A Fort Donelson után a 41. Illinois-t az 1. zászlóaljba rendelték Stephen A. Hurlbut 4. hadosztályába a Tennessee-i Hadseregben. Röviddel a Shiloh-i csata kezdete után
Nelson G. Williams ezredes súlyosan megsebesült, és a brigád parancsnoksága Pugh kezébe került. Pugh ezredes ügyesen vezette a sereget a kétnapos csatában Shiloh közelében, a "Véres tó" közelében.