اكتب استمرار لهذه الفقرة - عاد يجيبتكو إلى الاتحاد السوفييتي في أغسطس 1938، وأخذ منصب قائد لواء الغواصات الثاني في أسطول البحر الأسود. شغل هذا المنصب حتى ديسمبر 1939، عندما أصبح قائد لواء الغواصات في أسطول البلطيق. شغل هذا المنصب خلال الحرب السوفيتية الفنلندية
رحل في مايو 1940 ليعيد دراسته في الأكاديمية البحرية. تخرج في نيسان 1941، وترقيت في 26 نيسان إلى قائد الرتبة الأولى. من ذلك الشهر حتى سبتمبر كان قائد لواء الغواصات الأول في أسطول البلطيق. شارك يجيبتكو في العمليات العسكرية بعد الغزو الألماني للاتحاد السوفييتي في يونيو 1941. أثناء الإخلاء السوفييتي لتالين في أغسطس 1941، ضربت غواصته، "S-5"، لغم، وتم تفجير يجيبتكو من برج التحكم في الماء. تم انقاذه، مصاب بصدمة دماغية شديدة، بواسطة سفينة أخرى. من سبتمبر إلى أكتوبر 1941 كان تحت تصرف المجلس العسكري لسفينة البلطيق، قبل تعيينه كملحق بحري للسفارة السوفيتية في المملكة المتحدة. كملحق بحري، كان يجيبتكو غالباً يعمل كمراقب على السفن الحربية البريطانية، وبحر على متن السفن البريطانية في واجبات القافلة القطبية الشمالية.