بعد ان انفصلت ولاية ميسيسيبي قبل بدء الحرب الاهلية استقال باركسديل من الكونغرس ليصبح مساعد جنرال ومن ثم رباعي جنرال في ميليشيا ميسيسيبي في رتبة العميد جنرال بتاريخ 1 مارس 1861. في 1 مايو، تم تعيينه كولونيل في جيش الولايات الكونفدرالية من مشاة ميسيسيبي الثالث عشر، وهو فوج قاده في معركة بول ران الأولى في ذلك الصيف، ومعركة بولز بلوف في أكتوبر. في الربيع التالي، أخذ رجيمنته إلى شبه جزيرة فرجينيا وحارب في حملة شبه الجزيرة ومعركة سبعة أيام. عندما قائد لواءه، العميد ريتشارد غريفيث، أصيب بجروح قاتلة في معركة محطة سافاج
في 29 يونيو 1862، باركسديل اتخذ قيادة اللواء وقادته في حملة بطولية، ولكن دموية وعديمة جدوى في معركة تل مالفيرن. أصبح اللواء معروفًا باسم "لواء باركسديل ميسيسيبي". تم ترقيته إلى اللواء في 12 أغسطس 1862.