1964年1月,ウガンダの第2の都市であるジンジャの軍事兵舎で反乱が発生し,ウガンダ陸軍の第1大隊が駐留した.他の2つの東アフリカ州でも同様の反乱が発生し,この3カ国はイギリス軍からの軍隊の支援を要請した.しかし,到着する前に,オボテは防衛大臣フェリックス・オナマを反乱軍と交渉するために派遣した.オナマは人質にされ,軍隊の大幅な給付増や将来の大統領を含む多くの将校の急速な昇進を含む多くの要求に同意した.1965年,ケニア人は政府内の指導職から排除され,1969年にウガンダから大量に排除された.オボテ首相は連邦の密輸陰謀に巻き込まれ,ウガンダの副大統領イディ・アミンと武装した.しかし,オボテは大統領を逮捕し,議会の新たな憲法を制定した.その後,オボテは議会の権限を放棄し,大統領を逮捕した.そして,オボテは議会の新たな憲法を制定したときに,議会の権限を停止し,大統領を排除した.
1966年3月に大統領を宣言し