أكملي الجملة اللي تليها: مْلِّي فجرت الحرب الأهلية الأمريكية، انضم جونز بسهولة للجيش الاتحادي. في 7 يوليو 1861، انضم إلى 37th New York Volunteers، المعروف باسم "Irish Rifles"، تحت قيادة الكولونيل جون ماكان. كان في البداية جندي عادي، ولكن سرعان ما انتخب نفسه في رتبة ملازم ثان من قبل الرجال في الفوج. كان حاضرا في معركة بول ران الأولى، بعد أسبوعين فقط من التجنيد، ولكن لم يشهد أي عمل حيث تم احتفاظ الوحدة في الاحتياطي. أظهر جونز "سلوك شجاع" خلال السنوات الأولى مع الفوج وسرعان ما ارتفع في الرتبة إلى ملازم أول ومساعد في 4 نوفمبر 1861، ثم رائد في 21 يناير 1862. ولاحقا، انضم هو و"الريفلز الأيرلنديين" إلى الفيلق الثالث للجنرال صموئيل بي هنتزلمان، كجزء من اللواء الثالث للفرقة الثالثة تحت قيادة اللواء فيليب كيرني، خلال حملة شبه الجزيرة وشارك في ويليامسبورغ،
حملة سبعة الصنوبر و سبعة أيام. كان جوينز حاضر أيضًا عندما كان 37th New York Volunteers، المرتبط بعد ذلك باللواء الثالث من الفرقة الأولى من الفيلق الثالث، في معركة بول ران الثانية. في مايو ويونيو، بدأ يعاني من الملاريا و دخل المستشفى في واشنطن، العاصمة في 26 سبتمبر، وبقى هناك حتى نهاية أكتوبر. كان أيضًا ضابطًا لجنرال فرانز سيجل لفترة وجيزة قبل تقاعد الجنرال أمبروز بيرنسايد وإعادة تنظيم جيش بوتوماك.