Na faamavae Hardee mai lana tofiga i le vaegaʻau a le Iunaite Setete iā Ianuari 31, 1861, ina ua vavae ese lona setete o Georgia mai le Iuni. Na auai o ia i le Confederate States Army o se kolone i le aso 7 o Mati ma na tuuina atu ia te ia le pule o Fort Morgan ma Gaines i Alabama. Mulimuli ane na siitia o ia i le tulaga o le brigadier general (Iuni 17) ma le major general (Oketopa 7). I le aso 10 o Oketopa 1862, na avea ai o ia ma se tasi o sui sinia muamua o le Confederate. O lana uluaʻi tofiga o se taʻitaʻiʻau, o le faatulaga lea o se vaega o le vaega a Arkansas, ma na ia faagaeetia ai ona tagata ma isi taʻitaʻiʻau i le foʻia o faafitauli faigatā o le tuuina atu o meaʻai, ma le toleniga maeʻaeʻa na ia faia i lana vaega. Na faaigoa o ia i le igoa "Old Reliable", a o iai i lenei tofiga. Na galue Hardee i Arkansas seʻia oo ina valaauina o ia e auai i le Army of Central Kentucky a le General Albert Sidney Johnston o se taʻitaʻi o le vaega. O le a alu ese Johnston mai i Kentucky ma Tennessee, ma agaʻi atu i Misisipi, a o leʻi faia se osofaʻiga faafuaseʻi i le Taua i Sailo
i le tautotogo o le 1862. Na manuʻa le lima o Hardee iā Aperila 6, 1862, i le aso muamua o le taua. Na fasiotia Johnston i Shiloh ma na auai le vaega a Hardee i le General Braxton Bragg's Army o Tennessee a o leʻi faia le Siege of Corinth, Misisipi, seʻia oʻo i le taimi na aveʻesea ai e le Komesina o le Matagaluega P.G.T. Beauregard le taulaga ma toe foʻi atu i Tupelo. Na suia Beauregard e Bragg, o lē na mulimuli ane siitia lana ʻautau i Chattanooga a o leʻi amataina lana osofaʻiga a le Confederate Heartland i Kentucky. Na faaiʻu lenā tauiviga i le Taua i Perryville iā Oketopa 1862, lea na taʻitaʻia ai e Hardee le itu tauagavale o le ʻautau a Bragg.