اكتب استمرار لهذه الفقرة - في عام 1861، ساعد هوكينز في جمع فرقة مشاة نيويورك التاسعة، وهي فوج على غرار فرقة الزواف، والمعروفة باسم "هوكينز الزواف" لخدمة الحرب الأهلية. عُيِّنَ هوكينز كولونيل في الفوج في 4 مايو 1861 وخدم بتمييز في كارولينا الشمالية في بداية الحرب. كَانَ جزءاً مِنْ بعثةِ بِنْجَامِين إف. بتلر لاستيلاءِ حصن هاتيراس
في عام 1861. توقعت ان يحصل على ترقية لجنرال لواء لخدماته في فورت هاتيراس وبدلاً من ذلك تم تخليصه من القيادة لعدم الطاعة. في 8 أكتوبر 1861، كتب هوكينز مستاء: "الجنرالات البريجاديون مصنوعون من اشياء غريبة جداً في الوقت الحاضر، لا يجب ان اعتبر ان اصبح واحداً منهم شرف كبير". هوكينز في الحقيقة حصل على ترقية في عام 1866 الى جنرال في 13 مارس 1865. بالرغم من عدائه، رسالة مبكرة من هوكينز لفتت انتباه الرئيس ابراهام لينكولن. دُعِيَ هوكينز للبيت الأبيض ليتشاور مع الرئيس والقائد العام جورج بي ماكليلان. هُنَاك كان مُساهم في إقناع القيادة العليا للاتحاد من إمكانية عملية مُجَمَعَة ضد ضفاف بامليكو في كارولينا الشمالية.