Greer estis promociita al leŭtenanto-komandanto kaj deĵoris de 1862 ĝis 1863, kaj poste estis ligita al la Misisipo-Eskadro de kontradmiralo David Dixon Porter. Dum li estis komandanto de la ŝiparo, li partoprenis la batalon de Viksburgo kaj la bombadon de Granda Golfo.
la malsukcesan ekspedicion al la Ruĝa Rivero, frue en 1864.