Írj folytatást erre a bekezdésre - 2008. szeptember 16-án Puyol a 400. meccsét játszotta a Barcelona számára a Bajnokok Ligája csoportjátékában a Sporting CP ellen. A bajnoki szezonban sérüléses problémái ellenére 28 meccsen szerepelt, és segített nekik megnyerni egy újabb bajnoki címet. Az egyetlen gólja a Real Madrid ellen érkezett az El Clásico-ban a Santiago Bernabéu-n 2009. május 2-án, amely 6-2-es győzelemmel zárult, és célját azzal ünnepelte, hogy megcsókolta a katalán zászló karkötőjét a felháborodott madridi szurkolók előtt. Szüksége volt a csapatra, hogy megnyerje a 2009-es Copa del Rey-t, a 2009-es Bajnokok Ligáját, a 2009-es UEFA Szuperkupát.
és a 2009-es FIFA Klub Világbajnokságon, hogy teljesítsen egy példátlan hatos, majdnem 100 hivatalos mérkőzésen.