A szövetségesek megtartották a habsburg jogi struktúrát, ami számos problémát okozott. A helyi nemességnek csak a terület kb. egyötödében volt joga az alsó udvarhoz. Több mint 30 különböző nemes volt, akiknek joguk volt bíróságokat tartani a környező földeken. Mindezek az átfedő joghatóságok számos konfliktushoz vezettek, de fokozatosan a Konföderáció képes volt megszerezni ezeket a jogokat a megyében. Baden, Bremgarten és Mellingen városai lettek az adminisztratív központok, és ott tartották a legfelsőbb bíróságokat. A bíróságokkal együtt a három közigazgatási központ jelentős helyi autonómiával rendelkezett, de egy kétévente az "Acht Orte" által kinevezett kormányzó irányította őket. A protestáns győzelem után
A Villmergen második csata után a megye igazgatása kissé megváltozott. Ahelyett, hogy az "Acht Orte" közösen kinevezne egy végrehajtót, Zürich és Bern mindegyike a 16 évből 7-re kinevezte a kormányzót, míg Glarus a fennmaradó 2 évre kinevezte.