Lee foi liberado do seu posto en Turquía en marzo de 1941, e pouco despois de chegar a Exipto foi nomeado Oficial Superior de Administración do Vice Mariscal John D'Albiac, comandante das Forzas Aéreas Británicas en Grecia, apoiando aos gregos despois da invasión italiana
- Non. A pesar dos primeiros éxitos, a intervención dos alemáns pronto puxo ás forzas aliadas na defensiva, e os británicos foron expulsados, primeiro a Creta, despois a Exipto. Durante o resto de 1941, Lee serviu como oficial de persoal (operacións) na sede do Comando de Oriente Medio da RAF, e despois como oficial de persoal aéreo senior adxunto na Forza Aérea do Deserto.