Jis gimė (pagal Julijaus kalendorių, tuo metu Anglijoje naudojamą) 1642 m. gruodžio 25 d. (NS 4 sausio 1643 m.) Kalėdų dieną "valandą ar dvi po vidurnakčio" Woolsthorpe Manor, Woolsthorpe-by-Colsterworth, kaime Lincolnshire. Jo tėvas, taip pat vardu Isaac Newton, mirė prieš tris mėnesius. Ankstyvai gimęs, Newtonas buvo mažas vaikas; jo motina Hannah Ayscoughly pranešė, kad jis galėjo patekti į puodelį. Kai Newtonui buvo treji, jo motina susituokė ir išvyko gyventi su savo naujuoju vyru, dvasininku Barnabu Smithu, palikusi sūnų savo motinos motinos, Margery Ayscoughly, priežiūroje.
įtikino savo motiną, kad jis grįžtų į mokyklą