بعد ان تم دمج أسطول فيرجينيا مع البحرية الكونفدرالية، تم منح بارون لجنة كقائد وعين رئيس مكتب الأوامر والتفاصيل في 10 يونيو. سيبقى بارون في هذا المنصب حتى 20 يوليو، عندما وافق وزير البحرية الكونفدرالي ستيفن مالوري على طلب بارون لتعيينه قائداً للدفاعات الساحلية في فيرجينيا وشمال كارولينا، وهو ميناء مهم للقراصنة الكونفدراليين المقيمين في بامليكو ساوند. وصل بارون لمقر القيادة في فورت هاتيراس في 28 أغسطس، وأمر بالدفاع عن كل من فورت هاتيراس
و كلارك ضد ضابط العلم الاتحادي سيلاس ه. سترينجهام خلال معركة خليج هاتيريس في 28-29 أغسطس. تم القبض على بارون بعد استسلام القلعتين. عقدت في فورت كولومبوس في جزيرة حاكم في ميناء نيويورك، ثم في فورت. وارن، ميناء بوسطن، بارون في نهاية المطاف اطلق سراحه في تبادل السجناء في السنة التالية.