1799 m. kampanijos metu Weyrother tarnavo Feldzeugmeister Pál Kray štabo viršininku, kur jis išsiskyrė Legnagoje (kovo 26 d.), Magnanoje (balandžio 5 d.) ir, dabar dirbdamas ryšių pareigūnu su Rusijos feldmaršaliu Aleksandru Suvorovu, Novi
rugpjūčio 15 d. Tada jis planavo rusų karių epos maršą Aleksandru Suvorovu per Šv. Gotardo perėjimą. 1800 m. vasario 5 d. Weyrotheras buvo paaukštintas į Oberstą (polkovniką) ir jam buvo suteikta Infanterie-regimento Nr. 7 "Schröder" komanda, kuri buvo Pál Kray vadovaujamos armijos Vokietijoje dalis, tačiau dar viena žaizda ir kampanijos įtampos privertė jį palikti armiją, kad atsigautų. 1800 m. rudenį imperatorius Pranciškus II atšaukė jį ir paskyrė 18 metų Austrijos arkiduke Jono, naujojo armijos Bavarijoje vadas ir jo "Adlatus" (pagrindinis patarėjas) Franz von Lauer, štabo viršininku. Tikėdamas, kad Žano Moreau prancūzų armija traukiasi atgal, Weyrother'as organizavo agresyvų persekiojimą per sunkiai miškuotą vietovę keturiomis tarpusavyje nepalaikančiomis kolonomis. Vietoj to, Moreau ištvėrė savo poziciją, užpuolė austrų kairiąją pusę. Po Hohenlindeno mūšio Austrijos kariuomenė patyrė didžiulę katastrofą, o Antroji koalicijos karas iš esmės baigėsi. Nepaisant to, Weyrother buvo paskirtas naujojo užsienio reikalų ministro, grafo Ludvigo Cobenzlo, kariniu patarėju derybose po Šteiro paliaubų, kurie 1801 m. lėmė Lunvilės taiką.