Amikor kitört a háború Mexikóval, Morgan-t kinevezték a 2. Ohio Önkéntes Infantry ezredesévé. Ezt követően 1847 márciusában az Egyesült Államok 15. gyalogsági ezredese lett, Winfield Scott tábornok parancsnoksága alatt. Annak érdekében, hogy véget vessen a gerillák háborúnak és az amerikai katonák meggyilkolásának, Morgan ezredes elrabolt egy sor prominens mexikói állampolgárt, és kihirdette azt a kiáltványt, hogy minden gerillák által megölött amerikai katona után egy állampolgárt kivégeznek. A gyilkosságok azonnal megszűntek. 1848-ban brigádvezér lett, a Contreras és
Churubusco-ban, ahol súlyosan megsebesült. Visszatért Ohio-ba, hogy felépüljön, és megkapta az Ohio törvényhozás hivatalos köszönetét.