Escriba unha continuación para este parágrafo - Pinturault non puido comezar a tempada en Sölden en outubro de 2012, xa que se lesionou o tobillo xogando ao tenis e tivo que pausar durante un período de tres meses. En decembro, gañou a súa segunda carreira na Copa do Mundo nun slalom en Val-d'Isère, onde emocionou aos aficionados locais cunha brillante segunda carreira baixo os reflectores para subir do sexto lugar. Derrotou convincentemente a Felix Neureuther de Alemaña por medio segundo e o futuro campión da Copa do Mundo Marcel Hirscher, que lideraba por 0.57 segundos despois da primeira carreira. A terceira vitoria de Pinturault foi na supercombinación en Wengen, Suíza, onde as súas habilidades superiores de slalom foron clave. Despois de clasificarse 22o na parte de descenso, terminou 1.15 segundos por diante de Ivica Kostelić de Croacia. A carreira de adestramento para a parte de descenso foi a súa primeira vez en esquí de descenso en meses, xa que perdeu o adestramento de velocidade de pretemporada despois da cirurxía no seu tobillo esquerdo en agosto para reparar ligamentos danados mentres jugaba tenis. Pinturault non gañou unha medalla nos campionatos do mundo de 2013
, pero tiña catro top-seis finais. Unha semana despois gañou a cuarta Copa do Mundo, a súa primeira no slalom xigante, en Garmisch, Alemaña. Segundo despois da primeira volta, o tempo total de Pinturault foi de 0,60 segundos por diante do subcampión Hirscher. O 15 de marzo, foi honrado como o 2013 Longines Rising Star, como o mellor corredor novo (menores de 23 anos) da tempada.