2013. július 6-án Fernandezt kiválasztották, hogy a Marlins-t képviselje a National League All-Star csapatában. Tökéletes hatodik inninget dobott.
2013 All-Star Game, ahol kiütötte Dustin Pedroia-t, Miguel Cabrera-t és Chris Davis-t. Ezzel a teljesítménnyel Fernández az egyetlen három dobó az All-Star Game történetében, akik két ütőt ütöttek ki a 21. születésnapjuk előtt az All-Star debütálásukhoz, a másik kettő Dwight Gooden és Bob Feller.