1493. szeptember 24-én Kolumbusz Kristóf 17 hajóval és 1200-1500 katonával indult el második útjára Cádizból. 1493. november 19-én a szigeten leszállt, és Szent János a Keresztelő tiszteletére San Juan Bautista néven nevezte el. Az első európai kolóniát, a Caparra-t 1508. augusztus 8-án alapította Juan Ponce de León, Kolumbusz hadnagya, akit a Taíno Cacique Agüeybaná üdvözölt, és aki később a sziget első kormányzója lett. Ponce de León aktívan részt vett a 1503-as Higuey mészárlásban Hispaniolában (a mai Dominikai Köztársaság). 1508-ban Sir Leon Ponce-t a spanyol korona választotta a taíno indiánok rabszolgaságának meghódítására és bányászati műveletekre.
17 hajó