Gandžio vizija apie nepriklausomą Indiją, pagrįstą religiniu pliuralizmu, buvo iššūkis 1940-ųjų pradžioje, kai naujasis musulmonų nacionalizmas reikalavo atskiros musulmonų tėvynės, iškeltos iš Indijos. 1947 m. rugpjūčio mėn. Didžioji Britanija suteikė nepriklausomybę, tačiau Britų Indijos imperija buvo padalinta į dvi valdas - hinduistų daugumą turinčią Indiją ir musulmonų daugumą turinčią Pakistaną. Kai daug pabėgėlių - hinduistų, musulmonų ir sikų - atvyko į savo naujas šalis, prasidėjo religinis smurtas, ypač Pendžabo ir Bengalio provincijose. Oficialios nepriklausomybės šventės Delyje Gandhi vengė, bet apsilankė nukentėjusiose vietovėse ir bandė suteikti paguodos. Vėlesniais mėnesiais jis keletą kartų ėmėsi bado streikų, kad sustabdytų religinį smurtą. Paskutinis iš jų, atliktas 1948 m. sausio 12 d., kai jam buvo 78 metai, taip pat turėjo netiesioginį tikslą spaudžiant Indiją sumokėti kai kuriuos pinigų turtą, skolingą Pakistanui. Kai kurie indėnai manė, kad Gandi buvo per daug palankus. Tarp jų buvo Nathuram Godse, hinduistų nacionalistas, nužudęs Gandi
1948 m. sausio 30 d. iššaudęs tris kulkas į savo krūtinę.