1862 májusában, miután a déli erők evakuálták Norfolkot a félsziget-hadjárat alatt, segített Richmond védelmének felépítésében a James folyón,
Drewry's Bluff. Nem sokkal később a hadosztályát vezette a Seven Pines-i csatában és a Malvern Hill-i csatában. A Richmond védelme után Mahone brigádját Huger hadosztályából Richard H. Anderson hadosztályába osztották, és a második Bull Run-i csatában harcolt, ahol Mahone-t mellkasba lőtték, miközben brigádját vezette a Chinn Ridge-en keresztül. Kicsi volt, és csak 4 kiló volt, a becenevét "Kis Billy" kapta. Ahogy az egyik katonája mondta: "Minden centiméterében katona volt, bár nem sok centiméter volt belőle". Otelia Mahone Richmondban dolgozott ápolónőként, amikor Virginia kormányzója, John Letcher értesítette, hogy Mahone megsérült a második Bull Run-ban, de csak egy "hússérülést" kapott. Azt mondták neki, hogy "Most már tudom, hogy ez komoly, mert Williamnek egyáltalán nincs teste".