Miután Gussie Busch 1989-ben meghalt, a sörfőzdék átvette az irányítást, és 1990-ben Joe Torre-t bérelte, hogy irányítsa, majd 1996-ban eladta a csapatot egy William DeWitt, Jr. vezette befektetési csoportnak. Tony La Russa 1996 tavaszán váltotta fel Torret. 1998-ban Mark McGwire a Cubs Sammy Sosa-jával versenyzett a homerunok áradatában, hogy elérjék az egyszeri home run rekordot. 2000 és 2013 között a Cardinals újra felépítette a csúcsra vezető útját, tíz play-off megjelenéssel, négy NL zászlóval, két World Series címmel és 1.274 rendszeres szezon győzelemmel 993 vereség ellen.560 győzelmi százalékkal, vezetve a Nemzeti Ligát és a második helyen az MLB-ben csak a New York Yankees után. Jim Edmonds, Albert Pujols és Scott Rolen hozzáadásával a Cardinals három kiemelkedő ütővel és védővel rendelkezett, akiket "MV3" néven emlegettek. Pujols három MVP-t nyert, és 445 hazai futással.328-at ütött a Cardinals karrierjében. 2004-ben, Chris Carpenter 3.09 ERA és 15 győzelem segített a csapatnak, hogy a főligában a legjobb 105 győzelmet érje el, és elvegye az NL zászlót.
- Igen. 2006-ban, sérülésekkel és következetlenséggel sújtva, megnyerték a World Series-t, öt játékban legyőzve Detroitot, hogy minden idők legkisebb rekordját állítsák fel, 83 győzelmet egy World Series győztes számára.