عند اندلاع الحرب العالمية الثانية "آثوس الثاني" كانت لا تزال على طريق الشرق الأقصى لكن في 1 فبراير 1940 في كولومبو، انضمت سيلون الى القافلة الاسترالية/النيوزيلندية بعد مرورها عبر قناة السويس وعودتها لفرنسا، بدأت "آثوس الثاني" بخدمة مرسيليا ومصر وسوريا حتى 22 يونيو 1940 الهدنة الالمانية الفرنسية
عندما تم وضع السفينة في الاسكندرية بمصر مع سفن فرنسية اخرى تم الاستيلاء عليها في قناة السويس ومياه مصر. وبالاضافة الى السفن التجارية كان هناك قوة بحرية فرنسية، القوة X، تحت قيادة الأدميرال رين-إميل غودفروي الذي كان يعمل مع الأسطول البريطاني من الإسكندرية. بعد سقوط فرنسا مع فرنسا فيشي المسيطر عليها الالمانية والتي تسيطر على الموانئ الفرنسية واجه الفرنسيين خيارات الاستمرار مع الحلفاء تحت قيادة الجنرال دي غول، أو نزع السلاح أو الغرق من قبل البريطانيين. الإجراء البريطاني ضد الأسطول الفرنسي في اوران توقف نزع السلاح ولكن استأنف بعد مزيد من المفاوضات مع انخفاض قوة البحرية الفرنسية الناتجة ، حوالي 4000 رجل ، إلى ثلث. اِلْفَيْ مَلَّاحِينَ فرَنَسِيّينَ غَادَرُوا الإسكندرية عندما سُمِحَ لـ "أثوس الثاني" بالبحر في 13 يوليو 1940 مع الـ 1000 من الموظفين الباقين من القوة اِكس وبعض أفراد الطاقم التجاري إلى فرنسا. في سبتمبر 1940 ارجعت القوات الفرنسية من سوريا وبعدها اصبحت سفينة حراسة في الجزائر حتى استولت عليها الحلفاء في نوفمبر 1942 خلال عملية الشعلة.