Tulis terus kanggo paragraf iki - Ing September 1796, Johnston diangkat dadi aide-de-camp kanggo Gubernur John Hunter, lan ing taun 1800 nampa pangkat brevet minangka mayor. Ing taun sing padha Johnston dicekel dening Letnan Gubernur William Paterson kanthi tuduhan "mbayar roh kanggo sarjan minangka bagean saka gaji lan ora manut karo perintah". Johnston mbantah diadili dening pengadilan militer ing koloni kasebut, lan Hunter ngirim dheweke menyang Inggris. Ing kana, kangelan nganakake pengadilan karo saksi ing Australia nyebabake proses kasebut ditinggalake, lan Johnston bali menyang New South Wales ing taun 1802. Ing taun 1803 Johnston njupuk komando sementara Korps New South Wales nalika lara Paterson, lan melu konflik antarane King lan militer. Ing sasi Maret 1804 dhèwèké tumindak kanthi kaputusan nalika dadi komandan militèr sing dikirim nglawan sawetara tahanan sing mbrontak ing Castle Hill
. lan Nalika Paterson dikirim menyang Port Dalrymple, Johnston dadi komandan Korps New South Wales.