En 1691, Churchill fue nombrado teniente coronel de la Guardia de Caballos y comandó el HMS "St. Andrew" de 96 cañones en
Barfleur y La Hogue en junio de 1692. Sin embargo, el asunto Torrington dividió a la marina y cuando Russell se convirtió en Primer Lord del Almirantazgo en 1693, renunció al servicio. Retuvo su escaño como diputado y continuó sus estrechos vínculos con el príncipe Jorge; cuando Russell se retiró en 1699, fue nombrado Lord Comisionado del Almirantazgo.