As erupcións volcánicas alteran o clima mundial inxectando cinza e gases na atmosfera, que reducen a cantidade de luz solar que chega á Terra, a miúdo causando clima frío e fallos nas colleitas. O verán de 1601 foi un dos máis fríos do hemisferio norte durante os últimos seis séculos, e o impacto pode ter sido comparable ao do 1815 Tambora, 1453 Kuwae, 1257 Samalas
e 536 erupcións de Ilopango. Outros volcáns puideron entrar en erupción xunto a Huaynaputina e tamén contribuíron ás anomalías climáticas; varias grandes erupcións volcánicas tiveron lugar nas décadas anteriores e posteriores á erupción de Huaynaputina.