Šių medžiagų apykaitos metodų naudojimas viso organizmo, audinių ir ląstelių lygmenimis yra ypač vertingas. Jie apibrėžia kelius nuo prekursorių iki galutinių produktų, nustatydami radioaktyviai pažymėtus tarpininkus ir produktus. Enzymus, kurie katalizuoja šias chemines reakcijas, galima išvalyti ir ištirti jų kinetiką bei reakcijas į inhibitorius. Paralelus metodas yra identifikuoti mažas molekules audinyje ar ląstelėje; pilnas šių molekulių rinkinys vadinamas metabolomu. Apskritai šie tyrimai suteikia gerą supratimą apie paprastų medžiagų apykaitos būdų struktūrą ir funkciją, tačiau jie yra nepakankami, kai taikomi sudėtingesnėms sistemoms, tokioms kaip ląstelių metabolizmas.
vienintelį medžiagų apykaitos kelią