Li Zongren gimė Xixiang kaime (西鄉村), netoli Guilin Guangxi provincijoje, antras vyriausias Han šeimoje penkių berniukų ir trijų mergaičių. Jo tėvas Li Peiyingas (李培英) buvo kaimo mokyklos mokytojas. Po nevienodo išsilavinimo Li įstojo į provincijos karinę mokyklą. 1910 m. jis prisijungė prie Sun Yat-seno revoliucinės partijos Tongmenghui, tačiau tuo metu mažai suprato Sun'o platesnius reformų ir nacionalinio suvienijimo tikslus. Li gimtoji provincija Guangxi taip pat buvo Taiping gimtoji provincija
Generolas Li Xiucheng, su kuriuo Li šeima tvirtino, kad yra giminaičiai.