En 1916, tras a entrada de Romanía na Primeira Guerra Mundial, Rainer volveu a Bucarest e uniuse a Marta, sendo chamado para o servizo médico como coronel. Durante a contraofensiva de 1916, os Rainers montaron salas de cirurxía nos hospitais que se encheran de feridos da batalla de Turtucaia.
e o ataque do zepelín a Bucarest. Máis tarde, durante a ocupación de Bucarest polas Potencias Centrais, Francisc Rainer estableceu hospitais temporais nas escolas. Continuou ensinando baixo a administración alemá, para que os seus estudantes non faltasen un ano, pero tamén estaba obrigado a ensinar cursos separados para estudantes alemáns. Conseguiu evitar que as autoridades de ocupación requisasen os bens da facultade. Visto como sospeitosos políticos, os Rainers foron seleccionados para o internamento en Bulgaria, pero salvados pola intervención de Minovici no seu nome. Marta Rainer, que dirixía hospitais de guerra, organizou equipos de cirurxiáns para axudar a tratar a crise humanitaria, e operou sen parar durante o inverno extremadamente frío de 1917-1918.