En la 13-a kaj 14-a jarcentoj, Makedonio estis kontestata de la Bizanca Imperio, la Despotate of Epirus (Despotato de Epiro), la regantoj de Tesalio, kaj la Bulgara Imperio, sed la ofta ŝanĝo de limoj ne rezultigis iujn ajn gravajn loĝantarŝanĝojn. En 1338, ĝi estis konkerita de la Serba Imperio, sed post la Batalo de Maritsa
En 1371, la plej multaj el la serbaj sinjoroj de Makedonio agnoskis otomanan suverenecon. Post la konkero de Skopjo fare de la otomanaj turkoj en 1392, la plej granda parto de Makedonio estis formale integrigita en la Otomana Imperio.