Escribe unha continuación para este parágrafo - O terrible terremoto que destruíu Lisboa
O 1 de novembro de 1755, cambiou para sempre a produción de Pérez. A Ópera do Tejo foi destruída seis meses despois da súa apertura e a corte retirouse dos teatros. Non se produciron óperas durante os sete anos seguintes, e despois só de forma menos espectacular. Durante os últimos 23 anos da súa vida, Pérez escribiu só tres novas óperas. En cambio, compuso unha gran cantidade de música eclesiástica, que cubre case todos os rituais e prácticas das dúas principais capelas musicais de Lisboa, a Real e o Seminário da Patriarcal. Nunca deixou Portugal, polo que a súa aclamación internacional diminuíu lentamente. Aínda así, Gerber observou que desde 1766 as composicións de Pérez eran coñecidas e demandadas en Alemaña e que en 1790 era "un dos compositores máis célebres e queridos entre os mestres italianos... un dos últimos compositores que mantivo o rigor do contrapunto". J. C. Krause nomeou a Hasse, Perez e Paisiello como modelos satisfactorios. En 1774 Pérez converteuse por aclamación en membro da Academia de Música Antiga de Londres, e tivo a única peza impresa a escala completa na súa vida, o "Mattutino de' Morti" (o seu terceiro conxunto do Oficio dos Mortos), publicado alí por Bremner. A súa música, especialmente a relixiosa, foi amplamente copiada en Italia. Durante os últimos catro anos da súa vida Pérez sufriu unha enfermidade crónica, perdendo finalmente a vista, pero continuou a compor. En 1778 a súa pupila, agora a raíña María I de Portugal, fíxoo cabaleiro da Orde de Cristo; cando morreu en Lisboa, ela ordenou un funeral elaborado a expensas da Coroa.