Debido ao seu activismo, foi detido en numerosas ocasións pola policía iraniana. O 22 de agosto de 2009, foi detido de novo no contexto dos disturbios posteriores ás eleccións presidenciais de 2009
- Non. A principios de marzo de 2010 foi liberado baixo fianza despois de pasar uns tres meses en confinamento solitario. Foi acusado de Moharebeh por suposto "contacto con grupos estranxeiros non especificados e traballar para socavar o sistema islámico" e "insultar ao fundador da República Islámica, o ayatolá Khomeini e o ayatolá Khamenei". Maleki foi hospitalizado varias veces por un ataque cardíaco e outros problemas físicos, incluído o cancro de próstata durante a súa detención. Tamén se lle negou o acceso a un tratamento adecuado e, posteriormente (setembro de 2011), escribiu un breve informe ao relator especial das Nacións Unidas sobre Irán sobre as torturas que sufriu durante a súa prisión, polo que foi posteriormente interrogado e recibiu un aviso que lle prohibiu viaxar ao estranxeiro.