En diciembre de 1944, mientras las fuerzas combinadas filipinas y estadounidenses continuaban su avance para liberar a Filipinas de las fuerzas japonesas, el gobierno de la Segunda República Filipina, que incluía a Aquino, fue trasladado a Baguio. Posteriormente, fue trasladado a Japón, donde, junto con otros funcionarios, sus miembros fueron arrestados y encarcelados en la prisión de Sugamo cuando los japoneses se rindieron.
- ¿ Qué? El 25 de agosto de 1946, Aquino fue devuelto a Filipinas para su juicio por cargos de traición por el Tribunal Popular; unas semanas más tarde fue liberado bajo fianza.