A polgárháború idején a kikötő volt a fő bázisa a konföderáció és a magántulajdonban lévő blokádfutóknak, akik nagyon szükséges ellátmányt szállítottak Angliából. Az Unió blokádot indított, hogy csökkentsék a Délnek érkező árukat. A várost az uniós erők elfoglalták a Wilmington-i csata során 1865 februárjában, körülbelül egy hónappal azután,
Fort Fisher bezárta a kikötőt. Mivel szinte az összes katonai akció a várostól bizonyos távolságra zajlott le, számos háború előtti ház és egyéb épület túlélte a háborús éveket.