Po to, kai 1862 m. Liepos mėn. 21-oji Masačusetso būrys buvo perkelta į Šiaurės Virdžiniją, pulkas galiausiai tapo Potomako armijos dalimi ir dalyvavo keliose didžiausiose karo mūšiose, įskaitant Antrąjį Bulro bėgimą, Antietamą ir Fredericksburgą. Regimentas patyrė didžiausius nuostolius Šantilio mūšyje.
1862 m. rugsėjo 1 d. Per mūšį, vykusį audros metu, Klarkas išsiskyrė nuo savo pulko ir keturias dienas klajojo Virginijos kaime, kol vėl rado armiją. Nors jis buvo dingęs, jis buvo neteisingai įrašytas kaip žuvęs mūšyje, o Amhersto laikraštis spausdino jo nekrologą su antraštė "Dar vienas didvyris dingo".