1861-ųjų rugsėjį, prasidėjus Pilietiniam karui, Bruksas buvo paskirtas brigados generoliu savanoriais. Jis vadovavo 2 brigadai, 2 divizijai IV korpuso Penasulės kampanijoje ir 2 brigadai, 2 divizijai VI korpuso Septynių dienų mūšiuose, kur jis buvo sužeistas Savage's Station mūšyje.
- Taip. Atgijus, jis vėl pradėjo vadovauti savo brigadai Merilando kampanijoje ir vadovavo savo vyrams Crampton's Gap, kur jie užėmė Konfederacijos kovos vėliavą, priklausančią 16-ajam Virginijos pėstininkų pulkui. Ant Antietamo mūšyje, Bruksas brigada buvo daugiausia rezervo, nors ir po "galling ugnies tiek artilerijos ir snaiperių" 48 valandas.