1919 és 1923 között Wegener úttörő munkát végzett a múlt korok éghajlatának rekonstruálása terén (most "paleoklimatológia" néven ismert), szorosan együttműködve Milutin Milanković-el, 1924-ben kiadta Die Klimate der geologischen Vorzeit-t (<unk>A geológiai múlt éghajlatai<unk>) apácájával, Wladimir Köppen-nel együtt. 1922-ben megjelent a "A kontinensek és óceánok eredete" harmadik, teljesen felülvizsgált kiadásában, és megkezdte a szárazföldi sodródás elméletéről szóló vitát, először a német nyelv területén és később a nemzetközi szakértők körében.
A felesége és két lánya.