Escriba una continuación para este párrafo - Pettus sirvió en el Teatro Occidental de la Guerra Civil Americana. Durante la Campaña del Río Stones, fue capturado por soldados de la Unión el 29 de diciembre de 1862, y intercambiado poco tiempo después por soldados de la Unión. Pettus fue capturado de nuevo el 1 de mayo de 1863, mientras que parte de la guarnición rendida que había estado defendiendo Port Gibson
en el Mississippi. Se las arregló para escapar y regresar a sus propias líneas. Pettus fue ascendido a coronel el 28 de mayo, y se le dio el mando del 20o Alabama.