Töltse ki a következő mondatot: Elhagyva Minnesotát, Clarke visszatért Philadelphiába, hogy az 1992-93-as szezonban a vezető alelnök szerepét vállalja, és az első szezonban mentorként szolgált az ifjú jelenség Eric Lindros számára. Clarke nem sokkal ezután továbblépett, és a Florida Panthers expanzióval vette át a főigazgatói pozíciót, egy olyan csapat, amely 1993-94-ben a nyeremények és pontok expanziós csapat rekordját állította fel. Visszatért a Flyers főigazgatói posztjára az 1994-95 szezon előtt (Floridát készpénzben és a Philadelphia második körű draftja a 1994-95 szezonban).
1994 NHL Entry Draft), és újjáépítette a csapatot, hogy bekerüljön a kupába. Második megbízatása alatt a Flyers főigazgatójaként a csapat 11 egymást követő szezonban jutott a play-off-okba, de egyszer (1997) eljutott a döntőbe. A 2006/07-es szezon rossz kezdetét követően Clarke lemondott a lehetséges kiégésről és a vágyhiányról. Clarke 2006. december 4-én tért vissza a franchise-hoz, és vezető alelnöknek nevezték ki.