Después de contraer la gripe, Hanyu se retiró de los Campeonatos Nacionales Japoneses.
- ¿ Qué? A pesar de esto, fue seleccionado para competir en el Campeonato de los Cuatro Continentes de 2017 y el Campeonato Mundial de 2017. En el Campeonato de los Cuatro Continentes de 2017, Hanyu quedó tercero en el programa corto con una puntuación de 97.04 puntos, debido a un error en su combinación. Durante el patinaje libre, a pesar de un buen comienzo, volvió a cometer un error en lo que se suponía que era una combinación de cuádruple y triple. Hanyu luego improvisó su diseño para la segunda mitad del programa, cambiando con éxito tres de sus saltos en elementos más difíciles para maximizar su puntuación después del error. Se colocó primero en el patinaje libre con una puntuación de 206.67, pero en general terminó segundo detrás de Nathan Chen por unos cuatro puntos.