Cabrera a Padres shortstopjaként nyitotta meg a 2013-as évet, és 69 meccset kezdett a pozícióban, mielőtt június közepén 15 napos sérüléssel ment a fogyatékkal élők listájára. Május 14-én Cabrera a Padres történetének 60.000-ik ütését gyűjtötte össze. Az All-Star csapatba választották.
tartalékként,.291 ütő átlaggal,.373 bázis százalékkal, és 34 lopott bázissal a szünetben.