1941 januárjában a brigád részt vett a nyugati sivatagi hadjáratban, első alkalommal Bardia környékén.
, amit az olaszoktól fogtak el több nap alatt. Ezt a hónap végén követte Tobruk elfoglalása, ahol a 16. brigád maradt, míg a 6. hadosztály másik két brigádja, a 17. és a 19. részt vett más akciókban Derna és Bengázi környékén. Márciusban a hadosztály az Amiriya környékére koncentrált, amikor felkészültek a Görögországba történő bevetésre, a várható német invázióval szemben. A görög csata során a 16. brigád elfoglalta Seria-t, mielőtt a Veria-hágón telepedett le. A német támadás kezdetén a 2. és 1. zászlóalj biztosította a hátsó védelmet, míg a brigád a 4. új-zélandi brigáddal együtt visszavonult. A németek áttörése a Tempe-csatornában újabb visszavonulást eredményezett, amelynek során a 2/2 és a 2/3 zászlóalj biztosította a hátsó védelmet, miközben az Anzac-test Larissa-n keresztül visszavonult. Ezután a hadosztályt evakuálni utasították, és a Kalamata-ban tengeren visszavonták az elemeket. A brigád többségét visszavitték Egyiptomba, majd Palesztinában újraszervezték; azonban a brigád elemei Krétára szálltak le. A 2/1-es egészében leszállt és a Retimo repülőtér védelmére telepítették, míg a 2/2-es és 2/3-os elemek a 16. Brigád összetett zászlóaljává alakultak. A harcok során a 2/1-es nagyrészt megsemmisült a rövid Kréta-csata során, a többséget foglyul ejtették.