Pinckney padėjo suformuoti ir tada vadovauti "St James Mounted Riflemen", kurių tikslas buvo apginti įvairias plantacijas Santee upės deltoje nuo šiaurės puolimų. Jis toliau panaudojo savo žemę Echaw plantacijoje, kad pastatytų "Battery Warren", kad apsaugotų Konfederacijos geležinkelio tiltą per Santee. Laikui bėgant, jis ir jo vyrai buvo reorganizuoti tuometinio majoro Artūro Middletono Manigualto vadovaujant Maklenvilyje, o vėliau, vadovaujant generolui M. C. Butleriui, jie buvo išsiųsti į Virdžiniją. Haw parduotuvės mūšyje
Pinckney buvo sučiuptas. Kaip karo belaisvis, jis buvo beveik miręs iš bado ir buvo laikytas ant ugnies linijos Morris salos Sąjungos kareiviai keršydamas už Sąjungos kareivių, kuriuos laikė Konfederacijos, elgesį. Jis ir kiti, su kuriais taip elgiamasi, Konfederacijoje tapo žinomi kaip Nemirtingi Šeši šimtai, nes atsisakė prisiekti ištikimybę Jungtinėms Valstijoms. Galiausiai Pinckney buvo pakeistas į Sąjungos karius ir paleistas.