Godoy a panamai válogatottban debütált 2010 márciusában egy venezuelai barátságos mérkőzésen, és 2015. június 10-én összesen 49 meccset játszott, és egy gólt szerzett. 14 FIFA Világbajnokságon képviselte országát, és a 2011-es FIFA Világbajnokságon játszott.
és a 2013-as Aranykupák.