Skribu daŭrigon por tiu paragrafo - La kolegio suferspertis severajn homajn kaj kapitalperdojn dum la sveda invado de 1656
kaj la pesto de 1710, sed ĝi resaniĝis. Post la subpremado de la jezuitoj en 1773, la administracio de la kolegio estis transprenita de la Komisiono pri Nacia Edukado. Post la Tria Sekcio de la Pola-Litova Respubliko, karmelitanoj de Kolainiai administris la lernejon de 1797 ĝis 1817. En 1817, carismaj aŭtoritatoj sekulizis la lernejon, ŝanĝis ĝian nomon al gimnastikejo, enkondukis elementajn edukklasojn, kaj transdonis ĝian administradon al Vilna Universitato. Tiel, la nombro de studentoj kreskis kaj superis 400.