Rakitić miwiti musim 2012-13 La Liga kanthi menehi bantuan ing pertandingan pambuka nglawan Getafe. Tanggal 12 September, dheweke menehi pitulung liyane kanggo Piotr Trochowski ing omah ing kemenangan 1 <unk> 0 nglawan Real Madrid. Dhèwèké nyétak gol kapisan ing musim iki ing Matchday 5 nglawan Deportivo de La Coruña. Rakitić damel kalih gol ing 20 menit pambuka derby Sevilla kaping kalih ing musim kasebut nglawan saingan lintas kutha Real Betis. Iki minangka gol kaping telu ing musim kasebut nglawan saingan kutha Sevilla, amarga kasunyatane dheweke uga wis mencetak gol ing derby Sevilla pertama musim iki, nalika Sevilla ngrayakake kemenangan 5-1. Sak pertandhingan nglawan Real Sociedad, Rakitić nambahake rong gol menyang tally, nanging sing nomer loro yaiku gol dhewe, nggawe pertandingan kasebut ing 1<unk>1 sawise dheweke nyetak gol pertama kanggo menehi klub 1<unk>0. Nganti pungkasan musim, dheweke nggawe total 42 penampilan kanggo klub kasebut lan nyetak 12 gol kanggo tim kasebut, telu teka ing Copa del Rey
. lan Dheweke uga ngrampungake musim kasebut kanthi menehi sepuluh liga. Statistik nuduhake manawa Rakitić nggawe 100 kesempatan kanthi total, jumlah peringkat kaping papat ing antarane kabeh pemain ing Eropa musim kasebut.