1554. januárban és februárban Wyatt lázadása kitört; hamar elfojtották. Erzsébetet bíróságra vitték, és kihallgatták a szerepével kapcsolatban, és március 18-án bebörtönözték a londoni toronyba. Erzsébet lelkesen tiltakozott az ártatlanságáért. Bár valószínűtlen, hogy összeesküdött a lázadókkal, némelyikük ismert volt, hogy megközelítette őt. Mária legközelebbi bizalmasának, V. Károly nagykövetének, Simon Renardnak az volt a véleménye, hogy a trónja soha nem lesz biztonságos, amíg Erzsébet él; és a kancellár, Stephen Gardiner azon dolgozott, hogy Erzsébetet bíróság elé állítsák. Erzsébet kormányzati támogatói, köztük Lord Paget, meggyőzték Maryt, hogy kímélje a húgát, mivel nem volt kemény bizonyíték ellene. Ehelyett május 22-én Erzsébetet a Crowstock Tower-ból a Woodstock-ba költöztették, ahol majdnem egy évet töltött a házban
A londoni torony