1960-ban Dwight D. Eisenhower elnök kinevezte Timberlake-et az első amerikai nagykövetnek az újonnan függetlenné vált Kongói Demokratikus Köztársaságba, a volt belga gyarmatba. A kongói válság idején
Hayes Mobutu Sese Seko hangos támogatója volt, és Patrice Lumumba lemondását támogatta. 1961 márciusában Hayes személyesen utasította öt amerikai haditengerészeti hajót a Kongó partjainál lévő vizekre, egy olyan lépés, amelyre a Kennedy-kormányzat nem volt felkészülve.