Įsiveržus į Lenkiją, 1939 m. rugsėjį, kai prasidėjo Antrasis pasaulinis karas, vokiečiai įsiveržė į miestą, bombardavo geležinkelio stotį, namus, ligoninę ir bažnyčią bažnyčios tarnybos metu. Žuvo apie 150 žmonių, dar 200 buvo sužeisti, 100 pastatų buvo sunaikinti. 1939 m. rugsėjo 10 d. Vermachto užimtas, kitą dieną vokiečių kariai įvykdė 60 lenkų egzekuciją mieste. Rugsėjo 11 d. Adolfas Hitleris aplankė miestą. Okupacijos metu
, vokiečiai įkūrė tranzito stovyklą lenkų karo belaisviams, vėliau deportuotiems į nacių Vokietiją, ir getą žydams, vėliau deportuotiems į Varšuvos getą ir nacių koncentracijos stovyklas. Vokiečiai mieste nužudė daugiau kaip 200 žmonių, tačiau Lenkijos požeminis pasipriešinimo judėjimas vis dar veikė ten. Esamų gamyklų gamyba buvo pritaikyta gaminti produktus Vokietijai ir pritaikyta prie vokiečių poreikių. 1945 m. sausio 17 d. Skiernievičius užėmė sovietų pajėgos.