A 15. században a birodalom muszlim állammá vált, amikor Brunei királya áttért az iszlámra, amelyet a tengeri Délkelet-Ázsia más részeiből származó muszlim indiánok és arab kereskedők hoztak, akik eljöttek kereskedni és terjeszteni az iszlámot. A birodalom irányította a Borneó északi részének nagy részét, és fontos csomópontja lett a keleti és nyugati világ kereskedelmi rendszerének. Helyi történészek feltételezik, hogy a brunei birodalom thalassocratic birodalom volt, amely a tengeri hatalomra épült, ami azt jelenti, hogy befolyása a part menti városokra, kikötőkre és folyók torkolataira korlátozódott, és ritkán hatoltak be mélyen a sziget belsejébe. A brunei királyok úgy tűnik, hogy szövetséget kötöttek a Laut és a Bajau szigeteken élő népekkel, akik a haditengerészeti flottájukat alakították. A mai Kalimantán, a Malajiai Borneó belföldi törzsei nem voltak befolyásuk alatt,
Kapuas folyó deltája