Alenas gimė Alano Stewart Konigsberge Niujorko Bruklino rajone. Jis ir jo sesuo Letty (1943 m. gimė) užaugo Midvudo mieste, Brukline. Jis yra vyresnio amžiaus Woody Aleno sūnaus Nettie (1906 m. lapkričio 8 d. <unk> 2002 m. sausio 27 d.), knygų tvarkytojo savo šeimos delikatesinėje, ir Martino Konigsbergo (1900 m. gruodžio 25 d. <unk> 2001 m. sausio 8 d.), juvelyrinių dirbinių gravoriaus ir padavėjo. Jo šeima buvo žydų kilmės, o jo seneliai imigravo į JAV iš Rusijos ir Austrijos ir kalbėjo yiddish, hebrajų ir vokiečių kalbomis.
17 metų amžiaus