Rampungake ukara ing ngisor iki: Tanggal 5 Desember 1990, Alomar lan Joe Carter didol menyang Toronto Blue Jays kanggo ijol-ijolan Fred McGriff lan Tony Fernández. Nalika ing Toronto, dheweke dadi pemain bal-balan nomer loro sing nyerang, nggabungake rata-rata batting.300-plus kanthi kekuwatan lan kacepetan dhuwur ing pangkalan. Ing taun 1991, dheweke nggunakake kacepetan kanthi 11 kaping telu lan 53 basis sing dicolong, sing mimpin tim kasebut menyang penampilan playoff kaping pisanan saka telung kontes. Ing taun candhake, dheweke entuk 105 run, narik 87 mlaku, lan duwe persentase.405 ing basis. Ing taun 1993, Alomar nduwe musim paling apik karo Blue Jays, ngasilake 17 home run (HR), 93 runs batted in (RBI), lan 55 basis sing dicolong, nalika batting.326, nomer telu ing Liga Amerika ing mburi kanca tim John Olerud lan Paul Molitor. Dheweke dadi tokoh utama ing kejuaraan World Series Toronto ing taun 1992 lan 1993; ing Game 6 saka World Series 1992, dheweke mencetak seri sing menang ing seri kaping pindho Dave Winfield ing babak kaping 11. Alomar kang game-ngiket, kaping sanga-inning home run marang Oakland relief ace Dennis Eckersley, ing Game 4 saka
1992 American League Championship Series (ALCS), dianggep akeh minangka hit paling penting ing sejarah klub, amarga telung perjalanan tim sadurunge menyang ALCS wis rampung kanthi kuciwa; dheweke dijenengi Pemain Paling Berharga (MVP) seri kasebut. Ing taun 1995, dheweke main 104 pertandingan berturut-turut tanpa nggawe kesalahan, nggawe rekor AL kanggo pemain bal-balan nomer loro. Ing saben limang musim karo Blue Jays, Alomar dijenengi menyang tim All-Star lan menangaké Golden Glove Award.