Promovido a comodoro, Keppel se convirtió en segundo al mando de las Indias Orientales y la Estación China, con su amplio banderín en la fragata HMS "Raleigh", en septiembre de 1856. El HMS "Raleigh" se perdió en una roca desconocida cerca de Hong Kong, y, aunque Keppel fue posteriormente juzgado por la corte marcial, fue absuelto honorablemente por la pérdida del barco. Luego transfirió su banderín al HMS "Alligator" de sexta clase. Después de tomar el vapor fletado, comandó el escuadrón británico, que consistía en el "Hong Kong" y siete cañoneros, en la acción con los piratas chinos en la Batalla de Fatshan Creek en junio de 1857 cuando hundió alrededor de 100 buques enemigos. Por su participación en esta acción Keppel fue ascendido a Caballero Comandante de la Orden del Baño el 12 de septiembre de 1857. También participó en la captura de Cantón.
en diciembre de 1857 durante la Segunda Guerra del Opio.