Centeno a jucat primul său meci pentru echipa națională de fotbal a Costa Rica pe 27 septembrie 1995 împotriva Jamaicăi. El a fost un jucător permanent pentru echipă în ultimii treisprezece ani, jucând la Jocurile Pan-Americane desfășurate în Mar del Plata, Argentina, în 1995; turneele Copa América din 1997
, 2001 și 2004; plus Cupa Mondială FIFA în 2002 și 2006. La 1 aprilie 2009, el a depășit recordul de meciuri pentru Costa Rica (deținut atunci de Luis Marín, 124 de meciuri, 5 goluri) ca la 18 noiembrie 2009 are 137 de meciuri și 24 de goluri. El a fost căpitanul echipei naționale de fotbal din Costa Rica pentru ultima parte a calificărilor pentru Cupa Mondială FIFA 2010. Rodrigo Kenton, managerul numit în locul concediatului Hernan Medford, l-a ales pentru a acoperi acest rol important în echipă datorită experienței sale, întăririi și conducerii sale. Centeno și-a jucat ultimul meci cu echipa națională pe 18 noiembrie 2009, unde au egalat 1<unk>1, în care a marcat. Jocul a însemnat că Costa Rica nu va fi în Cupa Mondială 2010. Golul lui Centeno a fost ultimul său gol ca jucător internațional, și a marcat, de asemenea, ultimul gol al etapei de calificare a Cupei Mondiale FIFA 2010.