Fabregas baigė savo klubo ilgą tikslų sausrą, kai jis užsitarnavo savo pirmuosius šio sezono lygos taškus prieš "Sevilją" per 3<unk>2 pergalę. Spalio mėnesį jis užsitarnavo tris taškus, pasiekdamas lygos, Čempionų lygos ir Karaliaus taurės varžybas.
- Taip. Lapkričio 25 d. jis dar kartą įmušė 4 - 0 pergalę prieš "Levante". 2013 m. sausio 13 d. Fàbregas įmušė 3-1 pergalę prieš Malagą. Fàbregas savo karjeros pirmą hat-triuką įveikė prieš "Mallorca" pergalėje 5 - 0 2013 m. Balandžio 6 d. Antrąjį sezoną "Barcelonoje" jis laimėjo pirmąjį savo karjeros lygos titulą, surengęs rekordinį 100 taškų skaičių. Tačiau "Barcelona" buvo pašalinta iš pusfinalo tiek "Copa del Rey", kur ją nugalėjo Real Madrid, tiek "Champions League", kur nugalėjo "Bayern Munich". Fabregas baigė sezoną su 14 tikslų ir 12 pasisekimų 48 žaidimuose visose varžybose.