Badoer grįžo į "Formulę 1" lenktynes, vėl su "Minardi" komanda. Melburne Badoeris kažkuriuo metu buvo penktas, kol pavarų dėžės problemos privertė jį atsistatydinti likus 15 ratų iki pabaigos. Prieš kelionę į Braziliją jis patyrė avariją, dėl kurios jam buvo sulaužyta ranka. Stéphane'as Sarrazinas užėmė savo vietą lenktynėse. Jis grįžo į Imolą.
jo ranka vis dar sukelia problemų, bet sugebėjo baigti aštuntą. Jis patyrė pavarų dėžės problemų ir sukrėtė Monake ir Ispanijoje. Liepos mėnesį "Ferrari" numeris vienas vairuotojas Michaelas Schumacheris per nelaimingą atsitikimą Silverstone, Didžiojoje Britanijoje, sulaužė koją. Kaip "Ferrari" bandymų vairuotojas, Badoer tikėjosi, kad jis bus paaukštintas į lenktynių vietą, kai Schumacherio nebus, tačiau komanda vietoj to pasirinko Mika Salo, o tai paskatino buvusio "Ferrari" vairuotojo Jean Alesi kritiką, kuris pats atsisakė pozicijos. Jo geriausias šansas taškų uždirbti buvo 1999 m. Europos Grand Prix, tik kai pavarų dėžutės gedimas jį pašalino 13 ratų nuo pabaigos, kai jis bėgo ketvirtoje vietoje; komandos draugas Marc Gené buvo paaukštintas į šeštąją vietą (jis baigė ten, kad uždirbtų tašką, kuris, kaip manoma, buvo lemiamas veiksnys 1999 m. Vairuotojų čempionate, sustabdydamas "Ferrari" Eddie Irvine po to, kai "McLaren" Mika Häkkinen jį praėjo po automobilio gedimo, kuris pašalino Jacques Villeneuve iš penktosios vietos). Badoer buvo toks nusiminęs, kad išlipęs iš automobilio pradėjo verkti.