Az 1988-as izraeli választások előtt Netanjahu visszatért Izraelbe és csatlakozott a Likud párthoz. A Likud belső választásain Netanjahu az ötödik helyen állt a párt listáján. Később a 12. Knesszet Knesszet-tagjává választották, és Moshe Arens külügyminiszter, majd később David Levy helyettese lett. Netanjahu és Levy nem működtek együtt, és a két fél közötti rivalizálás csak később fokozódott. Az 1991 eleji Öböl-háború idején az angol nyelvű Netanjahu a CNN és más hírügynökségek médiainterjúi során Izrael fő szóvivőjeként jelent meg. Az 1991-es madridi konferencián
Netanjahu a miniszterelnök, Yitzhak Shamir vezette izraeli delegáció tagja volt. A madridi konferenciát követően Netanjahu miniszterhelyettes lett az izraeli miniszterelnök hivatalában.