Írj folytatást erre a bekezdésre - A nagy földrengés 1755-ben
A portugál terület nagy részét sújtotta katasztrófa elpusztította az erődítmény egy részét, amelyet később helyreállítottak. 1773-ban a vár belsejében a Santa Bárbara kápolna átalakítására került sor. Röviddel ezután elkészült egy ellenőrzési jelentés, amely negatív megjegyzéseket tett az állapotára, és 1800-ban új akkumulátorokat építettek, hogy nehezebbé tegyék a kikötőben való leszállást, és a tenger felé néző erőd parapetjét is emelték. Az elvégzett munka mértéke anyagi problémákat okozott a helyi lakosságnak, akik segítséget kértek és kaptak I. Mária királynőtől. További kiterjedt fejlesztéseket végeztek 1807-ben. Az erőd azonban 1807. decemberében a félsziget-háború idején hatástalannak bizonyult, amikor a francia-spanyol csapatok Peniche-ben szálltak le. Az anglo-portugál csapatok által elszenvedett vereséget követően 1810-ben rövid ideig úgy tekintették, mint a brit csapatok lehetséges beszállási pontját, ha a megújult francia invázió ezt szükségessé teszi. Az 1815-ben tartott békealkotó bécsi kongresszus után a várat elhagyták. A Peniche népességnövekedéséből eredő városi nyomás miatt egyes részeket lebontották. 1824-ben ideiglenesen börtönré alakították át, és politikai foglyokat tartottak fogva. A portugál polgárháború (1828-1834) alatt újra elfoglalták, de amikor a liberális erők elfoglalták a Berlengas erődöt 1833-ban, az abszolútista erők elhagyták Peniche-t. 1837-ben egy puskapor robbanás az erődben erőszakos tűzvészhez vezetett, amely teljesen elpusztította a kormányzó házát. 1871-ben az erőd kormányzója jelentést tett a romlott állapotáról, és néhány helyreállítási munkát végeztek.