1841 m. Scottas tapo Jungtinių Valstijų armijos generaliniu vadu, nugalėdamas savo varžovą Edmundą P. Gainesą. Po Meksikos-Amerikos karo 1846 m. Scottas buvo paverstas administraciniu vaidmeniu, tačiau 1847 m. Jis vadovavo kampanijai prieš Meksikos sostinę Meksiko miestą. Po sugavimo
Per karą už Veracruzo uostamiestį jis nugalėjo Meksikos generolo Antonio López de Santa Anna armijas Cerro Gordo, Contreras ir Churubusco mūšiuose. Po to jis užėmė Meksikos miestą, po kurio jis palaikė tvarką Meksikos sostinėje ir netiesiogiai padėjo pasiuntiniui Nicholas Trist derėtis dėl Gvadalupės Hidalgo sutarties, kuri užbaigė karą.