La capitularea din York Town în octombrie 1781, Johnson s-a întors acasă şi a rămas şomer până la pace. Ulterior a comandat al 17-lea regiment de infanterie în Nova Scotia și Newfoundland. La începutul războiului cu Franţa
a fost numit inspector general de recrutare pentru instituția engleză din Irlanda și a deținut această funcție până în 1798. În timpul rebeliunii din acel an, a fost detașat cu trei mii de oameni pentru a ocupa New Ross și a învins rebelii când au atacat locul pe 5 iunie 1798. A fost cea mai grea lupta din timpul rebeliunii. Lordul Cornwallis a avut o opinie indiferentă despre Johnson și a scris despre el ca fiind "un cap prost".