Žmogaus gyvenvietė dabartinėje Gvatemalos miesto vietoje prasidėjo nuo majų, kurie pastatė miestą Kaminaljuju. Ispanijos kolonistai
1775 m. jis tapo sostine. Tuo metu buvo pastatyta centrinė aikštė su katedra ir karališkuoju rūmu. Po Vidurio Amerikos nepriklausomybės nuo Ispanijos 1821 m. miestas tapo Jungtinių Centrinės Amerikos provincijų sostine.