A függetlenségért folytatott harcot követően a Buenos Aires új progresszív kormányzója, Martín Rodríguez, 1822-ben Pergamino-t béketörvényesnek nevezte ki, és az első iskolát 1828-ban nyitották meg. A város hamarosan számos vágóhídra lett otthont, és Juan Manuel de Rosas kormányzó 1829-es felemelkedését követően (akinek családi érdekei a szarvasmarha-tenyésztés köré összpontosultak) szoros szövetség alakult ki a kormányzó és Pergamino legjelentősebb családjai, az Acevedos és az Anchorenas között; Rosas elnyomó rezsimje azonban 1838-ban az egyetlen iskola bezárását eredményezte. Követve Rosas kormányzót.
1852-es megdöntése után a helyi nemesek szövetségbe léptek Bartolomé Mitre-rel, a Buenos Aires tartomány nevében kiemelkedő támogatója a nagyobb autonómiának. Mitre 1860-ban kormányzóvá, 1862-ben pedig Argentína elnöke lett. Mitre elnök 1862-ben megalapította Argentína első agronomiai intézetét, ami egy új gazdasági tevékenység fejlődéséhez vezetett a Pergamino környékén: az intenzív mezőgazdaság. Az első argentin gabona szállítmány, amely 1875-ben érintetlenül érkezett az Egyesült Királyságba, mezőgazdasági fellendülést indított, amely a Pergamino számára a kukorica masszív termesztését eredményezte. A város növekedése tovább gyorsult az 1882-ben a Rosarióba tartó Közép-argentin vasút érkezése után. Pergamino, amelynek lakossága ekkor már meghaladta a 10 000-et, és több mint 90 regisztrált vállalkozásnak ad otthont, hivatalosan városként lett kijelölve 1895. október 23-án.