A szerény eredmények ellenére Baldinit kirúgták. 2011 decemberéig a klub négy edzőt vett át a 2009/10-es szezon óta. A klub drámaian megőrizte Serie B státuszát a 2011/12-es szezonban. A rossz szezon után az Empoli a 18. helyen végzett, egy ponttal a biztonságtól, ami azt jelentette, hogy a Vicenza ellen lecsapott play-offban két lábon. Az első mérkőzés gól nélkül zárult, mielőtt a Vicenza 2-0-ra vezetett a második meccsen, 30 perccel a vége előtt. Azonban két gól két perc alatt egyenlővé tette a mérkőzést, mielőtt Massimo Maccarone a pótidő negyedik percében 3 x 2 győzelmet szerzett. 2012/13-ben a klub negyedik helyen végzett, ami drámai javulás az előző szezonhoz képest, de elvesztette az előléptetés play-off döntőjét Livornóval. A klub a következő szezonban visszakerült a Serie A-ba, a Palermo második helyezettje lett, és két szezonig a felső osztályban maradt, 2014-ben 15. és 2015-ben 10. helyen végzett.
- Igen. A 2016/17 Serie A szezon utolsó mérkőzésén az Empoli egy ponttal volt a Crotone előtt, de végül leereszkedett a Serie B-be, miután nem sikerült legyőznie a Palermót, míg a Crotone legyőzte a Laziót. A 2017-18-as Serie B győzelme után az Empoli azonnal visszanyerte a Serie A-ba való előléptetést, miután 2018. április 28-án megnyerte a Serie B-t, négy meccs előre. A 2018/19 Serie A szezon utolsó mérkőzésén az Empoli egy ponttal volt a leszállási zónánál Genoa előtt, de végül leereszkedett a Serie B-be, miután legyőzte őket az Internazionale, míg a Genoa megegyezett a Fiorentinával, mindkét fél ugyanazon a ponttal végzett, de a Genoa egy nagyobb gól különbséggel. Az Empoli azonban az első helyen végzett a 2020/21 Serie B szezonban, hogy történelmükben harmadik címet szerezzen a versenyen.