Parašykite šio straipsnio tęsinį - Po komunistų partijos žlugimo nuo valdžios
1989 m. Brontosaurus tapo nepriklausoma organizacija ir viduje restruktūrizuota. Organizacija nusprendė sutelkti dėmesį į laisvalaikio veiklą ir švietimą bei vengti įsitraukimo į politiką, kuri yra tokia populiari tarp kitų Čekijos aplinkosaugos grupių. 1992 m. grupė narių išėjo ir įkūrė nepriklausomą "Asociace Brontosaura" ("Association Brontosaurus"). 1996 m. konfliktas tarp dviejų Brontosaurus grupių beveik jį sulaužė; atskleidus, kad buvo įvykdytas klastojimas, situacija dar labiau pablogėjo. 1999-2000 m. rudenį konfliktas iš esmės buvo išspręstas, tačiau organizacija buvo finansiškai sunaikinta (buvo aptikta dar viena buvusio vadovo klastojimas). 2001 m. vyriausybė ėmėsi daugiau kaip 80% savo biudžeto.