En el camino hacia los Juegos Olímpicos de Sídney, Wouda participó en el
2000 Campeonato Europeo de Atletismo Acuático en Helsinki, Finlandia, donde ganó una medalla de bronce en los 4×200 m estilo libre junto con Martijn Zuijdweg, Mark van der Zijden y Pieter van den Hoogenband. Wouda ganó una medalla de bronce en el relevo de estilo libre de 4 × 200 m en los Juegos Olímpicos de verano de 2000 en Sídney, Australia, junto a Martijn Zuijdweg, Johan Kenkhuis y Pieter van den Hoogenband. Individualmente terminó quinto en los 200 m medley individual y 13o en los 100 m pecho. Con el equipo de 4×100 m medley terminó cuarto, perdiendo una medalla junto a Klaas-Erik Zwering, Joris Keizer y Pieter van den Hoogenband. Después de los Juegos Olímpicos de Sídney, Wouda renunció a la natación. Seis meses después, un periodista del diario holandés NRC Handelsblad, Mark Hoogstad, escribió un libro que describe la resurrección de la natación holandesa a través de la carrera de Wouda.