Írj folytatást erre a bekezdésre - 2020. szeptember 18-án Müller a szezon első gólját szerezte, és egy asszisztot nyújtott a Schalke 04 elleni 8-0-os győzelemben. Később megnyerte az UEFA Szuperkupát.
és a DFL-Szuperkupa klub karrierjének 27. trófeája lett; így lett a német történelem legdicsőségesebb játékosa, megdöntve a korábbi rekordot, a 26 trófeát, amit korábbi Bayern csapattársa, Bastian Schweinsteiger nyert. 2021. február 11-én pozitívnak bizonyult a COVID-19-ra, és karanténba került; így nem játszhatott a 2020-as FIFA Klub Világbajnokság döntőben.