Trečiasis Toni'o sezonas klube buvo mažiau sėkmingas, nes dėl sužalojimų ir susidūrimų su klubo vadovu Luigi Delneri jis stengėsi įgyti formą ir žaidimo laiką. Po to, kai "Verona" buvo išmesta iš 2015-16 Serie A sezono
2016 m. gegužės 4 d. Toni patvirtino, kad pasitraukia iš futbolo. Paskutinį savo karjeros tikslą jis įveikė per penalti iš penalti iš baigiamojo rungtynės, pergalėje 2:1 prieš "Juventus", ir vėliau taip pat pradėjo žaidimą, kuris lėmė antrąjį "Veronos" tikslą; tai buvo jo 23-asis pasirodymas ir šeštasis tikslas per sezoną. 85-oje minutėje buvo pakeistas akivaizdžiai emocingas Toni ir sulaukė gerbėjų ovacijų. Iš viso jis per tris sezonus Italijos aukščiausio lygos lygoje su Verona surengė 48 varžybas ligoje, 157 karjeros varžybas Serie A 344 varžybų varžybose ir 324 varžybas visose varžybose (659 varžybų ir 306 varžybų klubo lygiu, 47 varžybas ir 16 varžybų Italijos nacionalinėje komandoje). Toni paaiškino savo sprendimą atsistatydinti po rungtynių, nurodydamas, kad jis nežais paskutinėje "Veronos" sezonos rungtynėje, išvykusioje rungtynėje prieš savo buvusį klubą "Palermo", nes jis norėjo žaisti paskutinę savo karjeros rungtynes savo komandos namų stadione.