アルファは1999年に始まった第2次チェチェン戦争と,その後のチェチェン戦争で活動していた.
北コーカサスでの反乱 2000年のコムソモルスコエの戦いで,ウラジミール・シャマノフの連邦軍の西部グループに付属したアルファ狙撃兵が,村でルスラン・ゲラエフの狙撃兵を抑えるために配備された. 部隊のベテランによると,アルファが参加した作戦は,2000年にチェチェン司令官サルマン・ラドゥエフの逮捕,2001年にチェチェン司令官アルビ・バラエフの殺害,2005年にチェチェン分離主義者の大統領アスラン・マシュハドフの殺害,2006年にダゲスタンで外国武装指導者アブ・ハフスの殺害につながった. 2001年1月にチェチェンでの作戦の責任が国防省からFSBに移転した後,2003年に始まった"チェチェン化"政策の前に,アルファのメンバーは (他のロシア人スタッフとモスクワ支持のチェチェン民兵と共に) 少なくとも10の混合"統合特殊グループ" (SSG) に参加し,人権団体と外部観察者によって死の部隊とみなされました. SSGは多くの"名前/住所浄化" ("imeny/addressny zachistki") の背後にあると信じられている. 通常は,非標識の車両で仮面の男性による夜間襲撃で,特定の現役または元反乱戦闘員,その支持者,その親戚,または他の民間人を標的として,強制失踪または法外殺害を目的とした. 2005年 ヒューマン・ライツ・ウォッチは 失踪事件が人道に対する 犯罪の規模に達したと宣言し "ロシアは 強制失踪事件で世界トップであるという 恥ずべき栄誉を誇る"と述べた. チェチェニアのUFSBは地元のアルファ部隊を設立し,その役割はSSGに似ていると考えられています.