Kai 1809 m. prasidėjo karas su Prancūzija, von Hilleri buvo suteikta VI armijos korpuso, apimančio pagrindinės Austrijos armijos kairįjį sparną, komanda. Kai Prancūzijos imperatorius Napoleonas I balandžio 20 d. Abensbergo mūšyje žuvo Austrijos kairiuoju sparnu, Hilleris atvyko ir perėmė V, VI ir II rezervo armijų korpuso vadovybę. Pralaimėta prie Abensbergo ir balandžio 21 d. Landšuto mūšyje
, jis buvo atskirtas nuo pagrindinės armijos. Balandžio 22 d. arkiduke Karolis buvo nugalėtas Eckmuilo mūšyje ir pasitraukė į šiaurinį Dunaus krantą. Neatpažindamas, kad yra vienas pietiniame krantelyje, Hilleris užpuolė Prancūzijos maršalą Jean-Baptiste Bessières ir balandžio 24 d. laimėjo nedidelę pergalę Neumarkt-Sankt Veit mūšyje. Galiausiai, suprasdamas, kad šansų jam nėra, jis nuo balandžio 25 d. iki gegužės 3 d. gerai susitraukė link Linco. Paskutinį kartą jis kovojo su André Masséna korpusu Ebelsbergo mūšyje. Šis pralaimėjimas privertė von Hillerį pasitraukti per Dunoją prie Mauterno.