Comezou o 2013 substituíndo aos equipos de Estados Unidos e Alemaña durante a Copa Hopman 2013
como substituto dos feridos John Isner e Tommy Haas. Kokkinakis competiu na competición de clasificación do Aberto de Australia de 2013, perdendo ante Steve Johnson 15<unk>17 no terceiro set. Kokkinakis sufriu unha fractura por estrés nas costas na final masculina do Aberto de Australia que o mantivo fóra da competición ata mediados de 2013. Despois volveu á competición xogando torneos de Futures na República Checa, Canadá e Estados Unidos, destacando un cuarto de final do evento de Canadá F5. En setembro e outubro, Kokkinakis competiu en dúas probas de Challenger nos Estados Unidos. O primeiro foi o Napa Valley Challenger de 2013 onde se clasificou e chegou á segunda rolda, caendo ante Bradley Klahn a pesar de liderar por un set. Despois, no Sacramento Challenger de 2013 clasificouse e chegou á segunda rolda. Perdeu de novo a pesar de liderar por un set contra Nick Kyrgios. Como resultado disto, a súa clasificación aumentou a unha carreira mellor de número 655. En outubro, Kokkinakis emparexou con Benjamin Mitchell e gañou o Melbourne Challenger derrotando a Alex Bolt e Andrew Whittington na final en sets consecutivos. Isto aumentou o seu ranking de dobres en 453 lugares, o que o colocou no número 505 da carreira. Tamén chegou á segunda rolda en individuais. Parecía que ía causar un gran trastorno despois de tomar o primeiro set contra Matt Ebden antes de perder os seguintes dous sets. Finalizou o seu ano no 2013 Traralgon Challenger onde perdeu na segunda rolda ante James Duckworth en sets consecutivos.