A terrorizmus fontos nemzetbiztonsági kérdésként jelent meg a Clinton-kormányban, és a Bush-kormány egyik meghatározó kérdésévé vált. Az 1980-as évek végén Osama bin Laden megalapította az al-Kaidát, egy militáns szunnita iszlamista multinacionális szervezetet, amely megpróbálta megdönteni a nyugati támogatású kormányokat Szaúd-Arábiában, Jordánia, Egyiptom és Pakisztán. A szaúdi döntésre, hogy 1991-ben amerikai katonákat fogad, az al-Kaida terrorista kampányt indított amerikai célpontok ellen, olyan támadásokat szervezve, mint az 1998-as
A USS Cole bombázása. Bush első hivatali hónapjaiban az amerikai hírszerző szervek kommunikációkat fogtak el, amelyek arra utaltak, hogy az al-Kaida újabb támadást tervez az Egyesült Államok ellen, de a külpolitikai tisztviselők felkészületlenek voltak az Egyesült Államok elleni nagyobb támadásra. Bush tájékoztatást kapott az al-Kaida tevékenységeiről, de a hivatal első hónapjaiban más külpolitikai kérdésekre összpontosított.