Jis išliko ištikimas prezidentui Ali Nasserui Mohammedui Pietų Jemeno pilietinio karo metu.
, ir paskui jį ištremtas į kaimyninį Šiaurės Jemeną. 1994 m. Jemeno pilietinio karo metu Hadi stojo į Jemeno prezidento Ali Abdullah Saleh vyriausybės pusę ir buvo paskirtas gynybos ministru. Jis vadovavo karinei kampanijai prieš Jemeno Demokratinę Respubliką. Po karo 1994 m. spalio 3 d. jis buvo paaukštintas į viceprezidentą, pakeisdamas Ali Salim Al-Beidh, kuris atsistatydino ir kovojo prieš vyriausybę pilietinio karo metu.