Írj folytatást erre a bekezdésre - Követte Pompeiust Alexandriába, ahol Pompeiust meggyilkolta egy korábbi római tiszt, aki XIII. Ptolemaiosz király udvarában szolgált. Caesar ekkor belekeveredett az alexandriai polgárháborúba Ptolemaiosz és húga, felesége és társ-kormányzó királynője, VII. Kleopátra fáraó között. Talán azért, mert Ptolemaiosz részt vett Pompeiusz meggyilkolásában, Caesar Kléopátra oldalára állt; állítólag sírt, amikor megpillantotta Pompeiusz fejét, amelyet Ptolemaiosz kamaravezetője, Pothinus ajándékba adott neki. Bármi is történt, Cézár ellenállt Alexandriának.
47-ben legyőzte a Ptolemaiosz erőket a Nílus csatájában, és Kleopátrát helyezte uralkodóvá. Caesar és Kleopátra az alexandriai polgárháborúban elért győzelmüket az i. e. 47 tavaszán a Níluson tartott diadalmi felvonulással ünnepelték. A királyi bárkát további 400 hajó kísérte, és Caesar megismerkedett az egyiptomi fáraók luxus életmódjával.