في عام 1938، عينته الحكومة الفرنسية حاكماً للهند الفرنسية، مستعمرة اهتزتها الاضطرابات في مصانع النسيج. خلال الهزيمة العسكرية الفرنسية خلال الحرب العالمية الثانية، ارسل بونفين برقية الى الحكومة الفرنسية (في بوردو) في 20 يونيو 1940، معلنًا عن ارادة شعب الهند الفرنسية لمواصلة الحرب على جانب الحلفاء. لكن بعد توقيع الهدنة في 22 يونيو 1940
اعترف على الفور بحكومة المارشال بيتاين. بعد فترة وجيزة، تحت ضغط الكولونيل شومبرغ، القنصل البريطاني في بونديشيري، الذي حذر من أن الجيش الهندي البريطاني سيحتل المستعمرة إذا لم يعلن عن الجنرال ديغول، عاد عن قراره. في نداء للشعب في 27 يونيو 1940، أعلن بونفين أن الإمبراطورية الاستعمارية الفرنسية (وبالتالي المؤسسات الفرنسية في الهند) "ستبقى على الجانب البريطاني حتى النصر النهائي". في 12 يوليو، أكد الحاكم بونفين، عن طريق البريطانيين، على ديغول بتعاون الهند الفرنسية.