Nikeforas gimė 1002 m. Michaelio Botaneiatų ir jo žmonos, Botaneiatų šeimos narių, žymios karinės šeimos iš Anatolijos temos. Pasak Ataleiato, Nikeforoso senelis Nikeforas ir tėvas Michaelis abu tarnavo kaip vadai Bazilio II (Vasilijus II) karinėse kampanijose prieš gruzinus ir jo užkariaujant Bulgariją.
"Attaleiates" yra vienintelis šaltinis, kuriame pateikiama ši informacija. Attaleiates taip pat teigia, kad Botaniati šeima buvo susijusi su Bizantijos imperatoriumi Nikeforu II Phocas ir Phocas šeima. Tai beveik neabejotinai panaudojo Nikeforas, kad savo vėlesniam valdymui suteiktų teisėtumo, ir tai patvirtina Psellos, kuris Nikeforą III vadina "Fokasu" savo Bizantijos imperatoriaus Michelo VII Dukaso laiško jam reprodukcijoje. Nežinoma, kada Nikeforas vedė Vevdene, bet vėliau vedė Mariją iš Alanijos, buvusią Michaliaus VII žmoną. Atrodo, kad jis turėjo bent vieną vaiką su Vevdene, nes Anna Komnene paminėja jo anūką "Alexiadoje". Apie Nikeforoso gyvenimą iki 1053 m. mažai kas žinoma, išskyrus tai, kad jis tarnavo imperatoriaus Konstantino IX Monomachos vadu Pečėnų maišto metu (1048-1053).