Pradedant Amerikos pilietiniam karui, Bunnas įstojo į 72-ąjį Pensilvanijos pėstininkų pulką. 1862 m. birželio 29 d., Savage's Station mūšyje
, jis buvo sužeistas ir suimtas Konfederacijos pajėgų. Bunas buvo laikomas karo belaisviu Richmonde, Virdžinijoje, kol vėliau tais metais buvo paleistas per keitimąis belaisviais. Grįžęs į Filadelfiją, Bunui vėl kilo problemų dėl žaizdos ir buvo atleistas iš ligoninės.