A megbízhatatlan és nem versenyképes autó ellenére, Alonso 2016-ban a McLarennél vezetett, miután elmondta Dennisnek, hogy nem megy szombati szabadságra. Azt mondta, motivált, hogy javítsa a formáját. A szezon első versenyén, a, Alonso elütötte Esteban Gutiérrez hátsó kerékét a Haasnál. Egy oldalsó lassulást tapasztalt, mielőtt a kocsija csője 540 fokot gurult és pihenett. Egy kis pneumothorax a tüdejében és kisebb bordatörések miatt nem jutott el a
Bahrein nagydíjat orvosi okokból, és helyettesítette a McLaren tartalék versenyzője, Stoffel Vandoorne, akit segített. Alonso tizenöt alkalommal felülmúlta Jenson Button csapattársát, és kilenc alkalommal szerzett pontokat. A legmagasabb eredmény egy pár ötödik hely volt a és a, és ő szerezte a leggyorsabb körét a. Alonso 54 ponttal 10. lett a versenyzők bajnokságában, ami jelentős javulás a 2016-oshoz képest.