A következő szezonokban Muldoon továbbra is kulcsfontosságú tagja volt a Connacht csapatnak. 19 meccsen játszott a tartományért a 2005/06 Celtic League-ben, és mind a hét meccsen kezdte a csapatot a 2005/06 Challenge Cup-ban, míg a következő szezonban 19 meccsen kezdte a bajnokságot és négyet a hat meccsből a Challenge Cup-ban. A két szezonban Muldoon két bajnoki mérkőzésen kapott sárga lapot. A 2007/08-as szezonban Muldoon 17 mérkőzést játszott a Celtic Ligában.
, 15 közülük kezdett és négy meccset indított a Challenge Cupban.