2009 m. balandžio mėn. - 2011 m. rugsėjo mėn. Bernstein pirmiausia dirbo kaip vietiniai reikalai, o vėliau - Jungtinių Valstijų vidaus saugumo departamento tarpvyriausybinių reikalų sekretoriaus pavaduotojas. Šiuo pareiga jis koordinavo DHS kontaktus su meriais ir gubernatoriais. Per savo tarnybą DHS, Bernstein daugiausiai dirbo su daugybe atsakų į reikšmingus įvykius ir politikos iniciatyvas, įskaitant BP Deepwater Horizon naftos išsiliejimą
, žemės drebėjimas Haityje, taip pat žvalgybos informacijos platinimas valstybės ir vietos valdžios institucijoms padidėjusios grėsmės laikotarpiu.