2017. március 4-én Aubameyang második egymást követő szezonban 20 Bundesliga-gólt ért el, két góllal a Bayer Leverkusen 6-2 vereségében. Négy nappal később hat-trikot ért el a Benfica elleni 4-0-os győzelemben, és a Dortmundot a Bajnokok Ligájának negyeddöntőjébe juttatta. Május 20-án Aubameyang két gólt szerzett a Borussia utolsó meccsén, amikor a Werder Brement legyőzték, és 31 góllal a Bundesliga legjobb gólszerzőjeként fejezte be a szezont. A döntőben
2017. május 27-én a 2016<unk>17-es DFB-Pokal győztes gólját szerezte, amikor a Dortmund 2-1-re legyőzte az Eintracht Frankfurtot.