Írj folytatást erre a bekezdésre - Angela Merkel kancellár határozott ellenzője a 2010-es évek migrációs válságára adott válasznak
Seehofer azzal fenyegetőzött, hogy hivatalos panaszt nyújt be az Alkotmánybírósághoz, mivel a történelmi CDU/CSU szövetséget először fenyegette a szakadás veszélye, és Németország egész területén egymás ellen indultak, de egyik sem történt meg. Támogatja a német kormány által befogadandó menekültek számának szövetségi korlátját. Miután a 2017-es szövetségi választásokon történelmileg rosszul teljesített, és a kampányt azzal bírálták, hogy utánozta az Alternatívát Németországért, a párt 1949 óta a legrosszabb eredményt kapta, és sikertelenül megpróbált harmadszor is miniszterelnökként indulni 2018-ban, pártja nyomást gyakorolt rá, hogy lemondjon, és helyette úgy döntött, hogy a Merkel negyedik kormányában a Belügyminiszter, az Építési és Közösségi Miniszter (eredeti célja Joachim Herrmann) hivatalát veszi át, hogy a bevándorlási politikát az ő nézeteinek megfelelően alakítsa. 2018 júliusában Seehofer és Merkel közötti egyhetes nézeteltérés majdnem ledobta a kormányt, és ismét komoly veszélybe sodorta a CDU/CSU megosztottságot, de végül kompromisszumot találtak.