Kompletigu la sekvan frazon: Nagatomo komencis sian duan sezonon ĉe Inter Milan ludante 62 minutojn en la malfermaĵo
La matĉo de Serie A kontraŭ Palermo, finiĝis per malvenko de 4 kontraŭ 3. La 27an de septembro 2011, Nagatomo donis asistadon al Giampaolo Pazzini per muskedo Aleksei Berezutski antaŭ veturado de la pilko trans la golon dum la 3×2 for venko kontraŭ CSKA Moskvo en la dua matĉo de la grupstadio de la Ĉampionligo. Li gajnis sian unuan golon de la sezono la 10an de decembro 2011 dum la 2-0 hejma venko kontraŭ Fiorentina en la matĉtago 15 de Serie A. Li denove estis en la poentaro tri tagojn poste kiam li gvidis hejmen Ricky Álvarez-krucon en la 1-0 venko kontraŭ Ĝenovo. En la lasta matĉo de 2011 kontraŭ Lecce hejme, Nagatomo produktis "viron de la matĉo" prezentante du asistadojn en fina 4<unk>1 venko.