Al estallar la Guerra Civil en abril de 1861, fue nombrado oficial de bandera del Escuadrón de Bloqueo del Atlántico. En agosto fue enviado con tropas bajo el mando del general Benjamin F. Butler, para capturar dos fortalezas costeras cerca de Cabo Hatteras. En la batalla que siguió
, las fortificaciones fueron capturadas sin pérdidas, aunque no sin alguna dificultad debido al clima, y la flota regresó a Fort Monroe con el aplauso general. Sin embargo, esto pronto dio paso a las críticas a Stringham por no acercar sus barcos y continuar atacando a lo largo de la costa. El hecho de que sus barcos extrajeran demasiada agua para entrar en las aguas costeras poco profundas, y que se le había ordenado directamente que regresara inmediatamente, finalmente surgió, pero aparentemente demasiado tarde para calmar su irritación, ya que al mes siguiente, a su propia solicitud, fue relevado de su mando. Como una pequeña compensación el 1 de agosto de 1862 fue ascendido al rango de contralmirante en la lista de jubilados.