Escriba una continuación para este párrafo - Durante la guerra de 1654 <unk> 1667 con Rusia y durante la Gran Guerra del Norte (1700 <unk> 1721) Merkinė sufrió mucho de los ejércitos ruso y sueco y perdió su importancia estratégica y económica. Merkinė fue quemada de nuevo por el ejército ruso durante el Levantamiento de 1794
que trató de liberar a la Mancomunidad Polaco-Lituana de la influencia rusa. En 1794 se menciona el puerto fluvial del inventario de la ciudad por el río Nemunas, también los ríos Nemunas y Merkys fueron evaluados como adecuados para la navegación. En los documentos del siglo XIX, Merkinė se mencionaba como un centro de comercio fluvial en el que se construían barcos de comercio fluvial.