Japonija turi devynias miškų ekosferas, atspindinčias salų klimatą ir geografiją. Jie svyruoja nuo subtropinių drėgnių platakrapių miškų Ryūkyū ir Bonin salose, iki vidutinių platakrapių ir mišrių miškų švelniaisiais klimato regionais pagrindinėse salose, iki vidutinių spygliuočių miškų šaltaose, žiemos vietovėse šiaurės salose. Japonijoje gyvena daugiau nei 90 000 laukinės gamtos rūšių, įskaitant rudą lokį, japonų maką, japonų šunį, didelę japonų laukinę pelę ir japonų milžinišką salamandrą. Buvo sukurtas didelis nacionalinių parkų tinklas, siekiant apsaugoti svarbius floros ir faunos rajonus, taip pat trisdešimt septynias Ramsaro šlapimo vietas. Keturios vietos buvo įtrauktos į UNESCO Pasaulio paveldo sąrašą dėl jų išskirtinės natūralios vertės.
Ryūkyū ir Bonin salos