În anul 1260 Baybars și armata sa mamelucă au distrus biserica în timpul atacului lor asupra Nazaretei. Un număr mic de franciscani au reușit să rămână în Nazaret până la căderea Acrei în 1291. În cele trei secole care au urmat, franciscanii au fost în și din Nazaret, în funcție de situația politică locală, care a fost în continuă schimbare. Relatările franciscane din această perioadă documentează expulzarea lor în 1363, întoarcerea lor în 1468 și un masacru al unora dintre membrii lor în 1542. Familiile creștine locale cu sprijin franciscan au ajutat să aibă grijă de biserică și în această perioadă.
În 1954