Completar a seguinte frase: Ao comezo da Guerra Civil, Hays volveu ao servizo como coronel do 63o Regimento de Infantería Voluntaria de Pensilvania, tamén co rango de capitán no 16o Regimento de Infantería dos Estados Unidos no exército regular a partir do 14 de maio de 1861. Os seus homes sabían que era "valiente como un león". Durante a Campaña da Península, foi asignado co seu rexemento á primeira brigada da división de Kearny do III Cuerpo de Heintzelman. Loitou nas batallas de Yorktown, Williamsburg, Seven Pines,
Savage's Station, e Malvern Hill. Ao final das Batallas dos Sete Días, foi nomeado tenente coronel no exército regular por valentía en acción, xa que Hays dirixiu unha carga de baionetas co seu rexemento nas liñas inimigas para cubrir a retirada da súa brigada. Hays foi brevemente en baixa por enfermidade un mes despois, sufrindo ceguera parcial e parálise do brazo esquerdo, feridas sufridas na batalla.