Po išėjimo į pensiją Ishii 1999 m. tapo "Kashima Antlers" treneriu. Jis daugiausia dirbo fizinio trenerio pareigas. 2015 m. liepos mėn. buvo atleistas treneris Toninho Cerezo, o Ishii tapo nauju treneriu. Jis pirmą kartą po 21 metų tapo klubo vadovu Japonijoje po Masakatsu Miyamoto 1994 m. (išskyrus 1998 m. ir 1999 m. laikinojo vadovo Takashi Sekizuka). Spalio mėnesį klubas laimėjo 2015 m. J.League taurę. 2016 m. klubas laimėjo čempiono J1 lygą ir kvalifikuojasi į 2016 m. Pasaulio klubo taurę.
- Taip. Jis taip pat buvo išrinktas "J.League" metų vadybininku. Klubo pasaulio čempionate klubas tapo pirmąja Azijos komanda, pasiekusia klubo pasaulio čempionato finalą. Finale, kai po 90 minučių Europos čempionai "Real" susilaukė 2<unk>2 remiso, jie buvo nugalėti 4<unk>2 po papildomo laiko. 2017 m. klubo rezultatai buvo prasti, tačiau jis buvo atleistas 2017 m. gegužę.