Pérignon később belekeveredett egy csempészügybe, és egy fiatal nő, aki rojalista kém volt, kompromittálta. 1798-ban visszahívták, és a ligúriai hadseregbe küldték, ahol a bal szárny parancsnoksága volt. Megsebesült és fogságba esett a második koalíciós hadseregek által a noviai csatában.
1800-ban visszatért Franciaországba.