Tulis terus kanggo paragraf iki - Ing wulan Juni 1861, O'Neal ditugasake dadi kapten lan mrentah telung perusahaan prajurit. Sasampunipun dumugi ing Richmond, piyambakipun dipunangkat dados mayor ing 9th Regiment Alabama Infantry lan dipunpromosikaken dados letnan kolonel nalika musim gugur. Ing wulan Maret 1862, dheweke diangkat dadi kolonel infanteri Alabama kaping 26, lan mrentah resimen iki sajrone Kampanye Semenanjung. Ing Pertempuran Pitu Pines, jarané dipatèni ing sangisoré, lan dhèwèké tatu parah amarga fragmen peluru. Panjenenganipun pikantuk pujian ingkang ageng kanggé penampilanipun wonten ing Pertempuran Chancellorsville. Ing taun 1863, dheweke dadi komandan brigade ing divisi Mayor Jenderal Robert E. Rodes, lan mimpin ing Pertempuran Gettysburg, Pertempuran Manassas Gap lan ing Pertempuran Mine Run
. lan Ing wiwitan taun 1864, resminé dikirim bali menyang Alabama kanggo ngrekrut pangkat sing wis entek, nanging kanthi cepet diprentah menyang Dalton, Georgia, ing ngendi O'Neal njupuk komando brigade Brigjen James Cantey ing Tentara Tennessee. O'Neal mimpin brigade iki nalika sisa Kampanye Atlanta. Sawisé Letnan Jenderal John Bell Hood diwenehi komando Tentara Tennessee, O'Neal dibebasake lan dadi tugas sing kapisah kanggo sisa perang. Piyambakipun dipunangkat dados brigadir jenderal tanggal 6 Juni 1863, nanging janjian punika dipuntahan déning Jenderal Robert E. Lee lan promosi dipunbatal déning Présidhèn Konfederasi Jefferson Davis.