1523 m. George'as iš Schellenbergo turėjo Krnovą parduoti Hohenzollern margrafui George'ui iš Brandenburgo-Ansbacho, kuris galėjo pasikliauti savo sutuoktinio Beatrice de Frangepan, Matthias Corvinus našlės, Vengrijos paveldėjimu. Nuo 1532 m. markgrafas valdė visą Aukštutinę Sileziją, kai taip pat paveldėjo Opole ir Racibórz kunigaikštystę iš Piastų kunigaikščio Jano II Garo. Jis atstatė Krnovo pilį ir įvedė protestantų reformaciją Silezijoje, išvarydamas vietinius germanų riterius, franciškonus ir minoritus. Didėjančią protestantų Hohenzollernų giminės galią Silezijos karūnos žemėse įtariai stebėjo Habsburgų karalius Ferdinandas I, Bohemijos karalius nuo 1526 m. Nepaisant to, Džordžas, taip pat jo sūnus, markgrafas Džordžas Fryderikas, valdęs nuo 1543 m., sugebėjo išlaikyti kunigaikštystę. Konfliktas sustiprėjo, kai 1603 m. mirė Džordžas Fridrichas be vaikų ir paliko Krnovą savo pusbroliui Joachimui III Fridrichiui Brandenburgo, kuris 1607 m. jį atidavė savo sūnui Johanui Georgui. Habsburgų valdovai laikė kunigaikštystę sugrįžtu feudu, o po Čechų sukilimų ir 1620 m. Baltojo kalno mūšio
Imperatorius Ferdinandas II konfiskavo Hohenzollernų nuosavybę savo Bohemijos žemėse. Ištikimas Ferdinando rėmėjas Lichtenšteino princas Karlas I, Opavos kunigaikštis nuo 1613 m., gavo Krnovą. Abi kunigaikštystės buvo sujungtos 1623 m. ir buvo pakrikštytos kontrreformacijos.