Después de la independencia de México en 1821, un gran cuerpo de tropas españolas continuó ocupando San Juan de Ulúa hasta 1825. Fue el último sitio en la antigua colonia de Nueva España en ser mantenido por los españoles y fue entregado al general mexicano Miguel Barragán en noviembre de 1825. La justificación para la orden de expulsión emitida por el presidente Vicente Guerrero fue su intento fallido de reconquistar México. Desde entonces, San Juan de Ulúa sirvió como un símbolo militar y político de la resistencia mexicana a las invasiones y ocupaciones extranjeras, gracias a varias de las cuales tuvieron lugar durante el siglo XIX. En 1836, los franceses bombardearon la fortaleza en la Batalla de Veracruz durante la Guerra de la Pastelería, un conflicto resultante de un ciudadano francés en México que buscaba reparaciones por su supuesta pastelería dañada; durante la Guerra México-Estados Unidos, los Estados Unidos sitiaron la fortaleza.
la fortaleza durante la guerra, un conflicto que resultó de disputas sobre la naciente República de Texas, y en 1863 los franceses ocuparon brevemente la ciudad cuando instalaron a Maximiliano I como emperador de México. Durante gran parte del siglo XIX, el fuerte sirvió como prisión, especialmente para prisioneros políticos considerados opositores al gobierno. Muchos políticos mexicanos prominentes pasaron tiempo aquí cuando no estaban en el poder.