Az 1964-ben és 1965-ben szerzett tapasztalat lehetővé tette, hogy a 7 literes Mk II uralkodjon a következő évben. Februárban a GT40 ismét megnyerte a Daytonát. Ez volt az első év, amikor a Daytona 24 órás formátumban futott, és a Mk II az 1., 2. és 3. helyen végzett. 1966 márciusában a Sebring 12 órás versenyen a GT40-ek ismét mindhárom csúcsot elnyerték, az X-1 Roadster az első, a Mk II a második, és a Mk I a harmadik. Aztán júniusban, a Le Mans 24 órás versenyén
, a GT40 újabb 1<unk>2<unk>3 eredményt ért el.