A devenit asistentul antrenorului echipei naţionale a SUA, Bob Bradley. Nowak a fost, de asemenea, antrenor-șef al echipei naționale U-23, avansând la Jocurile Olimpice din 2008 de la Beijing. Împreună cu Bradley, au antrenat peste 70 de jucători și au orchestrat campionatul SUA la titlul Cupei de Aur CONCACAF 2007.
şi Cupa Mandela. La 28 mai 2009, Nowak a demisionat din poziția sa cu echipa națională masculină a SUA.