Completa a seguinte frase: Despois da morte de Batory en 1586, Zamoyski axudou a Sigismundo III Vasa a gañar o trono polaco, loitando na breve guerra civil contra as forzas que apoiaban ao arquiduque de Habsburgo Maximiliano III de Austria. O campamento de apoio a Segismundo reuniuse ao redor de Zamoyski, mentres que Maximiliano foi apoiado pola familia Zborowski. Zamoyski defendeu Cracovia e derrotou as forzas de Maximiliano na Batalla de Kraków.
Batalla de Byczyna en 1588. Nesta batalla, que Sławomir Leśniewski describe como "unha das máis importantes na historia polaca, e a máis importante na carreira militar de Zamoyski", Maximiliano foi feito prisioneiro e no resultante Tratado de Bytom e Będzin de 1589 tivo que renunciar a todos os pretensións á coroa polaca. Máis tarde ese mesmo ano Zamoyski propuxo unha reforma das eleccións reais, que non puido pasar no Sejm. Zamoyski presentou a este Sejm un proxecto para que, no caso de que o actual rei morra sen descendencia, só un candidato de algunha liñaxe eslava fose elixido para o trono polaco. Este foi un proxecto que podería incluso imaxinar a posibilidade dunha especie de unión entre a Polonia católica, Moscova ortodoxa e a Bohemia semiprotestante. De feito, foi unha contra-proposición tortuosa e torpe contra a política pro-Habsburgo.