2003 m. vasarą Pancaro perėjo į "AC Milan" mainais į Demetrio Albertini, kur jis žaidė du sezonus. Jo pastovumas ir darbo intensyvumas padarė jį svarbiu "Milan" komandos nariu, nes jis laimėjo savo antrą "Serie A" titulą, taip pat Italijos superpuodą.
, taip pat pasiekė UEFA Čempionų lygos finalą 2004-2005 m., ypač įveikė Brescią 2003 m. 2004 m. jis pasirašė vienerių metų sutartį su klubu.