2003 m. spalio 1 d. buvo sujungtos trys organizacijos, sudarydamos naują JAXA: Japonijos kosmoso ir kosminės mokslo institutas (ISAS), Japonijos nacionalinė aerokosminė laboratorija (NAL) ir Japonijos nacionalinė kosmoso plėtros agentūra (NASDA). JAXA buvo įkurta kaip Nepriklausoma administracinė institucija, administruojama Švietimo, kultūros, sporto, mokslo ir technologijų ministerijos (MEXT) ir Vidaus reikalų ir ryšių ministerijos (MIC). Prieš susijungimą ISAS buvo atsakinga už kosmoso ir planetų tyrimus, o NAL buvo orientuota į aviacijos tyrimus. NASDA, kuri buvo įkurta 1969 m. spalio 1 d., sukūrė raketas, palydovus ir taip pat pastatė seną Japonijos eksperimentinį modulį. NASDA būstinė buvo įsikūrusi dabartinėje Tanegashima kosmoso centro vietoje, Tanegashima saloje, 115 kilometrų į pietus nuo Kyūshūshimas.
2003 m. spalio 1