فسنة 1929، تزوج الخميني من خديجة الصقافي، بنت كاهن في طهران عمرها 16 عاما، و كان الزواج بيناهما مزيان و سعيد. ماتت فسنة 2009، و كانو عندهم سبعة أطفال، إلا بقا خمسة فقط من صغارهم. تزوجوا جميع بناته في عائلات تجارية أو كاهنية، و دخل كل واحد من أبنائه الحياة الدينية. مُصطَفَا، الابن الأكبر، مَات فسنة 1977 و هو مع والده ف النجف في العراق، و كانوا كايقولوا إن الجهاديين بوالده قتلووه من قبل السافاك. مُصطَفَا أحمد خميني، الللي مَات فسنة 1995 عمره 50 عاما، كايقولوا بلي هُو ضحية للاعيب، ولكن على يد النظام. "الابنة الأكبر"، زاهرا مصطفي، كانت أستاذة في جامعة طهران، و مازالت حية.
خديجة الصقافي