A következő mondatot töltse ki: Cooper 1863. március 26-án ismét a 4. Kentucky lovassági hadsereg ezredes-helyettese lett, és áprilisban ezredes lett; Bayles ezredes lemondását követően. 1863. június 4-én Cooper megsérült, amikor egy ló ráesett Franklinben, Tennessee-ben. Ő parancsnoka volt a ezrednek a Chickamauga csatában 1864. szeptemberében. Cooper 1864-ben visszatért Lexingtonba, Kentucky-ba betegszabadságra. Aztán Cooper vezette a helyi erőket John Hunt Morgan támadói ellen. 1864. június 9-én elutasította Morgan Lexington megadására vonatkozó követelését, és visszautasította a csapatát. 1865 áprilisában az alabamai Montgomery állomását, 1865 májusában és júliusában pedig a georgiai Albany állomását irányította. 1865. augusztus 21-én Maconban, Georgia államban tisztességes kiképzést kapott. Harci kitüntetéseket kapott a Shiloh, a Corinth, a Richmond, a Chickamauga, a Morgan Kentuckyba irányuló támadása, a Resaca csata és a Wilson Montgomery elleni támadása miatt. 1867. március 2-án ezredes-helyettes és ezredes lett a rendszeres hadseregben, mert bátor és érdemleges szolgálatokat tett a
Resaca csata Georgiában és Montgomery elfoglalása Alabamában.