A guerra naval tamén continuou, co Reino Unido mantendo un bloqueo de Francia por mar. Rusia, Prusia, Dinamarca e Suecia uníronse para protexer a navegación neutra dos ataques británicos, pero non tiveron éxito. O almirante británico Horatio Nelson atacou a frota danesa no porto na Batalla de Copenhague, destruíndo gran parte da frota dun dos aliados máis estables de Francia durante o período. Un armisticio impediu que continuase no mar Báltico para atacar a frota rusa en Reval (Tallín). Mentres tanto, en Gibraltar, o escuadrón francés baixo Linois rexeitou un primeiro ataque británico baixo Saumarez na primeira batalla de Algeciras.
, capturando unha nave de liña de batalla. Na segunda batalla de Algeciras, catro días despois, os británicos capturaron un barco francés e afundiron dous españois, matando ao redor de 2000 mariñeiros principalmente españois por perda de 12 británicos.