Li Zongren estis naskita en Xixiang Village (西鄉村), proksime de Guilin en Guangxi Provinco, la dua plej aĝa en Han familio de kvin knaboj kaj tri knabinoj. Lia patro, Li Peiying (李培英), estis vilaĝa lernejestro. Post malsama edukado Li enskribiĝis en provinca armea lernejo. Li aliĝis al la Tongmenghui, la revolucia partio de Sun Yat-sen, en 1910, sed tiam malmulte komprenis la pli larĝajn celojn de Sun pri reformo kaj nacia reunuiĝo. La denaska provinco de Li de Guangxi ankaŭ estis la hejma provinco de Taiping.
Generalo Li Xiucheng, al kiu la familio de Li asertis esti parenca.