Escriba unha continuación para este parágrafo - No estallido da Guerra Civil, comandou o 18o Regimento de Infantería de Luisiana, onde demostrou ser un disciplinario estricto que tamén era notablemente amigable e sociable coa base. Ferido en Silo
En 1863, foi nomeado comandante de brigada baixo o mando do xeneral Richard Taylor, co que obstruíu con éxito os esforzos da Unión para asegurar a rexión de Bayou Teche, no sur de Luisiana. Na campaña do río Vermello, Mouton foi morto na batalla de Mansfield, mentres lideraba os seus homes nunha carga de cabalería.