Chaidh Obote a chur an grèim, agus dh'aontaich e ri mòran iarrtasan, a' gabhail a-steach àrdachadh cosnaidh mòr airson an armachd, agus àrdachadh luath air mòran oifigearan, a' gabhail a-steach an ceann-suidhe san àm ri teachd. Ann an 1965, chaidh luchd-riaghlaidh Kenya a chur às bho dhreuchdan ceannas taobh a-staigh an riaghaltais, agus chaidh seo a leantainn le bhith a' toirt air falbh luchd-riaghlaidh Uganda gu mòr ann an 1969, fo stiùireadh Obote. Chaidh Prìomh mhinistear Obote a chur an sàs ann an còmplann smàlaidh feadarail, le Idi Amin, neach-dìolaidh na h-Alba, air a bhith a' toirt taic dha feachdan bho armachd Bhreatainn Bhreatainn na Breataine.
chuir e stad air a' bhun-reachd agus dh'ainmich e e fhèin na Cheann-suidhe sa Mhàrt 1966,