Fejezd be a következő mondatot: Az amerikai polgárháború kitörésekor Jones készségesen csatlakozott az Unió hadseregéhez. 1861. július 7-én beiratkozott a 37. New York-i Önkéntesekbe, amelyet népszerűen "ír puskákként" ismernek, John H. McCunn ezredes irányítása alatt. Kezdetben közlegény volt, de hamarosan az ezred emberei második hadnaggyá választották. Jelen volt a Bull Run első csatájában, mindössze két héttel a beiratkozása után, de nem látott akciót, mivel az egységet tartalékban tartották. Jones az első évei során "bátor viselkedést" mutatott a ezredben, és hamarosan az 1861 november 4-én első hadnagy és adjutáns rangjára emelkedett, majd 1862. január 21-én őrnagy lett. Ő és az "ír puskák" később csatlakoztak Samuel P. Heintzelman tábornok III. hadtestéhez, a 3. hadosztály 3. zászlóaljának részeként, Philip Kearny tábornok parancsnoksága alatt, a félszigeti hadjárat során, és részt vettek a Williamsburgban,
Hét Pines és a Hét Nap kampány. Jones szintén jelen volt, amikor a 37. New York Önkéntesek, akkor a III. Testület 1. hadosztálya 3. zászlóaljához csatolták, a Bull Run második csatájában voltak. Májusban és júniusban maláriában szenvedett, és szeptember 26-án kórházba került Washingtonban, ahol október végéig maradt. Rövid ideig Franz Sigel tábornok tisztje volt Ambrose Burnside tábornok nyugdíjba vonulása és a Potomac hadsereg átszervezése előtt.