Completar a seguinte frase: Johnston estaba entusiasmado co estallido da Guerra México-Estados Unidos. Serviu no persoal do tenente xeral Winfield Scott na
Sitio de Veracruz, sendo elixido por Scott para ser o oficial que leva a demanda de rendición ao gobernador provincial. Estaba na vangarda do movemento interior baixo o xeneral de brigada David E. Twiggs e foi ferido gravemente por un tiro de uva realizando un recoñecemento antes da batalla de Cerro Gordo. Foi nomeado tenente coronel por as súas accións en Cerro Gordo. Despois de recuperarse nun hospital de campaña, volveu ao exército en Puebla. Durante o avance cara a Cidade de México, foi o segundo comandante do "Regimiento de Voltigeurs dos Estados Unidos", unha unidade composta de infantería lixeira ou escaramuzas. Distinguíuse en Contreras e Churubusco, foi ferido de novo en Chapultepec, e recibiu dúas promocións de brevet para os dous últimos enfrontamentos, terminando a guerra como coronel de brevet de voluntarios. (Despois do fin das hostilidades, volveu ao seu posto de tempo de paz de capitán nos enxeñeiros topográficos.) Winfield Scott comentou humorísticamente que "Johnston é un gran soldado, pero tiña a desafortunada habilidade de recibir un disparo en case todos os enfrontamentos". A maior angustia de Johnston durante a guerra foi a morte do seu sobriño, Preston Johnston. Cando Robert E. Lee informou a Johnston de que Preston fora morto por un disparo de artillería mexicana en Contreras, ambos oficiais choraron, e Johnston lamentou o resto da súa vida.