1952 m., kai Prancūzija verbuoja alžyriečius kovoti Indokinijos kare, Boumédiène išvyko į Kairą, kur studijavo Al-Azhar universitete. Ten jis pirmą kartą sutiko Ahmedą Beną Belą. Jis prisijungė prie Nacionalinio išsivadavimo fronto (FLN) Alžyro nepriklausomybės kare.
1955 m. Jis priėmė "Houari Boumédiène" kaip savo karinį vardą (iš Sidi Boumediène, Tlemceno miesto Vakarų Alžyro miesto globėjo vardo, kur jis karo metu tarnavo pareigūnu, ir Sidi El Houari, netoliese esančio Orano globėjo). Jis pasiekė pulkininko laipsnį, tada aukščiausią FLN pajėgų laipsnį, o nuo 1960 m. buvo ALN, FLN karinio sparno, štabo vadas.