1341 m. Čekijos karalius Jonas leido žydų šeimoms gyventi miesto sienose, o pirmoji sinagoga buvo pastatyta 1380 m. Tačiau XV a. pabaigoje ir XVI a. pradžioje įvyko keletas pogromų. Nuo husitų karų
, miestas tradiciškai buvo katalikų bažnyčios tvirtovė ilgai trunkančių religinių konfliktų Čekijos karalystėje metu. Nuo 1526 m. Budejovice buvo Habsburgų monarchijos dalis ir išliko ištikimas imperatoriaus Ferdinando II rėmėjas Trisdešimties metų kare. Budějovice trumpai okupavo Prūsija per Silezijos karus ir 1742 m. Habsburgų ir Prancūzijos kariuomenės karą.