اكتب استمرار لهذه الفقره-- مع انفصال 11 ولاية جنوبية واندلاع الحرب الاهلية، انضم ميلر لجيش الاتحاد. فِي 27 أغسطس 1861, حَاكِمُ أوليفر ب. مورتن كَلَّفَ ميلر كَعَقِيدِ 29 مِنْ مَشَاةِ إنديانا. بعد التدريب ، تم تعيين الفوج للكتيبة كيرك في فرقة الكسندر م. مكوك في جيش بويل من أوهايو و سار إلى تينيسي. ميلر شاف العمل في اليوم الثاني من معركة شيلوه
وكذلك خلال الحصار اللاحق لكورينثوس. قاد ميلر فوجه عبر شمال الاباما وتينيسي ولاحق براكستون براغ عبر كنتاكي. مِلِر كَانَ قائدَ لواءٍ بِتَحْتِ قيادةِ جيمس نِجلي خلال معركة نهر ستونز في أواخر ديسمبر 1862. ففي اليوم الثاني من المعركة، قاد ميلر هجوم مضاد للاتحاد عبر نهر ستونز الذي دَفَع هجوم الكونفدرالي جون سي بريكينريدج. وخلال هذه الهجوم جُرِحَ ميلر في الرقبة.