Nukleazės yra fermentai, kurie skiria DNR virves, katalizuodami fosfodiesterinių jungčių hidrolizę. Nukleazės, kurios hidrolizuoja nukleotidus iš DNR virvelių galų, vadinamos egzonukleazėmis, o endonukleazės skiria virves. Molekulinėje biologijoje dažniausiai naudojamos nukleazės yra apribojimų endonukleazės, kurios skiria DNR konkrečiomis sekmėmis. Pavyzdžiui, kairėje parodytas EcoRV fermentas atpažįsta 6 bazų seką 5′-GATC-3′ ir skiria horizontalioje linijoje. Gamtoje šie fermentai apsaugo bakterijas nuo fazės infekcijos, virškinant fazės DNR, kai ji patenka į bakterijos ląstelę, kaip ribojimų sistemos dalį.
6 bazės sekos 5′-GATATC-3