A haditengerészet volt a szovjet hadsereg egyetlen olyan ága, amely teljes készenlétben volt, amikor a németek megszállták a Szovjetuniót. A hajót június 19-én 2-es készenlétbe helyezték, és június 21-én éjfélkor a haditengerészet főparancsnoka, Kuznetsov admirális 1-es készenlétbe helyezte. A balti flotta vezérkarának főnöke, Panteleyev erősen részt vett a flotta háborús készenlétének előkészítésében. Augusztus végén, a megszállás alatt, részt vett a
A szovjet haditengerészeti hajók fedőosztagának parancsnoka volt, és szeptember 1-jén szállítóhajók, ágyúhajók és más hajók flottájának irányítását vette át, hogy a 50. lőőhadtest egy részét Koivistóból evakuálják. Naplójában leírta, milyen volt Tallinnban: Az ellenség megváltoztatta a taktikáját, kis csoportokban... Az összes repülőteret elfoglalta az ellenség. A repülőgépünk kelet felé repült. A flottát és a várost bombázzák. Szép pirita ég... Más külvárosok is égnek. Nagy tüzek a városban. Barikádokat építenek a kikötőbe. Mindenhol füst... A hajók és a parton lévő tüzérségi egységek tüzéje nem csökkent. A parancsnoki állomásunk Minna kikötőben állandóan tűz alatt áll.