1 أكتوبر 2003، تم دمج ثلاثة المنظمات لتشكيل الجاكسا الجديدة: معهد اليابان للعلوم الفضائية والفلكية (ISAS) ، ومختبر الفضاء الوطني الياباني (NAL) ، والوكالة الوطنية للتنمية الفضائية اليابانية (NASDA). تم تشكيل الجاكسا كمؤسسة إدارية مستقلة تحت إدارة وزارة التعليم والثقافة والرياضة والعلوم والتكنولوجيا (MEXT) ووزارة الشؤون الداخلية والاتصالات (MIC). قبل الاندماج، كانت الجاكسا مسؤولة عن أبحاث الفضاء والكواكب، بينما ركزت NAL على أبحاث الطيران. ناسدا، الللي تأسست في 1 أكتوبر 1969، طورت الصواريخ والقمر الصناعي، وبنيت أيضًا الموديل الياباني التجريبي القديم. كان مقر ناسدا موجود في الموقع الحالي لمركز الفضائي تانيغاشا، على جزيرة تانيغاشا، 115 كيلومتر جنوبي كيو
1 أكتوبر 2003