Louis Bonaparte Janssens-t a hadügyminisztérium főtitkárává nevezte ki, amikor visszatért. Számos magas rangú közigazgatási posztot töltött be a királyságon belül Louis Napóleon lemondásáig és a Franciaország által a Hollandiák 1810-es annektálásáig. 1810. november 11-én kinevezték a holland kelet-indiai területek főkormányzójává, Herman Willem Daendels helyére. 1811. május 15-én érkezett Bataviába, és azonnal részt vett a gyarmat védelmének megerősítésében. Jávánál a holland és a francia csapatok nagyobb létszáma, valamint a Cape Colonyhoz képest a jobb védelme is előnyös volt. A
Nem sokkal később, július 30-án megérkezett a brit haditengerészet, amelyet Sir Samuel Auchmuty vezetett.