2001 m., prasidėjus Antrajam Čečėnijos karui, Khangoshvili prisijungė prie ginkluoto Čečėnijos Respublikos Ichkerijos pasipriešinimo kovojant su Rusija. Khangoshvili buvo lauko vadas ir turėjo glaudžius ryšius su buvusiu Čečėnijos prezidentu Aslanu Maskhadovu. Maskhadovas buvo nužudytas 2005 m. kovo mėn. per Rusijos vidaus žvalgybos tarnybos (FSB) reidą. Pasak Khangoshvili brolio, Zurabo, Zelimkhan dalyvavo 2004 m. birželio mėn.
Rusijos respublikose Ingušetijoje ir Dagestane, per kurią žuvo 88 policijos pareigūnai ir civiliai; pranešama, kad operacijos metu Zelimkhanas buvo sužeistas kojoje. Rusijos prezidentas Vladimiras Putinas tvirtino, kad jis buvo vienas iš Maskvos metro sprogdinimo kaltininkų. Tačiau pats Zelimkhanas neigė, kad yra atsakingas už karo nusikaltimus, Gruzijos žiniasklaidai sakydamas: "Rusai mane kaltina daugeliu dalykų, įskaitant teroristines atakas. Tai melas. Niekas negali pateikti jokių įrodymų, kad mano veiksmuose buvo sužeistas ar nužudytas nė vienas civilius asmuo!".