1904-1905 m. Rusijos ir Japonijos karo metu 1904 m. rugpjūčio mėn. prie Korsakovo įvyko laivyno mūšis. 1905 m. Japonija
Japonija užkariavo Sachaliną karo pabaigoje, o pietinė Sachalinė, įskaitant Korsakovskiją, buvo perduota Japonijai 1905 m., po Rusijos pralaimėjimo kare. Prieš perleidimą rusai sudegino medinį miestą. Fort Korsakovskio pelenų paviršiuje japonai pastatė modernų akmenų apmušytą miestą su asfaltuotomis gatvėmis ir elektra, pavadinimu "Ōtomari" (大泊), kuris yra ainu kalbos žodžių "Poro-an-tomari" (didysis uostas) vertimas. 1905-1907 m. miestas laikinai buvo Karafuto prefektūros sostinė. Japonijos valdžioje miestas smarkiai išaugo. Ōtomari buvo baudžiamoji kolonija, valdoma Rusijos. Čia buvo priverstinio darbo praktika. Japonijos į Ōtomari atvedė tūkstančius etninės kilmės korėjiečių kaip darbininkų. Šiandienos Korsakovo korėjiečių gyventojai daugiausia yra tų darbinių šaukinių palikuonys.