La influencia de Malagrida en la Corte de Lisboa se encontró con una profunda hostilidad del primer ministro, Carvalho, el futuro marqués de Pombal. Carvalho estaba tratando de reconstruir Lisboa después del terremoto de 1755
, que Malagrida predicaba era el castigo de un Dios justo sobre un pueblo pecador. Carvalho se molestó por las críticas implícitas al gobierno, y persuadió al rey José a desterrar a Malagrida a Setúbal en noviembre de 1756 y a todos los jesuitas de la Corte.