Su siguiente servicio importante llegó el verano siguiente cuando se envió un grupo de trabajo contra Fort Clark y Fort Hatteras en las orillas exteriores de Carolina del Norte para verificar el bloqueo en la zona. Los barcos zarparon de Hampton Roads el 26 de agosto de 1861, para la Batalla de las Baterías de la Bahía de Hatteras
, la primera importante operación anfibia combinada de la guerra. A la mañana siguiente, el "Harriet Lane" se deslizó cerca de la costa para proporcionar apoyo directo a los desembarcos, mientras que los barcos más pesados golpeaban los fuertes desde aguas más profundas. La última resistencia fue sofocada la tarde siguiente, dando un impulso muy necesario a la moral en el Norte, que había sido desanimada un mes antes por la derrota en la Primera Batalla de Bull Run. De mayor importancia fue el hecho de que esta operación combinada abrió las vías navegables interiores a los barcos de la Unión y dio al Escuadrón de Bloqueo del Atlántico Norte una base en aguas del Sur.