1940-ųjų pavasarį nacistinė Vokietija, vadovaujama Hitlerio, įsiveržė į Norvegiją, Daniją, Nyderlandus, Belgiją ir Prancūziją. Tuo tarpu tų metų rugsėjį Japonijos imperija užpuolė ir užkariavo Prancūzijos Indokiną, tuo pačiu metu kovojo su Kinija per Antrąjį kinų-japonų karą. Aljaskoje buvo didėjantis susirūpinimas dėl to, kad trūksta karinės gynybos, nes ji buvo pažeidžiama Axis invazijos. Grueningas nuo tada, kai buvo paskirtas gubernatoriumi, siekė, kad Aljaskoje būtų gynybinės infrastruktūros, o dėl neseniai įvykdytų Vokietijos ir Japonijos veiksmų Kongresas skyrė lėšų kariuomenės fortams ir oro uostams statyti šioje teritorijoje. 1941 m. JAV ginkluotosiose pajėgose buvo 3000 karių, dislokuotų aplink Aliaską. Atakuojant Pearl Harborą, Grueningas ruošėsi, kad sekanti būtų Aljaska. Buvo suplanuota, kad būtų įrengtos elektros uždarymo sistemos ir civilinės gynybos pajėgos, kurių pirmasis uždavinys - "savotikliai saugoti radijo stotis, telefono stotis, naftos rezervuarus, komunalines paslaugas, uostus ir būti budriems dėl galimų sabotažų". Ginkluotosios pajėgos išplėtė savo operacijas Aliaskoje, lėtai judant link Aleutų grandinės, labiausiai pasiekiamo kelio iš Azijos. Japonija pasiekė Aliaską 1942 metų birželį, bombardavo
Nyderlandų uostas ir išsilaipinimas Attu ir Kiska salose, vieninteliuose JAV žemyninėse vietovėse, užgrobtose per Antrąjį pasaulinį karą.