1939 m. rugsėjį, per bendrą Vokietijos ir Sovietų Sąjungos invaziją į Lenkiją, kuri pradėjo Antrąjį pasaulinį karą, Puławy buvo užgrobta Vermachto, o vėliau okupuota Vokietijos
- Taip. Aplink Puławy buvo trys vokiečių koncentracijos stovyklos. 1940 m. vokiečiai surengė masinius Lenkijos inteligentijos sulaikymus, kurie buvo įkalinti Lubline, o vėliau dažnai deportuojami į koncentracijos stovyklas arba nužudyti Ruryje, Lubline. Okupacijos metu Lenkijos poetė Krystyna Krahelska gyveno mieste 1940-1942 m. ir buvo Lenkijos požeminio pasipriešinimo judėjimo dalis. Ji geriausiai žinoma kaip populiariausios Lenkijos pasipriešinimo judėjimo dainos ("Hej chłopcy, bagnet na broń") autore, kurios premjera įvyko 1943 m. Varšuvoje, kur ji žuvo 1944 m. Varšuvos sukilime. Mieste gyveno apie 3600 žydų, kurie iš pradžių buvo įkalinti geto, o vėliau nužudyti Sobiboro stovykloje. Žydų populiacija nebeegzistavo ir niekada nebuvo atkurta. Miestas liko vokiečių okupuotas iki 1944 m. liepos 25 d., kai jį išlaisvino Vietos armija ir Raudonoji armija.