En 1861, komence de la Civita Milito, li estis nomumita de la komandanto de la Nacia Gvardio de Novjorko, brigadgeneralo John F. Rathbone, por servi kiel ĉefa kuracisto en la deponejo de Albany. En junio 1862, post la Batalo de la Stacio de Savage
Dum la armeo de la Potomac, kune kun ĝiaj kuracistoj, retiriĝis, Swinburne restis por prizorgi la milojn da vunditaj kaptitoj, kaj de la Unio kaj de la Konfederacio. Respektante lian principan starpunkton, la konfederitkomandanto Stonewall Jackson donis al li permeson, kun akompananta persona noto, permesante vizitojn al sindikatkaptitoj. En 1864, guberniestro Horatio Seymour nomumis lin al la posteno de San-Oficiro de la Haveno de Novjorko kaj, en 1867, li estis renomumita de guberniestro Reuben Fenton, servante entute ses jarojn, ĝis 1870. Dum lia administrado, malgraŭ la malvolonteco de la ŝtata parlamento asigni financadon, li kontrolis la konstruadon de tiamaj plej modernaj kvarantenaj instalaĵoj sur insuloj, kiuj estis nomitaj Swinburne kaj Hoffman.