بعد الحرب، درس ماكاي الفيزياء في جامعة كامبريدج تحت إرنست رذرفورد قبل عودته إلى أستراليا ووظيفته القديمة كمحاضر في جامعة سيدني. من 1933 إلى 1940 كان مدير مدرسة كرانبروك، سيدني. بقى في الميليشيا بين الحروب، وكان جنرال رئيسي في وقت اندلاع الحرب العالمية الثانية. تم اختياره لقيادة الفرقة السادسة في عام 1940، وقادها خلال المعارك الأولى للجيش الأسترالي في الحرب. أي شكوك حول قدرته اختفت بسرعة مع التزام الفرقة بحملة الصحراء الغربية. خلال معركة بارديا
في كانون الثاني/يناير عام 1941، استولت الفرقة السادسة على المدينة المحصنة مع 36000 سجين إيطالي. في معركة اليونان، أصبح الجنرال الأسترالي الوحيد الذي واجه "Waffen-SS" في المعركة. عانى من سلسلة من النكسات في اليونان، لكنه أعجب القوات تحت قيادته بشجاعته تحت النار. تم استدعائه إلى أستراليا في عام 1941 ليعمل كضابط عام قائد القوات الداخلية. في 6 أبريل 1942، تولى قيادة الجيش الثاني. خلال عام 1943 قاد مرتين قوة غينيا الجديدة في القتال في حملة غينيا الجديدة. انتهت خدمته النشطة مع تعيينه كمفوض عالي للهند في نوفمبر 1943.