اكتب استمرار لهذه الفقرة - كان جونستون متحمساً لاندلاع الحرب المكسيكية الأمريكية. خدم في فريق الملازم جنرال وينفيلد سكوت في حصار فيراكروز
اختارها سكوت لتكون الضابط الذي يحمل طلب الاستسلام مسبقاً إلى حاكم المقاطعة. كان في طليعة الحركة الداخلية تحت قيادة العميد ديفيد إي تويغز وأصيب بجروح خطيرة من طلقات العنب أثناء قيامه بعملية استطلاع قبل معركة سيررو غوردو. تم تعيينه لفتنانت كولونيل بسبب تصرفاته في سيررو غوردو. بعد شفاءه في مستشفى ميداني، انضم للجيش في بيبلا. خلال التقدم نحو مكسيكو سيتي، كان ثاني قائد في "الفوج الأمريكي من فولتيجيرس"، وحدة تتألف من المشاة الخفيفة أو المدافعين. تبرز في كونتريراس وتشروبوسكو، جرح مرة أخرى في شابولتيبيك، وحصل على ترقيتين لخدمة البريفت في هذين الاشتباكين الأخيرين، وأنهى الحرب كعقيد متطوعين. (بعد انتهاء الأعمال العدائية، عاد إلى رتبته في زمن السلم كابتن في المهندسين الطوبوغرافيين.) قال وينفيلد سكوت بشكل مضحك ان "جونستون جندي عظيم، لكن كان لديه موهبة مؤسفة في اطلاق النار على نفسه في كل مواجهة تقريبا". أكبر ألم لجونستون خلال الحرب كان موت ابن أخيه، بريستون جونستون. عندما أبلغ روبرت إي لي جونستون أن بريستون قُتل بقذيفة مدفعية مكسيكية في كونترراس، بكى الضباط، وحزن جونستون لبقية حياته.