Tačiau Konfederacija sukėlė pasipriešinimą tarp kelių abiejų šalių grupių, kurios nesutiko su nacionalinių tapatybių praskiedimu ir kaimyninėmis šalimis. Daugelis Peru politikų, priešinasi Konfederacijos idėjai, pabėgo į Čilį, kur jie gavo paramą, o tai lėmė Konfederacijos karą.
1836 m. gruodžio 28 d. Čilė paskelbė karą, o 1837 m. gegužės 9 d. - Argentinos. Čilės karinė ekspedicija prieš Santa Kruzą, kuriai vadovavo admirolis Manuelis Blanko Encalada, nesėkmingai baigėsi ir 1837 m. lapkričio 17 d. buvo pasirašyta Paucarpatos sutartis.