اكمل الجملة التالية: اصر كيرنان على الانضمام الى صفوف القتال، وفي هذه الصفة تم تعيينه كرائد في فرقة ميسوري السادسة. في مايو 1863 في
بورت جيبسون، ميسوري، جرح في الرئة اليسرى وترك في الميدان ليموت. بعدما تم القبض عليه وسجنه، هرب إلى قوات الاتحاد واستقال من منصبه. في 1 أغسطس 1863، تم تكليفه كعميد عام للمتطوعين من قبل الرئيس آبراهام لينكولن؛ قائد موقع في ميلكنز بيند على نهر المسيسيبي. ومع ذلك، أجبرته سوء الصحة نتيجة جروح ساحة المعركة على الاستقالة في 3 فبراير 1864.