În iunie 1985, Israelul și-a retras majoritatea trupelor din Liban, lăsând o forță israeliană reziduală și o miliție sprijinită de Israel în sudul Libanului ca "zonă de securitate" și tampon împotriva atacurilor asupra teritoriului său nordic. De atunci, IDF a luptat mulți ani împotriva organizației șiite Hezbollah, care a devenit o amenințare tot mai mare pentru Israel. În iulie 1985, inflaţia din Israel, susţinută de o indexare complexă a salariilor, a atins 480% pe an şi a fost cea mai mare din lume. Peres a introdus controlul de urgență al prețurilor și a redus cheltuielile guvernamentale, aducând cu succes inflația sub control. Moneda (cunoscută sub numele de vechiul șekel israelian) a fost înlocuită și redenumită noul șekel israelian la o rată de 1.000 vechi șkalim = 1 șekel nou. În octombrie 1985, Israelul a răspuns la un atac terorist palestinian în Cipru prin bombardarea sediului OEP din Tunis. Creșterea colonizării israeliene și ocupația continuă a Cisiordaniei și a Fâșiei Gaza au dus la prima Intifadă palestiniană
(revoltă) în 1987, care a durat până la acordurile de la Oslo din 1993, în ciuda încercărilor israeliene de a o reprima. Încălcările drepturilor omului de către trupele israeliene au determinat un grup de israelieni să formeze B'Tselem, o organizație dedicată îmbunătățirii conștientizării și respectării cerințelor drepturilor omului în Israel.