Pantanalo aukštis nuo 80 iki 150 m virš jūros lygio. Metinis kritulių kiekis potvynio baseine yra nuo 1000 iki 1500 mm, daugiausia kritulių būna tarp lapkričio ir kovo. Paragvajaus upės dalyje Pantanalo vandens lygis sezoniškai pakyla nuo dviejų iki penkių metrų; vandens svyravimai kitose Pantanalo dalyse yra mažesni nei tai. Potvynio vanduo paprastai teka lėtai (2-10 cm per sekundę) dėl mažų nuolydžių ir didelio tankio augmenijos pasipriešinimo.
Paragvajaus upės dalis Pantanalo