En agosto, Butler comandó una fuerza expedicionaria que, en conjunto con la Marina de los Estados Unidos, tomó
Las fortalezas Hatteras y Clark en Carolina del Norte. Ese movimiento, la primera victoria significativa de la Unión después del Primer Bull Run, fue elogiado en Washington y ganó elogios de Butler del presidente Lincoln. Butler fue enviado de regreso a Massachusetts para reunir nuevas fuerzas. Eso llevó a Butler a una lucha por el poder con el gobernador Andrew, quien insistió en mantener su autoridad para nombrar oficiales de regimiento, negándose a comisionar (entre otros) al hermano de Butler, Andrew, y a varios de los asociados cercanos del general. La disputa instigó una guerra de reclutamiento entre Butler y la organización de la milicia estatal. La disputa retrasó el regreso de Butler a Virginia, pero en noviembre fue asignado al mando de las tropas terrestres para las operaciones en Luisiana.