A Japánnal folytatott háború kitörését követően Allen 1942 márciusában visszatért Ausztráliába, és augusztusban a
A japánok a Kokoda Track mentén haladnak előre. Habár sikeres volt, Allen mindazonáltal méltánytalanul bírálta a Délnyugati Csendes-óceáni térség szövetséges parancsnokát, Douglas MacArthur amerikai tábornokot és a szövetséges szárazföldi erők parancsnokát, Sir Thomas Blamey ausztrál tábornokot, amiért túl lassan haladt a japánok üldözésében az Owen Stanley Ranges-en keresztül. 1942. október 29-én felmentették a parancsnokságától. Kisebb kinevezések következtek, de 1944 októberében Blamey azt javasolta, hogy Allen legyen a Brit Birodalom Rendjének parancsnoka, bár Allenet soha nem nevezték ki.