Panis turėjo didelį sezoną, kai važiavo Alain Prost, kuris įsigijo Ligier. Bridgestone padangomis jis užėmė pirmąjį šios kompanijos podiumą Brazilijoje. Prieš išeinant į pensiją, jis buvo antras Argentinoje. Po šešių lenktynių jis užėmė trečiąją vietą čempionate, nes Ispanijoje užėmė antrą vietą. Pergalė būtų buvusi įmanoma, jei jis septynis varžybas nesukeltų, pralaimėdamas šešias sekundes prieš lyderių Žaką Villeneuvą. 1997 m. Kanados Grand Prix metu per greitą avariją jis sulaužė abi kojas, dėl to praleido kitas septynias sezono lenktynes. Jo vietą komandoje užėmė Jarno Trulli, kol jis grįžo į paskutines tris sezono lenktynes. Liuksemburge jis užėmė šeštą vietą.
ir pasirodė, kad jis visiškai atsigavo po avarijos, nes jis vairavo taip pat, kaip ir prieš avariją. Nepaisant to, kad praleido pusę sezono, jis vis tiek pasiekė 9-ąją vietą čempionate su 16 taškų.