Po įspūdingų Argentinos Juniors pasirodymų 1985 m. Copa Libertadores, Argentinos treneris Carlosas Bilardo pakvietė Batistą į draugišką rungtynes prieš Meksiką 1985 m. Lapkričio 14 d. Žaidime, kuris baigėsi 1<unk>1 lygiomis. Artėjant 1986 metų FIFA pasaulio futbolo čempionatui, Batista greitai įsitvirtino kaip Argentinos nacionalinės futbolo komandos pirmuoju pasirinkimu. Nepaisant jo ribotos tarptautinės patirties, jis žaidė kiekvieną turnyro rungtynes, Argentinos laimėjo. Batista 1987 m. Amerikos taurės varžybose dalyvavo.
1989 m. Amerikos taurė ir 1990 m. Pasaulio futbolo čempionatas, kuriame Argentina tapo antruoju.