1959-1960 m. Shagari buvo nepriklausomos Nigerijos ekonominės plėtros federalinis ministras, kurio ministerija buvo atsakinga už 1962-1968 m. plėtros plano parengimą. Shagari ekonomikos plėtros ministerija taip pat buvo atsakinga už Nigerio deltos plėtros valdybos įsteigimą. Nuo 1960 iki 1962 m. Jis buvo federalinis pensijų ministras, kuris perėmė Nigerianization civilinės tarnybos misiją. 1962-1965 m. Shagari buvo paskirtas federaliniu vidaus reikalų ministru. Nuo 1965 m. iki pirmojo
1966 m. Sausio mėn. įvykus kariniam perversmui, Shagari buvo federalinis darbų ministras ir įvykdė daugybę svarbių projektų, įskaitant Eko tilto Lagosą, kuris buvo pirmasis didelis Vokietijos statybos įmonės Julius Berger kontraktas Nigerijoje, ir Nigerio tilto užbaigimas, kurį 1966 m. Užsakė premjeras Abubakar Tafawa Balewa. 1967 m. jis buvo paskirtas Sokoto provincijos švietimo plėtros fondo sekretoriumi. Nuo 1968 iki 1969 m. Šagariui buvo suteikta valstybinė pareiga Šiaurės vakarų valstijoje kaip Įstaigų komisaras.