A következő mondatot fejezd be: Nagatomo a második Inter Milan szezonját azzal kezdte, hogy 62 percet játszott a nyitón
A Serie A mérkőzés a Palermo ellen 4-3-os idegenversenyben végződött. 2011. szeptember 27-én Nagatomo segített Giampaolo Pazzini-nek, amikor Aleksei Berezutski-t megdöntötte, mielőtt a labdát áthajtotta a gólon a CSKA Moszkva elleni 3 × 2 győzelem során a Bajnokok Ligájának második csoportjátékában. A szezon első gólját 2011. december 10-én, a Fiorentina ellen 2-0-os hazai győzelem során szerzett. Három nappal később ismét szerepel a jegyzőkönyvben, amikor egy Ricky Álvarez keresztet vezetett haza a Genova elleni 1-0-os győzelemben. A 2011-es év utolsó meccsében a Lecce ellen otthon, Nagatomo "a meccs legjobbja" szerepét játszotta, két asszisztálással a 4-1 győzelemben.