Halsey envió al TG 38.1 al sur para atacar los aeródromos japoneses en la zona durante la
la invasión de Morotai que comenzó el día 15, pero los convocó de nuevo para unirse al grueso de TF 38 antes de su ataque planeado contra Manila el 21 de septiembre. Los aviones del "Hornet" participaron en la segunda ola de ataques en la bahía de Manila y hundieron el antiguo destructor. Los pilotos estadounidenses afirmaron haber derribado 110 aviones y destruido 95 en tierra, aunque la Primera Flota Aérea en realidad perdió menos de dos docenas de aviones por todas las causas. TF38 afirmó haber hundido o dañado siete petroleros, pero los registros japoneses muestran que nueve fueron hundidos o naufragados. El mal tiempo forzó la cancelación de la mayoría de los ataques aéreos planeados para el segundo día, pero Halsey decidió atacar la bahía de Coron en las islas Calamian, un anclaje a menudo utilizado por los petroleros japoneses, al otro lado de Filipinas con TG 38.1 y 38.3. El grupo aéreo de "Hornet" dirigió el ataque aéreo combinado que hundió dos petroleros, seis cargueros, varias escoltas y el tender de hidroaviones. TG 38.1 luego navegó a Seeadler Harbor para reponer y cambiar el Grupo Aéreo 2 por el Grupo Aéreo 11. Clark finalmente partió del Hornet el 1 de octubre.