Las inundaciones significativas a lo largo del río Mary han causado inundaciones de la ciudad en 1870, 1873, 1893, 1955, 1968, 1974, 1989, 1992, 1999, 2011
y 2013. La primera inundación registrada en Gympie fue en 1870. La mayoría de las inundaciones ocurren entre diciembre y abril y suelen ser causadas por fuertes lluvias en las cabeceras hacia el sur.