Írj folytatást erre a bekezdésre - Egyiptko 1938 augusztusában tért vissza a Szovjetunióba, a Fekete-tengeri Flotta Második tengeralattjáró-brigádjának parancsnoka lett. Ezt a pozíciót 1939 decemberéig töltötte be, amikor a Balti-tengeri flotta tengeralattjáró-brigádjának parancsnoka lett. Ezt a posztot a szovjet-finn háború alatt töltötte be, 1940 májusában elhagyta, hogy folytassa tanulmányait a Haditengerészeti Akadémián. 1941 áprilisában végzett, és április 26-án előléptették az első osztályú kapitányra. Abból a hónapból szeptemberig a balti flotta 1. tengeralattjáró-brigádjának parancsnoka volt. Yegipko részt vett a katonai műveletekben a németek 1941 júniusában a Szovjetunióba irányuló invázióját követően. A szovjet evakuálás Tallinnban
1941 augusztusában az S-5 tengeralattjárója egy aknába csapódott, és Yegipko a parancsnoki toronyból a vízbe repült. Egy másik hajó mentette meg, súlyos agyrázkódással. 1941 szeptembere és októberé között a Balti Flotta Katonai Tanácsának állt rendelkezésére, mielőtt az Egyesült Királyságban a szovjet nagykövetség haditengerészeti attachéjává nevezték ki. A haditengerészeti attachéként Yegipko gyakran megfigyelőként járt el brit hadihajókon, és a brit hajókon hajózott az Északi-sarkvidéken.