Skorzeny 1945 januárját és februárját a rendszeres csapatok parancsnokságában töltötte, mint a főparancsnok, részt vett a német tartományok, Kelet-Poroszország és Pommern védelmében, valamint a Schwedt-hídfejtő védelmében. Március 17-én parancsot kapott, hogy szabotálja
Az utolsó fennmaradt ép híd a Rhenen át a Remagen-nél a szövetségesek elfoglalása után, de a híd ugyanazon a napon összeomlott, és a haditengerészeti lerombolási osztagok a helyükre sikertelenül megtámadtak egy közeli szövetséges pontonhidat Kripp és Linz között. Hitler odaítélte neki Németország egyik legmagasabb katonai kitüntetését, a lovagkereszthez tartozó tölgyleveket.