A Franciaországgal folytatott háború kitörésekor 1793-ban kinevezték Hotham zászlóshajójának, a 100 ágyúosnak a parancsnokává, aki Toulon ostromában vett részt. 1794 végén Samuel Hood admirális visszahívását követően Hotham lett a Földközi-tenger Flotta főparancsnoka, Holloway pedig a Flotta kapitánya lett. Mint ilyen, részt vett a
Genova csata 1795 márciusában és a Hyères-szigetek csata júliusban. Az év végén Hotham helyébe Sir John Jervis admirális lépett, és Hollowayt a 98-es ágyú parancsnokságára nevezték ki. A Spithead lázadáson vett részt 1797. májusában, majd a csatornaflotta parancsnoka volt.