Taffarel 1988. július 7-én debütált a brazil válogatottban az Ausztrál Bicentenáriumi Aranykupán, mind a négy meccsen játszott és két gólt kapott, így csapata megnyerte a bajnokságot. Ő volt a célpont.
A következő évben megnyerte a Copa América-t, amelyet Brazília is megnyert (tíz éves nemzetközi pályafutása során az utóbbi versenyen öt alkalommal szerepelt, 1997-ben másodszor nyerte meg a címet, és 1991-ben és 1995-ben második helyezést szerzett). Az 1988-as Szöuli Nyári Olimpiai Játékokon ezüstérmet nyert, három büntetést mentett meg a Nyugat-Németország ellen a tornán félfináléjában: egyet a szabályos idő alatt, és kettőt Brazília sikeres lövöldözésében. Tagja volt a brazil csapatnak is, amely részt vett az 1990-es FIFA Világbajnokságon Olaszországban, ahol Brazília kiesett a nyolcadikosokból, miután 1-0-os vereséget szenvedett a riválisok és a jelenlegi bajnok Argentína ellen, Taffarel összesen csak két gólt engedett el az egész bajnokságon.