Pettus ir jo komandos dalyvavo 1864 m. Atlantos kampanijoje, kovojo Kennesaw kalno mūšiuose birželio 27 d. Atlantoje
liepos 22 d. ir Džonsboro mieste rugpjūčio 31 d. - rugsėjo 1 d. Nuo gruodžio 17 d. jis laikinai vadovavo divizijai Tenesio armijoje. 1865 m. Karolinų kampanijos metu Pettus buvo išsiųstas ginti Kolumbiją, Pietų Karoliną, ir kovojo Bentonville nuo 1921 m. Kovo mėn. Pettus buvo sužeistas šiame mūšyje, pirmą mūšio dieną jam pataikė į dešinę koją. Gegužės 2 d. jis buvo paleistas iš Salisbury, Šiaurės Karolinoje, ir po keturių mėnesių po Konfederacijos pasidavimo, Pettus buvo atleistas JAV prezidento Andrew Johnson spalio 20 d.