Eliotas 1864 m. sausio 1 d. Warrentone, Virdžinijoje, vėl įstojo į antrą tarnybą. Eliotas ir jo pulkas tada dalyvavo Sąjungos ekspedicijoje į Turkiją iki sausio 4 d.; kampanijoje nuo Rapidano iki Džeimso (gegužės 4 d. - birželio 12 d.), Įtraukta Todd's Tavern mūšis (gegužės 7 d.); Generolo leitenanto Ulysses S. Granto sausumos kampanija, Įtraukta Yellow Tavern mūšis (gegužės 11 d.), Sheridano puolimas į Richmondą iki gegužės 24 d.
"Haw's Shop" (gegužės 28 d.), "Totopotomoy Creek" (gegužės 28-31 d.), "Cold Harbor" (birželio 1-12 d.), "Trevilian Station" (birželio 11-12 d.). Vėliau, birželio 21 d., per Sąjungos operacijas, Eliotas buvo sužeistas kulka į šlaunį ir šlaunį. Gydydamasis nuo žaizdų, rugsėjo 9 d. buvo perkeltas į artilerijos bateriją. Jis dalyvavo su naujai suformuotu pulku Richmond-Petersburgo kampanijoje, tada kovojo Poplar Springs Church mūšiuose (1864 m. rugsėjo 29 d. - spalio 2 d.), Hatcher's Run mūšiuose (1865 m. vasario 5 - 7 d.) ir Dinwiddie Court House mūšiuose (1865 m. kovo 30 - 31 d.), prieš patekdamas į karą baigiančią Appomattox kampaniją ir Penkių šakų mūšį (1864 m. balandžio 1 d.).