Mentres tanto, o alto mando xaponés activara o seu plan para defender as Filipinas coa Frota Combinada. Os buques de guerra xaponeses estaban organizados en catro grupos. A forza do norte foi construída arredor dos restantes portaavións da Frota Combinada, agora sen os seus avións de guerra, e debía agardar como un seudónimo ao norte de Luzón. O Xapón esperaba atraer a Forza de Tarefa de Transporte Rápido estadounidense a un punto o suficientemente lonxe do Golfo de Leyte para que estivese fóra de acción mentres que as outras tres forzas do emperador, compostas por buques de guerra de superficie, aniquilaron a navegación estadounidense que apoiaba a cabeza de praia do xeneral Douglas MacArthur en Leyte. Así, esperaban atrapar aos invasores americanos en Leyte.
Os soldados de MacArthur foron capturados en Bataan tres anos antes. As máis poderosas destas forzas de superficie debían cruzar o mar de Sibuyan, atravesar o estreito de San Bernardino e descender sobre o golfo de Leyte desde o norte. Os outros dous debían emerxer do estreito de Surigao e atacar aos invasores no golfo de Leyte desde o sur.