Jefferson vonakodott belekeveredni bármilyen nemzetközi konfliktusba, de úgy vélte, hogy az erő a legjobb, ha visszatartja a barbár államokat a további adományok követelésétől. Az amerikai haditengerészetet a Földközi-tengerbe küldte, hogy megvédjék a barbár kalózoktól, ezzel kezdődött az első barbár háború.
- Igen. A kormányzat kezdeti erőfeszítései nagyrészt hatástalanok voltak, és 1803-ban a fregattot Tripoli elfoglalta. 1804. februárjában Stephen Decatur hadnagy sikeres támadást indított Tripoli kikötőjére, és felgyújtotta a "Philadelphia"-t, így Decatur nemzeti hős lett. Jefferson és a fiatal amerikai haditengerészet kényszerítette Tuniszot és Algériát, hogy szakítsák meg szövetségüket Tripolissal, ami végül kivitte őket a háborúból. Jefferson öt különálló tengerészeti bombázást is elrendelt Tripoli ellen, ami egy ideig helyreállította a békét a Földközi-tengeren, bár Jefferson az elnökségének végéig továbbra is kifizette a fennmaradó Barbary-államokat.