En noviembre de 1943 Baker fue asignado como comandante de vuelo con el 493o Escuadrón de Caza, 48o Grupo de Caza, en Tullahoma, Tennessee. A principios de 1944, fue al Teatro Europeo de Operaciones con el grupo asignado a la Novena Fuerza Aérea. Llevó aviones P-47 Thunderbolt en las campañas de ofensiva aérea, Europa; Normandía; y
El reino de Renania. Fue galardonado con la Estrella de Plata por su valentía en acción y también recibió un racimo de hojas de roble para la Cruz de Vuelo Distinguida. Al final de su segunda gira europea de servicio, había volado un total de 523 horas en 272 misiones de combate en aviones de combate británicos Spitfire y Thunderbolt.