Rašykite šio skyriaus tęsinį - Makrai įstojo į Monro lengvosios pėstininkų būrį kaip paprastas kareivis ir buvo išrinktas kapitonu, kai tai tapo B kompanija, 15-asis Šiaurės Karolinos pėstininkų pulkas. 1862 m. Balandžio mėn. Jis buvo paaukštintas į pulkininko pavaduotoją. Peninsula kampanijos ir Antrojo Manassas metu jo pulkas buvo Howell Cobb brigados dalis. Antietamo mūšyje MacRae vadovavo brigadai, kuri per kelias savaites buvo sumažinta iki 250 vyrų. MacRae brigada atremė tris Sąjungos puolimus, bet pasitraukė, kai jam liko tik 50 karių, o jo šaudmenų atsargos buvo išnaudotos. Fredericksburge jis kovojo su savo pulku Marye's Heights. Tuoj po mūšio 15-oji Šiaurės Karolinos brigada buvo perkelta į brigados generolio Džono Rodžerso Kukio Šiaurės Karolinos brigadą. Kukas buvo smarkiai sužeistas Fredriksberge ir grįžo į brigadą tik 1863 m. Balandį. 1863 m. vasarį MacRae buvo paaukštintas į pulkininką. Ši brigada tarnavo Šiaurės Karolinoje ir pietryčių Virdžinijoje iki Getisburgo kampanijos. 1863 m. vasario mėn. buvo kolonelas, o 1864 m. buvo paskirtas brigados generoliu. Prisijungęs prie Šiaurės Virdžinijos armijos, MacRae buvo apdovanotas už ištikimybę Bristoe stoties mūšyje. Po to, kai brigados generolas Williamas Whedbee Kirklandas buvo sužeistas Kold Harboro mūšyje, MacRae buvo laikinai paaukštintas į brigados generolio laipsnį ir buvo paskirtas vadovauti Kirklando brigadai (tai taip pat buvo buvusi brigados generolas J. Johnston Pettigrew brigada). "Ream's" stotyje
MacRae, Lane ir Cooke brigados išvarė Džono Gibono 2-ąją diviziją iš Winfieldo Skoto Hancocko II korpuso iš jų priekyje esančių įtvirtinimų ir užėmė artilerijos bateriją. Po iškilmingos tarnybos Boydtono mūšyje Plank Road MacRae liko su kariuomene per Appomattox kampaniją.