As dúas tempadas seguintes na Copa de Europa foron unha decepción para o Celtic; saír ao Dynamo Kyiv na primeira rolda na súa defensa do trofeo no outono de 1967, entón chegar aos cuartos de final da tempada seguinte só para perder a súa ida de casa contra o AC Milan, logrando un empate creíble sen anotación no primeiro partido en Italia. A comezos da tempada, o Celtic desencadeou unha controversia tras a invasión da Checoslovaquia pola Unión Soviética.
En agosto de 1968. A petición do presidente Robert Kelly, o club enviou á UEFA un telegrama condenando a acción militar e expresando a súa preocupación de que calquera equipo de Europa Occidental tivese que xogar un empate nun país do Bloque Oriental. A postura do Celtic recibiu o apoio de varios clubs de toda Europa Occidental, aínda que outros como o Leeds United criticaron publicamente a intervención do Celtic. En resposta, a UEFA volveu facer o sorteo para a primeira rolda da Copa de Europa e da Copa de Gañadores de Copas Europeas para evitar que os equipos de Europa do Leste se combinasen con clubs de Occidente. Isto provocou unha resposta furiosa dos clubs e autoridades do fútbol no leste, a maioría dos cales retiráronse en protesta.