1990 és 1992 között Berger csatlakozott Ayrton Sennához a McLarennél. Az érkezése nagy várakozással találkozott, mivel nagyszerű formát mutatott a Benetton és a Ferrari számára. A McLaren-Honda úgy tűnt, hogy Bergernek igazi esélyt kínál a világbajnokságra. Azonban, bár általában gyorsabb volt elődjénél, Alain Prostnál Sennahoz képest az időmérőn (gyakran második lett Senna mögött), ritkán volt képes megfelelni a brazil tempónak a versenyek során. Három győzelmet szerzett ebben a három szezonban,
1991-es Japán Nagydíj Senna által; valamint győzelmek Kanadában és Ausztráliában 1992-ben. A McLarennél töltött három év alatt Berger négy pole position-t is elért, és nyolcszor felülmúlta Senna kvalifikációját.