Írj folytatást erre a bekezdésre - Prkačin a Horvátország 22 év alatti fiatal nemzeti csapatának tagja volt. Debütálása egy nagy bajnokságon a horvátországi válogatottal az 1997-es EuroBasket-en történt. Ezután a következő nagy FIBA-turnékon játszott Horvátországgal: a 1999-es EuroBasket, a 2001-es EuroBasket, a 2003-as EuroBasket, a 2005-ös EuroBasket és a 2007-es EuroBasket. Horvátországot a 2008-as nyári olimpiai játékokon is képviselte.
és a 2009-es EuroBasket. Prkačin kétszer volt a horvát csapat kapitánya.