1862 m. Cunninghamas vadovavo F kompanijai per antrąjį Bulruno, Antietamo ir Fredericksburgo mūšius. 1863 m. jis dalyvavo Chancellorsville, Gettysburg ir
Mine Run. 1864 m., dar vadovaudamas kompanijai 32-ajame Masačusetso divizione, Kuningemas dalyvavo per sausumos kampanijoje, serijoje mūšių, kurių tikslas buvo sunaikinti Konfederacijos armiją Šiaurės Virdžinijoje ir užimti Konfederacijos sostinę Richmondą. Kampanija pasibaigė aklavietėje ir baigėsi ilga Pietroburgo apgultis.