Stewartas buvo paskirtas brigados generoliu lapkričio 8 d. ir paskirtas vadovauti 2 brigadai, 2 divizijai, Kolumbuso rajone, Konfederacijos departamento Nr. Dviejų (Tenečio departamento pirmtakas), vadovaujamas Leonido Polko. Šį postą Stjuartas užėmė nuo lapkričio 16 iki gruodžio, kai jo brigada buvo perkelta į departamento pirmąją geografinę diviziją, iki 1862 m. vasario. Jo brigada buvo grąžinta į vakarų Kentukį, trumpam buvo pridėta prie Džono P. Makkono divizijos, vadovaujančios miesto gynybai Naujojo Madrido mūšyje, kol Makkonas įsakė jį evakuoti ir pasitraukti žemyn Misisipės upės. Balandžio 1 d. Stjuarto vyrai prisijungė prie Čarlzo Klarko divizijos, Leonido Polko korpuse, iš Alberto Sidnėjaus Džonsono Misisipės armijos,
Šilo mūšis. Ten Stewartas vadovavo savo brigadai pirmąją dieną atakuojant į "Hornet's Nest" zoną, esančią Sąjungos linijos centre.