Potrivit unor surse, Mohéli a revenit la controlul guvernului în 1998. În 1999, Anjouan a avut conflicte interne și la 1 august al acelui an, primul președinte de 80 de ani, Foundi Abdallah Ibrahim a demisionat, transferând puterea unui coordonator național, Abe Said. Guvernul a fost răsturnat într-o lovitură de stat de către armata și ofițerii marinei la 9 august 2001. Mohamed Bajou a urcat curând la conducerea junta care a preluat și până la sfârșitul lunii 1999 a fost liderul țării. În ciuda a două încercări de a restabili controlul asupra insulelor rebele prin forță, în prezent Uniunea Africană este intermediar negocieri pentru a efectua o reconciliere.
În 1997