1945 m. birželį Jonesas buvo paaukštintas į RNR kapitono pareigas ir paskirtas į Pietryčių Azijos vadovybę, vadovaujant admirolui Mountbattenui. Jis buvo paskirtas Nyderlandų Rytų Indijos divizijos jūrų transporto pareigūnu, įsikūrusiu Javoje, Batavijoje. Karas Azijoje baigėsi 1945 m. rugpjūčio mėn.
Japonijos kapituliacija, tačiau jie vis dar turėjo pasirūpinti karinių pajėgų ir atsargų gabenimu atgal, taip pat civilinių ir karinių karo belaisvių vežimu iš Japonijos stovyklų.