Los comandos de ambas flotas cambiaron de manos después de Notium. Debido a los límites de mandato en la posición de navarro, Lisandro fue reemplazado por Callicratidas; en el lado ateniense, la caída de Alcibíades también derribó a sus amigos Trasibulo y Teramenes, y el mando general fue dado a Conón. Durante el año siguiente, las flotas se enfrentaron dos veces, primero en una batalla donde, con el doble de naves que Conon, Callicratidas derrotó a los atenienses y los atrapó en Mitilene; una flota de socorro ateniense luego derrotó y mató a Callicratidas en Arginusae. Sin embargo, estas victorias atenienses resultaron inútiles, ya que en 405 aC Lisandro regresó al mando no oficial y destruyó la flota ateniense en
Aegospotami, poniendo así fin a la Guerra del Peloponeso con Esparta como ganadora.