Įkurta 1934 m. sujungus Škotijos nacionalinę partiją ir Škotijos partiją, partija nuolat buvo atstovaujama Westminsteryje, nes Winnie Ewing laimėjo 1967 m. Hamiltono papildomus rinkimus. 1999 m., kai buvo įkurtas Škotijos parlamentas, SNP tapo antra pagal dydį partija. 2007 m. Škotijos parlamento rinkimuose SNP įgijo valdžią vadovaujant Aleksui Salmondui ir suformavo mažumos vyriausybę, o vėliau laimėjo 2011 m. Parlamento rinkimus, po kurių ji suformavo pirmą Holyrood daugumos vyriausybę. Po to, kai Škotija balsavo prieš nepriklausomybę 2014 metų referendume
Salmondas atsistatydino, o jo vietą užėmė Sturgeon. 2016 m. rinkimuose SNP vėl tapo mažumos vyriausybe.