في عام 1806، خفضت سلطات الاحتلال الفرنسية في هولندا جامعة أوتريخت إلى "école secondaire" (مدرسة ثانوية) ، ولكن بعد إنشاء المملكة المتحدة في هولندا في عام 1813 استعادت وضعها السابق. ليدن، لوفين، غرونينغن، أوتريخت وغنت كانت الجامعات الخمسة () للدولة الجديدة. اثنتين من الجامعات (لوفين وغنت) أصبحت جزء من الدولة البلجيكية الجديدة بعد انفصال مقاطعتيهما.
من المملكة المتحدة الهولندية في عام 1830. نتيجة لذلك، بقيت جامعة أوتريخت واحدة من ثلاث جامعات هولندية فقط. خلال الاحتلال الفرنسي، أمر الملك لويس نابليون ببناء قصر في وسط أوتريخت، والذي أصبح في النهاية مكتبة الجامعة في وسط المدينة.