Į Raudonąją armiją buvo įdarbinta apie 60 000 lietuvių. 1940 m. Sovietų Sąjungos valdžia, remdamasi išardyta Lietuvos armija, suorganizavo 29-ąjį teritorinį šaulių korpusą. Gyvenimo kokybės ir tarnybos sąlygų sumažėjimas, komunistinės ideologijos indoktrinavimas sukėlė neseniai sovietizuotų karinių padalinių nepasitenkinimą. Sovietų valdžios institucijos reagavo represijomis prieš 29-ojo korpuso lietuviškus pareigūnus, 1940 m. rudenį suėmė daugiau nei 100 pareigūnų ir karių, o vėliau įvykdė maždaug 20 egzekucijų. Tuo metu 29 korpuso beveik 3 200 karininkų ir karių buvo laikomi "politiniu požiūriu nepatikimais". Dėl didelės įtampos ir karių nepasitenkinimo 26-asis kavalerijos pulkas buvo išardytas. 1941 m.
Birželio deportacijos daugiau nei 320 29 korpuso karininkų ir karių buvo suimti ir deportuoti į koncentracijos stovyklas arba nužudyti. 29-asis korpusas žlugo po Vokietijos invazijos į Sovietų Sąjungą: birželio 25-26 dienomis 184 šaulių divizijoje kilo maištas. Kitas 29-ojo korpuso divizija, 179-oji šaulių divizija, per pasitraukimą prarado daugybę savo karių, daugiausia dėl savo karių dezertorių. 1941 m. rugpjūčio mėn. į Pskovo regioną iš pradžių atvyko mažiau nei 1500 karių iš maždaug 12 000 karių. 1942 m. antroje pusėje dauguma sovietų kariuomenėje likusių lietuvių, taip pat vyrų karo pabėgėliai iš Lietuvos buvo suorganizuoti į 16-ąją šaulių diviziją. 16-oji šaulių divizija, nors oficialiai vadinama "Lietuvos" ir jai vadovavo daugiausia lietuvių kilmės karininkų, įskaitant Adolfas Urbšas, buvo etniškai labai mišri, o iki 1/4 jos personalo sudarė žydai, todėl buvo didžiausia žydų formacija Sovietų armijoje. Populiarus tų metų pokštas sakė, kad 16-oji divizija vadinama lietuviška, nes tarp jos narių yra 16 lietuvių.