Escriba una continuación para este párrafo - Nagatomo comenzó su segunda temporada en el Inter de Milán jugando 62 minutos en la Serie A inaugural
El partido contra el Palermo, terminó en una derrota de 4 a 3. El 27 de septiembre de 2011, Nagatomo proporcionó una asistencia a Giampaolo Pazzini por la nuez moscada Aleksei Berezutski antes de conducir la pelota a través de la meta durante la victoria 3×2 fuera de casa contra el CSKA Moscú en el segundo partido de la fase de grupos de la Liga de Campeones. Marcó su primer gol de la temporada el 10 de diciembre de 2011 durante la victoria por 2 a 0 en casa contra la Fiorentina en la jornada 15 de la Serie A. Tres días después volvió a estar en la ficha de anotación cuando encabezó una cruz de Ricky Álvarez en la victoria por 1 a 0 contra el Génova. En el último partido de 2011 contra Lecce en casa, Nagatomo produjo una actuación de "hombre del partido" al proporcionar dos asistencias en una eventual victoria de 4-1.