Flores a convocat o întâlnire între oficialii Cebu din Republica Filipine pe 10 februarie 1899 pentru a discuta despre războiul împotriva forțelor americane. Clímaco a fost desemnat pentru sarcina pregătirii războiului. Pe 21 februarie 1899, când forţele americane au debarcat în Cebu şi au cerut capitularea, Clímaco a sprijinit revolta anti-americană
condus de generalul Arcadio Maxilom şi a călătorit la Samar pentru a aduna arme. Flores, împreună cu Julio Llorente, care mai târziu va fi numit primul guvernator de către americani, a fost de acord să predea provincia.