1948 m. Arabų-Izraelio karo metu Arafatas paliko universitetą ir kartu su kitais arabais siekė patekti į Palestiną, kad prisijungtų prie arabų pajėgų, kovojančių prieš arabų pajėgas ir Izraelio valstybės sukūrimą. Tačiau, vietoj to, kad prisijungtų prie palestiniečių pajėgų, Arafatas kovojo kartu su Musulmonų brolija, nors jis neprisijungė prie šios organizacijos. Jis dalyvavo diskusijose Gazos srityje 1956 m. (kurie buvo pagrindiniai arabų kovotojai, kovojantys prieš palestiniečių pajėgas ir kitus žinomus sionistus). Iki 1946 m. Jis buvo arabų nacionalistas ir pradėjo įsigyti ginklų, kurie buvo kontrabanduojami į buvusią Britanijos Palestinos mandatą, kad juos naudotų nereguliariai Arabų Aukščiausiojo komiteto ir Šventojo karo kariuomenės milicijos.
1949 m.