A Hirosimával ellentétben szinte az összes épület a régi japán építésű volt, fa vagy fa-keretezett épületekből állt, fafalakkal (gyupaszttal vagy anélkül) és csempe tetőkkel. A kisebb iparágak és üzleti létesítmények is számos olyan fa vagy más anyagból készült épületben voltak, amelyeket nem terveztek robbanás ellenállására. Nagaszakinak sok éven át engedélyezték, hogy növekedjen anélkül, hogy bármilyen határozott városi zónálási tervnek megfelelne; lakóhelyeket építettek a gyári épületek mellett és egymáshoz közel, amennyire csak lehetséges az egész ipari völgyben. A bombázás napján 263 000 ember volt Nagaszakiban, köztük 240 000 japán lakos, 10 000 koreai lakos, 2500 bevont, 9 000 koreai katona, 600 japán bevont munkás, és 400 szövetséges hadifogoly Nagaszakiból északra.
Régi japán