El avance japonés en el Pacífico fue detenido a principios de 1943, por tropas australianas en Nueva Guinea y tropas estadounidenses en Guadalcanal, después de lo cual los aliados pasaron a la ofensiva, avanzando a través de Nueva Guinea y las Islas Salomón hacia las Filipinas. A lo largo de 1944, los Aliados comenzaron a planear la reconquista de Borneo. El Cuartel General del Área del Pacífico Sudoeste del general Douglas MacArthur fue responsable de planificar la operación, pero debido al compromiso de las fuerzas estadounidenses con la recaptura de Filipinas, la tarea de recapturar Borneo fue asignada principalmente a las fuerzas terrestres australianas. Las operaciones aliadas en Borneo consistieron en desembarcos en Tarakan, Labuan
, y Balikpapan. Originalmente, MacArthur tenía la intención de usar Borneo como un trampolín para volver a tomar Java, pero esta operación fue cancelada más tarde y la responsabilidad de las Indias Orientales Holandesas transferida al Comando del Sureste Asiático liderado por los británicos. En la fase de planificación, el comandante de las Fuerzas Militares australianas, el general Thomas Blamey, recomendó no desembarcar en Balikpapan, creyendo que no serviría para ningún propósito estratégico. Después de mucha consideración, el gobierno australiano acordó proporcionar fuerzas para esta operación. Los Jefes de Estado Mayor Conjuntos de los Estados Unidos también tenían preocupaciones sobre la necesidad estratégica de la operación, pero según el historiador Garth Pratten, MacArthur manipuló tanto al Gobierno australiano como al Estado Mayor Conjunto para que aprobaran la captura de Balikpapan. El propósito declarado de la operación era, según el historiador Chris Coulthard-Clark, "asegurar el puerto y los yacimientos petrolíferos de la zona, y establecer una base desde la cual lanzar" futuras operaciones. Además, se restablecería el control gubernamental de las Indias Orientales Neerlandesas.