1102-ben a korábban független Horvátország és a Magyar Királyság személyes unióba lépett, és ugyanaz a király, I. Ladislaus uralkodott rajtuk. Az oszmán hódításokat és a 1527-es Mohács-i csata katasztrofális vereségét követően a horvát nemesség a Szent Római Birodalom Ferdinánd I. császárát választotta Horvátország új királyává. A magyar nemesség megosztott volt, de a Habsburgok annektálták a Magyar Királyságot, és Horvátországot és Magyarországot egyetlen korona alatt tartották. Az 1848-as magyar forradalom idején
Horvátország az osztrákok oldalán állt, így a horvát Ban Josip Jelačić segített Ausztriának 1849-ben legyőzni a magyar erőket, és elindította a germanizáció időszakát. Az 1860-as évekre nyilvánvalóvá vált ennek a politikának a kudarca, ami az 1867-es osztrák-magyar kompromisszumhoz vezetett, és az osztrák birodalom és a magyar királyság koronái közötti személyes unió létrehozásához. Horvátország státuszának kérdését az 1868-as horvát-magyar rendezés oldotta meg, amikor Horvátország és Szlavónia királyságát Horvátország-Szlavónia királyságba egyesítették. Az Osztrák-Magyarország első világháborúban elszenvedett vereségét követően a horvát parlament 1918. október 29-én kikiáltotta függetlenségét, és úgy döntött, hogy csatlakozik az újonnan létrehozott Szlovén, Horvát és Szerb Államhoz, ezzel véget vetve a Habsburg uralomnak és a 816 évnyi magyarországi személyes uniónak. A trianoni szerződés értelmében Magyarország elvesztette Međimurje megyét és Baranya déli részét Horvátországnak. A második világháború óta a két állam közötti kapcsolatokat a nácikkal, a szovjetekkel és Jugoszláviával folytatott együttműködés határozza meg az 1989-es forradalmakig és Jugoszlávia felbomlásáig. Magyarország 1992-ben elismerte a horvát függetlenséget az Európai Gazdasági Közösség többi részével együtt, és támogatta Horvátországot a horvát függetlenségi háború alatt.