1567 m. vasario mėn. Darnley rezidencija buvo sunaikinta sprogimo, ir jis buvo rastas nužudytas sode. Jamesas Hepburnas, 4-asis Bothwellio grafas, buvo apskritai tikima, kad orkestravo Darnley mirtį, bet jis buvo išteisintas iš kaltinimo 1567 m. Balandžio mėn., o kitą mėnesį jis vedė Mariją. Po sukilimo prieš porą, Marija buvo įkalinta Loch Leven pilį. 1567 m. Liepos 24 d. Ji buvo priversta atsistatyti savo vienerių metų sūnaus naudai. Po nesėkmingo bandymo susigrąžinti sostą, ji pabėgo į pietus, ieškodama savo pirmojo pusbrolio, kai buvo pašalinta, Anglijos karalienės Elžbietos I apsaugos.
Marija