Užpildykite šią frazę: Müller pradėjo 2013-2014 m. sezoną, kai buvo naujas treneris Pep Guardiola, žaidęs Vokietijos Superkarūne. Rugpjūčio 5 d. Mülleris įstojo hat-triuką, kai "Bayern" laimėjo 5-0, 2013-14 m. DFB Pokalo pirmojo rato rungtynėse prieš "Schwarz-Weiß Rehden". 2013-14 m. Bundesligos rungtynėse Mülleris pirmą kartą praleido penalti. Po kelių sekundžių iš penalti užmušė Alvaro Dominguezo ranką, o tai sukėlė dar vieną penaltią, kurią Davidas Alaba pavertė. Po to Mülleris pareiškė: "Aš vis dar džiaugiuosi, kad gaunu baudas, bet manau, kad Davidas Alaba šiuo metu yra pagrindinė vieta, kur galima pataikyti". Jis grojo
UEFA Super taurė.