Verstappen comenzó la temporada 2016 en Toro Rosso, nuevamente junto a Sainz. Verstappen se clasificó quinto para la carrera inaugural de la temporada en Australia, pero durante la carrera hizo varias llamadas por radio a su equipo debido a la frustración de estar detrás de Sainz en la pista antes de cortar a su compañero de equipo mientras intentaba pasarlo con tres vueltas por delante, y finalmente terminó décimo. Verstappen disfrutó de un fin de semana más exitoso en la siguiente carrera en Bahréin
, terminando sexto para anotar los primeros puntos de Toro Rosso en el circuito de Sakhir.