A sinagoga pronto se converteu no centro dunha pequena pero vibrante comunidade xudía, un dos seus líderes, Abraham Reuben, converteuse en conselleiro da corporación da cidade de Karachi en 1936. A partición da India británica en liña relixiosa entre hindús e musulmáns en agosto de 1947 viu a cidade de Karachi caer dentro das fronteiras do novo estado de maioría musulmá de Paquistán, tras o cal o cartel de afiliación frontal da sinagoga foi cambiado, designándoo baixo a "Comunidade de Paquistán Bene Israel". Menos dun ano despois, a sinagoga foi atacada e incendiada por disturbios musulmáns despois da Declaración de Independencia do Estado de Israel en 1948. Durante este tempo, varios xudeus de todo Paquistán foron atacados, levando finalmente a partes da comunidade a fuxir á veciña India. Con todo, a frecuencia dos ataques contra os xudeus en Paquistán aumentou despois de cada unha das guerras árabe-israelís en 1948
, 1956, 1967 e 1973. A principios dos anos 70, a comunidade xudía paquistaní marchara en gran parte a Israel ou a India debido ao éxodo xudeu dos estados musulmáns, o que fixo que a sinagoga estivese en gran parte inactiva. O 17 de xullo de 1988, a sinagoga foi demolida e finalmente substituída por unha praza comercial (Madiha Square) no barrio Ranchore Line do sur de Karachi.