Jis buvo pakeistas "Ferrari" Austrijos Gerhard Berger ir jis persikėlė į "McLaren" kaip antrasis vairuotojas po dvigubo ir valdančio pasaulio čempiono Alaino Prosto. "McLaren" 1987 m. nebuvo tokia konkurencinga, kaip buvo 1984-1986 m., o "Prost" pridėjo tik tris pergales savo skaičiui (ir sumušė 27 "Grand Prix" pergalių rekordą, kurį turėjo "Jackie Stewart" su 28-ąja pergale Portugalijoje
) ir nesugebėjo sėkmingai ginti savo vairuotojų čempionatą. Vėliau švedas iškovojo ir pakilo į podiumą, o Johanssonas tapo šeštuoju vairuotojų čempionate. Stefan Johansson pozicija "McLaren" buvo laikoma daugeliu kaip tik "stop gap" pasirašymas komandos bosui Ronui Dennisui, kuris nesugebėjo pritraukti Ayrton Senna iš "Lotus" dėl to, kad jis buvo pasirašęs sutartį iki 1987 m. pabaigos ir visada ketino pasirašyti Brazilijos žaidėją. Johanssonas 1987 m. Vokietijos Grand Prix baigė tris ratais, nes paskutinį ratą turėjo punkciją. Belgijoje jis taip pat užėmė antrą vietą už Prost ir pridėjo daugiau podiumo finišų Brazilijoje, Ispanijoje ir Japonijoje. Nepaisant 11 podiumo vietų per tris sezonus, Johanssonas vis dar buvo be pergalės ir nebuvo pageidaujamas aukščiausios komandos (jis tikėjosi 1988 m. Prisijungti prie "Williams" kaip 1987 m. Pasaulio čempiono Nelsono Piqueto pakaitalą, tačiau "Williams" vietoj to pasirašė sutartį su Riccardo Patrese). 1991 m. jis grįžo į "McLaren" kaip bandomasis vairuotojas, išbandydamas "Honda" V12 variklį Suzukoje, Japonijoje.