A szárazföldön Alexejev komoly és folyamatos nézeteltérései voltak Kuropatkin tábornokkal, a volt hadügyminiszterrel a japánok elleni stratégiáról. Alexejev arra kényszerítette Kuropatkinet, hogy agresszívebb pozíciót foglaljon el, annak ellenére, hogy Kuropatkin ragaszkodott a defenzív kimerülési háborúhoz, amíg a transz-szibériai vasút befejeződik, ami erősítést és ellátást hoz. A cár közvetlen parancsára Aleksejev 1904. május 5-én elhagyta Port Arthur-ot Mukden felé, és az orosz vereséget követően a Shaho-i csatában
1904. október 5-17-én, új stílusban), felmentették a parancsnokságától, és 1904. október 12-én visszaküldték Szentpétervárba.