Después de su independencia en 1956, Sudán había sufrido numerosos conflictos internos por cuestiones políticas, étnicas y religiosas. En 1983, revolucionarios y separatistas del sur del país, en su mayoría cristianos-anímicos, se unieron y lanzaron una insurgencia contra el gobierno que tradicionalmente estaba dominado por las élites musulmanas del norte. Los rebeldes se organizaron como el "Ejército Popular de Liberación de Sudán" (SPLA) bajo el liderazgo de John Garang, y la insurgencia finalmente se convirtió en una guerra civil completa que también afectó al este y al oeste de Sudán. Las negociaciones entre el gobierno y el SPLA casi resultaron en una solución pacífica del conflicto, pero terminaron después del golpe de estado de 1989.
que llevó al poder al Frente Nacional Islámico (FNI) bajo Omar al-Bashir. El nuevo régimen se opuso militantemente a cualquier compromiso y estaba decidido a aplastar por completo al SPLA y a todos los demás grupos de oposición. Siguió una escalada de violencia.