Jamesas Conneris dalyvavo bombarduojant Fort Sumter kaip Pietų Karolinos milicijos vieneto Montgomerys gardijų kapitonas. Pilietinio karo pradžioje jis atsisakė būti Konfederacijos apygardos prokuroru. Vietoj to, jis tapo Hamptono legiono kapitonu ir kovojo Pirmojo Bulruno mūšyje (Pirmojo Manaso), laikinai vadovaudamas legionui po to, kai pulkininkas Veidas Hamptonas buvo sužeistas. 1861 m. liepos 21 d. Koneris buvo paskirtas Hamptono legiono majoru. Po Seven Pines mūšio
Peninsula kampanijos metu, jis vadovavo 22-am Šiaurės Karolinos savanorių pėstininkų pulkui. Per Septynių dienų mūšius, jo koją sulaužė šautuvo kulka per Gines Mill mūšį. Po dviejų mėnesių atsigavimo jis grįžo vadovauti savo pulkui Chancellorsville'io mūšyje ir Gettysburg'o mūšyje.