2000 m. Sidnėjaus vasaros olimpinėse žaidynėse Mulleris dalyvavo keturiuose plaukimo varžybose. Ji pasiekė FINA A-standartus 25.94 (50 m laisvosios stiliaus), 55.82 (100 m laisvosios stiliaus) ir 2:00.35 (200 m laisvosios stiliaus) Pietų Afrikos nacionaliniuose varžybose Johanesburge. Per savo pirmąjį varžybas, 200 m laisvosios stiliaus, Muller baigė savo pusfinalinį bėgimą su devyniojo sėklų laiku 2:00.04. Anksčiau per preliminarius varžybas ji užfiksavo antrą greičiausią laiką ir Pietų Afrikos rekordą - 1:59.89. Po trijų dienų, 100 m laisvosios stiliaus lenktynėse, Mulleris finišavo šeštasis finalo metu, pasiekęs geriausią Afrikos rekordą - 55,19 sekundės. 50 m laisvosios stiliaus
M. Mulleris pasiekė 26,07 sekundę, tačiau praleido pusfinale 11 šimtųjų sekundės. Paskutinę programos dieną Muller vėl susibūrė su Loots, Sarah Poewe ir Charlene Wittstock 4 × 100 m medley švaistoje. Plaukdamas laisvosios stiliaus varžybose, Mulleris laimėjo lenktynes su 54,77 sekundėmis, nauju nacionaliniu rekordu, tačiau Pietų Afrikos gyventojai baigė penktąją vietą ir pasiekė galutinį laiką 4:05,15.