Después de dos temporadas bastante exitosas sin una aparición en los playoffs, a mediados de temporada en 2004 los Astros estaban luchando. Antes de la temporada, los Astros habían agregado lanzadores estrella Andy Pettitte y Roger Clemens a un equipo que ya incluía estrellas como Lance Berkman y Jeff Kent, así como el núcleo de Bagwell y Biggio. Rápidamente fueron ungidos como uno de los favoritos para ganar la Liga Nacional. Sin embargo, en el descanso del Juego de Estrellas, fueron 44-44, en gran parte debido a la incapacidad de anotar carreras y un mal récord en juegos de 1 carrera. Después de ser abucheado en el Juego de Estrellas de 2004 celebrado en Minute Maid Park mientras servía como entrenador de la Liga Nacional, Williams fue despedido y reemplazado por Phil Garner, quien había sido una estrella para el ganador de la segunda división de los Astros en 1986. Aunque muchas personas eran muy escépticas de Garner, quien tenía un historial mediocre en sus períodos anteriores como gerente en Milwaukee y Detroit, con solo una temporada ganadora en cualquiera de las paradas (en 1992), el equipo respondió a Garner, quien llevó al equipo a un récord de 46 a 26 en la segunda mitad y el Wild Card de la Liga Nacional. Ganaron su primera serie de playoffs en ocho intentos, derrotando a los Bravos en cinco juegos de la Serie Divisional de la Liga Nacional para avanzar a la Serie de Campeonato de la Liga Nacional.
por tercera vez. Sin embargo, perderían ante los St. Louis Cardinals en siete juegos, más dramáticamente en un jonrón de Jim Edmonds en la 12a entrada del Juego 6.