Az Albayzín-felkelés vezetői az Alpujarra hegyekbe menekültek. A hegyek lakói, akik szinte kizárólag muzulmánok voltak, csak vonakodva fogadták el a keresztény uralmat. Gyorsan felkeltek lázadásokban a Granada-szerződés feltételeinek megsértése ellen, és mert attól féltek, hogy az Albayzín lakóihoz hasonló kényszerített megtérítéseket szenvednek el. 1500 februárjában 80 000 keresztény katonát mozgósítottak, hogy elnyomják a lázadást. A lázadás hiányában Ferdinand király márciusban érkezett, hogy személyesen folytassa a következő műveleteket. A lázadók gyakran jól harcoltak taktikailag, és a keresztény hegyvidéket használták fel a lázadók gerillaháborújának folytatására. A lázadók azonban nem voltak koherensek, és a kasztíliaiak stratégiai vezetése lehetővé tette, hogy a lázadók elhagyják az ország felső osztályát.
A lázadók gyakran jól irányítottak, és a hegyes terepet használták gerilla hadviselésre