1945 júniusában Jones-t előléptették az RNR-ben, és a délkelet-ázsiai parancsnokságba küldték Mountbatten admirális parancsnoksága alatt. Őt a Holland Kelet-Indiák tengeri szállítási tisztjének nevezték ki, Java-ban, Bataviában. Az ázsiai háború 1945 augusztusában véget ért a japán kapitulációval.
de még mindig a csapatok és a felszerelések visszaszállítása, valamint a polgári és katonai hadifoglyok szállítása a japán táborokból.