El 16 de julio de 1942, Kofman fue arrestado por la policía de Vichy durante el Rafle du Vélodrome d'Hiver.
, junto con otros 13,000 judíos, y se trasladaron al campo de internamiento de Drancy para esperar la deportación. Según su hija Sarah, su padre se enteró de la redada a través de rumores y había salido de su residencia muy temprano para advertir a los otros judíos del peligro, antes de regresar a casa, listo para sacrificarse por su familia. Fue arrestado a las cuatro de la tarde. Su familia, que nunca lo volvió a ver, recibió una postal, escrita por otra persona, del campamento de Drancy. Fue deportado a Auschwitz por el Convoy (Convoy) No 12 el 29 de julio de 1942. Después de la guerra, un certificado de defunción fue enviado desde Auschwitz. Según el testimonio de un sobreviviente de Auschwitz durante este tiempo, el rabino Kofman estuvo en el campo durante un año antes de ser asesinado por un Kapo en un Shabat porque se negó a trabajar. Fue golpeado con un pico y enterrado vivo. El autor del crimen, un carnicero judío, regresó de la deportación y reabrió su tienda, Rue des Rosiers, en el Pletzl.