Közben a japán főparancsnokság aktiválta a tervét, hogy a Főhaditársasággal megvédje a Fülöp-szigeteket. A japán hadihajókat négy csoportra osztották. Az északi erő a Kombinált Flotta fennmaradó repülőgép-hordozói köré épült, amelyek most elvesztették a harci repülőgépeket, és Luzon északi részén várakozniuk kellett, mint csali. Japán azt remélte, hogy az amerikai gyorshordozó akciócsoportot a Leyte-öböltől elég messzire csalogatja, hogy nem tudjon fellépni, míg a császár másik három ereje, a felszíni hadihajókból állt, megsemmisítette az amerikai hajózást, amely támogatja Douglas MacArthur tábornok Leyte-i tengerpartját. Így remélték, hogy az amerikaiak
Leyte-i megszállókat, ahogy MacArthur katonáit is elkapták három évvel korábban Bataan-on. Ezek közül a felszíni erők közül a legerősebbeknek át kellett kelniük a Sibuyan-tengeren, átkelniük a San Bernardino-szoroson, és északról Leyte-öbölbe szállniuk. A másik kettő a Surigao-szorosból jött ki, és délről támadta meg a Leyte-öbölben lévő betolakodókat.