Ugyanabban az évben, a náci hatalom felkelése miatt lemondott a felnőttoktatási központ vezetéséről. A német zsidók berlini birodalmi képviseletének kérésére csatlakozott az utóbbihoz, ahol elsősorban adminisztratív kérdésekkel és társadalmi feladatokkal foglalkozott. A novemberi pogromok után
Eppstein meghívást kapott Angliából szociológia előadásra, de visszautasította, mert nem akarta elhagyni Németországot. A következő időszakban többször is letartóztatta a Gestapo.