Írj folytatást erre a bekezdésre - A náci német megszállás alatt Lengyelországban
A II. világháborúban Weigl kutatásai felkeltették a nácik figyelmét. Amikor elfoglalták Lvovot, megparancsolták neki, hogy állítson fel egy tífusz vakcinát gyártó üzemet az intézetében. Weigl felvett néhány zsidó barátot és főiskolát a gyárban. Körülbelül ezer ember dolgozott ott. Weigl dolgozott és védte a lengyel értelmiségieket, zsidókat és a lengyel underground tagjait. Sokan közülük segítettek neki a tífusz kutatásában és a tetvek kísérleteiben. Sok zsidó társa elsősorban segített táplálni a tetveket, és cserébe élelmet, védelmet és oltóanyag adagot kaptak, amikor teljesen kifejlődött. Az oltásait csempészve vitték a gettókba Lvovban és Varsóban, különböző koncentrációs táborokba, sőt bizonyos Gestapo börtönökbe is. Becslések szerint Weigl körülbelül 5000 életet mentett meg a nácik uralma alatt. Az intézetét később a Szovjetunió bezárta, miután 1944-ben németellenes offenzívát indítottak.