A japán erők (a "Kombinált Flotta") valójában két különböző flottából álltak, két külön művelet részleteiben, nevezetesen az AL művelet
(az Aleut-szigetek számára) és az MI-művelet (a Midway számára). Az alábbi lista tartalmazza az MI hadművelethez kijelölt összes hajót, azonban csak Nagumo első hordozó csapóereje és Kurita középúti támogató ereje vett részt a középúti csata során.