1956年8月,イギリスとフランスがエジプト軍に対する軍事的対応を準備している間に, 飛行隊はキプロスのRAFアクロティリに移動した.
スエズ運河の国有化 10月31日,イギリスとフランスがエジプトの標的に対する一連の激しい空爆を開始し,11月6日に着陸した. 第39飛行隊の役割は,エジプトの報復からキプロスの重要な飛行場を保護することでした. 国連からの圧力により,エジプトは停戦し,12月末までにイギリスとフランス軍が撤退したが,イギリス軍が散らばった後,飛行隊はキプロスに残り,キプロスのイギリス支配に反対するEOKA部隊に物資を落として疑われる航空機を抑止するためにパトロールを飛行した. 1957年3月,大隊の主要部隊はマルタに戻ったが,キプロスには部隊が維持された. レバノンでの緊張 (最終的に1958年7月〜10月のレバノン危機に終わった) は,1958年5月,飛行隊全体がキプロスに移動させたが,すぐにマルタに戻り,1958年6月30日に解散した.