Post trejnado kaj ekzercoj de la marbordo de Kalifornio, "Muskogee", pilotata de ŝipanaro de la Marborda Gardisto de Usono, foriris de San Pedro, Kalifornio, la 18an de junio 1944, al Nouméa, Nov-Kaledonio, kie ŝi alvenis la 18an de julio 1944, por patrolo kaj eskortado de Nouméa kaj, post ĝia kapto, Humboldt Bay, Nov-Gvineo. Kontraŭsubmara patrolo kaj ekzameno por ŝipoj funkciigantaj ĉirkaŭ Nov-Gvineo estis ŝiaj ĉefaj devoj en oktobro 1944. La 18-an de oktobro 1944, ŝi ekveturis por kontroli la duan grupon de plifortikigitaj fortoj al la ĵus invaditaj teritorioj.
Leyte en la Filipinoj, alvenante en San Pedro Bay la 24an de oktobro por ekzameni transportojn kaj provizajn ŝipojn sub multaj japanaj aeratakoj dum atendado de grupo de malplenaj tankaj alteriĝŝipoj por formiĝi por la reveno. Ĉar ŝia konvojo retiriĝis la 26an de oktobro 1944, japanaj aviadiloj denove atakis ĝin, kaj "Muskogee" aliĝis en faligado de pluraj malamikaj aviadiloj. Dua eskortvojaĝo al Leyte komence de novembro 1944 estis malpli eventoplena.