El verano siguiente, sin embargo, el capitán Cristiano Doni fue incluido entre los sospechosos por su participación en un escándalo de arreglo de partidos (también conocido como "Calcioscommesse"). El Atalanta se enfrentó a una penalización de seis puntos en la Serie A 2011/12
El 19 de agosto, Doni fue suspendido por tres años y medio de todas las actividades relacionadas con el fútbol, lo que puso fin a su carrera a los 38 años. El defensor Thomas Manfredini también fue acusado de participación en el escándalo y inicialmente recibió una prohibición de tres años, aunque más tarde sería absuelto. También ese verano, Atalanta firmó al delantero argentino Germán Denis, quien se convertiría en uno de los goleadores más prolíficos del club con 56 goles en cuatro temporadas y media. Al comienzo de la temporada, el Atalanta obtuvo 10 puntos en sus primeros cuatro partidos, mientras que la compañía trabajaba para defenderse a sí misma y a sus jugadores de estas acusaciones. El Atalanta obtuvo 52 puntos antes de la penalización de seis puntos, estableciendo un nuevo récord del club para la mayoría de los puntos en la Serie A. Esto siguió a actuaciones consistentes a lo largo de la temporada (26 puntos en cada mitad) y la cuarta mejor defensa de la liga con 43 goles recibidos, a la par con el Bologna y la Fiorentina. El club se aseguró la seguridad de la Serie A en la penúltima jornada de partidos con una victoria en casa de 2 a 0 contra la Fiorentina, aunque perdió los últimos tres partidos contra el Milan, Lazio y la Juventus.