Ngrampungake ukara ing ngisor iki: Cooper diangkat maneh minangka letnan kolonel kavaleri Kentucky kaping 4 tanggal 26 Maret 1863 lan dadi kolonel ing wulan April; sawise mundur saka Kolonel Bayles. Tanggal 4 Juni 1863, Cooper tatu nalika jaran tiba ing Franklin, Tennessee. Panjenenganipun mimpin resimen ing Pertempuran Chickamauga ing September 1864. Cooper bali menyang Lexington, Kentucky ing taun 1864 kanggo cuti sakit. Banjur Cooper mimpin pasukan lokal nglawan penyerang John Hunt Morgan. Piyambakipun nolak panjaluk Morgan kanggo nyerah ing Lexington tanggal 9 Juni 1864 lan nundhungi pasukane. Ing wulan April 1865, dheweke dadi komandan pos Montgomery, Alabama lan ing wulan Mei lan Juli 1865 pos Albany, Georgia. Piyambakipun dipunangkat ing tanggal 21 Agustus 1865 ing Macon, Georgia. Panjenenganipun pikantuk pakurmatan perang kanggé jasa ing Shiloh, Corinth, Richmond, Chickamauga, Morgan's Raid into Kentucky, the Battle of Resaca and for Wilson's Raid on Montgomery. Panjenenganipun dipunangkat dados Letnan Kolonel lan Kolonel ing Tentara Reguler tanggal 2 Maret 1867, amargi jasa-jasanipun ingkang gagah lan pantes ing Perang Salib.
Pertempuran Resaca ing Georgia lan ing panjupukan Montgomery, Alabama.