Durante a Segunda Guerra Mundial, tanto as bombas australianas como as xaponesas caeron sobre a prisión. Tras a invasión xaponesa de Timor Portugués
En 1942, os edificios da prisión que resistiron as fortes chuvias foron convertidos polos xaponeses nun posto de mando. Despois de que rematou a Segunda Guerra Mundial, os edificios danados non foron restaurados.