Po karo su Japonija pradžios Alenas grįžo į Australiją 1942 m. kovo mėn., o rugpjūčio mėn. vadovavo operacijoms prieš Japonijos išpuolį palei Kokoda trasą
- Taip. Nors Allenui pavyko, tačiau jis vis tiek pateko į tai, ką daugelis laiko nesąžininga kritika iš sąjungininkų vadas pietvakarių Ramiojo vandenyno regione, JAV generolas Douglasas MacArthur ir sąjungininkų sausumos pajėgų vadas, Australijos generolas seras Tomas Blamey, už tai, kad per lėtai persekioja japonus per Owen Stanley Ranges. 1942 m. spalio 29 d. jis buvo atleistas iš komandos. Vėliau buvo skiriami ir mažesni skyrimai, tačiau 1944 m. spalio mėn. Blamey rekomendavo Allenui tapti Didžiosios Britanijos imperijos ordino riteris, nors Allenas niekada nebuvo paskirtas.