În primăvara anului 1969, ea s-a întors la Nairobi pentru a continua studiile la Colegiul Universitar din Nairobi ca asistent lector. În mai, ea și Mwangi Mathai s-au căsătorit. Mai târziu în acel an, ea a rămas însărcinată cu primul ei copil, iar soțul ei a făcut campanie pentru un loc în Parlament, pierzând cu puțin. În cursul alegerilor, Tom Mboya, care a fost instrumental în fondarea programului care a trimis-o în străinătate, a fost asasinat. Acest lucru a dus la președintele Kenyatta încheierea efectivă a democrației multipartidare în Kenya. La scurt timp după, primul ei fiu, Waweru, s-a născut. În 1971, ea a devenit prima femeie din Africa de Est care a primit un doctorat în anatomie veterinară, de la Colegiul Universității din Nairobi, care a devenit Universitatea din Nairobi în anul următor.
a devenit prima femeie din Africa de Est care a primit un doctorat