1567年4月21日から23日の間,メアリーは最後にスターリングで息子を訪れた. 4月24日にエジンバラに戻る途中,メアリーはボートウェル卿とその部下によって誘拐され,ダンバー城に連れて行かれ,そこでレイプされた可能性がある. 5月6日,メアリーとボートウェルはエジンバラに戻り,5月15日,ホーリールード宮殿またはホーリールード修道院で,彼らはプロテスタントの儀式で結婚した.ボートウェルと彼の最初の妻,ハントリー卿の妹であるジャン・ゴードンは,12日前に離婚していた.もともとはメアリーが多くの貴族が彼女の結婚を支持すると信じていたが,すぐに新たに選ばれたボートウェル (オークニー公爵) と彼の同級生との関係は悪化し,結婚は深く人気のないものとなった. 彼女はロックベリー城でカトリックの不当な辞任者,ボートウェル卿と彼の部下によって誘拐され,ダンバー城に連れて行かれ,そこでレイプされた. 1578年7月23日,メアリーはロックベリー城で殺害された.
落ち込んでいる