اكتب استمرار لهذه الفقرة - ناغاتومو بدأ موسمه الثاني مع انتر ميلان باللعب 62 دقيقة في البطولة الافتتاحية في سيريا أ
المباراة ضد باليرمو، انتهت بخسارة 4 إلى 3. في 27 سبتمبر 2011، قدم ناغاتومو مساعدة لجيامباولو بازيني من خلال ضرب أليكسي بيريزوتسكي قبل أن يدفع الكرة عبر الهدف خلال الفوز 3 × 2 على وجه السيارات ضد تشسكا موسكو في مباراة مرحلة المجموعات الثانية في دوري أبطال أوروبا. سجل هدفه الاولى في الموسم في 10 ديسمبر 2011 خلال الفوز 2<unk>0 ضد فيورنتينا في يوم المباراة 15 من البطولة. كان مرة اخرى في ورقة النتائج بعد ثلاثة ايام عندما قاد الى المنزل ريكي ألفاريز في الفوز 1<unk>0 ضد جنوا. في المباراة الأخيرة لعام 2011 ضد ليتشي في المنزل، قدم ناغاتومو أداء "رجل المباراة" من خلال توفير مساعدتين في فوز 4 × 1.