A pesar de ser lanzado varios días despois de "Hiyō", "Jun'yō" foi o primeiro do par en ser encargado en maio de 1942. Foi asignado á cuarta división de portaavións da primeira frota aérea, xunto con. O buque foi encargado de apoiar a invasión das Illas Aleutianas, unha operación deseñada para coincidir co ataque a Midway. O Jun'yō levaba 18 A6M2 Zeros e 18 D3As para esta operación. O buque lanzou o seu primeiro ataque aéreo ao amencer do 3 de xuño contra Dutch Harbor.
Na illa de Unalaska. Durante esta operación logrou pouco, perdendo cinco avións por todas as causas, e o seu propio avión derrubou só cinco avións estadounidenses.