Stein született Nathan Stein és Anna Hirschler, egy zsidó párnak, akik Budapesten laktak az Osztrák-Magyar Birodalomban. Szülei és nővére megtartotta zsidó hitét, de Stein és testvére, Ernst Eduard, lutheránusként keresztelték meg, hogy nyilvánvalóan megszabadítsák őket az antiszemitizmustól, amely megtagadta tőlük az oktatáshoz és a haladáshoz való hozzáférést. Otthon a család németül és magyarul beszélt, a magyar nacionalista újjáéledés nyelve a 19. században, és Stein büszke volt erre az örökségre élete hátralévő részében.
Görög, latin, francia és angol