現在,分類システムは,構造的特徴と共通の祖先を共有する生物のグループに分類することを目指しています.これらの分類は,生物間の関係 (分子系遺伝学) を明らかにするためにリボソームRNA遺伝子の配列の使用に大きく依存しています. 培養可能でよく調査されたアーカイア種のほとんどは,EuryarchaeotaとCrenarchaeotaの2つの主要な系統のメンバーです. 他のグループは暫定的に作成されています. 例えば,2003年に発見された特殊な種であるNanoarchaeum equitansは,独自の系統であるNanoarchaeotaに与えられました. 新しい分類システムは,Korarchaeotaを組織することを目指しています. これらの分類は,有機体間の関係を明らかにするために,リボソームRNA遺伝子の配列の使用に大きく依存しています. 最近,これらの2つの主要な系統のいずれも,最も珍しい属性を含んでいるが,最近では,これらの2つの主要な系統に密接に関連していると考えられています. これらの2つの属性には,アーカイオタとミクロアミクロアミクロアミクロアミクロアミクロアミクロアミクロアミクロアミクロアミクロアミクロアミクロアミクロアミクロ
エウリアキオタとクレナキオタ