În timpul Războiului Civil, portul a fost baza principală pentru confederaţi şi pentru companiile private care au livrat provizii din Anglia. Uniunea a instalat o blocadă pentru a reduce bunurile primite de Sud. Orașul a fost capturat de forțele Uniunii în bătălia de la Wilmington în februarie 1865, aproximativ o lună după căderea Fort Fisher.
a închis portul. Deoarece aproape toate acțiunile militare au avut loc la o anumită distanță de oraș, numeroase case și alte clădiri din perioada de dinaintea războiului au supraviețuit anilor de război.