1618 m. prasidėjus Trimsdešimties metų karui, universitetas prarado intelektinį ir fiskalinį turtą. 1622 m. iš universiteto katedros buvo pavogta tuomet pasaulinio garso Bibliotheca Palatina (universiteto biblioteka) ir perkelta į Romą. Vėlyvojo humanistinio darbo pastangas vėliau nugalėjo karaliaus Liudviko XIV kariai, kurie 1693 m. beveik visiškai sunaikino jį. Kaip vėlyvojoje Reformacijoje protestantinis universitetas prarado savo studentų charakterį ir buvo kanaluojamas į universitetą. Jis pritraukė mokslininkus iš viso kontinento ir tapo kultūriniu ir akademiniu centru. Tačiau, prasidėjus trisdešimties metų karui 1618 m., universiteto intelektinis ir fiskalus turtas sumažėjo. 1622 m. iš universiteto katedros buvo pavogta tuomet pasaulinio garso Bibliotheca Palatina (universiteto biblioteka) ir perkelta į Romą.
universitetų intelektinis ir finansinis turtas sumažėjo