Baigkite šią frazę: Po to, kai Misisipės valstija atsiskyrė prieš pat pilietinio karo pradžią, Barksdailas atsistatydino iš Kongreso, kad taptų Misisipės milicijos adjutantu generoliu, o paskui generaliniu kapitonu, brigados generolio laipsniu, nuo 1861 m. kovo 1 d. Gegužės 1 d. jis buvo paskirtas pulkininku Konfederacinės Valstijų armijos 13-ojo Misisipės pėstininkų pulke, kurį jis vadovavo per Pirmąją Bulruno mūšį tą vasarą ir Ballo blfo mūšį spalio mėnesį. Kitą pavasarį jis su savo pulku išvyko į Virdžinijos pusiasalį ir dalyvavo Peninsula kampanijoje bei Septynių dienų mūšiuose. Kai jo brigados vadas brigados generolas Richardas Griffithas buvo mirtinai sužeistas
1862 m. birželio 29 d. Savage'o stoties mūšyje Barksdailas perėmė brigados vadovybę ir vadovavo jai herojiškoje, bet kruviname ir beprasmiškoje kovos Malverno kalno mūšyje. Brigada tapo žinoma kaip "Barksdalio Misisipės brigada". 1862 m. rugpjūčio 12 d. jis buvo paaukštintas į brigados generolą.