1798 m. Jourdanas paskyrė jį stebėjimo armijos štabo viršininku. Ernoufas buvo stebėjimo armijoje, kai ji perėjo Rainą, o britų istorikai tai pavadino Campo Formio sutarties pažeidimu, dėl kurio prasidėjo Antroji koalicijos karas. Kovo 2 d. armija buvo pervadinta į Dunaus armiją ir žygiojo į Aukštutinę Švabiją, kur kovo 21 d. kovo 21 d. Ostrache ir vėl kovo 25 d. Stockache susidūrė su arkiduke Karolio Habsburgo pajėgomis. Abiem mūšiuose Habsburgų kariuomenė, prancūzų pajėgas viršijusi atitinkamai 3-1 ir 2-1, apvalė prancūzų linijas; kariuomenės vadas Jourdanas negalėjo pakankamai sutelkti savo pajėgų, kad būtų galima priešintis Habsburgų pajėgoms, ir kovo pabaigoje pasitraukė į Juodąjį mišką. Ernoufas ėmė vadovauti Dunojaus armijai, o Jourdanas grįžo į Paryžių, kad paprašytų daugiau karių. Jis buvo pakeistas kaip Dunojaus armijos vadas André Masséna, ir tarnavo kaip Massena štabo vadas Šveicarijos kampanijoje 1799 m., per kurią jis matė veiksmus Ciuriche ir centrinėje Šveicarijoje; jis vėl buvo Ciuriche.
už prancūzų pergalę prieš Aleksandrą Rimski-Korsakovą.