Jis turėjo kovoti su hugenotų pajėgomis keletą metų; jis kovojo 1589 m. Arques mūšyje. Tais pačiais metais Paryžiaus gubernatoriumi buvo Karolis Emanuelis, kai hugenotų pajėgos, vadovaujamos Henriko Navarros, apgulė Paryžių. Per apgulą žuvo Prancūzijos karalius Henrikas III, o Navarros karalius Henrikas netrukus paskelbė save Prancūzijos karaliumi Henriku IV. Karolis Emanuelis pabėgo ir kovojo su naujai paskelbtu karaliumi Ivry
1590 m., kuris buvo lemiamas Katalikų Lygos pralaimėjimas. Tais pačiais metais jis vadovavo katalikų pajėgoms Paryžiaus apgulimo metu ir sėkmingai gynė miestą.