A következő mondatot fejezze be: Miután Virginia flottája a Konföderációs Haditengerészetbe integrálódott, Barron parancsnoki megbízást kapott, és június 10-én kinevezték a Parancsok és Részletek Hivatalának vezetőjének. Barron július 20-ig maradt ezen a poszton, amikor a haditengerészet konföderációs titkára, Stephen R. Mallory elfogadta Barron kérését, hogy Virginia és Észak-Karolina part menti védelmének parancsnokaként szolgáljon, ami fontos kikötő a Pamlico Sound-ban található konföderációs kalózok számára. Augusztus 28-án megérkezett a Hatteras erőd központjába, és mindkét erőd védelmét irányította.
Hatteras és Clark a Szövetségi zászlótiszt Silas H. Stringham ellen a Hatteras-öböl csata során augusztus 28-29-én. Barron a két erőd átadását követően került fogságba. Fort Columbus-ban tartották a Governors Island-en a New York-i kikötőben, majd Ft. Warren, a bostoni kikötő, Barron végül kiszabadult egy fogolycsere során a következő évben.