En maio de 1942, o tenente Shiga tomou o mando do grupo de caza do portaavións "Jun'yō", un posto que ocupou ata decembro de 1942. Durante este tempo, Shiga liderou os cazas do transportista nas batallas de
Dutch Harbor e as illas de Santa Cruz. Na última batalla, atacou os portaavións estadounidenses, e, no que o primeiro foi posteriormente afundido, mentres que o "Enterprise" foi gravemente danado. Posteriormente comandou o grupo de caza do portaavións "Hiyō" de decembro de 1942 a xaneiro de 1943 mentres o portaavións estaba en porto en Xapón.