Maldonado visszavonult az első versenyből, a, transzmissziós problémák miatt. 2004-ben nem jutott el a Q2-be a kvalifikációban, és ismét kiesett a versenyből. Először Kínában végzett, tizennyolcadik helyen. A Q3-ban először jutott el a Q3-ba, végül kilencedik pozícióban kvalifikálódott a versenyre. Újra bekerült a Q3-ba Monacóban, nyolcadik helyen, és a versenyen hatodik volt, öt kört hátra, amikor összeütközött Lewis Hamiltonnal, és kivette a versenyből. Aztán egy nagyon nedves kanadai versenyt dobott ki. Ezután Nagy-Britanniában, Németországban és Magyarországon továbbra is lenyűgöző időmérő ütemben volt, rossz verseny ütemben, beleértve a drive-through büntetést az utóbbiban a bokszban való gyorsaság miatt. A Spa-i időmérőn Maldonado egy incidensbe keveredett Lewis Hamiltonnal egy körön belül, miután Hamilton szorította őt, amikor mindketten forró körben voltak. Maldonado úgy tűnt, hogy Hamiltonon át futott, miközben Eau Rouge felé tartottak. Maldonado öt helyű büntetést kapott a tetteiért, és Hamiltonot pedig megfeddte. De a versenyen megszerezte az első pontját a Forma-1-ben egy tizedik helyen végzett. Maldonado nem szerzett több pontot a szezon hátralévő részében, és nem jutott el a Q3-ba a szezon hátralévő részében. A szezon szegényes végét a
Abu Dhabi; ahol a 17. helyen végzett és a 23. helyen indult (a 9. motor használatáért járó 10 helyű büntetés után), és egy drive-through-t, majd később egy 30 másodperces időbüntetést kapott a verseny után, mindkettő a kék zászlók figyelmen kívül hagyásáért.