Ionijoje (šiandieninė Turkijos Egėjo jūros pakrantė) graikų miestai, į kuriuos įeina tokie didieji centrai kaip Miletas ir Halikarnasas, negalėjo išlaikyti savo nepriklausomybės ir 6 a. pr. m. e. viduryje pateko į Persijos imperijos valdžią. 499 m. pr. Kr. graikai sukilo Jonų maištyje, o Atėnai ir kai kurie kiti graikų miestai jiems padėjo. 490 m. pr. m. e. Didysis persų karalius Darijus I, nugalėjęs jonų miestus, siuntė laivyną, kad nubaustų graikus. Persai išsilaipino Atikoje, bet buvo nugalėti Maratono mūšyje
Graikų armija, kuriai vadovavo atėniečių generolas Miltiadas. Maratone vis dar galima pamatyti atėniečių mirusiųjų kapines. Po dešimties metų Dario įpėdinis, Kserksas I, pasiuntė daug galingesnę kariuomenę sausumoje. Spartos karalius Leonidas I, sulaikęs jį Termopilėse, Kserksas įžengė į Atiką, kur užėmė ir sudegino Atėnus. Tačiau atėniečiai jūra evakuodavo miestą, o Temistoklio vadovaujami Salamis mūšyje nugalėjo persų laivyną. Po metų graikai, vadovaujami spartiečio Pauzanijo, nugalėjo persų kariuomenę prie Platėjos. Atėnų laivynas pradėjo persus išvaryti iš Egėjo jūros, o 478 m. pr. Kr. jie užėmė Bizantiją. Tai darydama Atėnai įtraukė visas salos valstybes ir kai kuriuos žemyninius sąjungininkus į sąjungą, vadinamą Delio lyga, nes jos iždas buvo saugomas šventoje Delos saloje. Nors spartiečiai ir dalyvavo kare, po to atsitraukė į izoliaciją, todėl Atėnai galėjo sukurti neprieštaraujamą jūrų ir komercinę galią.