Miután többször is elutasították az előléptetését (nemzeti biztonságért felelős igazgatóhelyettes lett 1999-ben, és az FBI New York-i irodájának vezetője 2000-ben), O'Neill örömmel vette át az FBI vizsgálatának parancsnokává a USS "Cole" bombázás ügyében.
2000 októberében. Azonban Jemenbe érkezése után panaszkodott a nem megfelelő biztonságra. Ahogy a csapata nyomozott, O'Neill összeütközésbe került Barbara Bodine-nal, az Egyesült Államok jemeni nagykövete. A két ember véleménye nagyon eltérő volt arról, hogy hogyan kell kezelni a jemeni ingatlanok átkutatását, és a polgárok és a kormányzati tisztviselők kihallgatását, és az idő múlásával egyre inkább elkülönültek egymástól.