Per Antrąjį pasaulinį karą Saloniką smarkiai bombardavo fašistinė Italija (232 žmonės žuvo, 871 buvo sužeista ir daugiau nei 800 pastatų buvo sugadinta ar sunaikinta tik 1940 metų lapkritį).
1941 m. balandžio 8 d. miestas buvo užgrobtas nacių Vokietijos ir okupuotas. Naciai netrukus privertė žydus gyventi geto netoli geležinkelių ir 1943 m. kovo 15 d. pradėjo miesto žydų deportaciją į Aušvico ir Bergen-Belseno koncentracijos stovyklas. Dauguma iš karto buvo išsiųsti į dujų kameras. Iš 45 000 žydų, deportuotų į Aušvicą, išgyveno tik 4%.