1944 metų gruodį, kai sujungtos filipiniečių ir amerikiečių pajėgos toliau žengė į priekį, norėdamos išlaisvinti Filipinus nuo japonų pajėgų, Antrojo Filipinų Respublikos vyriausybė, kurioje buvo ir Aquino, buvo perkelta į Baguio. Vėliau ji buvo išvežta lėktuvu į Japoniją, kur kartu su kitais pareigūnais jos nariai buvo suimti ir įkalinti Sugamo kalėjime.
Japonijos kapitulavo. 1946 m. rugpjūčio 25 d. A. Aquino buvo išvežtas lėktuvu atgal į Filipinus, kur buvo teisiamas dėl išdavystės kaltinimų. Po kelių savaičių jis buvo paleistas už užstatą.