2002 m. sandorio pabaigoje jis buvo perleidžiamas į "Florida Marlins". Po sandorio jo sezono statistika smarkiai pagerėjo. Kitą sezoną jis vėl buvo svarbus, padėdamas nepatyrusiems "Marlinams" laimėti 2003 m. Pasaulio seriją. 6-toje NLCS rungtynėse, Marlins buvo penkių išvaržų atstumu nuo eliminacijos, kai "Cubs" gerbėjas, Steve'as Bartmanas
, užkirto kelią galimam grožio kamuoliui, ištiesdamas rankas virš Moisés Alou, kol Alou bandė išleisti iššūkį. Mordechajaus duobelis iš trijų lenktynių atidarė žaidimą, pabrėždamas "Cubs" istorinį žlugimą, kartais vadinamą tiesiog "The Inning". Mordecai laimėjo antrą pasaulio seriją, kai Marlins lengvai nugalėjo "Yankees" pasaulio serijoje.