1861. júliusában egy alakulat, a Nyugati Mérnök Alakulat, amelyet elsősorban Illinois és Missouri államban toboroztak, J. W. Bissell ezredes szervezte, és Henry Fladot a B társaság kapitányává tették. Ugyanezen év augusztusában Frémont tábornok részletezte, akkor St. Louisban parancsnokságban volt, a Girardeau-foknál, Missouri-ban, a erődítmények építésében, ahol több hónapig maradt. Később abban az évben, amikor Frémontot Halleck tábornok követte, Flad kapitányt arra utasították, hogy csatlakozzon Pope tábornokhoz Missouri délkeleti részén, és személyzeti tisztként szolgált a New Madrid és Point Pleasant kampányban és a Tízszámú sziget elfoglalásában, amely után újra csatlakozott az ezredéhez New Madridban. Az ezredével volt a Pillow erődnél és a Pittsburgh Landingnél.
és a Korinthus előtti műveletekben. 1862 nyarán részt vett a Mobile és Ohio vasút javításában, a korinthusi erődök építésében és a Mississippi Központi Vasút javításában. Ő is részt vett Grant Grenada-i előretörésében. 1863. februárjában Young's Point-ba küldték, ahol mérnöki munkát végzett, mint később a Baxter Bayou-ban, a Lake Providence-ban és a Bayou Macon-ban.