Johnsonas 2016 m. sezoną pradėjo gerai, per pirmuosius dešimt renginių šešis kartus pasiekė dešimtuką geriausių. Po to, kai jis du kartus praėjo už dešimties geriausių, jis beveik laimėjo "Memorial" turnyrą, pasibaigus vienu šūviu už galutinį nugalėtoją Williamą McGirtą. Po savaitės jis vėl pasiekė dešimtuką FedEx St. Jude Classic. Džonsonas laimėjo 2016 m. JAV atvirojo čempionatą.
2016 m. Birželio 19 d. Jis laimėjo savo pirmąjį didžiulį titulą. Tačiau pergalė buvo apsupta ginčų, nes Džonsonas buvo nubaustas vienkartine bauda po to, kai jo paskutinis raundas buvo baigtas dėl incidento penktame žaliajame. Kai jis ruošėsi įmušti kamuolį, jo kamuolys šiek tiek judėjo. Džonsonas atsitraukė, sakydamas, kad jis neadresuoja kamuolio. Po to, kai jis kalbėjo su vietiniu taisyklių pareigūnu, jam buvo nurodyta tęsti savo šaudymą, kurį jis sėkmingai padarė. Jis laimėjo per tris smūgius prieš Šeną Louri, Skotą Piersi ir Džimą Furiką. Šis incidentas sukėlė pasipiktinimą tarp daugelio geriausių pasaulio golfo žaidėjų, o tokie žaidėjai kaip Jordan Spieth, Rory McIlroy, Rickie Fowler ir Webb Simpson socialiniuose tinkluose kritikavo USGA dėl šio sprendimo. Po šios pergalės Džonsonas pakilo tris pozicijas OWGR į trečią vietą.