A principios de 1940 la escuela no se vio afectada en gran medida por el estallido de la guerra en Europa, y aunque muchos jóvenes de Jersey habían dejado la isla para unirse al esfuerzo de guerra, varios padres ingleses habían enviado a sus hijos a asistir a la escuela, creyendo que las Islas del Canal eran el lugar más seguro de las Islas Británicas. Sin embargo, la evolución de la guerra a lo largo de mayo de ese año y el eventual colapso de la resistencia francesa
significaba que la isla estaba en peligro. Las Islas del Canal fueron desmilitarizadas en la creencia de que esto protegería mejor las vidas de los isleños, lo que significaba que muchos temían la inminente ocupación de las islas por las fuerzas alemanas. Mientras que muchas otras escuelas en Jersey dejaron las decisiones de evacuación en manos de los padres, Victoria College decidió evacuar a algunos niños y sus maestros al Reino Unido, donde se quedaron durante el resto de la Segunda Guerra Mundial asistiendo a escuelas públicas inglesas, incluidas Shrewsbury School y Bedford School. Sin embargo, alrededor de 130 niños y varios maestros permanecieron en Jersey, y la escuela continuó operando durante la ocupación.