Frankl s-a născut în Viena într-o familie de funcționari publici evrei (Beamtenfamilie). Interesul său pentru psihologie a apărut devreme. Pentru examenul final (Matura) la gimnaziu, a scris o lucrare despre psihologia gândirii filozofice. După absolvirea gimnaziului în 1923, a studiat medicina la Universitatea din Viena. În practică, el s-a specializat în neurologie și psihiatrie, concentrându-se pe subiectele depresiei și suicidului.
Evreiesc.