Neuer miwiti musim kanthi kalah ing DFL-Supercup 2013 menyang Borussia Dortmund. Kanggo Piala Super UEFA 2013
, tanggal 30 Agustus 2013, dheweke nylametake penalti pungkasan lan penentu sing ndeleng Bayern Munich menang pertandingan nglawan Chelsea, njupuk sawetara dendam amarga kalah ing final Liga Champions UEFA 2012. Ing Piala Dunia Klub FIFA, Neuer main nglawan Guangzhou Evergrande ing semifinal lan Raja Casablanca ing final. Neuer diumumake minangka Penjaga Gol Donya Taun 2013 tanggal 7 Januari 2014. Tanggal 9 Februari, Bayern ngadhepi Arsenal ing fase gugur Liga Champions lan Neuer nylametake penalti saka Mesut Özil ing babak pertama. Bayern banjur menang game 2 <unk> 0 adoh. Ing tanggal 2 Mei 2014, Neuer nglanjutake kontrak saiki nganti musim panas 2019. Neuer ngrampungake musim kasebut kanthi 31 penampilan Bundesliga, limang penampilan Piala Jerman, 12 penampilan Liga Champions UEFA, siji penampilan Piala Super Jerman, siji penampilan Piala Super UEFA, loro penampilan Piala Dunia Klub FIFA kanthi total 52 penampilan.