El 29 de septiembre de 1938, Thomas fue llamado al servicio activo, y se unió a la tripulación del acorazado. El 13 de agosto de 1939, se unió al crucero, donde estaba sirviendo cuando estalló la Segunda Guerra Mundial. Fue ascendido a comandante el 27 de junio de 1940. Después de que fue hundido por los italianos en la incursión en la bahía de Souda
, fue asignado al HMS "Nile", el establecimiento de la costa de la Royal Navy en Egipto, y sirvió en el personal del Comandante en Jefe, Flota del Mediterráneo. Se casó por segunda vez el 10 de septiembre de 1941, con Mary Fedora Douglas-Watson, pianista y compositora. Era la viuda de un compañero oficial naval, el comandante Francis Douglas-Watson, y la hija del ex senador australiano Anthony St Ledger.