Pettus tarnavo vakarinėje Amerikos pilietinio karo teritorijoje. 1862 m. gruodžio 29 d. per Stounso upės kampaniją jis buvo suimtas Sąjungos kareivių, o po kurio laiko buvo pakeistas į Sąjungos kareivius. 1863 m. gegužės 1 d. Pettus vėl buvo užgrobtas, o dalis pasiduotų garnizonų, kurie gynė Port Gibsoną,
Misisipėje. Jam pavyko pabėgti ir sugrįžti prie savo linijų. Pettus buvo paaukštintas į pulkininką gegužės 28 dieną ir jam buvo suteikta 20-ojo Alabamos pulkinio komanda.