A II. világháború végén Chen Japánba menekült, és azután
Japán 1945. szeptember 9-i formális kapitulációja után He Yingqin tábornok, Kína képviselője megkérte Okamura Yasuji tábornok japán képviselőjét, hogy adja ki Chen Gongbot Kínába, hogy árulás vádjával tárgyalják. A kérést az amerikai megszálló erők teljesítették, és Chent október 3-án visszakísérték Kínába. A tárgyaláson erőteljesen védekezett, azt állítva, hogy elnökként elutasította a japánokkal való együttműködést számos fontos ügyben, és csak a barátjához, Wang Jingweihez való hűségéből cselekedett. Ennek ellenére hazaárulással vádolták, és halálra ítélték. Nyugodtan fogadta a sorsát, mondván, hogy "hamarosan újra találkozom Wang Jingwei-vel a következő világban". Chen-t 1946. június 3-án kivégezték Suzhou-ban, Jiangsu tartományban.