A guerra estalou en setembro de 1939 e Möller ingresou no exército.
- Non. Ese ano, Nirrnheim morreu un par de días despois do seu oitenta aniversario, e Möller volveu da guerra a Hamburgo, retomando as súas funcións tanto na Asociación de Historia de Hamburgo como membro sénior do equipo de xestión dos arquivos da cidade. En 1948 foi nomeado director (xefe) da sucesión a. Asumiu o cargo o 1 de xaneiro de 1948, pero foi enviado a vacacións a principios de febreiro de 1948, ante a perspectiva de destitución.