A polgárháború kezdetén kapitánynak nevezték ki a 10. indianai gyalogságban, és kevesebb, mint egy hónap alatt ezredes lett. 1862-ben egy brigádot irányított az Ohio-i Hadseregben a Mill Springs-i csatában, és 1862. március 24-én brigádnagy lett, az ottani tettei alapján. Manson tábornokot a combjában megsebesítették, és a konföderációs erők foglyul ejtették a kentucky-i Richmond csatában. Két hónappal később cserélték ki, és harcolt Morgan ellen az Ohio-i rajtaütésén. Két hónap alatt Manson előléptetett a brigádról a divízióra, majd a XXIII. hadtest parancsnokságára. A Knoxville-i hadjárat során ő vezette a testületet, Campbell állomásán és Knoxville-ben látta a műveleteket. Manson tábornok visszatért a brigádparancsnoksághoz az Ohio Hadseregben, az Atlanta-i hadjárat alatt, és súlyosan megsebesült a Resaca-i csatában.
Georgia.