Írj folytatást erre a bekezdésre - Johnston lelkesen beszélt a mexikói-amerikai háború kitöréséről. Winfield Scott hadnagy személyzetében szolgált a Veracruz ostromában.
Scott választotta ki, hogy ő legyen az a tiszt, aki a kapituláció követelését viszi előre a tartományi kormányzóhoz. David E. Twiggs dandártábornok irányítása alatt a belföldi mozgalom élcsapatában volt, és a Cerro Gordo-i csata előtt felderítés közben súlyosan megsebesült. A Cerro Gordo-i fellépéseiért ezredes-hadnagyra nevezték ki. Egy táborkórházban felépült, majd Puebla-ban újra a sereghez csatlakozott. A Mexikóváros felé tartó előretörés során ő volt a második parancsnok a "U.S. Regiment of Voltigeurs" -ben, egy könnyű gyalogságból vagy csetepatéból álló egységben. A Contreras és a Churubusco csatában kitűnt, a Chapultepec-i csatában megint megsebesült, és az utóbbi két csatában két ranglétrát kapott, a háborút önkéntesek rangos ezredeseként fejezte be. (A harcok befejezése után a topográfiai mérnökök kapitányának békeidős rangjára tért vissza.) Winfield Scott viccesen megjegyezte, hogy "Johnston nagyszerű katona, de szerencsétlen volt, hogy szinte minden csatában lelőtték". Johnston legnagyobb fájdalma a háború alatt az unokaöccse, Preston Johnston halála volt. Amikor Robert E. Lee tájékoztatta Johnstont, hogy Prestont egy mexikói tüzérségi lövedék ölte meg Contreras-ban, mindkét tiszt sírt, és Johnston egész életében gyászolta.