Kompletigu la sekvan frazon: Cooper estis rekomisita kiel leŭtenanto-kolonelo de la 4-a Kavalerio de Kentukio la 26-an de marto 1863 kaj iĝis ĝia kolonelo en aprilo; sekvante la eksiĝon de kolonelo Bayles. La 4-an de junio 1863, Cooper estis vundita kiam ĉevalo falis sur lin en Franklin, Tenesio. Li komandis la regimenton ĉe la Batalo de Chickamauga en septembro 1864. Cooper revenis al Lexington, Kentukio en 1864 por malsana forpermeso. Tiam Cooper gvidis lokajn fortojn kontraŭ la atakantoj de John Hunt Morgan. Li rifuzis la postulojn de Morgan por la kapitulaco de Lexington la 9-an de junio 1864 kaj repuŝis siajn soldatojn. En aprilo 1865 li komandis la postenon de Montgomery, Alabamo kaj en majo kaj julio 1865 la postenon de Albany, Kartvelio. Li estis honore mobilizita la 21-an de aŭgusto 1865 en Macon, Kartvelio. Li ricevis batalhonorojn por sia servo en Ŝilo, Korinto, Riĉmondo, Ĉikamoĝo, la atako de Morgan en Kentukio, la Batalo de Resaca kaj por la atako de Wilson sur Montgomery. Li estis promociita al leŭtenanto-kolonelo kaj kolonelo en la regula armeo la 2-an de marto 1867, por kuraĝaj kaj meritindaj servoj ĉe la
Batalo de Resaca en Kartvelio kaj en la kapto de Montgomery, Alabamo.