Jis žaidė su Argentina 2006 m. FIBA pasaulio čempionate, kur jo komanda baigė 4-ąją vietą. Ginóbili buvo Argentinos vėliavos nešėjas 2008 m. Vasaros olimpinėse žaidynėse Pekine, Kinijoje. 2008 m. Pekino vasaros olimpinių žaidynių krepšinio turnyre Ginóbili's Argentina nugalėjo Lietuvą ir laimėjo bronzos medalį, nors šaulys nežaidė toje rungtynėje, nes turnyro pusfinalyje buvo sužeistas. 2010 m. Balandžio mėn. Ginóbili paskelbė, kad dėl šeimos priežasčių nedalyvaus 2010 m. FIBA pasaulio čempionate. 2012 m. Londono vasaros olimpinėse žaidynėse jis varžėsi už komandą, kur Argentinai vos pavyko laimėti bronzinį medalį varžybose su Rusija. Paskutinį kartą jis žaidė 2016 m. Rio de Žaneiro vasaros olimpinėse žaidynėse.
, kur Argentina baigė 8-ąją vietą.