A világ aktív vulkánjainak körülbelül 10%-a Japánban található, amely a földréteg szélsőséges instabilitásának zónájában fekszik. A Csendes-óceáni lemez és a Fülöp-szigeteki tengeri lemez szubdukciójával keletkeznek. Évente mintegy 1500 földrengést regisztrálnak, és nem ritka, ha a földrengés nagysága 4-től 6-ig terjed. Az ország egyik vagy másik részén szinte naponta kisebb rengések történnek, amelyek valamennyire megrázzák az épületeket. A legnagyobb földrengések ritkán fordulnak elő; a 20. század legismertebb földrengései: a 1923-as Nagy Kantó földrengés, amelyben 130 000 ember halt meg; és a 1995. január 17-i Nagy Hanshin földrengés, amelyben 6434 ember halt meg. 2011. március 11-én egy 9,0-es erősségű földrengés sújtotta Japánt
, az ország valaha volt legnagyobb és az ötödik legnagyobb rekord, az US Geological Survey adatai szerint. A tenger alatti földrengések a japán partvonalat is a cunami veszélyének teszik ki.