Апрелдин аягында Ямагучи кемелерин оңдоп-түзөө үчүн Жапонияга кыска мөөнөткө кайтып келген. 1942-жылдын июнь айында
Мидуэй операциясы. 1942-жылдын 6-июнундагы салгылашуу учурунда Ямагучи флоттун командири вице-адмирал Чуичи Нагумо менен келишпестик түзгөн. Бир чалгындоо учагы Мидуэйдин жанында америкалык авианосецти (англ. aircraft carrier) таап алган. Ошол маалда жапон учактары Мидуэйге экинчи жолу чабуул коюуга даярданып, "Кейт" үлгүсүндөгү бомбардировщиктер торпедалардын ордуна бомбаларды алып учуп баратышкан. Ямагучи АКШнын кемесине дароо сокку урууга чакырган, бирок Нагумо учактардын куралданышын күтүүнү чечкен. Көп өтпөй америкалык аскер учактары Ямагучинин флагманы болгон "Хирю" кемесинен башка бардык япон аскер учактарын жок кылышкан. Ямагути тез арада "Йорктаунга" эки жолу чабуул жасоого буйрук берет. "Hiryū" андан кийин 1999-жылдын учактары жана "Yorktown" учактары тарабынан жок кылынган.