En la Serie Divisional de la Liga Nacional, los Cachorros enfrentaron a Atlanta, y Prior comenzó el Juego 3 contra el ex Cub Greg Maddux. Prior permitió dos hits y una carrera, lanzando un juego completo y ponchando a siete mientras los Cachorros ganaban 3<unk>1. Con una victoria de cinco juegos sobre los Bravos, los Cachorros se enfrentaron a los Florida Marlins en la Serie de Campeonato de la Liga Nacional. Prior lanzó en la octava entrada en el Juego 2, permitiendo tres carreras (dos ganadas) y ponchando cinco en una victoria de 12 a 3, antes de tomar el montículo nuevamente en el Juego 6. Durante siete entradas, lanzó una pelota sin goles, permitiendo solo tres hits mientras los Cachorros tomaban una ventaja de 3 a 0. Cuando Mike Mordecai voló contra él para comenzar el octavo, los Cachorros estaban a cinco outs de jugar en su primera Serie Mundial desde 1945. Luego, Juan Pierre bateó un doble, llevando a Luis Castillo, quien golpeó una pelota falsa por la línea izquierda del campo que el jardinero Moisés Alou persiguió. La pelota cayó en el borde de las gradas, y Steve Bartman
, un ventilador, alcanzó para ello, impidiendo Alou de hacer la captura. Castillo continuó caminando, y Prior y los Cachorros nunca se recuperaron del incidente. Prior luchó con su mando y renunció a la ventaja con la ayuda de un mal juego defensivo, sobre todo una bola de tierra arrancada por el campocorto Alex González que podría haber resultado en una doble jugada. Después de que Derrek Lee golpeó un doble de RBI que empató el juego y puso a los corredores en segundo y tercer lugar, Prior fue retirado del juego y reemplazado por Kyle Farnsworth. Los Marlins anotaron ocho carreras en esa entrada, y Prior fue acusado de la derrota por 8-3. Los Cachorros perdieron el Juego 7, y su sequía de 94 años en la Serie Mundial continuó.