A pesar de varias actuacións respectables na Copa do Mundo, a actuación de Fak nos Campionatos Mundiais de Biatlón 2009
Foi unha gran sorpresa. Na carreira de sprint inaugural, Fak mellorou o seu mellor rendemento na carreira por dúas prazas máis ao rematar 14o. Con todo, non puido mellorar ese rendemento na persecución caendo ao 25o lugar. A gran sorpresa chegou na carreira individual de 20 quilómetros onde Fak gañou a medalla de bronce. Unha puntuación perfecta no rango final tería traído a Fak unha medalla de ouro, con todo, despois de unha falta, Fak tivo que loitar moi duro polo menos por algunha medalla e ao final derrotou a Simon Fourcade por menos dun segundo para gañar o bronce. Así, Jakov Fak gañou a Croacia a súa primeira medalla no Campionato do Mundo de biatlón.