Jis ir jo civiliniai kolegos buvo pašalinti iš pareigų
1966 m. Sausio 15 d. karinis perversmas, ir jis buvo žymiausias politikas, kuris po perversmo išvengė nužudymo. Azikiwe buvo Biafros atstovas ir patarė jos lyderiui Chukwuemeka Odumegwu Ojukwu per Biafros karą (1967-1970). Jis per karo metu perėjo savo ištikimybę Nigerijai ir kreipėsi į Ojukwu, kad užbaigtų karą pamfletų ir interviu. "The New York Times" apie jo politiką rašė: "Visą savo gyvenimą dr. Azikiwe aljansas su šiauriečiais sukėlė nesutarimus su Obafemi Awolowo, socialistiniu požiūriu orientuoto jorubų lyderio, kitos svarbios šalies pietų grupės".