Când Gates l-a trimis la Congres cu mesaje oficiale despre victoria în bătălia de la Saratoga în 1777, Wilkinson a păstrat
Congresul Continental aşteaptă în timp ce el se ocupă de treburi personale. Când a apărut în cele din urmă, și-a înfrumusețat propriul rol în victorie și a fost brevetat ca general de brigadă (în ciuda faptului că avea doar 20 de ani la acea vreme) la 6 noiembrie 1777 și numit în noul Comitet de Război. Promovarea în fața unor coloneli mai în vârstă a cauzat o agitație în rândul ofițerilor continentali, mai ales că bârfele lui Wilkinson păreau să indice că a fost un participant la Cabala Conway, o conspirație pentru a-l înlocui pe George Washington cu Horatio Gates ca comandant-șef al Armatei Continentale. Gates s-a săturat curând de Wilkinson, iar tânărul ofițer a fost obligat să demisioneze în martie 1778. La 29 iulie 1779, Congresul l-a numit clothier-general al armatei, dar a demisionat la 27 martie 1781, din cauza "lipsei sale de aptitudine pentru funcție".