Užrašykite šio skyriaus tęsinį. Konfederacijos laikais jų antstoliai turėjo pilį dešinėje Limato kranto pusėje, kontroliuodami prieigą prie tilto. Nuo 1426 iki 1712 m. Šveicarijos parlamentas daug kartų susirinko Badene, todėl Badenas tapo savotiška Šveicarijos sostine. Miestų rūmai ('), kuriuose buvo rengiami parlamento posėdžiai, vis dar gali būti aplankyti. XV amžiuje miestas vėl tapo populiarus kurortas ('). Mieste nuo 1526 metų gegužės 21 iki birželio 18 d. vyko garsūs debatai dėl transsubstancijacijos. Nors Zvinglis atsisakė dalyvauti asmeniškai, jis spausdino plačius lapelius ir išsiuntė savo padėjėją Johanną Oecolampadiusą, kad diskutuotų su Johannu Ekku ir Tomas Murneris. Galų gale dauguma nusprendė prieš reformatorius, bet atsirado ir jų vardu esminis blokas. Johanas Pistorius 1589 m. mieste surengė disputą. Šteinas buvo sustiprintas kažkada tarp 1658 ir 1670 metų, tačiau tvirtovė buvo apleista 1712 metais. 1714 m. Rastato ir Badeno sutartimis buvo nutraukta priešiškumas tarp Prancūzijos ir Habsburgų, paskutinė Ispanijos įpėdinio karo scena. Kita Badeno sutartis baigė Toggenburgo karą
1718 m. tarp protestantų ir katalikų Šveicarijos kantonų. Badenas buvo Badeno kantono sostinė nuo 1798 m. iki 1803 m., kai buvo įkurtas Argovos kantonas.