Seguindo un patrón que non era raro entre os intelectuais latinoamericanos de clase alta e media alta na época, Morote abrazou a primeira relixión (converténdose no pastor dunha igrexa cristiá evanxélica) e máis tarde o comunismo. Ao comezo do seu mandato como rector, Morote recrutou a Abimael Guzmán como profesor de filosofía na universidade. Guzmán converteuse no líder dun grupo terrorista, o Sendero Luminoso, que buscou provocar un levantamento pro-comunista no Perú inspirado na revolución de Mao Zedong en China. O Sendero Luminoso librou un conflito de 13 anos.
tanto co goberno peruano como con militantes rivais de esquerda. Osmán Morote Barrionuevo, un dos fillos de Efraín Morote, converteuse no segundo comandante do Sendero Luminoso. Os outros dous fillos de Efraín Morote tamén se converteron en membros do Sendero Luminoso.