أكمل الجملة التالية: مع انفصال 11 ولايات جنوبية واندلاع الحرب الأهلية، انضم ميلر لجيش الاتحاد. في 27 أغسطس 1861، حاكم أوليفر ب. مورتون عيّن ميلر كولونيل في فرقة المشاة 29 من إنديانا. بعد التدريب، تم تعيين الفوج في لواء كيرك في فرقة ألكسندر م. ماكوك في جيش بويل من أوهايو وسار إلى تينيسي. ميلر شاف العمل في اليوم الثاني من
معركة شيلو، وكذلك خلال الحصار اللاحق لكورينثوس. قاد ميلر فوجه عبر شمال ألاباما وتينيسي ولاحق براكستون براغ عبر كنتاكي. قاد ميلر لواء تحت قيادة جيمس نيغلي خلال معركة نهر ستونز في أواخر ديسمبر 1862. في اليوم الثاني من المعركة، قاد ميلر الهجوم المضاد الفيدرالي عبر نهر ستونز الذي دمر هجوم الكونفدرالية لجون سي بريكينريدج. خلال هذه الهجوم جرح ميلر في الرقبة.