Po Vokietijos ir Sovietų Sąjungos jungtinės invazijos į Lenkiją, 1939 m. rugsėjo mėn. prasidėjus Antrajam pasauliniam karui, miestą okupavo Vokietija.
, kuri vykdė genocidinę kampaniją prieš vietos lenkų ir žydų gyventojus. Chełmża buvo viena iš lenkų egzekucijų vietų, kurias 1939 m. Vokietija įvykdė kaip "Intelligenzaktion" dalį. Daugelis vietinių lenkų, ypač mokytojų, taip pat buvo nužudyti Barbarkos miške dabartiniame Torūne, taip pat kaip "Intelligenzaktion" dalis. Tuo metu Vokietijos valstybė laikė lenkus ir žydus "nežmogiškais" ir planavo juos kaip nacionalines grupes išnaikinti. Kad išvengtų tokio likimo, daugelis vietinių lenkų paėmė III ir IV Volksliste grupes. 1945 m. pradžioje Chełmžoje lenkų priverstiniai darbininkai, evakuoti iš Jajkowo, buvo priverstinai įdarbinti į Todt organizaciją, tačiau kai kuriems iš jų pavyko pabėgti. Dėl vokiečių naikinimo ir represijų 1945 m. kovo mėn. miesto gyventojų skaičius sumažėjo iki 10 000 žmonių.