Nuclezele care hidrolizează nucleotidele de la capetele firelor de ADN se numesc exonuclease, în timp ce endonucleazele se taie în cadrul firelor. Nuclezele cel mai frecvent utilizate în biologia moleculară sunt endonucleazele de restricție, care taie ADN-ul în secvențe specifice. De exemplu, enzima EcoRV prezentată în stânga recunoaște secvența cu 6 baze 5′-GATC-3′ și face o tăietură pe linia orizontală. În natură, aceste enzime protejează bacteriile împotriva infecției de fagoți prin digerarea modificării ADN-ului de fagoți atunci când intră în celula bacteriană, ca parte a sistemului de restricție. În tehnologia de secvențiere, aceste nuclease specifice sunt utilizate în clonarea moleculară și clonarea amprentelor ADN-ului Întrebare: Ce face enzima EcoRV?
Secvența cu 6 baze 5′-GATATC-3