Írj folytatást erre a bekezdésre - Az 1654/1667-es oroszországi háború és a nagy északi háború (1700/1721) alatt a Merkinė nagyban szenvedett az orosz és svéd hadseregektől, és elvesztette stratégiai és gazdasági jelentőségét. Merkinė-t az orosz hadsereg újra felgyújtotta az 1794-es felkelés során
amely megpróbálta felszabadítani a Lengyel-Litván Köztársaságot az orosz befolyástól. 1794-ben a Nemunas-folyó mentén megemlíti a város leltárát, a Nemunas és a Merkys folyókat is hajózásra alkalmasnak értékelték. A 19. századi dokumentumokban Merkinė-t folyami kereskedelmi központként említik, ahol folyami kereskedelmi hajókat építettek.