Įrašyti šio straipsnio tęsinį - Abiejų šalių santykiai po 1989 m. perversmo Sudane
buvo aukštumų ir žemumų. Jie pasiekė aukščiausią lygį 1995 m., kai Sudano vyriausybės elementai prisidėjo prie Egipto teroristinės grupės Gama'a Islamiyya sąmokslo nužudyti Egipto prezidentą Husni Mubaraką, kai jis buvo pakeliui iš Addis Abebos oro uosto į Afrikos vienybės organizacijos (dabar Afrikos Sąjungos) viršūnių susitikimą Etiopijos sostinėje. 1999 m. pabaigoje Egipto pyktis prieš Sudaną nusileido, o prezidentas al-Bashiras aplankė Egiptą, kur abu lyderiai susitarė normalizuoti diplomatinius santykius. 2002 m. Al-Bashiras grįžo į Kairą, tuo metu jie išplėtė bendradarbiavimą įvairiuose praktiniuose klausimuose. Per ateinančius metus Mubarakas atsilygino savo vizitu vykdamas į Chartumą. 2004 m. al-Bashiras vėl nuvyko į Kairą, kur abu lyderiai pasirašė Keturių laisvių susitarimą, reglamentuojantį nuosavybės, judėjimo, gyvenamosios vietos ir darbo laisvę tarp abiejų šalių. Bendradarbiaujama kovojant su terorizmu ir įgyvendinant Nilo upės vandens išteklius, o abi vyriausybės susitarė sukurti laisvosios prekybos zoną Sudano ir Egipto pasienyje, kurioje prekes būtų galima keistis be muitų. Sudanas ypač vertino Egipto žodinį ir moralinį palaikymą jo politikai Darfūre. Egiptas taip pat siuntė karius į Jungtinių Tautų ir Afrikos Sąjungos misiją Darfūre. Egipto investicijos į Sudaną 2008 m. pasiekė 2,5 mlrd. JAV dolerių, o Sudano investicijos į Egiptą sudarė beveik 200 mln. JAV dolerių. Iki 2010 m. Egipto ir Sudano santykiai buvo geresni nei daugelį metų, nors keletas ilgalaikių ginčinių klausimų, tokių kaip būsimas Pietų Sudano statusas, Hala<unk>ib trikampio nuosavybė ir Nilo vandens naudojimas, liko neišspręsti.