1798-ban, Barron parancsnokságra került, és részt vett a Franciaországgal folytatott kvázi háborúban. Az első barbárháború alatt
, ő parancsolta és megkönnyebbítette Edward Preble-t Tripoli közelében. 1804-1805 teljességében Barron fájdalmas májbetegségben szenvedett, ami a sárgaláz következménye. Az osztag tisztjeinek Barron egészsége állandó aggodalom és frusztráció tárgya volt... és 1804 november elején partra szállt - mégis nem volt hajlandó lemondani a parancsnokságról, és soha nem hagyta abba a reményt, hogy felépül. 1805-ben átadta a század parancsnokságát John Rodgers-nek, és rossz egészsége miatt visszatért az Egyesült Államokba. Ezután a Virginiában lévő Gosport Hajógyár parancsnokságát kapta. Egészsége soha nem gyógyult meg teljesen, és 1810. október 29-én Robert Henley hadnagy, az ügyvezető tisztje jelentette a haditengerészeti miniszternek: "Megvan a fájdalmas kötelességem, hogy tájékoztassam Önt Samuel Barron parancsnok haláláról. Nyilvánvalóan jó egészségi állapotban, tegnap Hamptonban vacsorázik, amikor apoplexiás rohamot kapott, és ma reggel 10 órakor elhunyt". Barron parancsnokot 45 évesen temették el Hamptonban, Virginia államban.