Escribe unha continuación para este parágrafo - Hardee renunciou á súa comisión do Exército dos Estados Unidos o 31 de xaneiro de 1861, despois de que o seu estado natal de Xeorxia se separara da Unión. Uníuse ao Exército dos Estados Confederados como coronel o 7 de marzo e recibiu o mando de Forts Morgan e Gaines en Alabama. Posteriormente foi ascendido a xeneral de brigada (17 de xuño) e maior xeral (7 de outubro). O 10 de outubro de 1862, foi un dos primeiros tenentes xerais confederados. A súa asignación inicial como xeneral foi organizar unha brigada de rexementos de Arkansas e impresionou aos seus homes e compañeiros oficiais resolvendo problemas difíciles de subministración e polo adestramento completo que deu á súa brigada. Recibiu o seu alcume, "Old Reliable", mentres estaba neste comando. Hardee operou en Arkansas ata que foi chamado para unirse ao Exército de Kentucky Central do xeneral Albert Sidney Johnston como comandante do corpo. Johnston retiraría de Kentucky e Tennessee, en Mississippi, antes de lanzar un ataque sorpresa na Batalla de Shiloh
Na primavera de 1862. Hardee foi ferido no brazo o 6 de abril de 1862, durante o primeiro día da batalla. Johnston foi morto en Shiloh e o corpo de Hardee uniuse ao Exército de Tennessee do xeneral Braxton Bragg antes do asedio de Corinth, Mississippi, ata que o comandante do departamento P.G.T. Beauregard evacuou a cidade e retirou a Tupelo. Beauregard foi substituído por Bragg, que posteriormente trasladou o seu exército a Chattanooga antes de embarcarse na súa ofensiva confederada Heartland en Kentucky. Esa campaña concluíu coa batalla de Perryville en outubro de 1862, onde Hardee comandou a ala esquerda do exército de Bragg.