Po to, kai jakobitai pasiekė didelę sėkmę 1745 m. sukilimo pradžioje, "Royal Écossais" lapkritį buvo išsiųstas į Škotiją; laivas, vežantis MacDonellą, buvo sulaikytas ir jis prisijungė prie savo tėvo Jono Londono bokšte. Jo jaunesnysis brolis Eneas suformavo klanų pulką ir kovojo Falkirke.
1746 m. Sausio mėn., bet buvo atsitiktinai nužudytas po mūšio.