2013 m. gruodžio pradžioje Harperis paskelbė, kad 2014 m. referendume dėl Škotijos nepriklausomybės "absoliučiai balsuos prieš"
, toliau sakė, kad jis su džiaugsmu padėtų kampanijai "Geresni kartu" ir kad yra "reikšminga žaliųjų mažuma", kuri priešinasi nepriklausomybei.