Na Serie Divisional da Liga Nacional, os Cachorros enfrontáronse a Atlanta, e Prior comezou o terceiro partido contra o ex-Cachorro Greg Maddux. Prior permitiu dous hits e unha carreira, lanzando un xogo completo e ponchando sete cando os Cachorros gañaron 3<unk>1. Tras unha vitoria de cinco partidos sobre os Braves, os Cubs enfrontáronse aos Florida Marlins na Serie de Campionato da Liga Nacional. Prior lanzou na oitava entrada no xogo 2, permitindo tres corridas (dous gañados) e ponchando cinco nunha vitoria de 12 a 3, antes de tomar o montículo de novo no xogo 6. Durante sete entradas, lanzou unha bola sen goles, permitindo só tres impactos mentres os Cachorros tomaban unha vantaxe de 3-0. Cando Mike Mordecai voou contra el para comezar o oitavo, os Cachorros estaban a cinco outs de xogar na súa primeira Serie Mundial desde 1945. Entón, Juan Pierre bateu un dobre, levando a Luis Castillo, que bateu unha bola de falta na liña de campo esquerda que o campista Moisés Alou deu caza. O balón caeu na beira da tribuna, e Steve Bartman
, un ventilador, estendeu a man, impedindo que Alou fixese a captura. Castillo marchou, e Prior e os Cubs nunca se recuperaron do incidente. Prior loitou co seu mando e cedeu a vantaxe coa axuda dun mal xogo defensivo, máis notablemente unha bola de terra botada polo shortstop Alex Gonzalez que podería ter resultado nunha dobre xogada. Despois de que Derrek Lee acertara un RBI que empatou o xogo e puxo corredores no segundo e terceiro, Prior foi eliminado do xogo e substituído por Kyle Farnsworth. Os Marlins anotaron oito corridas nesa entrada, e a Prior foi acusada da derrota por 8-3. Os Cachorros perderon o sétimo xogo, e a súa seca de 94 anos na Serie Mundial continuou.