Massa gerai pradėjo "Ferrari" lenktynes, antrą vietą užėmė per pirmąją Bahreino lenktynes.
Malaizijoje iš 21-os pozicijos jis pasiekė penktąją vietą, pralenkiant savo komandos draugą Michaelą Schumacherį, kuris startavo 14-oje vietoje. Tačiau Bahreine, tiek šeštadienio treniruotėse, tiek lenktynėse, Massa vėl pradėjo suktis, vos praleidęs Fernando Alonso, galutinį lenktynių nugalėtoją. Australijos Didžiojo Grand Prix varžybose jis sulaužė savo "Ferrari" kvalifikacijoje, o tada susidūrė su Christian Klien ir Nico Rosberg pirmoje lenktynių posūkyje. Nepaisant to, Massa užėmė savo pirmąjį karjeros podiumą Niurburgringe, pasibaigus trečiu už Michaelo Schumacherio ir Fernando Alonso. 2006 m. jis taip pat pasiekė greičiausią ratą Barselonoje. 2006 m. Massa užėmė dar keturis podiumo taškus ir užėmė savo pirmąją F1 pole position ir pirmąją F1 pergalę "Istanbul Park" rajone. Jo būsima pozicija "Ferrari" buvo užtikrinta, kai 2006 m. rugsėjo 10 d. Michaelas Schumacheris paskelbė, kad 2006 m. sezono pabaigoje atsistatydins iš F1. Spalio 22 d. Massa laimėjo savo namų lenktynes Interlagose. Tai buvo pirmas kartas, kai Brazilijos vairuotojas laimėjo Interlagose nuo 1993 m. Massa baigė sezoną trečią su 80 taškų, už pasaulio čempiono Fernando Alonso ir "Ferrari" komandos draugo Michaelo Schumacherio.