Bakuninas užaugo Priamuchinoje, šeimyninėje nuosavybėje Tvero gubernijoje. Nuo 1840 m. jis studijavo Maskvoje, po to Berlyne, tikėdamasis įstoti į akademinę bendruomenę. Vėliau Paryžiuje jis susipažino su Karlu Marksu ir Pierre-Joseph Proudhon, kurie jam padarė didelę įtaką. B. Bakunino radikalizmas nutraukė jo profesoriaus karjeros viltį. Jis buvo išsiųstas iš Prancūzijos už tai, kad priešinosi Rusijos okupacijai Lenkijoje. 1849 m. jis buvo suimtas Drezdene už dalyvavimą 1848 m. Čechijos maištyje ir deportuotas į Rusiją, kur jis buvo įkalintas Sankt Peterburge, po to Šlisselburgo tvirtovėje nuo 1854 m. ir galiausiai 1857 m. ištremtas į Sibirą. Jis pabėgo per Japoniją į Jungtines Valstijas, o po to į Londoną, kur kartu su Aleksandru Herzenu dirbo žurnale "Kolokol" ("Žaivis"). 1863 m. Bakuninas išvyko prisijungti prie sukilimo Lenkijoje.
, bet jis nepavyko pasiekti ir vietoj to praleido laiką Šveicarijoje ir Italijoje.