Fontàs debutou no primeiro equipo o 31 de agosto de 2009, substituíndo a outro graduado de "La Masia", Gerard Piqué, nos últimos seis minutos dunha vitoria en casa de 3<unk>0 en La Liga contra o Sporting de Gijón. Na tempada 2009/10 foi chamado polo adestrador Pep Guardiola para a Supercopa de España e a Supercopa da UEFA.
Xogos, respectivamente contra o Athletic Bilbao e o FC Shakhtar Donetsk, pero finalmente non fixo o banco en ningunha ocasión. Pasou a gran maioría das súas primeiras tempadas de sénior rexistrado nas reservas.