Sawisé mèlu ing téater Mediterania Perang Donya II atas jenenge Tentara India Britania Raya, dhèwèké milih dadi warga negara Pakistan lan gabung karo militèr sawisé Britania Raya mbagi India ing taun 1947, lan mbantu nglakokaké infiltrasi rahasia ing Kashmir India sing nyebabake perang karo India ing taun 1965. Sawisé ditunjuk kanthi kontroversial kanggo njupuk komando tentara ing taun 1966, Yahya Khan njupuk alih kepresidenan saka mantan diktator sing ora populer lan milih Presiden Ayub Khan, sing ora bisa ngatasi pambrontakan 1969 ing Pakistan Wétan, kepeksa mundur amarga protes lan nawakake kantor kasebut. Yahya Khan sabanjure ngetrapake ukum militer kanthi nundha konstitusi. Nyelenggarakake pemilihan nasional pertama ing negara kasebut ing taun 1970, 23 taun sawise kamardikan, dheweke nundha transisi kekuwatan menyang Sheikh Mujibur Rahman sing menang saka Pakistan Wétan, sing luwih nyebabake kerusuhan sipil ing Timur, lan menehi wewenang marang panguwasa Pakistan Wétan kanggo kanthi kasar nyuda pemberontakan
. lan Udakara 10 yuta wong ngungsi ing India. Miturut peneliti independen, antarane 300,000 lan 500,000 wong mati ing apa sing saiki dianggep minangka genosida Bangladesh 1971.