1952年にファルク国王を打倒し,ムハンマド・ナギブ将軍とガマル・アブデル・ナッサー大佐を政権に連れてきた軍事クーデターで,アマーが主導的な役割を果たした. 翌年,アメールは少佐から少将に昇進し,4つの軍事階級を回避し,エジプトの参謀総長に就任した. 1956年,アメルはエジプトとシリアによって設立された合同軍事司令部の最高司令官に任命された. 1956年のスエズ戦争中,イスラエルと連合したイギリス・フランス両国に対してエジプト軍を率いた.
やってみよう 戦闘が終わった後 アマーは ナセルを不必要な戦争を挑発し 結果として軍を責めたと非難した. ナセルのシリアの代表として アマーは1961年のシリアクーデターで反乱軍に拘束され,カイロに送還された.