Poco después, el caodaísmo comenzó a atraer la atención de varios actores políticos debido a sus ideas insurgentes que eventualmente vieron a algunas de sus facciones participar en una insurgencia armada contra los franceses, los japoneses y los comunistas hasta la década de 1950. Como resultado, la religión fue desmilitarizada, sus líderes encarcelados y sus seguidores reprimidos bajo los diferentes regímenes políticos, lo que se atribuyó a la caída de su influencia dentro de la sociedad. Como las fuerzas comunistas ganaron el control total después de
La caída de Saigón en 1975, la persecución religiosa hacia los caodaístas se intensificó, y la religión fue oficialmente prohibida. Como la Santa Sede principal de Tây Ninh y otros sitios fueron profundamente militarizados y sus prácticas religiosas externas fueron prohibidas, casi parece que la religión desaparecería sin una generación sucesiva de líderes para liderarla. Muchos de sus seguidores se ocultaron para sobrevivir, mientras que otros buscaron refugio en el extranjero de la persecución religiosa, creando así comunidades de diáspora en países de todo el mundo. Después del período de reforma económica en la década de 1990, el caodaísmo pudo resucitar su presencia pública a través de la reapertura de sus templos a medida que la presencia religiosa recuperó la legitimidad estatal. Sin embargo, la controvertida práctica de las sesiones se mantiene prohibida hasta hoy.