Comezando en 1948, Henkin traballou na oficina das Nacións Unidas do Departamento de Estado dos Estados Unidos, onde foi unha das persoas responsables da Convención Relativa ao Estatuto dos Refugiados en 1951, un acordo que estableceu a definición acordada internacionalmente do que constitúe un refuxiado e estableceu os requisitos para que os países proporcionen asilo a individuos así designados. Deixou o Departamento de Estado en 1956 para ensinar durante un ano na Universidade de Columbia sobre o tema do desarme nuclear, que se converteu no tema do seu libro de 1958 "Control e Inspección de Armas na Lei Americana". Ensinou na Universidade de Pensilvania a partir de 1958, continuando o seu traballo que foi publicado como "The Berlin Crisis
e as Nacións Unidas" en 1959 e o libro "Disarmament: The Lawyer's Interests", que foi publicado en 1964.