Când forţele israeliene, susţinute de avioane de vânătoare britanice şi franceze,
Forțele egiptene din Peninsula Sinai și Canalul Suez, care au fost naționalizate de Nasser în 1956, comandantul forțelor armate egiptene, Abdel Hakim Amer, a intrat în panică și a sugerat predarea. Nasser a refuzat și l-a pus pe Boghdadi responsabil cu organizarea rezistenței egiptene de-a lungul canalului. După Războiul de la Suez, a fost numit administrator general pentru reconstrucția zonei canalului și, potrivit autorului Said Aburish, "a avut o performanță admirabilă". El a fost, de asemenea, făcut ministru al comunicațiilor și, împreună cu Zakaria Mohieddine și Amer, a fost plasat într-un comitet care va selecta candidații noii Adunări Naționale cu 350 de membri. Boghdadi a fost ales ca președinte al primei Adunări Naționale.