Eicke tarnavo Dachau koncentracijos stovyklos antruoju komandantu nuo 1933 m. birželio iki 1934 m. liepos mėn. Ir kartu su savo adjutantu Michaelu Lippertu buvo vienas iš SA vadovo Ernsto Röhm mirties bausmės vykdytojų "Ilgo peilių nakties" valymo metu. 1939 m. Eicke tapo Waffen-SS SS divizijos Totenkopf vadu, vadovaudamas divizijai Antrojo pasaulinio karo metu Vakarų fronte.
ir Rytų frontų, ir toliau plėsti ir plėtoti koncentracijos stovyklų sistemą.