وبتم تأسيس شركة إنديجو في عام 2006 من قبل راهول بهاتيا من شركة إنترجلوب و راكيش غانجوال من شركة غير حكومية مقرها في الولايات المتحدة. كانت شركة إنترجلوب عندها حصة 51.12 في المائة في شركة إنديجو و 47.88 في المائة كانت عند شركة كيلوم إنفستمنس من فيرجينيا. ووضعت شركة إنديجو طلبا راسخة من أجل 100 طائرة إيرباص إيه 320-200 في يونيو 2005 وخططت للبدء بالعمليات في منتصف عام 2006. ووضعت شركة إنديجو أول طائرة لها في 28 يوليو 2006، تقريباً بعد عام من وضع الطلب. وبدأت العمليات في 4 أغسطس 2006 مع خدمة من نيودلهي إلى إمفال عبر وزارة الطيران الإندونيسية. وبحلول نهاية عام 2006، كان لدى شركة الطيران ستة طائرات و تسع طائرات أخرى في عام 2007. في فبراير 2010، أعلنت شركة إنديجو التي تديرها الدولة على أنها ثالث أكبر شركة طيران
الشركة القائمة في فيرجينيا لغانجوال، كيلوم إنفستمينتس