Lowry komandis la armean transportan vaporŝipon "George Peabody", alteriĝantan soldatojn dum la Batalo de Hatteras Inlet Baterioj
en aŭgusto 1861. Li tiam komandis la kanonejon de oktobro 1861 ĝis februaro 1862, kaj kiel parto de la Norda Atlantika Blokado-Eskadro, partoprenis en operacioj de Norda Karolino, en novembro mallevis tri blokŝipojn ĉe la enirejo al Ocracoke Inlet, kaj tiam en februaro 1862 kaptis malamikajn fortikaĵojn sur Roanoke Island, kaj tiam partoprenis en la posta kapto de Elizabeth City.