Írj folytatást erre a bekezdésre - 1935-ben az Egyesült Államok, a teljes fülöp-szigeteki szuverenitás ígéretének megfelelően, megalapította a Fülöp-szigeteki Köztársaságot az 1935-ös alkotmány megerősítését követően, amely szintén visszaállította az elnökséget. Az első országos elnökválasztást megtartották, és Manuel L. Quezon (1935-1944) hatéves időtartamra választották, újraválasztás nélkül, mint a második fülöp-szigeteki elnök és az első Commonwealth elnök. 1940-ben azonban módosították az Alkotmányt, hogy lehetővé tegye az újraválasztást, de a ciklust négy évre rövidítették. Három évvel később kormányváltás következett be, amikor a második Fülöp-szigeteki Köztársaság megalakult az 1943-as alkotmány elfogadásával, amelyet Japán kényszerített rá, miután 1942-ben megszállta a Fülöp-szigeteket a II. világháború alatt. José P. Laurel a japánok által támogatott új kormány bábelnökeként működött; "de facto" elnöksége, amelyet csak az 1960-as évekig ismertek el jogilag, átfedte a Nemzetközösség elnökiét, aki száműzetésbe ment. A Második Köztársaság feloszlott, miután Japán megadta magát.
1945-ben a Szövetségeseknek; a Commonwealth-t ugyanabban az évben helyreállították a Fülöp-szigeteken, Sergio Osmeña (1944-1946) elnökként.