Completați următoarea frază: În septembrie 1796, Johnston a fost numit aide-de-camp al guvernatorului John Hunter, iar în 1800 a primit gradul de brevet major. În același an, Johnston a fost arestat de locotenentul guvernatorului William Paterson, sub acuzația de "plătire de băuturi alcoolice unui sergent ca parte a salariului său și neascultarea ordinelor". Johnston s-a opus procesului de curte marțială în colonie, iar Hunter l-a trimis în Anglia. Dificultățile de a efectua un proces cu martori în Australia au dus la abandonarea procedurilor, iar Johnston s-a întors în Noua Galie de Sud în 1802. În 1803, Johnston a preluat temporar comanda Corpului New South Wales în timpul bolii lui Paterson și a fost implicat în conflictul dintre rege și armată. În martie 1804 a acţionat cu hotărâre când a comandat armata trimisă împotriva unor
deţinuţi care s-au răzvrătit la Castle Hill. Când Paterson a fost trimis la Port Dalrymple, Johnston a devenit comandant al Corpului New South Wales.