Al comienzo de la Guerra de Restauración Portuguesa (1640-1668), la fortaleza sufrió su segundo asedio, por tropas leales al Duque de Braganza, que se convirtió en Rey Juan IV de Portugal en 1640. Bajo su reinado se llevaron a cabo más trabajos de reparación en el fuerte, incluida la construcción de cuarteles y alojamientos para la guarnición y más defensas contra los ataques desde tierra. En 1751 se llevaron a cabo mejoras adicionales, pero en 1755 el fuerte sufrió daños como resultado del terremoto de Lisboa.
, siendo el más grave el colapso de la torre del faro en el centro de la plaza. El faro reanudó sus operaciones en 1761.