2008 m. rugsėjo 16 d. Pujolas 400-ą kartą pasirodė "Barcelonoje" Čempionų lygos grupės etapo rungtynėse prieš "Sporting CP". Lygos sezone, nepaisant sužalojimų, jis dalyvavo 28 rungtynėse ir padėjo jiems laimėti dar vieną lygos titulą. Jo vienintelis tikslas buvo "El Clásico" rungtynėse prieš "Real Madrid" "Santiago Bernabéu" 2009 m. Gegužės 2 d., kuri baigėsi įspūdinga pergale 6 prieš 2, ir jis šventė savo tikslą, pabučiavęs savo Katalonijos vėliavos apyrankę prieš įniršusius Madrido gerbėjus. Jis buvo svarbus komandos laimėjimui 2009 m. Karaliaus taurėje, 2009 m. Čempionų lygoje, 2009 m. UEFA Super taurėje.
2009 m. FIFA klubo pasaulio čempionate, kad užbaigtų precedento neturinčią šešias kartus, pasirodžiusi beveik 100 oficialių rungtynių.