Neilas buvo paaukštintas į pulkininko leitenantą, dalyvaudamas Bexaro apgultyje, o po 10 dienų Hjustonas paskyrė jį vadovauti Teksaso garnizonui mieste. Sausio mėn. gyventojai pradėjo evakuotis prieš artėjančias Santa Anos pajėgas. Neilas prašė Hjustono suteikti karių, atsargų ir ginklų. Texianiečių, kurie prisijungė prie Matamoros ekspedicijos, išvykimas paliko Neilį tik su maždaug 100 vyrų. Tuo metu Hjustonas Béxarą laikė karine grėsme ir nenorėjo, kad Santa Anos kariuomenė galėtų kontroliuoti likusius karius ar artileriją. Jis išsiuntė Bowie su instrukcijomis pašalinti artileriją, kad gynėjai atsisakytų Alamo misijos
ir sunaikinti jį. Atvykęs sausio 19 d. ir po diskusijų su Neilu, Bowie nusprendė, kad misija yra tinkama vieta sustabdyti Meksikos kariuomenę. Jis liko ir pradėjo padėti Neilui pasiruošti artėjančiam puolimui. Leitenantas pulkininkas Williamas B. Travisas atvyko su pastiprinimais vasario 3 dieną. Kai Neilui vasario 11 d. buvo suteikta atostogų dėl šeimos reikalų, Travisas perėmė misijos vadovybę, o po trijų dienų jis ir Bowie susitarė dėl bendros komandos. Santa Anna perėjo Rio Grande vasario 16 dieną, o Meksikos kariuomenė pradėjo puolimą Alamo vasario 23 dieną. Kapitonas Juanas Seguinas paliko misiją vasario 25 dieną, nešdamas laišką iš Traviso Fannino į Goliadą, prašydamas daugiau pastiprinimo. Santa Anna pasiūlė amnestiją Tejanams tvirtovėje; išgyvenęs ne kovotojas, Enrique Esparza, sakė, kad dauguma Tejanų išvyko, kai Bowie patarė jiems priimti pasiūlymą. Atsakydami į Traviso vasario 24 d. laišką Teksaso žmonėms, 32 milicijos savanoriai suformavo Gonzales Ranging Company of Mounted Volunteers ir vasario 29 d. atvyko į Alamo.