A fost numit cadet la vârsta de 21 de ani, pe 28 aprilie 1800. Fratele său, Robert Livingston, a servit și el în Marina Statelor Unite ca chirurg pe o fregată în timpul Războiului din 1812. Celălalt frate, Herman, a fost purser pe USS Wasp și USS Peacock. Jonathon Thorn a servit în marină în timpul Războiului de la Tripolita.
, și s-a oferit voluntar să ia parte la expediția periculoasă de a distruge fregata capturată "Philadelphia", care a fost ancorată sub tunurile portului Tripoli apărat. La 16 februarie 1804, locotenentul Stephen Decatur a condus un grup de voluntari în ketchul "Intrepid" în Tripoli și a ars nava americană, astfel încât să nu poată fi folosită de inamic.