Farenholt ingresou na Armada como mariñeiro o 24 de abril de 1861, despois de 3 anos no servizo mercante. Participou en enfrontamentos e batallas na Batalla de Hatteras Inlet Batteries
, Batalla de Port Royal, Batalla de Fort Pulaski, e moitos outros. O 22 de outubro de 1862, mentres servía como membro da tripulación do canón de obús a bordo do USS Franklin, o mariñeiro Farenholt foi gravemente ferido na batalla de Pocotaligo, Carolina do Sur e foi despedido da Mariña. Volveu a entrar na Armada dos Estados Unidos en febreiro de 1863 despois de recuperarse e foi asignado ao monitor participando en enfrontamentos case diarios coas defensas de Charleston, Carolina do Sur de abril de 1863 a abril de 1864. Participou no fracaso do ataque a Fort Sumter en setembro de 1863. O seu destacado servizo levou ao seu nomeamento como alférez interino o 19 de agosto de 1864, e foi o comandante da goleta de morteiro adscrita ao escuadrón nos Sounds de Carolina do Norte ese mesmo ano. Tamén participou na recaptura de Plymouth, Carolina do Norte, e varios combates nos ríos Roanoke, Chowan e Blackwater, así como na captura de Fort Fisher, Carolina do Norte.