Watson színpadon kezdte pályafutását, 1992-ben csatlakozott a Royal Shakespeare Company-hez. 2002-ben a Tizenkettedik éjszaka és Vanya bácsi produkcióiban szerepelt a Donmar Warehouse-ban, és 2003-ban a legjobb színésznő díjára jelölték. Egyéb filmjei közé tartozik a Boxer (1997), Angela's Ashes (1999), Gosford Park (2001), Punch-Drunk Love (2002), Red Dragon (2002), The Life and Death of Peter Sellers (2004), Corpse Bride (2005), Miss Potter (2006), Synecdoche, New York (2008), Oranges and Sunshine (2010), War Horse (2011), The Theory of Everything (2014) és Kingsman: The Golden Circle (2017).
A színpadon