En marto 1937 Schniewind estis forigita de sia universitata posteno kaj komence de 1938 la aŭtoritatoj lanĉis kriman enketan aferon pri lia implikiĝo kun la Konfesanta Preĝejo. Li estis devigata preni 80%-an salajron. Multaj fontoj supozas aŭ implicas ke li restis senigita de sia profesoreco ĝis la milito finiĝis
en majo 1945, sed lastatempa enketo de personaj rekordoj konservitaj en la arkivoj de la Universitato de Halle indikis, ke la profesoreco de Schniewind estis trankvile reestigita en iu formo poste en 1938. Ne estas raporto pri la krima afero, kiu atingis la stadion de procesigo. Laŭ unu fonto, kune kun liaj prelegadoj nome de la Konfesanta Preĝejo, li povis daŭrigi "privatan instruadon de siaj studentoj". Post 1939 li kombinis siajn agadojn en la universitato kun laboro kiel armea-hospitala pastro.