Az Indiai-óceánon keletkező esőfelhők a nedvességük nagy részét a sziget keleti partjain keresztül bocsátják ki; a nagy csapadék támogatja a terület esőerdő-ökoszisztémáját. A központi magasföldek szárazabbak és hűvösebbek, míg a nyugati még szárazabb, és a sziget délnyugati és déli belsejében félszáraz éghajlat uralkodik. A trópusi ciklonok az infrastruktúrát és a helyi gazdaságot károsítják, valamint életvesztéseket okoznak. 2004-ben a Gafilo ciklon lett a valaha regisztrált legerősebb ciklon, amely Madagaszkárra csapott.
viszonylag hűvösebb száraz évszak