Pedro de Portocarrero chegou a México pouco despois da caída de Tenochtitlán, e así non participou na conquista española do Imperio asteca. Foi posto baixo o mando de Pedro de Alvarado e participou nas campañas de conquista en Oaxaca, Pánuco (Veracruz) e América Central. En xullo de 1524, Pedro de Alvarado nomeou a Pedro de Portocarrero como "regidor" (conselleiro) do recentemente fundado asentamento español de Santiago de los Caballeros de Guatemala, nese momento situado na cidade maia de Iximche. Pouco despois, Portocarrero acompañou a Alvarado na súa expedición a Cuzcatlán (na actual El Salvador). En agosto de 1526, Alvarado nomeou a Portocarrero como un dos dous "alcaldes" (magistrados) de Guatemala. A finais da década de 1520, Portocarrero tivo éxito na supresión dunha rebelión de Kaqchikel. Pouco despois da invasión española de Guatemala
, Alvarado concedeu a Portocarrero a extensa "encomienda" de Sacatepéquez e Ostuncalco, a maior e máis valiosa "encomienda" de Guatemala, que incorporaba toda a rexión sur de Mam Maya.