As forzas soviéticas reconquistaron Estonia no outono de 1944 despois de feroces batallas no nordeste do país no río Narva (ver Batalla de Narva) e na liña de Tannenberg
(Sinimäed). En 1944, ante a reocupación do país polo Exército Vermello, 80.000 persoas fuxiron de Estonia por mar a Finlandia e Suecia, converténdose en refuxiados de guerra e máis tarde, expatriados. 25.000 estonios chegaron a Suecia e outros 42.000 a Alemaña. Durante a guerra uns 8.000 suecos estonios e os seus familiares emigraron a Suecia. Despois da retirada dos alemáns, uns 30.000 irmáns do bosque permaneceron escondidos nos bosques estonios, para prepararse para unha guerra de guerrillas masiva. Comandante do 46. O rexemento de granadeiros das SS, Friedrich Kurg, permaneceu coa maioría dos seus homes nos bosques estonios.