Rakitić a 2012/13 La Liga szezont azzal kezdte, hogy segédkezni kezdett a Getafe elleni nyitó mérkőzésen. Szeptember 12-én újabb segédannyal segített Piotr Trochowski-nak a Real Madrid elleni 1-0-os győzelemben. A szezon első gólját a Deportivo de La Coruña ellen az ötödik meccs napján szerezte. Rakitić két gólt szerzett a szezon második szevillai derbyjának első 20 percében a városon átnyúló riválisok, a Real Betis ellen. Ez volt a harmadik gólja a szezonban a Sevilla városi riválisaival szemben, figyelembe véve azt a tényt, hogy ő is gólt szerzett a szezon első szevillai derbijében, amikor a Sevilla 5-1 győzelmet ünnepelett. A Real Sociedad elleni mérkőzésen Rakitić két gólt is hozzáadott a számához, azonban a második egy saját gól volt, így az első gól után a mérkőzést 1<unk>1 egyenlővé tette, így a klub 1<unk>0-os vezetést ért el. A szezon végéig összesen 42 meccset játszott a klubban, és 12 gólt szerzett a csapatnak.
Copa del Rey-ben. A szezont is befejezte, tíz aszisztálással. A statisztikák azt mutatták, hogy Rakitić összesen 100 esélyt teremtett, ami az összes európai játékos között negyedik helyen állt abban a szezonban.