2000-ben felvették, hogy vezesse a török labdarúgó-csapatot. Törökország a 2002-es FIFA Világbajnokságra jogosult, és harmadik lett. Güneş 2002-ben megnyerte az UEFA Év edzője díját. A világbajnokság után számos ajánlatot kapott Görögországból, Brazíliából és Spanyolországból, de Törökországban akart maradni. Miután a nemzeti csapat nem jutott el az UEFA Euro 2004-re
, Güneş-t kirúgták a menedzser pozíciójából.