Negocierile de pace cu Austria nu au dus nicăieri în primăvara anului 1799, iar Directoratul a decis să lanseze o nouă ofensivă în Germania, dar sosirea unei armate rusești sub conducerea lui Alexander Suvorov și a forțelor austriece proaspete sub conducerea Arhiducelui Carol au schimbat pentru o vreme echilibrul de putere. Armata Dunării a lui Jourdan a traversat Rinul la 6 martie, dar a fost înfrântă de către Arhiducele Carol, mai întâi în bătălia de la Ostrach
şi apoi la bătălia de la Stockach pe 25 martie 1799. Armata lui Jourdan s-a retras în timp ce Jourdan însuși s-a întors la Paris pentru a cere mai mulți soldați.