No EuroBasket de 2007, Giannakis levou a Grecia a un cuarto posto. Nos Xogos Olímpicos de Pequín de 2008
, levou a Grecia a un quinto lugar. En decembro de 2008, Giannakis rematou o seu mandato como adestrador da selección nacional de Grecia. Foi sucedido nese papel por Jonas Kazlauskas.