Bonaga faris sian debuton por Panamo en la UNCAF Nations Cup 2009 duonfinalo enirante kiel lastminuta anstataŭaĵo kontraŭ Honduro la 30an de januaro 2009 kaj, ekde la 1a de majo 2015, gajnis entute 23 ĉapojn, gajnante 1 golon. Li reprezentis sian landon en 2 FIFA World Cup-kvalifikaj matĉoj kaj ludis ĉe la 2011 FIFA World Cup.
kaj 2013 CONCACAF Gold Cups. La 10an de januaro 2013 li trafis kontraŭ Gvatemalo en amika matĉo en la 67-a minuto.