Despois da guerra, O'Doherty continuou coa súa lealdade á Coroa, pero en 1608, tras unha disputa co novo gobernador de Derry, O'Doherty sublevouse co castelo como seu cuartel xeral. O incendio de Derry
en abril desencadeou o que se coñeceu como a rebelión de O'Doherty. En resposta, as autoridades de Dublín enviaron tropas para invadir o corazón de Inishowen de O'Doherty. Despois dun asedio capturaron o castelo de Burt e liberaron aos prisioneiros capturados en Derry que estaban alí. Pouco despois O'Doherty foi morto na Batalla de Kilmacrennan e a rebelión colapsou.