Scrie o continuare pentru acest paragraf - Yegipko s-a întors în URSS în august 1938, ocupând postul de comandant al Brigăzii Submarine a Flotei Mării Negre. El a deținut această poziție până în decembrie 1939, când a devenit comandantul brigăzii de submarine a Flotei Baltice. El a deținut această funcție în timpul războiului sovieto-finlandez, plecând în mai 1940 pentru a-și relua studiile la Academia Navală. A absolvit în aprilie 1941, fiind promovat pe 26 aprilie la gradul de căpitan de gradul 1. Din acea lună până în septembrie a fost comandantul Brigăzii Submarine 1 a Flotei Baltice. Yegipko a luat parte la operațiunile militare după invazia germană a Uniunii Sovietice în iunie 1941. În timpul evacuării sovietice din Tallinn
În august 1941, submarinul său, "S-5", a lovit o mină, iar Yegipko a fost aruncat din turnul de comandă în apă. El a fost salvat, puternic zdruncinat, de un alt vas. Din septembrie până în octombrie 1941 a fost la dispoziția Consiliului Militar al Flotei Baltice, înainte de numirea sa ca atașat naval la ambasada sovietică din Regatul Unit. În calitate de atașat naval, Yegipko a acționat adesea ca observator pe navele de război britanice și a navigat la bordul navelor britanice în misiuni de convoaie arctice.