1963 m. šalis įkūrė federacinę respubliką, kurios pirmuoju prezidentu tapo Azikiwe. 1966 m. dėl rinkimų ir politinio proceso pusiausvyros sutrikimo ir tariamos korupcijos įvyko du kariniai perversmai. Pirmasis perversmas įvyko 1966 metų sausį.
Ir buvo vadovaujama daugiausia Igbo karių, vadovaujamų majorių Emmanuel Ifeajuna ir Chukwuma Kaduna Nzeogwu. Perversmų rengėjams pavyko nužudyti serą Ahmadu Bello ir Abubakar Tafawa Balewa kartu su žymiais Šiaurės regiono lyderiais ir Vakarų regiono premjeru Samuelu Akintola, tačiau perversmų rengėjai stengėsi suformuoti centrinę vyriausybę. Senato pirmininkas Nwaforas Orizu perdavė vyriausybės kontrolę kariuomenei, kuriai vadovavo kitas Igbo karininkas, generolas Johnsonas Aguiyi-Ironsi. Vėliau, 1966 m. priešinis perversmas, kurį daugiausia rėmė šiaurės kariniai pareigūnai, palengvino Yakubu Gowon paaukštinimą į karinį valstybės vadovą. Įtampa tarp šiaurės ir pietų padidėjo; šiaurinių miestų Igbo gyventojai patyrė persekiojimą ir daugelis pabėgo į Rytų regioną.