Maskhadovas pasisakė už ginkluotą pasipriešinimą Rusijos okupacijai Čečėnijoje, bet pasmerkė išpuolius prieš civilius. Jis tariamai rėmė prorusiško Čečėnijos prezidento Akhmad Kadyrovo nužudymą Čečėnijoje ir pasmerkė Rusijos įvykdytą Čečėnijos separatistų buvusio prezidento Yandarbiyevo nužudymą 2004 m. Katare. Maskhadovas dažnai neigė atsakomybę už vis žiauresnius teroristinius veiksmus prieš Rusijos civilius, kuriuos vykdė Bazajevo pasekėjai, nuolat pasmerkdamas tokius incidentus per atstovus užsienyje, tokius kaip Akhmed Zakayev Londone. Tačiau 2002 m. spalio 24 d. buvo sulaikyta radijo ryšių iš Maskhadovo pranešimų, kuriuose jis ragino sustiprinti teroristinę veiklą ir sabotažą Rusijos teritorijoje. Maskhadovo dalyvavimo 2002 m. Maskvos teatro įkaitų krize įrodymus pateikė du pagrindiniai kaltininkai, Movsar Barayevas ir Abu Saidas. Nors jis iš pradžių neigė atsakomybę už 2004 m. Nazran puolimą,
2004 m. liepos mėn. Maskhadovas viešai prisiėmė atsakomybę už išpuolius. Tą patį mėnesį Maskahdov pažadėjo, kad panašios atakos įvyks, ir pažadėjo, kad artėjančių Čečėnijos prezidento rinkimų nugalėtojas bus neteisėtas ir prireikus bus užpultas. Jis apibūdino sukilėlius, atsakingus už Beslano mokyklos apsiaustą, kaip "protėlius", išprotėjusius dėl rusų žiaurumo, ir pavadino teroristinę ataką žiaurumu.