Kun la ekapero de la Civita Milito, Brooks estis nomumita brigadgeneralo de volontuloj en septembro 1861. Li komandis la 2-an brigadon, 2-an divizion de la 4-a korpuso en la Duoninsula Kampanjo, kaj la 2-an brigadon, 2-an divizion de la 6-a korpuso ĉe la Sep Tagoj-Bataloj, kie li estis vundita en la Batalo de Savage's Station
Ĉu vi ne scias? Rekuperiĝante, li rekomencis komandon de sia brigado por la Marilanda Kampanjo kaj gvidis siajn virojn ĉe Crampton's Gap, kie ili kaptis konfederitan batalflagon apartenantan al la 16-a Virginia Infanterio. Ĉe la Batalo de Antietam, la brigado de Brooks estis ĉefe en rezervo, kvankam sub "galling-pafado de kaj artilerio kaj pafiloj" dum 48 horoj.