A pesar de la rápida victoria de Pizarro, las rebeliones indias pronto comenzaron y continuaron periódicamente durante todo el período colonial. En 1537, Manco Inca, a quien los españoles habían establecido como emperador títere, se rebeló contra los nuevos gobernantes y restauró un estado "neo-inca". Este estado continuó desafiando la autoridad española incluso después de que los españoles reprimieron la revuelta y decapitaron a Túpac Amaru en la plaza pública de Cuzco en 1572. Las revueltas posteriores en las tierras altas bolivianas generalmente eran organizadas por los ancianos de la comunidad y seguían siendo de naturaleza local, con la excepción de la gran rebelión
de Túpac Amaru II en el siglo XVIII.