Írj folytatást erre a bekezdésre - Maskhadov a fegyveres ellenállást támogatta a csecsen orosz megszállás ellen, de elítélte a civilek elleni támadásokat. Az oroszbarát csecsen elnök, Akhmad Kadyrov csecsenországi meggyilkolását támogatta, ugyanakkor elítélte a csecsen szeparatista volt elnök, Yandarbiyev oroszországi meggyilkolását Katarban 2004-ben. Maskhadov gyakran tagadta a felelősséget az orosz civilek elleni egyre brutálisabb terrortámadásokért, amelyeket Basayev követői követtek el, és folyamatosan kijelentette az ilyen incidenseket külföldi szóvivőin keresztül, mint például Akhmed Zakayev Londonban. 2002. október 24-én azonban lehallgatták Maszadov üzeneteit, amelyekben a terrorista tevékenységek és a szabotázs fokozására szólított fel Oroszország területén. A Moszkvai Színház 2002-es túszválságában Maszadov bűnrészességének bizonyítékát a két fő elkövető, Movsar Barayev és Abu Said szolgáltatta. Bár kezdetben tagadta a felelősséget a 2004-es Nazran razzia
2004 júliusában Maszadov nyilvánosan vállalta a felelősséget a támadásokért. Ugyanebben a hónapban Maskahdov megígérte, hogy hasonló támadások fognak történni, és megesküdött, hogy a csecsen elnökválasztás győztese illegitim lesz, és szükség esetén megtámadják. A besláni iskolai ostrom mögött álló lázadókat "őrülteknek" nevezte, akiket az orosz brutalitás őrült meg, és a terrortámadást kegyetlenségnek nevezte.