2017 m. Kovo 4 d. Aubameyangas antrą sezoną iš eilės pasiekė 20 Bundesligos tikslų, du iš jų įmušęs "Bayer Leverkusen". Po keturių dienų jis užmušė hat-triuką pergalėje prieš "Benfiką" 4:0, kad Dortmundas patektų į Čempionų lygos ketvirtfinalį. Gegužės 20 d. Aubameyangas du kartus įmušė "Borussia" pergalę prieš "Werder Bremen" ir baigė sezoną kaip geriausias Bundesligos užmušėjas su 31 tašku. Finale
2017 m. gegužės 27 d. 2016-17 metų DFB Pokalo varžybose jis įmušė laimėtoją tašką, penalti, kai Dortmundas nugalėjo Eintracht Frankfurt 2-1.