Bár Portugália semleges volt a második világháború alatt, 1941 decemberében Portugáliai Timort egy kis brit, ausztrál és holland erő foglalta el, hogy megelőzze a japán inváziót. A japánok azonban megtámadták az országot a timori csata során 1942 februárjában. A japán megszállás alatt a holland és a portugál határokat figyelmen kívül hagyták, és Timort egyetlen Japán Birodalmi Hadsereg (IJA) adminisztrációs övezetévé tették. A japán invázió miatt a szigeten csapdába esett 400 ausztrál és holland kommandó gerilla hadjáratot indított, amely a japán csapatokat megkötötte és több mint 1000 áldozatot okozott. A timoriak és a portugálok segítettek a gerilláknak, de a szövetségesek evakuálását követően a japánok megtorlása a katonáik és a Nyugat-Timorban felállított timori milíciák részéről súlyos volt. A háború végére becslések szerint 40 <unk> 60 000 timori halt meg, a gazdaság romokban hevert, és az éhínség széles körben elterjedt.
)