اكتب استمرار لهذه الفقره-- في 1861، في بداية الحرب الاهلية، عُين من قِبل قائد الحرس الوطني في نيويورك، العميد جون إف. راتبون، ليعمل كقائد طبي في مستودع ألباني. في يونيو 1862, بعد معركة سيفاج ستيشن
بعد ان انسحب جيش البوتوماك واطبائه، بقي سوينبورن ليعتني بالآلاف من السجناء الجرحى، كل من الاتحاد والكونفدرالية. احتراماً لموقفه المبدئي، أعطاه قائد الكونفدرالية ستونوال جاكسون تصريحاً، مع ملاحظة شخصية مرفقة، تسمح بزيارات لأسرى الاتحاد. فِي 1864، حَكَمَهُ الحَاكِمُ هوراشيو سيمور على منصب الضابط الصحي لميناء نيويورك، وفي 1867، أعاد حَكَمَهُ الحَاكِمُ روبن فنتون، وخدم لمدة ست سنوات، حتى 1870. وخلال ادارته، بالرغم من تردد الهيئة التشريعية للولاية في تخصيص التمويل، أشرف على بناء منشآت الحجر الصحي الراقية آنذاك على الجزر التي سميت سوينبورن وهوفمان.