1955年にフランス軍に入隊し アルジェリアに派遣されました
1957年の独立戦争で フランス軍での勤務を終えたコンテは1958年10月2日にフランスから独立したギニアに戻り,軍曹の階級で新軍に統合された. 1962年,彼はコナクリのキャンプ・アルファの士官学校に通った. その後すぐに,彼はキンディアの第2大隊の砲兵訓練センターに移された. 1963年7月1日,彼は中尉に昇進した. これは2年後,次官から中尉に昇進した. 1970年11月22日,ポルトガル軍はギニアの反体制派と共に,ポルトガルギニア (現在のギニア・ビサウ) から,アハメド・セコウ・トゥーレ大統領の政府を打倒し,PAIGCのゲリラを破壊しようとする明らかな試みで,この国を侵略した. 1971年2月27日に隊長に昇進した. 1973年,彼は隣接するポルトガル領ギニアの独立支持ゲリラ運動,ギニアとケープ・ヴェルデの独立のためのアフリカ党 (PAIGC) を支援するために,ボケ作戦区域 (北西ギニア) の司令官に任命された. 1975年5月10日,彼は陸軍の副参謀長に任命された.