2016-2017 m. sezone Frankfurtui pavyko baigti 11-ąją vietą lentelės viduryje, taip pat pasiekti
2017 DFB-Pokal finalė, pirmasis klubo finalė nuo 2006 m., kai Frankfurtas pralaimėjo 1<unk>2 prieš Borusiją Dortmundą. 2017-18 m. sezone Frankfurto klubas varžėsi dėl vietos Europos čempionate. Kovač paprastai naudojo 3<unk>4<unk>2<unk>1 formaciją, pabrėždamas gynybinį stabilumą ir sparno žaidimą. Jis atvedė "Frankfurt" į 2018 m. DFB-Pokal finalą, antrą kartą iš eilės klubui, kur jis nugalėjo savo būsimą darbdavį "Bayern Munich". Kovač'as atvedė "Frankfurto" į pirmąjį čempionatą nuo 1988 metų. Per 91 rungtynes jis laimėjo 38 rungtynes, 20 - remiso ir 33 - pralaimėjo. Adi Hütter tapo jo įpėdiniu.