Komence de la dua mondmilito, Protée estis asignita al la tria submarŝipa divizio, bazita en Toulon, kune kun siaj fratinoj, kaj. Komence de februaro 1940 la tria Submarine Division estis nelonge transdonita al Kazablanko por aranĝi gvatadon de la Kanaraj Insuloj, kie kelkaj germanaj kargoŝipoj ĉeestis. La submara divizio tiam estis asignita al la mediteranea teatro la 12an de aprilo, unue ĉe Bizerte tiam, sen la "Fresnel", ĉe Bejruto, sub la aŭtoritato de la brita ĉefkomandanto en Aleksandrio. Protée partoprenis en pluraj patroloj en Dodekaneso ĝis la subskribo de la armistico inter Francio kaj Germanio
la 22-an de junio 1940. La 25-an de junio, la dato kiam la armistico ekvalidis, la kapitano de "Protée" ignoris ordonon reveni al Bejruto, kaj anstataŭe velis al Aleksandrio, iĝante parto de Force X. La kapitano estis punita pro tiu okazaĵo.