2020 m. rugsėjo 18 d. Mülleras įstojo savo pirmąjį šio sezono tikslą ir suteikė vieną asistą per 8-0 pergalę prieš "Schalke 04". Vėliau jam pavyko laimėti UEFA Superkupą.
DFL-Supercup tapo 27-uoju jo klubų karjeroje; todėl jis tapo labiausiai apdovanotais žaidėju Vokietijos istorijoje, pažeisdamas ankstesnį rekordą - 26 trofėjus, kuriuos laimėjo jo buvęs "Bayern" komandos draugas Bastianas Schweinsteigeris. 2021 m. vasario 11 d. jam buvo nustatyta COVID-19 ir jis buvo į karantiną; todėl jis negalėjo žaisti 2020 m. FIFA klubo pasaulio taurės finalo.