O templo foi fundado en 778 por Sakanoue no Tamuramaro, e os seus edificios actuais foron construídos en 1633, por orde do Tokugawa Iemitsu. Non hai un único prego usado en toda a estrutura. Tome o seu nome da cascada dentro do complexo, que corre das colinas próximas. Kiyomizu significa auga clara, ou auga pura. Foi orixinalmente afiliado á antiga e influente seita Hossō que data dos tempos de Nara. Con todo, en 1965 rompeu esa afiliación, e os seus actuais custodios chaman a si mesmos membros da seita "Kitahossō".
1965 (en inglés)