Una vez que comenzó la Guerra Civil Americana en 1861, las fuerzas confederadas usaron la cúpula de la mansión Windsor como plataforma de observación y estación de señales. En la primavera de 1863, como parte de su campaña de Vicksburg, Ulysses S. Grant y 17.000 tropas de la Unión desembarcaron en el puerto de Bruinsburg y tomaron el control de la mansión de Windsor. Después de la Batalla de Puerto Gibson
, la mansión fue utilizada por las tropas de la Unión como hospital y como estación de observación. A la familia Daniell se le permitió vivir en el tercer piso de la mansión durante la ocupación de la Unión.