Escriba unha continuación para este parágrafo - Moitas igrexas en Croacia foron danadas ou destruídas durante a guerra croata (1991<unk>95). Os bispos e sacerdotes e os máis fieis das eparquías de Zagreb, de Karlovac, de Slavonia e de Dalmacia convertéronse en refuxiados. Os tres últimos foron case completamente abandonados despois do éxodo dos serbios de Croacia en 1995 (Operación Tormenta). A eparquía de Dalmacia tamén tivo a súa sede temporalmente trasladada a Knin despois de que se establecera a autoproclamada República de Krajina Serbia. A eparquía de Slavonia trasladou a súa sede de Pakrac a Daruvar. Tras a operación Tormenta
, dous mosteiros foron particularmente danados, o mosteiro de Krupa construído en 1317 e o mosteiro de Krka construído en 1345.