Haryanto fue el segundo piloto en ser eliminado de la clasificación para el
Gran Premio de Bahréin 2016, por delante de Felipe Nasr. Sin embargo, esto significó un puesto en la parrilla de 20 debido a que Kevin Magnussen de Renault tuvo que comenzar desde el pitlane después de no detenerse para pesar durante la práctica. Fue el último coche en terminar la carrera, en el puesto 17 y una vuelta atrás. Se las arregló para vencer al otro piloto de Renault, Jolyon Palmer, hasta el puesto 21 en China, antes de enredarse en un choque en la primera vuelta en Rusia que involucró a Nico Hülkenberg y Esteban Gutiérrez. Haryanto repitió su desempeño en Bahréin en España, con su próxima carrera en Mónaco que le trajo el mejor puesto de su carrera, el 15o, aunque con 4 vueltas de retraso y una vez más el último clasificado. Permaneció como el último coche clasificado en las siguientes dos carreras, con 19o y 18o lugares, antes de que un 16o lugar en Austria llamara la atención sobre la brecha de talento entre él y su compañero de equipo Wehrlein, quien anotó el único punto de Manor de la temporada en la misma carrera. Se retiró en mojado en Gran Bretaña, mientras que lo que resultaría ser sus últimas dos carreras nuevamente lo vio como el último clasificado, ya que su futuro se volvió incierto debido a la falta de patrocinio.