Kai kurios bakterijos dažnai įveikia fizinius barjerus, išskiriant fermentus, kurie viršija barjerą, pavyzdžiui, naudojant II tipo sekrecijos sistemą. Kitos bakterijos dažnai įveikia fizinius barjerus, išskiriant fermentus, kurie viršija barjerą, pavyzdžiui, naudojant II tipo sekrecijos sistemą. Kita vertus, naudojant III tipo sekrecijos sistemą, jie gali įterpti tuščią vamzdį į šeimininko ląstelę, suteikiant tiesioginį kelią baltymams judėti iš patogenų į šeimininko ląstelę. Šie baltymai dažnai naudojami, kad uždarytų šeimininko gynybą. Keleto patogenų naudojamos vengimo strategijos yra pasislėpti šeimininko ląstelėse (taip pat vadinamos intracelulinės patogenos).
imuninės ląstelės, antikūnai ir komplementas