Escribe unha continuación para este parágrafo - Un firme oponente da resposta da canciller Angela Merkel á crise migratoria dos anos 2010
Seehofer ameazou con presentar unha queixa formal ante o Tribunal Constitucional, coa histórica alianza entre CDU e CSU en perigo de se dividir e competir entre si en toda Alemaña por primeira vez, pero non ocorreu nada. É un defensor dun límite federal sobre o número de refuxiados que o goberno alemán debe recibir. Despois de ter un mal desempeño histórico nas eleccións federais de 2017 cunha campaña que foi criticada por imitar a Alternativa para Alemaña, o partido que recibiu o seu peor resultado desde 1949, e tentou sen éxito postularse para un terceiro mandato como ministro presidente en 2018, foi presionado polo seu partido para renunciar e en vez diso decidiu tomar o cargo de ministro do Interior, Edificación e Comunidade (originalmente destinado a Joachim Herrmann) no cuarto goberno de Merkel, para dar forma á política migratoria segundo os seus puntos de vista. En xullo de 2018, unha disidencia de unha semana entre Seehofer e Merkel case derrubou o goberno e de novo ameazou seriamente unha división CDU / CSU, pero finalmente atoparon un compromiso.