A II. világháború alatt a város
Német megszállás 1939. szeptember 5. és 1945. január 22. között, a terület a Reichsgau Wartheland része lett. A lengyel lakosságot különféle bűncselekményeknek vetették alá, beleértve a gyilkosságokat, a náci koncentrációs táborokba való deportálásokat és a kitoloncolásokat. Margonin lakosai a 41 lengyel között voltak, akiket a közeli Morzewo faluban öltek meg 1939. november 7-én. 1939. december 10-12-én a németek sok lengyel lakost a német megszállás alatt álló közép-lengyelországi főkormány Varsói kerületébe száműztek. A németek egy náci börtönt üzemeltettek a városban, és egy kényszermunkában dolgozó tábor a zsidók számára. A lengyel földalatti ellenállási mozgalom aktív volt Margoninban, és sok tagja meghalt a koncentrációs táborokban, miután a németek felfedezték a műveleteiket. A II. világháború után a terület visszakerült Lengyelországhoz.