A pesar de ser lanzado varios días después de "Hiyō", "Jun'yō" fue el primero de los dos en ser encargado en mayo de 1942. Fue asignado a la Cuarta División de Portaaviones de la 1a Flota Aérea, junto con. El barco tenía la tarea de apoyar la invasión de las Islas Aleutianas, una operación diseñada para coincidir con el ataque a Midway. El Jun'yō llevaba 18 A6M2 Zeros y 18 D3As para esta operación. El barco lanzó su primer ataque aéreo al amanecer del 3 de junio contra Dutch Harbor.
en la isla Unalaska. Logró poco durante esta operación, perdiendo cinco aviones por todas las causas, y su propio avión solo derribó cinco aviones estadounidenses.