Fontàs debiutavo 2009 m. rugpjūčio 31 d., pakeisdamas kitą "La Masia" absolventą Gerardą Piqué, per paskutines šešias minutes La Ligas namuose laimėjo 3-0 Sporting de Gijón. 2009-2010 metų sezoną jo vadovas Pepas Guardiola pakvietė į Ispanijos Superpokalį ir
UEFA Super taurės rungtynėse, atitinkamai prieš "Athletic Bilbao" ir "FC Shakhtar Donetsk", tačiau galiausiai nė vienoje iš šių rungtynių nepasirodė ant suolo. Jis praleido didžiąją dalį savo pirmųjų sezonų registruotas rezervuose.