Nanging, kanthi wiwitan Perang Telung Puluh Taun ing taun 1618, kekayaan intelektual lan fiskal universitas mudhun. Ing taun 1622, Bibliotheca Palatina sing misuwur ing saindenging jagad (perpustakaan universitas) dicolong saka Katedral Universitas lan digawa menyang Roma. Upaya rekonstruksi sawise iku dikalahake dening pasukan Raja Louis XIV, sing meh dirusak ing taun 1693. Minangka akibat saka Counter-Reformation pungkasan, universitas Kristen Protestan ilang karakter, lan siswa kasebut disalurake dening Matthäus Merian sing mulang ing universitas kasebut.
kekayaan intelektual lan fiskal universitas nolak