Nem sokkal később az amerikai haditengerészet ellenszállást indít a Doolittle Raidban. Ezt követően Yamamoto hatalmas haditengerészeti támadást rendelt el az amerikaiak kezében lévő Midway szigeten.
, de a japán hordozószerkezet találkozik és elsüllyeszti az amerikai hordozókat. Néhány hónappal később, a Guadalcanal-i hadjárat után, Yamamoto-t meggyilkolják, amikor amerikai pilóták elkapják és lelövik a repülőjét. Eiichi hazatér Japánba és feleségül veszi menyasszonyát, de hamarosan visszahívják, hogy részt vegyen a Leyte-öböl csatájában. Az Engaño-foknál a "Zuikaku" elsüllyedt, és Eiichi a veszteségek közé tartozik, mivel a mentőmellényét Shinji-nak, Masato öccsének adta, akit navigátorként a hajóra osztottak. Máshol a "Yamato", amely most Takeo Kurita Központi Erőjének zászlóshajójaként szolgál, visszavonul Leyte-ból anélkül, hogy harcba keveredett volna.