Írj folytatást erre a bekezdésre - Löhr 1942. július 3-án váltotta fel a 12. hadsereg főparancsnokának a Pioniere Walter Kuntze tábornokot. 1942. augusztus 1-jén kinevezték a Wehrmacht délkelet-európai parancsnokává, és 1942. december 28-tól ezt a pozíciót újra a délkelet-európai főparancsnoknak nevezték ki. Az ő parancsnoksága alatt álló erők E hadseregcsoportként lettek kijelölve, és őt nevezték ki annak parancsnokává. Ebben a szerepben Löhr irányította az összes alárendelt parancsnokságot Délkelet-Európában, beleértve a Szerbiában parancsoló tábornokot (Paul Bader), a katonai parancsnokot a Szalonikai-Egyi-tenger térségében, a katonai parancsnokot Dél-Görögországban, a parancsnokot Krétán, a haditengerészeti parancsnokot az Egyi-tengeren, a német teljeskörű tábornokot a Horvátország Független Államában, a német csapatok parancsnokát Horvátországban, és a katonai attaché-t a bolgáriai Szófiában. Löhr szervezte a negyedik és ötödik támadás
1943-ban a jugoszláv partizánok ellen, amikor a foglyok többségét, beleértve a sebesülteket is, a helyszínen meggyilkolták. Az E hadseregcsoport főparancsnokaként Löhr felügyelte a dodekanéziai hadjáratot. 1944. augusztus 26-án, amikor a szövetségesek három fronton támadtak Németországra, Hitler megparancsolta Löhrnek, hogy kezdje el az E hadseregcsoport kiürítését Görögországból, és mozduljon északra, hogy megvédje a Szülőföldet.