Qoraalka faahfaahsan ee faqradan - 13 Luulyo 2011, waxaa lagu dhawaaqay in Jonathan uu ka tagi doono Santos si uu ula tababarto kooxda weyn ee Serie A ee Inter Milan, iyadoo la sugayo dhammaystirka wareejinta. Laba maalmood ka dib, 15kii Luulyo, wuxuu si rasmi ah u noqday ciyaaryahanka Inter, isagoo saxiixay qandaraas afar sano ah. Jonathan wuxuu ku soo biiray Inter 11kii Sebtember 2011kii toddobaadkii labaad ee 2011-12 Serie A
, wuxuu ciyaaray 90-kii daqiiqo ee ugu dambeeyay kulankii ay 4-3 kaga badiyeen Palermo. Saddex maalmood ka dib Jonathan wuxuu sameeyay kulankiisii ugu horreeyay ee Champions League, isagoo ciyaaray kulankii oo dhan maalintii 1-aad ee uu la ciyaaray kooxda Turkiga ee Trabzonspor oo 0-1 ku lumisay San Siro.