Escribe unha continuación para este parágrafo - Barney foi nomeado tenente na Armada dos Estados Confederados o 2 de xullo de 1861. El comandou o CSS "Jamestown" durante a batalla de Hampton Roads, a famosa batalla contra os ingleses, durante a cal capturou dous brigas e unha goleta Accomac en Newport News Point mentres o CSS "Virginia" mantivo a atención da Armada da Unión. Despois da evacuación confederada de Norfolk, o "Jamestown" foi afundido para bloquear o río James en Drewry's Bluff. Na posterior batalla de Drewry's Bluff
No ataque de Richmond, en que as baterías costeiras confederadas expulsaron a unha forza da Armada da Unión que se dirixía cara a Richmond, os canóns do "Jamestown" foron considerados o factor principal para rexeitar os barcos inimigos. Despois da batalla, recibiu elogios do Congreso Confederado e foi ascendido a comandante.