1945 m. Hayashi buvo paskirtas Vidaus reikalų ministro asmeniniu sekretoriumi ir personalo skyriaus vadovu. Netrukus po
1945 m. rugpjūčio mėn. Japonijos besąlyginis pasidavimas sąjungininkams, jis buvo išrinktas Tottori prefektūros gubernatoriumi 38 metų amžiaus, įstojęs į pareigas spalio 27 d., taip tapdamas jauniausiu vietos viršininku prefektūros istorijoje. Tačiau 1947 m. vasario mėn. jo kadencija buvo sutrumpinta, kai jis tapo vietos reikalų biuro direktoriumi. Tai buvo paskutinis jo pareigas Vidaus reikalų ministerijoje, kurią 1947 m. gruodį išardė sąjungininkų pajėgų generalinė būstinė (GHQ). 1948 m. sausio mėn. jis buvo paskirtas laikinai įsteigto Vidaus reikalų biuro direktoriumi. Tarnyba egzistavo tik apie 90 dienų, per kurias jis buvo atsakingas už teisėsaugos tarnybų, anksčiau valdytų dabar nebėra Vidaus reikalų ministerijos, priežiūrą, kol Tarnyba buvo pakeista Nacionaline visuomenės saugos komisija.