1861年6月 オニールは隊長に任命され 3つの兵隊を指揮した リッチモンドに到着すると,アラバマ州歩兵第9連隊の少佐に任命され,秋には中佐に昇進した. 1862年3月,彼は第26アラバマ歩兵連隊の大佐に任命され,半島作戦中にこの連隊を指揮した. セブン・パインの戦いで 彼の馬は彼の下に殺され,彼は弾丸の破片で重傷を負った. チャンセラーズビルの戦いで高い賞賛を受けた. 1863年,彼はロバート・E・ロデス少将の師団の旅団を指揮し,ゲティスバーグの戦い,マナッサス・ギャップの戦い,そしてマイン・ランの戦いで指揮した.
やってみよう 1864年初頭,彼の連隊は,枯渇した隊員を徴兵するためにアラバマに戻されたが,すぐにジョージア州ダルトンに命令され,そこでオニールはテネシー軍のジェームズ・キャンティ准将の旅団を指揮した. オニールはアトランタ作戦の残りの期間中にこの旅団を指揮した. ジョン・ベル・フッド中将がテネシー陸軍の司令官に任命された後,オニールは解放され,残りの戦争で独立任務に従事した. 1863年6月6日に准将に任命されたが,この任命はロバート・E・リー将軍によって延期され,昇格は南軍のジェファーソン・デイビス大統領によってキャンセルされた.