Stone'as dalyvavo didžiausiuose pilietinio karo mūšiuose Savage'o stotyje.
, Antietam, Chancellorsville, ir Gettysburg. Po sunkaus žaizdo Antietame, jis buvo paskirtas antrojo leitenantu. Po trečiojo sužalojimo Getisberge jis buvo paskirtas į administracinę pareigą Filadelfijoje.