Buuxi weedha soo socota: 13-kii Luulyo 2011, waxaa lagu dhawaaqay in Jonathan uu ka tagi doono Santos si uu ula tababarto kooxda Serie A ee Inter Milan, inta lagu gudajiro dhammaystirka wareejinta. Laba maalmood ka dib, 15kii Luulyo, wuxuu si rasmi ah u noqday ciyaaryahanka Inter, isagoo saxiixay qandaraas afar sano ah. Jonathan wuxuu kulankiisii ugu horeeyay ee Inter ka ciyaaray 11kii Sebtember 2011kii.
2011<unk>12 Serie A, wuxuu ciyaaray 90 daqiiqo oo buuxa guuldaradii 4<unk>3 ee uu ka soo gaaray Palermo. Saddex maalmood ka dib Jonathan wuxuu sameeyay kulankiisii ugu horreeyay ee Champions League, isagoo ciyaaray kulankii oo dhan maalintii 1-aad ee uu la ciyaaray kooxda Turkiga ee Trabzonspor oo 0-1 ku lumisay San Siro.