1996 m. visuotiniuose rinkimuose jis buvo vienintelis kandidatas pagal įstatymą. Sudanas tapo vienpartine valstybe, kuriai vadovavo Nacionalinė kongreso partija (NCP). 1990-aisiais Hassanas al-Turabi, tuometinis Nacionalinės Asamblėjos pirmininkas, kreipėsi į islamo fundamentalistines grupes, pakvietė Osamą bin Ladeną į šalį. Jungtinės Valstijos vėliau Sudano sąrašą įtraukė kaip terorizmą remiančią valstybę. Po to, kai "al Qaeda" bombardavo JAV ambasadas Kenijoje ir Tanzanijoje
JAV pradėjo operaciją "Nebe galo pasiekiama" ir nukreipė Al-Shifa farmacijos fabriką, kuri, JAV vyriausybė klaidingai manė, gamino cheminius ginklus teroristinei grupei. Al-Turabio įtaka pradėjo mažėti, kiti, norintys labiau pragmatiško vadovavimo, bandė pakeisti Sudano tarptautinę izoliaciją. Šalis siekė nušalinti savo kritikus, išvarydama Egipto Islamo Džihado narius ir ragindama bin Ladeną išvykti.