A Cisalpine Köztársaság megalapításával, a napoleoni megszállás alatt, Giovannit az új kormány egyik igazgatójaként nevezték ki. De egy vita Brune tábornokkal elbocsátotta. A Habsburg kormányzat visszatérésével a Cattaro erődben került börtönbe. A Marengo-i csata után
, és az osztrákok veresége, visszahívták a kormányba. Különböző pozíciókat töltött be, köztük a szenátus elnökét az 1809-es, 1811-es és 1812-es években. Támogatta Napóleon céljait, hogy Olaszország királyának titulusa legyen, és jutalomként gróf címet kapott, valamint a Vaskoronát és a Becsület Légiót. Sikertelenül lobbizott, hogy Eugène de Beauharnais-t nevezzék ki az észak-olasz köztársaság királyavá. Napóleon bukása után a fő jövedelme a matematika oktatása volt.