A háború után Ančerl a Prágában működő Rádióban vezetett egészen 1950-ig, amikor a Cseh Filharmonikusok művészeti igazgatója lett, és ezt a posztot sikeresen töltötte be tizennyolc évig. A
Az 1968-as csehszlovák invázió után Ančerl Torontoba emigrált, ahol a torontói szimfonikus zenekar zenei igazgatójaként dolgozott 1973 haláláig.