1943-ban a japán megszállási kormány megalapította a Szülőföld Hadseregének Védelmezőit, egy indonéz segítő erőt, amelyet arra terveztek, hogy segítsen a japánoknak, ha a szövetségesek megtámadják Indonéziát. Mint sok más katonai kortársa, Panggabean is csatlakozott. Panggabean esetében azonban úgy tűnt, hogy csak katonai iskolába és alapképzésbe jutott, mielőtt a japánok megadták magukat.
Sukarno és Mohammad Hatta indonéz függetlenséget hirdettek.