Kai 1809 m. prasidėjo karas su Prancūzija, von Hilleri buvo suteikta VI armijos korpuso, apimančio pagrindinės Austrijos armijos kairįjį sparną, komanda. Kai Prancūzijos imperatorius Napoleonas I balandžio 20 d. Abensbergo mūšyje nukrito ant Austrijos kairiojo sparno
, Hilleris atvyko ir perėmė V, VI ir II rezervo armijų korpuso vadovybę. Pralaimėtas Abensberge ir balandžio 21 d. Landšuto mūšyje, jis buvo atskirtas nuo pagrindinės armijos. Balandžio 22 d. arkiduke Karolis buvo nugalėtas Eckmuilo mūšyje ir pasitraukė į šiaurinį Dunaus krantą. Neatpažindamas, kad yra vienas pietiniame krantelyje, Hilleris užpuolė Prancūzijos maršalą Jean-Baptiste Bessières ir balandžio 24 d. laimėjo nedidelę pergalę Neumarkt-Sankt Veit mūšyje. Galiausiai, suprasdamas, kad šansų jam nėra, jis nuo balandžio 25 d. iki gegužės 3 d. gerai susitraukė link Linco. Paskutinį kartą jis kovojo su André Masséna korpusu Ebelsbergo mūšyje. Šis pralaimėjimas privertė von Hillerį pasitraukti per Dunoją prie Mauterno.