Po atsigavimo d'Hautpoul buvo paskirtas Sambre-et-Meuse armijos sunkiosios kavalerijos vadu, vadovaujant generolui Paul Grenier. Po Neuwied'o jis buvo perkeltas į Anglijos armiją, kuriai vadovavo Lazare Hoche. Kai prancūzų direktorius atsisakė invazijos į Angliją idėjos, jis vėl buvo dislokuotas į vokiečių frontą, šį kartą kaip Dunojaus armijos dalis. Po prancūzų pralaimėjimo Ostrach mūšyje
, jo kavalerijos rezervas apsaugojo prancūzų atsitraukimą nuo Pfullendorfo. Po kelių dienų, nesugebėjęs laiku vadovauti Stockacho mūšyje, jis buvo nušalintas pagal armijos vado Jeano-Baptiste'o Jourdan'o, kuris kaltino d'Hautpoul'ą pralaimėjime, nurodymus. Strasbūre įvykdytas karo teismas d'Hautpoulą išteisino, tačiau 1799 m. liepos pabaigoje jis vėl pradėjo vykdyti savo pareigas, nes praleido svarbių veiksmų Pirmoje Ciricho mūšyje.