Fischer s-a născut în Höchst on Main, acum un cartier din orașul Frankfurt. Părinții săi au fost Dr. Eugen Fischer, director al firmei Kalle & Co, Wiesbaden, și Privatdozent la Liceul Tehnic din Stuttgart, și Anna Herdegen. El a mers la o școală primară în Stuttgart, și mai târziu la "Humanistisches Gymnasium" din Wiesbaden, matriculat în 1899.
Universitatea din Lausanne şi apoi la Marburg