Escriba unha continuación para este parágrafo - Johnson comezou ben a tempada de 2016 con seis top-10 nos seus primeiros dez eventos. Despois de dous finais fóra do top 10, estivo preto de gañar o Torneo Memorial, terminando un tiro por detrás do eventual gañador William McGirt. Gravo outro top-10 na FedEx St. Jude Classic unha semana despois. Johnson gañou o US Open de 2016
para reclamar o seu primeiro título importante o 19 de xuño de 2016 na súa 29a aparición importante. A vitoria foi envolta en controversia, xa que Johnson recibiu unha penalización dun tiro despois de que a súa última rolda terminara debido a un incidente no quinto green. Mentres se preparaba para dirixir a pelota para un par putt, a súa pelota movíase lixeiramente. Johnson afastou dicindo que non se dirixira á bola. Despois de falar cun oficial de regras no lugar, díxolle que continuase co seu tiro, que puxo con éxito. Acabou gañando por tres golpes por diante de Shane Lowry, Scott Piercy e Jim Furyk. O incidente da pelota en movemento provocou indignación entre moitos dos mellores golfistas do mundo con xogadores como Jordan Spieth, Rory McIlroy, Rickie Fowler e Webb Simpson tomando as redes sociais para criticar a USGA pola súa decisión. Johnson subiu tres posicións no OWGR ata o número tres despois desta vitoria.