Po to Honneris pradėjo mokymus, tarnaudamas kaip Australijos treniruočių bataliono, į kurį jis buvo paskirtas 1941 m. spalio mėn., vadas. 1942 metų gegužę Honneris grįžo į Australiją. Po trumpo susitikimo su žmona, jis buvo paaukštintas į pulkininko leitenantą ir išsiųstas į Papua, kur jam buvo suteiktas 39-ojo bataliono vadas, kuris dalyvavo beviltiškoje kampanijoje prieš Japonijos pajėgas, kovojančias Kokoda keliu.
- Taip. Honneris atvyko 1942 m. rugpjūčio 16 d. su nurodymais sustabdyti Japonijos puolimą prie Isuravos. Pasiekus bataliono poziciją, Honneris nustatė, kad jo naujasis vadas jau buvo išnaudotas dėl atogrąžų ligų ir ankstesnių kovų ir buvo daug mažesnis.