Po Austrijos archiduke Ernesto mirties 1595 m. Albertas buvo išsiųstas į Briuselį, kad pakeistų vyresnįjį brolį Habsburgų Nyderlandų generaliniu gubernatoriumi. 1596 m. vasario 11 d. jis įžengė į Briuselį. Pirmasis jo prioritetas buvo atkurti Ispanijos karinę poziciją Nyderlanduose. Ispanija kovojo su jungtomis Nyderlandų Respublikos, Anglijos ir Prancūzijos pajėgomis ir nuo 1590 metų patyrė tik pralaimėjimus. Per pirmąjį savo kampanijos sezoną Albertas nustebino savo priešus užimdamas Kalają ir netoliese esantį Ardresą iš prancūzų, o Hulstą iš olandų. Tačiau šių sėkmės buvo kompensuotos trečiaisiais Ispanijos karūnos bankrotu tais pačiais metais. Dėl to 1597 metais įvyko daug karinių nelaimių. Oranžiečių valdovas Morikas užėmė paskutines Ispanijos tvirtoves, kurios liko į šiaurę nuo didžiųjų upių, taip pat strateginį Rheinbergo miestą Kelno rinktinėje. Tarp 1597 m. gegužės 13 d. ir rugsėjo 25 d. ispanai, kurie kovo mėnesį išsiuntė didelę armiją, lengvai užėmė Amiens miestą. Galiausiai ispanų armija Flandrijoje prarado Amiensą.
Tuo pačiu metų rugsėjį jis buvo perduotas Prancūzijos karaliui Henrikui IV, nepaisant beviltiškų pastangų, kad Albertas ir Ernst von Mansfeldas atlaisvintų vietą. Kadangi neturėjo daugiau pinigų kariams mokėti, Albertas taip pat susidūrė su maištininkų serija.