Šeichas Mujiburas Rahmanas tada pradėjo pilietinio nepaklusnumo judėjimą, kuris iš esmės paralyžiavo valstybinę mašineriją Rytų Pakistane. Bhutto ir Rehmano derybos žlugo, o prezidentas Khanas įsakė ginkluotus veiksmus prieš Awami ligą. Operacijos Searchlight ir Barisal paskatino rytų Pakistano politikų, civilių ir studentų aktyvistų persekiojimą. Šeichas Rahmanas buvo suimtas ir ekstraduotas į Islamabadą, o visa Awami Lygos vadovybė pabėgo į Indiją, kad įkurtų lygiagrečią vyriausybę. Partizanų sukilimas
buvo inicijuota Indijos organizuotų ir remiamų "Mukti Bahini" ("laisvės kovotojų"). Milijonai Bengalijos hinduistų ir musulmonų paliko prieglobstį rytinėje Indijoje, todėl Indijos premjerė Indira Gandhi paskelbė paramą Bangladešo išlaisvinimo karui ir suteikė tiesioginę karinę pagalbą bengalams. 1971 m. kovo mėn. regioninis vadas generolas majoras Ziaur Rahmanas Mujibo vardu paskelbė Rytų Pakistano nepriklausomybę kaip naują Bangladešo tautą.