A Kombinált Flotta közvetlenül a Birodalmi Főhadiszállás parancsnoksága alá került 1937-ben. A Csendes-óceáni háború kezdetével, a Pearl Harbor elleni támadással, amelyet a Combined Fleet "Kido Butai" (1. légiflotta) hajtott végre, a Combined Fleet szinte szinonimává vált a Császári Japán Haditengerészetével, Isoroku Yamamoto admirális parancsnoksága alatt 1943 áprilisáig, amikor meghalt, miután a repülőgépet az amerikai légierő lelőtte a Bougainville-sziget felett. A haditengerészetet a hadihajók, a repülőgép-hordozók, a repülőgépek és az IJN fő harci erejét képező alkatrészek alkotják. Először a Midway-i csata alkalmával mozgósították. A Midwaynél és a
A Salamon-szigeteki hadjárat után a haditengerészet számos "területi flottává" szerveződött át, hogy helyi operatív irányítást gyakoroljon a különböző földrajzi zónákban. A Kombinált Flotta ezután inkább adminisztratív szervezetgé fejlődött.