Escriba una continuación para este párrafo - En los Juegos Olímpicos de verano de 2004 en Atenas, Stojanovska amplió su programa, nadando en tres eventos individuales. Ella registró un estándar FINA A de 2:13.01 (200 m mariposa) de los Campeonatos Europeos
en Madrid, España, lo que le permite incluir 200 y 400 m estilo libre en su alineación de eventos. En el segundo día de los Juegos, Stojanovska se ubicó en el vigésimo séptimo lugar en la general en los 400 m estilo libre. Nando en el segundo calor, superó una barrera de 4:20 al registrar un tiempo de 4:19.39 para tomar una cuarta cabeza de serie sobre la jamaicana Janelle Atkinson. Al día siguiente, terminó en el trigésimo cuarto lugar general detrás de la checa Jana Myšková por 0.02 de segundo en las pruebas de la mañana de los 200 m estilo libre con un tiempo de 2:04.64. En su evento final, 200 m mariposa, Stojanovska terminó su carrera olímpica con un esfuerzo de vigésimo sexto lugar, sin llegar a las semifinales por quinta vez consecutiva desde 2000. Nando en la tercera ronda, completó un campo de ocho nadadores para ocupar el último lugar con un tiempo de 2:16.51, casi cuatro segundos por debajo del récord nacional de Mirjana Boševska.