A kormányt a hadsereg és a haditengerészeti tisztviselők megdöntötték 2001. augusztus 9-én. Mohamed Bajou hamarosan átvette a kormányfőt, és a hónap végére ő lett az ország vezetője. A kormányfő két hónapos próbálkozása ellenére a lázadó szigeteken erővel elbukott, és jelenleg az Afrikai Unió közvetíti a megbékélési tárgyalásokat. Ez a folyamat nagyrészt befejeződött, legalábbis elméletileg. Egyes források szerint Mohéli 1998-ban visszatért a kormány ellenőrzése alá. 1999-ben Anjouanban belső konfliktusok voltak, és az év augusztus 1-jén a 80 éves első elnök, Foundi Abdallah Ibrahim lemondott, és átadta a hatalmat egy nemzeti koordinátornak, Abe Saidnek. A kormányt augusztus 9-én katonai és haditengerészeti tisztviselők megdöntötték. Mohamed Bajou hamarosan a kormányfő vezetése alá került, és a hónap végére ő lett az ország vezetője.
1997-ben