O 29 de xullo de 2015, Sabonis debutou no equipo nacional masculino de Lituania nun partido contra Australia, anotando 4 puntos e colleitando 7 rebotes. Sabonis foi o xogador máis novo en xogar para a selección nacional, superando a Jonas Valančiūnas por cuestión de días. Sabonis promediu 6 puntos e 5.9 rebotes durante a fase de preparación, e foi o segundo mellor rebotador do equipo despois de Valančiūnas. Sabonis xogou para Lituania no EuroBasket 2015, gañando unha medalla de prata no seu ano de debut. Tamén foi membro do equipo nacional olímpico lituano durante os Xogos Olímpicos de 2016.
, onde fixo unha media de 5.5 puntos e 4.5 rebotes.