湾岸戦争後の1990年代を通して テロ攻撃は CENTCOMの部隊に大きな影響を及ぼしました 1996年のホバータワー爆破事件などで19人のアメリカ軍兵士が死亡した攻撃に直面した司令部は,アメリカ軍施設をより防衛可能な場所 (プリンススルタン空軍基地など) に移転し,非不可欠な宿舎を撤廃してアメリカ軍の前方"足跡"を削減し,従属者を米国に返還することを目的とした"砂漠フォーカス作戦"を開始した. 1998 年,テロリスト が アメリカ 大使館 を 襲っ た
ケニアとタンザニアで 死亡者250人 アメリカ人12人 2000年10月,USS"コール"への攻撃で 17人のアメリカ海軍兵士が死亡し,オサマ・ビン・ラディンのアルカイダ組織と結びついていた.