أكمل الجملة التالية: في 13 يوليو 2011، أعلن أن جوناثان سيغادر سانتوس للتدريب مع عملاقي الدوري الإيطالي إنتر ميلان، بانتظار الانتهاء من عملية النقل. بعد يومين، في 15 يوليو، أصبح رسميا لاعب إنتر، ووقع عقد لمدة أربع سنوات. جوناثان انطلق في 11 سبتمبر 2011 في الأسبوع الثاني من
2011<unk>12 سيري أ، لعب 90 دقيقة كاملة في خسارة 4<unk>3 خارج الملعب لباليرمو. بعد ثلاثة أيام، ظهر جوناثان لأول مرة في دوري أبطال أوروبا، لعب المباراة بأكملها في يوم المباراة الأول ضد فريق ترابزونسبور التركي في خسارة 0-1 في سان سيرو.