1985 m. dėl sveikatos sutrikimų (ypač dėl sunkaus nugaros artrito) Kubelík atsisakė dirbti dirižoriumi, tačiau komunizmo griūtis
1990 m. buvo pakviestas grįžti ir vadovauti Čekijos filharmonijai jo įkurtame festivalyje - Prahos pavasario festivalyje. Jis įrašė Smetanos "Má Vlast" koncertą su Čekijos filharmonija "Supraphon", tai buvo penktasis jo įrašas. Festivale jis taip pat įrašė Mozarto "Prahos" simfoniją ir Dvořako "Naujojo pasaulio" simfoniją. Per "Naujojo pasaulio" repeticiją jis Čekijos filharmonijai pasakė: "Man labai džiugu tai girdėti. Visada norėjau, kad tai skambėtų taip, bet niekada to neradau su jokiu kitu orkestru pasaulyje. Tas aštuntasis [notas] yra puikus!"