Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Post kiam la stato de Misisipo secesiis ĝuste antaŭ la komenco de la Civita Milito, Barksdale eksiĝis de la Kongreso por iĝi ĝenerala adjutanto, kaj poste generalmaŝino, de la Misisipo-Milicanoj, en la rango de brigadgeneralo, kun dato de rango de marto 1, 1861. La 1-an de majo, li estis nomumita kolonelo en la Konfederaciaj Ŝtatoj-Armeo de la 13-a Misisipo-Infanterio, regimento kiun li gvidis en la Unua Batalo de Bull Run tiun someron, kaj la Batalo de Ball's Bluff en oktobro. La sekvan printempon, li prenis sian regimenton al la Virginia Duoninsulo kaj batalis en la Duoninsula Kampanjo kaj la Sep Tagoj-Bataloj. Kiam lia brigadestro, brigadgeneralo Richard Griffith, estis mortige vundita en la Batalo de Savage's Station
La 29-an de junio 1862, Barksdale transprenis la ordonrajton pri la brigado kaj gvidis ĝin en heroa, sed sanga kaj vana atako ĉe la Batalo de Malvern Hill. La brigado iĝis konata kiel "Barksdale's Mississippi Brigade". Li estis promociita al brigadgeneralo la 12-an de aŭgusto 1862.