A projekt legfontosabb nyersanyaga az urán volt, amelyet a reaktorok üzemanyagaként használtak, plutóniumba alakítottak, és a meggazdagított formájában az atombomba maga is. 1940-ben négy ismert nagy uránraktár volt: Colorado-ban, Észak-Kanadában, Joachimsthal-ban Csehszlovákiában és a Belga Kongóban. Minden, kivéve Joachimstal-t, a szövetségesek kezében volt. 1942 novemberében egy felmérés megállapította, hogy elegendő mennyiségű urán állt rendelkezésre a projekt követelményeinek kielégítésére. Nichols megállapodott a külügyminisztériummal az urán-oxid exportellenőrzéséről, és tárgyalásokat folytatott a belga Kongóból származó 1200 tonna (1100 t) tiszta uránérc vásárlására, amelyet a Staten Island-i raktárban tároltak, és a bányák megmaradó állományait a plutóniumba alakítottak, és a megmaradt érc készleteit a saját atombombomba bombájába.
1942-ben