Malarijos terminas kilęs iš viduramžių italų kalbos: mala aria "blogas oras"; ši liga anksčiau buvo vadinama malerija arba pelkės karščiavimas dėl jos ryšio su pelkėmis ir pelkėmis. Terminas pirmą kartą pasirodė anglų literatūroje apie 1829 m. Malarija kadaise buvo paplitusi daugelyje Europos ir Šiaurės Amerikos, kur ji jau nėra endeminė, nors yra importuotų atvejų. Moksliniai tyrimai apie maliariją padarė savo pirmąjį reikšmingą pažangą 1880 m., kai Charles Louis Alphonse Laveran, prancūzų armijos gydytojas, dirbantis Konstantino karinėje ligoninėje Alžyre, pirmą kartą pastebėjo parazitus užkrėstų žmonių raudonųjų kraujo ląstelių viduje. Todėl jis pasiūlė, kad maliariją sukelia šis organizmas, pirmą kartą protistas buvo nustatytas kaip ligos sukėlėjas. Dėl šio ligos ir vėlesnių atradimų jis buvo apdovanotas Nobelio premija fizikos ar medicinos srityje.
"blogas oras