1946 június 13-án megállapodást kötöttek a központi kormány [Teheránban] és az Azerbajdzsán küldöttei között, Pishevari vezetésével. Ezzel a megállapodással Pishevari beleegyezett, hogy lemond az APG autonómiájáról, lemond a minisztériumairól és a miniszterelnöki tisztségéről, és ismét Irán része lesz. A parlamentet tartományi tanácsba alakították át - egy olyan rendszer, amelyet elismertek és előirányoztak az iráni alkotmányban. 1946 december közepére az iráni hadsereg az Egyesült Államok és a britek támogatásával visszatért Tabrizba, ezzel véget vetve az Azerbajdzsán népi kormánynak egy teljes évnyi létezés után.
Kordár