Skribu daŭrigon por tiu paragrafo - La 5-an de decembro 1990, Alomar kaj Joe Carter estis interŝanĝitaj al la Toronto Blue Jays en interŝanĝo por Fred McGriff kaj Tony Fernández. Estis en Toronto ke li evoluis en ĉefan ofensivan duan bazulon, kombinante.300-plus batantan mezumon kun potenco kaj alta fino rapideco sur la bazoj. En 1991, li kapitaligis sian rapidecon kun 11 trioblaj kaj 53 ŝtelita bazoj, kondukante la teamon al ĝia unua el tri sinsekvaj postvivantaj aperoj. La sekvan jaron, li gajnis 105 kurojn, tiris 87 piedirojn, kaj havis.405 sur-baza procento. En 1993, Alomar havis sian plej bonan sezonon kun la Bluaj Ĝojoj, produktante 17 hejmkuradojn (HR), 93 kuradoj batitaj en (RBI), kaj 55 ŝtelitajn bazojn, batante.326, tria en la Amerika Ligo malantaŭ samteamanoj John Olerud kaj Paul Molitor. Li estis centra figuro en la World Series-ĉampionecoj de Toronto en 1992 kaj 1993; en ludo 6 de la 1992-datita World Series, li gajnis la serion-gajnantan kuron sur la du-kurita duoblo de Dave Winfield en la 11-a ludperiodo. La ludo-ligado de Alomar, naŭa-intervala hejmkurado kontraŭ Oakland-helpa aso Dennis Eckersley, en ludo 4 el la 1992-datita American League Championship Series
(ALCS), estas konsiderita de multaj kiel la plej grava sukceso en la historio de la klubo, ĉar la tri antaŭaj vojaĝoj de la teamo al la ALCS finiĝis en seniluziiĝo; li estis nomita la Plej Valora Ludanto (MVP) de la serio. En 1995, li ludis 104 sinsekvajn ludojn sen eraro, metante AL-rekordon por duaj basuloj. En ĉiu el liaj kvin sezonoj kun la Bluaj Ĝoj, Alomar estis nomita al la Ĉia-Stela teamo kaj gajnis la Premio Ora Gloveto.