De volta a Guam, o 3o Batallón comezou os adestramentos para desembarcar en Miyako Jima, unha illa ao sur de Okinawa. Esas ordes foron finalmente canceladas, pero o batallón aínda viu pequenos combates en 1945, participando en dúas operacións en Guam destinadas a capturar soldados xaponeses que aínda resistian nas montañas. Estes barridos tiveron lugar en abril e decembro de 1945. O 3o Batallón tamén comezou a prepararse para a Operación Olympic, onde como parte do V Cuerpo Anfibio, aterraría en Kushikino, Kagoshima, en Kyūshū. Despois do lanzamento das bombas atómicas en agosto de 1945, e a rendición do Xapón
O 3o Batallón foi separado da 3a División de Marines en novembro de 1945 e desactivado o mes seguinte o 20 de decembro de 1945. Pouco antes de ser desactivado, o 3o Batallón sufriu o dubidoso honor de ter o último estadounidense morto na Segunda Guerra Mundial, cando o PFC W.C. Patrick Bates da Compañía Kilo foi baleado por un francotirador xaponés o 14 de decembro durante unha operación de limpeza en Guam (tres meses despois do final formal das hostilidades).