Junípero Serra pasou oito anos no proxecto de construción das misións ata 1770. Cando unha serie de eventos históricos, incluíndo a expulsión dos xesuítas, forzaron o abandono das misións. Serra trasladouse a California. Cando Serra marchou, as misións quedaron nas mans do clero regular. Durante a guerra de independencia mexicana e a revolución mexicana
, as misións sufriron saqueo e destrución. Os traballos iniciais de restauración do exterior das igrexas da misión comezaron na década de 1980. Entre 1991 e 1997, realizouse un traballo de interior en altares, coros, órganos e pinturas. Os traballos posteriores foron patrocinados polo estado entre 1997 e 2002. Os traballos realizados na década de 1990 tamén incluíron os das prazas e monumentos circundantes. O esforzo para inscribir as misións como Patrimonio da Humanidade comezou en 2000 e tivo éxito en 2003, cando se engadiu durante a 27a reunión do Comité do Patrimonio Mundial.