2016. augusztus 9-én Farnerud visszatért hazájába, hosszú távú szerződést írt alá a BK Häcken-nel, és újra csatlakozott gyermekkori barátjához, Rasmus Lindgrenhez az új klubjában. 11 meccset játszott és 3 gólt szerzett a debütáló kampányában.
, és nyolc segéddel járt az idő alatt, mielőtt súlyos térd sérülést szenvedett az IK Sirius elleni meccsen 2017. július 22-én; ismétlődő fizikai betegségei miatt novemberben kölcsönös beleegyezéssel döntött úgy, hogy távozik.