Multe clasificări mai recente încearcă să prezinte grupuri monofiletice bazate pe informații morfologice (în special ultrastructurare), biochimice (chemotaxonomie) și de secvență a ADN-ului (cercetare moleculară). Cu toate acestea, există uneori discordanțe între investigațiile moleculare și morfologice; acestea pot fi clasificate în două tipuri: (i) o morfologie, multiple linii (de exemplu, convergență morfologică, specii criptice) și (ii) o linie, multiple morfologii (de exemplu, plasticitate fenotipică, etape multiple ale ciclului de viață). Deoarece protofiletele ca întreg sunt sisteme parafiletice, este adesea mai ușor să se excludă sau să se despartă regatul, în loc să trateze grupurile monofiletice ca linii eucotice separate.
nu monofiletică