Escriba una continuación para este párrafo - El 4 de marzo de 2017, Aubameyang pasó 20 goles de la Bundesliga por segunda temporada consecutiva con dos goles en una derrota por 6-2 contra el Bayer Leverkusen. Cuatro días después, anotó un hat-trick en una victoria por 4 a 0 sobre el Benfica para poner a Dortmund en los cuartos de final de la Liga de Campeones. El 20 de mayo, Aubameyang anotó dos goles en la derrota del último día del Borussia de Werder Bremen para terminar la temporada como el máximo goleador de la Bundesliga con 31 goles. En la final
El 27 de mayo de 2017 marcó el gol de la victoria, un penal, cuando el Dortmund venció al Eintracht Frankfurt 2-1.