しかし,両国におけるいくつかのグループが,国家アイデンティティの薄れを嫌っていた.そして,隣国によって,連合は抵抗を生み出した. ペルーの多くの政治家たちは,連合のアイデアに反対してチリに逃亡し,そこで支持を得て,連合の戦争につながった.
1836 年 12 月 28 日 に チリ は 戦争 を 宣告 し,アルゼンチン も 1837 年 5 月 9 日 に 同じ よう に 宣告 し まし た. サンタ・クルーズに対するチリ軍の遠征は,マヌエル・ブランコ・エンカラダ提督が率いたが,失敗し,1837年11月17日にパウカルパタ条約の署名に屈服しなければならなかった.