Deixando Samar o 4 de novembro, volveu a Pearl Harbor onde parou durante máis dun mes antes de continuar cara ao Canal de Panamá. Pasou polo canal entre o 21 e o 24 de xaneiro de 1946 e deixou a zona do Canal de Panamá.
no último día. O "Yukon" chegou a Norfolk o último día de xaneiro e comezou os preparativos para a inactivación.