În plus față de munca sa cu UNICEF, Messi și-a fondat propria organizație caritabilă, Fundația Leo Messi, care sprijină accesul la asistență medicală, educație și sport pentru copii. A fost înființată în 2007 în urma unei vizite pe care Messi a efectuat-o la un spital pentru copii bolnavi terminali din Boston, o experiență care a rezonat cu el până la punctul în care a decis să reinvestească o parte din câștigurile sale în societate. Prin intermediul fundației sale, Messi a acordat granturi de cercetare, a finanțat formarea medicală și a investit în dezvoltarea de centre și proiecte medicale în Argentina, Spania și în alte părți ale lumii.
Fundația Leo Messi