Durante la Guerra Civil Rusa, Bogdanov se unió al Ejército Rojo en Petrogrado en junio de 1918. Fue nombrado comandante de pelotón en el 4o Regimiento Kostroma, y desde abril de 1919 comandó una compañía del 2o Regimiento de Reserva. Desde enero de 1920 sirvió como comandante de compañía y batallón del 502o Regimiento de Rifles de la 56a División de Rifles, luchando en la Guerra Polaco-Soviética en batallas en las gobernaciones de Vitebsk, Minsk y Vilna. Por su "valor excepcional en la batalla", Bogdanov fue galardonado con la Orden de la Bandera Roja. Regresó al 2o Regimiento de Reserva para comandar un pelotón en octubre de 1920 y en enero de 1921 fue transferido para comandar una compañía en los 40o Cursos de Infantería de Kostroma para Personal de Comando. Entre el 10 de mayo y el 20 de julio, participó en la represión de la rebelión de Tambov.
como comandante de compañía y batallón y jefe interino del curso.