A polgárháború kitörésekor a 18. Louisiana-i gyalogsági ezred parancsnoka volt, ahol szigorú fegyelmezett volt, és rendkívül barátságos és társas volt a közönséggel. Megsebesült.
Shiloh, brigádparancsnok lett Richard Taylor tábornok alatt, akivel sikeresen akadályozta az Unió erőfeszítéseit, hogy biztosítsák a Bayou Teche régiót Dél-Louisiana. A Vörös-folyó-hadjáratban Mouton meghalt a Mansfield-i csatában, miközben lovassági támadásban vezette embereit.