عندما قتل ولاديسلاس ابنه الوحيد لويس في معركة موهاكس في عام 1526 الذي أنهى حكم سلالة جاغيلون في بوهيميا، انتخب مؤتمر من النبلاء البوهيميين شقيقه في القانون، هابسبورغ الأرشيدوق فرديناند الأول من النمسا، كملك جديد لأراضي التاج البوهيمي. جنبا إلى جنب مع أراضي دوقية النمسا "الموروثة" والمملكة المجرية، شكلت ملكية هابسبورغ، التي نمت في القرون التالية من الإمبراطورية الرومانية المقدسة إلى قوة أوروبية منفصلة. محاولات من قبل عقارات الإصلاح البروتستانتي البوهيمي لبناء كونفدرالية مستقلة تم إحباطها في معركة الجبل الأبيض في عام 1620
بعد ذلك اتمركزت الإدارة في فيينا. علاوة على ذلك، فقد حكام هابسبورغ لوساتيا لصالح إلكتورات ساكسونيا بعد حرب ثلاثين عاما في معاهدة براغ عام 1635، وكذلك معظم سليسيا مع كلادسكو لصالح مملكة بروسيا بعد الحرب السليزية الأولى في معاهدة بريسلاو عام 1742.