A második koalíció háborújának kezdetén, 1799-ben, amikor a Duna és a Helvetia hadseregei alakultak, Jean Baptiste Jourdan parancsnoksága alatt a Duna Hadsereghez rendelték. A 10. ezred Laurent de Gouvion Saint-Cyr III. Divízió, és a bal oldali szárnyat tartotta az Ostrach-i csatában, 1799. március 21-én délnyugati Németországban. Bár 1799. augusztus 14-én megsebesült Svájcban, részt vett a
Zürich második csata, amelyben a 10. "Chasseurs à Cheval" csapatának sikerült megsemmisíteni az oroszok egy hadosztályát, ami döntő pillanat volt a francia győzelemben. Ordener 1801-ben ezredes lett, 1803. augusztus 29-én pedig brigádgenerál.