A történet 3394-ben játszódik, ezer évvel azután, hogy az emberiség elmenekült a Földről, miután a bolygó maradványaiból létrehozott több száz hatalmas űrhajó fedélzetén elpusztította a gauna (奇居子 ((ガウナ)) fajta alakváltó földönkívüliek. Az egyik ilyen hajó a Sidonia, amely saját emberi kultúrát fejlesztett ki, amely szorosan alapul a japán kultúráján, ahol az emberi klónozás, a nemnemű szaporodás és az emberi géntechnológia, például az emberek fotoszintézisének biztosítása, közönséges. Azt is kiderül, hogy ennek a társadalomnak a felső szintjei titokban halhatatlanságot kaptak. Több mint 500 000 emberrel rendelkező Sidonia valószínűleg az utolsó emberi település, mivel a többi hajó sorsát nem ismerjük.
Japán