1642年10月21日,モルガンはウォリックシャー州サウサムでチャールズに騎士号を与えられ,2日後にエッジヒルの戦いで戦った. 弟のトーマス・モーガン大佐が ニューベリー戦いで殺された
1643年9月20日,彼はノースハンプトンシャーのヘイフォードとクラストホープの邸宅を所有し,モモースシャア,ウォリックシャア,ウェストモアランドに他の財産を持っていた. その後,彼は海外へ出張したが,1648年に帰国し,1646年1月5日の条例によって議会によって彼の財産が封鎖されたが,彼はバンベリー城で賃料を支払わないために彼のいくつかの賃貸人を投獄した.