Perignon vėliau įsitraukė į kontrabandos reikalus ir buvo pažeistas jaunos moters, kuri buvo rojalistų šnipas. 1798 m. jis buvo atšauktas ir grąžintas į armiją Ligurijoje, kur jam buvo paskirtas vadovauti kairiam sparniui. Sužeistas ir suimtas Antrojo koalicijos armijų Novi mūšyje
1800 m. grįžo į Prancūziją.