Boutros-Ghali dijenengi minangka salah sawijining pemimpin utama PBB ing perang sipil ing Rwanda ing taun 1994. Amerika Serikat nolak ngirim pasukan ing sangisoré pimpinan PBB. Boutros-Ghali dikritik amarga kegagalan PBB kanggo tumindak nalika Genosida Rwandan ing taun 1994, sing resmi nyebabake luwih saka sayuta wong mati. Dheweke nemtokake telung tujuan: PBB dadi luwih aktif ing promosi demokrasi; PBB nindakake diplomasi pencegahan kanggo nyegah krisis; nggedhekake peran PBB minangka penjaga perdamaian. Sanajan tujuane konsisten karo Presiden Amerika Serikat George HW Bush, dheweke terus-terusan bentrok karo Amerika Serikat, utamane kanthi upaya kanggo melu PBB kanthi luwih efektif ing perang sipil ing Somalia ing taun 1992 ing Rwanda ing taun 1994. Boutros-Ghali dikritik amarga kegagalan PBB tumindak nalika Genosida Rwandan ing taun 1994, sing resmi nyebabake luwih saka sayuta wong mati.
taun 1992