في القرن الثالث عشر و القرن الرابع عشر ، تَنازَعَ الإمبراطورية البيزنطية ، و ديسوبات إيبيروس ، و حكام تيساليا ، و الإمبراطورية البلغارية على مقدونيا ، لكن التغيير المتكرر للحدود لم يؤدي إلى أي تغييرات سكانية كبيرة. في 1338، غزته الامبراطورية الصربية، لكن بعد معركة ماريتسا
في 1371 اعترف معظم سادة صرب مقدونيا بالسيادة العثمانية. بَعْدَ غَزْوَةِ الأتراك العثمانيين لسكوبي في 1392، انضم معظم مقدونيا رسمياً إلى الإمبراطورية العثمانية.