LeMay vadovavo vėlesnėms B-29 Superfortress kovinėms operacijoms prieš Japoniją, įskaitant masines uždegimo atakas prieš 67 Japonijos miestus ir atominius bombardavimus Hirošimoje ir Nagasakije. Tai buvo ir Tokio bombardavimas.
1945 m. kovo 9-10 d. naktis, oficialiuose dokumentuose vadinama "Meetinghouse" operacija. Tai buvo pats žiauriausias karo bombardavimas. Per pirmąjį ataką LeMay įsakė pašalinti 325 B-29 gynybines šautuvas, užkrauti kiekvieną lėktuvą M-47 uždegimo bombomis, magnio bombomis, baltojo fosforo bombomis ir napalmu ir įsakė bombonečiams skristi virš Tokijo. LeMay apibūdino operaciją Meetinghouse sakydamas, kad "JAV pagaliau nustojo smogti musėms ir ėmėsi mėšlo krūvos".