فالعصر الستاشر، دخل الجامعة الجامعة البروتستانتية، و دخلوا فيها شخصيات مثل بول شيد، جان غروتر، مارتن أوبيتز، و ماتس ميريان. و دخلوا فيها علماء من كل أنحاء القارة و تطويروا إلى مركز ثقافي وأكاديمي. ومع ذلك، مع بداية حرب الثلاثين عاما في عام 1618، تراجعت الثروة الفكرية والمالية للجامعة. فسنة 1622، سُرقت المكتبة البروتستانتية المشهورة عالميا في ذلك الوقت من الكاتدرائية الجامعية و نُقلت إلى روما.
الثروة الفكرية والمالية للجامعة انخفضت