1940年5月 ウェイガンドは現役に召喚され ドイツの侵攻中にフランス軍の指揮を 引き受けた 一連の軍事的挫折の後,ウェイガンドは停戦を勧告し,フランスは後に降伏した. 1940年9月,フランス領北アフリカの代表総長に任命されるまで,防衛大臣としてフィリップ・ペッタンのヴィシー政権に加わった. ウェイガンドはドイツとの限定的な協力のみを好んでおり,1941年11月にヒトラーの要求により,彼のポストから解任された. 北アフリカへの連合軍の侵攻後
1942年11月,ウェイガンドはドイツ軍に逮捕され,1945年5月までオーストリアのイッター城に投獄された. フランスに戻った後,彼はヴァル・ド・グレースで協力者として拘束されたが,1946年に釈放され,1948年に起訴は免除された. 彼は1965年1月,パリで98歳で亡くなった.