مع اندلاع الحرب الأهلية، تم تعيين بروكس لواء عام المتطوعين في سبتمبر 1861. قاد اللواء الثاني، الفرقة الثانية من الفيلق الرابع في حملة شبه الجزيرة، واللواء الثاني، الفرقة الثانية من الفيلق السادس في معارك سبعة أيام، حيث أصيب في معركة محطة سافاج.
.. بعد شفاءه، استأنف قيادة لواءه في حملة ماريلاند وقاد رجاله في كرامبتونز غاب، حيث استولوا على علم حرب الكونفدرالية الذي ينتمي إلى مشاة فرجينيا السادسة عشرة. في معركة أنتيتام، كان لواء بروكس في الاحتياطي بشكل رئيسي، على الرغم من أنه كان تحت "نار المدفعية والقناصة" لمدة 48 ساعة.