En decembro 1944, dum la kombinitaj filipinaj kaj usonaj trupoj daŭrigis sian antaŭeniĝon por liberigi Filipinion de japanaj trupoj, la registaro de la Dua Filipina Respubliko, kiu inkludis Aquino, estis translokigita al Baguio. Poste, ĝi estis flugita al Japanio kie, kune kun aliaj oficialuloj, ĝiaj membroj estis arestitaj kaj malliberigitaj en la Sugamo-Malliberejo kiam la japanoj kapitulacis.
Ĉu vi ne scias? La 25-an de aŭgusto 1946, Akvino estis flugita reen al Filipinio por sia testo sur ŝtatperfidaj akuzoj de la Popola Tribunalo; kelkajn semajnojn poste li estis liberigita sur kaŭcio.