Trisdešimties metų karas sugriovė miestą ir nuo to laiko jis lėtai žlugo. Po katastrofiško protestantų Heilbrono sąjungos pralaimėjimo Habsburgams prie Nörlingeno
1634 m. kunigaikštis Eberhardas III ir jo rūmai pabėgo į Strasbūro ištremimą, palikdami kunigaikštystę Habsburgams palankų pajėgų plėšikai. Habsburgai vėl valdė miestą dar ketverius metus, o tuo metu Štutgarte turėjo būti švabų prohabsburgų armijos. 1634 m. į miestą įžengė romėnų karalius Ferdinandas III ir po dvejų metų, 1636 m., dar kartą bandė Vurtembergą katalikizuoti. Kitąmet miestą užklupo buboninis maras. 1638 m. kunigaikštis grįžo į karalystę, kuri buvo šiek tiek padalinta į regiono katalikų frakcijas ir visiškai nuniokota karo. Pats Kunigaikštystėje mūšiai, badas, maras ir karas sumažino Kunigaikštystės gyventojų skaičių nuo 350 000 1618 m. iki 120 000 1648 m. - apie 57% Vurtembergo gyventojų. Per ateinančius kelis dešimtmečius atsigavimas buvo lėtas, tačiau 1650 m. prasidėjo pirmoji miesto knygynas, o 1686 m. - vidurinė mokykla. Ši pažanga buvo beveik visiškai atšaukta, kai 1688 m. per Devynių metų karą už miesto sienų pasirodė prancūzų kareiviai, vadovaujami Ezéchiel du Mas, tačiau miestas buvo išgelbėtas nuo kito maišo dėl diplomatinės Magdalenos Sibilos, valdžiančios Vurtembergiją kaip regento savo sūnui Eberhardui Liudvikui, gebėjimų.