O 4 de marzo de 2017, Aubameyang superou os 20 goles da Bundesliga por segunda tempada consecutiva con dous goles nunha derrota por 6 a 2 contra o Bayer Leverkusen. Catro días despois, anotou un hat-trick nunha vitoria por 4 a 0 sobre o Benfica para poñer ao Dortmund nos cuartos de final da Liga dos Campións. O 20 de maio, Aubameyang marcou dúas veces na derrota do Borussia contra o Werder Bremen para rematar a tempada como o máximo goleador da Bundesliga con 31 goles. Na final
O 27 de maio de 2017 marcou o gol da vitoria, un penalti, cando o Dortmund derrotou ao Eintracht Frankfurt por 2-1.