Nepaisant Pizarro greitos pergalės, netrukus prasidėjo indėnų sukilimų, kurie kolonizavimo laikotarpiu periodiškai tęsiasi. 1537 metais Manko Inka, kurį ispanai įkūrė kaip marionetinį imperatorių, sukilo prieš naujus valdovus ir atkūrė "neo-Inkos" valstybę. Ši valstybė toliau ginčė Ispanijos valdžią net ir po to, kai 1572 metais ispanai suvaržė sukilimą ir Kuzko aikštėje nukirto galvą Túpacui Amaru. Vėlesnius sukilimus Bolivijos aukštumose paprastai organizuodavo bendruomenės vyresnieji ir jie išliko vietiniais, išskyrus didelį sukilimą
Tupac Amaru II XVIII amžiuje.