18 amžiuje sidabro gavyba mažėjo, o ekonomikos įvairovė labai sumažino karališkosios pajamos. Reaguodama į tai, karūna įvedė Burbonų reformas - eilę ediktų, kurie padidino mokesčius ir padalino Viceroyalty. Nauji įstatymai sukėlė Túpac Amaru II maištą
ir kitus maištininkus, kurie buvo užgniaužti. Dėl šių ir kitų pokyčių ispanai ir jų įpėdiniai kreolai ėmė monopoliuoti žemės valdymą, užgrobdami daugybę geriausių žemų, kurios buvo paliktos dėl didžiulio vietinių gyventojų skaičiaus sumažėjimo. Tačiau ispanai neprieštaravo portugalų ekspedicijai į Braziliją. 1580-1640 m. Tordesiljos sutartis tapo beprasmiška, kai Portugaliją valdė Ispanija. Dėl poreikio palengvinti ryšius ir prekybą su Ispanija, buvo padalinta vicekarališkoji valdžia ir sukurtos Naujosios Granados ir Rio de la Platos vicekarališkoji valdžia Peru vicekarališkoji valdžia; tai sumažino Limos galią, įtaką ir svarbą kaip vicekarališkoji sostinė ir perkėlė pelningą Andų prekybą į Buenos Airą ir Bogotą, o kasybos ir tekstilės gamybos kritimas pagreitino Peru vicekarališkoji valdžia laipsnišką žlugimą.