Rampungake ukara ing ngisor iki: Nalika Perang Sipil Amerika pecah, Jones langsung gabung karo Tentara Uni. Ing tanggal 7 Juli 1861, dheweke dadi anggota sukarelawan New York kaping 37, sing dikenal kanthi jeneng "Irish Rifles", ing sangisoré Kolonel John H. McCunn. Wiwitane dadi pribadi, nanging kanthi cepet milih pangkat letnan nomer loro dening para pria ing resimen kasebut. Panjenenganipun wonten ing Pertempuran Bull Run ingkang kapisan, namung kalih minggu sasampunipun enlistment, nanging boten ningali tumindak minangka unit iki dianakaké ing cadangan. Jones nampilake "kelakuan gagah" sajrone taun-taun pisanan karo resimen lan cepet munggah pangkat dadi letnan pertama lan adjutan tanggal 4 November 1861, lan banjur mayor tanggal 21 Januari 1862. Panjenenganipun lan "Irish Rifles" salajengipun nggabung kaliyan Korps III Jenderal Samuel P. Heintzelman, minangka bagéan saka Brigade 3rd Divisi 3rd ing Brigadier Jenderal Philip Kearny, nalika kampanye Semenanjung lan melu ing Williamsburg,
Seven Pines lan kampanye Seven Days. Jones uga ana nalika sukarelawan New York kaping 37, banjur diikat menyang Brigade kaping 3 saka Divisi kaping 1 Korps III, ana ing Pertempuran Bull Run kaping pindho. Ing wulan Mei lan Juni, dheweke wiwit nandhang malaria lan dirawat ing rumah sakit ing Washington, D.C. tanggal 26 September lan tetep ana ing kana nganti pungkasan Oktober. Dhèwèké uga dadi perwira kanggo Mayor Jenderal Franz Sigel sadurungé pensiun Jenderal Ambrose Burnside lan reorganisasi Tentara Potomac.