El şi colegii săi civili au fost îndepărtaţi din funcţie în timpul loviturii de stat din 15 ianuarie 1966.
, și el a fost cel mai proeminent politician pentru a evita asasinarea după lovitura de stat. Azikiwe a fost purtător de cuvânt al Biafră și l-a sfătuit pe liderul său, Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu, în timpul războiului din Biafra (1967-1970). El și-a schimbat loialitatea față de Nigeria în timpul războiului și a făcut apel la Ojukwu să pună capăt războiului în pamflete și interviuri. "The New York Times" a spus despre politica sa: "De-a lungul vieții sale, alianța Dr. Azikiwe cu nordicii l-a pus în contradicție cu Obafemi Awolowo, un lider cu tendințe socialiste al Yoruba, celălalt grup important din sudul țării".