Inicialmente, el templo fue fundado como un centro de meditación, después de que Maechi Chandra y el recién ordenado monje Luang Por Dhammajayo ya no pudieran acomodar el creciente número de participantes en las actividades en Wat Paknam Bhasicharoen. El centro se convirtió en un templo oficial en 1977. El templo creció exponencialmente durante la década de 1980, cuando los programas del templo se hicieron ampliamente conocidos entre la clase media urbana. Wat Phra Dhammakaya amplió su área y se comenzó la construcción de una enorme "stupa" (pagoda). Durante el período de la crisis financiera asiática de 1997, el templo fue objeto de críticas generalizadas por sus métodos y enseñanzas de recaudación de fondos, ya que Luang Por Dhammajayo fue acusado de malversación de fondos y removido de su cargo como abad. En 2006, los cargos fueron retirados y fue restaurado como abad. El templo creció aún más y se hizo conocido por sus muchos proyectos en educación, promoción de la ética y erudición. El templo también fue aceptado como parte de la corriente principal de la Sangha tailandesa (comunidad monástica). Durante la junta militar de 2014
, el abad y el templo fueron puestos bajo escrutinio nuevamente y Luang Por Dhammajayo fue acusado de recibir dinero robado de un partidario y lavado de dinero. El templo ha sido referido como la única organización influyente en Tailandia que aún no ha sido sometida por la junta gobernante, que ha cerrado la mayoría de la oposición desde que tomó el poder. Los procesos judiciales contra el abad y el templo desde la década de 1990 han llevado a mucho debate sobre los procedimientos y el papel del estado hacia la religión, un debate que se ha intensificado durante el cierre del templo por la junta en 2017. A partir de 2017, el paradero de Luang Por Dhammajayo todavía era desconocido, y en 2018, Phrakhru Sangharak Rangsarit fue designado como el abad oficial.