1939 szeptemberében kitört a háború, és Möller a seregbe vonult.
- Igen. Abban az évben Nirrnheim néhány nappal a nyolcvanadik születésnapja után meghalt, és Möller visszatért a háborúból Hamburgba, és mind a Hamburg Történeti Egyesületben, mind a városi levéltár vezetőségi csapatának vezető tagjaként folytatta feladatait. 1948-ban kinevezték a Főigazgatóság igazgatójává (főnöke). 1948. január 1-jén lépett hivatalba, de ezt követően 1948 februárjának elején szabadságra küldték, mivel felmentésével szembesült.