Henderson regresó a Oriente Medio en 1951 como embajador en Irán. Allí trató con el recién elegido primer ministro, Mohammed Mossadegh, sobre cuestiones relacionadas con las reservas de petróleo de Irán que anteriormente eran propiedad de intereses británicos que Mossadegh había nacionalizado recientemente. Los Estados Unidos se oponían a la nacionalización, y ayudó a orquestar el golpe de 1953 asistido por la CIA
que eliminó a Mossadegh, un líder elegido democráticamente.