La rakonto enkadriĝas en la jaro 3394, mil jarojn post kiam la homaro fuĝas de la Tero post kiam ĝi estis detruita de vetkuro de formoŝanĝantaj eksterteranoj <unk> la Gauna (奇居子 ((ガウナ))), sur centojn da masivaj kosmoŝipoj kreitaj el la restaĵoj de la planedo. Unu tia ŝipo estas la Sidonia, kiu disvolvis sian propran homan kulturon proksime bazitan sur tiu de Japanio kie homa klonado, aseksa reproduktado, kaj homa genetika inĝenierado, kiel doni al homoj fotosintezon, estas ordinaraj. Estas ankaŭ rivelita ke la supraj rangoj de ĉi tiu socio sekrete ricevis senmortecon. Kun populacio de pli ol 500,000 homoj, Sidonia estas eble la lasta homa setlejo restanta ĉar la sortoj de la aliaj ŝipoj estas nekonataj.
Japanio