După ce și-a obținut titlul de doctor în drept în 1973 de la Facultatea de Drept a Universității din Virginia, Mueller a lucrat ca litigator la firma de avocatură Pillsbury, Madison and Sutro din San Francisco până în 1976. Apoi a lucrat timp de 12 ani în birourile Procurorului General al Statelor Unite din San Francisco, unde a devenit șef al diviziei penale, iar în 1982, s-a mutat la Boston pentru a lucra în biroul Procurorului General al Statelor Unite pentru Massachusetts ca asistent al Procurorului General al Statelor Unite, unde a investigat și a urmărit cazuri majore de fraudă financiară, terorism și corupție publică, precum și cazuri de conspirații narcotice și de spălare de bani în cadrul comerțului internațional. După ce a lucrat ca partener la firma de avocatură din Boston și Barlow Hill, Mueller a lucrat ca litigator la guvernul din San Francisco până în 1976.
Facultatea de Drept a Universității din Virginia