1943 m. rugpjūčio mėn. Hooveris buvo paskirtas sausumos oro pajėgų vadu, Centrinėje Ramiojo vandenyno dalyje, ir tą pareigas ėjo iki to paties metų gruodžio, kai jo komanda buvo perkelta į oro pajėgų vadu, Centrinėje Ramiojo vandenyno dalyje, o po to į Centrinės Ramiojo vandenyno priekinių pajėgų vadu. Šiomis pareigomis jis tarnavo laivyno admirolo Chestero Nimitzo vadovaujant Taravos, Kwajaleino ir Eniwetoko operacijose.
Gilberto ir Maršalo salose ir Saipan, Guame Marianos salose ir Palau salose. Hooveris organizavo savo komandos sritį, kad būtų galima efektyviai remti būsimas laivyno operacijas, ir vadovavo savo galingai sausumos smūgių grupei giliai į priešišką teritoriją, bombarduodamas ir šaudydamas priešo galybę drąsiomis puolamosiomis operacijomis, kurios materiškai sumažino amfibijų atakos pajėgų tikslus, besiplečiančius jo paieškos ir žvalgybos lėktuvų. Jis gavo antrą karinio jūrų laivyno išskirtinės tarnybos medalį už savo tarnybą šiose kampanijose.