A 2008-as elnökválasztás után Pfeiffer irányította az Obama-Biden átmeneti csapat kommunikációs irodáját, és a választás után kinevezték a Fehér Ház kommunikációs igazgatóhelyettese
Barack Obama beiktatása. Kevesebb, mint egy évvel később, Anita Dunn távozása után, Pfeifferet nevezték ki a Fehér Ház kommunikációs igazgatójává. Obama első elnökségének teljes időtartama alatt maradt a pozícióban. Obama elnök második ciklusának kezdetén Pfeifferet stratégiai és kommunikációs tanácsadónak nevezték ki, átvéve a David Axelrod és David Plouffe által korábban a Fehér Házban irányított portfólió nagy részét. 2015. március 6-án hagyta el a Fehér Házat.