Archipelė yra įsikūrusi ant Nazca plokštės (tektoninės plokštės), kuri juda į rytus / pietryčius, nusileidžia po Pietų Amerikos plokštę maždaug 2,5 colių (6,4 cm) per metus. Tai taip pat yra Galápagos karštojo taško viršūnė, vieta, kur Žemės žievė yra ištirpinta iš apačios, sukuriant ugnikalnius. Pirmos salos čia susiformavo mažiausiai prieš 8 milijonus ir galbūt iki 90 milijonų metų. Nors senesnės salos dingo po jūra, kai jie pasitraukė nuo mantos pluošto, jauniausios salos, Isabela ir Fernandina, vis dar formuojasi.
18 pagrindinių salų