A lengyelországi invázió idején Szczepaniket Litvániában tartották fogva, majd később a szovjet erők elfogták. 1940-től 1942-ig fogva tartották a szovjet Gulag táborokban Kozielskben és a Kola-félszigeten. Az orosz-német háború kitörését és a Sikorski-Mayski megállapodás aláírását követően szabadon engedték, és csatlakozott a lengyel II. hadtesthez Władysław Anders tábornok vezetésével. A lengyel hadsereg tisztjeként (és végül őrnagyként) kitüntetéssel szolgált az ötödik lengyel tüzérségi ezredben, különösen a Monte Cassino, Ancona és
Bolognából. A szövetséges csapatok közül ő volt az első, aki belépett Bolognába. 1945-ben megkapta a Bátorok Keresztjét, és a következő évben az Erőérdem ezüstkeresztjét kardokkal. Szczepanik emellett Olaszország királyától megkapta az Olasz Katonai Érdem Keresztjét és számos más lengyel és brit hadjárati érmet. Szintén összekötő tisztként szolgált a királyi tüzérségi kiképző csapatban, R.R. Hoare ezredes parancsnoksága alatt.