Niyonkuru debiutavo tarptautinėse varžybose 2005 m. IAAF pasaulio krepšinio čempionate. Jis varžėsi jaunimo vyrų lenktynėse ir užėmė 33 vietą iš 133 sportininkų per 25 minutes ir 32 sekundes. 2005 m. Jeux de la Francophonie Niyonkuru varžėsi 10 000 metrų lenktynėse. Niyonkuru baigė ketvirtą vietą per 29 minutes ir 18,08 sekundės, tik 0,03 sekundės nuo sidabro medalininko, marokiečio Abderrahim Goumri. 2006 m. Niyonkuru dalyvavo Pasaulio jaunimo čempionate. 10 000 metrų lenktynėse jis užėmė penktą vietą per 28 minutes ir 59,92 sekundes. Jis buvo 6,63 sekundės atsilikęs nuo lenktynių nugalėtojo Ibrahim Jeilan iš Etiopijos. 2007 m. Niyonkuru dalyvavo 2007 m. Pasaulio krosso čempionate.
Jaunimo vyrų lenktynėse. Jis baigė 13-uoju 24 minutės ir 56 sekundės. Jis baigė 49 sekundėmis po aukso medalininko iš Kenijos Asbelo Kipropo. 2009 m. Pasaulio karinių lenktynių čempionate Niyonkuru laimėjo sidabro medalį 10 000 metrų. Jo 29 minučių ir 37,14 sekundės laikas buvo 23,67 sekundės nuo aukso medalininko Essa Ismail Rashed iš Kataro. Niyonkuru buvo 4,97 sekundės anksčiau už tunisietį El Akhdar Hachani, kuris laimėjo bronzinį medalį. Niyonkuru laimėjo 2015 m. Auray-Vannes pusmaratoną per vieną valandą, tris minutes ir dvidešimt sekundžių. 2016 m. vasaros olimpinėse žaidynėse Niyonkuru varžėsi vyrų maratone 2016 m. rugpjūčio 21 d., tačiau lenktynių neužbaigė. 2017 m. Jis varžėsi vyrų maratone 2017 m. Pasaulio lengvosios atletikos čempionate, užimdamas 71-ąją vietą 2:42:27.