Besarabijos metropolija buvo įkurta 1918 m. kaip Kišinėjo arkivyskupija, o 1927 m. - kaip metropolija. Neaktyvus sovietų okupacijos Besarabijoje metu
(1940-1941 m.) ir sovietų valdžia Moldavijoje (1944-1991 m.), Besarabijos metropolis buvo vėl aktyvuotas 1992 m. rugsėjo 14 d. ir 1995 m. pakeltas į eksarchato laipsnį. Dabartinis Besarabijos metropoliatas yra Petru (Păduraru).