Per Amerikos pilietinį karą Čatanuga buvo mūšio centras. Čatanuga buvo centras, jungiantis penkiasdešimt procentų Konfederacijos arsenalo, esančių Atlantoje, Auguste, Kolumbuse ir Mekone. Chattanooga geležinkeliai buvo gyvybiškai svarbūs Konfederacijos žaliavų transportavimui į perdirbimo įmones, kuriose jie buvo atsakingi už šaulių ginklų šaudmenų gamybą. Per Čikamugos kampaniją, Sąjungos artilerija bombardavo Čatanuogą ir okupavo ją 1863 m. rugsėjo 9 d. Po Čikamaugos mūšio nugalėta Sąjungos armija pasitraukė į Chatanuogą. 1863 m. lapkričio 23 d. prasidėjo Čatanuogos mūšiai, kai Sąjungos pajėgos, vadovaujamos generolio majoro Uliseso S. Granto, sustiprino kariuomenę Čatanuogoje ir žengė į Orchard Knob prieš konfederacijos karius, apsupusius miestą. Kitą dieną, Lookout kalno mūšis
buvo kovojama, išvarant Konfederacijos nuo kalno. Lapkričio 25 d. Granto armija nugalėjo konfederatų pajėgas Misionierių kalvos mūšyje. Kalbant apie Sąjungos laimėtas pergales, Čatanuoga yra vienas iš trijų lemiamų momentų, kurie pavertė Pilietinį karą jų naudai. Gettysburgo mūšis baigė konfederacijos laimėtų pergalių eilę, o Vicksburgo apgulė padalino konfederaciją į dvi dalis, o Chattanooga tarnavo kaip durys į tolimąjį pietus. Po šių mūšių kitą pavasarį prasidėjo Atlanta kampanija, prasidėjusi netoliese esančioje Džordžijos valstijos ribos ir judanti į pietryčius. Pasibaigus karui, miestas tapo pagrindiniu geležinkelio ir pramonės bei gamybos centru.