Qeybtaan sii wad - Sanadkii 1341 Boqor John ee Bohemia wuxuu u oggolaaday qoysaska Yuhuudda inay ku noolaadaan gudaha derbiyada magaalada, sunagoggii ugu horreeyay waxaa la dhisay 1380; si kastaba ha noqotee dhowr dil ayaa dhacay qarnigii 15aad iyo horraantii qarnigii 16aad. Tan iyo Dagaalkii Hussite
, magaaladu waxay dhaqan ahaan ahayd qalcaddii Kaniisadda Katooliga intii lagu jiray khilaafaadka diimeed ee muddada dheer socday ee Boqortooyada Bohemia. Qayb ka mid ah Boqortooyada Habsburg laga soo bilaabo 1526, Budejovice wuxuu ahaa taageere daacad u ah Emperor Ferdinand II ee Dagaalkii Soddonka Sano. Budějovice waxaa qabsaday muddo gaaban Prussia intii lagu jiray Dagaalkii Silesian, iyo dagaalka u dhexeeya Habsburgs iyo ciidanka Faransiiska 1742.