Este servicio continuó hasta principios de 1809, cuando regresó a Gran Bretaña. Para entonces, Gran Bretaña estaba muy involucrada en el Báltico, protegiendo los intereses mercantiles. Una expedición bajo el mando de Sir James Gambier en julio de 1807 había capturado la mayor parte de la Armada danesa en la Segunda Batalla de Copenhague, en respuesta a los temores de que pudiera caer en manos de Napoleón, a costa de comenzar una guerra con Dinamarca.
- ¿ Qué? El capitán Hamilton dejó la nave, y fue reemplazado por el capitán Edward Sneyd Clay. El "Temeraire" se convirtió en el buque insignia del contraalmirante Sir Manley Dixon, con órdenes de ir al Báltico para reforzar la flota estacionada allí bajo el mando de Sir James Saumarez. El "Temeraire" llegó en mayo de 1809 y fue enviado a bloquear Karlskrona en la costa sueca.