1238 m. popiežius Gregorius IX suformavo aljansą tarp Genovos ir Venecijos prieš imperiją, ir tuo pačiu prieš Pizą. Praėjus metams, jis ekskomunikavo Fryderyką II ir 1241 m. Romoje surengė priešimperijinį susirinkimą. 1241 m. Gegužės 3 d. jungtinis Piso ir Sicilijos laivynas, vadovaujamas imperatoriaus sūnaus Enzo, užpuolė Genujos konvoją, vežantį prelatus iš Šiaurės Italijos ir Prancūzijos, netoli Giglio salos (
Giglio mūšis), Toskanos priešais; genuečiai prarado 25 laivus, o apie tūkstantį jūreiviai, du kardinolai ir vienas vyskupas buvo paimti į nelaisvę. Po šios didžiulės pergalės Romos koncilis žlugo, bet Pisa buvo ekskomunikuota. Ši ekstremali priemonė buvo panaikinta tik 1257 metais. Toskanų miestas bandė pasinaudoti palankiomis aplinkybėmis, kad užkariautų Korsikos miestą Aleria ir net apgultų pačią Genovą 1243 m.