El 9 de abril de 1940, las tropas alemanas invadieron y ocuparon Dinamarca.
- ¿ Qué? Durante la ocupación alemana, mantuvo un perfil bajo pero trató de mantener el espíritu por la poesía de resistencia camuflada. En 1940, Henningsen contribuyó con la canción a la revista "Dyveke" de Kjeld Abell, que llamaba a la resistencia a los nazis de una manera conspicua que los censores alemanes interpretaron erróneamente como una canción sobre los vínculos restrictivos del matrimonio. Antes de que los nazis pudieran deportarlo a los campos de concentración o ponerlo en peligro de alguna otra manera, salió en secreto de Dinamarca junto con la mayoría de los daneses judíos en 1943. Huyó a la neutral Suecia con el arquitecto judío Arne Jacobsen y sus esposas en un bote de remos dirigido por un ingeniero civil judío y estudiante de remo llamado Herbert Marcus.