Amikor a spanyol polgárháború 1936-ban kitört, Juan Guilloto részt vett a Cuartel de la Montaña támadásában, és a Guadarrama-i csata a Guadarrama-hegységben zajlott. Az ötödik ezred egyik vezetője volt, 1936 októberétől parancsnoka lett. Talavera de la Reina-ban harcolt.
, Santa Olalla és Illescas (1936 szeptemberében), Madrid védelme és a Corunna út második csata, valamint a Jarama csata (1937 februárjában).