Como estaba fóra das murallas aurelianas, a basílica foi danada no século IX durante unha incursión sarracenas. Consecuentemente, o papa Xoán VIII (872-82) fortificou a basílica, o mosteiro e as vivendas dos campesiños, formando a cidade de Johannispolis (italiano: "Giovannipoli") que existiu ata 1348, cando un terremoto
destruírono totalmente.