Amikor 1799-ben megújult a háború, Jourdan volt a Rajna-hadsereg vezetője, de ismét vereséget szenvedett Karol főherceg kezében a
Ostrach és Stockach március végén. Csalódott és egészségtelen, átadta a parancsnokságot André Masséna tábornoknak. Politikai feladatait folytatta, és kiemelkedő ellenzője volt a 18 Brumaire-i puccsnak, amely után kirúgták az Ötszáz Tanácsból. Hamarosan azonban hivatalosan megbékélt az új "rendszernek", és elfogadta Napóleontól a friss katonai és polgári alkalmazást. 1800-ban Jourdan lett a lovasság és gyalogság főfelügyelője, valamint a francia érdekek képviselője a Cisalpine Köztársaságban.