Marie Charlotte Amélie Augustine Victoire Clémentine Léopoldine iš Saksonijos-Koburgo ir Gotos, geriau žinoma kaip "Šarlotė", buvo Belgijos karaliaus karaliaus Leopoldo I ir Luizės Orléano dukra. Jos vardas yra pagyrimas mirusiai princesei Šarlotai iš Velso, jos tėvo pirmosios žmonos. Ji buvo ketvirtas ir paskutinis Belgijos karališkosios poros vaikas ir vienintelė duktė, po Liudviko-Filipo (mirė 1834 m. Mažiau nei vienerių metų amžiaus), Leopoldo (gimęs 1835 m.) ir Filipo (gimęs 1837 m.). Karalienės Luizės paskutinis nėštumas buvo toks sunkus, kad buvo baiminamasi, kad balandžio mėnesį ji gali persiimti, tačiau 1840 m. Birželio 7 d. 1 val. Šarlotė gimė sveika Laekeno rūmuose. Iš pradžių nusivylęs dukros, kuri tuo metu nebuvo Belgijos dinastijos narė, gimimu, karalius Leopoldas I palaipsniui buvo sužavėtas savo dukra, kuri tapo jo mėgstamiausiu vaiku. Šarlotė buvo Prancūzijos karaliaus ir karalienės Liudviko Filipo I ir Marijos Amalijos dukterė, o tėvo pusė buvo Didžiosios Britanijos ir Airijos Karalystės karalienės Viktorijos pusbrolis. Dėl šių ryšių Šarlotė, be reguliaraus buvimo Ostendėje vasarą, ilgas atostogas praleidžia su savo seneliais iš motinos pusės Prancūzijos karališkose rezidencijose ir savo pusbrolio namuose Vindzoro pilyje. Ji buvo artima savo močiutės iš motinos pusės, karalienės Marijos Amalijos, ir abu reguliariai susirašinėjo; po 1848 m. Prancūzijos revoliucijos
Šarlotė keletą savaičių per metus gyveno Klarmonte su savo motinos ištremta šeima.