Después de cinco años en su papel con la IRFU, Clarke regresó a Ulster en 2012 como asistente de Mark Anscombe. Clarke continuó en este papel bajo los sucesores de Anscombe, Neil Doak y Les Kiss. Durante su segunda temporada con Ulster Doak continuó involucrado con el equipo irlandés en ocasiones, sirviendo como entrenador en jefe de Emerging Ireland durante su exitosa Copa Tbilisi 2015
la campaña.