Írj folytatást erre a bekezdésre - Hardee 1861. január 31-én lemondott az Egyesült Államok hadseregéből, miután szülőállama, Georgia kilépett az Unióból. Március 7-én ezredesként csatlakozott a Konföderációs Államok hadseregéhez, és parancsnokságot kapott a Morgan és Gaines erődökben Alabamában. Később brigádvezér lett (június 17-én) és tábornoknagy (október 7-én). 1862. október 10-én ő volt az első konföderációs hadvezér. Első megbízatása, mint tábornok, az volt, hogy egy Arkansas-i ezredekből álló hadosztályt szervezzen, és lenyűgözte embereit és tisztjeit a nehéz ellátási problémák megoldásával és a hadosztályának adott alapos képzésével. A parancsnokság idején kapta a "Vén megbízható" becenevet. Hardee Arkansasban működött, amíg meg nem hívták, hogy csatlakozzon Albert Sidney Johnston tábornok Közép-Kentucky hadseregéhez, mint egy alakulat parancsnoka. Johnston visszavonul Kentucky-ból és Tennessee-ből, a Mississippi-be, mielőtt meglepetéses támadást indítana a Shiloh-i csatában.
1862 tavaszán. Hardee megsebesült a karján 1862. április 6-án, a csata első napján. Johnstont Shilohban ölték meg, és Hardee testülete csatlakozott Braxton Bragg tábornok Tennessee-i hadseregéhez a Corinth, Mississippi ostroma előtt, amíg a részleg parancsnoka, P.G.T. Beauregard ki nem ürítette a várost és visszavonult Tupelo-ba. Beauregardot Bragg váltotta fel, aki később Chattanoogába költözte seregét, mielőtt a Konföderáció Heartland Offensive-jét Kentuckyba indította. Ez a hadjárat a Perryville-i csatával ért véget 1862. októberében, ahol Hardee a Bragg seregének bal szárnyát irányította.