1882 m. fakultetas buvo padalintas į čekų ir vokiečių dalis, o gamtos mokslų fakultetas 1920-1939 m. tapo atskira institucija. 1939-aisiais mokyklą uždarė okupacinės nacių Vokietijos pajėgos, o po to mokytojai ir mokiniai buvo žiauriai persekiojami. Po okupacijos pabaigos 1945 m. Menų fakultetas keletą metų vėl klestėjo; jis buvo priverstinai nutrauktas 1948 m. Komunistų perversmo metu. Fakulteto prestižas sparčiai sumažėjo dėl daugybės gerbiamų mokytojų priverstinio išvykimo ir marksistinių-leninistinių studijų įvedimo. 1960 m. fakultetas pamažu pradėjo atsiverti to meto žinomų mąstytojų, tačiau ši tendencija buvo pakeista
1968 m. sovietų okupacija, prieš kurią fakulteto studentas Janas Palachas protestavo padegdamas save. Po komunistinio režimo Čekoslovakijoje pabaigos 1989 m. ir jo atstovų išėjimo iš fakulteto, jis buvo atkurtas kaip viena iš labiausiai vertinamų šalies universitetų institucijų.