カリド・シェイク・モハメドは 2003年3月1日に CIAが指揮した襲撃で逮捕されました パキスタンの首都イスラマバードから9マイル離れた ラウアルピンディ郊外で 逮捕された時,モハメドはアルカイダで3番目に高い地位にあり,9月11日の攻撃の計画に直接責任を持っていた. モハメドはウォールストリート・ジャーナルの記者ダニエル・パール殺害の命令,USS コール爆破事件,リチャード・リードが靴爆弾で民間旅客機を爆破しようとした事件,エル・グリバ・シナゴーグでのテロ攻撃などにも関わっている.
チュニジアのジャルバで カーリド・シェイク・モハメドは アルカイダの軍事委員会の責任者だと自称している