Cuando la nave fue examinada el 5 de noviembre, su sistema de combustible de aviación tenía fugas y requería reparaciones. Cinco de sus aviones fueron transferidos a "Illustrious" para un ataque el 11 de noviembre en Taranto (Operación Juicio
), mientras que "Eagle" permaneció en Alejandría. Uno de los Swordfish de Eagle fue derribado por el intenso fuego antiaéreo italiano. El barco cubrió varios convoyes a Grecia y Malta durante el resto de noviembre. Seis de sus aviones bombardearon el puerto de Trípoli durante la noche del 24 al 25 de noviembre sin pérdidas. El "Águila" pasó la mayor parte de diciembre en Alejandría, pero sus aviones apoyaron la guerra en tierra, especialmente cuando avistaron a los acorazados y durante el bombardeo de Bardia el 2 de enero de 1941. A mediados de enero, el barco cubrió un convoy a Grecia, pero el mal tiempo frustró los planes de atacar las bases italianas en el camino. Después de su regreso, su complemento de aviones se reorganizó para incluir más cazas, ya que "Eagle" ahora tenía la responsabilidad exclusiva de la cobertura de cazas sobre la flota después de la paralización de "Illustrious" por los bombarderos de buceo alemanes el 11 de enero. Con el fin de hacer espacio para los cazas, uno de los escuadrones Swordfish fue desembarcado y utilizado para apoyar la guerra terrestre. Cuando el "Águila" cubría otro convoy a Malta a mediados de febrero, el barco llevaba nueve Fulmars Fairey del Escuadrón 805, cinco Gladiadores Marinos y seis Pez Espada.