Lee-t 1941 márciusában felmentették a törökországi posztjáról, és nem sokkal azután, hogy Egyiptomba érkezett, kinevezték az adminisztráció vezető tisztjévé, hogy John D'Albiac légi hadvezér, a brit légierő parancsnoka Görögországban, támogassa a görögöket az olasz invázió után
- Igen. A kezdeti sikerek ellenére a németek beavatkozása hamarosan a szövetséges erőket védekező helyzetbe hozta, és a briteket végül kiűzték, először Krétára, majd Egyiptomba. 1941 hátralévő részében Lee személyzeti tisztként (műveletek) szolgált az RAF Közel-Kelet Parancsnokságának központjában, majd a Sivatagi Légierő helyettes vezető légi tisztjeként.