McKay aceptou unha cita baixo Dorothea Dix como enfermeira de hospital, e comezou a súa vida no hospital de Frederick, Maryland, en marzo de 1862, onde foi encargada do coidado dun gran número de feridos da Primeira Batalla de Winchester
- Non. En setembro de 1862, a cidade estivo chea durante dous ou tres días do corpo de Stonewall Jackson en camiño a South Mountain e Antietam. Os rebeldes tomaron posesión do hospital, e encheron por un tempo cos seus enfermos e feridos. A resistencia foi inútil, e McKay tratou aos oficiais e homes rebeldes con cortesía, e fixo o que puido para os enfermos; a súa civilidade e amabilidade foron recoñecidas, e foi tratada con respecto. Despois da Batalla de Antietam, Frederick City e os seus hospitais estaban cheos de feridos, pero en canto os feridos recuperáronse, foi a Washington, D.C. e foi asignada ao servizo durante un tempo nos hospitais da capital. En xaneiro, foi a Falmouth, Virxinia e atopou emprego como enfermeira no Hospital do Terceiro Corpo. Aquí, ela logo efectuou unha evolución no hospital; de ser o peor, converteuse no mellor dos hospitais do corpo no fronte. O xeneral David B. Birney e a súa esposa, secundaron e alentaron todos os seus esforzos para a súa mellora.