2013 m. sausio 16 d. buvo paskelbta, kad Guardiola perims Bundesligos klubo "Bayern Munich" vadovo postą po 2012-2013 m. Sezono, pakeisdamas Jupp Heynckes kitą sezoną. 2013 m. birželio 24 d. jis savo pirmojoje spaudos konferencijoje kaip "Bayern" treneris kalbėjo vokiškai, o po dviejų dienų surengė pirmąją treniruotę. Pirmoji jo oficiali rungtynė buvo Vokietijos Superkupo varžybas su Dortmundo "Borussia", kur "Bayern" pralaimėjo 4-2. Pirmasis jo laimėjimas su "Bayern" buvo 2013 m. UEFA Superkaras.
, nugalėdamas seną priešininką José Mourinho, kuris ką tik grįžo į "Chelsea". "Bayern" nugalėjo "Chelsea" po to, kai "Manuel Neuer" išgelbėjo "Romelu Lukaku" smūgį.