Inicialmente, o templo foi fundado como un centro de meditación, despois de que Maechi Chandra e o recentemente ordenado monxe Luang Por Dhammajayo xa non puidesen acomodar o crecente número de participantes nas súas actividades en Wat Paknam Bhasicharoen. O centro converteuse nun templo oficial en 1977. O templo creceu exponencialmente durante a década de 1980, cando os programas de adestramento do templo se fixeron amplamente coñecidos entre a clase media urbana. Wat Phra Dhammakaya ampliou a súa área e comezou a construción dunha enorme "stupa" (pagoda). Durante o período da crise económica asiática, con todo, o templo foi obxecto de críticas, xa que Luang Por Dhammajayo foi acusado de malversación de fondos e removido do seu cargo como abade. En 2006, foi exonerado destes cargos e foi restaurado como abade. O templo creceu máis e fíxose coñecido polas súas actividades en educación, promoción de ética e proxectos de becas. Baixo a "xunta" militar de 2014
, o abade e o templo foron sometidos a un novo escrutinio e Luang Por Dhammajayo foi acusado de recibir diñeiro roubado a través das doazóns dun simpatizante. O templo foi referido como a única organización influente en Tailandia que aínda non foi sometida pola xunta gobernante, que encerrou a maioría da oposición desde que tomou o poder. Os procesos xudiciais contra o abad e o templo desde a década de 1990 levaron a moitos debates sobre os procedementos e o papel do estado cara á relixión, un debate que se intensificou durante o bloqueo do templo por parte da xunta en 2017. A partir de 2017, as autoridades non atoparon Luang Por Dhammajayo, e en 2018, Phrakhru Sangharak Rangsarit foi designado como o abade oficial no seu lugar.