Kaip ir jo tėvas priešinosi JAV dalyvavimui Pirmajame pasauliniame kare, Phil La Follette, kaip ir dauguma kitų amerikiečių, griežtai priešinosi JAV dalyvavimui Antrajame pasauliniame kare. Pranešus apie karą, jis atsisakė priešintis ir įstojo į JAV armiją, tarnaudamas generolio Daglaso Makarturo štabo nariu. Vėliau jis vadovavo delegatams į 1948 m. Respublikonų nacionalinį kongresą.
palaikydamas Makartūro kandidatūrą į prezidentus.