1800 m. Loisonas buvo paskirtas į rezervo armiją vadovauti 5300 vyrų divizijai ir peržengė Didžiąją Šv. Bernardo perėjimą su Napoleonu. 1800 m. gegužės 25 d. jis buvo sužeistas per nesėkmingą puolimą į Fort Bardą. Greitai atsigavus, jis vadovavo savo divizijai Guillaume Philibert Duhesme korpusui, atremdamas Josef Philipp Vukassovich komandą. Jis praleido Marengo mūšį.
nes jo vyrai užėmė Milaną ir Kremoną, o austrus persekiodavo į rytus.