Nanging, Konfederasi ngasilake resistensi ing antarane sawetara klompok ing kaloro negara kasebut sing nesu karo pengenalan identitas nasional lan negara-negara tanggané. Akeh politisi Peru sing nentang ide Konfederasi mlayu menyang Chili, ing ngendi dheweke nampa dhukungan lan iki nyebabake Perang Konfederasi
Chili ngumumake perang tanggal 28 Desember 1836, lan Argentina ngetutake tanggal 9 Mei 1837. Ekspedisi militer Chili nglawan Santa Cruz, dipimpin dening Laksamana Manuel Blanco Encalada, gagal lan kudu tundhuk teken Perjanjian Paucarpata, tanggal 17 November 1837.