Sovietų valdžia ėmėsi sovietizacijos politikos: visos privačios nuosavybės nacionalizavimas, žemės ūkio kolektivizavimas, katalikų bažnyčios slopinimas ir totalitarinės kontrolės įvedimas. Tuo pačiu metu buvo įvestas nemokamas švietimas ir nacionalinė nemokamo sveikatos sistema. 1953 m. buvo likviduoti ginkluoti antisovietiniai partizanai. Maždaug 130 000 lietuvių, pavadintų "tautos priešais", buvo deportuoti į Sibirą (žr.
ir kovo deportacija). 1953 m. po Josifo Stalino mirties Sovietų Sąjunga ėmėsi de-stalinizacijos politikos ir nutraukė masinius persekiojimus. Smurtinis pasipriešinimas tęsėsi tiek Lietuvoje, tiek lietuvių diasporose. Šie judėjimai buvo slapti, neteisėti ir labiau orientuoti į socialinius klausimus, žmogaus teises ir kultūrines problemas, o ne politinius reikalavimus.