Despois da batalla de Mohács, os otománs non tiveron éxito no seu asedio de Viena en 1529
e Fernando I logrou asinar o Tratado de Constantinopla, pospondo os intentos de expansión otománs. Fernando e o seu irmán Carlos V, que era o emperador do Sacro Imperio Romano Xermánico ao mesmo tempo, tiveron que tratar non só coa ameaza otomana, senón tamén coa Liga Esmalcalda que se formou en 1531 para promover os intereses dos estados luteranos no Sacro Imperio Romano Xermánico. A nobreza checa, en gran parte protestante, tiña unha visión favorable dos obxectivos da Liga de Esmalcalda e así, cando en 1546 Fernando I ordenou aos estados checos que levantasen o seu exército e marchasen contra o Electorado protestante de Saxonia como parte da Guerra de Esmalcalda, o fixeron con moita renuencia. O ano seguinte, os estados checos rexeitaron reunir un exército de novo e rebelaron, polo que foron castigados despois de que a Liga Schmalkaldic perdese decisivamente a Batalla de Mühlberg. Como resultado, Fernando I logrou fortalecer a súa posición na Terra da Coroa de Bohemia, limitar os privilexios da cidade e comezar o proceso de recatolicización invitando á Orde dos Xesuítas a Praga en 1556.