A princesa Margrethe naceu o 16 de abril de 1940 no Palacio de Frederico VIII, a residencia dos seus pais no complexo do palacio de Amalienborg, a residencia principal da familia real danesa no distrito de Frederiksstaden no centro de Copenhague. Foi a primeira filla do príncipe herdeiro e da princesa herdeira (mais tarde o rei Federico IX e a raíña Ingrid). O seu pai era o fillo maior do entón rei cristián X, mentres que a súa nai era a única filla do príncipe herdeiro de Suecia (mais tarde o rei Gustavo VI Adolf). Naceu unha semana despois da invasión da Alemaña nazi a Dinamarca.
O 9 de abril de 1940.