A következő évben Malhotra a kanadai 20 év alatti nemzeti csapat tagja lett az 1998-ban Finnországban megrendezett junior világbajnokságon. Ő volt a második legfiatalabb játékos a csapatban, Vincent Lecavalier mögött. Malhotra hét meccsen értelmetlen volt, mivel Kanadát a negyeddöntőben Oroszország legyőzte 2-1. A következő évben nem volt elérhető a bajnokságon, mivel az NHL-ben játszott a Rangersnél. 2000 folyamán
, a Rangers szervezete kölcsönadta a kanadai csapatnak, mivel még juniorként jogosult volt. A csapat kapitányaként hét mérkőzésen két segédanyagot szerzett a svédországi versenyen. Kanada nyerte a bronzérmet, legyőzve az Egyesült Államokat 4x3 egy lövöldözésben.