Cuando su ejército fue reforzado adecuadamente, Fernández de Córdoba enfrentó a los franceses el 28 de abril de 1503 en la batalla de Cerignola
donde 6.000 tropas españolas se enfrentaron a un ejército francés de 10.000. Gonzalo formó su infantería en unidades llamadas "coronelías" con piqueros apretados en el centro y arquebusieros y espadachines en los flancos. Los franceses atacaron sin éxito el frente y fueron asaltados por disparos provenientes de los flancos. El comandante francés, Louis d'Armagnac, duque de Nemours, fue asesinado al principio de la batalla. Después de resistir dos ataques franceses, Fernández de Córdoba, El Gran Capitán, pasó a la ofensiva y expulsó a los franceses del campo. Esta fue la primera vez en la historia que una batalla había sido ganada en gran parte por la fuerza de las armas de fuego.