Aínda que Naupactus debía a súa importancia histórica ao seu porto na entrada do golfo de Corinto, probablemente foi elixido orixinalmente como un lugar para unha cidade debido ao seu forte outeiro, as súas fértiles chairas e o seu abundante abastecemento de auga corrente. Despois das guerras greco-persas caeu no poder dos atenienses, que se estableceron alí os mesenios, que foran obrigados a deixar o seu país ao final da Terceira Guerra Meseniana en 455 a.C., e durante a Guerra do Peloponeso foi a sede dos atenienses en todas as súas operacións no oeste de Grecia, e a escena da Batalla de Naupactus en 429 a.C. Despois da batalla de Aegospotami
Os mesenios foron expulsados de Naupactus, e os locrios recuperaron a posesión da cidade. Posteriormente pasou ás mans dos aqueos, dos que, con todo, foi arrebatado por Epaminondas. Filipe II de Macedonia a entregou aos etolianos, e por iso é frecuentemente chamada unha cidade de Aetolia. Os etolianos defenderon enérxicamente Naupactus contra os romanos durante dous meses en 191 a.C. Ptolomeo chámase unha cidade dos Locri Ozolae, a quen debeu ser asignada polos romanos despois do tempo de Plinio.