Írj folytatást erre a bekezdésre - 1861-ben Hawkins segített felvenni a 9. New York-i gyalogságot, egy Zouave-stílusú ezredet, amelyet népszerűen "Hawkins Zouaves"-ként ismernek a polgárháborúban. Hawkinsot 1861 május 4-én kinevezték ezredesnek, és a háború elején kiválóan szolgált Észak-Karolinában. Benjamin F. Butler expedíciójának tagja volt, a Hatteras erőd elfoglalására.
1861-ben. A Fort Hatteras-i szolgálatáért elvárta, hogy előléptessék brigádvezérré, ehelyett engedetlenségéért felmentették a parancsnokságtól. 1861. október 8-án egy elégedetlen Hawkins azt írta, hogy "a tábornokok manapság olyan furcsa dolgokból készülnek, hogy nem tartanám nagy megtiszteltetésnek, hogy azzá váljak". Hawkins valójában 1866-ban brigádőr-vezérnek kapott előléptetést 1865. március 13-tól. Harci hajlamai ellenére Hawkins korai küldetése felkeltette Abraham Lincoln elnök figyelmét. Hawkint meghívták a Fehér Házba, hogy egyeztessen az elnök és a vezérkari főparancsnok, George B. McClellan-nal. Ott fontos szerepet játszott abban, hogy meggyőzze az Unió főparancsnokságát az Észak-Karolinában a Pamlico Sound elleni kombinált művelet lehetőségéről.