Cuando comenzó la Guerra Civil en 1861, Corput se unió al Ejército de los Estados Confederados. Fue comisionado como Tercer Teniente (1861) en la batería "Artillería Cherokee"; una unidad reclutada de los condados de Floyd y Cherokee. Varios de sus parientes se unieron a la unidad, también, su hermano Félix siendo el sargento intendente. La unidad se rindió durante el asedio de Vicksburg, pero rápidamente regresó al campo después. En 1864 Corput había sido ascendido a capitán y comandó la batería. En la batalla de Resaca
sus cuatro Napoleones de 12 libras fueron capturados. El mismo Corput se convirtió en prisionero de guerra el 12 de abril de 1865 en Salisbury, Carolina del Norte. Fue prisionero en Camp Chase, Ohio hasta su libertad condicional en octubre.