"Juniata" tęsė keliones Vakarų Indijose, konvojuodama Kalifornijos laivus į saugus vandenis ir budriai stebėdama Konfederacijos kruizerių ir blokados bėgikų ženklus, kol lapkričio 24 d. išplaukė į Niujorką ir atvyko gruodžio 2 d. 1864 m. pirmąjį pusmetį Filadelfijoje remontuojamas "Juniata", rugpjūčio 12 d. išplaukė ieškoti Konfederacijos kruizerio "Tallahassee", kuris buvo praneštas iš Sandy Hook, Niujersio valstijoje. Po penkių dienų laivas nusileido Hampton Roads ir prisijungė prie Šiaurės Atlanto blokados eskadrono. Jis veikė Hamptono keliuose, kol gruodžio pradžioje išplaukė į Vilmingtoną, ruošiantis artėjančioms puolimų operacijoms prieš tą galingą tvirtovę ir blokados centrą. Pirmojo puolimos prieš Fort Fisher metu laivas buvo kovos viduryje, uždarydamas pietines baterijas, kad būtų galima veiksmingai bombarduoti. Jos drąsa šioje proga, kuri kainavo jos du pareigūnai ir trys vyrai žuvo ir 11 vyrų buvo sužeisti, vėl buvo parodyta per antrą ataką prieš Fort Fisher
nuo 1865 m. sausio 13 d. iki sausio 15 d. Dar penki jos vyrai žuvo ir 10 buvo sužeisti per šį puolimą, kuris išvarė Vilmingtoną iš pietų rankų, uždarydamas Konfederaciją nuo efektyvios užsienio pagalbos.