1861 m., prasidėjus Amerikos pilietiniam karui, Twitchell įsiregistravo į I kompaniją, 4-ąją Vermonto pėstininkų. Po to, kai pulkas atvyko į Vašingtoną, D.C., kad atliktų sargybos pareigą ir baigtų mokymą, Twitchell buvo paskirtas jo kompanijos sekretoriumi. Jis buvo paaukštintas į kopralą, seržantą ir pirmąjį seržantą. 1862 m. Jis dalyvavo Jorktauno apgultyje ir buvo sužeistas tris kartus Liusmolio mūšyje, tačiau nė vienas iš jų nebuvo sunkus. Jis dalyvavo papildomuose mūšiuose su 4-uoju Vermonto, įskaitant
Savage'o stoties mūšis ir Septynių dienų mūšiai.