Escribe unha continuación para este parágrafo - Hamšík comezou na Supercoppa Italiana 2012
, celebrado en Pequín, o 11 de agosto; con todo, o Napoli foi derrotado pola Juventus 4 por 2 na prórroga. Máis tarde ese mes, no primeiro partido de liga do Napoli na tempada 2012-13 da Serie A, Hamšík marcou o primeiro gol do club e asistiu ao ataque de Christian Maggio nunha eventual derrota por 3 a 0 contra o Palermo. Faltou o goleador principal Edinson Cavani para o partido do club contra o Chievo o 28 de outubro de 2012, Hamšík conectou nun cruce de Juan Camilo Zúñiga para dar ao Napoli unha vitoria de 1 a 0. O 6 de xaneiro de 2013, fixo a súa aparición número 200 na Serie A nunha vitoria por 4 a 1 sobre a Roma. Na penúltima xornada da tempada da Serie A, Hamšík recibiu un pase de Goran Pandev e empurrou o balón a casa no minuto 93, salvando unha vitoria de 2 a 1 sobre Siena, confirmando o lugar do club nas fases de grupos da Liga de Campións ao condenar a Siena ao descenso. O eslovaco participou en todos os partidos da Serie A para o Napoli durante a tempada 2012/13, proporcionando 11 goles e 14 asistencias, mentres o "Partenopei" rematou segundo detrás do campión en exercicio Juventus, unha tempada que resultou ser a última do adestrador Walter Mazzarri no club, xa que se converteu en adestrador do Internazionale máis tarde ese verán.