Escriba una continuación para este párrafo - Clemens salió de la jubilación, firmó un contrato de un año con su ciudad natal adoptiva Houston Astros el 12 de enero de 2004, uniéndose a su amigo cercano y ex compañero de equipo de los Yankees Andy Pettitte. El 5 de mayo de 2004, Clemens registró su strikeout número 4.137 de su carrera para colocarlo en segundo lugar en la lista de todos los tiempos detrás de Nolan Ryan. Fue nombrado titular para el equipo de las Estrellas de la Liga Nacional, pero finalmente fue el lanzador perdedor en ese juego después de permitir seis carreras en cinco hits, incluido un jonrón de tres carreras para Alfonso Soriano. Clemens terminó la temporada con un récord de 18 sobre 4, y fue galardonado con su séptimo Cy Young Award, convirtiéndose en el jugador más viejo en ganar el Cy Young a los 42 años. Esto lo convirtió en uno de los seis lanzadores en ganar el premio en ambas ligas, uniéndose a Gaylord Perry, Pedro Martínez y Randy Johnson y más tarde se unieron a Roy Halladay y Max Scherzer. Clemens fue el lanzador perdedor para los Astros en el Juego 7 de la NLCS 2004
contra los Cardenales de St. Louis, permitiendo 4 carreras en 6 entradas de trabajo. Aunque lanzó bien, se cansó en la sexta entrada, entregando las cuatro carreras.