1784 m. grįždamas į Lenkiją, Kościuszko 1789 m. buvo paskirtas Lenkijos-Lietuvos Respublikos armijos generolio majoru. Po 1792 m. Lenkijos-Rusijos karo
1794 m. kovo mėn. jis vadovavo sukilimui prieš Rusijos imperiją, kol buvo suimtas 1794 m. spalio mėn. Maciejowicės mūšyje. Pergalė lapkričio mėnesį įvykusiame Kościuszko sukilime lėmė trečiąjį Lenkijos padalijimą 1795 m., kuris užbaigė Bendriją. 1796 metais, mirus caro Katarienai II, jos įpėdinis, caro Paulius I, atleidė Kościuszko ir jis emigravo į Jungtines Valstijas. 1798 m. Kościuszko, kuris buvo artimas Tomas Jeffersono draugas, su kuriuo jis dalijosi žmogaus teisių idealais, parašė testamentą, kuriame savo turtą JAV paskyrė JAV vergų švietimui ir laisvei. Galiausiai Kościuszko grįžo į Europą ir gyveno Šveicarijoje iki savo mirties 1817 metais. Vėliau buvo sunku įvykdyti jo testamentą, o lėšos niekada nebuvo panaudotos Kościuszko tikslui.