وبالرغم من أن مندلييف كان يحظى بشرف واسع من قبل المنظمات العلمية في جميع أنحاء أوروبا، بما في ذلك (في عام 1882) ميدالية ديفي من الجمعية الملكية في لندن (اللي منحت له لاحقا ميدالية كوبلي في عام 1905) ، إلا أنه استقال من جامعة سانت بطرسبرغ في 17 أغسطس 1890. انتخب عضوا أجنبي في الجمعية الملكية (ForMemRS) في عام 1892، وفي عام 1893 تم تعيينه مديرًا لمكتب الأوزان والمقاييس، وهي وظيفة شغلها حتى وفاته. وبالرغم من أن مندلييف كان يحقق أيضًا في تكوين البترول، وساعد في تأسيس أول مصفاة للنفط في روسيا. واعترف بأهمية البترول كمادة لتغذية للبتروكيماويات. واعتبر أنه حرق البترول باعتباره وقود "سيكون مثل إشعال الموقد مع المطبخ".
تخلّى عن جامعة سانت بيترسبورغ