1953 m. pradžioje jie buvo perkelti į Palestinos archeologinį muziejų (dažniausiai vadinamas Rokfelerio muziejumi) Rytų Jeruzalėje ir pervežimo metu patiria daugiau pablogėjimo ir žalos. Muziejus buvo nepakankamai finansuojamas ir turėjo ribotus išteklius, kad galėtų išnagrinėti ritinius, ir dėl to "ritinių" ir saugyklos sąlygos buvo palyginti nekontroliuojamos pagal šiuolaikinius standartus. Muziejus paliko didžiąją dalį fragmentų ir ritinių tarp langų stiklo, ir kartu su jais užfiksavo drėgmę, paspartindamas praradimo procesą. 1956 m. karo konflikto metu
Izraelio, Didžiosios Britanijos ir Prancūzijos prieš Egiptą, Palestinos archeologinio muziejaus ritinių kolekcija buvo saugoma Osmanų banko saugykloje Amane, Jordanijoje. Dėl drėgnumo, kurį sukėlė laikinai saugomi ritiniai Osmanų banko saugykloje nuo 1956 m. iki 1957 m. pavasario, ritiniai sparčiau prastėjo. Dėl šių sąlygų ant ritinių ir fragmentų susidarė pelėsių, o kai kurie fragmentai buvo iš dalies sunaikinti arba tapo neperskaitomi dėl manilinio popieriaus ir lipduko, kuriuose jie buvo laikomi saugykloje. Iki 1958 m. buvo pastebėta, kad iki 5 proc. kai kurių ritinių buvo visiškai pažeisti. Daugelis tekstų tapo neperskaitomi, o daugelis pergamentų buvo labai tamsūs.