1798年 ウォリスはヴェネチアの総司令官だった 翌年,第2次連合戦争中,彼はシャルル大公の下でシュワビアでハプスブルク軍の一部を指揮した. 彼は第3列を率いてフランス軍を攻撃し,ダナウイの戦場でハプスブル軍に勝利した.
3月21日のオストラック戦. 一週間後,3月25日のストッカッヒでのフランス軍の敗北で,右翼を指揮した. 4月14日から25日まで,チャールズ大公が不具合で,ウォリスはライン川の岸に駐留したハプスブルク軍の指揮を引き受けた. 数週間後,6月4日のチューリッヒ第一戦で予備部隊を指揮し,ダヌイブ陸軍とスイス陸軍を指揮していたアンドレ・マッセナ大将が敗北し,リムマート川を渡って撤退することを余儀なくされた. 戦時中,ウォーリスは5個大隊のグレナディアーを率いて,チューリッヒ山のフランス軍陣営を襲った. 彼は重傷を負い,1799年7月19日に5週間後に死亡した.