Išvykęs iš Minesotos, Klarkas grįžo į Filadelfiją, kad per 1992-1993 m. sezoną prisiimtų vyresniojo viceprezidento vaidmenį, o per pirmąjį sezoną dirbo jaunuolio fenomeno Eriko Lindroso mentoriumi. Greitai po to Clarke'as perėjo į generalinio vadybininko poziciją su "Florida Panthers", komanda, kuri 1993-1994 m. nustatė "expansion" komandos rekordą per pergalėmis ir taškais. Jis grįžo į "Flyers" generalinio vadybininko vaidmenį prieš 1994-95 m. sezoną (Florida buvo kompensuota grynaisiais pinigais ir Filadelfijos antrojo ratų drafta,
1994 NHL Entry Draft), ir jis atstatė komandą į taurės varžovą. Per antrą jo kadenciją "Flyers" generalinio vadybininko pareigas, komanda 11 sezonų iš eilės pateko į atostogų varžybas, tačiau vieną kartą (1997 m.) pasiekė finalą. Po prastos 2006-07 metų sezono pradžios, Clarke atsistatydino, nurodydamas galimą išdegimą ir troškimo trūkumą. Clarke grįžo į franšizę 2006 m. gruodžio 4 d. ir buvo paskirtas vyresniuoju viceprezidentu.