Amikor Gates elküldte a Kongresszusnak a hivatalos híreket a győzelemről a Saratoga-i csatában 1777-ben, Wilkinson megtartotta a Kontinentális Kongresszust
Várakozás, amíg ő személyes ügyekben volt. Amikor végül felbukkant, saját szerepét díszítette a győzelemben, és 1777. november 6-án brigádőr-generálnak minősült (bár akkoriban csak 20 éves volt), és kinevezték az újonnan létrehozott Háborús Tanácsba. Az előléptetés a rangidős ezredesek fölé nagy felfordulást okozott a kontinentális tisztek körében, különösen azért, mert Wilkinson pletykái azt mutatták, hogy részt vett a Conway Cabal-ban, egy összeesküvésben, hogy George Washington helyett Horatio Gates legyen a kontinentális hadsereg főparancsnoka. Gates hamarosan eleget kapott Wilkinsontól, és a fiatal tiszt kénytelen volt lemondani 1778 márciusában. 1779. július 29-én a Kongresszus kinevezte a hadsereg ruházati tábornokává, de 1781. március 27-én lemondott, mivel "nem volt alkalmas a munkához".