Írj folytatást erre a bekezdésre - Trajkovski kormányzását feszültségek jellemezték az etnikai macedónok és a köztársaság nagy albán kisebbsége között. A koszovói háború utáni hónapok erőszakos fegyveres összecsapásokhoz vezettek
a makedón biztonsági erők és az albán lázadók között, akik jogszerű kisebbségként a helyzetük javítását és általában jobb gazdasági, adminisztratív és jogi feltételeket keresnek. Bár hatalma korlátozott volt, és szerepe nagyrészt szertartási volt, 2001-ben elnöke volt a NATO által közvetített békeszerződésnek, amely véget vetett az erőszaknak és megakadályozta a teljes körű polgárháborút a Macedón Köztársaságban. Az etnikai párbeszédben mérsékeltnek tekintették, és az etnikai albánok nagyobb befogadását szorgalmazta, és a konfliktus megoldásában kulcsszerepet játszott. Boris Trajkovski barátja és tanácsadója a kabinetfőnöke volt, Zoran Jolevski, aki Macedónia nagykövete volt az Amerikai Egyesült Államokban és a Macedónia névvitában az állam nevének tárgyalója volt.