A 2003-as szezonban Zersenay feltűnő erővé vált a cross country-ban: a 2003-as IAAF World Cross Country Bajnokságon bejutott az első tízbe, és az összes hat európai versenyén az első három helyen végzett. Az 5000 méteres győzelem a KBC Atlétikai Éjszakán az 13:11.07 eritreai rekordot és egy helyet az IAAF Atlétikai Világbajnokságon hozott Zersenaynek. A 2003-as világbajnokságon tovább javította rekordját 13:05.57-re, és nyolcadik helyen végzett az 5000 méteres döntőben. További javulások
Világ félmaratoni bajnokságon Vilamourában, Portugáliában, ahol 1:01:26 személyes rekordot rögzített, és hetedik helyen végzett.