Temiendo la amenaza del Imperio Japonés durante la Segunda Guerra Mundial, los Estados Unidos, entonces neutrales, comenzaron a fortificar Dutch Harbor en 1940, lo que resultó en la construcción de la Base de Operaciones Navales de Dutch Harbor y Fort Mears, que se terminó por completo en septiembre de 1941, tres meses antes del ataque sorpresa a Pearl Harbor que provocó la entrada de los Estados Unidos en la guerra. El 3 de junio de 1942, la ciudad fue atacada por las fuerzas aéreas japonesas en la Batalla de Dutch Harbor
, parte de la Campaña de las Islas Aleutianas. Después del ataque y la ocupación japonesa de Kiska y Attu, casi todos los residentes nativos de la isla Amaknak fueron evacuados. Muchos fueron retenidos, en malas condiciones, en campos en el sureste de Alaska durante la guerra; un número sustancial de los internados murió durante el encarcelamiento.