Jis keliavo į Honkongą ir 1899 m. gruodžio 7 d. ten mirė nuo širdies priepuolio. Jo palaikai buvo palaidoti Honkonge, o 1920 m. buvo ekshumuoti ir laikomi Andrés Luna namuose, o vėliau buvo perkelti į San Agustino bažnyčios kriptą Filipinuose. Po penkerių metų Juanas vėl tapo pasauliniu mastu žinomu menininku, o jo paskutinis didelis kūrinys "Žmonės ir karaliai" buvo pripažintas geriausiu kūriniu Pasaulio mugėje Sent Luise.
Sent Luise, Misūryje. Kai kurie jo paveikslai per Antrąjį pasaulinį karą buvo sudeginti.