La interno de la preĝejo estas miksaĵo de pola gotiko kaj impona pola baroka arkitekturo kun strukturaj ecoj kiel granda orita baroka altaro, boato-forma pulpito (1750) kaj la orgeno. La preĝejo estis prirabita kaj la interno tute detruita de soldatoj de la sveda invado de 1655 (la Diluvo
), kiu klarigas la tropezon de baroko en ĝia nuna ornamado. Oni diras, ke la preĝejo enhavas unu el la plej belaj barokaj ĥorejoj en Mezeŭropo. Bartolommeo Berrecci, la renesanca artisto kiu dizajnis la Kapelon de Sigismondo ĉe Wawel, estas entombigita tie.