642 m. Bizantija visiškai pasitraukė iš Egipto, o kalifas Uthmanas pradėjo daugybę puolimų į Viduržemio jūros ir Egėjo jūros salas. 645 metais Aleksandrija vėl užėmė Bizantijos laivynas, vadovaujamas admirolo Manuelo, ir Aleksandrijos gyventojai jį pasveikino kaip išlaisvintoją, nes kalifatas reikalavo didesnių mokesčių ir mažiau gerbė jų religiją. Tačiau Manuelis savo laiką ir populiarumą iššvaistė plėšdamas kaimą, ir galiausiai arabų armijai pavyko jį priversti grįžti namo. Situaciją apsunkino Vakarų dvasininkų smurtinis pasipriešinimas monotelitizmui ir su juo susijęs Kartagos eksarcho Gregoriaus Patricio maištas. Pastarasis žuvo mūšyje prieš kalifo Usmano armiją, o regionas iki pilietinio karo išliko Kalifato vazala.
Ir vėl buvo atkurta imperatoriška valdžia.