Completar a seguinte frase: Cena fixo un regreso sorpresa como o participante final do Royal Rumble match, gañándoo, e o tradicional WrestleMania XXIV title shot, eliminando por último a Triple H. En vez de esperar ata WrestleMania, o title shot foi encaixado contra o entón campión da WWE Randy Orton no 2008's No Way Out nun match que Cena gañou por descalificación e, polo tanto, non foi galardoado co campionato. A noite seguinte en "Raw", Cena foi colocado de novo no WWE Championship match de WrestleMania derrotando a Orton nun non-title match con Triple H como árbitro convidado especial, converténdoo nun triple threat match entre os tres homes, durante o cal foi pinchado por Orton. En Backlash, Cena non conseguiu recuperar o título nun combate fatal de eliminación de catro vías, no que foi eliminado por Orton. Durante ese partido, Cena eliminou a JBL, renovando a súa disputa desde 2005. Cena derrotou a JBL en
O Día do Xuízo Final e despois no One Night Stand nun combate de Primeira Sangre. Cena tamén non conseguiu recuperar o Campionato da WWE de Triple H en Night of Champions. Máis tarde, JBL derrotou a Cena nunha pelexa no aparcadoiro da cidade de Nova York no Great American Bash en xullo para rematar a disputa. No episodio do 4 de agosto de "Raw", Cena converteuse en campión mundial por equipos por segunda vez, formando equipo con Batista para derrotar a Cody Rhodes e Ted DiBiase, pero non conseguiu reter o campionato na semana seguinte contra os antigos campións. Cena perdeu contra Batista en SummerSlam. Pouco despois, Cena foi nomeado un dos catro candidatos ao CM Punk's World Heavyweight Championship no Championship Scramble match en Unforgiven, pero foi substituído por Rey Mysterio despois de sufrir unha hernia de disco no pescozo no seu partido en SummerSlam, que requiría cirurxía. Cena foi operado con éxito para reparar a lesión.