En 1900, Clarke se unió a los Piratas de Pittsburgh como jugador y gerente, roles que desempeñaría hasta su retiro en 1915. Fue posiblemente la mejor temporada de bateo de la carrera de Clarke, ya que lideró las Grandes Ligas en promedio y OPS y lideró la Liga Nacional en dobles. Terminó segundo sólo a su compañero de equipo, Honus Wagner, por el título de bateo de la Liga Nacional. En la primera Serie Mundial
Clarke bateó.265 pero Cy Young y Bill Dinneen de Boston superaron a Pittsburgh en general y ganaron la serie en ocho juegos.