En 1943 Serong serviu como oficial do Estado Maior 2 coa 6a e 7a Divisións combinadas na meseta de Atherton no Extremo Norte de Queensland, onde estaban descansando e reentrenando antes de realizar novas operacións. A principios de 1944 deu clases no curso de persoal en Cabarlah. Ese mes de agosto, trasladouse a Aitape para prepararse para o despliegue da 6a División. Máis tarde foi asignado ás forzas estadounidenses para o desembarco na illa Morotai.
nas Indias Orientais Neerlandesas a mediados de setembro de 1944. Nas últimas semanas da guerra, Serong foi mencionado en despachos polas súas accións contra os xaponeses en Wewak, mentres servia coa infantería no 35o Batallón. Durante un incidente o 21 de xullo de 1945, comandou unha forza de tres pelotóns e policía nativa nunha patrulla para destruír un depósito de municións xaponés. Aínda que serviu máis tempo en roles de adestramento que en combate, durante a guerra Serong fixo contactos importantes cos que máis tarde traballaría en futuros postos, incluíndo o coronel Reg Pollard, que pasou a ser xefe do Estado Maior Xeral (CGS), e o coronel Charles Spry, máis tarde director de intelixencia militar e director xeral da Organización de intelixencia de seguridade australiana (ASIO).