Antimikrobiniai vaistai paprastai nenaudojami gastroenterito atveju, nors kartais rekomenduojami, jei simptomai yra ypač sunkūs arba jei įtariama, kad yra jautri bakterijų priežastis. Jei reikia naudoti antibiotikus, geriau naudoti makrolidą (pvz., azitromiciną) nei fluorochinoloną, nes rezistencija yra didesnė. Pseudomembraninis kolitas, paprastai atsirandantis dėl antibiotikų vartojimo, valdomas nutraukiant sukėlėjo gydymą ir gydant jį metronidazolu arba vankomicinu. Bakterijos ir protozojai, kurie gali būti gydomi, apima Salmonella typhi, Shigella typhi ir Giardia rūšis.
Pseudomembraninis kolitas