În ciuda rezultatelor modeste, Baldini a fost concediat. Până în decembrie 2011, clubul a trecut prin patru antrenori de la sezonul 2009-10. Clubul și-a menținut dramatic statutul de Serie B în 2011-12. După un sezon slab, Empoli a terminat pe locul 18, cu un punct de la siguranță, ceea ce a însemnat un play-off de retrogradare împotriva lui Vicenza în două etape. Primul meci s-a încheiat fără gol înainte ca Vicenza să conducă cu 2-0 în repriza cu 30 de minute până la final. Cu toate acestea, două goluri în două minute au făcut ca "Azzuri" să egaleze egalitatea înainte ca Massimo Maccarone să obțină o victorie de 3 la 2 în al patrulea minut din timpul de rezervă. În sezonul 2012-13 clubul a terminat pe locul patru, o îmbunătățire dramatică față de sezonul precedent, dar a pierdut finala play-off-ului de promovare în fața lui Livorno în două etape. Clubul a obținut promovarea din nou în Serie A în sezonul următor, terminând pe locul al doilea în fața lui Palermo și a rămas în top timp de două sezoane, terminând pe locul 15 în 2014 și pe locul 10 în 2015.
- Da, domnule. În ultima zi de meciuri a sezonului 2016/17 din Serie A, Empoli a fost cu un punct mai sus decât zona de retrogradare înaintea lui Crotone, dar a fost în cele din urmă retrogradat în Serie B după ce nu a reușit să învingă Palermo, în timp ce Crotone a învins Lazio. După un triumf în Serie B 2017/18, Empoli a recâștigat prompt promovarea în Serie A, după ce a câștigat Serie B pe 28 aprilie 2018, cu patru meciuri înainte. În ultima zi de meciuri a sezonului 2018-19 din Serie A, Empoli a fost cu un punct mai sus în zona de retrogradare în fața Genoa, dar a fost în cele din urmă retrogradat în Serie B după ce a fost învins de Internazionale, în timp ce Genoa a făcut remiză cu Fiorentina, ambele părți au terminat cu același număr de puncte, dar Genoa a avut o diferență de gol mai mare cu unul. Cu toate acestea, Empoli a terminat primul în sezonul 2020/21 din Serie B, pentru a fi al treilea titlu în competiție din istoria lor.