Después del estallido de la Segunda Guerra Mundial, el gobierno francés envió a Rapkine a Londres en enero de 1940, en una misión oficial para asegurar un suministro de carbón para fines industriales y militares franceses. Mientras estuvo en Inglaterra, ayudó a James Crowther a crear una Sociedad Anglo-Francesa de Ciencias para formalizar la cooperación científica entre los dos países. En junio de 1940, después de la rendición de Francia a Alemania
Rapkine abogó por que la Sociedad ayudara a los científicos franceses a encontrar refugio en el Reino Unido, pero la Sociedad se disolvió cuando las hostilidades entre Francia e Inglaterra impidieron la cooperación científica. Rapkine y Henri Laugier dejaron Londres para continuar sus esfuerzos en los Estados Unidos.