2003 nyarán Pancaro átment az AC Milánóba Demetrio Albertiniért cserébe, ahol két szezonig játszott. A következetessége és a munkamértéke fontos szerepet játszott a Milánóban, amikor megnyerte a második Serie A címét, valamint az olasz szuperkupát.
2004/05 UEFA Bajnokok Ligájának döntőjére is eljutott, különösen 2003-ban a Brescia elleni külföldi győzelemben. 2004-ben egyéves szerződést írt alá a klubnál.