Completa a seguinte frase: Debido á súa situación estratéxica ao longo de importantes liñas de infraestrutura, e debido ao comercio florecente, a cidade enriqueceu. Isto permitiu un certo grao de liberdade (especialmente dentro dos territorios controlados polos Habsburgo e) dentro da Confederación Suíza que terminou coa formación dos cantóns suízos por Napoleón en 1799. En 1656 e 1712 (a Primeira Guerra de Villmergen e a
Toggenburg War, ou Segunda Guerra de Villmergen, respectivamente), Rapperswil estivo involucrado en guerras entre os cantóns católicos e reformados da antiga Confederación Suíza. Rapperswil foi inicialmente parte do cantón helvético e a cidade capital de Linth. Despois do Acto de Mediación de 1803, uniuse ao cantón de San Galo, e o antigo "Herrschaft Rapperswil" dividiuse nos municipios de Rapperswil e Jona.