En medio de la fecha límite de cambio de 2002 fue cambiado a los Marlins de Florida. Sus estadísticas para la temporada mejoraron drásticamente después del cambio. La temporada siguiente, fue de nuevo una parte clave en ayudar a los inexpertos Marlins a ganar la Serie Mundial de 2003. En el Juego 6 de la NLCS, los Marlins estaban a cinco outs de ser eliminados cuando el fanático de los Cachorros, Steve Bartman
, impidió que una bola de falta fuera potencialmente atrapada extendiendo sus brazos sobre Moisés Alou mientras Alou intentaba lanzar el pop-up. El doble de tres carreras posterior de Mordecai abrió el juego, destacando el colapso histórico de los Cachorros en lo que a veces se conoce simplemente como "The Inning". Mordecai ganaría su segunda Serie Mundial, ya que los Marlins derrotaron fácilmente a los Yankees en la Serie Mundial.