Užpildykite šią frazę: 1796 m. rugsėjo mėn. Džonsonas buvo paskirtas gubernatoriaus Džono Hantero adjutantu, o 1800 m. gavo majoro laipsnį. Tais pačiais metais Johnston buvo suimtas gubernatoriaus leitenanto Williamo Patersono dėl kaltinimų "mokant seržantui, kaip dalį jo atlyginimo, ir nesilaikydamas įsakymų". Džonsonas nepritarė karo teismui kolonijoje, todėl Hanteris išsiuntė jį į Angliją. Dėl sunkumų nagrinėjant bylą su liudytojais Australijoje, byla buvo nutraukta, o 1802 m. Džonsonas grįžo į Naująją Pietų Velsiją. 1803 m. Džonsonas laikinai vadovavo Naujosios Pietų Velso korpusui, kai Patersonas sirgo, ir įsitraukė į konfliktą tarp karaliaus ir kariuomenės. 1804 m. Kovo mėn. Jis veikė su sprendimu, kai karinės komandos, siunčiamos prieš kai kuriuos
kaliniai, kurie sukilo prie Pilyno kalvos. Kai Patersonas buvo išsiųstas į Port Dalrimplį, Džonsonas tapo Naujosios Pietų Velso korpuso vadu.