Petersburg ostroma alatt a 2. Brigád, 1. hadosztály, X. hadtest parancsnoka volt a Chaffin Farmnál, majd a Darbytown és a New Market út mentén. A James hadsereget aztán átszervezték, és a parancsnoksága a 2. hadosztály, a 2. hadosztály, a XXIV. hadtest lett, amely a Fort Fisher expedíciós hadtesthez kapcsolódott Alfred H. Terry tábornok parancsnoksága alatt, és részt vett a második Fort Fisher csatában.
és Wilmington elfoglalása. Habár Abbottot nem nevezték ki teljes, lényegi rangú tábornoknak, 1865. január 25-én Abraham Lincoln elnök kinevezte Abbottot az önkéntesek brigádnagyának rangjára, hogy 1865 január 15-től rangot kapjon a Fort Fisher elfoglalásában végzett bátor szolgálataiért, és az Egyesült Államok Szenátusa megerősítette a díjat 1865. február 14-én. A háború utolsó szakaszában Wilmingtonban állomásozott Észak-Karolinában.