A Colts első NFL bajnokságát követően, a csapat 9-3-os rekordot állított fel az 1959-es szezonban, és ismét legyőzte a Giants-t az NFL bajnoki meccsen.
hogy a második címet a hátsó-hátsó divatban. Az 1958-as és 1959-es két bajnokságot követően a Colts négy évig nem tért vissza az NFL bajnokságába, és 1963-ban a fiatal Don Shula-val helyettesítette a főedzőt. Shula második szezonában a Colts 12<unk>2 rekordot állított össze, de elvesztette az NFL bajnokságban a Cleveland Browns ellen. Azonban 1968-ban a Colts visszatért Unitas és Shula vezetésével, és megnyerte a Colts harmadik NFL bajnokságát, és szerepelt a Super Bowl III-ban.