Escribe una continuación para este párrafo - Después de que McKinley fue asesinado
En septiembre de 1901, Long tuvo un cambio de opinión, y presentó su renuncia al presidente Roosevelt el 1 de mayo de 1902. Las razones exactas de esto no están claras, pero varios factores probablemente contribuyeron. En primer lugar, Roosevelt tenía una estrecha relación con el rival político de Long, Lodge, era conocido por estar en desacuerdo con Long en asuntos navales, y no estaba de acuerdo con su presencia en la Casa Blanca. En segundo lugar, una investigación sobre las acciones del almirante Winfield Scott Schley en torno a la Batalla de Santiago de Cuba de julio de 1898 había resultado en una cantidad significativa de críticas al papel de Long en la guerra. Tercero, una de sus hijas murió en octubre de 1901, menos de un mes después del asesinato de McKinley. Estos asuntos llevaron a Long a una depresión, y la situación se exacerbó aún más cuando Roosevelt se peleó con él sobre el comienzo de la guerra, y luego hizo noticiosas anulaciones de algunas de sus decisiones. El historiador Wendell Garrett señala que Roosevelt tuvo un gran interés personal en la Marina, y tuvo dificultades para trabajar con los subsecuentes secretarios.