Devyniolikmetis Sylvesteris Bonnaffonas jaunesnysis 1861 m. gruodžio 14 d. įstojo į karinę tarnybą Filadelfijoje, Pensilvanijoje, ir tą pačią dieną buvo įdarbintas į I kompaniją 99-ojo Pensilvanijos savanorių pėstininkų pulko. 1862 m. balandžio 1 d. jis buvo paaukštintas į kopralą, o po mėnesio (gegužės 1 d.) - į seržanto laipsnį. Tų pačių metų rugpjūčio 1 d. jis buvo paskirtas antruoju leitenantu, vėliau su savo pulku dalyvavo keliose intensyviausiose Amerikos pilietinio karo akcijose kaip Sąjungos Potomaco armijos dalis, įskaitant 1862 m. Antrąjį Bulruno mūšį (rugpjūčio 28-30 d.) ir Chantilly mūšius.
1863 m. Kanclerso Vilės mūšiai (balandžio 1 d. ir Fredericksburgo mūšiai (gruodžio 11-15 d.)); 1863 m. Kanclerso Vilės mūšiai (balandžio 30 d. - gegužės 6 d.), Getisburgo mūšiai (liepos 1 d. - 3 d.) ir Wapping Heights mūšiai (liepos 23 d.), Bristoe mūšiai ir pirmoji Auburn mūšis ( spalio 13 d.) ir antroji Rappahannock stoties mūšis ( lapkričio 7 d.) ir Mine Run mūšiai ( lapkričio 27 d. - gruodžio 2 d.); ir 1864 m. Lauko mūšiai (gruodžio 5 d.), Spottsylvania teismo rūmai (gruodžio 8-21 d.), Anna North (gruodžio 23-26 d.) ir Cold Harbor (gruodžio 31 d.). 1864 m. liepos 27-29 d. ir rugpjūčio 14-20 d. vykusiose Pietroburgo apgultyje, įskaitant Pirmąjį ir Antrąjį giliojo dugno mūšius, jis vėl buvo paaukštintas ir rugsėjo 27 d. tapo pirmuoju leitenantu.