1936 m. buvo reorganizuotas armijos generalinis štabas. 1940-1941, Graikijos ir Italijos karo metu
Vėliau, kai Vokietija įsiveržė į Graikiją, Armijos generalinis štabas tarnavo kaip generalinės būstinės branduolys, vadovaujamas buvusio Armijos generalinio štabo viršininko generolo leitenanto Aleksandro Papagoso. Po to, kai Grekija buvo okupuota Ašies valstybių, Graikijos ginkluotosios pajėgos buvo atkurtos Artimuosiuose Rytuose graikų vyriausybės tremtyje, kartu su pradiniu armijos generaliniu štabu.