Linscott fue nombrado oficial de operaciones y entrenamiento en el personal de la Fuerza Anfibia, Flota Atlántica bajo el mando del mayor general Holland Smith y ascendido al rango de coronel en octubre de 1941. Tras la entrada de los Estados Unidos en la Segunda Guerra Mundial, Linscott fue enviado al Pacífico Sur en junio de 1942 y agregado al personal del comandante, Fuerza Anfibia Pacífico Sur bajo el vicealmirante Richmond K. Turner. Linscott fue nombrado asistente del jefe de personal y participó en varias campañas importantes en las Islas Salomón.
, Nueva Georgia, Bougainville y las Islas Gilbert y Marshall. Permaneció en el personal de Turner después de la redesignación de la Fuerza Anfibia del Pacífico Sur a la Tercera Fuerza Anfibia y se distinguió en esa capacidad. Más tarde recibió dos premios de la Legión de Mérito por su servicio.