Užimtas Sovietų Sąjungos po 1939 m. Molotovo-Ribbentropo pakto, jis buvo NKVD griežtos politikos objektas. 1939 m. gruodį neužbaigtą kalėjimą perėmė NKVD ir jame buvo kalinami politiniai kaliniai iš visų sovietų okupuotos Lenkijos dalių. Čia buvo laikomi nuo 1500 iki 3000 kalinių, kurie buvo laikomi sunkiomis sąlygomis, o nauji kaliniai atvyko po to, kai ankstesni buvo palaipsniui pervežti į Gulagas ir kitus sovietinius kalėjimus. 1940 m. dauguma vietinių lenkų buvo suimti ir perkelti į įvairius sovietinius gulagus ir kalėjimus visoje SSRS. 1941 m. birželio 24 d. ir 25 d., kai prasidėjo Sovietų-Vokietijos karas, NKVD įvykdė egzekuciją maždaug 550 Dubno kalėjimo kalinių. Iš jų išgyveno tik 8 kaliniai. Maždaug tuo metu netoli miesto (ir aplink Lutską ir Brody) vyko didelis tankų mūšis. 1941 m. Brodės mūšyje Ewald von Kleist vadovaujama 1-oji vokiečių tankių grupė sugebėjo nutraukti Sovietų Sąjungos 9-ojo ir 19-ojo mechaninių korpusų bei 8-ojo mechaninių korpusų kontrataką. 8-ojo korpuso tankų grupė užėmė Dubną ir laikė ją 5 dienas, kol ją perėmė stipresnės vokiečių pajėgos (Konstantino Rokossovskio, Nikolajo Feklenko ir D.I. Rybjasevo vadovaujama 8-ojo korpuso tankų grupės vadas buvo brigados komisaras N.K. Popelis). Netrukus miestą okupavo Vokietija. Okupacijos metu
, vokiečiai susprogdino istorinę 18-ojo amžiaus savivaldybę.