Post kiam la floto de Virginio estis integrita kun la Konfederacia Mararmeo, Barron estis komisiita kiel komandanto kaj nomumita ĉefo de la Oficejo de Ordoj kaj Detaloj la 10-an de junio. Barron restis en tiu posteno ĝis la 20-a de julio, kiam la Konfederacia Sekretario de la Mararmeo Stephen R. Mallory konsentis pri la peto de Barron esti asignita kiel komandanto de marbordaj defendoj de Virginio kaj Norda Karolino, grava haveno por konfederaciaj korsaroj bazitaj en Pamlico Sound. Alvenante al sia ĉefsidejo en Fort Hatteras la 28-an de aŭgusto, Barron komandis la defendon de ambaŭ fortikaĵoj Hatteras
kaj Clark kontraŭ Union Flag Officer Silas H. Stringham dum la Battle of Hatteras Inlet (Batalo de Hatteras Inlet) la 28an aŭguston 1929. Baron estis kaptita post la kapitulaco de la du fortikaĵoj. Okazis en Fort Columbus sur Governors Island en New York-haveno, tiam en Ft. Warren, Bostono, Barron poste estis liberigita en interŝanĝo de kaptitoj la venontan jaron.