1960 metais prezidentas Dwight D. Eisenhower paskyrė Timberlake'ą pirmuoju JAV ambasadoriumi naujai nepriklausomai Kongo Demokratinėje Respublikoje, buvusioje Belgijos kolonijoje. Per
Kongo krizė, Hayes buvo Mobutu Sese Seko rėmėjas ir pasisakė už Patrice Lumumba nušalinimą. 1961 m. Kovo mėn. Hayesas asmeniškai įsakė penkiems JAV karinių jūrų laivynų laivams į vandenis nuo Kongo, ir tai nustebino Kenedžio administraciją.