Šių klasifikacijų tikslas yra organizuoti archaea į organizmų grupes, turinčias bendras struktūrines savybes ir bendrą protėvį. Šios klasifikacijos labai priklauso nuo ribosominių RNR genų sekos naudojimo, siekiant atskleisti organizmų tarpusavio ryšius (molekulinė filogenetika). Dauguma kultūrinių ir gerai ištirtų archaea rūšių yra dviejų pagrindinių filų, Euryarchaeota ir Crenarchaeota, nariai. Kitos grupės buvo sukurtos bandomais tikslais. Pavyzdžiui, ypatinga rūšis Nanoarchaeum equitans, kuri buvo atrasta 2003 m., buvo suteikta savo filė, Nanoarchaeota. Taip pat buvo pasiūlyta nauja klasifikavimo sistema Avarchaeota.
Euryarchaeota ir Crenarchaeota