Pe a faaauau lenei palakalafa - Ina ua amata le Taua i le Va o Tagata i le 1861, na tuua ai e Magruder le vaegaʻau a le Iuni ina ia talia se tofiga i le Confederacy. I le avea ai o ia ma taʻitaʻiʻau o le Army of the Peninsula, na ia faamalosia ai le Penisula o Virginia ma manumalo ai i le Taua o Big Bethel. I le Peninsula Campaign, na ia taofia ai le vaegaʻau a McClellan o le Potomac i fafo atu o Yorktown, ma faʻatagaina ai le Major General Joseph E. Johnston e taunuʻu mai ma faʻamalosia, faʻatulaga se toe solomuli, ma puipuia le laumua o le Confederate, Richmond. Na faitioina Magruder ona o lana taʻitaʻiga i taua i le Savage's Station
ma Malvern Hill i le taimi o Taua o Aso e Fitu. Na ia faaaluina le vaega o totoe o le taua i le puleaina o le Itumalo o Texas, New Mexico, ma Arizona ma le Matagaluega o Arkansas; i lona nofoaiga, na siitia ai e Magruder le osofaʻiga a le sami i luga o Galveston ma toe maua ai le aai i le 1863.