En 1462, el más ambicioso de los Señores de las Islas, John MacDonald, hizo una alianza con Eduardo IV de Inglaterra para conquistar Escocia. La guerra civil en Inglaterra
impidió que esto tuviera efecto y fuera descubierto hasta 1475, cuando la corte inglesa reveló voluntariamente su existencia. Las peticiones de confiscación del señorío siguieron naturalmente, pero se calmaron cuando Juan renunció a la mayoría de sus territorios continentales. Sin embargo, el sobrino de John lanzó una grave incursión en Ross, pero finalmente fracasó. A los dos años de la incursión, en 1493, Jacobo IV de Escocia declaró el Señorío de las Islas perdido, transformando el reino en una parte intrínseca de Escocia en lugar de una dependencia.