Fanon gydymo metodai pradėjo vystytis, ypač pradėdamas socioterapiją, kad susietų su savo pacientų kultūrine aplinka. Jis taip pat mokė slaugytojus ir stažuotojus. Po Alžyro revoliucijos
1954 m. lapkričio mėn. Fanonas prisijungė prie Nacionalinio išsivadavimo fronto, 1955 m. susisiekęs su dr. Pierre Chaulet Blida. Dirbdamas Prancūzijos ligoninėje Alžyre, Fanonas buvo atsakingas už prancūzų kareivių ir pareigūnų, kurie kankindavo, siekdami slopinti antikolonijinį pasipriešinimą, psichologinį kankinimą. Be to, Fanon taip pat buvo atsakingas už Alžyro kankinimų aukų gydymą.