Salos teritorija yra padalinta į penkis regionus, kuriuose yra 34 prefektūros, įskaitant Tokijo metropolitą. Administraciniais tikslais, kai kurios mažesnės salos yra įtrauktos į šias prefektūras, ypač Ogasavaros salos, Sado sala, Izu Ōshima ir Awaji sala. Regionai ir jų prefektūros yra:
Tokijuje.