Pagal islamo šaltinius, islamo ankstyvuosiuose laikais žydų gentis Arabijoje (žr. Banu Qurayza) buvo įtariama, kad pažeidė taikos sutartį su pirmųjų musulmonų, dėl to buvo nužudyti daugiau nei 700 žydų. Daugelis išlikusių moterų vėliau buvo paimtos musulmonų karių; vieną iš jų, Safiyya bint Huyayy, kurios vyras Kenana ibn al-Rabi taip pat buvo nužudytas, Muhammedas paėmė kaip savo žmoną. Buvo žinomų žydų persekiojimų, tokių kaip 1033 m. Fezo žudynė, 1066 m. Granados žudynė ir 1834 m. Safedas. XIX a. pabaigoje sionistų judėjimas siekė atkurti žydų tėvynę istoriniame Izraelyje, istorinėje Palestinos teritorijoje, dar žinomoje kaip Sionas, dar žinomas kaip Šventoji žemė. Tai sukėlė įtampą tarp palestiniečių žydų ir palestiniečių arabų, o nuo 1947 m. prasidėjo pilietinis karas ir daug palestiniečių arabų ir daug žydų iš musulmonų šalių. 1948-aisiais buvo paskelbta Izraelio valstybė, o netrukus po jos nepriklausomybės paskelbimo arabų valstybės paskelbė karą
Izraeliui, ir Izraelis buvo nugalėtojas. Po 1948 m. Arabų ir Izraelio karo tarp arabų valstybių ir Izraelio vyko dar 12 karų. Arabų-izraeliečių konfliktas smarkiai susilpnino islamo-žydų santykius.