Užpildykite šią frazę: Peru-Bolivijos konfederacijai nuo pat jos įkūrimo priešinosi kaimyninės šalys, ypač Čilė ir Argentina, kaip potenciali karinė ir ekonominė grėsmė, ir dėl jos paramos ištremtiems disidentams. Žr.
Konfederacijos karas prasidėjo netrukus po jos įkūrimo, kai Čilė ir Argentina nepriklausomai įsiveržė į šalį. 1837 m. Argentina buvo nugalėta, tačiau jungtinės Čilės ir Šiaurės Peru disidentų pajėgos, žinomos kaip Jungtinės atkūrimo armija, 1839 m. Sausio mėn. Jungajo mūšyje laimėjo, o tai "de facto" užbaigė konfederaciją, nes Peru ir Bolivija buvo atkurtos kaip nepriklausomos valstybės, o Santa Kruzas pabėgo į tremtinę. Peru-Bolivijos konfederacija buvo oficialiai paskelbta panaikinta 1839 m. rugpjūčio 25 d. General Agustín Gamarra po jo paskyrimo Peru prezidentu.