Para el resto de la guerra, la división se encontraría
luchando en Morotai. En abril de 1945, la división realizó patrullas intensivas con el objetivo de destruir las fuerzas japonesas restantes en la isla. En esta época, la mayoría de los japoneses de Morotai se encontraban a lo largo de la costa oeste de la isla, y generalmente se quedaban cerca de los jardines nativos. La 93a División desembarcó patrullas a lo largo de las costas oeste y norte de Morotai desde finales de abril en adelante, y estas lucharon escaramuzas dispersas con pequeñas fuerzas japonesas. Uno de los objetivos principales de la división era capturar al coronel Ouchi, comandante del Regimiento 211, División 32, y esto fue logrado por una patrulla del Regimiento 25 de Infantería el 2 de agosto de 1945. Ouchi fue el oficial japonés de más alto rango que fue capturado antes del final de la guerra.