El sistema político de la República del Sudán fue reestructurado tras un golpe militar el 30 de junio de 1989.
, cuando Omar al-Bashir, entonces un brigadier en el ejército sudanés, dirigió a un grupo de oficiales y derrocó al gobierno del primer ministro Sadiq al-Mahdi. Bajo el liderazgo de al-Bashir, el nuevo gobierno militar suspendió los partidos políticos e introdujo un código legal islámico a nivel nacional. Luego se convirtió en Presidente del Consejo de Comando Revolucionario para la Salvación Nacional (un órgano recién establecido con poderes legislativos y ejecutivos para lo que se describió como un período de transición), y asumió los cargos de jefe de estado, primer ministro, jefe de las fuerzas armadas y ministro de defensa. Más adelante, después de institucionalizar la ley Sharia en la parte norte del país junto con Hassan al-Turabi, al-Bashir emitió purgas y ejecuciones en las filas superiores del ejército, la prohibición de asociaciones, partidos políticos y periódicos independientes y el encarcelamiento de importantes figuras políticas y periodistas. En 1993, Sudán se transformó en un estado islámico totalitario de un solo partido cuando al-Bashir abolió el Consejo de Comando Revolucionario y creó el Frente Nacional Islámico (FNI) con un nuevo parlamento y gobierno obtenido únicamente por miembros del FNI, y se proclamó presidente de Sudán. Como resultado, la Segunda Guerra Civil sudanesa con el Ejército Popular de Liberación de Sudán (SPLA) solo se intensificaría en los años siguientes.