Scrie o continuare pentru acest paragraf - Lituania și-a pierdut independența și a fost treptat transformată într-o republică socialistă sovietică. În același timp, armata lituaniană a fost transformată treptat în unități ale Armatei Roșii. Munca la Academia Militară a încetat atunci când bărbații au fost chemați înapoi la unitățile lor, dar lui Raštikis nu i s-a permis să demisioneze. A fost repartizat în Corpul 29 de pușcași și a fost numit vicepreședinte al comisiei însărcinate cu lichidarea armatei lituaniene. El a fost eliberat din serviciul activ doar pe 20 decembrie. La 13 februarie 1941, temându-se de arestarea de către NKVD ca "dușman al poporului", Raštikis și-a lăsat soția și cele trei fiice în Kaunas și a plecat spre Germania. A fost ultima oară când şi-a văzut fiicele, care au fost deportate în Siberia.
În iunie. El a trecut granița în noaptea de 19 martie și a fost bine primit de germani. Cu ajutorul mai multor lituanieni, s-a stabilit în Berlin. Acolo s-a alăturat lui Kazys Škirpa în organizarea Frontului Activist Lituanian (LAF). În special, a editat statutul LAF și a elaborat planuri de eliberare a Lituaniei.