O sistema político da República do Sudán foi reestruturado tras un golpe militar o 30 de xuño de 1989.
, cando Omar al-Bashir, entón un brigadier do exército sudanés, liderou un grupo de oficiais e derrocou o goberno do primeiro ministro Sadiq al-Mahdi. Baixo o liderado de al-Bashir, o novo goberno militar suspendeu os partidos políticos e introduciu un código legal islámico a nivel nacional. Despois converteuse en presidente do Consello de Comando Revolucionario para a Salvación Nacional (un corpo recentemente creado con poderes lexislativos e executivos para o que se describiu como un período de transición), e asumiu os cargos de xefe de estado, primeiro ministro, xefe das forzas armadas e ministro de defensa. Máis adiante, despois de institucionalizar a lei Sharia na parte norte do país xunto con Hassan al-Turabi, al-Bashir emitiu purgas e execucións nas filas superiores do exército, a prohibición de asociacións, partidos políticos e xornais independentes e o encarceramento de figuras políticas e xornalistas destacadas. En 1993, Sudán transformou-se nun estado totalitario islámico de partido único cando al-Bashir aboliu o Consello de Comando Revolucionario e creou a Fronte Nacional Islámica (FNI) cun novo parlamento e goberno obtidos unicamente por membros do FNI, e proclamouse presidente de Sudán. Como resultado, a Segunda Guerra Civil Sudanesa co Exército de Liberación do Pobo de Sudán (SPLA) só se intensificaría nos anos seguintes.