Írj folytatást erre a bekezdésre - A következő nyáron azonban Cristiano Doni kapitányt a gyanúsítottak közé sorolták, mert részt vett egy mérkőzésszervezési botrányban (más néven "Calcioscommesse"). Az Atalanta hatpontos büntetéssel szembesült a 2011/12 Serie A-ban.
Doni-t augusztus 19-én három és fél évre eltiltották minden labdarúgóval kapcsolatos tevékenység alól, ezzel gyakorlatilag véget vetve karrierjének 38 éves korában. Thomas Manfredini védőt is vádolták a botrányban való részvétellel, és kezdetben három évre tiltották, bár később felmentették. Ugyanezen a nyáron az Atalanta aláírta az argentin Germán Denis támadót, aki a klub egyik legtermékenyebb gólszerzőjévé vált 56 góllal négy és fél szezon alatt. A szezon elején az Atalanta 10 pontot szerzett az első négy mérkőzésén, miközben a vállalat dolgozott, hogy megvédje magát és a játékosokat ezektől a vádaktól. Az Atalanta 52 pontot szerzett a hatpontos büntetés előtt, és új klubrekordot állított fel a legtöbb pontért a Serie A-ban. Ez az egész szezonban (26 pont minden félidőben) és a negyedik legjobb védekezés a bajnokságban 43 góllal, Bolognával és Fiorentinával egyenrangú. A klub biztosította a Serie A biztonságát a negyedik utolsó mérkőzésen a Fiorentina elleni 2-0-os hazai győzelemmel, bár elvesztette az utolsó három mérkőzést a Milánóval, a Lazióval és a Juventusszal.