Despois do estallido da Segunda Guerra Mundial, o goberno francés enviou a Rapkine a Londres en xaneiro de 1940, nunha misión oficial para asegurar o subministro de carbón para fins industriais e militares franceses. Mentres estaba en Inglaterra, axudou a James Crowther na creación dunha Sociedade Anglo-Francesa de Ciencias para formalizar a cooperación científica entre os dous países. En xuño de 1940, despois da rendición de Francia a Alemaña
Rapkine defendeu que a Sociedade axudara aos científicos franceses a atopar refuxio no Reino Unido, pero a Sociedade disolveuse cando as hostilidades entre Francia e Inglaterra bloquearon a cooperación científica. Rapkine e Henri Laugier deixaron Londres para continuar os seus esforzos nos Estados Unidos.