Mientras estaba estacionado en la fortaleza Monroe, el general Benjamin Butler comandó una expedición conjunta del ejército y la marina para capturar los fuertes confederados Hatteras y Clark. En la Batalla de Hatteras Inlet Batteries que siguió
, una fuerza anfibia mixta liderada por el comandante del 20o de Nueva York, el coronel Max Weber, aceptó la rendición de los dos fuertes. El desembarco fue un asunto fallido, en el que el mar abierto impidió que la mayoría de la fuerza de invasión desembarcara y dejó a solo 318 hombres varados en la costa con provisiones inadecuadas. El bombardeo naval de la Unión, sin embargo, obligó a las guarniciones confederadas a rendirse. La parte del 20o que había participado en la invasión permaneció en las cercanías de los fuertes Hatteras y Clark durante varias semanas, hasta que llegaron informes al mayor general John Ellis Wool de que los soldados del regimiento habían cometido "depredadores y varios ultrajes" contra los habitantes. Otras fuentes sugieren que el coronel del 9o New York culpó del saqueo a los hombres del 20o para proteger la reputación de su propio regimiento, que también había participado.