En la mezo de la fina interŝanĝa periodo de 2002 li estis interŝanĝita al la Floridaj Marlinoj. Liaj statistikoj por la sezono draste pliboniĝis post la interŝanĝo. En la sekva sezono, li denove estis ŝlosila parto en helpo al la nespertaj Marlins gajni la 2003-datita World Series. En la sesa matĉo de la NLCS, la Marlins estis kvin forirojn for de esti eliminita kiam Cubs-adoranto, Steve Bartman
, malhelpis malĝustan pilkon esti eble kaptita etendante siajn brakojn super Moisés Alou dum Alou provis surterigi la pop-up. La sekva tri-kursa duoblo de Mordecai malfermis la ludon, elstarigante la historian kolapson de la Cubs en kio foje estas nomata simple "The Inning". Mordecai daŭriĝus por gajni sian duan World Series, kiam la Marlins facile venkis la Yankees en la Monda Serio.