Komatsu 2011. július 26-án halt meg 80 éves korában, léggyulladás következtében. Öt nappal a halála előtt a negyedéves kiadványa, a "Sakyo Komatsu Magazine" kiadott egy cikket, amelyben egy cikket írt a 2011-es cunamival kapcsolatos gondolatairól.
- Igen. A cikkben Komtasu reményét fejezte ki, hogy országa fejlődni fog a katasztrófa után. "Azt hittem, hogy nem bánom, ha meghalok... de most úgy érzem, hogy egy kicsit tovább akarok élni, és látni, hogyan fog tovább haladni Japán" - írta.