اكمل مهنته كلاعب مع النادي النمساوي ريد بُل سالزبورغ، حيث اتخذ بعد ذلك دور غير اللاعب كمدرب لفريق الاحتياطي وفي النهاية اصبح مساعد مدير تحت مدير الفريق ريكاردو مونيز. في يناير 2013 ، تولى كوفاتش فريق كرواتيا الوطني تحت 21 سنة وفي أكتوبر 2013 تولى فريق كرواتيا الرفيع بعد طرد إيغور ستيماك. كوفاتش كَانَ يُدَرِّبُ كرواتيا في كأس العالم 2014 ، ثُمَّ صَارَ مدربًا رئيسيًا لـ إينتراخت فرانكفورت في عام 2016 ، فَفَازَ بِنهائي كأس الدوري الألماني 2018.
مع النادي. في بايرن، فاز كوفاتش بالدوبل المحلي في عام 2019 بعد انتهاء الموسم بقوة، لكن خسر وظيفته في وقت لاحق في نفس الخريف. فِي صَيْفِ 2020، عُيِّنَ كوفاتش مدرباً لموناكو.