Air 1 Dàmhair 2003, chaidh trì buidhnean a chur còmhla gus an JAXA ùr a chruthachadh: Institiùd Saidheans Spàsail is Astronautical Iapan (ISAS), Làbarachd Nàiseanta Aerospace Iapan (NAL), agus Buidheann Leasachaidh Spàsail Nàiseanta Iapan (NASDA). Chaidh JAXA a stèidheachadh mar Institiùd Rianachd Neo-eisimeileach air a rianachd le Ministrealachd an Fhoghlaim, Cultar, Spòrs, Saidheans is Teicneòlas (MEXT) agus Ministrealachd Cùisean a-staigh agus Conaltraidhean (MIC). Roimhe an aonachadh, bha ISAS an urra ri rannsachadh spàsail is planaidean, fhad's a bha NAL ag amas air rannsachadh itealain.
1 Dàmhair 2003