Cena padarė netikėtą grįžimą kaip galutinis Royal Rumble varžybų dalyvis, laimėdamas jį ir tradicinį WrestleMania XXIV vardų šaudymą, paskutinis pašalindamas Triple H. Vietoj to, kad lauktų iki WrestleMania, vardų šaudymas buvo išpirktas prieš tuometinį WWE čempioną Randy Ortoną 2008 m. "No Way Out" varžyboje, kurią Cena laimėjo diskvalifikavimu ir todėl nebuvo apdovanotas čempionu. Kitą vakarą per "Raw", Cena buvo sugrąžintas į "WrestleMania" WWE čempionato rungtynes, nugalėdamas Ortoną ne titulų rungtynėse su "Triple H" kaip specialiuoju svečiu, todėl tai buvo trijų vyrų trijų grėsmių rungtynės, per kurias jis buvo užfiksuotas Ortono. Backlash, Cena nepavyko susigrąžinti titulo mirtino keturių krypčių eliminacijos rungtynėse, kuriose jis buvo pašalintas Orton. Per tą varžybas Cena pašalino JBL, atnaujindamas jų priešiškumą nuo 2005 m. Cena nugalėjo JBL teismo dieną
ir tada "One Night Stand" pirmojo kraujo rungtynėse. Cenai taip pat nepavyko susigrąžinti WWE čempionato iš Triple H per "Night of Champions". Vėliau, JBL nugalėjo Cena Niujorko automobilių stovėjimo aikštelėje per "The Great American Bash" liepos mėnesį, kad užbaigtų priešiškumą. Rugpjūčio 4 "Raw" epizode Cena antrą kartą tapo Pasaulio kovos komandų čempionu, kartu su Batista nugalėdamas Cody Rhodes ir Ted DiBiase, tačiau kitą savaitę prieš buvusius čempionus nepavyko išlaikyti čempionatą. Cena pralaimėjo Batista "SummerSlam" varžybose. Netrukus po to, Cena buvo pavadintas vienu iš keturių pretendentų į CM Punk's World Heavyweight Championship Championship Scramble matchoje "Unforgiven", tačiau jis buvo pakeistas Rey Mysterio po to, kai jo kaklo disko išvarža jo rungtynėse "SummerSlam", kuriai reikėjo chirurgijos. Cenai sėkmingai buvo atlikta operacija.