Gimęs Kilkejoje, Kildaro grafystėje, Airijoje, Šakltonas su savo anglo-airiška šeima persikėlė į Sidenemą, pietų Londono priemiestyje, kai jam buvo dešimt. Pirmasis Šakletono patyrimas iš poliarinių regionų buvo kaip trečiasis karininkas 1901-1904 m. Kapitono Roberto Falcon Scotto ekspedicijoje "Discovery", iš kurios jis buvo iš karto išsiųstas namo dėl sveikatos priežasčių, kai jis ir jo draugai Scottas ir Edwardas Adrianas Wilsonas užfiksavo naują pietų rekordą, žygiuodami iki 82°S platumos.
1907-1909 m. jis su trimis draugais užfiksavo naują rekordą - 88°S, tik 97 geografinės mylios (112 statutinės mylios arba 180 kilometrų) nuo Pietų polio. Tai buvo didžiausias pasiekimas Pietų polio istorijoje. Be to, jo komandos nariai užkopė į Erebus kalną, aktyviausią Antarktidos ugnikalnį. Už šiuos pasiekimus Šakltoną, grįždamas namo, karalius Edvardas VII įšventino į riterį.