O 23 de xullo de 1861 foi posto ao mando da 5a Infantería Voluntaria de Connecticut, e recibiu o rango de coronel. O rexemento orixinal era o 1o Regimento Colts Revolving Rifles de Connecticut e debía ser liderado por Samuel Colt, pero a unidade nunca tomou o campo. A súa organización fracasou, o rexemento foi reorganizado en maio de 1861. A principios de marzo de 1862, Ferry levou as súas tropas a través do río Potomac e atacou aos confederados en Winchester, Virginia. Esta acción levaría máis tarde ao que se convertería na Primeira Batalla de Winchester
- Non. Ferry foi ben elogiado pola súa habilidade como líder e estratega militar. Ferry foi ascendido a xeneral de brigada o 17 de marzo de 1862. Foi posto baixo o mando do xeneral James Shields, cuxa división se uniu á do xeneral Irvin McDowell. Foi baixo McDowell que Ferry loitou na Primeira Batalla de Winchester. Ferry continuou servindo baixo Shields, durante a Campaña do Val.