في عام 1341 سمح الملك جون من بوهيميا للعائلات اليهودية بالعيش داخل أسوار المدينة، وبنى أول كنيس في عام 1380؛ ومع ذلك، وقعت العديد من المذابح في أواخر القرن الخامس عشر وأوائل القرن السادس عشر. منذ حروب الهوسيين
في القرن التاسع عشر، كانت المدينة تقليديا حصن الكنيسة الكاثوليكية خلال الصراعات الدينية طويلة الأمد في مملكة بوهيميا. جزء من ملكية هابسبورغ من عام 1526، ظلت بودايوفيتش مؤيد مخلص للإمبراطور فرديناند الثاني في حرب الثلاثين عاما. عانت بوديجوفيتش من احتلال قصير من قبل بروسيا خلال حروب سيليزيا، والحرب بين هابسبورغ والجيش الفرنسي في عام 1742.