Po karo Mackay studijavo fiziką Kembridžo universitete su Ernestu Rutherfordu, o po to grįžo į Australiją ir savo senąjį darbą Sidnėjaus universitete. Nuo 1933 iki 1940 m. jis buvo Cranbrook mokyklos, Sidnėjaus, direktorius. Tarp dviejų karų jis išliko milicijoje, o kai prasidėjo Antrasis pasaulinis karas, jis buvo generolas. 1940 m. jis buvo išrinktas vadovauti 6-ajai divizijai ir vadovavo jai per pirmuosius Australijos armijos mūšius. Bet kokios abejonės dėl jo sugebėjimų netrukus išnyko, kai divizija dalyvavo Vakarų dykumos kampanijoje. Bardijos mūšyje
1941 m. Sausio mėn. 6-oji divizija užėmė įtvirtintą miestą kartu su 36 000 italų belaisvių. Graikijos mūšyje jis tapo vieninteliu australų generoliu, kovojusiu su "Waffen-SS". Graikijoje jis patyrė keletą nesėkmių, tačiau savo kariuomeniams padarė įspūdį savo drąsa prieš ugnį. 1941 m. jis buvo iškviestas į Australiją tarnauti generolo pareigūno, vadovaujančio vietinėms pajėgoms, pareigas. 1942 m. balandžio 6 d. jis perėmė antrosios armijos vadovybę. 1943 m. Jis du kartus vadovavo Naujosios Gvinėjos pajėgų kovose Naujosios Gvinėjos kampanijoje. 1943 m. lapkričio mėn. jis buvo paskirtas vyriausiuoju komisaru Indijoje.