Malagridos įtaka Lisabonos rūmuose susitiko su didžiuliu premjero Carvalho, būsimo Pombal markizo, priešiškumu. Carvalho bandė atstatyti Lisaboną po
1755 m. žemės drebėjimas, kurį Malagrida skelbė, buvo teisingo Dievo bausmė nusidėjėliams žmonėms. Carvalho buvo pasipiktinęs netiesiogine vyriausybės kritika ir įtikino karalių José išvaryti Malagridą į Setubalą 1756 m. Lapkričio mėn. Ir pašalino visus jėzuitus iš teismo.