Fischer gimė Höchst on Main, dabar Frankfurto miesto rajone. Jo tėvai buvo Dr. Eugen Fischer, "Kalle & Co", "Wiesbaden" įmonės direktorius ir Privatdozent Technical High School, Štutgarte, ir Anna Herdegen. Jis lankė pradinę mokyklą Štutgarte, o vėliau "Humanistisches Gymnasium" Wiesbaden, įstojęs 1899 m. Jis skaitė chemiją ir mediciną, pirmiausia Lozanos universitete, o vėliau Marburge. Jis baigė 1904 m., o 1908 m. Jis kvalifikuotas į M.D. Klausimas: Eugene fischers sūnus lankė kokius du universitetus?
Lozanos universitetas ir Marburgo universitetas