Despois do estallido da guerra con Xapón, Allen volveu a Australia en marzo de 1942, e en agosto encargouse das operacións contra o avance xaponés ao longo do Kokoda Track
- Non. Aínda que tivo éxito, Allen foi criticado polo comandante aliado na área do Pacífico Sudoeste, o xeneral estadounidense Douglas MacArthur e o comandante das forzas terrestres aliadas, o xeneral australiano Sir Thomas Blamey, por moverse demasiado lentamente na persecución dos xaponeses a través das cordilleiras Owen Stanley. Foi relevado do seu mando o 29 de outubro de 1942. Seguíronse nomeamentos menores, pero en outubro de 1944, Blamey recomendou que Allen fose nomeado Cavaleiro Comandante da Orde do Imperio Británico, aínda que Allen nunca foi nomeado.