Daugumos bakterijų patenka į plaučius per mažas organizmo aspiracijas, esančias gerklėje ar nosyje. Pusė normalų žmonių turi šias mažas aspiracijas miego metu. Nors gerklėje visada yra bakterijų, potencialiai užkrečiamos bakterijos gyvena tik tam tikru metu ir tam tikromis sąlygomis. Mažuma bakterijų rūšių, tokių kaip Mycobacterium tuberculosis ir Legionella pneumophila, patenka į plaučius per užterštus oro lašelius. Bakterijos taip pat gali plisti per kraują. Kai bakterijos patenka į plaučius, bakterijos gali įsiveržti į tarpą tarp ląstelių ir tarp alveolių, kur makrofagų ir neutrofilų (defensinių baltųjų kraujo ląstelių) bandoma inaktyvinti bakterijas. Neutrofilai taip pat išskiria citokinus, sukeliančius bendrą imuninės sistemos aktyvavimą. Tai sukelia karščiavimą, dažnus nuovargis.
makrofagai ir neutrofilai (apsauginiai baltieji kraujo kūneliai) bando inaktyvinti bakterijas