Complete la siguiente frase: El 15 de febrero de 2006, el Papa Benedicto XVI lo nombró Nuncio Apostólico en Egipto y Delegado de la Liga de los Estados Árabes, su primer puesto diplomático. Fue uno de los pocos nuncios que no asistieron a la Pontificia Academia Eclesiástica. Según la BBC, "la decisión del pontífice nacido en Alemania ha causado revuelo. Los observadores del Vaticano están tratando de averiguar si el movimiento es una degradación, o el reconocimiento de los talentos especiales del arzobispo". Fitzgerald dijo: "Mi experiencia en estudios árabes e islámicos probablemente se considera útil en este momento para el desarrollo de las relaciones con Egipto y el resto del mundo islámico". Un corresponsal del Vaticano llamó a la reasignación de Fitzgerald "la peor decisión del Papa hasta ahora" y su ausencia fue notada por la prensa cuando el Papa Benedicto ofendió a los musulmanes con su
Conferencia en Regensburg en septiembre de 2006. La transferencia de Fitzgerald resultó ser parte de la reestructuración de Benedicto de los departamentos de la curia para reorientar las discusiones interreligiosas con los no cristianos al unir el papel de presidente del PCID con el del Consejo Pontificio para la Cultura, una reestructuración que Benedicto inició en marzo de 2006 y revirtió en junio de 2007.