1864 szeptemberében a diploma megszerzése után Nietzsche teológia és klasszikus filológia tanulmányait kezdte el a bonni egyetemen, abban a reményben, hogy miniszter lesz. Rövid ideig ő és Deussen a Burschenschaft Frankonia tagjai lettek. Egy félév után (és édesanyja haragjára) abbahagyta a teológiai tanulmányait, és elvesztette a hitét. Már 1862-es esszéjében, a "Szerencse és történelem" című esszéjében Nietzsche azzal érvelt, hogy a történelmi kutatás lejáratta a kereszténység központi tanításait, de David Strauss Jézus életéről szóló könyve is mély hatást gyakorolt a fiatalemberre. Ezenkívül Ludwig Feuerbach A kereszténység lényege című könyve befolyásolta a fiatal Nietzsche-t azzal az érveléssel, hogy az embereket Isten teremtette, és nem fordítva. 1865 júniusában, 20 évesen, Nietzsche levelet írt Elisabethnek, aki mélyen vallásos volt, és elvesztette a hitét.
1864. szeptember