2014 m. birželio mėn. FIFA etikos komitetas 90 dienų uždraudė Beckenbauerui bet kokią su futbolu susijusią veiklą, nes jis tariamai atsisakė bendradarbiauti su korupcijos tyrimu, susijusiu su 2018 m. ir 2017 m.
2022 m. Pasaulio čempionatas Rusijoje ir Katare. Jis protestojo prieš draudimą, nes prašė, kad jam pateikti klausimai būtų rašytiniai ir vokiečių kalba. Draudimas buvo panaikintas po to, kai Beckenbaueris sutiko dalyvauti FIFA tyrime. 2016 m. vasario mėn. Beckenbauer buvo baudžiamas 7 000 CHF ir įspėtas FIFA etikos komiteto dėl nesudalyvavimo su tyrimu 2014 m.