اكتب استمرار لهذه الفقرة - قدرة البكتيريا على تحلل مجموعة متنوعة من المركبات العضوية رائعة وقد استخدمت في معالجة النفايات والعلاج البيولوجي. البكتيريا القادرة على هضم الهيدروكربونات في البترول غالباً ما تستخدم لتنظيف انسكابات النفط. زادوا الأسمدة لبعض الشواطئ في برنس ويليام ساوند في محاولة لتعزيز نمو هذه البكتيريا الطبيعية بعد تسرب النفط "إكسون فالديز" 1989
 هَذِهِ الجهود نجحت على الشواطئ التي لم تكن مغطاة بالزيت تُستخدم البكتيريا ايضاً للتعافي الحيوي من النفايات الصناعية السامة. في الصناعة الكيميائية، البكتيريا مهمة جداً في إنتاج المواد الكيميائية النقية من الناحية المتحولية لاستخدامها كالمواد الصيدلانية أو المواد الكيميائية الزراعية.