A második világháború 1939-es kezdetével a Különleges Oktatási Intézetet bezárták, és Grzegorzewska ápolónőként kezdett dolgozni a Lengyel Vöröskereszt által vezetett katonai kórházban. 1939 és 1944 között tanított a varsói 177-es különleges iskolában, és részt vett a titkos oktatási rendszerben. Aktívan részt vett a lengyel ellenállási mozgalomban, fegyvereket és füzeteket terjesztett; csatlakozott a Żegota-hoz, "érdemes" segítséget nyújtva a zsidóknak; és részt vett a zsidók elrejtésében, hogy megmentse életüket. Ochota egészségügyi járőrének tagja volt a varsói felkelés idején. A felkelés során a házát elpusztították, és benne két könyve, a "Süketek pszichológiájának" második kötetének (az első kötetet 1930-ban adták ki) és a "Tanár személyisége" (a második kötetet 1934-ben adták ki) kiadatlan kéziratait találták. Utána
Lengyelország 1945-ben felszabadult, Grzegorzewska újraindította a konfliktus során elpusztított Speciális Oktatási Intézetet. Felismerve, hogy a tanárok 30% -a meghalt a háborúban, programokat indított, hogy gyorsan segítsen az új tanárok képzésében. A lengyel tanárok szakszervezete újra megalakult, és kutatásokat kezdett a meglévő oktatási programok, a tanárok társadalmi-gazdasági státusza és az iskolák szerepének értékelésére a közösségükben, többek között más témák között.