Négy éves korában kezdett reklámokban szerepelni. 11 évesen Hollywoodba költözött. Édesanyjával együtt és az Észak-Hollywood-i középiskolában tanult, és Santa Barbarában apja látogatása közben sikeresen meghallgatott ügynököknek. Az Észak-Hollywood-i középiskolában tanult, majd a Northridge-i California State University-ben járt, ahol az Alpha Chi Omega nőgyűlés tagja volt, és pszichológia diplomát szerzett. Hannigan első nagy filmszerepe a My Stepmother Is an Alien-ben volt, egy 1988-ban kiadott sci-fi komédia.
11