Un longo período de adestramento seguiu nas mesetas de Atherton, xa que a política interaliada resultou en oportunidades limitadas para o emprego de tropas australianas durante 1944 e en 1945. Como resultado, non foi ata mediados de 1945 que a 2/32a volveu a entrar en batalla. A campaña de Borneo acabou por ser a súa participación final na guerra. Durante as operacións iniciais para capturar Labuan
, o batallón permaneceu en reserva, e só chegou a terra o 12 de xuño. O batallón foi transportado de Labuan a Padas Bay durante catro días, o 16 de xuño, a través de embarcacións de desembarco, e despois participou na captura de Weston o día seguinte. O 2/32o posteriormente patrullou cara a Beaufort, realizando un ataque á cidade en concerto co 2/43o Batallón o 26 de xuño, para asegurar a liña ferroviaria Weston-Beaufort. A principios de xullo, o batallón avanzou cara a Papar. O avance principal realizouse ao longo da liña ferroviaria cun movemento de flanqueo proporcionado por unha compañía que realizou un desembarco anfibio ao sur; despois destes movementos, a cidade foi tomada posteriormente o 12 de xullo de 1945.