În anii 1580, conflictul din Țările de Jos a atras Anglia în război cu Spania, creând o amenințare suplimentară pentru navigația spaniolă. Efortul de a neutraliza această amenințare a dus la o încercare dezastruoasă de a invada Anglia în 1588.
În anul următor a reuşit să restabilească echilibrul dintre belligerante. Înfrângerea din 1588 a dus la o reformă a operațiunilor flotei. Marina în acest moment nu era o operațiune unică, ci era formată din mai multe flote, alcătuite în principal din nave comerciale înarmate, escortate de navele regale. Fiascoul Armada a marcat un punct de cotitură în războiul naval, unde artileria era acum mai importantă decât lovirea și îmbarcarea și astfel navele spaniole au fost echipate cu tunuri navale construite special. În anii 1590, expansiunea acestor flote a permis o creștere mare a comerțului cu alte țări și o creștere masivă a importului de obiecte de lux și argint. Cu toate acestea, apărarea insuficientă a portului a permis unei forțe anglo-olandeze să atace Cádiz în 1596 și, deși nu a reușit în obiectivul său de a captura argintul din convoiul care tocmai se întorcea, a fost capabil să provoace mari daune orașului. Apărarea portului din Cadiz a fost îmbunătățită și toate încercările de a repeta atacul în secolele următoare au eșuat.