1854 m. žaibo smūgis sudaužė dešiniojo bokšto kampą. Vėliau sugadintas bokštas buvo atstatytas. 1870 m. pastatas buvo visiškai atstatytas. 1900 m. lapkričio 10 d. Jose de Diego bažnyčioje surengė vestuvių ceremoniją. San Fermino žemės drebėjimas
1918 metų spalio 11 dieną, vienas iš jo bokštų buvo sunaikintas, o kitas buvo smarkiai paveiktas, o tai, kas liko iš bokštų, buvo sunaikinta. Pastarieji bokštai buvo nugriauti dinamitu. Vėliau buvo nuspręsta pastatyti antrą bažnyčią; architektas Don Luís Perocier buvo paprašytas sukurti planus; jie nebuvo visiškai priimti (1920 m.). Pastatyta bažnyčia tik savo detalėmis ir elementais skiriasi nuo pirmųjų p. Perocier planų, tačiau jie išlaikė panašią estetiką. Ankstesniame plane buvo trys durys su spintais arkais ir ketvirtas gotikinis arka ant portiko. Rekonstrukciją atliko architektas Don Luís f. Niva ir buvo pradėta 1922 m.