Después de la caída de las Filipinas, la división comenzó a entrenarse para el ataque contra el propio Japón, pero la rendición
vino primero. La división se trasladó a Japón, donde ocupó la isla de Honshū durante unos meses. La 41a División de Infantería fue inactivada en Kure-Hiro, Japón el 31 de diciembre de 1945.