Iš aštuonių užfiksuotų spygliuočių rūšių, Lodgepole Pine miškai užima 80% visų miškų plotų. Kiti spygliuočiai, tokie kaip Subalpine Fir, Engelmann Spruce, Rocky Mountain Douglas-fir ir Whitebark Pine, randami išsklaidytose parke. Nuo 2007 m. Baltoji spygliuočiai yra grėsmė dėl grybo, žinomo kaip baltoji spygliuočių rauda; tačiau tai daugiausia apsiriboja miškais į šiaurę ir vakarus. Yellowstone, apie septyniasdešimt procentų baltoji spygliuočių rūšių buvo paveikta grybais, palyginti su beveik visiškais užkrėtimais šiaurės Montanoje.
Subalpinė vasara, Engelmannas, Kalnų Douglasas ir Whitebark