1861 májusában beiratkozott az Egyesült Államok hadseregébe, tisztként kapott megbízást a 9. New York-i Önkéntes Gyalogista Ezredben, népszerűen "Hawkins' Zouaves" néven ismert, majd később a IX. Hadsereg Testületében, ahol Benjamin Butler tábornok vezetésével szolgált a Big Bethel csatájában és a Hatteras Inlet expedícióban.
- Igen. 1862-ben a Potomac Hadsereget kísérte Ambrose Burnside tábornok Roanoke-i expedíciójában, és részt vett a Hatteras Inlet, Roanoke Island, South Mountain, Antietam és Fredericksburg csatáiban. A hadjárat során kétszer megsebesült, Jardine-t "bátor viselkedése" miatt felkérték őrnagy rangjára, és rövid ideig a 89. New York-i gyalogos ezred parancsnoka volt.