O barco volveu a Xapón para reparacións a mediados de novembro. A falta de combustible e materiais fixo que non puidese volver a entrar en servizo e converteuse nunha batería antiaérea flotante. O seu embudo e o seu mastro foron eliminados para mellorar os arcos de lume das súas armas AA, que foron aumentados por dous monturas Tipo 89 e nove monturas de canóns triples de 25 mm. Os seus canóns secundarios foron retirados como compensación. Unha caldeira de burro de carbón foi instalada no peirao para fins de calefacción e cociña e un cazador de submarinos convertido foi amarrado ao lado para proporcionar vapor e electricidade; os seus canóns antiaéreos carecían de potencia completa e só estaban parcialmente operativos. O 20 de abril, o "Nagato" foi reducido a reserva. En xuño de 1945, todos os seus canóns secundarios e aproximadamente a metade do seu armamento antiaéreo foron trasladados a terra, xunto cos seus telémetros e reflectores. A súa tripulación foi reducida a menos de 1.000 oficiais e soldados. O 18 de xullo de 1945, o navío fortemente camuflado foi atacado por caza-bombardeiros e torpedeiros. O "Nagato" foi alcanzado por dúas bombas e un foguete que mataron a 35 homes e danaron catro armas de 25 mm. O 30 de agosto, uns días antes da rendición formal
, os mariñeiros americanos tomaron o control do barco.