Completar a seguinte frase: Doherty comezou a tempada 2012-13 perdendo por 4<unk>5 a Stuart Bingham na segunda rolda do Wuxi Classic e por 3<unk>5 a Martin Gould na primeira rolda do Australian Goldfields Open. Chegou ás cuartas de final do evento, perdendo 0-4 a Mark Selby. Doherty foi derrotado na clasificación para o Masters de Shanghai e o Campionato do Reino Unido de 2012 e non puido avanzar máis aló da ronda de comodín do Campionato Internacional. No quinto evento do European Tour, o
Scottish Open, derrotou a Luca Brecel e Ryan Day para chegar ás semifinais onde perdeu 2 a 4 contra Ding Junhui. Doherty foi eliminado na primeira rolda do German Masters por Peter Lines, pero logo tivo a súa mellor carreira da tempada no Welsh Open. Derrotou ao catro veces campión do mundo John Higgins 4<unk>1 e Tom Ford 4<unk>3 para pasar aos cuartos de final. Levaba a Stuart Bingham por 2 a 0, pero unha serie de potes perdidos viu a Doherty perder a súa confianza e perdeu por 3 a 5. A súa participación nas semifinais do Scottish Open axudoulle a terminar 16o na Orde de Mérito do PTC para clasificarse como un dos 26 mellores xogadores para as Finais, pero perdeu por 2 a 4 contra Kurt Maflin na primeira rolda. Doherty case conseguiu un dos seus comebacks contra Matthew Selt na ronda final do Campionato do Mundo clasificando desde 4<unk>9 para abaixo e igualado a 9<unk>9, pero perdeu o marco decisivo. O resultado significou que esta foi a primeira tempada na que Doherty non participou en ningún dos eventos da Triple Coroa de snooker. Doherty aumentou o seu ranking en oito posicións durante a tempada para rematalo no número 27 do mundo.