En julio de 1813, y motivado por su victoria sobre los federalistas, el general Nariño comenzó una intensa campaña militar contra las fuerzas españolas y realistas restantes en el sur, con la intención de llegar a Pasto y, finalmente, a Quito. Las fuerzas de Nariño, conocidas como el Ejército del Sur, que contaban entre 1500 y 2000 hombres, lograron capturar Popayán en enero de 1814, pero fueron derrotadas por completo en Pasto en mayo de 1814, y Nariño fue arrestado y luego enviado a la prisión real de Cádiz a través de Quito. Los federalistas aprovecharon esto para atacar Bogotá, lo que permitió al general Simón Bolívar de las Provincias Unidas imponer términos en diciembre de 1814. Sin embargo, a mediados de 1815, Pablo Morillo llegó con una gran fuerza española y volvió a someter la región
para el desde entonces restaurado Ferdinand. La campaña de Morillo culminó con la captura de Santafé el 6 de mayo de 1816.