A sziget neve egy portugál szolgálatban lévő galiciai admirális (galicul Xoán da Nova vagy de Novoa; portugálul João da Nova) spanyol változatából származik, aki 1501-ben találta meg a szigetet. A sziget soha nem volt lakott, amikor 1897-ben Franciaország birtokába került. 1921-ben Franciaország úgy döntött, hogy Párizsból Tananarive-be, Madagaszkár és függetlenségei kolóniájába szállítja a Juan de Nova adminisztrációját. Madagaszkár függetlenségét megelőzően Franciaország az adminisztrációt a Réunion-szigeten lévő Saint-Pierre-re helyezte át. Madagaszkár 1960-ban függetlenné vált, és 1972 óta a sziget feletti szuverenitást igényli. A guano (foszfát) betétek a 20. század elejétől 1970-ig voltak kiaknázva. A szigetet a második világháború alatt elhagyták, és német tengeralattjárók meglátogatták.
1960-as évek