Matsui személyesen adományozott 500 000 dollárt a 2004-es indiai óceáni földrengés áldozatainak segítésére. Emellett 620 000 dollárt adományozott a 2011-es földrengés és cunami áldozatainak segélyezési erőfeszítéseihez
Japán Tōhoku régiójában. 2015. március 21-én Matsui és korábbi csapattársa, Derek Jeter baseball jótékonysági rendezvényt tartott, hogy támogassa a 2011-es földrengés és cunami által érintett gyerekeket a Tokiói Kupolában. A rendezvény egy baseball klinikát és egy home run derbit is tartalmazott Matsui és Jeter között.