Rašykite šio straipsnio tęsinį - Nepriklausomybės karas
smarkiai paveikė fakulteto akademinį personalą, kai kurie iš jų emigravo, o kiti buvo įkalinti. Ilgalaikius 1848 m. sukurtus plėtros planus reikėjo ilgą laiką pašalinti iš darbotvarkės. Vis dėlto per šį reakcinį laikotarpį įvyko tam tikras modernizavimas; nuo 1850 m. vidurinės mokyklos baigimas tapo privalomas norint įstoti į universitetą. Nors praktikuojantys gydytojai vis dar buvo mokomi devyniuose skyriuose, chirurgijos magistro programa, kuri anksčiau buvo nuolat užpildyta iki pajėgumų, išnyko ir galiausiai buvo nutraukta. 1872 m. taip pat buvo panaikintos chirurginės gildijos.