Después de la batalla de Mohács, los otomanos no tuvieron éxito en su sitio de Viena en 1529
y Fernando I logró firmar el Tratado de Constantinopla, posponiendo los intentos de expansión otomana. Fernando y su hermano Carlos V, que era el emperador del Sacro Imperio Romano en el mismo momento, tuvieron que lidiar no solo con la amenaza otomana, sino también con la Liga Schmalkaldic que se formó en 1531 para promover los intereses de los estados luteranos en el Sacro Imperio Romano. La nobleza checa, en gran parte protestante, tenía una visión favorable de los objetivos de la Liga de Esmalcalda y, por lo tanto, cuando en 1546 Fernando I ordenó a las fincas checas que levantaran su ejército y marcharan contra el Electorado protestante de Sajonia como parte de la Guerra Esmalcalda, lo hicieron muy a regañadientes. Al año siguiente, los estados checos se negaron a reunir un ejército nuevamente y se rebelaron, por lo que fueron castigados después de que la Liga Schmalkaldic perdiera decisivamente la Batalla de Mühlberg. Como resultado, Fernando I logró fortalecer su posición en la Tierra de la Corona de Bohemia, limitar los privilegios de la ciudad y comenzar el proceso de recatolicización invitando a la Orden Jesuita a Praga en 1556.