Klasifikasi archaea, lan prokariota ing umum, minangka lapangan sing obah kanthi cepet lan kontroversial. Sistem klasifikasi saiki ngarahake ngatur archaea dadi klompok organisme sing nuduhake fitur struktural lan leluhur umum. Klasifikasi kasebut gumantung banget karo panggunaan urutan gen RNA ribosom kanggo mbukak hubungan antarane organisme (filogenetik molekuler). Spesies archaea sing paling bisa dikembangake lan diteliti kanthi apik yaiku anggota saka rong filum utama, Euryarchaeota lan Crenarchaeota. Klompok liyane wis digawe kanthi tentatif. Contone, spesies Nanoarchaeum equitans, sing ditemokake ing taun 2003, wis diwenehi filum dhewe, Nanoarchaeota. A phylum anyar Korarchaeota uga wis diusulake. Iki kalebu klompok cilik organisme sing ora biasa sing kalebu loro klompok utama, sing ditemokake ing taun 2006 lan kalebu sawetara spesies sing paling cedhak karo filum asli, kayata Thermophilic Acid, sing ditemokake mung ing klompok superorganisme asli, kayata Thermophilic Acid lan Tacarta.
Euryarchaeota lan Crenarchaeota