A szigetet 1942 elején elfoglalták a japánok. Morotai déli síkját 1944 szeptemberében elfoglalták az amerikai erők a
A Morotai csata, és a szövetségesek Fülöp-szigeteki inváziójának állomáspontjaként használták 1945 elején, és Borneóban az év májusában és júniusában. A japán katonát, Teruo Nakamurat 1974-ben fedezték fel a Morotai dzsungelben, mint a második világháború japán katonáinak egyikét, akik kitartottak a japán hadsereg megadása után.