Ernst August Hagen gimė Königsberge, tuometinėje Rytų Prūsijos administracinėje sostinėje (ir beveik dešimtmetį po 1806 m.
kai karalius pabėgo iš Berlyno, Prūsijos teismo namų). Jo tėvas Karlas Gottfriedas Hagenas (1749-1829) buvo žinomas chemikas ir rūmų vaistininkas.