Rampungake ukara ing ngisor iki: Hardee mundur saka komisi Tentara AS tanggal 31 Januari 1861, sawise negara asalé Georgia misahake saka Uni. Panjenenganipun gabung kaliyan Angkatan Darat Konfederasi minangka kolonel tanggal 7 Maret lan dipunparingi komando Fort Morgan lan Gaines ing Alabama. Piyambakipun lajeng dipunpromosikaken dados brigadir jenderal (17 Juni) lan mayor jenderal (7 Oktober). Ing tanggal 10 Oktober 1862, dheweke dadi salah sawijining letnan jenderal Konfederasi pertama. Tugas awal minangka jenderal yaiku ngatur brigade regimen Arkansas lan dheweke kesengsem karo para perwira lan kanca-kancane kanthi ngrampungake masalah pasokan sing angel lan kanggo latihan lengkap sing diwenehake marang brigade. Dheweke nampa julukan, "Old Reliable", nalika dadi komando iki. Hardee operasi ing Arkansas nganti dijaluk gabung karo Jenderal Albert Sidney Johnston's Army of Central Kentucky minangka komandan korps. Johnston bakal mundur saka Kentucky lan Tennessee, menyang Mississippi, sadurunge ngluncurake serangan kejutan ing
Pertempuran Shiloh ing musim semi taun 1862. Hardee tatu ing lengen tanggal 6 April 1862, nalika dina pisanan pertempuran. Johnston tiwas ing Shiloh lan korps Hardee gabung karo Tentara Tennessee Jenderal Braxton Bragg sadurunge Pengepungan Corinth, Mississippi, nganti Komandan Departemen P.G.T. Beauregard ngevakuasi kutha kasebut lan mundur menyang Tupelo. Beauregard diganti dening Bragg, sing banjur pindhah wadyabalané menyang Chattanooga sadurungé miwiti serangan Konfederasi Heartland ing Kentucky. Kampanye kasebut rampung karo Pertempuran Perryville ing Oktober 1862, ing ngendi Hardee mrentah Wing Kiri tentara Bragg.