Cuando estalló la Guerra Civil Española en julio de 1936, Juan Guilloto participó en el asalto de Cuartel de la Montaña, y la Batalla de Guadarrama se libró en la Cordillera de Guadarrama. Fue uno de los líderes del Quinto Regimiento, convirtiéndose en su comandante a partir de octubre de 1936. Luchó en Talavera de la Reina.
, Santa Olalla e Illescas (septiembre de 1936), la defensa de Madrid y la Segunda batalla del Camino de Corunna, así como en la Batalla de Jarama (febrero de 1937).