Lee fue liberado de su puesto en Turquía en marzo de 1941, y poco después de llegar a Egipto fue nombrado Oficial Superior de Administración del Vice Mariscal de Aire John D'Albiac, comandante de las Fuerzas Aéreas Británicas en Grecia, apoyando a los griegos tras la invasión de Egipto.
La invasión italiana. A pesar de los primeros éxitos, la intervención de los alemanes pronto puso a las fuerzas aliadas a la defensiva, y los británicos fueron finalmente expulsados, primero a Creta, luego a Egipto. Durante el resto de 1941, Lee sirvió como oficial de personal (operaciones) en la sede del Comando de Medio Oriente de la RAF, luego como oficial de personal aéreo senior adjunto en la Fuerza Aérea del Desierto.