ويعتقد أن عائلة الحيتان الزرقاء انفصلت عن العائلات الأخرى من فرع ميستيكيتي منذ فترة طويلة مثل منتصف العصر الأوليغوسين (28 ميليار سنة مضت). وبدت خط الحيتان الزرقاء انفصل عن الحيتان الزرقاء الأخرى خلال العصر الميوسين، ما بين 7.5 و 10.5 مليون سنة مضت. ومع ذلك، يبدو أن التدفق الجيني بين الأنواع استمر بعد من هذا التاريخ. الحوت الزرقاء يمتلك أكبر تنوع جيني من أي حوت بالي، ومتنوع أعلى من المتوسط بين الثدييات الحديثة.
حوت الحدب، الحوت المزلق، حوت برايد، الحوت الساي، والحوت المينك