Jis žaidė su Argentina 2006 m. FIBA pasaulio čempionate, kur jo komanda baigė 4-ąją vietą. Ginóbili buvo Argentinos vėliavos nešėjas 2008 m. Vasaros olimpinėse žaidynėse Pekine, Kinijoje. 2008 m. Pekino vasaros olimpinių žaidynių krepšinio turnyre
Ginóbili's Argentina nugalėjo Lietuvą ir laimėjo bronzos medalių žaidimą, nors šaulys nežaidė toje rungtynėje po to, kai turnyro pusfinalyje patyrė traumą. 2010 m. Balandžio mėn. Ginóbili paskelbė, kad dėl šeimos priežasčių nedalyvaus 2010 m. FIBA pasaulio čempionate. 2012 m. Londono vasaros olimpinėse žaidynėse jis varžėsi už komandą, kur Argentinai vos pavyko laimėti bronzinį medalį varžybose su Rusija. Paskutinį kartą žaidė 2016 m. Rio de Žaneiro vasaros olimpinėse žaidynėse, kur Argentina užėmė 8-ąją vietą.