Al comienzo de la Guerra Civil, Hays volvió al servicio como coronel del 63o Regimiento de Infantería Voluntaria de Pensilvania, también con el rango de capitán en el 16o Regimiento de Infantería de los Estados Unidos en el ejército regular hasta la fecha del 14 de mayo de 1861. Sus hombres lo conocían por ser "valiente como un león". Durante la Campaña de la Península, fue asignado con su regimiento a la primera brigada de la división de Kearny del III Cuerpo de Heintzelman. Luchó en las batallas de Yorktown, Williamsburg, Seven Pines, la Estación de Savage
, y la colina de Malvern. Al final de las Batallas de los Siete Días, fue nombrado teniente coronel en el ejército regular por su valentía en acción, ya que Hays había dirigido una carga de bayonetas con su regimiento en las líneas enemigas para cubrir la retirada de su brigada. Hays se fue brevemente de baja por enfermedad un mes después, sufriendo de ceguera parcial y parálisis de su brazo izquierdo, heridas sufridas en la batalla.