Galthié fue un miembro crucial del equipo francés que derrotó a Nueva Zelanda en la semifinal de la Copa Mundial de Rugby de 1999 en Twickenham. En 2000, Colomiers llegó a la final del campeonato francés, pero Galthié tuvo que ver desde las gradas debido a una lesión en la rodilla. El club perdió 28-23 ante el Stade Français, al que se unió la temporada siguiente. En 2001 Galthié fue nombrado capitán de Francia. Un año exitoso en 2002
, incluido un Grand Slam de Seis Naciones, vio a Francia dominar los Premios IRB 2002, con Galthié nombrado Jugador del Año, así como el entrenador francés Bernard Laporte nombrado Entrenador del Año.