1960 m. prezidentas Dwight D. Eisenhoweras paskyrė Timberlake'ą pirmuoju JAV ambasadoriumi naujai nepriklausomoje Kongo Demokratinėje Respublikoje, buvusioje Belgijos kolonijoje. Kongo krizės metu
, Hayes buvo Mobutu Sese Seko rėmėjas ir pasisakė už Patrice Lumumba nušalinimą. 1961 m. Kovo mėn. Hayesas asmeniškai įsakė penkiems JAV karinių jūrų laivynų laivams į vandenis nuo Kongo, ir tai nustebino Kenedžio administraciją.