La guerra estalló en septiembre de 1939 y Möller se unió al ejército. Reanudó sus responsabilidades en la, aunque la asociación parece haber estado bastante inactiva hasta 1945
- ¿ Qué? Ese año, Nirrnheim murió un par de días después de su ochenta cumpleaños, y Möller regresó de la guerra a Hamburgo, retomando sus funciones tanto en la Asociación de Historia de Hamburgo como en el equipo directivo de los archivos de la ciudad. En 1948 fue nombrado director (director) de la sucesión a. Asumió el cargo el 1 de enero de 1948, pero luego fue enviado de licencia a principios de febrero de 1948, enfrentando la perspectiva de despido.