Lee részt vett az 1862-es félszigeti hadjáratban, különösen a Seven Pines-i csata során május 31-én és június 1-jén, a Savage's Station csata
június 29-én, a hétnapos csaták során június 25-től július 1-ig, és a Malvern-hegy csata szintén július 1-jén. Júliusban rövid ideig szolgált a 4. Virginias lovasságban, július 9-én ezredes lett, és ugyanabban a hónapban átvette James Longstreet tábornok hadtestének tüzérségi zászlóaljának parancsnokságát. Longstreet alatt Lee részt vett a második Manassas-i csata augusztusban, majd az Antietam-i csata szeptember 17-én, ahol ágyúja kiemelkedő szerepet játszott a híres Dunker Church közelében lévő terület védelmében. Lee részvétele a Sharpsburg-ban összefoglalva: