Savo karinėje karjeroje Humala taip pat dalyvavo dviejuose didžiausiuose Peruo konfliktuose per pastaruosius 20 metų,
prieš sukilėlių organizaciją "Shining Path" ir 1995 m. Cenepa karą su Ekvadoru. 1992 m. Humala tarnavo Tingo Marijoje, kovodamas su Šviečiančio kelio likučiais, o 1995 m. Jis tarnavo Cenepos kare pasienyje su Ekvadoru.