Haller harcolt a floridai indiánokkal 1840-1841-ben, és később kiválóan szolgált Monterrey-ben,
Veracruzban és más csatákban a mexikói-amerikai háborúban, ugyanabban az ezredben, mint Ulysses S. Grant. Kiemelkedett a Churubusco-i csatában, ahol kulcsfontosságú szerepet játszott a Molino del Rey elleni támadásban. 1852-ben a hadsereg felkért Hallert őrnagyra, és 1853-ban Washington Területbe szállította, Fort Dalles-ben, Oregonban az Egyesült Államok 4. gyalogsági egységével. Részt vett az 1855-56-os északnyugati indián háborúban és a San Juan-szigetek sertésháború határválságában az Egyesült Államok és Nagy-Britannia között 1859-ben.