Haryanto foi o segundo piloto en ser eliminado da clasificación para o Gran Premio de Bahrein 2016
, por diante de Felipe Nasr. Con todo, isto significou un lugar na grella de 20 debido a que Kevin Magnussen de Renault tivo que comezar desde o pitlane despois de non parar para pesar durante o adestramento. Foi o último coche en rematar a carreira, no 17o lugar e unha volta atrás. Conseguiu vencer ao outro piloto de Renault, Jolyon Palmer, ata o 21o lugar en China, antes de enredarse nunha caída na primeira volta en Rusia que involucrou a Nico Hülkenberg e Esteban Gutiérrez. Haryanto repetiu a súa actuación en Bahrain en España, coa súa próxima carreira en Mónaco que lle trouxo o mellor posto da súa carreira, o 15o, aínda que con 4 voltas de atraso e unha vez máis o último clasificado. Mantívose como o último coche clasificado nas dúas carreiras seguintes, con 19o e 18o lugares, antes de que un 16o lugar en Austria chamase a atención sobre a brecha de talento entre el e o seu compañeiro de equipo Wehrlein, que marcou o único punto de Manor da tempada na mesma carreira. Foi eliminado na húmida en Gran Bretaña, mentres que o que resultaría ser as súas últimas dúas carreiras volveu velo como o último clasificado, xa que o seu futuro se fixo incerto debido á falta de patrocinios.