Az új Napoli menedzser, Maurizio Sarri irányítása alatt Hamšík visszatért a bal oldali központi középlabda játékához a Napoli háromfős középterében a 2015/16-as szezonban, amelyet a kedvenc szerepének nevezett. 2015. augusztus 23-án Hamšík nyitó gólt lőtt a Sassuolo elleni 2-1-es külföldi vereségben a csapat nyitó mérkőzésén.
Serie A szezon. Szeptember 17-én 5-0-os győzelmet ért el a Club Brugge ellen az Európa Liga csoportos szakaszában. 2016. január 6-án 300-as Serie A meccsét játszotta, a Torino elleni 2-1-es hazai győzelemben. A következő bajnoki mérkőzésben, január 10-én, a Napoli 300. Serie A megjelenését a Frosinone elleni 5-1 győzelemben, mivel a Napoli a szezon első felét nem hivatalos "téli bajnokként" fejezte be. Egy góllal ünnepelte az alkalmat, a 80. gólját az A-sorozatban, amelyek mindegyike a Napolival történt.