1940 m. balandžio 9 d. vokiečių kariai
įsiveržė ir okupavo Daniją. Vokiečių okupacijos metu jis nesiskambino, bet stengėsi išlaikyti dvasią kamufliuota pasipriešinimo poezija. 1940 m. Henningsen prisidėjo prie dainos Kjeld Abell revuoje "Dyveke", raginusi pasipriešinti naciams akivaizdžiai tokiu būdu, kad vokiečių cenzoriai klaidingai interpretuoja dainą apie ribojančias santuokos ryšius. Prieš tai, kai naciai galėjo deportuoti jį į koncentracijos stovyklas ar kitaip jį kelti pavojų, jis slapta išvyko iš Danijos kartu su dauguma danų žydų 1943-aisiais. Jis pabėgo į neutralią Švediją su žydų architektu Arne Jacobsenu ir jų žmonomis laive, kurį vedė žydas civilinis inžinierius ir laivelių mokinys Herbertas Marcusas.