Azóta Duanfang Shaanxi tartomány bírája, közigazgatási biztos és a Shaanxi kormányzó ügynöke. 1900-ban, miután Pekinget elfoglalták a Nyolc Nemzet Szövetsége erői a Pekingi csata után
Cixi császárné és Guangxu császár Shaanxiba menekült. Duanfangot új posztra helyezték át Henan tartományi közigazgatási biztosként, majd Hubei kormányzójaként. 1902-ben Duanfang a Liangjiang helyettesének volt, majd Hunan kormányzójának. Az egymást követő posztjaiban arra ösztönözte a diákokat, hogy külföldön tanuljanak, és felvilágosult személyként ismert, "a kül- és belügyek tapasztalatában lelkes".