Shelby American trabajó con Ford para rediseñar el GT40 para la temporada '66, reemplazando el motor de 289 pulgadas cúbicas (4.7 L) con el motor más grande y más potente de 427 pulgadas cúbicas de Ford. (7.0 L) de motor. El Mk II GT40 logró un gran éxito, con las victorias de Shelby American en Daytona, Sebring y Le Mans, ganando a Ford el Campeonato Internacional de Fabricantes en 1966. Los autos Shelby American terminaron primero (Miles y Ruby nuevamente) y segundo (Gurney y Jerry Grant) en Daytona, primero en Sebring (Miles y Ruby), y primero (McLaren y Chris Amon) y segundo (Miles y Denny Hulme) en Le Mans
- ¿ Qué? Gurney y Grant habrían terminado segundos en Sebring, excepto que su coche se averió en la última vuelta y Gurney lo empujó a través de la línea de meta, descalificándolos automáticamente.