Cuando se anunciaron las primeras elecciones democráticas en Croacia, Vrdoljak estaba entre los 200 principales intelectuales que apoyaban públicamente a la Coalición moderada de Acuerdo Popular. Al final de la campaña, cambió su apoyo por la Unión Democrática Croata (HDZ) y Franjo Tuđman, con quien desarrolló una estrecha amistad. El 30 de mayo de 1990, el nuevo Parlamento croata elegido democráticamente se reunió y Franjo Tuđman fue elegido presidente de Croacia. Vrdoljak se convirtió en uno de los seis vicepresidentes del país. Como tal, se le encomendó la supervisión de los Campeonatos Europeos de Atletismo de 1990
en Split.