1939 m. vasario mėn. Petiljonas paprašė būti išsiųstas į Belgijos Kongo ir gavo generalinio gubernatoriaus Pierre Ryckmans "šefo kabineto" pareigas. 1940 m. gegužę, kai Vokietija įsiveržė į Belgiją, jis vis dar buvo Konge. Nepaisant to, kad buvo paskelbtas De Vleeschauwer'o "šefo kabineto" Belgijos vyriausybės tremtyje Londone, Pétillon didžiąją dalį Antrojo pasaulinio karo praleido Kongo. Po Belgijos išlaisvinimo
1944 m. rugsėjį Petilionas atliko svarbų vaidmenį atkuriant santykius tarp kolonijų administracijos Afrikoje ir Kolonijų ministerijos.