Xavi 1998 augusztusában kezdte az első gólját a Valencia ellen, a Barcelona 3-1 győzelmében. Kezdetben a tartalékos és a felső csapatok között játszott, Xavi az egyetlen gólt a Real Valladolid elleni 1-0 győzelemben, amikor a Barcelona tizedik helyen volt a bajnokságban. Folyamatos lenyűgöző teljesítménye miatt Louis van Gaal címgyőző csapatának kulcsfontosságú tagja lett, 26 meccsben befejezte debütáló szezonját, és 1999-ben az év La Liga áttörő játékosává nevezték ki. Xavi a Barcelona fő játékosa lett, miután a Pep Guardiola megsérült a 1999-2000-es szezonban.
1998-ban