Az ügynökség aktái azt mutatják, hogy úgy gondolják, hogy Osama bin Laden az 1980-as években finanszírozta az afganisztáni lázadókat a Szovjetunió ellen. 1991-ben bin Laden visszatért szülőföldjére, Szaúd-Arábiába, hogy tiltakozzon a csapatok jelenlétéért és a Sivatagi vihar ellen. Kirúgták az országból. 1996-ban a CIA létrehozott egy csapatot, hogy elkapják Bin Ladent. Információkat cseréltek a szudániakkal, amíg egy forrás szavai alapján, amit később hamisítványnak találtak, a CIA bezárta a szudáni állomását az év végén. 1998-ban Bin Laden hadat üzent Amerikának, és augusztus 7-én,
Tanzániában és Nairobiban. 2000. október 12-én az Al-Kaida felrobbantotta a USS "Cole"-t. George W. Bush elnökségének első napjaiban az Al-Kaida fenyegetései mindenütt jelen voltak az elnöki napi CIA tájékoztatókon, de lehet, hogy a farkasok kiáltása lett belőle. Az ügynökség jóslatai szörnyűek voltak, de nem voltak komolyak, és az elnök és a védelmi személyzete másra összpontosított. A CIA a külföldi ügynökségekkel együttműködve rendezte el az al-Kaida tagként gyanúsítottak letartóztatását, de a CIA nem tudta határozottan megmondani, hogy milyen hatása volt ezeknek a letartóztatásoknak, és nem tudott kemény hírszerzést szerezni a foglyoktól. Az elnök megkérdezte a CIA-t, hogy az Al-Kaida tervez-e támadásokat az USA-ban. Augusztus 6-án Bush napi tájékoztatót kapott a címmel, amely nem a jelenlegi, szilárd hírszerzésen alapult, "Az Al-Kaida elhatározta, hogy az Egyesült Államokban támad". Az Egyesült Államok 1996 óta vadászott Bin Ladenre, és több lehetőség is megvolt, de sem Clinton, sem Bush nem akarta kockáztatni, hogy aktív szerepet vállaljon egy homályos gyilkossági összeesküvésben, és a tökéletes lehetőség soha nem valósult meg egy DCI számára, ami biztosított volna róla, hogy megteszi a lépést. Azon a napon Richard A. Clarke figyelmeztette Condoleezza Rice nemzetbiztonsági tanácsadóját a kockázatokról, és elítélte a CIA tétlenségét.