1863 m. kovo 26 d. Kuperis buvo pakviestas į 4-ojo Kentukio kavalerijos pulkininko leitenanto pareigas ir balandžio mėnesį tapo pulkininku; po pulkininko Beilso atsistatydinimo. 1863 m. birželio 4 d. Kuperis buvo sužeistas, kai ant jo įkrito žirgas Frenkline, Tenesio valstijoje. 1864 m. rugsėjį jis vadovavo pulkui Čikamaugos mūšyje. 1864 m. Kuperis grįžo į Leksingtoną, Kentukį, dėl ligos. Tada Kuperis vadovavo vietinėms pajėgoms prieš Džono Hanto Morgano plėšikus. 1864 m. birželio 9 d. jis atmetė Morgano reikalavimus dėl Leksingtono kapitulacijos ir atremė savo karius. 1865 m. Balandžio mėn. Jis vadovavo Montgomery, Alabamos ir 1865 m. Gegužės ir Liepos mėn. Albany, Džordžijos. 1865 m. rugpjūčio 21 d. jis buvo garbingai išvarytas iš armijos Mekone, Džordžijoje. Jis gavo karinius apdovanojimus už savo tarnybą Šiloje, Korintoje, Richmonde, Chickamaugoje, Morgano puolimą į Kentukį, Resacos mūšį ir Vilsono puolimą į Montgomeriją. 1867 m. kovo 2 d. jis buvo paaukštintas į pulkininko pavaduotoją ir pulkininką Reguliarinėje armijoje už drąsias ir vertingas tarnybas Resacos mūšyje.
Gruzijoje ir užėmime Montgomerį, Alabamoje.