En xaneiro de 1941, a brigada participou na Campaña do Deserto Occidental, entrando en acción por primeira vez en torno a Bardia.
, que foi capturado dos italianos durante varios días. Isto foi seguido máis tarde no mes pola captura de Tobruk, onde a 16a Brigada permaneceu mentres que as outras dúas brigadas da 6a División, a 17a e a 19a, tomaron parte noutras accións ao redor de Derna e Bengasi. En marzo, a división concéntrase arredor de Amiriya mentres se preparaba para desprazarse a Grecia, en resposta a unha invasión alemá esperada. Durante a Batalla de Grecia, a 16a Brigada ocupou Seria antes de establecerse no paso de Veria. Cando comezou o ataque alemán, o 2o Batallón proporcionou cobertura de retaguardia mentres a brigada se retirou xunto coa 4a Brigada de Nova Zelandia. Un avance alemán no desfiladeiro de Tempe resultou nunha nova retirada durante a cal os 2o e 2o Batallóns proporcionaron seguridade á retaguardia mentres o corpo Anzac se retiraba a través de Larissa. Despois diso, a brigada recibiu a orde de evacuar, e os elementos retiráronse por mar en Kalamata. A maioría da brigada foi evacuada de volta a Exipto e posteriormente re-formada en Palestina; con todo, elementos da brigada desembarcaron en Creta. A 2/1 foi desembarcada como un todo e desplegada para defender o aeródromo de Retimo, mentres que elementos da 2/2 e 2/3 foron formados nun 16o Batallón Composto da Brigada. Durante os combates, o 2/1 foi en gran parte destruído durante a breve batalla de Creta, coa maioría sendo feito prisioneiro.