Despois de dúas tempadas bastante exitosas sen unha aparición nos playoffs, a mediados da tempada de 2004 os Astros estaban a loitar. Antes da tempada, os Astros engadiron os lanzadores Andy Pettitte e Roger Clemens a un equipo que xa incluía estrelas como Lance Berkman e Jeff Kent, así como o núcleo de Bagwell e Biggio. Foi rapidamente un dos favoritos para gañar a Liga Nacional. Con todo, no All-Star Break, foron 44<unk>44 en gran parte debido á incapacidade de marcar corridas, e un mal récord en xogos de 1 carreira. Despois de ser abucheado no All-Star Game de 2004 celebrado en Minute Maid Park mentres servía como adestrador da Liga Nacional, Williams foi despedido e substituído por Phil Garner, que fora unha estrela do gañador da segunda división dos Astros en 1986. Aínda que moitas persoas eran moi escépticas de Garner, que tiña un historial mediocre nos seus anteriores períodos de xestión en Milwaukee e Detroit, con só unha tempada gañadora en calquera parada (en 1992), o equipo respondeu a Garner, que levou ao equipo a un récord de 46 a 26 na segunda metade e o Wild Card da Liga Nacional. Gañaron a súa primeira serie de playoffs en oito intentos, derrotando aos Bravos en cinco partidos da Serie de División da Liga Nacional para avanzar á Serie de Campionato da Liga Nacional.
por terceira vez. Con todo, perderían ante os St. Louis Cardinals en sete partidos, o máis dramático foi un home run de Jim Edmonds na 12a entrada do xogo 6.