Religinius skirtumus dar labiau sustiprino didėjantis ekonominis skirtumas. Katalikų, daugiausia kaimo centrinės Šveicarijos kantonai buvo apsupti protestantų kantonais, kurių ekonomika vis labiau buvo komercinė. Politiniu požiūriu dominuojantys kantonai buvo Cirichas ir Bernas (abi protestantai), tačiau katalikų kantonai buvo įtakingi nuo Antrojo Kapelo karo 1531 m. 1655 m. Züricho vadovaujamas bandymas restruktūrizuoti federaciją buvo užblokuotas katalikų opozicijos, o tai lėmė pirmąją Vilmergeno mūšį 1656 m.; katalikų partija laimėjo, cementuodama "status quo". Problemos liko neišspręstos ir 1712 m. vėl kilo antroje Vilmergeno mūšyje.
- Taip. Šį kartą laimėjo protestantų kantonai, kurie dominavo konfederacijoje. Tačiau tikra reforma buvo neįmanoma; trylikos narių individualūs interesai buvo per daug įvairūs, o absolutistinės kantonų vyriausybės priešinosi visiems bandymams administruoti visoje konfederacijoje. Užsienio politika išliko suskaidyta.