Rampungna ukara ing ngisor iki: Nalika Perang Sedulur Amerika diwiwiti ing taun 1861, Jones dadi sukarelawan kanggo layanan ing Tentara Uni. Ing tanggal 3 Oktober, dhèwèké kapilih dadi kapten ing 53rd Ohio Infantry Regiment, lan weruh tumindak kaya ngono nalika Pertempuran Shiloh lan Pengepungan Korinta. Ing tanggal 2 Mei 1862, Jones dadi kolonel saka 53rd Ohio lan perwira komandan. Panjenenganipun mimpin resminé nalika Pengepungan Vicksburg lan ing pertempuran Missionary Ridge, loro ing taun 1863. Jones nyumurupi aksi luwih lanjut ing Kampanye Atlanta 1864, nglawan ing Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain lan
ing Atlanta. Ing wulan Agustus, Jones diangkat dadi komando brigade nalika perwira sing unggul, Brigadier Jenderal Joseph A. J. Lightburn tatu lan mundur saka komando kanggo sisa perang. Kolonel Jones saiki mimpin Brigade 2 ing Divisi 2 William B. Hazen saka Korps XV ing Jonesboro. Kebetulan, Brigade 1 saka divisi kasebut uga dipimpin dening "Kolonel Jones" liyane, Theodore Jones saka 30 Ohio. Wells Jones melu ing 1864 Maret menyang Segara, lan tatu nalika operasi ing sekitar Fort McAllister, Georgia, tanggal 13 Desember.