După înlocuirea lui Pellew cu contramiralul William O'Bryen Drury, "Doris" a fost trimisă să servească în Strâmtoarea Malacca, într-o misiune de a obține o relație de lucru cu guvernul spaniol din Filipine. Pentru eforturile sale de succes, i s-a acordat comanda fregatei HMS "Caroline" în 1809 și, în anul următor, i s-a acordat comanda unei escadrile cu care să atace Insulele Molucce cu o comisie liberă. Navigând spre insula bine apărată Banda Neira, Cole a planificat un atac îndrăzneț pe 10 august 1810, trupele sale atacând fortăreața și capturând-o cu succes. În anul următor a preluat un rol principal în planificarea invaziei în Java.
, care a fost finalizat cu succes sub contra-amiralul Robert Stopford. Pentru serviciile sale, el a fost înnobilat în mai 1812, a primit o medalie special creată și a primit un doctorat onorific de la Universitatea din Oxford.