Be to, kad laivynas palaikė karus Šventojoje Žemėje, jis vaidino gyvybiškai svarbų vaidmenį Genujos varžybose su netoliese esančia Pisa Respublika, kuri varžėsi su Genua dėl įtakos Korsikoje ir Sardinijoje. Italijos jūrų valstybės dažnai plėšikavo savo varžovų prekybinius laivus, o Genojos karinis jūrų laivynas buvo žinomas kaip užgniaužęs ir dalyvavęs šioje praktikoje. 1119 m. Genujos eskadronas užpuolė Piso prekybininkų konvoją, pradėdamas pirmąjį Genujos-Piso karus. Pirmasis iš karų baigėsi nesuderinamai, bet baigėsi šimtmečiu plūdurų ir piratavimo, kai abu miestai kovojo už Korsiką ir Sardiniją. 1230-aisiais prasidėjo antrasis nepripažintas karas tarp Genovos ir Pizos kaip platesnio Gvelfų-Gibelinų konflikto dalis. Kai prasidėjo karas, Šventosios Romos imperijos imperatorius stojo į Pizos pusę ir privertė Genovą ieškoti sąjungininkų užsienyje. Respublika palaikė popiežių pusę (kurie tuo metu ginčijosi su Šventosios Romos imperijos imperatoriumi) ir siuntė laivyną, kad Guelfo armiją pervežtų į Romą, parodydama paramą popiežių tikslui. Gibelinai atrado planą ir kartu su Piso laivynu per Giglio mūšyje sučiupo Genujos laivyną.
1241 metais. Dėl keleivių ir bagažo sunkumų Genujos laivynas neteko 3 galerų, 27 jų buvo sugauti. Antrasis karas su Pisa baigėsi balta taikos 1243 metais.