În iulie 2011, organizația indigenă "Waqib Kej" a prezentat o scrisoare către Națiunile Unite, în care îl acuză pe Pérez de implicare în genocid și tortură comise în Quiché în timpul războiului civil.
- Da, domnule. Printre alte dovezi, ei au citat un documentar din 1982 în care un ofițer militar pe care ei pretind că este Pérez este văzut lângă patru cadavre. În scena următoare, un subordonat spune că acei patru au fost capturați în viață și duși "la maior" (se presupune că era Pérez) și că "nu au vorbit, nici când i-am cerut frumos și nici când am fost răi ["ni por las buenas ni por las malas"]".