2013 m. sausio 31 d. Kovačičius pritarė perėjimui į "Inter Milan". Buvo atskleista, kad sandoris buvo vertas 15 mln. eurų, iš kurių 11 mln. eurų buvo sumokėti nedelsiant ir 4 mln. eurų, kai "Inter" kvalifikuojasi į UEFA Čempionų lygą. Atvykęs į klubą Kovačičičičiui buvo suteiktas numeris 10, kurį anksčiau dėvėjo Wesley Sneijderis.
Interas