أكمل الجملة اللي جاية: بحلول عام 1998، ركز أونيل على أسامة بن لادن، وخلق مكتب لتنظيم القاعدة في القسم ديه. في أغسطس 1998،
تم تفجير سفارتين أمريكيتين بالتتابع السريع في هجمات متزامنة في نيروبي، كينيا، و دار السلام، تنزانيا. كان أونيل يأمل يشارك في التحقيق حيت اكتسب معرفة كبيرة بشبكة القاعدة الإرهابية لأسامة بن لادن. اقنع مدير مكتب التحقيقات الفيدرالي فريح بتمكين مكتبها من التعامل مع القضية، و قالت المدعية العامة ماري جو وايت في وقت لاحق، "جون أونيل، في التحقيق في تفجيرات سفاراتنا في شرق إفريقيا، خلق القالب للتحقيقات الناجحة في الإرهاب الدولي في جميع أنحاء العالم".