1918-ban, a Rarańcza-i támadás után, mint a 2. lengyel segédosztag parancsnoka az osztrák hadsereggel, Haller áttörte az osztrák-orosz frontvonalat Ukrajnába, ahol egyesítette csapatát a lengyel osztagokkal, amelyek elhagyták a cár hadseregét. Tiltakozott a Brest-Litovszki Szerződés ellen, és folytatta az oroszok elleni harcot a II. Lengyel Légiók Brigádjával (később a lengyel II. Testület 4. és 5. Lövészdivíziója). A németek nyomása alatt, akik a Brest-Litovszki Béke után illegálisnak tartották a lengyel csapatok jelenlétét Ukrajnában, és a lengyelek és a németek közötti heves csata
Kaniówban (1918. május 10., 2500 veszteség) a hadtestét internálták, míg maga a tábornoknak sikerült Moszkvába menekülnie. Ezt követően 1918 júliusában Murmanszk útján Franciaországba érkezett, ahol a Lengyel Nemzeti Bizottság nevében létrehozta a Kék Hadsereget (a francia egyenruhájának színéből, amelyet "Haller hadseregének" is neveznek). A következő néhány hónapban a hadserege, az Antantával szövetségben, harcolni fog Németország ellen. 1919-ben az új hadsereg élén Lengyelországba érkezett, és az ukrán frontra küldték. 1920-ban Haller elfoglalta Pomeraniát, és Lengyelország nevében belépett Danzigbe (Gdańskba), és a lengyel-szovjet háború alatt önkéntes sereget irányított. Emellett a hadsereg főfelügyelője és a hadügyi tanács tagja volt.