Írj folytatást erre a bekezdésre - A grófok 1607-es meneküléséből ő lett az egyik legmagasabb rangú, Ulsterben megmaradt gael személyiség. 1608-ban, amikor Sir Cahir O'Doherty elindította O'Doherty lázadását azzal, hogy felgyújtotta Derry-t,
MacDonnell nem gondolta meg, hogy összefogjon vele. O'Doherty, a Korona egykori hűséges tagja dühös volt a helyi tisztviselők bánásmódjára. O'Doherty-t legyőzték és megölték a Kilmacrennan-i csatában, és a lázadás összeomlott. A lázadás nyomán a kormány úgy döntött, hogy kiterjedtebb területet hoz létre az Ulster-i ültetvényben, mint eredetileg tervezték. Ez nem befolyásolta jelentősen MacDonnellt, mivel az Antrim és Down megyei ki voltak zárva a településtől, mivel nagy skót település már ott volt.