Doherty miwiti musim 2012-13 kanthi kalah 4<unk>5 marang Stuart Bingham ing babak kapindho Wuxi Classic lan 3<unk>5 marang Martin Gould ing babak kapisan Australian Goldfields Open. Dheweke terus tekan babak perempat final acara kasebut, kalah 0 <unk> 4 saka Mark Selby. Doherty dikalahake ing kualifikasi kanggo Shanghai Masters lan 2012 UK Championship lan gagal maju ngluwihi babak wildcard saka Kejuaraan Internasional. Ing acara European Tour kaping lima, Scottish Open
, dheweke ngalahake Luca Brecel lan Ryan Day kanggo nggayuh semifinal ing ngendi dheweke kalah 2 × 4 nglawan Ding Junhui. Doherty dieliminasi ing babak pisanan saka Jerman Masters dening Peter Lines, nanging banjur duwe run paling apik ing musim iki ing Welsh Open. Dheweke ngalahake juara dunia kaping papat John Higgins 4 × 1 lan Tom Ford 4 × 3 kanggo nggayuh perempat final. Dheweke mimpin Stuart Bingham 2 <unk> 0, nanging serangkaian pot sing ora kejawab ndeleng Doherty kelangan kapercayan lan dheweke kalah 3 <unk> 5. Mlaku ing semifinal Scottish Open sing kasebut ing ndhuwur mbantu dheweke ngrampungake 16 ing PTC Order of Merit kanggo kualifikasi minangka salah sawijining 26 pemain paling apik kanggo Final, nanging dheweke kalah 2 × 4 saka Kurt Maflin ing babak pertama. Doherty meh narik salah sawijining tandha merek dagang marang Matthew Selt ing babak pungkasan kualifikasi Kejuaraan Dunia amarga saka 4 <unk> 9 mudhun, dheweke padha karo 9 <unk> 9, nanging ilang pigura sing mutusake. Asil kasebut tegese iki minangka musim pertama sing Doherty ora tampil ing acara Triple Crown snooker. Doherty ningkatake rangking kanthi wolung titik sajrone musim kasebut kanggo ngrampungake peringkat nomer 27 ing donya.