في القرن الثالث عشر والرابع عشر، كانت مقدونيا متنازع عليها من قبل الإمبراطورية البيزنطية، وديسبوتية إيبيروس، وحكام ثيساليا، والإمبراطورية البلغارية، لكن التغيير المتكرر للحدود لم يؤدي إلى أي تغييرات كبيرة في عدد السكان. في عام 1338، غزتها الإمبراطورية الصربية، لكن بعد معركة ماريتسا
في 1371 معظم سادة صرب مقدونيا اعترفوا بالسيادة العثمانية. بعد غزو سكوبي من قبل الأتراك العثمانيين في 1392، تم دمج معظم مقدونيا رسميا في الإمبراطورية العثمانية.