Doherty pradėjo 2012-2013 m. sezoną pralaimėjo 4<unk>5 nuo Stuart Bingham Wuxi Classic antrame etape ir 3<unk>5 nuo Martin Gould pirmojo etapo Australijos Goldfields Open
.&lt;ref name="2012/13"&gt;&lt;/ref&gt; Jis pagaliau surinko pirmąjį oficialią savo karjeros 147 pertrauką 2012 m. Paul Hunter Classic mažesniame reitinge Vokietijoje per pergalę pirmojo raundo metu prieš Julian Treiber. Jis pasiekė ketvirtfinalinį turnyrą, tačiau pralaimėjo Markui Selby. Doherty buvo nugalėta kvalifikacijoje į Šanchajaus Masters ir 2012 m. JK čempionato varžybas ir nesugebėjo patekti į tarptautinės čempionato laukinių kortų ratą. Penktame Europos turnyro turnyre, Škotijos atvirame turnyre, jis nugalėjo Luca Brecel ir Ryan Day ir pasiekė pusfinalinį turnyrą, kur pralaimėjo 2 prieš 4 Ding Junhui. Doherty buvo eliminuotas Pirmojo rato vokiečių meistrai Peteris linijos, bet tada turėjo savo geriausią eilę sezono Velso atvirame turnyre. Jis nugalėjo keturis kartus pasaulio čempiono John Higgins 4<unk>1 ir Tom Ford 4<unk>3 ir pasiekė ketvirtfinalinį turnyrą. Jis vedė Stuartą Binghamą 2-0, bet dėl serijos praleistų puodų Doherty prarado pasitikėjimą savimi ir pralaimėjo 3-5. Pirmiau minėtas jo pasiekimas į Škotijos atvirojo čempionato pusfinalinį turnyrą padėjo jam užimti 16-ąją vietą PTC ordo už nuopelnus sąraše ir tapti vienu iš 26 geriausių finalo žaidėjų, tačiau pirmoje rungtynėse jis pralaimėjo 2 prieš 4 prieš Kurt Mafliną. Doherty vos nepasiekė vieno iš savo žymių sugrįžimų prieš Matthew Selt Pasaulio čempionato kvalifikacijos finaliniame etape, kai nuo 4<unk>9 žemyn jis išlygino 9<unk>9, bet pralaimėjo lemiamą kadrą. Rezultatas reiškė, kad tai buvo pirmasis sezonas, kai Doherty nebuvo dalyvavęs jokiuose snookerio "Triple Crown" turnyruose. Doherty per sezoną padidino savo reitingą aštuoniomis pozicijomis ir baigė sezoną kaip 27-asis pasaulyje.