Amikor a polgárháború elkezdődött, Battle 1861 április 28-án megkapta a 3. Alabama-i gyalogság őrnagyának megbízatását, és a ezredgel Norfolkba, Virginiába küldték. Július 31-én előléptették az ezredes hadnaggyá. A Hét Fenyő csatában harcolt.
1862. május 31-én ezredes lett. Lemaradt a Hétnapos csatákról, de időben visszatért a seregbe a Maryland-felvételi kampányra, 1862. szeptemberében, harcolva a Dél-hegy és Antietam csatáiban. Megsebesült, miután leesett a lováról a Chancellorsville-i hadjárat előtt, és kénytelen volt lemondani a parancsnokságról. Bár csak egy nappal később ismét átvette a parancsnokságot, sérülései súlyosbodtak, amikor a lova ástak egy árokba, és arra kényszerítette, hogy ismét átadja a parancsnokságot.