UNU-CS yra Jungtinių Tautų universiteto Tarptautinio programinės įrangos technologijų instituto (UNU-IIST) įpėdinis, kurį 1991 m. Jungtinių Tautų universitetas Makao įsteigė po JT, Makao, Portugalijos ir Kinijos vyriausybių susitarimo. Po suverenumo perdavimo Makao
, UNU-IIST prarado tam tikrą matomumo lygį. 2015 m. UNU-CS direktorius profesorius Michaelas L. Bestas buvo atsakingas už naujos institucijos kūrimą "nuo nulio".