1862. június 1-jén, miközben a Fair Oaks-i egységet irányította,
Howard kétszer megsebesült a jobb karján, amit később amputáltak. 1893-ban kitüntetést kapott a Fair Oaks-i hősiességéért. Philip Kearny tábornok, aki elvesztette a bal karját, meglátogatta Howardot, és viccelődött, hogy együtt vásárolhatnak kesztyűt. Howard elég gyorsan felépült ahhoz, hogy újra csatlakozzon a hadsereghez az Antietam-i csata során, amelyben a II. hadtest hadosztályának parancsnokságára emelkedett. 1862. novemberében tábornoknaggyá emelték, és a következő áprilisban vette át a XI. hadtest parancsnokságát, helyettesítve Franz Sigel tábornoknagyot. Mivel a testület nagyrészt német bevándorlókból állt, akik közül sokan nem beszéltek angolul, a katonák nehezteltek az új vezetőjükre, és nyíltan felszólították Sigel visszaállítását.