Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - En 1365-66 kaj 1384-85 la urbo servis kiel rifuĝo por la Episkopo de Konstanco kiam li estis forpelita de Konstanco. Antaŭ 1324 kaj inter 1371-86 la urbo estis lombardita al eksteraj posedantoj kiel garantio por prunto. De 1359 ĝis 1403 la kastelo estis posedata de la lokuloj. En 1374 ili estis konceditaj sendevigo de la militimposto. La episkopa regulo estis malfortigita per la transiro de suvereneco de la Habsburgoj al la Distrikto de Badeno en 1415. Pro ĝia loko sur la religia limo, Kaiserstuhl prezentis gravan pontaĵon por la katolikaj regionoj. En ambaŭ la Unua Milito de Villmergen, en 1655/56, kaj la Toggenburg Milito
(aŭ Dua Milito de Villmergen), en 1712, la vilaĝo estis okupita de Zuriko. Dum la religiaj konfliktoj, la trafiko al Kaiserstuhl estis devigita anstataŭe transiri Rejnon en Zuriko kontrolitajn areojn. Ĉar la urbo ne havis la rajton taksi ŝiptrafikon sur Rejno, tiu perdo de tertrafiko kostis al la urbo la plej grandan parton de ĝiaj doganenspezoj. Tamen, la urbo restis prospera pro vitikulturo kaj brutbredado, tra la kredito kaj bankado, kaj tra eksterlanda servo. La prospero estas reflektita en la majestaj domoj konstruitaj dum tiu epoko. (Gasthaus zur Krone en 1550, administra halo de la monaĥejo de St. Blaise en 1563 kaj 1612, kaj la "Marschallhaus" en 1764). La konstruaĵoj kiuj permesis al Kaiserstuhl funkcii kiel regiona centro estis sur la dekstra bordo de Rejno, kaj estis perditaj en 1798 kun la kreado de la Kantono Badeno. Post la detruo de la ponto fare de la francoj en 1799 la limtrafiko tra Kaiserstuhl ĉesis dum preskaŭ du jardekoj.