Írj folytatást erre a bekezdésre - A Szovjetunió elnyomó rezsimet hozott létre; a legtöbb magas rangú polgári és katonai tisztviselőt, értelmiségieket és iparosokat letartóztatták, és általában nem sokkal később kivégezték. A szovjet elnyomás 1941. június 14-én tömeges deportálással ért csúcspontjába.
mintegy 11 000 ember Szibériába, akik közül több mint a fele embertelen körülmények között halt meg. Amikor 1941. június 22-én az úgynevezett "Nyári háború" során a Szovjetunió ellen elindult a Barbarossa német hadművelet, amelyet az "erdő testvérek" nevű észt gerillás katonák kísértek, mintegy 34 000 fiatal észt férfit kényszerítettek a Vörös Hadseregbe, akik közül kevesebb mint 30% élte túl a háborút. A szovjet pusztító zászlóaljak megkezdték a "megégett föld" politikát. A politikai foglyokat, akiket nem lehetett evakuálni, az NKVD kivégezte. Sokan az erdőbe menekültek, és gerilla hadjáratot indítottak a szovjetek ellen. Júliusban a német Wehrmacht eljutott Észtország déli részére. A Szovjetunió augusztus végén hatalmas veszteségekkel evakuálta Tallint, és az osztrák erők októberben elfoglalták az észt szigeteket.