Cuando el único hijo de Vladislas, Luis, fue asesinado en la Batalla de Mohács en 1526, poniendo fin al gobierno de la dinastía Jagiellon en Bohemia, una convención de nobles bohemos eligió a su cuñado, el archiduque de los Habsburgo Fernando I de Austria, como el nuevo rey de las tierras de la corona de Bohemia. Junto con el Archiducado de Austria y el reino húngaro, formaron la monarquía de los Habsburgo, que en los siglos siguientes surgió del Sacro Imperio Romano en una potencia europea separada. Los intentos de los estados de la Reforma Protestante de Bohemia de construir una confederación autónoma fueron frustrados en la Batalla de la Montaña Blanca de 1620
, después de lo cual la administración se centralizó en Viena. Además, los gobernantes de los Habsburgo perdieron las Lusatias al Electorado de Sajonia después de la Guerra de los Treinta Años en la Paz de Praga de 1635, y también la mayor parte de Silesia con Kladsko al Reino de Prusia después de la Primera Guerra de Silesia en el Tratado de Breslau de 1742.