Despois da guerra, Ančerl dirixiu para Radio Praga ata 1950, cando se converteu en director artístico da Filarmónica Checa, un cargo que ocupou con éxito durante dezaoito anos. Tras a invasión de Checoslovaquia en 1968
Ančerl emigrou a Toronto, Canadá, onde traballou como director musical da Orquestra Sinfónica de Toronto ata a súa morte en 1973.