Kai prasidėjo Antrasis pasaulinis karas, McKinnon buvo Anglijoje artilerijos mokymuose. Jis prisijungė prie Antrojo Naujosios Zelandijos ekspedicinių pajėgų ir tarnavo su 3 Naujosios Zelandijos divizija per kampaniją Saliamono salose.
- Taip. Iš pradžių jis buvo 28-ojo sunkiojo priešlėktuvinio pulko vadas, bet kai jo padalinys buvo išardytas 1942 m. liepos mėn., jis perėmė 29-ąjį lengvojo priešlėktuvinio pulko. Su savo pulku jis nusileido ant iždo ir Žaliųjų salų. Kai divizija buvo demobilizuota 1944 m., jis grįžo į Angliją, kad mokytųsi Kemberlyje. Baigęs personalo kursą, jis prisijungė prie Naujosios Zelandijos 2-osios divizijos, tuo metu kovojančios Italijoje su Aštuntoji armija, kartu su kitais artilerijos pareigūnais, kurie tarnavo Ramiojo vandenyno regione. Atvykęs į Italiją 1945 m. vasario mėn., jis buvo pirmojo 4-ojo lauko pulko, o vėliau 6-ojo lauko pulko vadas.