Rampungake ukara ing ngisor iki: Tanggal 15 Februari 2006, Paus Benediktus XVI milih dheweke dadi Nuncio Apostolik menyang Mesir lan Delegasi menyang Liga Negara-negara Arab, jabatan diplomatik pertama. Piyambakipun minangka salah satunggaling nuncio ingkang boten naté sekolah wonten ing Akademi Keagamaan Kepausan. Miturut BBC, "Keputusan dening pontiff sing lair ing Jerman wis nyebabake geger. Pengamat Vatikan nyoba ngerteni manawa pamindhahan kasebut minangka degradasi, utawa pangenalan bakat khusus uskup agung. " Fitzgerald ngandika: "Background ing Arab lan pasinaon Islam mbokmenawa dianggep migunani ing wayahe kanggo pangembangan hubungan karo Mesir lan liyane saka donya Islam". Salah sawijining koresponden Vatikan ngarani penugasan Fitzgerald minangka "keputusan Paus sing paling ala nganti saiki" lan ora ana sing dicathet dening pers nalika Paus Benediktus nyerang umat Islam kanthi
Kuliah Regensburg ing September 2006. Transfer Fitzgerald kabukten minangka bagean saka restrukturisasi Benedict saka departemen curial kanggo ngowahi diskusi antar agama karo non-Kristen kanthi nggabungake peran presiden PCID karo Dewan Kepausan kanggo Budaya, restrukturisasi sing diwiwiti Benediktus ing Maret 2006 lan mbalikke ing wulan Juni 2007.