Kun la ekapero de la Dua Mondmilito en Eŭropo, la SSRNVR pliigis la rekrutadon de ĉefe indiĝena personaro en la forton, por plifortigi lokajn defendojn ĉar Reĝa Mararmeo bezonis rimedojn en Eŭropo. Membroj de la SSRNVR estis vokitaj al aktiva deĵoro, kaj la forto estis pliigita per membroj de la Reĝa Mararmeo Malaja Sekcio. Tio formis la bazon de la mararmeo en Malajo, nomita la Malaja Mararmeo, pilotata de indiĝena malaja personaro. (Simile, la malajoj estis rekrutitaj en la novnaskita malaja regimento formita en 1936). La malaja mararmeo havis forton de 400 viroj kiuj ricevis sian trejnadon ĉe HMS Pelandok, la trejna establado de la Reĝa Mararmeo en Malajo. Rekrutado estis pliigita kaj en 1941 ĉe la ekapero de la milito en Azio, la malaja mararmeo havis forton de 1,450 viroj. Dum la Dua Mondmilito, la Malaja Mararmeo servis kun la Aliancitaj Fortoj en la hinda kaj Pacifika teatro de operacioj. Kiam la milito finiĝis, la japanoj kapitulacis.
En 1945, nur 600 membroj de la malaja mararmeo raportis sin por militservo. Postmilitaj ekonomiaj limoj vidis la dissolvon de la malaja mararmeo en 1947.