Prkačin buvo Kroatijos jaunimo jaunimo nacionalinės komandos U-22 narys. Jo debiutas dideliuose turnyruose su vyresnio amžiaus Kroatijos nacionaline komanda įvyko 1997 m. EuroBasket. Po to jis žaidė su Kroatija tokiuose pagrindiniuose FIBA turnyruose: 1999 m. EuroBasket, 2001 m. EuroBasket, 2003 m. EuroBasket, 2005 m. EuroBasket ir 2007 m. EuroBasket.
2009 m. Europos krepšinio čempionate. Prkačinas du kartus buvo Kroatijos komandos kapitonas.