Šortenas gimė 1967 m. gegužės 12 d. Šventojo Vincento ligoninėje, Melburne, Ann Rosemary (gimė McGrath) ir William Robert Shorten sūnų. Jis turi dvynį brolį, Robertą. Pagal pareiškimą, pateiktą per 2017-18 metų dvigubos pilietybės skandalą
, Shorten iki 2006 m. turėjo britų pilietybę, tačiau atsisakė jos, kad galėtų dalyvauti parlamento rinkimuose.