وكما كانت المجالس المحلية أساسية في تحقيق انتقال سلمي للسلطة، خاصة في المدن الكبيرة، سرعان ما أصبحت مصدرا للصراع وتفكك الإقليمي بعد الإطاحة بالسلطات الملكية. في غرناطة الجديدة، انقسمت النخبة في المدن الرئيسية فيما يتعلق بالدعم تجاه الحكومة في إسبانيا، مع دعم "الهيئات" للسيادة والمدن الأخرى بدلاً من دعم فرديناند السابع والسلطات الملكية التي يقودها مجلس الوصاية في إسبانيا. تمكنت الفصائل الملكية التي يقودها الضباط الإسبان من الاستيلاء على السلطة في مدن سانتا مارتا وبنما (في ذلك الوقت، كانت لا تزال جزءًا من نائب الملكية في غرناطة الجديدة) وبوبايان وباستو، وسرعان ما انخرطت في صراع ضد المناطق ذات الحكومات المستقلة. في حين كانت المناطق الملكية ضعيفة عسكرياً وكثيراً ما هزمها "المجلس العسكري"، تمكنت من أن تصبح مصدراً لزعزعة الاستقرار والتي حافظت على فكرة المصالحة مع إسبانيا حية، واستنزفت الموارد والطاقة من الحكومات الوطنية. بعض من هذه المدن الملكية اصبحت مهمة في الحملة العسكرية لاستعادة غرناطة الجديدة
.. وبالتالي منع هذا التقسيم من إنشاء دولة موحدة في غرناطة الجديدة.