2009 m. vasario 8 d. Khatami paskelbė, kad dalyvaus 2009 m. prezidento rinkimuose
Tačiau kovo 16 d. jis pasitraukė savo ilgalaikio draugo ir patarėjo, buvusio Irano premjero Mir-Hossein Mousavi, naudai.