A Ferrari-nál Gerhard Berger osztrák váltotta fel, és a McLarenbe költözött, mint a második számú pilóta, Alain Prost mögött. A McLaren 1987-ben nem volt olyan versenyképes, mint 1984-1986 között, Prost csak három győzelmet szerzett (és megdöntötte Jackie Stewart 27 győzelmét a 28. győzelmével Portugáliában), és nem tudta sikeresen megvédeni a versenyzői bajnokságát. További dobogó helyeket ért el a svéd, és Johansson hatodik lett a versenyzők bajnokságában. Stefan Johansson pozícióját a McLarennél sokan csak a csapatfőnök, Ron Dennis, aki nem tudta elcsábítani Ayrton Sennát a Lotusból, mivel az 1987-es év végéig volt szerződésben, és mindig is szándékában állt, hogy aláírja a brazilot. Johansson híresen befejezte az 1987-es Német Nagydíjat három kerékkel, miután az utolsó körben szúrásba került. Második lett Belgiumban Prost mögött, és további dobogó helyeket szerzett Brazíliában.
, Spanyolország és Japán. Annak ellenére, hogy három szezonban 11 dobogó állt, Johansson még mindig győzelmetlen volt, és nem akart egy csúcscsapat (remélte, hogy 1988-ban csatlakozik a Williamshez, mint a távozó 1987-es világbajnok Nelson Piquet helyettesítője, de Williams Riccardo Patrese-t szerződtette). 1991-ben visszatért a McLaren-hez, mint tesztpilóta, tesztelte a Honda V12 motorját a japán Suzukában.