Facchetti pasou toda a súa carreira profesional co Inter, máis tarde capitaneando o equipo, despois de Armando Picchi, Mario Corso e Sandro Mazzola, durante a súa última tempada co club, entre 1977 e 1978. Co seu club, Facchetti gañou catro escudetes en 1963, 1965, 1966 e 1971; unha Copa de Italia en 1978; dúas Copas de Europa en 1964 e 1965; e dúas Copas Intercontinentais en 1964
e 1965. Debido ás súas actuacións para o Inter, Facchetti tamén perdeu por pouco a oportunidade de converterse no primeiro defensor en gañar o Balón de Ouro, colocándose segundo en 1965, despois de perder por pouco unha tempada tripla con Inter ese ano; o Inter gañou a Serie A e a Copa de Europa, pero foi derrotado na final da Copa de Italia de 1965 pola Juventus. Os 59 goles de Facchetti na Serie A fan del o defensor máis prolífico da historia da liga italiana.