Fassbender egy katolikus, bár még mindig megy templomba gyertyákat gyújtani. A Liverpool labdarúgó klub támogatója. 2010-ben Fassbender akkori ex-barátnője, Sunawin Andrews távoltartási végzést nyújtott be ellene a Los Angeles-i Megyei Bíróságon, azzal, hogy 2009-ben "feldobott egy székre, és az orromot eltörte", és azt állította, hogy az autója mellé húzta, sérült a bokája és a térde, és egyben felrobbantotta az ovariát. A The Daily Beast ismételt a német nyelvű állításokat, amelyek miatt Fassbender német nyelvű filmben vagy játékban fellépett.
A fény az óceánok között