Jis buvo nuverstas ir nužudytas per karinį perversmą 1966 m. Sausio 15 d.
, kaip ir daugelis kitų lyderių, įskaitant jo seną draugą serą Ahmadu Bello. Jo mirties aplinkybės vis dar neišsprendžiamos. Jo kūnas buvo rastas kelio krašte netoli Lagoso šešias dienas po to, kai jis buvo pašalintas iš pareigų. Balewa buvo palaidotas Bauči. Žinia apie jo nužudymą sukėlė smurtinius riaušes visoje Šiaurės Nigerijoje ir galiausiai paskatino kruviną 1966 m. Liepos perversmą.