A Fort Donelson után a 41-es Illinois-t az 1. zászlóaljba rendelték Stephen A. Hurlbut 4. hadosztályába a Tennessee-i Hadseregben. Röviddel azután, hogy a harcok megkezdődtek a
A Shiloh-i csata során az 1. hadosztály parancsnoka, Nelson G. Williams ezredes súlyosan megsebesült, és a hadosztály parancsnoksága Pugh kezébe került. Pugh ezredes ügyesen vezette a sereget a kétnapos csatában Shiloh közelében, a "Véres tó" közelében.