Žinomas savo ilgais blondiniais plaukais, 15-uoju numeriu ir slapyvardžiu "El Matador", Hernandezas pirmą kartą dalyvavo tarptautinėje varžybose prieš Urugvajų 1995 m. Vasario 1 d. Pirmasis Hernandezo tarptautinis tikslas buvo įvardijamas 1995 m. lapkričio 16 d. prieš Jugoslaviją. Hernandezas įgijo žinomumą per 1997 metų Amerikos taurę.
, kur jis įmušė šešis taškus ir tapo turnyro varžovu. 1998 m. Pasaulio futbolo čempionate jis baigė tarp geriausių varžybų rezultatyvų su keturiais taškais ir tapo pirmuoju meksikietišku žaidėju, kuris pasiekė daugiau nei du taškus Pasaulio futbolo čempionato istorijoje. 35 įvarčiai, kuriuos jis įmušė Meksikos rinktinėje, jį lydi su Carlos Hermosillo, o po Cuauhtémoc Blanco (39 įvarčiai), Jared Borgetti (46 įvarčiai) ir Javier Hernandez (51 įvarčiai) jis yra ketvirtas geriausias šalies visų laikų geriausias įvarčius.