En 1616 casou en segredo con Camilla Faà di Bruno, coa que se divorciou no mesmo ano. O seu fillo Francesco Giacinto Teodoro Giovanni Gonzaga, aínda que aceptado na corte, non foi feito herdeiro de Ferdinando. Morreu de peste durante o asedio de Mantua en 1630
- Non. O 16 de febreiro de 1617 casou con Catarina de Médici (1593-1629), filla de Fernando I, Gran Duque de Toscana.