في أثينا، الحكومة الأوليغارشية التي حكمت منذ 411 تخلت عن طريق الديمقراطية المستعادة خلال بضعة أشهر من المعركة. قوة حملة تحت قيادة تراسيليس كانت مستعدة للانضمام إلى القوات في هيلسبونت. ومع ذلك، لم تغادر هذه القوة إلا بعد أكثر من عام من المعركة، وعلى الرغم من أن الأثينيين استعادوا في النهاية بيزنطة واستأنفوا جمع الضرائب من كلسيدون، إلا أنهم لم يستخدموا أبدًا الميزة التي منحهم إياها كيزيكوس. إلى حد كبير، كان هذا نتيجة عدم القدرة المالية؛ حتى بعد النصر، كان الخزانة الأثينية تحت ضغط شديد لدعم العمليات الهجومية واسعة النطاق. في هذه الأثناء، الإسبرطيون، بتمويل فارسي، سرعان ما أعادوا بناء أسطولهم، وواصلوا تقويض الميزة الأثينية. ستفوز أثينا بمعركة بحرية واحدة فقط في الحرب، في أرغينوساي، وهزيمتهم في إيغوسبوتامي
في عام 405 قبل الميلاد سيجلب الحرب الى نهايتها. على الرغم من أن كيزيكوس كان انتصاراً مثيراً للأثينيين، إلا أن الأسبرطيين تمكنوا في النهاية من استعادة قوتهم وإنهاء الحرب لصالحهم، مع استسلام أثينا وحلفائها بعد 6 سنوات.