Po trečios vietos 2016 m. Australijos Grand Prix, Vettelio dalyvavimas Bahreine
baigėsi be starto, kai jo mašina sugedo formacijos apskritime. Per pirmąjį ratą Vettel susidūrė su savo komandos draugu Raikkonenu, tačiau abu sugebėjo tęsti. Jis apkaltino "Red Bull" vairuotoją Daniil Kvyat dėl susidūrimo, pavadino jį "protinguoju" ir apibūdino jo pralaimėjimo manevrą kaip " savižudybę". Vettelas išėjo iš lenktynių po dviejų iš eilės susidūrimų su Kvyatu. "Red Bull" lenktynių metu Vettel bandė aplenkti "Red Bull" vairuotoją Max Verstappeną, bet kai Verstappenas išbėgo iš kelio ir sugrįžo prie jo, Vettel žodžiu užpuolė jį ir lenktynių direktorių Charlie Whitingą, už kurį vėliau atsiprašė. Tada Vettel'as užblokavo "Red Bull" Ricciardo judėdamas stabdžių zonoje, ir jam buvo skirta dešimties sekundžių bauda ir du taškai jo licencijoje. Nors per sezoną jis pasiekė septynis podiumo vietas, Vettel 2016 m. Nugalėjo nė vienos lenktynių.