După recuperare, d'Hautpoul a primit comanda cavaleriei grele a Armatei Sambre-et-Meuse sub comanda generalului Paul Grenier. După Neuwied, a fost transferat în Armata Angliei sub comanda lui Lazare Hoche. Când directoratul francez a abandonat ideea unei invazii în Anglia, a fost din nou desfășurat pe frontul german, de data aceasta ca parte a Armatei Dunării. După înfrângerea franceză în bătălia de la Ostrach
, rezerva sa de cavalerie a protejat retragerea franceză de la Pfullendorf. Câteva zile mai târziu, după ce nu a reușit să conducă o încărcătură la timp la bătălia de la Stockach, a fost suspendat la ordinul comandantului armatei, Jean-Baptiste Jourdan, care a dat vina pe d'Hautpoul pentru înfrângere. Achitat de o curte marțială de la Strasbourg, d'Hautpoul și-a reluat atribuțiile la sfârșitul lunii iulie 1799, după ce a ratat acțiunile critice din prima bătălie de la Zurich.