Kai 1861 m. prasidėjo Amerikos pilietinis karas, Fesleris pasirinko Sąjungos pusę. 1861 m. rugpjūčio 30 d. jis įstojo į Sąjungos armiją Morgantaune, Indianoje. Fesleris tapo G kompanijos kapitonu 27-ajame Indianos pėstininkų pulke. Fesleris vadovavo savo kompanijai Pirmojo Vinschestro mūšyje
ir Cedar Mountain mūšyje. 1862 m. Feslerio pulkas buvo priskirtas 12-ajam armijos korpusui, kuriame jis išliko visą 1863 m. 1862 m. rugsėjo 17 d. Fesleris vadovavo savo kompanijai Antietamo mūšyje netoli Sharpsburgo, Merilende. 1862-1863 m. žiemą jo pulkas stovyklavo Stafordo teismo rūmuose, Virdžinijoje, o 1863 m. vasario 13 d. Fesleris buvo paaukštintas į 27-ojo Indianos pulkinio pulkininko leitenanto rangą. 1863 m. kovo mėn. 12-ajame korpusui, kurio dalis buvo 27-oji Indianos, buvo išduota žvaigždė kaip korpusų ženklas. 1863 m. gegužės 5 d. Fesleris buvo sužeistas per Chancellorsville mūšį Spotsylvania apygardoje, Virdžinijoje. 1863 m. liepos 2-3 d. jis laikinai vadovavo 27-ojiems Indianų pulkams Getisburgo mūšyje, kai pulko pulkininkas buvo paskirtas brigados vadu. Fesleris ir jo pulkas vėliau tą mėnesį dalyvavo nuslopinant Niujorko draftų riaušes.