Escribe unha continuación para este parágrafo - En agosto de 1936, foi arrestado pola Seguridade do Estado do réxime de Ioannis Metaxas e encarcerado. Desde a prisión, publicou unha carta instando a todos os gregos a resistirse á invasión italiana
de outubro de 1940 e transformar a guerra nunha guerra antifascista. Algúns cadros do KKE, que non crían que a guerra en curso entre as grandes potencias imperialistas difería da Primeira Guerra Mundial debido á existencia da URSS na escena mundial, consideraron que esta carta foi fabricada polo réxime de Metaxas. Zachariadis incluso foi acusado de liberalo para gañar o favor de Konstantinos Maniadakis e ser liberado da prisión. A carta de Zachariadis segue sendo unha pedra angular da contribución vital do KKE ao movemento de Resistencia Nacional contra os ocupantes fascistas (1941-1944).