1933 m., kai naciai užėmė valdžią, Baeckas dirbo, kad apgintų žydų bendruomenę kaip Reichsvertretung der Deutschen Juden (Reichų atstovavimo vokiečių žydams) prezidento pareigas, šešėlinę organizaciją, kuri 1933-1938 metais suvienijo vokiečių žydus. Po to, kai Reichsvertretung buvo išardytas per Lapkričio pogromą
Naciai vėl subūrė tarybos narius valdomoje Reichsvereinigung. Leo Baeckas vadovavo šiai organizacijai kaip jos prezidentas iki deportacijos. 1943 m. sausio 27 d. jis buvo deportuotas į Teresienštato koncentracijos stovyklą.