A második világháború kitörésével Európában az SSRNVR fokozta a főleg őslakos személyzet toborzását az erőkbe, hogy erősítsék a helyi védelmet, mivel a Királyi Haditengerészet erőforrásaira volt szükség Európában. Az SSRNVR tagjait aktív szolgálatra hívták, és az erőt a Királyi Haditengerészet malajziai szakaszának tagjai bővítették. Ez képezte a haditengerészet alapját Malajziában, a Malajzi Haditengerészetnek nevezve, amelyet őshonos malajzi személyzet állított fel. (Hasonlóképpen, a malajzok a 1936-ban létrehozott újonnan megalakult malajz ezredbe lettek beépítve). A malajziai haditengerészet 400 fős létszámú volt, akik a HMS Pelandok-on, a királyi haditengerészet malajziai kiképző létesítményén kapták képzésüket. A toborzás megnövekedett, és 1941-ben, amikor kitört a háború Ázsiában, a malajziai haditengerészet 1450 fős létszámmal rendelkezett. A második világháború alatt a malajziai haditengerészet az Indiában és a Csendes-óceánon szolgált a szövetséges erőknél. Amikor a háború véget ért, a japánok megadták magukat.
1945-ben a malajziai haditengerészet csak 600 személyzetét jelentették be. A háború utáni gazdasági korlátok miatt 1947-ben feloszlott a malajziai haditengerészet.