بعد ذلك، حول الجيش الألماني اهتمامه نحو الغرب، وفي نيسان 1940 غزا الدنمارك
 "شلسفيغ هولشتاين" تم تعيينه للجزء البحري من قوة الغزو. وخلال الغزو، قُفِلَت السفينة لفترة وجيزة في الحزام العظيم، غرباً من اجرسو. بعد العملية، تم نقلها الى مهام التدريب، كالسفينة الرائدة لرئيس الوحدات التدريبية. في نهاية 1943، اعادة تفعيل "شلسفيغ هولشتاين" تم التفكير فيه مرة اخرى. في صالحها كانت حقيقة انها احتفظت ببعض المراجل التي تعمل بالفحم، نظرا لوضع امدادات النفط المتدهور. ولهذا ففي الاول من فبراير 1944 اعيدت الى الخدمة مرة اخرى واصبحت في البداية سفينة تدريب للكاديتين ولاحقاً في السنة رصفت في جوتنهافن (غدينيا) من اجل اعادة تجهيزها. كان من المفترض ان تتحول الى سفينة مرافقة قوافل مع تسليح مضاد للطائرات، لكن بعد ان اصابتها ثلاث مرات قاذفات قنابل من القوات الجوية الملكية في 18 ديسمبر 1944، اخيراً غرقت في المياه الضحلة. وَبِمَا أَنَّ السَّفِينَةَ عُطِلَتْ إِلَى الأَبَدِ، أُرْسِلَ أَصْحَابُهَا إلى الشَّاطِئِ لِيُسَاعِدُوا في الدِّفَاعِ عَنْ مَارِينبُرْج.