Šis laisvės ir klestėjimo laikotarpis baigėsi XVI amžiuje, kai Ispanijos vicekaras Philibert van Oranje iš dalies sunaikino L'Aquila ir įkūrė Ispanijos feodalizmą kaime. Miestas, atskirtas nuo savo šaknų, daugiau niekada neišsivystojo. Senovės privilegijos buvo atšauktos. L'Aquila vėl buvo sunaikinta žemės drebėjimo
1703 metais. Vėlesni žemės drebėjimai ne kartą sugadino didžiąją miesto katedrą ir sunaikino originalų San Bernardino bazilikos kupolą, suprojektuotą pagal Florencijos Santa Maria del Fiore kupolą. Miestą 1799 m. prancūzų kariai taip pat du kartus apiplėšė.