Escriba una continuación para este párrafo - De vuelta en Congo-Brazzaville, Mondjo sirvió como oficial del ejército, y fue Director de Lecciones y Estudios en la Academia Militar Marien Ngouabi en Brazzaville de 1987 a 1993. Se puso del lado del líder rebelde Denis Sassou Nguesso durante la guerra civil de junio a octubre de 1997.
La guerra terminó con Sassou Nguesso recuperando el poder y derrocando al presidente Pascal Lissouba. En diciembre de 1997, Mondjo fue nombrado Comandante de la Zona Militar 1, que incluía la capital económica del país, Pointe-Noire; permaneció en ese puesto durante cinco años. Fue nombrado Jefe de Estado Mayor de las Fuerzas Armadas congoleñas el 20 de diciembre de 2002, y fue ascendido al rango de mayor general ("général de division").