2012-13 Atlético Madrid sezonas buvo 82-asis sezonas klubo istorijoje. "Atlético" varžėsi La Ligo ir Karaliaus taurėse.
, ir Europos lygoje kaip varžantysis čempionai. Rubinas Kazanas juos išvarė iš 32 finalo. Jie laimėjo Karaliaus taurę, per papildomą laiką nugalėję savo varžovus Real Madridą 2:1.