A Grêmio-ban Paulo Nunes a karrierjének legdicsőségesebb időszakát élte meg, két Campeonato Gaúcho címet, a Copa Libertadores kupát, a Campeonato Brasileiro-t, a Recopa Sul-Americana-t és a Copa do Brasil-t nyerte a Porto Alegre csapatnál, és az 1996-os Campeonato Brasileiro és az 1997-es Copa do Brasil vezető gólját. A jó formája a "Placar" magazin "Bola de Prata" díját is kiérdemelte, és helyet kapott a nemzeti csapatban a
1997-es Amerikai Kupát.