En 1846, foi asignado ao USS "Mississippi", buque insignia do escuadrón das Indias Occidentais servindo baixo o Comodoro Matthew C. Perry. Durante a guerra mexicano-estadounidense, participou en expedicións contra Alvarado, Tampico, Pánuco e Laguna de Términos, todas elas exitosas para reforzar o control estadounidense da costa mexicana e interromper as operacións de comercio e subministración militar costeiras. O barco volveu a Norfolk para reparacións o 1 de xaneiro de 1847, onde Anderson foi ascendido a tenente. Mississippi volveu á batalla, chegando a Veracruz o 21 de marzo de 1847, levando a Perry para tomar o mando da frota estadounidense. En seguida ela e os seus homes mergullaron en operacións anfibias contra Veracruz.
, subministrando armas e os seus tripulantes para ser levado a terra para a batería que loitou contra a cidade para renderse en catro días. Durante o resto da guerra, o Mississippi contribuíu con armas, homes e barcos a unha serie de incursións costeiras na costa leste de México, participando na captura de Tabasco en xuño de 1847.