1995 m. vasario 9 d. Desjardinsas kartu su Džonu LeKleiru ir Gilbertu Dionne buvo perkeistas į Filadelfijos "Flyers" mainais į Marką Recchi ir trečiąjį ratą 1995 m. NHL Drafte.
(Martin Hohenberger). Jis buvo priimtas, kad sustiprintų "Flyers" gynybą ir tai jis padarė, kai laimėjo pirmąjį iš septynių "Barry Ashbee" trofėjų, apdovanojimų, kasmet teikiamų "Flyers" geriausiam "blueliner". Likusį savo karjeros laikotarpį jis žaidė "Flyers" klube. Dvi kartus jis buvo išrinktas NHL antrosios komandos "Visų žvaigždžių" žaidime (1999, 2000) ir dar du kartus dalyvavo "Visų žvaigždžių" žaidime (1996, 2000). Jo 396 taškai su "Flyers" užima antrą vietą tarp gynėjų tik po 480 Marko Howe'o komandos istorijoje. 1999-2000 m. sezono metu Desjardinsas tapo "Flyers" kapitonu, kai Eric Lindrosas buvo pašalintas iš kapitono pareigų dėl skundų dėl "Flyers" medicinos personalo.