1587 m. Pabaigoje Paryžiuje jis buvo suimtas viešnamyje, kai buvo rastas lovoje su moterimi ir Essekso grafo tarnu. Iš pradžių įkalintas vyskupo kalėjime, jo pagrobėjai svarstė galimybę jį išsiųsti atgal į Valsingamą. Galiausiai jis buvo perkeltas į Bastiliją laukti teismo. Jo apklausos įrašai rodo, kad jis bandė įkalinti Morganą ir Pagetą dvigubuose sandoriuose. 1589 m. rugpjūčio mėn. jis buvo iškeltas į teismą ir nuteistas dvidešimčiai metų kalėjimo už tai, kad veikė prieš Katalikų Bažnyčios interesus. Tuo metu Paryžių valdė Katalikų lyga, sukilusi prieš Prancūzijos karalių. Kalėjime jo sveikata pablogėjo. Ivry mūšyje
1590 m. Kovo mėn. Lygos armija buvo sunaikinta, o karalius žygiavo į Paryžių, pasiryžęs iš bado priversti sostinę pasiduoti. Užpuolimas truko iki rugpjūčio ir sukėlė badą. Giffordas mirė po kelių mėnesių, 1590 metų lapkritį.