Heathcote a rămas în Indiile de Vest până în aprilie 1805, când a preluat comanda navei de 36 de tunuri și a navigat înapoi în Marea Britanie escortând un convoi de 101 de nave, apoi a plătit-o. El a fost numit comandant al navei Isle of Wight Sea Fencibles la 21 martie 1807, și a primit următoarea comandă pe mare în februarie 1808, când a preluat nava cu 64 de tunuri. El a făcut două călătorii în India, transportând pe Gore Ouseley și Mirza Abolhassan Khan Ilchi, ambasadorii între Persia și Marea Britanie. Acestea au fost instrumentele în aranjarea cavaleriei lui Heathcote în 1819. Heathcote a navigat apoi către Indiile de Est în iulie 1810 și a servit la capturarea insulei Java
În 1811. Serviciul său aici nu a fost lipsit de controverse, iar la 30 august 1811 a fost judecat de curtea marțială pentru încălcarea articolului 27 din război, pentru neascultarea ordinelor și pentru neglijarea datoriei.