A Menzies-klán főnökei ellenezték II. James skót király politikáját. Amikor Jakabot 1688-ban kirúgták a trónról, a Menzies főnökei támogatták II. Mária királynőt és Orange-i Vilmos herceget. Azonban a klán ismét megosztott volt, mivel Duncan Menzies Fornock-i őrnagy vezette az embereit a Highland-i támadásban a
A Killiecrankie-i csata, amelyben legyőzték a kormány katonáit. A Killiecrankie-i kormányos csapatok között több száz Perthshire-i rokonuk volt, akik létrehozták az Independent Highland Company-t. A Menzies Independent Company később harcolt a Cromdale-i csatában 1690-ben, ahol a jakobiták legyőződtek.