Completa a seguinte frase: Nagatomo comezou a súa segunda tempada no Inter de Milán xogando 62 minutos na apertura
O partido de Serie A contra o Palermo, rematou nunha derrota de 4 a 3. O 27 de setembro de 2011, Nagatomo proporcionou unha axuda a Giampaolo Pazzini por Aleksei Berezutski antes de conducir a pelota a través da portería durante a vitoria 3×2 contra o CSKA Moscova na segunda fase de grupos da Liga de Campións. Marcou o seu primeiro gol da tempada o 10 de decembro de 2011 durante a vitoria por 2 a 0 contra a Fiorentina na quinta xornada da Serie A. Tres días máis tarde, marcou un cross de Ricky Álvarez na vitoria por 1 a 0 contra o Xénova. No último partido de 2011 contra o Lecce en casa, Nagatomo produciu unha actuación de "home do partido" proporcionando dúas asistencias nunha eventual vitoria por 4-1.