Írj folytatást erre a bekezdésre - Amikor 1940 júniusában Litvániát megszállta a Szovjetunió, Aukštuolis más tisztségviselők mellett üdvözölte Vladimir Dekanozovot, Vjacseszlav Molotov helyettesét a Kaunas repülőtéren. Maradt Litvániában, bár felesége Argentínába menekült, és diplomáciai kapcsolatait felhasználva segített Martynas Yčasnak Berlinbe menekülni. A szovjet átvétel után Aukštuolis elvesztette a munkáját a minisztériumban, de Justas Paleckis ajánlásával (együtt dolgoztak a litván küldöttségben Rigában) munkát kapott az orosz nyelvtanításban a Panevėžys 1. számú középiskolában. Ő volt az egyik a 17.500 litván közül, akiket Szibériába deportáltak a júniusi deportáció idején
1941-ben. Több más kiemelkedő litvánnal, köztük az egykori elnökkel, Aleksandras Stulginskisszel és Stasys Šilingas miniszterrel együtt Aukštuolis Krasznojarszk Krai Kraszlagban kötött ki. 1942-ben őt és 16 másik litvánot ismét letartóztatták és szovjetellenes tevékenységekkel vádolták. Az NKVD halálbüntetést ajánlott, de a 25 év börtönbüntetés végső ítéletét csak 1952 februárjában jelentették be - majdnem három évvel azután, hogy Aukštuolis tuberkulózisban és alultápláltságban halt meg Dubravlagban.