Jokubaitis žaidė Lietuvos rinktinėje 2016 m. FIBA U16 Europos čempionate Lenkijoje. Jis vidutiniškai surinko 10 taškų ir padėjo savo komandai laimėti sidabro medalį. Jokubaitis buvo jauniausias žaidėjas 2017 m. FIBA 19 metų jaunimo pasaulio čempionate Egipte, vidutiniškai 10 taškų ir 5,3 pasisekimo per rungtynes šeštoje vietoje esančiai komandai. 2018 m. FIBA U18 Europos čempionate Latvijoje, jis vidutiniškai uždirbo 12,9 taškų ir 5,6 reboundo per rungtynes, o jo komanda užėmė penktąją vietą. Jokubaitis vedė Lietuvą į ketvirtą vietą 2019 m. FIBA jaunesnių nei 19 metų pasaulio čempionate
Graikijoje, kur jis vidutiniškai uždirbo 11,3 taško ir 5,6 asistento per rungtynes.