Imediat după ocupaţie, autorităţile sovietice au început sovietizarea rapidă a Lituaniei. Toate terenurile au fost naţionalizate. Pentru a câștiga sprijinul noului regim printre țăranii săraci, fermele mari au fost distribuite proprietarilor mici de terenuri. Cu toate acestea, în pregătirea pentru colectivizarea finală, taxele agricole au fost crescute dramatic, într-o încercare de a falimenta toți fermierii. Naționalizarea băncilor, a întreprinderilor mai mari și a proprietăților imobiliare a dus la întreruperi ale producției care au cauzat deficite masive de bunuri. Litasul lituanian a fost subvalorizat artificial și retras în primăvara anului 1941. Standardele de trai au scăzut. Toate organizaţiile religioase, culturale şi politice au fost interzise, rămânând doar Partidul Comunist din Lituania şi ramura sa de tineret. Se estimează că au fost arestaţi 12.000 de "duşmani ai poporului". În timpul deportării din iunie
Campania din 1941, aproximativ 12.600 de oameni (în majoritate foști ofițeri militari, polițiști, personalități politice, intelectuali și familiile lor) au fost deportați în Gulagi în Siberia în cadrul politicii de eliminare a elitelor naționale. Mulți deportați au murit din cauza condițiilor inumane; 3.600 au fost închiși și peste 1.000 au fost uciși.