Miután Virginia flottája beépült a Konföderációs Haditengerészetbe, Barron parancsnok lett, és június 10-én kinevezték a Parancsok és Részletek Hivatalának vezetőjévé. Barron július 20-ig maradt ezen a poszton, amikor a haditengerészet konföderációs titkára, Stephen R. Mallory elfogadta Barron kérését, hogy Virginia és Észak-Karolina part menti védelmének parancsnokaként szolgáljon, ami fontos kikötő a Pamlico Sound-ban található konföderációs kalózok számára. Augusztus 28-án megérkezett a főhadiszállásába a Hatteras-i erődbe, és a Hatteras-i és Clark-i erőd védelmét irányította Silas H. Stringham ellen a Hatteras-öböl csata alatt.
Augusztus 28-29. Barron a két erőd átadását követően került fogságba. Fort Columbus-ban tartották a Governors Island-en a New York-i kikötőben, majd Ft. Warren, a bostoni kikötő, Barron végül kiszabadult egy fogolycsere során a következő évben.