2008 m. vasaros olimpinėse žaidynėse Pekine Rubačekas antrą kartą kvalifikuojasi
vyrų 100 m drugeliu, FINA B kategorijos rezultatu 53,71 iš Europos čempionatų Eindhovene, Nyderlanduose. Ketvirtoje varžybose jis varžėsi su septyniais kitais plaukėjais, tarp jų - trijų kartų olimpiniais žaidimais laimėjusiais Ioanu Gherghelu iš Rumunijos ir Juanu Velozu iš Meksikos. Rubačekas užėmė ketvirtą vietą, penkių šimtinkių sekundės (0,05) prieš Velozą, sulaužęs naują Čekijos rekordą - 53,53 sekundės. Rubačekui nepavyko patekti į pusfinalinį turnyrą.