1587 végén Párizsban letartóztatták egy bordélyházban, ahol egy nővel és egy férfi szolgával feküdt az ágyban. Kezdetben a püspök börtönébe helyezték, a fogvatartói úgy gondolták, hogy visszaküldik Walsinghambe. Végül átvitték a Bastille-be, hogy megvárják a tárgyalást. A kihallgatás feljegyzése szerint megpróbálta Morgan és Paget kettős üzletbe keverni. 1589 augusztusában bíróság elé állították, és húsz év börtönbüntetésre ítélték, mert a katolikus egyház érdekei ellen cselekedett. Akkoriban Párizst a Katolikus Liga irányította, amely a francia király ellen támadt fel. A börtönben az egészsége romlott. A
1590 márciusában, Ivry csatájában a Szövetség hadseregét megsemmisítették, és a király Párizs felé vonult, elhatározva, hogy éhséggel engedi alá a fővárost. Az ostrom augusztusig tartott, és éhínséget okozott. Gifford néhány hónappal később, 1590 novemberében halt meg.