En 1528 Juan huyó de Hungría hacia Polonia, donde se quedó con el príncipe Jan Amor Tarnowski. En 1529 Juan se acercó a los otomanos y acordó hacer de Hungría un estado vasallo a cambio de reconocimiento y apoyo. El sultán Suleiman el Magnífico aceptó, y envió a los ejércitos otomanos para invadir Austria (que incluía el
Sitio de Viena), una guerra que duró hasta 1533. Esto permitió a Juan recuperar su posición en Hungría en 1529, por los esfuerzos de Frater George Martinuzzi, a pesar de la asociación con los otomanos que lo mancillaron en ese momento. Martinuzzi se convirtió en tesorero real y el ministro de mayor confianza de Juan.