A japánok 1941 decemberében léptek be a háborúba, és ahogy dél felé haladtak, a 49-es légiosztag légicsapás alatt találta magát. Az egész
A Kokoda Track hadjárat során kísérletet tettek arra, hogy a zászlóalj elemeit a Kokoda-ba repítsék, hogy támogassák a 39. zászlóaljat a Kokoda-i csata során, de ez sikertelennek bizonyult. Később a 49. zászlóalj katonái csatlakoztak a Honner Force-hoz, egy olyan ad hoc egységhez, amelynek feladata a Goldie folyó mentén hosszú távú járőrök elvégzése volt, hogy megakadályozzák a japánokat a pálya vágásában, míg a zászlóalj többi része állomásozó járőröket alakított ki a Goldie és a Laloki folyók között. Bár nem lépett kapcsolatba a japánokkal, a harci szerep hozzájárult a katonák kilátásainak javításához és a morál javulásához. Az előző hónapokban a zászlóalj ereje megnövekedett, és 1942 szeptemberére 37 tiszt és 818 egyéb rangú volt, köztük 12 tiszt, akiket a tapasztalt második ausztrál császári erőkből küldtek augusztusban. A zászlóalj tovább bővült októberben és novemberben, amikor a személyzet több mint fele önként jelentkezett az AIF-hez. A kiképzés lehetőségei azonban korlátozottak maradtak, még akkor is, ha előkészületeket tettek az egység csatába küldésére. Körülbelül ebben az időben a zászlóalj géppuska társasága elkülönült, és több más milícia géppuska társasággal együtt a 7. géppuska zászlóaljat alakították ki.