Halleris 1840-1841 m. kovojo su Seminolių indėnais Floridoje, o vėliau iškilmingai tarnavo Monterejuje,
Veracruzas, ir kiti mūšiai per Meksikos-Amerikos karą, tarnaudamas tame pačiame pulke kaip Ulissas S. Grantas. Jis išsiskyrė Churubusco mūšyje, kur jis atliko pagrindinį vaidmenį pulkdamas Molino del Rey. 1852 m. kariuomenė iškėlė Hallerį į majoro laipsnį ir 1853 m. pervedė jį į Vašingtono teritoriją, dislokuotą Fort Dalles, Oregone, su JAV 4 pėstininkų vienetais. Jis dalyvavo 1855-56 m. Šiaurės vakarų Indijos karuose ir 1859 m. San Juano salų kiaulių karo sienos krizėje tarp Jungtinių Valstijų ir Didžiosios Britanijos.