كجزء من إعادة تنظيم القوات الجوية البريطانية بعد اندلاع الحرب العالمية الثانية في سبتمبر 1939، تم تشكيل المجموعة رقم 2 في سيدني في 20 نوفمبر، مع كول في القيادة. المجموعة سيطرت على وحدات القوات الجوية في نيو ساوث ويلز. تمت ترقية كول إلى قائد جوي مؤقت في ديسمبر، وتولى مسؤولية قيادة المنطقة المركزية، التي حلت محل المجموعة رقم 2، عندما تم تأسيسها في العام الجديد. في سبتمبر 1941، تم إرساله إلى شمال إفريقيا كضابط قائد الجناح رقم 235 في القوات الجوية الصحراوية، حيث ساعد في إنشاء وحدة جديدة لمكافحة الغواصات، السرب رقم 459 في القوات الجوية الإسرائيلية. تم إرساله إلى إنجلترا مع المقر الرئيسي رقم 11 في مايو 1942، عمل كمراقب جوي في هجوم دييب
في 19 أغسطس، مسؤول عن تنسيق غطاء الجوي للحلفاء قبالة الساحل الفرنسي على متن HMS "Calpe". في هذه العملية، أصيب بجروح خطيرة في الفك والجزء العلوي من الجسم عندما قامت المقاتلات الألمانية بتفجير السفينة؛ احتاج إلى جراحة تجميل وقضى عدة أسابيع في التعافي. كسب شجاعته خلال العملية وسام الخدمة المتميزة، ونشر الإعلان في ملحق لـ "لندن غازيت" في 2 أكتوبر 1942. في نفس الشهر، تم تعيينه ضابطًا جويًا قياديًا (AOC) في سلاح الجو الملكي الإيرلندي في أيرلندا الشمالية، مع رتبة نائب مارشال جوي، على الرغم من أن القيادة وصفت في التاريخ الرسمي لأستراليا في الحرب بأنها "مياه خلفية".