1569 m. Flemingas tapo Privy Council nariu, 1571 m. buvo paskirtas Lord High Admiral, o 1590 m. Lord High Constable. Kaip Suomijos ir Estijos gubernatorius, jis vykdė aukščiausios Suomijos ir Estijos valdžios pareigas Švedijos karalystei, tik po karaliaus. Jis buvo stiprus Švedijos ir Lenkijos teisėto karaliaus Sigismundo Vasos šalininkas ir todėl buvo Sigismundo tėvo dėdės, Sudermania kunigaikščio Karlo, kuris taip pat reikalavo Švedijos sosto, priešas.
Suomija ir Estija