Después de la Segunda Guerra Mundial, Lee fue nombrado en comités encargados de reconstruir la economía malaya, que había sufrido durante la ocupación japonesa. Cuando el estado de emergencia fue impuesto por los británicos en 1948 en respuesta a la insurgencia comunista
, fue nombrado miembro del Consejo Asesor de la Unión Malaia, del Consejo Legislativo Federal y del Consejo Ejecutivo Federal.