Írj egy folytatást erre a bekezdésre - Bourdais jelentősen tesztelte a Toro Rosso csapatot a tél folyamán, bár bizonytalan volt a vezetésről az új év felé. 2009. február 6-án azonban megerősítették, hogy a Toro Rosso versenyzője a második évben, a svájci újonc Sébastien Buemi partnerével. Annak ellenére, hogy az évben két pontot szerzett az ausztrál nagydíjon és Monacóban, Bourdais nehezen tudott megbirkózni kevésbé tapasztalt csapattársaival. Spanyolországban
Bourdais elütötte Buemi autóját, amikor a mezőny megpróbálta elkerülni a Jarno Trulli-t az első körben, ezzel mindkét versenyzőnek véget vetve a versenynek. A Brit Nagydíjon Bourdais összeütközött a McLaren versenyzőjével, Heikki Kovalainennel, ezzel mindkettőjüknek megint véget vetett a verseny. A német nagydíjon mechanikai meghibásodást szenvedett, miután több mint egy másodperccel az utolsó helyen végzett.