1862 m. liepos 16 d. jis buvo paaukštintas į leitenantą-komandorą ir vadovavo varžtojui garlaiviui Rytų įlankos blokados eskadronoje. Perkeltas į Šiaurės Atlanto eskadrono garų ginkluotąjį laivą, Chandleris kovojo su savo laivu bombarduojant ir žlugdamas Fort Fisher
1865 m. pradžioje užėmė Vilmingtoną ir 1866 m. liepos 25 d. buvo paaukštintas į komandantą.