彼は1966年1月15日の軍事クーデターで, 市民の同僚と共に, 職から追放された.
彼はクーデター後に暗殺を回避した 最も著名な政治家でした アジキワは,ビアフラのスポークスマンであり,ビアフラ戦争 (1967年-1970年) 中のチクウケマ・オドゥムエグワ・オジュクウの指導者であった. 彼は戦争中にナイジェリアに忠誠心を戻し,パンフレットやインタビューでオジュクウに戦争を終わらせるよう訴えた. "ニューヨーク・タイムズ"は彼の政治について",彼の生涯を通じて,北部の人々とのアジキウェ博士の同盟は,ヨルバ族の社会主義的な傾向のリーダーであるオバフェミ・アヴォロウと対立させました.