Kroos bali menyang fitness kanggo wiwitan musim 2013-14 lan, main ing Piala Super Jerman lan Piala Super UEFA
. lan Tanggal 4 Oktober 2013, nyétak gol kapisan ing musim iki ing 1 kanggo 1 imbang nglawan mantan klub Bayer Leverkusen ing Bundesliga. Panjenengané miwiti rong pertandhingan kanggo Bayern ing Piala Dunia Klub FIFA 2013. Pisanan nglawan Guangzhou Evergrande ing semi-final menang 3 <unk> 0 tanggal 17 Desember 2013, lan ing final nalika tim kasebut ngalahake Raja Casablanca 2 <unk> 0.