A Jupiter légkörében a nitrogén, a kén és a nemesgázok mennyisége körülbelül háromszorosan meghaladja a Nap értékét. A Jupiter légkörében nincs egyértelmű alsó határ, és fokozatosan áthalad a bolygó belsejére. A legalsó és legmagasabb légköri rétegek a trópusi, a sztratos, a BA és a termoszféra. Minden réteg jellemzően instabil hőmérsékleti gradiensekkel rendelkezik. A légköri rétegben a legkomplikáltabb trópusi felhők és a jégkörök vannak jelen, és ezek közé tartozik a metán, az ammónia, a hidrogén-szulfid és a víz. Bár a vízről úgy gondolják, hogy mélyen található a légkörben, a közvetlenül mért koncentrációja nagyon alacsony. A vörös, a kén és a nemesgáz bőség a Jupiter légkörében körülbelül háromszorosan meghaladja a Nap értékét. A vörös, a kén és a vörös színek a legnagyobb jelenségeket mutatják, míg a fehér, a Jupiter légköri felhőjén, a
Az alsó határa tiszta, és fokozatosan átmegy a bolygó folyékony belsejére.