Per Japonijos okupaciją Nyderlandų Rytų Indijoje, Medane buvo surengtas Japonijos karinio jūrų laivyno (IJN) pareigūnų įdarbinimas. Nasution prisijungė prie rekrutų programos ir baigė karinio jūrų laivyno mokymus Bandunge ir Kiote. Galiausiai jam buvo suteiktas leitenanto laipsnis ir 1944 m. jis tapo "Haraokamaru" laivo valtuotoju. Jis dalyvavo Ramiojo vandenyno mūšyje ir kovojo prieš JAV pajėgas Saliamono salų kampanijoje.
ir Filipinuose. Per karinį mūšį Filipinuose jo laivas buvo užpultas ir užsidegė. Nasutionas buvo sužeistas ir beveik mirė.