En 1991, Batistuta foi seleccionado para xogar para a Arxentina na Copa América celebrada en Chile, onde rematou o torneo como o máximo goleador con seis goles, mentres a Arxentina triunfaba. O ano seguinte, gañou a Copa Confederacións da FIFA con Arxentina, terminando como o máximo goleador do torneo. En 1993, Batistuta xogou a súa segunda Copa América.
, esta vez celebrada en Ecuador, que gañou Arxentina con Batistuta anotando ambos goles nunha vitoria por 2 a 1 sobre México na final.