A nagy gazdasági válság az 1930-as években súlyosan sújtotta a San Francisco-öböl területét, ami magas munkanélküliséghez és a politikai rend destabilizálódásához vezetett. Warren kemény álláspontot képviselt a munkások ellen a felépítésben a
San Francisco általános sztrájkja. A "Whitney kontra Kalifornia" ügyben (1927) Warren a kaliforniai bűnügyi szindikatizmus törvénye alapján vádat emelt egy nő ellen, amiért részt vett egy kommunista találkozón Oaklandben. 1936-ban Warren karrierje egyik legvitatottabb ügyével nézett szembe, miután George W. Alberts, egy teherhajó főmérnöke holtan találták. Warren úgy hitte, hogy Albertsot egy radikális baloldali szakszervezeti tagok által szervezett összeesküvésben ölték meg, és elítélte a szakszervezeti tisztviselők George Wallace-t, Earl King-t, Ernest Ramsay-t és Frank Connert. Sok szakszervezeti tag azzal érvelt, hogy a vádlottakat Warren irodája csapdába csalta, és tiltakozást szervezett a tárgyalás ellen.