I le 2004 Summer Olympics i Atenai, na faalautele ai e Stojanovska lana polokalame, ma aau ai i ni taaloga se tolu. Na ia faamauina se FINA A-tulaga o le 2:13.01 (200 m butterfly) mai le European Championships
i Madrid, Sepania, lea ua mafai ai ona ia aofia ai le 200 ma le 400 mita saʻoloto i lana faasologa o taaloga. I le aso lona lua o Taaloga, na tulaga ai Stojanovska i le tulaga luasefulu-fitu i le 400 m freestyle. I le aau i le vevela lona lua, na ia faamamaina ai se 4:20 papupuni e ala i le faamauina o se taimi o le 4:19.39 e ave ai se fatu lona fa i luga o Jamaica Janelle Atkinson. I le aso na sosoo ai, na ia faʻamaeʻaina lona tolu sefulu ma le fa i tua atu o le Czech Republic o Jana Myšková e 0.02 o le sekone i le taeao o le vevela o le 200 m freestyle ma le taimi o le 2:04.64. I lana tauvaga mulimuli, 200 m butterfly, na faaiu ai e Stojanovska lana taamilosaga o le Olimipeka i le tulaga luasefulu-ono, ma le mafai ai ona ausia le semifinal mo le taimi lona lima i le faasologa talu mai le 2000. I le taʻaloga lona tolu, na ia faʻamaeʻaina ai le toʻavalu tagata aau i le tulaga mulimuli ma le taimi o le 2:16.51, toeititi fa sekone mai le faʻamaumauga a le atunuʻu na umia e Mirjana Boševska.