A következő szezonban Van Persie három és fél évre szóló szakmai szerződést írt alá a Feyenoorddal, és 2003 február 6-án öt gólt szerzett az AGOVV Apeldoorn elleni 6×1 KNVB kupában. Azonban a menedzserével, Bert van Marwijkkel való összecsapások miatt Van Persie a tartalékos csapatba került. A Feyenoord és az Ajax tartalékosai közötti mérkőzés során több Feyenoord-játékos egyike volt, akiket a pályán megszállott huligánok támadtak meg. Van Persie szakadása Van Marwijkkal folytatódott, amikor haza küldték a 2002-es UEFA Szuperkupa előestéjén.
A Real Madrid elleni döntő után az edző elégedetlen volt Van Persie testbeszédével, miután felkérték, hogy melegítsen fel a Bajnokok Ligája kvalifikációjához. Van Persie az első teljes szezonját azzal fejezte be, hogy az első csapat nyolc gólt szerzett összesen 28 meccsen, valamint második lett a KNVB Kupában.