În 1943, Legiunea Belgiană și-a schimbat numele în "Armata Belgiei" ("Armée de Belgique" sau "Leger van België") și ulterior în Armata Secretă ("Armée Secrete" sau "Geheim Leger") în iunie 1944. Între 1943 și 1944, majoritatea ajutorului trimis rezistenței din Belgia ocupată a fost livrat grupului. În schimb, grupul a trebuit să subscrie la planurile strategice ale guvernului pentru a evita confruntarea cu germanii până la scurt timp înainte de eliberarea Belgiei.
Când grupul a fost însărcinat cu furnizarea de ajutor tactic forțelor aliate. Relațiile dintre guvernul belgian și Armata Secretă au rămas tensionate pe tot parcursul războiului, însă niciuna dintre părți nu avea încredere în cealaltă. În februarie 1944, Jules Pire a preluat conducerea grupului și a început restructurarea conducerii grupului și a făcut-o mai coerentă. Ca parte a încercării de a se asemăna cu o armată oficială, grupul a adoptat chiar propria sa formă de uniformă în aprilie 1944 bazată pe salopetele muncitorilor.