Emory serviu como comandante de brigada no exército do Potomac en 1862, e foi trasladado ao teatro occidental. Foi ascendido a xeneral de brigada de voluntarios o 17 de marzo de 1862. Máis tarde comandou unha división na campaña de Port Hudson. Posteriormente volveu ao leste como comandante do 19o Cuerpo, servindo en todas as batallas principais da Campaña do Val de Shenandoah de 1864.
, especialmente na Batalla de Cedar Creek, onde as accións de Emory axudaron a salvar ao exército da Unión dunha derrota devastadora ata a chegada do xeneral Philip Sheridan.