Honshu, kalnuota ir vulkaninė, dažnai patiria žemės drebėjimus (Didysis Kantō žemės drebėjimas smarkiai sugadino Tokiją 1923 m. Rugsėjo mėn., o 2011 m. Kovo mėn.
išjudino šiaurės rytų salos dalį įvairiais kiekiais, taip pat sukeldamas niokojančius cunamis). Aukščiausia viršūnė yra aktyvus ugnikalnis Fudži kalnas, kuris Honsū yra 7-oji aukščiausia pasaulio sala. Čia yra daug upių, tarp jų ilgiausia Japonijoje - Šinano. Japonijos Alpai užima Honšū teritoriją nuo "Japonijos jūros" pakrantės iki Ramiojo vandenyno krantų. Japonijos vakaruose klimatas paprastai yra drėgnas subtropinis, o šiaurėje - drėgnas kontinentinis.