En medio de los temores de un avance japonés hacia el continente australiano, la 2a Compañía Independiente fue enviada a Timor, como parte de la Fuerza Sparrow, junto con el &lt;a href="2/40th%20Battalion%20%28Australia%29"&gt;2/40 Battalion&lt;/a&gt; y una pequeña fuerza de artillería. Al llegar a Dili el 17 de diciembre de 1941, la mayor parte de la 2a Compañía Independiente se trasladó para proteger el aeródromo de Dili en Timor Oriental, mientras que otros elementos tomaron posiciones en las montañas cercanas. Los japoneses invadieron Timor
el 20 de febrero de 1942, atacando a Timor Oriental y Occidental al mismo tiempo, aplastando rápidamente a la pequeña fuerza de defensores australianos y holandeses. Desesperadamente superada en número, la 2a Compañía Independiente no pudo mantener el aeródromo y se vio obligada a retirarse a las montañas, desde donde librarían una campaña de guerrilla contra los japoneses durante más de un año.