アル・アクサ・モスクはイスラム教徒とユダヤ教徒の両方にとって聖なる場所ですが,イスラム教徒は,エルサレムの残りの部分と共に,アル・アクサがイスラエルに併合され,イスラエルが主張することを恐れています. イスラエルとパレスチナの紛争の火点であり,第2次インティファダを引き起こした.
2000年に 50歳以上のイスラエル人身分証明書を持つ者だけが,今日モスクで礼拝することが許されました. パレスチナの若者がイスラエル兵に石を投げ,数人のパレスチナ人が重傷を負った.