2012. január 14-én Flanagan megnyerte az amerikai olimpiai próba maraton versenyt Houstonban, 2:25:38 idővel. Továbbra is képviselte az USA csapatát a londoni olimpiai női maratonon, 10. helyen végzett 2:25:51 idővel. Márciusban a lisszaboni félmaratonon 1:08:52-es idővel győzött le egy magas osztályú pályát. 25. lett a 2012-es IAAF Világ Félmaraton Bajnokságon.
- Igen.