A II. világháborút indító német-szovjet közös lengyelországi invázió idején, 1939-ben, Pionki-t a Luftwaffe bombázta, majd a németek
elfoglalta a várost. A többi pusztítás mellett a németek brutálisan bántak a lengyelekkel és a kis zsidó lakossággal, akik körülbelül 200 fős számúak voltak. Az "AB-Aktion" részeként 1940 júniusában a németek tömeges lengyelek letartóztatását hajtották végre, akiket később Skarżysko-Kamiennában bebörtönöztek és megkínoztak, majd Skarżysko-Kamienna közelében lévő erdőben meggyilkoltak. Sok zsidót rabszolga munkára toboroztak, beleértve a legveszélyesebb munkákat a helyi puskaporgyárban. 1941 végén létrejött egy gettó, és a környező városokból származó zsidókat hozták oda, ami körülbelül 700 lakosságot eredményezett, és olyan súlyos túlzsúfoltság, hogy néhány ember az utcán élt. Néhány helyi lengyel segítette a szegény lakosokat az ételrel. 1942 augusztusában az egészségesebb munkásokat a munkatáborba küldték, míg a többit a zvoleni gettóba, majd szeptember végén a Treblinka-i kiirtó táborba. Ott azonnal gázosították meg őket. A Pionki zsidó túlélők száma kicsi volt, de legalább nyolc. 1944 áprilisában a németek 10 lengyel ellenállót kivégeztek Pionkiban.