A második világháború kitörésekor az Athos II még mindig a Távol-Keleti útvonalon volt, de 1940. február 1-jén Colombo-ban a Celyon csatlakozott az ausztrál/új-zélandi konvojhoz, amelyet titoktartás miatt US1-nek neveztek, és mintegy 13 500 katonát szállított Észak-Afrikába, egy akkor a. A Szuezi-csatornán át a Franciaországba való visszatérés után az Athos II Marseille-ben, Egyiptomban és Szíriában kezdte meg szolgálatát 1940. június 22-ig.
Német-francia fegyverszünet, amikor a hajót Alexandriában, Egyiptomban helyezték el más francia hajókkal együtt, amelyeket a Szuezi-csatornában és az egyiptomi vizeken elfogtak. A kereskedőhajók mellett volt egy francia haditengerészeti erő, a Force X, Rene-Emile Godfroy admirális vezetésével, amely az angol flottával együtt működött Alexandriából. Franciaország bukása után, a németek által irányított Vichy Franciaország francia kikötőket irányított, a franciák a de Gaulle tábornok vezetésével folytatott szövetségesekkel való folytatás, demilitarizálás vagy az angolok által elsüllyesztés lehetőségeivel szembesültek. Az Oranban a francia flotta elleni brit fellépés megállította a demilitarizációt, de további tárgyalások után folytatódott, amelynek eredményeként a francia flotta létszámát, mintegy 4000 embert, egyharmadra csökkentették. Két ezer francia tengerész már elhagyta Alexandriát, amikor az Athos II-nek 1940 július 13-án megengedték, hogy a Force X 1000 megmaradt személyzetével és néhány kereskedelmi személyzetével Franciaországba hajózzon. 1940 szeptemberében hazaszállította a francia csapatokat Szíriából, majd őrséghajóvá vált Algériában, amíg a szövetségesek elfogták 1942 novemberében a Torch hadművelet során.