Rampungake ukara ing ngisor iki: Ing tanggal 13 Juli 2011, diumumake manawa Jonathan bakal ninggalake Santos kanggo latihan karo raksasa Serie A Inter Milan, nganti final transfer. Rong dina sabanjure, tanggal 15 Juli, dheweke resmi dadi pemain Inter, mlebu kontrak patang taun. Jonathan miwiti debut Inter ing tanggal 11 September 2011 ing minggu kaping loro ing
2011<unk>12 Serie A, main 90 menit ing kekalahan 4<unk>3 kanggo Palermo. Telung dina mengko Jonathan nggawe debut Liga Champions, main kabeh pertandingan ing Matchday 1 nglawan sisih Turki Trabzonspor ing kekalahan 0-1 ing San Siro.