1936 m. rugsėjo mėn. Francisco Largo Caballero vyriausybėje jis buvo paskirtas finansų ministru. Kaip finansų ministras, jis sukūrė "Carabineros" (muitinės sargybiniai), 20 000 vyrų pajėgas, kurios vėliau buvo pavadintos "Šimtas tūkstančių Negrín sūnų" (aliuzija į Šventojo Luiso
), siekiant atgauti Prancūzijos pasienio postų, kuriuos užėmė Nacionalinė darbo konfederacija (CNT), kontrolę. 1936 m. spalio mėn. jis nusprendė perduoti Ispanijos aukso atsargas Sovietų Sąjungai mainais į ginklus karo tęsimui. Kritikai tvirtino, kad šis veiksmas pavertė respublikonų vyriausybę Josifo Stalino kontrolė.