Wąbrzeźno 1939 m. rugsėjo mėn. per Antrąjį pasaulinį karą užėmė Nacių Vokietija ir okupavo Vokietija
iki 1945 m. 1939 m. spalio mėn. vokiečiai surengė masinius lenkų suėmimus. Maždaug 1000 lenkų buvo suimti ir įkalinti, daugiausia laikinoje koncentracijos stovykloje, įsteigtoje vietinėje gamykloje, bet kai kurie taip pat vietos kalėjime. Kai kurie iš šių lenkų buvo nužudyti Skrvilne 1939 m. spalio 15 d. - lapkričio 15 d. ir Nielube 1939 m. spalio 17 d., o dauguma buvo nužudyti dideliuose žudynėse Łopatki ir Kurkocin (žr. "Intelligenzaktion"). Beveik 4 tūkst. Vąbrzežno ir aplinkinių bendruomenių lenkų buvo išsiųsti į nacių koncentracijos stovyklas, įsteigtas Potulice ir Torūne, ir ištremti. Vokiečiai uždraudė naudoti lenkų kalbą, likvidavo lenkų mokyklas ir organizacijas, o miestą apgyvendino vokiečių kolonistai, tačiau lenkai vis dar organizavo požeminį lenkų pasipriešinimo judėjimą.