1882 m. fakultetas buvo padalintas į čekų ir vokiečių dalis, o gamtos mokslų fakultetas 1920-1939 m. tapo atskira institucija. 1939-aisiais mokyklą uždarė okupacinės nacių Vokietijos pajėgos, o po to mokytojai ir mokiniai buvo žiauriai persekiojami. Po okupacijos pabaigos 1945 m. Menų fakultetas keletą metų vėl klestėjo; jis buvo priverstinai nutrauktas 1948 m. Komunistų perversmo metu. Fakulteto prestižas sparčiai sumažėjo dėl daugybės gerbiamų mokytojų priverstinio išvykimo ir marksistinių-leninistinių studijų įvedimo. Šešiasdešimtajame dešimtmetyje fakultetas pamažu pradėjo atsiverti to meto žinomų mąstytojų, tačiau ši tendencija buvo pakeista 1968 m. Sovietų okupacijos, kuriai fakulteto studentas Janas Palachas protestuoja, padegdamas save. Po komunistinio režimo Čekoslovakijoje pabaigos
1989 m., kai fakulteto atstovai pasitraukė, universitetas buvo atkurtas kaip viena iš labiausiai vertinamų šalies universitetų.