Scrii o continuare pentru acest paragraf - Kovač a reprezentat Croația la două Cupe Mondiale, 2002 și 2006, și a participat, de asemenea, la două Campionate Europene, 2004
şi 2008. La Cupa Mondială din 2006 a jucat bine în apărare, însă după ce a luat al doilea galben împotriva Japoniei a ratat meciul final de grup împotriva Australiei prin suspendare. Fără Kovač, Croația s-a luptat în apărare cu înlocuitorul său Tomas, care a jucat handball pentru primul gol al Australiei prin lovitură de pedeapsă. Croația a făcut în cele din urmă remiză 2-2 cu Australia, dar a fost eliminată din turneu. Cu Croația, Leverkusen și Bayern, Kovač a fost coechipier cu fratele său mai mare, Niko Kovač. S-a retras din echipa națională în toamna anului 2009, după ce a fost căpitanul echipei după retragerea fratelui său în 2008.