Nacido en torno a 1645, é probable que Exquemelin fose un nativo de Honfleur, Francia, que ao seu regreso de piratería se estableceu en Holanda, posiblemente porque era un hugonote. En 1666 foi contratado pola Compañía Francesa das Indias Occidentais e foi a Tortuga, onde traballou como empregado por tres anos. Alí se alistou cos bucaneros, en particular coa banda de Henry Morgan, cuxo confidente era, probablemente como cirurxián-barbeiro, e permaneceu con eles ata 1674. Pouco despois volveu a Europa e establecéronse en Ámsterdam, onde se cualificou profesionalmente como cirurxián, o seu nome aparece no rexistro de 1679 do Gremio de Cirurxiáns Holandeses. Con todo, máis tarde foi unha vez máis ao Caribe, xa que o seu nome aparece na lista de recrutamento como cirurxián no ataque a Cartagena.
en 1697.