Gortonas buvo nominalus krikščionis, bent jau ankstyvoje savo gyvenimo dalyje, bet nebuvo bažnyčios lankytojas. Kai kurie šaltiniai jį vadina agnostiku ar net ateistu. Jis lankė anglikonines mokyklas ir buvo paveiktas krikščioniškųjų socialistinių Džeimso Ralfo Darlingo, jo mokyklos direktoriaus, nuomonių. Kalbėdamas 1948 metais, Gortonas sakė, kad "krikščionybės istorija yra pati nuostabiausia pasaulio istorijoje". Tačiau 1999 m. referendumo metu
jis viešai prieštaravo, kad preambulėje būtų paminėtas Dievas. Pasak jo biografo Iano Hankocko: "Galbūt Gortonas nebuvo tikintis, jau nekalbant apie praktikuojantį krikščioniškumą, ir kai kalbėjo apie'sielos' religiją, jis neturėjo mintyje jokio konkretaus tikėjimo. Jo religija buvo paremta Deuteronomiumo knygoje esančiu įsakymu: 'Žmogus gyvena ne vien duona'".