La historia se desarrolla en el año 3394, mil años después de que la humanidad huya de la Tierra después de ser destruida por una raza de alienígenas que cambian de forma <unk> los Gauna (奇居子 ((ガウナ))), a bordo de cientos de naves espaciales masivas creadas a partir de los restos del planeta. Una de esas naves es la Sidonia, que ha desarrollado su propia cultura humana basada estrechamente en la de Japón, donde la clonación humana, la reproducción asexual y la ingeniería genética humana, como otorgar a los humanos la fotosíntesis, son comunes. También se revela que a los escalones superiores de esta sociedad se les ha otorgado secretamente la inmortalidad. Con una población de más de 500,000 personas, Sidonia es posiblemente el último asentamiento humano que queda, ya que se desconocen los destinos de las otras naves.
Japón