A háború után Hirszfeld és felesége visszamentek Varsóba, ahol egy szérum-intézetet alapítottak, amit a frankfurti Ehrlich Intézet kísérleti terápiájára modelleztek. Hamarosan a varsói Állami Higiéniai Intézet igazgatóhelyettese és tudományos vezetője lett, 1924-ben pedig ott professzor lett. 1931-ben a varsói egyetem professzorává nevezték ki, és számos nemzetközi testületben szolgált. Lengyelország megszállása után
Hirszfeldet a német hadsereg "nem árja" néven elbocsátotta a Higiéniai Intézetből, de barátai védelme révén sikerült további tudományos munkát végeznie otthon 1941 februárjáig; azonban szinte lehetetlen volt számára publikálni.