A Braves elvesztette a Florida Marlins-t a
1997 NLCS és a San Diego Padres a 1998 NLCS-ben. A Braves 1999-ben ismét bekerült a World Series-be, de négy meccsen egymás után vesztett a New York Yankees ellen. Cox 2001-es csapata megnyerte a divíziós címet, és a divíziós sorozatban három egymást követő mérkőzésben felkavarta a kedvelt Houston Astrost. Az Arizona Diamondbacks azonban öt meccsen legyőzte a Braves-t az NLCS-ben.