Baixo a Confederación, o seu alguacil tiña un castelo na marxe dereita do Limmat, controlando o acceso á ponte. A Dieta Suíza reuniuse en Baden repetidamente desde 1426 ata preto de 1712, facendo de Baden unha especie de capital para Suíza. O Concello ('), onde se reunía a Dieta, aínda pode ser visitado. Durante o século XV, a cidade recuperou a súa popularidade como centro termal ('). A cidade foi o lugar dun famoso debate sobre a transubstanciación do 21 de maio ao 18 de xuño de 1526. Aínda que Zwingli rexeitou asistir en persoa, imprimiu follas durante toda a súa duración e enviou ao seu asistente Johannes Oecolampadius para debater con Johann Eck e Thomas Murner. Ao final, unha maioría decidiu en contra dos reformistas, pero tamén xurdiu un bloque substancial en seu nome. Johann Pistorius celebrou unha disputa na cidade en 1589. Stein foi refortificado nalgún momento entre 1658 e 1670, pero a fortaleza foi abandonada en 1712. En 1714, os tratados de Rastatt e Baden puxeron fin ás hostilidades entre Francia e os Habsburgo, o último teatro da Guerra de Sucesión Española. Outro tratado de Baden rematou a guerra de Toggenburg
entre os cantóns suízos protestantes e católicos en 1718. Baden foi a capital do cantón de Baden desde 1798 ata 1803, cando se creou o cantón de Aargau.