Paskutinis mongolų chanas buvo Ligdenas chanas XVII a. pradžioje. Jis susidūrė su mančūjais dėl Kinijos miestų plėšikavimo ir taip pat atsiskyrė nuo daugelio mongolų genčių. Jis mirė 1634 metais. Iki 1636 metų dauguma vidinės Mongolijos genčių pasidavė mančūams, kurie įkūrė Čingų dinastiją. Galų gale 1691 m. kalkai pasidavė Čingų valdžiai, todėl visa dabartinė Mongolija tapo Mandžūų valdžia. Po kelių Dzungar<unk>Qing karų
, džungarai (vakarietiški mongolai arba oiratai) buvo beveik sunaikinti Čingų užkariaujant Džungariją 1757-1758 metais.