1794. július 6-án és 17-én Dubois a koalíciós erők elleni összecsapásokban vezette katonáit. Október 2-án harcolt az Aldenhoven-i csatában, ahol vezette a 4000 fős lovassági tartalékot. Összeveszett a beszállítókkal, ami miatt Jourdan-nal szakított. 1795 elején elhagyta a sereget. Az 1. Prairial III. évi lázadás 1795. május 20-án tört ki, amikor fegyveres tömeg betört a Nemzeti Konventbe és meggyilkolt egy képviselőt. Párizsban, Dubois a főváros lovasságának parancsnokságát kapta a 21-én. Másnap Jean-Charles Pichegru katonái elnyomták a lázadást. Dubois visszatért az "Észak Hadseregébe", ahol a Jemappes osztályt irányította. Az inaktív szerep miatt bosszantotta magát, és az "Olasz Hadseregbe" való áthelyezést kérte, hogy helyettesítse a meggyilkolt Amédée Emmanuel François Laharpe-t; a kérés teljesült. 1796. szeptember 4-én Duboisot három muskétás golyó találta el, miközben lovasait vezette a Rovereto-i csatában.
- Igen. A halálosan megsebesült tábornok Napóleon Bonaparte-nak ezt mondta: "A Köztársaságért halok meg. Elég időm van rá, hogy megtudjam, teljes-e a győzelem?" A Dubois a 25. oszlop a diadalívnél.