Prahos pavasario metu, kuris 1968 m. pritraukė daug tarptautinio dėmesio, daugelis Palackio akademinės bendruomenės narių dalyvavo demokratizacijos pastangose, siekdami perkelti valdančią totalitarinę diktatūrą į socialistinę demokratiją. Judėjimas buvo sutriuškintas, o reformos buvo sugriautos, kai sujungtos armijos iš Sovietų Sąjungos, Bulgarijos, Rytų Vokietijos, Vengrijos ir Lenkijos
įveikė Čekoslovakiją. Vėliau sovietų kariuomenė pradėjo okupaciją. Tuo metu Olomouce buvo įkurta nauja studentų organizacija "Bohemijos ir Moravijos universitetų studentų sąjunga", kuri vėliau 1968 m. rudenį surengė studentų streikus. Tuo pačiu metu buvo stengiamasi atkurti Teologijos fakultetą, tačiau jie nepavyko, ir ji liko ne daugiau kaip Karlo universiteto Teologijos fakulteto Litoměřice filialas, ir buvo priversta vėl uždaryti 1974 m.