Completează următoarea frază: Bourdais a testat semnificativ pentru echipa Toro Rosso în timpul iernii, deși era nesigur de o unitate care se îndrepta spre noul an. Pe 6 februarie 2009 a fost confirmat ca pilot Toro Rosso pentru un al doilea an, fiind partenerul lui Sébastien Buemi. În ciuda a două puncte încheie în anul la
Australian Grand Prix și în Monaco, Bourdais a luptat pentru a se potrivi cu colegul său mai puțin experimentat. În Spania, Bourdais a lovit mașina lui Buemi în timp ce terenul a încercat să evite un Jarno Trulli în primul tur, terminând cursa pentru ambii piloți. La Marele Premiu al Marii Britanii, Bourdais s-a ciocnit cu pilotul McLaren, Heikki Kovalainen, punând capăt cursei pentru amândoi. La Marele Premiu al Germaniei a suferit o defecțiune mecanică după ce s-a calificat ultimul cu peste o secundă.