Lundqvist kilenc mérkőzésen játszott a IF Mölndal Hockey-nél a svéd Allsvenskan második osztályában, mielőtt decemberben csatlakozott a Frölunda junior csapatához a J20 SuperElitben. Az Allsvenskan rossz játékát és a J20 SuperElit nehéz kezdetét követően hat gólt engedett el a Kanadával szembeni bemutató meccsen. Bo "Kulon" Lennartsson és Mikael Tisell, a nemzeti csapat edzői aggódtak, és úgy döntöttek, hogy beszélnek Lundqvist-szal, ahol megkérdőjelezték motivációját. Lundqvist fordulópontja az évfordulóban, a 2001-es Junior Jégkorong Világbajnokságon történt.
Moszkvában, ahol a svéd junior nemzeti csapatot a negyedik helyre vezette a bajnokságon. A szezon hátralévő részét a J20 SuperElitben töltötte, ahol 18 mérkőzést játszott, vezetve a ligát a kapus által játszott percekben. A play-off-ban vezette a Frölundát a második egyenes Anton-kupa győzelméhez, amely 5-2 győzelem volt a Leksands IF ellen a Stockholm Globe Arénában.