A influencia de Malagrida na Corte de Lisboa recibiu unha profunda hostilidade do primeiro ministro, Carvalho, o futuro marqués de Pombal. Carvalho estaba intentando reconstruír Lisboa despois do terremoto de 1755
, que Malagrida predicou foi o castigo dun Deus xusto sobre un pobo pecador. Carvalho resentiu as críticas implícitas ao goberno e convenceu ao rei José a desterrar a Malagrida a Setúbal en novembro de 1756 e a todos os xesuítas retirados da Corte.