Al estallar la Guerra Civil, comandó el 18o Regimiento de Infantería de Luisiana, donde demostró ser un disciplinario estricto que también era notablemente amistoso y sociable con la base. Herido en
Shiloh, fue nombrado comandante de brigada bajo el general Richard Taylor, con quien obstruyó con éxito los esfuerzos de la Unión para asegurar la región de Bayou Teche en el sur de Luisiana. En la Campaña del Río Rojo, Mouton fue asesinado en la Batalla de Mansfield, mientras lideraba a sus hombres en una carga de caballería.