Az angol nép megdöbbentésére James katólikusokat kezdett katonai és közigazgatási hivatalokba helyezni, ellentétben az ilyen kinevezések megakadályozására tervezett Test Acts-el. Anne megosztotta az általános aggodalmat, és továbbra is részt vett az anglikán szertartásokon. Mivel nővére Mary Hollandiában élt, Anne és családja voltak az egyetlenek a királyi család tagjai, akik részt vettek a protestáns vallási szertartásokon Angliában. Amikor apja megpróbálta Anne-t rávenni, hogy keresztelje meg legkisebb lányát a katolikus hitre, Anne könnyekbe borult. "Róma egyháza gonosz és veszélyes" - írta nővérének, "a legtöbbjük elképzelése egyenesen bálványimádás. "Anne elkülönült apjától és mostohaanyjától, amikor James a katolikus egyház hatalmába lépett. 1687-ben meghalt.
Vizsgálati törvények