1944 m. spalio mėn. Trečiasis laivynas buvo paskirtas "Šiaurės jėga" pagal trijų pajėgų planą nugalėti
sąjungininkų invazija į Japonijos kontroliuojamas Filipinus. Trečiojo flotilės lėktuvnešiai buvo išvaryti iš visų lėktuvų, išskyrus 108, ir išsiųsti, kad amerikiečių vadovaujamas laivynas būtų nukreiptas nuo karių iškrovimo laivų apsaugos. Spalio 25-26 dienomis, susidūręs su dideliu kariniu pajėgumu, kuris apėmė dešimt JAV karinių laivų vežėjų, 600-1000 orlaivių, Trečiasis laivynas pralaimėjo 4 orlaivių vežėjus, vieną lengvą kryžminį laivą ir vieną naikintuvą mūšyje prie Engaño kyšulio. Trečiasis laivynas faktiškai nustojo egzistuoti ir buvo oficialiai išardytas 1944 m. gruodžio 15 d.