Allen wuxuu ku dhashay 21 Janaayo 1953, Seattle, Washington, oo ah Kenneth Sam Allen iyo Edna Faye (née Gardner) Allen. Allen wuxuu dhigtay Lakeside School, oo ah iskuul gaar ah oo ku yaal Seattle, halkaas oo uu ku saaxiibo Bill Gates oo laba sano ka yar, oo uu la wadaagay xamaasad uu u qabo kombiyuutarada. Waxay u adeegsadeen terminaalka Teletype ee Lakeside si ay u horumariyaan xirfadahooda barnaamijyada ee dhowr nidaam oo kombiyuutarro waqti wadaag ah. Waxay sidoo kale u adeegsadeen shaybaarka Waaxda Sayniska Kombiyuutarka ee Jaamacadda Washington, iyagoo sameynaya cilmi-baaris shaqsiyeed iyo barnaamij kombuyuutar; ugu yaraan hal munaasabad sanadkii 1971 ayaa laga mamnuucay shaybaarka si ay uga faa'iideystaan mudnaantooda halkaas. Sida laga soo xigtay Allen, sannadihii da 'yarnimadooda, isaga iyo Bill Gates waxay u aadi lahaayeen qashin-qashin si ay u tuuraan koodhka kombiyuutarada.
Jaamacadda Harvard