Po to, kai 1939 m. pradžioje išvyko iš Gordono, Filipui teko baigti kadeto kursą Karališkojoje karinių jūrų pajėgų koledže Dartmute, po to grįžti į Graikiją, kur 1939 m. viduryje mėnesį gyveno su motina Atėnuose. Graikijos karaliaus Džordžo II (jo pusbrolio) įsakymu jis rugsėjo mėnesį grįžo į Britaniją, kad vėl pradėtų mokytis Karališkojo jūrų laivyno. Kitąmet jis baigė Dartmuth universitetą kaip geriausias kadetas. Per Antrąjį pasaulinį karą jis toliau tarnavo britų kariuomenėje, tuo tarpu du jo švagrų, Heseno princas Christofas ir Badeno markgrafas Bertholdas, kovojo priešingos Vokietijos pusėje. 1940 m. sausio mėn. Filipas buvo paskirtas midžeriu. Jis keturis mėnesius praleido ant karo laivo, saugodamas Australijos ekspedicinių pajėgų konvojus Indijos vandenyne, po to trumpiau buvo dislokuotas Britų Ceilone. Po Italijos invazijos į Graikiją
1940 m. spalio mėn. Jis buvo perkeltas iš Indijos vandenyno į Viduržemio jūros laivyno laivyną.