Miután Javi Martínez a Bayern Münchenbe költözött, az Athletic kiesett a 2012-es és 2013-as Európa Liga csoportos szakaszából, és kibukott a Copa del Rey-ből.
A baszk Eibar harmadik osztályú klubja. A szezon végéig fenyegető volt a leépítés, és a "régi" San Mamés utolsó bajnoki mérkőzése vereséggel ért véget. Az Athletic hamarosan új stadionba költözött, bár csak részben készült el. Bielsa előléptette a fiatal francia védőt, Aymeric Laporte-t, míg a támadó, Fernando Llorente ingyenes átigazolást teljesített a Juventushoz.