Kaip krizė Rytų Pakistane progresuoja, po Indijos įsikišimo, aukščiausioji karinė vadovybė turėjo visišką karinių ir valstybės reikalų kontrolę. Kadangi nebuvo jungtinio štabo mechanizmo, gynybos planus ir operacijų vykdymą prižiūrėjo kiekvienas tarp tarnybų, o tai paveikė bendrą ginkluotųjų pajėgų veiklą. Vis sunkiau buvo koordinuoti veiksmus tarp kiekvienos tarnybos. Pervez Cheema rašytinėje disertacijoje, 1971 m. karas
buvo kovojama "be tikslo ir visiško civilinių pastangų ir ginkluotųjų pajėgų ir keturių kovotojų tarnybų - armijos, karinio jūrų ir oro pajėgų - koordinavimo trūkumo". Be to, federaliniai tyrimai taip pat pažymėjo, kad aukščiausioji karinė vadovybė atitraukė armiją, karinį jūrų laivyną ir oro pajėgas. Jame niekas nebuvo patikėtas, o bendros pastangos nebuvo remiamos nei planavimo, nei operacinio lygmens, ir taip pat buvo apriboti dėl nesutarimų 1971 m. Indo-Pakistano karo metu. Dėl to, kad nebuvo visiško ir išsamio bendravimo, kiekviena tarnyba kaltino kitas dėl veiklos sutrikimų.