Para 1989, conduciu o novo V10 Renault Williams FW12C. comezou con Boutsen no pé traseiro debido a un grave accidente de probas de pretemporada en Río e porque o veterano compañeiro de equipo Riccardo Patrese tivo un gran rexurdimento na forma. Con todo, no Gran Premio de Canadá, Boutsen conduciu ben en condicións húmidas e conseguiu a súa vitoria inaugural despois de que Senna sufriu un fallo de motor tardío. Aínda que foi unha vitoria benvida (Boutsen converteuse no primeiro novo gañador na F1 desde que o ex compañeiro de equipo de Arrows Gerhard Berger gañara o Gran Premio de México de 1986
para Benetton. Entre entón só Senna, Prost, Nigel Mansell, Nelson Piquet e Berger gañaron unha carreira), foi considerada unha vitoria de sorte para o belga xa que fora o último nunha etapa e fixo un giro completo de 360 °, aínda que por sorte conseguiu manter o seu coche fóra das paredes. Conseguiu atrapar e pasar a Patrese que sufría con unha bandexa de fondo solta e tomou a liderada 3 voltas desde o final cando o motor Honda V10 en Senna &lt;a href="McLaren%20MP4/5"&gt;McLaren MP4/5&lt;/a&gt; se apoderou. Tres podios máis chegaron antes de que Boutsen completase o ano cunha segunda vitoria no Gran Premio de Australia empapado de choiva. Ironicamente Boutsen fora un dos pilotos que protestaban polas condicións do circuíto antes da carreira.