Miután felépült, d'Hautpoul-t a Sambre-et-Meuse hadsereg nehéz lovassága parancsnoksága alá helyezték Paul Grenier tábornok vezetésével. Neuwied után az angol hadsereghez került, Lazare Hoche parancsnoksága alatt. Amikor a francia direktórium feladta az angol invázió ötletét, ismét a német fronton állomásozott, ezúttal a Duna Hadsereg részeként. A francia vereség után az Ostrach-i csatában
, lovassági tartaléka védte a francia visszavonulást Pfullendorfban. Néhány nappal később, miután nem vezetett időben a Stockach-i csata során, felfüggesztették a hadsereg parancsnoka, Jean-Baptiste Jourdan parancsára, aki d'Hautpoul-t okolta a vereségért. A strasbourgi hadbíróság által felmentett d'Hautpoul 1799 július végén folytatta feladatait, mivel elmulasztotta az első zürichi csata kritikus akcióit.