En la Usona Enlanda Milito, Geddes servis en la Unioarmeo, aliĝante kiel soldato en la 8-a Infanterio de Iovao. Li estis promociita al kapitano kaj poste subkolonelo, kaj post februaro 1862 kiel kolonelo de volontuloj. Li partoprenis en la bataloj ĉe Ŝilo.
, kie li estis vundita kaj kaptita. Li estis malliberigita dum tempo en Madison, Kartvelio, kaj en Libby Prison en Richmond, Virginio. Post esti interŝanĝita, li batalis ĉe Vicksburg kaj Jackson. En oktobro 1863, li ricevis komandon de brigado kaj estis sendita al Brownsville, Teksaso. Poste, li funkciis kiel provost marŝalo de Federacia okupita Memfiso, Tenesio, kiun li savis de konfisko de konfederacia kavalerio sub Nathan Bedford Forrest. Li komandis brigadon en la Mova Kampanjo kaj luktis kun distingo ĉe la Batalo de Hispana Fortikaĵo. La 13-an de januaro 1866, prezidanto Andrew Johnson nomumis Geddes por nomumo al la grado de brevet-brigadgeneralo de volontuloj, por rangigi de la 5-a de junio 1865, kaj la Usona Senato konfirmis la nomumon la 12-an de marto 1866.