فسنة 1997، أعلنت جزر أنجوان وموهلي استقلالها من جزر القمر. فشل محاولة للحكومة لاستعادة السيطرة على الجزر المتمردة بالقوة، و حاليا الاتحاد الأفريقي كايدير المفاوضات لإحداث المصالحة. هاد العملية اكتملت بشكل كبير، على الأقل من الناحية النظرية. وفقا لبعض المصادر، عاد موهلي للسيطرة على الحكومة في عام 1998. فسنة 1999، واجهت أنجوان صراعات داخلية وفي 1 أغسطس من نفس السنة، استقال أول رئيس عمره 80 عاما فونداد الله إبراهيم، و نقل السلطة لتنسيق وطني، آبي سعيد. تم الإطاحة بالحكومة من قبل الجيش والقوات البحرية في 9 أغسطس 2001.
1997