Fontàs 2009. augusztus 31-én debütált az első csapatban, egy másik "La Masia" diplomás, Gerard Piqué helyére, a Sporting de Gijón elleni 3<unk>0-os La Liga hazai győzelem utolsó hat percében. A 2009/10-es szezon elején Pep Guardiola menedzsere hívta a spanyol szuperkupára és az UEFA szuperkupára.
Az Athletic Bilbao és az FC Shakhtar Donetsk ellen, de végül mindkét alkalommal nem került a padra. Az első idősebb szezonok nagy részét a tartalékosokkal töltötte.