Saint-Exupéry utolsó felderítő küldetése a német csapatok mozgásáról szóló hírszerzés volt a Rhone-völgyben és környékén a háború előtt.
Szövetséges invázió Dél-Franciaországban ("Dragon hadművelet"). Bár visszaszerezte a régi századát azzal a feltétellel, hogy csak öt küldetést hajt végre, 1944. július 31-én egy fegyvertelen P-38-as repülőgéppel kilencedik felderítő küldetésén indult el egy korsikai légibázisból. Az osztag társainak nagy riasztására nem tért vissza, nyom nélkül eltűnt. Az eltűnése híre hamarosan elterjedt az irodalmi világban, majd a nemzetközi címlapokban. Egy azonosíthatatlan holttestet egy egyenruhában találtak néhány nappal az eltűnése után keletre a Frioul szigetcsoporttól, Marseille-től délre, és Carqueiranne-ban temették el szeptemberben.