أكمل الجملة التالية: في أواخر سبتمبر بدأت قتال شديد للسيطرة على المرتفعات التي تطل على الميناء. تبادلت بطاريات الشاطئ الجمهورية النيران مع سفن البحرية الملكية خلالها تعرضت السفينة الأميرة الملكية لخسائر فادحة في انفجار الذخيرة، وفي 30 سبتمبر استولت القوات الجمهورية تحت قيادة النقيب نابليون بونابرت على تلة فارون، ولكن تم طردها في اليوم التالي من قبل قوة مشتركة من الجنود البريطانيين والإسبان والنابوليين والسردينيين تحت قيادة اللورد مولغريف. في أوائل أكتوبر، شجعت التعزيزات النيابولية سلسلة من الهجمات الناجحة على المرتفعات التي عقدتها الجمهوريون، ولكن في وقت لاحق من الشهر، واجه هود ولانغارا خلافًا خطيرًا حول قيادة الحصار، حيث ذهب لانغارا لحد تهديد سفينة هود الرائدة "النصر" قبل أن يتراجع في النهاية. في نهاية الشهر جمع الحلفاء أكثر من 16000 رجل، بما فيهم 6000 من القوات الإسبانية. كانت المساهمة البريطانية أكثر من 2000 رجل، تقلصت بسبب التزامات البحرية الملكية في أماكن أخرى في البحر المتوسط. كان من المتوقع وصول عدد كبير من التعزيزات النمساوية من جنوة، لكن تم منعهم من الشروع بسبب مزيج من العناد النمساوي والغضب الجينوي بسبب انتهاك البريطانيين لحيادهم خلال عمل 5 أكتوبر 1793. كان الحلفاء قليلين جداً من القوات لدرجة أن هود استأجر 1500 مرتزقة من فرسان مالطا، على الرغم من أنهم لم يصلوا قبل انتهاء الحصار. القوات الجمهورية كانت تنمو بسرعة خلال هذه الفترة مع تعزيزات تم إطلاقها بعد انتهاء الحرب.
حصار ليون وصل إلى الحاصرين في تولون، الجيش الجمهوري جمع حوالي 33000 جندي تحت قيادة الجنرال جاك فرانسوا دوغومير.