Despois de 20 anos de silencio político, o 9 de marzo de 2009, Mousavi anunciou a súa intención de participar nas eleccións presidenciais iranianas de 2009.
- Non. Afirmou que os seus principais obxectivos eran: institucionalizar a xustiza social, a igualdade e a equidade, a liberdade de expresión, erradicar a corrupción e acelerar o proceso de privatización estancado de Irán, e así afastar a Irán do que el chamou "unha economía baseada na esmola". Mousavi criticou ao entón actual presidente conservador, Mahmoud Ahmadinejad, pola súa suposta mala xestión económica, preguntando, cando Irán "estaba facendo beneficios dos altos prezos do petróleo, el (Ahmadinejad) previu unha situación na que os prezos caeran?" O 16 de marzo de 2009, o ex presidente iraniano Khatami retirouse das eleccións en apoio a Mir-Hossein Mousavi.