Po nepriklausomybės 1947 m. Pakistanas ir toliau susidūrė su smurtu ir sukilimų, nes Liaquat Ali Khan tapo Pakistano premjeru 1947 m. Urdu ir bengali kalbų lygybės klausimas sukėlė skirtumus šalies politinėje ideologijoje. Geros valdymo poreikis lėmė karinį perėmimą 1958 m., po kurio sekė greita industrializacija šeštajame dešimtmetyje. Ekonominiai nesutarimai, nesubalansuotos finansinės išmokos, provincialumas ir etninis nacionalizmas atvedė prie kruvinos ginkluotos kovos.
Rytų Pakistane 1970-ųjų pradžioje, o galiausiai Rytų Pakistanas 1971-aisiais tapo Bangladešu.