A következő szezonban Van Persie három és fél éves szakmai szerződést írt alá a Feyenoorddal, és 2003 február 6-án öt gólt szerzett az AGOVV Apeldoorn elleni 6<unk>1 KNVB kupában. Azonban a menedzserével, Bert van Marwijkkel való összecsapások miatt Van Persie a tartalékos csapatba került. A Feyenoord és az Ajax tartalékosai közötti mérkőzés során több Feyenoord-játékos egyike volt, akiket a pályán megszállott huligánok támadtak meg. Van Persie szakadása Van Marwijkkal folytatódott, amikor haza küldték a
2002 UEFA Szuperkupa döntője a Real Madrid ellen, miután az edző elégedetlen volt Van Persie testbeszéddel, miután felkérte, hogy melegítsen fel a Bajnokok Ligája kvalifikációjához. Van Persie az első teljes szezonját azzal fejezte be, hogy az első csapat nyolc gólt szerzett összesen 28 meccsen, valamint második lett a KNVB Kupában.