Las secuencias de las hebras de ADN que componen una estructura objetivo se diseñan computacionalmente, utilizando software de modelado molecular y modelado termodinámico. Los ácidos nucleicos se sintetizan mediante métodos estándar de síntesis de oligonucleótidos, generalmente automatizados en un sintetizador de oligonucleótidos, y las hebras de secuencias personalizadas están disponibles en el mercado. Las hebras se pueden purificar desnaturalizando la electroforesis en gel si es necesario, y las concentraciones precisas se determinan a través de cualquiera de varios métodos de absorción cuántica de ácidos nucleicos utilizando espectroscopia de absorción ultravioleta. Las estructuras objetivo completamente formadas se pueden verificar utilizando electroforesis en gel nativo, que da tamaño y forma información para los complejos de ácidos nucleicos.
si una estructura incorpora todas las hebras deseadas