Lee participou na Campaña da Península de 1862, especialmente durante a Batalla de Seven Pines o 31 de maio e o 1 de xuño, a Batalla de Savage's Station
O 29 de xuño, durante as Batallas dos Sete Días do 25 de xuño ao 1 de xullo, e a Batalla de Malvern Hill tamén o 1 de xullo. Serviu brevemente na 4a Caballería de Virxinia en xullo, foi ascendido a coronel o 9 de xullo e asumiu o mando dun batallón de artillería do Corpo do xeneral James Longstreet ese mesmo mes. Baixo Longstreet, Lee loitou na Segunda Batalla de Manassas ese agosto e despois na Batalla de Antietam o 17 de setembro, onde as súas armas desempeñaron un papel destacado na defensa do terreo preto da famosa igrexa Dunker. O seguinte é un resumo da participación de Lee en Sharpsburg: