Nulis terusan kanggo paragraf iki - Nggawe aliansi politik karo Ratu Dowager, lan dadi mungsuh abadi Kaisar Guangxu, Yuan ninggalake ibukutha ing taun 1899 kanggo janjian anyar minangka Gubernur Shandong. Sajrone jabatan telung taun, Pemberontakan Boxer (1899 <unk> 1901) pecah; Yuan njamin penindasan Boxer ing provinsi kasebut, sanajan pasukane ora melu aktif ing njaba Shandong dhewe. Yuan njupuk sisih saka golongan pro-asing ing Pengadilan Kekaisaran, bebarengan karo Pangeran Qing, Li Hongzhang, lan Ronglu. Panjenenganipun nolak kanggo sisih karo Boxer lan nyerang pasukan Wolu-Nation Alliance, gabung karo gubernur Cina liyane sing dhawuh tentara modernisasi substansial kaya Zhang Zhidong ora melu ing Pemberontakan Boxer. Dhèwèké lan Zhang ora nggatèkaké deklarasi perang saka Permaisuri Dowager Cixi marang kekuwatan manca lan terus nyuda Boxer. Klompok iki dikenal minangka Perlindhungan Saling China Tenggara. Saliyané ora nglawan Aliansi Wolung-Negara lan numpes Boxer ing Shandong, Yuan lan tentarané (Divisi Kanan) uga mbantu Aliansi Wolung-Negara numpes Boxer sawisé Aliansi ngrebut Beijing.
ing sasi Agustus 1900. Pasukan Yuan Shikai membantai puluhan ewu wong ing kampanye anti-Boxer ing Zhili. Yuan operasi metu saka Baoding sajrone kampanye, sing rampung ing taun 1902.