Werknesh și-a început sezonul 2003 cu o victorie la Antrim International Cross Country și apoi a continuat să ia titlul de cursa lungă feminină la Campionatele Mondiale de Cross Country 2003 IAAF
- Da, domnule. Ea a câștigat medalia de argint la 10.000 m la Jocurile din Africa din 2003, terminând în spatele colegului ei etiopian Ejegayehu Dibaba. Sezonul ei a atins apogeul la Campionatele Mondiale de Atletism din 2003, unde a stabilit un record personal de 10.000 m de 30:07.15 minute pentru a-și asigura poziția de vicecampion în spatele veteranului etiopian Berhane Adere, care a rupt recordul african pentru eveniment. În anul următor, a obținut locul al patrulea în acest eveniment la Jocurile Olimpice de la Atena din 2004. De asemenea, a câștigat medalia de bronz la cursa lungă la Campionatul Mondial de Cross Country IAAF din 2004, precum și a ocupat locul al patrulea în cursa scurtă.