1939 szeptember 9-én Wejherowo-t elfoglalta a Wehrmacht. A II. világháború kezdetét jelentő lengyelországi megszállás után Wejherowo-t a náci Németország annektálta, és a Reichsgau Danzig-Nyugat-Poroszország tartományban a Regierungsbezirk Danzig részeként irányították. A város zsidó közösségének nagy részét a nácik meggyilkolták a megszállás alatt.
, míg sok helyi lengyel is áldozata volt a náci kiirtási politikának.