Az emír azonban csak ideiglenes pihenést nyert. Ahogy az orosz polgárháború lecsillapodott, Moszkva erősítést küldött Közép-Ázsiába. 1920. szeptember 2-án egy jól fegyelmezett és jól felszerelt Vörös Hadsereg serege a bolsevik tábornok, Mikhail Frunze parancsnoksága alatt megtámadta a várost.
- Igen. Négynapos harcok után elpusztították Bukhara ládáját, a vörös zászlót a Kalyan-minarett tetejéről emelték, és Alim kán emírt Dushanbe-i bázisába (a mai Taddzsikisztánban) kellett menekülnie, és végül Kabulba, Afganisztánba, ahol 1944-ben meghalt. A Shuadoi Solehin temetőben van eltemetve.