خلال الحرب العالمية الثانية، تم قصف سالونيكي بقوة من قبل إيطاليا الفاشية (مع 232 قتيل، 871 جريح وأكثر من 800 مبنى متضرر أو مدمر في نوفمبر 1940 وحده) ، وبعد فشل الإيطاليين في غزو اليونان
سقطت على قوات ألمانيا النازية في 8 نيسان 1941 وخضعت للاحتلال الألماني. سرعان ما أجبر النازيون السكان اليهود على دخول غيتو بالقرب من السكك الحديدية وفي 15 مارس 1943 بدأ ترحيل يهود المدينة إلى معسكرات اعتقال أوشفيتز و بيرغن بيلسن. معظمهم ارسلوا على الفور لغرف الغاز. من اليهود الـ45,000 الذين تم ترحيلهم إلى أوشفيتز، 4% فقط نجا.