Parašykite šio skyriaus tęsinį - Latimerio antrųjų studijų metų metu prasidėjo Pilietinis karas ir Latimeris paliko VMI tarnauti Pietų Konfederacijai. Pirmą kartą 1861 m. pavasarį ir vasarą jis tarnavo Richmond Hampden artilerijos kadetu. Rudenį jis buvo paskirtas pirmuoju leitenantu ir dalyvavo 1862 m. Šenandoah slėnio kampanijoje. Po to, kai jis išsiskyrė su savo baterija tokiose mūšiose kaip Pirmasis Vinschesteris
Cedar Mountain, Latimer buvo paaukštintas į komandą bataliono, kuris anksčiau priklausė A. R. Courtney. 1862 m. gruodį, vadovavęs batalionui Fredericksburg, 1863 m. kovo mėn. Latimeras buvo paaukštintas į majorą. Ewellas jį vadino "jaunuoju Napoleonu", tačiau jo amžiniai pastebėjo jo jaunystę ir mažą, nedidelį augimą, vadindami jį "Boy Major". Jis tapo majoro Ričardo Snoudeno Endriuzo bataliono, majoro generolo Edvardo "Allegheny" Džonsono divizijos, pareigūnu.