La 1 octombrie 2003, trei organizații au fost fuzionate pentru a forma noua JAXA: Institutul Japonez de Științe Spațiale și Astronautice (ISAS), Laboratorul Național Aerospațial al Japoniei (NAL) și Agenția Națională de Dezvoltare Spațială a Japoniei (NASDA). JAXA a fost formată ca o instituție administrativă independentă administrată de Ministerul Educației, Culturii, Sportului, Științei și Tehnologiei (MEXT) și Ministerul Afacerilor Interne și Comunicațiilor (MIC). Înainte de fuziune, ISAS era responsabil pentru cercetarea spațială și planetară, în timp ce NAL se concentra pe cercetarea aviației. NASDA, care a fost fondată la 1 octombrie 1969, a dezvoltat rachete, sateliți și a construit și vechiul Modul Experimental Japonez. Sediul NASDA era situat la locul actual al Centrului Spațial Tanegashima, pe insula Tanegashima, la 115 kilometri sud de Kyūshū Kyūshū
1 octombrie 2003