Holder főügyészi hivatali idejének egyik fő öröksége a terrorizmus ügyének a polgári szövetségi bíróságokhoz való átutalása volt. Holder alatt az Igazságügyi Minisztérium sikeresen tárgyalott sok terroristával a szövetségi bíróságon, elítéléseket és életfogytiglani börtönbüntetéseket biztosítva egy sor vádlott ellen, köztük Sulaiman Abu Ghaith (Osama bin Laden szóvivője); Ahmed Ghailani (egy 1998-as kelet-afrikai robbantásokban résztvevő)
); és Abu Hamza (az al-Kaida ügynöke). Faisal Shahzad (a Times Square-i robbantás kísérlete); és Omar Farouk Abdulmutallab (a kudarcot vallott "belsőruhás robbantó") bűnösnek vallották magukat a szövetségi bíróságon, és életfogytiglanra ítélték őket Holder hivatali idején. Holder hivatali ideje alatt más terroristák - köztük Najibullah Zazi (aki a New York-i metróban elkövetett merényletet tervezte) és Ahmed Abdulkadir Warsame (az al-Shabab támogatója) - is bűnösnek vallották magukat és együttműködtek a kormánnyal. Matt Olsen, a Nemzeti Terrorizmus Elleni Központ igazgatója 2011 és 2014 között, 2015-ben ezt írta: "A kitartása révén Holder megmutatta a terroristákat polgári bíróságokon való üldöztetés bölcsességét és értékét, és megerősítette ezt a megközelítést a jövőbeli kormányok számára".