1944 m. spalio mėn. Trečiasis laivynas buvo paskirtas "Šiaurės jėga" pagal trijų pajėgų planą nugalėti sąjungininkų invaziją
Japonijos kontroliuojamų Filipinų. Trečiojo flotilės lėktuvnešiai buvo išvaryti iš visų lėktuvų, išskyrus 108, ir išsiųsti, kad amerikiečių vadovaujamas laivynas būtų nukreiptas nuo karių iškrovimo laivų apsaugos. Spalio 25-26 dienomis, susidūręs su dideliu kariniu pajėgumu, kuris apėmė dešimt JAV karinių laivų vežėjų, 600-1000 orlaivių, Trečiasis laivynas pralaimėjo 4 orlaivių vežėjus, vieną lengvą kryžminį laivą ir vieną naikintuvą mūšyje prie Engaño kyšulio. Trečiasis laivynas faktiškai nustojo egzistuoti ir buvo oficialiai išardytas 1944 m. gruodžio 15 d.