Zersenay antrą kartą nepavyko patekti į podiumą 2006 m. Pasaulio kreiso lenktynių čempionate
, tačiau jo ketvirtoji vieta paskatino Eritrėjos komandą laimėti sidabro medalį komandinėje varžybose. Kitą mėnesį Zersenay nugalėjo Fabiano Joseph ir Boniface Kiprop ir laimėjo Didįjį Mančesterio bėgimą. Jis įžengė į baigiamąją liniją su laiku 27:36; Eritrėjos rekordas ir antrasis greičiausias tuo metu. Tų pačių metų rugpjūtį jis žymiai pagerino savo geriausią 10 000 metrų greitį "Memorial Van Damme"; jo laikas 26:37.25 nusileido beveik trisdešimt sekundžių nuo jo ankstesnio ženklo ir tapo aštuntuoju greičiausiu žmogumi, bet jis vis dar baigė už atsirandančio Micah Kogo, kuris bėgo dešimtu greičiausiu visų laikų. Naujasis 59:16 Zersenay rekordas Roterdamo pusmaratone prilygino Samuel Wanjiru rekordui ir buvo geras ženklas artėjančiai čempionato lenktynėms.