Escriba una continuación para este párrafo - En marzo de 1861, Ferguson fue comisionado como capitán en la milicia de Carolina del Sur, luego fue nombrado teniente y ayudante de campo del general de brigada del ejército de Carolina del Sur, P. G. T. Beauregard. Fue uno de los oficiales que recibió la rendición formal del mayor del ejército estadounidense Robert Anderson en Fort Sumter, levantó la primera bandera de los Estados Confederados y colocó a los primeros guardias en Fort Sumter. Después del asedio, fue enviado a presentar la primera bandera confederada golpeada por un disparo enemigo al Congreso Provisional de los Estados Confederados. Fue teniente coronel y ayudante de campo del general Beauregard durante la Batalla de Shiloh.
- ¿ Qué? Durante la Batalla de Farmington, estuvo en el 28o Regimiento de Caballería de Mississippi. Comandó la unidad mientras defendía Vicksburg, y ayudó a detener los ataques realizados por el general de división estadounidense William T. Sherman y el comodoro estadounidense David Porter.