En 1994, el Ferrari era mucho más competitivo, pero marcado por la falta de fiabilidad, y el compañero de equipo Berger se estableció como el líder del equipo. Después de terminar tercero en la primera carrera de la temporada, Alesi se lesionó la espalda después de un accidente de prueba en el circuito de Mugello en Italia después de la primera carrera de la temporada (Brasil) y fue reemplazado en el Gran Premio del Pacífico y el Gran Premio de San Marino.
por Nicola Larini. Regresó con un quinto lugar en Mónaco y terminó en un fuerte tercero en Canadá, pero casi perdió la posición al final de la carrera debido a un problema con la caja de cambios. Se retiró en el Gran Premio de Francia debido a una colisión con Rubens Barrichello, pero terminó segundo en el Gran Premio de Gran Bretaña, gracias a la descalificación de Michael Schumacher, y buscaba un buen resultado en el Gran Premio de Alemania, clasificándose segundo detrás de su compañero de equipo Berger, pero su motor falló en la primera vuelta. Las carreras posteriores estuvieron marcadas por una serie de retiros. En Monza, tomó su primera pole position y lideró hasta su primera parada en boxes, cuando su caja de cambios falló en el pitlane, y enojado, regresó a Aviñón a velocidades superiores a 200 km/h. Esta racha finalmente terminó en Japón, cuando terminó tercero después de un duelo con Williams de Nigel Mansell, y luego terminó sexto en Australia. Alesi terminó quinto en el campeonato con 24 puntos.