Aivazovskis mirė 1900 m. balandžio 19 d. Feodosijoje. Pagal jo pageidavimus jis buvo palaidotas Šv. Sargiso armėnų bažnyčios kieme. Baltojo marmuro sarkofagas buvo pagamintas italų skulptoriaus L. Biogiolli 1901 m. Ant jo kapų akmens yra išgravuota citatas iš Movses Khorenatsi "Armenijos istorija" klasikinėje armėniškai: "Makhkanal tsatsatsu ծնվել անմահ զիւրն յատակիշ եթող" (Mahkanneal tsatsu anmahurn yethatakogh), kuris reiškia: "Gimė mirtingasis, paliko nemirtingą palikimą" arba "Gimęs kaip mirtingasis, paliko nemirtingą rusų atmintį". Įrašas: "Profesorą Ivaną Išvaną Konstantinovičius mirė 1817-1900 m". Klausimas: "Ką padarė profesorius Ivanas Aivazovskis?"
1900 m.