Bourdais žiemą išbandė "Toro Rosso" komandą, nors jis nebuvo tikras, ar jis galės važiuoti į naujus metus. 2009 m. vasario 6 d. jis buvo patvirtintas kaip Toro Rosso vairuotojas antrus metus, partneris Šveicarijos naujokas Sébastien Buemi. Nepaisant to, kad Australijos Grand Prix metais užėmė du taškus,
Monake, Bourdais stengėsi pasipriešinti mažiau patyrusiam komandos draugui. Ispanijoje Bourdais smogė Buemi automobiliui, kai laukas bandė išvengti Jarno Trulli pirmojo rato, užbaigdamas lenktynes abiem vairuotojams. Didžiojoje Britanijoje Bourdais susidūrė su "McLaren" vairuotoju Heikki Kovalainen, ir vėl baigė lenktynes. Vokietijoje jis patyrė mechanišką gedimą, kai kvalifikacijoje liko paskutinys daugiau nei sekundę.