Escribe unha continuación para este parágrafo - Prkačin foi membro da selección nacional croata sub-22. O seu debut nun gran torneo coa selección nacional croata sénior foi no EuroBasket de 1997. Despois diso, xogou con Croacia nos seguintes grandes torneos FIBA: EuroBasket 1999, EuroBasket 2001, EuroBasket 2003, EuroBasket 2005 e EuroBasket 2007, tamén representou a Croacia nos Xogos Olímpicos de 2008.
e o EuroBasket 2009. Prkačin foi capitán do equipo croata dúas veces.