En 1938, el gobierno francés lo nombró gobernador de la India francesa, una colonia sacudida por disturbios en las fábricas textiles. En el curso de la debacle militar francesa durante la Segunda Guerra Mundial, Bonvin telegrafió al gobierno francés (entonces en Burdeos) el 20 de junio de 1940, declarando la voluntad del pueblo de la India francesa de continuar la guerra del lado de los Aliados. Sin embargo, tras la firma del
Tras el armisticio del 22 de junio de 1940, reconoció inmediatamente el gobierno del mariscal Pétain. Poco después, bajo la presión del coronel Schomberg, el cónsul británico en Pondicherry, quien le advirtió que el ejército indio británico ocuparía la colonia si no se declaraba a favor del general de Gaulle, revirtió su decisión. En un llamamiento a la gente del 27 de junio de 1940, Bonvin anunció que el imperio colonial francés (y por lo tanto los establecimientos franceses en la India) "permanecerá del lado británico hasta la victoria final". El 12 de julio, el gobernador Bonvin, a través de los británicos, le aseguró a De Gaulle la cooperación de la India francesa.