Kompletigu la sekvan frazon: Kiam la Civita Milito komenciĝis en 1861, Magruder forlasis la Unian Armeon por akcepti komisionon en la Konfederacio. Kiel komandanto de la Armeo de la Duoninsulo, li fortikigis la Duoninsulon de Virginio kaj venkis en la Batalo de Big Bethel. En la Duoninsula Kampanjo, li haltis la Armeon de la Potomac de McClellan ekster Yorktown, permesante al Maj. Gen. Joseph E. Johnston alveni kun plifortikigoj, organizi retiriĝon, kaj defendi la konfederacian ĉefurbon, Richmond. Magruder estis kritikita pro sia gvidado en bataloj ĉe
Savage's Station kaj Malvern Hill dum la Septagaj Bataloj. Li pasigis la reston de la milito administrante la Distrikton de Teksaso, Nov-Meksiko, kaj Arizono kaj la Departemento de Arkansaso; en lia permanenta ofico, Magruder levis la maran blokadon super Galveston kaj rekaptis la urbon en 1863.