የሚከተለውን ዓረፍተ ነገር አጠናቅቁ፦ ብዙም ሳይቆይ ሕብረቱ ተጨማሪ ሰዎች እንዲመጡ ሲጠይቅ እንደገና ወደ ሕብረቱ ሠራዊት ገባ። የኦሃዮ ሹፌሮች 7 ኛ ነፃ ኩባንያን በማንሳት እና በማደራጀት ላይ ስኩዌር በ 1862 ካፒቴን ሆኖ ተሾመ ። እስከ 1865 ድረስ በሰባተኛው የኦሃዮ ሹፌሮች ውስጥ አገልግሏል ። በእርስ በእርስ ጦርነት ወቅት ስኩዌር በናሽቪል፣ ቺካማውጋ፣
ሬሳካ እና ሚሲዮናሪ ሪጅ በሁለተኛው ዘመቻ ወቅት "ስኩዌር የጠቅላላ ጦር ፍርድ ቤቶች ዳኛ ተሟጋች ሆኖ አገልግሏል። ከጊዜ በኋላ ስኩዌር በናሽቪል ዋና መሥሪያ ቤት በቴነሲ አውራጃ ዳኛ ተከራካሪ ሆኖ ተሾመ። "የሜጀር ጄኔራል ሩሶ የዳኛ ጠበቃ በመሆን በሜጀር ጄኔራል ቶማስ በናሽቪል ወረራና ውጊያ ወቅት በሰራተኞች ላይ አገልግሏል።" በ1865 ካፒቴን በመሆን ከጦርነቱ ተለቀቀ፤ በኋላም ሜጀር፣ ሌተናል ኮሎኔል እና ኮሎኔል በመሆን ተሰየመ።