コヴァッチは,クロアチア代表として2002年と2006年の2回ワールドカップに出場し,2回欧州選手権に出場した.
2004年と2008年のことです 2006年ワールドカップでは,彼は防衛でうまくプレーしたが,日本との対戦で2度目のイエローを取った後,彼は停戦によってオーストラリアとの最終グループ戦を逃した. コヴァッチがいないクロアチアは,彼の代わりのトーマスがペナルティキックでオーストラリアの最初のゴールのためにハンドボールを決めたため,防衛で苦労しました. クロアチアは最終的にオーストラリアと2対2で引き分けしたが,トーナメントから除外された. クロアチア,レヴァルクセン,バイエルンでは,コヴァーチは兄ニコ・コヴァーチとチームメイトだった. 2008年に兄が引退した後,2009年秋に代表チームを引退した.