A cidade fíxose estratéxicamente máis importante durante a conquista Tudor de Irlanda e foi atacada con frecuencia. Durante a rebelión de O'Doherty en 1608 foi atacada por Sir Cahir O'Doherty, xefe irlandés de Inishowen, que queimou gran parte da cidade.
e matou ao gobernador George Paulet. O soldado e estadista Sir Henry Docwra fixo esforzos enérxicos para desenvolver a cidade, gañando a reputación de ser "o fundador de Derry"; pero foi acusado de non evitar o ataque de O'Doherty, e volveu a Inglaterra.