A francia forradalom kitörésekor Tharreau lelkesen támogatta a forradalmi ügyet. 1792-ben csatlakozott a Maine-et-Loire önkéntesekhez, és később abban az évben ő volt a 2. önkéntes zászlóalj főhadnagyja. 1794-ben, a francia terror csúcspontján, brigádvezér volt az Ardenne-i hadseregben. 1799-ben Jean Victor Tharreau brigádparancsnok volt a francia Duna Hadseregben, és harcolt a csatákban
Ostrach és az Első Stockach. Április 20-án divíziós tábornok lett. 1799-ben André Masséna a svájci Zürich városának védelmére állította őt az első vonal parancsnokává; Jean-de-Dieu Soult engedetlensége a Winterthur-i csata során 1799 májusában hozzájárult ahhoz, hogy Tharreau képtelen volt megtartani az első vonalát, ami francia visszavonulást kényszerített Zürichre, és a franciák későbbi vereségét a június 4-én és 7-én Zürich első csata során.