1815-ben az orosz-német légió beépült a porosz hadseregbe, és Clausewitz ismét ezredesként lépett be a porosz szolgálatba. Hamarosan Johann von Thielmann III. hadtestének vezérkari főnöke lett. Ebben a minőségben szolgált a Ligny-i és a Wavre-i csatában a Waterloo-i hadjárat során 1815-ben. A személyesen Napóleon által vezetett hadsereg 1815 június 16-án legyőzte a poroszokat Ligny-nál (a Mont-Saint-Jean és a Waterloo falu déli részén), de jó sorrendben vonultak vissza. Napóleon kudarca, hogy elpusztítsa a porosz erőket, néhány nappal később a Waterloo-i csatában (18 június 1815), vereséghez vezetett, amikor a porosz erők délután késő délután érkeztek a jobb szárnyára, hogy támogassák az angol-holland-belga erőket, amelyek a fronton nyomnak. Napóleon meggyőzte a katonáit, hogy a szürke egyenruhájuk Grouchy marsall gránátosaié. Clausewitz egysége erősen túlszárnyalt a
Wavre (1819 június 1815), megakadályozva, hogy a nagy erősítések elérjék Napóleont Waterloo-nál. A háború után Clausewitz a "Kriegsakademie" igazgatója volt, ahol 1830-ig szolgált. Abban az évben visszatért a katonai szolgálatba. Nem sokkal ezután több forradalom kitörése Európában és a lengyelországi válság úgy tűnt, hogy egy újabb nagy európai háború előjelét jelzi. Clausewitzt kinevezték a lengyel határhoz küldött egyetlen sereg vezérkarának, amelyet Poroszország képes volt mozgósítani ebben a vészhelyzetben. Parancsnoka, Gneisenau kolerában halt meg (1831. augusztus), és Clausewitz átvette a porosz hadsereg erőfeszítéseinek parancsnokságát, hogy építsen egy épületet a nagy kolera kitörés megakadályozására (ez volt az első alkalom, hogy a kolera megjelent a modern Európa szívében, és pánikot okozott az egész kontinensen). Clausewitz röviddel később, 1831. november 17-én ugyanarról a betegségről halt meg.