En 1341, o rei Xoán de Bohemia permitiu que as familias xudeas residisen dentro das murallas da cidade, e a primeira sinagoga foi construída en 1380, con todo, varios pogromos ocorreron a finais do século XV e principios do século XVI. Desde as guerras husitas
, a cidade foi tradicionalmente un baluarte da Igrexa Católica durante os longos conflitos relixiosos no Reino de Bohemia. Parte da monarquía dos Habsburgo desde 1526, Budejovice permaneceu un leal partidario do emperador Fernando II na Guerra dos Trinta Anos. Budějovice sufriu unha breve ocupación por Prusia durante as guerras de Silesia, e a guerra entre os Habsburgo e o exército francés en 1742.