Miután Pellew helyére William O'Bryen Drury kontradmirális állt, Dorist a Malacca-szorosba küldték, hogy együttműködjön a spanyol kormányokkal. Sikeres erőfeszítéseiért 1809-ben megkapta a HMS "Caroline" fregatt parancsnokságát, és a következő évben kaptak egy osztag parancsnokságát, amellyel szabad megbízással megtámadhatta a Molukkai-szigeteket. A jól védett Banda Neira szigetére hajózva Cole merész támadást tervezett 1810. augusztus 10-én, csapatai megtámadták az erődöt és sikeresen elfoglalták. A következő évben vezető szerepet játszott a javai invázió tervezésében.
, amelyet Robert Stopford kontradmirális sikeresen befejezett. Szolgáltatásaiért 1812 májusában lovaggá emelték, külön érmet nyertek, és az Oxford Egyetem tiszteletbeli doktori fokozatot adott neki.