A polgárháború kezdetén Hays újra belépett a szolgálatba, mint a 63. Pennsylvaniai Önkéntes Gyalogista Ezred ezredese, szintén kapitány rangot visel a 16. amerikai Gyalogista Ezredben a rendszeres hadseregben, 1861. május 14-től. Az emberei úgy ismerték, hogy "olyan bátor, mint az oroszlán". A félszigeti hadjárat alatt ezredével a Kearny-divízió első zászlóaljához csatlakozott Heintzelman III. hadtestének. Harcolt a Yorktown, Williamsburg, Seven Pines, Savage's Station csatáiban.
, és Malvern Hill. A Hétnapi csaták végén a rendszeres hadseregben brevet-hadnagy-polgármesternek nevezték ki, mert Hays hadseregével bajonett támadást indított az ellenséges vonalakba, hogy fedezze brigádja visszavonulását. Hays egy hónappal később rövid időre betegszabadságra ment, részleges vakságban szenvedett és bal karja lebénult, a csatában szerzett sérülések miatt.