Makhanda foi fundada como Grahamstown en 1812 despois da Quarta Guerra Xhosa.
como un posto militar polo tenente coronel John Graham como parte dunha campaña para asegurar a fronteira oriental da Colonia do Cabo. Inicialmente, o coronel Graham decidiu establecer o seu cuartel xeral na granxa de préstamos Noutoe, agora coñecida como Table Farm, pero por recomendación do alférez Andries Stockenstrom trasladouse á casa da granxa de préstamos De Rietfontein, pertencente a Lucas Meyer. A construción da nova sede, situada no sitio da actual Praza da Igrexa, comezou en xuño de 1812.