Mentres o I-6 estaba en Yokosuka, a campaña das Illas Aleutianas comezou o 3 e 4 de xuño de 1942 cun ataque aéreo xaponés.
en Dutch Harbor, Alaska, seguida rapidamente pola ocupación xaponesa nas Illas Aleutianas de Attu o 5 de xuño e Kiska o 7 de xuño de 1942. O 10 de xuño de 1942, os "I-1", "I-2", "I-3", "I-4", "I-5", "I-6" e "I-7" foron reasignados á Forza do Norte para o servizo nas Aleutianas, e o 17 ou 20 de xuño de 1942 o "I-6" partiu para as augas aleutianas para comezar a súa cuarta patrulla de guerra. Uníuse á patrulla "K" na zona do paso Unimak. O 7 de xullo de 1942, recibiu ordes para moverse á área de Kiska. Cando o resto do escuadrón de submarinos recibiu a orde de volver a Xapón o 20 de xullo de 1942, ordenoulle que permanecese e operase desde Kiska.