Kai 1861 m. prasidėjo Amerikos pilietinis karas, Konfederacijos pajėgos naudojo Windsoro rūmų kupolę kaip stebėjimo platformą ir signalų stotį. 1863 m. pavasarį, kaip Vicksburgo kampanijos dalį, Ulyssesas S. Grantas ir 17 000 Sąjungos karių išsilaipino Bruinsburgo uoste ir užėmė Windsorų dvaro kontrolę. Po Port Gibsono mūšio
, Unijos kariuomenei rūmai buvo naudojami kaip ligoninė ir stebėjimo stotis. Daniello šeimai buvo leista gyventi pastato trečiame aukšte Sąjungos okupacijos metu.