A pesar de la rápida victoria de Pizarro, las rebeliones de los indios pronto comenzaron y continuaron periódicamente durante todo el período colonial. En 1537, Manco Inca, a quien los españoles habían establecido como emperador títere, se rebeló contra los nuevos gobernantes y restauró un estado "neo-inca". Este estado continuó desafiando la autoridad española incluso después de que los españoles reprimieron la revuelta y decapitaron a Túpac Amaru en la plaza pública de Cuzco en 1572. Las revueltas posteriores en las tierras altas bolivianas fueron por lo general organizadas por los ancianos de la comunidad y se mantuvieron de naturaleza local, con la excepción de los
Gran rebelión de Túpac Amaru II en el siglo XVIII.