În 2004, în sudul Sudanului existau doar trei chirurgi, cu trei spitale proprii, iar în unele zone exista doar un medic pentru fiecare 500.000 de persoane. Epidemiologia HIV/SIDA în Sudanul de Sud este slab documentată, dar prevalența este de aproximativ 3,1%. Conform unui studiu din 2013, Sudanul de Sud "are probabil cea mai mare povară de malarie din Africa subsahariană". Sudanul de Sud este una dintre puținele țări în care se mai întâlnește dracunulazis.
Sudanul de Sud