1964-1966 m. buvo 1 žvalgybos eskadrono vadas. 1966 m. sausio mėn. - 1966 m. balandžio mėn. Babangida lankė jaunesnių pareigūnų kursą Karališkoje šarvuotojoje mokykloje Jungtinėje Karalystėje, kur jis gavo šaudymo ir Saladino šarvuotojo automobilio instrukcijas. Leitenantas Babangida buvo dislokuotas su 1 žvalgybos eskadrilė Kaduna, ir buvo liudininkas įvykių kruvinas
1966 m. perversmas, dėl kurio buvo nužudytas seras Ahmadu Bello. Kartu su keliais jaunomis Nigerijos šiaurės pareigūnėmis jis dalyvavo liepos mėn. Kontrapuče, kurį vadovavo Murtala Mohammed, kuris nušovė generolą Aguiyi Ironsi ir jį pakeitė generolas Yakubu Gowon.