A 2006-os választásokon a Konzervatív Párt vezette kisebbségi kormányt alakították ki, és Harper lett Kanada 22. miniszterelnöke. Első ciklusa alatt Harper szembesült az In and Out botránysal, míg Harper vezetése alatt elfogadott jelentős jogszabályok közé tartozott a "szövetségi elszámoltathatósági törvény", a Québécois nemzet indítvány és a veteránok jogainak listája. A 2008-as szövetségi választások után, amelyben a Konzervatív Párt nagyobb kisebbséget szerzett, Harper elfogadta a gazdasági cselekvési tervet a 2007-2008-as pénzügyi válságra válaszul, legyőzte az ellenzéki pártok potenciális koalíciójának bizalmatlansági indítványát, és megparancsolta a katonai beavatkozást a
Első líbiai polgárháború. A 40. kanadai parlament végül feloszlott 2011 márciusában, miután újabb bizalmatlansági szavazáson esett át a Lockheed Martin F-35 Lightning II kanadai beszerzése miatt. A szövetségi választásokon a konzervatívok többségi kormányt nyertek. Harper harmadik mandátuma alatt kivonta Kanadát a Kiotói Jegyzőkönyvből, elindította az Operation Impact-ot az ISIL ellen, hatályon kívül helyezte a hosszú fegyverek nyilvántartását, elfogadta a "Terrorizmusellenes Törvényt, 2015", elindította Kanada Globális Piacok Cselekvési Tervét, és küzdött a kanadai szenátus kiadásai és a Robocall botrány körül forgó vitákkal.