După ce a plătit "Bellerophon", Warren a fost numit comandant al HMS "President" cu 44 de tunuri în septembrie 1810. El a fost însărcinat să-l transporte pe Lucien Bonaparte, fratele lui Napoleon, și familia sa de la Malta în Anglia, după care a fost trimis să întărească escadrilele britanice din Indiile de Est. El a plecat spre Capul Bunei Speranțe la 31 decembrie 1810, în compania fregatelor și. După ce a ajuns la Cape, Warren a continuat spre Indiile de Est și a fost implicat în operațiunile de capturare a Java
între august şi septembrie 1811. La 4 septembrie a fost trimis în Cirebon pentru a negocia predarea orașului britanicilor. Garnizoana a fost de acord să se predea, cu câțiva ofițeri francezi și olandezi importanți care au căzut în mâinile britanicilor. După predarea insulei britanicilor la 18 septembrie de către generalul Jan Willem Janssens, Warren l-a însoțit pe comandantul șef, viceamiralul Robert Stopford, înapoi în Marea Britanie. A fost numit apoi în 74-gun și a comandat-o în Mediterana din iunie 1813 până la pacea din 1814.