Šią salą 1942 m. pradžioje užėmė japonai. Pietinę Morotai lygumą 1944 m. rugsėjį per Morotai mūšį užėmė amerikiečių pajėgos.
1945 m. pradžioje buvo panaudotas kaip susitariančiųjų invazijos į Filipinus ir Borneo per tą patį metų gegužę ir birželį pagrindas. Japonijos kareivis Teruo Nakamura buvo rastas Morotai džiunglėse 1974 metais, kaip vienas iš Antrojo pasaulinio karo japonų kareivių, kurie išsilaikė po Japonijos kariuomenės pasidavimo.