Nuo 2016 m. sausio Filatovas yra vyresnysis Rusijos vyrų nacionalinės šachmatų komandos treneris. Komanda laimėjo bronzinį medalį 42-oje Šachmatų olimpiadoje Baku 2016 m. rugsėjį, sidabrinį medalį komandiniame čempionate Chanty-Mansiysk 2017 m. birželį, bronzinį medalį 43-oje Šachmatų olimpiadoje
2018 m. spalio mėn. Batume ir aukso medalį 2019 m. kovo mėn. Pasaulio komandinio čempionate Astanoje.