2011. július 13-án bejelentették, hogy Jonathan elhagyja a Santos-t, hogy az Inter Milánnal edzzen, amíg a transzfer véglegesül. Két nappal később, július 15-én hivatalosan is az Inter játékosává vált, négyéves szerződést írt alá. Jonathan 2011. szeptember 11-én debütált az Internél a 2011/12 Serie A második héten.
, teljes 90 percet játszott, 4-3-ra veszített Palermo ellen. Három nappal később Jonathan debütált a Bajnokok Ligájában, az egész meccset az első meccsnapon játszotta a török Trabzonspor ellen, a San Siro-n 0-1 veszteségben.