1941年初頭,マクグリゴーは,短期間,船長を務め,サー・ジェームズ・ソマーヴィルの旗艦であり, マルタの護衛隊と,大西洋と地中海の他の作戦に参加しました. 1941年2月のジェノワの爆撃と, 1941年7月8日に後提督に昇進した. 1941年9月9日から1943年初頭まで,彼は海軍参謀部 (武器) の副長官であった. 1943年後半,彼はイタリアのパンテルリア島 (コルクスクルー作戦) とシチリア侵攻をカバーする海軍部隊 (フォースB) を指揮した.
勲章を授与されました 負傷したシチリアで3ヶ月間旗官として勤務し,1943年末までタラントとアドリア海 (アレクサンドリアの海岸施設に拠点を置く) の旗官として再配備された.