Vissza kellett térnie Norfolkba, Virginia-ba, hogy javításokat végezzen, és még mindig ott volt, amikor a tengeralattjárók landoltak Veracruzban.
történt. Az Egyesült Államokba való visszatérésével a felettesei végre lehetőséget kaptak arra, hogy parancsot adjanak neki, hogy örökölje Conner parancsnok helyét a hazai század parancsnokságában. Perry visszatért a flottához, és hajója támogatta a Veracruz ostromát a tengeren. Veracruz bukása után Winfield Scott belföldre költözött, Perry pedig a megmaradt mexikói kikötővárosok ellen indult. Perry összegyűjtötte a Mosquito Flottát és elfoglalta Tuxpant 1847 áprilisában. 1847 júliusában személyesen megtámadta Tabasco-t, és egy 1173 fős partra szálló erőt vezetett, és szárazföldről megtámadta San Juan Bautista városát, legyőzve a mexikói erőket és elfoglalva a várost.