Trajkovski kadenciją pažymėjo įtampa tarp etninės Makedonijos ir didelės respublikos etninės albanų mažumos. Kosovo karo pasekmės sukėlė kelis mėnesius trukusius smurtinius ginkluotus susirėmimus
Makedonijos saugumo pajėgų ir albanų sukilėlių, siekiančių pagerinti savo statusą kaip teisėtos mažumos ir apskritai geresnių ekonominių, administracinių ir teisinių sąlygų. Nors jo įgaliojimai buvo riboti ir jo vaidmuo buvo daugiausia ceremonijinis, 2001 m. jis vadovavo NATO tarpininkaujamam taikos susitarimui, kuriuo buvo nutrauktas smurtas ir užkirstas kelias pilnatviškam karui Makedonijos Respublikoje. Jis buvo laikomas vidutiniu etninį dialogą, ginčijantis dėl didesnės etninės albanų įtraukties, ir buvo pripažintas pagrindine figūra sprendžiant konfliktą. Boris Trajkovski draugas ir patarėjas buvo jo štabo vadas Zoran Jolevski, kuris buvo Makedonijos ambasadorius Jungtinėse Amerikos Valstijose ir valstybės pavadinimo derybininkas Makedonijos pavadinimo ginče.