1971 m., bandant išvengti galimos konfrontacijos tarp kariuomenės ir Rytų Pakistano žmonių, 1971 m. kovo 23 d. Khanas kartu su kitais Pakistano politikais bendrai susitiko su šeichu Mujibur Rahmanu. Jie pasiūlė Mujibui paramą vyriausybės formavimui, tačiau jau buvo per vėlu nutraukti aklavietę, nes Yahya Khanas jau buvo nusprendęs imtis visapusiškų karinių represijų. Padidėjęs Pakistano pažeidžiamumas ir plačiai paplitęs tarptautinis pasipiktinimas dėl karinių pastangų galiausiai sukėlė situaciją, kuri atvedė į karą.
tarp Pakistano ir Indijos. Šis karas buvo pražūtingas ir baigėsi Pakistano kariuomenės pralaimėjimu Rytų Pakistane ir naujos Bangladešo valstybės sukūrimu. Sukrėstas pralaimėjimu, Jahja Chanas atsistatydino iš pareigų ir kariuomenės. Generolas Gul Hasanas Khanas iš Amerikos sugrąžino Zulfikarą Ali Bhutto ir paskyrė civiliniu vyriausiuoju maršalu, įstatymų administratoriumi ir prezidentu.