En 1878 actuó como arquitecto de la sección india y agente comercial del gobierno indio en la Exposición de París. En 1880, Clarke organizó las colecciones indias en South Kensington, lo que lo llevó a asumir el cargo de comisionado especial en la India y luego a convertirse en guardián del Museo de la India en South Kensington en 1883. Sus adquisiciones incluyeron los folios de Hamzanama, las primeras ilustraciones mogoles de las épicas aventuras de Hamza por artistas del norte de la India e Irán. También compró artesanías contemporáneas, trabajos arquitectónicos en madera y dibujos. En 1892 Clarke fue nombrado Custodio de las colecciones de arte, en 1893 fue ascendido a Director Asistente antes de convertirse finalmente en Director en 1896. Durante su tiempo como director también ocupó los puestos de comisario real en la Exposición de París de 1900 y en la Exposición de París de 1921.
San Luis en el año 1904. Renunció al Museo de South Kensington (renombrado en 1899 como el Museo Victoria y Albert) en 1905.