皇帝は,スウェーデンとの戦いに個人的に参加し,
1645年3月6日のヤンカウの戦い その後,レナート・トルステンソン率いるスウェーデン軍はウィーンへ進軍した. 皇帝 は 町 の 士気 を 上げ て ほしい と 願っ て,処女 マリア の 像 を 持っ て 大 群れ で 町 を 巡回 し まし た. スウェーデンの軍隊が近づくにつれ,フェルディナンドは町を去った. 大公レオポルト・ヴィルヘルムは 敵を追い払った. フェルディナンド は 時々,フランス と スウェーデン の 同盟国 で ある トランシルバニア の ジョージ 1 世 皇太子 ラコツィ を 味方 に する こと に 成功した. 1645年の"リンツの平和"では,皇帝はハンガリー諸邦に皇帝の代表権とプロテスタントの宗教の自由を保証しなければならなかった.これはハンガリーにおける反改革と将来の絶対主義支配を防ぐことになった.