O 9 de abril de 1940, as tropas alemás invadiron e ocuparon Dinamarca.
- Non. Durante a ocupación alemá, mantivo un perfil baixo pero intentou manter o espírito a través da poesía camuflada da resistencia. En 1940, Henningsen contribuíu coa canción á revista "Dyveke" de Kjeld Abell, que pedía resistencia aos nazis de forma conspicua que os censores alemáns interpretaron mal como unha canción sobre os vínculos restritivos do matrimonio. Antes de que os nazis puidesen deportalo aos campos de concentración ou poñelo en perigo doutro xeito, deixou en segredo Dinamarca xunto coa maioría dos xudeus daneses en 1943. Fuxiu á Suecia neutral co arquitecto xudeu Arne Jacobsen e as súas esposas nunha barca de remo dirixida por un enxeñeiro civil xudeu e estudante de remo chamado Herbert Marcus.