A pesar de la rendición oficial, hubo un importante movimiento de resistencia local a la ocupación japonesa. Elementos del Ejército filipino continuaron su actividad y fueron capaces de liberar a todas menos doce de las entonces cincuenta provincias de Filipinas, mientras que otros grupos como el Hukbalahap también estuvieron involucrados. Mientras estaba en el exilio, el presidente Manuel L. Quezon continuó representando a las Filipinas hasta su muerte por tuberculosis en 1944. Las fuerzas estadounidenses bajo el general MacArthur hicieron su regreso en octubre de 1944, comenzando con el desembarco anfibio
En Leyte.