وُلِد ألن في 21 يناير 1953، في سياتل، واشنطن، لابن كينيث سام ألن و إدنا فاي غاردنر ألن. وُلِد ألن في مدرسة ليكسايد، وهي مدرسة خاصة في سياتل، فيها وُلِد صداقة مع بيل غيتس، الللي كان أصغر منه ب سنتين، وشارك معه الحماس للكومبيوترات. واستعملوا محطة تلي تايب ديال ليكسايد لتطوير مهاراتهم في البرمجة على أنظمة الكومبيوتر متعددة. واستعملوا حتا المختبر ديال قسم علوم الكومبيوتر في جامعة واشنطن، لي كانو كايديرون أبحاث شخصية وبرمجة الكومبيوترات؛ في مرة واحدة على الأقل في عام 1971، تم منعوهم من المختبر بسبب إساءة استخدام امتيازاتهم هناك. ووفقا لألن، فسنواتهم المراهقة، كانو هو و بيل غيتس كايديرون كايديرون في
هارفارد