En 1656, las tensiones entre protestantes y católicos reaparecieron y llevaron al estallido de la Primera Guerra de Villmergen. Los católicos fueron victoriosos y pudieron mantener su dominio político. La guerra de Toggenburg
en 1712 fue un conflicto entre cantones católicos y protestantes. Según la Paz de Aarau del 11 de agosto de 1712 y la Paz de Baden del 16 de junio de 1718, la guerra terminó con el fin de la hegemonía católica. La Guerra del Sonderbund de 1847 también se basó en la religión.