MEK buvo įkurta 1965 m. rugsėjo 5 d. kairinių pažiūrų Irano studentų, susijusių su Irano Laisvės judėjimu, siekdami priešintis JAV remiamam šahu Mohammadu Reza Pahlavi. Organizacija dalyvavo ginkluotame konflikte su Pahlavi dinastija 1970-aisiais ir prisidėjo prie šacho nuvertimo per Irano revoliuciją. Vėliau ji siekė sukurti demokratiją Irane, ypač sulaukdama Irano viduriniosios klasės inteligentijos paramos. Po Pahlavio žlugimo MEK atsisakė dalyvauti konstituciniame referendume
Naujojoje vyriausybėje, dėl kurios Chomeini uždraudė Masoud Rajavi ir kitiems MEK nariams kandidatuoti į naująją vyriausybę. Tai sukėlė konfliktus su ajatollah Khomeini, o 1981 m. pradžioje valdžios institucijos uždraudė MEK, vykdant didelę "grupės narių ir rėmėjų persekiojimą", privertusios organizaciją slėptis.