În 2000, a fost angajat să antreneze echipa naţională de fotbal a Turciei. Turcia s-a calificat la Cupa Mondială FIFA 2002 și a terminat pe locul al treilea. Güneş a câștigat premiul UEFA pentru antrenorul anului pentru 2002. După Cupa Mondială, a primit multe oferte din Grecia, Brazilia și Spania, dar a vrut să rămână cu Turcia. După ce echipa națională nu a reușit să se califice pentru UEFA Euro 2004
, Güneş a fost concediat ca manager.