Ing Januari 2009, Présidhèn Barack Obama milih Panetta kanggo jabatan Direktur CIA. Panetta dikonfirmasi dening Senat ing Februari 2009. Minangka direktur CIA, Panetta ngawasi operasi sing ngrusak teroris internasional Osama bin Laden. Ing tanggal 28 April 2011, Obama ngumumake pencalonan Panetta minangka Sekretaris Pertahanan, kanggo ngganti Robert Gates sing pensiun. Ing wulan Juni, Senat ngonfirmasi Panetta kanthi bulat lan dheweke njupuk kantor tanggal 1 Juli 2011. David Petraeus njupuk alih minangka Direktur Badan Intelijen Pusat tanggal 6 September 2011. Wiwit pensiun minangka Sekretaris Pertahanan ing taun 2013, Panetta wis dadi Ketua Institut Panetta kanggo Kebijakan Publik, sing ana ing Universitas Negeri California, Monterey Bay, kampus Universitas Negeri California sing mbantu dheweke nalika jabatan minangka kongres.
Pebruari 2009