2008 m. birželio 2 d. "Inter" savo oficialioje svetainėje paskelbė paskyręs buvusį "Porto" ir "Chelsea" vadovą José Mourinho naujuoju vyriausiuoju treneriu, o jo padėjėju tapo Giuseppe Baresi. Tai padarė Mourinho vieninteliu užsienio trenerį Italijoje 2008-09 sezonui. 2008 m. vasaros perdavimo metu Mourinho į komandą įtraukė tik tris naujus žaidėjus: Mancini, Sulley Muntari ir Ricardo Quaresma. Pirmuoju Mourinho sezonu kaip "Inter" trenerio "Nerazzurri" laimėjo Italijos Superkupą
ir ketvirtą iš eilės titulą, tačiau taip pat buvo pašalintas iš Čempionų lygos pirmojo nokauto etapo trečią kartą iš eilės, pralaimėjęs "Manchester United". Ketvirtą kartą iš eilės laimėjęs lygos titulą, "Inter" prisijungė prie "Torino" ir "Juventus" kaip vienintelės komandos, kuri tai padarė ir pirmoji, kuri pasiekė šį pasiekimą per pastaruosius 60 metų.