Užpildykite šią frazę: 2006 m. vasario 15 d. popiežius Benediktas XVI paskyrė jį apaštališkuoju nunciu Egipte ir atstovu Arabų valstybių lygoje. Tai buvo jo pirmasis diplomatinės pareigos. Jis buvo vienas iš nedaugelio nuncių, kurie nebuvo įstoję į Pontifikalinę bažnytinę akademiją. Pasak BBC, "Vokietijoje gimusio popiežiaus sprendimas sukėlė susijaudinimą. Vatikano stebėtojai stengiasi išsiaiškinti, ar šis žingsnis yra nuvertinimas ar ypatingų arkivyskupo talentų pripažinimas". Fitzgeraldas sakė: "Mano arabų ir islamo studijų patirtis šiuo metu tikriausiai laikoma naudinga plėtojant santykius su Egiptu ir likusiu islamo pasauliu". Vienas Vatikano korespondentas pavadino Fitsdžeraldo perkėlimą "blogiausiu popiežiaus sprendimu iki šiol" ir jo nebuvimas buvo pastebėtas spaudoje, kai popiežius Benediktas įžeidė musulmonus savo
Regensburgo paskaita 2006 m. rugsėjo mėn. F. Fitzgeraldas buvo perkeltas į kitas pareigas, kai Benediktas XVI perorganizavo kurijos departamentus, kad perorientuotų tarpreligines diskusijas su nekrikščionimis, sujungdamas PCID prezidento vaidmenį su Popiežiaus kultūros tarybos prezidento vaidmeniu. Benediktas XVI 2006 m. kovo mėn. inicijavo pertvarkymą, o 2007 m. birželio mėn. jį atšaukė.