ロングストリートは北バージニア陸軍でロバート・E・リーの首席部下の1人として,主に東部戦場で,いくつかの重要な南軍の勝利に大きく貢献した. セブン・パインズで 悪い成績だった
誤った道を歩み,遅刻した.しかし,彼は1862年の夏の七日間戦の南軍の成功に重要な役割を果たし,リッチモンドの南軍の首都から北軍の軍隊を追い出した繰り返された攻撃を監督することに貢献した. ロングストリートは破壊的な反撃を指揮し,8月の第2次ブルランで北軍の軍勢を倒した. 彼の兵士はアンティエタムとフレデリックスバーグで防御的な役割を担った. 彼はチャンセラーズビルでの南軍の勝利に参加しなかったが,彼とその兵士の大半は,比較的小さなサフォークの包囲に配属されていた. 1863年7月のゲティスバーグの戦いでロングストリートの最も論争の的だった役目は,彼が採用される戦術についてリー将軍と公然と意見が分かれ,そして,不意に連合軍に対するいくつかの失敗した攻撃を監督した. その後,ロングストリートは自身の要請により,ブラクストン・ブラッグの指揮下で戦うために西部戦場に送られ,そこで彼の部隊は,その日勝利したチカマウガで北軍の戦線に猛烈な攻撃を開始した. その後,ノックスビル戦時における彼の半自律的な指揮は南軍の敗北をもたらした. ロングストリートの西部戦場での任期は,南軍の将軍間の多くの紛争における中心的な役割によって損なわれた. ブラッグの指揮下では満足できず ロングストリートと部下はリーに返還された. 彼は1864年の荒野の戦いで軍隊を巧みに指揮し,そこで友軍の砲撃で重傷を負った. 後に戦場に戻り,ピーターズバーグの包囲戦とアポマトックス作戦でリーに服役した.