1993 m. buvo pasiūlytas INSTRAW ir Jungtinių Tautų Moterų plėtros fondo (UNIFEM) susijungimas. Boutros Boutros-Ghali pasiūlė susijungimą kaip būdą racionalizuoti veiklą ir pagerinti organizacijų efektyvumą. Komitetai, prižiūrintys siūlomą susijungimą, nusprendė, kad INSTRAW ir UNIFEM patirs nuostolių, o asmenys Ketvirtoje pasaulinėje moterų konferencijoje 1995 m.
remti kiekvienos atskiros organizacijos skirtingus įgaliojimus. Vėliau atlikus tolesnius organizacijos vertinimus, taip pat nustatyta, kad svarbu išlaikyti INSTRAW nepriklausomumą, nes tai buvo vienintelė JT dalis, kuriai buvo įpareigota teikti mokslinius tyrimus ir mokymus moterims. 2003 m. Lotynų Amerikos ir Karibų šalių grupė (GRULAC) paprašė pakeisti INSTRAW, o patikėtinių taryba buvo pakeista į vykdomąją tarybą, kurioje yra valstybių narių paskirtų pareigūnų. 2003 m. nauja direktorė buvo Karmen Moreno. Šių siūlomų ir realių pakeitimų atlikimas paveikė INSTRAW darbo rezultatus.