1863 elején a 6. Missouri-t áthelyezték Grand Gulfbe, Mississippi-be, ahol az ezred segít az erődítmények építésében. Az ezred részt vett az április 29-i Nagy-öböl-csata során. Az 1. Missouri Brigád sok más tagjával együtt a 6. Missouri-t május 1-jén a mississippiai Port Gibsonba helyezték, hogy megakadályozzák az Unió partra szállását. Port Gibson csatájában
A május 1-jén megtartott háborúban a 6. Missouri-t a konföderációs vonal jobb szárnyának támogatására használták. Amikor az uniós csapatok azzal fenyegettek, hogy elvágják a konföderáció visszavonulási útját, a 6. Missouri ellentámadást indított. A támadás mélyen behatolt az uniós vonalba, de kénytelen volt visszalépni egy bizonyos távolságra, amikor az uniós megerősítésekkel találkozott. A 6. Missouri elszigetelődött a többi konföderációs erőtől, kezdett kifogyni a lőszerből, és kénytelen volt visszavonulni, hogy csatlakozzon a fő konföderációs erőhöz, amikor visszavonult.