في ديسمبر 1944، مع استمرار القوات الفلبينية والأمريكية المشتركة في تقدمها لتحرير الفلبين من القوات اليابانية، تم نقل حكومة الجمهورية الفلبينية الثانية، التي تضمنت أكينو، إلى باجو. بعد ذلك، تم نقله جوا اليابان حيث، مع مسؤولين آخرين، اعتقل أعضائه وسجنوا في سجن سوجامو عندما استسلم اليابانيون
.. في 25 أغسطس 1946، أعيد أكينو إلى الفلبين لمحاكمته بتهمة الخيانة من قبل محكمة الشعب؛ بعد بضعة أسابيع أطلق سراحه بكفالة.