No medio do prazo de negociación de 2002 foi traspasado aos Florida Marlins. As súas estatísticas para a tempada melloraron drasticamente despois do cambio. Na tempada seguinte, foi de novo un elemento clave para axudar aos inexpertos Marlins a gañar a Serie Mundial de 2003. No xogo 6 da NLCS, os Marlins estaban a cinco outs de ser eliminados cando o fan dos Cubs, Steve Bartman
, impediu que unha bola de falta fose potencialmente atrapada estendendo os brazos sobre Moisés Alou mentres Alou intentaba colocar o pop-up. O seguinte dobre de tres corridas de Mordecai abriu o xogo, destacando o colapso histórico dos Cachorros no que ás veces se refire simplemente como "The Inning". Mordecai gañaría a súa segunda Serie Mundial, xa que os Marlins derrotaron aos Yankees na Serie Mundial.