En su carrera militar, Humala también estuvo involucrado en los dos grandes conflictos peruanos de los últimos 20 años, la batalla
contra la organización insurgente Sendero Luminoso y la Guerra de Cenepa de 1995 con Ecuador. En 1992, Humala sirvió en Tingo María luchando contra los restos del Sendero Luminoso y en 1995 sirvió en la Guerra de Cenepa en la frontera con Ecuador.