Kompletigu la sekvan frazon: En 1341 reĝo Johano de Bohemio permesis al judaj familioj loĝi ene de la urbaj muroj, kaj la unua sinagogo estis konstruita en 1380; tamen pluraj pogromoj okazis en la malfrua 15-a kaj frua 16-a jarcento. Ekde la
La urbo estis tradicie bastiono de la Katolika Eklezio dum la longdaŭraj religiaj konfliktoj en la Regno de Bohemio. Parto de la Habsburg Monarkio de 1526, Budejovice restis lojala subtenanto de imperiestro Ferdinando la 2-a en la Tridekjara Milito. Budějovice spertis mallongan okupon de Prusio dum la Silezia Militoj, kaj la milito inter la Habsburgs kaj la franca armeo en 1742.