A második koalíció háborújának kezdetén 1799-ben tiszt volt a Cisalpine Köztársaságban, aki Jean Victor Marie Moreau, majd Barthélemy Catherine Joubert táborvezetőjeként szolgált az észak-olaszországi hadjárat során. Joubert halála után a katasztrofális
A noviai csata után Balabio megszökött és csatlakozott André Masséna seregeihez, kiemelkedve ADC-ként Genova ostroma alatt, amiért ezredesré emelték.