1656 m. vėl kilo įtampa tarp protestantų ir katalikų, ir tai sukėlė Pirmąjį Vilmergeno karą. Katalikai nugalėjo ir sugebėjo išlaikyti savo politinę dominavimą. Toggenburgo karas
1712 m. įvyko konfliktas tarp katalikų ir protestantų. Pagal 1712 m. rugpjūčio 11 d. Aarau ir 1718 m. birželio 16 d. Badeno taiką karas baigėsi katalikų hegemonijos pabaiga. 1847 m. Sonderbundo karas taip pat buvo pagrįstas religija.