Sin embargo, cuando los griegos se vieron envueltos en guerras civiles, el sultán llamó a su súbdito más fuerte, Muhammad Ali de Egipto, en busca de ayuda. Atormentados por conflictos internos y dificultades financieras para mantener la flota en constante disposición, los griegos no pudieron evitar la captura y destrucción de Kasos y Psara en 1824, o el desembarco del ejército egipcio en Modón. A pesar de las victorias en Samos y Gerontas, la Revolución estuvo amenazada de colapso hasta la intervención de las Grandes Potencias en la Batalla de Navarino
en el año 1827. Allí, la flota egipcio-otomana fue derrotada decisivamente por las flotas combinadas de Gran Bretaña, Francia y el Imperio ruso, asegurando efectivamente la independencia de Grecia.