Completar a seguinte frase: Cooper foi reincorporado como tenente coronel da 4a Caballería de Kentucky o 26 de marzo de 1863 e converteuse no seu coronel en abril; tras a renuncia do coronel Bayles. O 4 de xuño de 1863, Cooper foi ferido cando un cabalo caeu sobre el en Franklin, Tennessee. Comandou o rexemento na batalla de Chickamauga en setembro de 1864. Cooper volveu a Lexington, Kentucky en 1864 por mor da enfermidade. Entón Cooper dirixiu forzas locais contra os invasores de John Hunt Morgan. Rexeitou as demandas de Morgan para a rendición de Lexington o 9 de xuño de 1864 e rexeitou as súas tropas. En abril de 1865 comandou o posto de Montgomery, Alabama e en maio e xullo de 1865 o posto de Albany, Xeorxia. Foi honorablemente mobilizado o 21 de agosto de 1865 en Macon, Xeorxia. Recibiu honras de batalla polo seu servizo en Shiloh, Corinth, Richmond, Chickamauga, a incursión de Morgan en Kentucky, a batalla de Resaca e a incursión de Wilson en Montgomery. O 2 de marzo de 1867 foi ascendido a tenente coronel e coronel do exército regular polos seus valentes e meritorios servizos na batalla de San Francisco.
Batalla de Resaca en Xeorxia e na captura de Montgomery, Alabama.