A tengely 1941 áprilisában Jugoszláviába való megszállását követően Krek Palesztinába, majd Londonba emigrált, a Dušan Simović vezette jugoszláv száműzetési kormány tagjaként. Fran Kulovec halála után a belgrádi légicsapásban
, Krek lett a Szlovén Néppárt száműzetett vezetője, míg Marko Natlačen lett a párt vezetője a megszállt Szlovéniában.