A pesar do alboroto que rodeaba a Miller antes dos Xogos Olímpicos de Inverno de 2006, cada unha das cinco ofertas de medallas de Miller nos Xogos de Turín quedaron cortas: terminou un decepcionante quinto no descenso, foi descalificado <unk> mentres estaba no primeiro lugar no momento <unk> durante a segunda etapa do evento combinado, non puido rematar o super-G, empatado no sexto lugar no slalom xigante
, e tivo outro DNF despois de perder unha porta na primeira carreira do slalom. Con todo, Miller gañou dúas carreiras durante a tempada (un slalom xigante e un super-G) e ocupou o terceiro lugar no título xeral da Copa do Mundo da tempada. Nos Campionatos Nacionais de Estados Unidos de 2006 despois da tempada da Copa do Mundo, Miller gañou os títulos de descenso e slalom xigante. Pasou a esquí de cabeza despois da finalización da tempada. Miller tivo tratamentos de proloterapia, un tratamento alternativo que non mostrou ningún efecto en ensaios clínicos, para os ligamentos do xeonllo ou as rodillas en febreiro de 2006, con outros membros do equipo de esquí, Bryon Friedman e Eric Schlopy.