Louis al XIV-lea a folosit Bastilia ca închisoare pentru membrii clasei superioare ai societății franceze care s-au opus sau l-au supărat, inclusiv, după revocarea Edictului de la Nantes, protestanții francezi. Din 1659 încoace, Bastilia a funcționat în primul rând ca penitenciar de stat; până în 1789, 5.279 de prizonieri au trecut prin porțile sale. Sub Ludovic al XV-lea și al XVI-lea, Bastilia a fost folosită pentru a reține prizonieri din medii mai variate și pentru a sprijini operațiunile poliției pariziene, în special în aplicarea cenzurii guvernului asupra mass-mediei tipărite. Deși deținuții au fost ținuți în condiții relativ bune, critica față de Bastilie a crescut în secolul al XVIII-lea, alimentată de autobiografiile scrise de foști prizonieri. Au fost implementate reforme și numărul de deținuți a fost redus considerabil. În 1789, criza financiară a guvernului regal și formarea Adunării Naționale au dus la creșterea sentimentelor republicane în rândul locuitorilor orașului. La 14 iulie, Bastilia a fost asaltată de o mulțime de revoluționari, în principal locuitori ai faubourg Saint-Antoine care au încercat să comandeze praful de pușcă prețios deținut în interiorul fortăreței. Șapte prizonieri rămași au fost găsiți și eliberați, iar guvernatorul Bastiliei, Bernard-René de Launay, a fost ucis de mulțime. Bastilia a fost demolată la ordinul Comitetului de la Hôtel de Ville. Suvenirele din fortăreață au fost transportate în jurul Franței și expuse ca icoane ale răsturnării despotismului. În secolul următor, situl și moștenirea istorică a Bastiliei au avut un rol important în revoluțiile franceze
, proteste politice și ficțiune populară, și a rămas un simbol important pentru mișcarea republicană franceză.