As secuencias das cadeas de ADN que compoñen unha estrutura obxectivo son deseñadas computacionalmente, usando software de modelado molecular e modelado termodinámico. Os propios ácidos nucleicos son despois sintetizados usando métodos estándar de síntese de oligonucleótidos, xeralmente automatizados nun sintetizador de oligonucleótidos, e as cadeas de secuencias personalizadas están dispoñibles comercialmente. As cadeas poden ser purificadas por electroforese en xel desnaturalizada se é necesario, e as concentracións precisas determinadas a través de calquera dos varios métodos de absorción cuántica de ácidos nucleicos usando espectroscopía de absorción ultravioleta. As estruturas de destino completamente formadas poden ser verificadas usando electroforese en xel nativo, que dá información sobre o tamaño e a forma dos complexos de ácidos nucleicos.
se unha estrutura incorpora todos os filamentos desexados