A Federación de balonmán de Eslovenia foi formada o 11 de decembro de 1949 baixo a antiga Federación de balonmán de Iugoslavia. En Iugoslavia, os clubs eslovenos xogaron no Campionato Iugoslavo de balonmán en I. e II. liga, as ligas interrepublicas e republicas. Slovan, Celje e Rudar Trbovlje foron os únicos equipos eslovenos que xogaron na Primeira Liga Iugoslava. Na tempada 1991-92, pouco despois da independencia eslovena
, a Federación de balonmán de Eslovenia foi aceptada na Federación Europea de balonmán e na Federación Internacional de balonmán e a primeira tempada en Europa para os equipos eslovenos xogou na tempada 1992-1993.