Az osztrák-porosz háború kezdetén Clam-Gallas, még mindig az I. hadtest parancsnoka, parancsnokságot kapott az "Északi Hadsereg" -től elkülönített egységek (60.000 ember) parancsnokságára, amelyet "Iser Hadseregnek" neveztek, és amely a saját I. hadtestéből, a visszavonuló királyi szász hadtestből, az osztrák brigádból, amelyet Holsteinból evakuáltak, és egy osztrák könnyű lovas hadosztályból állt. A háború folyamán vereséget szenvedett Podolban, Münchengrätzben
és Jičín. Miután újra egyesítette erőit az Északi Hadsereggel Ludwig von Benedek vezetésével, visszatért az I. hadtest parancsnokságához. 1866. július 3-án kora reggel felváltották Leopold Gondrecourt gróf parancsnoksága alól, így nem vett részt az osztrák főhadsereg legyőzésében a Königgrätznél.