Barry Zito pasó dos temporadas más con los Atléticos después de que cambiaron a Hudson y Mulder. En la temporada 2006, Zito terminó con un récord de 16-10, una efectividad de 3.83, y 151 ponches para ayudar a llevar a los Atléticos a un título de la Liga Oeste. Zito tuvo una fuerte salida para los A's en el Juego 1 de la ALDS, ya que solo cedió una carrera en ocho entradas para llevar a los A's a una victoria por 3-2 sobre los Mellizos de Minnesota en el Juego 1. Los Atléticos terminaron ganando los siguientes dos juegos para barrer a los Mellizos y avanzar a la ALCS 2006 por primera vez desde 1992
, también ganando su primera serie de postemporada desde 1990. Zito tomó el montículo para el Juego 1 de la ALCS contra los Tigres de Detroit, pero dio cinco carreras en 3.2 entradas cuando los A cayeron a los Tigres 5-1. Los A terminaron perdiendo los siguientes tres juegos y fueron barridos por los Tigres en la ALCS.