În 1939, după invazia Poloniei, care a declanșat cel de-al Doilea Război Mondial, Gdańsk Pomerania a fost anexată de Germania nazistă și a fost încorporată în noua provincie Reichsgau Danzig-Prusia de Vest. În timpul ocupației germane
, populația poloneză a fost supusă arestărilor în masă, represiunilor, deportărilor în lagărele de concentrare naziste, expulzărilor și masacrelor. Arestările în masă au vizat în special profesorii și clerul polonezi și au fost efectuate în septembrie și octombrie 1939. 16 preoți au fost uciși la poligonul local, iar alții au fost închiși în Tczew și mai târziu uciși în timpul unor masacre mari de polonezi în pădurea Szpęgawski. La 20 octombrie 1939, 44 de locuitori au fost uciși în pădurea Szpęgawski. Germanii au îndepărtat urmele patrimoniului polonez din catedrală și din seminarie și au jefuit sau au distrus colecțiile istorice poloneze, inclusiv biblioteca și arhiva. "Einsatzkommando 16" a înființat o închisoare pentru activiștii polonezi locali, profesorii și preoții de la seminar, iar victimele au fost ulterior ucise în pădurea Szpęgawski, deportate în lagăre de concentrare sau mutate la închisoarea din Starogard Gdański. În 1940, germanii au operat pentru scurt timp un sub-lagăr al lagărului de concentrare Stutthof în oraș.