Skribu daŭrigon de tiu ĉi paragrafo - Kiam eksplodis la milito kun Meksiko, Morgan estis nomumita kolonelo de la dua Ohio Volunteer Infantry. Li poste estis komisiita kiel kolonelo de la 15-a Usona Infanterio en marto 1847, servante sub generalo Winfield Scott. Por ĉesigi la gerilan militadon kaj murdon de usonaj soldatoj, kolonelo Morgan kaptis kelkajn elstarajn meksikajn civitanojn kaj eldonis proklamon anoncantan ke por ĉiu usona soldato mortigita de la gerilanoj, civitano estus ekzekutita. La murdoj tuj ĉesis. Li estis promociita al brigadgeneralo en 1848 por sia galanteco ĉe la bataloj de Contreras kaj Churubusco.
, kie li estis grave vundita. Revenante al Ohio por resaniĝi, li ricevis la formalan dankon de la Ohia parlamento.