Como entrenador, Deschamps comenzó su carrera con el Mónaco, y ayudó al club a ganar la Copa de la Liga en 2003, y llegó a la Final de la UEFA Champions League 2004, siendo nombrado entrenador del año de la Ligue 1 en 2004. Durante la temporada 2006-07, ayudó a su antiguo club Juventus a ganar el título de la Serie B y regresar a la Serie A después de su descenso debido a su participación en el Escándalo Calciopoli de 2006 la temporada anterior. Posteriormente dirigió otro de sus antiguos clubes, el Marsella, donde ganó el título de la Ligue 1 durante la temporada 2009-10, así como tres títulos consecutivos de la Coupe de la Ligue entre 2010 y 2012, y títulos consecutivos del Trophée des Champions en 2010.
y 2011.