Nuo 2002 m. Ščekočichinas buvo Sergejaus Kovalevo komisijos narys, kuri tyrė įtarimus, kad 1999 m. Maskvos bute įvykdytos bombos
buvo organizuota Rusijos Federalinės saugumo tarnybos (FSB), kad būtų sukurta parama karui.