A második évad a szökés után nyolc órával kezdődik, és elsősorban a nyolc szökevényre összpontosít. Paul Scheuring, a sorozat alkotója úgy írja le a második évadot, hogy "A szökevény nyolcszor nyolc" és hasonlítja azt a "A nagy szökés második felére". A szökevények szétválnak, és az ország különböző pontjaira utaznak, a hatóságok pedig közel állnak mögöttük, miközben mindegyikük az egyéni céljait követi. Brad Bellicket kirúgják a börtönből, ahol fő őrként dolgozott, és maga üldözi a foglyokat a jutalomért. Több szökevény egyesül a Fox Riverben egy másik fogoly, Charles Westmoreland által rég eltemetett pénz nagy rejtekhelyének keresésében. A szövetségi ügynök Alexander Mahoney-t a nyolc szökevény lenyomozására és elfogására bízzák, de kiderül, hogy ő maga a The Company számára dolgozik, amely mind a nyolc embert meg akarja ölni.
Fél