Ing taun 1929, Khomeini nikah karo Khadijeh Saqafi, anak wadon saka imam ing Teheran. Kekawin iki dadi harmoni lan seneng. Dheweke tilar donya ing taun 2009. Dheweke duwe anak pitu, sanajan mung lima sing slamet nalika isih bayi. Anak-anake wadon kabeh nikah karo kulawarga pedagang utawa imam, lan kalorone putrane mlebu ing agama. Mostafa, putra mbarep, tilar donya ing taun 1977 nalika ing pengasingan ing Najaf, Irak karo bapake lan dikabarake dening para pendukung bapake wis dipateni dening SAVAK. Ahmad Khomeini, sing tilar donya ing taun 1995 ing umur 50 taun, uga dikabarake dadi korban game foul, nanging ing tangan rezim.
Khadijeh Saqafi