Írj folytatást erre a bekezdésre - Batory 1586-as halála után Zamoyski segített III. Zsigmond Vasának a lengyel trónra jutni, a rövid polgárháborúban harcolva az osztrák Habsburg herceg III. Maximilianust támogató erők ellen. Zamoyski köré gyűlt össze a Zsigmondot támogató tábor, míg Maximilianot a Zborowski család támogatta. Zamoyski megvédte Krakówot és legyőzte Maximilian erőit a Byczyna-i csatában
1588-ban. Ebben a csatában, amelyet Sławomir Leśniewski "a lengyel történelem egyik legfontosabb, és a legfontosabb Zamoyski katonai karrierjében", Maximilian foglyul esett, és az 1589-es Bytom és Będzin-i békeszerződésben fel kellett adnia a lengyel korona minden igényét. Később abban az évben Zamoyski a királyi választások reformját javasolta, amely nem sikerült átadni a Szejmnek. Zamoyski egy tervezetet terjesztett elő a Sejmnek, hogy ha a jelenlegi király örökös nélkül hal meg, akkor csak egy szláv származású jelölt lesz jogosult a lengyel trónra. Ez egy olyan projekt volt, amely elképzelhette a katolikus Lengyelország, az ortodox Moszkva és a félig protestáns Csehország közötti egyesülés lehetőségét is. Valójában ez egy torz és ügyetlen ellenjavaslat volt a Habsburg-barát politikával szemben.