Scrie o continuare pentru acest paragraf - Rebane a servit ca ofițer în armata estonă până când trupele sovietice au ocupat țara în 1940. Sovieticii au dizolvat și absorbit cea mai mare parte a forțelor armate estoniene și au arestat și executat întregul comandament superior estonian. Mulți ofițeri juniori, cum ar fi Rebane, au fost concediați din cauza lipsei lor de "fiabilitate politică" și au fost expuși la deportare. Pentru o vreme, Rebane a lucrat în construcţii, apoi a fugit în pădure când sovieticii au început deportările în masă.
În 1941. El a înființat și a condus o unitate anti-sovietică a Frăților Pădurii în Virumaa (Estonia de Nord) în mai 1941.