1900 m. Ōkubo buvo paaukštintas į generolo leitenantą ir karinio mokymo generalinio inspektoriaus štabo vadą. 1902 m. gegužę jis tapo IJA 6-osios pėstininkų divizijos vadu. Per Rusijos ir Japonijos karą IJA 6-oji pėstininkų divizija buvo prijungta prie Japonijos antrosios armijos, tačiau po Šaho mūšio
Prieš Mukdeno mūšį buvo perkelta į Japonijos Ketvirtąją armiją. Po karo jis buvo apdovanotas 1 klasės Kylančios saulės ordinu ir 2 klasės Aukso drakonų ordinu. 1906 m. liepos mėn. jis buvo perkeltas į IJA 3-osios divizijos vadovybę, o 1907 m. rugsėjo mėn. buvo paaukštintas į "kazoku" kunigaikštystę su "danshaku" (barono) titulu.