A Saipan-i akció után Stump megtartotta a 24. Átjáróhajó-osztály parancsnokságát, de most a 77.4.2 ("Taffy II") feladategységhez rendelte. A Leyte-öböl csatáiban
Samar és ő 1944 októberében szállt a fedélzetre. A csatákban betöltött szerepeért a Haditengerészeti Keresztet kapta. A zászlaja a Natoma-öbölön maradt 1945 elejéig, míg tengerészei a Fülöp-szigeteken folytatták a műveleteket.