Inter timoj de japana antaŭeniĝo al kontinenta Aŭstralio, la dua sendependa kompanio estis sendita al Timoro, kiel parto de Sparrow Force, kune kun la 2-a 40-a bataliono kaj malgranda artilerio. Alveninte en Dili la 17an de decembro 1941, la plej granda parto de la 2-a Sendependa Kompanio moviĝis por protekti Dili-flughavenon en orienta Timoro, dum aliaj elementoj okupis poziciojn en la proksimaj montoj. La japanoj invadis Timoron
la 20-an de februaro 1942, atakante kaj orientan kaj okcidentan Timoron samtempe, rapide superforte superforte la malgrandan forton de aŭstraliaj kaj nederlandaj defendantoj. La 2-a Sendependa Kompanio estis senespere pli granda en nombro ol la 2-a Sendependa Kompanio estis nekapabla teni la flughavenon kaj estis devigita retiriĝi en la montojn, de kie ili kondukus gerilan kampanjon kontraŭ la japanoj dum pli ol jaro.