Un raport din 1562 i-a spus în cele din urmă că doar zece castele din nordul regatului ei meritau să fie păstrate; Melbourne nu era unul dintre acestea. Un alt studiu din 1576 a raportat că, deși lucrările de piatră erau în stare bună, cu excepția unui horn și a unei ferestre, lemnul a fost distrus, acoperișul din plumb era plin de găuri, o bucătărie era pe punctul de a se prăbuși, iar altul avea nevoie să-și înlocuiască podeaua. În același an, George Talbot, al 6-lea conte de Shrewsbury, i-a scris reginei pentru a o asigura că castelul era în stare bună, în valoare de £1.000, și putea fi reparat pentru £100. Deoarece el era responsabil pentru păstrarea închisă a reginei Maria a Scoției, și a celor 140 de servitori ai ei, el a asigurat-i în cele din urmă să fie mutat în Melbourne. În 1583, Regina Elizabeth a fost plasată la Castelul Melbourne.
Când Elisabeta I a devenit regină