A történész Nick Cullather azt írta, hogy Árbenz megdöntésével a CIA végül aláásta saját kezdeti célját, a stabil guatemalai kormányt. Stephen Streeter történész kijelentette, hogy bár az Egyesült Államok bizonyos stratégiai célokat ért el azzal, hogy a "kényelmes" Castillo Armas-t helyezte el elnöknek, Guatemala demokratikus intézményeinek kárára tette. Továbbá kijelenti, hogy bár Castillo Armas valószínűleg az emberi jogok megsértését követte volna el az Egyesült Államok jelenléte nélkül is, az Egyesült Államok Külügyminisztériuma minden bizonnyal segített és támogatta a folyamatot. Az előző polgári kormányok progresszív politikájának visszafordítása egy sor baloldali felkelést eredményezett a vidéken, amely 1960-ban kezdődött. Ez váltotta ki a
Guatemalá polgárháború az Egyesült Államok által támogatott guatemalai katonai kormány és a baloldali felkelők között, akik gyakran nagy számú követővel büszkélkedtek a polgárok között. A konfliktus, amely 1960 és 1996 között tartott, 200.000 civil halálát okozta. Bár a civilek ellen elkövetett bűncselekményeket mindkét fél elkövette, az ilyen atrocitások 93 százalékát az Egyesült Államok által támogatott hadsereg követte el. Ezek a jogsértések magukban foglalták a népirtó, felgyújtott föld kampányt a bennszülött maja népesség ellen az 1980-as években. A történészek a polgárháború erőszakosságát az 1954-es puccsra, és az általa keltett "kommunista-ellenes paranoiára" tulajdonítják.