Po 2008 m. lapkričio mėn. rinkimų Souza buvo paprašytas antrą kartą tapti oficialiu Baltųjų rūmų fotografu naujai išrinktam prezidentui Obamai. 2009 m. sausio 14 d. buvo išleistas naujas prezidento portretas; tai pirmas kartas, kai oficialiai prezidento portretas buvo nufotografuotas skaitmeniniu fotoaparatu. Po savaitės Souza dalyvavo inauguracijoje.
Kitą dieną jis buvo vienintelis fotografas, dalyvavęs antroje Obamos prisaikdinimo ceremonijoje, pirmoje Obamos darbo dieną Ovaliniame kabinete.