Az 1998-as Perthben, Nyugat-Ausztráliában megrendezett vízi világbajnokságon Ausztrália Wouda lett a világbajnok a 200 méter egyéni medleyben, és két ezüstérmet nyert a 400 méter egyéni medleyben és a 4 × 200 méter szabad stílusú stafétában Van den Hoogenband, Van der Zijden és Zuijdweg mellett. 1999 áprilisában a hongkongi FINA úszó világbajnokságon (25 m) China Wouda négy érmet nyert. Világbajnok lett a 4 × 200 m szabadstílusban Pieter van den Hoogenband, Johan Kenkhuis és Martijn Zuijdweg mellett. Ezüstérmet nyert a 400 m egyéni medley-ben és a 4 × 100 m szabad stílusban Mark Veensszel, Johan Kenkhuisszel és Pieter van den Hoogenbanddal, a 200 m egyéni medley-ben bronzérmet nyert. 1999 nyarán Wouda részt vett az 1999-es vízi atlétikai Európa-bajnokságon.
Isztambulban, Törökországban. Sikeresen megvédte címét a 200 méteres egyéni medleyben, és megnyerte a 4 × 100 méteres szabadstílusban a Kenkhuis, Veens és van den Hoogenband, valamint a 4 × 100 méteres medley Klaas-Erik Zwering, Stefan Aartsen és van den Hoogenband. A 400 méteres egyéni versenyen is bronzérmet nyert.