El ascenso de Ferris a través de las filas le trajo los comandos de varios barcos pequeños durante el período de paz entre el final de la Guerra de Independencia de Estados Unidos y el estallido de las Guerras Revolucionarias Francesas, pero no alcanzó el rango de un post-capitán completo hasta el comienzo de las guerras con Francia. Pasó la mayor parte de la guerra al mando de un solo barco, en una variedad de servicios eclécticos. Siguieron comandos más activos y convencionales, y estuvo involucrado en la captura de Gorée en 1801. Regresando fresco de este triunfo, fue nombrado al mando de la 74 de cañón, y enviado con una flota bajo el contralmirante Sir James Saumarez para patrullar los puertos franceses y españoles. Mientras llevaba a cabo esta tarea, Saumarez descubrió y atacó a un escuadrón bajo Charles-Alexandre Léon Durand Linois. Esta acción, la Primera Batalla de Algeciras
, fue una lucha dura, y los británicos fueron obstaculizados por aguas poco profundas, brisas ligeras y la presencia de baterías de la costa enemiga. "Hannibal" encalló y fue gravemente dañado, sufriendo una serie de bajas. Los intentos de sacarla a flote fracasaron, y el resto de la flota no pudo ayudarla. En una posición desesperada, Ferris se vio obligado a entregar su nave.