Comey 1960. december 14-én született a New York-i Yonkersben, a szülők Joan Marie Comey (született Herald) és J. Brien Comey. Nagyapja, William J. Comey, tiszt volt, majd később a Yonkers-i Rendőrség biztosának. A család az 1970-es évek elején költözött az Allendale-be, New Jersey-be. Apja vállalati ingatlanokban dolgozott, anyja pedig számítógépes tanácsadó és háziasszony volt. Comey ír származású. Az Allendale-i Northern Highlands Regional High School-ban tanult; 1977-ben ő és testvére egy "The Ramsey Rapist" nevű bűnöző által elkövetett otthoni invázió áldozatai lettek. Comey 1982-ben végzett a William and Mary College-ban, vegyészet és vallás szakával.
Juris Doctor (JD)