I le 16 Ianuari 2013, na faasilasila ai o Guardiola o le a avea ma pule o le Bundesliga kalapu Bayern Munich ina ua maeʻa le 2012-13 vaitau, suia Jupp Heynckes mo le isi vaitau. Na ia saunoa i lana uluaʻi fonotaga ma tusitala i le avea ai ma pule o Bayern, i le aso 24 o Iuni 2013, i le gagana Siamani, ma sa i ai lana uluai toleniga i le lua aso mulimuli ane ai. O lana taʻaloga aloaʻia muamua o le Siamani Super Cup faasaga ia Borussia Dortmund, ma Bayern na leiloa 4-2. O lana manumalo muamua ma Bayern o le 2013 UEFA Super Cup
, na ia faatoʻilaloina ai le fili ua leva o José Mourinho, lea na toe foʻi mai e faiaoga i Chelsea. Na faatoilaloina e Bayern le toʻasefulu o tagata o Chelsea i se fusuaga ina ua faasaoina e Manuel Neuer le sikoa a Romelu Lukaku.