Temendo a ameaza do Imperio xaponés durante a Segunda Guerra Mundial, os Estados Unidos, entón neutros, comezaron a fortificar Dutch Harbor en 1940, o que resultou na construción da Base de Operacións Navais de Dutch Harbor e Fort Mears, que se rematou enteiramente en setembro de 1941, tres meses antes do ataque sorpresa a Pearl Harbor que provocou a entrada dos Estados Unidos na guerra. O 3 de xuño de 1942, a cidade foi atacada polas forzas aéreas xaponesas na Batalla de Dutch Harbor
, parte da Campaña das Illas Aleutianas. Despois do ataque e as ocupacións xaponesas de Kiska e Attu, case todos os residentes nativos da illa Amaknak foron evacuados. Moitos foron mantidos, en pésimas condicións, en campos no sueste de Alaska durante a guerra; un número substancial dos internados morreu durante o encarceramento.