Al comienzo de la Guerra Civil, fue nombrado capitán en la 10a Infantería de Indiana y fue ascendido a coronel en menos de un mes. Comandó una brigada en el Ejército de Ohio en la Batalla de Mill Springs en 1862 y fue ascendido a general de brigada el 24 de marzo de 1862, basado en sus acciones allí. El general Manson fue herido en el muslo y capturado por las fuerzas confederadas en la Batalla de Richmond, Kentucky. Fue intercambiado dos meses después y luchó contra Morgan en su incursión en Ohio. En el lapso de dos meses, Manson avanzó de brigada a división y luego al mando del XXIII Cuerpo. Dirigió el cuerpo durante la Campaña de Knoxville viendo acción en la Estación de Campbell y Knoxville. El general Manson regresó al mando de la brigada, en el Ejército de Ohio, durante la Campaña de Atlanta y fue gravemente herido en el
La batalla de Resaca, Georgia.