A történet Nagate Tanikaze pilóta kalandjait követi, aki születése óta Sidonia földalatti rétegében élt, és nagyapja nevelte fel. Soha senki mással nem találkozott, minden nap egy régi Guardian pilóta szimulátorban képzi magát, és végül elsajátítja azt. Nagyapja halála után felszínre kerül, és mint Guardian pilóta választják ki, ahogy Sidoniát ismét a Gauna fenyegeti. Kérdés: Mit választottak ki nagyapja halála után?
Őrző pilóta.