Rampungake ukara ing ngisor iki: Nalika Perang Sipil diwiwiti ing taun 1861, Magruder ninggalake Tentara Uni kanggo nampa komisi ing Konfederasi. Minangka komandan Tentara Semenanjung, dheweke ngukuhake Semenanjung Virginia lan menang ing Pertempuran Big Bethel. Ing Kampanye Semenanjung, dheweke mandhegake Tentara Potomac McClellan ing njaba Yorktown, saéngga Mayor Jenderal Joseph E. Johnston teka kanthi tambahan, ngatur mundur, lan mbela ibukutha Konfederasi, Richmond. Magruder dikritik amarga kepemimpinane ing pertempuran ing
Stasiun Savage lan Malvern Hill nalika Perang Pitu Dina. Panjenenganipun nelasaken sisa perang ngatur Distrik Texas, New Mexico, lan Arizona lan Departemen Arkansas; ing jabatanipun, Magruder ngangkat blokade angkatan laut ing Galveston lan ngrebut kutha kasebut ing taun 1863.