1941 m. birželio 15 d., likus vos vienai savaitei iki nacių Vokietijos invazijos į Rusiją, Vitkauskas buvo išsiųstas į Generalo štabo karinę akademiją Maskvoje baigti aukštesniųjų pareigūnų kursus. Tai buvo didesnės iniciatyvos dalis - išsiųsti lietuvių pareigūnus į įvairius kursus ir juos pakeisti rusų. Duodami du paaiškinimai: kaip pasirengimas Vokietijos invazijai arba atsargumas nuo galimo maišto dėl birželio deportacijos.
- Taip. Pasak Vitkaukašo žmonos, įsakymai išvykti į Maskvą buvo skubūs ir Vitkaukas buvo ginkluotai saugomas geležinkelio stotyje. Baigęs kursus 1941 m. gruodį jis mokė didžiųjų karinių formacijų taktikos. 1941-1954 m. buvo Sovietų Sąjungos Aukščiausiosios Tarybos narys.