En marzo de 1861, Ferguson foi nomeado capitán da milicia de Carolina do Sur, sendo posteriormente nomeado tenente e axudante de campo do xeneral de brigada do exército de Carolina do Sur, P. G. T. Beauregard. Foi un dos oficiais que recibiu a rendición formal do maior do exército estadounidense Robert Anderson en Fort Sumter, levantou a primeira bandeira dos Estados Confederados e enviou os primeiros gardas a Fort Sumter. Despois do asedio, foi enviado para presentar a primeira bandeira confederada golpeada por disparos inimigos ao Congreso Provisional dos Estados Confederados. Foi tenente coronel e axudante do xeneral Beauregard durante a batalla de Shiloh.
- Non. Durante a batalla de Farmington, estivo no 28o Regimento de Cabalería de Mississippi. El comandou a unidade mentres defendía Vicksburg, e axudou a deter ataques feitos polo xeneral William T. Sherman e o comodoro David Porter.