Grento Vicksburgo kampanijoje Loganas vadovavo James B. McPherson XVII korpuso 3 divizijai, kuri 1863 m. liepos mėn. pirmą kartą įžengė į Vicksburgo miestą po jo užėmimo. Tuomet Loganas buvo miesto karinis gubernatorius. 1863 m. Lapkričio mėn. jis perėmė Williamo Tecumseh Sherman komandą XV korpuso; ir Atlantos mūšyje
1864 m. liepos 22 d., po James B. McPherson mirties per dieną, jis perėmė Tenesio armijos vadovybę. Netrukus jį pakeitė Oliver O. Howardas. 1864 m. rinkimuose jis grįžo į Ilinojus, bet po to vėl įstojo į armiją ir vadovavo savo XV korpusui Šermano karolinų kampanijoje.