1796年9月,ジョンストンはジョン・ハンター知事の補佐官に任命され,1800年には少佐の Brevet ランクを取得しました. 同年,ジョンストンはウィリアム・パターソン副知事によって逮捕され",少佐の給与の一部として少佐に酒を支払ったことと,命令に従わなかったこと"の罪で起訴された. ジョンストンは植民地で軍法廷で裁判に異議を唱え ハンターは彼をイングランドに送った. 裁判をオーストラリアで目撃者と一緒に行うのは困難で,裁判は中止され,ジョンストンは1802年にニューサウスウェールズに戻った. 1803年,ジョンストンはパターソンが病気中にニューサウスウェールズ軍団を一時的に指揮し,キングと軍の対立に関与した. 1804年3月,彼は,いくつかの国に対して派遣された軍の指揮官として,決定的に行動した.
キャッスルヒルで反乱した囚人 パターソンがポート・ダルリンプルに派遣されたとき,ジョンストンはニューサウスウェールズ軍団の司令官となった.