A razón non declarada, pero importante, detrás do despedimento de Schlesinger, foi a súa insubordinación cara ao presidente Ford. Durante o incidente "Mayaguez"
Ford ordenou varios ataques de represalia contra Camboya. Schlesinger díxolle a Ford que o primeiro ataque foi levado a cabo, pero Ford máis tarde soubo que Schlesinger, que non estaba de acordo coa orde, non levou a cabo ningún deles. Segundo o libro de Bob Woodward de 1999, "Shadow", Ford deixou pasar o incidente, pero cando Schlesinger cometeu máis insubordinación noutros asuntos, Ford finalmente o despedíu. Woodward observa: "Os Estados Unidos acababan de perder unha guerra por primeira vez.... Que o presidente e o secretario de Defensa non puidesen chegar a un acordo sobre quen estaba ao mando foi espantoso... [Este] colapso non publicado na cadea de mando militar foi... quizais o escándalo máis significativo da presidencia de Ford. " Schlesinger tamén desobedeceu a Ford cando lle dixeron que enviase o maior número posible de avións militares para evacuar o Vietnam do Sur. Schlesinger non estaba de acordo e non enviou o avión. Woodward di que un presidente electo, que Ford non era, nunca tería tolerado a insubordinación.