Prudnikova žaidė Rusijos nacionalinėje komandoje 1992 ir 1996 m. Moterų šachmatų olimpiadoje, prisidėdama prie trečios vietos pabaigos. Ji atstovavo savo įvaikinę šalį Jugoslaviją 2000, 2002 ir 2004 metais, padėdama savo komandai pasiekti gerą penktąją vietą 34-oje Šachmatų olimpiadoje.
2000 m. Ji laimėjo du olimpinius individualius aukso medalius žaidžiant 2 lentelę abiem atvejais: 1992 ir 2002 metais.