En 1943, durante la Segunda Guerra Mundial, el metro fue gravemente dañado durante la "Operación Gomorra",
El bombardeo de Hamburgo por la RAF ese verano. El tramo de "Hauptbahnhof" a "Rothenburgsort" no fue reparado porque el distrito por el que pasaba había sido completamente destruido. Pasaron cinco años más antes de que la red restante estuviera una vez más completamente intacta.