En agosto de 1845, Magruder presentouse como voluntario para unha asignación en Corpus Christi, Texas, para unirse ao exército do xeneral Zachary Taylor, ocupando a antiga república; os Estados Unidos estaban á beira da guerra con México sobre a cuestión da anexión. Despois de que as hostilidades comezaran o 25 de abril de 1846, Magruder viu por primeira vez combate na Batalla de Palo Alto
, 14 días despois. O 18 de abril de 1847, Magruder serviu con "celo e habilidade" na expedición do xeneral Winfield Scott, baixo un intenso fogo e volveu a artillería mexicana contra eles en Cerro Gordo, polo que foi elogiado polos seus superiores e patenteado como maior. O 12 de setembro, as forzas estadounidenses comezaron a atacar Chapultepec, nunha serie de enfrontamentos na Batalla de Cidade de México. Magruder, levemente ferido, ordenou os primeiros disparos na madrugada do día 13 e ofreceu persecución, a pesar do número superior de mexicanos, para capturar a intersección de Anzures, Veronica e Belen, unha encrucillada crucial que bloquearía os esforzos do xeneral Santa Anna para aliviar o palacio.