Heathcote aztán kiköltözött a Kelet-Indiába, egy csatahajó parancsnokságával. A nagykövetek Perzsiába történő szállítása után az indiai partvidékre távozott. Míg ott volt, meghozta a merész döntést, hogy megnyitja a küldeményeket, majd elhagyja a posztját, hogy átadja őket az állomás parancsnokainak, akik abban az időben részt vettek a
Java expedíció. Ezért hadbíróság elé állították, de bár számos vádat bizonyítottak, úgy ítélték, hogy a szolgálat legjobb érdekeit szolgálta, és felmentették. A napóleoni háborúk végén a Földközi-tengerbe ment, és a part menti század parancsnoka volt Toulon blokádja alatt. 1813 november 5-én vezette az egyik utolsó támadást a francia mediterrán flotta ellen, és a háborúk vége után visszavonult a partra. Új technikát fejlesztett ki a vitorlázáshoz, további előléptetéseket kapott, és lovagságot kapott, míg nyugdíjba vonult, mielőtt 1851-ben admirális rangban meghalt.