En los años sesenta y setenta, el ferrocarril entró en decadencia, agravada aún más por la
El terremoto de Managua de 1972. El gobierno reaccionó a esto construyendo una sucursal de 25,4 km desde Ceiba Mocha hasta Puerto Somoza (ahora Puerto Sandino) en 1976. Esto aumentó significativamente las operaciones productivas y los ingresos, pero no revirtió la tendencia a largo plazo. Las subvenciones gubernamentales aumentaban constantemente y el transporte de pasajeros disminuía. La línea más antigua Corinto - León fue abandonada en 1982 cuando las inundaciones dañaron las vías. En 1993, todavía había 373 km de vías de vía estrecha en la región del Pacífico y 3 km aislados de línea de vía estándar en Puerto Cabezas en el Caribe. Varios trenes por día transportaban pasajeros al sur desde Managua hasta Granada, o al norte desde la capital hasta León.