Jis buvo paskirtas midžeriu 1800-ųjų balandžio 28-ąją, būdamas 21-erių. Jo brolis Robertas Livingstonas taip pat tarnavo JAV kariniame laivyne kaip fregatos chirurgas 1812 m. karo metu. Jo kitas brolis Hermanas buvo purseris USS Wasp ir USS Peacock. Jonathon Thorn tarnavo jūrų laivyne per Tripolio karą
, ir savanoriškai prisijungė prie pavojingos ekspedicijos, kad sunaikintų užgrobtą fregatą "Philadelphia", kuri buvo pritvirtinta prie ginklų, saugomų Tripolio uoste. 1804 m. vasario 16 d. leitenantas Stephenas Decaturis vadovavo savanorių partijai ketch "Intrepid" į Tripoliją ir sudegino Amerikos laivą, kad jį negalėtų panaudoti priešas.