Nulis terusan kanggo paragraf iki - Ing taun 1341 Raja John saka Bohemia ngidini kulawarga Yahudi manggon ing tembok kutha, lan papan pangibadah pisanan dibangun ing taun 1380; Nanging sawetara pogrom kedadeyan ing pungkasan abad kaping 15 lan wiwitan abad kaping 16. Wiwit Perang Hussite
, kutha iki minangka benteng Gréja Katulik nalika konflik agama sing dawa ing Kerajaan Bohemia. Minangka bagéan saka Monarki Habsburg wiwit taun 1526, Budejovice tetep dadi pendukung Kaisar Ferdinand II sing setya ing Perang Telung Puluh Taun. Budějovice ngalami pendhudhukan singkat dening Prusia sajrone Perang Silesian, lan perang antarane Habsburgs lan tentara Prancis ing taun 1742.