Escriba unha continuación para este parágrafo - As diferenzas relixiosas foron acentuadas por unha crecente discrepancia económica. Os cantóns católicos, predominantemente rurais do centro de Suíza, estaban rodeados por cantóns protestantes con economías cada vez máis comerciais. Os cantóns políticamente dominantes foron Zúrich e Berna (ambos protestantes), pero os cantóns católicos foron influentes desde a Segunda Guerra de Kappel en 1531. Un intento de 1655 (liderado por Zürich) para reestruturar a federación foi bloqueado pola oposición católica, o que levou á primeira batalla de Villmergen en 1656; o partido católico gañou, cimentando o "status quo". Os problemas permaneceron sen resolverse, estendéndose de novo en 1712 coa segunda batalla de Villmergen
- Non. Esta vez os cantóns protestantes gañaron, dominando a confederación. A verdadeira reforma, con todo, era imposible; os intereses individuais dos trece membros eran demasiado diversos, e os gobernos absolutistas cantonais resistiu a todos os intentos de administración de toda a confederación. A política exterior permaneceu fragmentada.