Na primavera de 1940, a Alemaña nazi baixo Hitler invadiu Noruega, Dinamarca, Holanda, Bélxica e Francia. Mentres tanto, en setembro dese ano, o Xapón Imperial invadiu e conquistou a Indochina Francesa mentres loitaba contra a China durante a Segunda Guerra Sino-Xaponesa. Había unha crecente preocupación en Alaska pola falta de defensa militar, xa que era vulnerable á invasión do Eixo. Gruening estivo presionando por instalacións de defensa en Alaska desde o seu nomeamento como gobernador, e debido ás recentes accións de Alemaña e Xapón, o Congreso designou fondos para construír fortes militares e aeródromos no territorio. En 1941, había 3.000 soldados das Forzas Armadas dos Estados Unidos estacionados ao redor de Alaska. Co ataque a Pearl Harbor, Gruening preparou Alaska para ser o seguinte. Fixéronse plans para apagóns e forzas de defensa civil cuxa primeira asignación era "protexer as estacións de radio, as estacións telefónicas, os tanques de petróleo, os servizos públicos e as docas durante todo o día e estar atentos contra posibles sabotaxes". As forzas armadas ampliaron as súas operacións en Alaska, movéndose lentamente cara á cadea de Aleutianas, a ruta máis accesible desde Asia. Os xaponeses chegaron a Alaska en xuño de 1942, bombardeando
Dutch Harbor e desembarco nas illas de Attu e Kiska, as únicas localizacións continentais dos Estados Unidos capturadas durante a Segunda Guerra Mundial.