Po Filipinų žlugimo divizija pradėjo treniruotis atakuoti Japoniją, bet pasidavė.
Pirmiausia. Divizija išvyko į Japoniją, kur keletą mėnesių okupavo Honšū salą. 1945 m. gruodžio 31 d. 41-oji pėstininkų divizija buvo inaktyvuota Kure-Hiro mieste, Japonijoje.