- Amikor az amerikai polgárháború elkezdődött 1861-ben, Jones önkéntesként jelentkezett a szövetségi hadseregbe. Október 3-án megválasztották az 53. Ohio gyalogos ezred kapitányává, és ilyenként vett részt a Shiloh-i csata és a Korinthosz ostroma során. 1862. május 2-án Jones lett az 53. Ohio ezredesének és parancsnoka. Ő vezette ezredét a Vicksburg ostromában és a Missionary Ridge-i csatában, mindkettő 1863-ban. Jones további akciókat látott az 1864-es atlantai hadjárat során, harcolva Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain és Atlanta
- Igen. Augusztusban Jones-t brigádparancsnokságra nevezték ki, amikor felettese, Joseph A. J. Lightburn tábornok megsebesült, és lemondott a parancsnokságról a háború hátralévő részében. Jones ezredes most a 2. hadosztályt vezette William B. Hazen 2. hadosztályában a XV. hadtestnél Jonesboro-ban. Véletlenül a hadosztály 1. brigádját egy másik Jones ezredes vezette, Theodore Jones a 30. Ohio-ból. Wells Jones részt vett az 1864-es tengeri felvonulásban, és december 13-án megsebesült a Fort McAllister, Georgia körüli műveletek során.