En la Segunda Guerra Mundial, el área estuvo muy involucrada en el desarrollo y producción de los cohetes V-1 y V-2, hasta el traslado de la producción a Nordhausen. Los muelles del pueblo fueron utilizados para los barcos que recuperaron los restos del V-2 de los lanzamientos de prueba sobre el Mar Báltico. Científicos alemanes como Wernher von Braun, que trabajó en la instalación V-2, fueron conocidos como "Peenemünders". El grupo de resistencia alrededor del sacerdote Heinrich Maier pasó los planos de los cohetes V-1, V-2 y la estación de investigación Peenemünde a los aliados. El grupo de resistencia, más tarde descubierto por la Gestapo, estaba en contacto con Allen Dulles, el jefe del servicio secreto estadounidense OSS en Suiza. Los bombarderos aliados fueron capaces de llevar a cabo ataques aéreos precisos con los bocetos de las instalaciones de producción. La información era importante para la Operación Arcoíris y la Operación Hidra.
, ambas pre-misiones para la Operación Overlord. Durante la Operación Hydra, la instalación de investigación fue gravemente golpeada por el ataque del comando de bombarderos de la RAF en Peenemünde en la noche del 17 al 18 de agosto de 1943. El ataque fue llevado a cabo por un total de 596 bombarderos (324 Avro Lancaster, 218 Handley Page Halifax, 54 Short Stirling). Hubo una extensa destrucción y el lanzamiento del cohete del prototipo V-2 se retrasó unos dos meses. Murieron 123 personas, incluido el científico Walter Thiel. Wernher von Braun fue capaz de salvarse en un búnker.