Po persikėlimo į Džakartą, Latuharhary taip pat pradėjo dirbti Japonijos vidaus reikalų departamentui, kad galėtų valdyti Molukų salos gyventojus Javoje ir prisiimti atsakomybę už jų veiksmus. 1944 m. grupė ambonezių, įskaitant Latuharhary, buvo suimti Kenpeitai ir atgabenti į Bogorą, nes jie buvo įtariami šnipinėjimu sąjungininkų pajėgoms ir dėl to, kad Latuharhary iš dalies pasinaudojo savo padėtimi Japonijos administracijoje politiniais tikslais. Tačiau jo žmona ir dar du žmonės vėl įtikino Japonijos karinių jūrų pajėgų vadas pasirūpinti jų išlaisvinimu. 1944 metų pabaigoje jis vėl buvo suimtas po to, kai iš kalėjimo pabėgo molukų kalinys. Japonijos valdžia tuo metu ypač įtarė Ambonese po Morotai mūšio.
1944 m. strateginis Ambono bombardavimas, dar labiau paskatintas sąjungininkų šnipinėjimo operacijomis Molukų salose, vadovaujamos Ambono Julius Tahija.