Escribe una continuación para este párrafo - Un firme oponente de la respuesta de la canciller Angela Merkel a la crisis migratoria de los años 2010
Seehofer amenazó con presentar una queja formal ante el Tribunal Constitucional, con la histórica alianza CDU/CSU en peligro de dividirse y competir entre sí en toda Alemania por primera vez, pero nada de eso ocurrió. Es partidario de un límite federal en el número de refugiados que el gobierno alemán debe recibir. Después de tener un mal desempeño histórico en las elecciones federales de 2017 con una campaña que fue criticada por imitar a la Alternativa para Alemania, el partido que recibió su peor resultado desde 1949, y tratando sin éxito de postularse para un tercer mandato como Ministro Presidente en 2018, fue presionado por su partido para renunciar y en su lugar decidió tomar el cargo de Ministro del Interior, Edificación y Comunidad (originalmente destinado a Joachim Herrmann) en el cuarto gobierno de Merkel, con el fin de dar forma a la política migratoria según sus puntos de vista. En julio de 2018, una disidencia de una semana entre Seehofer y Merkel casi derrocó al gobierno y nuevamente amenazó seriamente con una división CDU / CSU, pero finalmente encontraron un compromiso.