A tengeri háború is folytatódott, az Egyesült Királyság tengeri blokádot tartott Franciaország ellen. A nem harcosok Oroszország, Poroszország, Dánia és Svédország csatlakoztak, hogy megvédjék a semleges hajózást a brit támadásoktól, de sikertelenek voltak. A brit admirális, Horatio Nelson megtámadta a dán flottát a Koppenhágai csata során, elpusztítva a Franciaország egyik stabil szövetségese flottájának nagy részét. A fegyverszünet megakadályozta, hogy a Balti-tengerbe menjen, és megtámadja az orosz flottát Revalban (Tallinn). Eközben Gibraltár mellett a számban túlsúlyban lévő francia század Linois parancsnoksága alatt visszaverte Saumarez első brit támadását a
Algeciras első csata, elfoglalva egy csatahajót. A második Algeciras-i csata során négy nappal később a britek elfoglaltak egy francia hajót és elsüllyesztettek két spanyol hajót, mintegy 2000 főleg spanyol tengerészt öltek meg 12 brit veszteségével szemben.