ሐምሌ 13 ቀን 2011 ጆናታን ከሴሪ ኤ ግዙፍ ኢንተር ሚላን ጋር ለመለማመድ ሳንቶስን እንደሚተው ተገለጸ ፣ ዝውውሩ እስኪጠናቀቅ ድረስ ። ከሁለት ቀናት በኋላ ሐምሌ 15 ቀን ለአራት ዓመታት ኮንትራት በመፈረም በይፋ የኢንተር ተጫዋች ሆነ ። ዮናታን በኢንተር የመጀመሪያ ጨዋታውን ያደረገው መስከረም 11 ቀን 2011 በሁለተኛው ሳምንት ነበር ።
በ 2011 <unk>12 ሴሪኤ ኤ ፣ ሙሉ 90 ደቂቃዎችን በመጫወት በ 4 <unk> 3 ከፓሌርሞ ጋር በጠፋበት ውድድር ። ከሶስት ቀናት በኋላ ዮናታን በሻምፒዮንስ ሊግ የመጀመሪያ ጨዋታውን ያደረገ ሲሆን በቱርክ ወገን ትራብዞንስፖር ላይ በሳን ሲሮ በ 0 ለ 1 ሽንፈት ሙሉ ጨዋታውን ተጫውቷል ።