1939 m., po Lenkijos invazijos, kuri pradėjo Antrąjį pasaulinį karą, Gdansko Pomeranė buvo aneksuota nacių Vokietijai ir įtraukta į naujai suformuotą Reichsgau Dancigo-Vakarų Prūsijos provinciją. Vokiečių okupacijos metu
, Lenkijos gyventojai buvo masiniai areštai, represijos, deportacijos į nacių koncentracijos stovyklas, išsiuntimai ir žudynės. 1939 m. rugsėjo ir spalio mėnesiais buvo surengta daugybė sulaikymų, ypač Lenkijos mokytojų ir dvasininkų. 16 kunigų buvo nužudyti vietos šaudykloje, o kiti buvo įkalinti Čėvoje, o vėliau nužudyti per didelius lenkų žudynes Špęgovsko miške. 1939 m. spalio 20 d. Špęgovos miške buvo nužudyti 44 gyventojai. Vokiečiai iš katedros ir seminarijos pašalino lenkų paveldo pėdsakus, taip pat apiplėšė ar sunaikino istorines lenkų kolekcijas, įskaitant biblioteką ir archyvą. "Einsatzkommando 16" seminarijoje įkūrė kalėjimą vietiniams lenkų aktyvistams, mokytojams ir kunigams, o aukos vėliau buvo nužudytos Špęgovos miške, deportuotos į koncentracijos stovyklas arba perkeltos į Starogardo Gdańskės kalėjimą. 1940 m. vokiečiai nedelsiant įkurė Štuthofo koncentracijos stovyklos pakampą.