Po 20 metų politinės tylos, 2009 m. kovo 9 d. Mousavi paskelbė apie savo ketinimą dalyvauti 2009 m. Irano prezidento rinkimuose.
- Taip. Jis pareiškė, kad jo pagrindiniai tikslai yra: institucionalizuoti socialinį teisingumą, lygybę ir sąžiningumą, saviraiškos laisvę, išnaikinti korupciją ir pagreitinti Irano stagnuojantį privatizavimo procesą, taip pajudinant Iraną nuo to, ką jis pavadino "almužinės ekonomika". Mousavi kritikavo tuometinį konservatyvų prezidentą Mahmudą Ahmadinejadą dėl tariamo ekonominio netinkamo valdymo, klausiant, kada Iranas "gavo pelną iš aukštų naftos kainų, ar jis (Ahmadinejadas) numatė situaciją, kai kainos sumažės?" 2009 m. kovo 16 d. buvęs Irano prezidentas Khatami pasitraukė iš rinkimų, palaikydamas Mir-Hossein Mousavi.