Jis įstojo į Sudano karines oro pajėgas 1973 m. Huseinas 1982 m. baigė prestižinį Cranfield universiteto Jungtinėje Karalystėje magistro laipsnį aeronautikos inžinerijos srityje. Jis vaidino svarbų vaidmenį 1989 m. Sudano perversme.
, o vėliau 1990 m. tapo Revoliucinės nacionalinio gelbėjimo vadovybės tarybos, kuri nuo 1989 m. iki 1993 m. buvo Sudano valdančioji institucija, generaliniu sekretoriumi.