Durante a década de 1980, o Juneau completou sete desprazamentos. En abril de 1989, o "Juneau" recibiu ordes de emerxencia para Prince William Sound en apoio ao derrame de petróleo do "Exxon Valdez"
limpar. Foi o primeiro buque da mariña en estación, e asumiu as funcións de mando e control da Forza Tarefa Conxunta de Alaska. Proporcionou atraque, comunicacións, transporte (tanto de superficie como de aire), alimentos, servizos médicos e de lavanderia para máis de catrocentos traballadores civís de limpeza. Foi a anfitriona da visita do vicepresidente Dan Quayle ao Prince William Sound, onde visitou unha praia impregnada de petróleo e despois volveu a "Juneau" e deu un discurso que foi televisado en todo o país.