În septembrie 1259, William de Villehardouin a fost învins și capturat, împreună cu mulți dintre nobilii săi, în bătălia de la Pelagonia, de către forțele împăratului nicean Mihail al VIII-lea Paleolog. Doi ani mai târziu, cei din Niceea au recucerit Constantinopolul, punând capăt Imperiului Latin şi restaurând Imperiul Bizantin. În acest moment, împăratul a încheiat un acord cu prințul captiv: William și oamenii săi vor fi eliberați în schimbul unui jurământ de loialitate și pentru cedarea Monemvasiei, Grand Magne și Mystras. Predarea a fost efectuată în 1262, iar de atunci Mystras a fost sediul guvernatorului teritoriilor bizantine din Morea. Inițial, acest guvernator ("kephale") a fost schimbat în fiecare an, dar după 1308 au început să fie numiți pentru termene mai lungi. Aproape imediat după întoarcerea sa în Morea, William de Villehardouin a renunțat la jurământul său față de împărat, iar războiul a izbucnit între bizantini și franci. Primele încercări bizantine de a subjuga Principatul Achaea au fost înfrânte în bătăliile de la Prinitsa și Makryplagi
, dar bizantinii au fost ferm înconjurați în Laconia. Războaiele au devenit endemice, iar bizantinii i-au împins încet pe franci înapoi. Insecuritatea generată de raiduri și contra-raiduri a determinat locuitorii din Lacedaemon să abandoneze orașul expus și să se stabilească la Mystras, într-un nou oraș construit sub umbra fortăreței.