Po to, kai buvo perkelta į kelis aukštesnius pareigas ( 1999 m. į nacionalinio saugumo direktoriaus pavaduotoją ir 2000 m. pradžioje į FTB Niujorko biuro vadovą), O'Neilas džiaugėsi, kad buvo paskirtas FTB tyrimo dėl USS "Cole" sprogdinimo komanderiu
2000 m. spalio mėn. Tačiau atvykęs į Jemeną jis skundėsi dėl nepakankamo saugumo. Kai jo komanda tyrinėjo, O'Neilas susidūrė su Barbara Bodine, JAV ambasadore Jemene. Abu turėjo labai skirtingas nuomones apie tai, kaip elgtis su Jemeno turto paieškomis ir interviu su piliečiais bei vyriausybės pareigūnais, ir jie tik dar labiau išsiskyrė laikui bėgant.