Doherty 2012-13 metų sezoną pradėjo pralaimėdamas 4<unk>5 Stuart Bingham'ui Wuxi Classic antrame etape ir 3<unk>5 Martin Gould'ui Australijos Goldfields Open pirmoje etape. Galiausiai jis surinko pirmąjį oficialią savo karjeros 147 pertrauką 2012 m. Paul Hunter Classic Vokietijoje per pergalę pirmoje etape prieš Julian Treiber. Jis pasiekė ketvirtfinalinį turnyrą, tačiau pralaimėjo Markui Selby. Doherty buvo nugalėta kvalifikacijoje į Šanchajaus Masters ir 2012 m. JK čempionato varžybas ir nesugebėjo patekti į tarptautinės čempionato laukinių kortų ratą. Penktame "European Tour" renginyje
Škotijos atviroje futbolo varžybose jis nugalėjo Luca Brecel ir Ryan Day ir pasiekė pusfinalų, kur pralaimėjo Ding Junhui. Doherty buvo eliminuotas Pirmojo rato vokiečių meistrai Peteris linijos, bet tada turėjo savo geriausią eilę sezono Velso atvirame turnyre. Jis nugalėjo keturis kartus pasaulio čempiono John Higgins 4<unk>1 ir Tom Ford 4<unk>3 ir pasiekė ketvirtfinalinį turnyrą. Jis vedė Stuartą Binghamą 2-0, bet dėl serijos praleistų puodų Doherty prarado pasitikėjimą savimi ir pralaimėjo 3-5. Pirmiau minėtas jo pasiekimas į Škotijos atvirojo čempionato pusfinalinį turnyrą padėjo jam užimti 16-ąją vietą PTC ordo už nuopelnus sąraše ir tapti vienu iš 26 geriausių finalo žaidėjų, tačiau pirmoje rungtynėse jis pralaimėjo 2 prieš 4 prieš Kurt Mafliną. Doherty vos nepasiekė vieno iš savo žymių sugrįžimų prieš Matthew Selt Pasaulio čempionato kvalifikacijos finaliniame etape, kai nuo 4<unk>9 žemyn jis išlygino 9<unk>9, bet pralaimėjo lemiamą kadrą. Rezultatas reiškė, kad tai buvo pirmasis sezonas, kai Doherty nebuvo dalyvavęs jokiuose snookerio "Triple Crown" turnyruose. Doherty per sezoną padidino savo reitingą aštuoniomis pozicijomis ir baigė sezoną kaip 27-asis pasaulyje.