Eicke volt a Dachau koncentrációs tábor második parancsnoka 1933 júniusa és 1934 júliusa között, és Michael Lippert segédjével együtt volt az egyik kivégzője Ernst Röhm SA főnöknek a Hosszú kések éjszakáján. 1939-ben Eicke a Waffen-SS Totenkopf SS-osztályának parancsnoka lett, a második világháborúban a
Nyugati és keleti fronton, és folytatja a koncentrációs táborok rendszerének bővítését és fejlesztését.