R. A. Dickey cseréjével a Mets sok új játékoshoz jutott, köztük Travis D'Arnaudhoz és Noah Syndergaardhoz. Miután elvesztették a jogokat a Buffalo Bisons-nak, a Mets a Las Vegas 51s-t a Triple A leányvállalatukként igényelte 2013-15-re. A Citi Field volt a 2013-as Major League Baseball All-Star Game házigazdája.
amely 2013. július 16-án történt. Matt Harvey volt a csapat elsődleges dobója, és a National League All-Stars kezdője volt. A szezon során Harvey a "The Dark Knight of Gotham" becenevet kapta a Sports Illustrated-től. A Mets 74-88-al fejezte be a szezont, ugyanaz a rekord, mint az előző szezonban. Azonban, a franchise történetében először, a Mets legyőzte a városon átnyúló riválisait, a Yankees-t a Subway Series-ben.