Cando a guerra empezou a ir mal para Romanía a medida que o outono de 1916 avanzaba, o ministerio estaba involucrado na organización da resistencia á ocupación liderada polos alemáns, destruíndo a infraestrutura petrolífera, afundindo depósitos de cereais no Danubio e enviando o tesouro rumano a Moscova. Cando o exército comezou a retirarse a Moldavia, Morțun foi culpado pola súa xestión da evacuación de material, en particular do subministro de cereais. Tamén foi criticado por non traballar con antelación para crear unha rede de informantes en áreas potencialmente ocupadas. Saíu do goberno logo da batalla de Bucarest.
O resultado foi que a capital caeu nas mans das Potencias Centrais e o liderado nacional trasladouse a Iași. Durante o seu período posterior como presidente da Asemblea, supervisou a adopción en xuño de 1917 de reformas á Constitución, que prevé a reforma electoral e agraria, e a ratificación en abril de 1918 da unión de Besarabia con Romanía. Posuía unha finca en Broșteni, no condado de Neamț, fóra de Roman; durante a revolta campesiña de 1907, unha multitude de uns 400 campesiños destruíu a casa do seu arrendatario xudeu. O propio Morțun, que viviu para ver gran parte da súa propiedade expropiada, morreu en Broșteni en 1919, e foi enterrado nas instalacións.