1985 m. rugpjūčio mėn., žaidęs daugiau nei 150 rungtynių "Lincoln", Thompsonas persikėlė į "Charlton Athletic". Paskutinėje žaidime su Linkolnu jis turėjo pamatyti košmarą, kai 56 žiūrovai žuvo siaubingo stendo gaisro metu
kai žaidžia "Bradford City". Jis tapo "Charlton" kapitonu ir vedė juos į Pirmojo divizijos ir Simod taurės finalą.