Kaip treneris, Deschamps pradėjo savo karjerą su "Monaco" ir padėjo klubui laimėti "Coupe de la Ligue" 2003 m. Ir pasiekė 2004 m. UEFA Čempionų lygos finalą, 2004 m. Jis buvo pavadintas "Ligue 1" metų vadybininku. 2006-2007 m. sezono metu jis padėjo savo buvusiam klubui "Juventus" laimėti Serie B titulą ir grįžti į Serie A po to, kai buvo išmestas dėl dalyvavimo 2006 m. "Calciopoli" skandalo praėjusį sezoną. Vėliau jis vadovavo kitam savo buvusiam klubui "Marseille", kur 2009-2010 m. sezone laimėjo Ligue 1 titulą, taip pat tris iš eilės "Coupe de la Ligue" titulus nuo 2010 iki 2012 m. ir iš eilės "Trophée des Champions" titulus 2010 m.
ir 2011 m.