Nuo 1170 m. Goryeo valdžią de facto kontroliavo galingų karių šeimų, ypač Choe šeimos, karinė diktatūra, panaši į "šogunatą". Karinio valdymo metu Goryeo pasipriešino mongolų imperijos invazijai.
beveik 30 metų, kol 1258 m. Chė šeimos vadovas buvo nužudytas priešiškų teismo narių, po to valdžia buvo atkurta monarchijai ir buvo sudarytos taikos su mongolais; tačiau valdžios varžybos teisme tęsėsi, o karinė valdžia baigėsi tik 1270 m. Nuo to momento Goryeo tapo pusiau autonomine mongolų vadovaujamos Juano dinastijos "sūnaus tauta" per karališką santuoką ir kraujo ryšius. Nepriklausomybė buvo atgauta Gongmin valdymo metu 14 a. viduryje, o vėliau generoliai Choe Yeong ir Yi Seong-gye tapo žinomi pergalėmis prieš įsiveržiančias Raudonųjų Turbanų armijas iš šiaurės ir Wokou plėšikus iš pietų. 1388 m. Yi Seong-gye buvo pasiųstas į Mingų dinastiją prie Liaodongo, bet jis pasuko savo pajėgas ir nugalėjo Choe Yeong per "vyriausybinį perversmą"; 1392 m. Jis pakeitė Goryeo nauju Joseono valstybe, užbaigdamas 474 metų Goryeo valdymą Korėjos pusiasalyje.