Sgrìobh leantainn airson a 'phàirt seo - Ann an 2016, thòisich Bagnaia air an t-seusan le crìochnachadh podam aig Losail agus crìochnachadh podam eile aig Jerez, a' crìochnachadh 3mh aig an dà uair. Aig an rèis dhachaigh aige san Eadailt, fhuair Bagnaia an treas àite eile a' bualadh Niccolò Antonelli le 0.006 diogan. Air a leantainn le tubaist ann am Barcelona, fhuair Bagnaia a' chiad bhuannachadh Grand Prix aige aig an Assen eachdraidheil
an 59mh rèis Moto3 aige agus b' e a' chiad bhuannachadh do Mahindra cuideachd. Bha 4 podiums aige a-nis anns a 'chiad 8 rèisean den t-seusan agus lorg e e fhèin a' sabaid airson an tiotal. An dèidh dà rèis meadhanach agus tubaist ann am Brno, fhuair Bagnaia a' chiad àite aige ann an Silverstone a bha fo bhuaidh na h-uisge agus chrìochnaich e san dàrna àite air cùl Brad Binder ann an rèis inntinneach. Bhuannaich Bagnaia an dàrna rèis aige den t-seusan ann an Sepang, a 'buannachadh an rèis gu comhfhurtail le beàrn mòr às deidh do Brad Binder, Joan Mir agus Lorenzo Dalla Porta a h-uile duine a bhith a' tuiteam a-mach san aon choirner aig toiseach a 'chrèis, a bha làn de thuiteaman iomadach. Chrìochnaich e an t-seusan le 145 puingean gus an ceathramh àite a ghabhail ann am Farpais Moto3 le 2 bhuannachadh gu h-iomlan agus 6 podiums. Bha cothrom aig Bagnaia an dàrna àite a chrìochnachadh anns a 'Chuairt Cruinne air cùl Brad Binder ach gu mì-fhortanach chaidh a thoirt a-mach ann an dà chuid Phillip Island agus Valencia le Gabriel Rodrigo. Chuir Rodrigo a-mach Fabio Di Giannantonio ann an Astràilia a chaidh sìos agus a chruinnich Bagnaia còmhla ris. Ann an Valencia rinn Rodrigo tubaist àrd air a 'chiad chuairt a' tighinn faisg air a 'bhonn mu dheireadh, a-rithist chaidh Bagnaia sìos gu neo-sheachanta.