1993年のワールド・トレード・センター爆撃と 9月11日のテロ事件で アメリカに襲われたと言われている. 1993年の爆撃では,爆撃の参加者全員が"アフガニスタンに勤務していたか,あるいはブルックリンに拠点を置くアフガニスタンジハードのための資金調達機関とつながっていた"が,後に"アルカイダの事実上の米国本部であることが明らかになった". 2001年の攻撃の責任者 オサマ・ビン・ラディン,カリド・シェイク・モハメッドは, アフガニスタンで戦った,ビン・ラディンはアブドゥッラー・アザムの副官だった. アルカイダはスーダンから追放されて アフガニスタンに戻り タリバンに避難しました アルカイダは1998年にアフリカにある 2つのアメリカ大使館を爆破し
2000年,イエメンでのUSS"コール" しかし,ビンラディンや彼の関係者への直接的な米国からの援助は,決して確立されていません.