Mientras tanto, el rey Fernando VII de España había sido restaurado al poder y envió un gran ejército para sofocar las rebeliones y reconquistar las colonias perdidas. El ejército español, al mando del general Pablo Morillo, dirigió una campaña militar violenta y exitosa
que culminó con la captura de Santafé el 6 de mayo de 1816. Temiendo a las tropas de Morillo, Torres escapó a la pequeña ciudad de El Pital, cerca de Neiva. Luego intentó escapar del país abordando un barco a Argentina en el puerto de Buenaventura, pero fue capturado por las tropas de Juan Sámano después de que el barco partiera sin él y otros en julio de 1816. Fue enviado a Santafé, donde fue ejecutado por un pelotón de fusilamiento por traición contra la monarquía española el 5 de octubre de 1816.