O interior da igrexa é unha mestura de arquitectura gótica polaca e impresionante arquitectura barroca polaca con características estruturais como un gran altar dourado barroco, un púlpito en forma de barco (1750) e o órgano. A igrexa foi saqueada e o interior completamente devastado polos soldados da invasión sueca de 1655 (o Diluvio
), o que explica a prevalencia do barroco na súa decoración actual. A igrexa contén un dos máis fermosos coros barrocos de Europa Central. Bartolommeo Berrecci, o artista renacentista que deseñou a capela de Sigismundo en Wawel, está enterrado alí.