خلال السنة الثانية من دراسات لاتيمر، اندلعت الحرب الأهلية وترك لاتيمر جامعة فيتنام لخدمة الكونفدرالية الجنوبية. خدم أولًا كمدرب تدريب في مدفعية ريتشموند هامبدن خلال ربيع وصيف عام 1861. في الخريف، تم تكليفه كنائب أول وشاهد العمل مع فرقة اللواء ريتشارد إس إيويل في حملة وادي شيناندو عام 1862. بعد ان تميز نفسه مع بطاريته في معارك مثل (وينشستر) الاول
و"سيدر ماونتن"، تمت ترقية "لاتيمر" لقيادة الكتيبة التي كانت سابقاً تابعة لـ "إيه آر كورتني". بعد قيادة الكتيبة في فريدريكسبيرغ في ديسمبر 1862، تمت ترقية لاتيمر إلى رائد في مارس 1863. يشار إليه إيويل باسم "نابليون الشاب"، لكن معاصريه لاحظوا شبابه وقيمته الضئيلة، وسموه "الرائد الصبي". أصبح ضابطًا في كتيبة الرائد ريتشارد سنودن أندروز في فرقة الرائد الجنرال إدوارد "أليجيني" جونسون.