وبالرغم من ان معاداة السامية الاسلامية ازدادت بعد الصراع العربي الاسرائيلي، كان هناك اعمال شغب ضد اليهود في دول الشرق الاوسط قبل تأسيس اسرائيل، بما في ذلك الاضطرابات في الدار البيضاء وشيراز وفاز في العشرينات من القرن العشرين، ومذابح في القدس و يافا وصفيد والخليل في العشرينات من القرن العشرين، ومذابح في الجزائر وتركيا وفلسطين في الثلاثينات من القرن العشرين، فضلا عن الهجمات على اليهود في العراق وتونس في الأربعينات من القرن العشرين. كَمَا قرَّرَ الزَّعيمُ العَرَبِيُّ الفلسطينيّ أمين الحسيني أن يُقيم تحالفاً مع ألمانيا هتلر خلال الحرب العالميّة الثانية، قُتِلَ 180 يهودي و جُرِحَ 700 يهودي في أعمال الشغب المستوحاة من النازيين في 1941 والتي تُعرف باسم الفرهود. اليهود في الشرق الاوسط تأثروا ايضا بالهولوكوست. اكبر جزء من شمال افريقيا خاض تحت سيطرة النازيين وكثير من اليهود تم التمييز ضدهم واستعملوا كعبيد حتى هزيمة المحور. فِي عام 1945، جُرِحَ المئات من اليهود خلال مظاهرات عنيفة في مصر و تم تدمير الممتلكات اليهودية ونهبها. في نوفمبر 1945، 130 يهودي قُتِلوا خلال مقتل في طرابلس. في ديسمبر 1947، بعد فترة وجيزة من خطة تقسيم الأمم المتحدة، أدت أعمال الشغب العربية إلى مئات الضحايا اليهود في حلب، بمن فيهم 75 قتيلا. في عدن
87 يهودي قُتِلوا و 120 جرحوا. حشد من البحارة المسلمين نهبوا منازل و محلات يهوديه في المنامة. وخلال 1948 كان هناك المزيد من الشغب ضد اليهود في طرابلس والقاهرة وعجدة وجرادة. كَمَا انْتَهَتْ حَرْبُ العَرَبِ الإسْرَائِيْلِيّةِ الأُولَى فِي 1949، هَجَمَ قَرَنَاتٌ على كَنِيسَةِ المِنَرْشَا في دمشق، فَقَتَلَ اثْنَيْنِ وَجَرَحَ ثَلاثِينَ. حرب الستة ايام عام 1967 قادت الى اضطهاد اكبر ضد اليهود في العالم العربي، مما دفع زيادة في الهجرة اليهودية التي بدأت بعد ان تأسست اسرائيل. وخلال السنوات اللاحقة، انخفض عدد السكان اليهود في الدول العربية من 856,000 في عام 1948 إلى 25,870 في عام 2009 نتيجة للهجرة، معظمهم إلى إسرائيل.