El santuario fue elevado en rango a Gran Santuario ("jingū") en 1944 (Shōwa 19) cuando Amaterasu fue consagrado, convirtiéndolo en el santuario de más alto rango en Taiwán. La ceremonia de inauguración del nuevo santuario estaba prevista para el 28 de octubre. Sin embargo, el 23 de octubre de 1944, un avión de carga perdió el control y se estrelló en la cima de la montaña donde se encontraba el Gran Santuario de Taiwán, dañando gravemente aproximadamente la mitad del santuario. El santuario nunca fue completamente reparado debido a la rendición de Japón después de la Segunda Guerra Mundial.
, y gran parte de los materiales del santuario fueron tomados para proyectos de construcción en otros lugares. En su lugar, el Grand Hotel fue construido en 1952, donde permanece como un hito prominente de la ciudad.