Kiernan ragaszkodott ahhoz, hogy csatlakozzon a harci sorokhoz, és ebben a minőségben látszólag őrnagy lett a 6. Missouri-ban. 1863 májusában
Port Gibsonban, Missouri-ban, bal tüdejében sebesült meg, és otthagyták a pályán, holtan. Visszanyerték és bebörtönözték, és visszavonult az uniós erőkhez, és lemondott a megbízatásáról. 1863. augusztus 1-jén Abraham Lincoln elnök önkéntesek brigádvezérének nevezte ki; egy mississippin lévő Miliken's Bend-ben állomásozott. Azonban a csatatéren szenvedett sérüléseinek következtében az egészségi állapota arra kényszerítette, hogy 1864. február 3-án lemondjon.