1813 júliusában, a szövetségiek elleni győzelmével motiválva Nariño tábornok intenzív katonai kampányt indított a megmaradt spanyol és royalista erők ellen délen, azzal a szándékkal, hogy elérje Pasto-t és végül Quitót. Nariño erői, a Dél Hadserege néven ismertek, 1500-2000 főt számlálva, 1814 januárjában sikerült elfoglalniuk Popayán-t, de 1814 májusában Pasto-ban teljesen legyőzték őket, és Nariñót letartóztatták, majd Quitón keresztül a Cádiz-i királyi börtönbe küldték. A szövetségiek kihasználták ezt, hogy megtámadják Bogotát, ami lehetővé tette Simón Bolívar tábornoknak, hogy 1814 decemberében kikényszerítse a feltételeket. 1815 közepére azonban Pablo Morillo egy nagy spanyol hadsereggel érkezett, és visszaadta a régiót az uralkodóknak
azóta visszaállított Ferdinandnak. Morillo hadjárata 1816 május 6-án Santafé elfoglalásával ért csúcspontjához.