2001 m. Iniesta išpopuliarėjo tarptautinėje scenoje, padėdamas Ispanijai laimėti UEFA jaunesnių nei 16 metų Europos čempionatą. 2001 m. FIFA U-17 pasaulio čempionate, vykusiame Trinidade ir Tobago, jis atstovavo savo šaliai, o kitais metais laimėjo UEFA jaunesnių nei 19 metų Europos čempionatą. Nuo to laiko jis tapo jaunimo trenerio Juano Santistebano nuolatiniu pasirinkimu. 2003 m. Jis buvo FIFA jaunimo pasaulio čempionato finalo, vykusio Jungtinėse Arabų Emyratose, dalis ir buvo įtrauktas į FIFA visų žvaigždžių komandą.
FIFA žvaigždžių komanda