Írj folytatást erre a bekezdésre - Május 1-jén a ezred harcolt a Port Gibson-i csatában
, ahol a 3. Missouri gyalogsági ezred támadta meg az Unió vonalát, hogy megfordítsa az ellenség kitett szárnyát. A két ezred azonban nem találta el az uniós vonalat a szárnyon, és ehelyett nagyobb támogatással rendelkező területet ért el. Kemény harcok után a két ezred visszavonulásra kényszerült. Május 16-án a ezred részt vett egy nagy támadásban a Bajnok-hegy csatájában. A konföderációs támadás a Champion Hill-en két fontos csatatéret foglalott el, de az uniós erősítések és a lőszerhiány visszavonulásra kényszerítette az embereket. Miután a Black River híd csatájában megsemmisültek május 17-én, a ezred belépett Vicksburg, Mississippi védelmébe. Vicksburg ostroma alatt a ezred segített visszaverni az uniós támadásokat május 19-én és 22-én. Június 25-én és július 1-jén az ezred ellenállt a szövetségi vonalak megtörésére irányuló uniós kísérleteknek, fekete port robbantva a konföderációs védelmi munkák alatt. Vicksburg konföderációs helyőrsége július 4-én megadta magát, és az 5. Missouri-i gyalogság katonái szabadon engedték. A cserét követően az 5. Missouri gyalogsági egységet a 3. Missouri gyalogsági egységgel egyesítették a 3. és 5. Missouri gyalogsági ezred (összesített) létrehozására; az 5. Missouri gyalogsági egység külön egységként megszűnt létezni.