2017 m. gegužės 17 d. Werner buvo įtrauktas į Vokietijos komandą 2017 m. FIFA Konfederacijų taurėje, vykusioje Rusijoje. Jis pasirodė kaip Sandro Wagner pakaitalas komandos atidarymo žaidime turnyre prieš Australiją, prieš įmušdamas savo pirmuosius du tarptautinius taškus, kai buvo pasirinktas pradėti Vokietijos paskutinę grupės rungtynes prieš Kamerūną birželio 25 d. Po keturių dienų Werneris įmušė trečiąjį Vokietijos golą pusfinalo rungtynėse, kai Vokietija pergalėjo Meksiką 4: 1. 2017 m. liepos 2 d. Werner padėjo Lars Stindl laimėti turnyrą 2017 FIFA Konfederacijų taurės finalėje.
Prieš Čilę. Už tris įvarčius ir du įvarčius Werneris gavo turnyro "Auksinę batą".