1810 m. Bojenas tapo karo kabineto direktoriumi. Prūsijos kariuomenės atkūrimo metu jis buvo uoliiausias Šarnhorsto padėjėjas, tačiau po Prūsijos ir Prancūzijos sąjungos 1812 m. Jis atsistatydino nuo savo pulkininko pareigų ir aplankė Vieną ir Sankt Peterburgą. 1813 m. įvykiai jį priminė į Prūsijos tarnybą: kaip pulkininkas jis lydėjo rusų armiją iš jos bazės Kalisze į Saksoniją. Po Lutzeno mūšio
1813 m. gegužės 2 d. jis buvo atsakingas už sienos sargybą ir galiausiai už Berlyno gynybą. Tačiau per paliaubas karalius Frydrichas Vilhelmas III paskyrė jį 3-ojo armijos korpuso generalinio štabo viršininku. Bojenas dalyvavo 1813 ir 1814 m. mūšiuose ir susirėmimuose ir buvo paaukštintas į generolo majoro rangą.