A konföderáció növekvő városai közül Lucerne volt különösen népszerű az új lakosok vonzásában. Lucern 1453 és 1616 között saját, évenkénti szenvedélyjátékát rendezte, amely kétnapos, napi 12 órás előadás volt. A reformáció idején a szövetség felbomlott, és 1520 után a közeli városok többsége protestáns lett, Lucern azonban katolikus maradt. Miután a katolikusok 1531-ben a Kappel-i csatában legyőzték a protestánsokat, a katolikus városok uralkodtak a szövetségben. Ebben az időszakban érkeztek először lucernai jezsuiták 1567-ben, és érkezésüket Carlo Borromeo bíboros, Milánó érseke jelentősen támogatta. A régiót azonban olyan protestáns városok uralták, mint Zürich, Bern és Basel, amelyek 1712-ben legyőzték a katolikus erőket.
Toggenburg háború. Lucerne egykori kiemelkedő pozíciója a szövetségben örökre elveszett. A 16. és a 17. században a háborúk és járványok egyre ritkábbá váltak, és ennek eredményeként az ország lakossága erősen nőtt.