Nepaisant to, kad jis buvo labai pagyrtas visuomenės už savo elgesį su valstybės biurokratija per 1906 m. Nelaimę
Pardee ir toliau turėjo įtemptus santykius su Pietų Ramiojo vandenyno geležinkeliu, kurie buvo tęsiami nuo 1890-ųjų, kai jis buvo Oklando meras. Pardee vaidmuo augančiame progresyvaus judėjimo, kuris nepasitikėjo dideliais korporaciniais monopoliais, taip pat jo pastangos išsaugoti ir apsaugoti valstybinius miškus, išliko nuolatiniu vargu Pietų Ramiojo vandenyno vadovams. Ilgas karštas mūšis dėl Oklando uosto, kurį Pardee argumentavo Oklando vardu, kad uostas buvo miesto, o ne privačios korporacijos, ilgai truko jo gubernatoriaus pareigas. 1906 m. Kalifornijos Aukščiausiasis Teismas nutarė Oaklando naudai. Pardee taip pat skatino kurti naujas geležinkelio kompanijas, kad būtų nutrauktos Pietų Ramiojo vandenyno monopolijos.