Despois dun curto período de descanso, o 2/1 foi enviado a Nova Guinea, chegando alí en setembro de 1942, xusto cando a marea da campaña Kokoda Track
Comezou a volver a favor dos Aliados. O batallón posteriormente uniuse á persecución aliada da retirada xaponesa cara ao norte cara ás súas cabezas de praia ao redor de Buna<unk>Gona, e durante a contraofensiva o 2/1 Batallón estivo involucrado nas principais batallas en Eora Creek e despois en Gorari, seguido por Sanananda entre outubro e finais de novembro de 1942. O batallón sufriu grandes baixas durante a campaña, con máis do 60 por cento de mortos, feridos ou evacuados enfermos. Despois da campaña de Kokoda, o 2/1 volveu a Australia para reconstruír. Neste momento recibiron un gran lote de refuerzos do 49o Batallón, un batallón de milicia que loitou en torno a Sanananda antes de ser disuelto.