Las fuerzas aliadas no intentaron recuperar las islas de Java, Sumatra, Timor o Bali durante la guerra. Las fuerzas japonesas en esas islas se rindieron.
en la conclusión de la Segunda Guerra Mundial. La mayoría del personal militar japonés y los administradores coloniales civiles fueron repatriados a Japón después de la guerra, a excepción de varios cientos que fueron detenidos para investigaciones de crímenes de guerra, por los cuales algunos fueron juzgados más tarde. Alrededor de 1.000 soldados japoneses desertaron de sus unidades y se asimilaron a las comunidades locales. Muchos de estos soldados prestaron asistencia a las fuerzas republicanas indonesias durante la Revolución Nacional de Indonesia.