En xullo de 1813, e motivado pola súa vitoria sobre os federalistas, o xeneral Nariño comezou unha intensa campaña militar contra as forzas españolas e realistas restantes no sur, coa intención de chegar a Pasto e, finalmente, Quito. As forzas de Nariño, coñecidas como o Exército do Sur, de 1500 a 2000 homes, conseguiron capturar Popayán en xaneiro de 1814, pero foron completamente derrotadas en Pasto en maio de 1814, e Nariño foi arrestado e despois enviado á prisión real de Cádiz a través de Quito. Os federalistas aproveitaron isto para atacar Bogotá, o que permitiu ao xeneral Simón Bolívar das Provincias Unidas forzar os termos en decembro de 1814. Con todo, a mediados de 1815, Pablo Morillo chegou cunha gran forza española e devolveu a rexión á submisión
para o desde entón restaurado Ferdinand. A campaña de Morillo culminou coa captura de Santafé o 6 de maio de 1816.