Czisny baigė trečią 2008 Skate Canada International 2008 <unk> 09 Grand Prix serijoje už Joannie Rochette ir Fumie Suguri. 2009 m. JAV čempionate
, ji laimėjo trumpąją programą daugiau nei penkių taškų. Ji baigė trečiąja ilgoje programoje, bet laimėjo aukso medalį dėl savo pirmavimo trumpoje. Czisny laimėjo savo pirmąjį nacionalinį titulą, prieš Rachael Flatt ir Caroline Zhang. Ji uždirbo savo antrą kelionę į keturių žemynų ir pasaulio čempionatus, kuriuose ji baigė atitinkamai devintą ir vienuoliktą.