Terorizmas tapo vis svarbesne nacionalinio saugumo problema per Klintono administraciją. Sovietų ir Afganistano karo pabaigoje Osama bin Ladenas įkūrė sunitų organizaciją "al Qaeda". Al-Qaeda lyderiai niekino Vakarų vertybes ir buvo ypač pasipiktinę JAV kariniu buvimu Saudo Arabijoje. Al-Qaeda augo devintajame dešimtmetyje ir užsiėmė terorizmu Artimuosiuose Rytuose ir kitose vietose. Grupė prisiėmė atsakomybę už 1993 m. Pasaulio prekybos centro sprogdinimą, dviejų JAV ambasadų sprogdinimus Rytų Afrikoje ir sprogdinimą
JAV laivo Jemene. Atkeršydamas, Klintonas įsakė bombarduoti "al Qaeda" objektus Afganistane ir Sudane. Centrinė žvalgybos agentūra ir kariuomenė stebėjo bin Ladeno judesius, bandydami jį sugauti ar nužudyti, bet Bin Ladenas pabėgo nuo sugavimo giliai Afganistano kalnuose.