Promovido a oficial general, Habert fue enviado a España donde alcanzó la fama en la Guerra Peninsular. Después de luchar con fortunas variables en 1808 y 1809, el general y posterior mariscal Louis-Gabriel Suchet llegó para tomar el mando en Aragón. Siguió una serie de éxitos casi ininterrumpidos. Aunque sólo era un general de brigada, fue nombrado para dirigir la 3a División de Suchet en acciones en Lerida, Tortosa y Tarragona. Después de ser ascendido, dirigió su división en Saguntum, Valencia, Castalla y Ordal. Se hizo conocido como el Ajax del Ejército de Cataluña por su prolongada defensa de Barcelona en 1814. Comandó una división durante los Cien Días en Ligny y Wavre.
, aunque se perdió la Batalla de Waterloo. Habert es uno de los nombres inscritos bajo el Arco del Triunfo.