En 1986, Colón de Carvajal y su conductor personal fueron asesinados por el grupo separatista vasco Euskadi Ta Askatasuna (ETA), que había abierto fuego contra el automóvil en el que viajaban y arrojado una granada de mano dentro, cerca del Paseo de la Castellana en Madrid, España. Además del asesinato de Carrero Blanco
En 1973, fue la figura más prominente asesinada por la organización.