Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Dum la dua jaro de studoj de Latimer, la Civita Milito eksplodis kaj Latimer forlasis VMI por servi la Suda Konfederacio. Li unue funkciis kiel kadeta trejnisto por la Richmond Hampden Artillery dum la printempo kaj somero de 1861. En la aŭtuno, li estis komisiita kiel unua leŭtenanto kaj vidis agon kun la dividado de Maj. Gen. Richard S. Ewell en la Kampanjo de Shenandoah Valley de 1862. Post distingi sin per sia baterio en bataloj kiel la unua de Winchester
kaj Cedar Mountain, Latimer estis promociita al komando de la bataliono kiu antaŭe apartenis al A. R. Courtney. Post komandado de la bataliono ĉe Fredericksburg en decembro 1862, Latimer estis promociita al majoro en marto 1863. Ewell nomis lin "la Juna Napoleono", sed liaj samtempuloj notis lian junecon kaj malgrandan, malgrandan staton, nomante lin "Boy Major". Li iĝis oficiro en la bataliono de majoro Richard Snowden Andrews de la divizio de majoro generalo Edward "Allegheny" Johnson.