En sus últimos años, los vínculos de Sauber con Ferrari se debilitaron. Se pusieron del lado de los equipos no Ferrari sobre los cambios de reglas planeados al final de la temporada 2004 y también se unieron a la GPWC. Luego decidieron cambiar a neumáticos Michelin, mientras que Ferrari continuó usando neumáticos Bridgestone. Mientras tanto, la compañía de bebidas Red Bull dejó a Sauber en 2005 cuando fundaron su propio equipo, Red Bull Racing. La propiedad de BMW comenzó el 1 de enero de 2006 con la compra por parte de BMW de la participación de Credit Suisse en el equipo. El último Gran Premio de Sauber antes de la adquisición de BMW fue el
Gran Premio de China 2005, con Massa anotando un sexto lugar para completar la historia del equipo. Sauber había terminado su carrera independiente en la F1 con seis terceros lugares y dos primeros comienzos de la primera fila siendo sus mejores resultados. Entre los pilotos más notables de Sauber se encontraban Jean Alesi, el subcampeón del Campeonato de Pilotos de 2008 Felipe Massa, Johnny Herbert y el campeón del mundo de 1997 Jacques Villeneuve. Dos ex pilotos de Sauber condujeron para el nuevo equipo BMW Sauber en 2006: Nick Heidfeld, que fue piloto de Sauber de 2001 a 2003, y Villeneuve, que condujo para el equipo en 2005.