A második világháború kitörését követően Honner 1939. október 24-én beiratkozott a második ausztrál császári erőkbe. 1939 decemberében kapitány rangban vette át a Nyugat-Ausztrália gyalogos zászlóaljának a "C" társaságának parancsnokságát. Honner és zászlóalja 1940 áprilisában elhajózott a Közel-Keletre, és a következő hónapban megérkezett. A palesztin kiképzést követően Honner társulatja a nyugati sivatag csatáiban harcolt az olaszokkal szemben.
Bardia, Tobruk és Derna, mielőtt elküldenék Görögországba a német invázió után 1941 áprilisában. Görögországban Honner vezette embereit a visszavonulások során, amikor erősebb német erők tolták vissza őket. Később Krétára evakuálták őket, ahol részt vettek a Retimo környékén folytatott kemény harcokban. Honner aztán egy csoportot vezetett a szigeten keresztül, hogy elkerüljék a fogást, és miután találkoztak egy Királyi Haditengerészeti tengeralattjáróval, evakuálták őket Alexandriába. Később őrnagy lett, és a korábbi görög hadjáratban a Thermopylae környékén folytatott harcok során vezető szerepe miatt katonai keresztet kapott.