1861-62 m. Kimberly tarnavo fregato laivuose Vakarų įlankos blokados eskadronoje, dalyvaudama Misisipės upės operacijose Port Hudsone, Grand Golfe
1862 m. liepos 16 d. buvo paaukštintas į leitenantą. 1863-1864 m. jis tarnavo garų laivų vadovu, dalyvavęs Mobilės įlankos mūšyje, po kurio jis buvo šiltai pagyrtas už savo drąsią ir efektyvią tarnybą. Po karo jis prisijungė prie Jungtinių Valstijų ištikimojo legiono karinio ordino.