Nesta savo paskutinį sezoną su "Milan" pradėjo laimėdamas 2011 m. Supercoppa Italiana 2011 m. Rugpjūčio 6 d., Pekine nugalėdamas miesto varžovus "Internazionale" 2:1. "Milanas" Serie A baigė antras po "Juventus"
Tą sezoną jie buvo išbraukti iš Italijos taurės pusfinalo ir Čempionų lygos ketvirtfinalo. Gegužės 10 dieną per spaudos konferenciją Nesta paskelbė apie savo išėjimą iš Serie A po sezono. Per dešimt sezonų Milano klube, Nesta surinko 325 varžybas ir įmušė 10 tikslų. Kartu su "Milan" jis laimėjo du Serie A titulus, vieną Italijos taurę, du Italijos superpokalus, du Čempionų lygos titulus, du UEFA superpuodus ir FIFA klubo pasaulio taurę.