ف كانون الثاني عام 1964، وقعت تمرد في الثكنات العسكرية في جينجا، المدينة الثانية في أوغندا والتي كانت موطن للفيلق الأول من الجيش الأوغندي. كانو تمردات مماثلة في دولتين أخريين في شرق إفريقيا؛ وطلبت الدول التلاتة دعم القوات من الجيش البريطاني. قبل وصولهم، أرسل أوبوتي وزير الدفاع فيليكس أوناما للتفاوض مع المتمردين. تم احتجاز أوناما كرهينة، ووافق على العديد من المطالب، بما في ذلك زيادات كبيرة في الأجور للجيش، والترقية السريعة لكثير من الضباط، بما في ذلك الرئيس المستقبلي. ف عام 1965، تم منع الكينيين من المناصب القيادية داخل الحكومة، ومتبع ذلك إزالة الكينيين بشكل جماعي من أوغندا في عام 1969، تحت إشراف أوبوتي، تم اعتقال رئيس الوزراء أوبوتي في مخططات تهريبية اتحادية، مع إدي أمين، نائب
علق الدستور وأعلن نفسه رئيسا في مارس 1966،