Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Clemens venis el emeritiĝo, subskribante unujaran interkonsenton kun sia adoptita hejmurbo Houston Astros la 12-an de januaro 2004, aliĝante al proksima amiko kaj iama Yankees-kunulo Andy Pettitte. La 5-an de majo 2004, Clemens registris sian 4.137-an karieron striko por meti lin dua sur la ĉiama listo malantaŭ Nolan Ryan. Li estis nomita la komencanto por la National League All-Star teamo sed finfine estis la perdanta ĵetisto en tiu ludo post permesado de ses kuroj sur kvin sukcesoj, inkluzive de tri-kurita hejmkurado al Alfonso Soriano. Clemens finis la sezonon kun rekordo de 18 kontraŭ 4, kaj ricevis sian sepan Cy Young Award, iĝante la plej maljuna ludanto iam ajn gajninta la Cy Young en la aĝo de 42. Tio igis lin unu el ses ĵetantoj por gajni la premion en ambaŭ ligoj, aliĝante al Gaylord Perry, Pedro Martínez, kaj Randy Johnson kaj poste aliĝis al Roy Halladay kaj Max Scherzer. Clemens estis la perdanta ĵetisto por la Astros en ludo 7 el la 2004 NLCS
kontraŭ la Sankta Luiso Cardinals, permesante 4 kuroj en 6 ludperiodoj de laboro. Kvankam li ĵetis bone, li laciĝis en la sesa ludperiodo, cedante ĉiujn kvar kuradojn.