Con todo, como era frecuentemente o caso coa monarquía eleitoral polaca, o resultado foi fortemente contestado polos "perdedores" e a codiciosa e testaruda nobreza polaca que apoiou a Maximiliano III, arquiduque de Austria. Ao saber da súa elección, o rei Segismundo escapou das garras dos protestantes en Suecia e desembarcou en Polonia o 7 de outubro. De inmediato acordou renunciar a varios privilexios reais para o "Sejm" (parlamento) da Mancomunidade coa esperanza de gañar a algúns dos seus inimigos e resolver a disputa electoral. O tesoureiro menor prussiano Jan Dulski proclamouno rei en nome do marechal da coroa Andrzej Opaliński. O 27 de decembro, foi coroado na catedral de Wawel en Cracovia. Parecía que a cuestión de quen sería rei de Polonia estaba resolta cando Maximiliano III invadiu á cabeza do seu exército para reclamar a súa coroa. As hostilidades non duraron moito, xa que o Hetman Jan Zamoyski, á cabeza dun exército polaco leal ao rei Segismundo, atopou e derrotou con éxito ás tropas austríacas na Batalla de Byczyna.
e tomou Maximiliano III como prisioneiro de guerra. Con todo, a petición do papa Sixto V, o rei Segismundo III liberou a Maximiliano, que rendeu a súa reclamación á Mancomunidade polaca en 1589. O rei Segismundo tamén intentou manter a paz co seu poderoso veciño casando coa arquiduquesa Ana de Austria en 1592. Sempre foi a súa intención aliarse coa Austria católica contra as forzas protestantes que estaban dividindo a cristiandade.