Durante la invasión de Polonia con el rango de capitán participó en la
La batalla de Modlin. Organizó un capítulo de Służba Zwycięstwu Polski (más tarde transformado en Związek Walki Zbrojnej y luego en Armia Krajowa) en Pomorze. Fue instrumental en la coordinación de las actividades de varias organizaciones de resistencia polacas en la región de Pomorze, hasta que la mayoría de ellas se fusionaron en Armia Krajowa. Después de la muerte de Józef Ratajczak en mayo de 1940, fue el comandante no oficial de la resistencia polaca en Pomorze. Desde 1943 fue comandante del Estado Mayor de la Komenda Okręgu Armii Krajowej Pomorze bajo el mando del Komendant Okręgu Jan Pałubicki (nombre en clave "Janusz"). Durante ese tiempo, vivió principalmente en Toruń, aunque cada pocos meses viajaba a Varsovia para reuniones con los comandantes de AK (Stefan Rowecki y Tadeusz Komorowski).