2006-2007 m. sezono metu Terry praleido varžybas dėl pasikartojančios nugaros problemos. 2006 m. gruodžio 26 d. Jose Mourinho pareiškė, kad jo kapitonas gali prireikti chirurginės operacijos, kad išspręstų problemą. Terry Terry nebuvo namuose, Čelsiui per Kalėdas susitaikė 2<unk>2 namuose tiek "Reading" ir "Fulham", remzdai, kurie pasirodė esminiai per tą sezoną. 2007 m. gruodžio 28 d. "Chelsea" paskelbė pranešimą spaudai, kuriame sakoma, kad Terry turėjo operaciją nugaros: "Operacija, skirta pašalinti sekvestruotą šlaunies ir stuburo tarpinį diską, buvo sėkminga". Nors jis turėjo sugrįžti į rungtynes su "Wigan Athletic", kur "Chelsea" laimėjo 3<unk>2 dėka vėlyvo krepšinio žaidėjo Arjen Beneno, Terry dar kartą praleido varžybas dėl pasikartojančios nugaros problemos.
131 000 ir 135 000 svarų sterlingų per savaitę