Tulis terus kanggo paragraf iki - Rowley dadi kolonel saka Infantri Pennsylvania kaping 13 wiwit tanggal 25 April 1861, nganti 6 Agustus taun sing padha. Piyambakipun lajeng dados kolonèl ing 102nd Pennsylvania Volunteer Infantry Regiment. Dhèwèké tatu ing Pertempuran Seven Pines
, nalika mimpin resimen ing Tentara Potomac. Panjenengané (sauntara wektu) mimpin sawijining brigade ing Korps VI ing Pertempuran Fredericksburg. Dipromosikake dadi pangkat brigadir jenderal kanggo pangkat saka 29 November 1862, Rowley sabanjure mrentah brigade Korps I ing Pertempuran Chancellorsville. Panjenenganipun minangka komandan Divisi kaping 3, Korps I ing wiwitan Pertempuran Gettysburg, nalika Mayor Jenderal Abner Doubleday minangka komandan korps. (Chapman Biddle mimpin brigade Rowley.) Ing tanggal 1 Juli 1863, brigade ngalami korban jiwa sing abot nalika ngadhepi Konfederasi saka divisi Mayor Jenderal Harry Heth. Dhèwèké dibuwang saka jarané nalika mundur nalika mandheg cendhak ing kali. Sakit karo infèksi saka boils ukuran endhog pitik ing thighs nang, kang ana demam, lan temperamental. Sawisé konfrontasi antara Rowley lan Brig. Jenderal Lysander Cutler amarga tumindak sawetara perwira Wisconsin kaping 7, Cutler ngajokake tuduhan mabuk ing wulan April 1864. Diwenehi kurang saka 24 jam kanggo nyiapake pertahanan kanggo nyoba, Rowley dihukum dening pengadilan militer sing penulis John F. Krumwiede nyatakake, "ora duwe impartiality lan mlaku menyang drum dhewe". Senajan dibalèkaké kanthi préntah saka Sekretaris Perang Edwin M. Stanton lan Présidhèn Abraham Lincoln, Rowley mung diwènèhi komando distrik ing Pennsylvania kulon, amarga perselisihan antara komandan tentara Jenderal George G. Meade lan komandan korps saiki Jenderal Gouverneur K. Warren. Diblokir dening tumindak Jenderal Darius N. Couch ing upaya kanggo mungkasi invasi 1864 ing Pennsylvania dening Jenderal Konfederasi Jubal Early, dheweke mundur saka komisi tanggal 29 Desember 1864.