في بداية الحرب الأهلية، عاد هايز للخدمة كعقيد في فوج بنسلفانيا التطوعي رقم 63 مشاة، وكان يحمل أيضا رتبة قائد في مشاة الولايات المتحدة رقم 16 في الجيش النظامي حتى يوم 14 مايو 1861. رجاله عرفوه بأنه "شجاع كالأسد". خلال حملة شبه الجزيرة، تم إرفاقه مع فوجه إلى اللواء الأول من فرقة كيرني من فيلق هنتزلمان الثالث. حارب في معارك يوركتاون، ويليامزبرغ، سبع الصنوبر، محطة سافيج
و تل مالفيرن. في نهاية معارك سبعة أيام، تم تعيينه لفتنانت كولونيل في الجيش النظامي لشجاعته في المعركة، حيث كان هيس قد وجه تهمة حربية مع فوجه إلى خطوط العدو لتغطية تراجع لواءه. ذهب هايز لفترة قصيرة في إجازة مرضية بعد شهر، يعاني من عمى جزئي وشلل في ذراعه اليسرى، إصابات لحقت به من المعركة.