A második világháború kezdetén a Protée-t a 3. tengeralattjáró hadosztályba küldték Toulonban, a testvérei és a testvérei mellett. 1940 februárjának elején a 3. tengeralattjáró hadosztályt rövid időre Casablancába küldték, hogy megfigyelést végezzen a Kanári-szigeteken, ahol néhány német teherhajó volt jelen. A tengeralattjáró hadosztályt április 12-én a Földközi-tenger színpadára küldték, először Bizerte-ben, majd a "Fresnel" nélkül Bejrútban, az alexandriai brit főparancsnok felügyelete alatt. A "Protée" számos járőrözésen vett részt a Dodekanéz-szigeteken a Francia-Német fegyverszünet aláírásáig.
1940. június 22-én. Június 25-én, amikor a fegyverszünet hatályba lépett, a "Protée" kapitánya figyelmen kívül hagyta a Bejrútba való visszatérés parancsát, és ehelyett Alexandriába hajózott, és az X erő része lett. A kapitányt megbüntették ezért az incidensért.