En xuño de 1944 tomou a decisión de transferir a Ala 61 da área de Darwin a Nova Guinea, onde apoiaría o avance aliado cara ás Filipinas. A isto opuxouse o oficial aéreo que comandaba a área noroeste, o vice-mariscal aéreo Adrian Cole, que quería que a ala participase nunha operación planeada para capturar a illa Selaru nas Indias Orientais Holandesas (NEI); esta operación foi efectivamente cancelada o 7 de xuño, con todo. O No. 61 Wing deixou Darwin en agosto e chegou a Morotai no NEI o 18 de setembro, tres días despois de que as forzas do Exército dos Estados Unidos desembarcaran na illa na Batalla de Morotai.
- Non. O No. 14 Airfield Construction Squadron aterrou en Morotai o 18 de setembro e comezou a traballar na construción de aeródromos o día seguinte. Pouco antes de que comezase esta operación, a Unidade de Estudos e Deseño No 12 foi absorbida na sede da Ala No 61 o 12 de setembro.