Ji buvo pavadinta savo motinos tėvo tetos Šventosios Romos imperijos imperatorės Eleonoros vardu, kuri taip pat buvo jos krikštatė. Eleonoros tėvų santuoka buvo sudaryta siekiant sustiprinti Gonzaga giminės Nevers filialo pretenzijas į Mantuos ir Montferrato kunigaikštystes, kai pagrindinė linija išnyktų. Neverų kunigaikštis, Prancūzijos karalystės vasalas, turėjo susidurti su Gastalos kunigaikščio Ferrante II Gonzaga opozicija, kuris skaičiuoja su Šventosios Romos imperijos, Ispanijos karalystės ir Savojos kunigaikštystės parama ir taip pradėjo Mantuvos paveldėjimo karą.
1631 m. birželio 19 d. pasirašyta Cherasko sutartis, pagal kurią buvo pripažintos Neverų kunigaikščio Karolio teisės į Mantuos kunigaikštystes (kaip artimiausią Gonzaga giminės išnykusios pagrindinės linijos giminaičią) ir Montferratą (dėl jo įpėdinio santuokos su Marija Gonzaga, paskutinė išlikusi Gonzaga pagrindinės linijos palikuonė ir tos kunigaikštystės paveldėtoja, kuri buvo įrodomai paveldima moterims, nes Gonzagas ją įsigijo santuokos su Margherita Paleologa 1540 m.); tačiau po mėnesio (1631 m. rugpjūčio 30 d.) Eleonoros tėvas mirė nuo tuberkuliozės, ir prasidėjo politinių konfliktų serija tarp kunigaikščio Karolio ir jos dukros, kuri baigėsi Margheritos (Marijos) iš Savojos išvarymu iš Mantuos.