Escriba una continuación para este párrafo - El ejército mexicano desplazó a los monjes que vivían aquí durante la Guerra México-Estados Unidos para defender la Ciudad de México de la invasión del ejército de los Estados Unidos. Los mexicanos fortificaron el edificio, lo que incluyó la construcción del parapeto. En ese momento, el complejo estaba lejos de los límites de la ciudad. El 20 de agosto de 1847, Batalla de Churubusco
fue combatido. Cuando los mexicanos se quedaron sin municiones, la batalla se convirtió en un combate cuerpo a cuerpo. Cuando los mexicanos fueron derrotados, el general estadounidense David Twiggs le pidió al general Pedro María de Anaya que entregara sus municiones. La respuesta reportada de Anaya es "Si hubiera alguno, no estarías aquí". Esta fue también la última posición del Batallón de San Patricio, un regimiento de desertores irlandeses del ejército estadounidense. Una placa en su honor se coloca en la entrada principal. En 1869, el presidente Benito Juárez declaró el sitio monumento nacional en honor a la batalla, que fue reafirmado en 1933. Sin embargo, esto no lo convirtió en un museo. De 1876 a 1914, sirvió como hospital militar, especializado en enfermedades contagiosas. En la década de 1920, fue una escuela de arte, y de 1920 a 1960 fue un depósito. En las décadas de 1960 y 1970, este edificio era conocido extraoficialmente como el Museo del Transporte, ya que se almacenaba un gran número de vehículos antiguos. Esta colección fue finalmente enviada a Zacatecas en 1985.