Po Batory mirties 1586 m. Zamoyski padėjo Sigismundui III Vasai užimti Lenkijos sostą, kovodamas trumpame pilietiniame kare prieš Habsburgų arkiduke Maximilian III Austrijos pajėgas. Sigismundo rėmimo stovykla buvo sutelkta aplink Zamoiskį, o Maksimilijoną palaikė Zborowski šeima. Zamojskis gynė Krakovą ir nugalėjo Maksimiliano pajėgas Bitčinos mūšyje
1588 metais. Tuo mūšyje, kurį Sławomir Leśniewski apibūdina kaip "vieną svarbiausių Lenkijos istorijoje ir svarbiausią Zamoyskio karinėje karjeroje", Maksimilianas buvo suimtas ir 1589 m. Bytomo ir Będzino sutartimi turėjo atsisakyti visų pretenzijų Lenkijos karūnai. Vėliau tais pačiais metais Zamojskis pasiūlė reformą dėl karališkųjų rinkimų, kuri Seime nepasiekta. Zamojskis pristatė Seimui projektą, kad tuo atveju, jei dabartinis karalius mirtų be palikuonių, nuo šiol Lenkijos soste turėtų būti tik slavų kilmės kandidatas. Tai buvo projektas, kuris netgi galėjo įsivaizduoti tam tikros rūšies sąjungos tarp katalikų Lenkijos, ortodoksų Maskvos ir pusiau protestantų Čekijos galimybę. Tiesą sakant, tai buvo klastingas ir nepatogus kontrpranešimas prieš pro-Habsburgų politiką.