Houbraken szerint ő volt Pieter Jansz Schagen fia, Alkmaar fontos tanácsosának, akit először Salomon van Ravesteyn, majd a lovas festő Pieter Cornelisz Verbeeck tanított festeni. Hajón utazott Gdańskba, ahol Joost Brasser fogadta, majd Elbingbe utazott, ahol Bartholomeus Strobel fogadta. Schagen egy portrét festett a lengyel királyról, hogy "bizonyítsa meg a művészet mestereit" számára. Onnan egy rövid időre hazatért, mielőtt hajóval Dieppe-be és tovább Párizsba utazott, ahol sok fontos ember portréját festette ott és Orléansban. 1639 októberében újra elindult, és átkelt az angol csatornán Angliába. Ott meglátogatta Maarten Tromp admirálist, aki meghívta, hogy rajzolja a hajóit, és megfigyelje a tengeri csatát inspirációért. Abban a pillanatban a Down-i csatát indította.
A spanyolok ellen Antonio D'Oquendo vezetésével. A csata megfigyelése után azonban Schagen úgy döntött, hogy a hajók vonzása nélkül visszatér Hollandiába. Alkmaarban telepedett le, ahol a vroedschap tagja lett, mint az apja. A Westfáliai béke után 1648-ban újabb utazást tett Brabantba van Dorp admirális és van den Cornput van Dordrecht. 1651-ben utazott Liege-be és Kölnbe. Az Alkmaar árvaház tiszteletre méltó igazgatója volt, amikor 52 évesen meghalt.