Nulis terusan kanggo paragraf iki - Ing taun 1861, ing wiwitan Perang Sipil, dheweke ditunjuk dening komandan Garda Nasional New York, Brigadier Jenderal John F. Rathbone, kanggo dadi kepala petugas medis ing depot Albany. Ing wulan Juni 1862, sawise Pertempuran Stasiun Savage
, nalika Tentara Potomac, bebarengan karo dokter, mundur, Swinburne tetep ngurus ewonan tawanan sing tatu, loro Uni lan Konfederasi. Ngurmati pendiriane, komandan Konfederasi Stonewall Jackson menehi pass, kanthi cathetan pribadi sing diiringi, ngidini ngunjungi tahanan Uni. Ing taun 1864, Gubernur Horatio Seymour nyalonake dheweke menyang jabatan Pegawai Kesehatan Pelabuhan New York lan, ing taun 1867, dheweke ditunjuk maneh dening Gubernur Reuben Fenton, kanthi total nem taun, nganti taun 1870. Sajrone pemerintahe, sanajan legislatif negara ora gelem menehi dana, dheweke ngawasi pambangunan fasilitas karantina paling canggih ing pulau-pulau sing dijenengi Swinburne lan Hoffman.