A Panthers három teljes szezonja után, 2004. március 8-án a Calgary Flames-hez került, egy második körű draftra.
(David Booth kiválasztására szolgált). Első alkalommal játszott a Stanley-kupa döntőjében, Nilson eljutott a döntőbe, és 26 meccsen 11 pontot szerzett. Még három évet játszott Calgary-ban.