În sezonul 2011-12 Connacht s-a calificat pentru prima dată la Heineken Cup. Înainte de primul sezon al lui Connacht în primul nivel al rugby-ului european, echipa a semnat un alt scrum-half, Paul O'Donohoe din Leinster. Murphy a rămas prima alegere a lui Connacht în această poziție, jucând 20 de meciuri în liga 2011/12
, care a fost redenumit "Pro12". Cu toate acestea, în Heineken Cup, Murphy a început doar două din cele șase meciuri ale echipei, intrând ca înlocuitor în alte două.