2003 m. sezoną Werknesh pradėjo laimėdama "Antrim International Cross Country" lenktynes, o 2003 m. "IAAF World Cross Country Championships" laimėjo moterų ilgosios lenktynių titulą. 2003 m. visos Afrikos žaidynėse ji laimėjo sidabro medalį 10 000 m lenktynėse, pasibaigus už savo kolegos etiopė Ejegayehu Dibaba. Jos sezonas pasiekė viršūnę 2003 m. Pasaulio lengvosios atletikos čempionate, kur ji nustatė asmeninį geriausią 10 000 m trukmę - 30:07.15 minutes, kad užimtų antrąją vietą už Etiopijos veterano Berhane Adere, kuris sulaužė Afrikos rekordą. Kitąmet 2004 m. Atėnų olimpinėse žaidynėse ji užėmė ketvirtąją vietą. Ji taip pat laimėjo bronzinį medalį 2004 m. IAAF pasaulio kreiso lenktynių čempionate.
, taip pat užėmė ketvirtą vietą trumpame lenktynėse.