Despois da súa independencia en 1956, Sudán sufriu numerosos conflitos internos por cuestións políticas, étnicas e relixiosas. En 1983, revolucionarios e separatistas do sur, na súa maioría cristián-animista, uníronse e lanzaron unha insurxencia contra o goberno, que tradicionalmente estaba dominado por elites musulmás do norte. Os rebeldes organizáronse como o "Exército de Liberación do Pobo de Sudán" (SPLA) baixo o liderado de John Garang, e a insurxencia finalmente se transformou nunha guerra civil completa que tamén afectou o leste e o oeste de Sudán. As negociacións entre o goberno e o SPLA case resultaron nunha solución pacífica do conflito, pero terminaron despois do golpe de estado de 1989.
que trouxo ao poder a Fronte Islámica Nacional (FNI) baixo Omar al-Bashir. O novo réxime opúxose militantemente a calquera compromiso e estaba determinado a esmagar completamente o SPLA e todos os outros grupos de oposición. A continuación, a violencia aumentou.