Japonijos imperija įsiveržė į Morotai 1942 m. pradžioje kaip Nyderlandų Rytų Indijos kampanijos dalį. JAV pajėgos ir jų sąjungininkai pradėjo Morotai mūšį
1944 m. bombardavo salą rugpjūtį ir įsiveržė į ją rugsėjį. Japonijos imperatorinės pajėgos Morotai išsilaikė iki 1945 metų, bet nesugebėjo išvaryti sąjungininkų pajėgų. 1944 m. pabaigoje į Morotai nusileido 61 000 karių. Du trečdaliai jų buvo inžinieriai, kurie greitai įkūrė įrenginius, įskaitant uostus ir du kilimo ir tūpimo takus bei didelius degalų sandėlius.