Užbaigti šią frazę: 1861 m. Sausio 31 d. Hardee atsistatydino iš JAV kariuomenės, kai jo gimtoji Džordžijos valstija atsiskyrė nuo Sąjungos. Kovo 7 d. jis įstojo į Konfederacijos armiją kaip pulkininkas ir buvo paskirtas vadovauti Fortams Morgan ir Gaines Alabamoje. Vėliau jis buvo paaukštintas į brigados generolą (birželio 17 d.) ir generolo majoro laipsnį ( spalio 7 d.). 1862 m. spalio 10 d. jis buvo vienas iš pirmųjų Konfederacijos generolių leitenantų. Jo pirminė užduotis buvo organizuoti Arkanzaso pulkų brigadą, ir jis padarė įspūdį savo vyrams ir kolegoms, išsprendęs sudėtingas tiekimo problemas ir kruopščiai mokydamas savo brigadą. Jis gavo savo slapyvardį "Viešasis patikimas", kai buvo komandantas. Hardee dirbo Arkanzase, kol buvo pakviestas prisijungti prie generolo Alberto Sidnėjaus Johnstono Centrinės Kentukio armijos kaip korpusų vadas. Džonsonas pasitrauktų iš Kentukio ir Tenesio į Misisipį, prieš pradėdamas staigmeną
Šilo mūšis 1862 metų pavasarį. 1862 m. balandžio 6 d. per pirmąją mūšio dieną Hardee buvo sužeistas rankoje. Džonsonas žuvo Šiloje, o Hardeio korpusas prisijungė prie generolo Braxtono Braggo Tenesio armijos prieš Korinto, Misisipės, apgulimą, kol departamento vadas P.G.T. Beauregardas evakavo miestą ir pasitraukė į Tupelo. Beauregardą pakeitė Braggas, kuris vėliau perkelė savo armiją į Chattanoogą prieš pradėdamas Konfederacijos Heartland puolimą į Kentukį. Ši kampanija baigėsi 1862 m. spalio mėn. Pervylio mūšyje, kur Hardee vadovavo Bragg armijos kairiam sparniui.