Iš sovietų perspektyvos 1941 m. birželį prasidėjo Didysis Tėvynės karas. Nepaisydama galiojančio nepuolimo pakto, vokiečių armija įsiveržė į Sovietų Sąjungą. 1941 m. liepos mėn. Karlas Linke ir jo sūnus Heinzas savanoriškai prisijungė prie Raudonosios armijos, kur vienas iš Linke'o vaidmenų buvo partizanų divizijos komisaras, kurį jis dvejus metus derino su (komunistų) "partijos sekretoriumi" partizanų grupėje. Šiuo tikslu jis dalyvavo parašiutuose vykdant operacijas už vokiečių linijų Gomel regione. 1944 m. kaip žvalgybos grupės vadovas jis dalyvavo ginkluotose Slovakijos partizanų operacijose, o vėliau - Slovakijos nacionaliniame sukilime prieš Ašies vyriausybę, kuris prasidėjo 1944 m. rugpjūčio - spalio mėnesiais. Karas
Karas baigėsi 1945 metų vasaros pradžioje, o Karlas Linke grįžo į Maskvą, patyręs karo žaizdas ir dėl savo sūnaus Heinz mirties, kuris buvo nužudytas kovoje su Slovakijos partizanais.