Kai Vladislao vienintelis sūnus Liudvikas žuvo 1526 m. Mohakso mūšyje, užbaigdamas Jagielono dinastijos valdymą Čekijoje, Čekijos kilmingųjų susirinkimas išrinko jo švagrą, Habsburgų archduke Ferdinand I iš Austrijos, kaip naują Čekijos karūnos kraštų karalių. Kartu su Austrijos arkidukečiu ir Vengrijos karalyste jie suformavo Habsburgų monarchiją, kuri per ateinančius šimtmečius iš Šventosios Romos imperijos išaugo į atskirą Europos valstybę. 1620 m. Baltojo kalno mūšyje buvo sutriuškinti Bohemijos protestantų reformacijos valdų bandymai sukurti autonominę konfederaciją
, po to administracija buvo centralizuota Vienoje. Be to, Habsburgų valdovai pralaimėjo Liuzatiją Saksonijos elektorai po trisdešimties metų karo 1635 m. Prahos taikos sutartimi, o taip pat didžiąją dalį Šilėzijos su Kladsko Prūsijos karalystei po Pirmojo Šilėzijos karo 1742 m. Breslau sutartimi.