A rabszolgaságellenes nézeteinek eredményeként Jenkins republikánus lett, amikor a párt megalapították. 1856-ban küldött volt az első
A Republikánus Nemzeti Konvenció. 1857-ben sikertelen republikánus jelölt volt a New York-i fellebbviteli bíróságon, de Hiram Denióval veszített. 1858-ban jelölt volt a New York kormányzói republikánus jelölésére, de elvesztette Edwin D. Morgan ellen, aki megnyerte az általános választásokat.