DNR virvelių sekos, sudarančios tikslinę struktūrą, yra suprojektuojamos kompiuteriškai, naudojant molekulinės modeliavimo ir termodinaminės modeliavimo programinę įrangą. Tada pačios nukleonukleozės rūgštys sintetizuojamos naudojant standartinius oligonukleotidų sintezės metodus, paprastai automatizuotus oligonukleotidų sintezatoriuje, o užsakomųjų sekų virveliai yra komerciškai prieinami. Virveles galima išvalyti denatūruojant gelį elektroforezė, jei reikia, ir tiksli koncentracija nustatoma naudojant bet kurį iš kelių nukleonų rūgščių kvantinių metodų, naudojant ultravioletinę absorbcijos spektroskopiją. Visiškai suformuotas tikslinės struktūros gali būti patikrintos naudojant natyvinį gelį elektroforesą, kuri suteikia informacijos apie nukleonų rūgščių kompleksus.
ar struktūroje yra visi pageidaujami siūlai,