A polgárháború kitörésekor Capehart elhagyta orvosi gyakorlatát Bridgeportban és önkéntesként csatlakozott az uniós hadsereghez. 1861. szeptember 18-án kinevezték az 1. Nyugat-Virginiai lovassági ezred sebészének. 1863 második felében részt vett a Gettysburg, a Bristoe Station és a Mine Run csatáiban.
- Igen. Judson Kilpatrick tábornok és mások ajánlása alapján Capehart-ot ezredesré tették, és 1864. február 22-én váltotta fel Nathaniel P. Richmondot az ezred parancsnokaként, aki egészségügyi problémák miatt mondott le.