Escriba unha continuación para este parágrafo - Recibiu o nome da tía paterna da súa nai, a Emperatriz do Sacro Imperio Romano Eleonora, que tamén era a súa madrina. O matrimonio dos pais de Eleonora fíxose co propósito de reforzar as reivindicacións da rama de Nevers da Casa de Gonzaga aos ducados de Mantua e Montferrat cando a liña principal se extinguiría. O duque de Nevers, vasallo do Reino de Francia, tivo que enfrontarse á oposición de Ferrante II Gonzaga, duque de Guastalla, que contaba co apoio do Sacro Imperio Romano Xermánico, o Reino de España e o Ducado de Saboya, e así comezou a Guerra da Sucesión de Mantua.
, durante o cal a nena Eleonora, cos seus pais e o seu irmán maior Carlos abandonan Mantua, pero volven un ano despois da sinatura do Tratado de Cherasco (19 de xuño de 1631), baixo o cal se recoñeceron os dereitos do duque Carlos de Nevers sobre os ducados de Mantua (como o parente masculino máis próximo da extinta liña principal da Casa de Gonzaga) e Montferrat (debido ao matrimonio do seu herdeiro con María Gonzaga, a derradeira descendente sobrevivente da liña principal de Gonzaga e herdeira dese ducado, que era demostrablemente herdable por mulleres xa que os Gonzagas o adquiriran a través do matrimonio con Margherita Paleologa en 1540); con todo, un mes despois (30 de agosto de 1631), o pai de Eleonora morreu de tuberculose, e comezou unha serie de conflitos políticos entre o duque Carlos e a súa filla-de-lei, que terminou co desterro de Margarida de Saboya (a nai de María) de Mantua.