A historia está ambientada no ano 3394, mil anos despois de que a humanidade fuxise da Terra despois de ser destruída por unha raza de alieníxenas que cambian de forma <unk> os Gauna (奇居子 ((ガウナ))), a bordo de centos de naves espaciais masivas creadas a partir dos restos do planeta. Un deles é o Sidonia, que desenvolveu a súa propia cultura humana estreitamente baseada na do Xapón, onde a clonación humana, a reprodución asexual e a enxeñaría xenética humana, como conceder aos humanos a fotosíntese, son comúns.
Xapón