Después de que Okinawa fue asegurada, la Tercera Flota se concentró en las operaciones contra el propio Japón. Del 10 al 29 de julio de 1945, el "Merrimack" apoyó incursiones de fuerza abrumadora en objetivos japoneses que aceleraron el final de la guerra. Después de la capitulación de Japón
el 15 de agosto de 1945, el "Merrimack" realizó varios cruceros entre la costa oeste de los Estados Unidos y el este de Asia llevando petróleo para los barcos que apoyaban la ocupación de Japón y operaban a lo largo de las costas de China y Corea. Fue asignado al Servicio Militar de Transporte Marítimo (MSTS) en octubre de 1949, poco antes de comenzar la revisión previa a la inactivación. El "Merrimack" fue retirado del servicio el 8 de febrero de 1950 y entró en la Flota de Reserva del Atlántico en Orange, Texas.