Yegipko vadovavo povandeninių laivų brigadoms po sugrįžimo į Sovietų Sąjungą, įskaitant sovietų ir Suomijos karą, ir po Vokietijos invazijos į Sovietų Sąjungą 1941 m. Birželio mėn. Dalyvavo sovietų evakuacijoje iš Talino
1941 metų rugpjūtį. Tuo metu jo povandeninis laivas "S-5" buvo numuštas minos, o Egipko turėjo būti išgelbėtas iš vandens, nes jis buvo numuštas į vandenį. Vėliau jis tapo jūrų atašė Jungtinėje Karalystėje ir buvo stebėtojas keliuose Arkties konvojuose, įskaitant katastrofinį konvoją PQ 17. Vėlesnius karo metus jis praleido su ginkluotųjų pajėgų generaliniu štabu, po kurio jis užėmė keletą pareigų karinio jūrų laivyno švietimo ir akademinėje bendruomenėje, baigiantis kariuomenės vadovu. 1967 m. jis išėjo į pensiją ir iki mirties 1985 m. parašė savo atsiminimus.