Henderson 1951-ben visszatért a Közel-Keletre, mint Irán nagykövete. Ott foglalkozott az újonnan megválasztott miniszterelnökkel, Mohammed Mossadegh-gel, az iráni olaj tartalékokkal kapcsolatos kérdésekben, amelyek korábban brit érdekek tulajdonában voltak, amelyeket Mossadegh nemrégiben államosított. Az Egyesült Államok ellenezte a nemzetiségi átalakítást, és ő segített megszervezni az 1953-as CIA-támogatott puccsot.
amely eltávolította Mossadegh-et, egy demokratikus úton megválasztott vezetőt.