La izbucnirea Războiului Civil, Capehart şi-a părăsit cabinetul medical din Bridgeport şi s-a oferit voluntar în Armata Uniunii. El a fost numit chirurg regimental al Cavaleriei 1 West Virginia pe 18 septembrie 1861. În a doua jumătate a anului 1863, a participat la bătăliile de la Gettysburg, Bristoe Station și Mine Run.
- Da, domnule. După recomandările generalului Judson Kilpatrick și a altora, Capehart a fost făcut colonel și a succedat lui Nathaniel P. Richmond, care a demisionat din cauza problemelor de sănătate, ca comandant al regimentului la 22 februarie 1864.