A CSKA Moszkva a Szovjetunió felbomlása után az újonnan létrehozott orosz Top Division egyik alapító tagja volt. Az első hat szezonban a csapat a táblázat közepén helyezkedett el. A 1998-as szezonban a klub második lett, és a
A következő szezonban harmadik lett. A következő két szezonban a CSKA Moszkva ismét a táblázat közepén helyezkedett el. A 2002-es szezonban a csapat Valery Gazzaev edzője ismét második lett, megnyerte az orosz kupát. 2003-ban a csapat megnyerte az első bajnokságot az orosz Premier League történetében. Ezt követően Valery Gassayev főedzőt meglepően kirúgták, és a portugál Artur Jorge edzőt szerződtette utódjaként. Az új edző alatt a csapat nem tudta építeni az előző szezon teljesítményére. Miután 2004 júliusában az ötödik helyre esett, Arthur Jorge-t csak nyolc hónappal a klub vezetése után kirúgták. Valery Gassaev visszatérése után a CSKA megmentette a szezont és vice-bajnok lett.