Fontaine'as paskutinę rungtynes sužaidė 1962 m. liepos mėn. Jis buvo priverstas iš anksto išeiti į pensiją (28 metų ir 11 mėnesių) dėl pasikartojančios traumos. 1967 m. jis trumpai vadovavo Prancūzijos nacionalinei komandai, tačiau buvo pakeistas po tik dviejų rungtynių, abi draugiškos rungtynės baigėsi pralaimėjimais. Kaip Maroko treneris, jis 1980 m. Afrikos tautų taurės varžybose atvedė "Atlas Lions" į trečią vietą.
, prižiūrint tokių žaidėjų, kaip Badou Zaki, Mohammed Timoumi ir Aziz Bouderbala, atsiradimą. Marokas pateko į 1982 m. Pasaulio futbolo čempionato kvalifikacinį etapą, tačiau buvo nugalėtas Kamerūno.