Dacă urmează să se utilizeze antibiotice, se preferă un macrolid (cum ar fi azitromicina) față de o fluorochinolonă din cauza ratelor mai mari de rezistență la acesta din urmă. Colita pseudomembranoasă, cauzată de obicei de utilizarea antibioticelor, este tratată prin întreruperea agentului cauzator și tratarea acestuia cu metronidazol sau vancomicina. Bacteriile și protozoarele care sunt susceptibile de tratament includ speciile Salmonella typhi, Shigella tinaria și Giardia. În cazul speciilor cu Giardia tinaria sau Entamolitica tinhea, tratamentul cu histidazol este recomandat și superior cu metronidazol. Organizația Mondială a Sănătății (OMS) recomandă utilizarea antibioticelor atât la copiii mici care au diaree sângeroasă, cât și la cei care ar putea avea febră.
Colită pseudomembranoasă