1942年半ばにアメリカに戻った後,ウィルクスは海軍戦争大学に通い,その後,新しい軽巡洋艦の指揮官となり,1943年7月にシチリア侵攻に参加するために地中海に連れて行きました. 1943年8月からウィルクス少将はイギリスとフランスで陸上部隊を指揮し,1944年6月のノルマンディー侵攻の準備に重要な役割を果たし,
南フランスへの侵攻から2ヶ月後 連合軍の陸上攻勢がドイツに移行した際,ウィルケスはフランスにおける米国の港湾と基地を担当し,物流の管理で攻撃を物質的に支援した.