Tačiau Varšuvos vystymuisi lydėjo intensyvus puolimas prieš Lenkijos nacionalinį identitetą. Rusijos valdžia uždarė lenkų mokyklas ir pastatė vis daugiau ortodoksų bažnyčių. Šiems veiksmams buvo griežtai pasipriešinta. 1861 m. vasario 27 d. Rusijos kariai šaudė į Varšuvos minią, protestuojančią prieš Rusijos valdymą. Buvo nužudyti penki žmonės. 1863 m. sausio 22 d. prasidėjo naujas sukilimas.
ištrūko. Varšuvoje 1863-1864 m. Sausio sukilimo metu buvo įsikūrusi Polonijos Nacionalinė požeminė vyriausybė. Tačiau šis sukilimas buvo daugiausia partizaninis, todėl Varšuva jame nesiskyrė. Tačiau, kaip bausmė, rusų generolas ir Sokrates Starynkiewicz'o pirmtakai, prezidentas Kalikstas Witkowski'as, nuolatos mokėjo Varšuvą. Po to, kai 1905 m. Sausio mėn. kazakai ir policija šaudė į demonstrantus (Revoliucija Lenkijos Karalystėje (1905-1907), po Sankt Peterburgo "kraujo sekmadienio"), visoje Lenkijoje prasidėjo streikai. Alfonso pogromas, per kurį buvo smurtiniai išpuoliai prieš viešnamis ir gatvių mūšiai, įvyko 1905 metų gegužę.