Amerikiečių pilietiniame kare, Geddes tarnavo Sąjungos armijoje, įsiregistravęs kaip privatus 8-ajame Ajovos pėstininkų pulke. Jis buvo paaukštintas į kapitoną, o po to - į pulkininko pavaduotoją, o po 1862 m. vasario - į savanorių pulkininką. Jis dalyvavo mūšiuose prie Šilo
, kur jis buvo sužeistas ir suimtas. Jis kurį laiką buvo įkalintas Medisone, Džordžijoje, ir Libby kalėjime Ričmonde, Virdžinijoje. Po pasikeitimo jis kovojo Viksburge ir Džeksonoje. 1863 m. spalio mėn. jam buvo suteikta brigados komanda ir jis buvo išsiųstas į Braunsvilį, Teksase. Vėliau jis tarnavo federalinės okupacijos Memfise, Tenesio valstijoje, kur išgelbėjo miestą nuo konfederacijos kavalerijos, vadovaujamos Nathan Bedford Forrest. Jis vadovavo brigadai Mobilumo kampanijoje ir garsiai kovojo Ispanijos forto mūšyje. 1866 m. sausio 13 d. prezidentas Andrew Johnsonas nominavo Geddesą į brigados generolio rangą nuo 1865 m. birželio 5 d., o Jungtinių Valstijų Senatas patvirtino paskyrimą 1866 m. kovo 12 d.