A következő másfél évben Carlin parancsnoka volt a XX. hadtest 2. brigádjának, 1. hadosztályának. Részt vett a Tullahoma hadjáratban és a későbbi Chickamauga-i csatában. 1863-ban ősszel harcolt a Lookout-hegyen.
és Missionary Ridge-ben a Chattanooga-i csaták alatt. 1864 nyarán vezeti brigádját az atlantai hadjáratban, a hadjárat alatt rövid szabadságot vesz, hogy visszatérhessen Illinoisba, hogy megházasodjon. Szeptemberben előléptették a hadosztály parancsnokságára a Jonesboro-i csata előtt. Ezután részt vett Sherman tengeri felvonulásában és a Savannah, Georgia elfoglalásában.