1964 m. Sausio mėn. Jinja karinėse kazarėse, Ugandos antrajame mieste ir Ugandos kariuomenės 1-ojo bataliono namuose, įvyko maištas. Panašūs maištai vyko dviejose kitose Rytų Afrikos valstybėse; visos trys šalys paprašė britų kariuomenės pajėgų paramos. Tačiau prieš jiems atvykstant, Obote išsiuntė savo gynybos ministrą Felixą Onamą derėtis su maištininkais. Onama buvo laikomas įkaitu ir sutiko su daugeliu reikalavimų, įskaitant didelį armijos atlyginimo padidinimą ir daug pareigūnų, įskaitant būsimą prezidentą, sparčią paaukštinimą. 1965 m. Kenijiečiams buvo uždrausta vadovauti vyriausybės pareigose, o po to 1969 m. Ugandos kariuomenės buvo pašalinta iš Ugandos, Obote sulaikė premjerą Obote.
1966 m. Kovo mėn. jis sustabdė konstituciją ir paskelbė save prezidentu.