Inscríbese no exército da Unión como soldado da compañía E do 49o Regimento de Infantería Voluntaria de Nova York en xuño de 1861, ascendendo a sarxento. Co Exército do Potomac, a súa unidade participou en batallas que incluían Young's Mill, Yorktown, Williamsburg, Mechanicsville, Fair Oaks, Gaines's Mill, Savage's Station
, Malvern Hill, Second Bull Run, South Mountain, Antietam, Fredericksburg, Williamsport, Gettysburg, Mine Run, Wilderness, Cold Harbor, Petersburg e outros. Walsh foi feito prisioneiro durante as operacións contra o ferrocarril de Welden pouco antes da expiración do seu período de alistamento e foi prisioneiro en Belle Isle, Libby Prison, Andersonville, Savannah, Castle Pinckney e Florence Stockade, antes de ser intercambiado e devolto a Annapolis, Indiana, onde foi despedido honorablemente o 5 de maio de 1865. En algún momento despois disto, pasou oito anos traballando no "Wisconsin State Journal" en Madison.