على الرغم من أن البرتغال كانت محايدة أثناء الحرب العالمية الثانية، في ديسمبر 1941، تم احتلال تيمور البرتغالية من قبل قوة بريطانية وأسترالية وهولندية صغيرة، لمنع الغزو الياباني. ومع ذلك، غزت اليابان في معركة تيمور في فبراير 1942. تحت الاحتلال الياباني، تم تجاهل حدود الهولندي والبرتغالي مع جعل جزيرة تيمور منطقة إدارة واحدة للجيش الإمبراطوري الياباني (IJA). 400 من الكوماندوز الأستراليين والهولنديين المحاصرين في الجزيرة بسبب الغزو الياباني شنوا حملة عصابات، والتي ربطت القوات اليابانية وألحقت أكثر من 1000 ضحية. التيموريين والبرتغاليين ساعدوا المتمردين ولكن بعد إخلاء الحلفاء في نهاية المطاف، كان الانتقام الياباني من جنودهم والميليشيا التيمورية التي نشأت في تيمور الغربية قاسية. بحلول نهاية الحرب، مات ما يقدر بنحو 40 <unk>60,000 من التيموريين، وكان الاقتصاد في حالة خراب، وكانت المجاعة منتشرة على نطاق واسع (انظر معركة تيمور
)