1986 m. Andretti patyrė avariją treniruotės metu Indianapolis
, priverčiant jį pradėti atsarginį automobilį. Jis pasitraukė ir baigė 32-uoju. Andretti laimėjo dvi lenktynes ir baigė penktą pagal taškus. 1987 m. komanda perėjo į "Ilmor Chevy Indy V-8" variklį. Andretti laimėjo sezono pradžią Long Biče, pirmąją "Indy" automobilio pergalę. Andretti laimėjo dar vieną lenktynes, bet patyrė daugiau nusivylimų nei sėkmės, įskaitant dar vieną pralaimėjimą Indyje.