A 2012-es szezon után Scutaro és a Giants egy 3 éves, 20 millió dolláros szerződést kötött, ami 2012. december 7-én lett hivatalos. 2013-ban Scutaro volt a kezdő második baseman, Tony Abreu és Nick Noonan volt a fő tartalékos. Az első félidő 81 meccsében Scutaro.316/.367/.400-et ütött 2 HR-vel, 22 RBI-vel és 37 R-vel, és nevezték a
2013 MLB All-Star játék. Scutaro 2013. szeptember 15-én játszott az utolsó meccsét, és hivatalosan szeptember 24-én leállt. Szeptember 27-én műtétet végeztek rajta, melynek során egy tűt helyeztek be a bal csípőjébe, hogy kijavítsák a kalapács ujját. A sérülést június 11-én szenvedte el a Pirates ellen, amikor Tony Watson eltalálta. 2013-ban 127 mérkőzésen.297/.357/.369-et ütött 2 HR, 31 RBI és 57 R.