Po Meksikos nepriklausomybės 1821 m. Didelė Ispanijos kariuomenės dalis iki 1825 m. tęsė San Juano de Ulúa okupaciją. 1825 m. lapkričio mėnesį jis buvo atiduotas Meksikos generolui Migueliui Barraganowi. Prezidento Vicente Guerrero išduoto išsiuntimo įsakymo pagrindas buvo jų nesėkmingas bandymas vėl užkariauti Meksiką. Nuo to laiko San Juan de Ulúa buvo karinis ir politinis Meksikos pasipriešinimo užsienio invazijoms ir okupacijoms simbolis. 1836 m. prancūzai bombardavo tvirtovę Veracruzo mūšyje, per konditerijos karą, konfliktą, kilusį dėl to, kad Meksikoje esantis prancūzas siekė kompensacijos už savo tariamai sugadintą konditerijos parduotuvę; per Meksikos-Amerikos karą Jungtinės Valstijos užėmė tvirtovę.
1863 m. prancūzai trumpam okupavo miestą, kai Meksikos imperatoriumi tapo Maksimilianas I. Didžiąją XIX a. dalį fortas tarnavo kalėjimu, ypač politiniams kaliniams, kurie buvo laikomi opoziciniais. Čia praleido laiką daugelis žinomų Meksikos politikų, kai jie nebuvo valdžioje.