Március 26-án Farah bronzérmet kapott a 2016-os IAAF Világ Félmaraton Bajnokságon.
Cardiffben, 59:59-ben, kevesebb, mint egy másodperccel Abayneh Ayele előtt. Február 20-án Farah megnyerte a Glasgow Indoor Grand Prix 3000 méteres versenyt. 2016. június 5-én Farah megdöntötte a 34 éves brit 3000 méteres rekordot, amelyet Moorcroft állított fel, amikor megnyerte a Diamond League-t Birminghamben, egy győzelmet, amelyet a nemrég elhunyt bokszoló Muhammad Ali-nek szentelt. 2016 júliusában Farah egyidejűleg világelső időt állított fel az 5000 méter futásban, amikor megnyerte a Diamond League-t Londonban. A 10 000 méteres versenyt az eugeni Gyémánt Ligánál nyerte el 26:53,71 idővel, ami a második leggyorsabb idő maradt a világon az év során.