1966 m. sausio mėn. jis tapo jauniausiu Nigerijos kariuomenės štabo viršininku, būdamas 31 metų, nes karinis perversmas
Nigerijos civilinės vyriausybės nuvertimas, įvykdytas komandos Chukwuma Kaduna Nzeogwu vadovaujamų jaunesnių pareigūnų grupės. Per šį perversmą buvo nužudyti daugiausia šiaurinių ir vakarinių lyderių, įskaitant Nigerijos premjerą serą Abubakarą Tafawa Balewa; serą Ahmadu Bello, Sokoto Sardauna ir Šiaurės regiono premjerą; ir Samuelą Akintola, Vakarų regiono premjerą, leitenantą pulkininką Arthurą Unegbe ir dar daugelį kitų. Tuo metu pulkininkas leitenantas Gowonas grįžo iš bendrojo štabo koledžo, Latimer, JK, dviem dienomis prieš perversmą - vėlyvas atvykimas, kuris galbūt atėmė jį iš sąmokslininkų sąrašo. Dvidešimtojo amžiaus pasaulio reikalų sėkmė nuo 1919 m. ir vėlesnis generolio majoro Džonsono Aguiyi-Ironsi (kuris buvo valstybės vadovas po 1966 m. Sausio perversmo) nesugebėjimas patenkinti Šiaurės reikalavimų dėl perversmo planuotojų persekiojimo dar labiau sudegino Šiaurės pyktį. Perversmų planuotojams buvo didelė parama tiek iš Rytų regiono, tiek iš daugiausia kairiųjų "Lagos-Ibadano" spaudos.