Po 1941 metų nacių įsiveržimo filharmonija nutraukė savo veiklą, o dauguma jos neįkainojamų archyvų buvo sunaikinti. Kai Kijevą okupavo vokiečiai, draugijos pastatas buvo paverstas "Vokietiškų oficerų klubu". Tai buvo viena iš svarbių priežasčių, kodėl pastatas nebuvo sunaikintas ir liko vienas iš nedaugelio išlikusių prieškarinių pastatų Chreschatyk gatvėje. Po Kijevo išlaisvinimo
, filharmonijos draugijos pastatas atnaujino savo veiklą 1944 m., kai tik priešiškumas išėjo iš Kijevo.