1863. július 1-jén Walkeret brigádvezérré emelték, és a Gettysburg-i hadjárat után Henry Heth tábornok III. hadtestének a Northern Virginia hadseregének osztálya lett, kezdetben Heth egykori brigádjának parancsnoka, majd James J. Archer tábornok brigádjának is, Archer súlyos sérülése után. Walker brigádparancsnokként szolgált Heth alatt, amíg 1864. május 10-én elvesztette a bal lábát a Spotsylvania Court House csatában. 1863. október 14-én részt vett a Bristoe állomás csatájában, a Mine Run csatájában.
és miután szolgált a Shenandoah-völgyben 1864 és 1864 között, a vadon csatájában, mielőtt megsebesült a Spotsylvania-i bíróságon.