1940 m. pagal Molotovo-Ribbentropo paktą Rumunija buvo priversta atsisakyti
dalį savo teritorijos į Sovietų Sąjungą, įskaitant Chișinău, kur buvo įkurta Moldovos SSR. Naujoji valdžia uždarė Kotsovskio institutą. Institutas vėl buvo atidarytas, kai po Antrojo pasaulinio karo Chișinău buvo užimtas Ašies pajėgų. Kotsovskis savo aktyvų mokslinį darbą tęsė ir per Antrąjį pasaulinį karą. Tuo metu savo darbus jis daugiausia skelbė Vokietijos ir Austrijos mokslo žurnaliuose.