A régió története erősen politizálttá vált, mind a kínai, mind a nacionalista ujgur történészek gyakran túlozzák csoportjaik régióval való kapcsolatait. A valóságban sok csoportnak adtak otthont a történelem során, a ujgurok Közép-Ázsiából érkeztek a 10. században. Bár a különböző kínai dinasztiák időnként uralták a mai Xinjiang egyes részeit, a régió, ahogy ma létezik, a kínai uralom alá került a
A mandzsu vezette Qing dinasztia nyugati terjeszkedése, amely Mongólia és Tibet annektálását is látta.