A XVI. század közepétől kezdve a birmai Taungoo-dinasztia többször is megtámadta a királyságot. A burmai-száj háború (1547-49) egy sikertelen burmai ostromot eredményezett Ayutthaya-ban. A második ostrom (1563-64) Bayinnaung király vezetésével arra kényszerítette Maha Chakkraphat királyt, hogy 1564-ben megadja magát. A királyi családot Peguba (Bagoba) vitték, és a király második fiát, Mahinthrathirat-ot vassal királlyá tették. 1568-ban Mahinthrathirat fellázadt, amikor apja buddhista szerzetesként visszatért Pegu-ból.
Az ezt követő harmadik ostrom során 1569-ben elfoglalta Ayutthayát, és Bayinnaung Mahathammarachathiratot (más néven Sanphet I.) vászál királlyá tette, és megalapította a Sukhothai dinasztiát.