2009 m. sezoną Hamiltonas pradėjo Australijoje.
po to, kai "McLaren" komanda buvo nubausta už tai, kad pakeitė jo pavarų dėžę kvalifikacijos metu. Hamiltonas pasinaudojo vėlyvuoju susidūrimu tarp Vettelio ir Kubicos ir pergalė buvo ketvirtoji. Po to jis buvo paaukštintas į trečiąją vietą po to, kai Jarno Trulli buvo nubaustas už jo aplenkimą saugos automobilio sąlygomis. Po lenktynių stewardų posėdžio Hamiltonas ir McLaren pareigūnai sakė stewardams, kad jie tyčia neleido Trulli praeiti, o tai buvo prieštaraujama "McLaren" lenktynių radijo ryšio išleidimo. Tada Hamiltonas buvo diskvalifikuotas iš lenktynių, nes per stewardų posėdį pateikė "klaidinančius įrodymus". Vėliau jis asmeniškai atsiprašė FIA lenktynių direktoriaus Charlie Whiting už tai, kad melavo stewardams. Jis toliau apibūdino incidentą kaip sunkiausią savo gyvenimo savaitę ir svarstė apie pasitraukimą iš Formulės 1.