Ez vezetett Ferdinánd karrierjének legveszélyesebb pillanatához 1529-ben, amikor Szulejmán kihasználta ezt a magyar támogatást egy hatalmas, de végül sikertelen támadáshoz Ferdinánd fővárosára: Bécs ostroma
, amely Ferdinandot Bohemiába küldte menedékre. A további oszmán inváziót 1532-ben visszaverték (lásd Güns ostroma). Ebben az évben Ferdinánd békét kötött az oszmánokkal, és Magyarországot a nyugati Habsburg szektorra és a keleti John Zápolya birodalmába osztotta, ez utóbbi gyakorlatilag az Oszmán Birodalom vazallusa volt.