En 1943, o goberno de ocupación xaponés formou os Defensores do Exército da Patria, unha forza auxiliar composta por indonesios que foron deseñados para axudar aos xaponeses se os aliados viñesen a invadir Indonesia. Como moitos dos seus contemporáneos militares, Panggabean uniuse. No caso de Panggabean, porén, parece que só conseguiu ir a unha escola militar e un adestramento básico antes de que os xaponeses se rendesen.
e os líderes nacionalistas Sukarno e Mohammad Hatta proclamaron a independencia de Indonesia.