Pirmasis rašytinis Pomuko paminėjimas yra 1144 m., kai netoliese buvo pastatytas naujas cistercijų vienuolynas. Manastyrą sunaikino husitų armija
1420 m. ir dabar yra kaimo Klášter. 1384 m. Pomukas buvo sujungtas su kaimynine Přesanice ir pervadintas Nepomuku, kuriam 1413 m. buvo suteiktas miesto statusas.