Kai kurie pirmieji Mohammed V ryšiai su nacionalistais vyko per krizę, sukeltą dėl vadinamojo "berberų Dahiro". Tarp kitų dalykų, tuo metu sultonas priėmė delegaciją iš Fezo, kuri pateikė skundų dėl naujos Prancūzijos politikos sąrašą, ir aptarė su Allal al-Fassi, kur jis, matyt, išreiškė, kad jis buvo klaidingas dėl Prancūzijos rezidencijos, kai jį pasirašė, ir pažadėjo daugiau neperleisti savo šalies teisių. Sultonas susilaikė nuo atviros asociacijos su nacionalistiniu judėjimu 1930-aisiais, tačiau vis dėlto priešinosi Prancūzijos bandymams per karo tarpus pakeisti protektorato sąlygas. 1939 m., Antrojo pasaulinio karo pradžioje, jis dar kartą patvirtino Maroko ištikimybę Prancūzijai. Tačiau po Prancūzijos žlugimo vokiečiams ir Vichy režimo įkūrimo sultonas vis dažniau nustatė savo kursą, sėkmingai stengdamasis įgyvendinti kai kurias su švietimu susijusias reformų iniciatyvas, net kai Vichy režimas paskatino jį keliauti į užsienio šalis, kad sustiprintų savo ir kolonijinės sistemos legitimumą. 1942 metais sąjungininkai išsilaipino ant Maroko Atlanto pakrantės.
kaip dalį jų invazijos į Šiaurės Afriką prieš Ašies okupaciją. Šis reikšmingas pokytis taip pat suteikė sultonui daugiau politinės manevravimo erdvės, o 1943 m. Anfos konferencijoje, kurioje dalyvavo sąjungininkų lyderiai, Mohammed V vieną kartą liko vienas su prezidentu Rooseveltu, kuris po karo išreiškė paramą Maroko nepriklausomumui. Susitikimas buvo pirmasis sultono susitikimas su kitu valstybės vadovu be Prancūzijos pareigūnų tarpininkavimo. Tais pačiais metais rudenį sultonas skatino oficialią Istiqlal ("Nepriklausomybės") partiją ir Nepriklausomybės manifestą, kuriame reikalaujama konstitucinės monarchijos su demokratinėmis institucijomis.