1785年11月11日にヨギアカルトで生まれ,ヨギアカルトのスルタンハメンクブワノ3世の長男であった. ヨギアカルタンの宮廷での彼の若さの中で, VOCの解散,ジャワのイギリス侵略などの主要な出来事
その後,オランダの支配に戻った. 侵攻中に,スルタンハメンクブワノ2世は,1810年にディポネゴロの父親に有利に権力を脇に置き,支配を取り戻すために一般的な混乱を利用した. 1812年,彼は再び王位から追放され,イギリス軍によってジャワから追放された. この過程で,ディポネゴロは父親の顧問として行動し,ラッフルズが彼に"スルタン"の称号を提供したところまで,明らかにイギリス軍に援助を提供していた.彼は,おそらく父親がまだ支配していたという事実のために,これを拒否した.