De julio 1863 ĝis januaro 1864, dum li resaniĝis post vundoj, li servis en la stabo de la guberniestro de Ohio David Tod kaj gvidis miliciajn unuojn de Ohio en respondo al la atako de Morgan. Li poste komandis la trian brigadon de la kvara divizio de la XXIII-a korpuso en Kentukio kaj Tenesio kaj partoprenis en la Atlanta Kampanjo de Sherman ĉe la bataloj de Rocky Face Ridge kaj Resaca.
Ĉu vi ne scias? Runkle estis honore mobilizita la 21-an de julio 1864 kaj la 29-an de aŭgusto 1864, li estis nomumita subkolonelo en la Veteran Reserve Corps kie li komandis la 21-an regimenton ĝis la milito finiĝis.