A zsinagóga hamarosan egy kis, de élénk zsidó közösség központjává vált, amelynek egyik vezetője, Abraham Reuben, 1936-ban a karachii városi társaság tanácsosává vált. A brit Indiának a hinduk és a muszlimok közötti vallási vonal mentén való felosztása 1947 augusztusában Karachi városát az új muszlim többségű pakisztáni állam határai közé tette, amely után a zsinagóga elülső csatlakozási tábláját megváltoztatták, és a "Pakisztán Bene Izrael Közösség" alá sorolták. Kevesebb, mint egy évvel később a zsinagógát támadták és felgyújtották a muszlim lázadók az 1948-as Izrael Állam Függetlenségi Nyilatkozatát követően. Ebben az időben számos zsidót megtámadtak Pakisztánban, ami végül a közösség egyes részeit arra kényszerítette, hogy meneküljenek a szomszédos Indiába. Azonban a zsidók elleni támadások gyakorisága Pakisztánban az 1948-as arab-izraeli háborúk után nőtt.
1956, 1967 és 1973. Az 1970-es évek elejére a pakisztáni zsidó közösség nagyrészt Izraelbe vagy Indiába költözött a muszlim államokból való zsidó kivándorlás miatt, így a zsinagóga nagyrészt szunnyadóvá vált. 1988. július 17-én a zsinagógát lerombolták, és végül egy bevásárlótér (Madiha tér) váltotta fel Karachi déli részén, a Ranchore Line környékén.