1941 decemberében az iskolát felfüggesztették a japán invázió miatt.
1945-ben, a japánok Malajzia megszállása után újra megnyitották. Ekkor az intézmények egészként működnek (统筹统办). A Jit Sin általános iskola és számos más iskola egy általános intézmény, a Chung Hwa School ((中华学校) alatt állt, amelynek számos iskolája volt más helyeken egy régióban. A Jit Sin általános iskola egy tejcsomaggyárnál volt az Aston Road-on, ami a Han Chiang Association épület mögött volt. A háború idején az oktatás meghiúsulása miatt az oktatás ingyenes volt, és a diákok száma hatalmas volt. A Jit Sin campuson több mint 1000 hallgató volt. 1945 végén az iskolák visszatértek az eredeti módokba. A Jit Sin Általános Iskolát 1946-ban hivatalosan újra megnyitották.