Jackson az Egyesült Államok hadseregében másodhadnagyként kezdte pályafutását az 1. amerikai tüzérségi ezred K századában, Pennsylvaniában, az Ohio és a Mississippi folyó mentén New Orleansba, onnan pedig a csapatok a texasi Point Isabel felé hajóztak, és 1846 és 1848 között harcolták a mexikói-amerikai háborúban. Jackson parancsnokságát utasították, hogy jelentkezzenek Taylor tábornoknál, és haladjanak haladéktalanul Matamoroson és Camargon keresztül Montereybe, majd Saltillo-ba. A Buena Vista-i csata előtt Jackson hadnagy parancsnokságát arra utasították, hogy vonuljon vissza Taylor tábornok seregéből, és menjen a Rio Grande szájához, ahonnan Veracruzba kerülnek. A Veracruz ostromában szolgált.
és a Contreras, Chapultepec és Mexico City csatáiban, végül két előléptetést szerzett, és a rendes hadsereg első hadnagyának rangját. Mexikóban találkozott először Thomas Jackson Robert E. Lee-vel.