Trumenas paprašė Roosevelto kabineto narių išlikti savo pozicijose, sakydamas jiems, kad jis yra atviras jų patarimams. Jis pabrėžė pagrindinį savo administravimo principą: jis pats priims sprendimus, o jie turės jį palaikyti. Antrojo pasaulinio karo metu, kai Japonija netrukus bus užkariauta, jis patvirtino dviejų atominių bombų išmetimo tvarkaraštį, kad būtų išvengta brangiai kainuojančios invazijos į Japonijos žemyną. Pasak kariuomenės skaičiavimų, invazija į Japoniją gali užtrukti metus ir nusinešti nuo 250 000 iki 500 000 JAV aukų. JAV bombardavo Hirošimą rugpjūčio 6-ąją, o Nagasakiją - po trijų dienų. Sovietų Sąjunga rugpjūčio 9 dieną paskelbė karą Japonijai ir įsiveržė į Mandžiuriją. Japonija sutiko pasiduoti.
kitą dieną. Trumenas sakė, kad Japonijos ataka atominėmis bombomis išgelbėjo daug gyvybių abiem pusėms. Pasibaigus Antrajam pasauliniam karui, Trumenas įgyvendino Maršalo planą. Be pirminių rinkimų ir kampanijos 1948 m., Trumenas buvo susijęs su Berlyno blokada, kuri laikoma pirmąja didele Šaltojo karo diplomatinė krize. Per savo prezidentūrą Trumano populiarumas smarkiai sumažėjo nuo 80% 1945 m. pradžioje iki 30% 1947 m. pradžioje. 1946 m. Vidurio kadencijos rinkimai sukėlė nerimą Trumanui, kai respublikonai pirmą kartą nuo 1920 m. laimėjo abiejų Kongreso rūmų kontrolę. 1947 m. Trumenas savo gynybos sekretoriui Jamesui Forrestalui pasakė, kad, išskyrus tarnybos atlygį, jis mažai patenkintas būdamas prezidentu.