Cando estalou a Guerra Civil en abril de 1861, foi nomeado oficial da bandeira do escuadrón de bloqueo do Atlántico. En agosto foi enviado con tropas baixo o mando do xeneral Benjamin F. Butler, para capturar dous fortes costeiros preto de Cabo Hatteras. Na batalla seguinte
, as fortificacións foron capturadas sen perdas, aínda que non sen algunha dificultade debido ao tempo, e a frota volveu a Fort Monroe para a aclamación xeral. Con todo, isto pronto deu paso ás críticas a Stringham por non achegar os seus barcos máis preto e continuar atacando ao longo da costa. O feito de que os seus buques tiraban demasiada auga para entrar nas augas costeiras pouco profundas, e que se lle ordenara directamente que volvese inmediatamente, finalmente emerxiu, pero aparentemente demasiado tarde para calmar a súa irritación, xa que o mes seguinte, a súa propia petición, foi relevado do seu mando. Como pequena compensación o 1 de agosto de 1862 foi ascendido ao rango de contraalmirante na lista de retiros.