Rampungna ukara ing ngisor iki: Pulo iki direbut déning Jepang ing wiwitan taun 1942. Dataran kidul Morotai direbut pasukan Amerika ing wulan September 1944 nalika Perang Dunia II.
Pertempuran Morotai, lan digunakake minangka titik pamindhahan kanggo invasi Sekutu ing Filipina ing wiwitan taun 1945, lan Borneo ing Mei lan Juni taun kasebut. Prajurit Jepang Teruo Nakamura ditemokake ing alas Morotai ing taun 1974, minangka salah sawijining prajurit Jepang Perang Dunia II sing tahan sawise nyerah militer Jepang.