Žurnalistai teigė, kad jis galėjo "vaidinti pagrindinį vaidmenį organizuojant" Ahmadinejad pergalę rinkimuose, ir kad jis galėjo būti "aktyvi figūra organizuojant represijas prieš prieš vyriausybę protestuojančius demonstrantus" 2009 m. birželį, ir tiesiogiai vadovavo paramilitarinei Basij, nepaisant to, kad jo vardas buvo uždarytas režimo spaudoje. Atvirame laiške Mehdi Karroubi, buvęs Majlis (parlamento) pirmininkas ir reformistų kandidatas 2009 m. prezidento rinkimuose
, aiškiai apkaltino Mojtaba Khamenei dalyvavimą sąmoksle, siekiant suklastoti rinkimus, turėdamas omenyje neteisėtą "tinklo" kišimąsi.