Po ginčijamų 2009 m. birželio mėn. Irano prezidento rinkimų
, Obama pasmerkė Irano vyriausybės veiksmus prieš opozicinį "Žaliųjų judėjimą", demokratijos gynėjų grupę. 2009 m. birželio 15 d. Mousavio šalininkai surengė didžiausius protestus nuo 1979 m. revoliucijos. Obama pareiškė: "Mes gerbiame Irano suverenumą ir norime išvengti, kad Jungtinės Valstijos būtų Irano vidaus klausimas, bet "Aš esu giliai susirūpinęs dėl smurto, kurį mačiau per televiziją. Manau, kad demokratinis procesas - žodžio laisvė, žmonių gebėjimas taikiai protestuoti - visa tai yra visuotinės vertybės ir turi būti gerbiamos". Po to, kai protestuotojams buvo dar daugiau smurto, B.Obama pareiškė: "Jungtinės Valstijos ir tarptautinė bendruomenė buvo sukrėstos ir pasipiktinusios dėl paskutinių dienų grėsmių, mušimų ir įkalinimų" ir griežtai pasmerkė "šius neteisingus veiksmus". Kai kurie kritikai, įskaitant jo 2012 m. prezidento rinkimų kampanijos varžovą Mittą Romney, apkaltino Obamą, sakydami, kad jis turėjo daugiau padaryti, kad palaikytų Žaliąjį judėjimą. Kiti nesutinka, pažymėdami, kad Žaliesiems judėjimui nereikalingas ir nereikalingas tiesioginis užsienio parama, ir tvirtina, kad tiesioginis JAV parama Irano opozicijai greičiausiai "pakenks jos patikimumui, ir galbūt net suteiks patikimumo vyriausybės teiginiui, kad judėjimas yra užsieniečių įkvėptas sąmokslas, kuris atimtų iš Irano nepriklausomybę".