Kalniete gimė Togure, Kolpaševskio rajone, Tomsko provincijoje, Sibire, Rusijoje, kur jos šeima buvo deportuota iš Latvijos sovietų slaptosios policijos okupacijos metu Sovietų Sąjungai. Jos motina Ligita Kalniete (gimė Dreifelde, 1926-2006) 1941 m. buvo deportuota kartu su motina ir tėvu.
, po to Ligita grįžo 1948 m., tik kad vėl būtų deportuota 1949 m. Jos tėvas Aivarsas Kalnietis (gimęs 1931 m.) taip pat buvo deportuotas kartu su savo motina 1949 m. Tėvynę ji matė tik būdama penkerių metų, kai šeimai buvo leista sugrįžti 1957.