عند اندلاع الحرب العالمية الثانية، "آثوس الثاني" كانت لا تزال على الطريق الشرق الأقصى لكن في 1 فبراير 1940 في كولومبو، انضمت سيلون إلى قافلة أسترالية/نيوزيلندية، المعينة US1 للسرية ونقل حوالي 13،500 جندي إلى شمال أفريقيا، تحت مرافقة ثم بقيادة. بعد مرورها عبر قناة السويس وعودتها لفرنسا، بدأت "آثوس الثاني" الخدمة في مرسيليا ومصر وسوريا حتى الهدنة الألمانية الفرنسية في 22 يونيو 1940.
عندما تم وضع السفينة في الإسكندرية، مصر جنبا إلى جنب مع السفن الفرنسية الأخرى المحتجزة في قناة السويس والمياه المصرية. بالإضافة إلى السفن التجارية كانت هناك قوة بحرية فرنسية، القوة X، تحت قيادة الأدميرال رين-إميل غودفروي والتي كانت تعمل مع الأسطول البريطاني من الإسكندرية. بعد سقوط فرنسا مع فرنسا فيشي التي تسيطر عليها ألمانيا والتي تسيطر على الموانئ الفرنسية، واجه الفرنسيون خيارات الاستمرار مع الحلفاء تحت قيادة الجنرال ديغول، أو نزع السلاح أو الغرق من قبل البريطانيين. التدخل البريطاني ضد الأسطول الفرنسي في اوران أوقف نزع السلاح، لكن استأنف بعد مزيد من المفاوضات مع انخفاض قوة البحرية الفرنسية، حوالي 4000 رجل، إلى ثلث. كان ألفان من البحارة الفرنسيين قد غادروا الإسكندرية بالفعل عندما سمح لـ "أثوس الثاني" بالبحر في 13 يوليو 1940 مع 1000 من الأفراد المتبقين من القوة إكس وبعض أفراد طاقم السفينة التجارية إلى فرنسا. في سبتمبر 1940 اعاد القوات الفرنسية من سوريا وبعدها اصبحت سفينة حراسة في الجزائر حتى استولت عليها الحلفاء في نوفمبر 1942 خلال عملية الشعلة.