Completează următoarea frază: În iulie 1999, Jacoby a fost desemnat director pentru informații (J2) la Statul Major Comun. Mandatul său a început cu conducerea efortului de informaţii pentru examinarea operaţiunilor din Balcani şi Kosovo. Operațiunile Northern și Southern Watch au continuat să impună zone de interdicție aeriană și sancțiuni împotriva Irakului. În plus, avionul de recunoaştere EP-3 al Marinei SUA a fost confiscat de chinezi pe insula Hainan, după o coliziune cu un avion de vânătoare chinez în timpul operaţiunilor din Marea Chinei de Sud şi atacului asupra
USS "Cole" a avut loc în Aden, Yemen. Acest ultim eveniment a determinat o schimbare fundamentală în abordarea analizei terorismului și a sprijinului acordat forțelor operaționale, care a fost încorporată în propunerea de Forță-Task Comună de Informații, Combaterea Terorismului (JITF-CT), care operează sub îndrumarea Statului Major Comun J-2 ca parte a Agenției de Informații de Apărare. Jacoby a susținut creșterea finanțării pentru JITF-CT în după-amiaza zilei de 10 septembrie 2001 cu personalul superior al Comitetului Permanent Select al Camerei pentru Informații. El a fost în Pentagon când a fost atacat pe 11 septembrie 2001. El a condus JITF-CT, a fost activ în planificarea de informații pentru Războiul Global împotriva Terorismului și operațiunile militare din Afganistan, a supravegheat activitățile J-2 în timpul fazei inițiale a operațiunilor de luptă în Afganistan și a jucat un rol esențial în dezvoltarea și susținerea unui concept operațional numit "2 Plus 7", care a devenit punctul central al operațiunilor SUA de a dezmembra organizația Al-Qaeda și de a ataca funcțiile sale centralizate de conducere și planificare. Efortul operaţiunilor s-a concentrat împotriva celor doi lideri şi a celor şapte planificatori operaţionali de rang înalt. Rezultatul a fost o degradare semnificativă a capacităţilor organizaţiei. Jacoby a încheiat o prelungire de un an ca Stat Major J-2 în iulie 2002.