Escribe unha continuación para este parágrafo - O conflito étnico comezou a estallar na rexión. O 5 de xuño de 1919, 600 habitantes armenios das aldeas arredor de Shusha foron asasinados por irregulares azerbaiyanos e curdos. Sultanov afirmou que aqueles irregulares non estaban baixo o seu control. En agosto de 1919, o Consello Nacional de Karabagh foi forzado a celebrar un acordo provisional de tratado co goberno de Azerbaiyán, recoñecendo a autoridade do goberno de Azerbaiyán ata que a cuestión da parte montañosa de Karabagh fose resolta na Conferencia de Paz de París. A pesar de asinar o Acordo, o goberno de Azerbaiyán continuamente violou os termos do tratado, empregando medidas aínda máis severas contra a poboación armenia. O gobernador xeral Sultanov acumulou tropas na rexión e o 19 de febreiro de 1920 emitiu un ultimátum aos armenios para que aceptasen a unificación incondicional con Azerbaiyán, despois masacrou a poboación de varias aldeas armenias, incluíndo Khankendi. Unha minoría dos representantes do Consello Nacional de Karabagh reuníronse en Shusha para aceptar as demandas de Sultanov, mentres que o resto reuniuse na cercana Shushikend para rexeitar o ultimátum. O conflito culminou cun levantamento armenio, que foi reprimido polo exército azerbaixano. A finais de marzo de 1920, unha xornalista británica informou que a metade armenia das forzas policiais asasinou á metade azerbaiyana durante as celebracións tradicionais de Novruz Bayram. O ataque sorpresa armenio foi organizado e coordinado polas forzas da República de Armenia. A indignación dos azerbaiyanos por este ataque sorpresa levou finalmente á masacre e expulsión de toda a poboación armenia en marzo de 1920.
, na que entre 500 e 20.000 da poboación armenia de Shusha foron asasinados, e moitos forzados a fuxir e a metade armenia da cidade destruída.