Csak néhány nappal a 2010-es angolországi Afrikai Kupának befejezése előtt Issa Hayatou viták közepén találta magát, miután a CAF felfüggesztette a Togoi labdarúgó-csapatot a következő két Afrikai Nemzetek Kupájából. Hayatou azzal vádolta a togói kormányt, hogy beavatkozott a togói labdarúgó-szövetség ügyeibe, amikor a csapat a 2010-es kupából a kezdete előtt vonult vissza. A togoliai csapat áldozata lett egy
2010. január 8-án fegyveres támadás történt az angolországi bajnokság megkezdése előtt, amikor a csapat buszban utazott Angolába, ami két halálos áldozatot követelt a togói delegációban. A togoliai kapitány, Emmanuel Adebayor és a togoliai edző, Hubert Velud különösen Hayatou-t kritizálta a CAF döntéséért, és felszólította, hogy mondjon le a CAF elnökségéről.