1861-62 m. Kimberly tarnavo fregate Vakarų įlankos blokavimo eskadronoje, dalyvaudama Misisipės upės operacijose prie Hudsono uosto,
1862 m. liepos 16 d. buvo paaukštintas į leitenantą. 1863-1864 m. jis tarnavo garų laivų vadovu, dalyvavęs Mobilės įlankos mūšyje, po kurio jis buvo šiltai pagyrtas už savo drąsią ir efektyvią tarnybą. Po karo jis prisijungė prie Jungtinių Valstijų ištikimojo legiono karinio ordino.