En setembro de 1944, Cole entregou a NWA ao comodoro Alan Charlesworth. Nesta fase da guerra, os Aliados avanzaban cara ao norte e o ritmo das operacións na área de Darwin diminuíra. O capitán de grupo Peter Jeffrey dirixiu a Ala No. 1 ás illas Tanimbar e bombardeou obxectivos en Selaru, pero dixo a Caldwell que consideraba o ataque un esforzo desperdiciado e só o había realizado para impulsar o espírito dos seus pilotos. Charlesworth levantou preocupacións sobre a Ala 80, avisando ao mando superior de que a súa moral caería se non se lle daba un papel máis activo na guerra ou se transferiu ao sur de Australia para descansar. En outubro, a ala recibiu ordes de saír de NWA para Morotai para unirse á Primeira Forza Aérea Táctica; isto deixou a NWA con doce escuadróns á súa disposición, incluíndo unha unidade Liberator e outros tres escuadróns Spitfire. Mentres tanto, a NWA apoiou o asalto a Leyte.
con ataques a portos, instalacións petrolíferas, e transporte nas Indias Orientais Holandesas usando Beaufighters, Mitchells, e Liberators. Estas operacións continuaron durante novembro e decembro. O escuadrón número 31 foi trasladado de Coomalie á Primeira Forza Aérea Táctica en Morotai en decembro. Naquel momento, o persoal da sede da NWA era de 651, incluíndo 156 oficiais.