După ocupația sovietică a Lituaniei în iunie 1940, Šliūpas a fost invitat (cel mai probabil prin Mečislovas Gedvilas, care era membru al Societății de cultură etică) la Guvernul Poporului Lituaniei, dar a refuzat. Fostul prim-ministru Antanas Merkys s-a oprit la casa lui Šliūpas din Palanga când a încercat să fugă în străinătate. Spre deosebire de multe publicații periodice lituaniene, "Laisvoji mintis" nu a fost abolită de noul regim comunist, dar Šliūpas a fost înlocuit ca editor de. Investițiile și alte proprietăți ale lui Šliūpas au fost naționalizate, dar noul guvern a făcut o excepție specială, permițându-i să-și păstreze casa din Palanga. În timpul deportării din iunie
, cumnata lui Šliūpas a fost deportată în Siberia și el a primit un avertisment că propria sa familie era pe o listă de deportați.