A II. világháború alatt Ford a Stratégiai Szolgálatok Hivatalának fényképező egységének vezetője volt, és dokumentumfilmeket készített a Haditengerészeti Minisztérium számára. Az Egyesült Államok Haditengerészeti Tartalékának parancsnoka lett. Ebben az időszakban még két Oscar-díjat nyert, az egyiket a fél-dokumentumfilm "The Battle of Midway" (1942) és az egyiket a "Propaganda" (1943) című propagandafilmért. Ford filmezett
a japánok Midway elleni támadása során a Sand Island-i erőműből, és megsebesült a karjában.