A fegyveres konfliktus a II. világháború utolsó szakaszában fokozódott, amikor az Irgun lázadást hirdetett 1944 februárjában, véget vetve a 1940-ben kezdett műveletek szünetének. A Moyne báró Lehi által 1944-ben elkövetett merényletétől kezdve a Haganah aktívan ellenállt az Irgunnak és Lehi-nak, a vadászszezon néven ismert zsidók közötti harcok időszakában, hatékonyan megállítva a felkelést. 1945 őszén azonban, a II. világháború befejezését követően Európában (április-május 1945) és Ázsiában (szeptember 1945) világossá vált, hogy a britek nem engedik meg a jelentős zsidó bevándorlást, és nem szándékoznak azonnal zsidó államot létrehozni, a Haganah együttműködést kezdett a másik két földalatti szervezettel. Együtt alakították a Zsidó Ellenállási Mozgalmat. A Haganah tartózkodott a brit erőkkel való közvetlen konfrontációtól, és erőfeszítéseit a brit bevándorlási ellenőrzés megtámadására összpontosította, míg az Irgun és a Lehi katonai és rendőri célpontokat támadott. Az Ellenállási Mozgalom 1946 júliusában, a King David Hotel bombázását követően feloszlott. Az Irgun és a Lehi önállóan kezdtek cselekedni, míg a fő földalatti milícia, a Haganah továbbra is főleg a zsidó bevándorlás támogatására tevékenykedett. A Haganah ismét rövid ideig dolgozott az Irgun és Lehi műveleteinek elnyomására, az Egyesült Nemzetek Palesztinában működő vizsgálóbizottsága miatt. Miután az ENSZ felosztási tervének határozatát 1947. november 29-én elfogadták, a polgárháború
a palesztin zsidók és arabok közötti konfliktusok elhomályosították mindkettőjük korábbi feszültségét a britekkel. Azonban a brit és a cionista erők a polgárháború egész időszakában összecsaptak a brit palesztin mandátum megszűnéséig és az 1948. május 14-i izraeli függetlenségi nyilatkozatig.