1944 m. birželio mėn. buvo priimtas sprendimas perkelti 61-ąjį sparną iš Darvino regiono į Naująją Gvinėją, kur jis palaikytų sąjungininkų postūmį į Filipinus. Priešinasi tai buvo Šiaurės vakarų zonos vadas, oro maršalo pavaduotojas Adrianas Cole, kuris norėjo, kad sparnas dalyvautų planuojamoje operacijoje užimti Selaru salą Nyderlandų Rytų Indijoje (NEI); tačiau ši operacija buvo veiksmingai atšaukta birželio 7 d. 61-asis sparnas išvyko iš Darvino rugpjūčio mėn. ir atvyko į Morotai NEI rugsėjo 18 d., praėjus trims dienoms po to, kai Jungtinių Valstijų kariuomenės pajėgos pirmą kartą nusileido saloje
Morotai mūšis. 14 oro uostų statybos eskadrilė nusileido Morotai rugsėjo 18 d. ir kitą dieną pradėjo statyti oro uostus. Netrukus po šios operacijos pradžios, rugsėjo 12 d. 12-asis tyrimų ir projektavimo skyrius buvo absorbuotas į 61-ojo sparno būstinę.