1939年9月に第二次世界大戦が始まって ドイツとソビエトが共同でポーランドに侵攻した後
ポーランドとユダヤ人を虐殺した. チェルムザは1939年にドイツが"インテリジェンスアクション"の一環として実施したポーランド人処刑の場所の1つであった. 多くの地元ポーランド人,特に教師は,現在のトロニュのバルバルカの森で虐殺され,また"Intelligenzaktion"の一環として殺害された. 当時のドイツ政府はポーランド人とユダヤ人を"アンターメンシュエン"と考えており,民族集団として彼らを根絶することを計画した. この運命から逃れるために,多くの地元ポーランド人はVolkslisteのIIIおよびIVグループに所属した. 1945年初頭,チェルムザでは,ジャイコヴォから避難したポーランド人強制労働者がドイツ軍に強制徴用され,Todt組織に所属したが,一部は逃亡することができた. ドイツ軍の絶滅と抑圧の結果,1945年3月,町の人口は1万人に減少した.