في عام 1861، في بداية الحرب الأهلية، تم تعيينه من قبل قائد الحرس الوطني في نيويورك، العميد جون إف. راتبون، ليعمل كقائد طبي في مستودع ألباني. في يونيو 1862، بعد معركة محطة سافاج
مع تراجع جيش البوتوماك مع أطبائه، بقي سوينبيرن ليعتني بالآلاف من السجناء الجرحى، سواء من الاتحاد أو الكونفدرالية. باحترام موقفه المبدئي، أعطاه قائد الكونفدرالية ستونوال جاكسون تصريحاً، مع ملاحظة شخصية مرفقة، تسمح بزيارات للسجناء في الاتحاد. في عام 1864، رشحه الحاكم هوراشيو سيمور لمنصب ضابط الصحة في ميناء نيويورك، وفي عام 1867، أعاد ترشيحه من قبل الحاكم روبن فنتون، وخدم ما مجموعه ست سنوات، حتى عام 1870. خلال إدارته، على الرغم من تردد المجلس التشريعي للولاية في تخصيص التمويل، أشرف على بناء منشآت الحجر الصحي الحديثة آنذاك على الجزر التي سميت سوينبورن وهوفمان.