Nulis terusan kanggo paragraf iki - Alpha aktif nalika Perang Chechen II sing diwiwiti ing taun 1999, uga Pemberontakan ing Kaukasus Lor
. lan Sajrone Pertempuran Komsomolskoye taun 2000, penembak jitu Alpha sing ana gandhengane karo Vladimir Shamanov Grup Kulon pasukan federal, dikerahkan kanggo nyoba nyuda penembak jitu Ruslan Gelayev ing desa kasebut. Miturut veteran unit kasebut, operasi sing Alpha melu nyebabake penangkapan komandan Chechen Salman Raduyev ing taun 2000, mateni komandan Chechen Arbi Barayev ing taun 2001, mateni Presiden separatis Chechen Aslan Maskhadov ing taun 2005, lan mateni pimpinan militan asing Abu Hafs ing Dagestan ing taun 2006. Sawisé transfer tanggung jawab kanggo operasi ing Chechnya saka Kementerian Pertahanan menyang FSB ing Januari 2001, lan sadurunge kabijakan "Chechenization" sing diwiwiti ing taun 2003, anggota Alpha (bebarengan karo personel Rusia liyane lan milisi Chechen pro-Moskow) melu paling ora 10 campuran "kelompok khusus gabungan" (, SSGs), dianggep minangka pasukan pati dening klompok hak asasi manungsa lan pengamat eksternal. Dipercaya manawa SSG ana ing mburi akeh "pembersihan jeneng / alamat" ("imeny / addressny zachistki"): biasane serangan wengi dening wong sing nganggo topeng ing kendaraan sing ora ditandhani, sing target para pejuang pemberontak aktif utawa mantan, para pendukung, sedulur, utawa warga sipil liyane kanggo ngilang paksa utawa mateni tanpa pengadilan. Ing taun 2005, Human Rights Watch nyatakake yen ngilang wis tekan skala kejahatan marang kamanungsan, lan "Rusia duwe bedane sing ora mulya dadi pimpinan donya ing ngilang paksa". UFSB Chechnya uga mbentuk unit Alpha lokal, sing dipercaya padha karo peran SSG.