Kiernanas primygtinai norėjo prisijungti prie kovotojų, ir dėl to buvo paskirtas majoru 6-ajame Misūrio pulke. 1863 m. gegužę Port Gibsone
Jis buvo sužeistas į kairį plaučią ir paliktas lauke. Atkurtas ir įkalintas, jis pabėgo atgal į Sąjungos pajėgas ir atsistatydino. 1863 m. rugpjūčio 1 d. prezidentas Abraomas Linkolnas paskyrė jį brigados generoliu savanoriais; jis vadovavo Miliken's Bend prie Misisipės upės. Tačiau dėl savo žaizdų mūšyje jis buvo priverstas atsistatydinti 1864 m. vasario 3 d.