Pirmuosius Pilietinio karo metus šiaurinėse barakuose buvo konfederatų kariai, laikomi karo belaisviais, laukdami perdavimo į kitus Sąjungos kalėjimus, tokius kaip Džonsono stovykla Ohajuje, Fort Delaveras ar Fortas Vorenas Bostono uoste. Fort Columbus ir Castle Williams taip pat tarnavo kaip laikinas karo belaisvių stovyklas ir konfederatų belaisvių kalėjimo ligoninė karo metu. Generolas majorius William H. C. Whiting (CSA) 1865 m. vasario mėn. mirė nuo dizenterijos po to, kai jis pasidavė Fort Fisher mūšyje.
Šiaurės Karolinoje. Jis buvo aukščiausio rango Konfederacijos karininkas, kuris mirė kaip karo belaisvis.