Amikor 1809-ben kitört a háború Franciaországgal, von Hiller a VI. Hadtest parancsnoksága alá került, amely az osztrák hadsereg bal szárnyát fedezte. Amikor Franciaország Napóleon I. császára április 20-án az osztrák bal szárnyra esett az Abensbergi csatában, Hiller megérkezett és átvette a V., VI. és II. tartalék hadtest parancsnokságát. Vereséget szenvedett Abensbergnél és április 21-én Landshut csatájában.
, elkülönült a főhadseregtől. Április 22-én Károly érsek vereséget szenvedett Eckmühl csatájában, és visszavonult a Duna északi partjára. Nem tudva, hogy egyedül van a déli parton, Hiller megtámadta Jean-Baptiste Bessières francia marsallot, és kisebb győzelmet aratott Neumarkt-Sankt Veit csatájában április 24-én. Végül rájött, hogy az esélyek ellene vannak, és április 25-től május 3-ig jó sorrendben vonult vissza Linz felé. Az utóbbi időpontban André Masséna hadtestével vad akcióba kezdett az Ebelsberg-i csatában. Ez a vereség arra kényszerítette von Hiller-t, hogy visszavonuljon a Duna túloldalára Mauternnél.