En la 16-a jarcento, dum la periodo de la hispana konkero de Gvatemalo, la bordo de la lago estis la sceno de batalo en kiu la hispanoj kaj iliaj Kaqchikel-aliancanoj venkis la Tz'utujils. Post la hispana konkero de Gvatemalo
La franciskanoj starigis preĝejon kaj monaĥejon en Panajachel baldaŭ poste, kaj utiligis la urbon kiel centron por konverti la indiĝenajn homojn de la regiono al la katolika kredo. La origina fasado de la preĝejo ankoraŭ staras, kaj estas konsiderata unu el la gemoj de la kolonia stilo en Gvatemalo.