Lima įgijo prestižą po to, kai 1543 m. buvo paskirta Peru vicekarališkojo sostine ir "Real Audiencia" vieta. Per kitą šimtmetį jis klestėjo kaip plačios prekybos tinklo centras, kuris sujungė Vizregalą su likusia Amerika, Europa ir Tolimuosiomis Rytų šalimis. Tačiau miestas nebuvo laisvas nuo pavojų. 1684 - 1687 m. Ramiajame vandenyne buvo piratų ir korsarų, todėl buvo pastatytos Limos sienos. 1687 m. Peru žemės drebėjimas
Žemės drebėjimas pažymėjo miesto istorijos posūkio tašką, nes jis sutapo su prekybos nuosmukiu ir didėjančia ekonomine konkurencija su tokiais miestais kaip Buenos Aires.