Baigti šią frazę: "Bayern" įvykdė "Guardiola" norą pasirašyti Thiago Alcântara iš "FC Barcelona" ir "Guardiola" pirmasis sezonas prasidėjo gerai, kai "Bayern" pratęsė nepralaimėtų lygos rungtynių eilę nuo praėjusio sezono iki 53 rungtynių. Galutinis pralaimėjimas "Augsburgui" įvyko praėjus dviem rungtynėms po to, kai "Bayern" jau laimėjo lygos titulą. Per šį sezoną "Bayern" taip pat laimėjo dar du titulus - FIFA klubo pasaulio taurę ir UEFA Čempionato varžybas.
UEFA Super taurė, kuri buvo paskutinis didelis trofėjas, kurio klubas dar nebuvo laimėjęs. Bayern taip pat laimėjo taurę, tačiau pralaimėjo Čempionų lygos pusfinalyje prieš "Real Madrid". 2014 m. kovo 13 d. "Bayern" prezidentas Uli Hoeneß buvo nuteistas už mokesčių vengimą ir nuteistas kalėti trejus su puse metų. Kitą dieną Hoenessas atsistatydino. Gegužės 2 d. viceprezidentas Karlas Hopfneris buvo išrinktas prezidentu. Prieš 2014-2015 m. sezoną "Bayern" pasiėmė Robertą Lewandowski po to, kai jo sutartis su "Borussia Dortmund" baigėsi, ir paskolino Xabi Alonso iš "Real Madrid". "Bayern" taip pat leido Toni Kroos išvykti į "Real". Klubo ikonos Bastianas Schweinsteigeris ir Claudio Pizarro išėjo prieš 2015-16 sezoną. Šiuose dviejuose sezonuose "Bayern" gynė savo lygos titulą, įskaitant dar vieną dvigubą 2015-2016 m., Bet nesugebėjo pereiti per pusfinalinį Čempionų lygos turnyrą. Nors klubo vadovybė bandė įtikinti Guardiolą pasilikti, treneris nusprendė nepratęsti trejų metų sutarties.