A függetlenségi háborúk után több konfliktus is megmutatta a haditengerészet fontosságát a nemzet számára. Az első ilyen konfliktus a
A Konföderáció háborúja (1836-1839), a Chincha-szigetek háborúja (1864-1866) és a Csendes-óceáni háború (1879-1883). A Fuerte Bulnes megalapítása a Magellán-szorosban a chilei haditengerészeti kutatások kezdetét jelentette, amelyeket a tengerészeti hidrográfusok, például Francisco Vidal Gormaz és Francisco Hudson vezettek a Magellán-szoros és Chiloé közötti ismeretlen zónában. A haditengerészet 1874-ben megalapította a hidrográfiai hivatalt, amelynek első igazgatója Francisco Vidal Gormaz volt.