No comezo da Guerra de Restauración Portuguesa (1640-1668), o forte sufriu o seu segundo asedio, por tropas leais ao duque de Braganza, que se converteu en rei Xoán IV de Portugal en 1640. Baixo o seu reinado realizáronse máis obras de reparación do forte, incluíndo a construción de cuarteis e aloxamentos para a guarnición e outras defensas contra os ataques desde a terra. En 1751 realizáronse melloras adicionais, pero en 1755 o forte sufriu danos como resultado do terremoto de Lisboa.
O máis grave foi o colapso da torre do faro no centro da praza. O faro volveu funcionar en 1761.