Jagodnikas buvo ilgametis Slovėnijos nacionalinės komandos narys, debiutavęs EuroBasket 1997. Jis žaidė dar penkis Europos čempionatuose (1999, 2001, 2007 m.).
2009 m. ir 2011 m.), taip pat 2010 m. FIBA pasaulio čempionate.