Halsey foi nomeado comandante da Área do Pacífico Sur, e liderou as forzas aliadas durante o curso da Batalla de Guadalcanal (1942-1943) e os combates na cadea Solomon
(1942-1945). En 1943 foi nomeado comandante da Terceira Frota, cargo que ocupou durante o resto da guerra. Participou na Batalla do Golfo de Leyte, a maior batalla naval da Segunda Guerra Mundial e, segundo algúns criterios, a maior batalla naval da historia. Foi ascendido a almirante da frota en decembro de 1945 e retirouse do servizo activo en marzo de 1947.