Alistándose en el Ejército de la Unión en mayo de 1861, recibió una comisión como oficial con el 9o Regimiento de Infantería Voluntaria de Nueva York, popularmente conocido como "Hawkins' Zouaves", y más tarde el IX Cuerpo de Ejército donde sirvió bajo el general Benjamin Butler en la Batalla de Big Bethel y la expedición de Hatteras Inlet
- ¿ Qué? En 1862, acompañó al Ejército del Potomac en la expedición de Roanoke del general Ambrose Burnside y participó en las batallas de Hatteras Inlet, Roanoke Island, South Mountain, Antietam y Fredericksburg. Herido dos veces durante la campaña, Jardine fue ascendido al rango de mayor por "conducta valiente" y comandó brevemente el 89o Regimiento de Infantería de Nueva York.