1656-ban a protestánsok és a katolikusok közötti feszültségek újra felbukkantak, és Villmergen első háborújának kitöréséhez vezettek. A katolikusok győzedelmeskedtek, és képesek voltak fenntartani politikai uralmukat. A Toggenburgi háború
1712-ben konfliktus volt a katolikus és protestáns kantonok között. Az 1712. augusztus 11-i Aarau békéje és az 1718. június 16-i Baden békéje szerint a háború a katolikus hegemónia végével ért véget. Az 1847-es Sonderbund háború is a valláson alapult.