Neffa debiutavo 1989 m. liepos 1 d. Paragvajaus nacionalinėje futbolo komandoje 1989 m. Copa América
pergalę prieš Peru (5-2), kurioje jis įmušė vieną tašką (2-1). Jis įgijo 15 tarptautinių varžybų, įmušęs keturis nacionalinei komandai.