Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Massa komenciĝis bone ĉe Ferrari, kvalifikiĝante dua ĉe la malferma vetkuro en Barejno
, kaj venis de 21-a pozicio al 5-a en Malajzio, batante teamamikon Michael Schumacher, kiu komencis de 14-a. En Barejno, aliflanke, en ambaŭ sabataj trejnadoj kaj la vetkuro, Massa rekomencis sian tendencon spini, mallarĝe maltrafante Fernando Alonso, la finan gajninton de la vetkuro. Ĉe la aŭstralia GP li kraŝis sian Ferrari en kvalifiko, tiam koliziis kun Christian Klien kaj Nico Rosberg ĉe la unua kurbo de la vetkuro. Tamen, Massa gajnis sian unuan karieran podion ĉe la Nürburgring, finante tria malantaŭ Michael Schumacher kaj Fernando Alonso. Li ankaŭ starigis la plej rapidan rondon en Barcelono en 2006. Massa havis kvar pliajn podiojn en 2006, kaj prenis sian unuan F1-polean pozicion kaj sian unuan F1-venkon ĉe la ĉe la Istanbul Park-cirkulado. Lia estonta pozicio ĉe Ferrari estis certigita kiam Michael Schumacher anoncis la 10an de septembro 2006, ke li retiriĝos de F1 ĉe la fino de la sezono 2006. La 22an de oktobro, Massa venkis en sia hejma vetkuro ĉe Interlagos, igante ĝin la unua fojo ke brazila ŝoforo venkis en Interlagos ekde Ayrton Senna en 1993. Massa finis la sezonon trian kun 80 poentoj, malantaŭ mondĉampiono Fernando Alonso kaj Ferrari-teama amiko Michael Schumacher.