2011 m. liepos 13 d. buvo paskelbta, kad Jonathanas palieka "Santos", kad galėtų treniruotis su "Serie A" milžinais "Inter Milan", kol bus užbaigtas perėjimas. Po dviejų dienų, liepos 15 d., jis oficialiai tapo "Inter" žaidėju ir pasirašė ketverių metų sutartį. Jonathanas debiutavo "Inter" 2011 m. rugsėjo 11 d.
2011-12 Serie A, žaidė visas 90 minučių, pralaimėjęs 4-3 iš Palermo. Po trijų dienų Jonathanas debiutavo Čempionų lygos varžybose, 1-ąją rungtynių dieną žaidė visą rungtynes prieš Turkijos klubą "Trabzonspor", pralaimėjusį "San Siro".