Az 1990-es évek folyamán, a Perzsa-öböl-háborút követően, a terrorista támadások nagy hatással voltak a CENTCOM erőire. Az olyan támadásokkal szembesülve, mint az 1996-os Khobar-tornyok bombázása, amely 19 amerikai pilótát ölt meg, a parancsnokság elindította a Sivatagi fókusz műveletet, amelynek célja az amerikai létesítmények védelmezhetőbb helyekre (például a Prince Sultan légibázisba) való áthelyezése, az Egyesült Államok előretolt "lábnyomának" csökkentése azáltal, hogy megszünteti a nem létfontosságú lakásokat, és visszaküldje a függőket az Egyesült Államokba. 1998-ban terroristák megtámadták az Egyesült Államok kenyai és tanzániai nagykövetségét, és 250 embert öltek meg, köztük 12 amerikait. Az USS "Cole" elleni 2000 októberében történt támadás
17 amerikai tengerész halálát okozta, és kapcsolatban állt Osama bin Laden Al-Kaida szervezeteivel.