Jis gimė 1876 m. Jinnahbhai Poonja ir jo žmona Mithibai, nuomojamame bute antrajame Wazir Mansion aukštyje netoli Karači, dabar Sindh, Pakistanas, bet tada Bombay Prezidijos Britanijos Indijos. Jinnah šeima buvo iš Gujarati Ismaili fone, nors Jinnah vėliau sekė dvylikos šijų mokymus. Po jo mirties, jo giminaičiai ir kiti liudytojai teigė, kad jis konvertavo vėliau gyvenime į sunitų sektą. Jo religija jo mirties metu buvo ginčyta teismo bylose. Jinnah buvo iš turtingo prekybininko fone, jo tėvas buvo prekybininkas ir gimė krikščionių tekstilės gamintojų šeimoje, gyveno Karači princo Fatli Pane laiviniame mieste, dabar Sindh, Pakistanas, bet tada Bombay, Indija. Jis mokėsi anglų mokykloje su savo vaikais, įskaitant ir jo motina. Jis turėjo daugiau laiko, nei jo tėvai. Jis mokėsi anglų kalbos Gujarati vidurinėje mokykloje. Jis susitiko su savo broliu Džinnah, kuris vėliau buvo persikėlęs į Guj
Kutchi ir anglų kalbos