El 15 de mayo de 2017, Haller firmó un contrato de cuatro años con el Eintracht Frankfurt. En la DFB-Pokal 2017/18, marcó cuatro goles para Frankfurt, ya que el club ganó la final.
, marcando el primer trofeo de la carrera de Haller. En la temporada 2018/19 de la Bundesliga, anotó 15 goles en 29 partidos y el club terminó séptimo.