Berger tanácsot adott az elnöknek a Khobar Towers bombázásával kapcsolatban és a terroristákra adott válaszokkal kapcsolatban.
Amerikai nagykövetségek bombázásai Kenyában és Tanzániában. A Clinton-kormány utolsó éveiben a terrorizmus elleni küzdelem volt a legfőbb külpolitikai prioritás; Berger 2005 márciusi szóbeli történelmi interjújában az UVA Miller Központjában azt mondta: "Megmondtam Condoleezza Rice-nak az átmenet alatt, hogy az első számú kérdés, amivel a nemzetbiztonsági tanácsadóként foglalkozni fog, általában a terrorizmus és különösen az al-Kaida".