Írj folytatást erre a bekezdésre - Clemens kilépett a nyugdíjból, egy éves szerződést írt alá az örökbefogadott szülővárosával, a Houston Astros-szal 2004. január 12-én, csatlakozva közeli barátjához és egykori Yankees csapattársa, Andy Pettitte-hez. 2004. május 5-én Clemens a 4.137. strikeout-ot rögzítette, ezzel a második helyen állt az összes idők listáján Nolan Ryan mögött. A National League All-Star csapatának kezdőjául nevezték ki, de végül a vesztes dobó volt abban a játékban, miután hat futást engedett öt ütésen, beleértve egy három futásos hazafutást Alfonso Soriano-nak. Clemens a szezont 18-4-es eredménnyel fejezte be, és megkapta a hetedik Cy Young díját, így lett a legidősebb játékos, aki 42 évesen megnyerte a Cy Young-ot. Ezzel ő lett az egyik a hat dobó közül, akik megnyerték a díjat mindkét ligában, csatlakozva Gaylord Perry, Pedro Martínez és Randy Johnsonhoz, majd később csatlakozott Roy Halladay és Max Scherzer. Clemens volt a vesztes dobója az Astrosnak a 2004-es NLCS 7. játékában.
A St. Louis Cardinals ellen, 6 inning alatt 4 futást engedett. Bár jól dobott, a hatodik menetben elfáradt, és mind a négy futást feladta.