Princesė Margrethe gimė 1940 m. balandžio 16 d. Frederiko VIII rūmuose, tėvų rezidencijoje Amalienborgo rūmų komplekse, pagrindinėje Danijos karališkosios šeimos rezidencijoje Frederiksstadeno rajone Kopenhagos centre. Ji buvo pirmoji princo ir princesės (vėliau karaliaus Frydricho IX ir karalienės Ingrid) dukra. Jos tėvas buvo vyresnysis karaliaus Kristiano X sūnus, o motina buvo vienintelė Švedijos sosto įpėdinės duktė (vėliau karalius Gustavas VI Adolfas). Ji gimė praėjus vos savaitei po to, kai nacistinė Vokietija įsiveržė į Daniją
1940 m. balandžio 9 d.