Gali būti, kad garsiausia ir efektyviausia salafistų džihadistų grupė buvo "Al-Qaeda". "Al-Qaeda" išsivystė iš "Maktab al-Khidamat" (MAK) arba "Paslaugų biuro", musulmonų organizacijos, įkurtos 1984 m., siekiant surinkti ir nukreipti lėšas ir įdarbinti užsienio "mujahideenus" karui prieš sovietus Afganistane. Jis buvo įkurtas Peshavare, Pakistane, Osamos bin Ladeno ir Abdullah Yusuf Azzamo. Kai tapo aišku, kad džihadas privertė sovietų kariuomenę atsisakyti savo misijos Afganistane, kai kurie "mujahedinai" paragino išplėsti savo operacijas, įtraukiant islamistų kovas kitose pasaulio dalyse, o 1988 m. rugpjūčio 11 d. bin Ladenas įkūrė "Al Qaeda". Nariai turėjo duoti pažadą ("bayat") paklusti savo viršininkams. Al-Qaeda pabrėžė džihadą prieš "atokią priešą", o tai reiškia Jungtines Valstijas. 1996-aisiais paskelbė džihadą, siekdama išvaryti užsienio karius ir interesus iš to, ką jie laikė islamo žemėmis, o 1998-aisiais paskelbė fatvą, raginančią musulmonus žudyti amerikiečius ir jų sąjungininkus, kada ir kur tik gali. Tarp labiausiai žinomų smurto aktų buvo
1998 m. JAV ambasadų sprogdinimai Dar es Salaame ir Nairobyje, per kuriuos žuvo daugiau kaip 200 žmonių; ir 2001 m. rugsėjo 11-osios išpuoliai, per kuriuos žuvo beveik 3000 žmonių ir buvo padaryta daug milijardų dolerių žala.