En 1878 actuou como arquitecto da sección india e axente comercial do goberno indio na Exposición de París. En 1880 Clarke organizou as coleccións indias en South Kensington, o que o levou a asumir o cargo de comisionado especial na India e despois a converterse en garda do Museo da India en South Kensington en 1883. As súas adquisicións incluíron os fólios de Hamzanama, ilustracións antigas de Mughal das aventuras épicas de Hamza por artistas do norte da India e Irán. Tamén comprou artesanías contemporáneas, traballos arquitectónicos en madeira e debuxos. En 1892 Clarke foi nomeado Custodio das coleccións de arte, en 1893 ascendeu a director asistente antes de finalmente converterse en director en 1896. Durante o seu tempo como director tamén ocupou os cargos de comisario real na Exposición de París de 1900 e en St Louis.
En 1904. Renunciu ao Museo de South Kensington (renomeado en 1899 como o Museo Victoria e Albert) en 1905.