O "Untere Stadt" non fortificado foi devastado polas forzas otomanas no asedio de Viena de 1529
e a batalla de Viena de 1683, mentres que a fortificada "Obere Stadt" foi defendida con éxito en ambos os casos. No século XVIII, o emperador Carlos VI, que non puido prevalecer na Guerra de Sucesión Española, estableceu plans para reconstruír o complexo monástico de Klosterneuburg baseado no Escorial. A construción dos edificios barrocos comezou en 1730; con todo, non sobreviviu a unha fase inicial.