Jo tėvas, José María, dirbo iš Colimos ugnikalnių į Guadalajarą, bet sugebėjo suteikti savo sūnui gerą išsilavinimą. 15 metų jaunuolis Bustamante įstojo į Guadalajaros seminariją. Baigęs studijas, jis išvyko į Meksikos miestą studijuoti medicinos. Jis praėjo medicinines apžiūras, o tada išvyko į San Luis Potosí kaip San Juan de Dios ligoninės direktorius.
José María