2017 m. Kovo 4 d. Aubameyangas antrą sezoną iš eilės pasiekė 20 Bundesligos tikslų, du iš jų įveikė "Bayer Leverkusen". Po keturių dienų jis užmušė hat-triuką pergalėje prieš "Benfiką" 4:0, kad Dortmundas patektų į Čempionų lygos ketvirtfinalį. Gegužės 20 d. Aubameyangas du kartus įmušė "Borussia" pergalę prieš "Werder Bremen" ir baigė sezoną kaip geriausias Bundesligos užmušėjas su 31 tašku. Į
2017 m. gegužės 27 d. 2016-17 metų DFB Pokalo finalo metu jis įmušė laimėtojo tašką, penalti, kai "Dortmund" nugalėjo "Eintracht Frankfurt" 2:1.