Después de la derrota en el referéndum del primer Tratado de Lisboa, Mullen fue nombrado miembro de una subcomisión de Asuntos Europeos encargada de investigar el estancamiento político. Mullen disintió del informe final del Subcomité, citando la falta de seriedad del Subcomité para tomar en serio los posibles choques entre el derecho de la UE y el derecho constitucional irlandés en cuestiones socioéticas como su razón para hacerlo. Mullen propuso que, para que el Tratado de Lisboa se aprobara por referéndum, se debían adjuntar garantías jurídicamente vinculantes al Tratado que reafirmaron la soberanía con respecto a la posición constitucional de Irlanda sobre el derecho a la vida de los niños no nacidos, la familia, la educación y la religión. También propuso que tanto la legislación europea como la Constitución de Irlanda incorporen tales límites para evitar "la fluctuación de competencias" en el futuro. La sugerencia relativa a las garantías jurídicamente vinculantes fue finalmente tomada por el Gobierno irlandés en sus negociaciones con la UE en preparación de un segundo intento de referéndum. En el momento del segundo referéndum de Lisboa
el Gobierno había obtenido las garantías, pero no se propuso ninguna otra enmienda constitucional como parte del plebiscito. El Tratado de Lisboa fue aprobado en el segundo turno de votaciones por 67,1% a favor y 32,9% en contra.