1989 m. Janša dalyvavo įkurdama vieną pirmųjų Slovėnijos opozicinių partijų - Slovėnijos demokratinę sąjungą (SDZ) ir tapo jos pirmuoju viceprezidentu, o vėliau - partijos tarybos pirmininku. Po pirmųjų laisvų rinkimų 1990 m. gegužę jis tapo gynybos ministru Lojze Peterle kabinete, kurį jis užėmė per Slovėnijos nepriklausomybės karą.
1991 m. birželio ir liepos mėnesiais. Kartu su vidaus reikalų ministru Igoru Bavčaru Janša buvo pagrindinis Slovėnijos strategijos prieš Jugoslavijos liaudies armiją organizatorius.