Írj folytatást erre a bekezdésre - A borzalmas földrengés, ami elpusztította Lisszabon
1755. november 1-jén örökre megváltoztatta Perez munkáját. Az Ópera do Tejo-t hat hónappal a megnyitása után elpusztították, és a bíróság visszavonult a színházakból. A következő hét évben nem készült opera, és ezután csak kevésbé látványos módon. Élete utolsó 23 évében Perez mindössze három új operát írt. Ehelyett hatalmas mennyiségű templomi zenét komponált, amely a lisszaboni két fő zenei kápolna, a Royal és a Seminário da Patriarcal szinte minden szertartását és gyakorlatát lefedi. Soha nem hagyta el Portugáliát, így nemzetközi elismerése lassan hanyatlott. Gerber azonban megjegyezte, hogy 1766 óta Perez kompozíciói ismertek és keresettek voltak Németországban, és hogy 1790-ben "az olasz mesterek egyik legünnepeltebb és legkedveltebb zeneszerzője volt... az egyik legújabb zeneszerző, aki megőrizte a kontrapont szigorát". J. C. Krause Hasse-t, Perez-t és Paisiellót nevezte kielégítő modellnek. 1774-ben Perez akklamációval lett a Londoni Régi Zene Akadémiájának tagja, és életében az egyetlen teljes méretű darabot nyomtatta, a "Mattutino de 'Morti"-t (a harmadik halottak irodájának készlete), amelyet Bremner adott ki. A zenéjét, különösen a vallási zenéjét, széles körben másolták Olaszországban. Élete utolsó négy évében Perez krónikus betegségben szenvedett, végül elvesztette a látását, de továbbra is komponált. 1778-ban a tanítványa, a mai portugál I. Mária királynő Krisztus rendjének lovagjává tette; amikor Lisszabonban halt meg, a királynő kidolgozott temetést rendelt a korona költségén.