La rakonto sekvas la aventurojn de la gardisto-piloto Nagate Tanikaze, kiu vivis en la subtera tavolo de Sidonia ekde sia naskiĝo kaj estis kreskigita de sia avo. Neniam renkontis iun alian, li trejnas sin en malnova gardisto-piloto-simuladoro ĉiutage, poste mastrante ĝin. Post la morto de sia avo, li aperas sur la surfacon kaj estas elektita kiel gardisto-piloto, same kiel Sidonia denove estas minacata de la Gauna. Demando: Kiel li estas elektita post la forpaso de sia avo?
Gardanto-piloto