La scurt timp după independență, o rebeliune larg răspândită în armată și secesiunea mai multor provincii a dus la o criză internă.
- Da, domnule. În august, Lihau s-a întâlnit cu un oficial al ONU la New York, care l-a încurajat să răspândească sprijinul pentru o reconciliere între guvernul central și autoritățile "statului Katanga" rebel. Președintele Joseph Kasa-Vubu l-a demis pe prim-ministrul Patrice Lumumba în septembrie 1960, dar acesta din urmă a refuzat să-și părăsească postul, creând un impas politic. Ca răspuns, colonelul Joseph-Desiré Mobutu a lansat o lovitură de stat și a înlocuit sistemul parlamentar. La 20 septembrie, el a anunțat formarea "Colegiului comisarilor generali", un guvern format din studenți și absolvenți universitari. Lihau a fost numit comisar general al justiției. Colegiul a fost dizolvat la 9 februarie și înlocuit de un nou guvern condus de prim-ministrul Joseph Iléo. Lihau a fost numit Secretar de Stat pentru Justiţie. În acest timp a lucrat frecvent cu consilieri belgieni.