Escriba unha continuación para este parágrafo - Maskhadov defendeu a resistencia armada contra o que consideraba como unha ocupación rusa de Chechenia, pero condenou os ataques contra civís. Supostamente apoiou o asasinato do presidente checheno pró-ruso Akhmad Kadyrov en Chechenia, ao mesmo tempo que condenou o asasinato ruso do ex presidente separatista checheno Yandarbiyev en Qatar en 2004. Maskhadov a miúdo negou a responsabilidade polos actos terroristas cada vez máis brutais contra civís rusos por parte dos seguidores de Basayev, denunciando continuamente tales incidentes a través de portavoces no estranxeiro, como Akhmed Zakayev en Londres. Con todo, o 24 de outubro de 2002, interceptáronse comunicacións de radio de mensaxes de Maskhadov nas que pedía a intensificación das actividades terroristas e a sabotaxe no territorio ruso. A evidencia da complicidade de Maskhadov na crise dos reféns do teatro de Moscova de 2002 foi proporcionada polos seus dous principais autores, Movsar Barayev e Abu Said. Aínda que inicialmente negou a responsabilidade polo ataque de Nazran de 2004
En xullo de 2004, Maskhadov aceptou publicamente a responsabilidade polos ataques. No mesmo mes, Maskahdov prometeu que ocorreran ataques similares, e prometeu que o gañador das próximas eleccións presidenciais de Chechenia sería ilegítimo e sería atacado se fose necesario. Describiu aos rebeldes detrás do asedio da escola de Beslan como "locos" que perderon os seus sentidos polos actos de brutalidade rusos e chamou ao ataque terrorista unha atrocidade.