Cuir crìoch air an abairt a leanas: A 'dèanamh co-bhanntachd poilitigeach leis an Ìmpireas Dowager, agus a' fàs na nàmhaid maireannach den Ìmpire Guangxu, dh 'fhàg Yuan a 'phrìomh-bhaile ann an 1899 airson a cho-dhùnadh ùr mar Riaghladair Shandong. Rè a thrèig bliadhna de dhreuchd bhris an Rebellion Boxer (1899<unk>1901); chuir Yuan a-mach gun deach na Boxer a chur às a' choimhearsnachd, ged nach do ghabh a chuid tropaidhean pàirt gnìomhach taobh a-muigh Shandong fhèin. Ghabh Yuan an taobh a 'phàirt pro-coigreach ann an Cùirt an Ìmpireachd, còmhla ri Prionnsa Qing, Li Hongzhang, agus Ronglu. Dhiùlt e taobh a ghabhail leis na Boxer agus ionnsaigh a thoirt air feachdan Eight-Nation Alliance, a 'tighinn còmhla ri riaghladairean Sìneach eile a bha a' stiùireadh armachd ùraichte mòr mar Zhang Zhidong nach robh a 'gabhail pàirt ann an Rebellion Boxer. Cha do rinn e fhèin agus Zhang aire do dh'fhoillseachadh cogaidh a' Mhàiri-ghnàth Cixi an aghaidh nan cumhachdan cèin agus lean iad air a bhith a' cur bacadh air na Boxers. Bha am clique seo ainmeil mar The Mutual Protection of Southeast China. A bharrachd air gun a bhith a'sabaid an t-Alliance Eight-Nation agus a' cur às do na Boxers ann an Shandong, chuidich Yuan agus an arm aige (an Roinn Ceart) cuideachd an Alliance Eight-Nation a 'cur às do na Boxers às deidh
Ghabh an Comann Beijing san Lùnastal 1900. Chuir feachdan Yuan Shikai mìltean de dhaoine gu bàs ann an iomairt an aghaidh nam Bocsairean ann an Zhili. Bha Yuan ag obair a-mach à Baoding rè an iomairt, a chrìochnaich ann an 1902.