Du mėnesius iki savo 29-ojo gimtadienio J. Wallace Scott tapo vienu iš pirmųjų Pensilvanijos atsakovų į prezidento Abraomo Linkolno kvietimą savanoriams ginti Vašingtoną po 1861 m. Balandžio Forto Sumterio žlugimo Konfederacijos armijai. 1861 m. birželio 4 d. įstojęs į karinę tarnybą Vakarų Česteryje, jis įstojo į 1 Pensilvanijos rezervo pulko (dar žinomas kaip 30-asis Pensilvanijos savanorių pėstininkų pulkas) A kompaniją. Savo tarnybos pradžioje jis buvo paaukštintas į kaporalą, o 1861 m. rugpjūčio mėn. su savo vyrais užėmė du priešo tiekimo vagonus, kai buvo paskirtas piketuoti Annapolis geležinkelio linijoje Virdžinijoje. Kiekvieną vežimą traukdavo po du arklius, į jį buvo įkrauta 5000 dolerių vertės aukso ir šilko, skirtų naudoti CSA karinėse uniformose ir vėliavose, taip pat kinino atsargų, skirtų CSA gydytojams. 1862 m. birželio 25 d. - liepos 1 d. dalyvavo septynių dienų mūšiuose netoli Richmondo, Virdžinijoje, įskaitant mūšius prie Beaver Dam Creek (birželio 26 d.), Gaines's Mill (birželio 27 d.), Savage's Station
Vėliau dalyvavo antroje Bulruno mūšyje (28-30 rugpjūčio), Pietų kalno mūšyje (14 rugsėjo) ir Antietamo mūšyje (17 rugsėjo). Išleistas į seržanto laipsnį, jis buvo garbingai atleistas spalio 23 dieną, kad galėtų prisiimti naują postą su kitu pulku.