Po to, kai Virdžinijos laivynas buvo sujungtas su Konfederacijos kariniu jūrų laivynu, Barronui buvo suteiktas komandantas ir birželio 10 d. paskirtas įsakymų ir detalių biuro vadovu. Barronas liktų šiame poste iki liepos 20 d., kai Konfederacijos karinio jūrų laivyno sekretorius Stephenas R. Mallory sutiko su Barrono prašymu būti paskirtas Virginijos ir Šiaurės Karolinos pakrančių gynybos, svarbaus uosto Pamlico Sound konfederacijos korseriams, vadu. Atvykęs į savo būstinę Fort Hatteras rugpjūčio 28 dieną, Barronas vadovavo fortų Hatteras ir Clark gynybai prieš Sąjungos vėliavos pareigūną Silasą H. Stringhamą per Hatteras įlankos mūšį.
rugpjūčio 28-29 d. Baronas buvo sučiuptas po dviejų tvirtovių kapitulacijos. Vyko Fort Columbus gubernatorių saloje Niujorko uoste, tada Ft. Varrenas, Bostono uostas, Barronas galiausiai buvo paleistas per keitimąis kaliniais kitais metais.