En mayo de 1859 Austria sufrió una derrota militar en la batalla de Varese y en junio en Magenta
contra las fuerzas combinadas de Francia y Cerdeña. El emperador se negó a reconocer la gravedad de la situación que estaba causando grandes dificultades en el hogar, y asumió el mando directo del ejército, aunque no era un soldado profesional. Más tarde ese mes, una nueva derrota en Solférino selló el destino de Austria, y el emperador se vio obligado a aceptar los términos de Napoleón en Villafranca. Austria accedió a ceder Lombardía, y los gobernantes de los estados italianos centrales debían ser restaurados. Sin embargo, este último nunca ocurrió, y al año siguiente en plebiscitos, todos se unieron al Reino de Cerdeña-Piemonte. En abril de 1860 Garibaldi había invadido y rápidamente subyugado Sicilia, y en febrero de 1861 el Reino de las Dos Sicilias dejó de existir, Francisco y María huyeron a Austria.