En aŭgusto 1845, Magruder volontulis por tasko en Corpus Christi, Teksaso, por aliĝi al la armeo de generalo Zachary Taylor tie, okupante la antaŭan respublikon; Usono estis sur la rando de milito kun Meksiko super la demando de aneksado. Post kiam malamikecoj komenciĝis la 25-an de aprilo 1846, Magruder unue vidis batalon ĉe la Batalo de Palo Alto
14 tagojn poste. La 18-an de aprilo 1847, Magruder servis kun "zelo kaj kapablo", en la ekspedicio de generalo Winfield Scott, sub peza fajro kaj turnis meksikan artilerion kontraŭ ili ĉe Cerro Gordo, por kiu li estis laŭdita de siaj ĉefoj kaj patentita al majoro. Antaŭ la 12-a de septembro, usonaj trupoj komencis celi Chapultepec, en unu el serio de engaĝiĝoj en la Batalo de Meksikurbo. Magruder, malforte vundita, ordonis la unuajn pafojn en la frua mateno de la 13-a kaj ofertis postkuron, malgraŭ superaj meksikaj nombroj, por kapti la krucvojon de Anzures, Veronica, kaj Belen - decida vojkruciĝo, kiu blokus la klopodojn de generalo Santa Anna por malpezigi la palacon.