O MEK foi fundado o 5 de setembro de 1965 por estudantes iranianos de esquerda afiliados ao Movemento de Liberdade de Irán para opoñerse ao Shah Mohammad Reza Pahlavi, apoiado polos Estados Unidos. A organización participou nun conflito armado coa dinastía Pahlavi na década de 1970 e contribuíu ao derrocamento do Shah durante a Revolución iraniana. Posteriormente buscou o establecemento dunha democracia en Irán, particularmente gañando o apoio da clase media intelectual de Irán. Despois da caída de Pahlavi, o MEK rexeitou participar no referendo constitucional.
do novo goberno, o que levou a Khomeini a impedir que Massoud Rajavi e outros membros do MEK se postulasen a cargos no novo goberno. Isto creou conflitos co ayatolá Khomeini, e, a principios de 1981, as autoridades prohibiron o MEK, levando a cabo unha gran "represión contra os membros e apoiantes do grupo", levando á organización ao submundo.