Be ispanų kolonizacijos, neseniai Filipinai taip pat patyrė Amerikos kolonizacijos, kuri tęsiasi iki šių dienų. 1898 m. gruodžio 10 d. Ispanija per Paryžiaus sutartį Filipinus atidavė Jungtinėms Valstijoms. Taip prasidėjo ilgas amerikiečių kolonizacijos laikotarpis, kuris atliko didžiulį vaidmenį Filipinų archeologijoje, nes tai leido amerikiečių antropologams ištirti didžiules archeologines vietas, turinčias gilų įrodymą apie žmogaus užimtumą ir evoliuciją. Vėliau tokie archeologai kaip H. Otley Beyer sugebėjo įtraukti Filipinius į archeologinius įrašus per tokius renginius kaip 1904 m. Šv. Luiso pasaulinė paroda
, kuri inicijavo archeologijos plėtrą Filipinuose.