A hajó november közepén javítás céljából visszatért Japánba. Az üzemanyag és az anyagok hiánya azt jelentette, hogy nem lehetett újra szolgálatba állítani, és lebegő légvédelmi akkumulátorrá alakították át. A csatornáját és a főoszlopát eltávolították, hogy javítsák az AA ágyúinak tűzképeit, amelyeket két 89-es típusú és kilenc hármas 25 mm-es ágyúval növeltek. Kárpótlásként eltávolították az első másodlagos ágyúit. Egy szénüzemű szamár kazán került telepítésre a mólón fűtésre és főzésre, és egy átalakított tengeralattjáró vadászót rögzítettek mellé gőz és áram biztosítására; a légvédelmi ágyúinak nem volt teljes ereje, és csak részben működtek. Április 20-án a "Nagato" tartalékba került. 1945 júniusában az összes másodlagos ágyúját és a légvédelmi felszerelésének mintegy felét partra szállították, távolságmérőivel és fényszóróival együtt. Ezért legénysége kevesebb, mint 1000 tiszt és katona lett. 1945. július 18-án a súlyosan álcázott hajót a hordozókon alapuló vadászgombázók és torpedó bombázók támadták meg. A "Nagato"-t két bomba és egy rakéta csapta le, ami 35 embert ölt meg és négy 25 mm-es ágyút károsított. Augusztus 30-án, néhány nappal a
Az amerikai tengerészek átvették a hajó irányítását.