اكتب استمرار لهذه الفقرة - اعيد تعيين كوبر كقائد في فرقة فرسان كنتاكي الرابعة في 26 مارس 1863 واصبح كولونيل في ابريل بعد استقالة الكولونيل بايلز. في 4 يونيو 1863، أصيب كوبر عندما سقط عليه حصان في فرانكلين، تينيسي. قاد الفوج في معركة تشيكاماوجا في سبتمبر 1864. عاد كوبر إلى ليكسينغتون، كنتاكي في عام 1864 للإجازة المرضية. بعد كده كوبر قاد قوات محلية ضد مهاجمين جون هانت مورغان. ورفض طلبات مورغان لتسليم ليكسينغتون في 9 يونيو 1864 ودفع قواته للوراء. في نيسان/أبريل 1865، كان يقود مركز مونتغمري، ألاباما وفي مايو ويوليو 1865 مركز ألباني، جورجيا. تم تجنيده بشرف في 21 أغسطس 1865 في ماكون، جورجيا. حصل على شرف المعركة لخدمته في شيلوه، كورنثوس، ريتشموند، تشيكاماوجا، غارة مورغان على كنتاكي، معركة ريساكا وغارة ويلسون على مونتغمري. تم ترقيته إلى ملازم كولونيل وكولونيل في الجيش النظامي في 2 مارس 1867، لخدماته الجريئة والمجيدة في معركة ريساكا
في جورجيا وفي القبض على مونتغمري، ألاباما.