Louis Bonaparte paskyrė Janssensą karo departamento generaliniu sekretoriumi, kai grįžo. Jis užėmė keletą aukštų administracinių pareigų karalystėje iki Liudvikui Napoleonui atsistatydinus ir 1810 m. Nyderlandų aneksavus Prancūzijai. 1810 m. lapkričio 11 d. jis buvo paskirtas Nyderlandų Rytų Indijos generaliniu gubernatoriumi, pakeisdamas Hermaną Willemą Daendelsą. 1811 m. gegužės 15 d. jis atvyko į Bataviją, Javą, ir iš karto įsitraukė į pastangas stiprinti kolonijos gynybą. Java turėjo didesnį olandų ir prancūzų karių skaičių, taip pat geresnę gynybą, palyginti su Keipų kolonija. Tačiau britų invazinis laivynas
Netrukus po to, liepos 30 d., atvyko Sir Samuel Auchmuty vadovaujamas laivas.