Ing Januari 1964, pemberontakan dumadi ing barak militer ing Jinja, kutha nomer loro Uganda lan omah kanggo Batalion 1 Tentara Uganda. Ana pemberontakan sing padha ing rong negara Afrika wétan liyane; kabeh telung negara njaluk dhukungan saka pasukan saka militer Inggris. Nanging, sadurunge teka, Obote ngirim menteri pertahanan Felix Onama kanggo negosiasi karo pemberontak. Onama ditahan dadi sandera, lan setuju karo akeh panjaluk, kalebu kenaikan gaji sing signifikan kanggo tentara, lan promosi cepet saka akeh perwira, kalebu presiden mbesuk. Ing taun 1965, wong Kenya wis dilarang saka posisi kepemimpinan ing pamrentah, lan iki diikuti dening ngilangi wong-wong Kenya ing taun 1969, ing sangisoré pandhuan Obote. Perdana Menteri Obote melu ing plot pengasingan ilegal, karo Idi Amin, wakil komandan tentara Uganda; kabeh telung negara njaluk dhukungan saka pasukan saka militer Inggris. Nalika Obote mlebu ing konstitusi negara kasebut ing Maret 1966, dheweke ditanggepi karo sawetara anggota parlemen nalika dheweke njaluk investigasi darurat lan penangkapan, lan nalika Obote ditanggepi karo pejabat parlemen, dheweke ditanggepi karo sawetara anggota parlemen sing kepengin nglakoni investigasi darurat, lan nalika Presiden Obote ngumumake konstitusi
nundha konstitusi lan nyatakaké dhiri minangka Présidhèn ing Maret 1966,