1806 m., kai Nyderlandai buvo Prancūzijos imperijos valdomi, imperatorius Napoleonas I paskyrė savo brolį Liudviką Bonapartą Nyderlandų sostu, o tai 1808 m. lėmė maršalo Hermano Villemo Daendelso paskyrimą Nyderlandų Rytų Indijų generaliniu gubernatoriumi. 1811 m. Daendelsą pakeitė generalinis gubernatorius Janas Willemas Janssensas, tačiau netrukus po jo atvykimo britų pajėgos užėmė keletą Nyderlandų Rytų Indijos uostų, įskaitant Spice salas 1810 m. ir
Kitais metais - Thomas Stamford Rafflesas tapo gubernatoriaus pavaduotoju. Po Napoleono pralaimėjimo 1815 m. Voterlo mūšyje ir Vienos kongreso 1816 m. buvo atkurta nepriklausoma Nyderlandų kontrolė. Pagal 1824 m. anglo-olandų sutartį olandai užsitikrino britų gyvenvietes, tokias kaip Bengkulu Sumatroje, mainais už savo nuosavybės Malaizijos pusiasalyje (Malaja) ir Olandijos Indijoje kontrolę. Dėl to buvusios britų ir olandų kolonijų sienos išliko tarp dabartinės Malaizijos ir Indonezijos.