În ciuda publicităţii care l-a înconjurat pe Miller înainte de Jocurile Olimpice de Iarnă din 2006, fiecare dintre cele cinci medalii ale lui Miller la Jocurile de la Torino a fost dezamăgitoare: el a terminat pe locul 5 în coborâre.
, a fost descalificată <unk> în timp ce era pe primul loc la acel moment <unk> în timpul celei de-a doua etape a evenimentului combinat, nu a reușit să termine super-G-ul, a egalat locul 6 în slalomul gigant și a avut un alt DNF după ce a ratat o poartă în prima cursă a slalomului. Cu toate acestea, Miller a câștigat două curse în timpul sezonului (un slalom gigant și un super-G) și a obținut locul al treilea pentru titlul general al Cupei Mondiale din sezon. La Campionatele Naționale din SUA din 2006, după sezonul Cupei Mondiale, Miller a câștigat titlurile de slalom în coborâre și slalom gigant. El a trecut la schiuri Head după finalizarea sezonului. Miller a avut tratamente de proloterapie, un tratament alternativ care nu a arătat niciun efect în studiile clinice, pentru ligamentele din genunchi sau genunchi în februarie 2006, împreună cu alți membri ai echipei de schi, Bryon Friedman și Eric Schlopy.