Po to, kai Misisipės valstija atsiskyrė prieš pat pilietinio karo pradžią, Barksdeilas atsistatydino iš Kongreso, kad taptų Misisipės milicijos adjutantu, o tada generaliniu karvedžiu, brigados generolio laipsniu, 1861 m. Kovo 1 d. Gegužės 1 d. jis buvo paskirtas pulkininku Konfederacinės Valstijų armijos 13-ojo Misisipės pėstininkų pulke, kurį jis vadovavo per Pirmąją Bulruno mūšį tą vasarą ir Ballo blfo mūšį spalio mėnesį. Kitą pavasarį jis su savo pulku išvyko į Virdžinijos pusiasalį ir dalyvavo Peninsula kampanijoje bei Septynių dienų mūšiuose. Kai jo brigados vadas, brigados generolas Richardas Griffithas, buvo mirtinai sužeistas Savage's Station mūšyje
1862 m. Birželio 29 d. Barksdailas perėmė brigados vadovybę ir vadovavo jai herojiško, bet kruvino ir beprasmingo puolimui Malverno kalvos mūšyje. Brigada tapo žinoma kaip "Barksdalio Misisipės brigada". 1862 m. rugpjūčio 12 d. jis buvo paaukštintas į brigados generolą.