1810-re Boyen lett a katonai kabinet igazgatója. A porosz hadsereg újjászervezésében Scharnhorst legszorgalmasabb segítőjeként működött, de a Poroszország és Franciaország közötti szövetség megkötése után 1812-ben lemondott ezredes tisztségéről, és meglátogatta Bécset és Szentpétervárot. Az 1813-as események miatt visszahívták a porosz szolgálatba: ezredesként Kaliszból Szászországba kísérte az orosz hadsereget. A
Lützen csatája (1813. május 2.) a határőrökért és végül Berlin védelméért felelt. De a fegyverszünet alatt III. Ferenc Vilmos király kinevezte a 3. hadsereg főparancsnokságának vezetőjévé. Így Boyen részt vett az 1813 és 1814-es csatákban és csatákban, és tábornokfőnökré lépett elő.