McCain buvo griežtas V. Putino Čečėnijos išlaisvinimo oponentas, apibūdindamas jį kaip "kraujingą karą prieš Čečėnijos civilius gyventojus". Jis pareiškė: "Taip, yra čečėnų teroristų, tačiau yra daug čečėnų, kurie ginklus paėmė tik po to, kai Rusijos pajėgos, pirmiausia vadovaujamos Boriso Jelcino, o vėliau ir Putino, įvykdė žiaurumus". Kaip ir kiti, jis ginčija, kad Rusijos butų sprogdinimai
"Teikiami įtikinami įtarimai, kad Rusijos FSB dalyvavo vykdant šiuos išpuolius". Jis taip pat kaltino Rusijos saugumo tarnybas dėl politinių nužudymų ir nepriklausomų žurnalistų nužudymų.