1864 m. rugsėjo mėn. baigus studijas Nietzsche pradėjo teologijos ir klasikinės filologijos studijas Bonno universitete, tikėdamasis tapti dvasininku. Trumpai jis ir Deussenas tapo Burschenschaft Frankonia nariais. Po vieno semestro (ir jo motinos pykčio) jis nutraukė teologines studijas ir prarado tikėjimą. Jau 1862 m. esejuje "Sėkmė ir istorija" Nietzsche tvirtino, kad istoriniai tyrimai diskreditavo pagrindinius krikščionybės mokymus, tačiau David Strauss "Jėzų gyvenimas" taip pat, atrodo, turėjo didelę įtaką jaunuoliui. Be to, Ludwig Feuerbach "Krikščionybės esmė" paveikė jauną Nietzsche su argumentu, kad žmonės buvo sukurti Dievo, o ne atvirkščiai. 1865 m. birželio 20 d. Nietzsche parašė savo seseriai Elisabeth, kuri buvo giliai religinga, ir prarado tikėjimą.
1864 m. rugsėjo mėn.