Inmediatamente después del incendio del Reichstag las autoridades concentraron su hostigamiento/persecución en activistas políticos identificados como comunistas. Muchos fueron arrestados y otros huyeron al extranjero. Sin embargo, el 30 de agosto de 1930, después de regresar de uno de sus viajes, Otto Brenner fue arrestado y puesto bajo custodia de investigación. Durante los dieciocho meses de incertidumbre que siguieron se le permitió mantenerse en contacto con su esposa por carta. El cargo, cuando llegó el 9 de mayo de 1935, era el habitual en estas circunstancias: "Preparación para cometer alta traición" ("Vorbereitung zum Hochverrat"). El veredicto fue en gran medida una conclusión previsible, pero la sentencia, dictada por el tribunal el 25 de junio de 1935, fue relativamente leve. Fue sentenciado a dos años de cárcel. Esto se había gastado en gran parte en detención preventiva, y unos meses más tarde pudo regresar con su esposa en. Permaneció bajo vigilancia policial hasta el final de la guerra de 1939-45.
Sin embargo,