1942年半ばにアメリカに戻った後, ウィルクスは海軍戦争大学に通い,その後,新しい軽巡洋艦の指揮官となり, 1943年7月にシチリア侵攻に参加するために地中海に連れて行きました. 1943年8月からウィルクス少将はイギリスとフランスで陸上部隊を指揮し,1944年6月のノルマンディー侵攻と南フランス侵攻の準備に重要な役割を果たした.
2ヶ月後に 連合軍の陸上攻勢がドイツに移行した際,ウィルケスはフランスにおける米国の港湾と基地を担当し,物流の管理で攻撃を物質的に支援した.