Az utolsó mongol kán Ligden kán volt a 17. század elején. Konfliktusba keveredett a mandzsúkkal a kínai városok fosztogatása miatt, és a legtöbb mongol törzset is elidegenítette. 1634-ben halt meg. 1636-ra a legtöbb belső mongol törzs alávetette magát a mancsúzoknak, akik megalapították a Csing dinasztiát. A khalkák végül 1691-ben alávetették magukat a csingek uralmának, így a mai Mongólia teljes területe a mandzsu uralom alá került. Több év után
A dzsungárok (nyugati mongolok vagy Oirák) gyakorlatilag megsemmisültek a dzsungári császárság 1757 és 1758 közötti meghódítása alatt.