En Sepang, el equipo introdujo un motor mejorado planeado para Alonso para tomar la penalización del motor que lo relegó al último lugar en la calificación, mientras que se esperaba que Button tomara el nuevo motor y la penalización en Austin
- ¿ Qué? Button llegó a la Q3, usando un motor de especificaciones más antiguo todo el fin de semana con el noveno. El coche fue lo suficientemente competitivo como para conseguir un doble punto por segunda vez con Alonso usando el viejo motor para volver a su séptimo puesto, mientras que Button se quedó en el noveno. Sin embargo, una semana después en Suzuka, la carrera local de Honda, el equipo experimentó su carrera más difícil de la temporada, ya que las características del circuito no eran adecuadas ni para el automóvil ni para el motor, a pesar de que ambos pilotos usaron el motor actualizado para la carrera, lo que resultó en que McLaren fue superado por Haas, Renault e incluso Sauber. Button no pudo ni siquiera llegar a la Q2, mientras que Alonso se clasificó solo como 15o, con Button eligiendo tomar el nuevo motor y la penalización destinada a Austin, por razones estratégicas debido a la falta de competitividad del automóvil para esa carrera, y comenzó último. Sin retiradas de la carrera por segundo año consecutivo, tanto Alonso como Button solo pudieron lograr el puesto 16 y 18, sus peores posiciones finales (excluyendo retiradas) de 2016 hasta el momento.