Jis ir jo civiliniai kolegos buvo pašalinti iš pareigų 1966 m. Sausio 15 d. kariniame perversme.
, ir jis buvo žymiausias politikas, kuris išvengė nužudymo po perversmo. Azikiwe buvo Biafros atstovas ir patarė jos lyderiui Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu per Biafros karą (1967-1970). Jis per karo metu perėjo savo ištikimybę Nigerijai ir kreipėsi į Ojukwu, kad užbaigtų karą pamfletų ir interviu. "The New York Times" apie jo politiką rašė: "Visą savo gyvenimą dr. Azikiwe aljansas su šiauriečiais sukėlė nesutarimus su Obafemi Awolowo, socialistiniu požiūriu orientuoto jorubų lyderio, kitos svarbios šalies pietų grupės".