Írj egy folytatást erre a bekezdésre - Bourdais jelentősen tesztelte a Toro Rosso csapatot a tél folyamán, bár bizonytalan volt a vezetésről az új év felé. 2009. február 6-án azonban megerősítették, hogy a Toro Rosso versenyzője a második évben, a svájci újonc Sébastien Buemi partnerével. Annak ellenére, hogy két pontot szerzett az ausztrál nagydíjon.
És Monacóban Bourdais küzdött a kevésbé tapasztalt csapattársa ellen. Spanyolországban Bourdais elütötte Buemi autóját, amikor a mezőny megpróbálta elkerülni a Jarno Trulli-t az első körben, ezzel mindkét versenyzőnek véget vetve a versenynek. A Brit Nagydíjon Bourdais összeütközött a McLaren versenyzőjével, Heikki Kovalainennel, ezzel mindkettőjüknek megint véget vetett a verseny. A német nagydíjon mechanikai meghibásodást szenvedett, miután több mint egy másodperccel az utolsó helyen végzett.