マケドニアの内陸はスラブ人の手に留まり,その後はブルガリア人の手に渡った.
バシリウス2世の統治により,ブルガリア国家の存在が終結し,中央と北バルカンにわたってビザンチンの権威を拡大した. その後,マケドニアは第4次十字軍 (1204年) までビザンチン支配下にとどまった. 1224年にエピロスに占領されるまで存続した,短命のラテン王国であるセサロニカが設立されました. 1246年,マケドニアの大半はニケア帝国の支配下に入りましたが,北部の地域はセルビア人とブルガリア人との争点として残っていました. 1341年から1347年のビザンチン内戦で,この地域の大部分はステファン・ドゥシャンの指揮下でセルビア人に征服された. テサロニキ と その 周辺 の 地域 だけ が ビザンティンの 支配 に 残っ て い まし た. 14世紀後半には,オスマン帝国のトルコ人がこの地域を征服したが,テサロニカは1430年までビザンチン,後にヴェネツィア人の支配下にあった.