Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Hamšík komencis en la 2012 Supercoppa Italiana
, tenita en Pekino, la 11an de aŭgusto; tamen, Napolo estis venkita de Juventus 4-2 en la kromtempo. Poste tiun monaton, en la unua ligmatĉo de Napolo de la 2012-13 Serie A-sezono, Hamšík gajnis la unuan golon de la klubo kaj helpis la strikon de Christian Maggio en fina 3-0 malvenko de Palermo. Mankas gvida golinto Edinson Cavani por la matĉo de la klubo kontraŭ Chievo la 28an de oktobro 2012, Hamšík konektiĝis sur Juan Camilo Zúñiga kruco por doni al Napolo 1-0 venkon. La 6an de januaro 2013, li faris sian 200-an serion A en 4-1 hejma venko kontraŭ Roma. En la antaŭlasta matchday de la Serie A sezono, Hamšík kolektis pason de Goran Pandev kaj puŝis la pilkon hejmen en la 93-a minuto, savante 2-1 venkon super Siena, konfirmante la lokon de la klubo en la grupaj stadioj de la Ĉampionligo dum kondamnante Sienon al malavanco. La slovako ĉeestis en ĉiu matĉo de Serie A por Napoli dum la sezono 2012-13, provizante 11 golojn kaj 14 asistadojn kiam la "Partenopei" finis dua malantaŭ regantaj ĉampionoj Juventus, sezono kiu pruvis esti la lasta de manaĝero Walter Mazzarri en la klubo, ĉar li iĝis trejnisto de Internazionale poste tiun someron.