湾岸戦争後の1990年代を通して テロ攻撃は CENTCOMの部隊に大きな影響を及ぼしました 1996年のホバータワー爆破事件などで19人のアメリカ軍兵士が死亡した攻撃に直面した司令部は,アメリカ軍施設をより防衛可能な場所 (プリンススルタン空軍基地など) に移転し,非不可欠な宿舎を撤廃してアメリカ軍の前方"足跡"を削減し,従属者を米国に返還することを目的とした"砂漠フォーカス作戦"を開始した. 1998 年,ケニア と タンザニア に ある 米国 の 大使館 に テロリスト が 攻撃 し,米国 人 12 人 を 含む 250 人 を 殺害 し た. 2000 年 10 月 の " コール "号 の 攻撃
17人のアメリカ海軍兵士の殺害を 引き起こした事件で オサマ・ビン・ラディンのアルカイダ組織と 繋がっていた