Kompletigu la sekvan frazon: Kun la secesio de dek unu sudaj ŝtatoj kaj la ekapero de la Civita Milito, Miller aliĝis al la Unioarmeo. La 27-an de aŭgusto 1861, guberniestro Oliver P. Morton komisiis Miller kiel kolonelo de la 29-a Indiana Infanterio. Post trejnado, la regimento estis asignita al la Brigado de Kirk en la dividado de Alexander M. McCook en la Armeo de la Ohio de Buell kaj marŝis al Tenesio. Miller vidis agon en la dua tago de la
Batalo de Ŝilo, same kiel dum la posta Sieĝo de Korinto. Miller gvidis sian regimenton tra norda Alabamo kaj Tenesio kaj persekutis Braxton Bragg tra Kentukio. Miller komandis brigadon sub James Negley dum la Battle of Stones River (Batalo de Stones River) fine de decembro 1862. En la dua tago de la batalo, Miller gvidis la Federacian kontraŭatakon trans Stones River kiu forpuŝis la Konfederacian atakon de John C. Breckinridge. Dum tiu atako Miller estis vundita je la kolo.