Írj folytatást erre a bekezdésre - A német-szovjet közös lengyelországi invázió után, amely 1939 szeptemberében megindította a II. világháborút, Augustów megszállt
a Szovjetunió által 1941-ig. Sok lakost Kazakisztánba küldtek száműzetésbe, ahonnan néhányan 6 év után visszatértek. 1941. június 22-én, mielőtt a németek elfoglalták a várost, a szovjetek 30-34 lengyel foglyot gyilkoltak meg Augustowban az NKVD foglygyilkosságának részeként. A náci német erők 1944-ig elfoglalták Augustówot, és kényszermunka táborokat üzemeltettek a városban. A II. világháború a város mintegy 70%-ának pusztulását és a lakosok többségének halálát vagy távozását hozta, köztük több ezer zsidó közösségét, akiket a csatorna és a folyó között lévő gettóban börtönöztek be. A németek gyakorlatilag mindet kivégezték, mielőtt elmentek. 1945-ben a szovjetek a közeli Augustów-ban végeztek egy különleges akciót a korábbi Armia Krajowa antikommunista harcosok ellen.