Dėl nuolatinių streikų Italijoje "Ferrari" galėjo sau leisti į 1966 m. Le Mano 24 val. lenktynes įvesti tik du automobilius (Ferrari P3s)
Vietoj įprastų trijų prototipų. Vėlesnius įvykius ir jų pasekmes supa netikrumas ir painiava, o per pastaruosius dešimtmečius buvo pasiūlyta daugybė skirtingų paaiškinimų. Tuo metu "Ferrari" paaiškino, kad pagal 1966 m. Le Manso taisykles kiekvienam automobiliui buvo leidžiama tik du vairuotojai. Surtees buvo pašalintas iš vairuotojų sąrašo, o vieną "Ferrari" vairavo Mike'as Parkes'as ir Ludovico Scarfiotti, o kitą - Jean Guichet'as ir Lorenzo Bandini. Kai Surtees paklausė Ferrari komandos vadovo Eugenio Dragoni, kodėl, kaip "Ferrari" komandos vadovas, jam nebus leista varžytis, Dragoni pasakė Surtees, kad jis jaučiasi ne visiškai tinkamas važiuoti 24 valandų ištvermės lenktynėse dėl sužalojimų, kuriuos jis patyrė 1965 m. Pabaigoje. Tačiau pats Surtis tai apibūdino kiek kitaip. Jis prisimena, kad kai buvo paskelbta apie poras, jis turėjo važiuoti kartu su Scarfiotti. Kaip greitesnis vairuotojas iš dviejų, Surtees teigė, kad jis turėtų imtis pirmojo stinto ir "bandyti sulaužyti" "Ford" opoziciją, važiuodamas "iš pradžių". Dragoni atmetė Surtees prašymą ir reikalavo, kad Scarfiotti pradėtų, tariamai norėdamas patenkinti "Fiat" pirmininką Gianni Agnelli, Scarfiotti dėdę, kuris dalyvavo kaip žiūrovas. Bet kuriuo atveju, sprendimas ir vėlesnis Enzo Ferrari paramos stoka buvo labai sutrikęs Surtees ir jis iš karto paliko komandą. Šis sprendimas greičiausiai 1966 m. kainavo "Ferrari" ir "Surtees" "Formulės 1" čempionatą. Ferraris Konstruktorių čempionate užėmė antrą vietą po Brabham-Repco, o Surtees - antrą vietą po Jack Brabham vairuotojų čempionate. Surtees baigė sezoną važiuodamas "Cooper-Maserati" komandai, laimėdamas paskutinę sezono lenktynes.