Comezando a mediados do século XVI, o reino foi atacado repetidamente pola dinastía Taungoo de Birmania. A guerra birmano-siamesa (1547-49) resultou nun asedio birmano fallido de Ayutthaya. Un segundo asedio (1563-64) liderado polo rei Bayinnaung forzou ao rei Maha Chakkraphat a renderse en 1564. A familia real foi levada a Pegu (Bago), co segundo fillo do rei, Mahinthrathirat, instalado como rei vassalo. En 1568, Mahinthrathirat revoltouse cando o seu pai conseguiu volver de Pegu como monxe budista. O terceiro asedio capturou Ayutthaya en 1569.
e Bayinnaung fixo Mahathammarachathirat (tamén coñecido como Sanphet I) o seu rei vassalo, instaurando a dinastía Sukhothai.