2020年9月18日,ミュラーはシャルケ04を8対0で勝て,シーズン初のゴールを記録し,アシストを1つ提供した. その後,UEFAスーパーカップの優勝に成功しました.
そしてDFL-Supercupは,彼のクラブキャリアの27番目のトロフィーとなる.したがって,彼はドイツ史上最も勲章を飾った選手となり,彼の元バイエルンチームメイトのバスティアン・シュワインシュタインガーが獲得した26のトロフィーの記録を破った. 2021年2月11日,彼はCOVID-19の陽性検査を受け,隔離に入りました.したがって,2020年FIFAクラブワールドカップ決勝戦に出場できませんでした.