1587 m. pabaigoje Paryžiuje jis buvo areštuotas viešnamyje, kai buvo rastas lovoje su moterimi ir Essexo grafo tarnu. Iš pradžių įkalintas vyskupo kalėjime, jo pagrobėjai svarstė galimybę jį išsiųsti atgal į Valsingamą. Galiausiai jis buvo perkeltas į Bastiliją laukti teismo. Jo apklausos įrašai rodo, kad jis bandė įkalinti Morganą ir Pagetą dvigubuose sandoriuose. 1589 m. rugpjūčio mėn. jis buvo iškeltas į teismą ir nuteistas dvidešimčiai metų kalėjimo už tai, kad veikė prieš Katalikų Bažnyčios interesus. Tuo metu Paryžių valdė Katalikų lyga, sukilusi prieš Prancūzijos karalių. Kalėjime jo sveikata pablogėjo. Į
1590 m. kovo mėn. Ivry mūšyje Lygos armija buvo sunaikinta, o karalius žygiavo į Paryžių, pasiryžęs iš bado priversti sostinę pasiduoti. Užpuolimas truko iki rugpjūčio ir sukėlė badą. Giffordas mirė po kelių mėnesių, 1590 metų lapkritį.