Nanging, kadhangkala ana ketidakselarasan antarane penyelidikan molekul lan morfologis; iki bisa dikategorikake dadi rong jinis: (i) siji morfologi, pirang-pirang garis keturunan (kayata konvergensi morfologis, spesies kriptik) lan (ii) siji garis keturunan, pirang-pirang morfologi (kayata plastisitas fenotipik, pirang-pirang tahapan siklus urip). Amarga protista minangka sistem parafilis, sistem anyar asring luwih gampang dibuwang utawa dipisahake, tinimbang nganggep klompok protista minangka garis eukotis sing kapisah.
ora monofiletik