Durante 1938 e 1939 houbo unha crecente crenza de que outra guerra entre Francia e Alemaña era inevitable. En setembro de 1939 o goberno francés declarou a guerra a Alemaña, e unha mobilización xeral foi implementada. Na súa última reunión (antes de ser prohibida) dez días antes, a CGT-SR) tiña planos para convocar unha folga xeral en caso de mobilización xeral, pero eses plans non parecen ter sobrevivido á realidade das invasións alemás e soviéticas de Polonia. Paul Lapeyre estivo entre os recrutados para unirse ao exército en agosto/setembro de 1939. Dudaba durante varios días antes de presentarse no cuartel de Auch. Foi enviado a Alsacia, que fora reincorporada a Francia en 1919, e pasou varios meses nas beiras do Rin. Foi presumiblemente no contexto da invasión alemá de Francia, que tivo lugar durante maio e xuño de 1940, que o rexemento no que servía Lapeyre atopouse rodeado e obrigado a renderse. Agora prisioneiros de guerra alemáns, Lapeyre e os seus compañeiros foron mantidos nos seus cuarteis por pouco máis dun mes antes de ser trasladados a unha granxa e traballar en Hoisdorf, a uns 25 km ao leste de Hamburgo. Un intento de fuga fallou. Lapeyre pasou os seguintes cinco anos nunha sucesión de catro campos de traballo. En certo momento el evitou por pouco ser enviado ao famoso campo de exterminio de Rava-Ruska, pero ao final foi enviado de volta á rexión de Hamburgo onde traballou xunto aos outros prisioneiros de guerra. Durante unha semana en xullo de 1943
Os bombardeos dos "aliados" destruíron por completo a serra na que fora asignado. Ao final, porén, foi liberado polos ingleses ("... par les Anglais") en xuño de 1945.