B ląstelė identifikuoja patogenus, kai antžeminiai antikūnai jungiasi su tam tikru svetimu antigenu. Šis antigenas/antikūno kompleksas yra paimtas B ląstelės ir perdirbtas proteolize į peptidus. B ląstelė tada savo paviršiuje pateikia šiuos antigeninius peptidus MHC II klasės molekules. Šis MHC ir antigeno derinys pritraukia atitinkamą pagalbinę T ląstelę, kuri išleidžia limfokinus ir aktyvuoja B ląstelę. Kai aktyvuota B ląstelė pradeda dalijis, jos palikuonys (plazmos ląstelės) išskiria milijonus antikūno, kuris atpažįsta šį antigeną, kopijų. Šie antikūnai cirkuliuoja kraujyje ir plazmoje, jungiasi su patogenais, išreiškiančiais antigeną, ir žymima juos sunaikinimu ar papildomu aktyvavimu ir sunaikinimu fagocitų. Antikūnai taip pat gali tiesiogiai neutralizuoti, jungiant virusus, bakterijas ar bakterijas, kad užkrėstų T ląsteles
limfokinai