Doherty 2012-13 metų sezoną pradėjo pralaimėdamas 4<unk>5 nuo Stuart Bingham'o Antrame Wuxi Classic etape ir 3<unk>5 nuo Martin Gould'o Australijos Goldfields Open etape. Jis pasiekė ketvirtfinalinį turnyrą, tačiau pralaimėjo Markui Selby. Doherty buvo nugalėta kvalifikacijoje į Šanchajaus Masters ir 2012 m. JK čempionato varžybas ir nesugebėjo patekti į tarptautinės čempionato laukinių kortų ratą. Penktame Europos turnyro turnyre, "Scottish Open"
, jis nugalėjo Luca Brecel ir Ryan Day, kad patektų į pusfinalį, kur jis pralaimėjo 2 × 4 prieš Ding Junhui. Doherty buvo eliminuotas Pirmojo rato vokiečių meistrai Peteris linijos, bet tada turėjo savo geriausią eilę sezono Velso atvirame turnyre. Jis nugalėjo keturis kartus pasaulio čempiono John Higgins 4<unk>1 ir Tom Ford 4<unk>3 ir pasiekė ketvirtfinalinį turnyrą. Jis vedė Stuartą Binghamą 2-0, bet dėl serijos praleistų puodų Doherty prarado pasitikėjimą savimi ir pralaimėjo 3-5. Pirmiau minėtas jo pasiekimas į Škotijos atvirojo čempionato pusfinalinį turnyrą padėjo jam užimti 16-ąją vietą PTC ordo už nuopelnus sąraše ir tapti vienu iš 26 geriausių finalo žaidėjų, tačiau pirmoje rungtynėse jis pralaimėjo 2 prieš 4 prieš Kurt Mafliną. Doherty vos nepasiekė vieno iš savo žymių sugrįžimų prieš Matthew Selt Pasaulio čempionato kvalifikacijos finaliniame etape, kai nuo 4<unk>9 žemyn jis išlygino 9<unk>9, bet pralaimėjo lemiamą kadrą. Rezultatas reiškė, kad tai buvo pirmasis sezonas, kai Doherty nebuvo dalyvavęs jokiuose snookerio "Triple Crown" turnyruose. Doherty per sezoną padidino savo reitingą aštuoniomis pozicijomis ir baigė sezoną kaip 27-asis pasaulyje.