2006 m. įstatymų leidybos rinkimuose partija gavo 6,3% balsų ir laimėjo šešias vietas Žemutiniame rūmuje - Deputatų rūmuje. Tai vėliau lėmė, kad 2007 m. sausio mėn. - 2009 m. kovo mėn. (daugiau informacijos žr. Mireko Topoláneko Antrąją kabinetą) ji dalyvavo valdančioje koalicijoje kartu su Pilietinių demokratų partija (ODS) ir Krikščionių demokratų partija (KDU<unk>ČSL). Tačiau Žaliųjų partija negalėjo pakartoti savo sėkmės 2010 m. rinkimuose, prarado visas vietas abiejuose rūmuose.
2007 m.