2009年4月から2011年9月まで,バーンスタインはまず地方事務局長,その後米国国土安全保障省の政府間事務局長補佐官を務めました. この役割で,彼はDHSの市長や知事へのアウトリーチを調整した. DHSでの任期中に,バーンスタインは,BPディープウォーターホライゾン石油流出事件を含む重要なイベントと政策イニシアティブへの多数の対応に広範に取り組みました.
ハイチの地震や 脅威が強まった時期の 州や地方政府への諜報情報の 拡散