1798年,ジョーダンが彼を 監視軍の参謀長に任命した. エルヌフは,イギリスの歴史家たちがカンポ・フォーミオ条約の違反と称した,第二連合戦争に導いた,レイン川を渡ったとき,オブザーブメント軍に所属していた. 3月2日,陸軍はドナウ河陸軍に改称され,上シュワビアへ進軍し,オストラッヒで大公チャールスのハプスブルク軍と戦った.
3月21日,そしてまた3月25日にストカッヒで. 両戦とも,ハプスブルク人の兵力は,それぞれ3対1と2対1でフランス軍を上回り,フランス軍の陣線を圧倒した.軍の司令官であるジョーダン (Jourdan) は,ハプスブルク軍の勢力を十分に集中させることができず,3月下旬にブラックフォレストに撤退した. エルヌフはドナウ河軍の指揮を引き受け,ヨルダンはパリに戻り,より多くの部隊を要請した. 彼はドナウ河軍の司令官としてアンドレ・マッセナに取って代わられ,1799年のスイス作戦でマッセナの参謀長を務め,その間,チューリッヒとスイスの中央で行動した.彼は再びチューリッヒで,フランスがアレクサンダー・リムスキー・コルサコフに勝利した.