1940 m. Antrojo pasaulinio karo metu Stewartas buvo paskirtas į armijos kino ir fotografijos padalinį (AFPU) ir 1942 m. vadovavo 2 numeriu AFPU per sąjungininkų iškrovimą Tunise. Kitąmet jis redaguoja filminius vaizdus iš kovų į dokumentinį filmą "Desert Victory". 1944 m. jis kartu su Franku Kapra ir Džonu Hjustonu režisavo filmą " Tuniso pergalė", nors didžioji jo dalis buvo nufilmuota Jungtinėse Valstijose. Stewartas vadovavo 5 AFPU, apžiūrėjo D-Day iškrovimus, Kaeno mūšį
ir Reino perėjimo.