A következő mondatot fejezd be: Lyons csak rövid ideig volt a Boston College-ban, mielőtt kinevezték a Gonzaga College rektorává. 1908. december 27-én vette át a posztot, Joseph J. Himmel utódjaként. Röviddel azután, hogy hivatalba lépett,
A földrengés Messinát, Olaszországot sújtotta, és az iskola ünnepélyes szentmisét tartott az áldozatok számára, amelyet Diomede Falconio püspök tartott, és Bonaventura Cerretti énekelt. Jelen volt Denis J. O'Connell püspök, Charles Joseph Bonaparte főügyész, Joseph Himmel olasz nagykövet az Egyesült Államokban, valamint a dominikánus, a francizkáni és a paulista rendek papjai. Február 10-én egy bankettet tartottak az új elnök tiszteletére, amelyen William Bourke Cockran képviselő is részt vett. Lyons megbízatása 1909. július 8-án ért véget, amikor Eugene DeL váltotta fel. - McDonnell.