Netrukus po to, kaiodaizmas pradėjo pritraukti įvairių politinių veikėjų dėmesį dėl savo maištininkų idėjų, kurios galiausiai parodė, kad kai kurios jo frakcijos dalyvavo ginkluotame maištinėjime prieš prancūzus, japonus ir komunistus iki 1950-ųjų. Dėl to religija buvo demilitarizuota, jos lyderiai buvo įkalinti, o pasekėjai buvo slopinti įvairiuose politiniuose režimuose, o tai lėmė jos įtakos mažėjimą visuomenėje. Komunistinės pajėgos visiškai užėmė Saigono valdžią.
1975 m. religinis persekiojimas Kaodaistų sustiprėjo, ir religija buvo oficialiai uždrausta. Kadangi pagrindinė Tây Ninh Šventasis Sostas ir kitos vietos buvo labai militarizuotos, o jų išorinės religinės praktikos buvo uždraustos, beveik atrodo, kad religija išnyktų be paskesnės kartos lyderių, kurie ją vadovautų. Daugelis jos pasekėjų pasislėpė, kad išgyventų, o kiti ieškojo prieglobsčio užsienyje nuo religinio persekiojimo, taip sukurdami diasporos bendruomenes įvairiose pasaulio šalyse. Po ekonominės reformos, prasidėjusios 1990-aisiais, kaodaizmas sugebėjo atgaivinti savo viešumą atvėręs savo šventyklas, nes religinis dalyvavimas atgavo valstybės legitimumą. Tačiau ši kontroversiška seansų praktika iki šiol yra uždrausta.