Kai prasidėjo Ispanijos pilietinis karas, jis buvo įkalintas Ibizoje ir paleistas 1936 m. rugpjūčio mėn., kai sala vėl tapo respublikonų kontroliuojama. 1936 m. Lapkričio mėn. jis buvo Madride, užėmęs aristokratų rūmus (Palacio de Zabálburu) netoli Retiro parko kaip savo Alianza de Intelectuales Anti-fascistas (Antifašistų intelektualų aljansas) būstinę, kuri tapo antruoju Gerdos Taro namais. Ispanijos pilietinio karo metu Alberti tapo kairiųjų poetiniu balsu ir Madrido apgulties metu dažnai transliavo iš sostinės.
Franko armijos, rašė poemų garbinant miesto gynėjus. Vargu ar XV Tarptautinės brigados laikraščio "Savanoris už laisvę" leidimas neturėjo vieno iš jo eilėraščių. 1939 m. pradžioje jis su žmona Eldoje valdė didelį kaimo namą kaip viešbutį, kuriame susirinko daug respublikonų, svarstančių ištremimą. Tarp jų buvo La Pasionara, Enrique Líster ir Juan Modesto. Po Ispanijos respublikonų ginkluotųjų pajėgų pralaimėjimo ir sukilėlių frakcijos respublikos išardymo Alberti ir María pabėgo į Paryžių per Oraną ir kartu su Pablo Neruda persikėlė į butą Quai de l'Horloge. Iki 1940 m. pabaigos jie gyveno Paryžiuje, dirbo Prancūzijos radijo vertėjais ir pranešėjais "Paris-Mondial" transliacijose Lotynų Amerikoje. Po vokiečių okupacijos Prancūzijoje jie iš Marselio į Buenos Airą plaukė laive "SS Mendoza".