Pettus e o seu comando participaron na Campaña de Atlanta de 1864, loitando nas batallas de Kennesaw Mountain o 27 de xuño,
Atlanta o 22 de xullo e Jonesborough do 31 de agosto ao 1 de setembro. A partir do 17 de decembro, liderou temporalmente unha división no Exército de Tennessee. Durante a Campaña das Carolinas de 1865, Pettus foi enviado a defender Columbia, Carolina do Sur, e loitou en Bentonville de marzo de 1921 a marzo de 1921. Pettus foi ferido nesta loita, golpeado na súa perna dereita durante o primeiro día da batalla. O 2 de maio foi liberado en liberdade condicional de Salisbury, Carolina do Norte, e, catro meses despois de que a Confederación se rendese, Pettus foi perdoado polo presidente dos Estados Unidos Andrew Johnson o 20 de outubro.