Escriba una continuación para este párrafo - El 17 de septiembre de 2006 Sgorbati fue asesinada a tiros fuera de su hospital infantil justo después de las 12:30 pm cuando terminó de enseñar y cruzaba la calle para ir al alojamiento de las hermanas, donde otras tres monjas esperaban para almorzar con ella. Su guardia y conductor Mohamed Osman Mahamud (padre de cuatro hijos) también fue asesinado. Se cree que el ataque fue en respuesta a los controvertidos comentarios que el Papa Benedicto XVI había hecho en su conferencia de Regensburg
, aunque esto nunca fue confirmado ni fundamentado. Su muerte se produjo justo después de los comentarios del 15 de septiembre en los que el clérigo de línea dura Sheikh Abubakar Hassan Malin dijo a los fieles en su mezquita que cazaran y mataran a todos los que ofendieran al Profeta Mahoma. Varios trabajadores humanitarios y voluntarios cristianos fueron asesinados en esta época. Dos hombres armados salieron de taxis y quioscos y le dispararon en la espalda tres o cuatro veces después de que la primera bala le alcanzara el muslo. Su guardia la protegió y fue derribada después de abrir fuego con los atacantes. Una bala había entrado en su espalda y cortado una arteria que causó una hemorragia severa e instantánea. Sgorbati fue trasladado de urgencia al Hospital SOS pero más tarde murió allí en la mesa de operaciones. Sus últimas palabras fueron "Perdono, perdono, perdono" que susurró a la hermana Marzia Feurra. Fue a las 3 pm que un avión llegó para llevar sus restos a Nairobi, donde llegó a las 9 pm; sus restos fueron llevados a la Funeraria Lee.