Kai 1799 m. pradžioje prasidėjo Antroji koalicijos karas, Nauendorfas dalyvavo Austrijos pergalėse Ostrache.
(kovo 21 d.) ir vėliau Stockache (kovo 25 d.). Kovo pradžioje jis vedė 17 000 karių išsivysčiusią gardiją per Lech upę prie Augsburgo, kur jie buvo dislokuoti į Ostrachą, kaimą prie Dunojaus upės ir mažiau nei nuo Laisvojo imperatoriaus miesto Pfullendorfo. Jurdano Dunojaus armija kovo 1 d. perėjo Rainą ir persikėlė į rytus, kad nutrauktų ryšius tarp pagrindinės Austrijos pajėgos, įsikūrusios netoli Augsburgo, ir Austrijos kariuomenės Šiaurės Italijoje. Ostrache, jo priekinė sargyba ištvėrė tiesioginį kontakto šoką, tačiau pagrindinė armijos jėga buvo mažiau nei dieną už jo, o Austrijos pajėgų vadas archiduke'as Karolis padalino savo kariuomenę į tris puolimų kolonas, kad vienu metu atakuotų tris Prancūzijos linijos taškus; po bjaurių kovų dienos austriai supanko prancūzus šiaurėje ir pietuose ir grasino peržengti liniją viduryje. Prancūzai pasitraukė į Mösskirch, o po to į Engeną ir Stockachą, kur kovo 25 d. kovos atnaujintos. Stockache Nauendorfas vėl vadovavo Austrijos išankstinei gvardijai, kurią sudarė Habsburgų pasienio karuose patyrę kariai. Išankstinė sargyba, arba "Vorhut", prieš mūšį buvo perkelta į pagrindinės Austrijos linijos centrą ir perėmė pagrindinę kovų naštą.