Nesta pradėjo kitą sezoną nugalėdamas savo buvusią komandą "Lazio" ir laimėjo 2004 m. Supercoppa Italiana
- Taip. 2005 m. Milanas taip pat pasiekė Čempionų lygos finalą, pralaimėjęs nuo "Liverpool" nuo baudos, o Serie A jie baigė už čempiono "Juventus". Nepaisant to, kad buvo antras tiek Serie A, tiek Čempionų lygoje, Nesta buvo išrinktas į 2005 m. FIFPro Pasaulio XI pirmą kartą per savo karjerą dėl savo pasirodymų.