Kofaktoriai gali būti arba neorganiniai (pvz., metalo jonai ir geležies-sieros klasteriai) arba organiniai junginiai (pvz., flavinas ir hemas). Šie kofaktoriai gali būti naudojami daugeliui tikslų; pavyzdžiui, metalo jonai gali padėti stabilizuoti nukleofilines rūšis aktyviojoje vietoje. Organiniai kofaktoriai gali būti kofermentai, kurie yra išlaisvinami iš fermentų aktyviosios vietos reakcijos metu, arba protezinės grupės, kurios yra glaudžiai susietos su enzima. Organinės protezinės grupės gali būti kovalentiškai (pvz., biotinų fermentai, tokie kaip karboxilatas).
organiniai junginiai