Po popiežiaus Jono Pauliaus II mirties 2005 m. Balandžio 2 d. Bergoglio dalyvavo jo laidotuvėse ir buvo laikomas vienu iš popiežiaus įpėdinių. 2005 m. popiežiaus konklave dalyvavo kaip kardinolas rinkėjas.
kuris išrinko popiežių Benediktą XVI. Žurnale "National Catholic Reporter" Johnas L. Allenas jaunesnysis pranešė, kad 2005-ųjų konklave Bergoglio buvo vienas iš pirmaujančių kandidatų. 2005 m. rugsėjo mėn. Italijos žurnale "Limes" buvo paskelbti teiginiai, kad Bergoglio buvo antrasis ir pagrindinis kardinolo Ratzingerio varžovas tame konklave ir kad jis gavo 40 balsų trečiajame balsavime, bet ketvirtame ir lemiamajame balsavime sumažėjo iki 26 balsų. Teiginiai buvo pagrįsti dienoraščiu, tariamai priklausančiu anonimiškam kardinolui, dalyvavusiam konklave. Pasak italų žurnalisto Andrea Tornielli, toks balsavimų skaičius nebuvo precedento Lotynų Amerikos "papabile". "La Stampa" pranešė, kad per rinkimus Bergoglio buvo glaudžiai susižalojęs su Ratzingeriu, kol jis emociškai prašė, kad kardinoliai jam nebalsuotų. Pasak Tornielli, Bergoglio tokį prašymą pateikė, kad konklave nebūtų pernelyg vėluojama pasirinkti popiežių.