اكتب استمرار لهذه الفقرة - في 17 سبتمبر 2006، تم إطلاق النار على سغورباتي خارج مستشفى أطفالها بعد الساعة 12:30 مساءً عندما انتهت من التدريس وكانت تعبر الطريق لتذهب إلى سكن الأخوات، حيث كانت ثلاث راهبات أخرى تنتظر لتناول الغداء معها. حارسها وسائقها محمد عثمان محمود (والد اربعة اطفال) قتل ايضا. يعتقد ان الهجوم كان ردا على التعليقات المثيرة للجدل التي قالها البابا بنديكت السادس عشر في محاضرته في ريجينسبورغ
على الرغم من ان هذا لم يتم تأكيده او تبرهنه. وفاتها جاءت بعد تصريحات 15 سبتمبر حيث قال رجل الدين المتشدد الشيخ أبو بكر حسن مالين للمصلين في مسجده أن يطاردوا ويقتلوا كل من أساء إلى النبي محمد. العديد من العمال الإنسانيين والمتطوعين المسيحيين قتلوا في هذا الوقت. اثنين من المسلحين خرجوا من سيارات الأجرة والكشاك و اطلقوا عليها في الظهر ثلاث او اربع مرات بعد ان اصابت الرصاصة الاولى فخدها. حارستها حمايتها وقعت بعد ان فتحت النار مع المهاجمين. رصاصة واحدة دخلت ظهرها وقطعت شريان تسبب في نزيف حاد و فوري. تم نقل سغورباتي بسرعة إلى مستشفى إس أو إس، لكنه مات في وقت لاحق على طاولة العمليات. كلمتها الاخيرة كانت "انا اغفر، انا اغفر، انا اغفر" وهي همست لراهبة مارزيا فيورا. في الساعة 3 بعد الظهر جاءت طائرة لتأخذ رفاتها إلى نيروبي حيث وصلت في الساعة 9 مساءً. تم نقل رفاتها إلى دار جنازة لي.