تظهر الدراسات على التوأم تأثير وراثي بين 34% و51% على احتمالية إصابتك بالصداع النصفي. هاد العلاقة الوراثية أقوى بالنسبة للصداع النصفي مع الهالة من أجل الصداع النصفي بدون الهالة. عدد من المتغيرات الجينية المحددة تزيد من الخطر بمقدار صغير إلى معتدل. الاضطرابات الجينية الوحيدة التي تؤدي إلى الصداع النصفي نادرة. واحد منها معروف باسم الصداع النصفي النصفي العائلي، وهو نوع من الصداع النصفي مع الهالة، والذي يوروث بطريقة مهيمنة ذاتية. اتبين أن أربعة من الجينات متورطة في الصداع النصفي النصفي العائلي. تلاتة من هذه الجينات متورطة في نقل الأيونات. الرابع هو بروتين محوري مرتبط مع الصداع النصفي المعقد. الاضطر الوراثي الآخر المرتبط بمتلازمة الصداع النصفي هو CADASILAS أو الاضطراب النصفي الن
نادر