- Antrame pasauliniame kare, zoologijos sodas buvo bombarduotas du kartus
1941 m. Naciai, o 1944 m. - sąjungininkai, smarkiai sugadino infrastruktūrą ir nužudė daugumą gyvūnų. Be to, zoologijos sodas neteko septynių hektarų žemės. 1941 m. zoologijos sodo sprogimas aprašytas Vinstono Čerčilaus knygoje "Antrasis pasaulinis karas" ir Emiro Kusturica 1995 m. filme "Underground". Antrosios pasaulinės karo okupacijos metu zoologijos sodo vadovas Miodrag Savkovičius buvo iš karto suimtas naujosios komunistinės valdžios ir nušautas, nors nėra žinoma nei kaltinimai, nei jo poilsio vieta.