اكتب استمرار لهذا الفقرة - حتى هذا الوقت كانت مدينة ماساليا تحرس استقلالها وتستفيد من تحالفها مع روما. ومع ذلك، في 49 قبل الميلاد، عندما بدأ الصراع على قيادة روما بين بومبي العظيم وجوليوس قيصر، اتخذ قادة ماساليا القرار القاتل لدعم بومبي. (انظر حرب قيصر الأهلية). قيصر بعث جيش على الفور إلى ماساليا وحاصر المدينة. بنى خنادق طويلة حول المدينة، كما فعل ضد الغاليين في اليسيا
وقطعوا غابات الليغور المقدسة لبناء أبراج الحصار. كما قام ببناء عشرات السفن الحربية في آرل، وقام أسطوله الجديد بقيادة عميدته ديسيموس يونيوس بروتس ألبينوس، بهزيمة أسطول ماساليا قبالة جزر أرخبيل فريول، وحاصر المدينة من البحر. الأمراض دمرت السكان. في سبتمبر 49 قبل الميلاد، جنود مندوب قيصر تريبونيوس اخترقوا أسوار ماساليا واستولوا عليها. دفع المساليون ثمنًا باهظًا لدعمهم لبومبي؛ فقدت المدينة استقلالها، واضطرت إلى تسليم سفن حربها وخزينةها، واضطرت إلى التخلي عن جميع أراضيها على الساحل والداخل، باستثناء جزر ستوخاديس ونيقة.