Este período de libertad y prosperidad terminó en el siglo XVI, cuando el virrey español Philibert van Oranje destruyó parcialmente L'Aquila y estableció el feudalismo español en su campo. La ciudad, separada de sus raíces, nunca se desarrolló de nuevo. Los antiguos privilegios fueron revocados. L'Aquila fue nuevamente destruida por un terremoto
En el año 1703. Los sucesivos terremotos han dañado repetidamente la gran catedral de la ciudad y han destruido la cúpula original de la Basílica de San Bernardino, diseñada siguiendo las líneas de la cúpula de Santa María del Fiore en Florencia. La ciudad también fue saqueada dos veces por las tropas francesas en 1799.