La historia sigue las aventuras del piloto de la Guardia, Nagate Tanikaze, que vivió en la capa subterránea de Sidonia desde su nacimiento y fue criado por su abuelo. Nunca habiendo conocido a nadie más, se entrena en un viejo simulador de piloto de Guardianes todos los días, eventualmente dominándolo. Después de la muerte de su abuelo, emerge a la superficie y es seleccionado como piloto de Guardianes, al igual que Sidonia es una vez más amenazada por el Gauna. Pregunta: ¿Cómo es seleccionado después de la muerte de su abuelo?
Piloto de los Guardianes