Scrie o continuare pentru acest paragraf - Löhr l-a succedat pe generalul der Pioniere Walter Kuntze ca comandant-șef al Armatei a 12-a la 3 iulie 1942. El a fost numit comandant al Wehrmachtului în Europa de Sud-Est la 1 august 1942, iar din 28 decembrie 1942 această poziție a fost re-desemnată comandant-șef în Europa de Sud-Est. Forțele aflate sub comanda sa au fost, de asemenea, desemnate ca Grupul de Armate E, iar el a fost numit comandantul acesteia. În acest rol, Löhr a controlat toate comenzile subordonate din sud-estul Europei, inclusiv comandantul general în Serbia (Paul Bader), comandantul militar în zona Salonic-Egee, comandantul militar în sudul Greciei, comandantul din Creta, comandantul naval în Marea Egee, generalul plenipotențiar german în Statul Independent al Croației, comandantul general al trupelor germane în Croația și atașatul militar în Sofia, Bulgaria. Löhr a organizat a patra şi a cincea ofensivă.
împotriva partizanilor iugoslavi în 1943, în timpul căruia cei mai mulți dintre cei luați prizonieri, inclusiv răniți, au fost uciși pe loc. În calitate de comandant-șef al Grupului de Armate E, Löhr a supravegheat campania din Dodecanese. La 26 august 1944, cu Aliații care se îndreptau spre Germania pe trei fronturi, Hitler i-a ordonat lui Löhr să înceapă evacuarea Grupului de Armate E din Grecia și să se deplaseze spre nord pentru a apăra patria.