1643 m. Sausio 16 d. Tomas, Lordas Grejus iš Groby buvo paskirtas vidurio krašto asociacijos vyriausiuoju vadu ir tada buvo įsakytas ypatingai rūpintis Notinghamu antrojo pilietinio karo metu. 1643 m. birželį jis ten įkovojo būstinę su maždaug 6000 karių. 1643 m. kovo 5 d. laiške savo sūnui Tomui Henris Grejus (Tomo tėvas) apibūdina mūšį, per kurį buvo perimta visa šalis, perkeliant tokius miestus kaip Lutterworth, Hinckley, Barwell, Lichfield ir Newark. 1643 m. rugpjūčio 29 d. Aylesbury'yje jis prisijungė prie Essexo grafo žygiavimo į Gloucesterį. Po to, kai buvo atšaukta apsiausta, jis kovojo pirmoje Niuberio mūšyje.
už kurį jis gavo padėkos. 1644 m. jis gavo didesnį įvertinimą dėl vietų sumažinimo Derbšyre. Po to jis paliko Leicesterį dėl nesusipratimo, bet 1645 m. buvo paprašytas grįžti, kad susidurtų su rojalistų išpuoliu. 1648 m. lordas Grejus iškėlė kariuomenę Leicesteršyre. Po škotų pralaimėjimo prie Prestono, jis persekiojo Hamiltono kunigaikštį ir jo žirgą iki Uttoxeterio ir prisiėmė atsakomybę už jo suėmimą, nors kunigaikštis Hamiltonas tvirtino, kad jis pasidavė. Iki rugpjūčio Grei turėjo įvairius milicijos vadovus. 1651 m. jis buvo pasiųstas susirinkti savanorių su vyriausiojo vadas Leicester, Nottingham, Northampton ir Rutland grafystėse, kad susidurtų su Škotijos invazija. Rugsėjį seras Edvardas Massie pasidavė lordui Grejui po Vesterio mūšio.