Durante a ocupación xaponesa das Indias Orientais Holandesas, un recrutamento para oficiais da Armada Imperial Japonesa (IJN) tivo lugar en Medan. Nasution uniuse ao programa de recrutamento e recibiu formación naval en Bandung e Kioto. Finalmente recibiu o rango de tenente e converteuse no timoneiro do navío Haraokamaru en 1944. Participou no teatro do Pacífico e loitou contra as forzas estadounidenses na campaña das Illas Salomón.
e na campaña das Filipinas. Durante unha batalla naval nas Filipinas, o seu barco foi golpeado e prendeu lume. Nasution foi ferido e case morreu.