1941 m. gruodžio 5 d. "I-66" išvyko iš Samah, kad pradėtų savo pirmąją karo patruliją. Kai Japonija užpuolė Malaiziją
1941 m. gruodžio 8 d. - pirmoji Antrojo pasaulinio karo diena Rytų Azijoje. "I-66" buvo Pietų Kinijos jūroje prie Trengganu, Britų Malaizijoje, patruliuojant su povandeniniais laivais,,, ir. 1941 m. gruodžio 15 d. "I-66" ir "I-65" buvo atskirti nuo šios pareigos, kad atliktų žvalgybos veiksmus prie Kučingo, siekiant paremti invaziją į Saravaką Britanijos Šiaurės Borneo, kuri prasidėjo 1941 m. gruodžio 16 d. Du povandeniniai laivai gavo įspėjimą, kad prie Kučingo krantų veikia sąjungininkų povandeniniai laivai. 1941 m. gruodžio 24 d., ruošdamasi pakilti į paviršių, kad įkrautų savo baterijas į šiaurės vakarus nuo Kučingo, "I-66" pamatė Nyderlandų karinių jūrų pajėgų povandeninį laivą paviršiuje savo dešiniojoje virve. Po to, kai "I-66" priartėjo prie povandeninio laivo, 10:28 val. "I-66" paleido vieną torpedą. Jis smogė į "K XVI", kuris suskendo į dvi dalis ir nuskendo, žuvo visi 36 įgulos nariai. 2011 m. spalio 4 d. australų nardytojai aptiko "K XVI" sudužtą laivą, sulaužytą į pusę ir nuskeldusį iki.