A 2006-os olimpiai játékokon az első futása a 3000 méter futás volt, ahol Wüst legyőzte Groenewoldot és Cindy Klassenet Kanadából, és lett a legfiatalabb holland olimpiai bajnok a téli olimpiai játékok történetében. A 1000 méteres futáson nem jutott el a dobogóra, mert negyedik lett. Az utolsó 1500 méteres versenyen bronzérmet nyert Cindy Klassen és a kanadai Kristina Groves mögött. A szezon utolsó versenyén, a 2006-os világbajnokságon.
Wüst negyedik lett, miután néhány nappal a bajnokság előtt megbetegedett.