Jaunasis karalius Sebastianas I karštai norėjo vykti į Maroką ir sustabdyti Turkijos remiamų kariuomenės pažangą. Tai buvo įmonė, kuri pažadėjo didesnę žemę ir pajamas Šiaurės Afrikoje kilmingiesiems (jie galbūt tikėjo, kad tai leis jiems išlaikyti savo ekonominę viršenybę prieš prekybininkus), tačiau prekybinė buržuazija taip pat palaikė pastangas, nes tai būtų naudinga Portugalijos prekybai Šiaurės Afrikoje. Sebastianas didžiąją Portugalijos imperijos turtų dalį panaudojo dideliam laivynui ir kariuomenei įrengti. Jis ir portugalų kilmingumo gėlė žuvo 1578 m. Alcácer Quibir mūšyje. Jo mirtis sukėlė pergalės krizę, kai pagrindiniai pretendentai į sostą buvo Ispanijos karalius Filip II ir António, Krato prioras. Likę portugalų kilmingieji ir aukštasis dvasininkas vėl buvo surinkti į savo panašiai mąstančių kolegų, kastilų, rankas ir palaikė Filipusą, Portugalijos Manuelo I anūką. Filipas pasiuntė 40 000 vyrų armiją, vadovaujama Albos kunigaikščio, į Portugaliją. Alkantaros mūšyje jie nugalėjo Antonio karius.
1581 m. jis buvo karūnuotas Portugalijos karaliumi. Taip jis bent iš dalies įvykdė savo tėvo, Habsburgų karaliaus Karlo I (taip pat Šventosios Romos imperijos Karolio V) ambicijas, kurias garsiai cituoja fratas Nicolau de Oliveira: "Se eu fora Rei de Lisboa eu o fora em pouco tempo de todo o mundo" ("Jei būčiau Lisabonos karalius, aš netrukus valdytų visą pasaulį"). Portugalijos ir Ispanijos sąjunga truko šešiasdešimt metų (1580-1640).