Rampungake ukara ing ngisor iki: Salah siji saka klompok telu, sing dikenal minangka "Benjamin Thugut" (bantuan dipercaya kanggo Menteri Luar Negeri Johann Amadeus Francis de Paula, Baron Thugut, sajrone kampanye 1799, Weyrother dadi kepala staf Feldzeugmeister Pál Kray, ing ngendi dheweke mbedakake awake dhewe ing Legnago (26 Maret), Magnano (5 April) lan, saiki dadi petugas penghubung karo Marshal Rusia Alexander Suvorov, ing
Novi tanggal 15 Agustus. Dheweke banjur ngrancang pawai epik pasukan Rusia ing sangisore Alexander Suvorov liwat Saint Gotthard Pass. Dipromosikake dadi "Oberst" (kolonel) tanggal 5 Februari 1800, Weyrother diwenehi komando regimen Infanterie No. 7 "Schröder", sing dadi bagean saka tentara ing Jerman ing sangisoré Pál Kray, nanging cedera luwih lanjut lan ketegangan kampanye nyebabake dheweke ninggalake tentara kanggo pulih. Dipundhawuhi bali ing musim gugur taun 1800, Kaisar Francis II milih dheweke dadi kepala staf kanggo Archduke John Austria sing umur 18 taun, komandan tentara anyar ing Bavaria, lan "Adlatus" (penasihat utama) Franz von Lauer. Dipercaya manawa tentara Prancis Jean Moreau mundur, Weyrother ngatur pengejaran agresif liwat medan alas sing akeh dening papat kolom sing ora saling ndhukung. Nanging, Moreau tetep ngadeg, ambush, lan ngubengi sisih kiwa Austria. Pertempuran Hohenlinden minangka bencana kanggo Austria, kanthi efektif mungkasi Perang Koalisi Kedua. Nanging, Weyrother diangkat dadi penasihat militer kanggo Menteri Luar Negeri anyar, Graf Ludwig Cobenzl ing negosiasi sawise Gencatan Senjata Steyr, sing nyebabake Perdamaian Luneville ing taun 1801.