Stein lair saka Nathan Stein lan Anna Hirschler, pasangan Yahudi sing manggon ing Budapest ing Kekaisaran Austria-Hongaria. Wong tuwané lan adhine njaga iman Yahudi nanging Stein lan seduluré, Ernst Eduard, dibaptis minangka Lutheran, katoné kanggo mbebasake saka anti-semitisme sing bakal nolak akses menyang pendidikan lan kemajuan. Ing omah, kulawarga kasebut nganggo basa Jerman lan Hongaria, basa kebangkitan nasionalis Hongaria ing abad kaping 19, lan Stein bangga karo warisan iki sajrone uripe. Dheweke sekolah ing gimnasium Katolik lan Lutheran ing Budapest, ing ngendi dheweke master basa Yunani, Latin, Prancis, lan Inggris sadurunge nerusake sinau ing Universitas Vienna, Leipzig lan Tübingen. Dheweke sinau basa Sansekerta lan Persia lan nampa Ph.D. wiwit taun 1883. Ing taun 1898, dheweke lunga menyang Universitas Lahore lan Universitas Stein ing Inggris, dheweke dadi pendhudhuk utama kanggo sinau basa-basa Tionghoa lan basa-basa Asia Wétan.
Wong Yahudi