În octombrie 2001, Khorkina a concurat la Campionatele Mondiale de la Ghent, Belgia. Ea a ajutat echipa rusă să câștige medalia de argint și individual a câștigat finala cu un scor de 37.617. În finala evenimentului, ea s-a clasat pe primul loc la trecere cu 9.412 puncte, pe primul loc la bare neregulate cu 9.437 puncte și pe locul al treilea la podea cu 9.375 puncte. În aprilie 2002, Khorkina a concurat la Campionatul European de la Patras, Grecia. A ajutat Rusia să câștige primul loc în competiția de echipă și individual a câștigat competiția all-around cu un scor de 37.592. În finala evenimentului, ea s-a clasat pe primul loc pe bare neregulate, cu un scor de 9.550, pe locul al doilea pe balanță, cu un scor de 9.262, și pe locul al cincilea pe podea, cu un scor de 9.075. În noiembrie 2002, Khorkina a concurat la Campionatele Mondiale
în Debrecen, Ungaria. Ea s-a plasat pe locul șapte pe bare neregulate, cu un scor de 7.387 și pe locul patru pe balanța cu un scor de 9.462.