Completar la siguiente frase: Cuando la Guerra Civil comenzó en 1861, Magruder dejó el ejército de la Unión para aceptar una comisión en la Confederación. Como comandante del Ejército de la Península, fortificó la Península de Virginia y ganó la Batalla de Big Bethel. En la Campaña de la Península, detuvo al Ejército del Potomac de McClellan fuera de Yorktown, permitiendo al mayor general Joseph E. Johnston llegar con refuerzos, organizar una retirada y defender la capital confederada, Richmond. Magruder fue criticado por su liderazgo en batallas en
La estación de Savage y Malvern Hill durante las Batallas de los Siete Días. Pasó el resto de la guerra administrando el Distrito de Texas, Nuevo México y Arizona y el Departamento de Arkansas; en su mandato, Magruder levantó el bloqueo naval sobre Galveston y recapturó la ciudad en 1863.