1260 m. Baybars ir jo mamelukų armija sunaikino bažnyčią per savo puolimą į Nazarą. Mažai franciškonų sugebėjo pasilikti Nazarete iki 1291 m. Akros žlugimo. Per tris šimtmečius, kurie sekė, franciškonai buvo ir iš Nazareto, priklausomai nuo vietos politinės padėties, kuri buvo nuolat keičiasi. Franciškonų ataskaitos apie šį laikotarpį dokumentuoja jų išvarymą 1363, jų grįžimą 1468 m. ir kai kurių jų narių žudynes 1542 m. Vietos krikščionių šeimos su franciškonų parama padėjo rūpintis bažnyčia taip pat per šį laikotarpį. Emyras Fakr ad-Din suteikė franciškonams leidimą grįžti 1620 m., Tuo metu jie pastatė nedidelę struktūrą, skirtą uždaryti šventą grotą, kuri yra garbinama kaip Marijos namai. 1730 m. Zahir al-Umar leido pastatyti naują krikščionių bažnyčią, kuri tapo centrinė bazilika, priklausomai nuo vietos politinės padėties, kuri buvo nuolat keičiasi.
1954 m.