1864年5月に彼得堡の包囲中に大砲の指揮に移された. 1864年12月12日,アブラハム・リンカーン大統領は1864年8月1日から志願兵の准将にアボットを指名し,米国上院は1865年2月20日に任命を承認した. 1864年12月,彼はペテルブルクを包囲していたポトマック軍とジェームズ軍のすべての包囲砲の指揮官に任命された. 1865年1月,アルフレッド・H・テリー将軍はアボット将軍にフォート・フィッシャーへの遠征隊を同行するよう要請した. アボットは第2次フィッシャー砦の戦いで臨時砲兵旅団を指揮した.
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