Kompletigu la sekvan frazon: La 13an de julio 2011, estis sciigite, ke Jonathan forlasos Santos por trejni kun la gigantoj de Serie A Inter Milan, atendante la finigon de la translokigo. Du tagojn poste, la 15an de julio, li oficiale iĝis Inter-ludanto, subskribante kvarjaran kontrakton. Jonathan faris sian Inter-debuton la 11an de septembro 2011 en semajno du de
2011<unk>12 Serie A, ludante la plenajn 90 minutojn en 4<unk>3 forperdo al Palermo. Tri tagojn poste Jonathan debutis en la Ĉampionligo, ludante la tutan matĉon en Matchday 1 kontraŭ la turka flanko Trabzonspor en malvenko 0-1 ĉe la San Siro.