A náci megszállás alatt a cseh zsidó közösségek tulajdonát a Maisel zsinagógában tárolták. A II. világháború után a zsinagóga a prágai Zsidó Múzeum raktárává vált. A hatvanas évek folyamán helyreállították, és 1965 és 1988 között ezüst Judaica kiállítása volt. Ezután a zsinagógát zárták le a szomorú műszaki körülmények miatt, amelyeket nem lehetett javítani a pénzügyi eszközök hiánya miatt.
A bársonyos forradalom lehetővé tette a szükséges újjáépítést, és a zsinagógát 1996-ban megnyitották a látogatók számára, bemutatva a cseh földeken a zsidó történelem kiállítását a kezdetektől (9. század) a felvilágosodás koráig, ami a zsidó társadalmi státusz fordulópontját jelentette. A Maisel zsinagógának a közelmúltban történt felújítása után ez az expozíció frissült (modern és interaktív elemek hozzáadása), de témája ugyanaz maradt.