Escriba una continuación para este párrafo - Johnson comenzó bien la temporada 2016 con seis top-10 en sus primeros diez eventos. Después de dos finales fuera del top 10, estuvo cerca de ganar el Torneo Memorial, terminando un tiro detrás del eventual ganador William McGirt. Grabó otro top 10 en el FedEx St. Jude Classic una semana después. Johnson ganó el Abierto de Estados Unidos de 2016
para reclamar su primer título importante el 19 de junio de 2016 en su aparición mayor número 29. La victoria fue envuelta en controversia, sin embargo, ya que Johnson recibió una penalización de un disparo después de que terminara su ronda final debido a un incidente en el quinto green. Mientras se preparaba para dirigir la pelota para un par putt, su pelota se movió ligeramente. Johnson se alejó diciendo que no se había dirigido a la pelota. Después de que habló con un oficial de reglas en el lugar, se le dijo que continuara con su tiro, que puso con éxito. Terminó ganando por tres golpes por delante de Shane Lowry, Scott Piercy y Jim Furyk. El incidente de la pelota en movimiento provocó indignación entre muchos de los mejores golfistas del mundo, con jugadores como Jordan Spieth, Rory McIlroy, Rickie Fowler y Webb Simpson criticando a la USGA por su decisión en las redes sociales. Johnson subió tres posiciones en el OWGR al número tres después de esta victoria.