Rampungake ukara ing ngisor iki: Sawise pindhah menyang Jakarta, Latuharhary uga wiwit kerja kanggo wong Jepang ing Departemen Dalam Negeri kanggo ngatur Moluccan ing Jawa, lan tanggung jawab kanggo tumindak kasebut. Ing taun 1944, klompok Ambonese kalebu Latuharhary dicekel dening Kenpeitai lan digawa menyang Bogor amarga dicurigai dadi mata-mata kanggo pasukan Sekutu, lan amarga kasunyatane Latuharhary wis nggunakake jabatan ing administrasi Jepang kanggo tujuan politik. Nanging, garwane lan loro liyane maneh bisa ngyakinake komandan Angkatan Laut Jepang supaya bisa dibebasake. Ing pungkasan taun 1944, dheweke dicekel maneh sawise tahanan Moluccan mlayu saka kunjara. Panguwasa Jepang ing wektu iku utamané curiga marang Ambonese sawisé
Pertempuran Morotai lan pengeboman strategis Ambon ing taun 1944, luwih akeh ditindakake dening operasi spionase Sekutu ing Moluccas sing dipimpin dening Ambonese Julius Tahija.