Írj folytatást erre a bekezdésre - A Real Madrid a 2012/13-as szezont azzal kezdte, hogy megnyerte a Supercopa de España-t, legyőzve a Barcelonát idegen célokkal. A szuperkupa azonban a szezon egyetlen trófeája lett, annak ellenére, hogy közel volt az összes győzelemhez. A Real 85 pontot gyűjtve a La Liga második helyezettje lett a Barcának, és a harmadik egymást követő évben eljutott az UEFA Bajnokok Ligájának félfinaljába, ahol a Borussia Dortmund 3 × 4 teljesítménnyel eliminálta őket. Madrid is bekerült a Copa del Rey-be.
A nyolcvanharmadik körben emlékezetes futammal jutottak a döntőbe, ahol legyőzték a Barcelonát a félfinálban, mielőtt elvesztették az Atlético Madriddal 1<unk>2 a.e.t. szívszorító módon. A szezon egyik fő transzfere Luka Modrić szerződése volt a Tottenham Hotspurból 33 millió fontért. A Copa del Rey döntőjében az Atlético Madrid elleni vereség után Pérez bejelentette José Mourinho távozását a szezon végén "egymás egyetértésével".