1999 m. lapkričio mėn. - 2001 m. lapkričio mėn. Jis buvo Nacionalinės saugumo tarybos (NSC) Tarptautinės grėsmės direktorius, atsakingas už JAV kovos su terorizmu politikos koordinavimą ir įgyvendinimą. Per šį laikotarpį jis vadovavo JAV vyriausybės atsakui į tūkstantmečio teroristinį įspėjimą, USS "Cole" atakas
ir rugsėjo 11-osios išpuoliai. NSC metu Cressey ragino imtis veiksmų prieš "al-Qaeda" ir Bin Ladeną, kurie iki 9/11 buvo iš esmės ignoruojami.