Kai 1936 m. liepos mėn. prasidėjo Ispanijos pilietinis karas, Juan Guilloto dalyvavo Cuartel de la Montaña puolimu ir Guadarrama mūšyje, vykusiame Guadarrama kalnų pakraščiuose. Jis buvo vienas iš penktosios pulko vadų, nuo 1936 m. spalio mėn. tapo jos vadu. Jis kovojo Talavera de la Reina, Santa Olalla ir Illescas (1936 m. Rugsėjo mėn.), Madrido gynyba
ir Antrasis Korunos kelio mūšis, taip pat Jaramos mūšis (1937 m. vasario mėn.).