بعد ان شارك في مسرح البحر المتوسط في الحرب العالمية الثانية نيابة عن الجيش الهندي البريطاني في بريطانيا العظمى، اختار الجنسية الباكستانية وانضم إلى جيشها بعد تقسيم المملكة المتحدة للهند في عام 1947، وساعد في تنفيذ التسلل السري في كشمير الهندية التي أشعلت الحرب مع الهند في عام 1965. بعد ان تم تعيينه بشكل مثير للجدل ليتولى قيادة الجيش في عام 1966، تولى يحيى خان الرئاسة من الديكتاتور السابق غير الشعبي وانتخب الرئيس أيوب خان، الذي لم يكن قادرا على التعامل مع انتفاضة عام 1969 في شرق باكستان، وأجبر على الاستقالة بسبب الاحتجاجات وعرض عليه المنصب. يحيى خان بعدين فرض قانون عسكري بتعليق الدستور. عقد أول انتخابات وطنية في البلاد في عام 1970، بعد 23 سنة من الاستقلال، وأرجأ انتقال السلطة إلى الشيخ مجيب الرحمن من شرق باكستان، والذي زاد من إثارة الاضطرابات المدنية العنيفة في الشرق، وأذن لسلطات شرق باكستان لقمع التمرد بعنف.
.. حوالي 10 ملايين شخص لجأوا للهند. بحسب الباحثين المستقلين، مات ما بين 300،000 و 500،000 شخص في ما يعتبر اليوم على نطاق واسع إبادة جماعية في بنغلاديش عام 1971.