A szigetcsoport 18 fő szigetből, 3 kisebb szigetből és 107 sziklából és szigetcsomagból áll. A szigetcsoport a Nazca-lemezen (egy tektonikus lemez) található, amely kelet-délkelet irányban mozog, és évente körülbelül 6,4 cm-es sebességgel merül a dél-amerikai lemez alá. Ez a szigetcsoport a Galápagos-forrópont tetején is van, ahol a Föld kérgét alulról olvadja a köpeny habszalagja, vulkánok keletkeznek. Az első szigetek itt legalább 8 millió és valószínűleg akár 90 millió évvel ezelőtt alakultak ki. Míg a régebbi szigetek eltűntek a tenger alatt, mivel eltávolodtak a köpeny habszalagjától, a legfiatalabb szigetek, az Isabela és a Fernandina szigetek még mindig aktív vulkániák.
18 fő sziget