A mediados del siglo XIV, la región fue conquistada por Stefan Dushan para Serbia, pero no pasó mucho tiempo para que el control del Imperio serbio sobre la región se fragmentara a medida que las familias locales reafirmaron el control. Cuatro décadas después, la batalla de Savra
(como se conocía una de las llanuras de Myzeqe en la Edad Media) marcó el ascenso del Imperio Otomano en la región. En el siglo XV, la familia Muzaka y otros señores albaneses locales se unieron a la Liga de Lezhë de Skanderbeg para tratar de contener el creciente dominio de los otomanos, pero después de un largo conflicto, Myzeqe, así como la mayor parte de Albania, terminaron bajo el dominio otomano hasta principios del siglo XX. Algunos de los gobernantes albaneses locales, así como parte de la población, terminaron huyendo a países extranjeros, pero algunos de los gobernantes se quedaron y se integraron en el aparato de poder otomano.