A hadsereget átszervezték, és egy részét André Masséna parancsnoksága alá helyezték, és összeolvadtak a Helvetia Hadseregével. Az átszervezést és a parancsnoki változást követően a hadsereg számos csatában és akcióban vett részt a svájci fennsík keleti részén, beleértve a Winterthur-i csatát is. Ezután a császári hadsereg három erője Zürich északi részén egyesült, befejezve Masséna Duna Hadseregének és Svájci Hadseregének részleges körülzárását. Néhány nappal később, Zürich első csatájában Masséna nyugatra, a Limmaton át kényszerült. 1799 nyár végén Károlynak megparancsolták, hogy támogassa a császári tevékenységeket a közép-Rajna-vidéken; északra vonult vissza a Rajna mentén, és Mannheim felé vonult, Zürichet és Észak-Svájcot a tapasztalatlan Alexander Korsakov és 25 000 orosz katona kezében hagyva. Bár a rendkívül képzett Friedrich Freiherr von Hotze továbbra is támogatta, 15.000 embere nem volt képes ellensúlyozni Korsakov gyenge védelmi intézkedéseit. Három héttel később, a
A második Zürichi csata során az orosz erőt megsemmisítették, és Hotze-t Zürich déli részén ölték meg. Ez Massenát Svájc északi részének irányításába hagyta, és Suvorovot háromhetes, fáradságos hadjáratra kényszerítette Vorarlbergbe, ahová csapatai október közepén éheztek és kimerültek érkeztek.