A polgárháború első éveiben az északi kaszárnákban tartották fogva a konföderációs tiszteket, akiket hadifoglyokká tettek, amíg át nem szállítottak más uniós börtönökbe, mint például Camp Johnson Ohio-ban, Fort Delaware-ben vagy Fort Warren Boston Harborban. Fort Columbus és Castle Williams a háború alatt ideiglenes hadifogolytáborként és fogolytáborként szolgált a konföderációs foglyok számára. William H. C. Whiting tábornok (CSA) 1865 februárjában halt meg diszentériában a postai kórházban, röviddel a Fort Fisher-i csata után.
Észak-Karolinában. Ő volt a legmagasabb rangú konföderációs tiszt, aki hadifoglyként halt meg.