Escribir una continuación para este párrafo - El colegio sufrió graves pérdidas humanas y de capital durante la invasión sueca de 1656
y la plaga de 1710, pero se recuperó. Después de la supresión de los jesuitas en 1773, la administración del colegio fue asumida por la Comisión de Educación Nacional. Después de la Tercera Partición de la Mancomunidad Polaco-Lituana, los carmelitas de Kolainiai administraron la escuela desde 1797 hasta 1817. En 1817, las autoridades zaristas secularizaron la escuela, cambiaron su nombre a gimnasio, introdujeron clases de educación primaria y transfirieron su administración a la Universidad de Vilna. Como tal, el número de estudiantes creció y superó los 400.