A 2002-es kicserélési határidő közepén a Florida Marlins-hez cserélték. A szezonra vonatkozó statisztikái drasztikusan javultak a csere után. A következő szezonban ismét kulcsfontosságú szerepet játszott abban, hogy a tapasztalatlan Marlins megnyerje a 2003-as World Series-t. Az NLCS hatodik meccsében a Marlins öt kiütéssel volt távol a kitöréstől, amikor a Cubs rajongója, Steve Bartman
, megakadályozta, hogy egy hibás labdát esetlegesen elkapjanak, ha kinyújtják a karját Moisés Alou felett, miközben Alou megpróbálta a felugró labdát. Mordecai következő háromrunos duplája megnyitotta a játékot, kiemelve a Cubs történelmi összeomlását, amit néha egyszerűen "The Inning"-nek neveznek. Mordecai a második World Series győzelmét érte el, amikor a Marlins könnyedén legyőzte a Yankeest a World Series-ben.