Japonijos imperija įsiveržė į Malukus 1942 m. pradžioje, kaip dalį savo Nyderlandų Rytų Indijos kampanijos Antrojo pasaulinio karo metu, išvarydama olandus iš regiono. Halmahera tapo Japonijos karinio jūrų laivyno bazės Kao įlankoje vieta. Po dvejų metų JAV pajėgos ir jų sąjungininkai pradėjo Morotai mūšį.
1944 m. bombardavo salą rugpjūtį ir įsiveržė į ją rugsėjį. Japonijos imperatorinės pajėgos Morotai apsigyveno iki 1945 metų, bet nesugebėjo išvaryti sąjungininkų įsiveržėlių. 1944 m. pabaigoje į Morotai nusileido 61 000 karių. Du trečdaliai jų buvo inžinieriai, kurie greitai įkūrė įrenginius, įskaitant uostus ir du kilimo ir tūpimo takus bei didelius degalų sandėlius. 1945 m. rugsėjo 9 d. Morotai mieste oficialiai kapitulavo Antroji Japonijos armija. Paskutinį japonų kovotoją, kareivį Teruo Nakamura (Amis: Attun Palalin), Indonezijos oro pajėgos aptiko Morotai ir 1974 m. gruodžio 18 d. pasidavė paieškos patruliui.