1939 m. rugsėjo 9 d. Wejherowo buvo užimtas Wehrmachto. Po Lenkijos įsiveržimo, kuris buvo Antrojo pasaulinio karo pradžia, Wejherowo buvo aneksuotas nacių Vokietijos ir buvo administruojamas kaip Regierungsbezirk Dancigo dalis Reichsgau Dancigo-Vakarų Prūsijos provincijoje. Dauguma miesto žydų bendruomenės buvo nužudyti nacių okupacijos metu.
, o daugelis vietinių lenkų taip pat buvo nacių naikinimo politikos aukos.