イスラム教は聖ヨハネの教会の半分を市内の金曜のモスク (アル・ヌリの大モスク) に変えた.そして,ムハンマドの約500人の仲間が征服後にそこに定住したので,ホムスはすぐにイスラム教の中心地になった. カリド・イブン・アル・ワリド,彼の息子アブド・アル・ラフマン,そしてカリフ・オマルの息子ウベイド・アラーの墓は,この街にあります. その間,
オマヤードとアリとの紛争で,ホムスの住民はアリと同盟し,後者が敗北したとき,オマヤードのカリフムアウィヤはジュンドヒムスの北半分を切り離して,罰として,明らかにジュンド・キンナスリンという独立した地区を形成した. アリの修道院 ("マシュハド・アリ") は市内にあり,イスラム教の伝統では,彼の指紋が刻まれていると主張している. オマヤードによる弾圧にもかかわらず,ホムスはしばらくの間,シーア派のイスラムの中心地として残った. バヌ・カルブの要塞として,この都市は後者のカイス部族派との紛争に巻き込まれた. 最後のオマヤード・カリフ,マルワン2世は,カイスの支持を得て,バヌ・カルブによる反乱に反応して,その後城壁を壊した.