Para evitar que los musulmanes comunes, sean turcos, kurdos o árabes, salven las vidas de los armenios, se aprobó un decreto que declaraba que la pena por dar refugio a los armenios era la muerte por ahorcamiento y la destrucción de su hogar; a pesar de este decreto, varios turcos, kurdos y árabes comunes abrigaron a los armenios de la furia de la Organización Especial. Otros turcos comunes, kurdos y árabes ayudaron al ejército, a los gendarmes y a la Organización Especial en las deportaciones y asesinatos, motivados por el deseo de saquear propiedades armenias, de tener mujeres y niñas armenias como esclavas sexuales o por incitaciones de clérigos musulmanes que decían que el genocidio era un acto de "yihad". A medida que los gendarmes redondeaban a los armenios para la deportación, era común que se establecieran mercados de esclavos donde, por el precio adecuado, un hombre musulmán podía comprar mujeres y / o niñas armenias para usarlas como sus esclavas sexuales. Además del genocidio contra los armenios, el régimen de la CUP llevó a cabo el genocidio asirio contra la minoría asiria y el genocidio de los griegos pontos
contra los griegos pontos en el Ponto. En Tracia y el oeste de Anatolia, la Organización Especial, asistida por funcionarios del gobierno y del ejército, deportó a todos los hombres griegos en edad militar a brigadas de trabajo a partir del verano de 1914 y hasta 1916.