În anul următor, Malhotra a fost numit în echipa națională canadiană sub 20 de ani pentru Campionatul Mondial Junior din 1998, care a avut loc în Finlanda. A fost al doilea cel mai tânăr jucător din echipă, după Vincent Lecavalier. Malhotra a fost inutil în șapte meciuri, în timp ce Canada a fost învinsă în sferturile de finală de Rusia, 2-1. În anul următor, el nu a fost disponibil pentru turneu, deoarece juca în NHL cu Rangers. Cu toate acestea, în 2000
, a fost împrumutat echipei Team Canada de către organizația Rangers, deoarece era încă eligibil ca junior. Ca căpitan al echipei, el a marcat două asistențe în șapte meciuri în turneul, desfășurat în Suedia. Canada a câștigat medalia de bronz, învingând Statele Unite cu 4 la 3.