A legtöbb baktérium a torokban vagy az orrban élő mikroorganizmusok apró aspirációi útján jut be a tüdőbe. A normális emberek felének ezek az apró aspirációi vannak alvás közben. Míg a torokban mindig vannak baktériumok, a potenciálisan fertőzők csak bizonyos időkben és bizonyos körülmények között laknak ott. Egy kisebb számú baktériumtípus, mint például a Mycobacterium tuberculosis és a Legionella pneumophila, a légszennyezett cseppek útján jut el a tüdőbe. A baktériumok a véren keresztül is terjedhetnek. Ha egyszer a tüdőbe kerülnek, a baktériumok megtámadhatják a sejtek közötti és az alveolok közötti tereket, ahol a makrofágok és a neutrofilok (defenzív fehérvérsejtek) megpróbálják inaktiválni a baktériumokat. A neutrofilok szintén citokint bocsátanak ki, ami az immunrendszer általános aktiválódását okozza. Ez lázhoz, gyulladáshoz és fáradtsághoz vezet.
a makrofágok és a neutrofilok (védős fehérvérsejtek) megpróbálják inaktiválni a baktériumot