După ce s-a întors în Canada, Martin s-a căsătorit cu Ellen Hill, sau "Karakwineh" (care înseamnă "soare în mișcare"). De asemenea, s-a înscris la Școala de Medicină din Toronto în 1863. A absolvit B.M. în 1865 și M.D. în 1866. În 1866, a servit în Queen's Own Rifles în timpul bătăliei de la Ridgeway, unul dintre conflictele armate ale raidurilor Fenian
din SUA în acel an.