Vis dar pasiryžęs nuversti Kleopatrą VII, Ptolemejus XIII susivienijo su Arsinoje IV. Jie kartu suorganizavo jiems ištikimos kariuomenės frakcijas prieš Kleopatros VII ir palyginti nedidelės jo kariuomenės, kuri lydėjo Cezarį į Egiptą, ištikimybę. Kova tarp priešinasi frakcijų įvyko gruodžio viduryje 48 m. pr. Kr. pačioje Aleksandrijoje (Aleksandrijos apgulė (47 m. pr. Kr.)
), kuri patyrė didelę žalą. Maždaug tuo metu buvo sudeginta Aleksandrijos biblioteka.