McKay aceptó una cita bajo Dorothea Dix como enfermera de hospital, y comenzó su vida hospitalaria en Frederick, Maryland, en marzo de 1862, donde se le confió el cuidado de un gran número de heridos de la Primera Batalla de Winchester
- ¿ Qué? En septiembre de 1862, la ciudad estuvo llena durante dos o tres días con el Cuerpo de Stonewall Jackson en su camino a South Mountain y Antietam. Los rebeldes tomaron posesión del hospital, y lo llenaron por el momento con sus hombres enfermos y heridos. La resistencia fue inútil, y McKay trató a los oficiales y hombres rebeldes con cortesía, e hizo lo que pudo por los enfermos; su civilidad y amabilidad fueron reconocidas, y fue tratada con respeto. Después de la Batalla de Antietam, la ciudad de Frederick y sus hospitales estaban llenos de heridos, pero tan pronto como los heridos se recuperaron, fue a Washington, DC y fue asignada a trabajar por un tiempo en los hospitales de la capital. En enero, fue a Falmouth, Virginia y encontró trabajo como enfermera en el Hospital del Tercer Cuerpo. Aquí, ella pronto efectuó una evolución en el hospital; de ser el peor, se convirtió en el mejor de los hospitales del cuerpo en el frente. El general David B. Birney y su esposa, secundaron y alentaron todos sus esfuerzos por su mejora.