În 1918, Jinnah s-a căsătorit cu a doua sa soție, Rattanbai Petit ("Ruttie"), cu 24 de ani mai tânără decât el. Ea a fost fiica tânără și la modă a prietenului său, Sir Dinshaw Petit, și făcea parte dintr-o familie Parsi de elită din Bombay. A existat o mare opoziție față de căsătorie din partea familiei lui Rattanbai și a comunității Parsi, precum și din partea unor lideri religioși musulmani. Rattanbai și-a sfidat familia și s-a convertit nominal la islam, adoptând (deși nu a folosit niciodată) numele Maryam Jinnah, rezultând într-o înstrăinare permanentă de familia ei și societatea Parsi. Cuplul a locuit la South Court Mansion din Bombay și a călătorit frecvent în India și Europa. Singurul copil al cuplului, fiica Dina, s-a născut la 15 august 1919.
Familia lui Rattanbai