عكس الناقلات البريطانية، التي كان وقود الطيران مخزن في أسطوانات منفصلة أو سدود محاطة بمياه البحر، كل الناقلات اليابانية قبل الحرب كانت تحتوي على خزانات وقود الطيران التي بنيت متكاملة مع هيكل السفينة و "شوكاكو" لم تكن استثناء. ومع ذلك، لم تصبح المخاطر التي يطرحها هذا واضحة حتى أثبتت تجربة الحرب أن هذه غالباً ما تكون عرضة للتصدع والتسرب حيث أن الصدمات والضغوط من الضربات أو الضربات القريبة إلى هيكل الناقلة تم نقلها بشكل حتمي إلى خزانات الوقود واستوعبتها. بعد الهزيمة في ميدواي
في منتصف عام 1942، تم ملء مساحات الهواء الفارغة حول خزانات وقود الطيران "شوكاكو"، التي عادة ما تم ضخها مليئة بثاني أكسيد الكربون الخامل، بدلاً من ذلك تم ملؤها بالخرسانة في محاولة لحمايتها من أي ضرر محتمل. لكن هذا لم يفعل الكثير لمنع انتشار الدخان المتطاير إلى سطح الحظيرة في حالة حدوث ضرر، خاصةً عندما تم إظهارها عندما تعرضت "كافالا" للطوربيد وغرقتها. "شوكاكو" عادة تخزن 150,000 غالون من الغاز للاستخدام التشغيلي.