Escriba unha continuación para este parágrafo - De volta ao Congo-Brazzaville, Mondjo serviu como oficial do exército e foi director de clases e estudos na Academia Militar Marien Ngouabi en Brazzaville de 1987 a 1993. Afiliou-se ao líder rebelde Denis Sassou Nguesso durante a guerra civil de xuño a outubro de 1997.
A guerra rematou con Sassou Nguesso recuperando o poder e expulsando ao presidente Pascal Lissouba. En decembro de 1997, Mondjo foi nomeado comandante da Zona Militar 1, que incluía a capital económica do país, Pointe-Noire; permaneceu nese posto durante cinco anos. Foi nomeado xefe de Estado Maior das Forzas Armadas congolesas o 20 de decembro de 2002 e foi ascendido ao rango de maior xeral ("général de division").