Parašykite šio skyriaus tęsinį - 2016 m. Francona vadovavo Indianams į Amerikos lygos Centrinės divizijos titulą. 2016 m. spalio 10 d. "Fenway Park" laimėjimu jo komanda per tris rungtynes iškovojo savo buvusį klubą "Boston Red Sox". 2016 m. spalio 19 d. Francona's Indians nugalėjo Toronto Blue Jays ir perėjo į Pasaulio seriją.
"Indians" laimėjo 1-ąją rungtynes prieš "Chicago Cubs" 6-0, taip padidindamas savo pasaulio serijos rekordą iki 9-0. Jis pralaimėjo savo pirmąją Pasaulio serijos rungtynes, kai Indians buvo nugalėti Cubs 2 žaidime 5<unk>1. Indijonai laimėjo trečią žaidimą prieš Čikagos Kubus 1:0. Indijonai laimėjo ketvirtąją rungtynes prieš Čikagos "Cubs" 7 į 2 ir suteikė "Cleveland" 3 į 1 pranašumą. Indijonai nukentėtų prieš Kubus 3 prieš 2 penktame rungtynėse. Klivlendas pralaimėjo 6-ąją rungtynes 9-3 rezultatu, o 7-ąją pralaimėjo 8-7 per 10 rungtynių, todėl Francona pirmą kartą pralaimėjo pasaulines serijas. 2016 m. lapkričio 15 d. Francona buvo antrą kartą per savo karjerą pavadintas Amerikos lygos metų treneriu.