2016 m. sezonas buvo 105-asis Malmö FF egzistavimas, 81-asis Allsvenskan sezonas ir 16-asis iš eilės sezonas lygoje. Jie varžėsi
Allsvenskan, kur jie baigė pirmieji, 2015-16 Svenska Cupen, kur jie baigė antruoju, ir 2016-17 Svenska Cupen, kur jie buvo išmesti antrajame raunde. Sezonas prasidėjo Svenska Cupeno grupės etapu vasario 20 d., lygos rungtynės prasidėjo balandžio 2 d., o sezonas baigėsi paskutine lygos rungtynėmis lapkričio 6 d.