Completa a seguinte frase: Nos Xogos Olímpicos de 2004 en Atenas, Stojanovska ampliou o seu programa, nadando en tres probas individuais. Postou un estándar FINA A de 2:13.01 (200 m borboleta) desde o
Campionatos de Europa en Madrid, España, permitíndolle incluír os 200 e 400 m estilo libre na súa alineación de eventos. No segundo día dos Xogos, Stojanovska clasificouse na 27a posición na clasificación xeral nos 400 m estilo libre. Nando na segunda tempada, eliminou unha barreira de 4:20 publicando un tempo de 4:19.39 para tomar a cuarta semente sobre a jamaicana Janelle Atkinson. O día seguinte, terminou na trigésima cuarta posición xeral por detrás da checa Jana Myšková por 0.02 de segundo nas probas da mañá dos 200 m estilo libre cun tempo de 2:04.64. Na súa última proba, 200 m borboleta, Stojanovska rematou a súa carreira olímpica cun esforzo de vinte e seiso lugar, non logrando chegar ás semifinais por quinta vez consecutiva desde 2000. Nando na terceira tempada, completou un campo de oito nadadores para o último lugar cun tempo de 2:16.51, case catro segundos por detrás do récord nacional de Mirjana Boševska.