Barnis buvo paskirtas leitenantu Konfederacijos kariniame jūrų laivyne 1861 m. liepos 2 d. Jis vadovavo "Jamestown" per Hampton Roads mūšį, garsią mūšį su britų laivyna, per kurį jis užėmė du brigus ir "Accomac" šunerį netoli Newport News Point, o "Virginia" sulaikė Sąjungos karinio jūrų laivyno dėmesio. Po konfederatų evakuacijos iš Norfolko, "Jamestown" buvo nunioktas, kad užblokuotų Džeimso upę Drewry's Bluff. Vėlesniuose
Drewry's Bluff mūšyje, kai konfederatų krantinės baterijos išvarė Sąjungos karinį jūrų laivyną, nukreiptą į Richmondą, "Jamestown" ginklai buvo laikomi pagrindiniu veiksniu priešininkų laivų atpirkime. Po mūšio jis gavo pagyrimą iš Konfederacijos Kongreso ir buvo paaukštintas į komandantą.