Pinckney axudou a formar e despois dirixir os St James Mounted Riflemen cuxo propósito era defender as varias plantacións no delta do río Santee das incursións do Norte. Ademais, usou a súa terra na plantación Echaw para construír a Batería Warren para protexer unha ponte ferroviaria confederada sobre o Santee. Co paso do tempo, el e os seus homes foron reorganizados baixo o mando do entón maior Arthur Middleton Manigualt en McClellanville e despois, máis tarde, baixo o xeneral M. C. Butler foron enviados a Virxinia. Na batalla de Haw's Shop
Pinckney foi capturado. Como prisioneiro de guerra, foi case morto de fame e mantido na liña de fogo en Morris Island por soldados da Unión en represalia polo tratamento dos soldados da Unión mantidos pola Confederación. El e os outros tratados así foron coñecidos na Confederación como os Seiscentos Imortais pola súa negativa a facer un xuramento de lealdade aos Estados Unidos. Finalmente, Pinckney foi cambiado por soldados da Unión e liberado en liberdade condicional.