Kai 1896 m. prasidėjo šiuolaikinės olimpinės žaidynės, jos iniciatoriai ir organizatoriai ieškojo didžio populiarizavimo renginio, primenančio senovės Graikijos šlovę. Maratono varžybų idėja kilo iš Michelio Bréalo, kuris norėjo, kad šis varžybos renginys būtų įtrauktas į pirmąsias šiuolaikines olimpines žaidynes 1896 metais Atėnuose. Šią idėją stipriai palaikė šiuolaikinės olimpiados įkūrėjas Pjeras de Kubertinas ir graikai. 1896 m. kovo 22 d. graikai surengė olimpinio maratono atrankos varžybas, kurias Charilaos Vasilakos laimėjo per 3 valandas ir 18 minučių. Pirmojo olimpinio maratono, kuris vyko 1896 m. balandžio 10 d. (tai buvo tik vyrų lenktynės), nugalėtojas buvo graikų vandens vežėjas Spyridon Louis, kuris nugalėjo per 2 valandas, 58 minutes ir 50 sekundžių. 2004 m. Vasaros olimpinės žaidynės maratonas
buvo surengtas tradiciniu maršrutu nuo Maratono iki Atėnų, baigiantis Panatinaiko stadione, kur vyko 1896 m. vasaros olimpinės žaidynės. Vyrų maratoną laimėjo italų Stefano Baldini 2 val. 10 min. ir 55 sekundėmis, tai buvo šio maršruto rekordas iki 2014 m. Atėnų klasikinės maratono, kai Felix Kandie sumažino maršruto rekordą iki 2 val. 10 min. ir 37 sekundžių.