Užpildykite šią frazę: Bourdais per žiemą išbandė "Toro Rosso" komandą, nors jis nebuvo tikras, ar jis važiuos į naujus metus. 2009 m. vasario 6 d. jis buvo patvirtintas kaip Toro Rosso vairuotojas antrus metus, partneris Šveicarijos naujokas Sébastien Buemi. Nepaisant to, kad Australijos GP ir Monako Grand Prix metu jis užėmė du taškus, Bourdais nesugebėjo prilygti savo mažiau patyrusiam komandos draugui. Į
Spain Bourdais smogė Buemi automobiliui, kai laukas bandė išvengti Jarno Trulli pirmojo rato, užbaigdamas lenktynes abiem vairuotojams. Didžiojoje Britanijoje Bourdais susidūrė su "McLaren" vairuotoju Heikki Kovalainen, ir vėl baigė lenktynes. Vokietijoje jis patyrė mechanišką gedimą, kai kvalifikacijoje liko paskutinys daugiau nei sekundę.