اكتب استمرار لهذه الفقرة بعد اغتيال ماكينلي
في سبتمبر 1901، تغير قلب لونغ، وقدم استقالته للرئيس روزفلت في 1 مايو 1902. الأسباب المحددة لهذا غير واضحة، لكن عدة عوامل ربما ساهمت. أولًا، كان روزفلت على علاقة وثيقة مع لودج منافس لونغ السياسي، وكان معروفًا أنه اختلف مع لونغ في المسائل البحرية، ولم يكن يرحب بوجوده في البيت الأبيض. ثانيًا، التحقيق في أفعال الأدميرال وينفيلد سكوت شلي حول معركة سانتياغو دي كوبا في يوليو 1898 أدى إلى قدر كبير من الانتقادات لدور لونغ في الحرب. ثالثاً، ماتت إحدى بناته في أكتوبر 1901، بعد أقل من شهر من اغتيال ماكينلي. ودفعت هذه المسائل لونغ إلى كآبة، وتفاقم الوضع أكثر عندما تشاجر معه روزفلت حول بداية الحرب، ثم ألغى بعض قراراته. المؤرخ ويندل جاريت يلاحظ ان روزفلت اهتم بشخصه في البحرية، وكان لديه صعوبة في العمل مع الوزراء اللاحقين.