Durante la Primavera de Praga, que atrajo mucha atención internacional en 1968, muchos miembros de la comunidad académica de Palacký participaron en los esfuerzos de democratización, tratando de mover la dictadura totalitaria gobernante hacia la democracia socialista. El movimiento fue aplastado y las reformas revertidas cuando se combinaron ejércitos del Pacto de Varsovia de la Unión Soviética, Bulgaria, Alemania Oriental, Hungría y Polonia
invadieron Checoslovaquia. La ocupación militar soviética siguió. En este momento, la "Unión de Estudiantes Universitarios de Bohemia y Moravia", una nueva organización estudiantil, se estableció en Olomouc, y más tarde organizó huelgas estudiantiles en el otoño de 1968. Al mismo tiempo, se hicieron esfuerzos para restaurar la Facultad de Teología, pero fracasaron y no fue más que una rama de la Facultad de Teología de la Universidad Charles de Litoměřice, y se vio obligada a cerrar nuevamente en 1974.