A háborút követően O'Doherty továbbra is hű volt a Koronához, de 1608-ban, egy vita után Derry új kormányzójával, O'Doherty lázadást indított a kastélyban, mint a főhadiszállásán. A
Derry áprilisi égetése váltotta ki az O'Doherty-féle lázadást. Válaszul a dublini hatóságok csapatokat küldtek, hogy elfoglalják O'Doherty Inishowen szíveit. Egy ostrom után elfoglalták Burt kastélyt, és kiszabadították a Derry-ben fogva tartott foglyokat. Nem sokkal később O'Doherty meghalt a Kilmacrennan-i csatában, és a lázadás összeomlott.