"Japonijos ir Malaizijos santykiai" - tai dvišaliai užsienio santykiai tarp Japonijos ir Malaizijos. Ankstyviausias užregistruotas istorinis ryšys tarp šių dviejų tautų yra prekybos ryšiai tarp Malakos sultanato ir Ryūkyū karalystės XV amžiuje. XIX amžiuje nedidelis skaičius japonų persikėlė į įvairias dabartinės Malaizijos vietas. Tai tęsėsi ir XX amžiuje, kol santykiai pasiekė staigią kritinį tašką su Japonijos imperijos iškilimu ir vėlesne invazija į Japoniją.
Britų okupacija Malaizijoje ir Bornejuje per Antrąjį pasaulinį karą, kai vietiniai gyventojai dažnai išgyveno žiaurią Japonijos karinę valdžią.