A Franciaországgal folytatott háború kitörésekor 1793-ban Hotham zászlóshajójának, a 100-ágyú hajó parancsnokságára nevezték ki, és részt vett a toulon-i ostromban. 1794 végén Samuel Hood admirális visszahívását követően Hotham lett a Földközi-tenger Flotta főparancsnoka, Holloway pedig a Flotta kapitánya lett. Így vett részt a Genovai csatában.
1795 márciusában és a Hyères-szigetek csatájában júliusban. Az év végén Hotham helyébe Sir John Jervis admirális lépett, és Hollowayt a 98-es ágyú parancsnokságára nevezték ki. A Spithead lázadáson vett részt 1797. májusában, majd a csatornaflotta parancsnoka volt.