La 23 septembrie 1901, când s-a aflat că glonțul a trecut prin stomac, apoi prin colonul transversal, și a dispărut prin peritoneu după ce a pătruns într-un colț al rinichiului stâng. De asemenea, au existat leziuni la glandele suprarenale și pancreas. Mynter, care a participat la autopsie, a declarat mai târziu că crede că glonțul s-a blocat undeva în mușchii spatelui, deși această mărturie este incertă, deoarece nu a fost găsită niciodată. După patru ore, Ida McKinley a cerut ca autopsia să se termine. O mască de moarte a fost luată, iar serviciile private au avut loc în Milburn House înainte ca corpul să fie mutat la Buffalo County Hall și să înceapă cinci zile de doliu național. Corpul lui McKinley a fost dus în principal din Buffalo, apoi prin colonul transversal, și a dispărut prin peritoneu după ce a pătruns într-un colț al rinichiului stâng.
19 septembrie