Roosevelt estaba dispuesto a construir el canal de todos modos, usando un tratado anterior con Colombia que le dio a los EE.UU. derechos de tránsito con respecto al Ferrocarril de Panamá. Hay predijo "una insurrección en el Istmo [de Panamá] contra ese régimen de locura y corrupción... en Bogotá". Bunau-Varilla obtuvo reuniones con ambos hombres, y les aseguró que una revolución y un gobierno panameño más amigable con un canal, estaban por llegar. En octubre, Roosevelt ordenó que los barcos de la Armada estuvieran estacionados cerca de Panamá. Los panameños debidamente se rebelaron a principios de noviembre de 1903, con la interferencia colombiana disuadida por la presencia de las fuerzas estadounidenses. Por acuerdo previo, Bunau-Varilla fue nombrado representante de la naciente nación en Washington, y rápidamente negoció el Tratado Hay-Bunau-Varilla, firmado el 18 de noviembre, dando a los Estados Unidos el derecho a construir el canal en una zona
amplios, sobre los cuales los EE.UU. ejercería plena jurisdicción. Esto no satisfizo a los diplomáticos panameños que llegaron a Washington poco después de la firma, pero no se atrevieron a renunciar a ella. El tratado fue aprobado por las dos naciones, y en 1904 comenzaron las obras del Canal de Panamá. Hay escribió al Secretario de Guerra Elihu Root, elogiando "el curso perfectamente regular que el Presidente siguió" como mucho preferible a la ocupación armada del istmo.