1861 m. Kovo mėn. Fergusonas buvo paskirtas kapitonu Pietų Karolinos milicijoje, vėliau buvo paskirtas leitenantu ir C.S. armijos brigados generolas P. G. T. Beauregard. Jis buvo vienas iš pareigūnų, kuris Fort Sumter gavo oficialų JAV armijos majoro Roberto Andersono pasidavimą, pakėlė pirmąją Konfederacijos valstybių vėliavą ir paskyrė pirmuosius sargybinius Fort Sumter. Po apgulties jis buvo pasiųstas pristatyti pirmą Konfederacijos vėliavą, nukentėjusį nuo priešo šūvio, Konfederacijos valstijų laikinam kongresui. Jis buvo pulkininkas leitenantas ir adjutantas generolas Beauregard per
Šilo mūšis. Per Farmingtono mūšį jis buvo 28-ajame Misisipės kavalerijos pulke. Jis vadovavo padaliniui, gindami Viksburgą, ir padėjo sustabdyti JAV generolio majoro Williamo T. Shermano ir JAV komodoro Davido Porterio atakas.