Completa a seguinte frase: O 5 de decembro de 1990, Alomar e Joe Carter foron traspasados aos Toronto Blue Jays a cambio de Fred McGriff e Tony Fernández. Foi en Toronto que se converteu nun dos mellores atacantes de segunda base, combinando unha media de bateo de máis de.300 con poder e alta velocidade nas bases. En 1991, capitalizou a súa velocidade con 11 triples e 53 bases roubadas, levando ao equipo á súa primeira de tres aparicións consecutivas nos playoffs. No ano seguinte, anotou 105 corridas, marcou 87 camiñadas e tivo unha porcentaxe de bases de.405. En 1993, Alomar tivo a súa mellor tempada cos Blue Jays, producindo 17 home runs (HR), 93 runs batidos (RBI), e 55 bases roubadas, mentres bateu.326, terceiro na Liga Americana por detrás dos compañeiros de equipo John Olerud e Paul Molitor. Foi unha figura central nos campionatos da Serie Mundial de Toronto en 1992 e 1993; no xogo 6 da Serie Mundial de 1992, marcou a carreira gañadora da serie no dobre de dúas corridas de Dave Winfield na 11a entrada. O home run de Alomar contra o axente de Oakland Dennis Eckersley, no cuarto partido do
A Serie de Campionato da Liga Americana de 1992 (ALCS), é considerada por moitos como o éxito máis importante na historia do club, xa que as tres viaxes anteriores do equipo á ALCS terminaron en decepción; foi nomeado o Xogador máis Valioso (MVP) da serie. En 1995, xogou 104 partidos consecutivos sen cometer un erro, establecendo un récord da Liga Americana para o segundo base. En cada unha das súas cinco tempadas cos Blue Jays, Alomar foi nomeado para o equipo All-Star e gañou o Glove de Ouro.