În 1940, ca urmare a Pactului Molotov-Ribbentrop, România a fost forţată să cedeze
o parte a teritoriului său către Uniunea Sovietică, inclusiv Chișinău, unde a fost formată RSS Moldova. Noile autorităţi au închis institutul lui Kotsovsky. Institutul a fost redeschis când, după izbucnirea celui de-al Doilea Război Mondial, Chișinău a fost luat de forțele Axei. Kotsovsky și-a continuat activ activitatea științifică în timpul celui de-al Doilea Război Mondial. În acest timp, a publicat lucrările sale în principal în reviste științifice germane și austriece.