Kai 1578 m. Aleksanderis Farnese'as, būsimasis Parmos kunigaikštis, perėmė armijos valdymą, Žemieji kraštai vis labiau buvo padalinti į maištingą šiaurę ir pietines provincijas, vis dar ištikimas Ispanijai. Atvykus dideliam skaičiui karių iš Ispanijos, Farnese pradėjo konsoliduoti Ispanijos kontrolę pietuose, pradedant nuo Mastrichto. Farnese 1579 m. kovo 12 d. pradėjo Mastrichto apgultį. Jis įsakė savo kariuomenei nušluostyti sienas. Mastrichto gyventojai taip pat kasė, kad pasiektų ispanų tunelius. Gerai po žeme kovos tęsėsi. Šimtai ispanų kareivių žuvo, kai į jų tunelius buvo išpilta verdančio vandens. Kiti mirė dėl deguonies stokos, kai olandų gynėjai į jų vidų įžiebė ugnį. Dar 500 ispanų kareivių žuvo, kai minos, kurią jie planavo panaudoti sienos susprogdinimui, netikėtai sprogė. Birželio 29-osios naktį Farnese sugebėjo patekti į miestą, kol išsekę gynėjai miegojo. Ispanijos vienetai, įsiveržę į miesto sienas, pirmiausia išprievartavo moteris (kai kurios, kovojant, siekdamos apginti miestą, pažeidė lyčių vaidmenis ir atsisakė savo teisės į gailestingumą), tada išžudė gyventojus. 1585 metais Farnese'as užkariavo Briuselio, Gento ir Antverpeno miestus
, taip pat Brabanto provinciją ir didžiąją dalį Flandrijos. Šiuo metu armija buvo nukreipta nuo savo pradinės kovos su šiaurės sukilėliais funkcijos į Anglijos problemą, kariavusią su Ispanija. Farnese tikėjo, kad kariuomenė gali tikėtis peržengti Lamanšą su jėga, remdamasi katalikų sukilimu Anglijoje, kad ją palaikytų; vietoj to, 1588 m. Filipas nusprendė imtis jūrų puolimų, naudodamasis Ispanijos Armada. Flandrijos armija ėmėsi veiksmų prieš Ostendą ir Dunkirką, ruošdamasi tolesniam manevrui per Lamanšą, kad padėtų Armada, tačiau pagrindinės jūrų pajėgos pralaimėjimas užbaigė šiuos planus.