1806 m. Nyderlandų Prancūzijos okupacinės valdžios Utrechto universitetą pavertė "école secondaire" (vidurinė mokykla), tačiau po Jungtinės Nyderlandų Karalystės įkūrimo 1813 m. jis susigrąžino ankstesnį statusą. Leidenas, Leuvenas, Groningenas, Utrechtas ir Gentas buvo penki naujosios valstybės universitetai. Du iš šių universitetų (Leuvenas ir Gentas) tapo naujos Belgijos valstybės dalimi po to, kai jų provincijos buvo atskirtos.
1830 m. iš Nyderlandų Jungtinės Karalystės. Dėl to Utrechto universitetas išliko vienu iš tik trijų Nyderlandų universitetų. Prancūzijos okupacijos metu karalius Liudvikas Napoleonas įsakė Utrechto centre pastatyti rūmus, kurie galiausiai tapo universiteto bibliotekos miesto centru.