Írj folytatást erre a bekezdésre - A 2004-es athéni nyári olimpiai játékokon Stojanovska kiterjesztette programját, három egyéni versenyen úszott. 2:13.01 FINA A-szabványt állított fel (200 m pillangó) az európai bajnokságból
Madridban, Spanyolországban, lehetővé téve, hogy a 200 és 400 méteres szabadszínt is felvegyen a versenysorozatába. A játékok második napján Stojanovska a huszonhetedik helyen végzett a 400 méter szabad stílusban. A második versenyen 4:20-os korlátot áthidalva 4:19.39-es idővel a negyedik helyet foglalta el a jamaikai Janelle Atkinson felett. Másnap a 200 méter szabad stílusos reggeli versenyen a 34. helyen végzett, a cseh Jana Myšková mögött 0,02 másodperccel. A 200 méteres pillangós versenyen Stojanovska a 26. helyen végzett, így 2000 óta ötödik alkalommal nem jutott el a félfinálba. A harmadik versenyen nyolc úszóból állt, és 2:16.51 idővel az utolsó helyen végzett, közel négy másodperccel a Mirjana Boševska nemzeti rekordjától.