En xaneiro de 1941, a brigada participou na Campaña do Deserto Occidental, entrando en acción por primeira vez ao redor de
Bardia, que foi capturado dos italianos durante varios días. Isto foi seguido máis tarde no mes pola captura de Tobruk, onde a 16a Brigada permaneceu mentres que as outras dúas brigadas da 6a División, a 17a e a 19a, tomaron parte noutras accións ao redor de Derna e Bengasi. En marzo, a división concéntrase arredor de Amiriya mentres se preparaba para desprazarse a Grecia, en resposta a unha invasión alemá esperada. Durante a Batalla de Grecia, a 16a Brigada ocupou Seria antes de establecerse no paso de Veria. Cando comezou o ataque alemán, o 2o Batallón proporcionou cobertura de retaguardia mentres a brigada se retirou xunto coa 4a Brigada de Nova Zelandia. Un avance alemán no desfiladeiro de Tempe resultou nunha nova retirada durante a cal os 2o e 2o Batallóns proporcionaron seguridade á retaguardia mentres o corpo Anzac se retiraba a través de Larissa. Despois diso, a brigada recibiu a orde de evacuar, e os elementos retiráronse por mar en Kalamata. A maioría da brigada foi evacuada de volta a Exipto e posteriormente re-formada en Palestina; con todo, elementos da brigada desembarcaron en Creta. A 2/1 foi desembarcada como un todo e desplegada para defender o aeródromo de Retimo, mentres que elementos da 2/2 e 2/3 foron formados nun 16o Batallón Composto da Brigada. Durante os combates, o 2/1 foi en gran parte destruído durante a breve batalla de Creta, coa maioría sendo feito prisioneiro.