Durante a década de 1930 Bohr axudou aos refuxiados do nazismo. Despois de que Dinamarca fose ocupada polos alemáns
, tivo unha famosa reunión con Heisenberg, que se converteu no xefe do proxecto alemán de armas nucleares. En setembro de 1943 chegou a Bohr a noticia de que estaba a piques de ser arrestado polos alemáns, e fuxiu a Suecia. De alí, foi trasladado a Gran Bretaña, onde se uniu ao proxecto de armas nucleares británico Tube Alloys, e formou parte da misión británica no Proxecto Manhattan. Despois da guerra, Bohr pediu a cooperación internacional na enerxía nuclear. Participou na creación do CERN e do Risø Research Establishment da Comisión de Enerxía Atómica de Dinamarca e converteuse no primeiro presidente do Instituto Nórdico de Física Teórica en 1957.