Annak ellenére, hogy a közönség nagyra becsülte az állami bürokrácia kezelését az 1906-os katasztrófa idején.
Pardee továbbra is feszült kapcsolatban állt a Dél-Csendes-óceáni Vasúttal, amely az 1890-es évek óta folytatódott, amíg Oakland polgármestere volt. Pardee szerepe a virágzó Progresszív mozgalomban, amely bizalmatlan volt a nagyvállalati monopóliumokkal, valamint az állami erdők megőrzésére és védelmére tett erőfeszítései továbbra is állandó tövisek maradtak a Dél-Csendes-óceáni vezetők számára. A hosszú, keserű harc az Oakland-i kikötő felett, amiben Pardee az Oakland nevében érvelt, hogy a kikötő inkább önkormányzati, mint magánvállalat volt, kormányzói idejének nagy részében húzódott. Az ügyet 1906-ban a kaliforniai Legfelsőbb Bíróság döntött Oakland javára. Pardee új vasúti társaságok létrehozását is ösztönözte, hogy megtörjék a Dél-Csendes-óceáni monopóliumokat.