Töltse ki a következő mondatot: Pablo Morillo
Végül elfoglalták Santafé-t 1816 május 6-án. A függetlenségi mozgalom többi vezetőjéhez hasonlóan Caldas is elmenekült a városból, eredetileg azzal a céllal, hogy Buenaventurába meneküljön külföldre. Útközben azonban Sámano, a leendő alkirály, győzedelmeskedik a köztársasági csapatok felett a La Cuchilla de El Tambo csatában, és visszaszerezi Popayán-t, és Caldas kénytelen elrejtőzni a Paisbamba Farmban Sotarában, ahol hamarosan letartóztatják a spanyol royalisták 1816-ban. Ezután visszaküldték Santaféba, és 1816 október 29-én, a San Francisco Plaza-ban, a Cartagena grófja, Morillo parancsára kivégezték. Amikor Caldast kivégzik, és az ott jelenlévő emberek a tudós életéért folyamodnak, Morillo így válaszol: "Spanyolországnak nincs szüksége a tudósokra" (spanyolul: "España no necesita sabios"). Halála előtt Caldas egy nagy θ görög betűt írt a falra, amit úgy értelmeztek, mint azt, hogy "Ó, hosszú és sötét távozás!" (Spanyolul: "¡Oh larga y negra partida!". A klasszikus Athénban Theta a görög θάνατος (thanatos, <unk> halál) rövidítéseként használták.