Paskutinė Saint-Exupéry paskirtas žvalgybos misija buvo surinkti žvalgybos apie vokiečių karių judesius ir aplink Rono slėnį prieš sąjungininkų invaziją į pietų Prancūziją
("Dragono operacija"). Nors jis buvo sugrąžintas į savo senąjį eskadrono su sąlyga, kad jis turėjo skristi tik penkias misijas, 1944 m. liepos 31 d. jis pakilo į savo devintąją žvalgybos misiją iš Korsijos oro bazės. Jo eskadrono kolegų siaubą sukėlė tai, kad jis negrįžo ir dingo be pėdsakų. Žinia apie jo dingimą netrukus pasklido literatūros pasaulyje, o po to - tarptautinėse antraštėse. Nepažįstamas kūnas su uniforma buvo rastas praėjus kelioms dienoms po jo dingimo į rytus nuo Frioulo salų, esančių į pietus nuo Marselio, ir buvo palaidotas rugsėjį Carqueiranne.