Kai prasidėjo Pilietinis karas, 1861 m. Balandžio 28 d. Batelis gavo komandą kaip 3-ojo Alabamos pėstininkų būrio majorius ir buvo išsiųstas su pulku į Norfolką, Virdžiniją. Liepos 31 d. jis buvo paaukštintas į pulko leitenanto pulkininką. Jis kovojo Seven Pines mūšyje.
1862 m. gegužės 31 d. buvo paaukštintas į pulkininką. Jis praleido Septynių dienų mūšius, bet grįžta į armiją laiku į Merilando kampaniją, 1862 m. Rugsėjo mėn., kovojo Pietų kalno ir Antietamo mūšiuose. Jis buvo sužeistas, kai nukrito nuo arklio prieš Chancellorsville kampaniją ir buvo priverstas atsisakyti komandos. Nors jis vėl prisiėmė komandą tik po dienos, jo sužalojimai pablogėjo, kai jo žirgas šoktelėjo į griovį, privertęs jį vėl perduoti komandą.