În timpul bătăliei de la White Oak Swamp în iunie 1862, Lewis a fost lovit în piciorul drept de un fragment de un proiectil de artilerie. Mai târziu a participat la toate bătăliile Regimentului 5 cu excepția Mine Run.
și Antietam până în mai 1864, când brațul său stâng a fost amputat la umăr ca urmare a rănilor suferite în timpul primei zile a bătăliei din Wilderness. A fost apoi transportat la Fredericksburg, și apoi la Buffalo, unde soția sa a avut grijă de el în timpul convalescenței. În septembrie 1864, a fost eliberat cu onoare și s-a alăturat Corpului de rezervă al veteranilor (VRC) ca colonel; în martie 1865, a fost promovat la gradul de general de brigadă.