1939 m. rugsėjį prasidėjo karas ir Möller prisijungė prie kariuomenės.
1945-ieji. Tąmet Nirrnheim mirė praėjus kelioms dienoms po aštuoniasdešimties gimtadienio, o Mölleris iš karo grįžo į Hamburgą, vėl pradėdamas dirbti Hamburgo istorijos asociacijoje ir kaip vyresnysis miesto archyvo valdymo komandos narys. 1948 m. jis buvo paskirtas direktoru (vadovu) Jis įstojo į pareigas 1948 m. Sausio 1 d., tačiau 1948 m. Vasario pradžioje buvo išsiųstas į atostogas, nes galėjo būti atleistas.