Ez vezetett Ferdinand karrierjének legveszélyesebb pillanatához, 1529-ben, amikor Suleiman kihasználta ezt a magyar támogatást egy hatalmas, de végül sikertelen támadáshoz Ferdinand fővárosára:
Bécs ostroma, ami miatt Ferdinánd menedéket keresett Bohemiában. A további oszmán inváziót 1532-ben visszaverték (lásd Güns ostroma). Ebben az évben Ferdinánd békét kötött az oszmánokkal, és Magyarországot a nyugati Habsburg szektorra és a keleti John Zápolya birodalmába osztotta, ez utóbbi gyakorlatilag az Oszmán Birodalom vazallusa volt.