Phelps a "Bonita" és a "Jamestown" fedélzetén szolgált a mexikói-amerikai háború alatt, és tengeri támogatást nyújtott Winfield Scott hadseregének a Veracruz ostroma alatt.
- Igen. Sok időt töltött a mexikói partvidéken is, blokád szolgálatban. Rövid idő alatt Phelps már erős véleményt alakított ki arról, hogy hogyan kell a háborút folytatni, és nem volt elégedett azzal, hogy a haditengerészet nagy részét a kereskedelmi hajók védelmére fordította, miközben a tengerészek szkorbuttal jártak az élelmiszerek hiányában.