اكتب استمرار لهذه الفقرة - في 13 يوليو 2011، اعلن ان جوناثان سيسافر من سانتوس للتدريب مع انتر ميلان، حتى يتم الانتهاء من النقل. بَعْدَ يومين، في 15 يوليو، اصبح رسميا لاعب انتر، ووقع عقد لمدة اربع سنوات. جوناثان دَفَعَ الدَفْعَةَ الاولَى في 11 سبتمبر 2011 في الاسبوع الثاني من 2011-12 Serie A
لعبت الـ90 دقيقه الكاملة في خسارة 4-3 خارج البلد لباليرمو. بَعْدَ ثَلاثَةِ أَيَّامٍ انْدَفَعَ جُونثان لأوَّلِ مَرَّةٍ في دوري الأبطال، وَلَعَبَ المباراةَ كُلَّهَا في المباراة الاوليَة ضِدَّ النَّادي التركي تَرابزونسبور في خسارة 0-1 في سان سيرو.