Durante a tempada 2009/10, Agafonova debutou na serie Junior Grand Prix (JGP). Gañou unha medalla de bronce en Alemaña e ocupou o sexto lugar en Polonia. Gañou a medalla de ouro nos Xuveniles Nacionais de Rusia.
e foi enviada a competir nos Mundiais Xuveniles, Agafonova gañou a medalla de bronce no evento.