En marto 1862, Waddell estis nomumita leŭtenanto en la Konfederacia Ŝtata Mararmeo. Sendite al Nov-Orleano, li estis asignita al la nekompleta kirasa CSS "Mississippi" ĝis ŝia detruo fine de aprilo. La sekvan monaton, servante kiel artilerioficiro sur la marbordo, li partoprenis en la batalo
Inter la marbordaj baterioj de la Konfederacio kaj la Federacia Armeo ĉe Drewry's Bluff en Virginio. Li vidis pli marbordan baterian servon ĉe Charleston, Suda Karolino, dum la resto de 1862 kaj en 1863. Sendita eksterlanden en marto 1863, unua leŭtenanto Waddell estis postenigita en Anglio atendante la haveblecon de marvoja pozicio.