1239 m. liepos mėn. jis buvo paskirtas imperatoriaus generaliniu vikaru Lombardijoje, taip pat Generaliniu legatu Romanijoje, ir išvyko iš Sardinijos niekada negrįžti. Tais pačiais metais jis dalyvavo savo tėvo ekskomunikuojime ir dalyvavo karo tarp imperatoriaus ir popiežiaus metu. 1241 m. jis dalyvavo popiežiaus laivyno užgrobime
Giglio mūšis Tireno jūroje. Pirmasis jo sėkmingas žingsnis kaip kariuomenės vadovo buvo Džesio, esančio Marke, atkūrimas, kuris buvo Frederiko gimtinė. 1241 m. gegužę jis vadovavo pajėgoms, nugalėjusioms Genujos laivyną Melorijoje, kur jis paėmė didelį grobį ir suėmė daugybę dvasininkų, kurie vykdavo į Gregoriaus sušauktą tarybą Romoje. Vėliau jis buvo sučiuptas per kovą su milaniečiais prie Gorgonzola, bet netrukus buvo paleistas. 1245 arba 1246 metais jo santuoka buvo anuliuota. 1247 m. jis dalyvavo nesėkmingoje Parmos apgultyje ir toliau kovojo su gelfų lombardais, užpuolė Reggio ir atakavo Parmos apylinkes.