Po sovietų okupacijos 1940 m. birželį Šliūpas buvo pakviestas (mažiausiai per Mečislovas Gedvilas, kuris buvo Etinės kultūros draugijos narys) į Lietuvos Liaudies Vyriausybę, tačiau atsisakė. Buvęs premjeras Antanas Merkys apsilankė Šliūpo namuose Palangoje, kai bandė pabėgti į užsienį. Skirtingai nuo daugelio lietuviškų periodinių leidinių, "Laisvoji mintis" nebuvo panaikinta naujojo komunistinio režimo, tačiau Šliūpas redaktoriaus pareigas pakeitė. Šliūpo investicijos ir kitas turtas buvo nacionalizuotas, tačiau nauja vyriausybė padarė ypatingą išimtį, leidžiančią jam išlaikyti savo namą Palangoje. Per
Birželį Šliūpasas buvo deportuotas į Sibirą, o jis gavo įspėjimą, kad jo šeima yra deportuotų sąraše.