Írj folytatást erre a bekezdésre - A játékosként való visszavonulása után Johnson sikeres menedzser lett. A New York Mets-et 1986-ban a World Series címre vezette, és egy további National League East címre 1988-ban. 1997-ben nyerte el az American League Év Menedzsere díját, amikor vezette a Baltimore Orioles-t az American League East divíziós bajnokságra. Ugyanezt a díjat 2012-ben nyerte el a Nemzeti Ligában, amikor a Washington Nationals-t vezette a franchise első divíziós címéhez, mióta Washingtonba költözött, és az első általános címük 1981 óta. Johnson három egymást követő évben vezette a csapatokat a League Championship Series-be. 1995-ben a Cincinnati Reds, 1996-ban pedig az Orioles.
és 1997. Ő volt a Los Angeles Dodgers menedzsere is.