Completa a seguinte frase: En 1861, ao comezo da Guerra Civil, foi nomeado polo comandante da Garda Nacional de Nova York, o Brigadier Xeral John F. Rathbone, para servir como oficial médico xefe no depósito de Albany. En xuño de 1862, despois de
Batalla de Savage's Station, mentres o Exército do Potomac, xunto cos seus médicos, se retiraba, Swinburne permaneceu para coidar dos miles de prisioneiros feridos, tanto da Unión como da Confederación. Respetando a súa postura de principio, o comandante confederado Stonewall Jackson deulle un pase, cunha nota persoal acompañante, permitindo visitas a prisioneiros da Unión. En 1864, o gobernador Horatio Seymour nomeouno ao posto de Oficial de Saúde do Porto de Nova York e, en 1867, foi renomeado polo gobernador Reuben Fenton, servindo un total de seis anos, ata 1870. Durante a súa administración, a pesar da renuencia da lexislatura estatal a asignar fondos, supervisou a construción de instalacións de cuarentena de última xeración nas illas que foron nomeadas Swinburne e Hoffman.