înfrânt la Abensberg și pe 21 aprilie la bătălia de la Landshut
, el a devenit separat de armata principală. La 22 aprilie, arhiducele Carol a fost învins în bătălia de la Eckmühl și s-a retras pe malul nordic al Dunării. Necunoscând că era singur pe malul sudic, Hiller l-a atacat pe mareșalul francez Jean-Baptiste Bessières și a obținut o victorie minoră în bătălia de la Neumarkt-Sankt Veit pe 24 aprilie. În cele din urmă, înțelegând că șansele erau împotriva lui, s-a retras în ordine spre Linz din 25 aprilie până la 3 mai. În ultima dată a luptat într-o acțiune sălbatică cu corpul lui André Masséna în bătălia de la Ebelsberg. Această înfrângere l-a forțat pe von Hiller să se retragă peste Dunăre la Mautern.