Escriba una continuación para este párrafo - En marzo de 1937 Schniewind fue removido de su puesto en la universidad y a principios de 1938 las autoridades iniciaron un caso de investigación criminal sobre su participación con la Iglesia Confesional. Se vio obligado a aceptar un recorte del 80% de su salario. Muchas fuentes suponen o implican que permaneció privado de su cátedra hasta que terminó la guerra.
En mayo de 1945, pero una investigación reciente de los registros de personal conservados en los archivos de la Universidad de Halle ha indicado que la cátedra de Schniewind fue restaurada discretamente en alguna forma más tarde en 1938. No se ha informado de que el caso penal haya llegado a la etapa de una acusación. Según una fuente, además de dar conferencias en nombre de la Iglesia Confesante, pudo seguir "instruyendo a sus estudiantes en privado". Después de 1939 combinó sus actividades en la universidad con el trabajo como capellán de un hospital militar.