Escriba una continuación para este párrafo - En el momento en que Alexander Farnese, el futuro duque de Parma, tomó el control del ejército en 1578, los Países Bajos se dividieron cada vez más entre el norte rebelde y las provincias del sur aún leales a España. Con la llegada de un gran número de tropas de España, Farnese comenzó a consolidar el control español en el sur, comenzando con Maastricht. Farnese comenzó el asedio de Maastricht el 12 de marzo de 1579. Ordenó a sus tropas que limpiaran las murallas. Los habitantes de Maastricht también estaban cavando para llegar a los túneles españoles. En las profundidades de la clandestinidad, la lucha continuó. Cientos de soldados españoles murieron cuando se vertió agua hirviendo en sus túneles. Otros murieron por falta de oxígeno cuando los defensores holandeses encendieron fuegos dentro de ellos. Otros 500 soldados españoles murieron cuando una mina, que planeaban usar para hacer estallar el muro, explotó prematuramente. En la noche del 29 de junio, Farnese logró entrar en la ciudad mientras los exhaustos defensores dormían. Las unidades españolas que rompieron las murallas de la ciudad primero violaron a las mujeres (algunas de las cuales, al luchar para defender la ciudad, habían transgredido los roles de género y perdido su derecho a la misericordia), luego masacraron a la población. Para 1585, Farnese había reconquistado las ciudades de Bruselas, Gante y Amberes
, así como la provincia de Brabante y la mayor parte de Flandes. En este punto, el Ejército fue desviado de su función original de combatir a los rebeldes del norte para abordar el problema de Inglaterra, en guerra con España. Farnese creía que el ejército podía esperar cruzar el Canal en fuerza, confiando en un levantamiento católico en Inglaterra para apoyarlo; en su lugar, Felipe decidió emprender un ataque naval utilizando la Armada española en 1588. El Ejército de Flandes se movió contra Ostende y Dunkerque en preparación para una maniobra de seguimiento a través del Canal en apoyo de la Armada, pero la derrota de la fuerza naval principal puso fin a estos planes.