Toliau rašykite šią pastraipą - Prezidentas Williamas J. Clinton administracija vėliau dirbo Sudano izoliacijai. 1990 m. viduryje jis pradėjo spaudimo prieš Chartumą politiką, padedamas Ugandos, Etiopijos ir Eritrėjos. Didėjantis nepasitenkinimas Sudano politika ir teroristų grėsmės informacija, nukreipta į amerikiečius Sudane, dauguma kurių pasirodė esantys klaidingi, paskatino Jungtines Valstijas 1996 metų pavasarį perkelti visus amerikiečius iš ambasados Kartume į JAV ambasadą Nairobyje. Ambasada Chartume išliko atvira, tačiau ją aptarnavo sudaniečiai ir retkarčiais atvykstantys amerikiečiai iš Kenijos. Sudano valdžia 1996 m. gegužės mėn. Jungtinių Valstijų raginimu privertė Osamą bin Ladeną palikti šalį, tačiau Vašingtonas nesilaikė šio žingsnio ir nesistengė pagerinti santykių su Sudanu. Santykiai žlugo 1998 m. rugpjūtį, praėjus kelioms dienoms po Amerikos ambasadų sprogdinimo
Dar es Salaame, Tanzanijoje, ir Nairobyje, Kenijoje, kai JAV karinio jūrų laivyno laivas paleido kryžmines raketas prieš vaistų gamyklą Chartume dėl abejotinos priežasties, kad ji buvo susijusi su cheminių ginklų gamyba.