En marzo de 1937 Schniewind foi removido do seu posto na universidade e a principios de 1938 as autoridades iniciaron un caso de investigación criminal sobre a súa participación coa Igrexa Confessante. Foi obrigado a aceptar un recorte salarial do 80%. Moitas fontes supoñen ou suxiren que permaneceu privado do seu profesorado ata que a guerra rematou.
en maio de 1945, pero unha investigación recente dos rexistros de persoal conservados nos arquivos da Universidade de Halle indicou que a cátedra de Schniewind foi restaurada silenciosamente de algunha forma máis tarde en 1938. Non hai ningún informe de que o caso criminal chegou á fase de acusación. Segundo unha fonte, xunto coas súas actividades de conferencias en nome da Igrexa confesante, puido continuar a "orientar aos seus alumnos en privado". Despois de 1939 combinou as súas actividades na universidade co traballo como capellán do hospital militar.