Parajanovas mirė nuo vėžio 1990 m. liepos 20 d. Armėnijoje, sulaukęs 66 metų, palikdamas šį paskutinį darbą "Išpažinimas" nebaigtas. Jis išliko savo originaliu negatyvu kaip Parajanovas: Paskutinis pavasaris (filmas), kurį 1992 m. surinko jo artimas draugas Michailas Vartanovas. Federico Fellini, Tonino Guerra, Francesco Rosi, Alberto Moravia, Giulietta Masina, Marcello Mastroianni ir Bernardo Bertolucci buvo tarp tų, kurie viešai apgailestavo dėl jo mirties. Jie išsiuntė telegramą Rusijai su šiuo pareiškimu: "Kino pasaulio neteko burtininko".
66