Inicialmente, el templo fue fundado como un centro de meditación, después de que Maechi Chandra y el recién ordenado monje Luang Por Dhammajayo ya no pudieran acomodar el creciente número de participantes en sus actividades en Wat Paknam Bhasicharoen. El centro se convirtió en un templo oficial en 1977. El templo creció exponencialmente durante la década de 1980, cuando los programas de capacitación del templo se hicieron ampliamente conocidos entre la clase media urbana. Wat Phra Dhammakaya amplió su área y se comenzó la construcción de una enorme "stupa" (pagoda). Sin embargo, durante el período de la crisis económica asiática, el templo fue objeto de críticas ya que Luang Por Dhammajayo fue acusado de malversación de fondos y removido de su cargo como abad. En 2006, fue absuelto de estos cargos y fue restaurado como abad. El templo creció aún más y se hizo conocido por sus actividades en educación, promoción de la ética y proyectos de becas. Bajo la "junta" militar de 2014
, el abad y el templo fueron puestos bajo escrutinio nuevamente y Luang Por Dhammajayo fue acusado de recibir dinero robado a través de las donaciones de un partidario. El templo ha sido referido como la única organización influyente en Tailandia que aún no ha sido sometida por la junta gobernante, que ha cerrado la mayoría de la oposición desde que tomó el poder. Los procesos judiciales contra el abad y el templo desde la década de 1990 han llevado a mucho debate sobre los procedimientos y el papel del estado hacia la religión, un debate que se ha intensificado durante el cierre del templo por la junta en 2017. A partir de 2017, las autoridades no han encontrado a Luang Por Dhammajayo, y en 2018, Phrakhru Sangharak Rangsarit fue asignado como abad oficial en su lugar.