A második világháború kitörésével a német hadsereg főparancsnoksága (OKH) átvette a háborús szervezetét. Heusinger kísérte a terepi személyzetet és segített a lengyelországi, dániai inváziók műveleteinek tervezésében.
, Norvégiában, Franciaországban és a Hollandia-vidéken. 1940. augusztus 1-jén ezredes lett, és 1940 októberében az "Operationsabteilung" főnöke lett, így a hadsereg tervezési hierarchiájában a harmadik lett, a vezérkari főnök, Franz Halder tábornok és a vezérkari főnök / főfőhadnagy, Friedrich Paulus tábornok után.