Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Post la morto de Batory en 1586, Zamoyski helpis al Sigismondo la 3-a Vasa akiri la polan tronon, batalante en la mallonga civita milito kontraŭ la fortoj subtenantaj la Habsburg-arkiduko Maksimiliano la 3-a de Aŭstrio. La subtena tendaro de Sigismondo estis kunvenita ĉirkaŭ Zamoyski, dum Maksimiliano estis subtenata de la familio Zborowski. Zamoyski defendis Krakvon kaj venkis la fortojn de Maksimiliano en la Batalo de Byczyna
en 1588. En tiu batalo, kiun Sławomir Leśniewski priskribas kiel "unu el la plej gravaj en la pola historio, kaj la plej grava en la milita kariero de Zamoyski", Maksimiliano estis kaptita kaj en la rezulta Traktato de Bytom kaj Będzin de 1589 devis rezigni pri ĉiuj pretekstoj al la pola krono. Poste tiun jaron Zamoyski proponis reformon de la reĝaj elektoj, kiu ne pasis la Sejm. Zamojski prezentis al tiu Sejm projekton, ke en kazo, ke la nuna reĝo mortos sen ido, neniu krom kandidato de iu slava deveno devos esti elektebla por la pola trono. Tio estis projekto kiu eĉ povis imagi la eblecon de iu speco de unio inter katolika Pollando, ortodoksa Moskvo kaj semi-protestanta Bohemio. Fakte, ĝi estis mallerta kaj mallerta kontraŭpropono kontraŭ la pro-Habsburg-politiko.