Completar a seguinte frase: Cando comezou a Guerra Civil Americana en 1861, Jones ofreceu-se como voluntario para servir no exército da Unión. O 3 de outubro foi elixido capitán do 53o Regimiento de Infantería de Ohio, e viu acción como tal durante a Batalla de Shiloh e o Asedio de Corinto. O 2 de maio de 1862, Jones converteuse en coronel do 53o Ohio e no seu comandante. Liderou o seu rexemento durante o asedio de Vicksburg e na batalla de Missionary Ridge, ambos en 1863. Jones viu máis acción durante a Campaña de Atlanta de 1864, loitando en Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain e
Atlanta. En agosto, Jones foi nomeado ao mando da brigada cando o seu superior, o xeneral de brigada Joseph A. J. Lightburn, foi ferido e renunciou ao mando para o resto da guerra. O coronel Jones dirixiu a 2a Brigada na 2a División de William B. Hazen do XV Corpo en Jonesboro. Coincidentemente, a 1a Brigada desta división tamén foi liderada por outro "Colonel Jones", Theodore Jones do 30o Ohio. Wells Jones participou na Marcha ao Mar de 1864, e foi ferido durante as operacións ao redor de Fort McAllister, Xeorxia, o 13 de decembro.