Rebić 2016. július 11-én, egy szezonnyi kölcsönben csatlakozott az Eintracht Frankfurthoz, és újra egyesült a korábbi nemzeti csapat menedzserével, Niko Kovač-al. A mononukleózis elleni rövid küzdelem után Rebić szeptember 17-én debütált a Bayer Leverkusen ellen, helyettesítve, és segített Marco Fabiánnak a 2<unk>1 győzelemben. 2017. február 5-én dobta az első gólját az új csapatának, hogy befejezze a 2-0-os győzelmet a Hessen-i SV Darmstadt 98 ellen a Commerzbank Arénában. Május 27-én kiegyenlítette a 2017-es DFB-Pokal döntőjét.
, bár Frankfurt 2-1-re vesztett a Borussia Dortmund ellen.