În 1996, BCF a contractat datorii mari ca urmare a unei dispute juridice cu Tony Doyle, care a demisionat din funcția de președinte al Federației la scurt timp după ce Consiliul său a încercat să-l înlăture. Doyle a fost ales președinte la sfârșitul anului 1995 pe o platformă de creștere a transparenței și a responsabilității în Federație: campania pentru îndepărtarea sa s-a bazat pe afirmațiile că nu și-a declarat rolul de consultant pentru o companie care a vrut să acționeze ca promotor pentru Campionatul Mondial UCI de Ciclism pe pistă din 1996.
În Manchester. În decembrie 1996, raportul auditorilor Consiliului Sportiv al Regatului Unit privind finanțele și managementul Federației a constatat că existau deficiențe grave în procedurile sale de contabilitate și control al finanțelor și potențiale conflicte de interese între membrii consiliului de administrație și companiile de vârf din sectorul ciclismului. Comitetul a fost apoi înlăturat de membrii și înlocuit cu un comitet de gestionare a situațiilor de urgență. Ca urmare a raportului, ministrul Sportului, Iain Sproat, a avertizat că subvențiile Consiliului Sportiv al BCF ar putea fi retrase și că ar putea fi interzis să solicite bani de loterie. Brian Cookson a fost ales președinte imediat după aceea: el a descris situația organizației la momentul respectiv ca fiind "aproape de faliment, 14 000 de membri și căderea, un aur olimpic în 76 de ani și nu prea mult pentru a-și menține echipa.