Despois da invasión alemá de Grecia, en 1941, os alemáns nazis trasladárono ao campo de concentración de Dachau, de onde foi liberado en maio de 1945. Volvendo a Grecia, volveu asumir o liderado do KKE de Georgios Siantos, secretario xeral interino do KKE desde xaneiro de 1942. A maldita Dekemvriana.
O acontecemento acababa de terminar coa derrota comunista. Zachariadis declarou agora a súa intención política de que o KKE loitara pola democracia e o poder do pobo a través das eleccións.