1570-80 m. Paprocki prisidėjo prie nelaimingų Zborowski šeimos politinių pastangų, prisijungė prie Katalikų partijos ir palaikė Austrijos Habsburgų kandidatūrą į Lenkijos sostą (karališkąjį rinkimą). Paprocki palaikė Dancigo sukilimą ir 1577 m. dalyvavo Dancigo apgultyje. Po nesėkmingų Austrijos archiduke Maksimiliano III pastangų už Lenkijos karūną ir po Sigismundo III Vaso pergalės 1588 m. Bizkinos mūšyje
, Paprocki buvo priverstas palikti Lenkiją ir išvyko į politinį tremtinį Moravijoje.