2011 m. kovo 12 d. po žemės drebėjimo ir cunamio šiaurės rytų Japonijoje
, Kan sraigtasparniu stebėjo Fukušimos I branduolinę elektrinę ir aktyviai dalyvavo pastangose veiksmingai reaguoti į Fukušimos Daiči branduolinę katastrofą. Po Fukušimos katastrofos Naoto Kanas ėmė vis labiau priešinti branduolinę energiją. Gegužę jis įsakė uždaryti senstančią Hamaokos atominę elektrinę dėl žemės drebėjimo ir cunamio baimės, ir sakė, kad jis įšaldys planus statyti naujus reaktorius.