Llamando a los ataques del 11 de septiembre de 2001 un acto de "piratería aérea", Paul introdujo la Ley de Marca y Represalia de 2001. Las cartas de marca y represalia, autorizadas por, habrían tenido como objetivo a sospechosos terroristas específicos en lugar de invocar la guerra contra un estado extranjero. Paul reintrodujo esta legislación como la Ley de Marcas y Represalias de 2007. Votó con la mayoría por la autorización original para el uso de la fuerza militar contra los terroristas en Afganistán. En abril de 2009, después del secuestro de Maersk Alabama
, propuso la emisión de cartas de marca para combatir el problema de la piratería en Somalia.