Iš 1990 metų vidurio Talibanas suteikė prieglobstį Osamai bin Ladenui, Saudo Arabijos piliečiui, kuris kartu su jais kovojo prieš sovietus, ir suteikė bazę jo ir kitų teroristinių organizacijų. Jungtinių Tautų Saugumo Taryba dėl šių veiksmų pakartotinai sankcionavo Talibaną. Bin Ladenas suteikė tiek finansinę, tiek politinę paramą Talibanui, kaip ir Pakistanas ir Saudo Arabija, kol amerikiečių spaudimas privertė juos atsisakyti viešos paramos Talibanui po 2001 m. rugsėjo 11 d. Bin Ladenas ir jo "al Qaeda" grupė buvo apkaltinti JAV ambasadų sprogdinimais.
1998 m. Nairobyje ir Dar Es Salaame, o 1998 m. rugpjūčio mėn. Jungtinės Valstijos surengė kruizinių raketų ataką prieš bin Ladeno teroristų stovyklą Afganistane. Bin Ladenas ir "al Qaeda" yra atsakingi už 2001 m. rugsėjo 11 d. išpuolius Jungtinėse Valstijose ir kitus nusikaltimus.