El 26 de febrero de 1939, después de la caída de Cataluña, la CNT, la FAI y la FIJL establecieron el Movimiento Libertario Español en Francia, por lo que desde entonces las tres organizaciones anarquistas actuaron conjuntamente, especialmente con respecto a la asistencia a los miles de refugiados anarcosindicalistas que estaban en Francia. La iniciativa había surgido de una sesión plenaria de los comités regionales de los tres componentes. Sin embargo, los anarquistas que continuaron luchando en el Centro
El área de Levante denunció el consejo nacional del ML, alegando que solo representaba a los anarquistas catalanes y aragoneses y, sobre todo, que estaba dominado por aquellos que se oponían a los "colaboracionistas" - aquellos a favor de continuar participando en las instituciones republicanas, liderados por anarquistas que hasta entonces habían ocupado cargos en el Estado, como Federica Montseny - Ministra de Salud en el gobierno de Largo Caballero, Francesc Isgleas i Piarnau - ex Ministro de Defensa del gobierno catalán, y Valeri i Mas Casas - Ministro de Economía de Cataluña. El dominio del consejo nacional del MLE se vio reforzado con la renuncia de Horacio Martínez Prieto, defensor del "colaboracionismo" o "reformismo", y la muerte de Mariano Rodríguez Vázquez, cuyo puesto de secretario general fue ocupado por Germinal Esgleas. El resto de los miembros del consejo nacional fueron Germinal de Souza, Pedro Herrera Camarero, Roberto Alfonso, Juan Gallego Crespo, Rafael Iñigo, Serafín Alaga, José Xena, Juan Rueda Ortiz y Juan García Oliver. Algunos de ellos emigraron a las Américas y otros permanecieron encerrados en campos de concentración franceses o se alistaron en unidades auxiliares de la Resistencia francesa.