في عام 1846، تم تعيينه على السفينة الأمريكية "ميسيسيبي"، وهي السفينة الرائدة لسرب الهند الغربية الخدمة تحت قيادة الكومودور ماثيو سي بيري. خلال الحرب المكسيكية الأمريكية، شارك في بعثات ضد ألفارادو، تامبيكو، بانوكو، و لاغونا دي تيرمينوس، نجحت جميعها في تشديد السيطرة الأمريكية على الساحل المكسيكي وتعطيل عمليات التجارة والإمدادات العسكرية على طول الساحل. عادت السفينة إلى نورفولك لإصلاحها في 1 يناير 1847، حيث تم ترقية أندرسون إلى ملازم. ثم عاد مسيسيبي إلى المعركة، ووصل إلى فيراكروز في 21 مارس 1847، وحمل بيري ليتولى قيادة الأسطول الأمريكي. على الفور هي ورجالها انخرطوا في عمليات برمائية ضد فيراكروز
يزودون بنادق وطاقمهم ليتم نقلهم للشاطئ للضربة التي قاتلت المدينة ليتسلموا في أربعة أيام. خلال بقية الحرب، ساهمت "ميسيسيبي" بالأسلحة والرجال والقوارب في سلسلة من الغارات الساحلية على الساحل الشرقي للمكسيك، وشاركت في الاستيلاء على تاباسكو في يونيو 1847.