Az 1980-as évek elején és közepén Cruise kapcsolatot ápolt idősebb nőkkel, köztük Rebecca De Mornay-val, aki három évvel idősebb nála; Patti Scialfa-val, aki kilenc évvel idősebb nála; és Cher-rel, aki 16 évvel idősebb nála. Cruise 1987. május 9-én feleségül vette Mimi Rogers színésznőt, és 1990. február 4-én elváltak. Rogers bemutatta Cruise-t a Szcientológia Egyháznak. Második feleségével, Nicole Kidman színésznővel találkozott a Days of Thunder (1990) filmjük forgatásán. A pár 1990. december 24-én házasodott össze. Cruise és Kidman két gyermeket fogadott örökbe, Isabella Jane-t (született 1992-ben) és Connor Antony-t (született 1995-ben). 2001 februárjában Cruise elvált Kidman-től, miközben a nő nem tudta, hogy terhes. A terhesség vetélést okozott.
2001 februárja