Villalobos volt a Népi Forradalmi Hadsereg, vagyis az "Ejército Revolucionario del Pueblo" egyik fő vezetője, egy csoport, amely az 1970-es évek elején alakult ki El Salvadorban, mint a különböző marxista és baloldali katolikus csoportokban gyökerező sejtek laza szövetsége. Az ERP az öt szervezet egyike volt, amelyek 1980-ban összefogtak, hogy létrehozzák a Farabundo Martí Nemzeti Felszabadítási Frontot a salvadori polgárháború alatt.
, amelyben baloldali gerillák harcoltak El Salvador hadsereg által uralt és az Egyesült Államok által támogatott jobboldali kormánya ellen. Villalobos, aki közgazdaságtan tanulója és baloldali aktivista volt, 1971-ben csatlakozott az ERP-hez, 19 éves korában. Azóta azzal vádolják, hogy részt vett Roque Dalton 1975-ös meggyilkolásában, a forradalmi költő és az ERP vezetője, akit elvtársai lelőttek, miután a csoporton belüli hatalmi harc miatt CIA kémként vádolták. Akkoriban a gyilkosság megosztottsághoz és egymás elleni vádakhoz vezetett az ERP-ben, valamint más baloldaliak kritikájához, de 1980 után Villalobos az FMLN egyik fő katonai stratégájává vált. Villalobos vezetése alatt az ERP-t "a leghatékonyabb katonai szervezetnek tartották a salvadori baloldalon" a polgárháború alatt, Villalobos pedig "a vakmerő stratégiai zsenialitás hírnevét" fejlesztette ki. A Financial Times Villalobosot "a 20. századi latin-amerikai gerillák igazi mestereként" írta le, Che Guevaránál is jobban.