Escriba una continuación para este párrafo - Happer fue a licencia médica en 1855 y la Segunda Guerra Anglo-China
retrasó el regreso del Happer de su licencia hasta 1859. Sin embargo, después de la guerra, los tratados producidos por la guerra promovieron el acceso libre y sin restricciones a Cantón. Esto condujo a un aumento de misioneros en el Cantón con un aumento de las conversiones al cristianismo. En la década de 1860, Happer fundó la Primera Iglesia Presbiteriana, numerosos internados y escuelas diurnas, y una escuela de capacitación para predicadores, maestros y colportores de Cantón. Happer sirvió como pastor de la Primera Iglesia Presbiteriana en Canton, establecida en 1862. Mediante el establecimiento de múltiples formas de servicios educativos, Happer logró su misión de llevar la educación superior cristiana a China, aunque gran parte del cuerpo estudiantil de la escuela de capacitación incluía a los que trabajaban para la iglesia. Con el fin de llegar a los líderes gubernamentales chinos a través de la educación occidental, desde 1865 y 1867, Happer dirigió el Colegio de Intérpretes del gobierno chino en Cantón y enseñó inglés y matemáticas a estudiantes que ingresaban a los servicios gubernamentales como especialistas extranjeros. Al introducir enseñanzas cristianas en sus cursos, continuó su misión de evangelización y observó el crecimiento gradual de los presbiterianos de Cantón. Esto es apoyado por las estadísticas reportadas por la Misión de Cantón que en 1866: 147 personas estaban inscritas en escuelas de la misión.