Cruise nikah karo aktris Mimi Rogers ing tanggal 9 Mei 1987. Wong-wong mau pegatan ing tanggal 4 Februari 1990. Rogers ngenalake Cruise menyang Gereja Scientology. Dheweke ketemu karo garwane nomer loro, aktris Nicole Kidman, ing set film Days of Thunder (1990). Pasangan kasebut nikah ing tanggal 24 Desember 1990. Cruise lan Kidman ngadopsi anak loro, Isabella Jane (lair taun 1992) lan Connor Antony (lair taun 1995). Ing wulan Februari 2001, Cruise ngajokake cerai saka Kidman nalika dheweke ora ngerti yen dheweke hamil. Kehamilan kasebut rampung kanthi keguguran. Ing taun 2007, Kidman mbenerake desas-desus keguguran ing pernikahane awal karo Cruise, ujar ing sawijining wawancara, "Dikandhani yen dheweke salah", lan nerangake manawa dheweke duwe kehamilan ekto Urban.
Pebruari 2001