A második világháborút 1939 szeptemberében indító német-szovjet közös lengyelországi inváziót követően a várost megszállták, majd
Németország által megszállt. Barcin volt az egyik helyszín a lengyelek kivégzésének Németország által 1939-ben az "Intelligenzaktion" részeként. Három lengyelt, akik Barcinban születtek vagy éltek, szintén az oroszok gyilkolták meg a nagy katyni mészárlásban 1940 áprilisában és májusában. 1943-ban a németek átnevezték a várost "Bartelstädt"-re, hogy eltöröljék a lengyel eredet nyomait, azonban a történelmi nevet visszaállították, miután a német megszállás véget ért 1945-ben.