Per didžiąją Antrojo Kinijos-Japonijos karo dalį ir dėl sovietų ir japonų neutralumo pakto Vidinė Mongolija buvo iš esmės atogrąžų regionas, o Mongolijos garnizono armija, su savo pasenusia arklių kavalerija, daugiausia padėjo ir mokė Mengjiang nacionalinę armiją ir Mongolijos kavalerijos korpusą. Taigi ji buvo nepasiruošusi dideliam sovietų Raudonosios armijos šarvuotams.
Antrojo pasaulinio karo pabaigoje. 1946 m. liepos 27 d. Mongolijos garnizono armija buvo oficialiai išardyta. Daugelis jo išgyvenusiųjų tapo japonų karo belaisviais Sovietų Sąjungoje.