Completa la siguiente frase: Johnston estaba entusiasmado con el estallido de la Guerra México-Estados Unidos. Sirvió en el personal del teniente general Winfield Scott en la
Sitio de Veracruz, habiendo sido elegido por Scott para ser el oficial que lleva la demanda de rendición por adelantado al gobernador provincial. Estuvo en la vanguardia del movimiento hacia el interior bajo el general de brigada David E. Twiggs y fue gravemente herido por un tiro de uva que realizaba reconocimiento antes de la Batalla de Cerro Gordo. Fue nombrado teniente coronel por sus acciones en Cerro Gordo. Después de recuperarse en un hospital de campaña, se reincorporó al ejército en Puebla. Durante el avance hacia la Ciudad de México, fue segundo al mando del "Regimiento de Voltigeurs de los Estados Unidos", una unidad compuesta de infantería ligera o escaramuzas. Se distinguió en Contreras y Churubusco, fue herido de nuevo en Chapultepec, y recibió dos promociones de brevet por los dos últimos enfrentamientos, terminando la guerra como coronel de brevet de voluntarios. (Después del final de las hostilidades, volvió a su rango de tiempo de paz de capitán en los ingenieros topográficos.) Winfield Scott comentó con humor que "Johnston es un gran soldado, pero tenía la desafortunada habilidad de recibir un disparo en casi todos los enfrentamientos". La mayor angustia de Johnston durante la guerra fue la muerte de su sobrino, Preston Johnston. Cuando Robert E. Lee informó a Johnston que Preston había sido asesinado por un proyectil de artillería mexicana en Contreras, ambos oficiales lloraron, y Johnston se afligió por el resto de su vida.