2009-2010 m. sezono metu Agafonova debiutavo Jaunimo Grand Prix (JGP) serijoje. Vokietijoje ji laimėjo bronzinį medalį, o Lenkijoje užėmė šeštąją vietą. Ji laimėjo auksą
Rusijos jaunimo čempionate ir buvo išsiųsta varžytis jaunimo pasaulio čempionate, Agafonova laimėjo bronzinį medalį.