În septembrie 2004 Basayev şi-a asumat responsabilitatea pentru asediul şcolii din Beslan.
În care peste 350 de oameni, majoritatea copii, au fost ucişi şi sute au fost răniţi. Guvernul rus a oferit o recompensă de 300 de milioane de ruble (10 milioane de dolari) pentru informații care ar conduce la capturarea sa. Basayev însuși nu a participat la preluarea școlii, dar a susținut că a organizat și finanțat atacul, lăudându-se că întreaga operațiune a costat doar 8.000 de euro. La 17 septembrie 2004, Basayev a emis o declarație în care și-a asumat responsabilitatea pentru asediul școlii, spunând că "Batalionul său de martiri Riyadus-Salihiin" a efectuat acest atac și altele. În mesajul său, Basayev a descris masacrul de la Beslan ca fiind o "tragedie teribilă" și a dat vina pe președintele rus Vladimir Putin.