1939 m. Varšuvos bažnyčios stogas buvo smarkiai pažeistas oro atakos metu
1944 m. Varšuvos sukilimo metu buvo sudegintas, bet greitai buvo atstatytas. 1949 m. sienos buvo pakenktos WZ kelio kasimo metu ir turėjo būti greitai sustiprintos. Visų elementų restauravimas buvo atliktas nuo 1940-70 m.