2016 m. Sezono pradžioje Shoji pradėjo sezoną, kai padėjo Kashima Antlers išlaikyti du švarus lapus pirmosiose dviejų sezono rungtynių metu. Nuo sezono pradžios Šodži toliau atgaudavo savo vietą pirmojoje komandoje, žaidžiant centrinio gynybos pozicijoje. 2016 m. Balandžio 6 d. Jis užsitarnavo savo pirmąjį šio sezono tikslą per pergalę 3:1 prieš Nagoya Grampus J.League taurėje. Iki J.League pirmojo etapo pabaigos, Shoji indėlis į pirmąją komandą padėjo komandai baigti lentelės viršuje. Po vieno varžybų jis grįžo į pagrindinę komandą, kai 2016 m. liepos 2 d. "Kashima Antlers" pralaimėjo 3<unk>1 praradimą prieš "Gamba Osaka". Shoji toliau padėjo komandai išlikti viršūnėje sekančiose vienuolika rungtynių. Tik 2016 m. rugsėjo 16 d. jis užsitarnavo antrąjį savo sezonos tikslą per 3-0 pergalę prieš Júbilo Iwatą. Kažkada šį mėnesį jis pasirašė sutartį su klubu. Po to, kai klubas užėmė trečią vietą J.Lygos antrojo etapo pabaigoje, Shoji vėliau padėjo klubui laimėti lygą, žaidęs abi rungtynes, kad nugalėtų Urawa Red Diamonds 2<unk>2 iš viso per išvykimo tikslą. Shoji žaidė visas keturias FIFA klubo pasaulio taurės rungtynes.
, kai jis padėjo Kashima Antlers pasiekti finalą, tik pralaimėjo 4<unk>2 prieš "Real Madrid". Nepaisant pralaimėjimo finale, Šodžio ir Naomičio Uedos centrinės gynybos partnerystė buvo pagyrta žiniasklaidos tiek Japonijoje, tiek už jos ribų. Shoji taip pat padėjo klubui pasiekti Imperatoriaus taurės finalą, nugalėdamas Kawasaki Frontale 2:1. 2016 m. Sezono pabaigoje jis surengė keturiasdešimt penkis pasirodymus ir du kartus įmušė visų varžybų metu. Dėl savo pasirodymų 2016 m. Sezono metu, Shoji buvo pavadintas J.League geriausiu XI.