En junio de 1999, cuando Ando tenía 16 años, fue seleccionada para el equipo nacional de Japón para la Copa Mundial Femenina de la FIFA 1999. En esta competición, el 26 de junio, debutó contra Noruega. Jugó en la Copa del Mundo cuatro veces y en los Juegos Olímpicos de Verano tres veces. Fue miembro del equipo que derrotó a los Estados Unidos en una tanda de penaltis en la final.
para ganar la Copa del Mundo de 2011; Ando comenzó la final. También formó parte del equipo japonés que ganó la medalla de plata en los Juegos Olímpicos de Verano de 2012 y el segundo lugar en la Copa Mundial de 2015. En el Mundial de 2015, en el primer partido contra Suiza, recibió un penalti, pero se fracturó el tobillo izquierdo en ese momento. Este partido fue su último como parte del equipo nacional de Japón. Jugó 126 partidos y marcó 19 goles para Japón en 2015.