Fejezd be a következő mondatot: 2012. január 14-én Flanagan megnyerte az Egyesült Államok olimpiai próba maratonját Houstonban, 2:25:38-ban állítva fel az esemény rekordját. Továbbra is képviselte az USA csapatát a londoni olimpiai női maratonon, 10. helyen végzett 2:25:51 idővel. Márciusban a lisszaboni félmaratonon 1:08:52-es idővel győzött le egy magas osztályú pályát. 25. lett a
2012 IAAF Világ Félmaraton Bajnokság.