1861-ųjų gegužės 22-ąją Birney įstojo į Sąjungos armiją kaip kapitonas 1-ajame Niujorko pėstininkų pulke. Pirmą kartą jis dalyvavo pirmoje Bulruno mūšyje. Jis buvo paaukštintas į 4-ojo Naujosios Džersio savanorių pėstininkų bataliono majorių. Jis dalyvavo Antrojo Bulruno mūšiuose, Šantilyje.
, Fredericksburg, ir, kaip pulkininkas, Chancellorsville. 1863-64 m. jis buvo paskirtas vienu iš trijų superintendentų, atsakingų už spalvotųjų karių įtraukimą į Sąjungos armiją, ir šiuo tikslu organizavo septynis pulkus. Jis buvo paskirtas 22-ojo JAV spalvotųjų kariuomenės pulkininku. 1863 m. birželio 9 d. jis buvo paskirtas savanorių brigados generolas, rangas nuo 1863 m. gegužės 22 d., ir buvo paskirtas į Merilendą įdarbinti daugiau juodaodžių karių. 1864 m. jis pasiuntė savo pulkus kovoti Pietų Karolinoje kaip Pietų departamento dalį. Jie buvo prastai, bet daug geriau dirbo kampanijose Floridoje, įskaitant Olustee mūšį.