Indonezija turi didelę biologinę įvairovę dėl savo dydžio, atogrąžų klimato ir archipelago geografijos. Jos flora ir fauna yra Azijos ir Australazijos rūšių mišinys. Sundo šelfos salos (Sumatra, Java, Borneo ir Bali) kadaise buvo susijusios su žemynine Azija ir turi daug Azijos faunos. Didžiosios rūšys, tokios kaip Sranumato tigras, raganos, orangutanas, Azijos dramblys ir leopardas, kadaise buvo gausu taip toli į rytus kaip Bali, tačiau jų skaičius ir pasiskirstymas smarkiai sumažėjo. Sulawesi, Nusa Tenggara ir Maluku <unk> ilgai buvo atskirtos nuo sausumos masės <unk> sukūrė savo unikalią florą ir fauną. Papua buvo mažesnė Australijos sausumos dalis ir yra unikalios faunos ir floros, glaudžiai susijusios su Australijos žemynine.
70%