Francescoli şi-a încheiat sezonul cu River Plate cu o înfrângere în Cupa Intercontinentală din 1996
finala împotriva echipei italiene Juventus. River Plate a avut șansa să egaleze Boca Juniors cu două titluri de Cupa Intercontinentală, dar în cele din urmă a pierdut față de echipa italiană pentru care a jucat un fan al lui Francescoli. Zinedine Zidane a spus: "Când l-am văzut pe Francescoli jucând, el a fost jucătorul pe care mi-am dorit să fiu. A fost jucătorul pe care l-am văzut şi admirat la Olympique de Marseille, idolul meu când am jucat împotriva lui când eram la Juventus... Enzo e ca un zeu". La sfârșitul anului, Francescoli a decis să iasă din pensionarea internațională pentru a ajuta Uruguayul să se califice pentru Viitoarea Campionată Mondială din Franța.