A polgárháború kezdetén Hays újra belépett a szolgálatba a 63. Pennsylvaniai Önkéntes Gépgyalogos Ezredesként, ugyanakkor kapitány rangot is birtokolva a 16. amerikai Gépgyalogságban a rendszeres hadseregben 1861 május 14-től. Az emberei úgy ismerték, hogy "olyan bátor, mint az oroszlán". A félszigeti hadjárat alatt ezredével a Kearny-divízió első zászlóaljához csatlakozott Heintzelman III. hadtestének. Harcolt a Yorktown, Williamsburg, Seven Pines,
Savage állomása és Malvern Hill. A Hétnapi csaták végén a rendszeres hadseregben brevet-hadnagy-polgármesternek nevezték ki, mert Hays hadseregével bajonett támadást indított az ellenséges vonalakba, hogy fedezze brigádja visszavonulását. Hays egy hónappal később rövid időre betegszabadságra ment, részleges vakságban szenvedett és bal karja lebénult, a csatában szerzett sérülések miatt.