Margaret naceu no castelo de Farleigh Hungerford en Somerset, a única filla sobreviviente de George Plantagenet, 1o duque de Clarence, e a súa esposa Isabel Neville, que era a filla maior de Richard Neville, 16o conde de Warwick, e a súa esposa Anne de Beauchamp, 16a condesa de Warwick. O seu avó materno morreu loitando contra o seu tío, Eduardo IV, na Batalla de Barnet
- Non. O seu pai, xa duque de Clarence, foi creado conde de Salisbury e de Warwick. Eduardo IV declarou que o irmán menor de Margarida, Eduardo, debería ser coñecido como Conde de Warwick como un título de cortesía, pero nunca se creou ningún par para el. Margarida tería un reclamo ao Condado de Warwick, pero o condado foi perdido no caso do seu irmán Eduardo.