A második koalíciós háború kezdetén, 1799-ben, amikor a Duna és a Helvetia hadseregei alakultak, Jean Baptiste Jourdan parancsnoksága alatt a Duna Hadsereghez rendelték. A 10. ezred Laurent de Gouvion Saint-Cyr III. Divízió, és a bal szélső szárnyat tartotta az Ostrach-i csatában.
1799. március 21. Délnyugat-Németországban. Bár 1799 augusztus 14-én megsebesült Svájcban, részt vett a második Zürichi csatában, amelyben a 10. "Chasseurs à Cheval" csapatával megvertek egy orosz hadosztályt, ami döntő pillanat volt a francia győzelemben. Ordener 1801-ben ezredes lett, 1803. augusztus 29-én pedig brigádgenerál.