Írj folytatást erre a bekezdésre - Az Euro 2000 után a Nesta az új menedzser, Giovanni Trapattoni irányítása alatt továbbra is az első választás volt Olaszország számára, és a 2002-es világbajnokság időmérőjén széles körben szerepelt. A 2002-es világbajnokságon Fabio Cannavaróval középpárti védekezésben játszott, és tiszta lapot tartott az Ecuador elleni megnyitó győzelemben, de ismét sérülés miatt nem játszott a második fordulóban, és Nesta nem szerepelt a vitatott második fordulóban, amikor a társ-házigazda Dél-Korea vereséget szenvedett. Nesta kiemelkedő szerepet töltött be, amikor Olaszország az Euro 2004 kvalifikációs csoportjának élén állt. Olaszország csalódása a nagy bajnokságokon folytatódott az Euro 2004-en
, azonban az első fordulóban Dániával és Svédországgal kötött három-öt-pontos mérkőzés után kiesett, csak hogy közvetlen találkozásokon kerüljön ki. Nesta sikerült sérülésmentesen maradnia, és mindhárom csoportjátékban teljes 90 percet játszott, és segített Olaszországnak, hogy tiszta lapot tartson a Dánia elleni nyitó meccsen.