A hanyatlás 1284 augusztus 6-án kezdődött, amikor a számszerűen felsőbbrendű Pisa flotta, Albertino Morosini parancsnoksága alatt, a Benedetto Zaccaria és Oberto Doria parancsnoksága alatt álló genovai flotta zseniális taktikájával vereséget szenvedett a drámai tengerészeti csatában
A Meloria-i csata. Ez a vereség véget vetett Pisa tengeri hatalmának, és a város soha nem nyerte vissza teljesen; 1290-ben a genovaiak örökre elpusztították a Porto Pisanót (Pisa kikötőjét), és sóval borították a földet. A Pisa környéke nem engedte meg a városnak, hogy felépüljön a Meloria több ezer tengerészének veszteségéből, míg a Liguria elegendő tengerészt garantált Genovába. Az árucikkek kereskedelme azonban folytatódott, bár kisebb mennyiségben, de a vég akkor jött, amikor az Arno elkezdte megváltoztatni az irányát, és megakadályozta, hogy a gályák elérjék a város kikötőjét a folyón. A környéken valószínűleg malária is elterjedt. Az igazi vég 1324-ben következett be, amikor Sardinia teljes egészében elveszett az aragonok kezében.