Tiven que volver a Norfolk, Virxinia, para facer reparacións e aínda estaba alí cando os desembarcos anfibios en Veracruz
tivo lugar. O seu regreso aos Estados Unidos deu aos seus superiores a oportunidade de finalmente darlle ordes para suceder ao Comodoro Conner no mando do Home Squadron. Perry volveu á frota, e o seu barco apoiou o asedio de Veracruz desde o mar. Despois da caída de Veracruz, Winfield Scott trasladouse cara ao interior, e Perry trasladouse contra as cidades portuarias mexicanas restantes. Perry reuniu a frota de mosquitos e capturou Tuxpan en abril de 1847. En xullo de 1847 atacou a Tabasco persoalmente, liderando unha forza de desembarco de 1.173 homes e atacando a cidade de San Juan Bautista desde terra, derrotando ás forzas mexicanas e tomando a cidade.