A spanyol polgárháború kezdetén bebörtönözték Ibizán, és 1936 augusztusában elengedték, amikor a sziget visszatért a köztársasági ellenőrzésbe. 1936 novemberében már Madridban volt, miután lefoglalta az arisztokrata palotát (Palacio de Zabálburu) a Retiro Park közelében, mint az Alianza de Intelectuales Anti-fascistas (Anti-fasisztás értelmiségiek szövetsége) székhelyét, amely Gerda Taro második otthona lett. A spanyol polgárháború idején Alberti a baloldal költői hangjává vált, és a polgárháború idején gyakran közvetített a fővárosból.
A frankista seregek Madrid ostroma, verseket írt a város védelmezőinek dicséretére. A XV. Nemzetközi Brigád újságának alig volt olyan kiadása, a "Volunteer for Liberty", amely nem tartalmazott egy versét. 1939 elején feleségével együtt egy nagy vidéki házat üzemeltettek Eldában, mint szállodát, ahol sok republikánus gyűlt össze, akik száműzetést fontolgatnak. Ezek közé tartozott La Pasionara, Enrique Líster és Juan Modesto. A spanyol köztársasági fegyveres erők veresége és a köztársaság feloszlatása után Alberti és María Oranon keresztül Párizsba menekült, és Pablo Nerudával együtt költözött egy lakásba a Quai de l'Horloge-ban. 1940 végéig Párizsban éltek, és fordítóként dolgoztak a francia rádióban, valamint a "Paris-Mondial" latin-amerikai műsorainak hirdetőiként. Franciaország német megszállása után Marseilles-ből Buenos Aires-be hajóztak az SS Mendoza-val.