Escriba una continuación para este párrafo - El mandato de Trajkovski estuvo marcado por tensiones entre los macedonios étnicos y la gran minoría étnica albanesa de la república. Las secuelas de la guerra de Kosovo llevaron a meses de violentos enfrentamientos armados
En el marco de la Conferencia Intergubernamental, el Parlamento Europeo ha adoptado una serie de resoluciones sobre la situación de las fuerzas de seguridad macedonias y de los rebeldes albaneses que buscan mejorar su condición de minoría legítima y, en general, mejores condiciones económicas, administrativas y jurídicas. Aunque sus poderes eran limitados y su papel en gran medida ceremonial, presidió un acuerdo de paz negociado por la OTAN en 2001 que puso fin a la violencia y evitó una guerra civil en toda regla en la República de Macedonia. Fue visto como un moderado en el diálogo étnico, argumentando por una mayor inclusión de los albaneses étnicos, y ha sido acreditado como una figura clave en la resolución del conflicto. El amigo y asesor de Boris Trajkovski fue su jefe de gabinete Zoran Jolevski, quien fue el embajador macedonio en los Estados Unidos de América y el negociador del nombre del estado en la disputa del nombre de Macedonia.