1616-ban titokban feleségül vette Camilla Faà di Bruno-t, akit ugyanabban az évben elvált. Fiuk, Francesco Giacinto Teodoro Giovanni Gonzaga, bár az udvarban elfogadott, nem lett Ferdinando örököse. A pestisben halt meg 1630-ban, Mantua ostroma alatt.
- Igen. 1617. február 16-án feleségül vette Catherine de' Medici-t (1593-1629), I. Ferdinánd toszkáni nagyherceg lányát.