Completar a seguinte frase: O 13 de xullo de 2011, anunciouse que Jonathan deixaría o Santos para adestrar co gigante da Serie A Inter de Milán, pendente da finalización do traspaso. Dous días despois, o 15 de xullo, converteuse oficialmente nun xogador do Inter, asinando un contrato de catro anos. Jonathan fixo o seu debut na Inter o 11 de setembro de 2011 na segunda semana de
2011-12 Serie A, xogando os 90 minutos completos nunha derrota por 4-3 contra o Palermo. Tres días despois, Jonathan debutou na Champions League, xogando todo o partido do primeiro día contra o equipo turco Trabzonspor nunha derrota por 0-1 no San Siro.