Kompletigu la sekvan frazon: Kiam la Usona Enlanda Milito komenciĝis en 1861, Jones volontulis por servi en la Unioarmeo. La 3-an de oktobro li estis elektita kapitano de la 53-a Ohio Infantry Regiment, kaj vidis agon kiel tia dum la Batalo de Ŝilo kaj la Sieĝo de Korinto. La 2-an de majo 1862, Jones iĝis kolonelo de la 53-a Ohio kaj ĝia komandanta oficiro. Li gvidis sian regimenton dum la Sieĝo de Vicksburg kaj ĉe la batalo de Missionary Ridge, ambaŭ en 1863. Jones vidis plian agon dum la Atlanta Kampanjo de 1864, batalante ĉe Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain kaj
Atlanto. En aŭgusto, Jones estis nomumita al brigadkomando kiam lia supera oficiro, brigadgeneralo Joseph A. J. Lightburn estis vundita kaj rezignis pri komando por la resto de la milito. Kolonelo Jones nun gvidis la duan brigadon en la dua dividado de William B. Hazen de la XV-a korpuso ĉe Jonesboro. La unua brigado de tiu divizio ankaŭ estis gvidita de alia "kolonelo Jones", Theodore Jones de la 30-a Ohio. Wells Jones partoprenis en la 1864 Marŝo al la Maro, kaj estis vundita dum operacioj ĉirkaŭ Fort McAllister, Kartvelio, la 13-an de decembro.