Kai Vokietija užpuolė Lenkiją ir pradėjo Antrąjį pasaulinį karą, "Einsatzgruppe I" įžengė į Bielsko-Białą 1939 m. rugsėjo pirmąją pusę kankinti, plėšti ir žudyti žydus. Per karą Bielsko-Biała buvo aneksuota ir okupuota.
Nacių Vokietija. 1939 m. vokiečiai suėmė keletą lenkų mokytojų ir mokyklos vadų, kurie buvo deportuoti į nacistines koncentracijos stovyklas ir ten nužudyti. Bielsko-Bjalyje vokiečiai valdė lenkų kalėjimą. Daugelis žydų buvo nužudyti netoliese esančioje Aušvico koncentracijos stovykloje. Iš beveik 8 tūkst. Bielsko-Biala žydų bendruomenės iš karo išgyveno mažiau nei 1000 žmonių. 1945 metais, kai nacių Vokietija buvo nugalėta, likęs vokiečių gyventojas pabėgo į vakarus arba buvo išvarytas. Miestas buvo polonizuotas ir palaipsniui apgyvendintas lenkų kolonistų.