De Zumalacárregui, aki komoly és csendes természetével és erős vallási elveivel volt ismert, nem szerette a gerillák rendetlen életét, és amikor a rendszeres erők északon szerveződtek, tisztként belépett a Gipuzkoa 1. zászlóaljába. A háború hátralévő részében a rendszeres hadseregben szolgált. Testvére, Miguel Antonio de Zumalacárregui Cádizban volt abban az időben, amikor a Cortes elfogadta az 1812-es alkotmányt, majd Gipuzkoa főhelyettese lett. Tomás akkor küldött küldeményeket a Regency Cádiz, és megkapta a megbízását, mint kapitány. Ebben a rangban jelen volt a
San Marcial csata 1813 augusztusában. VII. Ferdinánd visszaállítása után a hadseregben maradt, és állítólag alaposan tanulmányozta a háború elméletét.