Írj folytatást erre a bekezdésre - 1796 szeptemberében Johnstont tábornoknak nevezték ki John Hunter kormányzóhoz, és 1800-ben őrnagyként kapott szabadalmi rangot. Ugyanebben az évben Johnstont letartóztatta William Paterson kormányzóhelyettes, azzal a váddal, hogy "fizetett egy őrmesternek a fizetésének részeként, és nem engedelmeskedett a parancsoknak". Johnston tiltakozott a hadbíróság általi tárgyalás ellen a gyarmatban, és Hunter Angliába küldte. Ott az ausztrál tanúkkal való tárgyalás nehézségei miatt az eljárást leállították, és Johnston 1802-ben visszatért Új-Dél-Walesbe. 1803-ban Johnston átmenetileg vette át a New South Wales-i hadtest parancsnokságát Paterson betegsége idején, és részt vett a King és a katonaság közötti konfliktusban. 1804 márciusában határozottan cselekedett, amikor a katonaság parancsnoksága alatt néhány elítélt ellen küldték, akik lázadtak a Castle Hillben.
- Igen. Amikor Patersont Port Dalrymple-be küldték, Johnston lett az Új-Dél-Wales hadtest parancsnoka.