2012. augusztus 31-én az Atlético csapatja megnyerte az UEFA Szuperkupát.
miután 4-1-re legyőzte a Chelsea-t a Monacó II. Louis stadionján. A hazai bajnokságban a csapat lenyűgözően kezdte a szezont, az első félidőt második helyen fejezte be, csak a Barcelona mögött és a városi riválisok, a Real Madrid felett. Végül Simeone a csapatot a harmadik helyre vezette a bajnokságban, ami akkoriban a legjobb eredmény volt az Atlético számára 17 év alatt. 2013. május 17-én megnyerte a Copa del Rey-t, miután az Atlético 2-1-re legyőzte a rivális Real Madriddal a Santiago Bernabéu Stadionban.