Írj folytatást erre a bekezdésre - A harmincéves háború elpusztította a várost, és azóta egy ideig lassan hanyatlik. A protestáns Heilbronn Liga katasztrofális veresége után a Habsburgok által Nörlingennél
1634-ben III. Eberhard herceg és udvarában Strasbourgba menekült, a Habsburg-párti erők elrabolták a hercegséget. A Habsburgok ismét teljes mértékben uralkodtak a városon további négy évig, és ebben az időben Stuttgartnak viselnie kellett a svábiában a Habsburg-barát hadseregek kikötésének terhét. 1634-ben III. Ferdinánd, a rómaiak királya belépett a városba, és két évvel később, 1636-ban ismét megpróbálta a Württemberg-i katolicizálást. A következő évben a bubonikus pestis elpusztította a lakosságot. A herceg 1638-ban tért vissza egy olyan birodalomba, amely kissé megosztott volt a katolikus frakciók között a régióban, és amelyet a háború teljesen megsemmisített. Maga a hercegségben a csata, az éhínség, a pestis és a háború csökkentette a hercegség lakosságát 350.000-ről 1618-ban 120.000-re 1648-ban - körülbelül 57% -a Württemberg lakosságának. A következő évtizedekben a helyreállítás lassú volt, de a város első könyvesboltjával 1650-ben és a középiskolával 1686-ban kezdődött. Ez az előrelépés majdnem teljesen megsemmisült, amikor a francia katonák Ezéchiel du Mas vezetésével megjelentek a város falain kívül 1688-ban a kilencéves háború alatt, de a várost megmentették egy másik zsáktól Magdalena Sibylla diplomáciai képességei miatt, aki Württembergben uralkodott fia, Eberhard Ludwig regenseként.