Jis persekiojo Pompejų į Aleksandriją, kur jį nužudė buvęs romėnų karininkas, tarnavęs karaliaus Ptolemejaus XIII rūmuose. Vėliau Cezaris įsitraukė į Aleksandrijos pilietinį karą tarp Ptolemejaus ir jo sesers, žmonos ir karalienės, faraono Kleopatros VII. Gali būti, kad dėl Ptolemejaus vaidmens nužudant Pompejų Cezaris pasisako Kleopatros pusę; sakoma, kad jis verkė, pamatęs Pompejaus galvą, kurią jam dovanojo Ptolemejaus rūmų tarnautojas Potinas. Bet kokiu atveju, Cezaris ištvėrė Aleksandrijos apgulį.
Jis nugalėjo Ptolemajų pajėgas 47 m. pr. m. e. Nilo mūšyje ir įkūrė Kleopatrą valdove. 47 m. p. m. e. pavasarį Cezaris ir Kleopatra pergalę Aleksandrijos pilietiniame kare šventė pergalės procesija Nilo upėje. Karališkąją baržą lydėjo dar 400 laivų, kurie Cezarį supažindino su prabangiu Egipto faraonų gyvenimo būdu.