Maksimilianas III gimė 1558 m. Viener Neustadt, buvo ketvirtas imperatoriaus Maksimiliano II ir Austrijos imperatorės Marijos sūnus. 1585 m. jis tapo Teutonų ordino didmeistru ir vėliau buvo žinomas epiteliu "Vokietis meistras" ("der Deutschmeister"). 1587 m. jis buvo Lenkijos-Lietuvos Respublikos sosto kandidatas, o dalis Lenkijos kilmingumo išrinko jį karaliumi. Tačiau dėl chaotiško rinkimų proceso buvo išrinktas ir kitas kandidatas. Maksimilianas bandė ginčą išspręsti karinėmis priemonėmis, taip pradėdamas Lenkijos paveldėjimo karą. Nors Lenkijoje jis sulaukė nemažos paramos, jo varžovas pritraukė daugiau rėmėjų. Po nesėkmingo bandymo 1587 m. pabaigoje įsiveržti į Krakovą, Maksimilianas buvo nugalėtas Bitčinos mūšyje.
1588 m. Sausio mėn. ir buvo paimtas į nelaisvę. Jis buvo paleistas tik popiežiaus Siksto V įsikišimu. 1589 m. jis oficialiai atsisakė savo pretenzijų į Lenkijos karūną. 1595 m. jis perėmė savo dėdės Ferdinando II karalystę ir tapo Tolimesnės Austrijos archiduke ir Tirolo gubernatoriumi, kur jis pasirodė esąs tvirtas kontrreformacijos gynėjas. 1618 m. Maksimilianas mirė Vienoje ir buvo palaidotas Innsbrucko katedroje.