Amikor a polgárháború híre eljutott Minnesotába, Bloomer és az unokatestvérei csatlakoztak a Stillwater Gárdához, egy helyi milícia csoporthoz. Az őröket a First Minnesota Volunteer Infantry Regiment-be vonták Fort Snelling-ben 1861. április 29-én, amely a B. Társaság magját képezte. Bloomer eredetileg tizedes rangot kapott, és részt vett a ezred minden nagyobb elkötelezettségében az Antietam-i csataig. Enyhén megsebesült a fejében a Bull Run-i csatában. A Savage állomása elleni csata alatt
1862. június 29-én, a félszigeti hadjárat részeként, Bloomert rangidős őrmesternek előléptették. A harc közepén a zászlóhordozót megölték. Bloomer felvette a zászlót, és öt órára elkülönült az ezredtől. Visszaadta a zászlót az ezrednek, és bátorságáért előléptették.