Rampungna ukara iki: Ing abad kaping 16, wektu Spanyol ngrebut Guatemala, ing pinggir tlaga iki ana pertempuran sing Spanyol lan sekutu Kaqchikel ngalahake Tz'utujils. Sawise
Nalika penaklukan Spanyol ing Guatemala, para Fransiskan nyiyapake greja lan biara ing Panajachel sakcepete sawise iku, lan nggunakake kutha kasebut minangka pusat kanggo ngowahi wong-wong pribumi ing wilayah kasebut dadi iman Katulik Roma. Fasad asli greja isih ana lan dianggep minangka salah sawijining permata gaya kolonial ing Guatemala.