Las relaciones entre los países se deterioraron rápidamente tras el golpe militar de 1989
y el ascenso de los líderes islamistas en el gobierno de Sudán. El apoyo sudanés a Irak durante la Guerra del Golfo de 1990-91 ayudó a asegurar la recesión. Los Estados Unidos, empujados por grupos de interés domésticos como los cristianos evangélicos y el Caucus Negro del Congreso, expresaron abiertamente su descontento por el manejo de Jartum de la guerra con el SPLM, la situación de los derechos humanos, incluido el supuesto apoyo del gobierno a la esclavitud, y su ambiente acogedor hacia los grupos terroristas internacionales. Washington puso a Sudán en su lista de estados que apoyan el terrorismo en 1993, una acción que resultó en sanciones adicionales de EE.UU. contra Sudán.