Greer foi ascendido a tenente comandante e serviu na armada de 1862 a 1863, e despois foi asignado ao escuadrón de Mississippi do contraalmirante David Dixon Porter. Durante o seu mando dos ironclads, participou na campaña de Vicksburg e no bombardeo de Grand Gulf.
así como a expedición fallida da Unión ao río Vermello a comezos de 1864.