Halsey buvo paskirtas Pietų Ramiojo vandenyno zonos vadu ir vadovavo sąjungininkų pajėgoms per Gvadalkanalo mūšį (1942-1943 m.) ir mūšius Solomonų grandinėje
(1942-1945 m.). 1943 m. jis buvo paskirtas Trečiojo flotilės vadu, ir šį postą užėmė visą likusį karą. Jis dalyvavo Leyte įlankos mūšyje, didžiausiame Antrojo pasaulinio karo kariniame mūšyje ir, pagal kai kuriuos kriterijus, didžiausiame kariniame mūšyje istorijoje. 1945 m. gruodį jis buvo paaukštintas į laivyno admirolą ir 1947 m. kovo mėn. išėjo į pensiją.