Kaip koncepcija ir darbotvarkė jūrų saugumas vystėsi nuo dešimtojo dešimtmečio pabaigos ir 2000-ųjų pradžios. Ypač susirūpinimas dėl teroro atakų prie uostų įrenginių sukėlė naujų saugumo interesų jūrų srityje. Svarbūs įvykiai, turintys įtakos jūrų saugumo paradigmai, yra USS Cole sprogimas
2000 m. ir 2001 m. rugsėjo 11 d. išpuoliai. Nuo to laiko kelios valstybės ir tarptautinės organizacijos parengė jūrų saugumo strategijas. Dėl atakų reguliavimo institucijos arba jūrų pramonė paskelbė daug geriausios praktikos ir standartų, susijusių su fiziniu jūrų saugumu, pvz., 2002 m. ISPS kodeksą. Atsižvelgiant į įtariamą teroristinę grėsmę, jūrų saugumo koncepcijos taikymo sritis pradėjo plėsti nuo siauro dėmesio tarpvalstybinei karinei konfrontacijai, įtraukiant kitus klausimus. (Taip pat žr. kritinius saugumo tyrimus)