O goberno de Đukanović enviou tropas para loitar contra a Croacia secesionista mentres se opunha ás consecuencias da independencia de Iugoslavia causadas pola independencia eslovena
e rebelións noutras áreas. O gabinete de Đukanović participou activamente no asedio de Dubrovnik desde o outono de 1991 ata a primavera de 1992, o que provocou que a cidade sufrise graves danos estruturais. Os arredores de Konavli tamén sufriron as incursións de saqueo. Durante este período, Đukanović foi un dos falcóns máis vociferantes do goberno de Montenegro. Algunhas das súas declaracións notables deste período inclúen unha proclamación sobre "comezar a odiar o xadrez por mor da šahovnica (o escudo de armas croata de xadrez) " e unha declaración agresiva pronunciada nun discurso público durante o asalto a Dubrovnik de que " xa diluímos as fronteiras AVNOJ de Montenegro e Herzegovina, é dicir, o leste de Bosnia e Montenegro.