2006-07 m. rezultatas buvo nepalankias. Baigęs pergalę lygoje ir vėl pralaimėjęs "Alemannia Aachen" kupą, treneris Magatas buvo atleistas netrukus po žiemos pertraukos. 2007 m. sausio mėn. Hitzfeldas grįžo į trenerio pareigas, tačiau 2006-07 m. Bayernas baigė ketvirtą sezoną, todėl pirmą kartą per daugiau nei dešimtmetį negalėjo patekti į Čempionų lygą. Papildomi pralaimėjimai DFB-Pokal ir DFB-Liga-pokal paliko klubą be garbės sezono metu.
"Allianz Arena"