Tarptautinis baudžiamojo teismo buvusiosios Jugoslavijos bylose Karadžić buvo apkaltintas genocidu, karo nusikaltimais ir nusikaltimais žmoniškumui Bosnijos karo metu.
nuo 1992 m. iki 1995 m. Srebrenicos žudynė, kurioje buvo nužudyta apie 8 tūkst. musulmonų, yra vienas sunkiausių jo kaltinamų nusikaltimų. Tarptautinis Teisingumo Teismas ir Tarptautinis baudžiamosios bylos dėl buvusiosios Jugoslavijos teismas šią žudynę priskyrė genocidui.