A hosszan tartó konfliktus kimerítette a Köztársaság gazdaságát, amely az Oszmán Birodalommal folytatott jövedelmező kereskedelemre támaszkodott. Az 1660-as évekre, annak ellenére, hogy a többi keresztény nemzet fokozottan segített, a háborús fáradtság megkezdődött. Másrészről az oszmánok, akiknek sikerült fenntartaniuk erőiket Krétán, és a Köprülü család alkalmas vezetése alatt újraindultak, 1666-ban küldtek egy utolsó nagy expedíciót a nagyezsér közvetlen felügyelete alatt. Ezzel kezdődött a Candia ostroma utolsó és legvéresebb szakasza, amely több mint két évig tartott. Az erőd átadásával ért véget, ezzel lezárva a háború sorsát, és az oszmánok győzelmével. A végső békeszerződésben Velence megtartott néhány sziget erődöt Kréta partjainál, és bizonyos területi nyereségeket tett Dalmáciában. A velencei "bosszúvágy" alig 15 évvel később
egy új háború, amiből Velence győzedelmeskedett. Kréta azonban 1897-ig az oszmánok uralma alatt maradt, amikor önálló állam lett; végül 1913-ban egyesült Görögországgal.