1945 m. rugpjūčio 15 d. japonai kapituliavo.
sąjungininkų pajėgoms. Po dviejų dienų buvo paskelbta Indonezijos nepriklausomybės deklaracija. Malukai buvo paskelbti viena iš Indonezijos Respublikos provincijų. Tačiau Malukų formavimas ir padėtis tuo metu buvo priversta vykti Džakartoje, nes kai tik japonai pasidavė, Nyderlandų Indijos civilinė administracija (NICA) iš karto įžengė į Malukus, kad imtųsi kontroliuoti. Nyderlandai kontroliavo Malukus iki 1949 m., kai pagal Nyderlandų-Indonezijos apskritojo stalo konferencijos susitarimus Nyderlandai pripažino Indonezijos suverenitetą. Netrukus olandai išvyko iš Malukų. Dėl didelio nepasitikėjimo Indonezijos vadovais, kurių dauguma buvo javų musulmonai, 1951 m. Anbone buvo paskelbta nepriklausoma Pietų Molukų Respublika (Indonezija: RMS, Republik Maluku Selatan), kurią palaikė olandai. RMS turėjo stiprią paramą tarp buvusių Molukų kolonijų karių. Dėl to Indonezijos pajėgos užpuolė Malukus, kad sunaikintų separatistus. 1950 m. lapkričio mėn. Indonezijos pajėgos nugalėjo pagrindinę sukilėlių RMS grupės tvirtovę Ambone, o mažesnio masto partizanų kova tęsėsi Seramo saloje iki 1962 m. Tačiau pralaimėjimas Ambono saloje lėmė savarankiškai paskelbtos RMS vyriausybės pabėgimą iš salų ir Nyderlanduose ištremtos vyriausybės formavimą. Kitąmet apie 12000 molukų karių su savo šeimomis išvyko į Nyderlandus, kur jie įkūrė "Pietų Molukų respubliką" - valdžią tremtyje.