A második koalíciós háború kezdetén 1799-ben tiszt volt a Cisalpine Köztársaságban, és Jean Victor Marie Moreau, majd Barthélemy Catherine Joubert táborvezetőjeként szolgált az észak-olaszországi hadjárat során. Joubert halála után, a katasztrofális Novi-i csatában
Balabio menekült a csapatával és csatlakozott André Masséna erőihez, kiemelkedve ADC-ként Genova ostroma alatt 1800, amiért ezredesré emelték.