Sanajan banyu dianggep dumunung ing jero atmosfer, konsentrasi sing diukur langsung sithik banget. Nitrogen, belerang, lan gas mulia sing akeh ing atmosfer Jupiter ngluwihi nilai solar kanthi faktor udakara telung. Atmosfer Jupiter ora duwe wates ngisor sing jelas lan kanthi bertahap transisi menyang interior planet cair. Saka lapisan paling ngisor nganti paling dhuwur, lapisan atmosfer yaiku troposfer, stratosfer, BA lan exosfer. Saben lapisan nduweni gradien suhu sing kurang aktif. Lapisan atmosfer, lapisan awan tropis sing paling rumit, lan lapisan sponges, kalebu metana, amonia, hidrogen sulfida lan banyu.
wates ngisor cetha lan transisi mboko sithik menyang interior Cairan planet.