En 1943 Serong funkciis kiel General Staff Officer 2 kun la kombinitaj 6-a kaj 7-a dividadoj sur la Atherton Tableland en Far North Queensland, kie ili ripozis kaj reedukis antaŭ farado de pliaj operacioj. Frue en 1944 li instruis en la personara kurso en Cabarlah. Tiun aŭguston, li moviĝis al Aitape por prepari por la deplojo de la 6-a dividado. Li poste estis ligita al la usonaj trupoj por la alteriĝo sur Morotai Island.
en la Nederlandaj Orientaj Indioj meze de septembro 1944. En la lastaj semajnoj de la milito, Serong estis menciita en dispecoj por siaj agoj kontraŭbatalantaj la japanoj ĉe Wewak, servante kun la infanterio en la 35-a bataliono. Dum okazaĵo la 21an de julio 1945, li komandis forton de tri taĉmentoj kaj indiĝena polico sur patrolo por detrui japanan municiujon. Kvankam li servis pli da tempo en trejnaj roloj ol en batalo, dum la milito Serong faris gravajn kontaktojn kun kiuj li poste laborus en estontaj postenoj, inkluzive de kolonelo Reg Pollard, kiu poste fariĝis Ĉefo de la Ĝenerala Stabo (CGS), kaj kolonelo Charles Spry, poste la Direktoro de Armea Inteligenteco kaj la Ĝenerala Direktoro de la Aŭstralia Sekureca Inteligenteca Organizo (ASIO).