Durante a coroación de Genghis Khan en 1206, este último recordou o apoio de Muqali, e foi recompensado co mando do terceiro tumen e control sobre os mingghans orientais. Xogou un papel destacado na seguinte campaña contra Jin.
, incluída a batalla de Yehuling de 1211, a batalla decisiva na primeira etapa da conquista mongola da dinastía Jin liderada por Jurchen no norte de China.