1998 m. O'Neilas sutelkė dėmesį į Osamą bin Ladeną ir sukūrė "al Qaeda" biurą savo skyriuje. 1998-ųjų rugpjūtį buvo surengtos bombardavimo atakos prieš dvi JAV ambasadas
Greitai vienas po kito išpuolių metu per Nairobį (Kenija) ir Dar es Salaamą (Tanzanija). O'Neilas tikėjosi dalyvauti tyrime, nes jis buvo įgijęs milžiniškų žinių apie Osamos bin Ladeno teroristinį tinklą "al Qaeda". Jis įtikino FTB direktorių Freeh, kad jo biuras nagrinėtų bylą, o prokurorė Mary Jo White vėliau sakė: "John O'Neill, tirdamas mūsų ambasadų sprogdinimus Rytų Afrikoje, sukūrė šabloną sėkmingam tarptautinio terorizmo tyrimui visame pasaulyje".