En 1949, o Consello da Comunidade Xudaica de Praga da comunidade xudía remanente nas terras checas cedeu o control do museo ao réxime comunista. O 4 de abril de 1950, foi renomeado como Museo Xudeu Estatal, unha institución cultural estendida por seis sinagogas, unha sala de cerimonias e un cemiterio, establecida como "un memorial, unha axencia de preservación histórica e un instituto de investigación". Os comunistas suprimiron o xudaísmo, prohibiron o contacto con investigadores estranxeiros e as únicas exposicións permitidas foron os debuxos de nenos de Terezín. Despois da invasión soviética de 1968
, realizáronse poucas novas exposicións. Aínda que o museo era a maior atracción turística de Checoslovaquia, atraendo anualmente a 700.000 visitantes, a colección de Judaica era coñecida só por eruditos no campo.