تطبيق دستور اتحاد مالايا بناء على المقترحات الدستورية المعدلة في 1 فبراير 1948 وقرار حزب الشعب الوطني الشعبي بإطلاق تمرد مسلح كان بداية النهاية لتحالف PUTERA-AMCJA وAMCJA ككل. مع إعلان حالة الطوارئ على مستوى البلاد
، انسحبت المنظمات التأسيسية من الائتلاف، ذهبت تحت الأرض، أو في حالة MDU، حلت نفسها طواعية وتوقفت AMCJA عن الوجود كهيئة.