1859 májusában Ausztria katonai vereséget szenvedett a Varese-i csatában és júniusban a Magenta-nál.
Franciaország és Szardínia egyesített erői ellen. A császár nem volt hajlandó elismerni a helyzet súlyosságát, ami nagy nehézségeket okozott otthon, és átvette a hadsereg közvetlen parancsnokságát, bár nem volt hivatásos katona. Ugyanebben a hónapban egy újabb vereség a Solférino-nál megpecsételte Ausztria sorsát, és a császárnak el kellett fogadnia Napóleon feltételeit Villafrancában. Ausztria beleegyezett, hogy lemond Lombardiáról, és a közép-olasz államok uralkodóit vissza kellett állítani. Az utóbbi azonban soha nem történt meg, és a következő évben népszavazáson mindegyik csatlakozott a Szardínia-Piemont Királysághoz. 1860 áprilisában Garibaldi megszállta és gyorsan meghódította Szicíliát, és 1861 februárjában a két Szicília királysága megszűnt létezni, Francis és Maria Ausztriába menekült.