1990 m. gruodžio 5 d. Alomar ir Joe Carter buvo perkeisti į Toronto Blue Jays mainais į Fredą McGriffą ir Tony Fernandezą. Toronto jis tapo geriausiu antrosios bazės puolėju, derindamas.300-plus įmušimo vidurkį su galia ir dideliu greičiu į bazes. 1991-aisiais jis išnaudojo savo greitį su 11 triplų ir 53 pavogtomis bazėmis, vedęs komandą į pirmąjį iš trijų iš eilės žaidimų. Kitąmet jis surengė 105 bėgimus, surengė 87 žygius ir turėjo.405 bazės procentą. 1993 m. Alomaras turėjo geriausią sezoną su "Blue Jays", kur jis surinko 17 namų bėgimų (HR), 93 bėgimus (RBI) ir 55 pavogtas bazes, kai jis sumušė.326, trečias Amerikos lygoje už savo komandos draugų John Olerud ir Paul Molitor. Jis buvo pagrindinė figūra Toronto pasaulio serijos čempionate 1992 ir 1993 metais; 1992 m. Pasaulio serijos 6-toje rungtynėje jis užsitarnavo serijos laimėtoją iš Deivų Vinfildo dvigubo duoblio 11-oje rungtynėse. Alomar's žaidimas, devyniojoje rungtynėse, " Oakland " atleidimo ace Dennis Eckersley, 4 žaidime 1992 m. Amerikos lygos čempionato serijoje
(ALCS), daugelis laiko svarbiausiu klubo istorijos pasiekimu, nes trys ankstesni komandos kelionės į ALCS baigėsi nusivylimu; jis buvo pavadintas serijos vertingiausiu žaidėju (MVP). 1995 m. jis sužaidė 104 iš eilės rungtynes be klaidos, nustatydamas antrosios bazės žaidėjų rekordą. Kiekviename iš penkių sezonų su "Blue Jays" Alomar buvo įvardintas į "All-Star" komandą ir laimėjo "Auksinę pirštinę".