A mexikói-amerikai háború kitörésekor, 1846 júniusában, Van Burent újra kinevezték a hadseregbe, mint fizetőgazgatót, őrnagy rangban. Van Buren Zachary Taylor és Winfield Scott tábornok segédje volt, és részt vett a Contreras-i csata, a Monterrey-i csata, a Veracruz ostroma
, Cerro Gordo csata, és Churubusco csata.