Niobijaus dulkės yra akių ir odos dirginamosios medžiagos ir gali sukelti gaisrą, o elementinis niobijus yra fiziologiškai inertinis (taigi hipoalerginis) ir nekenksmingas. Jis dažnai naudojamas papuošalų gamyboje ir buvo išbandytas tam tikruose medicinos implantuose. Niobijaus turinčius junginius retai susiduria dauguma žmonių, tačiau kai kurie yra toksiški ir juos reikia gydyti atsargiai. Trumpalaikis ir ilgalaikis poveikis niobatams ir niobijaus chloridui, dviem vandenyje tirpioms cheminėms medžiagoms, buvo išbandytas žiurkėms. Žiurkėms, kurioms buvo įšvirkšta vienkartinė niobijaus pentachlorido arba niobijaus chlorido injekcija, nustatyta vidutinė mirtina dozė (per burną 10 mg / 50 kg ir 100 kg).
Biologinis vaidmuo nežinomas