في عام 1989، شارك جانشا في تأسيس احدى احزاب المعارضة الاولى في سلوفينيا، الاتحاد الديمقراطي السلوفيني (SDZ) واصبح نائب رئيسها الاول، ولاحقا رئيس مجلس الحزب. بعد اول انتخابات حرة في مايو 1990، اصبح وزير الدفاع في حكومة لوجي بيترلي، منصب شغلوه خلال حرب الاستقلال السلوفينية
في يونيو ويوليو 1991. جنبا الى جنب مع وزير الداخلية ايجور بافشار، كان جانشا المنظم الرئيسي لاستراتيجية سلوفينيا ضد جيش الشعب اليوغوسلافي.