Tada Cezaris įsitraukė į Egipto pilietinį karą tarp vaiko faraono ir jo sesers, žmonos ir suvaldžiosios karalienės Kleopatros. Gali būti, kad faraonas prisidėjo prie Pompejaus nužudymo, todėl Cezaris pasirinko Kleopatros pusę. Jis ištvėrė Aleksandrijos apgultį
Vėliau jis nugalėjo faraono pajėgas per Nilo mūšį 47 m. pr. m. e. ir įkūrė Kleopatrą valdove. Cezaris ir Kleopatra savo pergalę šventė pergalės procesija ant Nilo 47 m. pr. Kr. pavasarį. Karališkąją baržą lydėjo dar 400 laivų, o Cezaris susipažino su prabangingu Egipto faraonų gyvenimu.