Berger l-a sfătuit şi pe preşedinte în legătură cu atentatul de la Khobar Towers şi răspunsurile la terorism.
atentatele cu bombă la ambasadele americane din Kenya şi Tanzania. În ultimii ani ai administrației Clinton, combaterea terorismului a fost prioritatea supremă a politicii externe; Berger a declarat în interviul său din martie 2005 la Miller Center din UVA, "I-am spus lui Condoleezza Rice în timpul tranziției... că problema numărul unu cu care se va ocupa ca consilier de securitate națională a fost terorismul în general și al-Qaeda în special".