A II. világháború ismét kihívást jelentett Bogatyrets nemzeti hovatartozására, ami arra késztette, hogy támogassa az orosz ortodox egyházzal való egyesülést. Ott maradt a szovjet területen, miután
Észak-Bukovinában, de végül száműzetésre kényszerült. 1941-ig a náci Németországban és Romániában élt, amikor a német vezetésű invázió lehetővé tette számára, hogy visszatérjen Cernăuțibe (Chernivtsi). Három évig segített Tit Simedrea metropolita munkájában, és átvette az egyházmegye tényleges vezetését, amikor Simedrea elhagyta Bukovinát. 1944 végén csatlakozott az ukrán exarchátushoz, üdvözölve a szovjeteket, de 1949 óta marginalizálták. Utolsó munkája a regionális egyház történésze volt a különböző adminisztratív avatárokon keresztül.