Vienas iš Djukovo interesų sričių yra sovietų represijų istorija, daugiausia Baltijos šalyse ir Ukrainoje, o neseniai jis parašė prieštaringai vertinamą straipsnį, kuriame menkina žudynes Baltarusijoje. Nors Dyukovas naudoja atvirus archyvus, tokius kaip Rusijos Federacijos valstybinis archyvas (GARF) ir Rusijos valstybinis šiuolaikinės istorijos archyvas (RGANI), jis taip pat cituoja FSB archyvus, prie kurių mokslininkai turi ribotą prieigą. Būtent iš šių FSB archyvų Dyukovas, pavyzdžiui, savo naujausioje knygoje "Genocido mitas" tvirtina, kad Estijos prisiminimai apie sovietines represijas, įskaitant deportacijas, yra perdėti. Dėl 1941 m. birželio deportacijų
, kuri vyko prieš 1941 m. birželio 22 d. vokiečių invaziją, Dyukovas tvirtina, kad deportuoti estonai buvo daugiausia vokiečių kolaborantai arba buvo su jais susiję.