En 1806, la francaj okupaciaj aŭtoritatoj de Nederlando degradis Utrecht University al "école secondaire" (meza lernejo), sed post la establado de la Unuiĝinta Reĝlando de Nederlando en 1813 ĝi reakiris sian antaŭan statuson. Leiden, Leuven, Groningen, Utrecht kaj Gento estis la kvin universitatoj () de la nova ŝtato. Du el la universitatoj (Leuven kaj Gento) iĝis parto de la nova belga ŝtato post kiam iliaj respektivaj provincoj apartigis.
de la Unuiĝinta Regno de Nederlando en 1830. Kiel rezulto, Utrecht University restis unu el nur tri nederlandaj universitatoj. Dum la franca okupo, reĝo Ludoviko Napoleono ordonis la konstruadon de palaco en la centro de Utrecht, kiu poste iĝis la Universitato Biblioteko Urba Centro.