Bet kokiu atveju, "Zafiro" 1898 m. Balandžio mėn. Išvyko iš Honkongo su Dewey eskadronu ir tarnavo kaip anglies ir tiekimo laivas per Manilos įlankos mūšį ir vėlesnę Filipinų kampaniją. Kadangi nėra dokumentų, apimančių jos veiklą 1898 m. ir 1899 m. pirmąją pusę, negalima išsamiai aprašyti to laikotarpio. Tikėtina, kad jis plaukiojo Filipinių salų vandenimis, veždamas karius, atsargas ir siuntinius iš vienos salų grupės į kitą. Žinoma, kad jis vykdė tokias misijas nuo 1899 m. liepos iki 1904 m. birželio. Tie judėjimai, kurie remia Jungtinių Valstijų kariuomenės spaudimą Filipinų sukilimui
Ir kampanijos prieš musulmonišką Moro gentį, atvedė ją į daugybę egzotiškų vietų, ir į salų ilgį ir plotį.