Jinnah családja gujarati ismaeli származású volt, bár Jinnah később a tizenkét síita tanítást követte. Halála után rokonai és más tanúk azt állították, hogy később a szunnita szektába tért. A vallása halálának idején bírósági ügyekben vitatott volt. Jinnah gazdag kereskedő hátterű volt, apja kereskedő volt, és valószínűleg 1876-ban született Jinnahbhai Poonja és felesége Mithibai, egy bérelt lakásban a Wazir Mansion második emeletén, Karachi közelében, jelenleg Sindh, Pakisztán, de akkor a brit indiai Bombay elnökségében. Jinnah családja egy gujarati iszlám iskolába járt, ahol a fiatal fiú három évig tanulhatott angol nyelvet, mint az édesanyja.
Kutchi és angol