Kai 1861 m. prasidėjo Amerikos pilietinis karas, Džonsas savanoriškai prisijungė prie Sąjungos armijos. Spalio 3 d. jis buvo išrinktas 53-ojo Ohajo pėstininkų pulko kapitonu ir kaip toks dalyvavo Šilo mūšyje ir Korinto apsupoje. 1862 m. gegužės 2 d. Džounsas tapo 53-ojo Ohajo pulkininko ir jo vadas. Jis vadovavo savo pulkui 1863 m. Viksburgo apgulties metu ir Misionierių kalvos mūšyje. Jonesas dalyvavo tolesniuose veiksmuose 1864 m. Atlanto kampanijoje, kovojo Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain ir Atlanta
- Taip. Rugpjūčio mėn. Džounsas buvo paskirtas brigados vadu, kai jo viršininkas, brigados generolas Džozefas A. J. Leitbernas buvo sužeistas ir atsisakė vadovavimo likusiam karo laikui. Dabar pulkininkas Džonsas vadovavo 2 brigadai Williamo B. Hazeno 2 divizijoje XV korpuse Džonsboro mieste. Be to, 1-ąją brigadą vadovavo dar vienas "polkovnis Džounsas", 30-ojo Ohajo divizijos Teodoras Džounsas. Velsas Džounsas dalyvavo 1864 m. Kovoje į jūrą ir buvo sužeistas per operacijas aplink Fortą Makalisterį Gruzijoje gruodžio 13 d.