Verstappenas pradėjo 2016 m. sezoną Toro Rosso, vėl kartu su Sainz. Verstappenas buvo penktas Australijoje, bet per lenktynes keletą kartų paskambino savo komandai dėl frustracijos dėl to, kad jis buvo už Sainz'o trasos, prieš tai, kai bandė jį praleisti likus trims ratams, ir galiausiai baigė dešimta. Verstappenas sekančioje lenktynėse Bahreine praleido sėkmingesnį savaitgalį
"Toro Rosso" pirmą kartą pasiekė taškus Sakiro rajone, užimdama šeštą vietą.