Tuo tarpu Japonijos viršūnių vadovybė aktyvino savo planą ginti Filipinus su Jungtiniu laivynu. Japonijos kariniai laivai buvo suskirstyti į keturias grupes. Šiaurės pajėgos buvo sukonstruotos aplink likusius Kombinuotojo flotilės lėktuvnešus, dabar netekusius savo karo lėktuvų, ir turėjo laukti kaip melas į šiaurę nuo Luzono. Japonija tikėjosi, kad amerikiečių greitojo vežėjo specialųsias pajėgas pritrauks į tašką, kuris bus pakankamai toli nuo Leyte įlankos, kad jie būtų neaktyvūs, o kitos trys imperatoriaus pajėgos, sudarytos iš paviršinių karo laivų, sunaikins amerikiečių laivybos, palaikančios generolio majoro Douglaso MacArthuro paplūdimio galvą Leyte. Taigi jie tikėjosi, kad amerikiečiai, įsiveržę į Leyte, bus įstrigę.
MacArthuro kareiviai buvo sugauti Batane prieš trejus metus. Stipresnės iš šių paviršinių pajėgų turėjo kirsti Sibujanų jūrą, pereiti San Bernardino sąsiaurį ir iš šiaurės nusileisti į Leyte įlanką. Kitos dvi turėjo išplaukti iš Surigao sąsiaurio ir iš pietų pulti įsiveržėlius į Leyte įlanką.