A következő hat évben Bogdánov a korai bolsevikok egyik fő alakja volt, csak Vlagyimir Leninnek volt második befolyása. 1904-1906-ban megjelentette az "Empiriomonizm" ("Empiriomonizmus") című filozófiai értekezés három kötetét, amelyben megpróbálta egyesíteni a marxizmust Ernst Mach, Wilhelm Ostwald és Richard Avenarius filozófiájával. Munkája később számos orosz marxista teoretikusra is hatással volt, köztük Nikolai Bucharinra is. 1907-ben segített megszervezni az 1907-es Tiflis-i bankrablást.
Lenin és Leonid Kraszin között.