Deixou os hábitos por un breve período e entrou no Seminario Conciliar de Buenos Aires en 1860. Serviu como capellán militar durante a Guerra do Paraguai, e polo seu comportamento heroico foi ascendido a tenente coronel. Canavery estivo presente nas batallas de Yatay, Batalla de Tuyutí
, Batalla de Curupayty e Batalla de Lomas Valentinas, ocorreu o 27 de decembro de 1868. Terminada a guerra foi engadido ás tropas que ocuparon a cidade de Asunción. Foi o primeiro capellán que serviu en Villa Occidental, sendo substituído no cargo por José Pablo Lynch y Cabrera.