Completa a seguinte frase: preto do final de xuño de 1861, Hotchkiss asinou como un carruaxeiro confederado para levar subministracións á Cabalería de Churchville en Rich Mountain, West Virginia. Hotchkiss ofreceu os seus servizos como cartógrafo ao xeneral de brigada Richard B. Garnett, cuxa brigada confederada estaba operando no oeste de Virxinia. Hotchkiss serviu en Rich Mountain e creou mapas para a campaña planeada do xeneral Robert E. Lee nas montañas. Tomou unha breve licenza médica despois de ser afectado por febre tifoide, pero volveu ao deber en marzo de 1862 como enxeñeiro xefe topográfico do distrito do val, informando ao xeneral Stonewall Jackson. Despois da derrota inicial na batalla de Kernstown durante a súa
O 26 de marzo de 1862, Jackson convocou a Hotchkiss ao seu cuartel xeral en Narrow Passage preto de Woodstock e ordenoulle que "facese un mapa do Val, desde Harper's Ferry a Lexington, mostrando todos os puntos de ofensiva e defensa [sic] nestes lugares". A recomendación inmediata de Hotchkiss foi que a liña de Jackson en Stony Creek en Woodstock era indefendible, e que Jackson debería retirarse a Rude's Hill, un pequeno promontorio defendible ao sur do monte. Jackson, por favor. Foi en Rude's Hill onde Jackson reorganizou o seu mando para o resto da súa exitosa campaña de 1862 no val de Shenandoah.