16世紀が過ぎていくにつれて,遅いヒューマニズムはカルビニズムと共に思想の支配的な学派として進み,ポール・シェーデ,ヤン・グルーター,マーティン・オピッツ,マッタウス・メリアンなどの人物が大学で教えた.それは大陸の至る所から学者を引き付け,文化・学術の中心地として発展した.しかし,1618年の30年戦争が始まると,大学の知的・財政的富は衰退した.1622年に,当時世界的に有名なBibliotheca Palatina (大学の図書館) が大学大聖堂から盗まれ,ローマに運ばれた.その後の再建努力は,ルイ14世の軍隊によって敗北した.彼は1693年にほぼ完全に破壊された.後期反改革の結果,プロテスタントの大学は,その学生の性格を失い,オールド・メリアンが大学で教えた.しかし,1618年に三十年の戦争が始まると,大学の知的・財政的富は減少した.その後,イエズス会大学が設立され,1773年に,イエズス会大学が設立され,その後の何世紀にもわたって,イエズス会
大学の知的・財政的富は減少した.