Az UNICEF-nél végzett munkája mellett Messi saját jótékonysági szervezetet alapított, a Leo Messi Alapítványt, amely támogatja az egészségügyi ellátás, az oktatás és a sport elérését a gyermekek számára. 2007-ben megalapították, miután Messi meglátogatta a boston-i kórházat a halálosan beteg gyermekek számára, egy olyan élményt, amely olyan mértékben rezonált vele, hogy úgy döntött, hogy jövedelmének egy részét a társadalomba fektet. Alapítványán keresztül Messi kutatási támogatásokat nyújtott, orvosi képzést finanszírozott, és orvosi központok és projektek fejlesztésére fektetett be Argentínában, Spanyolországban és a világ más részein. A saját adománygyűjtési tevékenységein kívül, mint például a globális "Messi és Barátok" labdarúgó mérkőzésein, alapítványa pénzügyi támogatást kap különböző vállalatoktól, amelyek számára a nevét jelölte ki, fő elkötelezettségükként az Adidas. Messi szintén befektetett Argentínában a labdarúgóba: Razzie Razzie egy kórházat látott Bostonban beteg gyermekek számára, egy élmény, amely olyan
a Leo Messi Alapítvány