2002 m. gegužės 6 d.
nužudytas šaudymu Hilversume, Šiaurės Olandijoje, Volkert van der Graaf. Ataka įvyko automobilių stovėjimo aikštelėje prie radijo studijos, kur Fortuyn ką tik davė interviu. Tai buvo likus devynioms dienoms iki visuotinių rinkimų, į kuriuos jis buvo nubrėžtas. Užpuoliką persekiojo Hans Smolders, Fortuyno vairuotojas, ir netrukus po to buvo suimtas policijos, vis dar turėdamas šaunamąjį ginklą. Po kelių mėnesių Van der Graafas teismo metu prisipažino įvykdęs pirmąją svarbią politinę žmogžudystę Nyderlanduose nuo 1672 m. (išskyrus Antrąjį pasaulinį karą), o 2003 m. balandžio 15 d. jis buvo nuteistas už Fortuyno nužudymą ir nuteistas kalėti 18 metų. 2014 m. gegužę jis buvo paleistas į laisvę su sąlyga po to, kai buvo išbuvęs du trečdalius bausmės, kaip įprasta Nyderlandų baudžiamosios sistemos tvarka.