A 2010-es francia bajnokságon, Saint-Raphäelben megnyerte mind a 200 méteres egyéni medley versenyt, mind a 400 méteres egyéni medley versenyt, a 200 méteres szabad stílusban második lett Coralie Balmy után. Az európai bajnokságon
Budapesten Muffat érkezett a 200 méter egyéni medley aranyérmes kedvencként, és a sajtónak nyilatkozta, hogy az aranyérmet a célját ebben a versenyen. Azonban, miután a mezőny vezetője lett a harmadik fegyelemben, a mellvágáson, megelőzte a magyar Katinka Hosszú, ami miatt Muffat elvesztette a lendületet és negyedik lett az eseményen. Ugyanezen a napon a francia 4 × 200 m szabadstílusú váltócsapat is második lett a döntőben, amikor Muffat, aki a francia váltót vezette, egy másik magyar úszó, Evelyn Verrasztó megelőzte. Két nappal később negyedik lett a 200 méter szabad stílusú versenyen, amelyet az olasz Federica Pellegrini nyert.