A katolikus Franciaország nagy része, amely a Katolikus Ligába szerveződött, nem volt hajlandó elismerni egy protestáns uralkodót, és helyette elismerte IV. Henrik nagybátyját, Károlyt, a Bourbon bíborost, mint jogos királyt, és a polgárháború folytatódott. Henrik döntő győzelmet aratott
Ivry-ben 1590 március 14-én, és a bíboros halála után ugyanabban az évben a Szövetség erői nem találtak nyilvánvaló katolikus trónjelöltet, és különböző frakciókra osztották. Mindazonáltal IV. Henrik protestánsként képtelen volt elfoglalni Párizst, a katolikus erődöt, vagy határozottan legyőzni ellenségeit, akiket most a spanyolok támogattak. 1593-ban visszatért a katolicizmusba - állítólag megjegyezte: "Párizs megér egy misét" - és visszamenőleg koronázták 1589-ben a chartres-i székesegyházban 1594. február 27-én.