1861 metais, pilietinio karo pradžioje, Niujorko nacionalinės gvardijos vadas, brigados generolas Johnas F. Rathbone'as paskyrė jį vyriausiuoju medicinos pareigūnu Albany depose. 1862 m. birželio mėn.
Kai Potomako armija su savo gydytojais pasitraukė, Svinbernas liko rūpintis tūkstančiais sužeistų kalinių, tiek Sąjungos, tiek Konfederacijos. Pagerbėdamas jo principinį požiūrį, Konfederacijos vadas Stonewall Jacksonas suteikė jam leidimą, kartu su asmeniniu rašte, leidžiančiu aplankyti Sąjungos kalinius. 1864 m. gubernatorius Horatio Seymour paskyrė jį Niujorko uosto sveikatos pareigūno pareiga, o 1867 m. jį pakartotinai paskyrė gubernatorius Reubenas Fentonas. Jis tarnavo šešerius metus iki 1870 m. Savo administracijos metu, nepaisant to, kad valstijos įstatymų leidėjai nenorėjo skirti lėšų, jis prižiūrėjo tuometinių moderniausių karantino įrenginių statybą salose, kurios buvo pavadintos Swinburne ir Hoffman.