A múzeum legfontosabb gyűjteménye a második világháborúval kapcsolatos. Különböző fényképes táblák mutatják a Máltán a háború alatt folytatott életet, különösen a polgári élet nehézségeit és a légi bombázás okozta károkat. Az egyik kiemelkedő része a Gloster Sea Gladiator "N5520" törzse, az egyetlen túlélő a Hal Far vadászgép repüléséből. A múzeumban egy Willys Jeep 'Husky' is található, amelyet Dwight D. Eisenhower használt a
Szicília invázióján, és Roosevelt Máltánál. A múzeumban a VI. György király által 1942 áprilisában Máltának odaítélt György-kereszt is látható. A gyűjtemény tartalmazza a lezuhant repülőgépek roncsát, a fogságba esett német géppuskákat, torpedót, lövészárut és más fegyvereket is.