1943. augusztusban Hoovert kinevezték a Central Pacific szárazföldi légi parancsnokságának parancsnokává, és az év decemberéig a parancsnokságban maradt, amikor parancsnokságát először a Central Pacific légi parancsnokságának parancsnokságára, majd a Central Pacific előretörő terület parancsnokságára nevezték át. Ebben a minőségben szolgált Chester Nimitz tengeri admirális alatt Tarawa, Kwajalein és Eniwetok alatt.
a Gilbert- és Marshall-szigeteken, Saipánon, Guamon a Mariana-szigeteken és Palaun. Hoover megszervezte a parancsnokság területét a jövőbeli flotta műveletek leghatékonyabb támogatása érdekében, és vezette a hatalmas szárazföldi csapáscsoportot mélyen az ellenséges területre, bombázva és megfélemlítve az ellenség félelmetes védelmét merész támadó műveletekben, amelyek lényegesen lágyították a célkitűzéseket az ő kereső és felderítő repülőgépek fedetében haladó kétéltű támadó erők számára. A második Haditengerészeti Kiváló Szolgálati Éremet kapta a kampányokban végzett szolgálataiért.