የሚከተለውን ዓረፍተ ነገር አጠናቅቅ፦ በ1861 የእርስ በእርስ ጦርነት ሲጀመር ኮርፑት ወደ ኮንፌዴሬሽን ጦር ተቀላቀለ። በ 1861 በ "ቼሮኪ አርተሊሪ" ባትሪ ውስጥ እንደ ሦስተኛ ሌተናንት ተሾመ; ፍሎይድ እና ቼሮኪ ካውንቲዎች የተመለመሉ አንድ ክፍል ። ከቤተሰቦቹ መካከል ብዙዎቹም ወደ ክፍሉ ተቀላቀሉ ፣ ወንድሙ ፌሊክስ የኩዋተርማስተር ሳርጀንት ነበር ። አሃዱ በቪክስበርግ ወረራ ወቅት ተሰጥቷል ፣ ግን ከዚያ በኋላ በፍጥነት ወደ ሜዳ ተመለሰ ። በ 1864 ኮርፕት ወደ ካፒቴንነት ከፍ ተደርጎ የባትሪውን አዛዥ ሆነ ። በ
በሬሳካ ጦርነት አራት የ12 ፓውንድ ናፖሊዮኖች ተይዘዋል። ኮርፑት ራሱ ሚያዝያ 12 ቀን 1865 በሰሜን ካሮላይና ሳሊስበሪ የጦር እስረኛ ሆነ። በጥቅምት ወር በፓሮል እስኪለቀቅ ድረስ በካምፕ ቼስ ኦሃዮ እስረኛ ሆኖ ቆይቷል ።