Como estaba fuera de las murallas aurelianas, la basílica fue dañada en el siglo IX durante una incursión sarracena. En consecuencia, el Papa Juan VIII (872-82) fortificó la basílica, el monasterio y las viviendas de los campesinos, formando la ciudad de Johannispolis (italiano: "Giovannipoli") que existió hasta 1348, cuando un terremoto
lo destruyó por completo.