Kompletigu la sekvan frazon: La sekvan someron, tamen, kapitano Cristiano Doni estis listigita inter la suspektatoj pro implikiĝo en matĉ-fiksita skandalo (ankaŭ konata kiel "Calcioscommesse"). Atalanta alfrontis ses-punktan punon en la
2011-12 Serie A-pozicioj, kaj Doni estis donita tri-kaj-duono-jara malpermeso de ĉiuj futbal-rilataj agadoj la 19an de aŭgusto, efike finante sian karieron en la aĝo de 38. La defendanto Thomas Manfredini ankaŭ estis akuzita pri implikiĝo en la skandalo kaj komence ricevis trijaran malpermeson, kvankam li poste estis malkondamnita. Ankaŭ tiun someron, Atalanta subskribis argentinano Germán Denis, kiu iĝus unu el la plej produktivaj poentintoj de la klubo kun 56 goloj en kvar kaj duona sezonoj. Komence de la sezono, Atalanta akiris 10 poentojn en siaj unuaj kvar matĉoj, dum la kompanio laboris por defendi sin kaj siajn ludantojn kontraŭ ĉi tiuj akuzoj. Atalanta daŭriĝis por akiri 52 poentojn antaŭ la ses-punkta puno, starigante novan kluban rekordon por la plej multaj poentoj en Serie A. Tio sekvis de konsekvencaj prezentoj dum la sezono (26 poentoj en ĉiu duono) kaj la kvara plej bona defendo en la ligo kun 43 goloj enlasitaj, egale kun Bologna kaj Fiorentina. La klubo certigis la sekurecon de Serie A en la kvara antaŭlasta matĉtago kun 2-0 hejma venko kontraŭ Fiorentina, kvankam ili perdis la finajn tri matĉojn kontraŭ Milano, Lazio kaj Juventus.