A principios da Segunda Guerra Mundial, Protée foi asignada á 3a División de Submarinos, con base en Toulon, xunto coas súas irmás, e. A principios de febreiro de 1940, a 3a División de Submarinos foi trasladada brevemente a Casablanca para realizar a vixilancia das Illas Canarias, onde estaban presentes un par de buques de carga alemáns. A división submarina foi asignada ao teatro do Mediterráneo o 12 de abril, primeiro en Bizerte e despois, sen o "Fresnel", en Beirut, baixo a autoridade do comandante en xefe británico en Alexandría. "Protée" participou en varias patrullas no Dodecaneso ata a sinatura do armisticio entre Francia e Alemaña
22 de xuño de 1940. O 25 de xuño, a data en que entrou en vigor o armisticio, o capitán do "Protée" ignorou unha orde de regresar a Beirut, e en vez diso navegou a Alexandría, converténdose en parte da Forza X. O capitán foi castigado por este incidente.