أكمل الجملة التالية: المسلمين العلمانيين والجنوبيين الغالبين غير المسلمين عارضوا بشدة فرض القانون الإسلامي. حتى قبل اصدار قوانين سبتمبر، جون جارانج، زعيم حركة تحرير الشعب السوداني، انشق عن الحكومة وبدأ في تنظيم المعارضة الجنوبية للإطاحة بنوميري. تنفيذ عقوبة الحدود، والتي شملت الجلد وتقطيع اليدين والقدمين، أثارت معارضة واسعة النطاق لحكومة نيميري. بعد الإطاحة بـ نيميري في عام 1985، حكومة سوار الدهب علقت أقسى عقوبات الحدود. كل من سورالدهب وخليفته المنتخب ديمقراطيًا، صادق المهدي، دعموا الشريعة ولكن انتقدوا طريقة تنفيذها من قبل نيميري. في بداية عام 1989، عبّر المهدي المتردد عن استعداده للنظر في إلغاء قوانين الشريعة المتنازع عليها. هذا جعل شريكه في الائتلاف، الترابي والجبهة الوطنية الإسلامية، يستقيلوا من الحكومة احتجاجاً. أعلن المهدي ان مجلس الوزراء سيبحث مشروع تشريع يلغي قوانين سبتمبر في 1 يوليو 1989، وسوف يجتمع مع قادة الحركة الشعبية لتحرير السودان لحل سلمي لإنهاء الحرب الأهلية. 
الانقلاب العسكري في يونيو 1989 بقيادة البشير حدث قبل 24 ساعة من موعد تصويت حكومة المهدي على إلغاء قوانين سبتمبر.