Jackson miwiti karir ing Angkatan Darat Amerika Serikat minangka letnan nomer loro ing Perusahaan K saka Resimen Artileri AS kaping 1, nerusake liwat Pennsylvania, mudhun Kali Ohio lan Mississippi menyang New Orleans, lan saka ing kana pasukan kasebut mlebu menyang Point Isabel, Texas, lan dikirim perang ing Perang Meksiko-Amerika wiwit taun 1846 nganti 1848. Komando Jackson diarahake kanggo nglaporake marang Jenderal Taylor lan langsung nerusake liwat Matamoros lan Camargo menyang Monterey lan banjur menyang Saltillo. Sadurungé Pertempuran Buena Vista, komandhan Letnan Jackson dipréntah mundur saka tentara Jenderal Taylor lan mlaku menyang cangkem Rio Grande, ing ngendi dheweke bakal ditransfer menyang Veracruz. Dhèwèké mèlu perang nalika ngepung Veracruz
lan pertempuran Contreras, Chapultepec, lan Mexico City, pungkasanipun pikantuk promosi kaping pindho, lan pangkat tentara reguler minangka letnan pertama. Ing Meksiko, Thomas Jackson pisanan ketemu karo Robert E. Lee.