1863-ban az új ezred harcolt a
A Grand-öböl csata, a Bajnok-hegy csata, a Nagy Fekete-folyó híd csata és a Vicksburg ostroma, ahol az ezred fogságba esett a konföderációs megadás részeként. Az ezred emberei ezután fogolycserét folytattak, és újra csatlakoztak a Konföderációs hadsereghez, még mindig az 1. és 4. Missouri gyalogsági ezred (Consolidated) megjelölése alatt. 1864-ben a ezred részt vett a New Hope Church csatájában, a Kennesaw-hegy csatájában, Atlanta ostromában, Allatoona csatájában és Franklin csatájában. 1865. május 9-én, a háború vége felé, az 1. és 4. Missouri gyalogsági (összesített) megadták magukat a Fort Blakely-i csatában, ezzel véget vetve az egység létezésének.