En marzo de 1862, Waddell foi nomeado tenente na Armada dos Estados Confederados. Enviado a Nova Orleans, foi asignado ao incompleto blindado CSS "Mississippi" ata a súa destrución a finais de abril. O mes seguinte, mentres servía como oficial de artillería en terra, participou na batalla
Entre as baterías costeiras confederadas e os blindados federais en Drewry's Bluff, Virginia. Viu máis servizo de batería de terra en Charleston, Carolina do Sur, durante o resto de 1862 e en 1863. Enviado ao estranxeiro en marzo de 1863, o primeiro tenente Waddell estivo estacionado en Inglaterra esperando a dispoñibilidade dunha posición marítima.