1939 m. Lenkijos invazijos metu, kuri pradėjo Antrąjį pasaulinį karą, miestą pirmą kartą 1939 m. rugsėjo 24 d. užėmė Sovietų Sąjunga. Sejnas buvo smarkiai apiplėštas, o 1939 m. spalio 13 d. perkeltas į nacių Vokietiją. Jis liko užimtas.
vokiečiai iki 1944 metų rugpjūčio.