2009年1月,新大統領バラク・オバマはパネッタをCIA長官に指名した.パネッタは2009年2月に全上院で承認された.CIA長官として,パネッタは国際テロリストオサマ・ビンラディンを倒した作戦を監督した.2011年4月28日,オバマは引退したロバート・ゲイツの代わりとしてパネッタを国防長官に指名することを発表した.6月に上院はパネッタを満場一致で承認し,彼は2011年7月1日に就任した.デヴィッド・ペトラエウスは2011年9月6日に中央情報局局長に就任した.パネッタは2013年に国防長官として引退して以来,カリフォルニア州立大学モンテリーベイにあるパネッタ公共政策研究所の会長を務めている.パネッタは,議会での任期中に設立を助けたカリフォルニア州立大学のキャンパスである.この研究所は,人々の生活を準備し,公共政策に関する知識を得て,民主的な問題への奉仕を促し,彼らが大統領に任命されるのを助けることに専念している.また,オバマ大統領に指名された際,上院
2009 年 2 月