A 2016-os szezon volt a Malmö FF 105. évadja, 81. évadja az Allsvenskanban és 16. egymást követő évadja a bajnokságban. Versenyeztek a
Az Allsvenskan-ban az első helyen végzett, a 2015/16 Svenska Cupen-ben második lett, és a 2016/17 Svenska Cupen-ben a második fordulóban kiesett. A szezon február 20-án kezdődött a Svenska Cupen csoportjátékával, április 2-án kezdődött a bajnoki mérkőzés, és a szezon november 6-án zárult az utolsó bajnoki mérkőzéssel.