Malaizijos karinis jūrų laivynas buvo vėl aktyvuotas 1948 m. gruodžio 24 d. Malaizijos nepaprastosios padėties protrūkio metu
, komunistų įkvėptą sukilėlių karą prieš britų kolonijinę vyriausybę. Malaizijos karinių jūrų pajėgų (MNF) reguliavimas buvo paskelbtas 1949 m. Kovo 4 d. Kolonijinės valdžios institucijos, ir buvo pagrįstas buvusioje Karališkųjų oro pajėgų radijo bazėje Woodlands, Singapūre. Baza buvo vadinama "MNF kazarmomis", tačiau vėliau buvo pervadinta į HMS "Malaya". Karališkojo jūrų pajėgų savanorių rezervas (RNVR) buvo rekonstruotas kaip jungtinė pajėga, sudaryta iš Singapūro divizijos ir Federacijos divizijos, 1952 m. Singapūre priimtu įsakymu. Pagrindinė Malajos karinių jūrų pajėgų (MNF) misija buvo pakrančių patruliavimas, siekiant sustabdyti komunistus, gaunančius atsargas iš jūros. Be to, joms buvo pavesta saugoti priėjimą prie Singapūro ir kitų uostų. MNF buvo aprūpinta HMS "Test", kuri buvo naudojama kaip treniruočių laivas. Iki 1950 m. MNF laivynas buvo išplėstas, į jį įeina buvęs japonų minų laidas HMS "Laburnum", iškrovimo laivų tankas (LCT) HMS "Pelandok" ("Mousedeer"), motorinis žvejybos laivas HMS "Panglima" ("Marshal"), torpedų atkūrimo laivas HMS "Simbang" ir keletas jūrų gynybos variklių paleidimų (SDML). 1952 m. rugpjūčio mėn. karalienė Elžbieta II suteikė Malaizijos karinių jūrų pajėgų titulą "Karališkojo Malaizijos karinių jūrų pajėgų" pripažįstant jų puikią tarnybą Malazijos nepaprastosios padėties metu.