1943 m. Antrojo pasaulinio karo metu metro buvo smarkiai pažeistas per "Operaciją Gomorra", RAF bombardavimą Hamburge
tą vasarą. Traukinys nuo "Hauptbahnhof" iki "Rothenburgsort" nebuvo remontuotas, nes rajonas, per kurį jis buvo visiškai sunaikintas. Praėjo dar penkeri metai, kol likęs tinklas vėl buvo visiškai nepakitęs.