Despois de adestramento e exercicios na costa de California, o "Muskogee", tripulado por unha tripulación da Garda Costeira dos Estados Unidos, partiu de San Pedro, California, o 18 de xuño de 1944, para Nouméa, Nova Caledonia, onde chegou o 18 de xullo de 1944, para patrullar e escoltar desde Nouméa e, despois da súa captura, a Baía de Humboldt, Nova Guinea. A patrulla antisubmarina e a detección de buques que operaban ao redor de Nova Guinea foron as súas principais tarefas ata outubro de 1944. O 18 de outubro de 1944 comezou a inspeccionar o segundo grupo de refuerzo dirixido á recentemente invadida
Leyte nas illas Filipinas, chegando á baía de San Pedro o 24 de outubro para examinar os transportes e os buques de subministración baixo numerosos ataques aéreos xaponeses mentres agardaban a que un grupo de buques de desembarco de tanques baleiros se preparasen para o paso de retorno. Cando o seu convoi se retirou o 26 de outubro de 1944, os avións xaponeses atacaron de novo, e o "Muskogee" uniuse para derrubar varios avións inimigos. Unha segunda viaxe de escolta a Leyte a principios de novembro de 1944 foi menos agitada.