Pirmą kartą Myślenice paminėta 1253 - 1258 metais. Tuo metu tai buvo gynybinė gyvenvietė su pilis ir tvirtovėmis, skirtomis apsaugoti Krakovą iš pietų. 1342 m. Myślenice gavo Magdeburgo teisių miesto chartiją ir pradėjo vystytis į vietos prekybos centrą. Čia lankėsi ir Mikolajus Rejus, kuris čia gyvenęs parašė dalį savo knygos "Garbingo žmogaus gyvenimas"; karalius Vladislavas II Jagiełło ir karalienė Jadwiga; Vokietijos imperatorius Zygmundas ir kitos asmenybės. 1557 m. Myślenice tapo Krakovo kastelano, kuris daug labiau rūpinosi savo miestu, jurisdikcija. Miestas ėmė nykti ir buvo sunaikintas potvyne.
- Taip. 1772 m. (žr. Lenkijos padalijimą) Myšlenicę aneksavo Austrija, o iki 1918 m. ji priklausė Galicijos provincijai. Po Pirmojo pasaulinio karo miestas tapo Antrojo Lenkijos Respublikos dalimi. 1945 m. sausio 22 d. Myślenice buvo išlaisvintos 4-ojo Ukrainos fronto 38-osios armijos pajėgų. 1975-1998 m. miestas buvo Krakovo voivodystės dalis.