Ing taun 1260, Baybars lan wadyabala Mamluk ngrusak greja kasebut nalika nyerang Nazareth. Sawetara wong Fransiskan bisa tetep ing Nazareth nganti tiba ing Acre ing taun 1291. Ing telung abad sabanjure, para Fransiskan mlebu lan metu saka Nazareth, gumantung saka kahanan politik lokal, sing terus-terusan owah. Akun Fransiskan ing periode iki nyathet pengusiran ing taun 1363, bali ing taun 1468 lan pembantaian sawetara anggotane ing taun 1542. Kulawarga Kristen lokal kanthi dhukungan Fransiskan mbantu ngurus greja uga sajrone periode iki. Amir Fakr ad-Din menehi idin marang Fransiskan kanggo bali ing taun 1620, ing wektu kasebut dheweke nggawe struktur cilik kanggo ngubengi grotto suci sing dihormati minangka omah Maria. Ing taun 1730, Zahir al-Umar ngidini pambangunan greja Kristen anyar, sing dadi basilika pusat ing Nazareth nganti tiba ing Acre ing taun 1291.
taun 1954