Escriba una continuación para este párrafo - En 2001, después del estallido de la Segunda Guerra Chechena, Khangoshvili se unió a la resistencia armada de la República Chechena de Ichkeria en su lucha contra Rusia. Khangoshvili era un comandante de campo y tenía estrechos vínculos con el ex presidente checheno Aslan Maskhadov. Maskhadov fue asesinado en marzo de 2005 en una redada del FSB, la agencia de inteligencia interna de Rusia. Según el hermano de Khangoshvili, Zurab, Zelimkhan participó en el ataque de junio de 2004
en las fuerzas de seguridad, militares y policiales en las repúblicas rusas de Ingushetia y Daguestán, en las que murieron 88 funcionarios policiales y civiles; según se informa, Zelimkhan resultó herido en la pierna durante la operación. El presidente ruso Vladimir Putin afirmó que él era uno de los autores de un atentado con bomba en el metro de Moscú. Sin embargo, el propio Zelimkhan negó que fuera responsable de crímenes de guerra, diciendo a los medios georgianos: "Los rusos me culpan de muchas cosas, incluidos los ataques terroristas. Esto es una mentira. ¡Nadie puede proporcionar ninguna evidencia de que un solo civil haya resultado herido o muerto en cualquiera de mis acciones!".