2003. október 1-jén három szervezet egyesült, hogy létrehozzák az új JAXA-t: a Japán <unk>r- és <unk>rhajóstudományi Intézet (ISAS), a Japán Nemzeti <unk>rkutató Laboratóriuma (NAL) és a Japán Nemzeti <unk>rfejlesztési Ügynöksége (NASDA). A JAXA-t független közigazgatási intézményként hozták létre, amelyet az Oktatási, Kulturális, Sport-, Tudomány- és Technológiai Minisztérium (MEXT) és a Belsőügyek és Hírközlési Minisztérium (MIC) irányít. Az egyesülés előtt az ISAS az űr és a bolygók kutatásáért volt felelős, míg a NAL a repülés kutatására összpontosított. A NASDA, amelyet 1969. október 1-jén alapítottak, rakétákat, műholdakat fejlesztett ki, és a régi Japán kísérleti modult is építettek. A NASDA székhelye a Tanegashima <unk>rközpont jelenlegi helyén, Tanegashima szigetén, 115 kilomépre dél
2003. október 1.