Doherty a 2012-es és 2013-as szezont azzal kezdte, hogy a Wuxi Klasszikus második fordulójában 4-5-re veszített Stuart Bingham ellen, és 3-5-re Martin Gould ellen az Australian Goldfields Open első fordulójában.
Végül összeállította karrierje első hivatalos 147-es breakjét a kisebb rangú 2012-es Paul Hunter Classicban Németországban, Julian Treiber elleni első körben. A negyeddöntőbe jutott, de 0-4-re veszített Mark Selby-től. Doherty legyőződött a Sanghaj Masters és a 2012-es brit bajnokság kvalifikációjában, és nem jutott tovább a nemzetközi bajnokság vadkártya körén túl. Az ötödik European Tour eseményen, a Scottish Open-en, Luca Brecel és Ryan Day-t legyőzte, hogy eljusson a félfinálba, ahol 2-4-re veszített Ding Junhui ellen. Doherty a német mesterek első fordulójában Peter Lines által került ki, de a szezon legjobb futamát a walesi nyílt bajnokságon tette. A négyszeres világbajnok, John Higgins 4x1 és Tom Ford 4x3 győzelmével jutott át a negyeddöntőbe. 2-0-ra vezetett Stuart Bingham előtt, de egy sor elhibázott tál miatt Doherty elvesztette az önbizalmát, és 3-5-re veszített. A fent említett Scottish Open félfináléba jutása segített neki a 16. helyen végezni a PTC Order of Merit-en, hogy az egyik legjobb 26 játékosnak minősüljön a döntőre, de az első fordulóban 2-4-re vesztett Kurt Maflin ellen. Doherty majdnem megcsinálta az egyik védjegy-visszatérését Matthew Selt ellen a világbajnoki kvalifikáció utolsó fordulóján, amikor 4<unk>9 alulról egyenlőre 9<unk>9-re, de elvesztette a döntési keretet. Az eredmény azt jelentette, hogy ez volt az első szezon, amikor Doherty nem szerepelt a snooker Triple Crown események egyikében sem. Doherty a szezon során nyolc helyet emelt a rangsorában, és a 27. helyen végzett.