Dum la 1930-aj jaroj Bohr helpis rifuĝintojn de la naziismo. Post kiam Danio estis okupita de la germanoj
Li havis renkontiĝon kun Heisenberg, kiu fariĝis la estro de la projekto de germana atombombo. En septembro 1943 Bohr ricevis la sciigon, ke li estis arestonta de la germanoj, kaj li fuĝis al Svedio. De tie, li estis flugita al Britio, kie li aliĝis al la brita Tube Alloys nuklea armilprojekto, kaj estis parto de la brita misio al la Projekto Manhattan. Post la milito, Bohr postulis internacian kunlaboron pri nuklea energio. Li estis implikita en la establado de CERN kaj la Esplora Establado Risø de la Dana Komisiono pri Atoma Energio kaj iĝis la unua prezidanto de la Nordic Institute for Theoretical Physics (Norda Instituto por Teoria Fiziko) en 1957.