Tačiau, kaip dažnai buvo Lenkijos rinkimų monarchijos atveju, rezultatas buvo smarkiai ginčijamas "nugalėtojų" ir godulio ir užsispyrusio Lenkijos kilmingumo, kuris palaikė Austrijos archiduchą Maksimilijoną III. Išgirdęs apie savo išrinkimą, karalius Zygmundas perėjo protestantų spąstus Švedijoje ir spalio 7 d. nusileido Lenkijoje. Jis iš karto sutiko atsisakyti kelių karališkųjų privilegijų Bendrijos "Sejm" (parlamentui), tikėdamasis laimėti kai kuriuos savo priešus ir išspręsti ginčytinus rinkimus. Mažosios Prūsijos iždininkas Janas Dulskis paskelbė jį karaliumi karaliaus maršalio Andrzejaus Opaliński vardu. Gruodžio 27 d. jis buvo karūnuotas Wawelo katedroje Krokuove. Atrodė, kad klausimas, kas taps Lenkijos karaliumi, buvo išspręstas, kai Maksimilianas III vadovavo savo kariuomenei ir užėmė sostą. Kariniai veiksmai ilgai nevykdo, nes hetmanas Janas Zamoyskis, vadovaudamas Lenkijos kariuomenei, ištikimai karaliui Sigismundui, susitiko ir sėkmingai nugalėjo Austrijos kariuomenę Bizkinos mūšyje.
ir paėmė Maksimilijoną III kaip karo belaisvį. Tačiau popiežiaus Siksto V prašymu karalius Zygmundas III paleido Maksimilijoną, kuris 1589 m. atsisakė savo pretenzijų Lenkijos valstybei. Karalius Zygmundas taip pat stengėsi palaikyti taiką su savo galinga kaimyna, 1592 metais vedęs Austrijos arkidukešę Aną. Jis visada norėjo būti katalikų Austrijos sąjungininku prieš protestantų jėgas, kurios išardė krikščioniją.