Escriba una continuación para este párrafo - Issoufou quedó en cuarto lugar (recibiendo solo el 7,60% de los votos) en las elecciones presidenciales del 7-8 de julio de 1996 que fueron difíciles y polémicas
que le dio a Maïnassara una victoria absoluta. Junto con los otros tres candidatos de la oposición, Issoufou fue puesto bajo arresto domiciliario en el segundo día de votación y retenido durante dos semanas. Después, se negó a reunirse con Maïnassara, apeló sin éxito a la Corte Suprema para que se anulara la elección, y el PNDS llamó a manifestaciones. El 26 de julio fue nuevamente puesto bajo arresto domiciliario, junto con otro miembro destacado del PNDS, Mohamed Bazoum; fueron liberados por orden de un juez el 12 de agosto. Tras una manifestación pro-democracia el 11 de enero de 1997, Issoufou fue arrestado junto con Ousmane y Tandja y retenido hasta el 23 de enero.