En junio de 1944 se tomó la decisión de transferir el Ala No. 61 del área de Darwin a Nueva Guinea, donde apoyaría el avance aliado hacia Filipinas. A esto se opuso el oficial aéreo al mando del área noroeste, el vicealmirante Adrian Cole, quien quería que el ala participara en una operación planeada para capturar la isla Selaru en las Indias Orientales Holandesas (NEI); sin embargo, esta operación fue cancelada efectivamente el 7 de junio. El Ala No. 61 dejó Darwin en agosto y llegó a Morotai en la NEI el 18 de septiembre, tres días después de que las fuerzas del Ejército de los Estados Unidos habían desembarcado por primera vez en la isla en la Batalla de Morotai.
- ¿ Qué? El Escuadrón de Construcción de Aeródromos No. 14 aterrizó en Morotai el 18 de septiembre y comenzó a trabajar en la construcción de aeródromos al día siguiente. Poco antes de que comenzara esta operación, la Unidad de Estudio y Diseño No. 12 fue absorbida en la sede del Ala No. 61 el 12 de septiembre.