Parašykite šio skyriaus tęsinį - Po 1966 m. Nigerijos perversmo
, Shagari buvo tarp vyriausybės pareigūnų, kurie perdavė vyriausybę generolio majoro Aguiyi Ironsi karinei vadovybei. Jis grįžo į Sokoto, kad skatintų švietimą. 1967 m. Jis buvo Sokoto provincijos švietimo plėtros fondo vykdomasis sekretorius, kuriame pastatė daugybę provincijos mokyklų. Vėliau jis buvo paskirtas steigimo ir mokymo komisaru, taip pat trumpai tarnavo švietimo komisaru nebeegzistuojančiose šiaurės vakarų valstijose, kol buvo pakviestas tarnauti generolo Yakubu Gowon federalinei karinei vyriausybei.