Prancūzija palaipsniui suteikė daugiau politinių teisių ir atstovavimo teritorijoms, sudarančioms jų dvi Afrikos federacijas, o galiausiai 1958 m. suteikė plačią vidinę autonomiją kiekvienai kolonijai Prancūzijos bendrijos sistemoje. Galiausiai 1960 m. rugpjūčio mėn. Čadas gavo visišką nepriklausomybę, o Nigerija taip pat paskelbė nepriklausomybę 1960 m. spalio mėn., todėl jų bendra sienos tapo tarptautinė tarp dviejų nepriklausomų valstybių. 1962 m. gruodžio mėn. Čado ežero baseino valstybių konferencijoje N'Djamenoje buvo susitarta gerbti esamas ežero ribas. Nuo to laiko ežeras smarkiai sumažėjo, o dauguma, jei ne visos Čado ir Nigerijos sienos dabar eina per sausumą, sukeldamos problemas su sienos valdymu ir demarkacija. 1983 m. ginčai tarp Čado ir Nigerijos dėl jų abipusio pasienio virto mūšiais, kai Nigerija išsiuntė karius į tą sritį, nurodydama, kad Čado elementai priekabiavo Nigerijos žvejams, dėl to žuvo 75 Čado ir devyni Nigerijos kariai. Pastaraisiais metais tūkstančiai pabėgėlių peržengė sieną dėl vykstančio "Boko Haram" sukilėlių
Šiaurės rytų Nigerijoje.