اكتب استمرار لهذه الفقرة - العلاقات بين البلدين منذ الانقلاب السوداني 1989
كان عندهم صعودا وهبوط. وصلت الى قمة في عام 1995، عندما كانت عناصر من الحكومة السودانية متواطئة في مؤامرة من قبل جماعة إرهابية مصرية، غاما إسلامية، لاغتيال الرئيس المصري، حسني مبارك، بينما كان في طريقه من مطار أديس أبابا إلى قمة منظمة الوحدة الأفريقية (الآن الاتحاد الأفريقي) في عاصمة إثيوبيا. بنهاية عام 1999، هبط الغضب المصري تجاه السودان، وزار الرئيس البشير مصر، حيث اتفق الزعيمين على تطبيع العلاقات الدبلوماسية. عاد البشير إلى القاهرة في عام 2002، وعندها توسع التعاون في مجموعة متنوعة من القضايا العملية. مبارك رد الزيارة بالذهاب الى الخرطوم في السنة التالية. في عام 2004، ذهب البشير مرة أخرى إلى القاهرة، حيث وقع الزعيمان اتفاقية الحريات الأربع التي تتعامل مع حرية الملكية والحركة والإقامة والعمل بين البلدين. كان هناك تعاون في مكافحة الإرهاب ومشاريع التنمية التي تستخرج المياه من النيل، واتفقت الحكومتين على إنشاء منطقة تجارة حرة على طول الحدود السودانية المصرية، حيث سيتبادلان السلع بدون رسوم. السودان أقدر بشكل خاص الدعم المصري اللفظي والمعنوي لسياسته في دارفور. ارسلت مصر ايضا قوات الى بعثة الامم المتحدة والاتحاد الافريقي في دارفور. الاستثمارات المصرية في السودان بلغت 2.5 مليار دولار بحلول عام 2008 بينما بلغت الاستثمارات السودانية في مصر ما يقرب من 200 مليون دولار. بحلول عام 2010، كانت العلاقات المصرية السودانية أفضل مما كانت عليه في سنوات عديدة، على الرغم من أن العديد من القضايا المثيرة للجدل على المدى الطويل، مثل الوضع المستقبلي لجنوب السودان، وملكية مثلث الحلب، واستخدام مياه النيل، ظلت غير محلولة.