Escriba unha continuación para este parágrafo - A partir de 1805, Saint-Hilaire serviría continuamente no "Grande Armée", mantendo varios comandos de división. En 1805, comandou unha división no IV Corpo do mariscal Jean-de-Dieu Soult durante a Guerra da Terceira Coalición e na Batalla de Austerlitz.
En 1917, liderou un asalto decisivo na meseta de Pratzen, recibindo unha ferida grave ao comezo do asalto pero, con todo, mantendo o seu mando para o resto da batalla. Entre 1806 e 1807, loitou con distinción en Jena, Eylau e Heilsberg. Foi nomeado Conde do Imperio en 1808 e recibiu un mando de división no Exército de Alemaña, co que faría campaña no sur de Alemaña e Austria. O 22 de abril de 1809, Saint-Hilaire distinguiuse baixo os ollos de Napoleón na batalla de Eckmühl.