Încă hotărât să o detroneze pe Cleopatra a VII-a, Ptolemeu al XIII-lea s-a aliat cu Arsinoe al IV-lea. Împreună, ei au organizat facţiunile armatei loiale lor împotriva celor loiale lui Cleopatra al VII-lea şi a unei părţi relativ mici a armatei sale care îl însoţise pe Cezar în Egipt. Bătălia dintre facțiunile aflate în război a avut loc la mijlocul lunii decembrie a anului 48 î.Hr. în interiorul Alexandriei însăși (Asediul Alexandriei (47 î.Hr.)
), care a suferit daune grave. În jurul acestei perioade, a avut loc incendiul Bibliotecii din Alexandria.