805年,この島はシャルル・マグネによってローマのトレ・フォンタネ修道院に寄付され,後にアルドブロンデシュ家,パノキエスキー家,カエタニ家,オルシニ家,そしてペルージャ市に継承された. 1241年,皇帝フレデリック2世のシチリアとピザの艦隊は,
ジリオの戦い 1264年から,イソラ・デル・ギリオはピザの領地であり,そこからメディチ家に移った. サラセンの攻撃を数回受け,それは1799年にのみ終わった.