Írj folytatást erre a bekezdésre - A megszállást követően a szovjet hatóságok gyorsan elkezdték Szovjetizálni Litvániát. Minden földet államosítottak. A szegény parasztok körében az új rendszer támogatásának megszerzése érdekében a nagy gazdaságokat kis földtulajdonosok között osztották szét. A kollektivizáció előkészítéseként azonban drámaian megemelték a mezőgazdasági adókat, hogy a gazdálkodók csődbe menjenek. A bankok, a nagyobb vállalatok és az ingatlanok államosítása a termelés megzavarásához vezetett, ami az áruk hatalmas hiányát okozta. A litván litas mesterségesen alulértékelt, és 1941 tavaszán visszavonták. Az életszínvonal megromlott. Minden vallási, kulturális és politikai szervezetet betiltottak, csak a Litván Kommunista Pártot és ifjúsági ágát hagyták fenn. Becslések szerint 12000 "népellenséget" tartóztattak le. A júniusi deportáció idején
Az 1941-es hadjáratban mintegy 12 600 embert (többnyire egykori katonai tiszteket, rendőröket, politikai személyiségeket, értelmiségieket és családtagjaikat) deportáltak Szibériába, a nemzeti elitek felszámolására irányuló politika keretében. Sok deportált embertelenség miatt halt meg; 3600-at börtönöztek be, és több mint 1000-et öltek meg.