Diponegoro gimė 1785 m. lapkričio 11 d. Jogjakartoje ir buvo vyriausias Sultono Hamengkubuwono III sūnus. Per jo jaunystę Yogyakartano rūmuose, svarbūs įvykiai, tokie kaip VOC išardymas, britų invazija į Javą
, o vėliau grįžo į Nyderlandų valdžią. Per invaziją sultonas Hamengkubuwono II, kuris 1810 m. buvo išstumiamas į šalį Diponegoro tėvo naudai, panaudojo bendrą sutrikimą, kad atgautų kontrolę. Tačiau 1812 m. jis vėl buvo nušalintas nuo sosto ir ištremtas iš Javos britų pajėgų. Šiuo procesu Diponegoro veikė kaip jo tėvo patarėjas ir, matyt, suteikė pagalbą britų pajėgoms iki tokio lygio, kad Rafflesas pasiūlė jam "sultono" titulą, kurį jis atmetė, galbūt dėl to, kad jo tėvas vis dar valdė.