Miután 1973-ban megkapta a Juris Doctor diplomáját a University of Virginia School of Law-tól, Mueller a Pillsbury, Madison and Sutro ügyvédi irodában dolgozott San Franciscóban 1976-ig. 1991-ben 12 évig szolgált az Egyesült Államok ügyészi hivatalában. Először a kaliforniai észak körzeti ügyészi hivatalban dolgozott San Franciscóban, ahol a bűnügyi osztály vezetőjévé vált, majd 1982-ben Bostonba költözött, hogy az Egyesült Államok ügyészi hivatalában dolgozzon Massachusetts állam ügyészi asszisztenseként, ahol súlyos pénzügyi csalást, terrorizmust és nyilvános korrupciós ügyeket, valamint kábítószerrel kapcsolatos összeesküvést és nemzetközi pénzmosást vizsgált és vádolt. Miután a bostoni és Barlow Hill ügyvédi irodában dolgozott, Mueller 1991-ig eljáró ügyészként szolgált az Egyesült Államok igazságügyi minisztériumában.
Virginia Egyetem Jogtudományi Karán