En la Dua Mondmilito, kiel ĉefkomandanto de la mediteranea floto, Cunningham gvidis britajn mararmeojn al venko en pluraj kritikaj mediteraneaj marbataloj. Tiuj inkludis la atakon sur Taranto
en 1940, la unua tute aviada maramea atako en historio, kaj la Batalo de Kabo Matapan en 1941. Cunningham kontrolis la defendon de la mediteraneaj provizo-linioj tra Aleksandrio, Ĝibraltaro, kaj la ŝlosila stranga punkto de Malto. Li ankaŭ direktis mararmean subtenon por la diversaj gravaj Aliancitaj alteriĝoj en la okcidenta mediteranea marbordo. En aŭtuno 1943, kun la aktuala, Sir Dudley Pound, mortanta, Cunningham estis promociita al First Sea Lord, la profesia kapo de la Reĝa Mararmeo, pozicio kiun li tenis ĝis sia emeritiĝo en 1946. Li estis nobeligita kiel Barono Cunningham de Hyndhope en 1945 kaj fariĝis vicgrafo Cunningham de Hyndhope la sekvan jaron. Post lia emeritiĝo, Cunningham ĝuis plurajn ceremoniajn poziciojn, inkluzive de Lord High Steward ĉe la kronado de reĝino Elizabeto la 2-a en 1953. Li mortis la 12an de junio 1963, en la aĝo de 80.