1940 m. Besarabiją kartu su Šiaurės Bukovina ir Hertzos regionu galiausiai perėmė Sovietų Sąjunga
, po ultimatumo Rumunijos vyriausybei. Moldovos teritorijos buvo reorganizuotos: Pietų (Budžaka) ir Šiaurės Besarabija, taip pat Šiaurės Bukovina ir Hertza buvo priskirtos Ukrainos SSR, o likusi Besarabija ir šeši iš trylikto Moldovos ASSR rajono (pažįstami kaip Transnistrija nuo 1990-ųjų pradžios) buvo sujungti į naują Sovietų respubliką - Moldovos Sovietų Socialistinę Respubliką (Moldovos SSR). Rumunija trumpam susigrąžino teritorijas po to, kai prisijungė prie Ašies pajėgų invazijos į Sovietų Sąjungą, tačiau 1944 m. jas atgavo Sovietų armija, kuri taip pat žengė į Rumuniją.