A kilencvenes évek hátralévő részében Prokhanov üldözöttnek és marginalizáltnak érezte magát. "Még a szovjet időkben is az volt a hírem, hogy "az állam énekese vagyok", "a hadsereg főhadiszállásának Nightingale" -ának hívtak. Most már minden szótárukban démonizáltak. Míg a barátaim, mint Anatoly Kim, esztétikusaként jelentek meg, engem homályosnak mutattak be. A nyugati kiadóknak azt tanácsolták, hogy ne fordítsanak le engem, blokád alá helyeznek" - panaszkodott Prokhanov, Zakhar Prilepin-nel beszélve. A dolgok megváltoztak a 2000-es évek elején, amikor Prokhanov az orosz irodalmi elit közé került, még akkor is, ha a prózája egyre morbidibb, szürreális és apokaliptikus lett. Mint a
Az 1999-es lakóházak elleni terrortámadások megrázták Oroszországot, Prokhanov az állami titkosszolgálatokat vádolta a támadások összeesküvésével, és a következő regényét ezen gyanúkon alapította. 2002-ben "Mr. Hexogen" (2001) hozta neki a Nemzeti Bestseller Díjat.