1977 m., vykstant vidiniams Raudonųjų Khmerų režimo valymams, Hun Senas ir jo bataliono kadrai pabėgo į Vietnamą. Kambodžos-Vietnamo karo metu
Kai Vietnamas ruošėsi įsiveržti į Kambodžą, Hun Senas tapo viena iš vietnamiečių remiamos sukilėlių armijos vadų. Po Raudonųjų khmerų režimo pralaimėjimo Hun Senas 1979 m., būdamas 26 metų, buvo paskirtas Vietnamo įkurtos Kampučėjos Liaudies Respublikos (KLR) vicepremjero ir užsienio reikalų ministro pavaduotoju. Vietnamo paskirta vyriausybė skyrė Senui tam tikrą valdžią K5 planui, Raudonųjų khmerų suvaržymo strategijai, kurioje buvo masinis civilinio darbo jėgos mobilizavimas statant barikadas ir žemės minas, nors jo dalyvavimo mastas nėra aiškus.