A második világháború kitörése után a francia kormány 1940 januárjában Londonba küldte Rapkine-t hivatalos küldetésre, hogy biztosítsa a francia ipari és katonai célokra szénellátást. Angliában segítette James Crowther-t egy angol-francia Tudományos Társaság létrehozásában, hogy hivatalossá tegye a két ország közötti tudományos együttműködést. 1940 júniusában,
Franciaország Németországnak való megadásakor Rapkine azt javasolta, hogy a Társaság segítsen a francia tudósoknak menedéket találni az Egyesült Királyságban, de a Társaság feloszlott, amikor Franciaország és Anglia közötti ellenségeskedések kizárták a tudományos együttműködést. Rapkine és Henri Laugier elhagyták Londonot, hogy az Egyesült Államokban folytassák erőfeszítéseiket.