Kleopatra ir jos jaunesnysis brolis Ptolemejus XIII įstojo į sostą kaip bendri valdovai, bet jų nesutarimai sukėlė atvirą pilietinį karą. 48 m. pr. m. e. Kleopatra trumpam pabėgo į Romos Siriją, bet vėliau tuo pačiu metais grįžo su kariuomene, kad susidurtų su Ptolemeju XIII. Kaip Romos kliento valstybė, Romos valstybės lyderis Pompejus Didysis planavo Ptolemaijų Egiptą kaip prieglobsčio vietą po pralaimėjimo 48 m. pr. m. e. Pharsalus mūšyje Graikijoje prieš savo varžovą Juliją Cezarį Cezario pilietiniame kare. Tačiau Ptolemejus XIII nužudė Pompejų Pelouzijoje ir nusiuntė jo nukirto galvą Cezariui, tuo tarpu pastarasis okupavo Aleksandriją, ieškodamas Pompejaus. Kaip Romos Respublikos konsulas, Cezaris bandė sutaikyti Ptolemejų XIII su Kleopatra. Tačiau Ptolemejaus XIII vyriausiasis patarėjas Potheinas Cezario nurodymus laikė Kleopatros naudai. Taigi jo pajėgos, kurias pirma vadovavo Akilas, o paskui Ganimedas, vadovaujamas Arsinojos IV (Kleopatros jaunesnės sesers), apsupo Cezarą ir Kleopatrą rūmuose.
- Taip. 47 m. pr. m. e. pritraukė sustiprinimą, o Ptolemejus XIII netrukus mirė Nilo mūšyje. Galiausiai Arsinoja IV buvo ištremta į Efezą, o dabar išrinktasis diktatorius Cezaris paskelbė Kleopatą ir jos jaunesnįjį brolį Ptolemejų XIV Egipto valdovais. Tačiau prieš išvykdamas iš Aleksandrijos į Romą, Cezaris palaikė privačią romaną su Kleopatra, kuri pagimdė sūnų Cezarjoną (vėliau Ptolemejų XV).