A második világháborúban a japán hadsereg
Megszállták Malajziát, Észak-Borneót, Sarawakot és Szingapúrot, és több mint három évig elfoglalták őket. Ebben az időszakban fokozódtak az etnikai feszültségek, és nőtt a nacionalizmus. A függetlenség iránti népszerű támogatás nőtt, miután a szövetséges erők visszafoglalták Malajziát. A háború utáni britek terve, hogy egyesítsék Malajzia kormányzását egyetlen korona kolónia alatt, a "Malaj Unió" néven, erős ellenállással találkozott a malajzoktól, akik ellenezték a malajz uralkodók gyengítését és a kínai népesség állampolgárságának megadását. Az 1946-ban létrehozott Malajz Unió, amely a Malajz-félszigeten lévő összes brit birtokból állt, Szingapúr kivételével, gyorsan feloszlott, és 1948 február 1-jén a Malajz Szövetsége váltotta fel, amely helyreállította a brit védelem alatt álló malajz államok uralkodóinak autonómiáját.