Tačiau Melas nebuvo panaikinęs Genujos apgulties, ir birželio 4 d. Prancūzijos armija su visa įranga žygiojo į Prancūziją pagal derybų dėl miesto evakuacijos sąlygas. Tada Napoleonas susidūrė su galimybe, kad, dėka Britanijos vadovaujamų Viduržemio jūros pajėgų, austriai, vietoj to, kad atsitrauktų, galėtų užimti Genovą kaip naują bazę ir būti aprūpinti jūra. Jo gynybinė padėtis to neužkirto kelio; jis turėjo surasti ir užpulti austrus, kol jie negalėjo susivienyti. Todėl jis išėjo iš Stradelos į Alessandriją, kur buvo Melas, matyt, nieko nedaręs. Įsitikinęs, kad Melas ketina atsitraukti, Napoleonas išsiuntė stiprius būrius, kad užblokuotų Melas maršrutus į šiaurę iki Po ir į pietus iki Genovos. Šiuo metu Melas užpuolė, ir nepaisant visų ankstesnių kampanijų, Napoleonas buvo labai nepalankioje padėtyje Marengo mūšyje.
Birželio 14 d. Napoleonas buvo veiksmingai nugalėtas sunkiame mūšyje ryte ir anksti popietę; Melas, galvodamas, kad jis jau laimėjo, perdavė pergalės smūgį pavaldiniui, kai skubiai sugrįžo atskirtos prancūzų pajėgos, vadovaujamos Desaix, ir galingas prancūzų kontratakas (kurių metu Desaix buvo nužudytas) pavertė mūšį svarbiu prancūzų pergale.