En 1989, Janša participou na fundación dun dos primeiros partidos de oposición en Eslovenia, a Unión Democrática Eslovena (SDZ) e converteuse no seu primeiro vicepresidente e máis tarde presidente do Consello do Partido. Tras as primeiras eleccións libres en maio de 1990, converteuse no ministro de Defensa no gabinete de Lojze Peterle, cargo que ocupou durante a guerra eslovena pola independencia.
en xuño e xullo de 1991. Xunto co ministro do Interior Igor Bavčar, Janša foi o principal organizador da estratexia de Eslovenia contra o Exército Popular Iugoslavo.