Como miembro del equipo nacional argentino, Scola ha ganado varias medallas: la medalla de plata en el Campeonato Sudamericano de 1999, la medalla de bronce en el Campeonato de las Américas de la FIBA de 1999, la medalla de oro en el Campeonato de las Américas de la FIBA de 2001, la medalla de plata en el Campeonato Mundial de la FIBA de 2002, la medalla de plata en el Campeonato de las Américas de la FIBA de 2003, la medalla de oro en los Juegos Olímpicos de Verano de 2004, la medalla de plata en el Campeonato de las Américas de la FIBA de 2007, la medalla de bronce en el Campeonato de las Américas de la FIBA de 2002 y la medalla de oro en el Campeonato de las Américas de la FIBA de 2006.
Juegos Olímpicos de Verano de 2008, la medalla de bronce en el Campeonato de las Américas FIBA 2009, la medalla de oro en el Campeonato de las Américas FIBA 2011 y la medalla de bronce en el Campeonato de las Américas FIBA 2013 entre otros títulos. En el torneo FIBA Americas Championship 2015, Scola se convirtió en el máximo goleador de la historia de la FIBA AmeriCup, y ganó su cuarto MVP del torneo.