Armija buvo reorganizuota, o jos dalis buvo perduota Andrė Massenai ir sujungta su Helvetijos armija. Po reorganizacijos ir komandos pasikeitimo armija dalyvavo keliose susirėmimuose ir veiksmuose rytinėje Šveicarijos aukštumų dalyje, įskaitant Vinterthuro mūšį. Po šio veiksmo trys imperatoriaus armijos pajėgos susivienijo į šiaurę nuo Ciuricho, užbaigdamos dalinę Massenos jungtinės Dunojaus armijos ir Šveicarijos armijos apsupimą. Praėjus kelioms dienoms, per pirmąjį Ciricho mūšį, Massena buvo priversta eiti į vakarus, per Limmatą. 1799 m. vasaros pabaigoje Karolui buvo įsakyta remti imperatoriškąją veiklą Vidurio Reino krašte; jis pasitraukė į šiaurę per Reiną ir žygiavo į Manheimą, palikdamas Ciurichą ir šiaurės Šveicariją nepatyrusiam Aleksandrui Korsakovui ir 25 000 Rusijos karių. Nors pajėgusis Friedrichas Freiherr von Hotze (Friedrichas Freiherr von Hotze) ir toliau palaikė, jo 15 000 vyrų nesugebėjo užkirsti kelio Korsakovo prastai gynybai. Po trijų savaičių, antroje Ciricho mūšyje
, Rusijos pajėgos buvo sunaikintos, o Hotze buvo nužudytas į pietus nuo Ciuricho. Tai paliko Maseną kontroliuojant šiaurės Šveicariją ir privertė Suvorovą į sunkių trijų savaičių žygį į Vorarlbergą, kur jo kariai atvyko, alkani ir išsekę, spalio viduryje.