A primeira mención de Aquileion é como un asentamento fortificado desde o cal Mitilene conduciu os seus ataques contra Sigeion controlado por Atenas ao norte a principios do século VI a.C. Non está claro se Aquileion fora colonizada antes, pero o rexistro de cerámica tamén comeza neste punto, o que suxire que non o foi. As escavacións recentes estableceron que os muros do asentamento tamén datan da primeira metade do século VI a.C., corroborando aínda máis os relatos literarios de Heródoto e Estrabón sobre as súas orixes. Aquileion permaneceu baixo control de Mitileneia ata que Atenas puxo fin á rebelión Mitileneia
en 427 a.C. e tomou todas as chamadas cidades actaeas na Troada. Aquileion aparece nas listas de tributo atenienses para 425/4 e 422/1 a.C., indicando que se unira á Liga deliana. A lenda ("ACH") que algunhas moedas de bronce encontradas nesta rexión teñen, refírese a Ach (illeion) e suxire que c. 350 - 300 a.C. a cidade acuñaba as súas propias moedas. O rei Lisímaco sinóecizou Ilión con moitas comunidades circundantes, incluído Aquileión durante o seu reinado (306 - 281 a.C.), terminando efectivamente a independencia política de Aquileión. O testemuño de Demetrio de Scepsis, que era de unha cidade próxima en Troade, indica que aínda había unha aldea coñecida como Achilleion no lugar a mediados do século II a.C. É por esta época que os últimos achados de cerámica de Achilleion datan, o que suxire que o sitio quedou deshabitado pouco despois.