Antibiotikai yra tikrinami dėl bet kokių neigiamų poveikių prieš juos patvirtinant klinikiniam naudojimui, ir paprastai jie laikomi saugiais ir gerai toleruojami. Tačiau kai kurie antibiotikai yra susiję su daugybe nepageidaujamų šalutinių poveikių, kurie svyruoja nuo lengvo iki labai sunkaus, priklausomai nuo naudojamo antibiotiko tipo, taikomų mikrobų ir atskiro paciento. Šalutiniai poveikiai gali atspindėti farmakologines ar toksikologines antibiotikų savybes arba gali apimti padidėjusio jautrumo ar alergines reakcijas. Šalutiniai poveikiai nuo karščiavimo ir pykinimo iki didelių alerginių reakcijų, įskaitant fotodermatitą ir anafilaksiją. Naujesnių vaistų saugos profilai dažnai nėra nustatyti taip pat, kaip ir tiems, kurie turi ilgą naudojimo istoriją. Dažni šalutiniai poveikiai - viduriavimas, atsirandantis dėl žalos žarnyno floros sudėčiai, dėl to atsiranda, pavyzdžiui, per didelis uždegimas.
fotodermatitas ir anafilaksė