În 1102, Regatul Croației și Regatul Ungariei au intrat într-o uniune personală și au fost conduse de același rege, Ladislaus I. După cuceririle otomane și o înfrângere dezastruoasă în Bătălia de la Mohács în 1527, nobilimea croată l-a ales pe Împăratul Sfântului Imperiu Roman Ferdinand I ca noul rege al Croației. Nobilimea maghiară a fost împărțită, dar Habsburgii au anexat Regatul Ungariei, păstrând Croația și Ungaria sub o singură coroană. În timpul Revoluției maghiare din 1848
Croația s-a alăturat austriecilor, așa că banul croat Josip Jelačić a ajutat Austria să învingă forțele maghiare în 1849 și a inaugurat o perioadă de germanizare. Până în anii 1860, eșecul acestei politici a devenit evident, ducând la compromisul austro-ungar din 1867 și la crearea unei uniuni personale între coroanele Imperiului Austriac și Regatul Ungariei. Problema statutului Croației a fost soluționată prin înțelegerea croată-ungară din 1868, când regatele Croația și Slavonia au fost unite în Regatul Croația-Slavonia. În urma destrămării Austro-Ungariei după înfrângerea sa în Primul Război Mondial, Parlamentul croat și-a declarat independența la 29 octombrie 1918 și a decis să se alăture noului Stat al slovenilor, croaților și sârbilor, punând capăt dominației habsburgice și uniunii personale cu Ungaria după 816 de ani. Prin Tratatul de la Trianon, Ungaria a pierdut județul Međimurje și partea sudică a Baranyi în favoarea Croației. De la cel de-al doilea război mondial, relațiile dintre două state au fost definite de cooperarea cu naziștii, sovieticii și Iugoslavia până la revoluțiile din 1989 și destrămarea Iugoslaviei. Ungaria a recunoscut independența Croației împreună cu restul Comunității Economice Europene în 1992 și a sprijinit Croația în timpul războiului de independență croat.