El Imperio de Japón invadió Morotai a principios de 1942 como parte de su Campaña de las Indias Orientales Holandesas. Las fuerzas estadounidenses y sus aliados lanzaron la Batalla de Morotai
en 1944; bombardeando la isla en agosto e invadiéndola en septiembre. Las fuerzas imperiales japonesas en Morotai resistieron hasta 1945, pero no pudieron expulsar a las tropas aliadas. En la última parte de 1944, 61,000 personas desembarcaron en Morotai. Dos tercios de ellos eran ingenieros, que rápidamente establecieron instalaciones que incluían puertos y dos pistas de aterrizaje, además de extensos almacenes de combustible.