A háború után Hirszfeld és felesége visszamentek Varsóba, ahol a frankfurti Ehrlich-Institute for Experimental Therapy után alakított ki egy szérum-intézetet. Hamarosan a varsói Állami Higiéniai Intézet igazgatóhelyettese és tudományos vezetője lett, 1924-ben pedig ott professzor lett. 1931-ben a varsói egyetem professzorává nevezték ki, és számos nemzetközi testületben szolgált. A
A német hadsereg Lengyelország megszállása után Hirszfeldet "nem árja"ként elbocsátották a Higiéniai Intézetből, de barátai védelme révén sikerült további tudományos munkát végeznie otthon 1941 februárjáig; azonban szinte lehetetlen volt számára publikálni.