Írj folytatást erre a bekezdésre - 1845 augusztusában Magruder önkéntesként jelentkezett a Corpus Christi-ben, Texasban, hogy csatlakozzon Zachary Taylor tábornok hadseregéhez, megszállva az egykori köztársaságot; az Egyesült Államok háború szélén állt Mexikóval az annektálási kérdés miatt. Miután 1846. április 25-én megkezdődtek a harcok, Magruder először Palo Alto csatájában látta a harcot.
14 nappal később. 1847. április 18-án Magruder Winfield Scott tábornok expedíciójában kemény tűz alatt szolgált, és Cerro Gordóban a mexikói tüzérséget ellenük fordította, amiért felettesei dicsérették és őrnagy lett. Szeptember 12-én az amerikai erők megkezdték a Chapultepec elleni támadást, a Mexikóvárosi csata egyik csatájában. Magruder - enyhén megsebesült - a 13. kora reggel parancsolta az első lövéseket, és a túlnyomó mexikói létszám ellenére üldözést ajánlott, hogy elfoglalja az Anzures, Veronica és Belen kereszteződését - egy kulcsfontosságú útkereszteződéset, amely megakadályozná Santa Anna tábornok erőfeszítéseit a palota megkönnyítésére.