1798 m. Jourdanas paskyrė jį stebėjimo armijos vadovu. Ernoufas buvo stebėjimo armijoje, kai ji perėjo Rainą, o britų istorikai tai pavadino Campo Formio sutarties pažeidimu, dėl kurio prasidėjo Antroji koalicijos karas. Kovo 2 d. kariuomenė buvo pervadinta į Dunaus armiją ir žygiojo į Aukštutinę Švabiją, kur susirinko su archduke Karolio Habsburgų kariais.
Ostrache kovo 21 d. ir vėl kovo 25 d. Stockache. Abiem mūšiuose Habsburgų kariuomenė, prancūzų pajėgas viršijusi atitinkamai 3-1 ir 2-1, apvalė prancūzų linijas; kariuomenės vadas Jourdanas negalėjo pakankamai sutelkti savo pajėgų, kad būtų galima priešintis Habsburgų pajėgoms, ir kovo pabaigoje pasitraukė į Juodąjį mišką. Ernoufas ėmė vadovauti Dunojaus armijai, o Jourdanas grįžo į Paryžių, kad paprašytų daugiau karių. Dunojaus armijos vadu jį pakeitė André Masséna. Jis tarnavo Masenos štabo viršininku 1799 m. Šveicarijos kampanijoje, per kurią jis dalyvavo veiksmuose Ciuriche ir centrinėje Šveicarijoje; jis vėl buvo Ciuriche Prancūzijos pergalėje prieš Aleksandrą Rimski-Korsakovą.