1942 m. gegužę, tuometinis leitenantas Shiga perėmė orlaivių vežėjo "Jun'yō" naikintuvų komandą, pareigas jis užėmė iki 1942 m. gruodžio. Tuo metu Shiga vadovavo lėktuvnešiai kovotojams per mūšius prie Olandų uosto
ir Santa Kruzo salos. Pastarame mūšyje jis užpuolė JAV lėktuvnešus, o "Enterprise" buvo smarkiai apgadinta. Vėliau jis vadovavo lėktuvnešiai "Hiyō" kovotojų grupei nuo 1942 m. gruodžio iki 1943 m. sausio, kai lėktuvnešis buvo uoste Japonijoje.