وبالعكس من هيروشيما، كتير من المباني كانت من البنايات اليابانية القديمة، اللي كانت من الخشب أو من الخشب مع الجدران الخشبية (مع أو بدون الجص) والسقوف من البلاط. كتير من الصناعات الصغرى والمؤسسات التجارية كانو موجودين في مباني من الخشب أو مواد أخرى غير مصممة لتحمل الانفجارات. سمحوا لناغازاكي بالنمو لسنوات عديدة من دون الامتثال لأي خطة محددة للمدينة؛ تم بناء المساكن بجوار المباني الصناعية وبقيت قريبة من بعضها البعض تقريباً على طول الوادي الصناعي بالكامل. فاليوم ديال القصف، كان فناغازاكي ما يقارب 263,000 شخص، من ضمنهم 240,000 ساكن ياباني، 10,000 ساكن كوري، 2,500 عامل كوري، 9,000 جندي ياباني، 600 عامل صيني، و 400 سجين حربي من الحلفاء في شمال ناغازاكي.
اليابانية القديمة