O prolongado conflito esgotou a economía da República, que dependía do lucrativo comercio co Imperio Otomán. Na década de 1660, a pesar da crecente axuda doutras nacións cristiás, o cansazo da guerra comezou. Os otomanos, por outra banda, conseguiron manter as súas forzas en Creta e revigoráronse baixo o liderazgo capaz da familia Köprülü, enviaron unha gran expedición final en 1666 baixo a supervisión directa do Gran Visir. Isto comezou a fase final e máis sangrienta do asedio de Candia, que durou máis de dous anos. Terminou coa rendición negociada da fortaleza, selando o destino da illa e terminando a guerra cunha vitoria otomana. No tratado de paz final, Venecia mantivo algunhas fortalezas illadas de Creta e fixo algunhas ganancias territoriais en Dalmacia. O desexo veneciano de "vinganza" levaría, apenas 15 anos despois, a unha guerra renovada
, do que Venecia emerxiría vitoriosa. Creta, con todo, permanecería baixo control otomán ata 1897, cando se converteu nun estado autónomo; finalmente uniuse con Grecia en 1913.