A nácik 1933 elején vették át a hatalmat, és Németországot gyorsan egypárti diktatúrává változtatták. Az antiszemitizmus beépült a közrendbe, és egyre elnyomóbbá vált az érintettek számára. A
A Kristalléj pogrom 1938 novemberében Isidor Pinkus elvesztette az ügyfeleit. A pogrom után egy nappal átadták neki az iskolában egy levelet, amelyet Berlin polgármestere címzett az apjához, amelyben Ellen apját arra kérte, hogy távolítsa el őt az iskolából. Az egyik tanár félrehívta, és suttogta, hogy "a legjobbakat kívánja" neki, míg a többi tanár és a tanítványai elfordították a szemüket. A zsidó diákok számára az iskolából való kizárás véglegesnek bizonyult. Soha nem volt lehetősége az iskolai záróvizsgákra ("Abitur") jelentkezni, és annak ellenére, hogy később megpróbált felzárkózni, miután elhagyta Németországot, soha nem tudta befejezni az iskolázását.