El 11 de agosto de 2012, Buffon levantó su primer trofeo como el nuevo capitán de la Juventus, después de la salida de Alessandro Del Piero cuando la Juventus derrotó al Napoli 4-2 en tiempo extra en la Supercoppa Italiana de 2012.
En Pekín. Buffon sufrió una lesión menor y se perdió el primer partido de la Serie A de la temporada 2012-13 contra el Parma el 25 de agosto de 2012. Regresó a la alineación titular para el siguiente partido contra el Udinese en Udine el 2 de septiembre, con el brazalete del capitán; Juventus ganó el partido 4<unk>1. El 20 de septiembre, en el primer partido de la Liga de Campeones de la temporada contra el Chelsea, Buffon hizo su aparición número 400 para la Juventus; el partido terminó en un empate de 2-2. Buffon obtuvo su primera hoja limpia de la temporada en una victoria de 2 a 0 en casa contra Chievo el 22 de septiembre.