A niobium-tartalmú vegyületekkel a legtöbb ember ritkán találkozik, de némelyikük mérgező, és óvatosan kell kezelni. A niobium-tartalmú vegyületekkel való rövid és hosszú távú expozíciót a niobátok és a niobium-klorid, a két vízben oldódó vegyület, patkányokban tesztelték. A niobium-pentachlorid vagy a niobátok egyszeri injekciójával kezelt patkányok orális adagja (LD 10 mg/kg és 100 mg/kg között) halálos mérget mutat.
biológiai szerepe nem ismert