1580 m. Ispanijos karalius Filipas II įsiveržė į Portugaliją po to, kai Portugalijos karalius Sebastianas mirė per katastrofinę
1578 m. portugalai užpuolė Alcácer Quibir Maroke. 1581 m. Tomaro rūmuose Filipas buvo karūnuotas Portugalijos karaliumi Filipu I, suvienijęs dvi karūnas ir užjūrio imperijas, valdytas Ispanijos Habsburgų dinastijos, Iberijos sąjungoje. Tomare Filipas pažadėjo išlaikyti imperijas teisiškai atskiras, palikdamas Portugalijos imperijos administravimą Portugalijos piliečiams, o Portugalijos vicekaralius Lisabonoje pasirūpintų jo interesais. Filipas net per dvejus metus (1581-83) perkelė sostinę į Lisaboną, nes tai buvo svarbiausias Iberio pusiasalio miestas. Visos portugalų kolonijos priėmė naują padėtį, išskyrus Azorų salą, kurioje karaliui Antóniui, Portugalijos varžovui, kuris užsitarnavo Prancūzijos Katarinos de Medičio paramą, bet pažadėjo atiduoti Braziliją. 1583 metais salos galiausiai užėmė ispanų pajėgos.