Bačkio šeima Lietuvoje buvo persekiojama sovietų; jo brolis Juozas buvo deportuotas į Sibirą
1941 metų birželį, kur jis mirė po metų. 1943 m. rugsėjį Gestapo suėmė Klimasą, todėl Bačkis tapo vyresniu diplomatu Prancūzijoje. Tais pačiais metais Bačkis gynė daktaro disertaciją dėl Lietuvos konkordato (išleista 2007 m. lietuvių kalba). Po karo Prancūzija oficialiai nepripažino Lietuvos, Latvijos ar Estijos diplomatinių tarnybų, bet leido joms neoficialiai veikti. Bačkis toliau švietė įvairius pareigūnus apie Lietuvos okupaciją ir skatino nepripažinti Lietuvos SSR, kad būtų užtikrintas valstybės tęstinumas. Jis taip pat išleido informacinius biuletenus apie lietuvių reikalus (įskaitant 33 "Questions Lithuaniennes", 8 "Bulletin Lithuanien" numerius ir knygą "Peuples opprimés. La tragédie des Etats Baltes"), padėjo Lietuvos pabėgėliams ir t. t. 1948 m. Bačkis susisiekė su Juozasu Lukša, antisovietiniu partizanu, kuris sugebėjo pabėgti iš Geležinės uždangos, ir padėjo jam skleisti informaciją apie ginkluotą kovą. 1949 m. Europos judėjimas įkūrė Vidurio ir Rytų Europos šalių komitetą, kuriam pirmininkavo Didžiosios Britanijos parlamento narys Haroldas Makmilanas ir atstovavo įvairias Rytų bloko šalis. 1951 m. Bačkis tapo Komiteto pirmininko pavaduotoju. Jis taip pat buvo Lietuvos atstovas Europos federalistų sąjungoje, prisijungė prie "Nouvelles équipes internationales" (Naujų tarptautinių komandų) ir "Asamblėjos belaisvių Europos tautų". Bačkis taip pat ragino atkurti Lietuvos katalikų mokslų akademiją ir aktyviai pristatė mokslinių tyrimų dokumentus jos sesijose. 1950 m. Vatikanas jį apdovanojo Šv. Grigaliaus Didžiojo ordinu.