A belső zavargások nagyban megállították a kínai terjeszkedést a 19. században. 1867-ben Yakub Beg vezette a lázadást, ami során Kaszgar függetlenségét hirdette, mint Taiping
és a Nian lázadások a birodalom szívében megakadályozták a kínaiakat, hogy visszanyerjék a hatalmukat.