1846 m. spalio 5 d. įstojo į Antrąjį pėstininkų pulką antrojo leitenanto laipsniu. 1847 m. balandžio 9 d. jis buvo perkeltas į naujai sukurtą trečiąją JAV drakonų. Jis kovojo Meksikos-Amerikos kare ir buvo įvertintas už ryžtingumą Čurubuško mūšiuose.
ir Molino del Rey. Vėlesniame mūšyje Thornas ir keli kiti pareigūnai savanoriškai pasisiūlė dirbti artilerijos būrio įgula, vadovaujama kapitono Simono H. Drumo. Tai turėjo lemiamą poveikį mūšiui. Dėl to 1847 m. rugsėjo 8 d. jis buvo paaukštintas į kapitoną.