Fontàs debiutavo 2009 m. rugpjūčio 31 d., pakeisdamas kitą "La Masia" absolventą Gerardą Piqué, per paskutines šešias minutes La Ligas namuose laimėjo 3:0 prieš "Sporting de Gijón". Anksčiau 2009-2010 metų sezoną jo vadovas Pep Guardiola pakvietė į Ispanijos superkopo ir UEFA superkopo varžybas.
Žaidėjai, turintys galimybę žaisti prieš "Athletic Bilbao" ir "FC Shakhtar Donetsk", bet galiausiai nei vienoje iš šių rungtynių neįvyko į klubo krėslą. Jis praleido didžiąją dalį savo pirmųjų sezonų registruotas rezervuose.