1939 m. rugsėjo 11-14 d. per Lenkijos invaziją, kuri pradėjo Antrąjį pasaulinį karą, Vokietijos ir Lenkijos armijos kovojo Przemyśl mūšyje mieste ir jo apylinkėse. Po mūšio vokiečių "Einsatzgruppe I" įžengė į miestą, kad įvykdytų įvairius žiaurumus gyventojams, o "Einsatzgruppe zbV" įžengė perimti Lenkijos pramonę. Po mūšio Vokietijos kariai, policija ir "Einsatzgruppe I" tris dienas žudė šimtus mieste gyvenančių žydų. Iš viso mieste ir jo apylinkėse buvo nužudyta daugiau kaip 500 žydų, o didžioji dauguma miesto žydų gyventojų buvo deportuoti per Saną į Lenkijos dalį, kurią okupavo Sovietų Sąjunga. Iki 1941 m. birželio mėn. sienos tarp abiejų įsiveržėlių tekėjo per miesto vidurį palei San upę. Vokiečių okupuota
Kairiojo krantų Przemyśl buvo Generalinio gubernatoriaus Krakovo rajono dalis. "Einsatzgruppe I" nariai kartu suformuodavo vietos Vokietijos policijos padalinį. 1939 m. lapkričio 10 d. vokiečiai masiniu mastu sulaikė lenkus kairiojo krantų Przemyslyje ir apylinkėje, kaip "Intelligenzaktion" dalį. Suimti lenkai buvo sulaikyti vietiniame vokiečių policijos kalėjime, o po to deportuoti į Krokuvos kalėjimą, iš kur galiausiai buvo deportuoti į Aušvico koncentracijos stovyklą. Sovietų okupuota miesto dešiniojo krantų dalis buvo įtraukta į Ukrainos SSR NKVD teroro atmosferą, kai buvo įsakyta deportuoti tūkstančius žydų. Jis tapo naujai įkurtos Drohobičo provincijos dalimi. 1940 m. miestas tapo Peremyšlio Uyezdo administraciniu centru, o 1941 m. prieš vokiečių ataką prieš TSRS buvo įkurtas Peremyšlio įtvirtintas rajonas.