Marinatos savo karjerą pradėjo 1929 m. Krete kaip Herakliono muziejaus direktorius kartu su Georgija Andrea, kur susipažino su sere Arturu Evansu. Jis atliko keletą iškasų Kretoje - Dreros, Arkalochori, Vathypetro ir Gazi, iš kurių visi padarė įspūdingų atradimų. 1937 m. jis pirmą kartą tapo Graikijos senovės tarnybos direktoriumi. Netrukus jis tapo Atėnų universiteto profesoriumi. Vėliau jis atkreipė dėmesį į mikėnus, kurie buvo pirmieji graikai. Jis iškasė daug mikėnų vietų Peloponeze, tarp jų ir nepralaužytą karališkąją kapavietę Routsi, netoli Piloso. Jis taip pat kasė Termopilėse ir Maratone.
Atkreipiant dėmesį į vietas, kuriose vyko garsūs mūšiai.