Escriba una continuación para este párrafo - La facultad se dividió en partes checas y alemanas en 1882, y la Facultad de Ciencias Naturales se convirtió en una institución separada entre 1920-1939. En 1939, la escuela fue cerrada por las fuerzas de ocupación de la Alemania nazi, y siguió una brutal persecución de maestros y estudiantes. Tras el final de la ocupación en 1945, la Facultad de Artes floreció nuevamente durante unos años; esto fue terminado por la fuerza en 1948 por el golpe comunista en 1948. El prestigio de la facultad disminuyó rápidamente como resultado de la salida forzada de numerosos profesores respetados y la introducción de estudios marxistas-leninistas. En la década de 1960, la facultad comenzó lentamente a abrirse a pensadores prominentes de la época, pero esta tendencia se invirtió con la ocupación soviética en 1968.
, contra el cual Jan Palach, un estudiante de la facultad, protestó prendiéndose fuego. Después del fin del régimen comunista en Checoslovaquia en 1989, y la salida de sus representantes en la facultad, se restableció como una de las instituciones universitarias más respetadas del país.