A polgárháború kitörésekor 1861 áprilisában zászlós tisztje lett az atlanti blokádos osztagnak. Augusztusban Benjamin F. Butler tábornok parancsnoksága alatt küldték a csapatokat, hogy elfoglaljanak két part menti erődöt Cape Hatteras közelében. A következő csatában
, az erődítményeket veszteségek nélkül elfoglalták, bár nem nehézségek nélkül az időjárás miatt, és a flotta általános elismeréssel tért vissza Fort Monroe-ba. Azonban ez hamarosan utat engedett a Stringham kritikájának, amiért nem vette közelebb hajóit, és továbbra is a part mentén támadott. A tény, hogy hajói túl sok vizet húztak, hogy belépjenek a sekély tengerparti vizekbe, és hogy közvetlenül megparancsolták neki, hogy azonnal térjen vissza, végül felbukkant, de nyilvánvalóan túl későn, hogy megnyugtassa az irritációját, mivel a következő hónapban, saját kérésére, felmentették a parancsnokságától. Kis kompenzációként 1862. augusztus 1-jén a nyugdíjas listán előléptették a kontőr admirális rangjára.