Írj folytatást erre a bekezdésre - Miután legyőzték a lázadást, Caldas, a megtorlástól félve, Popayánba menekült, de amikor azt találta, hogy a jövőbeli helyettes Juan Sámano vezetésével elfogták a királyi csapatok, Antioquia tartományba ment. Antioquia függetlenségét "Antioquia Államnak" vagy "Szabad és Szuverén Antioquia Államnak" nevezte ki. Az Antioquia állam diktatorként nevezte ki Juan del Corral-t, és del Corral üdvözölte Caldast, és kinevezte őt katonai iskola létrehozására, valamint a puskagyárak igazgatójává és főmérnökévé, valamint ezredes rangját is. Mérnökként Caldas volt a felelős az épületek felépítéséért, a lőporgyárakért és a fegyvergyárakért, valamint a pénzérmék készítéséért. 1814-ben tanított a Medellín-i Mérnöki Akadémián is. 1813 és 1814 között ő volt a felelős a Cauca folyó mentén lévő erődítményekért és egy puska és puskaporgyár létesítéséért. 1814 végére Nariño-t legyőzte és letartóztatta a spanyol korona, Bolívar és serege pedig Cundinamarcát az Egyesült Tartományok alá kényszerítette. A Santafé-ben létrehozott szövetségi kormány, a spanyol visszafoglalás lehetőségének növekvő aggodalmaival
Morillo hadjáratának kezdetét követően, Caldast kinevezték, hogy hozzon létre egy hasonló katonai iskolát, és építsen hidakat, lövészárkok és erődítmények a város körül. Az északi hadsereghez küldték, és Quindío útjait erősítették meg.