En 1935, os Estados Unidos, de acordo coa súa promesa de plena soberanía filipina, estableceu a Commonwealth das Filipinas tras a ratificación da Constitución de 1935, que tamén restaurou a presidencia. Celebráronse as primeiras eleccións presidenciais nacionais, e Manuel L. Quezon (1935-1944) foi elixido para un mandato de seis anos, sen disposición para a reelección, como o segundo presidente filipino e o primeiro presidente da Commonwealth. En 1940, porén, a Constitución foi enmendada para permitir a reelección, pero reduciu o mandato a catro anos. Un cambio no goberno ocorreu tres anos máis tarde cando a Segunda República Filipina foi organizada coa promulgación da Constitución de 1943, que o Xapón impuso despois de ocupar as Filipinas en 1942 durante a Segunda Guerra Mundial. José P. Laurel actuou como presidente marioneta do novo goberno patrocinado polos xaponeses; a súa presidencia "de facto", non recoñecida legalmente ata a década de 1960, coincidiu coa do presidente da Mancomunidade, que foi ao exilio. A Segunda República disolveuse despois da rendición do Xapón.
A Commonwealth foi restaurada nas Filipinas no mesmo ano con Sergio Osmeña (1944-1946) como presidente.