Klien 2006 m. pradėjo stipriai, pirmąsias 2 sezono lenktynes kvalifikuodamasis tarp dešimties geriausių. Bahreine jis baigė aštuntą vietą ir surinko tašką. Tačiau Malaizijoje
jis susidūrė su Kimi Räikkönen pirmojo rato metu ir turėjo pakelti su pakabos pažeidimu, o galiausiai išėjo dėl hidraulinio gedimo.