Írj folytatást erre a bekezdésre - Hamšík a 2012-es olasz szuperkupában kezdte
, augusztus 11-én Pekingben; a Napoli azonban a Juventus 4-2-re legyőzte a többletidőben. Később abban a hónapban, a Napoli első bajnoki mérkőzésében a 2012/13-es Serie A szezonban, Hamšík szerezte a klub első gólját és segített Christian Maggio sztrájkjában a Palermo 3-0-os vereségében. 2012. október 28-án a Chievo elleni meccsen Edinson Cavani hiányzott, Hamšík egy Juan Camilo Zúñiga keresztre kapcsolódott, hogy a Napoli 1-0-os győzelmet nyerjen. 2013. január 6-án a Roma elleni 4-1-es hazai győzelemben játszott a 200. Serie A-ban. A Serie A szezon utolsó előtti meccsnapján Hamšík Goran Pandev passzát kapta, és a 93. percben haza tolta a labdát, megmentve a 2-1 győzelmet Siena ellen, megerősítve a klub helyét a Bajnokok Ligájának csoportos szakaszában, miközben a Sienát leereszkedésre ítélte. A szlovák a 2012/13-as szezonban minden Serie A meccsen szerepelt a Napoliban, 11 gólt és 14 asszisztust nyújtott, mivel a "Partenopei" a második helyen végzett a Juventus mögött, egy olyan szezonban, amely Walter Mazzarri edzőjének utolsó volt a klubban, mivel az ő lett az Internazionale edzője későbbi nyáron.