În 1929, Khomeini s-a căsătorit cu Khadijeh Saqafi, fiica în vârstă de 16 ani a unui cleric din Teheran. Din toate punctele de vedere, căsătoria lor a fost armonioasă și fericită. Ea a murit în 2009. Au avut șapte copii, deși doar cinci au supraviețuit copilăriei. Fetele sale s-au căsătorit în familii de negustori sau clerici, iar ambii fii ai săi au intrat în viața religioasă.
Khadijeh Saqafi