1799 m. Kovo mėn. Dunojaus armija dalyvavo dviejuose dideliuose mūšiuose, abu pietvakarių Vokietijos mūšiuose. Intensyviai vykusioje Ostracho mūšyje
1799 m. kovo 21 d. Antrosios koalicijos karo pirmame mūšyje Austrijos pajėgos, vadovaujamos arkiduke Karolio, nugalėjo Džordano Dunojaus armiją. Prancūzai patyrė didelių nuostolių ir buvo priversti pasitraukti iš regiono, užimdami naujas pozicijas į vakarus prie Messkirch (Mößkirch, Meßkirch), o po to prie Stockach ir Engen. Antrame mūšyje Stockache, 1799 m. kovo 25 d., Austrijos armija laimėjo lemiamą pergalę prieš Prancūzijos pajėgas ir vėl išstūmė Prancūzijos armiją į vakarus. Jourdanas įsakė savo generolams užimti pozicijas Juodame miške, o pats įkūrė bazę Hornberge. Iš ten generolas Jourdanas paliko armijos vadovybę savo štabo vadui Jean Augustin Ernoufui ir keliavo į Paryžių, kad paprašytų daugiau ir geresnių karių ir galiausiai paprašytų sveikatos atostogų.