Jis buvo 1 žvalgybos eskadrono vadas nuo 1964 iki 1966 metų. 1966 m. sausio mėn. - 1966 m. balandžio mėn. Babangida lankė jaunesnių pareigūnų kursą Karališkoje šarvuotojoje mokykloje Jungtinėje Karalystėje, kur jis gavo šaudymo ir Saladino šarvuotojo automobilio instrukcijas. Leitenantas Babangida buvo dislokuotas su 1-uoju žvalgybos eskadriu Kadunoje, ir buvo liudininkas kruvino 1966 metų perversmo įvykiams.
, kuris baigėsi ser Ahmadu Bello nužudymu. Kartu su keliais jaunomis Nigerijos šiaurės pareigūnėmis jis dalyvavo liepos mėn. Kontrapuče, kurį vadovavo Murtala Mohammed, kuris nušovė generolą Aguiyi Ironsi ir jį pakeitė generolas Yakubu Gowon.