San Pedro Yepocapa yra kilusi dar iki ispanų užkariavimo Gvatemaloje.
Iš pradžių miestas buvo šalia ugnies ugnikalnio, tačiau dėl jo daugybės išsiveržimų jis turėjo būti perkeltas į kitą vietą. Manoma, kad miestą įkūrė ispanų kareivis Antonio de Guzmánas, kai 1520-aisiais atvyko konkistadorai.