Escriba una continuación para este párrafo - La guerra terminó
en mayo de 1945 con los dos tercios occidentales de Alemania divididos en cuatro zonas de ocupación militar. Baviera estaba ocupada por el ejército de los Estados Unidos. En 1946, Johannes Müller se enfrentó a una forma de juicio ante el Comisionado bávaro de persecución racial, religiosa y política. Debido a su "Elogio de Hitler en el habla y la escritura" ("Verherrlichung von Hitler in Wort und Schrift"), Müller, ahora con más de 80 años, fue "condenado" como un grave criminal de guerra ("como" Haupttschuldiger ""). El veredicto fue polémico porque Müller nunca había sido miembro del Partido Nazi y no había estado involucrado militarmente, lo que parecía significar que no había base legal para la condena. Una solicitud relacionada para que el castillo de Elmau fuera confiscado fracasó, inicialmente porque Elsa, condesa de Waldersee, que todavía era propietaria parcial de él, se negó a vender su parte. Müller se negó a defenderse ante el comisionado, pero la expropiación permanente de Schloss Elmau no se llevó a cabo. Müller aceptó abiertamente que se había equivocado en su evaluación de Hitler y se distanció del nacionalsocialismo, pero en otros aspectos se mantuvo firme en su "enseñanza".