1672 m. jis pradėjo įrašyti savo teologinius tyrimus į užrašus, kurių jis niekam neparodė ir kurie tik neseniai buvo ištirti. Jie rodo, kad jis gerai žinojo ankstyvųjų bažnyčių raštus ir rodo, kad konflikte tarp Athanasius ir Arius, kuris apibrėžė Credo, jis pasirinko Arius, pralaimėtojo pusę, kuris atmetė tradicinį Trejybės požiūrį. Niutonas "pripažino Kristų kaip dievišką tarpininką tarp Dievo ir žmogaus, kuris buvo pavaldus Tėvui, kuris jį sukūrė". Jis buvo ypač suinteresuotas pranašavimu, tačiau jo nuomone, Kristus buvo "apostazė.
buvo eretikas