Po karo Ančerlis dirbo Radijo Prahoje iki 1950 m., kai tapo Čekijos filharmonijos meniniu direktoriumi, kurį sėkmingai dirbo aštuoniolika metų. Po 1968 m. invazijos į Čekoslovakiją
Ančerl emigravo į Torontą, Kanadoje, kur jis dirbo Toronto simfoninio orkestro muzikos direktoriumi iki savo mirties 1973 m.