Ing tanggal 1 Oktober 2003, telung organisasi digabung kanggo mbentuk JAXA anyar: Institut Ruang Angkasa lan Ilmu Astronautik Jepang (ISAS), Laboratorium Aerospace Nasional Jepang (NAL), lan Badan Pembangunan Ruang Angkasa Nasional Jepang (NASDA). JAXA dibentuk minangka Institusi Administratif Independen sing dikelola dening Kementerian Pendidikan, Budaya, Olahraga, Sains lan Teknologi (MEXT) lan Menteri Dalam Negeri lan Komunikasi (MIC). Sadurunge penggabungan, ISAS tanggung jawab kanggo riset ruang angkasa lan planet, dene NAL fokus ing riset penerbangan. NASDA, sing didegake tanggal 1 Oktober 1969, wis ngembangake roket, satelit, lan uga dibangun Modul Eksperimen Jepang sing lawas. Kantor pusat NASDA dununge ing situs saiki Pusat Antariksa Tanegashima, 115 kilometer ing sisih kidul Pulo Tanegashima, Perdana Menteri Jepang.
1 Oktober 2003