Después de la invasión alemana de 1939, la Gran Polonia fue incorporada a la Alemania nazi, convirtiéndose en la provincia llamada, más tarde Reichsgau Wartheland (que es el nombre alemán del río Warta). La población polaca y judía fue clasificada por los nazis como subhumana y sometida a un genocidio organizado, que involucró asesinatos en masa y limpieza étnica, con muchos ex funcionarios y otros considerados enemigos potenciales por los nazis encarcelados o ejecutados, incluso en el famoso campo de concentración Fort VII en Poznań. Poznań fue declarada una ciudad fortaleza en las etapas finales de la guerra, siendo tomada por el Ejército Rojo en la Batalla de Poznań
, que terminó el 22 de febrero de 1945.