Tânărul rege Sebastian I ardea de zel să meargă în Maroc și să oprească înaintarea armatelor sprijinite de turci, o întreprindere care promitea mai mult pământ și venituri în Africa de Nord pentru nobili (poate că au crezut că acest lucru le-ar permite să-și mențină supremația economică asupra comercianților), dar burghezia mercantilă a sprijinit, de asemenea, efortul, deoarece ar fi beneficiat comerțul portughez din Africa de Nord. Sebastian a folosit o mare parte din bogăţiile imperiale ale Portugaliei pentru a echipa o flotă mare şi a aduna o armată. El și floarea nobilimii portugheze au fost uciși în dezastrul militar al bătăliei de la Alcácer Quibir în 1578, moartea sa declanșând o criză de succesiune, în care principalii pretendenti la tron au fost Filip al II-lea al Spaniei și António, Prior de Crato. Restul nobililor portughezi și clerul înalt s-au adunat încă o dată în brațele omologilor lor de aceeași părere, castilienii, și l-au sprijinit pe Filip, un nepot matern al lui Manuel I al Portugaliei. Filip a trimis o armată de 40.000 de oameni sub comanda ducelui de Alba pentru a invada Portugalia. Au învins trupele lui António în bătălia de la Alcântara.
iar Filip a fost încoronat ca Filip I al Portugaliei în 1581. Astfel, el a îndeplinit cel puțin parțial ambiția tatălui său, regele Habsburg Carlos I al Spaniei (de asemenea, Carol al V-lea al Sfântului Imperiu Roman), care a fost citat faimos de Friar Nicolau de Oliveira: "Se eu fora Rei de Lisboa eu o fora em pouco tempo de todo o mundo" ("Dacă aș fi rege al Lisabonei, aș domni în curând peste toată lumea"). Uniunea dintre Portugalia și Spania a durat șaizeci de ani (1580-1640).