Jis grįžo į Angliją 1642 m. ir trumpą laiką tarnavo parlamentinėje armijoje, kur vadovavo savo sergančio tėvo žirgų būriui. 1643 m. Balandžio mėn., po tėvo mirties, jis dezertuoja pas karalių Oksforde. Dabar Peterborough grafas, jis prisijungė prie kavalierių ir kovojo Bristolio, Gloucesterio ir Newbury mūšiuose
1643 metais. Niuberio mūšyje jis buvo sužeistas rankoje ir šlaunies, o jo žirgas buvo nušautas po juo. 1644 m. jis vadovavo pulkui, kuris buvo surinktas savo lėšomis, o kitą vasarą ir žiemą jis tarnavo vakaruose, Cropredy tilte ir Lostwithiel. Apie 1644 m. gruodį jis vedė ledi Penelopę O'Brien (vienintelę penktosios Thomond grafo dukrą) ir jie susilaukė dviejų dukrų. Jis buvo Prancūzijoje per vėlesnius kovos etapus. 1646 m. jis grįžo į Angliją ir pradėjo kurti savo turtą. 1647 m. vasarą, kai Karalius I perėjo per Ampthilį į Hampton Court, jis buvo privačiai apklausytas, ir tai paskatino jį padaryti paskutinę pastangą karaliaus naudai. 1648 m. liepos mėn. jis sujungė George'ą Villiers'ą, 2-ąjį Bakingemo kunigaikštį ir Henrį Richą, 1-ąjį Olandijos grafitą, pakelti karališkąjį standartą Dorking. Planas buvo užimti Reigate, tačiau tai buvo sutrukdyta, sukilėliai buvo sugrąžinti į Kingstoną, o galiausiai parlamentinės pajėgos išsibarstė Harrow rajone (liepos 7 d.). Mordauntas buvo sunkiai sužeistas, bet pabėgo į Antverpeną, o kitais metais grįžo į Angliją ir susirinko savo turtus (1649 m. gegužės mėn.).