Užrašykite šio skyriaus tęsinį - Su Filipinų-Amerikos karo išsiveržimu
1901 m. viduryje Malone'as buvo perkeltas į naujai įkurtą 27-ąjį pėstininkų pulką Filipinuose ir dalyvavo persekiojant sukilėlių lyderio Emilio Aguinaldo į Luzono pelkes ir purvas. 1901 m. lapkričio 2 d. jis buvo paaukštintas į kapitoną ir paskirtas chemijos instruktoriumi Jungtinių Valstijų karinėje akademijoje Vest Pointe, Niujorke. Tuo metu Malone mokė būsimą armijos generolą ir garbės medalio gavėją Douglasą MacArthurį.