Japonai įžengė į karą 1941 m. Gruodį ir, judėdami į pietus link Papua, 49-oji buvo užpulta. Kokoda trasos kampanijos metu
, buvo bandoma skraidyti bataliono elementus į Kokoda, kad padėtų 39-ajame batalione per Kokoda mūšį, tačiau tai pasirodė nesėkminga. Vėliau 49-ojo bataliono kariai prisijungė prie Honner Force, ad hoc vieneto, kuriam buvo pavesta vykdyti tolimas patruliavimas palei Goldie upę, kad japonai negalėtų perkirsti kelio, o likusi bataliono dalis pradėjo staigus patruliavimus tarp Goldie ir Laloki upės. Nors ryšio su japonais nebuvo, kovinis vaidmuo padėjo pagerinti karių perspektyvas ir gerino jų moralę. Per visus ankstesnius mėnesius bataliono pajėgos buvo padidintos, o 1942 m. rugsėjo mėn. jo pajėgos buvo 37 pareigūnai ir 818 kitų laipsnių, įskaitant 12 pareigūnų, kurie rugpjūčio mėn. buvo išsiųsti iš patyrusių antrųjų Australijos imperinių pajėgų vienetų. Bataljonas toliau plėtėsi spalio ir lapkričio mėnesiais, iki to laiko daugiau nei pusė jo personalo savanoriškai perėjo į AIF. Tačiau treniruočių galimybės buvo ribotos, net kai buvo rengiami į mūšį siųsti būrį. Maždaug tuo metu bataliono kulkosvaidžių kompanija buvo atskirta ir kartu su keliais kitais milicijos kulkosvaidžių kompanijomis buvo naudojama 7-ajame kulkosvaidžių batalione.