1985 m. rugpjūčio mėn., žaidęs daugiau nei 150 rungtynių "Lincoln", Thompsonas persikėlė į "Charlton Athletic". Paskutinėje rungtynėje su Linkolnu jis turėjo pamatyti košmarą, kai 56 žiūrovai žuvo per
siaubingas stand fire, kai žaidžia Bradford City. Jis tapo "Charlton" kapitonu ir vedė juos į Pirmojo divizijos ir Simod taurės finalą.