Kai prasidėjo karas su Meksika, Morganas buvo paskirtas 2 Ohajo savanorių pėstininkų pulkininku. 1847 m. kovo mėn. jis buvo paskirtas 15-ojo JAV pėstininkų pulkininko, tarnaudamas generoliui Winfieldui Scottui. Norėdamas nutraukti partizanų karą ir amerikiečių karių žudymą, pulkininkas Morganas suėmė keletą žinomų Meksikos piliečių ir paskelbė proklamaciją, skelbiančią, kad už kiekvieną amerikiečio kareivį, kurį žudo partizanų, bus nubaustas vienas pilietis. Žudynės iš karto sustojo. 1848 m. jis buvo paaukštintas į brigados generolą už savo didybę Contreras ir Churubusco mūšiuose.
, kur jis buvo sunkiai sužeistas. Grįžęs į Ohają atsigauti, jis gavo Ohajo įstatymų leidėjų oficialius padėkos laiškus.