MacRae közlegényként vonult be a Monroe könnyű gyalogságba, és kapitánynak választották, amikor a B társaság lett, az Észak-Karolina 15. gyalogsági ezred. 1862. áprilisában ezredeshelyettes lett. A félszigeti hadjárat és a második Manassas-i hadjárat idején ezredje Howell Cobb brigádjának része volt. Az Antietam-i csata során MacRae parancsnoka volt a brigádnak, amely az előző néhány hétben folytatott harcok során 250 emberre csökkent. MacRae brigádja három uniós támadást visszaverte, de visszaesett, amikor csak 50 fő maradt, és a lőszerkészlete kimerült. Fredericksburgban a Marye's Heights-ban harcolt. A csata után azonnal a 15. Észak-Karolinai ezredet átadták John Rogers Cooke tábornok Észak-Karolinai brigádjának. Cooke súlyosan megsebesült Fredericksburgban, és csak 1863. áprilisában tért vissza a brigádhoz. 1863. februárjában MacRae ezredes lett. Ez a hadosztály Észak-Karolinában és Délkelet-Virginia-ban szolgált a Gettysburg-csata után. 1863. februárjában ezredes lett, és 1864-ben brigádnagy lett. Miután újra csatlakozott az Észak-Virginiai Hadsereghez, MacRae-t a Bristoe állomás csatájában megkülönböztették a bátorságáért. Miután William Whedbee Kirkland ezredes-vezérlő megsebesült a Cold Harbor-i csatában, MacRae ideiglenesen előléptették az ezredes-vezérlő rangjára, és Kirkland brigádjának parancsnokságát kapták (ez volt a korábbi brigád J. Johnston Pettigrew ezredes-vezérlő brigádjának is). A
Ream állomása MacRae, Lane és Cooke brigádjai elűzték John Gibbon 2. hadosztályát Winfield Scott Hancock II. hadtestéből az elülső barlangokból, és elfoglaltak egy tüzérségi akkumulátort. A Boydton Plank Road-i csata után MacRae az Appomattox hadjáraton is a hadseregben maradt.