Escribir unha continuación para este parágrafo - Sobre o estallido da guerra greco-italiana
en 1940, Karouzou e o seu marido (xunto con outros arqueólogos, gardas do museo e as súas familias) empacaron as coleccións do museo para a seguridade durante a Segunda Guerra Mundial. Karouzou lembrou máis tarde que "foi con orgullo para o noso pobo que me aseguraron, ao final da guerra cando as caixas foron abertas e as antigüidades recibidas, a pesar [do] fatal supervisión insuficiente [do proceso de envasado] nin un só obxecto de ouro, nin unha pedra preciosa faltara". Cando Atenas foi ocupada polo exército alemán en 1941, os Karouzous foron os únicos arqueólogos en Grecia que retiraron a súa pertenza ao Instituto Arqueolóxico Alemán en protesta. Despois do final da Segunda Guerra Mundial, foron os encargados de reinstalar as coleccións do museo, usando os catálogos que Karouzou fixera; esta reinstalación foi completada en 1947.