Amikor a spanyol polgárháború 1936-ban kitört, Juan Guilloto részt vett a Cuartel de la Montaña támadásában, és a Guadarrama-i csata a Guadarrama-hegységben zajlott. Az ötödik ezred egyik vezetője volt, 1936 októberétől parancsnoka lett. Talavera de la Reina, Santa Olalla és Illescas (szeptember 1936) és Madrid védelmében harcolt.
és a Corunna út második csata, valamint a Jarama csata (1937. február).