وخلال التشريح، قال مينتر، الللي شارك في التشريح، في وقت لاحق إنه يعتقد أن الرصاصة دخلت في مكان ما في عضلات الظهر، على الرغم من أن الشهادة غير مؤكدة حيت لم تتم العثور عليها أبدًا. بعد أربع ساعات، طالبت إيدا ماكينلي بأن ينتهي التشريح. تم وضع قناع الوفاة، وحدثت خدمات خاصة في منزل ميلبورن قبل نقل الجسم إلى مدينة بوفالو وهال لبدء خمسة أيام من الحداد الوطني. تم نقل جثة ماكينلي من بوفالو إلى واشنطن، ثم عبر القولون العرضي، وختفت من خلال البريتونيوم بعد ما دخلت في زاوية من الكلى اليسرى. كان هناك أيضًا أضرار في الغدد الكظرية والبنكرياس. وخلال يوم التاسع والعشرين من سبتمبر، اتصل أطباء بيوكوكورينز، اللذين اعتبروا أنه لا يمكن إيقاف الرصاصة، ووقفوا الشهود على الشهادة، و
19 سبتمبر