Kai 1474 m. mirė karalius Henrikas IV, Izabelė paskelbė save perėmėja karalienės, ginčydama Juana la Beltraneja (karaliaus 13 metų dukra ir jos dukterėčia) teisę įstoti į sostą. Po to prasidėjus pilietiniam karui
Tarp Izabelos ir Juanos pasekėjų taip pat buvo konfliktas su Portugalija, nes Portugalijos karalius Alfonsas V palaikė savo dukterėčią Juaną. Gonzalo kovojo už Izabelą, vadovaujant Alonsui de Kardenasui, Santjago ordino didžiojiems meistrams. 1479 m. jis dalyvavo paskutiniame mūšyje prieš portugalus, vadovaudamas 120 kopio šaulių. Cárdenas pagyrė jį už jo tarnybą. Pasibaigus karui, Izabelė su vyru Ferdinandu valdė Kastiliją ir Aragoną.