Miután II. János Pál pápa 2005. április 2-án elhunyt, Bergoglio részt vett temetésén, és a pápaság utódlására alkalmas "papák" közé tartozott. Mint választó bíboros részt vett a 2005-ös pápai konklávéban
aki XVI. Benedek pápát választotta. A "National Catholic Reporter" című újságban John L. Allen Jr. arról számolt be, hogy Bergoglio volt az első számú jelölt a 2005-ös konklavéban. 2005 szeptemberében az olasz "Limes" folyóirat azt állította, hogy Bergoglio a második helyezett és Ratzinger bíboros fő kihívója volt a konklavéban, és hogy 40 szavazatot kapott a harmadik szavazáson, de visszaesett a negyedik és döntő szavazáson. Az állítások egy naplóra alapultak, amely állítólag egy névtelen bíboroshoz tartozott, aki jelen volt a konklávéban. Az olasz újságíró, Andrea Tornielli szerint ez a számú szavazat nem volt példa egy latin-amerikai "papabile" számára. A "La Stampa" arról számolt be, hogy Bergoglio a választások során szoros vitában állt Ratzingerrel, amíg nem tett egy érzelmi kérvényt, hogy a bíborosok ne szavazzanak rá. Tornielli szerint Bergoglio azért kérte ezt a kérést, hogy megakadályozza, hogy a konklave túl sokáig késleltesse a pápa megválasztását.