Post la eniro de Italio en la militon la 10an de junio 1940, Waller estis implikita en la serĉo de minkampoj de la nordafrika marbordo. Kiel lerta pafanto, li mem eksplodigis flosantajn minojn uzante fusilon kaj kirasajn kuglojn. La 21an de junio, "Stuart" bombadis la italan urbon Bardia. La venontan monaton, lia 10-a destrojero-floto partoprenis en la Batalo de Kalabrio. La ŝipoj de Waller plenumis bombadojn sur Fort Capuzzo la 17an de aŭgusto kaj itala hidroplano bazo en la Golfo de Bomba unu semajnon poste. En septembro, li estis premiita kun la Distinguished Service Order (DSO) por "kuraĝo, entrepreno, kaj devoteco al la devo en lastatempaj engaĝiĝoj"<unk> aparte, lia identigo de malamikaj minkampoj. La saman monaton, li transdonis al HMAS "Vampiro" dum "Stuart" iris en por refit. Ĉar la Aliancitaj armeoj komencis kontraŭataki italajn fortojn en decembro 1940, la Ĉefkomandanto de la Mediteranea Floto, admiralo Sir Andrew Cunningham, donis al Waller komandon de la lastatempe formita Inshore Squadron, konsistanta el destrojeroj, minforigiloj, kaj helpaj ŝipoj. En lia rolo kiel la supera oficiro de Cunningham, Waller respondecis pri la maramea subteno por la atako sur Bardia.
, kiu falis al la aliancanoj la 5an de januaro 1941. Baldaŭ poste, li transdonis ordonrajton pri la Inshore Squadron kaj transdonis reen sur "Stuart".