オバサンジョは1966年1月にナイジェリアに戻り,軍事クーデターの真ん中にあった国を見つけました.
エマニュエル・イフェアジュナ少佐が指揮する このクーデターに巻き込まれた人達は ほぼ全員 ナイジェリア南部のイボ族出身だった. オバサンジョは,この状況が内戦に転じかねないと警告した人々の中にいた. 彼はクーデター策謀者と軍事総司令官ジョンソン・アギイ・アイロンシに権力を移した民間政府との間を仲介者として提供した. クーデターが失敗したので,オルセグンはラゴスでアイロンシに会った. 1966年5月の統一法令によってナイジェリアの連邦制はすぐに終わりました.これは民族間の緊張を煽ったものです. 7月下旬に2度目のクーデターが起こりました イバダンでは,ナイジェリア北部出身の兵士が反乱を起こし,アイロンシを殺し,また約200人のイボ族の兵士を殺しました. ヤクブ・ゴウン将軍が権力を握った.