1942 m. viduryje įpareigotas "Musashi" buvo modifikuotas, kad tarnautų kaip Kombinuotojo flotilės vėliavinis laivas, ir likusį metų praleido dirbdamas. 1943 m. pradžioje laivas buvo perkeltas į Truką ir tuo pačiu metu kelis kartus kartu su flotilė nesėkmingai ieškojo amerikiečių pajėgų. 1944 m. jis keletą kartų buvo naudojamas kariuomenei ir įrangai perkelti tarp Japonijos ir įvairių okupuotų salų. 1944 m. pradžioje amerikiečių povandeninio laivo torpeduotas "Musashi" buvo priverstas grįžti į Japoniją remontuoti, per kurį karinis jūrų laivynas smarkiai sustiprino jo priešlėktuvinį ginkluotį. Jis dalyvavo birželio mėn. Filipinių jūrų mūšyje, tačiau nesusijęs su Amerikos paviršinių pajėgų. Leyte įlankos mūšyje
1944 m. spalio 24 d. "Musashi" buvo nuskandintas 19 torpedų ir 17 bombų iš amerikiečių lėktuvnešų. Daugiau nei pusė įgulos buvo išgelbėta. 2015 m. Kovo mėn. jos avariją aptiko tyrėjų komanda, kurią dirbo "Microsoft" įkūrėjas Paulas Alenas.