O 13 de xullo de 2011, anunciouse que Jonathan deixaría o Santos para adestrar co gigante da Serie A Inter de Milán, pendente da finalización do traspaso. Dous días despois, o 15 de xullo, converteuse oficialmente nun xogador do Inter, asinando un contrato de catro anos. Jonathan debutou no Inter o 11 de setembro de 2011 na segunda semana da Serie A 2011/12
, xogando os 90 minutos completos nunha derrota de 4 a 3 contra o Palermo. Tres días despois, Jonathan debutou na Champions League, xogando todo o partido do primeiro día contra o equipo turco Trabzonspor nunha derrota por 0-1 no San Siro.