بعد 20 سنة من الصمت السياسي، في 9 مارس 2009، أعلن موسوي عن نيته في الترشح للانتخابات الرئاسية الإيرانية لعام 2009.
.. قال ان أهدافه الرئيسية هي: تأسيس العدالة الاجتماعية، المساواة والإنصاف، حرية التعبير، القضاء على الفساد وتسريع عملية الخصخصة في إيران، وبالتالي إبعاد إيران عن ما أطلق عليه "اقتصاد قائم على الصدقة". انتقد موسوي الرئيس المحافظ الحالي، محمود أحمدي نجاد، لسوء إدارته الاقتصادية المزعومة، وسأل، عندما كانت إيران "تحصل على أرباح من أسعار النفط المرتفعة، هل تخيل (أحمدي نجاد) حالة عندما تنخفض الأسعار؟" في 16 مارس 2009، انسحب الرئيس الإيراني السابق خاتمي من الانتخابات دعمًا لمير حسين موسوي.