Fejezd be a következő mondatot: 1995. február 9-én Desjardins-t a Philadelphia Flyers-hez cserélték John LeClair-rel és Gilbert Dionne-nel Mark Recchiért és egy 3. körös választásért a
1995-ös NHL Draft (Martin Hohenberger). Azért hozták be, hogy megerősítse a Flyers védelmét, és ezt tette, amikor megnyerte az elsőt a hét Barry Ashbee Trophy-ból, egy díjat, amelyet évente adnak a Flyers legjobb bluelinerének. Karrierje hátralévő részében a Flyersnél játszott, két NHL All-Star második csapat választása (1999, 2000) és még két All-Star Game megjelenése (1996, 2000). A Flyers 396 pontja a második a védők között, csak Mark Howe 480-a a csapat történetében. Az 1999-2000-es szezonban Desjardins lett a Flyers kapitánya, miután Eric Lindros-t megfosztották a kapitányságtól a Flyers orvosi személyzetével kapcsolatos panaszai miatt.