Malagridos įtaka Lisabonos rūmuose susidūrė su rimtu premjero Carvalho, būsimo Pombal markizo, priešiškumu. Karvaljo bandė atstatyti Lisaboną po 1755 m. žemės drebėjimo
, kurį Malagrida skelbė buvo teisingo Dievo bausmė nusidėjėliams žmonėms. Carvalho buvo pasipiktinęs netiesiogine vyriausybės kritika ir įtikino karalių José išvaryti Malagridą į Setubalą 1756 m. Lapkričio mėn. Ir pašalino visus jėzuitus iš teismo.