Escribir una continuación para este párrafo - Al comienzo de la Segunda Guerra Mundial "Protée" fue asignado a la 3a División Submarina, con sede en Toulon, junto a sus hermanas, y. A principios de febrero de 1940, la 3a División Submarina fue trasladada brevemente a Casablanca para llevar a cabo la vigilancia de las Islas Canarias, donde un par de buques de carga alemanes estaban presentes. La división submarina fue asignada al teatro del Mediterráneo el 12 de abril, primero en Bizerte y luego, sin el "Fresnel", en Beirut, bajo la autoridad del comandante en jefe británico en Alejandría. Protée participó en varias patrullas en el Dodecaneso hasta la firma del armisticio entre Francia y Alemania.
el 22 de junio de 1940. El 25 de junio, la fecha en que entró en vigor el armisticio, el capitán del "Protée" ignoró una orden de regresar a Beirut, y en su lugar navegó a Alejandría, convirtiéndose en parte de la Fuerza X. El capitán fue castigado por este incidente.