Villalobos a Népi Forradalmi Hadsereg, vagyis az "Ejército Revolucionario del Pueblo" egyik fő vezetője volt, egy csoport, amely az 1970-es évek elején alakult ki El Salvadorban, mint a különböző marxista és baloldali katolikus csoportokban gyökerező sejtek laza szövetsége. Az ERP volt az egyik az öt szervezet közül, amelyek 1980-ban egyesültek, hogy a Farabundo Martí Nemzeti Felszabadítási Frontot alakítsák a Farabundo Martí Nemzeti Felszabadítási Front alatt.
Salvadori polgárháború, amelyben baloldali gerillák harcoltak El Salvador katonai uralma alatt álló és az Egyesült Államok által támogatott jobboldali kormánya ellen. Villalobos, aki közgazdaságtan tanulója és baloldali aktivista volt, 1971-ben csatlakozott az ERP-hez, 19 éves korában. Azóta azzal vádolják, hogy részt vett Roque Dalton 1975-ös meggyilkolásában, a forradalmi költő és az ERP vezetője, akit elvtársai lelőttek, miután a csoporton belüli hatalmi harc miatt CIA kémként vádolták. Akkoriban a gyilkosság megosztottsághoz és egymás elleni vádakhoz vezetett az ERP-ben, valamint más baloldaliak kritikájához, de 1980 után Villalobos az FMLN egyik fő katonai stratégájává vált. Villalobos vezetése alatt az ERP-t "a leghatékonyabb katonai szervezetnek tartották a salvadori baloldalon" a polgárháború alatt, Villalobos pedig "a vakmerő stratégiai zsenialitás hírnevét" fejlesztette ki. A Financial Times Villalobosot "a 20. századi latin-amerikai gerillák igazi mestereként" írta le, Che Guevaránál is jobban.