Az 1672-ben elkezdte feljegyezni teológiai kutatásait jegyzetfüzetekben, amelyeket nem mutatott meg senkinek, és amelyeket csak nemrég vizsgáltak meg. Ezek a korai egyházi írások széles körű ismeretét mutatják be, és azt mutatják, hogy az Athanasius és Arius közötti konfliktusban, amely a hitvallást határozta meg, Arius, a vesztes oldalát vette, aki elutasította a Háromság hagyományos nézetét. Newton "ismerte el Krisztust isteni közvetítőként Isten és az ember között, aki alárendelt az Atyának, aki őt teremtette".
eretnek volt.