En 1805 se convirtió en profesor de medicina en Kiel (entonces en Dinamarca y parte del Ducado de Holstein) con el título de Consejero de Justicia y, más tarde, Consejero de Estado. Estos fueron años difíciles para Dinamarca, que se había puesto del lado de Francia en la guerra de
Guerras napoleónicas contra Inglaterra (y sus aliados) para preservar su imperio marítimo. El dinero era un problema y Wiedemann utilizó sus propios recursos para establecer la clínica de partería propuesta como uno de sus deberes como profesor.