1962-ben az Alkotmány második változata teljesen megszüntette a miniszterelnöki hivatalt, mivel minden hatalmat átadták Pakisztán elnökének. Az elnökség bírálása az 1965-ös elnökválasztás után a hatáskörök központosítása miatt. Az 1970-es általános választások után a hivatal Nurul Amin miniszterelnökké vált, aki egyben az alelnök is volt. A Zulfikar Ali Bhutto, Mujibur Rehman és Yahya Khan közötti tárgyalások összeomlását, amelyek a felszabadítási mozgalmat indították Kelet-Pakisztánban. India beavatkozott Kelet-Pakisztánba, és Pakisztán elismerte a vereséget, hogy véget vessen a háborúnak.
1971-ben az elnöki rendszer összeomlásához vezetett.