A Diponegoro 1785. november 11-én született Yogyakartában, és a III. Hamengkubuwono szultán legidősebb fia volt. Fiatal korában a Yogyakartan udvarban olyan fontos események történtek, mint a VOC felbomlása, a
A britek inváziója Javára, és a későbbi visszatérés a holland uralom alá történt. A megszállás során a Hamengkubuwono II. szultán, akit 1810-ben Diponegoro apja javára félretették a hatalomból, kihasználta az általános zavarokat, hogy visszanyerje az irányítást. 1812-ben azonban ismét eltávolították a trónról, és a brit erők száműzték Javából. Ebben a folyamatban Diponegoro tanácsadóként szolgált apja számára, és nyilvánvalóan segítséget nyújtott a brit erőknek, egészen addig, hogy Raffles felajánlotta neki a "szultán" címet, amelyet visszautasított, talán azért, mert apja még mindig uralkodott.