Comezando a súa carreira como soldado, Hanneken serviu nas guerras das bananas das décadas de 1910 e 1920. Durante a ocupación estadounidense de Haití
, asasinou ao líder da resistencia Carlomagno Péralte, polo que foi condecorado coa Medalla de Honra. Posteriormente, concedido unha comisión, Hanneken serviu en Haití por varios meses máis e foi galardoado cunha Cruz da Mariña por matar a outro líder rebelde. Recibiu unha segunda Cruz da Mariña polas súas accións durante a ocupación de Nicaragua a finais da década de 1920.