A polgárháború kitörésével Brooks-t 1861. szeptemberében önkéntesek brigádvezérének nevezték ki. A félszigeti hadjáratban a IV. hadtest 2. hadosztályának, a VI. hadtest 2. hadosztályának parancsnoka volt a Hétnapi csatákban, ahol megsebesült a Savage's Station csatájában.
- Igen. Felépülve, a Maryland-i hadjáratban újra vezényelte brigádját, és Crampton's Gap-ben vezényelte az embereit, ahol elfoglaltak egy konföderációs harci zászlót, amely a 16. Virginia-i gyalogsághoz tartozott. Az Antietam-i csata során Brooks brigádja főként tartalékban volt, bár 48 órán át "a tüzérség és a mesterlövészek tüzéje alatt állt".