2016 m. sezonas buvo 105-asis Malmö FF egzistavimas, 81-asis Allsvenskan ir 16-asis iš eilės sezonas lygoje. Jie varžėsi Allsvenskan
2015-2016 m. Svenska Kupen, kur jie baigė pirmieji, ir 2016-2017 m. Svenska Kupen, kur jie buvo išmesti antrajame raunde. Sezonas prasidėjo Svenska Cupeno grupės etapu vasario 20 d., lygos rungtynės prasidėjo balandžio 2 d., o sezonas baigėsi paskutine lygos rungtynėmis lapkričio 6 d.