A görög polgárháborúba keveredve a szultán segítséget kért a legerősebb alattvalójától, Muhammad Ali-tól. A belső viszályok és a pénzügyi nehézségek miatt a flottát állandó készenlétben tartották, a görögök nem akadályozták meg Kasos és Psara elfoglalását és megsemmisítését 1824-ben, vagy az egyiptomi hadsereg Modonhoz való leszállását. A szamoszi és gerontai győzelmek ellenére a forradalom összeomlással fenyegetett, amíg a nagyhatalmak beavatkozása a Navarino-i csata
1827-ben. Ott az egyiptomi-oszmán flotta döntő vereséget szenvedett Nagy-Britannia, Franciaország és az Orosz Birodalom egyesített flottái elől, és gyakorlatilag biztosította Görögország függetlenségét.