Jūrų karas taip pat tęsėsi, Jungtinė Karalystė išlaikė Prancūzijos blokadą jūra. Rusija, Prūsija, Danija ir Švedija prisijungė, kad apsaugotų neutralų laivybą nuo britų atakų, bet nesėkmingai. Britų admirolis Horatio Nelsonas užpuolė Danijos laivyną uoste Kopenhagos mūšyje, sunaikindamas didelę dalį vienos iš pastovesnių Prancūzijos sąjungininkų laivyno. Dėl paliaubų jis negalėjo toliau plukdytis į Baltijos jūrą ir pulti Rusijos laivyno prie Revalo (Talinas). Tuo tarpu, prie Gibraltaro, prancūzų eskadronas, vadovaujamas Linois, atremė pirmąjį britų ataką, vadovaujamą Saumarez, pirmoje Algeciras mūšyje.
, užgrobti linijos mūšio laivą. Antrame Algeciraso mūšyje, praėjus keturioms dienoms, britai užėmė prancūzų laivą ir nuskendo du ispanus, žuvo apie 2000 daugiausia ispanų jūrininkų, o 12 britų žuvo.