Az EFS az EFS-szolgáltatással, a Microsoft CryptoAPI-jével és az EFS File System Run-Time Library (FSRTL) -vel együtt működik. Az EFS egy fájlt egy tömeges szimmetrikus kulcsgal (más néven a fájlok titkosítási kulcsa, vagy FEK) titkosít, amelyet azért használnak, mert viszonylag kevés időbe telik nagy mennyiségű adat titkosítása és dekódolása, mint ha egy aszimmetrikus kulcs titkosítását használnák. A szimmetrikus kulcsot, amely a fájl titkosítására szolgál, majd egy nyilvános kulcsmal titkosítják, amely a fájl titkosítója, és ez a titkosított adat a titkosított fájlok egy alternatív titkosításában található. Az EFS azért működik, mert a felhasználó számára egy harmadik fél által biztosított titkosítási és dekódolási eszköz szükséges az NTFS fájlok titkosításához és visszaszerzéséhez. Az EFS kulcsot azért is használták, hogy a fájl titkosításához és visszaszerzéséhez a fájlok titkosításához.
CryptoAPI