Completa a seguinte frase: Cando a Guerra Civil comezou en 1861, Magruder deixou o exército da Unión para aceptar unha comisión na Confederación. Como comandante do Exército da Península, fortificou a Península de Virxinia e gañou a Batalla de Big Bethel. Na Campaña da Península, parou o Exército do Potomac de McClellan fóra de Yorktown, permitindo ao xeneral Joseph E. Johnston chegar con refuerzos, organizar unha retirada e defender a capital confederada, Richmond. Magruder foi criticado polo seu liderado nas batallas en
Savage's Station e Malvern Hill durante as Batallas dos Sete Días. Pasou o resto da guerra administrando o Distrito de Texas, Novo México e Arizona e o Departamento de Arkansas; no seu mandato, Magruder levantou o bloqueo naval sobre Galveston e recapturou a cidade en 1863.