Kai prasidėjo Pilietinis karas, Kaphartas paliko medicinos praktiką Bridžporte ir savanoriškai prisijungė prie Sąjungos armijos. 1861 m. rugsėjo 18 d. jis buvo paskirtas 1-ojo Vakarų Virdžinijos kavalerijos pulko chirurgu. 1863 m. Antroje pusėje jis dalyvavo Gettysburgo, Bristoe stoties ir Mine Runo mūšiuose.
- Taip. Generolo Judsono Kilpatricko ir kitų rekomendacijų pagrindu 1864 m. vasario 22 d. Capehartas tapo pulkininku ir perėmė Nathaniel P. Richmondą, kuris atsistatydino dėl sveikatos problemų, kaip pulko vadas.