V a. viduryje, kai Vakarų Romos imperija pradėjo griūti, Trakija išėjo iš Romos valdžios ir pateko į germanų genties valdovų rankas. Su Vakarų Romos imperijos žlugimu, Thrakija virto kovų teritorija didele dalimi ateinančių 1000 metų. Išlikusi rytinė Romos imperijos dalis Balkanuose, vėliau žinoma kaip Bizantijos imperija, išlaikė Trakijos kontrolę iki 7-ojo amžiaus, kai šiaurinė visos regiono pusė buvo įtraukta į Pirmąją Bulgarijos imperiją, o likusi dalis buvo reorganizuota pagal Trakijos temą. Imperatorius atgavo
Prarasti regionai 10-ojo amžiaus pabaigoje, kol bulgarų atgavo kontrolę šiaurinėje pusėje 12-ojo amžiaus pabaigoje. Per visą XIII amžių ir pirmąją XIV amžiaus pusę regionas keitėsi Bulgarijos ir Bizantijos imperijos (išskyrus Konstantinoplą) rankose. 1265 m. vietovė patyrė mongolų puolimą iš Auksinės Ordos, kuriai vadovavo Nogai Khanas, o 1305 - 1307 m. - Katalonų kompanija.