Beterbiev amatőr pályafutása során a könnyű-súlyú és a nehézsúlyú kategóriákban versenyzett. Megnyerte a
2006-os amatőr boksz Európa-bajnokság, ahol többek között legyőzte Kenneth Egant és Ismail Sillakh-t. Megverte Egor Mekhontsevet, de 2006-ban elvesztette a kétszeres világbajnok, Evgeny Makarenko ellen. 2007-ben a félfinálban legyőzte a jövőbeni egységes könnyűsúlyú bajnokot, Szergej Kovalevot, és végül legyőzte Evgeny Makarenkót a döntőben, hogy kvalifikálódjon a világbajnokságra. A világbajnokság döntőjében az ismeretlen Abbos Atoev ellen játszott, de elvesztette.