A hivatalos kapituláció ellenére jelentős helyi ellenállási mozgalom volt a japán megszállás ellen. A Fülöp-szigeteki Hadsereg elemei folytatták tevékenységüket, és képesek voltak felszabadítani a Fülöp-szigeteken az akkori ötven tartomány közül mindössze tizenkettőt, míg más csoportok, mint például a Hukbalahap is részt vettek. A száműzetésben Manuel L. Quezon elnök a Fülöp-szigeteket 1944-ben a tuberkulózisban való haláláig képviselte. Az amerikai erők MacArthur tábornok vezetésével 1944 októberében tértek vissza, amfibiai leszállással kezdve
Leyte-on.