Aunque Naupactus debía su importancia histórica a su puerto en la entrada del golfo de Corinto, probablemente fue elegido originalmente como sitio para una ciudad debido a su fuerte colina, llanuras fértiles y abundante suministro de agua corriente. Después de las guerras greco-persas cayó en poder de los atenienses, que se establecieron allí los mesenios, que se habían visto obligados a abandonar su país al final de la Tercera Guerra Mesénica en 455 aC, y durante la Guerra del Peloponeso fue la sede de los atenienses en todas sus operaciones en Grecia occidental, y la escena de la Batalla de Naupactus en 429 aC. Después de la Batalla de Aegospotami
los Messenians fueron expulsados de Naupactus, y los Locrians recuperaron la posesión de la ciudad. Posteriormente pasó a manos de los aqueos, de quienes, sin embargo, fue arrebatado por Epaminondas. Felipe II de Macedonia la dio a los etolianos, y por lo tanto a menudo se la llama una ciudad de Aetolia. Los etolianos defendieron enérgicamente Naupactus contra los romanos durante dos meses en el año 191 aC. Ptolomeo lo llama una ciudad de los Locri Ozolae, a quienes, por lo tanto, deben haber sido asignados por los romanos después del tiempo de Plinio.