En junio 1992, Avila aliĝis al la Florida Marlins kiel la vicdirektoro de latinamerikaj operacioj. Post du sezonoj kun la Marlins, li estis promociita al direktoro de latin-amerikaj operacioj. Sub la gvidado de Avila, la Marlins subskribis 1997 NLCS
kaj Monda Serio MVP Liván Hernández, dum Florido World Series kuro.