Pantano estaba listo para hacer su debut en la Fórmula Uno para Jaguar, sin embargo, dos días antes de que firmara con el equipo, concluyeron un acuerdo con Christian Klien, quien pudo obtener $ 10 millones de fondos de Red Bull. El italiano firmó para el equipo de Jordania de Fórmula Uno a principios de 2004, y después de pruebas mínimas su temporada resultó problemática. Terminó último en su primera carrera en Melbourne, mientras que su compañero de equipo más experimentado Nick Heidfeld, se retiró con un problema de transmisión. Continuó compitiendo, nunca logró clasificarse o terminar más alto que en la parte posterior del campo, y se retiró en varias ocasiones, sin llamar la atención. Fue reemplazado por el debutante alemán Timo Glock (por razones financieras) en el Gran Premio de Canadá.
, quien anotó dos puntos terminando séptimo, por delante de su compañero de equipo Nick Heidfeld, que estaba octavo. Pantano regresó a su asiento en el equipo para la siguiente carrera en Indianápolis, pero salió en la primera curva después de chocar con otros pilotos. Continuó con resultados más decepcionantes hasta el Gran Premio de Italia en Monza, después de lo cual fue reemplazado por Timo Glock para las tres carreras restantes de la temporada. Pantano más tarde reveló que había sido su propia decisión dejar de competir con Jordan debido a la carga financiera impuesta a su familia y sus propios sentimientos de que el equipo estaba favoreciendo a su compañero de equipo Heidfeld sobre él. Pantano estaba vinculado a regresar a la Fórmula Uno en 2010 con Campos Meta, pero el equipo confirmó que Bruno Senna y Karun Chandhok se unirían al equipo.