بعد الانتقال الى جاكرتا، بدأ لاتوهاراري ايضا بالعمل مع اليابانيين تحت وزارة الشؤون الداخلية لإدارة جزر الملوك في جاوة، وكان مسؤولا عن أعمالهم. في عام 1944، تم القبض على مجموعة من أمبونيس بما في ذلك لاتوهاراري من قبل الكينبيتاي وأحضروا إلى بوجور للاشتباه في أنهم جواسيس لقوات الحلفاء، وبسبب حقيقة أن لاتوهاراري استخدم جزئيا موقفه داخل الإدارة اليابانية لأغراض سياسية. ومع ذلك، تمكنت زوجته واثنين آخرين من إقناع قائد البحرية اليابانية لترتيب الإفراج عنهم. في أواخر عام 1944، ألقي القبض عليه مرة أخرى بعد هروب سجين من جزر الملوك من السجن. السلطات اليابانية في ذلك الوقت كانت تشك في امبونيس بعد معركة موروتاي
والقصف الاستراتيجي على امبون في عام 1944، مدفوع بعمليات تجسس الحلفاء في جزر مولوكا بقيادة امبونيسي جوليوس طاهية.