Kelebų jūra yra senovinio vandenyno baseino dalis, kuri susiformavo prieš 42 milijonus metų bet kurioje vietovėje, nutolusioje nuo bet kurios sausumos. Prieš 20 milijonų metų žemės plutos judėjimas perkelė baseiną pakankamai arti Indonezijos ir Filipinų ugnikalnių, kad gautų išmetamas šiukšles. Prieš 10 milijonų metų Kelebų jūra buvo užtvindyta žemyninėmis šiukšlėmis, įskaitant anglį, kuris buvo išliejamas iš augančio jauno kalno Borneo ir baseinas buvo prijungtas prie Eurazijos.
Prieš 42 milijonus metų