Desde sus orígenes en el siglo XV hasta su disolución en 1833, los objetivos principales de la Casa da Índia cambiaron con el tiempo, al igual que sus relaciones con la Corona de Portugal y la administración imperial. Después de 1642, perdió todos sus monopolios comerciales en oro, plata, marfil, especias y otros productos preciosos, transformando el alcance de la organización en un regulador comercial y una agencia de aduanas. Tras la destrucción de su sede y instalaciones del Palacio de la Ribeira en el Gran Terremoto de Lisboa de 1755
En el siglo XIX, la Casa da Índia se volvió cada vez más obsoleta en relación con las políticas comerciales y coloniales transformadoras de Portugal, lo que llevó a que la mayoría de sus funciones fueran lentamente absorbidas por ministerios y agencias del gobierno portugués hasta su disolución final en 1833.