Escribir una continuación para este párrafo - El terrible terremoto que destruyó Lisboa
el 1 de noviembre de 1755, cambió para siempre la producción de Pérez. La Ópera do Tejo fue destruida seis meses después de su apertura y la corte se retiró de los teatros. No se produjeron óperas durante los siguientes siete años, y a partir de entonces solo de una manera menos espectacular. Durante los últimos 23 años de su vida, Pérez escribió sólo tres óperas nuevas. En cambio, compuso una gran cantidad de música eclesiástica, que cubre casi todos los rituales y prácticas de las dos principales capillas musicales de Lisboa, la Real y el Seminário da Patriarcal. Nunca dejó Portugal, por lo que su aclamación internacional disminuyó lentamente. Sin embargo, Gerber señaló que desde 1766 las composiciones de Pérez eran conocidas y demandadas en Alemania y que en 1790 era "uno de los compositores más célebres y queridos entre los maestros italianos... uno de los últimos compositores que mantuvo el rigor del contrapunto". J. C. Krause nombró a Hasse, Pérez y Paisiello como modelos satisfactorios. En 1774 Pérez se convirtió por aclamación en miembro de la Academia de Música Antigua de Londres, y tuvo la única pieza a escala completa impresa en su vida, el "Mattutino de 'Morti" (su tercer conjunto de la Oficina de los Muertos), publicado allí por Bremner. Su música, especialmente la religiosa, fue ampliamente copiada en Italia. Durante los últimos cuatro años de su vida, Pérez sufrió una enfermedad crónica, con el tiempo perdió la vista, pero continuó componiendo. En 1778 su pupila, ahora la reina María I de Portugal, lo nombró caballero de la Orden de Cristo; cuando murió en Lisboa, ordenó un funeral elaborado a expensas de la Corona.