Kiernan insistió en unirse a las filas de combate, y en esa capacidad aparentemente fue nombrado Mayor en el 6to Missouri. En mayo de 1863 en Port Gibson
Fue herido en el pulmón izquierdo y dejado en el campo por muerto. Recuperado y encarcelado, escapó de nuevo a las fuerzas de la Unión y renunció a su comisión. El 1 de agosto de 1863 fue comisionado como Brigadier General de Voluntarios por el presidente Abraham Lincoln; comandando un puesto en Miliken's Bend en el Mississippi. Sin embargo, la mala salud como resultado de sus heridas en el campo de batalla lo obligó a renunciar el 3 de febrero de 1864.