Escribe unha continuación para este parágrafo - No século V, o Imperio Occidental foi invadido por tribos xermánicas. Con todo, a prefectura de Italia foi mantida polo novo Reino ostrogodo, que aínda era "de jure" parte do Imperio, e o rei ostrogodo Teodorico o Grande incluso restableceu a prefectura de Galia na pequena porción de Galia que conquistou na década de 510. Despois da reconquista do norte de África polo Imperio Oriental durante a Guerra Vándalo
En 533-534, as novas provincias foron agrupadas polo emperador Xustiniano I nunha nova prefectura pretoriana de África, que máis tarde sería transformada no Exarcado de África. A prefectura pretoriana de Italia tamén foi restablecida despois do final da Guerra Gótica, antes de que tamén evolucionase a un exarcado. No leste, as prefecturas seguirían funcionando ata mediados do século VII, cando a perda da maioría das provincias orientais á conquista musulmá e dos Balcáns ás tribos eslavas levou á creación do sistema de temas. Entretanto, as reformas baixo Heraclio despoxeran ao prefecto dun número de oficinas financeiras subordinadas, que se crearon como departamentos independentes baixo logotipos. A última vez que o prefecto do Leste é directamente atestiguado vén dunha lei de 629. Con todo, segundo algúns estudiosos, as pegadas do sistema sobreviviron ata principios do século IX: Ernst Stein demostrou que algúns aspectos da prefectura iliria sobreviviron na administración de Tesalónica, mentres que John Haldon, baseado en evidencias sigilográficas e referencias no bizantino "Taktika", documentou a supervivencia da anterior administración civil provincial dentro do sistema temático, co prefecto en Constantinopla posiblemente nunha capacidade de supervisión, ata os anos 840.