2019 m. lapkričio 3 d. Niko Kovač po pralaimėjimo 5:1 prieš "Eintracht Frankfurt" abipusiu sutikimu paliko "Bayern Munich", o jo padėjėjas Hansi Flickas buvo paaukštintas į laikinąjį trenerį. 2019 m. lapkričio 6 d. savo pirmoje rungtynėje "Bayern" nugalėjo "Olympiakos" 2:0 UEFA Čempionų lygos grupės etape. 2020 m. balandžio mėn. "Bayern Munich" paskyrė Flicką nuolatiniu treneriu su sutartimi iki 2023 m. Flikas sėkmingai vadovavo "Bayern" laimėti "Bundesliga", "DFB-Pokal" ir UEFA Čempionų lygą, taip antrą kartą klubo istorijoje užbaigdamas kontinentinį treble. Kitą sezoną jis vadovavo "Bayern" laimėti 2020 m. UEFA Super taurę.
Prieš "Sevilją". Jis taip pat vedė "Bayern" į pirmąjį šešiakampį po to, kai 2021 m. vasario mėn. laimėjo Pasaulio klubo taurę, nugalėdamas Meksikos komandą "Tigres".