O 29 de setembro de 1938, Thomas foi chamado ao servizo activo e uniuse á tripulación do acorazado. O 13 de agosto de 1939, uníuse ao cruceiro, onde servía cando estalou a Segunda Guerra Mundial. Foi ascendido a comandante o 27 de xuño de 1940. Despois de ser afundido polos italianos na incursión na baía de Souda
, foi asignado ao HMS "Nile", o establecemento da costa da Royal Navy en Exipto, e serviu no persoal do Comandante en Xefe da Frota do Mediterráneo. Casou por segunda vez o 10 de setembro de 1941, con Mary Fedora Douglas-Watson, pianista e compositora. Era a viúva dun compañeiro oficial naval, o comandante Francis Douglas-Watson, e a filla do ex senador australiano Anthony St Ledger.