Barnis 1861 m. liepos 2 d. buvo paskirtas leitenantu Konfederacijos karinio jūrų laivyno. Jis vadovavo "Jamestown" per Hampton Roads mūšį, garsią mūšį su britų laivyna, per kurį jis užėmė du brigus ir "Accomac" šunerį netoli Newport News Point, o "Virginia" sulaikė Sąjungos karinio jūrų laivyno dėmesio. Po konfederatų evakuacijos iš Norfolko, "Jamestown" buvo nunioktas, kad užblokuotų Džeimso upę Drewry's Bluff. Vėlesniame Drewry's Bluff mūšyje
"Jamestown" ginklai buvo laikomi pagrindiniu veiksniu priešininkų laivams atremti. Po mūšio jis gavo pagyrimą iš Konfederacijos Kongreso ir buvo paaukštintas į komandantą.