Ankstyvasis H. Hannigan vaidmuo buvo 1988 m. sci-fi komedijoje My Stepmother Is an Alien. Vieną iš jos partnerių filme buvo aktorius Seth Green, kuris vėliau prisijungė prie jos į reguliarią Buffy vaidybą kaip jos vaikinas ekrane. 1989 m. ji pirmą kartą buvo reguliariai televizijos serialuose, kai ji buvo įvestas į trumpalaikį ABC sitcomą Free Spirit.
11