Írj folytatást erre a bekezdésre - Az orosz polgárháború alatt Malyshev 1919 márciusában csatlakozott a Vörös Hadsereghez, és a 7. Lövészdivízióra küldték, ahol a 30. és 58. Lövészbirodalom géppuska-osztályának vezetőjeként szolgált. A hadosztályt a 2. hadsereggel együtt a keleti frontra küldték, ahol Votkinsk környékén és Votkinsk és Izhevsk elfoglalásában harcolt Kolcsak erői ellen. 1919 nyarán a hadosztályt a déli frontra küldték, ahol harcot vívott a dél-orosz fegyveres erők ellen Obojan és Szudzha területén. Ősszel a hadosztály részt vett az Orel-Kurszki hadműveletben.
1920 januárjában a szovjetellenes ellenállás elnyomásában Glukhov, Putivyl és Konotop területén. Áprilisban Malyshev-t kinevezték a 58. lőfegyveres ezred személyzeti parancsnokának, aki a lengyel-szovjet háborúban harcolt a nyugati fronton, majd Stanisław Bułak-Bałachowicz erőinek elnyomásában Ovruch területén és a makhnovisták Poltava kormányzatában. A csatában kiemelkedő teljesítményéért 1920 májusában a Vörös zászlórendet kapta.