Jis buvo kilmingų Álvaro Yáñez de Lugo "natūralus sūnus" (nelegali sūnus) ir pirmojo pusbrolio, kai jis buvo pašalintas iš Alonso Fernández de Lugo, kuris užkariavo paskutinę Kanarų salą: La Palma ir Tenerifė. Gimęs Medina del Campo, Valladolido provincijoje, Francisco de Lugo keliavo į Meksiką kaip "konkvistadorius" kartu su savo šunimi. 1520 m. gegužę jis stojo prieš Pánfilo de Narváez. Vėliau tais pačiais metais jis buvo vienas iš priekinio sargybos vadų per "Liūdną naktį", kai ispanų armija buvo išvaryta iš Tenočtitlano, ir vienas iš "Segura de la Frontera" laiško pasirašytojų. Po Tenočtitlano žlugimo
1521 m. jis prisijungė prie Cristóbal de Olid ekspedicijos į Hondūrą ir vėliau kartu su Gonzalo de Sandoval įsikūrė Koatzacoalkoje, Veracruze. Jis mirė maždaug 1532 m.