Rašyti šio straipsnio tęsinį - Šalių santykiai greitai pablogėjo po 1989 m. karinio perversmo
ir islamistų lyderių augimą Sudano vyriausybėje. Sudano parama Irakui 1990-1991 m. Persijos įlankos karo metu padėjo užtikrinti nuosmukį. Jungtinės Valstijos, skatinamos tokių vidaus interesų grupių kaip evangelikų krikščionys ir Kongreso juodaodžių frakcija, išreiškė atvirą nepasitenkinimą dėl Chartumo elgesio su karo su SPLM, žmogaus teisių padėties, įskaitant tariamą vyriausybės paramą vergijai, ir jo palankios aplinkos tarptautinėms teroristinėms grupėms. 1993 m. Vašingtonas įtraukė Sudaną į savo terorizmą palaikančių valstybių sąrašą, o tai lėmė papildomas JAV sankcijas Sudanui.