ティムールに敗れた
アンカラの戦いで,彼の息子たちの間の内戦が始まり",オスマン帝国の間"として知られる時期となった. 状況を利用して,ジュナイドはティムールによって復位されたアイディニド兄弟であるイサとウマル2世を攻撃した. 1406年初頭までに,イサとウマルは死去し,ジュナイドはかつてのアイディニドドメインの支配者となった. キリスト教徒とイスラム教徒の地域の支配者と同様に,ジュナイドは,バイエジドの息子であるイサ,スライマン,ムーサ,メハメドの間の内戦でも積極的に参加し,その中で彼は数回忠誠を交わした. 彼はメハメドに対するイサを支持し,スレイマンの従属者となった. 紛争を悪用して権力と独立を拡大しようとする彼の頑固な試みは,スレイマンに1410年にルーメリにオヒリッドの州知事として彼を送るよう強制された. 1411年,スライマーンが弟のムーサに殺された後,ジュナイドはアナトリアに戻り,スミルナを占領したが,メフメトの支配を認めざるを得なかった. ムサに対するキャンペーンのためにムハメドがルメリに不在していた間,ジュナイドは独立を回復し,隣接する支配者を攻撃した. その結果,1414年にメフメッドはジュナイドに対する地域連合を率いた. ジュナイドの母親は息子の命を救ったが,ジュナイドは再び財産を奪われ,ニコポリスの総督としてルメリに送られた. 1416年にビザンチン人が彼とムスタファを収容することに同意するまで,彼はムスタファ・チェレビの失敗した反乱に加わった.