Villalobos minangka salah sawijining pimpinan utama Tentara Revolusi Rakyat, utawa "Ejército Revolucionario del Pueblo", sawijining klompok sing muncul ing El Salvador ing wiwitan taun 1970-an minangka federasi sel sing longgar kanthi akar ing macem-macem kelompok Marxis lan Katolik kiwa. ERP minangka salah sawijining limang organisasi sing gabung ing taun 1980 kanggo mbentuk Front Pembebasan Nasional Farabundo Martí sajrone Perang Sipil Salvador
, ing ngendi gerilyawan sayap kiwa nglawan pamrentah sayap tengen El Salvador sing didominasi militer lan didhukung AS. Mahasiswa ekonomi lan aktivis sayap kiwa, Villalobos gabung karo ERP ing taun 1971, nalika umur 19 taun. Dheweke wiwit dituduh melu pembunuhan ing taun 1975 saka Roque Dalton, pujangga revolusioner lan pimpinan ERP liyane sing ditembak dening kanca-kancane sawise perjuangan kekuwatan ing klompok kasebut nyebabake tuduhan yen dheweke dadi mata-mata CIA. Nalika semana, pembunuhan kasebut nyebabake perpecahan lan saling tuduh ing ERP lan kritik saka kiwa liyane, nanging sawise taun 1980 Villalobos dadi salah sawijining ahli strategi militer utama FMLN. ERP ing pimpinan dheweke wis diterangake minangka "organisasi militer sing paling efisien ing sisih kiwa Salvador" sajrone perang sipil, kanthi Villalobos ngembangake "reputasi kanggo kecemerlangan strategis". The Financial Times nggambaraké Villalobos minangka "Guru sejati perang gerilya Amérika Latin abad kaping 20", ing ndhuwur Che Guevara.