Cando a guerra civil española estalou en xullo de 1936, Juan Guilloto participou no asalto de Cuartel de la Montaña, e a batalla de Guadarrama loitou na cordilleira de Guadarrama. Foi un dos líderes do Quinto Regimiento, converténdose no seu comandante a partir de outubro de 1936. Loitou en Talavera de la Reina.
, Santa Olalla e Illescas (setembro de 1936), a defensa de Madrid e a Segunda batalla da estrada de Corunna, así como na batalla de Jarama (febreiro de 1937).