EFS funciona en conjunto con el servicio EFS, CryptoAPI de Microsoft y la Biblioteca de tiempo de ejecución del sistema de archivos EFS (FSRTL). EFS funciona mediante el cifrado de un archivo con una clave simétrica masiva (también conocida como la clave de cifrado de archivos o FEK), que se utiliza porque se necesita una cantidad relativamente pequeña de tiempo para cifrar y descifrar grandes cantidades de datos que si se utiliza un cifrado de clave asimétrica.
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