في ديسمبر 1944 ، بينما استمرت القوات الفلبينية والأمريكية المشتركة في تقدمها لتحرير الفلبين من القوات اليابانية ، تم نقل حكومة الجمهورية الفلبينية الثانية ، والتي شملت أكينو ، إلى باجويو. بعد ذلك، طُرِحَت الى اليابان حيث، مع مسؤولين اخرين، اعتقل اعضاءها وسجنوا في سجن سوجامو عندما استسلم اليابانيون
 فِي 25 أغسطس 1946 ، أُرْجِعَ أكينو إلى الفلبين ليحاكمَهُ في محكمة الشعب بتهمة الخيانة؛ وبعد بضعة أسابيع أُطْلِقَ بكفالة.