Con todo, como os gregos se envolveron en guerras civís, o sultán chamou ao seu súbdito máis forte, Muhammad Ali de Exipto, para axuda. Atormentados por conflitos internos e dificultades financeiras para manter a frota en constante disposición, os gregos non puideron evitar a captura e destrución de Kasos e Psara en 1824, ou o desembarco do exército exipcio en Modon. A pesar das vitorias en Samos e Gerontas, a Revolución foi ameazada co colapso ata a intervención das Grandes Potencias na Batalla de Navarino
en 1827. Alí, a frota exipcio-otomana foi decisivamente derrotada polas flotas combinadas de Gran Bretaña, Francia e o Imperio ruso, asegurando efectivamente a independencia de Grecia.