Greer'as buvo paaukštintas į leitenanto komandanto rangą ir tarnavo 1862-1863 m., o tada buvo priskirtas kontradmirolo David Dixon Porter'o Misisipės eskadrijai. Kai jis vadovavo geležiniams laivams, jis dalyvavo Viksburgo kampanijoje ir Gran Golfo bombardavime.
Taip pat ir nesėkminga Sąjungos ekspedicija į Raudonąją upę 1864 metų pradžioje.