En decembro de 1944, mentres as forzas filipinas e americanas combinadas continuaban o seu avance para liberar as Filipinas das forzas xaponesas, o goberno da Segunda República Filipina, que incluía a Aquino, foi trasladado a Baguio. Posteriormente, foi trasladado a Xapón onde, xunto con outros funcionarios, os seus membros foron arrestados e encarcerados na prisión de Sugamo cando os xaponeses se renderon.
- Non. O 25 de agosto de 1946, Aquino foi trasladado de volta ás Filipinas para o seu xuízo por acusacións de traizón por parte do Tribunal do Pobo; algunhas semanas despois foi liberado baixo fianza.