Sheikh Mujibur Rahman ezután elindított egy polgári engedetlenségi mozgalmat, ami gyakorlatilag megbénította a kelet-pakisztáni államgépet. Bhutto és Rehman közötti tárgyalások összeomlottak, és Khan elnök fegyveres fellépést rendelt az Awami Liga ellen. A Searchlight és a Barisal hadműveletek a kelet-pakisztáni politikusok, civilek és diákaktivisták elleni fellépéshez vezettek. Sheikh Rahmant letartóztatták és Iszlámábádba szállították, míg az egész Awami Lig vezetés Indiába menekült, hogy párhuzamos kormányt hozzon létre. Egy gerilla lázadás.
Az indiaiak által szervezett és támogatott "Mukti Bahini" ("szabadságharcosok") kezdeményezte. Bengáli hinduk és muszlimok milliói menedéket találtak Kelet-Indiában, így Indira Gandhi indiai miniszterelnök bejelentette, hogy támogatja a bangladesi felszabadítási háborút, és közvetlen katonai segítséget nyújt a bengáliaknak. 1971 márciusában a regionális parancsnok, Ziaur Rahman tábornok tábornok Mujib nevében Kelet-Pakisztán függetlenségét jelentette ki, mint Banglades új nemzetét.