După un an în care a semnat pentru club, Bajrami a debutat în Elfsborg, intrând ca înlocuitor, într-o înfrângere de 4-2 împotriva Nordsjælland într-un meci amical pe 22 ianuarie 2016. O lună mai târziu, pe 27 februarie 2016, a jucat pentru prima dată în sezon, intrând în minutul 73 ca înlocuitor, într-o remiză cu 3 la 3 împotriva lui IFK Värnamo în meciul de la Svenska Cupen. Două luni mai târziu, pe 3 aprilie 2016, Bajrami a jucat pentru prima dată pentru club, începând un meci și jucând 68 de minute înainte de a fi înlocuit, într-o înfrângere cu 2-1 împotriva BK Häcken în meciul de deschidere a sezonului. De când s-a alăturat lui IF Elfsborg, a început să fie implicat în prima echipă într-o serie de meciuri. Bajrami a marcat primul său gol pentru Elfsborg din 2010 și a marcat un alt gol, într-o victorie de 2-1 împotriva Falkenbergs la 1 mai 2016. Cu toate acestea, a fost afectat de leziuni pe tot parcursul sezonului 2016. La sfârșitul sezonului 2016
Bajrami a jucat 19 meciuri și a marcat o singură dată în toate competițiile.