Iš pradžių šventykla buvo įkurta kaip meditacijos centras, kai Maechi Chandra ir ką tik įšventintas vienuolis Luang Por Dhammajayo nebegalėjo priimti didėjančio dalyvių skaičiaus savo veikloje Wat Paknam Bhasicharoen. Centras oficialiai tapo šventykla 1977 metais. Šventykla eksponentiškai augo XX a. 8-ajame dešimtmetyje, kai šventyklos mokymo programos tapo plačiai žinomos miesto vidurinėje klasėje. Wat Phra Dhammakaya išplėtė savo teritoriją ir buvo pradėta statyti didžiulę "stupa" (pagodas). Tačiau Azijos ekonominės krizės metu šventykla buvo kritikuojama, nes Luang Por Dhammajayo buvo apkaltintas šnipinėjimu ir pašalintas iš savo pastato. 2006 m. jis buvo išteisintas iš šių kaltinimų ir buvo atkurtas kaip abatas. Šventykla toliau augo ir tapo žinoma dėl savo švietimo, etikos skatinimo ir stipendijų projektų. 2014 m. kariuomenės "chunta"
, abatas ir šventykla vėl buvo atidžiai stebimi, o Luang Por Dhammajayo buvo apkaltintas pavogtais pinigais per paramos gavėjo donorystę. Šventykla buvo vadinama vienintele įtakinga organizacija Tailande, kuri dar nebuvo suvaržyta valdančiosios juntos, kuri uždarė didžiąją opozicijos dalį nuo tada, kai atėjo į valdžią. Nuo dešimtojo dešimtmečio abato ir šventyklos teismo procesai sukėlė daug diskusijų dėl valstybės vaidmens religijos atžvilgiu, diskusijos, kurios sustiprėjo 2017 m., kai džunta uždarė šventyklą. Nuo 2017 m. valdžios institucijos nerado Luang Por Dhammajayo, o 2018 m. Phrakhru Sangharak Rangsarit buvo paskirtas oficialiu abatu.