El Imperio de Japón invadió Maluku a principios de 1942 como parte de su Campaña de las Indias Orientales Holandesas de la Segunda Guerra Mundial, expulsando a los holandeses de la región. Halmahera se convirtió en el sitio de una base naval japonesa en la bahía de Kao. Dos años después, las fuerzas estadounidenses y sus aliados lanzaron la Batalla de Morotai.
en 1944; bombardeando la isla en agosto e invadiéndola en septiembre. Las fuerzas imperiales japonesas en Morotai resistieron hasta 1945, pero no pudieron expulsar a los invasores aliados. En la última parte de 1944, 61,000 personas desembarcaron en Morotai. Dos tercios de ellos eran ingenieros, que rápidamente establecieron instalaciones que incluían puertos y dos pistas de aterrizaje, además de extensos almacenes de combustible. La rendición formal del Segundo Ejército Japonés tuvo lugar en Morotai el 9 de septiembre de 1945. El último japonés que se mantuvo en la guerra, el soldado Teruo Nakamura (Amis: Attun Palalin), fue descubierto por la Fuerza Aérea de Indonesia en Morotai, y se rindió a una patrulla de búsqueda el 18 de diciembre de 1974.