A késő humanizmus a kalvinizmus mellett lépett ki, mint az elterjedt gondolattudomány; és olyan személyiségek, mint Paul Schede, Jan Gruter, Martin Opitz és Matthäus Merian tanítottak az egyetemen. Az egész kontinensről vonzott tudósokat, és kulturális és akadémiai központgá fejlődött. Azonban a harmincéves háború kezdetével 1618-ban az egyetem szellemi és pénzügyi vagyonának csökkenése következett be. 1622-ben az akkori világhírű Bibliotheca Palatina-t (az egyetem könyvtárát) ellopták az egyetemi katedrálistól és Rómába vitték. Az újjáépítési erőfeszítéseket ezután XIV.
az egyetem szellemi és pénzügyi vagyonának csökkenése