1978-aisiais jis laimėjo Respublikonų pirminius rinkimus į gubernatoriaus pavaduotoją ir vėliau tuo pačiu metais tapo jauniausiu kada nors išrinktu Pensilvanijos gubernatoriaus pavaduotoju. Jo dvejopo vaidmens kaip gubernatoriaus energetikos tarybos pirmininkas ir Pensilvanijos nepaprastųjų situacijų valdymo tarybos pirmininkas jį pavertė Trejų Mylių salos krizės centru
1979 metais. Kaip gubernatoriaus pavaduotojas, Scrantonas pasamdė Natą Goldhaberį, Transcendentinės Meditacijos judėjimo narį, kaip savo vyriausiąjį padėjėją Harrisburg. 1982 m. jis buvo vienbalsiai išrinktas Nacionalinės gubernatorių leitenantų konferencijos pirmininku.