Mentres tanto, o rei Fernando VII de España foi restaurado no poder e enviou un gran exército para sofocar as rebelións e reconquistar as colonias perdidas. O exército español, comandado polo xeneral Pablo Morillo, dirixiu unha campaña militar violenta e exitosa
que culminou coa captura de Santafé o 6 de maio de 1816. Temendo as tropas de Morillo, Torres fuxiu á pequena cidade de El Pital, preto de Neiva. Intentou fuxir do país a bordo dun barco cara a Arxentina no porto de Buenaventura, pero foi capturado polas tropas de Juan Sámano despois de que o barco partiu sen el e outros en xullo de 1816. Foi enviado a Santafé, onde foi executado por un pelotón de fusilamento por traizón contra a monarquía española o 5 de outubro de 1816.