En xuño de 1945, Jones foi ascendido a capitán interino do RNR e enviado ao Comando do Sudeste Asiático baixo o almirante Mountbatten. Foi nomeado oficial de transporte marítimo da división das Indias Orientais Neerlandesas, con base en Java, Batavia. A guerra en Asia rematou en agosto de 1945 coa capitulación xaponesa.
Pero aínda eran obrigados a encargarse do transporte de tropas e suministros, así como o envío dos prisioneiros de guerra civís e militares dos campos xaponeses.