في عام 1971، في محاولة لتجنب مواجهة محتملة بين الجيش وشعب باكستان الشرقية، في 23 مارس 1971، التقى خان، جنبا إلى جنب مع سياسيين باكستانيين آخرين، مع الشيخ مجيبور رحمان. عرضوا دعم مجيب في تشكيل الحكومة، لكن كان فات الأوان لخرق المأزق لأن يحيى خان قرر بالفعل حملة عسكرية واسعة النطاق. زيادة ضعف باكستان والغضب الدولي الواسع ضد القمع العسكري خلق في النهاية وضع أدى للحرب
بين باكستان والهند. ثبتت هذه الحرب كارثية وبلغت ذروتها في هزيمة القوات المسلحة الباكستانية في شرق باكستان وإنشاء دولة بنغلاديش الجديدة. صدمته الهزيمة، واستقال يحيى خان من منصبه والجيش. في عهد الجنرال غول حسن خان، أعيد زلفيكار علي بوتو من أمريكا وعين رئيساً.