Nacido nunha familia política prominente afiliada ao movemento etnocacerista, Humala é o fillo do famoso avogado laboral quechua Isaac Humala. Humala ingresou no exército peruano en 1981, logrando o rango de tenente coronel. Durante o seu tempo no exército, el loitou no conflito interno
contra o grupo terrorista de extrema esquerda Shining Path, así como na guerra de Cenepa co veciño Ecuador. En outubro de 2000, Humala intentou un golpe de estado contra o presidente Alberto Fujimori durante os últimos días do seu réxime; finalmente, o Congreso concedeulle amnistía e Humala foi autorizado a volver ao deber militar.