După război, Corpul Marinei a căzut într-o stare de rău care s-a încheiat cu numirea lui Archibald Henderson ca al cincilea comandant în 1820. Sub mandatul său, Corpul a preluat sarcini de expediție în Caraibe, Golful Mexicului, Key West, Africa de Vest, Insulele Falkland și Sumatra. Comandantului Henderson i se atribuie împiedicarea încercărilor președintelui Jackson de a combina și integra Corpul Marinei cu Armata. În schimb, Congresul a adoptat Legea pentru organizarea mai bună a Corpului Marinei în 1834, stipularea că Corpul făcea parte din Departamentul Marinei ca o soră a serviciului Marinei. Aceasta ar fi prima din multele ori independente în care existența Corpului a fost contestată.
Corpul de Marină