Rampungake ukara ing ngisor iki: Sawise negara bagian Mississippi misahake sadurunge wiwitan Perang Sipil, Barksdale mundur saka Kongres dadi adjutant umum, lan banjur quartermaster umum, Militia Mississippi, kanthi pangkat brigadir jenderal, kanthi tanggal pangkat 1 Maret 1861. Ing tanggal 1 Mei, dheweke diangkat dadi kolonel ing Tentara Negara Konfederasi saka Infantri Mississippi kaping 13, sawijining resimen sing dipimpin ing Pertempuran Bull Run sing pertama ing musim panas, lan Pertempuran Ball's Bluff ing wulan Oktober. Ing musim semi sabanjure, dheweke nggawa resimen menyang Semenanjung Virginia lan perang ing Kampanye Semenanjung lan Perang Pitu Dina. Nalika komandhan brigade, Brig. Jenderal Richard Griffith, tatu parah ing
Patempuran Savage's Station tanggal 29 Juni 1862, Barksdale njupuk komando brigade lan mimpin ing heroik, nanging getih lan ora ana gunane, nyerang ing Pertempuran Malvern Hill. Brigade kasebut dikenal minangka "Brigade Mississippi Barksdale". Piyambakipun dipunpromosikaken dados brigadir jenderal tanggal 12 Agustus 1862.