Kai prasidėjo Amerikos pilietinis karas, Džonsas noriai prisijungė prie Sąjungos armijos. 1861 m. liepos 7 d. jis įstojo į 37-ąjį Niujorko savanorių, populiariai žinomą kaip "Irų šauliai", vadovaujamas pulkininko John H. McCunn. Iš pradžių jis buvo paprastas, bet greitai buvo išrinktas antrojo leitenanto laipsniu. Jis dalyvavo Pirmoje Bulruno mūšyje, praėjus vos dviem savaitėms po jo įstojimo į kariuomenę, tačiau nebuvo dalyvavęs, nes vienetas buvo laikomas rezerve. Per pirmuosius savo metus su pulku Džonas parodė "drąsią elgesį" ir netrukus 1861 m. lapkričio 4 d. pakilo į pirmuosius leitenantus ir adjutantus, o 1862 m. sausio 21 d. - į majorių. Jis ir "Irlandų šauliai" vėliau prisijungė prie generolo Samuel P. Heintzelman III korpuso, kaip 3-osios 3-osios divizijos brigados, vadovaujamos brigados generolo Philipo Kearny, per Peninsula kampaniją ir dalyvavo Williamsburg, Seven Pines
ir Septynių dienų kampaniją. Džounsas taip pat dalyvavo, kai 37-asis Niujorko savanoriai, tada pridedami prie 3-osios brigados iš 1-osios III korpuso divizijos, buvo antroje Bulrono mūšyje. Gegužę ir birželį jis sirgo maliarija ir rugsėjo 26 d. buvo hospitalizuotas Vašingtone, kur liko iki spalio pabaigos. Jis taip pat trumpai buvo generolio majoro Franzo Sigelo karininkas prieš generolio Ambrose'o Burnside'o išėjimą į pensiją ir Potomaco armijos reorganizavimą.