A diferenza dos portaavións británicos, cuxo combustible de aviación estaba almacenado en cilindros separados ou presas rodeadas de auga de mar, todos os portaavións xaponeses anteriores á guerra tiñan os seus tanques de combustible de aviación integrados no casco do barco e o "Shōkaku" non foi unha excepción. Os perigos que isto representaba, non se fixeron evidentes ata que a experiencia de guerra demostrou que estes eran frecuentemente propensos a rachaduras e fugas, xa que os choques e tensións de golpes ou case golpes no casco do transportista eran inevitablemente transferidos e absorbidos polos tanques de combustible. Despois da debacle en Midway
A mediados de 1942, os espazos de aire baleiros ao redor dos tanques de combustible de aviación do "Shōkaku", normalmente bombeados cheos de dióxido de carbono inerte, foron enchidos con concreto nun intento de protexelos de posibles danos. Pero isto fixo pouco para evitar que os vapores volátiles se espallasen ás cubertas do hangar no caso de que se producisen danos, particularmente demostrado cando o "Cavalla" foi torpedeado e afundido. O "Shōkaku" normalmente almacenaba 150.000 galóns de avgas para uso operacional.