Tačiau kartais yra neatitikimų tarp molekulinių ir morfologinių tyrimų; jie gali būti skirstomi į du tipus: (i) viena morfologija, kelios linijos (pvz., morfologinė konvergencija, kriptiškos rūšys) ir (ii) viena linija, kelios morfologijos (pvz., fenotipinis plastiškumas, keli gyvenimo ciklo etapai). Kadangi protistai yra visos parafiletinės sistemos, dažnai yra lengviau atsisakyti ar suskaidyti karalystę, o ne traktuoti protistų grupes kaip atskiras eukotines linijas.
ne monofiletiniai