ماغواير كان شاكر من عمر 19 من بعد ما واجه "شي صعوبة" مع الكحول في أواخر المراهقة. ماغواير قابلت مصممة المجوهرات جنيفر ماير في عام 2003 و هو كان كايصور فيلم Seabiscuit في ستوديو يونيفيرسال، و خاضو الخطوبة في أبريل 2006. ولدت ابنتهما في نوفمبر 2006. ماغواير و ماير تزوجوا في 3 سبتمبر 2007، في هاواي. ولدوا الابن التاني، في مايو 2009. في 18 أكتوبر 2016، بعد تسع سنوات من الانفصال، أعلنوا رسميا عن الزواج. في 2017، ماغواير و ماير تزوجوا.
كونا، هاواي