Kompletigu la sekvan frazon: Post transloĝiĝo al Ĝakarto, Latuharhary ankaŭ komencis labori por la japanoj sub la Sekcio de Internaj Aferoj por administri la Molukanojn en Java, kaj respondecis pri iliaj agoj. En 1944, grupo de ambonezoj inkluzive de Latuharhary estis arestita de la Kenpeitai kaj alportita al Bogor ĉar ili estis suspektitaj pri spionado por la Aliancitaj fortoj, kaj pro la fakto ke Latuharhary parte uzis sian pozicion ene de la japana administracio por politikaj celoj. Tamen, lia edzino kaj du aliaj denove sukcesis konvinki japanan mararmean komandanton aranĝi ilian liberigon. Malfrue en 1944, li denove estis arestita post kiam malliberulo el Molukoj eskapis el malliberejo. Japanaj aŭtoritatoj tiutempe estis aparte suspektemaj pri Ambonese post la
Batalo de Morotai kaj la strategia bombado de Ambon en 1944, plue instigita de Aliancitaj spionaj operacioj en Molukoj gviditaj de Ambonese Julius Tahija.