في بداية الحرب الأهلية، تم تعيينه كابتن في فرقة المشاة العاشرة في إنديانا وتم ترقيته للكولونيل في أقل من شهر. قاد لواء في جيش أوهايو في معركة ميل سبرينغ في عام 1862 وتم ترقيته إلى لواء في 24 مارس 1862 بناءً على أفعاله هناك. جرح الجنرال مانسون في الفخذ وأسرته قوات الكونفدرالية في معركة ريتشموند، كنتاكي. تم تبادله بعد شهرين وقاتل مورغان في غزوه في أوهايو. في غضون شهرين، تقدم مانسون من اللواء، إلى التقسيم ثم إلى قيادة الفيلق الثالث والعشرين. قاد الفيلق خلال حملة نوكسفيل ورأى العمل في محطة كامبل ونوكسفيل. عاد الجنرال مانسون لقيادة اللواء في جيش أوهايو خلال حملة أتلانتا وجرح بجروح خطيرة في معركة ريساكا
جورجيا.