Čech pradėjo "Chelsea" pirmąją 2012-2013 m. sezono rungtynes, "Community Shield" prieš "Manchester City", tačiau nesugebėjo išlaikyti švarų lapą, nes "Chelsea" nukrito 3<unk>2 į Yaya Touré, Carlos Tevez ir Samir Nasri tikslus. Jis taip pat dalyvavo paskutiniame UEFA Superkarūne.
"Chelsea" pralaimėjo UEFA Europa lygos nugalėtoją "Atlético Madrid" 4-1. 2012 m. spalio mėn. Čechas gavo kapitono rankšluostę, nes "Chelsea" kapitonas Johnas Terry buvo pašalintas iš rungtynių ir uždraustas žaisti keturias rungtynes.