Írj folytatást erre a bekezdésre - Anyja apácája, Eleonora császárnő után nevezték el, aki szintén a keresztanyja volt. Eleonora szülei házassága azzal a céllal történt, hogy megerősítse a Gonzaga-ház Nevers-i ága igényeit Mantua és Montferrat hercegségére, amikor a fő vonal kihal. Nevers hercegének, a Francia Királyság vazallusának szembe kellett néznie Ferrante II. Gonzaga, Guastalla herceg ellenállásával, aki a Szent Római Birodalom, a Spanyol Királyság és a Szavaj hercegség támogatásával számolt, és így kezdte a Mantván örökösödési háborút.
, amelynek során a csecsemő Eleonora a szüleivel és a bátyja, Károly, elhagyja Mantuát, de egy évvel később visszatért a Cherasco-i Szerződés aláírása után (1631 június 19-e), amely alapján elismerte Nevers hercegének, Károly hercegének a mantovai hercegségek (mint a Gonzaga-ház kihalt fővonalának legközelebbi férfi rokona) és Montferrat jogait (örököse házassága miatt Maria Gonzaga-val, a Gonzaga fővonal utolsó túlélő utódjával és a hercegség örökösével, amely bizonyíthatóan örökölhető volt a nők számára, mivel a Gonzagák 1540-ben Margherita Paleologa házassága révén szerezték meg); azonban egy hónappal később (1631 augusztus 30), Eleonora apja tuberkulózisban halt meg, és egy sor politikai konfliktus kezdődött Károly herceg és menyéje között, amely Margaret (Maria) Savoy anyjának Mantuából való száműzésével ért véget.