Rašykite šio skyriaus tęsinį - Pradedant nuo Persijos įlankos krizės
1990 m. ir 1991 m. invazijos į Iraką, Pelley plačiai pranešė iš daugelio karo zonų. 1991 m. jis lydėjo XVIII oro desanto korpusą, įsiveržus į Iraką, kad būtų išlaisvintas Kuveitas. 2001-aisiais Pelley ir jo komanda prisijungė prie JAV specialiųjų pajėgų Afganistane. 2003 m. Pelley ir "60 Minutes" komanda buvo pirmieji, kurie paskelbė apie antrąją invaziją į Iraką, pranešdami iš postų, kuriuos jie sukūrė DMZ tarp Irako ir Kuveito. Komanda atsisakė Pentagono įterptos sistemos ir nepriklausomai apėmė invaziją į Iraką nuo pradinio smūgio iki Bagdado žlugimo. Pelley dažnai grįždavo į Iraką, kad praneštų apie sukilėlius. 2006 m. ir 2007 m. jis pateikė ataskaitas apie genocidą Darfūro regione Sudane. 2007 m. ataskaitoje Pelley paprašė sukilėlių grupės pagalbos, kad surengtų ginkluotą žvalgybą Darfūre. Istorija atskleidė kaimą, kurį savo genocido kampanijoje sunaikino vyriausybės pajėgos. Darfūro ataskaita buvo apdovanota "Emmy" apdovanojimu. "Washington Times" istorijos apžvalgoje rašė: "Edvardo R. Murrow gyvena CBS drąsiuose, tolimame Scott Pelley tyrimuose. " Afganistane Pelley lydėjo daugelį JAV armijos ir jūrų pėstininkų korpuso vienetų kovinėse operacijose ir nepriklausomai pranešė apie karo poveikį civiliams. 2011 m. iš Afganistano buvo transliuojamos "CBS Evening News" ataskaitos apie karo 10-ąsias metines.