Kaip vietos tarybos buvo esminės taikiam valdžios perleidimui, ypač didžiuosiuose miestuose, taip jos netrukus tapo ginčų ir teritorinės dezintegracijos šaltiniu po karališkosios valdžios nuvertimo. Naujojoje Granadoje pagrindinių miestų elitas buvo padalintas dėl paramos Ispanijos vyriausybei, "juntas" palaikė suverenumą, o kiti miestai palaikė Ferdinandą VII ir karališkąją valdžią, kuriai vadovavo Ispanijos regencijos taryba. Ispanijos karininkų vadovaujamoms rojalistinėms frakcijoms pavyko užimti valdžią Santa Martoje, Panamoje (kurios tuo metu dar buvo Naujojo Granados vicekonigystės dalis), Popayane ir Paste, ir netrukus pradėjo konfliktus su autonominėmis valdžiais. Nors rojalistų regionai buvo silpni kariniu požiūriu ir dažnai buvo nugalėti "juntų", jie sugebėjo tapti destabilizacijos šaltiniu, kuris tiek išlaikė susitaikymo su Ispanija idėją, tiek išnaudojo patriotinių vyriausybių išteklius ir energiją. Kai kurie iš šių rojalistų miestų vėliau tapo svarbiais Naujojo Granados užkariavimo karinėje kampanijoje.
- Taip. Todėl šis pasidalijimas neleidė Naujojoje Granadoje sukurti vieningos valstybės.