2017年5月17日,ヴェルナーはロシアで開催された2017 FIFAコンフェデレーションズカップのドイツ代表に指名されました. 彼はオーストラリアとのトーナメントの開幕戦でサンドロ・ワグナーの代わりに出場し,6月25日にカメルーンとの最終グループ戦でドイツがスタートに選ばれ,最初の2つの国際ゴールを記録した. 4日後,ヴェルナーがドイツの3番目のゴールを記録し,準決勝でメキシコに4対1で勝利した. 2017年7月2日,ヴェルナーは2017年FIFAコンフェデレーションズカップ決勝でラース・スティンドルの優勝ゴールをアシストした.
チリに 3ゴールと2アシストで,ヴェルナーはトーナメントのゴールデンブーツを受賞した.