1799年に戦争が再開したとき,ジョルダンはライン川の軍を率いていたが,再びチャールズ大公に敗れた.
3月下旬にオストラックとストッカックに 失望し,健康状態が悪くなり,彼は指揮をアンドレ・マセナ将軍に譲った. 彼は政治的任務を再開し,18年ブルマエのクーデターの著名な反対者であり,その後彼は五百人の評議会から追放された. しかし,すぐに彼は新しい"体制"と正式に和解し,ナポレオンから新しい軍事と民間雇用を受け入れた. 1800年,ジョルダンは騎兵隊と歩兵隊の総督官となり,シサルピーヌ共和国におけるフランスの権益を代表した.