1945 végére az amerikai tengeralattjárók ausztrál kommandókat küldtek a szigetre a Szövetséges Z Különleges Egységgel, akik hírszerzési műveleteket végeztek és több ezer őslakost képeztek ki a japánok elleni gerilla harcban a Borneói hadjáratban, a fő szövetséges felszabadító küldetések megérkezésének előkészítéseként. Észak-Borneóban és Labuanban történő kirakodás után
1945. június 10-én az ausztrál és az amerikai erők együttes erői Borneó szigetét felszabadították. A brit katonai igazgatás 1945. szeptember 12-én vette át hivatalosan a japánoktól.