As raíces de Fort Beaufort é unha estación de misión que o Reverendo Joseph Williams da Sociedade Misionera de Londres estableceu en 1816. En 1822, o coronel Maurice Scott do rexemento real de Warwickshire construíu un bloqueo a uns cinco quilómetros da estación da misión como un posto militar fronteirizo e fortaleza contra as incursións dos Xhosa baixo o seu xefe, Maqoma. Os británicos nomeárona Fort Beaufort en honra ao duque de Beaufort, pai de Lord Charles Henry Somerset, primeiro gobernador británico da colonia do Cabo (1814-1826). Despois da sexta guerra xhosa
(1834-1835), o gobernador Sir Benjamin d'Urban autorizou a construción dun forte no lugar da casa de bloques orixinal. Os novos edificios incluían un hospital militar, casas de garda, cuarteis de infantería e cuartos de oficiais.