La guerra naval también continuó, con el Reino Unido manteniendo un bloqueo de Francia por mar. Los no combatientes Rusia, Prusia, Dinamarca y Suecia se unieron para proteger la navegación neutral de los ataques británicos, pero no tuvieron éxito. El almirante británico Horatio Nelson atacó a la flota danesa en el puerto en la Batalla de Copenhague, destruyendo gran parte de la flota de uno de los aliados más constantes de Francia durante el período. Un armisticio le impidió continuar en el Mar Báltico para atacar a la flota rusa en Reval (Tallín). Mientras tanto, frente a Gibraltar, el escuadrón francés bajo Linois rechazó un primer ataque británico bajo Saumarez en la primera batalla de Algeciras.
, capturando una nave de línea de batalla. En la segunda batalla de Algeciras, cuatro días después, los británicos capturaron un barco francés y hundieron dos españoles, matando a unos 2000 marineros, en su mayoría españoles, por la pérdida de 12 británicos.