De outubro de 1863 a xuño de 1865, Brannan foi xefe de artillería do Departamento de Cumberland, onde supervisou as defensas en Chattanooga. Participou na batalla de Missionary Ridge e na campaña de Atlanta, onde participou na batalla de Resaca, a batalla de Dallas e a batalla de Kennesaw Mountain. Tamén estivo no sitio e rendición de Atlanta.
- Non. Foi nomeado xeneral de división tanto no exército regular como nas forzas voluntarias polos Servizos Gallantes e Meritorios na Campaña de Atlanta e no Campo durante a Rebelión.