Empedoklész négy végső elemet állapított meg, amelyek a világ összes szerkezetét létrehozzák: tűz, levegő, víz, föld. Empedoklész ezeket a négy elemet "gyökéreknek" nevezte, amelyeket a Zeus, Hera, Nestis és Aidoneus mítoszi nevével is azonosított (pl. "Most halljátok a minden négyszörös gyökereit: éltető Hera, Hades, ragyogó Zeus. És Nestis, könnyekkel nedvesítve a halandó forrásokat. ") Empedoklész soha nem használta az "elem" kifejezést (στοιχεῖον, stoicheion), amelyet Platón használhatott először. A négy elpusztíthatatlan és változhatatlan elem egymással való kombinációjának különböző aránya szerint a következő szerkezetváltozás keletkezik. A négy elem szétválasztása és így a szétválasztás során Empedoklész úgy nevezte ezeket a négy elemet atomoknak, mint a végső elemeket, amelyek a Zeus, Hera, Nestis és Aidoneus mítoszi nevével is azonosították (pl. "Most
Tűz, levegő, víz, föld