マッソポンドリウスの小さな頭は,大腿骨の長さのおよそ半分であった.頭蓋骨の多数の開口またはフェネストラは,体重を減らし,筋肉の付着と感覚器官のためのスペースを提供した.これらのフェネストラは,頭蓋骨の各側に1つずつ,ペアに分けて存在した.頭蓋骨の前部には,大型の2つの<unk>円形鼻があり,それらは,大まかな軌道の半分ほどの大きさであった.軌道は,プラテオサウルスなどの関連属よりも,マッソポンドリウスに比例して大きかった. プラテオサウルスに見られるよりも小さい,アントルビタルフェネストラは,目と鼻の間に位置していた. 頭蓋骨の裏側には,さらに2つのペアの時間フェネストラがあった. 頭蓋骨の形状によって,これらの特徴は,頭蓋骨の上部と上半身の異なる特徴によって異なるが,その特徴は,骨格の形状によって変化する. これらの特徴は,頭蓋骨の背面と背骨の表面の違いによって異なる.
目と鼻