Después de su regreso a Flandes, Coxie se quedó en Mechelen y tomó dos alumnos en su taller. Sin embargo, Mechelen se había convertido en un páramo cultural, mientras que Amberes ofrecía oportunidades atractivas, ya que muchos de los retablos que se habían destruido necesitaban ser reemplazados y sus principales pintores de historia, Frans Floris y Willem Key, acaban de morir. Completó un retablo en Amberes en 1575 y fue registrado en el Gremio de San Lucas de Amberes en 1578. Permaneció en Amberes durante el período de 1580 a 1585 cuando la ciudad estaba gobernada por un gobierno calvinista. Como católico, incluso pudo obtener comisiones del gobierno local, que era tolerante con los católicos. En 1585 fue registrado como inquilino en la Kloosterstraat en Amberes, mientras que su casa en Mechelen fue alquilada. Después de la caída de Amberes
y el retorno del control católico español sobre la ciudad en 1585, Coxie inmediatamente obtuvo comisiones de los mecenas en Mechelen, incluido el gobierno de la ciudad. El continuo aprecio del rey español por el anciano artista se demostró cuando, en 1589, le concedió una anualidad. Coxie continuó pintando incluso cuando tenía más de 90 años. Su último trabajo, fechado en 1592, fue el, hoy en la Catedral de San Miguel y San Gudula en Bruselas. Este contiene en la parte posterior de uno de los paneles laterales el único retrato conocido de Felipe II pintado por el artista. Poco después, murió después de caer accidentalmente de un andamio mientras trabajaba en la restauración del "Juicio de Salomón" en el Ayuntamiento de Amberes que había hecho nueve años antes para el Ayuntamiento de Amberes.