Miután visszatért Ausztráliába, Wiltont brigádnagynak nevezték ki a keleti parancsnokság főhadiszállásánál, ez volt az első igazgatási posztja. 1955 novemberében kinevezték az AHQ főhadiszállására, ahol a hírszerzésért, a műveletekért és a tervekért volt felelős, és részt vett az ausztrál SEATO-gyakorlatok előkészítésében. 1957. március 24-én tábornoknaggyá lépett, és a Duntroon-i Királyi Katonai Főiskola parancsnoka lett. Bár nem volt erősen vallásos, Wilton felelősnek tartotta magát a fiatalabb kadétok szellemi és erkölcsi fejlődéséért; rendszeresen részt vett a templomi felvonulásokon, és 1959-ben személyesen kezdeményezte a közpénzeket az egyetem Anzac Emlékkápolnájának építéséhez, amely 1966-ban nyílik meg. Fő célja azonban akadémiai volt: attól tartva, hogy a diplomások veszélyben vannak, hogy lemaradjanak a növekvő felsőfokú képzettséggel rendelkező társaik mögött az iparban és a közszolgálatban, szorgalmasan dolgozott, hogy a főiskola diplomát adó intézménygé váljon; ez 1967-ben valósult meg. 1960 júniusa és 1962 között Wilton volt a katonai tervezési iroda vezetője a SEATO főhadiszállásán Bangkokban. Úgy hitte, hogy Thaiföld stratégiai szempontból létfontosságú, és kijelentette, hogy "ha meg akarja tartani Délkelet-Ázsiát, meg kell tartani Thaiföldet". A pozíciója lehetővé tette számára, hogy közelről figyelje a Laoszban romló helyzetet.
, ami Thaiföldre való átterjedéssel fenyegetett, és a nyugati hatalmak növekvő fókuszálása Dél-Vietnamra. 1962-ben a királynő születésnapi kitüntetésekor a Bath-rend társának (CB) nevezték ki, különösen a Duntroon parancsnokaként tanúsított "felismerhető elkötelezettségéért és céltudatosságáért". 1963. január 21-én Wiltont tábornokhadnagyra emelték, és a vezérkar főnöke lett, Sir Reginald Pollard tábornok helyett. 1964-ben a Brit Birodalom Rendjének parancsnoki lovagává nevezték ki.