Einbekas buvo smarkiai nukentėjęs nuo ekonominių sunkumų po Pirmojo pasaulinio karo pabaigos, o nuo 1930 m. jo piliečiai nusilenkė prie nedemokratinių partijų. Per paskutinį laisvą balsavimą prieš Hitlerio įsijungimą į valdžią nacionalsocialistai (NSDAP) turėjo 40,9% Einbeko rinkėjų. 1938 metų lapkričio pogromo metu
NSDAP pasekėjai sudegino sinagogą. Iš 58 Einbeko žydų piliečių 21 emigravo už Vokietijos ribų, 32 buvo nužudyti arba mirė nuo ligų koncentracijos stovyklose, 3 nusižudė, o penkių nepavyko surasti. Prieš mėnesį prieš vokiečių kapitulaciją Einbeko miesto vadovas (be savo viršininkų leidimo) 1945 m. balandžio 9 d. atidavė miestą Jungtinių Valstijų kariuomenei. Tai padėjo Einbeck išgyventi karą fiziškai nepažeistas.