A "Daedalus"-ról Kelly 1810 márciusában a 64 ágyúú hadsereg első hadnaggyá vált. A "Polyphemus" volt a vice-admirális, Bartholomew Rowley zászlóshajója, aki a kiküldetése alatt halt meg. Kelly-t hazaküldték a küldeményekkel a fedélzeten. Ő volt a kapitány a 18 löveges csónakban a
1811. augusztus és szeptember között Jáva inváziója, és 1811. november 28-án parancsnok lett. Ezután egy ideig félig fizetésen töltött aktív foglalkoztatás nélkül, annak ellenére, hogy az 1812-es háború és Lord Exmouth Algieri expedíciója során kérelmet nyújtott be az Admiralitáshoz.