Ellis se ofreció voluntario para el servicio y fue reclutado en el 15o Regimiento, 2a Brigada, 4a División del Ejército de Tennessee, en Freeport, Illinois. El 15o Regimiento participó en la acción en Fort Donelson cerca de Clarksville, Tennessee, antes de la batalla de Shiloh
- ¿ Qué? El 6 de abril de 1862, mientras estaba en el Nido de Avispas, habiendo sido ascendido al rango de coronel interino, Ellis fue alcanzado varias veces por el fuego enemigo, pero continuó dirigiendo a sus tropas hasta que una bala fatal lo golpeó. Después de la batalla, su cuerpo fue recuperado del campo de batalla y sus restos fueron enviados a Rockford para ser enterrados. Después de un funeral elaborado, Ellis fue enterrado en la parcela familiar que había comprado solo unos años antes después de la muerte de una de sus hijas.