تم تعيين توميوكا في الأركان العامة للبحرية اليابانية الإمبراطورية كقائد قسم العمليات في أكتوبر 1940. واصل توميوكا الخدمة في هذه الصفة خلال العامين الأولين من حرب المحيط الهادئ، وخلال ذلك الوقت عارض دون جدوى الهجوم على بيرل هاربور. كما عارض بشدة خطط الاميرال ايسوروكو ياماموتو لعملية ميدواي
واقترح ان تحتل اليابان جزر فيجي وساموا المهمة استراتيجياً. دافع توميوكا أيضاً عن التركيز على احتلال بورت مورسبي في غينيا الجديدة، إما كقاعدة غزو لأستراليا، أو لسحب أسطول الناقل الأمريكي بقدر الإمكان من قواعده. تم رفضه عندما هدد ياماموتو بالاستقالة.