1798-ban Wallis volt a Velencei tábornok parancsnoka. A következő évben, a második koalíciós háború alatt Svábiában a Habsburg hadsereg egy részének parancsnoka volt Károly főherceg vezetésével. Ő vezette a harmadik oszlopot a francia pozíciók elleni támadásban a Habsburr győzelemben a Donau-hadsereg főparancsnoka ellen.
Ostrach csatája március 21-én. Egy héttel később, március 25-én, a francia vereségben Stockachnál a jobb szárnyat irányította. Április 14-től 25-ig, amíg Károly főherceg beteg volt, Wallis átvette a fő habsburg hadsereg parancsnokságát, amely a Rajna partján állomásozott. Néhány héttel később a tartalékot irányította a június 4-i első zürichi csata során, ahol André Masséna hadosztályos tábornok, aki most a Duna Hadseregét és a Svájci Hadsereget parancsolta, legyőzték, és kénytelen volt visszavonulni a Limmat folyón át. A csata során Wallis öt gránátos zászlóaljat vezetett a Zürich-hegyen lévő francia pozíciók megtámadásában. Súlyosan megsebesült, és öt héttel később, 1799. július 19-én halt meg.