La 31 august 2015, Ljajić a semnat pentru Internazionale pe un împrumut pe un sezon, cu Inter plătit Roma 1,75 milioane € și inclusiv o opțiune de a face transferul permanent la sfârșitul sezonului.
pentru 11 milioane de euro. La 1 decembrie 2015, Ljajić a marcat primul său gol la Inter într-o înfrângere cu Napoli, cu 2-1 în deplasare.