Parašykite šio skyriaus tęsinį - Lionas buvo Bostono koledže tik trumpą laiką, kol buvo paskirtas Gonzaga koledžo rektoriumi. 1908 m. gruodžio 27 d. jis įstojo į šį postą, pakeisdamas Joseph J. Himmelą. Netrukus po to, kai jis pradėjo eiti pareigas, žemės drebėjimas
užklupo Messina, Italija, ir mokykla surengė aukoms iškilmingą aukų requiem masę, kurią švenčia vyskupas Diomede Falconio ir dainuoja Bonaventura Cerretti. Į renginį atvyko vyskupas Denisas J. O'Konelis, generalinis prokuroras Čarlzas Džozefas Bonapartas, Italijos ambasadorius Jungtinėse Valstijose Džozefas Hemelis bei kunigaikščiai iš dominikiečių, franciškonių ir paulistų ordinų. Vasario 10 d. buvo surengtas naujasis prezidento garbinimas, kuriame dalyvavo kongresmenas Williamas Bourke Cockranas. Lyons kadencija baigėsi 1909 m. liepos 8 d., kai jo įpėdinis buvo Eugene DeL. Makdonelis.