وُلِدَت مارغريت في قلعة فارلي هانجرفورد في سومرسيت، وهي البنت الوحيدة الباقية على قيد الحياة لجورج بلانتاجينيت، دوق كلارنس الأول، وزوجته إيزابيل نيفيل، التي كانت البنت الكبرى لريتشارد نيفيل، إيرل وارويك السادس عشر، وزوجته آن دي بوشامب، كونتيسة وارويك السادس عشر. جدها من جهة أمها مات وهو يقاتل ضد عمه، إدوارد الرابع، في معركة بارنيت
.. والدها، كان دوق كلارنس، ثم تم تسميته إيرل سالزبوري ووارويك. أعلن إدوارد الرابع أن أخو مارجريت الأصغر إدوارد يجب أن يعرف باسم إيرل وارويك كلقب مهذب، لكن لم يتم إنشاء أي شرافت له. كانت مارغريت لها حق في إيرلدوم وارويك، لكن الإيرلدوم تم مصادرتها على إرث أخيها إدوارد.