1940 júniusában vagy júliusában Gertrud Isolani és a lánya is a Gurs-i táborból menekült emberek közé tartozott. Sikerült összekapcsolódni a férjével, és úgy tűnik, hogy hármasban éltek "a föld alatt" a Vichy Franciaországban. A földalatti élet azt jelentette, hogy nem regisztráltak a városházánál a körzetben, ahol voltak. 1940 és 1942 között a német hatóságok által a Pétain marsall által vezetett bábkormánynak biztosított korlátozott autonómia fokozatosan csökkent. 1942 novemberében a német erők erővel elfoglalták Dél-Franciaországot, részben válaszul az amerikai erők érkezésére.
Francia Észak-Afrikában. Ebben az időben a városokban és különösen a nagyobb városokban a francia zsarmáknak egyre több egyenruhás Gestapo tiszt kísérte őket vagy helyettesítette őket. 1942 volt az az év is, amikor a német zsidók nagyszabású deportálása Franciaországban megkezdődött: sürgős jelentések arra utaltak, hogy azokat, akiket találtak és elfogtak, vonattal küldték a német haláltáborokba a keleten. A német zsidók (és más német "politikai" száműzöttek) veszélyét, akik Dél-Franciaországban rejtőztek el, fokozta a hatóságok növekvő veszélye, hogy bármely francia állampolgár segítsen nekik. 1942. november 11-én, lányával együtt (amikor már súlyosan traumatizált volt) és két sikertelen próbálkozás után sikerült átkelniük a határon Svájcba. A források nagyrészt hallgatnak Isolani tartózkodási helyéről és tevékenységeiről a Gurs táborból való menekülés és a Svájcba való érkezése között, és ez a hallgatás kiterjed a megszállt Franciaországból való menekülés módszereire is. 1969-ben Isolani azt mondta egy interjúvezetőnek, hogy a túlélése "szerencsés véletlenek, ravaszság, és legfőképp sok jó ember segítségének köszönhető".