Durante la guerra, sirvió como Jefe de Artillería en el Ejército del Potomac, el Departamento del Ohio y el Ejército de Cumberland. Se distinguió en la batalla de Fort Pulaski, Georgia, en la batalla de Chickamauga, la batalla del desierto y la segunda batalla de la estación de Ream
(Nuevas Alturas del Mercado). El 26 de junio de 1902 o el 8 de julio de 1902, Porter recibió la Medalla de Honor por la Batalla de Chickamauga como se detalla en la cita que se indica a continuación. En el último año de la guerra, sirvió en el personal del general Ulysses S. Grant, y más tarde escribió una animada memoria de la experiencia, "Campaigning With Grant" (1897).