A nivel internacional, de Zúñiga viu o futuro de España como parte dunha forte alianza co Sacro Imperio Romano Xermánico tamén gobernado pola familia Habsburgo, facendo eco do "arbitro" contemporáneo Giovanni Botero, que promoveu o concepto dunha hegemonía liderada pola familia Habsburgo en toda Europa. De Zúñiga tamén foi influenciado polas consecuencias para o norte de Italia controlado por España se a rama austríaca da familia fracasase en Alemaña. De Zúñiga convenceu a Filipe III de enviar axuda ao emperador en Bohemia en 1619, entrando efectivamente en España na Guerra dos Trinta Anos (1618-48). En 1620, xogou un papel clave no envío do Exército de Flandes para axudar á causa imperial, levando á vitoria española na Batalla da Montaña Branca.
máis tarde ese ano. De Zúñiga tamén foi responsable das decisións clave españolas sobre o futuro do conflito nos Países Baixos. O armisticio desde 1609 fíxose cada vez máis tenso; mentres que de Zúñiga estaba convencido de que unha vitoria militar directa sobre os holandeses era improbable, en 1619 concluíu que unha renovación das hostilidades podería permitir negociacións que conducisen a un tratado máis favorable para os españois. Foi en gran parte responsable da renovación da guerra en 1621; como consecuencia, o conflito estenderíase por outros 27 anos ata o tratado de paz de 1648.