1989-ben Janša részt vett az egyik első szlovén ellenzéki párt, a Szlovén Demokratikus Unió (SDZ) megalapításában, első alelnöke lett, majd a párttanács elnöke. Az első szabad választásokat követően 1990 májusában Lojze Peterle kormányában védelmi miniszter lett, ezt a pozíciót a szlovén függetlenségi háború alatt töltötte be.
1991 júniusában és júliusában. Janša a belügyminiszter Igor Bavčarral együtt volt a fő szervezője Szlovénia stratégiájának a jugoszláv néphadsereg ellen.