A második világháború végén Chen Japánba menekült, és közvetlenül a japán kapitulációt követően
1945. szeptember 9-én, Kína képviselője, He Yingqin tábornok megkért Japán képviselőjét, Okamura Yasuji tábornokot, hogy adja ki Chen Gongbot Kínába, hogy hazaárulás vádjával tárgyalják. A kérést az amerikai megszálló erők teljesítették, és Chent október 3-án visszakísérték Kínába. A tárgyaláson erőteljesen védekezett, azt állítva, hogy elnökként elutasította a japánokkal való együttműködést számos fontos ügyben, és csak a barátjához, Wang Jingweihez való hűségéből cselekedett. Ennek ellenére hazaárulással vádolták, és halálra ítélték. Nyugodtan fogadta a sorsát, mondván, hogy "hamarosan újra találkozom Wang Jingwei-vel a következő világban". Chen-t 1946. június 3-án kivégezték Suzhou-ban, Jiangsu tartományban.