A várost először írásos forrásokban 1744-ben említik, de egy évszázaddal később kezdett növekedni, amikor 1838-1839-ben egy nagy postaállomást hoztak létre a Kaunas-Suwałki úton, amely a hosszabb Berlin-Szent-Pétervár útvonal része volt. Itt álltak meg a postakocsik lovat cserélni és utast felvenni. Az 1859-1861-ben épült Varsó-Szent-Pétervári Vasút váltotta le a postai útvonalat. Az 1863-as felkelés idején
1863. augusztus 21-én a helyi lázadók (körülbelül 620 ember) és az orosz hadsereg között harc zajlott. A rosszul felfegyverzett lázadók legyőződtek, és mintegy 80 embert vesztettek, mielőtt visszavonultak volna. A tanári szeminárium megalapítása után Veiveriai az oktatás és a kultúra központjaként fejlődött. Az 1930-as években, a gazdasági válság idején a város része volt a Antanas Smetona kormányával szembeni heves tiltakozásoknak. Két tüntető meghalt. A II. világháború után Veiveriai támogatta a szovjetellenes fegyveres ellenállást. 1989-ben létrehozták a "Skausmo kalnelis"-t (a bánat hegye), ahol a megölt ellenállók holttesteit temették el. A dombot a város 2004. évi címerébe tették bele.