2018 m. spalio mėn. buvo patvirtinta, kad Nakagami liks "LCR Honda" 2018 m. specifikacijos mašinoje 2019 m. MotoGP sezonui.
Šalia savo komandos bičiulio Kalo Kratčlo. Pirmoje sezono pusėje jis reguliariai pasiekė dešimtuką geriausių, tačiau sunki avarija Nyderlandų TT ir vėlesnė pečių trauma lėmė jo formos sumažėjimą. Jis nusprendė priešlaikiniai baigti sezoną po savo namų Grand Prix, kad būtų atlikta operacija, skirta jo pažeistam pečiui atkurti ir atsigauti iki 2020 metų sezono. Paskutiniais trimis raundais jį pakeitė KTM ištremtas Johann Zarco. Nakagami baigė sezoną 13-oje pozicijoje su 74 taškais, daugiau nei dvigubai daugiau nei sezono pradžioje.