Un atacante de esquerda, Flores debutou con Honduras a finais dos anos 80 e xogou un total de 42 partidos, marcando 6 goles. Representou o seu país en 12 partidos de clasificación para a Copa do Mundo da FIFA e xogou na Copa das Nacións da UNCAF de 1993.
así como nas Copas de Ouro CONCACAF de 1991 e 1993.