1966 m. Sausio mėn. princas Sadruddinas buvo paskirtas Jungtinių Tautų vyriausiuoju komisaru pabėgėliams po trejų metų tarnavimo vyriausiojo komisaro pavaduotoju. Būdamas 33 metų jis tapo jauniausiu žmogumi, kada nors vadovavusiu UNHCR. Kitų dvylikos metų jis vadovavo JT pabėgėlių agentūrai per vieną iš sunkiausių jos laikotarpių, koordinuodamas tarptautinį atsaką į 1971 m. Bangladešo krizę.
1972 m. šimtai tūkstančių hutuų iš Burundžio išvyko į Tanzaniją ir Vietnamo laivų žmonių tragedija 1970-ųjų viduryje. 1972 m. princas Sadruddinas atliko svarbų vaidmenį ieškant naujų namų dešimtims tūkstančių Pietų Azijos gyventojų, kuriuos iš Ugandos išvarė Idi Aminas.