Confruntându-se cu războiul iminent cu Suedia, guvernul danez a vrut să-l recruteze pe experimentatul şi renumitul Schack pentru o poziţie de conducere în armata daneză. Pentru a satisface cererea lui Schack pentru o poziție permanentă, el a fost numit în 1658 locotenent general, colonel de cavalerie și infanterie și a devenit membru al Consiliului de Război. El a devenit, de asemenea, naturalizat ca nobil danez, primind două conace gratuit pe viață; Riberhus și Møgeltønder (mai târziu Castelul Schackenborg). Ca guvernator militar, Schack a comandat Copenhaga în timpul asediului suedez
din 1659. Pentru apărarea cu succes a orașului, a fost recompensat cu promovarea la gradul de feldmarșal. În toamna aceluiași an, Schack a condus forțele daneze la victoria asupra suedezilor în bătălia de la Nyborg.