O serie de răscoale jacobite au avut loc și în Scoția, unde vicontele Dundee a ridicat forțele Highland și a câștigat o victorie pe 27 iulie 1689 în bătălia de la Killiecrankie
, dar a murit în luptă şi o lună mai târziu, forţele scoţiene cameroniene au subjugat revolta în Bătălia de la Dunkeld. William le-a oferit clanurilor scoțiene care au luat parte la răscoală o iertare cu condiția să semneze o declarație de credință până la un termen limită, iar guvernul său din Scoția a pedepsit o întârziere cu Masacrul de la Glencoe din 1692, care a devenit infam în propaganda jacobită, deoarece William a semnat ordinele. Îndreptându-se în fața opiniei publice, William i-a demis pe cei responsabili de masacru, deși ei au rămas în favoarea sa; în cuvintele istoricului John Dalberg-Acton, "unul a devenit colonel, altul cavaler, un al treilea peer și un al patrulea conte".