La mijlocul secolului al V-lea, pe măsură ce Imperiul Roman de Vest a început să se prăbușească, Tracia a scăpat de sub autoritatea Romei și a căzut în mâinile conducătorilor tribali germanici. Odată cu căderea Imperiului Roman de Vest, Tracia s-a transformat într-un câmp de luptă pentru cea mai mare parte a următorilor 1.000 de ani. Partea de est a Imperiului Roman din Balcani, mai târziu cunoscută sub numele de Imperiul Bizantin, a păstrat controlul asupra Traciei până în secolul al VII-lea, când jumătatea de nord a întregii regiuni a fost încorporată în Primul Imperiu Bulgar, iar restul a fost reorganizat în tema traciei. Imperiul a recâştigat
regiunile pierdute la sfârșitul secolului al X-lea până când bulgarii au recâștigat controlul asupra jumătății nordice la sfârșitul secolului al XII-lea. De-a lungul secolului al XIII-lea și a primei jumătăți a secolului al XIV-lea, regiunea s-a schimbat în mâinile Bulgariei și Imperiului Bizantin (cu excepția Constantinopolului). În 1265, zona a suferit un raid mongol din partea Ordei de Aur, condusă de Nogai Khan, iar între 1305 și 1307 a fost atacată de compania catalană.