Történelmileg különböző kínai dinasztiák uralták a mai Xinjiang egyes részeit. A régió a nyugati terjeszkedés eredményeként a modern kínai uralom alá került.
a mandzsu vezette Qing dinasztia 1700-as éveiben, amely Tibet és Mongólia meghódítását is látta. Xinjiang a Qing birodalom perifériája volt, és rövid időre visszanyerte függetlenségét a Dungan-felkelés (1862-1877) során.