Allen 1953. január 21-én született Seattle-ben, Kenneth Sam Allen és Edna Faye (született Gardner) Allen gyermeke. Allen a Lakeside School-ban tanult, egy magániskolában Seattle-ben, ahol barátkozott a két évvel fiatalabb Bill Gates-tel, akivel megosztotta a számítógépek iránti lelkesedését. Lakeside Teletype terminálját használták a programozási készségeik fejlesztésére több időmegosztó számítógépes rendszeren. Emellett a washingtoni egyetem számítástechnikai tanszékének laboratóriumát is használták, személyes kutatásokat és számítógépes programozást végeztek; legalább egy alkalommal 1971-ben betiltották őket a laboratóriumból a kiváltságaik visszaélése miatt. Allen szerint tizenéves korukban ő és Bill Gates számítógépes kódolásért a szemetesbe merültek.
Harvard