1860-ban Young jelentést tett az oldalkerékű gőzfregátán, amely a Mexikói-öbölben, a Földközi-tengernél és az Egyesült Államok keleti partvidékén működött. A "Susqehanna" fedélzetén volt, amikor az amerikai polgárháború kitört 1861 áprilisában, és részt vett az Amerikai Konföderációs Államok uniós blokádjában. Ő is részt vett a "Susquehanna" fedélzetén a lefoglalásban.
Hatteras Inlet, Észak-Karolina, 1861. augusztus 28-án és a Port Royal csatája Port Royalban, Dél-Karolinában, 1861. november 7-én. 1861 novemberétől 1862 júniusáig a Wilmington, Észak-Karolina blokádjában részt vevő sloop-of-war ügyvezető tisztje volt, és 1862 júniusától 1862 novemberéig a Charleston, Dél-Karolina partjainál blokádkötelezett oldalkerékű gőzfregátának ügyvezető tisztje volt, 1862. július 16-án parancsnokhelyettes lett.