المرحلة الثانية من حملة بورنيو بدأت في 10 يونيو عندما قامت الفرقة التاسعة بهجمات متزامنة على شمال غرب جزيرة لابوان وساحل بروناي. في حين تم تأمين بروناي بسرعة، الحامية اليابانية في لابوان صمدت لأكثر من أسبوع
.. بعد تأمين منطقة خليج بروناي، هبط اللواء الـ 24 في شمال بورنيو، و تقدم اللواء الـ 20 على طول الساحل الغربي لبورنيو جنوبا من بروناي. تقدم كل من اللواءين بسرعة ضد المقاومة اليابانية الضعيفة، وتم تحرير معظم شمال غرب بورنيو بنهاية الحرب. خلال الحملة، ساعدت الفرقة التاسعة مقاتلين من السكان الأصليين الذين كانوا يشنون حرب عصابات ضد القوات اليابانية بدعم من القوات الخاصة الأسترالية.