Verstappen a 2016-os szezont a Toro Rosso-nál kezdte, ismét Sainz mellett. Verstappen ötödik lett az ausztráliai szezon nyitóversenyéhez, de a verseny során több rádiós hívást tett a csapatához, mivel frusztrált volt, hogy Sainz mögött van a pályán, mielőtt a csapattársát lecsapta, miközben megpróbálta megelőzni őt, és végül tizedik lett. Verstappen sikeresebb hétvégét élvezte a következő versenyen Bahreinben.
A hatodik helyezett a Toro Rosso első pontját szerezte a Szahir pályán.