1949 m. Prahos žydų bendruomenės taryba perdavė muziejaus valdymą komunistiniam režimui. 1950 m. balandžio 4 d. jis buvo pervadintas į valstybinį žydų muziejų, kultūros įstaigą, suskirstytą į šešias sinagogas, ceremonijų salę ir kapines, įsteigtą kaip "atminimo, istorinės išsaugojimo agentūra ir mokslinių tyrimų institutas". Komunistai uždraudė judaizmą, uždraudė ryšius su užsienio mokslininkais, o vienintelės leidžiamos parodos buvo vaikų piešinių iš Terezino. Po sovietų invazijos 1968 m.
, buvo surengta nedaug naujų parodų. Nors šis muziejus buvo didžiausia Čekoslovakijos turistų atrakcija, kasmet jį aplanko 700.000 lankytojų, apie judaiškų knygų kolekciją žinojo tik šios srities mokslininkai.