Patterson şi-a condus brigada la Williamsburg şi
Seven Pines, dar în timpul ultimei bătălii, a trebuit să renunţe la comandă din cauza bolii, aparent febră tifoidă. El a luat concediu pe 7 iunie și astfel a ratat complet Bătăliile de Șapte Zile. În iulie, el a fost suficient de bine pentru a-și asuma sarcinile administrative la sediul armatei. Patterson nu s-a întors la comanda de teren până în lunile toamnei, când a reluat comanda vechii sale brigade, acum în divizia lui Daniel Sickles. Cu toate acestea, el a continuat să fie afectat de probleme de sănătate.