A katolikus Franciaország nagy része, amely a Katolikus Ligába szerveződött, nem volt hajlandó elismerni egy protestáns uralkodót, és helyette elismerte IV. Henrik nagybátyját, Károly-Kardinal-de-Bourbon-t, mint jogos királyt, és a polgárháború folytatódott. Henrik döntő győzelmet aratott Ivrynél.
1590 március 14-én, és a bíboros halála után ugyanabban az évben, a Szövetség erői nem voltak egyértelmű katolikus jelölt a trónra, és különböző frakciókra osztották. Mindazonáltal IV. Henrik protestánsként képtelen volt elfoglalni Párizst, a katolikus erődöt, vagy határozottan legyőzni ellenségeit, akiket most a spanyolok támogattak. 1593-ban visszatért a katolicizmusba - állítólag megjegyezte: "Párizs megér egy misét" - és visszamenőleg koronázták 1589-ben a chartres-i székesegyházban 1594. február 27-én.