1798 m. Barronas buvo paskirtas vadovauti ir dalyvavo Kvasi-karyje su Prancūzija. Pirmojo Barbarų karo metu
, jis vadovavo ir atleido Edward Preble netoli Tripolio. 1804 - 1805 m. žiemą Barronas kentėjo nuo skausmingos kepenų ligos, sukeltos geltonosios karštinės. Eskadrono pareigūnams Barono sveikata buvo nuolatinis susirūpinimas ir nusivylimas...ir 1804 m. Lapkričio pradžioje jis persikėlė į krantą - tačiau jis atsisakė atsisakyti komandos ir niekada nustojo tikėti, kad jis atsigaus.<unk> 1805 m. jis perdavė savo eskadrono vadovybę Džonui Rodžersui ir grįžo į Jungtines Valstijas dėl prastos sveikatos. Tada jam buvo paskirtas Gosporto laivų statyklos Virginijoje vadas. 1810 m. spalio 29 d. leitenantas Robertas Henlis pranešė Jūrų laivyno sekretoriui: "Turiu skausmingą pareigą pranešti jums apie komodoro Samuelo Barono mirtį. Atrodo, kad jis buvo sveikas, bet vakar vakarieniaujant Hamptone jam buvo užpultas apoplektinis priepuolis ir jis mirė apie 10 val. šįryt". Komodoras Barronas buvo palaidotas 45-aisiais Hemptone, Virdžinijoje.