وبالاضافة لعمله مع اليونيسيف، أسس ميسي منظمة خيرية خاصة به، وهي مؤسسة ليو ميسي، واللي تدعم الوصول للرعاية الصحية والتعليم والرياضة للأطفال. تأسست في عام 2007 بعد زيارة دخل ميسي لمستشفى للأطفال المرضى الميتين في بوسطن، وهي التجربة اللتي صادرت صدى فيه لدرجة أنه قرر إعادة استثمار جزء من أرباحه في المجتمع. من خلال مؤسسته، منح ميسي منح بحثية، وتمول التدريب الطبي، واستثمر في تطوير المراكز الطبية والمشاريع في الأرجنتين، إسبانيا، وأماكن أخرى في العالم. وبالاضافة إلى أنشطة التبرع الخاصة به، مثل مباريات كرة القدم العالمية "ميسي وأصدقاء"، تتلقى المؤسسة دعم مالي من مختلف الشركات التي خصصها بالتأييد باسمه، مع اتفاقات التزام رئيسية له.
مؤسسة ليو ميسي