Įdarbinus laivą, jis buvo priskirtas 1-ojo oro laivyno 4-iam lėktuvnešų divizijai, kartu su, vadovaujant kontradmirolui Kakuji Kakuta. Jo užduotis buvo palaikyti operaciją AL, planuotą ataką užimti keletą Aleutų salų, kad būtų galima iš anksto įspėti apie amerikiečių ataką nuo Aleutų žemyn Kurilų salų, o pagrindinis Amerikos laivyno kūnas buvo užimtas gynybos Midway. "Jun'yō" vežė 18 A6M2 Zero ir 18 D3A. Birželio 3 d. aušros metu jis išleido 9 "Zero" ir tuziną "D3A", kad užpulti Olandų uostą.
Unalaskos saloje. Dėl blogo oro jie turėjo grįžti, nors amerikietiškas PBY Catalina žvalgybos lėktuvas buvo numuštas Zero. Vėliau tą pačią dieną buvo surengtas antras aviacijos smūgis, siekiant užpulti naikintuvų grupę, kurią pirmosios atakos lėktuvai aptiko, tačiau jie nesugebėjo rasti taikinių. Kitą dieną du lėktuvnešiai, kuriuos sudarė 15 "Zero", 11 "D3A" ir 6 "B5N", sėkmingai bombardavo Nyderlandų uostą. Kai "Jun'yō" orlaiviai persirengė po puolimų, juos užpuolė 8 Curtiss P-40 naikintuvai, kurie numušė 2 "Zero" ir porą "D3A", o prarado 2 savo naikintuvus. Kitas D3A pasiklydo ir nesugebėjo grįžti į nešiką. Netrukus po to, kai lėktuvai buvo paleisti, amerikiečiai užpuolė lėktuvnešus, bet nesugebėjo padaryti jokios žalos. "Zeros" numušė "Martin B-26 Marauder" bombonešį ir "PBY", o "Boeing B-17 Flying Fortress" bombonešį numušė priešraketė.