2010年8月31日,彼はイタリアのセリエAチームボローニャに2,100万ユーロ (ユースクラブへの連帯貢献5%を含む) で契約した. 当日,手数料の支払いは予定されていなかったが,2010年12月31日と2011年6月30日に2回の同額の手数料の支払いが予定されていた. ボローニャでは,彼は,他のウルグアイの国際選手であるヘンリー・ダミアン・ギメネス,ガストン・ラミレス,ミゲル・ブリトスとチームを組んだ. ペレスはセリエAで最初のシーズン
,ボローニャは16位を獲得し,降格から6ポイント離れて,イタリアのトップフリートで4年連続のシーズンを確認した. 彼はまた,キャンペーン中に3つのアシストを管理し,リカルド・メジョリーニと共にチームで最も多く引き分けました.