Pe 9 februarie 1995, Desjardins a fost tranzacționat la Philadelphia Flyers împreună cu John LeClair și Gilbert Dionne în schimbul lui Mark Recchi și a unei alegeri din runda a 3-a în 1995 NHL Entry Draft
(Martin Hohenberger) El a fost adus pentru a consolida apărarea Flyers și că el a făcut ca el a câștigat primul din ceea ce ar fi șapte Barry Ashbee Trofee, un premiu acordat anual la Flyers top blueliner. El a jucat restul carierei sale cu Flyers, obținând două selecții All-Star pentru echipa a doua a NHL (1999, 2000) și două apariții în All-Star Game (1996, 2000). Cele 396 de puncte ale lui cu Flyers sunt pe locul al doilea printre apărători, după cele 480 ale lui Mark Howe în istoria echipei. În timpul sezonului 1999-2000, Desjardins a devenit căpitanul Flyers după ce Eric Lindros a fost deposedat de căpitan pentru plângerile sale cu privire la personalul medical al Flyers.