إكمل الجملة التالية: في عام 2016، بدأ باغنايا الموسم بتمويت على المنصة في لوساييل ومنتصف آخر على المنصة في جيرز، وخلصت المركز الثالث في كلتا المناسبات. في سباقه المنزلي في إيطاليا، حاز باغنايا المركز الثالث بعد ما فاز على نيكولو أنطونيللي ب 0.006 ثانية. بعد تحطم في برشلونة، حقق باغنايا أول فوز له في جائزة كبيرة في التاريخية
حلبة أسن في سباقه الـ 59 في موتو 3 وكانت أول فوز لماهيندرا. كان يحتل 4 منصات على المنصة في أول 8 سباقات من الموسم ووجد نفسه يقاتل من أجل اللقب. بعد سباقين متوسطيين و تحطم في برنو، حصل باغنايا على أول مركز له في سيلفرستون المتأثر بالمطر و انتهى ثانيا وراء براد بيندر في سباق مثير. فاز باغنايا في سباقه الثاني من الموسم في سيبانج، فاز بالسباق بفارق كبير بعدما تعرض لبراد بيندر، جوان مير ولورينزو دالا بورتا للانهيار في نفس الزاوية خلال بداية السباق، والذي كان مليان بالانهيارات المتعددة. انتهى الموسم مع 145 نقطة ليكون الرابع في بطولة موتو 3 مع مجموع فوزين و 6 منصة على المنصة. كان لباغنايا الفرصة للفوز بالمركز الثاني في بطولة العالم وراها براد بيندر، ولكن لسوء الحظ، خسر في كل من جزيرة فيليب وفالنسيا من قبل غابرييل رودريغو. ريدريجو طاح فابيو دي جيانانتونيو في أستراليا، واللي نزل و جمع باغنايا معاه. في فالنسيا، خسر رودريغو في الجولة الأولى، وبالقرب من المنعطف الأخير، هبط باغنايا مرة أخرى بشكل حتمي.