2015年8月23日,ボナベンチュラはミランがフィオレンティーナに2<unk>0で負けたことでシーズンデビューを果たした. 次の試合はエンポリとの試合で,ボナヴェンチュラは55分にスソの代わりとしてフィールドに来て,15分後にコーナーキックからルイス・アドリアーノの勝利ゴールをアシストすることができました. 9月19日,ボナベンチュラはカルロス・バッカの最初のゴールをアシストし,パレルモに3対2で勝利したフリーキックから直接ゴールした. 彼はまた,ミラノの次の試合,ウディネーゼに対する2対3の勝利で,別のアシストとゴールを獲得した. また11月1日のラチオとの出場での3対1の勝利で,カルロス・バッカとフィリップ・メキスの両ゴールにアシストした. 彼はチームのコーチシニシャ・ミハヨロヴィッチの下で良いパフォーマンスを続け,シーズンを通してチームにとって基本的な選手になった. 前チームアタランタとの0−0の引き分けを欠けた後,彼は11月28日にサンプドリアを4−1で敗北させた. 12月1日,コッパ・イタリアで3対1でクロトネを倒した試合で20ヤードのフリーキックで再びゴールした. 12月20日,彼はカルロス・バッカのゴールをアシストし,ミランがフロシノネを4対2で倒した際にゴールを記録した. 2016年1月17日,ロッソネリがフィオレンティーナを2対0で倒した際,彼はカルロス・バッカにアシストを提供した. 彼はすべての競技で7ゴールと8アシストでシーズンを終了し,ミランはセリエAで7位に終わった.
ユヴェントスとのコッパ・イタリア決勝で負けて,延長戦で1対0で敗れた.