Escribe unha continuación para este parágrafo - Relacións entre os dous países desde o golpe de estado sudanés de 1989
Tiveron os seus altos e baixos. Chegaron ao seu punto máis baixo en 1995, cando elementos do goberno sudanés foron cómplices nunha trama dun grupo terrorista exipcio, Gama'a Islamiyya, para asasinar ao presidente de Exipto, Husni Mubarak, mentres estaba en camiño do aeroporto de Addis Abeba a unha cúpula da Organización de Unidade Africana (agora Unión Africana) na capital de Etiopía. A finais de 1999, a ira exipcia contra Sudán diminuíu, e o presidente al-Bashir visitou Exipto, onde os dous líderes acordaron normalizar as relacións diplomáticas. Al-Bashir volveu ao Cairo en 2002, momento no que ampliaron a cooperación nunha variedade de cuestións prácticas. Mubarak devolveu a visita ao ir a Xartum o ano seguinte. En 2004, al-Bashir volveu ao Cairo, onde os dous líderes asinaron o Acordo das catro liberdades que trata da liberdade de propiedade, movemento, residencia e traballo entre os dous países. Houbo cooperación na loita contra o terrorismo e en proxectos de desenvolvemento que extraían auga do Nilo, e os dous gobernos acordaron establecer unha zona de libre comercio ao longo da fronteira entre Sudán e Exipto, onde intercambiarían mercadorías libres de impostos. O Sudán agradeceu especialmente o apoio verbal e moral do Exipto á súa política en Darfur. Exipto tamén enviou tropas á Misión da Unión Africana das Nacións Unidas en Darfur. Os investimentos exipcios en Sudán chegaron a 2.500 millóns de dólares en 2008, mentres que os investimentos sudaneses en Exipto totalizaron case 200 millóns de dólares. En 2010 as relacións entre Exipto e Sudán eran mellores do que foron en moitos anos, aínda que varias cuestións polémicas a longo prazo, como o futuro estatuto de Sudán do Sur, a propiedade do triángulo de Hala<unk>ib e o uso da auga do Nilo, seguían sen resolverse.