1798年,バロンはフランスとの準戦争に参加しました. 第 一 次 野蛮 戦争 の 間
トリポリの近くで エドワード・プレブルを 解放した. 1804年から1805年の冬のほとんどの間,バロンは黄熱による痛ましい肝疾患で倒れていた. 隊長にとって,バロンの健康は継続的な懸念と不満のテーマであり,1804年11月初旬,彼は岸に移動しました.しかし,彼は指揮を放棄することを拒否し,彼が回復することを決して望んでいませんでした. 1805年,彼はジョン・ロジャースに飛行隊の指揮を委ね,健康状態が悪く,アメリカに戻った. その後バージニア州ゴスポート造船所の指揮を任された. 1810年10月29日,ロバート・ヘンリー中尉は海軍長官に報告した. "私は,サムエル・バロンの死についてあなたに知らせる痛ましい義務がある. 明らかに健康状態で 昨日のハンプトンでの夕食で 発作を起こし 今日午前10時頃 亡くなりました バロンは45歳で ハンプトンに埋葬されました