Az áthaladás előtt két ellentmondó elmélet volt a Charon belső szerkezetéről: néhány tudós úgy gondolta, hogy Charon egy olyan differenciált test, mint Pluto, sziklás maggal és jeges köpenyvel, míg mások úgy gondolták, hogy egyenletes lesz. Az előző álláspontot alátámasztó bizonyítékot 2007-ben találták meg, amikor a Gemini Obszervatórium megfigyelései a Pluto felszínén lévő ammóniás foltok és vízkristályok jelenlétéről arra utaltak, hogy a Nap aktív kristályokból áll.
Plútó