A mexikói-amerikai háború kitörésekor, 1846 júniusában, Van Burent újra kinevezték a hadseregbe, mint pénzfizetőt, őrnagy rangban. Van Buren Zachary Taylor és Winfield Scott tábornok segítőjeként szolgált, és részt vett a Contreras-i csatában, a Monterrey-i csatában,
Veracruz ostroma, Cerro Gordo csata és Churubusco csata.