O museo foi fundado en 1801 por Napoleón Bonaparte e inaugurado en 1803 como o Museo de Belas Artes de Bruxelas. Tras a independencia de Bélxica
En 1995, o museo, que pertencía á cidade de Bruxelas, foi cedido ao Estado belga. En 1845, decidiuse, por decreto real, que o museo recibiría obras de arte de artistas belgas falecidos e vivos. Foi creada unha comisión nacional para seleccionar obras de arte importantes. O primeiro presidente da comisión foi o conde de Beaufort. Outros membros foron: