Dum 1938 kaj 1939 kreskis la kredo ke alia milito inter Francio kaj Germanio fariĝis neevitebla. En septembro 1939 la franca registaro deklaris militon al Germanio, kaj ĝenerala mobilizado estis efektivigita. Ĉe ĝia fina kunveno (antaŭ ol ĝi estis malpermesita) dek tagojn antaŭe, la CGT-SR) finpretigis planojn por anonci ĝeneralan strikon okaze de ĝenerala mobilizado, sed tiuj planoj ŝajne ne postvivis la realecon de la germanaj kaj sovetiaj invadoj de Pollando. Paul Lapeyre estis inter tiuj devigitaj aliĝi al la armeo en aŭgusto/septembro 1939. Li hezitis dum pluraj tagoj antaŭ ol raporti al la kazerno en Auch. Li estis sendita al Alzaco, kiu estis reinkorporita en Francio en 1919, kaj pasigis plurajn monatojn sur la bordoj de Rejno. Ĝi estis supozeble en la kunteksto de la germana invado de Francio, kiu okazis dum majo kaj junio 1940, ke la regimento en kiu Lapeyre servis trovis sin ĉirkaŭita kaj devigita kapitulaci. Nun germanaj militkaptitoj, Lapeyre kaj liaj kamaradoj estis tenitaj en siaj kazernoj dum iom pli ol monato antaŭ ol esti transdonitaj al granda bieno kaj komenci labori en Hoisdorf, proksimume 25 km oriente de Hamburgo. Fuĝoprovo malsukcesis. Lapeyre pasigis la venontajn kvin jarojn en sinsekvo de kvar labor-kampoj. En unu momento li apenaŭ evitis esti sendita al la fifama koncentrejo de Rava-Ruska, sed fine li estis sendita reen al la regiono de Hamburgo, kie li laboris kune kun la aliaj militkaptitoj. Dum semajno en julio 1943
"aliancitaj" bombatakoj komplete detruis la segilon al kiu li estis asignita. Fine, tamen, li estis liberigita de la angloj ("... par les Anglais") en junio 1945.