Eicke volt a Dachau koncentrációs tábor második parancsnoka 1933 júniusa és 1934 júliusa között, és Michael Lippert segédjével együtt volt az egyik hóhér, aki Ernst Röhm SA főnököt végezte ki a hosszú kések éjszakáján. 1939-ben Eicke a Waffen-SS Totenkopf SS-divíziójának parancsnoka lett, a második világháborúban a nyugati fronton vezette a divíziót.
és keleti fronton, és folytatja a koncentrációs táborok rendszerének bővítését és fejlesztését.