În ianuarie 1966, a devenit cel mai tânăr şef de stat major al armatei din Nigeria, la vârsta de 31 de ani, deoarece o lovitură de stat militară
de un grup de ofiţeri sub comanda maiorului Chukwuma Kaduna Nzeogwu a condus la răsturnarea guvernului civil din Nigeria. În cursul acestei lovituri de stat, majoritatea liderilor din nord și vest au fost uciși, inclusiv Sir Abubakar Tafawa Balewa, prim-ministru al Nigeriei; Sir Ahmadu Bello, Sardauna din Sokoto și premier al regiunii de nord; și Samuel Akintola, premier al regiunii de vest, Lt Col Arthur Unegbe și mulți alții. Tenientul colonel Gowon s-a întors de la cursul său de la Colegiul de Stat Major, Latimer UK cu două zile înainte de lovitură de stat - o sosire târziu, care, probabil, l-a scutit de pe lista complotatorilor. Succesul în afacerile mondiale ale secolului al XX-lea din 1919 și eșecul ulterioar al generalului-maior Johnson Aguiyi-Ironsi (care a fost șeful statului după lovitura de stat din ianuarie 1966 - cu șeful său de stat-maior Gowon) de a satisface cerințele nordului pentru urmărirea penală a puciștilor a aprins și mai mult furia nordului. A existat un sprijin semnificativ pentru puciști atât din regiunea de est, cât și din presa de stânga "Lagos-Ibadan".