San Emeterio žaidė Ispanijos nacionalinėje komandoje, kuri 2005 m. Viduržemio jūros žaidynėse laimėjo bronzinį medalį. Jis taip pat buvo vyresnio amžiaus vyrų Ispanijos nacionalinės komandos narys, dalyvavęs 2010 m. FIBA pasaulio čempionate ir laimėjęs aukso medalį 2011 m. EuroBasket. Jis taip pat laimėjo sidabro medalį 2012 m. Vasaros olimpinėse žaidynėse.
2013 m. Europos krepšinio čempionato bronzinis medalis ir 2015 m. Europos krepšinio čempionato aukso medalis.