Жапония менен согуш башталгандан кийин, Аллен 1942-жылдын март айында Австралияга кайтып келип, август айында
Жапондор Кокода жолунун боюнда алдыга жыла башташат. Ал ийгиликтүү болгонуна карабастан, Аллен Түштүк-Батыш Тынч океан аймагындагы союздаш командачы, АКШнын генералы Дуглас МакАртур жана союздаш кургактык күчтөрүнүн командачысы, Австралиянын генералы сэр Томас Блэми тарабынан япондорду Оуэн Стэнли кырка тоосу аркылуу өтө жай кууп жүргөндүгү үчүн адилетсиз сынга кабылды. Ал 1942-жылдын 29-октябрында командачылыктан бошотулган. 1944-жылдын октябрь айында Блэйми Алленди Британ империясынын Орденинин кавалери-командору болууга сунуштаган, бирок ал эч качан дайындалган эмес.