Nors Viljamo šalininkai dominavo vyriausybėje, Džeimsas turėjo daug pasekėjų, ypač aukštumose. Jo iniciatyva, kuri tapo žinoma kaip jakobizmas, iš lotynų kalbos (Jacobus) - Jokūbas, sukėlė daugybę sukilimų. Pradinį jakobitų karinį bandymą vadovavo Džonas Grehamas, dabar vikontas Dundee. Jo pajėgos, iš kurių beveik visi buvo kalnų gyventojai, nugalėjo Viljamo pajėgas Killiecrankie mūšyje
1689 m., bet jie patyrė didelių nuostolių ir Dundee buvo nužudytas mūšyje. Be jo vadovavimo Jakobitų armija netrukus buvo nugalėta Dunkeldos mūšyje. Pilnas Jokūbo pralaimėjimas Airijoje Williamo Augrimo mūšyje (1691 m.) užbaigė pirmąjį jakobitų karinių pastangų etapą. Po jakobitų pralaimėjimo 1692 m. Vasario 13 d. įvykusiame incidente, žinomame kaip Glencoe žudynė, 38 Glencoe MacDonaldų klano nariai buvo nužudyti Argyllų grafų pėstininkų pulko narių, kurie sutiko su jų svetingumu, nes jie nebuvo skubiai prisiekę ištikimybę naujiems monarchams.