1862 m. Birželio mėn. Baltojo ąžuolo mūšyje Lewisas buvo sužeistas dešinėje kojoje artilerijos granato fragmento. Vėliau jis dalyvavo visuose 5-ojo pulko mūšiuose, išskyrus Mine Run.
1864 m. gegužę jam buvo amputuota kairioji ranka dėl žaizdų, kurias jis patyrė per pirmąją Lauko mūšio dieną. Po to jis buvo nugabentas į Fredericksburgą, o po to į Buffalo, kur jo žmona jį prižiūrėjo, kol jis atsigavo. 1864 m. rugsėjį jis buvo pagyrimu atleistas iš tarnybos ir įstojo į Veteranų rezervo korpusą (VRC) kaip pulkininkas; 1865 m. Kovo mėn. Jis buvo paaukštintas į brigados generolą.