Seán Patrick O'Malley gimė kaip Patrick O'Malley 1944 m. birželio 29 d. Lakewood, Ohio, Theodore ir Mary Louise (née Reidy) O'Malley sūnus. Abu tėvai buvo Airijos kilmės. O'Malley, jo sesuo ir vyresnysis brolis užaugo Pietiniuose kalnuose, Pitsburge ir Reading, Pensilvanijoje. 12 metų amžiaus jis įstojo į Šv. Fidelis Mažąją seminariją Hermane, mokiniams, kurie svarstė galimybę prisijungti prie franciškonų ordino. Tuo metu, be įprastų vidurinės mokyklos dalykų, jis taip pat mokėsi ispanų, portugalų, graikų, vokiečių ir hebrajų kalbų, taip pat aktyviai vaidino teatre.
1944 m. birželio 29 d.