A javítások befejezése után a "Fanshaw Bay" továbbra is a 25-ös hordozórészleg zászlóshajójaként működött, most Clifton A. F. Sprague kontradmirális parancsnoksága alatt. A Pearl Harbor-ból indult hajó Manus szigetére érkezett, az Admiralty-szigeteken. A "Fanshaw Bay" öt másik kísérőhajóval és nyolc romboló kísérővel együtt a 77.1 feladatcsoporthoz került, amely támogatni fogja a leszállásokat
Morotai-ról. A repülőgépek kontingensét cserélték, és most a Composite Squadron 66 (VC-66) vendégül látta. Szeptember 10-én hagyta el Manust, és szeptember 15-én kezdte meg a légi támogatási műveleteket. Szeptember 17-én két Bosszúálló, az egyik a "Fanshaw Bay"-ből, összeütközött, miközben tengeralattjáró-ellenes járőrözés közben alakult. A hat résztvevő közül csak egy túlélőt talált meg a tengeralattjáró. Szeptember 19-én a "Fanshaw Bay" elvesztett egy másik repülőgépet, az egyik Wildcats-ával, amely egy Zero-ra merült, eltűnt és felrobbant a vízzel való érintkezéskor. A hordozó továbbra is vérzést okozott a repülőgépeknek, további két vadászgép és egy torpedó-bombázó lezuhant szeptember 27-én.