Lee buvo paleistas iš savo pareigų Turkijoje 1941 m. Kovo mėn. Ir netrukus po atvykimo į Egiptą buvo paskirtas vyresniuoju pareigūnu administracijos oro vice maršalui Johnui D'Albiacui, Didžiosios Britanijos oro pajėgų vadui Graikijoje, palaikančiam graikus po Italijos invazijos
- Taip. Nepaisant ankstyvosios sėkmės, vokiečių įsikišimas netrukus privertė sąjungininkų pajėgas apsiginti, o britai galiausiai buvo išvaryti, pirmiausia į Kritą, tada į Egiptą. Likusį 1941 m. Lee tarnavo personalo pareigūnu (operacijų) Karališkųjų oro pajėgų Artimuosiuose Rytuose, o vėliau - vyresniojo oro personalo pareigūno pavaduotoju Dykumos oro pajėgose.