1936 m. buvo reorganizuotas armijos generalinis štabas. 1940-1941 m.
Graikijos ir Italijos karui ir vėlesniam vokiečių įsiveržimui į Graikiją, armijos generalinis štabas tarnavo kaip branduolys virš Generalinio štabo, vadovaujant buvusiam armijos generalinio štabo viršininkui generol leitenantu Aleksandrui Papagosiui. Po to, kai Grekija buvo okupuota Ašies valstybių, Graikijos ginkluotosios pajėgos buvo atkurtos Artimuosiuose Rytuose graikų vyriausybės tremtyje, kartu su pradiniu armijos generaliniu štabu.