En la era de las guerras de independencia hispanoamericanas, Huanta se mantuvo leal al monarca español Fernando VII y el virrey del Perú la designó como la "Villa Leal e Invencible" de Huanta, una fuente de orgullo para los residentes. Huanta y la provincia fue el sitio de una gran rebelión (1825-28) contra el recién formado estado peruano. La Rebelión Huanta, caracterizada como una rebelión monárquica, reunió a diferentes grupos étnicos y ocupacionales en interacciones complejas. Los campesinos de Huanta eran originalmente rebeldes monárquicos y se transformaron en guerrilleros liberales. Aunque los rebeldes eran en gran parte analfabetos y considerados pasivos y reaccionarios, investigaciones recientes sostienen que tenían una visión clara de la política nacional. La rebelión de Huanta fue derrotada militarmente, pero los líderes locales no sufrieron la severa represión que caracterizó a las rebeliones anteriores, especialmente la Rebelión de Túpac Amaru II.
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