A közelgő svéd háború miatt a dán kormány a tapasztalt és jó hírű Schack-ot akart felvenni egy vezető pozícióra a dán hadseregben. Annak érdekében, hogy kielégítse Schack állandó pozíció iránti igényeit, 1658-ban főhadnagyra, lovas és gyalogos ezredesre nevezték ki, és a Háborús Tanács tagjává tették. Emellett dán nemes lett, és két kastélyt kapott ingyen egész életére; Riberhus és Møgeltønder (a későbbi Schackenborg-kastély). Katonai kormányzóként Schack parancsnoka volt Koppenhágának a svéd ostrom alatt.
1659-ben. A város sikeres védelméért feldőrfőnök rangjára emelték. Ugyanezen év őszén Schack győzelmet aratott a dán erőkkel a svédek felett a Nyborg csatában.