1945 m. gegužės 9 d., praėjus dienai po besąlyginės nacių Vokietijos kapitulacijos
, Agricola buvo suimtas sovietų kariuomenės Teplice<unk>Šanov Čekoslovakijoje (dabartinė Teplice Čekijoje), o vėliau buvo išvežtas į Sovietų Sąjungą, kur jis buvo įkalintas stovyklose Nr. 27, 62, 362, 476 ir 48. Po to jis buvo pervežtas į Kijevo 1-ąjį kalėjimą, kad būtų teisiamas dėl karo nusikaltimų. Ukrainos Vidaus reikalų ministerijos Kijevo Oblastijos karinis tribunolis pripažino jį kaltu pagal Ukaz 43 1 straipsnį (1943 m. balandžio 19 d.) ir 1948 m. lapkričio 16 d. nuteisė jį 25 metams sunkaus darbo. Bausmę jis atliko Kazachstano Karagandoje ir Komi Respublikos Vorkutos darbo stovyklose. Vėliau jis buvo įkalintas Voikovo kalėjimo stovykloje netoli Ivanovo, kurią sovietų valdžios skyrė aukšto rango Wehrmachto personalui.