En Atenas, o goberno oligárquico que gobernara desde 411 deu paso a unha democracia restaurada poucos meses despois da batalla. Unha forza expedicionaria baixo Thrasyllus estaba preparada para unirse ás forzas no Helesponto. Esta forza, con todo, non partiu ata máis dun ano despois da batalla, e aínda que os atenienses finalmente recapturaron Bizancio e retomaron a recollida de tributo de Calcedonia, nunca realmente aproveitaron a vantaxe que Cyzicus lles deu. En gran parte, isto foi o resultado da incapacidade financeira; mesmo despois da vitoria, o tesouro ateniense foi duramente presionado para apoiar operacións ofensivas a gran escala. Mentres tanto, os espartanos, con financiamento persa, reconstruíron rapidamente a súa frota, e seguirían minando a vantaxe ateniense. Atenas gañaría só unha batalla naval máis na guerra, en Arginusae, e a súa derrota en Aegospotami
en 405 a.C. levaría a guerra ao seu fin. Aínda que Cyzicus foi unha vitoria dramática para os atenienses, os espartanos foron finalmente capaces de recuperar as súas forzas e rematar a guerra en seu favor, coa rendición de Atenas e os seus aliados 6 anos máis tarde.