Durante la ocupación japonesa de las Indias Orientales Holandesas, se realizó un reclutamiento para oficiales de la Armada Imperial Japonesa (IJN) en Medan. Nasution se unió al programa de reclutamiento y se sometió a la educación naval en Bandung y Kioto. Finalmente se le dio el rango de teniente y se convirtió en el timonel en el barco Haraokamaru en 1944. Participó en el Teatro del Pacífico y luchó contra las fuerzas estadounidenses en la campaña de las Islas Salomón.
y en la campaña de Filipinas. Durante una batalla naval en las Filipinas, su barco fue alcanzado y se incendió. Nasution fue herido y casi muere.