Completar a seguinte frase: Bourdais probou significativamente para o equipo Toro Rosso durante o inverno, aínda que non estaba seguro dunha unidade dirixida ao novo ano. O 6 de febreiro de 2009, con todo, foi confirmado como piloto de Toro Rosso por un segundo ano, asociándose co novato suízo Sébastien Buemi. A pesar dos dous puntos no ano no Gran Premio de Australia e en Mónaco, Bourdais loitou para igualar ao seu compañeiro de equipo menos experimentado. En
Spain Bourdais golpeou o coche de Buemi cando o campo intentou evitar un Jarno Trulli na primeira volta, terminando a carreira para ambos os pilotos. No Gran Premio de Gran Bretaña, Bourdais chocou co piloto de McLaren Heikki Kovalainen, terminando de novo a carreira para ambos. No Gran Premio de Alemaña sufriu un fallo mecánico despois de clasificarse último por máis dun segundo.