Kitą sezoną Van Persie pasirašė trejų su puse metų profesinę sutartį su Feyenoord, ir 2003 m. vasario 6 d. Užsitarnavo penkis taškus 6<unk>1 KNVB taurės varžybose su AGOVV Apeldoorn. Tačiau dėl nesutarimų su savo vadybininku Bertu van Marwijku Van Persie buvo pažemintas į rezervų komandą. Per rungtynes tarp "Feyenoord" ir "Ajax" rezervų jis buvo vienas iš kelių "Feyenoord" žaidėjų, kuriuos užpuolė žaidimų aikštelėje įsiveržę huliganai. Van Persie nesutarimai su Van Marwijk tęsėsi, kai jis buvo išsiųstas namo 2002 m. UEFA Superkarto išvakarėse.
finalo prieš "Real Madrid", po to, kai treneris buvo nepatenkintas Van Persie kūno kalba po to, kai buvo paprašyta šildyti už Čempionų lygos kvalifikacinį turnyrą. Van Persie baigė savo pirmąjį sezoną, kai įvardijo aštuonis taškus iš viso 28 rungtynėse, be to, jis baigė KNVB taurės varžovą.