A szabadon bocsátása után Allen visszatért a New Hampshire Grants-be, amely 1777-ben függetlenséget hirdetett, és folytatta a politikai tevékenységet a területen, folytatva az ellenállást New York kísérleteihez, hogy érvényesítsék a terület feletti irányítást. Allen lobbizott a Kongresszuson.
Vermont hivatalos állami elismerése mellett, és részt vett a britekkel folytatott vitatott tárgyalásokon, a Vermont különálló brit tartománysá válásának lehetőségéről.