A Velence elleni költséges háborúk és a fekete halál pusztító hatásai jelentősen csökkentették a genovai haditengerészet erejét. A nagyobb nemzetállamok felemelkedése szintén aláásta a viszonylag kis városállamok katonai versenyképességét. Genova (Franciaország támogatásával)
1390. évi Tunézia elleni keresztes hadjárat, azzal a szándékkal, hogy megvédje a genovai kereskedelmi gyarmatokat a muzulmán kalózoktól. A háború alatt a genovai haditengerészet hajókat szállított, míg a francia lovagok ostromolták a Mahdi erődöt. A háború sikeres volt a keresztény erők számára, de azt is eredményezte, hogy a franciák politikai befolyást szereztek Genovában, amelyre nyomást gyakoroltak, hogy 1396-ban francia feudumnak nyilvánítsa magát. A genovai haditengerészetet a franciák irányították, és 1403. október 7-én döntő vereséget szenvedett Velence ellen a Modon-i csatában, miután a genovai flotta megtámadta a velencei kereskedelmi gyarmatokat. A köztársaság 1409-ben függetlenséget szerzett Franciaországtól, de a katonaság tekintélye súlyosan megsérült, és a város továbbra is kívánatos politikai hódítás maradt mind Franciaország, mind Aragón számára. 1435-ben Milánó kérésére egy genovai flottát küldtek Gaeta városába, amelyet Aragón ostromolt. Abban az időben Milánó hercege és Aragónia királya harcoltak, hogy ki uralja Szicília királyságát. A genovai flotta megérkezett Gaeta-ba, és legyőzte a Ponza-i csatában a számban felülmúló aragóniai flottát. Az aragon zászlóshajót kénytelenek voltak megadni, és V. Alfonso aragon királyt elfogták. Ennek ellenére Aragónia győzött a konfliktusban, és Szicília Aragónia irányítása alá került, ami megnehezítette a Messinai-szoroson való áthaladást, és tovább zavarta a genovai haditengerészeti tevékenységet.