Ezt követően Honner kiképző szerepet vállalt, egy ausztrál kiképző zászlóalj parancsnokaként szolgált a Közel-Keleten, ahová 1941 októberében került. Honner 1942 májusában tért vissza Ausztráliába. A feleségével való rövid újraegyesülés után ezredes-helyettes lett, és Pápuaba küldték, ahol a 39. zászlóalj parancsnoksága kapta, akik kétségbeesett hadjáratban vettek részt a japán erők ellen, akik a
Kokoda pálya. Honner 1942 augusztus 16-án megérkezett, utasítással, hogy megállítsa a japánok előretörését Isuravában. A zászlóalj pozíciójának elérése után Honner úgy találta, hogy új parancsnoksága már kimerült volt a trópusi betegségek és a korábbi harcok miatt, és súlyosan kevesebb volt.