Hacia el final de 1945, los comandos australianos fueron desplegados en la isla por submarinos estadounidenses con la Unidad Especial Z Aliada llevando a cabo operaciones de inteligencia y entrenando a miles de indígenas para luchar contra los japoneses en la guerra de guerrillas en la Campaña de Borneo en preparación para la llegada de las principales misiones de liberación aliadas. Tras los desembarcos en Borneo del Norte y Labuan
El 10 de junio de 1945, por una combinación de fuerzas australianas y estadounidenses, la isla de Borneo fue liberada. La Administración Militar Británica tomó formalmente el control de los japoneses el 12 de septiembre de 1945.