Durante a Guerra Civil Americana, foi comisariado como tenente coronel da 18a Infantería Voluntaria de Wisconsin baixo o Coronel James S. Alban. O 18o Wisconsin foi organizado en febreiro de 1862, marchou a Tennessee en marzo, e foi lanzado á batalla de Shiloh
un día despois da súa chegada. Beall foi ferido na batalla e a súa perna foi amputada por baixo do xeonllo. O coronel Alban foi asasinado, xunto co terceiro comandante do rexemento, o maior Josiah W. Crane. Despois de recuperarse, Beall serviu como segundo comandante dun campo de prisioneiros de guerra en Elmira, Nova York, onde os prisioneiros o alcumaron "vella perna de madeira" e acusárono de un patrón de crueldade e abuso repetidos.