Scrie o continuare pentru acest paragraf - Voluntar în Armata Roșie la începutul Războiului Civil Rus, Trubnikov a fost numit pentru prima dată ca ofițer militar pentru orașul său natal. În mai 1919 a fost trimis pe front, comandând un pluton, o companie și apoi un batalion în Regimentul 28 de pușcași din Divizia 7 de pușcași. A luptat pe Frontul de Est împotriva trupelor Armatei Albe ale lui Alexander Kolchak în districtele Votkinsk și Izhevsk, dar în vara regimentul a fost transferat urgent pe Frontul de Sud, unde Anton Denikin avansa spre Moscova. În august a devenit comandant adjunct și apoi comandant al Regimentului 55 de pușcași, de asemenea al Diviziei a 7-a, și a luptat în bătăliile din jurul Oboyan și Sudzha. Din octombrie până în noiembrie a fost implicat în operațiunea Orel-Kursk.
, o victorie sovietică decisivă în care Armata Roșie a recâștigat inițiativa. În timpul războiului polono-sovietic a comandat un regiment și apoi brigăzile 20 și 19 ale Diviziei a 7-a. În toamna anului 1920 a luptat împotriva lui Stanisław Bułak-Bałachowicz lângă Ovruch și apoi împotriva armatei anarhiste a lui Nestor Makhno lângă Zolotonosha.