En 1656, streĉitecoj inter protestantoj kaj katolikoj reaperis kaj kondukis al la ekapero de la Unua Milito de Villmergen. La katolikoj estis venkaj kaj kapablaj konservi sian politikan dominecon. La Toggenburga Milito
en 1712 estis konflikto inter katolikaj kaj protestantaj kantonoj. Laŭ la Paco de Aarau de 11 aŭgusto 1712 kaj la Paco de Baden de 16 junio 1718, la milito finiĝis kun la fino de la katolika hegemonio. La Sonderbund-Milito de 1847 ankaŭ estis bazita sur religio.