1940 metų birželį Lietuvos vyriausybė besąlygiškai sutiko su sovietų ultimatumu. Lietuva buvo okupuota, paversta Lietuvos SSR ir įtraukta į Sovietų Sąjungą. Sovietų Sąjunga pradėjo įgyvendinti įvairias sovietizacijos politiką, įskaitant privačios nuosavybės nacionalizavimą ir masinius politinių aktyvistų ir kitų, vadinamų "tautos priešais", areštus. Šie areštai nukreipti į daugybę žinomų politikų (pvz., Aleksandras Stulginskis, Juozas Urbšys, Leonas Bistras, Antanas Merkys, Pranas Dovydaitis, Petras Klimas), vyriausybės pareigūnus, kariuomenės pareigūnus, Lietuvos šaulių sąjungos narius. Lietuvos kariuomenė buvo reorganizuota į 29-ąjį Raudonosios armijos šaulių korpusą. Taip pat sovietai uždarė visas nekomunistines kultūrines, religines ir politines organizacijas. Ekonominė padėtis vis blogėjo, o gyvenimo lygis sumažėjo. Po metų, vos prieš savaitę iki sukilimo, apie 17 000 lietuvių, daugiausia iš inteligentijos, su visomis savo šeimomis buvo išvežti į Sibirą, kur daugelis žuvo dėl nežmoniškų gyvenimo sąlygų (žr.
Birželio deportacija). Tai buvo vienintelis svarbus įvykis, kuris paskatino visuomenės paramą sukilimui. Ši tragedija iš pradžių paskatino gerą požiūrį į vokiečių invaziją. Žmonės, kurie išvengė deportacijos ar areštų, spontaniškai susiformavo į ginkluotas grupes, pasislėpė miškuose ir laukė didesnio sukilimo.