1941 m. Sausio mėn. brigada dalyvavo Vakarų dykumos kampanijoje.
Bardia, kuri per kelias dienas buvo užgrobta iš italų. Vėliau tą mėnesį buvo užimtas Tobrukas, kur 16-oji brigada liko, o kitos dvi 6-osios divizijos brigados, 17-oji ir 19-oji, dalyvavo kituose veiksmuose aplink Derną ir Benghazi. Kovo mėnesį divizija susitelkė aplink Amiriją ir ruošėsi dislokuoti į Graikiją, atsakydama į numatomą Vokietijos invaziją. Per Graikijos mūšį 16-oji brigada okupavo Seriją prieš įsitvirtindama Veria proga. Kai prasidėjo vokiečių puolimas, 2/1 batalionas suteikė atsargų apsaugą, o brigada pasitraukė kartu su Naujosios Zelandijos 4-ąja brigada. Vokiečių įžanga Tempe slėnyje sukėlė tolesnį pasitraukimą, kurio metu 2/2 ir 2/3 batalionų užtikrino atsargų apsaugą, kai Anzac korpusas pasitraukė per Larissą. Po to brigadai buvo įsakyta evakuotis, o elementai buvo ištraukti jūra prie Kalamatos. Didžioji dalis brigados buvo evakuota atgal į Egiptą ir vėliau susikūrė Palestinoje; tačiau brigados elementai nusileido Krete. 2/1 buvo iškrauta kaip visuma ir dislokuota gynybai Retimo aerodromo, o 2/2 ir 2/3 elementų buvo suformuota į 16-ąją brigados jungtinį batalioną. Kovo metu 2/1 divizija buvo iš esmės sunaikinta per trumpą Kretos mūšį, o dauguma buvo paimti į nelaisvę.