- 1939-es lengyel védelmi háború után Németország megszállta
a környéket, és október 26-án Wadowice-t a náci Németország annektálta. Ugyanezen év december 29-én a várost "Wadowitz"-re nevezték át. Kezdetben a lengyel értelmiség volt a célpontja a szigorú német faji és kulturális politikának, és több száz embert a térségből, különösen papokat, tanárokat és művészeket tömeges kivégzések során meggyilkoltak (lásd "Intelligenzaktion"). Sokan a Krakówban lévő hírhedt Montelupich börtönbe kerültek, majd 1939 decemberében a krakói erőd Krzesławice erődében meggyilkolták őket. Több száz embert kiutasítottak, és áttelepítettek a Generalgouvernement-be, hogy helyet adjanak a német telepeseknek a "Lebensraum" politikával összhangban. Németország egy náci börtönt is létesített és működtetett a városban. 1941 és 1943 között gettót hoztak létre a városban. Majdnem az egész helyi zsidó lakosságot (több mint 2000 főt) kiirtották, főleg a közeli Auschwitz-i koncentrációs táborban. Ezenkívül a németek hadifogolytáborot hoztak létre a szövetséges katonák számára, valamint egy büntető tábort, amely különböző német koncentrációs táborok áthelyezési táboraként szolgált. A német terror ellenére a belföldi hadsereg egységei aktívak voltak a területen, különösen a városban és a Beskid hegyekben délre.