În urma dizolvării Societății lui Isus în 1773, universitatea a fost preluată de ordinul didactic Piarist, care a fost responsabil pentru îmbunătățirea educației de modernizare: Facultatea de Drept a fost înființată în 1774, iar Facultatea de Medicină a urmat în 1775. Aceste facultăți erau alcătuite din mai multe departamente. Regele Iosif al II-lea a retrogradat universitatea la un "Colegiu Regal al Academiei" în 1784, ceea ce a împiedicat progresul său ulterior. Cu toate acestea, instituţia a devenit cel mai mare colegiu din Transilvania. Facultatea de Teologie a fost închisă în 1786, iar celelalte facultăți au oferit o gamă largă de educație, inclusiv economie și științe. După Revoluția Civică și Războiul de Independență din 1848-1849
În 1863, Facultatea de Arte și Facultatea de Drept au fost închise, iar aceasta din urmă a funcționat ca o academie independentă începând cu 1863.