1940 májusában Weygandot visszahívták aktív szolgálatra, és átvette a francia hadsereg parancsnokságát a német invázió alatt. Egy sor katonai kudarc után Weygand fegyverszünetet javasolt, és Franciaország később kapitulált. Philippe Pétain Vichy-kormányához csatlakozott védelmi miniszterként, és 1940 szeptemberéig szolgált, amikor kinevezték a francia Észak-Afrikában fő küldöttnek. Weygand csak korlátozott együttműködést szorgalmazott Németországgal, és 1941 novemberében Hitler igénye alapján elbocsátották a posztjából. Az észak-afrikai szövetséges invázió után
1942 novemberében Weygandot a németek letartóztatták, és 1945 májusáig Itter kastélyában tartották fogva. Franciaországba való visszatérését követően a Val-de-Grâce-ben társultként tartották fogva, de 1946-ban szabadon engedték, és 1948-ban felmentették a vádak alól. 1965-ben Párizsban halt meg 98 éves korában.