Escriba una continuación para este párrafo - Los confederados conservaron gran parte de la estructura legal de los Habsburgo, lo que causó una serie de problemas. La nobleza local tenía el derecho de mantener la corte baja en solo una quinta parte del territorio. Había más de 30 nobles diferentes que tenían el derecho de celebrar tribunales dispersos por las tierras circundantes. Todas estas jurisdicciones superpuestas causaron numerosos conflictos, pero gradualmente la Confederación fue capaz de adquirir estos derechos en el Condado. Las ciudades de Baden, Bremgarten y Mellingen se convirtieron en los centros administrativos y albergaron los tribunales superiores. Junto con los tribunales, los tres centros administrativos tenían una considerable autonomía local, pero eran gobernados por un gobernador que era nombrado por la "Acht Orte" cada dos años. Después de la victoria protestante en la Segunda Batalla de Villmergen
, la administración del condado cambió ligeramente. En lugar de que la "Acht Orte" nombrara a un agente judicial juntos, Zurich y Berna nombraron al gobernador por 7 de los 16 años, mientras que Glarus lo nombró por los 2 años restantes.