Durante a Primavera de Praga, que atraeu moita atención internacional en 1968, moitos membros da comunidade académica de Palacký participaron nos esforzos de democratización, buscando mover a ditadura totalitaria gobernante cara á democracia socialista. O movemento foi esmagado e as reformas revertidas cando os exércitos do Pacto de Varsovia combinados da Unión Soviética, Bulgaria, Alemaña Oriental, Hungría e Polonia
invadiu a Checoslovaquia. A ocupación militar soviética seguiu. Neste momento, a "Unión de estudantes universitarios de Bohemia e Moravia", unha nova organización estudantil, foi establecida en Olomouc, e máis tarde organizou folgas estudantís no outono de 1968. Ao mesmo tempo, fixéronse esforzos para restaurar a Facultade de Teoloxía, pero fracasaron e non permaneceu máis que unha rama da Facultade de Teoloxía da Universidade Charles de Litoměřice, e foi forzada a pechar de novo en 1974.