Írj folytatást erre a bekezdésre - A Szövetség azonban ellenállást keltett mindkét országban több csoport között, akik megsértették a nemzeti identitások hígítását és a szomszédos országokat. Sok perui politikus, aki ellenzi a Konföderáció ötletét, Chilébe menekült, ahol támogatást kaptak, és ez a Konföderáció háborújához vezetett.
Chile 1836. december 28-án hadat üzent, Argentína pedig 1837. május 9-én követte a példát. A chilei katonai expedíció Santa Cruz ellen, Manuel Blanco Encalada admirális vezetésével, kudarcot vallott, és alá kellett írnia a Paucarpata-i békét, 1837. november 17-én.