A pesar de que naceu nunha familia anglicana, aos seus trinta anos Newton tiña unha fe cristiá que, se se fixera pública, non sería considerada ortodoxa polo cristianismo convencional; nos últimos tempos foi descrito como un herexe. En 1672 comezou a rexistrar as súas investigacións teolóxicas en cadernos que non mostrou a ninguén e que só recentemente foron examinados. Demostran un amplo coñecemento dos escritos da igrexa primitiva e mostran que no conflito entre Atanasio e Arius que definiu o Credo, tomou o lado de Arius, o perdedor, que rexeitou a visión convencional da Trindade. Newton "recoñeceu a Cristo como un mediador divino entre Deus e o home, que era subordinado ao Pai que o creou". Estaba especialmente interesado na profecía, pero para el, "o Cristo era un apóstata trinitario".
era un herexe