Margarita gimė Farleigh Hungerford pilyje Somersete. Ji buvo vienintelė gyva Džordžo Plantageneto, pirmojo Klarenso kunigaikščio, ir jo žmonos Izabel Neville duktė, kuri buvo vyresnioji Ričardo Neville, 16-ojo Variko grafo, ir jo žmonos Anos de Bošampo, 16-osios Variko grafinės duktė. Jos senelis iš motinos pusės žuvo kovoje su jos dėde Eduardu IV Barneto mūšyje.
- Taip. Jos tėvas, jau buvęs Klarenso kunigaikštis, buvo įkurtas Salisberio ir Variko grafu. Edvardas IV paskelbė, kad Margaritos jaunesnysis brolis Edvardas turėtų būti žinomas kaip Varvikas, tačiau jam niekada nebuvo sukurta. Margarita būtų turėjusi teisę į Varvikio grafybę, tačiau ji buvo prarasta dėl jos brolio Edvardo.