A második világháborúban Peenemünde bombázása többször is elvégeződött, a német titkos fegyverfejlesztés megzavarására irányuló átfogó Operation Crossbow részeként. Az első rajtaütés Peenemünde-ben, Németország balti partján, a Hydra hadművelet volt.
1943 augusztus 17-e és 18-a közötti éjszakán, a Royal Air Force 596 nehéz bombázójával. A program létezéséről és elhelyezkedéséről szóló hírszerzést állítólag egy német tiszt, Wilhelm Ritter von Thoma titokban rögzített beszélgetéseiből szerezték be, aki a britek hadifoglya volt. A későbbi támadásokat nappal hajtotta végre az amerikai légierő nyolcadik légiereje.