Barry Zito még két szezont töltött az A's-szal, miután cserélték Hudson-t és Mulder-t. A 2006-os szezonban Zito 16-10-es rekordot, 3,83 ERA-t és 151 strikeoutot ért el, hogy segítsen az A's-nek az AL West cím megszerzésében. Zito erőteljesen játszott az A's számára az ALDS 1. meccsében, mivel csak egy futást adott fel nyolc inningben, hogy az A's 3-2 győzelmet érjen el a Minnesota Twins ellen az 1. meccsen. Az A's végül megnyerte a következő két meccset, hogy legyőzze az Ikreket, és a 2006-os ALCS-be lépjen először azóta,
1992-ben megnyerték az első posztsezon sorozatukat 1990 óta. Zito a Detroit Tigers ellen az ALCS 1. meccsén vette át a pályát, de 3,2 inningben 5 futást adott, mivel az A's 5-1-re esett a Tigersnek. Az A's végül elvesztette a következő három meccset, és a Tigers elpusztította őket az ALCS-ben.