Humala yra garsaus kečuvių darbo teisės advokato Isaac Humala sūnus, gimęs į įtakingą politinę šeimą, susijusią su etnocaceristiniu judėjimu. 1981 m. Humala įstojo į Peru armiją ir galiausiai pasiekė pulkininko leitenanto laipsnį. Kai jis buvo karys, jis kovojo vidiniame konflikte
prieš kraštutinių kairiųjų teroristų grupuotę "Shining Path", taip pat Cenepa kare su kaimyniniu Ekvadoru. 2000 m. spalio mėn. Humala bandė nesėkmingai įvykdyti valstybės perversmą prieš prezidentą Alberto Fujimori jo režimo paskutinėmis dienomis; galiausiai Kongresas jam suteikė amnestiją ir Humala leido grįžti į karinę pareigą.