1903 m. pakeltas į majoro laipsnį, Shirakawa sugrįžo į IJA 21-ąjį pėstininkų pulką Rusijos ir Japonijos karo metu. Karo metu jis buvo perkeltas į IJA 13-osios divizijos štabą. Šiam padaliniui buvo suteikta nepriklausoma
okupavo Sachaliną prieš pasirašant Portsmuto sutartį, išsilaipino Sachaliną 1905 m. liepos 7 d., praėjus vos trims mėnesiams po to, kai buvo įkurta, ir užėmė salą iki 1905 m. rugpjūčio 1 d. Dėl sėkmingos operacijos Japonijai buvo suteikta Pietų Karafuto, viena iš nedaugelio teritorijų, kurias Japonija laimėjo per karą. Po karo Širakava nuo 1905 m. spalio mėn. buvo paskirtas į kariuomenės ministerijos personalo biurą. 1907 m. jis buvo paaukštintas į pulkininko leitenantą, 1909 m. - pulkininko ir IJA 34-ojo pėstininkų pulko vadu.