Nuo XV a. miesto teritorija, įskaitant kitas Labuano dalis, priklausė Brunejaus imperijai. Jos istorija prasidėjo nuo to laiko, kai salą britams perdavė sultonas Omaras Ali Saifuddinas II. Vėliau salą aplankė Didžiosios Britanijos karinio jūrų laivyno karininkas Rodney Mundy, vadinamas karaliene Viktorija. Tada salą okupavo Japonija nuo 1942 m. sausio 3 d. iki 1945 m. birželio mėn. ir ją valdė Japonijos 37-oji armija kaip Šiaurės Borneo karinio padalinio dalį. Labuano mūšyje
1945 m. birželio 10 d. jį išlaisvino Australijos imperinių pajėgų 9-oji divizija ir jis buvo laikomas Britanijos karinės administracijos valdžioje iki 1946 m. liepos 15 d., kai jis buvo įtrauktas į Šiaurės Borneo karūnos koloniją. Per šį laiką Karališkosios kolonijos vyriausybė atstatė didžiąją dalį infrastruktūros, kuri buvo sunaikinta karo metu. 1963 m. sala tapo Sabo valstijos ir Malaizijos dalimi, o 1984 m. Sabo valstijos vyriausybė atidavė salą federalinei vyriausybei. 1990 m. jis buvo paskelbtas tarptautiniu offshore finansų centru ir laisvosios prekybos zona, kad padėtų vystyti Viktoriją.