A II. világháború alatt Marokkóban rezidens tábornokként szolgált, és Francia Észak-Afrikában főparancsnok volt. Noguès megdöbbent, amikor megtudta, hogy a francia kormány
fegyverszünetet Németországgal. 1940. június 17-én táviratot küldött Bordeaux-ba, ahol a kormány akkoriban volt: "Az egész Észak-Afrika megdöbbent. A csapatok könyörögnek, hogy folytassák a harcot, ha a kormány nem tiltakozik. Készen állok felelősséget vállalni ezért a hozzáállásért, minden kockázattal, amit magában foglal, azaz arra kérni, hogy adjon egy jelet, hogy folytassuk a harcot. Ugyanakkor nem helyeselte Charles de Gaulle tábornok június 18-i londoni felhívását a harcok folytatására, és elmondta a brit összekötő tisztnek, hogy de Gaulle hozzáállását "nem megfelelőnek" tartja, és megtiltotta az észak-afrikai sajtónak, hogy közzétegye de Gaulle felhívását.