ويمكن برنامج إينياك ليتم تنفيذ تسلسلات معقدة من العمليات، بما في ذلك الحلقات، والفرع، والبرامج الفرعية. ومع ذلك، بدلاً من أجهزة الكمبيوتر المحفوظة اليوم، كان إينياك مجرد مجموعة كبيرة من الآلات الحسابية، والتي كانت أصلاً لديها برامج تم إعدادها في الجهاز عن طريق مزيج من الأسلاك البلاغبورد وثلاثة من الجداول الوظيفية المحمولة (التي تحتوي على 1200 سويتش عشرة اتجاهات كل منها). كانت مهمة أخذ المشكلة و رسمها على الجهاز معقدة، وعادة ما كانت تستغرق أسابيع. وبسبب تعقيد رسم البرامج على الجهاز، تم تغيير البرامج إلا بعد أعداد كبيرة من الاختبارات على البرنامج الحالي. من بعد ما تم اكتشاف البرنامج على الورق، تم تغيير عملية إدخال البرنامج إلى إينياك عن طريق التلاعب بالكابلات والشبكات. يمكن لليبرنامج أن يستغرق أيام.
تسلسلات معقدة من العمليات، بما في ذلك الحلقات، والفرع، والبرامج الفرعية