A polgárháború kitörésekor 1861 áprilisában zászlós tisztnek nevezték ki az Atlanti-óceán blokádos csapata részére. Augusztusban Benjamin F. Butler tábornok parancsnoksága alatt küldték a csapatokat, hogy elfoglaljanak két part menti erődöt Cape Hatteras közelében. A
A következő csatában veszteségek nélkül elfoglalták az erődítményeket, bár az időjárás miatt némi nehézséggel, és a flotta visszakerült Fort Monroe-ba. Azonban ez hamarosan utat engedett a Stringham kritikájának, amiért nem vette közelebb hajóit, és továbbra is a part mentén támadott. A tény, hogy hajói túl sok vizet húztak, hogy belépjenek a sekély tengerparti vizekbe, és hogy közvetlenül megparancsolták neki, hogy azonnal térjen vissza, végül felbukkant, de nyilvánvalóan túl későn, hogy megnyugtassa az irritációját, mivel a következő hónapban, saját kérésére, felmentették a parancsnokságától. Kis kompenzációként 1862. augusztus 1-jén a nyugdíjas listán előléptették a kontőr admirális rangjára.