O mare parte din Franța catolică, organizată în Liga Catolică, a refuzat să recunoască un monarh protestant și în schimb a recunoscut unchiul lui Henric al IV-lea, Charles, cardinalul de Bourbon, ca rege legitim, iar războiul civil a continuat. Henric a obţinut o victorie crucială la Ivry
La 14 martie 1590 și, în urma morții cardinalului în același an, forțele Ligii nu aveau un candidat catolic evident pentru tron și s-au împărțit în diferite facțiuni. Totuşi, fiind protestant, Henric al IV-lea nu a putut să cucerească Parisul, o fortăreaţă catolică, şi nici să-şi înfrângă în mod decisiv duşmanii, acum susţinuţi de spanioli. El s-a convertit din nou la catolicism în 1593 - se spune că a remarcat: "Paris merită o masă" - și a fost încoronat rege retroactiv la 1589 la Catedrala din Chartres pe 27 februarie 1594.