اكتب استمرار لهذه الفقرة بعد تقاعده كلاعب، اصبح جونسون مدرب ناجح. قاد فريق نيويورك ميتس الى لقب السلسلة العالمية 1986، و لقب الجامعة الوطنية الشرقية الاضافي في 1988. فَازَ بِجَائِزَةِ مُدَبّرِ السَنَةِ في الدّوري الأمريكي في 1997 عندما قَادَ فريقَ بالتيمور أوريولز إلى بطولةِ الدّوري الأمريكي الشرقي. فاز بالجائزة نفسها في الدوري الوطني في 2012 عندما قاد واشنطن القوميين الى الاختيار الاول لقب القسم منذ الانتقال الى واشنطن العاصمة، و اولهم في العام منذ 1981. جونسون قاد الفرق الى بطولة الدوري في ثلاث سنين متتالية <unk> سنسيناتي ريدز في 1995 و اوريولز في 1996
و 1997. هو كمان مدرب لوس انجلوس دودجرز.