وُضِعَ في المكتب العام للبحرية الإمبراطورية اليابانية كقائد قسم العمليات في أكتوبر 1940 وواصل توميوكا الخدمة في هذا المنصب خلال السنتين الاولين من حرب المحيط الهادئ، وخلال هذه الفترة عارض الهجوم على بيرل هاربور دون نجاح. كمان عارض بشدة خطط الاميرال ايسوروكو ياماموتو لعملية ميدواي
اقترح ان تحتل اليابان جزر فيجي وساموا المهمة استراتيجياً كما دافع توميوكا عن التركيز على احتلال بورت مورسبي في غينيا الجديدة، إما كقاعدة غزو لأستراليا، أو لجذب أسطول الناقلات الأمريكية بقدر الإمكان من قواعدها. تم رفضه لما هدد ياماموتو باستقالته.