Írj folytatást erre a bekezdésre - 1341-ben János cseh király megengedte a zsidó családoknak, hogy a város falai között lakjanak, és az első zsinagógát 1380-ban építették; azonban a 15. század végén és a 16. század elején több pogrom is történt. A huszita háborúk óta
, a város hagyományosan a katolikus egyház bástyája volt a Cseh Királyságban a hosszú ideig tartó vallási konfliktusok idején. 1526-tól a Habsburg Monarchia része, Budejovice hűséges támogatója maradt II. Ferdinánd császárnak a harmincéves háborúban. Budějovice-t rövid ideig elfoglalta Poroszország a sziléziai háborúk alatt, valamint a Habsburgok és a francia hadsereg közötti háborúban 1742-ben.