Írj folytatást erre a bekezdésre - Az etnikai konfliktus kezdett kitörni a régióban. 1919. június 5-én az azeri és kurdok 600 örmény lakosát ölték meg. Sultanov kijelentette, hogy azok a szabálytalanok nem voltak az ő irányítása alatt. 1919 augusztusában a Karabachi Nemzeti Tanács ideiglenes szerződéses megállapodást kötött az azeri kormánnyal, elismerve az azeri kormány tekintélyét, amíg a Karabachi hegyes része kérdését a párizsi békekonferencián rendezik. A megállapodás aláírása ellenére az azeri kormány folyamatosan megsértette a szerződés feltételeit, még szigorúbb intézkedéseket alkalmazva az örmény lakosság ellen. Sultanov főkormányzó csapatokat gyűjtött a régióban, és 1920. február 19-én ultimátumot adott az örményeknek, hogy fogadják el a feltétel nélküli egyesülést Azerbajdzsánnal, majd lemészárolták több örmény faluban, köztük Khankendi lakosságát. A Karabagh Nemzeti Tanács képviselőinek egy kisebbsége Shushában gyűlt össze, hogy elfogadja Sultanov követeléseit, míg a többiek a közeli Shushikendben találkoztak, hogy elutasítsák az ultimátumot. A konfliktus örmény felkeléssel zárult, amelyet az azerbajdzsáni hadsereg elnyomott. 1920 márciusának végén egy brit újságíró arról számolt be, hogy a rendőrség örmény fele meggyilkolta az azerbajdzsáni félidőt az utóbbi hagyományos Novruz Bayram ünnepségek során. Az örmény meglepetéses támadást az Örmény Köztársaság erői szervezték és koordinálták. Az azeriak felháborodása ezért a meglepetésszerű támadásért végül az egész örmény népesség mészárlásához és kiűzéséhez vezetett 1920 márciusában.
, amelyben 500 és 20.000 között halt meg az örmény Shusha lakossága, és sokan menekülni kényszerültek, és a város örmény fele megsemmisült.