Írj folytatást erre a bekezdésre - Az 5. század folyamán a Nyugati Birodalmat a germán törzsek támadásai elfoglalták. Azonban Olaszország prefektúráját megtartotta az új ostrogóta királyság, amely még mindig "de jure" része volt a birodalomnak, és az ostrogóta király, Nagy Teodorikus még a Gália prefektúráját is helyreállította a Gália azon kis részén, amelyet az 510-es években meghódított. Az észak-afrikai hódítás után a keleti birodalomban a vandalikus háború alatt
533-534-ben az új tartományokat I. Justinián császár egy új afrikai praetori prefektúrába csoportosította, amelyet később átalakítottak az afrikai exarchátusba. Olaszország praetori prefektúráját a gótikus háború vége után is helyreállították, mielőtt az exarchátussá fejlődött. Keleten a prefektúrák a 7. század közepéig működtek, amikor a legtöbb keleti tartomány elvesztése a muzulmán hódításnak, a Balkán pedig a szláv törzseknek vezetett a Téma rendszer létrehozásához. Időközben azonban a Heraclius alatt végrehajtott reformok elvették a prefektust számos alárendelt pénzügyi irodájából, amelyeket logothete alatt önálló részlegekként hoztak létre. Az utolsó alkalommal, amikor a keleti prefektus közvetlenül igazolt, egy 629-es törvényből származik. Egyes tudósok szerint azonban a rendszer nyomai a 9. század elejéig fennmaradtak: Ernst Stein kimutatta, hogy az illir prefektúra egyes aspektusai a thesszalonikai adminisztrációban fennmaradtak, míg John Haldon, a bizánci "Taktika" szigilográfiai bizonyítékain és hivatkozásain alapulva dokumentálta a korábbi polgári tartományi adminisztráció fennmaradását a témarendszeren belül, a konstantinápolyi prefektussal, valószínűleg felügyeleti képességgel, az 840-es évekig.