Baynes estaba a bordo del Asia, el buque insignia británico durante la batalla de Navarino.
El 20 de octubre de 1827 durante la Guerra de Independencia griega del Imperio Otomano. Una flota conjunta británica, francesa y rusa atacó una flota conjunta otomana y egipcia más grande en la bahía de Navarino. "Asia" lideró la línea de batalla y el fuego constante de la flota británica-francesa-rusa condujo a su victoria. Baynes se distinguió durante la batalla y fue ascendido a capitán el 8 de julio de 1828. También fue nombrado Compañero del Baño, caballero de la Orden Griega del Redentor y recibió otros dos honores.