A második világháború kitörésekor McKinnon Angliában volt, egy tüzérségi képzésen. A második új-zélandi expedíciós erőhöz csatlakozott, és a 3. új-zélandi hadosztálynál szolgált a háború alatt.
kampányt a Salamon-szigeteken. Kezdetben a 28. nehéz légvédelmi ezred parancsnoka volt, de amikor egységét 1942 júliusában feloszlatták, átvette a 29. könnyű légvédelmi ezredet. Az ezredével a Kincstár- és Zöld-szigetekre szállt le. Amikor a hadosztályt 1944-ben demobilálták, visszatért Angliába, hogy részt vegyen a Camberley-i személyzeti főiskolán. A személyzeti kurzus befejezése után csatlakozott a 2. új-zélandi hadosztályhoz, amely akkoriban Olaszországban harcolt a nyolcadik hadsereggel, más tüzérségi tisztekkel együtt, akik a Csendes-óceánon szolgáltak. 1945 februárjában megérkezett Olaszországba, először a 4. mezői ezred, majd a 6. mezői ezred parancsnoka volt.