En 1900, Clarke uniuse aos Pittsburgh Pirates como xogador e mánager, funcións que desempeñaría ata a súa xubilación en 1915. Foi, sen dúbida, a mellor tempada de batida da carreira de Clarke, xa que liderou as Grandes Ligas en media de rebotes e OPS e liderou a Liga Nacional en dobres. Terminou segundo só para o seu compañeiro de equipo, Honus Wagner, para o título de batería da Liga Nacional. Na primeira Serie Mundial
Clarke bateu.265, pero Cy Young e Bill Dinneen de Boston superaron a Pittsburgh e gañaron a serie en oito partidos.