1940 m. gegužės mėn. Vokietijos pajėgos vėl įsiveržė į šalį, o 40 690 belgių, iš kurių daugiau nei pusė buvo žydai, buvo nužudyti per vėlesnę okupaciją ir Holokaustą. Nuo 1944 m. rugsėjo iki 1945 m. vasario
sąjungininkai išlaisvino Belgiją. Po Antrojo pasaulinio karo 1951 m. generalinis streikas privertė karalių Leopoldą III atsistatydinti, nes daugelis belgių manė, kad jis karo metu bendradarbiavo su Vokietija. Belgijos Kongo 1960 m. Kongo krizės metu įgijo nepriklausomybę; Ruanda-Urundi tapo nepriklausoma dvejus metus vėliau. Belgija tapo NATO steigėja ir kartu su Nyderlandais ir Liuksemburgu įkūrė Benelukso valstybes.