La japana antaŭeniĝo en la Pacifiko estis haltigita komence de 1943, de aŭstraliaj trupoj en Nov-Gvineo kaj usonaj trupoj en Guadalcanal, post kiuj la aliancanoj daŭrigis la ofensivon, antaŭenirante tra Nov-Gvineo kaj la Salomonaj Insuloj direkte al Filipinoj. Dum 1944, la aliancanoj komencis plani repreni Borneon. La Ĝenerala Ĉefsidejo de la Suda Okcidenta Pacifika Areo de generalo Douglas MacArthur respondecis pri la planado de la operacio, sed pro la engaĝiĝo de usonaj trupoj al la rekapto de Filipinio, la tasko rekapti Borneo estis asignita ĉefe al aŭstraliaj tertrupoj. Aliancitaj operacioj en Borneo konsistis el alteriĝoj ĉe Tarakan, Labuan
, kaj Balikpapan. Origine, MacArthur intencis uzi Borneon kiel paŝoŝtonon por repreni Javon, sed tiu operacio poste estis nuligita kaj respondeco por la Nederlandaj Orientaj Indioj transdonita al la Brita-gvidita Sudorienta Azio-Komando. En la planadfazo la komandanto de la aŭstraliaj militfortoj, generalo Thomas Blamey rekomendis kontraŭ la alteriĝo en Balikpapan, kredante ke ĝi ne servus al iu strategia celo. Post longa pripenso, la aŭstralia registaro konsentis provizi trupojn por tiu operacio. La Usona Komuna Ĉefstabo ankaŭ havis zorgojn pri la strategia neceso de la operacio, sed laŭ historiisto Garth Pratten, MacArthur manipulis kaj la Aŭstralian Registaron kaj la Komunan Ĉefstabon por aprobo de la kapto de Balikpapan. La deklarita celo de la operacio estis, laŭ historiisto Chris Coulthard-Clark, "sekurigi la havenon kaj naftokampojn en la areo, kaj establi bazon de kiu lanĉi" estontajn operaciojn. Krome, la registara kontrolo de Nederlandaj Orienthindiaj Insuloj estus reestablita.