في 7 مارس 2008، عندما كان كوماغاي في السابعة عشرة من عمرها، ظهرت لأول مرة مع المنتخب الياباني ضد كندا. في أغسطس، تم اختيار كوماغاي للفريق الوطني الياباني تحت 20 سنة في كأس العالم تحت 20 سنة 2008. في عام 2010، لعبت مع فريق U-20 كقائد خلال كأس العالم U-20 لعام 2010. في عام 2011، كانت جزء من فريق اليابان الفائز بكأس العالم، حيث سجلت الجزاء الفائز في النهائي.
ضد الولايات المتحدة. كانت أيضاً في الفريق في دورة الألعاب الأولمبية الصيفية لعام 2012 وكأس العالم 2015. اليابان حصلت على المركز الثاني في كلتا المسابقتين. في يناير 2017، تم تعيينها كابتن اليابان من قبل المدرب أساكو تاكاكورا. في عام 2018، فازت اليابان بكأس آسيا 2018. لعبت اكثر من 100 مباراة مع اليابان. في 10 نوفمبر 2019، سجلت كوماغاي أول هدف لها في مباراة ودية لليابان في فوز 2<unk>0 ضد جنوب أفريقيا.