1945-ben Hayashit kinevezték a belügyminiszter személyes titkárává, valamint a minisztérium személyzeti részlegének vezetőjévé. Röviddel Japán feltétel nélküli megadása után
1945 augusztusában a Szövetséges Hatalmakhoz fordult, és 38 éves korában Tottori prefektúra kormányzójaként választották, október 27-én vette át a hivatalt, így lett a prefektúra történetének legfiatalabb helyi vezetője. 1947 februárjában azonban rövidre leállt, amikor a Helyi Ügyek Irodájának igazgatója lett. Ez volt az utolsó poszt, amelyet a Belügyminisztériumban töltött be, amelyet az Allied Powers General Headquarters (GHQ) 1947 decemberében feloszlatott. 1948 januárjában átmeneti intézkedésként kinevezték az ideiglenesen létrehozott Belügyminisztérium igazgatójává. A hivatal csak körülbelül 90 napig létezett, és ebben az időszakban ő volt felelős a korábban a már nem létező belügyminisztérium által irányított bűnüldöző szolgálatok felügyeletéért, amíg a hivatalt a Nemzeti Közbiztonsági Bizottság nem váltotta fel.