A historia de San Cristóbal Acasaguastlán ten as súas orixes na cultura maia; a súa xente está asociada coas culturas de Copán e Quiriguá. Nos séculos IX e X d.C., os nahuas asentáronse nas proximidades de San Cristóbal Acasaguastlán, comezando unha mestura cultural que levou á súa lingua indíxena (Alaguilac). Na época da conquista española
A cidade de San Cristóbal foi fundada, expulsando aos pobos aboríxenes da súa cidade a asentamentos espallados nas montañas. Na época da conquista, a cidade de Acasaguastlán era un lugar sagrado para os indios. Non tiña construción principal, só montes como en Guaytán. Os españois utilizaron a provincia prehistórica de Acasaguastlán para a súa cidade de San Cristóbal; a súa praza central foi o lugar dun dos disturbios independentistas de 1812. Despois de que Guatemala obtivo a súa independencia de España en 1821, San Cristóbal Acasaguastlán pertenceu ao Departamento de Zacapa baixo o Decreto 683 do 13 de abril de 1908; co Decreto Lexislativo 1965 do 3 de abril de 1934, creouse o novo Departamento de El Progreso, que incluía a San Cristóbal Acasaguastlán. Dous dos mellores exemplos de arquitectura barroca do século XVI poden atoparse en San Agustín Acasaguastlán e San Cristóbal Acasaguastlán en El Progreso.