1775 m. gegužės 5 d. Franklinas atvyko į Filadelfiją po savo antrosios misijos į Didžiąją Britaniją, kai prasidėjo Amerikos revoliucija, kol kolonialai ir britai kovojo Leksingtone ir Konkordėje. Naujosios Anglijos milicija įstrigė pagrindinę britų armiją Bostone. Pensilvanijos Asamblėja vienbalsiai pasirinko Frankliną kaip savo delegatą į Antrąjį Kontinentalinį Kongresą. 1776 m. Birželio mėn. Jis buvo paskirtas penkerių komiteto, parengusio Nepriklausomybės deklaraciją, nariu. Nors jis buvo laikinai neįgalus dėl podagros ir negalėjo dalyvauti daugumoje komiteto posėdžių, Franklinas padarė keletą "mažų, bet svarbių" pakeitimų projekto, kurį jam atsiuntė Tomas Jeffersonas.
Bostonas