A terrorizmus egyre fontosabb nemzetbiztonsági kérdésként jelent meg Clinton korában. A szovjet-afganisztáni háború utolsó éveiben Osama bin Laden megalapította az al-Kaidát, egy militáns szunnita szervezetet. Az al-Kaida vezetői megvetették a nyugati értékeket, és különösen dühösek voltak az amerikai katonai jelenlét miatt Szaúd-Arábiában. Az Al-Kaida az 1990-es években nőtt, és terrorizmusban vett részt a Közel-Keleten és máshol. A csoport vállalta a felelősséget az 1993-as World Trade Center bombázásért,
Két amerikai nagykövetség bombázása Kelet-Afrikában, és egy amerikai hajó bombázása Jemenben. Bosszúból Clinton elrendelte az al-Kaida létesítményeinek bombázását Afganisztánban és Szudánban. A Központi Hírszerző Hivatal és a hadsereg Bin Laden mozgását követte, hogy elkapják vagy megöljék, de Bin Laden elmenekült az afgán hegyek mélyén.