A polgárháború idején Geddes a szövetségi hadseregben szolgált, és közlegényként jelentkezett a 8. Iowa gyalogságba. 1862. február után önkéntesek ezredese lett. Részt vett a harcokban.
Shilohban, ahol megsebesült és elfogták. Egy időre börtönbe került Madisonban, Georgiában, majd a Richmondban, Virginia államban lévő Libby Börtönben. A cserét követően a Vicksburg és a Jackson csatákban harcolt. 1863. októberében brigádparancsnokságot kapott, és Brownsville-be, Texasba küldték. Később a szövetségi megszállás alatt álló Memphis, Tennessee provost marsalljaként szolgált, amelyet megmentett a Nathan Bedford Forrest vezetésével a konföderációs lovasság elfoglalásától. A mobil hadjáratban parancsnoki brigádot vezetett, és kiválóan harcolt a spanyol erőd csatájában. 1866. január 13-án Andrew Johnson elnök kinevezte Geddest a szabadúszók brigádvezérének rangjára, és az Egyesült Államok Szenátusa 1866. március 12-én megerősítette a kinevezést.