Estimou-se que aproximadamente 52.000 prisioneiros foron mantidos alí durante o seu tempo de operación. Os prisioneiros eran principalmente dos movementos de resistencia nos territorios ocupados polos alemáns. Era un campo de traballo, un campo de tránsito e, a medida que a guerra avanzaba, un lugar de execución. Algúns morreron polo esforzo do seu traballo e a desnutrición. Estimouse que houbo 22.000 mortes no campo, incluíndo a súa rede de subcampos. Moitos prisioneiros foron trasladados a outros campos; en particular, en 1944 o ex xefe do campo de concentración de Auschwitz foi traído para evacuar aos prisioneiros de Natzweiler-Struthof a Dachau como os exércitos aliados
achegados. Só quedou un pequeno equipo de persoal nazi das SS ata que o campo foi liberado polo Primeiro Exército francés baixo o mando do Sexto Grupo de Exércitos dos Estados Unidos o 23 de novembro de 1944.