Falcao praleido pirmąją 2013 m. La Ligas dėl raumenų nuovargio, bet grįžo į antrąją rungtynes prieš "Real" Saragosaną sausio 13 d., kur jis įveikė penalti, laimėjęs 2:0. Pirmoje "Karaliaus taurės" rungtynėse
Ketvirtfinalio rungtynėse prieš "Betis", Falcao įmušė galvos kamuolį per 2-0 pergalę sausio 18 dieną. Sausio 20 d. per rungtynes jis patyrė raumenų sužalojimą, dėl kurio praleido 3 rungtynes, įskaitant antrąją "Copa del Rey" ketvirtfinalo rungtynes prieš "Betis" ir pirmąją pusfinalo rungtynes prieš "Sevilją". Antrajame rungtynėse Falcao sugrįžo į rungtynes ir įmušė golą prieš "Sevilją", kai rezultatas buvo lygus 2 - 2, padėdamas "Atlético" patekti į finalą su 4 - 3 rezultatais. Balandžio 14 d. Falcao surinko duoblį prieš "Granadą" komfortiškoje pergalėje 5:0. Antrasis tikslas buvo 200-asis Falcao karjeros tikslas (skaičiuojant tiek klubą, tiek šalį). Po savaitės Falcao įmušė vienintelį golą per 1-0 pergalę prieš "Sevilją" Ramono Sánchezo Pizjuano stadione.