Haqqani, turtingo žemės savininko ir prekybininko sūnus, gimė 1939 m. Karezgay kaime Zadran rajone Paktijos provincijoje, Afganistane, nors vėliau šeima persikėlė į Sultankhel. Jis buvo etninis pastunas iš Chosto Zadran genties. 1964 m. Jis baigė aukštesnes religines studijas Dar-al-'Ulam Haqqaniya Deobandi seminarijoje ir 1970 m. Peshavare gavo mawlawi statusą. Po karaliaus Zahiro Šaho tremties ir prezidento Daudo Chano įkūrimo 1973 m. politinė situacija Afganistane pamažu ėmė keistis. Kai kurios partijos, pavyzdžiui, Afganistano Liaudies demokratinė partija (PDPA) ir kitos, siekė valdžios. Haqqani buvo vienas iš jų, ir būdamas įtariamas sąmokslu prieš vyriausybę, jis išvyko į tremtį ir įsikūrė Miranshah, Pakistane ir jo apylinkėse. Iš ten jis pradėjo organizuoti maištą prieš Daudo Chano vyriausybę 1975 m. Po 1978 m. marksistinės revoliucijos
PDPA, Haqqani prisijungė prie Mawlawi Mohammad Yunus Khalis "Hezb-i Islami".