اكتب استمرار لهذه الفقرة - انضم للجيش الكونفدرالي في أبريل 1861، أصبح كينيدي قائد لفرقة إي، فوج مشاة كارولينا الجنوبية الثاني، تحت قيادة الكولونيل جوزيف بريفارد كيرشو المقيم في كامدن. في معركة ماناساس الاولى، ضربته كرة من ميني وجرح بشدة. بعد شفاءه، تم ترقيته للكولونيل عندما تم ترقية كيرشو إلى اللواء. حدث أول عمل ل كينيدي في قيادة فوج في اشتباك على طريق نين مايل بالقرب من ريتشموند، فيرجينيا، في يونيو 1862 خلال حملة شبه الجزيرة. بعد القتال في معركة محطة سافاج
كان معاق لعدة اسابيع بسبب الحمى. عاد إلى فوجه في الوقت المناسب لحملة ماريلاند. خلال إستثمار ستونوال جاكسون في هاربرز فيري، كان كينيدي مع لواء كيرشو في الاستيلاء على مرتفعات ماريلاند المهمة. قاد رجيمنته في هجوم كيرشو المضاد خلال معركة أنتيتام، وقاد جزءاً من فيلق الاتحاد الثاني أمامه. ومع ذلك، أصيب بجروح مؤلمة في التهمة الأولى، أصيب في القدم وترقوة أخيل أثناء عبور سياج خشبي على طول حجرتاون بايك. ومرة اخرى استرجع في الوقت المناسب لمعركة كبرى، قاد كينيدي الفرق الثانية والثامنة من كارولينا الجنوبية لدعم الجنرال هاول كوب في مرتفعات ماري، مركز القتال الساخن في فريدريكسبيرج.