En la printempo de 1968, Klokocka iĝis deputito en la ĉeĥa Nacia Konsilio, la ĉeĥa malsupra ĉambro ene de Ĉeĥoslovakio dum la alteco de la Praga Printempa reformperiodo. Li ankaŭ iĝis dekano de la Jura Fakultato en Brno, kie li redaktis novajn leĝojn pri elektoj por Ĉeĥoslovakio. Tamen, en aŭgusto 1968 sovetiaj kaj aliaj fortoj de la Varsovia Pakto invadis Ĉeĥoslovakion
kaj subpremis la liberalan movadon. Klokocka estis forigita de publika ofico kaj liaj akademiaj pozicioj en la universitato.