1964 m. vasario 2 d. "Atalanta" namuose pralaimėjo "Fiorentina" 7-1; tai buvo blogiausias klubo nugalėjimas namuose. Šis rezultatas pasipiktinė gerbėjus, todėl reikėjo policijos įsikišimo, kad būtų išvengta smurto tarp jų ir žaidėjų. Quario taktiniai pasirinkimai taip pat buvo abejojama, todėl jis buvo atleistas po rungtynių ir pakeistas Carlo Ceseroli. Klubas galiausiai baigė rungtynes viduryje, tačiau sezoną aptemdė Turani mirtis 1964 m. Balandžio 25 d. Attilio Vincentini, kuris buvo nominuotas buvusio trenerio Luigi Tentorio, tą vasarą jį pakeitė prezidentu. 1966 m. Tentorio paliko klubo valdymą (ir futbolą), kai visi futbolo klubai buvo paversti akcinėmis bendrovėmis, nes jis iš esmės nesutiko su šia idėja. Vėliau, šeštajame dešimtmetyje, "Atalanta" dalyvavo keliose kontinentinėse (bet ne UEFA) varžybose: "Intertoto" taurėje (taip pat žinomoje kaip "Coppa Piano Karl Rappan") 1966-1967 m. ir "Mitropa" taurėje 1967-1968 m. ir 1968-1969 m. 1967-1968 m. sezone "Atalanta" vos vos vos išvengė nuleidimo: Tabanelli, kuris antrą kartą atėjo į komandą 1967 m., dėl prastų rezultatų sezono metu buvo pakeistas buvusiu kapitonu Stefano Angeleri. Po to, kai paskutinę minutę pralaimėjo 1<unk>0 prieš SPAL trečiąją iki paskutinės dienos, rezultatas, dėl kurio abu klubai susikaupė 22 taškais, "Atalanta" išlikimas buvo užtikrintas dėl geresnių rezultatų nei pastarosios per dvi paskutines rungtynes. Tačiau klubas neišsigelbėjo nuo nukritimo į trečiąją klasę.
1969 m., užbaigęs dešimt sezonų iš eilės aukščiausiame lygyje. 1969 m. vasarį, atsistatydinus Vicentini, jis perėmė prezidento postą, nors po vienerių metų jį pakeitė Achille Bortolotti, kuris jau buvo dalinis akcininkas keletą metų po nesutarimų tarp Bortolotti, Baracchi ir Massimo Masserini.