Pe 3 februarie 2008, în timpul unei bătălii între forţele guvernamentale şi rebelii
În N'Djamena, Saleh a fost arestat de militari neidentificați, probabil gărzi prezidențiale, potrivit PLD. Mai mult de o săptămână mai târziu, nici o informație nu a fost publicată despre arestare sau despre locul în care Saleh a fost reținut. Unul dintre verii lui Saleh și-a exprimat îngrijorarea cu privire la faptul că Saleh a fost foarte bolnav de ceva timp, sperând ca medicamentele, alimentele și hainele să poată fi aduse la el oriunde ar fi fost reținut. Pe 27 februarie, în timp ce încă nu existau informații despre locul unde se afla sau starea lui Saleh, soția sa s-a întâlnit cu Carla Bruni, soția președintelui francez în vizită, Nicolas Sarkozy. Președintele Sarkozy i-a cerut omologului său Idriss Déby să se întâlnească și cu ea, dar pe 28 februarie ea a refuzat în cele din urmă să se întâlnească cu Déby.