Clam-Gallas, vis dar vadovavęs I Korpusu, buvo paskirtas vadovauti vienetams (60.000 vyrų), atskirtiems nuo "Šiaurės armijos", vadinamosios "Iser armija" ir sudarytai iš jo paties I Korpuso, atsitraukiančio Karališkosios Saksonijos armijos korpuso, Austrijos brigados, evakuotos iš Holšteino, ir Austrijos lengvos kavalerijos divizijos. Karo metu jis patyrė pralaimėjimus Podole, Münchengrätz
ir Jičín. Po to, kai sujungė savo pajėgas su "Šiaurės armija", vadovaujama Ludwig von Benedek, jis vėl tapo I korpuso vadu. 1866 m. liepos 3 d. anksti ryte jis buvo atleistas iš savo komandos ir pakeistas grafo Leopoldo Gondrecourto, todėl tą dieną jis nedalyvavo Austrijos pagrindinės kariuomenės pralaimėjime prie Königgrätz.