Rampungake ukara ing ngisor iki: Sawise armada Virginia digabung karo Angkatan Laut Konfederasi, Barron diwenehi komisi minangka komandan lan diangkat dadi kepala Kantor Pesenan lan Rincian tanggal 10 Juni. Barron bakal tetep ing jabatan kasebut nganti tanggal 20 Juli, nalika Sekretaris Angkatan Laut Konfederasi Stephen R. Mallory setuju karo panjaluk Barron kanggo ditugasake dadi komandan pertahanan pesisir Virginia lan North Carolina, sawijining pelabuhan penting kanggo pirate Konfederasi sing adhedhasar Pamlico Sound. Tekan ing markasé ing Fort Hatteras tanggal 28 Agustus, Barron mréntah pertahanan loro benteng kasebut
Hatteras lan Clark nglawan Petugas Bendera Union Silas H. Stringham nalika Pertempuran Hatteras Inlet tanggal 28-29 Agustus. Barron dicekel sawisé penyerahan kaloro benteng kasebut. Dianakaké ing Fort Columbus ing Pulo Gubernur ing pelabuhan New York, banjur ing Ft. Warren, pelabuhan Boston, Barron pungkasane dibebasake ing ijol-ijolan tawanan ing taun sabanjure.