A Kirkyard részt vett a Covenanters történelmében. A Covenanting mozgalom a Nemzeti Szövetség aláírásával kezdődött Greyfriars Kirkben 1638. február 28-án. A Covenanterek vereségét követően
Both Brigwellben 1679-ben, mintegy 1200 Covenanters-t börtönöztek be egy mezőbe a temető déli részén. Amikor a 18. században ennek a mezőnek egy részét a temetőbe foglalták, a terület "Covenanters' Prison" néven vált ismertté.