A polgárháború befejezése 1865 tavaszán nagy lendületet adott a fenieknek, az ír-amerikai katonák számának köszönhetően, akik feloszlottak, és szívesen látják a szolgálatot máshol. Pénzt öntöttek a Fenian kincstárba; valószínűleg 500 000 dollárt írtak alá 1860 és 1867 között. O'Mahony, James Stephens és a Központi Tanács között sok nézeteltérés merült fel a cél elérése érdekében folytatandó politikával kapcsolatban, de O'Mahony több éven át a szervezet elnöke maradt. Személyesen nem vett részt sem az írországi felkelés kísérletében, sem a
Kanadában, bár a tanácsai sokat számítottak ezekben a vállalkozásokban.