Durante a guerra, serviu como xefe de artillería no Exército do Potomac, no Departamento de Ohio e no Exército de Cumberland. Distinguíuse na Batalla de Fort Pulaski, Georgia, na Batalla de Chickamauga, na Batalla do Deserto e na Segunda Batalla de Ream's Station.
(Nuevas Alturas de Mercado). O 26 de xuño de 1902 ou o 8 de xullo de 1902, Porter recibiu a Medalla de Honra pola Batalla de Chickamauga como se detalla na citación que se observa a continuación. No último ano da guerra, serviu no persoal do xeneral Ulysses S. Grant, e máis tarde escribiu unha memoria animada da experiencia, "Campaigning With Grant" (1897).