A második világháborúba való belépést követően O'Neil részt vett az atoll védelmében a lehetséges japán támadás ellen, ami 1942. június 4-7. között történt. A szerepe a
A Midway-i csatában O'Neil-t bronz csillaghíjjal díszítették ki a "V" harci jelzéssel. 1942. augusztus 7-én ideiglenes ezredeshelyettes rangjára is előléptették.