A 13. század végén Palesztina és Szíria lett az elsődleges front a gyorsan terjeszkedő Mongol Birodalom ellen, amelynek serege 1260-ban érkezett először Palesztinába, kezdve a Nestoriánus Keresztény tábornok, Kitbuqa Palesztinába irányuló mongol támadásaival. A mongol vezető, Hulagu kán üzenetet küldött IX. Lajosnak, hogy Jeruzsálem a keresztények kezébe került a francia-mongol szövetség alatt; azonban nem sokkal ezután vissza kellett térnie Mongke halála után, Kitbuqát és egy csökkentett sereget hagyva maga után. Kitbuqa aztán Baibars vezetésével a mamlukokkal harcolt a döntő
Ain Jalut csatája a Jezreel-völgyben. A mamlukok Palesztinában aratott döntő győzelmét a világtörténelem egyik legjelentősebb csatájának tekintik, amely a mongol hódítások csúcspontja volt. A mongolok azonban 1300-ban Ghazan és Mulay alatt további rövid támadásokat tudtak végrehajtani, egészen Gázáig. Jeruzsálem négy hónapig a mongolok kezében volt (lásd a kilencedik keresztes hadjáratot).