Mortaigne a devenit liderul unei rebeliuni pe scară largă care a paralizat armata suedeză, cerând plata imediată a datoriilor. În iulie 1641, Mortaigne și Adam von Pfuhl au fost invitați la Stockholm ca reprezentanți ai răzvrătiților. Mortaigne a fost promovat în general de brigadă și a primit terenuri în Pomerania, în timp ce restul armatei a fost plătit suma de 486.200 de talari care a reglat datoriile coroanei. În cursul anului 1642, Mortaigne a luat parte la a doua bătălie de la Breitenfeld și a fost rănit mai târziu grav în timpul unui angajament în vecinătatea Brieg. În 1643, forţele lui Mortaigne au devastat Moravia. La 12 februarie 1645, el a fost capturat de o patrulă imperială în afara Bornei în timp ce transporta un portofoliu de documente importante. A fost eliberat cu răscumpărare, mai târziu comandând centrul suedez în bătălia de la Jankau.
- Da, domnule. În 1646, el s-a întors în Landgraviatul Hesse-Kassel cu aprobarea reginei Christina a Suediei, primind gradul de general-locotenent. A condus trupele din Hesse-Kassel în timpul războiului hessian. La 10 iulie 1647, un glonț de tun i-a zdrobit piciorul stâng, rănindu-l grav în timp ce asediază castelul Rheinfels.