Scrii o continuare pentru acest paragraf - Klein a fost numit general de divizie în 1799 şi a traversat Rinul la Kehl în Armata Dunării a lui Jean-Baptiste Jourdans. El a comandat flancul drept al Gărzii Avansate, sub comanda lui François Joseph Lefebvre. Comandamentul său a inclus Regimentele 4 și 5 Husari, Regimentele 17 Dragoane, Regimentele 1 "Chasseurs à cheval", un regiment de cai ușori, două companii de artilerie de cai, două de artilerie de pietre și o companie de șaperi. La bătălia de la Ostrach
, cavaleria lui Klein a ajutat la securizarea satului Hosskirch, un important punct strategic, înainte de angajamentul general. După pierderile franceze de la Ostrach și bătălia ulterioară de la Stockach, Jourdan a ordonat o retragere generală în Pădurea Neagră. Cavaleria de rezervă și cea mai mare parte a diviziei lui Klein au traversat munții și s-au stabilit lângă Offenburg, unde caii lor puteau găsi furaje mai bune. În ciuda retragerii organizate şi a poziţiilor relativ sigure de pe partea de vest a Pădurii Negre, armata era în ruină. Jourdan l-a numit pe șeful său de stat major, Jean Augustin Ernouf, comandant provizoriu și s-a dus la Paris pentru a se plânge de starea armatei sale, a echipamentului și a proviziilor. Disciplina în rânduri s-a dezintegrat. Majoritatea generalilor de divizie și-au părăsit posturile, cu excepția lui Pierre Marie Barthélemy Ferino, Joseph Souham, Dominique Vandamme și Klein. În mai, Andre Massena a primit comanda generală atât a Armatei Dunării, cât și a Armatei Helvetiei; coloana lui Klein s-a alăturat lui Massena lângă Zürich.