Paskutiniais metais "Sauber" ryšiai su "Ferrari" silpnėjo. 2004 metų sezono pabaigoje jie pasirinko ne "Ferrari" komandų pusę dėl planuojamų taisyklių pakeitimų ir taip pat prisijungė prie GPWC. Tada jie nusprendė pereiti prie "Michelin" padangų, o "Ferrari" toliau naudojo "Bridgestone" padangas. Tuo tarpu gėrimų kompanija "Red Bull" 2005 m. paliko "Sauber" ir įkūrė savo komandą "Red Bull Racing". BMW nuosavybė prasidėjo nuo 2006 m. sausio 1 d., kai BMW įsigijo Credit Suisse komandos dalį. Paskutinis "Sauber" Grand Prix prieš "BMW" perėmimą buvo 2005 m. Kinijos Grand Prix
Massa užėmė šeštąją vietą ir užbaigė komandos istoriją. Sauber baigė savo nepriklausomą F1 karjerą su šešiomis trečiomis vietomis ir dviem pirmaisiais eilėmis, kurie buvo jų geriausi rezultatai. Tarp žinomų "Sauber" vairuotojų buvo Jean Alesi, 2008 m. vairuotojų čempionato varžovas Felipe Massa, Johnny Herbert ir 1997 m. pasaulio čempionas Jacques Villeneuve. Du buvę "Sauber" vairuotojai 2006 m. važiavo naujoje "BMW Sauber" komandoje: Nikas Heidfeldas, kuris buvo "Sauber" vairuotojas nuo 2001 iki 2003 m., ir Villeneuve, kuris važiavo komandoje 2005 m.