2006 m. Heidfeldas savo naujai komandai keletą kartų užsitarnavo taškus. Melburne jis buvo antras, kol pasirodė saugos automobilis. Galiausiai jis baigė ketvirtas. Indianapolis, jis buvo pašalintas įspūdingoje pirmojo rato avarijoje, kurioje taip pat išėjo jo kolegos Scott Speed, Jenson Button, Kimi Räikkönen ir Juan Pablo Montoya. Heidfeld'o automobilis buvo nukreiptas į keturis varžtus, bet jis ir kiti vairuotojai visi išėjo nepažeisti. Vengrijos Grand Prix
Heidfeldas suteikė "BMW Sauber" pirmąjį podiumą ir geriausią šių metų rezultatą, kai jis baigė trečias, nors jis buvo tik dešimtas kvalifikacijoje.