În timpul sezonului 2013-14 a jucat în DFL-Supercup 2013 împotriva lui Borussia Dortmund, Supercup UEFA
împotriva lui Chelsea, și două meciuri în Cupa Mondială de Cluburi FIFA; primul împotriva lui Guangzhou Evergrande și al doilea împotriva lui Raja Casablanca. La 2 decembrie 2013, Alaba a semnat un nou contract cu Bayern München, care urma să expire în 2018. La 20 decembrie, Alaba a fost numit fotbalistul austriac al anului pentru al treilea an consecutiv. În ianuarie 2014, Alaba a fost numit pentru prima dată drept fundaș stâng în echipa UEFA a anului 2013.