Kovač atstovavo Kroatijai dviejuose Pasaulio čempionatuose (2002 ir 2006 m.), taip pat dalyvavo dviejuose Europos čempionatuose (2004 m.).
ir 2008 m. 2006 m. Pasaulio čempionate jis gerai žaidė gynyboje, tačiau po to, kai prieš Japoniją gavo antrą geltoną, jis praleido paskutinę grupės rungtynes prieš Australiją dėl sustabdymo. Be Kovač, Kroatija kovojo gynyboje su jo pakaitiniu Tomas, kuris per penalti užmušė Australijos pirmąjį tašką. Kroatija galiausiai susitaikė 2<unk>2 su Australija, tačiau buvo pašalinta iš turnyro. Kroatijoje, "Leverkusen" ir "Bayern" Kovač buvo savo vyresniojo brolio Niko Kovač komandos draugas. 2009 m. rudenį jis pasitraukė iš nacionalinės komandos, po to, kai 2008 m. išėjo į pensiją jo brolis.