Escribir una continuación para este párrafo - En 1940 se sometió a la formación como en la guerra submarina, y durante la guerra greco-italiana
(1940-1941) sirvió a bordo de submarinos, emprendiendo patrullas para interceptar el transporte italiano en el mar Adriático. El 31 de diciembre de 1940 fue ascendido a teniente. En marzo de 1941 recibió la Cruz de Guerra por su servicio como oficial a bordo del submarino "Nirefs". En abril de 1941, cuando la invasión alemana de Grecia casi había invadido el país, la mayor parte de la flota griega que se podía salvar fue enviada al Medio Oriente controlado por los aliados. Aunque solo era un subalterno, Engolfopoulos tomó el mando de "Nirefs" y dirigió su nave a Oriente Medio, donde se unió a las fuerzas del gobierno griego en el exilio. Por esta iniciativa recibió su segunda Cruz de Guerra el 14 de septiembre de 1944. Luego se desempeñó como oficial ejecutivo a bordo del destructor "Pindos", con el que participó en la Batalla del Mediterráneo, así como en la invasión aliada de Sicilia (julio de 1943) y la invasión del sur de Francia ("Operación Dragoon", agosto de 1944). Asumió el mando del destructor por un tiempo en 1944. Durante el motín naval pro-comunista de abril de 1944, participó en los destacamentos de abordaje que recuperaron por la fuerza el control de los barcos y reprimieron el motín.