في 13 يوليو 2011، اعلن انه سيغادر سانتوس ليتدرب مع انتر ميلان، في انتظار الانتهاء من النقل. بعد يومين، في 15 يوليو، أصبح رسميا لاعب إنتر، ووقع عقد لمدة أربع سنوات. ظهر جوناثان للمرة الاولى في 11 سبتمبر 2011 في الاسبوع الثاني من 2011-12 Serie A.
يلعب الـ90 دقيقة كاملة في خسارة 4x3 خارج الملعب لباليرمو. بعد ثلاثة أيام، ظهر جوناثان لأول مرة في دوري أبطال أوروبا، لعب المباراة بأكملها في يوم المباراة الأول ضد فريق ترابزونسبور التركي في خسارة 0-1 في سان سيرو.