En 1523, Xurxo de Schellenberg tivo que vender Krnov ao margrave de Hohenzollern Xurxo de Brandeburgo-Ansbach, que podía confiar na herdanza húngara da súa consorte Beatriz de Frangepan, viúva de Matias Corvino. A partir de 1532 o margrave gobernou toda a Alta Silesia, cando tamén herdou o Ducado de Opole e Racibórz do duque Piast Jan II o Bo. Reedificou o castelo de Krnov e introduciu a Reforma protestante en Silesia, expulsando aos cabaleiros teutónicos, franciscanos e minoritas locais. O crecente poder da Casa protestante de Hohenzollern nas terras da coroa de Silesia foi visto con sospeita por Fernando I de Habsburgo, rei de Bohemia desde 1526. Con todo, Xurxo, así como o seu fillo o margrave Xurxo Federico, que gobernou desde 1543, foron capaces de manter o ducado. O conflito agravou cando Jorge Federico morreu sen fillos en 1603 e legou Krnov ao seu curmán, o elector Joaquín III Federico de Brandeburgo, que o deu ao seu fillo Xoán Jorge en 1607. Os gobernantes dos Habsburgo consideraron o ducado un feudo revertido e despois da revolta bohemia e a batalla de Montaña Branca de 1620
O emperador Fernando II confiscou as posesións dos Hohenzollern nas súas terras de Bohemia. O leal partidario de Fernando, o príncipe Carlos I de Liechtenstein, duque de Opava desde 1613, recibiu Krnov. Ambos os ducados foron fundidos en 1623 e sometidos á Contrarreforma.