Amikor a második koalíció háborúja 1799 elején kezdődött, Nauendorf részt vett az osztrák győzelmekben
Ostrachban (március 21-én), majd Stockachban (március 25-én). Március elején 17.000 főből álló előretartó gárdáját Augsburgban vezette át a Lech-folyón, hogy Ostrachban, a Duna-folyón lévő faluban és a Pfullendorf szabad császári városánál kisebb távolságra települjenek. Jourdan Duna-hadserege március 1-jén átkelt a Rajnen, és keletre költözött, hogy megszakítsa a kommunikációt az osztrák fő erő, Augsburg közelében, és az osztrák csapatok között Észak-Olaszországban. Ostrach-ban az előretartó őre a közvetlen érintkezés sokkját elviselte, de a hadsereg fő ereje kevesebb, mint egy nappal volt mögötte, és Károly érsek, az osztrák erők parancsnoka három támadó oszlopra osztotta hadseregét, hogy egyidejűleg támadásba lendüljenek a francia vonal három pontján; egy napos csúnya harcok után az osztrákok az északi és a déli oldalon flankolták a franciákat, és azzal fenyegetőztek, hogy áttörik a vonalat a közepén. A franciák Mösskirchbe, majd Engenbe és Stockachba vonultak vissza, ahol március 25-én megújult a harcok. Stockachban Nauendorf ismét az osztrák előretartó gárdát irányította, amely olyan csapatokból állt, akik, mint ő, tapasztaltak voltak a habsburg határháborúkban. A "Vorhut" előrehaladott gárdát a csata előtt áthelyezték az osztrák fő vonal központjává, és a kezdeti harcok súlyát viselte.