Rampungake ukara ing ngisor iki: Ing Juli 1999, Jacoby ditugasake dadi direktur intelijen (J2) ing Staff Bersama. Panjenenganipun wiwit njabat kanthi mimpin upaya intelijen kanggo mriksa operasi ing Balkan lan Kosovo. Operasi Northern lan Southern Watch terus kanggo ngetrapake No-Fly Zones lan sanksi marang Irak. Kajaba iku, pesawat pengintai Angkatan Laut AS EP-3 dicekel dening wong Tionghoa ing Pulo Hainan sawise tabrakan karo pejuang Tionghoa sajrone operasi ing Laut China Selatan lan serangan ing
USS "Cole" dumadi ing Aden, Yaman. Prastawa pungkasan iki nyebabake owah-owahan dhasar ing pendekatan analisis terorisme lan dhukungan kanggo pasukan operasi sing diwujudake ing Pasukan Tugas Intelijen Gabungan sing diusulake, Nglawan Terorisme (JITF-CT) sing beroperasi kanthi bimbingan Staf Gabungan J-2 minangka bagean saka Badan Intelijen Pertahanan. Jacoby nyengkuyung pendanaan sing luwih akeh kanggo JITF-CT ing wayah sore tanggal 10 September 2001 karo staf senior ing House Permanent Select Committee on Intelligence. Dheweke ana ing Pentagon nalika diserang tanggal 11 September 2001. Panjenenganipun mimpin stand-up JITF-CT, aktif ing perencanaan intelijen kanggo Perang Global nglawan Terorisme lan operasi militer ing Afghanistan, ngawasi kegiatan J-2 sajrone fase awal operasi tempur ing Afghanistan lan berperan penting kanggo ngembangake lan nyengkuyung konsep operasional sing diarani "2 Plus 7" sing dadi titik pusat kanggo operasi AS kanggo mbongkar organisasi Al-Qaeda lan nyerang fungsi kepemimpinan lan perencanaan terpusat. Upaya kasebut fokus ing operasi nglawan loro pimpinan lan pitung perencana operasional senior. Asilé yaiku degradasi sing signifikan ing kapabilitas organisasi. Jacoby ngrampungake perpanjangan setaun minangka Staff Joint J-2 ing Juli 2002.