Ismert hosszú szőke hajával, 15-ös számú meztével és "El Matador" becenevével, Hernández 1995. február 1-jén játszott először Uruguay ellen. Hernández 1995 november 16-án dobta meg első nemzetközi gólját Jugoszláviával szemben. Hernández a 1997-es Amerikai Kupán vált ismertté.
, ahol hat gólt szerzett, és a bajnokság vezető gólszerzője lett. Az 1998-as FIFA Világbajnokságon négy góllal végzett a verseny legjobb gólszerzői között, és az első mexikói játékos lett, aki több mint két gólt szerzett a világbajnokság történetében. A Mexikó számára elért 35 gólja összeegyeztet Carlos Hermosillóval Cuauhtémoc Blanco (39 gól), Jared Borgetti (46 gól) és Javier Hernandez (51 gól) után, mint a nemzet negyedik legmagasabb minden idők legjobb gólszerzője.