Nors Naupaktas savo istorinę reikšmę turėjo dėl savo uosto prie Korintos įlankos įėjimo, jis tikriausiai iš pradžių buvo pasirinktas kaip miesto vieta dėl savo stiprios kalvos, derlingų lygumų ir gausingo tekančio vandens. Po Graikijos ir Persijos karų jis pateko į atėniečių valdžią, kurie ten apsigyveno meseniečius, kurie buvo priversti palikti savo šalį pasibaigus Trečiajam meseniečių karui 455 m. Pr. Kr., o Peloponezijos karo metu tai buvo atėniečių būstinė visose savo operacijose Vakarų Graikijoje ir Naupactos mūšio 429 m. Pr. Kr. Po Aegospotami mūšio
Mesėnai buvo išvaryti iš Naupaktos, o lokrai vėl užėmė miestą. Vėliau jis perėjo į Achaeans rankas, iš kurių, tačiau, jis buvo išgrobtas Epaminondas. Makedonijos karalius Filipas II atidavė jį etoliams, todėl jis dažnai vadinamas etolijos miestu. 191 m. pr. m. e. aetoliečiai dvejus mėnesius tvirtai gynė Naupaktą nuo romėnų. Ptolemejus vadina jį Locri Ozolae miestu, kuriam jį romėnai turėjo priskirti po Plinijaus laikų.