Después del estallido de la guerra con Japón, Allen regresó a Australia en marzo de 1942, y en agosto se hizo cargo de las operaciones contra el avance japonés a lo largo de la vía Kokoda
- ¿ Qué? Aunque tuvo éxito, Allen, sin embargo, fue objeto de lo que muchos consideran críticas injustas por parte del comandante aliado en el área del Pacífico Suroeste, el general estadounidense Douglas MacArthur y el comandante de las fuerzas terrestres aliadas, el general australiano Sir Thomas Blamey, por moverse demasiado lentamente en la persecución de los japoneses a través de los Owen Stanley Ranges. Fue relevado de su mando el 29 de octubre de 1942. Se siguieron citas menores, pero en octubre de 1944, Blamey recomendó que Allen fuera nombrado Caballero Comandante de la Orden del Imperio Británico, aunque Allen nunca fue nombrado.