في بداية الحرب العالمية الثانية، تم تعيين بروتيه للفرقة الغواصات الثالثة، ومقرها تولون، جنب شقيقاتها، و. في بداية فبراير 1940، نقلت فرقة الغواصات الثالثة لفترة وجيزة الى الدار البيضاء لتنفيذ مراقبة جزر الكناري، حيث كان هناك اثنين من سفن الشحن الالمانية. ثُمَّ قُسِمَتْ فرقة الغواصات إلى مسرح المعركة في البحر الأبيض المتوسط في 12 نيسان/أبريل ، أولاً في بيزرت ثم ، بدون "فريسنيل" ، في بيروت ، تحت سلطة القائد العام البريطاني في الإسكندرية. "بروتيه" شاركت في عدة دوريات في دوديكانيز حتى توقيع الهدنة بين فرنسا و المانيا
في 22 يونيو 1940. فِي 25 يونيو ، التاريخ الذي دخلت فيه الهدنة حيز التنفيذ ، تجاهل كابتن "Protée" أوامر بالعودة الى بيروت ، وبدلاً من ذلك أبحر الى الإسكندرية ، ليصبح جزءاً من القوة X. تم توبيخ الكابتن لهذا الحادث.