في عام 1935، الولايات المتحدة، وفقا لوعدها بالسيادة الفلبينية الكاملة، أنشأت الكومنولث الفلبيني بعد التصديق على دستور عام 1935، والذي أعاد أيضا الرئاسة. أول انتخابات رئاسية وطنية عقدت، وانتخب مانويل كيزون (1935-1944) لفترة ست سنوات، مع عدم وجود حكم لإعادة الانتخاب، كأول رئيس فيليبيني وأول رئيس في الكومنولث. في عام 1940، ومع ذلك، تم تعديل الدستور للسماح بإعادة الانتخاب ولكن اختصر المدة إلى أربع سنوات. تغير في الحكومة حدث بعد ثلاث سنوات عندما تم تنظيم الجمهورية الفلبينية الثانية مع سن دستور عام 1943، والذي فرضته اليابان بعد احتلالها للفلبين في عام 1942 خلال الحرب العالمية الثانية. خوسيه ب. لوريل عمل كرئيس دمية للحكومة الجديدة التي ترعاها اليابانية؛ تتداخل رئاسته "الواقعية" ، التي لم تعترف بها قانونًا حتى الستينيات ، مع رئيس الكومنولث ، الذي ذهب إلى المنفى. تم حل الجمهورية الثانية بعد استسلام اليابان
إلى الحلفاء في عام 1945؛ تم استعادة الكومنولث في الفلبين في نفس العام مع سيرجيو أوسمينا (1944-1946) كرئيس.