Po 2000 m. Europos čempionato "Nesta" išliko Italijos pirmojo pasirinkimo centrinis krepšininkas, kuriam vadovavo naujasis treneris Giovanni Trapattoni. 2002 m. Pasaulio čempionate jis kartu su Fabio Cannavaro žaidė centrinėje gynyboje, išlaikydamas švarų varžovą per pirmąją pergalę prieš Ekvadorių, tačiau vėlgi, dėl sužalojimo jis negalėjo žaisti antrojo raundo, o Nesta nepasirodė prieštaringai vertinamoje antrojo raundo pergalėje prieš Pietų Korėją. Nesta buvo populiari Italijos komanda, kuri laimėjo Euro 2004 kvalifikacinę grupę. Italijos nusivylimas didžiuosiuose turnyruose tęsėsi ir 2004 m. Europos čempionate
, tačiau jie buvo išbraukti iš pirmojo etapo po penkių taškų lygybės su Danija ir Švedija, tik kad būtų pašalinti tiesioginiuose susitikimuose. Nesta sugebėjo išlikti be sužalojimų ir žaidė visas 90 minučių visose trijose grupės rungtynėse, padėdama Italijai išlaikyti švarų lapą atidarymo rungtynėse prieš Daniją.