1978 m. gruodį, kai į Kambodžą įsiveržė Vietnamo armija, vėl prasidėjo karas.
nuversti Raudonųjų Khmerų valdžią. Raudonųjų khmerų kariai pasitraukė į pasienio vietoves. Sausio mėnesį vietnamiečiai, kaip pranešama, užpuolė Raudonųjų khmerų karius, apsistojusį šventykloje, tačiau nebuvo pranešimų apie jos sugadinimus. Po invazijos į Tailandą atvyko daugybė pabėgėlių iš Kambodžos. Kambodžoje partizaninis karas tęsėsi per 1980-uosius ir 1990-uosius, trukdydamas patekti į Preah Vihear. 1992 m. šventykla trumpai buvo atverta visuomenei, o kitais metais ją vėl užėmė raudonųjų khmerų kovotojai. 1998 m. gruodį šventykloje vyko derybos, per kurias keli šimtai Raudonųjų khmerų karių, kurie, kaip sakoma, buvo paskutinė svarbi partizanų judėjimo jėga, sutiko pasiduoti Phnom Penh vyriausybei.