O 15 de febreiro de 2006, o Papa Benedito XVI nomeouno nuncio apostólico en Exipto e delegado na Liga dos Estados Árabes, o seu primeiro posto diplomático. Foi un dos poucos nuncios que non asistiu á Pontificia Academia Eclesiástica. Segundo a BBC, "A decisión do pontífice de orixe alemá causou un rebulicio. Os observadores do Vaticano están a tratar de determinar se a mudanza é unha degradación, ou o recoñecemento dos talentos especiais do arcebispo". Fitzgerald dixo: "A miña formación en estudos árabes e islámicos probablemente se considere útil neste momento para o desenvolvemento das relacións con Exipto e o resto do mundo islámico". Un corresponsal do Vaticano chamou á reasignación de Fitzgerald "a peor decisión do Papa ata agora" e a súa ausencia foi notada pola prensa cando o Papa Benedito ofendeu aos musulmáns coa súa charla de Ratisbona
en setembro de 2006. A transferencia de Fitzgerald resultou ser parte da reestruturación de Benedicto dos departamentos curial para reorientar as discusións interreligiosas cos non cristiáns unindo o papel de presidente do PCID co do Pontificio Consello para a Cultura, unha reestruturación que Benedicto iniciou en marzo de 2006 e reverteu en xuño de 2007.