1859 m. gegužės mėn. Austrija patyrė karinį pralaimėjimą Varese mūšyje ir birželį Magentoje.
prieš jungtines Prancūzijos ir Sardinijos pajėgas. Imperatorius atsisakė pripažinti situacijos rimtumą, sukėlusią didelių sunkumų namuose, ir perėmė tiesioginį armijos vadovybę, nors ir nebuvo profesionaliu kareiviu. Vėliau tą pačią mėnesį Austrijos likimas buvo nuvertintas Solferino mūšyje, ir imperatorius turėjo priimti Napoleono sąlygas Viljafrankoje. Austrija sutiko atiduoti Lombardiją, o centrinės Italijos valstijų valdovai turėjo būti atkurti. Tačiau pastarasis niekada neįvyko, o kitais metais plebiscitais visi prisijungė prie Sardinijos-Piedmonto karalystės. Iki 1860 m. balandžio Garibaldi įsiveržė į Siciliją ir greitai ją užkariavo, o iki 1861 m. vasario Dviejų Sicilijų karalystė nustojo egzistuoti, Pranciškus ir Marija pabėgo į Austriją.