Aceptando una invitación para su reincorporación a las fuerzas gubernamentales albanesas, Moisiu regresó a Albania y a fines de 1940, mientras servía como comandante del batallón Tomorri, fue enviado al frente italo-griego.
- ¿ Qué? Spiro no quería luchar contra los griegos y junto con otro mayor albanés, Prenk Pervizi, retiró a sus hombres de las líneas del frente e indujo a muchos albaneses a desertar. Esto hizo que fuera deportado a un puesto militar en Laç, donde fue mantenido bajo estricta vigilancia hasta que el Tribunal Militar Supremo italiano lo condenó a muerte por deserción de las líneas del frente. La sentencia fue anulada más tarde y su único castigo fue la expulsión del servicio militar. Esto se debió a que los italianos temían un motín de los soldados albaneses que todavía estaban bajo el mando italiano.