Scrie o continuare pentru acest paragraf - În sezonul 2016, Shoji a început sezonul când a ajutat Kashima Antlers să păstreze două folii curate în primele două meciuri de campionat ale sezonului. De la începutul sezonului, Shoji a continuat să-și recâștige locul în prima echipă, jucând în poziția de centru-back. A marcat primul gol al sezonului pe 6 aprilie 2016, în victoria cu 3-1 împotriva lui Nagoya Grampus în Cupa J.League. Până la sfârșitul primei etape a J.League, contribuția lui Shoji la prima echipă a ajutat echipa să ajungă în partea de sus a clasamentului. După ce a fost suspendat pentru un meci, s-a întors în formația de start, Kashima Antlers pierzând cu 3 la 1 în fața lui Gamba Osaka pe 2 iulie 2016. Shoji a continuat să ajute echipa să rămână în topul clasamentului pentru următoarele unsprezece meciuri. A fost abia pe 16 septembrie 2016 când a marcat al doilea gol al sezonului, într-o victorie de 3 la 0 împotriva lui Júbilo Iwata. La un moment dat în această lună, a semnat un contract cu clubul. După calificarea clubului pentru a termina pe locul al treilea la sfârșitul celei de-a doua etape a J.League, Shoji a ajutat ulterior clubul să câștige liga după ce a jucat ambele meciuri pentru a bate Urawa Red Diamonds 2<unk>2 la agregat prin gol în deplasare. Shoji a jucat toate cele patru meciuri din Cupa Mondială de Cluburi FIFA
, în timp ce l-a ajutat pe Kashima Antlers să ajungă în finală, doar pentru a pierde 4-2 împotriva Real Madrid. În ciuda pierderii în finală, parteneriatul dintre Shoji și Naomichi Ueda a fost lăudat de mass-media, atât în Japonia, cât și în afara acesteia. Shoji a ajutat, de asemenea, clubul să ajungă în finala Cupei Împăratului, învingând Kawasaki Frontale cu 2-1. La sfârșitul sezonului 2016, a jucat 45 de meciuri și a marcat de două ori în toate competițiile. Pentru performanța sa din sezonul 2016, Shoji a fost numit J.League Best XI.