19 amžiuje, kai abi šalys tapo nepriklausomomis nuo Ispanijos, Peru ir Čilė palaikė taikingus santykius, kurie atsirado dėl ekonominių ir politinių ryšių, kurie dar labiau paskatino gerus santykius. Konfederacijos karo metu
(1836-1839 m.), Čilė ir disidentai iš Peru sudarė karinę aljansą, kad išlaisvintų ir suvienytų Pietų Peru ir Šiaurės Peru respublikas iš Peru-Bolivijos konfederacijos. Vėliau, per Činčos salų karą (1864-1866 m.), Peru ir Čilė vadovavo vieningam frontui prieš ispanų laivyną, kuris okupavo Peru Činčos salas ir sutrikdė prekybą Pietų Ramiojo vandenyno regione. 1870-aisiais, prieš Ramiojo vandenyno karą, Peru bandė derėtis dėl taikingo diplomatinės Bolivijos ir Čilės sprendimo. Nors Peru turėjo slaptą gynybinę sąjungą su Bolivija, Peru nepranešė karo Čilės net ir po to, kai Čilė užpuolė Bolivijos uostą Antofagastą. Karas oficialiai nebuvo paskelbtas, kol Čilė 1879 m. nepranešė apie karą Peru ir Bolivijai. Kitą dieną Peru paskelbė karą Čilės. Karas baigėsi Čilės invazija į Peru ir įvairių Peru pastatų, miestų sunaikinimu, dideliu puolimu ir dvejų metų Peru sostinės Limos okupacija. Galutinis karo rezultatas paliko gilų randą trims dalyvaujančioms visuomeniams, o Peru ir Čilės santykiai viršijo šimtmetį, nors santykiai buvo tam tikru mastu stabilizuoti 1929 m. Limos sutartimi.