As primeiras evidencias arqueolóxicas de asentamentos humanos na área da baía datan de 8000 a 10.000 a.C. (de montes de conchas nos outeiros Coyote). En 1769, a área da baía estaba habitada polo pobo Ohlone cando un grupo de exploración español liderado por Gaspar de Portolà entrou na baía - a primeira visita europea documentada á área da baía. Despois de que México declarase a súa independencia de España en 1821, a rexión estivo brevemente controlada polo goberno mexicano ata que os Estados Unidos tomaron o territorio en 1846 durante a Guerra México-Estados Unidos. Pouco despois, o descubrimento de ouro en California atraeu a unha inundación de buscadores de tesouros, moitos usando os portos da área da baía como punto de entrada. Durante os primeiros anos da condición de estado de California, os asuntos lexislativos estatais rotaron entre tres localizacións na Área da Baía antes de que se establecese unha capital estatal permanente en Sacramento. Un gran terremoto arrasou a cidade de San Francisco e os arredores en 1906, pero a rexión reconstruíuse rapidamente a tempo de acoller a Exposición Panamá-Pacífico de 1915
- Non. Durante a Segunda Guerra Mundial, o Área da Baía desempeñou un papel importante no esforzo de guerra de Estados Unidos no Teatro Asiático-Pacífico, con Fort Mason de San Francisco actuando como un punto de embarque principal para as forzas estadounidenses. En 1945, a Carta das Nacións Unidas foi asinada en San Francisco, establecendo as Nacións Unidas, e en 1951, o Tratado de San Francisco restableceu as relacións pacíficas entre o Xapón e as Potencias Aliadas. Desde entón, o Área da Baía experimentou numerosos movementos políticos, culturais e artísticos, desenvolvendo xéneros locais únicos na música e na arte e establecéndose como un foco de política progresista. Económicamente, a área da Baía viu un enorme crecemento nas industrias financeiras e tecnolóxicas, creando unha economía vibrante e diversa cun produto interno bruto de máis de 700 millóns de dólares, e sede da terceira maior concentración de empresas Fortune 500 nos Estados Unidos (a partir de 2018).