1951 m. rugpjūčio 23 d. Wisneris pakeitė Alleną W. Dullesą ir tapo antruoju Planų direktoriaus pavaduotoju, o Ričardas Helmsas tapo jo operacijų vadovu. Šioje pozicijoje jis buvo svarbus palaikydamas proamerikietiškas jėgas, kurios nuvertė
1953 m. Mohammedas Mossadeghas Irane ir 1954 m. Jacobo Arbenz Guzmán Gvatemaloje. Kitas projektas, kuriame jis dalyvavo, buvo susijęs su Baltarusijos brigados lyderiais, kuris po Antrojo pasaulinio karo, daugiausia dėl jo pastangų, buvo padedamas į Jungtines Valstijas. Johnas Loftusas tvirtino, kad nepaisydamas federalinės teisės, politikos koordinavimo biuras padėjo gauti vizas nacių bendradarbiams iš Baltarusijos, kurie, kaip manoma, palengvino daugybę nacių Vokietijos žiaurumų. Loftuso teigimu, visa tai buvo Šaltojo karo schemos dalis, skirta partizaniniam karui Sovietų okupuotoje Europoje, kuriame Nacių kolaborantai turėjo vaidinti pagrindinį vaidmenį. Tačiau, kai projektas žlugo, baltarusai greitai apsigyveno ir gavo JAV pilietybę, o žvalgybos agentūros dešimtmečius apsaugojo juos nuo atskleidimo.