Tha naoi ecoregions coille ann an Iapan a tha a' nochdadh gnàth-shìde agus cruinn-eòlas nan eilean. Tha iad a' dol bho choillean leathan-dhuilleag taise fo-thròpaigeach anns na h-Eileanan Ryūkyū agus Bonin, gu coillean leathan-dhuilleag agus measgaichte ann an roinnean gnàth-shìde bog de na prìomh eileanan, gu coillean conifarach ann an cuibhreannan fuar, geamhraidh nan eilean a tuath. Tha còrr air 90,000 seòrsa fiadh-bheatha ann an Iapan, nam measg am bruin-bhàir, an macaque Iapanach, an cù raccoon Iapanach, an t-sliabh mòr Iapanach, agus an salamander mòr Iapanach. Chaidh lìonra mòr de phàircean nàiseanta a stèidheachadh gus raointean cudromach de fhlùra agus fiadh-bheatha a dhìon a bharrachd air trì fichead seachd làraich Ramsar. Chaidh ceithir làraichean a chlàradh air Liosta Dualchas na Cruinne UNESCO airson
na h-Eileanan Ryūkyū agus Bonin