Nagatomo antrąjį "Inter Milan" sezoną pradėjo žaidžiant 62 minutes pirmojoje "Serie A" rungtynėse
Žaidimas prieš "Palermo" baigėsi pralaimėjimu 4:3. 2011 m. rugsėjo 27 d. Nagatomo padėjo Giampaolo Pazzini, įmušęs Aleksejus Berezutski, o vėliau pergalė prieš CSKA Maskvą per antrąjį Čempionų lygos grupės etapo rungtynes. 2011 m. gruodžio 10 d. jis užsitarnavo savo pirmąjį golą "Fiorentina" rungtynėse prieš "Genoa". Paskutinėje 2011-ųjų rungtynėje prieš "Lecce" namuose, Nagatomo pasirodė kaip " rungtynės varžovas", suteikdamas dvi asistencijas pergalėje 4-1.