Farenholt entró en la Armada como marinero el 24 de abril de 1861, después de 3 años en el servicio mercante. Participó en enfrentamientos y batallas en la Batalla de Hatteras Inlet Batteries
, Batalla de Port Royal, Batalla de Fort Pulaski, y muchos otros. El 22 de octubre de 1862, mientras servía como miembro de la tripulación del cañón de obuses a bordo del USS Franklin, el marinero ordinario Farenholt fue gravemente herido en la Batalla de Pocotaligo, Carolina del Sur y fue dado de baja de la Marina. Se reincorporó a la Armada de los Estados Unidos en febrero de 1863 después de recuperarse y fue asignado al monitor participando en enfrentamientos casi diarios con las defensas de Charleston, Carolina del Sur desde abril de 1863 hasta abril de 1864. Participó en el infructuoso asalto a Fort Sumter en septiembre de 1863. El distinguido servicio lo llevó a ser nombrado como teniente interino el 19 de agosto de 1864, y fue el comandante de la goleta de mortero adscrita a la escuadra en los Sonidos de Carolina del Norte más tarde ese año. También participó en la recaptura de Plymouth, Carolina del Norte, y varios enfrentamientos en los ríos Roanoke, Chowan y Blackwater, así como en la captura de Fort Fisher, Carolina del Norte.