Josefo valdymas taip pat yra įžymus dėl Lisabonos žemės drebėjimo
, 1755 m. lapkričio 1 d. gaisro audra ir cunamis, per kuriuos žuvo nuo 30 000 iki 40 000 žmonių. Dėl žemės drebėjimo Džozefas patyrė sunkų klaustrofobiją, ir jam niekada nebebuvo patogu gyventi už sienų uždarame pastate. Todėl karaliaus rūmus perkėlė į didelį palapinių kompleksą Ajudos kalnuose.