A 1999-es 24 órás Le Mans-i verseny keserűen kezdődött, miután a csapatot több Michelin gumiabroncs-hibásodás sújtotta, a helyzet valahogy emlékeztetett 1998-ra, amikor az 1. és a 2. számú autót visszavonták. Martin Brundle a No. 1 Toyota-ban nagy sebességgel szúrást szenvedett a Mulsanne egyenesben, az autó hátsó felfüggesztése súlyosan megsérült, és képtelen volt visszamenni a boxba. A második számú Toyotát Thierry Boutsen vezette, aki a következő volt, amikor nagy sebességgel összeomlott a Dunlop híd alatt, a gyors defláció miatt. Az autó megsemmisült, és Boutsen sérült a hátán. Hajnalban a 15-ös BMW majdnem egy kört megelőzte a 3-as Toyota-t, ami csendesen és állandóan haladt. Ezzel a győzelem szagával, Ukyo Katayama a lábát a Toyotaba tette, és a verseny leggyorsabb körét tette. Kevesebb, mint egy percre csökkentette a különbséget, amíg megint egy gumiabroncs felrobbanás érte a Toyota csapatot. Katayama azonban képes volt visszatérni a bokszokba új gumiabroncsokért és folytatni. A GT-P osztály első helyén bátor erőfeszítés után második lett. Azonban a Le Mans-i teljes győzelemhez nem jutottak el, ami csak a második japán gyártóvá tette volna őket, hogy teljes győzelmet szerezzenek (a Mazda volt az első a
1991).