Rampungake ukara ing ngisor iki: Nggawe aliansi politik karo Permaisuri Dowager, lan dadi mungsuh sing langgeng saka Kaisar Guangxu, Yuan ninggalake ibukutha ing taun 1899 kanggo janjian anyar minangka Gubernur Shandong. Sajrone jabatan telung taun, Pemberontakan Boxer (1899 <unk> 1901) pecah; Yuan njamin penindasan Boxer ing provinsi kasebut, sanajan pasukane ora melu aktif ing njaba Shandong dhewe. Yuan njupuk sisih saka golongan pro-asing ing Pengadilan Kekaisaran, bebarengan karo Pangeran Qing, Li Hongzhang, lan Ronglu. Panjenenganipun nolak kanggo sisih karo Boxer lan nyerang pasukan Wolu-Nation Alliance, gabung karo gubernur Cina liyane sing dhawuh tentara modernisasi substansial kaya Zhang Zhidong ora melu ing Pemberontakan Boxer. Dhèwèké lan Zhang ora nggatèkaké deklarasi perang saka Permaisuri Dowager Cixi marang kekuwatan manca lan terus nyuda Boxer. Klompok iki dikenal minangka Perlindhungan Saling China Tenggara. Saliyané ora nglawan Aliansi Wolung-Negara lan nyuda para Pambantun ing Shandong, Yuan lan wadyabalané (Divisi Kanan) uga mbantu Aliansi Wolung-Negara nyuda para Pambantun sawisé
Aliansi ngrebut Beijing ing Agustus 1900. Pasukan Yuan Shikai membantai puluhan ewu wong ing kampanye anti-Boxer ing Zhili. Yuan operasi metu saka Baoding sajrone kampanye, sing rampung ing taun 1902.