1916年6月 共和党全国大会で ヒューズは保守派と進歩派の妥協案として選ばれました ヒューズはジョン・W・ウィークス,エリフ・ルート,そして他の数名の候補者を第3回投票で打ち負かした. 保守派と進歩派共和党は1912年の選挙で現任大統領ウィリアム・ハワード・タフトと元大統領セオドア・ルーズベルトの候補者間で分かれていたが,ウィルソンを追放する彼の試みでヒューズに大きく団結した. ヒューズは,主要な党の大統領候補として機能する唯一の現任または元最高裁判所の判事である. ウィルソンは1916年の民主党全国大会で再指名された.
数日後 反対はなくなりました ウィルソンの副大統領トーマス・R・マーシャルが再指名され,ヒューズの副大統領候補はセオドア・ルーズベルトの副大統領だったチャールズ・W・フェアバンクスだった.