En 1806, las autoridades de ocupación francesas de los Países Bajos degradaron la Universidad de Utrecht a una "école secondaire" (escuela secundaria), pero después del establecimiento del Reino Unido de los Países Bajos en 1813, recuperó su estatus anterior. Leiden, Leuven, Groningen, Utrecht y Gante fueron las cinco universidades () del nuevo estado. Dos de las universidades (Leuven y Gante) se convirtieron en parte del nuevo estado belga después de que sus respectivas provincias
Se separó del Reino Unido de los Países Bajos en 1830. Como resultado, la Universidad de Utrecht se mantuvo como una de las tres universidades holandesas. Durante la ocupación francesa, el rey Luis Napoleón ordenó la construcción de un palacio en el centro de Utrecht, que eventualmente se convirtió en el Centro de la Ciudad de la Biblioteca Universitaria.