2017 m. balandžio 11 d. įvyko trys sprogimai netoli komandos autobuso, važiuojant į Čempionų lygos rungtynes su AS Monaco "Signal Iduna Park". Gynytojas Markas Bartra buvo sužeistas ir nuvežtas į ligoninę. Dortmundas pralaimėjo žaidimą 2 prieš 3 AS Monaco. Dortmundo treneris Tomas Tuchelis kaltino pralaimėjimą dėl nesąžiningo UEFA sprendimo. UEFA toliau sakė, kad komanda neprieštaravo žaisti ir kad sprendimas buvo priimtas laikantis klubo ir vietos teisėsaugos. Antroje rungtynėje Dortmundas pralaimėjo 1<unk>3, o bendras rezultatas buvo 3<unk>6, ir jie buvo pašalinti iš tų metų UEFA Čempionų lygos. Balandžio 26 d. Dortmundas nugalėjo Bayerną Miunchene 3<unk>2 ir pateko į 2017 m. DFB Pokalo finalą.
"Dortmundas" ketvirtą kartą iš eilės ir penktą kartą per šešis sezonus. Gegužės 27 d. Dortmundas laimėjo 2016-17 DFB-Pokal 2<unk>1 per Eintracht Frankfurt, laimėjęs iš Pierre-Emerick Aubameyang'o nukreipto baudinio įvarčio.