Waddell tęsė karinę tarnybą Indijos medicinos tarnyboje. Jis buvo Kinijoje boksininkų sukilimo metu (1898-1901 m.), įskaitant Pekino reliefinę.
1900 m. rugpjūčio mėn. Jis buvo paminėtas pranešimuose, gavo Kinijos karo medalį (1900) su speneliu ir 1901 m. Buvo paskirtas Indijos imperijos ordino kompanionu (CIE). 1901 m. pabaigoje jis persikėlė į Šiaurės-Vakarų pasienio provinciją ir dalyvavo Mahsud-Waziri blokadoje, 1901-1902. 1902 m. jis buvo Malakande ir dalyvavo Tibeto misijoje į Lhasą 1903-1904 m., už kurią jis vėl buvo paminėtas pranešimuose, gavo medalią su speneliu ir buvo paskirtas Bath ordino kompanionu (CB). Tada Waddell grįžo į Angliją, kur trumpai tapo Tibeto profesoriumi Londono universiteto koledže (1906-1908).