1940 m. birželio 15 d. Sovietų Sąjunga okupavo Lietuvą, o šauliams, kaip ir likusiems kariškiams, buvo įsakyta nesistengti. Aleksandras Barauskas, šaulys ir pasienio sargybinis, buvo nužudytas Raudonosios armijos kareivių anksti birželio 15 dieną ryte. Naujoji Lietuvos Sovietų Liaudies Vyriausybė nedelsdama ėmėsi veiksmų, kad likviduotų sąjungą. Jo vadas pulkininkas Pranas Saladžius 1940 m. birželio 19 d. buvo atleistas, o gynybos divizijos vadas generolas Vincas Vitkauskas, bendradarbiavęs su sovietais, 1940 m. birželio 25 d. įsakė šauliukams perduoti ginklus kariuomenei. 1940 m. liepos 13 d. sovietų valdžia išleido įsakymą likviduoti sąjungą. Vėlesniais mėnesiais kai kurie aktyviausi šauliai buvo suimti kaip "tautos priešai" ir išsiųsti į įvairias Gulago stovyklas. 1941 metų birželį sovietai pradėjo
masinė deportacija, kurios tikslas buvo "anti-sovietiniai elementai", įskaitant šaulius. Tarp deportuotųjų buvo LRU vadas pulkininkas Pranas Saladžius, moterų skyriaus garbės vadas Emilija Putvinskienė, Utenos pulko vadas pulkininkas Pranas Bronevičius, kultūros skyriaus vadovas Vincas Daudzvaras ir kiti.