A Honshu hegyvidéki és vulkánvidéki területe gyakori földrengéseknek van kitéve (a Nagy Kantó földrengés súlyos károkat okozott Tokiónak 1923 szeptemberében, és a 2011 márciusi földrengés
a sziget észak-keleti részén változó mennyiségben mozgott, akár pusztító cunami-k okozásakor is). A legmagasabb csúcs a Fuji vulkán, ami Honshut a világ hetedik legmagasabb szigetévé teszi. Sok folyó van, köztük a Shinano folyó, Japán leghosszabb folyója. A japán Alpok Honshu szélességén átnyúlanak a "Japán-tenger" partjától a csendes-óceáni partokig. Japán nyugati részén általában nedves szubtrópusi, és északi részén nedves kontinentális éghajlat van.