1862 m. Emory tarnavo brigados vadu Potomaco armijoje ir buvo perkeltas į Vakarų teatrą. 1862 m. kovo 17 d. jis buvo paaukštintas į brigados generolas. Vėliau jis vadovavo divizijai Port Hudsono kampanijoje. Vėliau jis grįžo į Rytus kaip Devynioliktojo korpuso vadas, tarnaudamas visuose pagrindiniuose mūšiuose 1864 m. Šenandoos slėnio kampanijoje.
, ypač Cedar Creeko mūšyje, kur Emory veiksmai padėjo išgelbėti Sąjungos armiją nuo pražūtingo pralaimėjimo iki generalinio majoro Philipo Sheridano atvykimo.