Nors manoma, kad giliai atmosferoje yra vandens, bet jo tiesiogiai išmatuota koncentracija yra labai maža. Azoto, sieros ir kilnų dujų gausa Jupiterio atmosferoje viršija saulės vertybes maždaug trečiu. Jupiterio atmosferoje nėra aiškios apatinės ribos ir ji palaipsniui pereina į planetos vidų. Nuo žemiausių iki aukščiausių atmosferos sluoksnių yra troposfera, stratosfera, BA ir termosfera. Kiekvienas sluoksnis turi charakteristinius temperatūros laipsnius.
aiškios apatinės ribos ir palaipsniui pereina į planetos skystą vidų.