Na tempada 2016/17 Frankfurt logrou terminar a metade da clasificación na 11a posición, así como chegar á final da DFB-Pokal de 2017.
, a primeira final do club desde 2006, onde Frankfurt perdeu 1<unk>2 contra o Borussia Dortmund. Na tempada 2017/18, Frankfurt competiu por un lugar na competición europea para a tempada seguinte. Kovač usou tipicamente unha formación de 3<unk>4<unk>2<unk>1 con énfase na estabilidade defensiva e no xogo de á. Levou a Frankfurt á final da DFB-Pokal de 2018, a segunda consecutiva para o club, onde derrotou ao seu futuro empregador, o Bayern de Múnic. Con esta vitoria, Kovač levou a Frankfurt ao seu primeiro trofeo desde 1988. Terminou cun récord de 38 vitorias, 20 empates e 33 derrotas en 91 partidos. Adi Hütter converteuse no seu sucesor.