Cu toate acestea, odată cu începutul Războiului de Treizeci de Ani în 1618, bogăția intelectuală și fiscală a universității a scăzut. În 1622, faimoasa Bibliotheca Palatina (biblioteka universității) a fost furată din Catedrala Universității și dusă la Roma. Eforturile de reconstrucție ulterior au fost înfrânte de trupele regelui Ludovic al XIV-lea, care au distrus-o aproape complet în 1693. Ca o consecință a Counter-Reformării, universitatea creștină protestantă și-a pierdut caracterul și a fost canalizată de către Matthäus Merian.
bogăţia intelectuală şi fiscală a universităţii a scăzut