Haller luchó contra los indios seminoles en Florida en 1840-1841 y más tarde sirvió con distinción en Monterrey, Veracruz
, y otras batallas durante la Guerra Mexicano-Americana, como oficial en el mismo regimiento que Ulysses S. Grant. Se distinguió en la Batalla de Churubusco, donde tomó una parte clave en el asalto a Molino del Rey. En 1852, el Ejército promovió a Haller a mayor y lo transfirió en 1853 al Territorio de Washington, estacionado en Fort Dalles, Oregon con las unidades de la 4ta Infantería de los Estados Unidos. Participó en las guerras indias del noroeste de 1855-56 y en la crisis fronteriza de la Guerra de los cerdos de las Islas San Juan entre los Estados Unidos y Gran Bretaña en 1859.