Po sugrįžimo į Flandriją, Coxie pasiliko Mechelen ir į savo dirbtuvę priėmė du mokinius. Tačiau Mechelenas tapo kultūrinė tuštuma, o Antverpė pasiūlė patrauklių galimybių, nes daug sunaikintų altorių reikėjo pakeisti, o jo pagrindiniai istorijos tapytojai Fransas Floris ir Willemas Key ką tik mirė. 1575 m. Antverpenoje jis užbaigė altorių ir 1578 m. buvo įregistruotas Antverpeno šv. Luko gildijoje. Antverpene jis išbuvo 1580-1585 metais, kai miestą valdė kalvinistai. Kaip katalikas jis netgi galėjo gauti komisines paslaugas iš vietos valdžios, tolerantiškos katalikams. 1585 m. jis buvo užregistruotas kaip nuomininkas Antverpeno Kloosterstraate, o jo namas Mechelenas buvo išnuomotas. Po Antverpeno žlugimo
1585 m. Ispanijos katalikų valdžia sugrįžo į miestą, ir Coxie iš karto gavo užsakymus iš Mechelenų mecenatų, įskaitant miesto valdžią. Ispanijos karaliaus nuolatinis dėkingumas pagyvenusiam menininkui buvo akivaizdus, kai 1589 metais jis jam skyrė pensiją. Koxi toliau piešė net ir būdamas daugiau nei 90 metų. Paskutinis jo darbas, datuotas 1592 m., buvo, šiandien Šv. Michaelio ir Šv. Gudulos katedroje Briuselyje. Ant vienos iš šoninių plokščių yra vienintelis žinomas Filipo II portretas, kurį nutapė menininkas. Netrukus po to jis mirė, atsitiktinai nukritęs nuo skafandžio, dirbdamas Antverpeno miesto rūmuose, kur buvo restauruojamas "Salomo teismas", kurį jis devynerius metus anksčiau buvo padaręs Antverpeno miesto tarybai.