Un raport din 1562 i-a spus în cele din urmă că doar zece castele din nordul regatului ei meritau să fie păstrate; Melbourne nu era unul dintre acestea. Un alt studiu din 1576 a raportat că, deși lucrările de piatră erau în stare bună, cu excepția unui horn și a unei ferestre, lemnele au fost distruse, acoperișul din plumb era plin de găuri, o bucătărie era pe punctul de a se prăbuși, iar altul avea nevoie să-și înlocuiască podeaua. În același an, George Talbot, al 6-lea conte de Shrewsbury, i-a scris reginei pentru a o asigura că castelul era în stare bună, în valoare de 1.000 de lire sterline, și putea fi reparat pentru 100 de lire sterline.
Maria, Regina Scoţiei