A második világháború kitörésével a német hadsereg főparancsnoksága (OKH) átvette a háborús szervezetét. Heusinger kísérte a terepi személyzetet, és segített a lengyelországi inváziós hadműveletek tervezésében.
Dánia, Norvégia, Franciaország és a Hollandia. 1940. augusztus 1-jén ezredes lett, és 1940 októberében az "Operationsabteilung" főnöke lett, így a hadsereg tervezési hierarchiájában a harmadik lett, a vezérkari főnök, Franz Halder tábornok és a vezérkari főnök / főfőhadnagy, Friedrich Paulus tábornok után.