1941 m. gruodį mokykla buvo sustabdyta dėl Japonijos invazijos į Malaiziją
1945 m. po Japonijos okupacijos Malaizijoje. Tuo metu institucijos veikia kaip visuma ((统筹统办). Jit Sin pradinė mokykla ir kelios kitos mokyklos buvo bendrai vadintos Chung Hwa mokykla (中华学校), kuri turėjo keletą mokyklų kitose vietose regione. Jit Sin pradinė mokykla buvo įsikūrusi pieno pakuočių gamykloje Aston Road, kuri buvo už Han Chiang asociacijos pastato. Dėl švietimo trūkumo karo metu mokymas buvo nemokamas, o studentų skaičius buvo milžiniškas. "Jit Sin" filialo miesteliu mokėsi daugiau nei 1000 studentų. 1945 m. pabaigoje mokyklos vėl pradėjo veikti kaip anksčiau. Jit Sin pradinė mokykla oficialiai atsidarė 1946 metais.