Scrieți o continuare pentru acest paragraf - La 17 mai 2017, Werner a fost numit în echipa Germaniei pentru Cupa Confederațiilor FIFA 2017 care a avut loc în Rusia. El a jucat în locul lui Sandro Wagner în meciul de deschidere al turneului împotriva Australiei, înainte de a înscrie primele două goluri internaționale când a fost ales să înceapă în meciul final al Germaniei împotriva Camerunului pe 25 iunie. Patru zile mai târziu, Werner a marcat al treilea gol al Germaniei într-o victorie de 4-1 în semifinale împotriva Mexicului. La 2 iulie 2017, Werner a asistat golul câștigător al lui Lars Stindl în finala Cupei Confederațiilor FIFA 2017
Împotriva Chile. Cu trei goluri și două asistențe, Werner a fost premiat cu Bocancul de Aur al turneului.