En 1672 había comenzado a registrar sus investigaciones teológicas en cuadernos que no mostró a nadie y que solo se han examinado recientemente. Demuestran un amplio conocimiento de los escritos de la iglesia primitiva y muestran que en el conflicto entre Atanasio y Arrio que definió el Credo, tomó el lado de Arrio, el perdedor, que rechazó la visión convencional de la Trinidad. Newton "reconoció a Cristo como un mediador divino entre Dios y el hombre, que era subordinado al Padre que lo creó". Estaba especialmente interesado en la profecía, pero para él, "la apostasía de Cristo era trinitaria".
era un hereje