Evaluasi mikrobiologis uga dituduhake ing pneumonia abot, alkoholisme, asplenia, immunosuppression, infeksi HIV, lan penyalahgunaan alkohol. Sanajan budaya getih positif lan budaya cairan pleural kanthi pasti netepake diagnosis jinis mikroorganisme sing ana gandhengane, budaya sputum positif kudu ditafsirake kanthi ati-ati kanggo kemungkinan kolonisasi saluran pernapasan. Tes kanggo organisme spesifik liyane bisa disaranake sajrone wabah, amarga alasan kesehatan umum. Ing wong sing dirawat ing rumah sakit kanggo penyakit sputum sing abot, budaya sputum lan budaya kanggo Mycobacterium tuberculosis dianjurake, kayata kanggo wong sing batuk produktif kronis.
antigen kanggo Legionella lan Streptococcus