Louis Bonaparte l-a numit pe Janssens secretar general al Departamentului de Război la întoarcerea sa. El a deținut o serie de funcții administrative de rang înalt în regat până la abdicarea lui Ludovic Napoleon și anexarea Olandei de către Franța în 1810. La 11 noiembrie 1810, a fost numit guvernator general al teritoriului cunoscut, înainte de anexare, ca Indiile Orientale Olandeze, înlocuind Herman Willem Daendels. El a sosit în Batavia, Java, la 15 mai 1811 și s-a implicat imediat în eforturile de a întări apărarea coloniei. Java a beneficiat de o cantitate mai mare de trupe olandeze și franceze, precum și de o apărare mai bună, în comparație cu Colonia Capului. Cu toate acestea,
Flota britanică de invazie a sosit la scurt timp după aceea, pe 30 iulie, condusă de Sir Samuel Auchmuty.