Taip pat Škotijoje vyko Jakobitų sukilimų serija, kai vikontai Dundee 1689 m. liepos 27 d. iškėlė aukštumų pajėgas ir laimėjo pergalę Killiecrankie mūšyje
, bet jis žuvo mūšyje ir po mėnesio Škotijos Kamerūno pajėgos nugalėjo sukilimą Dunkeldo mūšyje. Viljamas pasiūlė škotų klanams, kurie dalyvavo sukilime, atleidimą, jei jie pasirašys ištikimybę iki galutinio termino, o jo vyriausybė Škotijoje nubaudė už vėlavimą 1692 m. Glenko žudymu, kuris tapo liūdnai garsus jakobitų propagandoje, nes Viljamas pasirašė įsakymus. Vilhelmas, paklusdamas visuomenės nuomonei, nušalino tuos, kurie buvo atsakingi už žudynes, nors jie vis tiek liko jo naudai. Pasak istoriko Džono Dalbergo-Aktono, "vienas tapo pulkininku, kitas - riteriu, trečias - kunigaikščiu, o ketvirtas - grafu".