Emory brigádparancsnokként szolgált a Potomac Hadseregben 1862-ben, és a Nyugati Színházba került. 1862. március 17-én előléptették a önkéntesek tábornokává. Később egy hadosztályt irányított a Port Hudson kampányban. Később visszatért a keleti részre a 19. hadtest parancsnokaként, és szolgált a Shenandoah-völgyi hadjárat összes fő csatájában 1864-ben.
A Cedar Creek-i csata során Emory akciói megmentették az uniós hadsereget a pusztító vereségtől, amíg Philip Sheridan tábornok megérkezett.