Bat Ayin foi fundada por sete familias lideradas polo rabino Yitzchak Ginsburg en 1989, sobre terras adquiridas orixinalmente por xudeus antes de 1948.
, que, baixo o dominio xordano ata 1967, foi tratado como "propiedade inimiga". Finalmente, repartíronse grandes lotes de terra a unhas 40 familias. A xente do asentamento non provén do establecemento dominante dos colonos. Moitos dos colonos orixinais foron criados nas "colinas". Gañou unha reputación de ser particularmente extremista e moi insensible cara aos palestinos locais, a ningún dos cales se lle permitía pasar preto do asentamento. Nas eleccións xerais de principios dos anos 2000, a metade dos votantes de Bat Ayin expresaron unha preferencia polo candidato Herut Baruch Marzel. En 1993, Motti Karpel e Chaim Nativ crearon o movemento "Chai Vekayam" (Vivente e ben) en Bat Ayin, cuxo documento, "Carta de identidade", declarou claramente que as leis do estado de Israel non son vinculantes para os colonos de Cisxordania. Segundo un residente, nunha extensa entrevista, Israel é só para os xudeus, que son un "pobo elixido", e os palestinos están obrigados a servirlles, de acordo coas palabras da Torah: "As persoas traballarán para ti, as nacións se inclinarán para ti". O asentamento di que ten intereses expansionistas, tendo establecido un posto de avanzada ilegal chamado West-West Bat Ayin.