A Shelby American együtt dolgozott a Ford-dal a GT40 újratervezésén a 66-as szezonra, a 289 köbcentiméteres (4.7 L) motort a Ford nagyobb, erősebb 427 köbcentiméteres motorjával cserélve. (7.0 L) motor. A Mk II GT40 nagy sikert aratott, a Shelby American Daytona, Sebring és Le Mans-i győzelmei a Fordnak a Nemzetközi Gyártó Bajnokságot hozták 1966-ban. A Shelby American autók Daytonában az első (Miles &amp; Ruby ismét) és a második (Gurney &amp; Jerry Grant), Sebringben az első (Miles &amp; Ruby), és az első (McLaren &amp; Chris Amon) és a második (Miles &amp; Denny Hulme)
Le Mans-ban. Gurney és Grant második lett volna Sebringben, ha nem az, hogy az autójuk megromlott az utolsó körben, és Gurney áthajtotta a célvonalon, automatikusan kizárva őket.