Japonijos pasivaikščiojimas Ramiojo vandenyno regione buvo sustabdytas 1943 m. pradžioje Australijos kariuomenės Naujosios Gvinėjos ir JAV kariuomenės Guadalcanalo uoste, po to sąjungininkai pradėjo puolimą, pereidami per Naująją Gvinėją ir Saliamono salas į Filipinus. 1944 metais sąjungininkai pradėjo planuoti Borneo perėmimą. Generolo Duglase MacArthuro Pietų Vakarų Ramiojo vandenyno zonos generalinis štabas buvo atsakingas už operacijos planavimą, tačiau dėl JAV pajėgų įsipareigojimo atgauti Filipinus, Borneo atgavimo užduotis buvo skiriama pirmiausia Australijos sausumos pajėgoms. Bendruomenių operacijos Borneo buvo iškrovimai Tarakan, Labuan
, ir Balikpapan. Iš pradžių Makarturas ketino naudoti Borneją kaip žingsnį į Javos užimtumą, tačiau ši operacija vėliau buvo atšaukta, o atsakomybė už Nyderlandų Rytų Indiją buvo perduota Britų vadovaujamam Pietryčių Azijos vadovybės. Australijos kariuomenės vadas generolas Thomas Blamey planavimo etape rekomendavo nesileisti į Balikpapaną, nes manė, kad tai nepadės strateginiams tikslams. Po daugybės svarstymų, Australijos vyriausybė sutiko suteikti pajėgas šiam veiksmui. JAV jungtinio štabo vadovybė taip pat susirūpinusi dėl strateginės operacijos būtinumo, tačiau, pasak istoriko Garth Pratteno, Makarturas manipuliavo Australijos vyriausybe ir jungtiniu štabu, kad patvirtintų Balikpapan užėmimą. Pasak istoriko Chris Coulthard-Clark, operacijos tikslas buvo "užsitikrinti uostą ir naftos telkinius ir sukurti bazę, iš kurios būtų pradėtos" būsimos operacijos. Be to, bus atkurta Nyderlandų Rytų Indijos vyriausybės kontrolė.