A második világháború vége felé a várost erődnek nyilvánították, és a polgári lakosság nagy része elmenekült, vagy evakuálták
, mintegy 4000 ember választotta a maradást. 1945 elején a Marienburg a nácik és a Vörös Hadsereg heves csatáinak helyszíne volt, és szinte teljesen elpusztult. A csata 1945. március 9-ig tartott. A városnak a Vörös Hadsereg által történő katonai elfoglalását követően a fennmaradó civil lakosság eltűnt; 1840 ember továbbra is eltűnt. 1945 júniusában a várost átadták a lengyel hatóságoknak, akik áprilisban érkeztek a városba, és átnevezték a várost a jelenlegi lengyel névvel, Malbork-kal. A marienburgi német lakosságot, akik nem menekültek el, kiűzték. A német nyelvű lakosság történelmi emlékét elpusztították.