A polgárháború alatt az új bányászok áradata a területre lassult, és sokan keletre mentek harcolni. A Missouri-ban maradtak két önkéntes ezredet alakítottak, valamint otthoni őrséget. Bár látszólag a háborús színházak peremén állomásoztak, a Colorado ezredek döntő helyzetben találták magukat 1862-ben, miután Henry Sibley tábornok és egy texasi erő megszállta az Új-Mexikói területet. Sibley Új-Mexikói hadjárata előjátékul szolgált a Colorado Terület észak felé történő inváziójának Fort Laramie-ig, és megszakította a Kaliforniát és az Unió többi részét érintő ellátási vonalakat.
Kalifornia és az Unió többi része