Nuo to laiko Duanfangas užėmė Šanšo provincijos teisėjo, administracinės komisijos ir Šanšo gubernatoriaus agento pareigas. 1900-aisiais, kai Pekinas buvo užimtas aštuonių šalių aljanso pajėgų po Pekinos mūšio
, Imperatorė našlė Cixi ir Guangxu imperatorius pabėgo į Shaanxi. Duanfangas buvo perkeltas į naują Henano provincijos administracinį komisarą, o vėliau - į Hubejaus gubernatorių. 1902 m. Duanfangas tarnavo Liangjiang vicekaraliaus pareigas. Vėliau jis buvo perkeltas į naują Hunoano gubernatoriaus postą. Per savo pareigas jis skatino studentus studijuoti užsienyje, buvo žinomas kaip apšviestas žmogus, "patyręs užsienio ir vidaus reikalus".