Escribe unha continuación para este parágrafo - En 1988, Lebed converteuse no comandante da 106a División Aérea de Guarda. El e as súas tropas participaron na supresión de levantamentos en todo o Cáucaso soviético, en Xeorxia (1989
) e Azerbaixán (1990), no que se rexeitou a usar a brutalidade para reprimir aos manifestantes. En 1991, Lebed tiña o rango de maior xeral e converteuse no segundo comandante das tropas aerotransportadas. Durante o intento de golpe de estado de 1991 por parte dos radicais soviéticos contra o novo goberno ruso, gañou fama ao rexeitarse a seguir ordes para liderar as súas forzas contra Boris Yeltsin na Casa Branca rusa, contribuíndo ao colapso do golpe. Foi tamén durante ese tempo cando Lebed se converteu nun rival do xeneral Pavel Grachev, comandante das tropas aerotransportadas e futuro ministro de Defensa ruso, debido ao que Lebed consideraba que eran as súas reformas militares equivocadas. Grachev converteríase así no seu principal rival. Foi por Grachev que Lebed foi enviado a Moldavia en 1992, como comandante do 14o Exército de Gardas. Alí, no conflito entre faccións rusas e rumanas, intervino e usou a súa posición para negociar un acordo de paz, proporcionando tamén protección aos rusos étnicos. A pesar diso, Lebed permaneceu hostil ao liderado separatista, que percibiu como corrupto e declarou que estaba "enfermado e canso de protexer o sono e a seguridade dos ladróns". Non obstante, permaneceu en contra da decisión do presidente Boris Yeltsin de retirar a maior parte do 14o Exército de Moldavia, xa que temía que devolvería o caos á rexión.