Despois de deixar Gordonstoun a principios de 1939, Philip completou un período como cadete no Royal Naval College, Dartmouth, despois repatriado a Grecia, vivindo coa súa nai en Atenas durante un mes a mediados de 1939. A petición do rei grego, Xurxo II (o seu primo), volveu a Gran Bretaña en setembro para retomar o adestramento para a Mariña Real. Graduouse en Dartmouth o ano seguinte como o mellor cadete do seu curso. Durante a Segunda Guerra Mundial, continuou a servir nas forzas británicas, mentres que dous dos seus cuñados, o príncipe Cristóbal de Hesse e Berthold, margrave de Baden, loitaron no lado alemán oposto. Philip foi nomeado como aspirante en xaneiro de 1940. Pasou catro meses no navío de guerra, protexendo convois da Forza Expedicionaria Australiana no Océano Índico, seguido de postos máis curtos en, en, e en Ceilán Británica. Despois da invasión de Grecia por Italia
En outubro de 1940, foi trasladado do Océano Índico ao acorazado da Frota do Mediterráneo.