Despois do seu regreso a Australia, o batallón foi concedido un período de 24 días antes de reagruparse en marzo en Ravenshoe, Queensland, para comezar os preparativos para a seguinte fase da guerra. O batallón experimentou unha alta rotación de persoal, e no momento en que volveu a entrar en combate a mediados de 1945, só quedaban 141 persoas que foran enviadas ao Oriente Medio en 1940. Un novo comandante, o tenente coronel Noel Simpson, chegou en maio de 1944, xunto cun gran grupo de outros reforzos, substituíndo a moitos homes que aínda sufrían malaria da campaña anterior. Seguíuse un longo período de adestramento, xa que había un grao de incerteza sobre o papel do Exército australiano nas futuras operacións no Pacífico despois de que os militares estadounidenses asumisen a responsabilidade principal das operacións de combate no teatro. Non obstante, nos últimos meses da guerra, o 2/43 participou nos esforzos para recuperar Labuan.
e Borneo do Norte como parte da Operación Oboe Six.