1861 m. liepos 23 d. jis buvo paskirtas vadovauti 5 Konektikuto savanorių pėstininkų pulkui ir gavo pulkininko laipsnį. Pirmasis pulkas buvo 1-asis Konektikuto pulko "Colts Revolving Rifles" pulkas, kurį turėjo vadovauti Samuelis Koltas, tačiau šis pulkas niekada neįvyko į mūšio lauką. 1861 m. gegužę pulkas buvo reorganizuotas. 1862 m. kovo pradžioje Ferry vadovavo savo kariuomenei per Potomaco upę ir užpuolė konfederaciją Vinsčesteryje, Virdžinijoje. Šis veiksmas vėliau lėmė tai, kas tapo
Pirmasis Vinschestro mūšis. Ferry buvo gerbiamas už savo gebėjimus vadovauti ir kaip karo strategas. 1862 m. kovo 17 d. Feris buvo paaukštintas į brigados generalą. Vėliau jam vadovavo generolas Jamesas Shieldsas, kurio divizija prisijungė prie generolo Irvino McDowello. Pirmojoje Vinschestro mūšyje Feris dalyvavo vadovaujant McDowellui. Ferry toliau tarnavo Shieldsui per slėnio kampaniją.