1938. szeptember 29-én Thomasot visszahívták aktív szolgálatra, és csatlakozott a csatahajó legénységéhez. 1939. augusztus 13-án csatlakozott a cirkálóhoz, ahol a második világháború kitörésekor szolgált. 1940. június 27-én parancsnok lett. Miután az olaszok elsüllyesztették a Souda-öböl elleni támadásban.
, kinevezték a HMS "Nile"-re, a Királyi Haditengerészet tengerparti létesítményére Egyiptomban, és a Földközi-tenger Flotta Főparancsnoka személyzetében szolgált. Második házasságát 1941. szeptember 10-én kötötte Mary Fedora Douglas-Watson-nal, aki zongorista és zeneszerző volt. Egy tengerészeti tiszt, Francis Douglas-Watson parancsnok özvegye és Anthony St. Ledger ausztrál szenátor lánya volt.