1861 m. liepos mėn. pulkas, žinomas kaip Vakarų inžinierių pulkas, daugiausia įdarbintas Ilinojaus ir Misūrio valstijose, buvo suorganizuotas pulkininko J. W. Bissello, o Henry Fladas tapo B kompanijos kapitonu. Tais pačiais metais rugpjūčio mėn. General Frémont, tuomet vadovavęs Sent Luise, paskyrė jį tarnauti fortifikacijų statybai Keip Girardeau, Misūrio valstijoje, kur jis liko keletą mėnesių. Vėliau tais metais, kai Frémontą pakeitė generolas Halleckas, kapitonas Fladas buvo įsakytas prisijungti prie generolo Pope'o pietryčių Misūryje ir tarnavo kaip štabo karininkas per kampaniją Naujojoje Madride ir Point Pleasant bei užimant Dešimtoją salą, po to jis vėl prisijungė prie savo pulko Naujojoje Madride. Jis buvo su savo pulku Fort Pillow ir
"Pittsburgh Landing" ir operacijose prieš Korinto. 1862 m. vasarą jis remontavo Mobilio ir Ohajo geležinkelio linijas, statė fortus Korintoje ir remontavo Misisipės centrinį geležinkelio kelią. Jis taip pat dalyvavo Granto puolimui Grenadoje. 1863 m. vasarį jis buvo paskirtas į Young's Point, kur buvo įdarbintas inžinerijos darbe, kaip jis vėliau buvo Baxter Bayou, Lake Providence ir Bayou Macon.