1798年 ジュルダンは彼を 監視軍の参謀長に任命した エルヌフは,イギリスの歴史家たちがカンポ・フォーミオ条約の違反と称した,第二連合戦争に導いた,レイン川を渡ったとき,オブザーブメント軍に所属していた. 3月2日,陸軍はドナウ河軍に改称され,上シュワビアへ進軍し,そこでチャールズ大公のハプスブルク軍と戦った.
3月21日にオストラッヒで,3月25日にストッカッヒで再開した. 両戦とも,ハプスブルク人の兵力はそれぞれ3対1と2対1でフランス軍を上回り,フランス軍を圧倒した.軍の司令官ジョーダン (Jourdan) は,ハプスブルク軍に対抗するのに十分な勢力を集中することができず,3月下旬にブラックフォレストに撤退した. エルヌフはドナウ河軍の指揮を引き受け,ヨルダンはパリに戻り,より多くの部隊を要請した. 彼はドナウ河軍の司令官としてアンドレ・マッセナに取って代わられ,1799年のスイス作戦でマッセナの参謀長を務め,その間,チューリッヒとスイスの中央で行動した.彼は再びチューリッヒで,フランスがアレクサンダー・リムスキー・コルサコフに勝利した.