El 13 de julio de 2011, se anunció que Jonathan dejaría Santos para entrenar con el gigante de la Serie A Inter de Milán, a la espera de la finalización de la transferencia. Dos días después, el 15 de julio, se convirtió oficialmente en jugador del Inter, firmando un contrato de cuatro años. Jonathan hizo su debut en el Inter el 11 de septiembre de 2011 en la segunda semana de la Serie A 2011/12
, jugando los 90 minutos completos en una derrota de 4 a 3 fuera de casa ante el Palermo. Tres días después, Jonathan hizo su debut en la Liga de Campeones, jugando todo el partido en el primer día contra el equipo turco Trabzonspor en una derrota de 0-1 en el San Siro.