Per šį laiką daugiausia etniniai kinų sukilėliai Malajos komunistų partijos vadovavimu pradėjo partizanines operacijas, skirtas priversti britus ištrūkti iš Malajos. Malaizijos krizė (1948-1960 m.)
dalyvavo ilgoje kovos su sukilėliais kampanijoje, kurią Malajėje vykdė Bendrijos kariai. 1957 m. rugpjūčio 31 d. Malaja tapo nepriklausoma Tautų sąjunga. Po to buvo parengtas planas suvienyti Malaiziją su Šiaurės Borneo (kurias sujungė kaip Sabahą), Saravako ir Singapūro karalystėmis. Federacijos data buvo planuota 1963 m. rugpjūčio 31 d., kad sutaptų su Malaizijos nepriklausomybės metine. Tačiau federacija buvo atidėta iki 1963 m. rugsėjo 16 d., kad būtų galima užbaigti Jungtinių Tautų federacijos paramos Sabah ir Sarawak apklausą, kurią reikalavo federacijai priešiškos partijos, įskaitant Indonezijos Sukarno ir Sarawak Jungtinių Tautų Partiją.