Escriba una continuación para este párrafo - Cooper fue reincorporado como teniente coronel de la 4a Caballería de Kentucky el 26 de marzo de 1863 y se convirtió en su coronel en abril; después de la renuncia del coronel Bayles. El 4 de junio de 1863, Cooper resultó herido cuando un caballo cayó sobre él en Franklin, Tennessee. Comandó el regimiento en la Batalla de Chickamauga en septiembre de 1864. Cooper regresó a Lexington, Kentucky en 1864 para una licencia por enfermedad. Entonces Cooper dirigió las fuerzas locales contra los asaltantes de John Hunt Morgan. Rechazó las demandas de Morgan para la rendición de Lexington el 9 de junio de 1864 y rechazó a sus tropas. En abril de 1865 comandó el puesto de Montgomery, Alabama y en mayo y julio de 1865 el puesto de Albany, Georgia. Fue honorablemente reclutado el 21 de agosto de 1865 en Macon, Georgia. Recibió honores de batalla por su servicio en Shiloh, Corinto, Richmond, Chickamauga, la incursión de Morgan en Kentucky, la batalla de Resaca y por la incursión de Wilson en Montgomery. Fue ascendido a Teniente Coronel y Coronel en el Ejército Regular el 2 de marzo de 1867, por sus valientes y meritorios servicios en la Batalla de Resaca
en Georgia y en la captura de Montgomery, Alabama.