モスクワからの撤退と プルーシアの蜂起が 戦争の座をドイツ中部に移したときに ジョミニはこうして関与した. 彼はすぐにネイと再会し,
ルーツェンの戦い ネイ軍団の参謀長として,バウツェンの戦前と戦時において,優れた役目を果たした. このために彼は師団将軍に推薦された. しかし,ベルティエは,リストからジョミニの名前を消しただけでなく,彼を逮捕し,要求された特定のスタッフのレポートを提供しなかったことを軍命令で非難しました. ネイがバウツェン攻撃で望んだ結果を達成することを妨げた特定の誤解に対して,ジョミニがどの程度責任を持っていたかは不明である. しかし,検閲の口実はジョミニ自身の見解では些細で根拠のないもので,休戦の間,ジョミニは1809年~1810年に意図していたようにしてロシア軍に入隊した.