A napóleoni háborúk kezdetén Marcognet egy tábornok volt, aki Michel Ney francia marsall hadtestének parancsnoka volt. 1805-ben Günzburgban, Elchingenben és Scharnitzben vezette csapatait. Az 1806-1807-es hadjáratban brigádját Jena, Magdeburg, Eylau, Guttstadt-Deppen és Friedlandnél vezette. Miután Ney hadtestét Spanyolországba szállították,
Tamames, Alba de Tormes, Ciudad Rodrigo, Almeida, Bussaco, Torres Vedras, Casal Novo és Fuentes de Onoro.