Con o estallido da Segunda Guerra Mundial en Europa, o SSRNVR aumentou o recrutamento de persoal principalmente indíxena na forza, para reforzar as defensas locais xa que os recursos da Royal Navy eran necesarios en Europa. Os membros da SSRNVR foron chamados ao servizo activo, e a forza foi aumentada por membros da Royal Navy Malay Section. Isto formou a base da armada en Malaia, chamada a Armada Malaia, tripulada por persoal indíxena malaio. (Do mesmo xeito, os malayos foron recrutados no novo rexemento malayo formado en 1936). A Mariña Malaia tiña unha forza de 400 homes que recibiron o seu adestramento no HMS Pelandok, o establecemento de adestramento da Mariña Real en Malaia. O recrutamento aumentou e en 1941, ao estallar a guerra en Asia, a Mariña Malaia tiña unha forza de 1.450 homes. Durante a Segunda Guerra Mundial, a Mariña Malaia serviu coas forzas aliadas no teatro de operacións da India e do Pacífico. Cando a guerra rematou coa rendición xaponesa
En 1945, só 600 efectivos da Armada Malaia presentáronse para o recrutamento. As restricións económicas da posguerra deron lugar á disolución da Mariña Malaia en 1947.