1172 m. Murcija buvo užkariauta šiaurės Afrikos Almohadų, paskutinės musulmonų imperijos, valdžiusios pietų Ispaniją, ir kai krikščionių Reconquista pajėgos įgijo viršų, 1223-1243 m. Buvo mažo musulmonų emyrato sostinė. 1243 m. Alkarazo sutartimi krikščionis karalius Ferdinandas III iš Kastilijos padarė Murciją protektoratu, suteikdamas prieigą prie Viduržemio jūros, o Murcija buvo apsaugota nuo Granados ir Aragono. Krikščionys tapo daugumos gyventojais, nes į miestą atplaukė imigrantai iš beveik visų Iberijos pusiasalio dalių. Krikščionių imigracija buvo skatinama siekiant sukurti ištikimą krikščionių bazę. Šios priemonės paskatino musulmonų visuotinį sukilimą.
1264 m. jį sutriuškino Aragono Jokūbas I, kuris 1266 m. užkariavo Murciją ir su savimi atvedė Aragono ir Katalonijos imigrantus.