En 1578, el capitán de mar inglés Francis Drake, considerado como un corsario por los portugueses, atacó el fuerte y causó graves daños, lo que llevó a un importante trabajo de reconstrucción bajo las instrucciones de Felipe III de Portugal, que no se completó hasta 1632. Esta sigue siendo la base de la estructura existente, a pesar de haber sido dañada significativamente por el terremoto de 1755.
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