En junio de 1945 Jones fue ascendido a Capitán Interino del RNR y enviado al Comando del Sureste Asiático bajo el Almirante Mountbatten. Fue nombrado oficial de transporte marítimo divisional de las Indias Orientales Holandesas, con sede en Java, Batavia. La guerra en Asia había terminado en agosto de 1945 con la capitulación japonesa.
Pero todavía se les requería para hacer frente al transporte de retorno de tropas y suministros, así como el envío de los civiles y militares prisioneros de guerra fuera de los campos japoneses.