El duque Guillermo IV de Baviera encargó "La batalla de Alejandro en Issus" en 1528 como parte de un conjunto de piezas históricas que debían colgarse en su residencia de Múnich. Los comentaristas modernos sugieren que la pintura, a través de su abundante uso del anacronismo, tenía la intención de comparar la heroica victoria de Alejandro en Issus con el conflicto europeo contemporáneo con el Imperio Otomano. En particular, la derrota de Suleiman el Magnífico en el sitio de Viena
puede haber sido una inspiración para Altdorfer. Se puede detectar una corriente subterránea religiosa, especialmente en el cielo extraordinario; esto probablemente fue inspirado por las profecías de Daniel y la preocupación contemporánea dentro de la Iglesia sobre un apocalipsis inminente. "La Batalla de Alejandro en Isso" y otras cuatro que formaban parte del conjunto inicial de Guillermo se encuentran en el museo de arte Alte Pinakothek en Múnich.