Cando se anunciaron as primeiras eleccións democráticas en Croacia, Vrdoljak estaba entre os 200 principais intelectuais que apoiaban publicamente a Coalición moderada do Acordo Popular. Ao final da campaña, cambiou o seu apoio á Unión Democrática Croata (HDZ) e a Franjo Tuđman, con quen desenvolveu unha estreita amizade. O 30 de maio de 1990, o novo Parlamento croata democráticamente elixido convocouse e Franjo Tuđman foi elixido presidente de Croacia. Vrdoljak converteuse nun dos seis vicepresidentes do país. Como tal, foi encargado da supervisión dos Campionatos Europeos de Atletismo de 1990
en Split.