Anžuane 1999 m. vyko vidaus konfliktai, o tų metų rugpjūčio 1 d. atsistatydino 80-metis pirmasis prezidentas F. Abdallahas Ibrahimas, perdavęs valdžią nacionaliniam koordinatoriui Abeidui Saidui. 2001 m. rugpjūčio 9 d. kariuomenė ir karinės jūrų pajėgos įvykdė perversmą, o Mohamedas Bacaras netrukus užėmė vadovybę juntai, kuri perėmė valdžią ir iki mėnesio pabaigos buvo šalies lyderis. Nepaisant dviejų bandymų jėga atkurti kontrolę sukilusiose salose, šiuo metu Afrikos Sąjunga tarpininkauja derybose dėl susitaikymo. Šis procesas iš esmės baigtas, bent teoriškai. Pagal kai kuriuos šaltinius, Mohéli 1998 m. Grįžta į vyriausybės kontrolę.
1997 m.