Du monatojn antaŭ sia 29-a naskiĝtago, J. Wallace Scott iĝis unu el la unuaj respondantoj de Pensilvanio al la alvoko de prezidanto Abraham Lincoln por volontuloj por defendi Washington, D.C. post la falo de Fort Sumter al la Konfederaciaj Ŝtatoj-Armeo en aprilo 1861. Post aliĝado al militservo en Okcidenta Chester la 4-an de junio 1861, li aliĝis kiel soldato kun Kompanio A de la 1-a Pensilvania Rezerva Regimento (ankaŭ konata kiel la 30-a Pensilvania Volontulo-Infanterio). Antaŭenigite al la rango de kaporalo frue dum lia oficperiodo, li kaj liaj viroj kaptis du malamikajn provizadajn vagonojn dum ili estis asignitaj al piketaj devoj laŭ Annapolis Railroad-linio en Virginio en aŭgusto 1861. Tirite per du ĉevaloj ĉiu, la ĉaroj estis ŝarĝitaj kun 5,000 USD valoro de oraj lingoj kaj silko destinita por uzo en CSA armeaj uniformoj kaj flagoj, same kiel kininprovizoj destinitaj por CSA-kuracistoj. Li partoprenis kun sia regimento en la Septagaj Bataloj proksime de Richmond, Virginio de la 25-a de junio ĝis la 1-a de julio 1862, inkluzive de la bataloj de Beaver Dam Creek (la 26-an de junio), Gaines's Mill (la 27-an de junio), Savage's Station
(junio 29), Glendale (junio 30), kaj Malvern Hill (julio 1), li tiam batalis en la Dua Batalo de Bull Run (aŭgusto 28-30), kaj la bataloj de Suda Monto (septembro 14) kaj Antietam (septembro 17). Antaŭenigita al la rango de serĝento, li estis honore eligita la 23-an de oktobro por supozi novan postenon kun malsama regimento.