Malinina az 1998-99-es Grand Prix szezont az 1998-as Skate America ötödik helyezettel kezdte. Nem sokkal ezután, 1998 novemberében Malinina és Skorniakov a jobb képzési körülmények miatt Dale Citybe (Virginia) költözött. Decemberben Malinina megnyerte első Grand Prix címét az 1998-as NHK Trophy-n, és első GPF döntőjébe jutott. 1999 februárjában részt vett az első Négy Kontinens Bajnokságon, és az első női aranyérmet nyert. A következő hónapban legyőzte Maria Butyrskayát és Irina Slutskayát az aranyéremért a Szentpétervárban megrendezett Grand Prix döntőben. A szezont úgy fejezte be, hogy a karrierje legjobb negyedik helyezése volt a
Világbajnokság.