Kingsley buvo ketvirtasis iš penkių kunigo Charles Kingsley ir jo žmonos Marijos vaikų. Jis gimė 1826 m. Vasario 14 d. Barnacke, Northamptonshire. Charlesas Kingslis ir rašytojas Henris Kingslis buvo jo broliai, o rašytoja Šarlotė Čanter buvo jo sesuo. Jis buvo išsilavinęs Londono Karaliaus koledžo mokykloje, Edinburgo universitete, kur jis baigė medicinos mokslą 1846 m., ir Paryžiuje, kur jis buvo šiek tiek sužeistas per
1848 m. barikadas. Vėliau 1848 m. jo aktyvumą kovojant su cholera protrūkiu Anglijoje minėjo jo brolis Čarlzas Tom Thurnalo portrete "Prieš dvejus metus".