NRA buvo suformuota iš branduolinės saugos komisijos, kuri priklausė Kabineto, ir branduolinės ir pramonės saugos agentūros, kuri priklausė Ekonomikos, prekybos ir pramonės ministerijai (METI). Po Fukušimos branduolinės katastrofos po 2011 m. kovo 11 d. žemės drebėjimo
Vyriausybės saugumo priemonės buvo laikomos nepakankamomis. Be to, NISA, esanti METI, kuri taip pat buvo atsakinga už branduolinės energijos naudojimo skatinimą, skėtis, buvo laikoma interesų konfliktu. Todėl nauja agentūra buvo įsteigta pagal Aplinkos ministeriją.