La primera prueba de bomba atómica por la Unión Soviética en agosto de 1949 llegó antes de lo esperado por los estadounidenses, y McMahon inmediatamente instó a que la producción de armas atómicas de los Estados Unidos se aumentara sustancialmente. Además, durante los siguientes meses hubo un intenso debate dentro del gobierno, el ejército y las comunidades científicas de los Estados Unidos acerca de si debían proceder con el desarrollo de la bomba de hidrógeno mucho más poderosa, entonces conocida como "la Súper". McMahon estaba firmemente a favor de seguir adelante con el Super, y lo argumentó en una serie de cartas que escribió al presidente Truman. El senador rechazó los argumentos morales contra la bomba de hidrógeno basados en que es inherentemente más destructivo que las armas anteriores, preguntando "¿Dónde está la distinción ética válida entre" la Segunda Guerra Mundial varios días y noches de bombardeo de Hamburgo
, el bombardeo de Toyko, y el bombardeo atómico de Hiroshima, y cualquier ataque futuro con cualquier tecnología que causara bajas masivas.