Ing taun 1999, Anjouan ngalami konflik internal lan tanggal 1 Agustus taun kasebut, presiden pertama Foundi Abdallah Ibrahim sing umur 80 taun mundur, ngirim kekuwatan menyang koordinator nasional, Abe Said. Pamrentah digulingake ing kudeta dening tentara lan perwira angkatan laut tanggal 9 Agustus 2001. Mohamed Bajouan enggal dadi pimpinan junta sing njupuk alih lan ing pungkasan wulan kasebut, dheweke dadi pimpinan negara kasebut. Sanajan ana rong wulan nyoba ngontrol pulau-pulau pemberontak kanthi kekuwatan, Uni Afrika saiki dadi negosiasi kanggo nggayuh rekonsiliasi. Proses iki umume rampung, paling ora miturut teori. Miturut sawetara sumber, Mohéli bali menyang kontrol pamrentah ing taun 1998. Ing taun 1999, Anjouan ngalami konflik internal lan tanggal 1 Agustus taun kasebut, presiden pertama Foundi Abdallah Ibrahim sing umur 80 taun mundur, ngirim kekuwatan menyang koordinator nasional, Abe Said. Pamrentah digulingake ing kudeta dening tentara lan perwira angkatan laut tanggal 9 Agustus 2001.
taun 1997