Antrasis, didesnis rusų antplūdis vyko po to, kai Rusijos imperija aneksavo Lietuvą XVIII amžiaus pabaigoje, Lenkijos padalijimo metu. Rusijos valdžioje valdžia regione išliko daugiausia lietuvių kilmingumo rankose, tačiau kai kuriuos administracinius postus pamažu perėmė rusai, kurie taip pat apsigyveno Vilniuje ir Kaune. Taip pat po
1863 m. Lenkijos sukilimas kai kurie turtai buvo konfiskuoti iš vietos kilmingumo ir duoti Rusijos pareigūnams. Daug rusų, emigravusių į Lietuvą, buvo kareiviai, jūreiviai ir prekybininkai.