Írj folytatást erre a bekezdésre - A Japán Birodalom 1942 elején megszállta Malukát a második világháború holland kelet-indiai hadjárata részeként, és kiűzte a hollandokat a régióból. Halmahera egy japán haditengerészeti bázis helyévé vált a Kao-öbölben. Két évvel később az amerikai erők és szövetségeseik elindították a Morotai csatát.
1944-ben bombázták a szigetet augusztusban és megszállták szeptemberben. A japán császári erők 1945-ig kitartottak Morotai-on, de nem tudták elűzni a szövetséges megszállókat. 1944 végére 61 000 ember szállt le Morotai-ra. A munkavállalók kétharmada mérnök volt, akik gyorsan létesítettek olyan létesítményeket, mint a kikötők, két leszállópálya, valamint kiterjedt üzemanyag-raktárak. A második japán hadsereg hivatalos megadását 1945. szeptember 9-én tartották Morotai-nál. Az utolsó japán kitartó a háborúban, Teruo Nakamura közlegény (Amis: Attun Palalin), az indonéz légierő fedezte fel Morotai-n, és 1974. december 18-án megadta magát egy keresőjárőrnek.