Malagrida befolyása a lisszaboni udvarban mély ellenségeskedéssel találkozott a miniszterelnök, Carvalho, a jövőbeli Pombal márkival. Carvalho megpróbálta újjáépíteni Lisszabonot az 1755-ös földrengés után
, amit Malagrida prédikált, egy igazságos Isten büntetése volt egy bűnös emberre. Carvalhót bosszantotta a kormány implicit kritikája, és meggyőzte José királyt, hogy 1756. novemberében száműzze Malagridát Setúbalba, és az összes jezsuitát eltávolítsa az udvarból.