Scrie o continuare pentru acest paragraf - Cu toate acestea, Lima nu a fost lipsit de pericole. Pe 20 octombrie
şi pe 2 decembrie 1687, cutremure puternice au distrus mare parte din oraş şi din împrejurimi. Epidemiile de boli și lipsa de alimente care au urmat dezastrului au cauzat o reducere a populației la sub 40.000 de persoane până în 1692. O a doua ameninţare a fost prezenţa piraţilor şi a piraţilor în Oceanul Pacific. O expediție navală olandeză condusă de Jacques l'Hermite a atacat portul Callao în 1624, dar a fost respinsă de viceregele Diego Fernández de Córdoba. În anii 1680, pirații englezi au proliferat în apele Pacificului până când au fost îndepărtați de comercianții din Lima în 1690. Ca măsură de precauție, viceregele Melchor de Navarra y Rocafull a construit zidurile orașului Lima între 1684 și 1687.