A következő mondatot fejezze be: Miután a Mississippi állam elválasztotta magát a polgárháború kezdete előtt, Barksdale lemondott a kongresszusról, hogy Mississippi milícia főhadnagyává, majd főhadnagyává váljon, brigádnagy rangban, a rang dátumával 1861. március 1. Május 1-jén ezredest nevezték ki a Konföderált Államok hadseregének a 13. Mississippi gyalogsági ezredébe, egy ezredhez, amelyet a Bull Run első csatájában vezetett azon a nyáron, és az októberben lezajlott Ball's Bluff csatájában. A következő tavasszal Virginia-félszigetre vitte a seregét, és részt vett a félszigeti hadjáratban és a Hétnapos csatákban. Amikor brigádparancsnoka, Richard Griffith tábornok halálosan megsebesült a
1862. június 29-én a Savage's Station csatában Barksdale átvette a brigád parancsnokságát, és egy hősies, de véres és hiábavaló támadásban vezette a Malvern Hill csatájában. A brigádot "Barksdale Mississippi Brigádjának" nevezték el. 1862. augusztus 12-én előléptették brigádvezérnek.