Po neigiamo 1962-1963 metų sezono, kai jam pavyko įmušti tik vieną golą per 18 rungtynių "Fiorentina" varžybose "Serie A", "Milani" buvo nupirktas "Inter", tapdamas "Grande Inter" klubo, vėliau žinomo kaip Helenio Herrera, nariu. Milani sėkmingai praleido sezoną Milanų klube, įmušęs 7 taškus 18 rungtynių Serie A, padėdamas Interui užimti antrą vietą Serie A, vos pralaimėjęs vardą po pralaimėjimo pley-off rungtynėse prieš 1964 m. Serie A čempioną Boloną, kuris po sezono pabaigos buvo lygus Interui dėl pirmosios vietos. Milani taip pat laimėjo 1963-1964 m. Europos taurę su "Inter", o 1964 m. Europos taurės finalėje jis įmušė golą prieš "Real Madrid". Kitą sezoną jis tęsė šį triumfą ir 1964 m. laimėjo Tarpkontinentinį taurę.
"Inter" prieš "Copa Libertadores" nugalėtojus "Independiente". Tačiau 1964 m. žiemą Milani buvo rimtai sužeistas Europos taurės rungtynėse prieš "Dynamo" Bukarešte, kai buvo sužeistas į nugarą. Dėl susidūrimo vienas jo stuburas buvo išstumtas, todėl jo karjera baigėsi anksčiau laiko. Per antrąjį sezoną "Inter" jis vis dar sugebėjo laimėti antrąjį Europos taurę ir Serie A titulą, nors ir žaidė tik 11 rungtynių, taip pat pasiekė Italijos taurės finalą su "Inter".