Co estallido da Guerra Civil, Brooks foi nomeado xeneral de brigada de voluntarios en setembro de 1861. Comandou a 2a Brigada, 2a División do IV Cuerpo na Campaña da Península, e a 2a Brigada, 2a División do VI Cuerpo nas Batallas dos Sete Días, onde foi ferido na Batalla de Savage's Station.
- Non. Recuperándose, retomou o mando da súa brigada para a Campaña de Maryland e liderou aos seus homes en Crampton's Gap, onde capturaron unha bandeira de batalla confederada pertencente ao 16o Regimento de Infantería de Virxinia. Na batalla de Antietam, a brigada de Brooks estaba principalmente en reserva, aínda que baixo "fuego de artillería e tiradores" durante 48 horas.