Escriba unha continuación para este parágrafo - Tras o estallido da Segunda Guerra Mundial, Honner alistou-se na Segunda Forza Imperial Australiana (2nd AIF) o 24 de outubro de 1939. En decembro de 1939 tomou o mando da Compañía C do Batallón 2/11, un batallón de infantería de Australia Occidental, co rango de capitán. Honner e o seu batallón embarcaron para o Oriente Medio en abril de 1940, chegando ao mes seguinte. Despois de adestrarse en Palestina, a compañía de Honner comezou a loitar nas batallas da campaña do deserto occidental contra os italianos en Bardia.
, Tobruk e Derna antes de ser enviado a Grecia despois da invasión alemá en abril de 1941. En Grecia, Honner liderou aos seus homes a través dunha serie de retiros de combate, xa que foron empurrados por forzas alemás máis fortes. Máis tarde foron evacuados a Creta, onde participaron nos duros combates ao redor de Retimo. Honner entón liderou un grupo a través da illa para evitar a captura e, despois de reunirse cun submarino da Royal Navy, foron evacuados a Alexandría. Posteriormente foi ascendido a maior e, polo seu liderado durante os combates en torno ás Termópilas na anterior campaña grega, foi condecorado coa Cruz Militar.