Per Rusijos pilietinį karą 1918 m. birželį Bogdanovas prisijungė prie Raudonosios armijos Petrograde. Jis buvo paskirtas 4-ojo Kostromos pulko būrio vadu, o nuo 1919 m. balandžio jis vadovavo 2-ojo rezervo pulko kompanijai. Nuo 1920 m. sausio mėn. jis tarnavo 502 šaulių pulko 56 šaulių divizijos kompanijos ir bataliono vadu, kovojo Lenkijos-Sovietų kare Vitebsko, Minsko ir Vilniaus gubernatorių mūšiuose. Už "išskirtinę drąsą mūšyje" Bogdanovas buvo apdovanotas Raudonosios vėliavos ordinu. 1920 m. spalio mėn. grįžo į 2-ąjį rezervo pulką vadovauti povandeniniam būriui, o 1921 m. sausio mėn. buvo perkeltas vadovauti kompanijai 40-ajame Kostromos pėstininkų kursuose vadovams. Nuo gegužės 10 d. Iki liepos 20 d. Jis dalyvavo Tambovo sukilimo suvaržyme.
kaip kompanijos ir bataliono vadas ir kurso vadovo pareigas einantis pareigūnas.