Skribu daŭrigon por tiu paragrafo - Hardee eksiĝis de sia U.S. Army-komisiono la 31-an de januaro 1861, post kiam lia hejmŝtato de Kartvelio secesiis de la Unio. Li aliĝis al la Armeo de la Konfederaciaj Ŝtatoj kiel kolonelo la 7-an de marto kaj ricevis komandon de Forts Morgan kaj Gaines en Alabamo. Li poste estis promociita al brigadgeneralo (la 17-an de junio) kaj generalmajoro (la 7-an de oktobro). Antaŭ la 10-a de oktobro 1862, li estis unu el la unuaj konfederitgeneralaj leŭtenantoj. Lia komenca tasko kiel generalo estis organizi brigadon de Arkansasaj regimentoj kaj li impresis siajn virojn kaj kunoficirojn solvante malfacilajn provizadajn problemojn kaj pro la ĝisfunda trejnado, kiun li donis al sia brigado. Li ricevis sian moknomon, "Old Reliable", dum kun tiu komando. Hardee funkciigis en Arkansaso ĝis li estis vokita por aliĝi al la Armeo de Centra Kentukio de generalo Albert Sidney Johnston kiel korpuskomandanto. Johnston retiriĝus de Kentukio kaj Tenesio, en Misisipon, antaŭ lanĉi surprizatakon ĉe la Batalo de Ŝilo
en la printempo de 1862. Hardee estis vundita en la brako la 6-an de aprilo 1862, dum la unua tago de la batalo. Johnston estis mortigita ĉe Ŝilo kaj la korpuso de Hardee aliĝis al la armeo de generalo Braxton Bragg de Tenesio antaŭ la Sieĝo de Korinto, Misisipo, ĝis la Komandanto de la Sekcio P.G.T. Beauregard evakuis la urbon kaj retiriĝis al Tupelo. Beauregard estis anstataŭigita de Bragg, kiu poste movis sian armeon al Chattanooga antaŭ komenci sian Konfederacian Heartland-Ofensivon en Kentukio. Tiu kampanjo finiĝis kun la Batalo de Perryville en oktobro 1862, kie Hardee komandis la Maldekstran Flankon de la armeo de Bragg.