Írj folytatást erre a bekezdésre - Rowley 1861 április 25-től ugyanazon év augusztus 6-ig szolgált a 13. Pennsylvaniai gyalogsági ezredesként. Ezután a 102. Pennsylvaniai Önkéntes Gyalogista Ezred ezredese lett. Megsebesült a Seven Pines-i csatában.
A Potomac hadseregben vezeti az ezredét. (rövid ideig) vezényelt egy hadosztályt a VI. hadtestben a Fredericksburg-i csatában. 1862. november 29-én brigádőr-generál rangjára emelték, majd a Chancellorsville-i csatában a I. hadtest egyik brigádját parancsolta. Ő volt a 3. hadosztály parancsnoka a Gettysburg-i csata elején, míg Abner Doubleday volt a parancsnok. (Chapman Biddle vezette Rowley brigádját.) 1863. július 1-jén a hadosztály súlyos veszteségeket szenvedett a konföderáció ellen Harry Heth tábornok hadosztálya ellen. Lezuhan a lováról a visszavonulás közben, amikor a pataknál megállt. Beteges fertőzéssel, a tyúktojás méretű hólyagokból a belső combján, lázas volt, és temperamentus. A Rowley és Lysander Cutler tábornok közötti összecsapást követően a 7. wisconsini tisztek viselkedéséről, Cutler 1864. áprilisában részegséggel vádolt. Kevesebb, mint 24 órával azután, hogy felkészült a védelemre, Rowley-t a hadbíróság ítélte el, ami John F. Krumwiede szerint "nem volt pártatlan, és a saját dobja szerint menetelt". Bár a hadügyminiszter Edwin M. Stanton és Abraham Lincoln elnök parancsára visszaállították, Rowley csak egy tartományi parancsnokságot kapott nyugati Pennsylvaniában, a hadsereg parancsnoka, George G. Meade tábornok és a jelenlegi hadtest parancsnoka, Gouverneur K. Warren tábornok közötti folyamatos viszály miatt. Darius N. Couch tábornok akciói blokkolták, hogy megállítsa a Jubal Early konföderációs tábornok Pennsylvaniába irányuló 1864-es invázióját, ezért 1864. december 29-én lemondott.