Después de la invasión alemana de Grecia, en 1941 los alemanes nazis lo trasladaron al campo de concentración de Dachau, de donde fue liberado en mayo de 1945. De regreso a Grecia, volvió a asumir el liderazgo del KKE de Georgios Siantos, secretario general en funciones del KKE desde enero de 1942. El maldito Dekemvriana
El acontecimiento acababa de terminar con la derrota comunista. Zachariadis ahora declaró su intención política de que el KKE luchara por la democracia y el poder del pueblo a través de elecciones.