Munster buvo išrinktas į pirmuosius 2011-12 metų Heineken Cup varžybas kartu su Northampton Saints, Scarlets ir Castres. Jie įveikė "Northampton" 23 prieš 21 Thomond Parke, po to, kai 83-oje minutėje Ronan O'Gara įvarė golą. Antrame žaidime "Munster" nugalėjo "Castres" 24 prieš 27, o "O'Gara" vėl įveikė viršvalandžio metu, kad užsitikrintų pergalę. "Munster" laimėjo trečią biliardo rungtynes, "Scarlets" 17-14. Po savaitės Munster laimėjo 19 prieš 13. 2012 m. Sausio 14 d. pergalė prieš Castres 26-10, užtikrino, kad Munsteris įstojo į 2011-12 metų Heineken Cup ketvirtfinalo rungtynes. 2011-12 m. "Heineken" taurės varžybas "Munster" baigė pergalėmis 51:36 prieš "Northampton Saints", t. y. ketvirtfinalo varžyboje užsitikrino pirmąją vietą ir pirmą kartą laimėjo 6 iš 6 varžybų varžybose. "Munster" ketvirtfinale pralaimėjo "Ulster" 22 prieš 16, pralaimėjo tik antrą rungtynes namuose "Heineken Cup". 2011 m. "Pro12" čempionate "Munster" užėmė trečią vietą.
, ir žaidė Ospreys išvykoje play-off pusfinale, pralaimėjo 45/10. 2012 m. vasario 22 d. buvo paskelbta, kad McGahanas paliks "Munster" 2011-2012 m. Sezono pabaigoje, kad imtųsi treniruočių koordinatoriaus vaidmens Australijos vadybos komandoje. Kenterberio ir Naujosios Zelandijos U20 komandos treneris Robas Penney buvo išrinktas į McGahan vietą. 2012 m. gegužės 2 d. jis buvo paskelbtas naujuoju "Munster" treneriu.