1939 februárjában Pétillon kérte, hogy küldjenek a Belga Kongóba, és megkapta a főkormányzó, Pierre Ryckmans kabinetfőnökének pozícióját. 1940 májusában még a Kongóban volt, amikor Belgiumot megszállta Németország. Annak ellenére, hogy De Vleeschauwer kabinetfőnöke volt a londoni száműzetésben lévő belga kormánynál, Pétillon a II. világháború nagy részét a Kongóban töltötte. Belgium felszabadítása után
1944 szeptemberében Pétillon fontos szerepet játszott az afrikai gyarmati adminisztráció és a gyarmati minisztérium közötti kapcsolatok helyreállításában.