Frederiksbergas buvo įkurtas, kai karalius Kristianas III perkelė 20 olandų šeimų iš Amagerio į šią vietovę, kuri tapo žinoma kaip "Ny Hollænderbyen" ("Naujas olandų miestas") arba Ny Amager ("Naujas olandų miestas"). Šioje bendruomenėje gyvenantys gyventojai 1653 m. pastatė nedidelę medinę bažnyčią priešais dabartinę Frederiksbergo bažnyčią, maždaug ten, kur šiandien stovi Muziejus "Storm P". Švedų kariuomenė ją sudegino 1658 metais, kai buvo užpultas Kopenhagos miestas.
Antrojo Šiaurės karo metu. Po karo olandų bendruomenė grįžo į šią vietovę, tačiau dėl didelio skurdo naujoji bažnyčia buvo pastatyta tik 1681 metais.