El débil sistema político de la Segunda República Española y el surgimiento del nacionalismo llevaron al estallido de la Guerra Civil Española en julio de 1936. Poco después del inicio del conflicto, Puerta de Hierro fue tomada por las Juventudes Socialistas Unificadas, que utilizaron los terrenos para alojarse. Más tarde ese año, el club fue ocupado por la Columna Rosal, que estableció su sede en la casa del club y cavó varias trincheras y nidos de ametralladoras en toda la finca, incluidos los campos de golf. El club, que estaba situado en el mismo centro del frente de Madrid
, fue, en su mayor parte, territorio republicano, mientras que la Casa de Campo marcó el comienzo de la zona nacionalista. Fue solo durante este tiempo que el club no tuvo presidente (1936-1939).