1991 m. Batistuta buvo išrinktas žaisti Argentinos rinktinėje Čilėje vykusiame Copa América, kur jis baigė turnyrą kaip geriausias įvardijautojas su šešiais taškais, nes Argentina laimėjo. Kitąmet jis laimėjo FIFA Konfederacijų taurę su Argentina ir tapo turnyro geriausiu kulkininku. 1993 m. Batistuta žaidė antrąjį "Copa América"
, šį kartą vykusi Ekvadore, kurią Argentina laimėjo, o Batistuta įmušė abu taškus pergalėje prieš Meksiką 2-1.