1983 és 1993 között Arafat Tunéziában telepedett le, és elkezdte átállítani a megközelítését az izraeliekkel való nyílt konfliktusról a tárgyalásokra. 1988-ban elismerte Izrael létezéshez való jogát, és kétállami megoldást keresett az izraeli-palesztin konfliktusra. 1994-ben visszatért Palesztinába, és Gazza városában telepedett le, és előmozdította a palesztin területek önálló kormányzását. Egy sor tárgyalásba kezdett az izraeli kormánnyal, hogy véget vessen az izraeli és a PLO közötti konfliktusnak. Ezek közé tartozott az 1991-es madridi konferencia
, az 1993-as oslói megállapodások és a 2000-es Camp David-i csúcstalálkozó. 1994-ben Arafat megkapta a Nobel-békedíjat Yitzhak Rabinnal és Shimon Peresszel együtt az oslói tárgyalásokért. Abban az időben a Fatah támogatottsága a palesztinok körében csökkent a Hamasz és más militáns riválisok növekedésével. 2004 végén, miután az izraeli hadsereg több mint két éven át gyakorlatilag bezárta a Ramallah-i épületébe, Arafat kómába esett és meghalt. Bár Arafat halálának oka továbbra is spekulációk tárgyát képezi, az orosz és a francia csapatok vizsgálatai szerint nem volt bűncselekmény.