Az 1980-as évek a Bayern számára a pályán kívüli zűrzavar időszaka volt, számos személyi és pénzügyi problémával. A pályán Paul Breitner és Karl-Heinz Rummenigge, az FC Breitnigge, 1980-ban és 1981-ben Bundesliga-bajnokságot nyert. A DFB-Pokal győzelme mellett 1982-ben két viszonylag sikertelen szezon következett, amely után Breitner visszavonult, és az egykori edző Udo Lattek visszatért. A Bayern 1984-ben megnyerte a DFB-Pokal-t, és hat szezon alatt öt Bundesliga-bajnokságot nyert, köztük egy dupla 1986-ban. Az európai siker azonban elkerülő volt az évtized alatt; a Bayernnek sikerült a 1982 és 1987-es európai bajnokságban futó-helyet elnyernie.
öt