Kiam la sola filo de Vladislas Ludoviko estis mortigita en la Batalo de Mohács en 1526 finante la regadon de la Jagiellon-dinastio en Bohemio, kongreso de bohemaj nobeluloj elektis sian bofraton, la Habsburg-arkiduko Ferdinando la 1-a de Aŭstrio, kiel la novan reĝon de la bohemaj kronlandoj. Kune kun la Archduchy of Austria (Arkidukejo de Aŭstrio) "heredaj teroj" kaj la hungara regno, ili formis la Habsburg Monarkion, kiu en la sekvaj jarcentoj kreskis el la Sankta Romia Imperio en apartan eŭropan potencon. Provoj de la Bohemiaj Reformaciaj biendomoj konstrui aŭtonoman konfederacion estis fuŝitaj en la Batalo de Blanka Monto en 1620
, post kiu la administracio estis centraligita en Vieno. Krome, la Habsburg regantoj perdis la Lusatias al la Elektorlando de Saksio post la Tridekjara Milito en la 1635-datita Praga Paco, kaj ankaŭ la plej grandan parton de Silezio kun Kladsko al la Regno de Prusio post la Unua Silezia Milito en la 1742 -datita Traktato de Breslau.