Escriba una continuación para este párrafo - Pinturault no pudo comenzar la temporada en Sölden en octubre de 2012, ya que se lesionó el tobillo mientras jugaba al tenis y tuvo que hacer una pausa de tres meses. En diciembre, ganó su segunda carrera de la Copa del Mundo en un slalom en Val-d'Isère, donde emocionó a los aficionados locales con una brillante segunda carrera bajo los reflectores para subir del sexto lugar. Ganó de manera convincente al alemán Felix Neureuther por medio segundo y al futuro campeón de la Copa del Mundo Marcel Hirscher, quien lideraba por 0.57 segundos después de la primera carrera. La tercera victoria de Pinturault fue en la supercombina en Wengen, Suiza, donde sus habilidades superiores de slalom fueron clave. Después de colocarse en el puesto 22 en la parte de descenso, terminó 1.15 segundos por delante de Ivica Kostelić de Croacia. La carrera de entrenamiento para la parte de descenso fue su primera vez en esquís de descenso en meses, ya que se perdió el entrenamiento de velocidad de pretemporada después de la cirugía en su tobillo izquierdo en agosto para reparar los ligamentos dañados mientras jugaba al tenis. Pinturault no obtuvo una medalla en el campeonato mundial de 2013
, pero tuvo cuatro top-seis finales. Una semana más tarde, obtuvo su cuarta victoria en la Copa del Mundo, su primera en slalom gigante, en Garmisch, Alemania. Segundo después de la primera carrera, el tiempo total de Pinturault fue de 0.60 segundos por delante del subcampeón Hirscher. El 15 de marzo, fue honrado como el 2013 Longines Rising Star, como el mejor corredor joven (menores de 23 años) de la temporada.