Después de que la flota de Virginia se integrara con la Armada Confederada, Barron recibió una comisión como comandante y fue nombrado jefe de la Oficina de Órdenes y Detalles el 10 de junio. Barron permanecería en ese puesto hasta el 20 de julio, cuando el Secretario Confederado de la Marina Stephen R. Mallory aceptó la solicitud de Barron de ser asignado como comandante de las defensas costeras de Virginia y Carolina del Norte, un puerto importante para los corsarios confederados basados en Pamlico Sound. Llegando a su cuartel general en Fort Hatteras
El 28 de agosto, Barron comandó la defensa de los fuertes Hatteras y Clark contra el oficial de la bandera de la Unión Silas H. Stringham durante la Batalla de la ensenada de Hatteras el 28-29 de agosto. Barron fue capturado tras la rendición de las dos fortalezas. Se celebró en Fort Columbus en la isla de los gobernadores en el puerto de Nueva York, luego en Ft. Warren, puerto de Boston, Barron fue finalmente liberado en un intercambio de prisioneros al año siguiente.