Tuo tarpu Japonijos vadovybė pradėjo savo planą ginti Filipinus su Jungtiniu laivynu. Japonijos karo laivai buvo suskirstyti į keturias grupes. Šiaurės pajėgos buvo sukonstruotos aplink likusius Kombinuotojo flotilės lėktuvnešus, dabar netekusius savo karo lėktuvų, ir turėjo laukti kaip melas į šiaurę nuo Luzono. Japonija tikėjosi, kad amerikiečių greitojo vežėjo specialųsias pajėgas pritrauks į tašką, kuris bus pakankamai toli nuo Leyte įlankos, kad jie būtų neaktyvūs, o kitos trys imperatoriaus pajėgos, sudarytos iš paviršinių karo laivų, sunaikins amerikiečių laivybos, palaikančios generolio majoro Douglaso MacArthuro paplūdimio galvą Leyte. Taigi, jie tikėjosi įstrigti amerikiečių
Leyte įsiveržė užpuolikai, kaip ir Makartūro kareiviai buvo sugauti Batane maždaug prieš trejus metus. Stipresnės iš šių paviršinių pajėgų turėjo kirsti Sibujanų jūrą, pereiti San Bernardino sąsiaurį ir iš šiaurės nusileisti į Leyte įlanką. Kitos dvi turėjo išplaukti iš Surigao sąsiaurio ir iš pietų pulti įsiveržėlius į Leyte įlanką.