A második világháború idején, 1940-ben Stewart a hadsereg filmes és fotográfiai egységébe (AFPU) került, és 1942-ben vezette a No. 2 AFPU-t a szövetséges szállások során Tunéziában. A következő évben filmfelvételeket szerkesztett a harcokról a "Desert Victory" dokumentumfilmbe. 1944-ben a "Tuniziai győzelem" című filmet Frank Caprával és John Houstonnal rendezte, bár a film nagy részét az Egyesült Államokban forgatták. Stewart vezette az 5-ös egységet, lefedte a D-Day landolásokat, a Caen-i csatát.
és a Rajna-átkelő.