2013 m. AFP pavyko sustabdyti Moro nacionalinio išsivadavimo fronto išpuolius Zamboanga miesto krize, kai jie pradėjo ataką skelbti nepriklausomybę Bangsamoro Respublikai. 2016 m. vasario mėn. ir lapkričio mėn. 2017 m. AFP taip pat susidūrė su ISIS kovotojais Marawi
, ragina prezidentą Duterte paskelbti karo padėtį pagal proklamaciją Nr. 216.