A frota de Villeneuve foi reparada en Cádiz, cuberta por un bloqueo de buques de guerra británicos, inicialmente comandados polo contraalmirante Cuthbert Collingwood, e a partir do 27 de setembro polo vicealmirante Nelson, que chegara de Inglaterra para tomar o mando. Pasou as semanas seguintes preparando e refinando as súas tácticas para a batalla anticipada e cenando cos seus capitáns para asegurarse de que entendían as súas intencións. Nelson ideara un plan de ataque que anticipaba que a frota aliada se formaría nunha liña de batalla tradicional. Aproveitando a súa propia experiencia no Nilo e Copenhague, e os exemplos de Duncan en Camperdown e Rodney en Saintes
Nelson decidiu dividir a súa frota en escuadróns en vez de formar unha liña paralela ao inimigo. Estes escuadróns cortarían a liña do inimigo en varios lugares, permitindo que se desenvolvese unha batalla de pelexa na que os barcos británicos poderían abrumar e destruír partes da formación dos seus oponentes, antes de que os barcos inimigos non comprometidos puidesen acudir en axuda.