En 1989, Janša participó en la fundación de uno de los primeros partidos de oposición en Eslovenia, la Unión Democrática Eslovena (SDZ) y se convirtió en su primer vicepresidente, y más tarde presidente del Consejo del Partido. Tras las primeras elecciones libres en mayo de 1990, se convirtió en Ministro de Defensa en el gabinete de Lojze Peterle, cargo que ocupó durante la guerra eslovena por la independencia.
en junio y julio de 1991. Junto con el Ministro del Interior Igor Bavčar, Janša fue el principal organizador de la estrategia de Eslovenia contra el Ejército Popular Yugoslavo.