John Gruber sukūrė Markdown kalbą 2004 m. bendradarbiaudamas su Aaron Swartz dėl sintaksės, siekdamas suteikti žmonėms galimybę "rašyti naudojant lengvai skaitomą ir lengvai rašomą paprastą teksto formatą, pasirinktinai konvertuojant jį į struktūriškai galiojantį XHTML (arba HTML). "Jo pagrindinis dizaino tikslas yra skaitomumas, kad kalba būtų skaitoma kaip yra, be to, kad atrodytų, kad ji buvo pažymėta ar formatuojama instrukcijomis, skirtingai nuo teksto, formatuoto su žymėjimo kalba, pvz., "RTF" arba "HTML", kurios turi akivaizdžių žymių ir formatuojimo instrukcijų. Šiuo tikslu jos pagrindinė įkvėpimas yra esamos konvencijos, skirtos žymėjimui tekstą el. pašte, nors ji taip pat remiasi ankstesnėmis žymėjimo kalbomis, ypač "Text", "Struct" ir "Struct".
Teksto filtras