Az első művelet, amelyben a hajó részt vett, az 1916. augusztus 18-19-án, egy hónappal azután volt, hogy a hajót megbízták. A hajó részt vett az Albion hadműveletben is a Riga-öbölben, de röviddel a német támadás kezdete után, 1917 október 12-én, a Bayern-t bányászták és vissza kellett vonni javításra. Az I. világháború végét követő 1918 novemberében a nyílt tengeri flotta többségével Scapa Flow-ban volt internálva. 1919. június 21-én Ludwig von Reuter admirális elrendelte a flottának elsüllyesztését; a Bayern 14:30-kor süllyedt.
14:30-kor