Per ateinančius šešerius metus Bogdanovas buvo pagrindinė ankstyvųjų bolševikų figūra, antrą tik po Vladimiro Lenino. 1904-1906 m. jis išleido tris filosofijos traktato "Empiriomonizm" ("Empiriomonizmas") tomus, kuriuose bandė sujungti marksizmą su Ernst Mach, Wilhelm Ostwald ir Richard Avenarius filosofija. Vėliau jo darbai paveikė daugelį Rusijos marksistinių teoretikų, įskaitant Nikolajų Buhariną. 1907 m. Jis padėjo organizuoti 1907 m. Tiflis banko apiplėšimą.
su Leninu ir Leonidu Krasinu.