بعد اندلاع الحرب مع اليابان، عاد آلن الى استراليا في مارس 1942، وفي أغسطس اتولى مسؤولية العمليات ضد التقدم الياباني على طول مسار كوكودا
.. على الرغم من نجاحه، إلا أنه تعرض لما يعتبره الكثيرون انتقادًا غير عادل من قبل قائد الحلفاء في منطقة جنوب غرب المحيط الهادئ، الجنرال الأمريكي دوغلاس ماك آرثر وقائد القوات البرية للحلفاء، الجنرال الأسترالي السير توماس بلامي، للتحرك ببطء شديد في مطاردة اليابانيين عبر سلسلة أوين ستانلي. تم إعفائه من قيادته في 29 أكتوبر 1942. اتبعت تعيينات أصغر، لكن في أكتوبر 1944، أوصى بلامي بأن يصبح آلن فارسًا قائدًا لأمر الإمبراطورية البريطانية، على الرغم من أن آلن لم يتم تعيينه أبدًا.