Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Dum la milito kun Rusio en 1654<unk>1667 kaj dum la Granda Norda Milito (1700<unk>1721) Merkinė suferis multe de rusaj kaj svedaj armeoj kaj perdis sian strategian kaj ekonomian signifon. Merkinė denove estis bruligita fare de la rusa armeo dum la Ribelo de 1794
kiu provis liberigi la Pola-Litovan Respublikon de rusa influo. En 1794 urbo inventaro riverhaveno de Nemunas rivero estas menciita, ankaŭ Nemunas kaj Merkys riveroj estis taksitaj kiel taŭgaj por navigado. En dokumentoj de la 19-a jarcento Merkinė estis menciita kiel rivera komerca centro en kiu riveraj komercaj ŝipoj estis konstruitaj.