En 1971, nun intento de evitar un posible enfrontamento entre os militares e o pobo de Paquistán Oriental, o 23 de marzo de 1971, Khan, xunto con outros políticos paquistanís, reuníronse conxuntamente co xeque Mujibur Rahman. Ofreceron apoio a Mujib na formación dun goberno, pero xa era demasiado tarde para romper o impasse xa que Yahya Khan xa decidiu unha represión militar a gran escala. A crecente vulnerabilidade de Paquistán e a indignación internacional contra a represión militar crearon finalmente unha situación que levou á guerra.
entre Paquistán e India. Esta guerra resultou desastrosa e culminou coa derrota das forzas armadas de Paquistán no Paquistán Oriental e a creación do novo estado de Bangladesh. Chocado pola derrota, Yahya Khan dimitiu do cargo e do exército. Baixo o goberno do xeneral Gul Hassan Khan, Zulfikar Ali Bhutto foi traído de volta de América e nomeado o administrador e presidente civil da lei marcial.