A Jupiter a Naprendszer bolygóinak leggyakoribb üstökösütközéseit kapja. Úgy gondolták, hogy a bolygó részben a belső rendszert védi el a üstökös bombázástól. Azonban a legutóbbi számítógépes szimulációk azt sugallják, hogy a Jupiter nem okoz nettó csökkenést a belső Naprendszeren áthaladó üstökösök számában, mivel gravitációja körülbelül olyan gyakran zavarja a pályáikat, mint ahogy az összevonja vagy kiveri őket. Ez a téma továbbra is vitatott a tudósok között, mivel egyesek úgy vélik, hogy üstökösöket vonz a Föld felé a Kuiper-övből, míg mások úgy gondolják, hogy a Jupiter megvédi a Földet az állítólagos Oort-felhőtől.
Jupiter