خلال الحرب الأهلية الأمريكية، تم تكليفه كنائب كولونيل في فرقة المشاة التطوعية 18 في ويسكونسن تحت قيادة الكولونيل جيمس إس ألبان. تم تنظيم فرقة ويسكونسن الثامنة عشرة في فبراير عام 1862، ومتجهة إلى تينيسي في مارس، وتم إلقائها في معركة شيلوه
يوم بعد وصولهم. جرح بيل في المعركة وقطعت رجله من تحت الركبة. قتل العقيد ألبان، مع ثالث القيادة في الفوج، الرائد جوزيا و. كرين. بعد شفاءه، عمل بيل كمساعد في قيادة معسكر أسرى الحرب في إلميرا، نيويورك، حيث أطلق عليه السجناء لقب "القدم القديمة" واتهموه بنمط من القسوة والإساءة المتكررة.