A német-szovjet közös lengyel megszállás után, amely 1939 szeptemberében megindította a II. világháborút, a város
Németország által megszállt terület, amely a helyi lengyel és zsidó lakosság ellen népirtó kampányt folytatott. Chełmża volt az egyik helyszín a lengyelek kivégzésére, amelyet Németország 1939-ben hajtott végre az "Intelligenzaktion" részeként. Számos helyi lengyelt, különösen tanárokat is lemészároltak a mai Torun Barbarka erdőjében, szintén az "Intelligenzaktion" részeként. A német állam akkoriban a lengyeleket és a zsidókat "untermenschennek" tekintette, és nemzeti csoportként meg akarta semmisíteni őket. Ennek a sorsnak a megmeneküléséhez sok helyi lengyel a Volksliste III. és IV. csoportjába lépett. 1945 elején Chełmzában a németek erőszakkal bevonták a Jajkowo-ból evakuált lengyel kényszermunkásokat a Todt Szervezetbe, de néhányuknak sikerült megszöknie. A német elpusztítás és elnyomás következtében a város lakossága 1945 márciusában 10 000 főre csökkent.