Escriba unha continuación para este parágrafo - Issoufou ocupou o cuarto lugar (recibindo só o 7,60% dos votos) nas faltas e controvertidas eleccións presidenciais do 7 e 8 de xullo de 1996
que deu a Maïnassara unha vitoria absoluta. Xunto cos outros tres candidatos da oposición, Issoufou foi posto baixo arresto domiciliario no segundo día de votación e mantido durante dúas semanas. Despois, rexeitou reunirse con Maïnassara, apelou sen éxito ao Tribunal Supremo para que se anulasen as eleccións e o PNDS convocou manifestacións. O 26 de xullo foi colocado de novo baixo arresto domiciliario, xunto cun outro membro destacado do PNDS, Mohamed Bazoum; foron liberados por orde dun xuíz o 12 de agosto. Tras unha manifestación a favor da democracia o 11 de xaneiro de 1997, Issoufou foi arrestado xunto con Ousmane e Tandja e detido ata o 23 de xaneiro.