1940 m. gegužę Weygandas buvo iškviestas į aktyvią tarnybą ir per vokiečių invaziją perėmė Prancūzijos armijos vadovybę. Po karinių nesėkmių serijos, Weigandas pataria nutraukti karą, o Prancūzija vėliau kapituliavo. Jis prisijungė prie Philippe Pétain Vichy režimo kaip gynybos ministras ir tarnavo iki 1940 m. rugsėjo, kai buvo paskirtas generaliniu delegatu prancūzų Šiaurės Afrikoje. Weygandas tik ribotą bendradarbiavimą su Vokietija ir buvo atleistas iš savo pareigų 1941 m. Lapkričio mėn. Hitlerio reikalavimu. Po
1942 m. lapkričio mėn. sąjungininkų įsiveržimas į Šiaurės Afriką. Vygandą vokiečiai suėmė ir įkalino Itter pilyje Austrijoje iki 1945 m. gegužės mėn. Grįžęs į Prancūziją, jis buvo laikomas bendradarbiaujančiu Val-de-Grâce, bet buvo paleistas 1946 m. ir 1948 m. išteisintas. Jis mirė 1965 m. sausio mėn. Paryžiuje, sulaukęs 98 metų.