Un largo período de entrenamiento siguió en las mesetas de Atherton, ya que la política interaliada resultó en oportunidades limitadas para el empleo de tropas australianas durante 1944 y en 1945. Como resultado, no fue hasta mediados de 1945 que el 2/32o entró en batalla nuevamente. La campaña de Borneo finalmente resultó ser su participación final en la guerra. Durante las operaciones iniciales para capturar Labuan
, el batallón permaneció en reserva, y sólo llegó a tierra el 12 de junio. El batallón fue transportado de Labuan a la bahía de Padas cuatro días, el 16 de junio, a través de lanchas de desembarco, y luego participó en la captura de Weston al día siguiente. La 2/32nd posteriormente patrulló hacia Beaufort, llevando a cabo un ataque a la ciudad en concierto con el &lt;a href="2/43rd%20Battalion%20%28Australia%29"&gt;2/43rd Battalion&lt;/a&gt; el 26 de junio, para asegurar la línea ferroviaria Weston-Beaufort. A principios de julio, el batallón avanzó hacia Papar. El avance principal se realizó a lo largo de la línea ferroviaria con un movimiento de flanqueo proporcionado por una compañía que realizó un desembarco anfibio al sur; después de estos movimientos, la ciudad fue tomada posteriormente el 12 de julio de 1945.