Rašyti tęsinį šiai pastraipai - 5 amžiuje Vakarų imperiją užėmė germanų gentys. Tačiau Italijos prefektūrą išlaikė nauja ostrogotų karalystė, kuri vis dar buvo "de jure" imperijos dalis, o ostrogotų karalius Teodorikas Didysis netgi atkūrė Galų prefektūrą mažoje Galų dalies, kurią jis užkariavo 510-aisiais. Po Šiaurės Afrikos atkūrimo Rytų imperijos vandalų karo metu
533-534 m. naujosios provincijos buvo sutelktos imperatoriaus Justiniano I į naują Afrikos pretorijos prefektūrą, kuri vėliau buvo paversta Afrikos eksarchatu. Praetorijos prefektūra Italijoje taip pat buvo atkurta po gotikų karo pabaigos, prieš tai ji taip pat išsivystė į eksarchatą. Rytuose prefektūros veikė iki VII a. vidurio, kai dauguma rytinių provincijų buvo prarastos musulmonų užkariavimui, o Balkanų - slavų gentėms, todėl buvo sukurta Temų sistema. Tačiau tuo tarpu Heraklio reformomis prefektas neteko daugybės savo pavaldžių finansų biurų, kurie buvo įsteigti kaip nepriklausomi departamentai, kuriems buvo priskiriami logotipai. Paskutinį kartą Rytų prefektas tiesiogiai patvirtintas 629 m. įstatyme. Tačiau kai kurių mokslininkų nuomone, šios sistemos pėdsakai išliko iki IX a. pradžios: Ernstas Steinas įrodė, kad kai kurie ilirų prefektūros aspektai išliko Tesalonikos administracijoje, o Džonas Haldonas, remdamasis sigilografiniais įrodymais ir nuorodomis į Bizantijos "Taktika", dokumentavo ankstesnės civilinės provincijos administracijos išlikimą teminės sistemos viduje, kai Konstantinopolio prefektas, galbūt, turėjo priežiūros įgaliojimus iki 840-ųjų.