Después de la guerra, Ančerl dirigió para Radio Praga hasta 1950, cuando se convirtió en director artístico de la Filarmónica Checa, un puesto que ocupó con éxito durante dieciocho años. Después de la invasión de Checoslovaquia en 1968
Ančerl emigró a Toronto, Canadá, donde trabajó como director musical de la Orquesta Sinfónica de Toronto hasta su muerte en 1973.