Peale a veces trabajaba en medallas para el gobierno, teniendo cuidado de excluir a Longacre del proceso. Durante la guerra entre México y Estados Unidos, el Congreso votó una medalla de oro para el mayor general Zachary Taylor por sus victorias en Palo Alto.
y Resaca de la Palma. Peale grabó el diseño a partir de un retrato de William Carl Brown y un modelo de John T. Battin. Después de que Taylor se convirtió en presidente, Peale diseñó su Medalla de la Paz de la India; Peale también grabó Medallas de la Paz de la India para los presidentes John Tyler y James Polk, trabajando a partir de diseños o modelos de otros hombres. En 1846, Peale diseñó y grabó la Medalla de la Investigación de la Costa (también llamada la medalla George M. Bache). Peale creía que todas las medallas conmemorativas nacionales, las autorizadas por el Congreso, deberían tener sus dies alojados en la Casa de la Moneda de Filadelfia, y ser acuñadas allí, y con el apoyo de Patterson instó a la emisión de medallas para presidentes para los que no se había diseñado ninguna Medalla de Paz de la India, como John Adams y William Henry Harrison. Esto se hizo, pero no en la época de Peale - por ejemplo, la medalla William Henry Harrison fue diseñada por el posterior Asistente y Grabador Jefe George T. Morgan. Estas obras, al igual que las Medallas de la Paz de Peale, forman parte de la serie Presidencial de la Casa de la Moneda, que continúa hasta nuestros días.