Po karo pabaigos Hirszfeldas su žmona grįžo į Varšuvą, kur įkūrė serumo institutą pagal Frankfurto Ehrlicho eksperimentinės terapijos institutą. Netrukus jis tapo Varšuvos valstybinio higienos instituto direktoriaus pavaduotoju ir mokslo vadovu, o 1924 metais - jo profesoriumi. 1931 m. jis buvo paskirtas Varšuvos universiteto profesoriumi ir tarnavo daugelyje tarptautinių valdybų. Po Lenkijos okupacijos
1941 m. vasario mėn. Hirszfeldas buvo atleistas iš higienos instituto kaip "nearijus", tačiau, palaikydamas draugų apsaugą, sugebėjo toliau atlikti mokslinius darbus namuose iki 1941 m. Vasario mėn.; tačiau jam buvo beveik neįmanoma paskelbti.