Después de servir en esta estación, Clay fue ascendido a capitán el 29 de abril de 1802. Sirvió desde el 20 de julio de 1805 hasta mayo de 1808 como Oficial Regulador en Belfast, y luego se unió a la 98 de cañones como su oficial al mando. Durante este tiempo, el "St George" fue el buque insignia del contraalmirante Sir Eliab Harvey. Clay luego se trasladó para tomar el mando del 98-canón el 6 de febrero de 1809, con órdenes de regresar al Báltico como el buque insignia del contraalmirante Sir Manley Dixon. Había estallado la guerra con los daneses.
después de la Segunda Batalla de Copenhague en 1807, y una flota británica estaba estacionada en el Báltico bajo Sir James Saumarez. El "Temeraire" llegó en mayo de 1809 y fue enviado a bloquear Karlskrona en la costa sueca.