Deoarece proteinele sunt prea mici pentru a fi văzute sub microscopul luminii, trebuie să se utilizeze alte metode pentru a le determina structura. Metodele experimentale comune includ cristalografia cu raze X și spectroscopia RMN, ambele putând produce informații structurale la rezoluție atomică. Cu toate acestea, experimentele RMN sunt capabile să ofere informații din care se poate estima un subset de distanțe între perechi de atomi, iar posibilele conformații finale pentru o proteină sunt determinate printr-o problemă de geometrie la distanță.
cristalografie cu electroni