Rampungake ukara ing ngisor iki: USSR netepake rezim penindasan; umume pejabat sipil lan militer sing dhuwur, intelektual lan industrialis dicekel, lan biasane dieksekusi sakcepete sawise. Represi Soviet ngrampungake tanggal 14 Juni 1941 kanthi deportasi massal udakara 11.000 wong menyang Siberia, ing antarane luwih saka separo tiwas ing kahanan sing ora manusiawi. Nalika Operasi Barbarossa Jerman sing diiringi prajurit gerilya Estonia sing diarani "Forest Brothers" diwiwiti nglawan Uni Soviet tanggal 22 Juni 1941 ing sing diarani "Perang Musim Panas" (), udakara 34,000 wong enom Estonia dipeksa mlebu ing Tentara Abang, kurang saka 30% sing slamet saka perang kasebut. Batalyon penghancuran Soviet miwiti kabijakan bumi sing dibakar. Tawanan politik sing ora bisa dievakuasi dieksekusi dening NKVD. Akèh wong Estonia sing lunga menyang alas, lan miwiti kampanye gerilya anti-Soviet. Ing wulan Juli, Wehrmacht Jerman tekan Estonia kidul. USSR
evakuasi Tallinn ing pungkasan Agustus kanthi kerugian gedhe, lan penaklukan pulau Estonia rampung dening pasukan Jerman ing wulan Oktober.