Gibbon estis denove komandanto de la dua divizio dum la Kampanjo de Generalo Grant en majo kaj junio 1864, vidante agon en la bataloj de la Sovaĝejo, Spotsylvania Court House, kaj Cold Harbor. La 7-an de junio 1864, li estis promociita al generalmajoro de volontuloj. Dum la posta Siege of Petersburg (Sieĝo de Petersburg) kampanjo (junio 1864 al aprilo 1865), Gibbon fariĝis senkuraĝigita kiam liaj soldatoj rifuzis batali ĉe Ream's Station
en aŭgusto 1864. Li mallonge komandis la XVIII-an Korpuson antaŭ ol iri en malsana forpermeso, sed lia servo estis tro valora, li revenis por komandi la lastatempe kreitan XXIV-an Korpuson en la Armeo de Jakobo. Liaj trupoj helpis atingi la decidan sukceson en la Tria Batalo de Petersburg en aprilo 1865, kaptante Fort Gregg, parton de la konfederaciaj defendoj. Dum la Appomattox Kampanjo, li helpis bloki la konfederit eskapvojon ĉe la Battle of Appomattox Courthouse (Batalo de Appomattox Courthouse), rezultigante la kapitulacon de generalo Lee. Li estis unu el tri komisaroj por la konfederacia kapitulaco.