FK Vardar ir FK Rabotnički yra dvi populiariausios futbolo komandos, žaidžiančios pirmojoje nacionalinėje lygoje. Jų rungtynės vyksta "Philip II Arena", kaip ir nacionalinės komandos. Mieste taip pat yra daug mažesnių futbolo klubų, tokių kaip: FK Makedonija Gjorče Petrov, FK Gorno Lisiče, FK Lokomotiva Skopje, FK Metalurg Skopje, FK Madžari Solidarnost ir FK Skopje, kurie žaidžia pirmoje, antroje ar trečioje nacionalinėje lygoje. Kita populiari Šiaurės Makedonijos sporto šaka yra krepšinis, kurį ypač atstovauja komandos "MZT Skopje" ir "Rabotnički". Rankininkystę iliustruoja RK Vardar PRO ir RK Metalurg Skopje, taip pat moterų komanda ŽRK Metalurg ir ŽRK Vardar. Miestas kartu su Ohridu surengė 2008 m. Europos moterų rankinio krepšinio čempionatą ir 2017 m. UEFA Super taurę.
, dviejų Europos futbolo milžinių - " Real Madrid " ir " Manchester United " - rungtynes