Kai kurie šaltiniai priskiria Čang Kai-šekui atsakomybę už milijonus mirčių, kuriuos sukėlė Kinijos nacionalistinė vyriausybė. Jis buvo pripažintas iš dalies atsakingu už 1938 m. Žaledosios upės potvynį.
, kuris nužudė šimtus tūkstančių Kinijos civilių, kad sustabdytų Japonijos artėjimą. Šis kaltinimas paprastai yra kilęs iš Rudolfo Rummelo, kuris turėjo omenyje nacionalistinį režimą kaip visumą, o ne Čang Kai Šeką. Nepaisant to, nacionalistinė Kinijos vyriausybė buvo apkaltinta masinių žudynių Rummel; jis tvirtino, kad, remiantis įvairiais teiginiais, nacionalistinė Kinijos vyriausybė buvo atsakinga už nuo 6 iki 18,5 milijonų mirčių.