De 1990 a 1992 Berger uniuse a Ayrton Senna en McLaren. A súa chegada foi recibida con gran expectación xa que demostrara unha gran forma para Benetton e Ferrari. Un McLaren-Honda parecía ofrecerlle a Berger unha verdadeira oportunidade no campionato do mundo por primeira vez. Con todo, aínda que xeralmente era máis rápido que o seu predecesor Alain Prost en relación a Senna na clasificación (a miúdo clasificouse segundo detrás de Senna), raramente foi capaz de igualar o ritmo do brasileiro durante as carreiras. Levou tres vitorias nestas tres tempadas, doou o Gran Premio de Xapón de 1991
Senna; así como vitorias en Canadá e Australia en 1992. Durante os seus tres anos en McLaren, Berger tamén obtivo catro pole positions e clasificou a Senna 8 veces.