Kompletigu la sekvan frazon: Johnston estis entuziasma pri la ekapero de la Meksika-Amerika Milito. Li servis en la stabo de generalleŭtenanto Winfield Scott en
Sieĝo de Veracruz, estinte elektita de Scott por esti la oficiro portanta la postulon de kapitulaco antaŭe al la provinca guberniestro. Li estis en la avangardo de la movado enlanden sub brigadgeneralo David E. Twiggs kaj estis grave vundita per grapeshot faranta sciigon antaŭ la Batalo de Cerro Gordo. Li estis nomumita brevet-leŭtenanto-kolonelo por siaj agoj ĉe Cerro Gordo. Post resaniĝo en batalkampa hospitalo, li reiris al la armeo en Puebla. Dum la antaŭeniĝo al Meksikurbo, li estis la dua en komando de la "U.S. Regiment of Voltigeurs (U. S. Regimento de Voltigeurs)", unuo kunmetita de malpeza infanterio aŭ skirmishers. Li distingiĝis ĉe Contreras kaj Churubusco, estis vundita denove ĉe Chapultepec, kaj ricevis du brevetpromociojn por ĉi-lastaj du engaĝiĝoj, finante la militon kiel brevetkolonelo de volontuloj. (Post la fino de malamikecoj, li revenis al sia pactempa rango de kapitano en la topografiaj inĝenieroj.) Winfield Scott rimarkis humure ke "Johnston estas granda soldato, sed li havis la malbonŝancan kapablon ricevi sin pafita en preskaŭ ĉiu engaĝiĝo". La plej granda angoro de Johnston dum la milito estis la morto de lia nevo, Preston Johnston. Kiam Robert E. Lee informis al Johnston ke Preston estis mortigita de meksika artilerio ĉe Contreras, ambaŭ oficiroj ploris, kaj Johnston funebris por la resto de sia vivo.