A háború szeptemberben kitörtével a "Suffren" a Dél-kínai-tengeren járőrözött a német kereskedőhajók után. Novemberben Szingapúrba utazott, hogy segítsen egy ausztrál csapat konvojának a kolombói kíséretében. 1940 áprilisának végéig folytatta a konvojok kíséretét az Indiai-óceánon. 1940. május 18-án Alexandriába érkezett, hogy csatlakozzon Godfroy vice-admirális X. erőhöz. Még két flotta torpedóhajó és megérkeztek május 24-én és 25-én. Június 11-én a hajók rajtaütést hajtottak végre az Égei-tengeren Kréta partjainál, és semmit sem találtak, május 13-án visszatértek Alexandriába. Június 21-én a "Duguay-Trouin" hajóval indult el, miután értesültek arról, hogy három olasz cirkáló érkezett Tobrukba. A kikötőben nem találtak hajókat, ezért aznap este visszatértek Alexandriába. Június 22-én a német-francia fegyverszünet hivatalos bejelentése
eljuttatott. Minden francia hajót megtiltottak a kikötő elhagyását június 23. után. Július 3-án Cunningham altengernagy ultimátumot adott Godfroy altengernagynek, hogy a hajókat brit ellenőrzés alá adja, a hajókat a horgonyzóhelyükön demilitarizálja, vagy elpusztítsa. Az admirálisok július 7-én aláírták a hajók demilitarizálására vonatkozó megállapodást.