Miután a japán légicsapások 1942 januárjában megkezdődtek, a megszállás a következő hónapban, 1942 február 20-án következett be, a japán katonák légi és tengeralattjáró leszállásokat hajtottak végre a sziget körül. Számban és korlátozott ellátással, az első érintkezés után a zászlóalj elpusztította a repülőteret és belföldre költözött, csökkentve számos japán pozíciót, beleértve a gerinc elleni támadást, ahol a japán 228. gyalogos ezred legalább 123 áldozatot szenvedett február 22-én. Február 23-án reggelre a helyzet kétségbeesett volt, és a zászlóalj szinte körülvették Champlongot. A légi fedezet hiányában és az ultimátummal szembesülve, hogy kapituláljon, vagy intenzív légi bombázásnak legyen kitéve, amely valószínűleg kiirtotta volna a zászlóaljokat, Leggatt kénytelen volt átadni a parancsnokságát, és ennek eredményeként a 2/40-es nagy részét elfogták. Néhányan azonban sikerült megszökniük, míg mások, akiket máshol küldtek el, elkerülték a fogást, és részt vettek az azt követő gerilla hadjáratban.
Mielőtt 1942-ben visszaküldték Ausztráliába. Ezeket a személyzetet más egységekbe szétosztották, néhányat végül a &lt;a href="2/12th%20Battalion%20%28Australia%29"&gt;2/12th Battalion&lt;/a&gt;-ba helyeztek át, és a 2/40-es zászlóalj soha nem alakult át.