1798年 ジュルダンは彼を 監視軍の参謀長に任命した エルヌフは,イギリスの歴史家たちがカンポ・フォーミオ条約の違反と称した,第二連合戦争に導いた,レイン川を渡ったとき,オブザーブメント軍に所属していた. 3月2日,ドナウブの陸軍に改称され,上シュワビアへ進軍し,3月21日にオストラフで,また3月25日にストカフでチャールズ大公のハプスブルク軍と戦った. 両戦とも,ハプスブルク人の兵力はそれぞれ3対1と2対1でフランス軍を上回り,フランス軍を圧倒した.軍の司令官ジョーダン (Jourdan) は,ハプスブルク軍に対抗するのに十分な勢力を集中することができず,3月下旬にブラックフォレストに撤退した. エルヌフはドナウ河軍の指揮を引き受け,ヨルダンはパリに戻り,より多くの部隊を要請した. 彼はドナウ河軍の司令官としてアンドレ・マセナに取って代わられ,1799年のスイス作戦でマセナの参謀長を務め,その間,チューリッヒとスイスの中央で作戦に参加した.彼は再び
チューリッヒは,アレキサンダー・リムスキー・コルサコフに対するフランスの勝利のために.