Po sugrįžimo į Australiją, Viltonas buvo paskirtas brigadininku, atsakingu už administravimą Rytų štabo vadovybėje. Tai buvo jo pirmasis administracinis pareigas. 1955 m. lapkritį jis buvo paskirtas į generalinio štabo AHQ, kur jis buvo atsakingas už žvalgybos, operacijų ir planų, ir dalyvavo Australijos pasirengime SEATO pratyboms. 1957 m. kovo 24 d. jis buvo paaukštintas iki generolio majoro ir tapo Karališkojo karinio koledžo Duntroone komandantu. Nors Viltonas nebuvo labai religingas, jis laikė save atsakingu už jaunesnių kadetų dvasinį ir moralinį vystymąsi; jis reguliariai lankė bažnyčios paradas, o 1959 m. Asmeniškai pradėjo kreiptis į visuomenę dėl lėšų kolegijos Anzako atminimo koplyčiai pastatyti, kuri bus atidaryta 1966 m. Tačiau jo pagrindinis tikslas buvo akademinis: susirūpinęs, kad absolventai gali atsilikti nuo savo vis labiau aukštesniojo mokslo kvalifikacijos kolegų pramonėje ir viešojoje tarnyboje, jis uoliai dirbo, kad kolegija taptų laipsnio suteikimo institucija; tai buvo įgyvendinta 1967 m. Nuo 1960 m. birželio iki 1962 m. Viltonas buvo SEATO būstinės Bangkoke karinio planavimo biuro vadovas. Jis manė, kad Tailandas yra strategiškai gyvybiškai svarbus, pareiškęs, kad "jei norite išlaikyti Pietryčių Aziją, turite išlaikyti Tailandą". Jo pareiga leido atidžiai stebėti blogėjančią padėtį Laose.
, kuris grasino išsiplėsti į Tailandą, ir Vakarų galių didėjantis dėmesys į Pietų Vietnamą. 1962 m. Karalienės gimtadienio pagerbimuose jis buvo paskirtas Batų ordino kompanionu (CB), ypač už "įspūdingą atsidavimą pareigai ir vienintelį tikslą" kaip Duntroono komandantas. 1963 m. sausio 21 d. Wiltonas buvo paaukštintas į generolo leitenanto rangą ir tapo Generalinio štabo viršininku, pakeisdamas generolį leitenantą serą Reginaldą Pollardą. 1964 m. Naujųjų metų pagerbimuose jis buvo paskirtas Didžiosios Britanijos imperijos ordino riteris (KBE).