Cu această experienţă şi o serie impresionantă de formă pentru Ulster în Liga Celtică, el a făcut panelul de 22 de persoane pentru Irlanda 2006 Six Nations
în meciul de deschidere împotriva Italiei, şi a reuşit să înscrie o încercare în acel meci. După prima repriză slabă a Irlandei împotriva Franței în meciul următor de campionat, Bowe a fost eliminat din echipă, provocând acuzații că a fost făcut cap scapătoare de șeful Irlandei, Eddie O'Sullivan.