Bár San Francisco az 1960-as évek hátralévő részében továbbra is első osztályú csapat maradt, és gyakori versenyző volt, nem nyert újabb zászlót az évtizedben; valójában a csapat 1969-től 1986-ig egy osztálybajnokságot nyert (1971
), és csak 1989-ben jelent meg újra a World Series-ben. A Giants négy egymást követő szezonban (1965-68) a második helyen végzett. 1969-ben a csapat öregedés és hanyatlás jeleit mutatta. Ezzel egyidejűleg Feeney-t is fontolóra vették a Major League Baseball hierarchiájában. Miután a baseball-bizottság elnöki posztjára való jelölése nem sikerült, Feeney 1969. december 5-én váltotta fel Warren Giles-t a Nemzeti Liga elnöki posztjára.