Prost mlebu kanggo gabung karo Ferrari ing taun 1990, dadi pembalap pertama sing mlebu tim kasebut sawise tilar donya pendiri tim Enzo Ferrari ing taun 1988. Dheweke ngganti Gerhard Berger ing Ferrari lan dadi mitra karo Inggris Nigel Mansell kanggo (Berger njupuk kursi Prost ing McLaren). Minangka juara dunia sing mrentah, Prost njupuk alih dadi pembalap utama tim kasebut lan diarani wis main ing status iki. Mansell ngelingake salah sawijining kedadeyan ing Grand Prix Inggris 1990, mobil sing dikendhaleni ora bisa nangani kaya ing balapan sadurunge ing ngendi dheweke entuk posisi paling dhuwur, lan mengko ngerti saka mekanik tim manawa Prost ndeleng Mansell duwe mobil sing unggul lan ngganti tanpa Mansell ngerti. Prost menang limang balapan kanggo Ferrari taun iku, ing Brasil
, Meksiko, Prancis, Inggris lan Spanyol. Ingkang misuwur ing antawisipun inggih punika Grand Prix Meksiko, ing pundi piyambakipun menang sasampunipun miwiti ing posisi 13. Ing balapan Meksiko lan Spanyol, dheweke mimpin Mansell menyang finish Ferrari 1 × 2. Kejuaraan kasebut sepisan maneh teka ing babak penutup musim ing Jepang kanthi Prost sing kalah karo saingan McLaren, Ayrton Senna, kanthi sangang poin. Kaya ing taun 1989, tabrakan kontroversial ing antarane loro kasebut ngrampungake balapan kasebut. Ing tikungan kapisan Senna, kaya sing diakoni setaun mengko, kanthi sengaja nyopir mobil balap menyang Prost, njupuk wong loro kasebut metu saka balapan lan nutup gelar kasebut kanggo dheweke. Prost kandha, "Apa sing dhèwèké tindakké kuwi nggegirisi banget". "Wong kuwi ora ana gunané". Prost ngrampungake musim pitung poin ing mburi Senna, lan tim Ferrari dadi runner-up kanggo McLaren.