Para compensar la pérdida de las propiedades ancestrales de Metternich en el valle del Mosela cuando la República Francesa se anexó la orilla oeste del Rin, el Receso Imperial de 1803 trajo a la familia de Metternich nuevas propiedades en Ochsenhausen, el título de Príncipe y un asiento en la Dieta Imperial. En la consiguiente reorganización diplomática, Metternich fue nombrado embajador en el Reino de Prusia, siendo notificado de esto en febrero de 1803 y asumiendo su cargo en noviembre de ese año. Llegó a una coyuntura crítica en la diplomacia europea, pronto preocupado por las ambiciones territoriales de Napoleón Bonaparte, el nuevo líder de Francia. Este temor fue compartido por la corte rusa bajo Alejandro I, y el zar mantuvo a Metternich informado de la política rusa. En el otoño de 1804 Viena decidió la acción iniciada en agosto de 1805 cuando el Imperio austriaco (como el Sacro Imperio Romano estaba en proceso de convertirse) comenzó su participación en la Guerra de la Tercera Coalición. La tarea ahora casi imposible de Metternich era convencer a Prusia de unirse a la coalición contra Bonaparte. Sin embargo, su eventual acuerdo no se debió a Metternich, y después de la derrota de la coalición en la Batalla de Austerlitz
, Prusia ignoró el acuerdo y firmó un tratado con los franceses en su lugar.