Írj folytatást erre a bekezdésre - Johnson jól kezdte a 2016-os szezont, az első tíz versenyen hat top-10 befejezéssel. Két alkalommal nem került a top 10-be, majdnem megnyerte a Memorial Tournamentet, egy lövéssel a győztes William McGirt mögött. Egy héttel később a FedEx St. Jude Klasszikuson is top 10-es lett. Johnson megnyerte a 2016-os US Open-t.
2016. június 19-én, a 29. meccsén elnyerte első főszerepét. A győzelmet azonban viták borították, mivel Johnsonnak egy-egy büntető lövést kaptak az utolsó forduló befejezése után az ötödik zöldben történt incidens miatt. Miközben felkészült, hogy a labdát a par putthoz irányítsa, a labdája enyhén megmozdult. Johnson azt mondta, hogy nem szólt a labdához. Miután beszélt a helyszínen lévő szabályzati tisztviselővel, azt mondták neki, hogy folytassa a lövést, amit sikeresen el is tett. Végül három ütéssel nyert Shane Lowry, Scott Piercy és Jim Furyk előtt. A mozgó labda incidens felháborodást váltott ki a világ számos legjobb golfozója között, olyan játékosokkal, mint Jordan Spieth, Rory McIlroy, Rickie Fowler és Webb Simpson, akik a közösségi médiában kritizálták az USGA döntését. Johnson három pozícióval emelkedett az OWGR-ben a harmadik helyre a győzelem után.