1806 metais, kai Nyderlandai buvo Prancūzijos imperatoriaus valdžioje, imperatorius Napoleonas I paskyrė savo brolį Liudviką Bonapartą Nyderlandų soste, o tai 1808 metais lėmė maršalo Hermano Willemo Daendelso paskyrimą Nyderlandų Rytų Indijos generaliniu gubernatoriumi. 1811 m. Daendelsą pakeitė generalinis gubernatorius Jan Willem Janssensas, tačiau netrukus po jo atvykimo britų pajėgos užėmė keletą Nyderlandų Rytų Indijos uostų, įskaitant Spice salas 1810 m. ir Javą kitais metais.
Tomas Stamfordas Rafflesas tapo gubernatoriaus pavaduotoju. Po Napoleono pralaimėjimo 1815 m. Voterlo mūšyje ir Vienos kongreso 1816 m. buvo atkurta nepriklausoma Nyderlandų kontrolė. Pagal 1824 m. anglo-olandų sutartį olandai užsitikrino britų gyvenvietes, tokias kaip Bengkulu Sumatroje, mainais už savo nuosavybės Malaizijos pusiasalyje (Malaja) ir Olandijos Indijoje kontrolę. Dėl to buvusios britų ir olandų kolonijų sienos išliko tarp dabartinės Malaizijos ir Indonezijos.