Vos keliomis dienomis prieš 2010 m. Afrikos taurės pabaigą Angoloje, Issa Hayatou atsidūrė kontroversijos viduryje po to, kai CAF sustabdė Togo nacionalinę futbolo komandą iš kitų dviejų Afrikos tautų taurės. Hayatou apkaltino Togo vyriausybę kišimusi į Togo futbolo asociacijos reikalus, kai komanda pasitraukė iš 2010 m. taurės prieš jos pradžią. 2010 m. sausio 8 d. ginkluota ataka nukentėjo nuo Togo komandos
prieš čempionatą keliaujant autobusu į Angolą, dėl to Togo delegacijoje žuvo du žmonės. Togo kapitonas Emmanuelis Adebayoras ir Togo treneris Hubertas Veludas griežtai kritikavo Hayatou, ypač dėl CAF sprendimo, ragindami jį atsistatydinti iš CAF pirmininkavimo.