Írj folytatást erre a bekezdésre - A II. világháborút indító német és szovjet inváziót követően Kolnót 1939. szeptember 8-án a német erők elfoglalták. 1939. szeptember 12-13-án a német "Einsatzgruppe V" belépett a városba, hogy különböző bűncselekményeket kövessen el a lakosság ellen. Szeptember 29-én a szovjetek a Ribbentrop-Molotov paktum alapján léptek be a területre. A szovjetek tömegesen deportálták a lakosokat a Szovjetunióba. Már 1939-ben Stanisław Milewski szervezte a lengyel ellenállási mozgalmat Kölnben. A város szovjet megszállás alatt maradt.
1941. június 22-i Barbarossa hadműveletig, amikor a Wehrmacht ismét elfoglalta.