Kai 1989 m. po Sacharovo mirties, praėjus dvejiems metams po Sovietų Sąjungos žlugimo, Bonner tęsė savo žmogaus teisių ir politinę veiklą. Iš pradžių ji rėmė prezidento Boriso Jelcino vyriausybę ir tarnavo jo valstybės žmogaus teisių komisijoje, tačiau tapo kritine jo vyriausybei karo pradžioje Čečėnijoje metu.
- Taip. Ji taip pat kritikavo Jelteno įpėdinį Vladimyrą Putiną ir 2010 m. Kovo mėn. buvo pirmoji, pasirašusi peticiją prieš jį.