El creciente descontento de los indios con el dominio colonial provocó la gran rebelión.
de Túpac Amaru el segundo. Nacido José Gabriel Condorcanqui, este educado indio de habla hispana tomó el nombre de su antepasado, Túpac Amaru. Durante la década de 1770, se enfureció por el duro trato de los indios por parte de los "corregidores de indios". En noviembre de 1780, Túpac Amaru II y sus seguidores capturaron y ejecutaron a un "corregidor de indios" particularmente cruel. Aunque Túpac Amaru II insistió en que su movimiento era reformista y no buscaba derrocar el dominio español, sus demandas incluían una región autónoma para los nativos. El levantamiento se convirtió rápidamente en una revuelta a gran escala. Aproximadamente 60.000 indios de los Andes peruanos y bolivianos se unieron a la causa. Después de obtener algunas victorias iniciales, incluida la derrota de un ejército español de 1.200 hombres, Túpac Amaru II fue capturado y asesinado en mayo de 1781; sin embargo, la revuelta continuó, principalmente en el Alto Perú. Allí, un partidario de Túpac Amaru II, el jefe indio Tomás Catari, había encabezado un levantamiento en Potosí durante los primeros meses de 1780. Catari fue asesinado por los españoles un mes antes que Túpac Amaru II. Otra gran revuelta fue liderada por Julián Apaza, un sextón que tomó los nombres de los dos mártires rebeldes llamándose Túpac Catari (también escrito Katari). Asedió La Paz durante más de 100 días. España no logró sofocar todas las revueltas hasta 1783 y luego procedió a ejecutar a miles de indios.