En marto 1933, nur tri monatojn post kiam Adolf Hitler iĝis kanceliero, Eisner fuĝis el Berlino al Parizo, kie loĝis fratino. Ĉi tie ŝi vivis malstabile prenante ajnan laboron, kiun ŝi povis trovi (tradukado, infanvartado ktp.) kaj laborante kiam ajn ebla kiel sendependa filmkritikisto por diversaj internaciaj ĵurnaloj kaj gazetoj. En 1940, ŝi estis kaptita en la unua "Rafle du billet vert" kaj forportita al la Vel d'Hiv.
kun centoj da aliaj unuopaj judinoj. De tie ili estis transportitaj al la internigejo de Gurs en Pireneoj, koncentrejo administrata de la francoj por la germanoj. Post kelkaj monatoj, ŝi sukcesis eskapi kaj vojaĝis al Montpellier, kie ŝi enskribiĝis mallonge kiel studento antaŭ ol trovi sian vojon al Rodez kaj al pastro Exbrayat, kiu helpis al ŝi akiri falsajn dokumentojn - ŝi iĝis Louise Escoffier el la regiono Alzaco. Ŝi restis en kontakto kun Henri Langlois, kiu estis en Parizo, kaj kaŝis skatolojn da filmo ĉirkaŭ la lando por teni ilin ekster la manoj de la nazioj. Unu el tiuj lokoj estis proksime de Figeac en centra Francio, en la keloj de Château de Béduer. Langlois instrukciis Eisner iri tien por konservi la filmojn (inkluzive de "The Great Dictator"). Eisner plenumis tion en frostigaj malvarmaj kondiĉoj dum monato antaŭ ol manki de mono. Ĉar ŝi bezonis helpon, ŝi sukcesis akiri laboron en knabina lernejo en Figeac. Malbone traktita, ŝi komencis instrui la germanan al kelkaj hispanaj knabinoj loĝantaj kun la loka lernejinstruisto Madame Guitard, kiu akceptis ŝin; ŝi restis tie ĝis la liberigo de Parizo fine de aŭgusto 1944.