Rampungake ukara ing ngisor iki: Sawise musim 2012, Scutaro lan Giants setuju karo kontrak 3 taun, $ 20 yuta sing dadi resmi tanggal 7 Desember 2012. Ing taun 2013, Scutaro dadi pemain bal-balan nomer loro, kanthi Tony Abreu lan Nick Noonan minangka cadangan utamane. Ing 81 game ing babak kapisan, Scutaro nempuh.316/.367/.400 kanthi 2 HR, 22 RBI lan 37 R, lan dheweke dijenengi dadi
2013 MLB All-Star Game. Scutaro main ing pertandhingan pungkasan ing taun 2013 tanggal 15 September, lan resmi ditutup tanggal 24 September. Dheweke ngalami operasi tanggal 27 September sing nyelehake pin ing pinky kiwa sing mbenerake driji palu, cedera sing dialami tanggal 11 Juni nglawan Pirates nalika dheweke ditembak dening Tony Watson. Ing 127 game ing taun 2013, dheweke entuk.297/.357/.369 kanthi 2 HR, 31 RBI lan 57 R.