2015. augusztus 31-én a Ljajić egy szezonnyi kölcsönzéssel csatlakozott az Internazionale-hoz, az Inter 1,75 millió eurót fizetett a Romának, és egy olyan opciót is tartalmazott, hogy a transzfer állandó legyen a
a szezon végén 11 millió euróért. 2015. december 1-jén Ljajić az első Inter gólját szerezte a Napoli elleni 2-1-es távolsági vereségben.