1945 m. birželį Džounsas buvo paaukštintas į RNR kapitono pareigas ir buvo paskirtas į Pietryčių Azijos vadovybę, vadovaujant admirolui Mountbattenui. Jis buvo paskirtas Nyderlandų Rytų Indijos divizijos jūrų transporto pareigūnu, įsikūrusiu Javoje, Batavijoje. Karas Azijoje baigėsi 1945 metų rugpjūtį Japonijos kapituliacija.
Tačiau jie vis tiek turėjo pasirūpinti karinių pajėgų ir atsargų gabenimu atgal, taip pat civilinių ir karinių karo belaisvių vežimu iš japonų stovyklų.