Pasibaigus amerikiečių pilietiniam karui 1861 m. Džonsas savanoriškai prisijungė prie Sąjungos armijos. Spalio 3 d. jis buvo išrinktas 53-ojo Ohajo pėstininkų pulko kapitonu ir kaip toks dalyvavo Šilo mūšyje ir Korinto apsupoje. 1862 m. gegužės 2 d. Džounsas tapo 53-ojo Ohajo pulkininko ir jo vadas. Jis vadovavo savo pulkui 1863 m. Viksburgo apgulties metu ir Misionierių kalvos mūšyje. Jonesas dalyvavo tolesniuose veiksmuose per 1864 m. Atlantos kampaniją, kovojo Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain ir
Atlantoje. Rugpjūčio mėn. Džounsas buvo paskirtas brigados vadu, kai jo viršininkas, brigados generolas Džozefas A. J. Leitbernas buvo sužeistas ir atsisakė vadovavimo likusiam karo laikui. Dabar pulkininkas Džonsas vadovavo 2 brigadai Williamo B. Hazeno 2 divizijoje XV korpuse Džonsboro mieste. Be to, 1-ąją brigadą vadovavo dar vienas "polkovnis Džounsas", 30-ojo Ohajo divizijos Teodoras Džounsas. Velsas Džounsas dalyvavo 1864 m. Kovoje į jūrą ir buvo sužeistas per operacijas aplink Fortą Makalisterį Gruzijoje gruodžio 13 d.