Rampungake ukara ing ngisor iki: Kanthi pamisahan saka sewelas negara Kidul lan pecah Perang Sipil, Miller gabung karo Tentara Uni. Ing tanggal 27 Agustus 1861, Gubernur Oliver P. Morton milih Miller minangka Kolonel Infantri Indiana kaping 29. Sawise latihan, resimen kasebut ditugasake menyang Brigade Kirk ing divisi Alexander M. McCook ing Tentara Ohio Buell lan mlaku menyang Tennessee. Miller weruh tumindak ing dina kapindho saka
Pertempuran Shiloh, uga nalika Pengepungan Korinta. Miller mimpin resimené liwat Alabama lor lan Tennessee lan nguber Braxton Bragg liwat Kentucky. Miller mimpin sawijining brigade ing sangisoré James Negley nalika Pertempuran Kali Stones ing pungkasan Desember 1862. Ing dina kapindho pertempuran, Miller mimpin serangan balik Federal ing Kali Stones sing nentang serangan Konfederasi John C. Breckinridge. Sajrone serangan kasebut, Miller tatu ing gulu.