Tuvo que regresar a Norfolk, Virginia, para hacer reparaciones y todavía estaba allí cuando los aterrizajes anfibios en Veracruz
se ha producido. Su regreso a los Estados Unidos le dio a sus superiores la oportunidad de finalmente darle órdenes para suceder al Comodoro Conner en el mando del Escuadrón de Casa. Perry regresó a la flota, y su barco apoyó el asedio de Veracruz desde el mar. Después de la caída de Veracruz, Winfield Scott se trasladó hacia el interior, y Perry se trasladó contra las ciudades portuarias mexicanas restantes. Perry reunió la Flota Mosquito y capturó Tuxpan en abril de 1847. En julio de 1847 atacó personalmente a Tabasco, liderando una fuerza de desembarco de 1.173 hombres y atacando la ciudad de San Juan Bautista desde tierra, derrotando a las fuerzas mexicanas y tomando la ciudad.