Aunque la junta recomendó que Fernandina, Florida, fuera el ancla sur del bloqueo, otras dos posiciones fueron capturadas antes que Fernandina. Un par de fortalezas menores
en los Outer Banks de Carolina del Norte cerca de Cabo Hatteras fueron tomadas por las fuerzas de la Unión el 28-29 de agosto de 1861, y el 7 de noviembre una importante operación de flota en Port Royal, Carolina del Sur, dio lugar a la captura de un puerto de aguas profundas a medio camino entre Savannah y Charleston. La expedición de Hatteras había sido planeada como una incursión; el plan exigía que se mantuviera solo el tiempo suficiente para bloquear la ensenada de Hatteras. Sin embargo, se transformó en una incursión y condujo a principios del año siguiente a una invasión completa, la llamada Expedición de Burnside, que incluyó la captura de la isla de Roanoke y estableció al Ejército de la Unión permanentemente en el este de Carolina del Norte. Port Royal en manos de la Unión pronto se usó como base para hacer que el bloqueo de Savannah estuviera casi completo, pero Charleston no fue sellado tan fácilmente. El uso de su puerto por parte de los corredores de bloqueo fue restringido, pero para cerrarlo por completo se requirió algunas de las acciones terrestres más amargas y persistentes de la guerra.