1939 m. rugsėjo 16 d. bažnyčią uždarė vokiečių armija.
ir misionierių koridorius, kuris buvo panaudotas kaip sandėlis vokiečių kariuomenei ir policijai. Pastatas buvo išniekintas, jo įranga pavogta. 1945 m. sausio 19 d. pasitraukiančios vokiečių pajėgos, išvykdamos iš miesto, pastatą sudegino ir tai vyko tris dienas. Sovietų pajėgos į bažnyčią šaudė artilerijos granatais, smarkiai sugadindamos kopulę ir sukeldamos dar vieną gaisrą gyvenamojoje stogo dalyje.