Escribir unha continuación para este parágrafo - A Fuga dos Condes en 1607 deixouno como unha das figuras gaélicas máis importantes que quedaron en Ulster. En 1608, cando Sir Cahir O'Doherty lanzou a rebelión de O'Doherty queimando Derry
MacDonnell non considerou unir forzas con el. O'Doherty, un antigo leal á Coroa, estaba enfurecido polo tratamento que lle daban os funcionarios locais. O'Doherty foi derrotado e morto na batalla de Kilmacrennan e a rebelión colapsou. A raíz da rebelión, o goberno decidiu establecer unha plantación de Ulster máis ampla do que se planeara orixinalmente. Isto non afectou moito a MacDonnell xa que os condados de Antrim e Down foron excluídos da plantación, xa que os asentamentos escoceses a gran escala xa estaban a ter lugar alí.