Írj folytatást erre a bekezdésre - A Szovjetunió 1940 júniusi megszállása után Šliūpas-t meghívták (valószínűleg Mečislovas Gedvilas által, aki az Etikai Kulturális Társaság tagja volt) a Litván Népkormányba, de visszautasította. A volt miniszterelnök, Antanas Merkys megállt Šliūpas otthonában, amikor megpróbált elmenekülni külföldre. Sok litván folyóirattal ellentétben a "Laisvoji mintis" nem szűnt meg az új kommunista rezsim alatt, de Šliūpas-t a szerkesztő helyére a. Šliūpas befektetéseit és egyéb tulajdonát államosították, de az új kormány különleges kivételt hozott, amely lehetővé tette számára, hogy megtarthassa Palanga-i házát. A júniusi deportáció idején
, Šliūpa sógornőjét Szibériába deportálták, és ő figyelmeztetést kapott, hogy a saját családja a deportáltak listáján van.