Pasakojimas vyksta 3394 metais, po tūkstančio metų po to, kai žmonija pabėgo iš Žemės, kai ją sunaikino forma keičiančių ateivių rasė <unk> Gauna (奇居子 ((ガウナ)) šimtais didžiulių erdvėlaivų, sukurtų iš planetos liekanų. Vienas tokių laivų yra Sidonija, kuri sukūrė savo žmogiškąją kultūrą, glaudžiai pagrįstą Japonijos, kur žmogaus klonavimas, aseksualinė reprodukcija ir žmogaus genetinė inžinerija, pvz., suteikiant žmonėms fotosintezę, yra įprasta. Taip pat paaiškėja, kad šios visuomenės aukščiausiais echelonas slapta buvo suteiktas nemirtingumas. Su daugiau nei 500 000 žmonių populiacija Sidonija yra galbūt paskutinis likęs žmonių gyvenvietė, nes kitų laivų likimai yra nežinomi.
Japonija