Užpildykite šią frazę: Nepaisant labai geros 89 taškų per 165 rungtynes "Bianconeri", Inzaghi netrukus buvo paliktas David Trezeguet naudai ir 2001 m. Liepos 2 d. pasirašė sutartį su AC Milan už 70 milijardų lirų arba 45 milijardus lirų grynaisiais pinigais ir Cristian Zenoni. (Sky Sports pranešė apie mažesnį bendrą skaičių, 17 milijonų svarų sterlingų) 2001-2002 metų trenerio Fatiho Terimo kampanijai. "Juventus" paskelbė, kad "Inzaghi" pardavimas klubui suteikė 31,1 mln. eurų kapitalo pelno, todėl faktinis perdavimo mokestis gerokai viršija šį skaičių. Tačiau Inzaghi patyrė kelių traumą ir praleido pirmąją sezono pusę. Grįžęs į klubą, jis sugebėjo sukurti stiprią taškų įmušimo partnerystę su Andrijumi Ševčenku, ir netrukus su "Rossoneri" su naujuoju treneriu Carlo Ancelotti surinko įspūdingą trofejų skaičių, tarp jų - 2002-03 m. Čempionų lygos (kurioje "Milanas" nugalėjo savo ankstesnę komandą "Juventus" finalo metu), 2002-03 m. Italijos taurės (taškų įmušimas 2-2 lygiomis rungtynėmis antroje rungtynėje), 2003 m. UEFA Super taurės,
2004 m. Italijos superpokalį ir 2003-2004 m. "Scudetto". 2002-2003 m. Čempionų lygos turnyre jis užfiksavo savo trečią Čempionų lygos hat-triuką prieš "Deportivo de La Coruña" grupės etape ir lemiamą tašką ketvirtfinale prieš "Ajax", per tą sezoną jis užmušė 12 Europos taškų. 2004 m. lapkričio mėn. jis pasirašė sutartį su klubu.