A Monterrey-i csata alatt, 1846. szeptember 21-24-én, Duncan tüzérsége Thomas Staniford brigádjához került William J. Worth hadosztályába. Taylor északról támadta meg a várost, míg Worth csapatait nyugatról küldte. Duncan és William W. Mackall tüzetei részt vettek a püspöki palota elfoglalásában szeptember 22-én. Duncan ezredes lett a Monterrey-i csatában tanúsított bátor és érdemes viselkedése miatt. 1847. január elején Taylornak parancsot adtak, hogy átadja Worth és Twiggs hadosztályait és két akkumulátort, köztük Duncanét, Winfield Scott hadseregének. Duncan a
Veracruz ostroma 1847. március 29-én, Cerro Gordo csata április 17-18-án, és május 14-én az Amazoque-i csata.