Ubaydallah uralma Egyiptom felett eredetileg vitatott volt az abbaszid központi kormány által, amely még mindig megpróbálta helyreállítani a polgárháború miatt felmerült hatalomvesztést.
811-813-ban a rivális al-Amin és al-Ma'mun kalifák között, és röviddel a trónra lépése után kénytelen volt szembenézni Khalid ibn Yazid al-Shaybani inváziójával, akit al-Ma'mun küldött, hogy elfoglalja az ország vezetését. Ubaydallah úgy döntött, hogy ellenáll, és még Ibn al-Jarawi is segítséget nyújtott Khalidnek, ő képes volt megnyerni egy csatát az utóbbi ellen Fustat külvárosában. A következő néhány hónapban a két fél több csatát vívott; végül Ibn al-Jarawi visszavonta a támogatását, és Khalid pozíciója súlyosan lealacsonyult, és 823 elején végül legyőzte és elfogta Ubaydallah. Ubaydallah visszatért a fővárosba, és később elengedte Khalidot, lehetővé téve számára, hogy visszavonuljon a tartományból Mekkába.