La 15-an de aŭgusto 1945, la japanoj kapitulacis.
al la Aliancitaj fortoj. Du tagojn poste, la Proklamo de Sendependeco de Indonezio estis deklarita. Maluku estis deklarita kiel unu el la provincoj de la Respubliko de Indonezio. Tamen, la formado kaj pozicio de Maluku tiutempe estis devigitaj okazi en Ĝakarto, ĉar tuj kiam la japanoj kapitulacis, la Nederlanda Indies Civil Administration (NICA) tuj eniris Maluku por transpreni kontrolon. Nederlando kontrolis Maluku ĝis 1949, kiam en akordoj de la Nederlanda-Indonezia Ronda Tabla Konferenco, la nederlandanoj rekonis la suverenecon de Indonezio. La nederlandanoj baldaŭ forlasis Maluku. Pro profunda malfido al la indonezia gvidado, kiu estis ĉefe java islama, en 1951 sendependa Respubliko de la Sudaj Molukoj (indonezia: RMS, Republik Maluku Selatan) estis proklamita en Ambon, subtenata de la nederlandanoj. La RMS havis fortan subtenon inter la antaŭaj molukaj koloniaj soldatoj. Kiel sekvo, indoneziaj trupoj invadis Maluku por disbati la separistojn. La ĉefa fortikejo de la ribelanta RMS-grupo sur Ambon estis venkita de indoneziaj trupoj en novembro 1950, dum pli malgranda gvarilbatalo daŭris sur Seram Island ĝis 1962. La malvenko sur Ambon tamen rezultigis la fuĝon de la memdeklarita RMS-registaro de la insuloj, kaj la formado de registaro en ekzilo en Nederlando. La sekvan jaron proksimume 12,000 molukaj soldatoj akompanitaj de siaj familioj iris al Nederlando, kie ili establis "Republikon de la Sudaj Molukoj" registaron en ekzilo.