Su nombramiento como comandante de la 6a División significó que Mackay dirigió las primeras batallas del ejército australiano de la guerra. Las dudas sobre la capacidad de Mackay pronto desaparecieron con el compromiso de la división con la Operación Compass. Durante la Batalla de Bardia
En enero de 1941, la 6a División capturó la ciudad fortificada junto con 36.000 prisioneros italianos. Por este éxito, Mackay fue nombrado Caballero Comandante de la Orden del Imperio Británico (KBE). En una guerra de movimiento rápido a largas distancias, Mackay demostró una planificación cuidadosa y reconoció la necesidad de reforzar el éxito. También impresionó a otros con la forma en que se preocupaba por la vida de los soldados. "No sólo quiero Tobruk rápidamente", dijo a sus brigadistas antes de la batalla, "pero también lo quiero barato". La victoria en Bardia fue seguida por éxitos en Tobruk, Derna y Bengasi.