1960 m. jis tapo generaliniu sekretoriumi, oficialiai tapdamas pagrindine personale partijoje po Hồ Chí Minh. Po Hồ mirties Lê Duẩn perėmė Šiaurės Vietnamo vadovybę. Per visą 1955-1975 m. Vietnamo karą Lê Duẩn laikėsi agresyvios pozicijos, manydamas, kad užpuolimas yra raktas į pergalę. Kai 1976 m. Pietų Vietnamas buvo sujungtas su Šiaurės Vietnamu ir partija buvo restruktūrizuota, Lê Duẩn tapo partijos generaliniu sekretoriumi. Lê Duẩn ir jo draugai buvo pernelyg optimistiški dėl ateities. Antrasis penkerių metų planas (1976-1980 m.) žlugo ir Vietnamo ekonomika pateko į krizę. Jis pritarė Vietnamo invazijai į Kambodžą.
1978 m. gruodį, siekiant nuversti Kinijos remiamą Raudonųjų khmerų režimą. Tai turėjo rimtų padarinių Vietnamo ir Kinijos santykiams, Vietnamas atsakė deportuodamas etnines kinus, o Kinija 1979 m. vykdė sunkų nuostolių baudžiamąją ekspediciją prieš Vietnamą. Nuo to laiko Vietnamas palaikė glaudesnį ryšį su Sovietų Sąjunga ir 1978 m. prisijungė prie KOMEKO.