Uždirbdamas politinę sąjungą su Empress Dowager ir tapdamas ilgalaikiu Guangxu imperatoriaus priešu, Yuan 1899 m. Paliko sostinę, kad būtų paskirtas Shandongo gubernatoriumi. Per jo trejų metų kadenciją prasidėjo boksininkų sukilimas (1899-1901); Juanas užtikrino boksininkų suvaržymą provincijoje, nors jo kariai neėmė aktyvaus vaidmens už Šandongo ribų. Yuanas, kartu su princu Qing, Li Hongzhang ir Ronglu, stojo į pro-užsienio frakcijos pusę Imperatoriaus rūmuose. Jis atsisakė stoti į boksininkų pusę ir užpulti aštuonių tautų aljanso pajėgas, prisijungęs prie kitų Kinijos gubernatorių, kurie vadovavo didelėms modernizuotoms armijoms, tokioms kaip Džangas Čidongas, nedalyvaujantis boksininkų sukilime. Jis ir Čangas ignoravo Imperatorės Cixi karą prieš užsienio valstybes ir toliau slopino boksininkus. Ši klieka buvo žinoma kaip "Versminei Pietryčių Kinijos apsaugai". Be to, kad Yuan ir jo kariuomenė (Dešinioji divizija) ne kovojo su aštuonių tautų aljansą ir slopino boksininkus Šandonge, jie taip pat padėjo aštuonių tautų aljansui slopinti boksininkus po to, kai aljansas užėmė Pekiną.
1900 m. rugpjūtį. Yuan Shikai pajėgos žudė dešimtis tūkstančių žmonių per savo kampaniją prieš boksininkus Žilyje. J. Yuanas veikė iš Baodingo kampanijos metu, kuri baigėsi 1902 metais.