A második világháborúban, mint a Földközi-tenger Flotta főparancsnoka, Cunningham vezette a brit haditengerészeti erőket a győzelemhez számos kritikus mediterrán haditengerészeti csatában. Ezek közé tartozott a Taranto elleni támadás is.
1940-ben, a történelem első teljesen légi haditengerészeti támadása, és a Matapan-fok csatája 1941-ben. Cunningham irányította a mediterrán ellátási vonalak védelmét Alexandrián, Gibraltáron és Máltán keresztül. Ő irányította a tengerészeti támogatást a szövetségeseknek a Földközi-tenger nyugati partvidékén. 1943 őszén, amikor Sir Dudley Pound meghalt, Cunninghamet előléptették a First Sea Lord-ra, a Királyi Haditengerészet professzionális vezetőjévé, ezt a pozíciót 1946 nyugdíjba vonulásáig töltötte be. 1945-ben Hyndhope-i Cunningham bárónak nevezték be, és a következő évben Cunningham Hyndhope-i viscount-évé tették. Visszavonulása után Cunningham számos szertartási pozíciót töltött be, beleértve a Lord High Steward-ot II. Erzsébet királynő koronázásánál 1953-ban. 1963. június 12-én halt meg 80 éves korában.