Cuando comenzó la Guerra Civil Americana en 1861, Fesler se puso del lado de la Unión. El 30 de agosto de 1861, se alistó en el Ejército de la Unión en Morgantown, Indiana. Fesler fue nombrado capitán de la Compañía G en el 27o Regimiento de Infantería de Indiana. Fesler comandó su compañía en la Batalla de la Primera Winchester
y en la Batalla de la Montaña Cedar. En 1862, el Regimiento de Fesler fue asignado al 12o Cuerpo de Ejército, en el que permanecería durante 1863. Fesler luego comandó su compañía durante la Batalla de Antietam, cerca de Sharpsburg, Maryland, el 17 de septiembre de 1862. Su regimiento pasó el invierno de 1862 a 1863 acampado en Stafford Courthouse, Virginia, y el 13 de febrero de 1863, Fesler fue ascendido a Teniente Coronel de la 27a Indiana. En marzo de 1863, el 12o Cuerpo, del cual el 27o de Indiana era parte, recibió una estrella como insignia de su cuerpo. El 5 de mayo de 1863, Fesler fue herido en acción durante la Batalla de Chancellorsville, en el condado de Spotsylvania, Virginia. Luego comandó temporalmente la 27a Indiana del 2 al 3 de julio de 1863 durante la Batalla de Gettysburg cuando el coronel del regimiento fue colocado al mando de su brigada. Fesler y su regimiento luego participaron en sofocar los disturbios del Draft de la ciudad de Nueva York más tarde ese mes.