Rampungake ukara ing ngisor iki: Jefferson ora gelem melu konflik internasional apa wae, nanging dheweke percaya manawa kekuwatan kasebut bakal nyegah Negara Barbary supaya ora nuntut upeti luwih lanjut. Panjenenganipun dhawuh Angkatan Laut AS menyang Segara Mediterania kanggo mbela marang Pirates Barbary, miwiti perang
Perang Barbary Pisanan. Upaya awal administrasi umume ora efektif, lan ing taun 1803 fregat kasebut dicekel dening Tripoli. Ing wulan Februari 1804, Letnan Stephen Decatur mimpin serangan sing sukses ing pelabuhan Tripoli sing ngobong "Philadelphia", nggawe Decatur dadi pahlawan nasional. Jefferson lan angkatan laut Amerika sing enom meksa Tunis lan Algiers kanggo ngilangi aliansi karo Tripoli sing pungkasane metu saka perang. Jefferson uga mrentah limang pamboman angkatan laut Tripoli sing kapisah, sing mulihake perdamaian ing Mediterania kanggo sawetara wektu, sanajan Jefferson terus mbayar negara-negara Barbary sing isih ana nganti pungkasan kepresidenan.