Protestantizmas Alžyre buvo nuo Prancūzijos valdymo Alžyre pradžios. Pirmasis reformatų bažnyčių sinodas įvyko 1843 m., o prancūzų metodistai apie 1883 m. pradėjo misijų darbą Bejaijoje. 1914 metais Alžyre buvo gerai įsitvirtinę ir Amerikos metodistų misionieriai. Po trauminio
Po Alžyro nepriklausomybės, daugelis vietos krikščionių pabėgo iš šalies, o 1970 m. misijų valdomos mokyklos ir nuosavybė buvo nacionalizuotos.