2005 augusztusában visszatért a Serie A-ba, és négyéves szerződéssel az Internazionale-hoz költözött 16 millió euróért. Az Inter kalandját azzal kezdte, hogy megnyerte a 2005-ös Supercoppa Italiana-t.
a Juventus ellen, a 63. percben a "Nerazzurri" nyert a Verón győztesének köszönhetően. Később, szeptember 13-án debütált az új csapatában, szeptember 21-én, a Chievo elleni 1-0-os külföldi győzelemben. November 24-én, a Bajnokok Ligájának csoportjátékában a Petržalkával szemben, Samuel 11 külföldi játékosból álló csapatban játszott, Luís Figo volt az egyetlen európai. Az első szezonját az Internél 42 meccsen fejezte be minden versenyen, a csapat megnyerte a bajnokságot a Juventus leereszkedését követően mérkőzésszervezés miatt, és a Coppa Italia-t, legyőzve a Rómát 4 × 2 összesen, Samuel mindkét döntőben játszott, így befejezve a váratlan hazai hármasokat.