Antrasis sezonas prasideda praėjus aštuonioms valandoms po pabėgimo, daugiausia dėmesio skiriant aštuoniems pabėgėliams. Serijos kūrėjas Paulas Scheuringas antrąjį sezoną apibūdina kaip "The Fugitive times eight" ir prilygina jį "antrai Didžiojo pabėgimo pusei". Bėglys išsiskiria ir keliauja į vietoves visoje šalyje, o valdžios institucijos už jų, nes kiekvienas siekia savo individualių tikslų. Bradas Bellickas atleidžiamas iš kalėjimo, kuriame jis dirbo pagrindiniu sargybiniu, ir persekioja kalinius pats už atlygio pinigus. Keletas pabėgėlių susijungia ieškodami didelio pinigų, kurį seniai palaido kitas Fox River kalinys, Charlesas Westmorelandas. Federalinis agentas Alexander Mahone yra paskirtas ieškoti ir sugauti aštuonis pabėgėlius, tačiau paaiškėja, kad ji dirba "The Company", kuri nori aštuonis vyrus.
Pusė