Guarnieri comezou a súa carreira xuvenil con Codogna, e fixo o seu debut profesional para Como en 1957, tamén xogando para o Internazionale, Bolonia, Nápoles, e terminando a súa carreira co Cremonese 1973. Foi o xogador máis destacado do equipo do Inter de Milán coñecido como La Grande Inter baixo o adestrador Helenio Herrera, entre 1958 e 1967, volvendo brevemente ao club para facer 3 aparicións durante a tempada 1969-70. Formouse parte das vitorias do Inter na Copa de Europa en 1964 e 1965, gañando tamén tres títulos de Serie A, dúas Copas Intercontinentais en 1964
e 1965. Aínda que non foi capaz de gañar a Coppa Italia ao longo da súa carreira, chegou á final durante a tempada 1964-65, perdendo por pouco un triple co Inter.