Brescia laimėjo anglo-italiečių taurę 1994 m., tai buvo didžiausias pasiekimas per visą jų istoriją iki šiol. Brescia iš tikrųjų tapo futbolo lydere tik 2000 m., kai anksčiau neįprastas klubas pasirašė sutartį su buvusiu FIFA metų pasaulio žaidėju Roberto Baggio, kuris 2000-01 sezone vedė Brescią į septintąją vietą ir taip atsidūrė UEFA Intertoto taurėje. Vėliau Brescia pasiekė "Intertoto" taurės finalą, o vėliau pralaimėjo "Paris Saint-Germain" pagal "užgalų" taisyklę po to, kai pirmoje rungtynėje laimėjo 0:0 užeigoje ir 1:0 namo antrosios rungtynės. Baggio ketverius metus praleido "Brescia", kol 2004 m. išėjo į pensiją, ir per tuos istorinius ketverius metus "Brescia" tapo plačiai žinoma kaip "Baggio Brescia". Per Baggio ketverius metus su "Brescia" klubas užfiksavo geriausią savo buvimo Serie A sezoną. Tačiau kitą sezoną po Baggio išėjimo į pensiją (2004-05), "Brescia" paskutinę dieną buvo išmesta iš Serie A, pasibaigus 19 vieta. "Brescia" kovojo dėl grįžimo į aukščiausią lygą po nuleidimo ir galiausiai grįžo į "Serie A" po to, kai 2009-2010 m. Sezonoje nugalėjo "Torino" 2-1. 2010-2011 m. sezone
2014-2015 m. Sezonoje, po to, kai baigė antrą nuo paskutinio, jie buvo išmesti į Lega Pro. Tačiau po to, kai "Parma" paskelbė bankrotą ir nukrito į "Serie D", "Brescia" buvo viena iš komandų, atrinktų pakeisti juos "Serie B". 2018-19 sezone buvo užtikrintas naujas paaukštinimas į "Serie A", likus dviem rungtynėms.