Írj folytatást erre a bekezdésre - Játékos pályafutását az osztrák Red Bull Salzburgban fejezte be, ahol a tartalékcsapat edzőjének nem játszó szerepét töltötte be, és végül Ricardo Moniz csapatvezető asszisztense lett. 2013 januárjában Kovač vette át a Horvátország 21 év alatti nemzeti csapatát, és 2013 októberében átvette a Horvátország idősebb csapatát Igor Štimac elbocsátását követően. Kovač a 2014-es FIFA Világbajnokságon vezette Horvátországot, majd 2016-ban az Eintracht Frankfurt főedzője lett, megnyerve a 2018-as DFB-Pokal döntőt.
a klubban. A Bayernnél Kovač 2019-ben megnyerte a hazai dupláját a szezon erős befejezése után, de később ugyanabban az ősszel elvesztette a munkáját. 2020 nyarán Kovač-t kinevezték a Monaco menedzserévé.