Escribe unha continuación para este parágrafo - Neuner sufriu máis reveses nos Campionatos do Mundo de 2009
en Pyeongchang, onde loitou contra un arrefriado e un alto número de erros de disparo. Finalizou oitava na carreira de esprint, na que caeu nunha pendiente descendente, e chegou en undécima na carreira de persecución. Non foi nomeada para a carreira individual e non puido comezar no relevo mixto debido ao seu resfriado. O 21 de febreiro de 2009, Neuner gañou a prata como parte do equipo de relevo feminino de Alemaña, xunto a Martina Beck, Andrea Henkel e Kati Wilhelm. No último día dos campionatos, chegou sétima na carreira de arranque masivo.