Farenholtas į karinį jūrų laivyną įstojo kaip jūrininkas 1861 m. balandžio 24 d., praėjus 3 metams, kai tarnavo prekybiniame laive. Jis dalyvavo Hatteras įlankos baterijų mūšyje.
, Port Royal mūšis, Fort Pulaski mūšis ir daugybė kitų. 1862 m. spalio 22 d., tarnaudamas kaip haubicinio šautuvo įgulos narys, paprastas jūrininkas Farenholtas buvo sunkiai sužeistas Pocotaligo mūšyje, Pietų Karolinoje, ir buvo atleistas iš karinio jūrų laivyno. 1863 m. vasarį jis vėl įstojo į JAV karinį jūrų laivyną ir nuo 1863 m. balandžio iki 1864 m. balandžio buvo paskirtas prie stebėjimo, dalyvaujant beveik kasdieniniuose mūšiuose su Čarlstono, Pietų Karolinos, gynyba. Jis dalyvavo nesėkmingame Fort Sumter puolimui 1863 m. rugsėjį. 1864 m. rugpjūčio 19 d. jis buvo paskirtas laikinuoju enseinu, o vėliau tais pačiais metais jis vadovavo eskadrono šunui. Jis taip pat dalyvavo Plimuto (Šiaurės Karolina) užgrobime ir keliose kovose Roanoke, Chowan ir Blackwater upėse, taip pat Fort Fisher (Šiaurės Karolina) užgrobime.