A november-felkelés idején a vár volt a lengyel ellenállás egyik fő központja. Julian Sierawski és később Jan Krysinski parancsnoksága alatt 3800 katonából állt a helyőrség. Zamość a lengyel egységek bázisa volt, amelyek Lublin területén működtek, azonban a lengyel vereség után a
Ostrołęka csata, az oroszok vették át a kezdeményezést. Zamość blokádja 1831 júliusában kezdődött, és maga a erőd november 21-én kapitulált, mint az ország utolsó ellenállási pontja.