1811 m., po to, kai Napoleono karo metu Prancūzija aneksavo Olandijos karalystę, Rafflesas neturėjo kito pasirinkimo, kaip palikti šalį. Jis pradėjo karinę ekspediciją.
prieš olandus ir prancūzus Javoje, Olandijos Rytų Indijoje. Karą greitai pradėjo admirolis Robertas Stopfordas, generolas Frederikas Augustas Wetheralas ir pulkininkas Robertas Rollo Gillespie, vadovavęs gerai organizuotai armijai prieš priešininkų armiją, kurią sudarė daugiausia prancūzų šaukinių, neturėjusių tinkamo vadovavimo.