Li Zongren naceu na aldea de Xixiang (西鄉村), preto de Guilin na provincia de Guangxi, o segundo máis vello dunha familia Han de cinco nenos e tres nenas. O seu pai, Li Peiying (李培英), era un mestre de escola do pobo. Despois dunha educación irregular, Li matriculouse nunha escola militar provincial. Uníuse ao Tongmenghui, o partido revolucionario de Sun Yat-sen, en 1910, pero tiña pouca comprensión nese momento dos obxectivos máis amplos de Sun de reforma e reunificación nacional. A provincia natal de Li, Guangxi, foi tamén a provincia natal de Taiping.
O xeneral Li Xiucheng, co que a familia de Li afirmaba estar relacionada.