1939 m. rugsėjį prasidėjo karas, o daugumai Paryžiaus gyventojų iškart pasikeitė nedaug. Tačiau tai nebuvo keli tūkstančiai vokiečių politinių pabėgėlių, kurie iš persekiojimo ieškojo prieglobsčio persikraustę į Paryžių. Leo Baueris buvo vienas iš tų, kurie 1939 metų rugsėjį buvo suimti Paryžiuje. Jis buvo laikytas daugelyje koncentracijos stovyklų nuo to laiko iki Prancūzijos ir Vokietijos paliaubų.
1940 m. birželio mėn. 1940 m. liepos mėn. jam pavyko pabėgti į Šveicariją su savo partijos draugu. Šveicarijoje jis neteisėtai gyveno kaip banko darbuotojas Ženevoje ir vardu "Paul-Eric Perret". Jis tapo Komunistų partijos informatoriumi / ryšiu ("Vertrauensmann") Vakarų Šveicarijoje ir dalyvavo "pasienio darbe", susijusiame su Prancūzijos ir Šveicarijos sienomis.