Prostas prisijungė prie "Ferrari" 1990 m., tapdamas pirmuoju vairuotoju, pasirašusiu komandą po komandos įkūrėjo Enzo Ferrari mirties 1988 m. Jis pakeitė Gerhardą Bergerį "Ferrari" ir bendradarbiavo su britu Nigelu Mansellu (Bergeris užėmė Prost vietą "McLaren"). Kaip dabartinis pasaulio čempionas, Prostas tapo pagrindiniu komandos vairuotoju ir, kaip sakoma, žaidė šiuo statusu. Mansell prisimena vieną incidentą, kai 1990 m. Didžiojoje Britanijoje automobilis, kurį jis vairavo, neveikė taip pat, kaip ir ankstesnėje lenktynėje, kur jis užėmė pole poziciją, o vėliau iš komandos mechanikų sužinojo, kad Prostas manė, kad Mansell turi geresnį automobilį ir pakeitė juos be Mansell žinojimo. Tąmet Prostas laimėjo penkias lenktynes už Ferrari, Brazilijoje, Meksikoje
, Prancūzija, Didžioji Britanija ir Ispanija. Tarp jų buvo ir Meksikos Grand Prix, kur jis laimėjo iš 13-osios vietos. Ir Meksikos, ir Ispanijos lenktynėse jis vedė Mansellą į Ferrari 1<unk>2 finišus. Čempionatas vėl pasiekė priešpaskutinį sezono turą Japonijoje, kur Prostas pralaimėjo savo McLaren varžovą Ayrtoną Seną devyniomis taškais. Kaip ir 1989-aisiais, ginčytinas jų susidūrimas baigė varžybas. Per pirmąjį posūkį Senna, kaip prisipažino po metų, tyčia įstūmė savo lenktynių automobilį į Prostą, ištraukdamas juos abu iš lenktynių ir užspausdindamas titulą savo naudai. "Tai, ką jis padarė, buvo pasibjaurėtina", - sakė Prost. "Jis yra žmogus be vertės". Prostas baigė sezoną septyniais taškais atsilikęs nuo Senos, o jo "Ferrari" komanda buvo antrosios vietos varžovai po "McLaren".