A háború kezdetén a balti flotta harmadik rombolódivíziójába helyezték át. A
A Szovjet Haditengerészet Tallinnból Kronstadtba történő evakuálása során a "Yakov Sverdlov" a zászlóshajók kíséretének volt. A művelet során egy aknába ütközött és 1941. augusztus 28-án a Juminda-fok közelében süllyedt el. A roncsot 2018. június 16-án találták meg és azonosították.