Po 2012 metų sezono Scutaro ir "Giants" susitarė dėl 3 metų, 20 milijonų dolerių vertės sutarties, kuri tapo oficiali 2012 m. gruodžio 7 d. 2013 m. Scutaro buvo antrosios bazės žaidėjas, o Tony Abreu ir Nick Noonan buvo jo pagrindiniai atsarginiai. Per 81 rungtynes pirmoje pusėje, Scutaro įveikė.316/.367/.400 su 2 HR, 22 RBI ir 37 R, ir jis buvo pavadintas
2013 MLB All-Star žaidimas. Scutaro paskutinę 2013 m. rungtynes žaidė rugsėjo 15 d. ir buvo oficialiai uždarytas rugsėjo 24 d. Rugsėjo 27 d. jam buvo atlikta chirurginė operacija, kai į kairį mažąjį pirštą buvo įdėta spyna, ištaisant jo varplio pirštą, sužalojimą, kurį jis patyrė birželio 11 d. prieš "Pirates", kai jį sumušė Tony Watson. 2013 m. 127 rungtynėse jis įveikė.297/.357/.369 su 2 HR, 31 RBI ir 57 R.