În 1800, Loison a fost trimis la Armata de Rezervă să comande o divizie de 5.300 de oameni şi a traversat Pasajul St Bernard cu Napoleon. El a fost rănit în timpul unui atac eșuat asupra Fortului Bard la 25 mai 1800. Recuperându-se rapid, el a condus divizia sa din corpul lui Guillaume Philibert Duhesme în respingerea comandamentului lui Josef Philipp Vukassovich. A ratat bătălia de la Marengo.
pentru că oamenii lui erau ocupaţi cu capturarea Milano şi Cremona, în timp ce urmăreau austriecii spre est.