En 1172 Murcia fue conquistada por los almohades del norte de África, el último imperio musulmán que gobernó el sur de España, y como las fuerzas de la Reconquista cristiana ganaron la mano superior, fue la capital de un pequeño emirato musulmán de 1223 a 1243. Por el tratado de Alcaraz, en 1243, el rey cristiano Fernando III de Castilla hizo de Murcia un protectorado, obteniendo acceso al mar Mediterráneo mientras Murcia estaba protegida contra Granada y Aragón. La población cristiana de la ciudad se convirtió en la mayoría a medida que los inmigrantes llegaron de casi todas las partes de la Península Ibérica. Se alentó la inmigración cristiana con el objetivo de establecer una base cristiana leal. Estas medidas llevaron a la revuelta popular musulmana
en 1264, que fue sofocada por Jaime I de Aragón en 1266, conquistando Murcia y trayendo con él a inmigrantes aragoneses y catalanes.