Durante 1938 y 1939 había una creciente creencia de que otra guerra entre Francia y Alemania era inevitable. En septiembre de 1939, el gobierno francés declaró la guerra a Alemania, y se implementó una movilización general. En su última reunión (antes de ser prohibida) diez días antes, la CGT-SR había finalizado los planes para convocar una huelga general en caso de una movilización general, pero esos planes parecen no haber sobrevivido a la realidad de las invasiones alemanas y soviéticas de Polonia. Paul Lapeyre estaba entre los reclutados para unirse al ejército en agosto/septiembre de 1939. Dudó durante varios días antes de presentarse en el cuartel de Auch. Fue enviado a Alsacia, que había sido reincorporada a Francia en 1919, y pasó varios meses en las orillas del Rin. Fue presumiblemente en el contexto de la invasión alemana de Francia, que tuvo lugar durante mayo y junio de 1940, que el regimiento en el que Lapeyre servía se vio rodeado y obligado a rendirse. Ahora prisioneros de guerra alemanes, Lapeyre y sus compañeros fueron retenidos en sus barracones por poco más de un mes antes de ser trasladados a una granja y puestos a trabajar en Hoisdorf, a unos 25 kilómetros al este de Hamburgo. Un intento de escape fracasó. Lapeyre pasó los siguientes cinco años en una sucesión de cuatro campos de trabajo. En un momento evitó por poco ser enviado al famoso campo de exterminio de Rava-Ruska, pero al final fue enviado de regreso a la región de Hamburgo, donde trabajó junto con los otros prisioneros de guerra. Durante el
Una semana en julio de 1943, los bombardeos de los "aliados" destruyeron por completo el aserradero al que había sido asignado. Al final, sin embargo, fue liberado por los ingleses ("... par les Anglais") en junio de 1945.