Po karo Ančerlis dirbo Radijo Prahoje iki 1950 metų, kai tapo Čekijos filharmonijos meniniu direktoriumi, kurį sėkmingai dirbo aštuoniolika metų. Po
1968 m. per Čekoslovakijos invaziją, Ančerl emigravo į Toronto, Kanadą, kur jis dirbo Toronto simfoninio orkestro muzikos direktoriumi iki savo mirties 1973 m.