A 3. század legidősebb parancsnoka a háború alatt Bobby Gibbes volt, aki 1942 februárjától 1943 áprilisáig szolgált. Gibbes helyét Brian Eaton osztagvezető vette át, aki 1944 februárjáig vezette az egységet. Ebben az időszakban a 3. század részt vett a
Szövetséges invázió Szicíliában és Olaszországban. 1944 novemberében P-51 Mustangokkal újratelepítették, és az európai háború végéig, 1945 májusáig folytatta a működését Olaszországban és Jugoszláviában. A 3. Század 25 663 operatív repülési órával és 217,5 ellenséges repülőgép megsemmisítésével lett a legmagasabb pontszámú RAAF vadászszázad.