Aljansų pajėgos per karą nesistengė atgauti Javos, Sumatros, Timoro ar Bali salų. Japonijos pajėgos tose salose pasidavė
Antrojo pasaulinio karo pabaigoje. Po karo dauguma Japonijos karių ir civilių kolonijų administratorių buvo repatrijuoti į Japoniją, išskyrus kelis šimtus, kurie buvo sulaikyti dėl karo nusikaltimų tyrimo, dėl kurių kai kurie vėliau buvo teisiami. Apie 1000 japonų karių dezertuoja iš savo būrių ir įsisavino į vietines bendruomenes. Daugelis šių karių padėjo Indonezijos respublikoninėms pajėgoms Indonezijos nacionalinės revoliucijos metu.