1969 tavaszán visszatért Nairobiba, hogy tovább tanuljon a University College of Nairobi-ban asszisztens előadóként. Májusban, ő és Mwangi Mathai összeházasodtak. Később abban az évben, teherbe esett első gyermekével, és férje kampányolt a parlamentben, szűk veszteséggel. A választások során, Tom Mboya, aki szerepet játszott a program megalapításában, amely külföldre küldte őt, meggyilkolták. Ez vezetett ahhoz, hogy Kenyatta elnök hatásosan véget vetett a többpárti demokráciának Kenyában. Röviddel azután, hogy első fia, Waweru született. 1971-ben ő lett az első kelet-afrikai nő, aki PhD-t kapott, az állatorvosi anatómia doktori fokozatát, a University College of Nairobi-ból, amely a következő évben a Nairobi Egyetemé vált. Befejezte a disszertációját a szarvasmarhák fejlődéséről és differenciálásáról.
Ő lett az első kelet-afrikai nő, aki PhD-t kapott.