Fejezd be a következő mondatot: 1861-ben, amikor a polgárháború kitört, Magruder elhagyta az Unió hadseregét, hogy megbízást fogadjon el a Konföderációban. A félsziget hadseregének parancsnokaként megerősítette a Virginia-félszigetet és megnyerte a Big Bethel csatáját. A félszigeti hadjáratban megállította McClellan Potomac-hadseregét Yorktownon kívül, lehetővé téve Joseph E. Johnston tábornok számára, hogy erősítésekkel érkezzen, visszavonulást szervezjen és megvédje a konföderációs fővárost, Richmondot. Magrudert kritizálták a csatákban végzett vezetése miatt.
Savage állomása és Malvern Hill a Hétnapos csaták idején. A háború hátralévő részét Texas, Új-Mexikó és Arizona megye, valamint Arkansas minisztériumának igazgatásával töltötte; Magruder hivatali idején feloldotta a Galveston felett fennálló tengeri blokádot, és 1863-ban visszafoglalta a várost.