Albayzín sukilimo lyderiai pabėgo į Alpujaros kalnus. Kalnų gyventojai, beveik išimtinai musulmonai, tik nepripažino krikščionių valdymą. Jie greitai sukilo sukilimų prieš tai, ką jie laikė Grenados sutarties sąlygų pažeidimu, ir nes bijojo, kad jie patirs tokius pat priverstinius atsivertimus kaip ir Albayzín gyventojai. Iki 1500 m. vasario 80,000 krikščionių kariai buvo mobilizuoti, kad sustabdytų sukilimą. Dėl sukilimo trūkumo karalius Ferdinandas Martas atvyko asmeniškai tęsti kitas operacijas. Sukilėliai dažnai gerai taktiškai kovojo ir naudojo kalnų kraštovaizdį krikščionių sukilėliams vykdyti gerilų karą. Tačiau sukilėliams trūko nuoseklumo, o kastilų vadovai leido ir paskatino šią strategiją.
Sukilėliai dažnai buvo gerai vadovaujami ir naudojosi kalnuotais vietomis partizanų karui