次のシーズン,ネスタはミラノでChievoを2対1で勝利した.彼はクラブのスターターとして再登場し,レオナルドの下で2009-10シーズンを通してミラノの最も一貫した選手の一人でした. ネスタは,ミラノのセリエAで勝利した38試合でわずか24ゴールを許して,マシミリアーノ・アレグリーの下で2010年~11年のシーズンを通して,同センターバックのティアゴ・シルバとの優れたパートナーシップを継続し,強力な防御的なペアリングを形成した.
キャンペーン ミランはコッパ・イタリアの準決勝にも到達したが,再びチャンピオンズリーグの16強で落選した. 2010-11シーズンを通して,ネスタがシーズンの終わりに引退すると推測された. しかし,彼は後に引退する前にミラノで1シーズン以上プレーしたいと確認し,2011年5月18日に契約延長に署名し,2012年夏までミラノのチームに留まった. ネスタは,そのシーズンのミラノのタイトル獲得の成功中に彼のパフォーマンスのために,セリエAチームオブザイヤーのメンバーに選ばれました.