Escriba una continuación para este párrafo - Czisny terminó tercero en el Skate Canada International 2008 en la serie Grand Prix 2008-09 detrás de Joannie Rochette y Fumie Suguri. En el Campeonato de EE.UU. 2009
, ella ganó el programa corto por más de cinco puntos. Terminó tercera en el programa largo, pero ganó la medalla de oro debido a su ventaja en el corto. Czisny ganó su primer título nacional, por delante de Rachael Flatt y Caroline Zhang. Se ganó su segundo viaje a los Cuatro Continentes y al Campeonato Mundial, en el que terminó novena y undécima, respectivamente.