O apreciere tot mai mare a ameninţării schimbătoare cu care se confruntă Departamentul Marinei în secolul 21, culminând cu terorismul
Bombardarea din Yemen şi atacurile din 11 septembrie 2001 au determinat NCIS să transforme Centrul de Alerta Anti-Terorist în Centrul de Alerta pentru Ameninţări Multiple (MTAC) în 2002.