A kapitányság pozitív hatással volt Inzamam ütésére, és gyakran példát mutatott a nyomás alatt álló helyzetekben, átlagosan több, mint kapitányként (52), mint amikor nem (50). Inzamam volt a legmagasabb átlagú egynapos kapitány, és jelenleg a harmadik a listán az egykori ausztrál kapitány, Ricky Ponting és az indiai kapitány, Mahendra Singh Dhoni mögött. Ausztráliában a korai kudarcok után 2005-ben egy kimerült pakisztáni csapatot indított Indiába, és fontos szerepet játszott a döntetlen biztosításában, azáltal, hogy megnyerte az utolsó tesztmeccset egy valószínűtlen pozícióból, 184 futam perccel. Ezt követően vezette csapatát egynapos győzelemre a Nyugat-Indiával (távol), Angliával (otthon) és Srí Lankával (távol), valamint a Testsorozat győzelmére Angliával (otthon), Indiával (otthon), Srí Lankával (távol). Inzamam úgy tűnt, hogy egyesítette a pakisztáni csapatot, és a győzelmek a második helyre vezették őket az ICC teszt rangsorában és a harmadik helyre az ICC egynapos rangsorban. Az Inzamam pályafutásának utolsó része Pakisztán kapitányaként kevésbé volt sikeres, és a csapat sok vitába keveredett, ami csalódást keltő korai kilépéssel zárult a csapatból.
2007 Cricket Világbajnokság az alacsony rangú Írország kezében.