Słomniki pirmą kartą paminėti 1287 m., kaip medžioklės gyvenvietė tarp tankių miškų. Tuo metu jis priklausė cistercijų vienuoliams ir buvo įsikūręs prekybiniame kelyje iš Bochnijos ir Wieliczko į Didžiąją Lenkiją. XIII amžiuje Mažosios Lenkijos teritorija patyrė keletą mongolų puolimų (žr. Mongolų invazija į Lenkiją), per kuriuos Słomniki taip pat buvo sunaikinti. 1358 m. karalius Kazimierz Wielki suteikė Słomnikiu Magdeburgo teisių chartiją ir buvo suformuota viduramžių stiliaus rinkos aikštė, kuri vis dar egzistuoja. Miestas plėtėsi, o XV - XVI amžiuose jį aplankė keli Lenkijos valdovai. 1554 metais Šlomniki tapo vienu pagrindinių protestantų reformacijos centrų, kai čia buvo atidaryta kalvinistų šventovė. 1564 m. Słomnikyje vyko Lenkijos reformatų bažnyčios sinodas. Kaip ir dauguma Mažosios Lenkijos miestų, Słomniki buvo visiškai sunaikinta per švedų invaziją į Lenkiją
, ir klestėjimo laikotarpis baigėsi.