Mahathiras gimė savo tėvų namuose Alor Setar, Kedah, Britų Malaizijos sostinės, vargšoje kaimynystėje 1925 m. Liepos 10 d. Jo tėvas Mohamad buvo mišrios malajų ir indų kilmės; jo motina, Wan Tempawan, buvo malajų. Mahathiras ne-malajų kilmės, kurį jis iš esmės laikė tyliai per savo politinę karjerą, yra Malaizijos šešių premjerų bendri bruožai. Tačiau kitas Mahathiras gimimo aspektas atskiria jį nuo kitų penkių: jis nebuvo gimęs aristokratijoje ar žymioje religinėje ar politinėje šeimoje. Mahathiras buvo mokyklos direktorius, kurio žemas socialinis ir ekonominis statusas reiškė, kad jo dukros negalėjo įstoti į vidurinę mokyklą, o jis turėjo tik tolimus santykius su Alor Setar, Kedah, Mahathiras buvo vedęs tik su keliomis Malaizijos ir Indijos kilmės.
1957 m. gimė pirmoji mergaitė Marina, vėliau susilaukė dar trijų vaikų ir įsivaikino dar tris