2016 m. buvo patvirtintas ir Fenati, ir Migno, o trečias dviratis buvo suteiktas Nicolò Bulega, tačiau Fenati buvo atleistas po dešimties lenktynių ir pakeistas Lorenzo Dalla Porta. 2016 m. sezoną Fenati pradėjo iš "pole" pozicijos Katare, tačiau lenktynėse jis pasiekė tik ketvirtą vietą. Argentinoje jis baigė 20-uoju, o Jungtinėse Valstijose - pirmą pergalę sezone. Jerez'e jis užėmė septintą vietą, o Le Man'e - antrą, tačiau pralaimėjo Brado Binderio 0,099 sekundėmis. "Fenati" kvalifikaciją pasiekė "Mugello" lenktynėse, tačiau lenktynių užbaigti nesugebėjo. Jis buvo ketvirtas tiek Katalonijoje, tiek Olandijoje
, prieš beprasmišką 18 poziciją Vokietijoje. Fenati buvo pašalintas iš "Sky Racing VR46" Austrijoje kaip drausminis veiksmas dėl nesutarimų su Uccio Salucci. Rugpjūčio 16 d. VR46 komanda nutraukė savo sutartį su Romano 2016 ir 2017 m. Sezonų, nurodydama elgesio problemas, kurios prieštarauja komandos politikai, kaip priežastį.