Os xaponeses entraron na guerra en decembro de 1941 e ao avanzar cara ao sur, cara a Papua, o 49o atopouse baixo ataque aéreo. Durante a campaña Kokoda Track
, fixo un intento de levar elementos do batallón a Kokoda para apoiar ao 39o Batallón durante a Batalla de Kokoda, pero isto resultou frustrado. Máis tarde, as tropas do 49o Batallón uníronse á Honner Force, unha unidade ad hoc encargada de realizar patrullas de longo alcance ao longo do río Goldie para evitar que os xaponeses cortasen a pista, mentres que o resto do batallón estableceu patrullas de pé entre os ríos Goldie e Laloki. Aínda que non se fixo contacto cos xaponeses, o papel de combate axudou a mellorar as perspectivas dos soldados e a moral mellorou. Ao longo dos meses anteriores, a forza do batallón aumentara e en setembro de 1942 tiña unha forza de 37 oficiais e 818 outros rangos, incluíndo un proxecto de 12 oficiais que foran enviados de unidades experimentadas da Segunda Forza Imperial Australiana en agosto. O batallón continuou a expandirse durante os meses de outubro e novembro, momento no que máis da metade do seu persoal se ofrecera como voluntario para transferirse á AIF. Non obstante, as oportunidades de adestramento seguían sendo limitadas, aínda que se facían preparativos para enviar a unidade á batalla. Ao redor deste tempo, a compañía de metralladoras do batallón foi separada e en conxunto con varias outras compañías de metralladoras da milicia, foi usada para formar o 7o Batallón de Metralladoras.