1580 m. paveldėjimo krizė pradėjo šešiasdešimt metų trunkantį dvigubos monarchijos laikotarpį Portugalijoje ir Ispanijoje, valdant Ispanijos Habsburgams. Tai vadinama "Filipinų valdžia" ("Domínio Filipino"), nes visi trys Ispanijos karaliai tuo laikotarpiu buvo vadinami Filipumi ("Filipe"). 1589 m. Lisaboną užpuolė anglų armada
Karalienė Elžbieta palaikė portugalų pretendentą Antonio, Krato priorių, tačiau Krato palaikymo trūko ir ekspedicija buvo nesėkminga. Portugalijos atkūrimo karas, prasidėjęs kilmingųjų ir buržuazijos Lisabonoje organizuotu valstybės perversmu ir įvykdytas 1640 m. gruodžio 1 d., atkurė Portugalijos nepriklausomybę. 1640 - 1668 m. laikotarpiu Portugalija ir Ispanija periodiškai kariavo, taip pat buvo trumpų rimtesnių karų epizodų, kol 1668 m. buvo pasirašyta Lisabonos sutartis.