بعد اندلاع الحرب العالمية الثانية، انضم هونر للقوة الإمبراطورية الأسترالية الثانية (2nd AIF) في 24 أكتوبر 1939. في ديسمبر 1939، تولى قيادة شركة "C" في الكتيبة 2-11، كتيبة مشاة غرب أستراليا، مع رتبة الكابتن. أبحر هونر وكتيبة له للشرق الأوسط في أبريل 1940، ووصلوا في الشهر التالي. بعد التدريب في فلسطين، شركة هونر بعد كده شرعت في معارك حملة الصحراء الغربية ضد الإيطاليين في بارديا
توبرك و درنا قبل ان يتم ارسالها الى اليونان بعد الغزو الالماني في ابريل 1941. في اليونان، قاد هونر رجاله خلال سلسلة من الانسحابات القتالية لأنهم دفعوا للوراء من قبل القوات الألمانية الأقوى. لاحقاً تم إخلاؤهم إلى كريت حيث شاركوا في القتال الشديد حول ريتيمو. ثم قاد هونر مجموعة عبر الجزيرة لتجنب الاعتقال، وبعد لقاء مع غواصة البحرية الملكية، تم إجلاؤهم إلى الإسكندرية. تم ترقيته بعد ذلك إلى رائد، ولقيادته خلال القتال حول ثيرموبيل في الحملة اليونانية السابقة، حصل على الصليب العسكري.