Escriba una continuación para este párrafo - En 1861, Hawkins ayudó a levantar el 9o de Infantería de Nueva York, un regimiento al estilo Zouave, popularmente conocido como "Hawkins Zouaves" para el servicio en la Guerra Civil. Hawkins fue nombrado coronel del regimiento el 4 de mayo de 1861 y sirvió con distinción en Carolina del Norte al principio de la guerra. Fue parte de la expedición de Benjamin F. Butler para capturar Fort Hatteras
Fue en 1861. Esperando ganar un ascenso a general de brigada por su servicio en Fort Hatteras, en cambio fue relevado del mando por insubordinación. El 8 de octubre de 1861, un descontento Hawkins escribió: "Los generales de brigada están hechos de cosas tan extrañas hoy en día, que no debería estimar que sea un gran honor ser uno". De hecho, Hawkins recibiría una promoción de brevet a general de brigada en 1866 para obtener el rango a partir del 13 de marzo de 1865. A pesar de su beligerancia un despacho temprano de Hawkins llamó la atención del presidente Abraham Lincoln. Hawkins fue invitado a la Casa Blanca para conferir con el presidente y el general en jefe George B. McClellan. Allí fue fundamental para convencer al alto mando de la Unión de la posibilidad de una operación combinada contra Pamlico Sound en Carolina del Norte.