Scrieți o continuare pentru acest paragraf - În urma invaziei germano-sovietice comune a Poloniei, care a început al doilea război mondial în septembrie 1939, Augustów a fost ocupat
Uniunea Sovietică până în 1941. Mulți locuitori au fost trimiși în exil în Kazahstan, de unde unii au reușit să se întoarcă după 6 ani. La 22 iunie 1941, chiar înainte ca germanii să captureze orașul, sovieticii au ucis în jur de 30-34 de prizonieri polonezi în Augustów ca parte a masacrelor prizonierilor NKVD. Forțele germane naziste au ocupat Augustów până în 1944 și au operat un lagăr de muncă forțată în oraș. Al Doilea Război Mondial a adus distrugerea a aproximativ 70% din oraș și moartea sau plecarea majorității locuitorilor săi, printre care o comunitate de câteva mii de evrei care au fost închiși în ghetoul situat între canal și râu. Germanii i-au executat practic pe toţi înainte să plece. În 1945, sovieticii au condus o raadă în apropiere de Augustów - o operațiune specială împotriva foștilor luptători anticomuniști Armia Krajowa.