Unul dintre domeniile de interes ale lui Dyukov este istoria represiunii sovietice, mai ales în statele baltice și Ucraina, iar mai recent, el a scris un articol controversat care minimalizează masacrele de la Kurapaty în Belarus. În timp ce Dyukov folosește arhive deschise, cum ar fi din Arhiva de Stat a Federației Ruse (GARF) și Arhiva de Stat Rusă de Istorie Contemporană (RGANI), el citează și arhivele FSB, la care accesul cercetătorilor este limitat. Acestea sunt arhivele FSB pe care Dyukov le folosește, de exemplu, pentru a susține în ultima sa carte, "Mitul genocidului", că amintirea Estoniei despre represiile sovietice, inclusiv deportările, este exagerată. În ceea ce priveşte deportările din iunie 1941
, care a avut loc înainte de invazia germană din 22 iunie 1941, Dyukov susține că estonienii deportați au fost în mare parte colaboratori germani sau au fost legați de ei.