A polgárháború kitörésekor a 18. Louisiana-i gyalogsági ezred parancsnoka volt, ahol szigorú fegyelmezettként bizonyult ki, aki szintén rendkívül barátságos és társas volt a közönséggel. Megsebesült Szilóban
1866-ban Richard Taylor tábornok parancsnoksága alatt brigádparancsnoknak nevezték ki, akivel sikeresen akadályozta az uniós erőfeszítéseket a Bayou Teche régió biztonságosabbá tételében dél-Louisiana államban. A Vörös-folyó-hadjáratban Mouton meghalt a Mansfield-i csatában, miközben lovassági támadásban vezette embereit.