Mikroorganizmai ar toksiniai, sėkmingai patekę į organizmą, susiduria su įgimtos imuninės sistemos ląstelėmis ir mechanizmais. Įgimtas atsakas paprastai yra išprovokuotas, kai mikrobai yra identifikuojami modelių atpažinimo receptorių, kurie atpažįsta komponentus, kurie yra išsaugoti tarp plačių mikroorganizmų grupių, arba kai pažeistos, sužeistos ar streso ląstelės siunčia įspėjamuosius signalus, kurių daugelis (bet ne visi) yra atpažįstami tų pačių receptorių, kurie atpažįsta patogenus. Gimtinės imuninės gynybos yra nespecifinės, tai reiškia, kad šios sistemos reaguoja į patogenus generiškai. Ši sistema nesuteikia ilgalaikės imunitetos nuo patogenų. Gimtinė imuninė sistema yra dominuojanti priimančiųjų organizmų gynybos sistema.
įgimta imuninė sistema