CBSA buvo įkurta 2003 m. gruodžio 12 d. Tarybos nutartimi, sujungusi Kanados muitinės (nuo dabar nebėra Kanados muitinės ir pajamų agentūros) su Kanados pilietybės ir imigracijos departamento (CIC) ir Kanados maisto inspekcijos agentūros (CFIA) pasienio ir vykdymo užtikrinimo darbuotojais. Agentūros sukūrimas buvo oficialiai patvirtintas Kanados sienos tarnybų agentūros įstatymu, kuris 2005 m. lapkričio 3 d. gavo karališkąjį pritarimą.
2003 m. gruodžio 12 d.