Malagrida befolyása a lisszaboni udvarban mély ellenségeskedéssel találkozott a miniszterelnök, Carvalho, a jövőbeli Pombal márkival. Carvalho megpróbálta újjáépíteni Lisszabonot a
1755-es földrengés, amit Malagrida prédikált, egy igazságos Isten büntetése volt egy bűnös népre. Carvalhót bosszantotta a kormány implicit kritikája, és meggyőzte José királyt, hogy 1756. novemberében száműzze Malagridát Setúbalba, és az összes jezsuitát eltávolítsa az udvarból.