Kitą sezoną Nesta pirmą kartą laimėjo "Milan" pergalę prieš "Chievo" Serie A. Jis vėl tapo klubo starteriu ir buvo vienas iš labiausiai nuoseklių "Milan" žaidėjų per visą 2009-2010 m. Sezoną. Nesta tęsė savo puikią partnerystę su savo kolegos centrininku Thiago Silva per visą 2010-2011 m. sezoną Massimiliano Allegri vadovavimu, suformuodamas įspūdingą gynybinę porą, per 38 žaidimus pergalingojo "Milan" "Serie A" metu pritarė tik 24 tikslams.
kampanija. Milanui taip pat pavyko patekti į Italijos taurės pusfinale, bet vėl nusivylė, kai buvo išbraukti iš Čempionų lygos 16-os. 2010-2011 m. sezono metu buvo spekuliacijos, kad Nesta išeis į pensiją. Tačiau vėliau jis patvirtino, kad nori žaisti dar vieną sezoną "Milan" prieš išeinant į pensiją ir 2011 m. gegužės 18 d. pasirašė sutarties pratęsimą, dėl kurio jis išliko "Milan" komandose iki 2012 m. vasaros. Nesta buvo išrinktas į "Serie A" metų komandą dėl savo pasirodymų per sėkmingą "Milan" vardų pergalę tuo sezonu.