A polgárháború kitörésekor, Birney 1861. május 22-én, mint százados, belépett az Unió hadseregébe az 1. New Jersey-i gyalogos ezredben. Először harcba szállt a Bull Run első csatájában. A 4. New Jersey önkéntes gyalogság őrnagyává lépett elő, és részt vett a második Bull Run, Chantilly csatáiban.
Fredericksburgban, és ezredesként Chancellorsville-ben. 1863-64-ben kinevezték a három felügyelő egyikének, aki a színezett csapatok felvételeért felelt az uniós hadseregben, és ebben a minőségben hét ezredet szervezett. A 22. színezett katonák ezredese lett. 1863. június 9-én önkéntes brigádvezérként kinevezték, és 1863. május 22-én Marylandbe küldték, hogy több fekete katonát toborozzon. 1864-ben hadseregét Dél-Karolinába küldte, hogy a Dél-Department részeként harcoljanak. Rosszul teljesítettek, de sokkal jobb munkát végeztek Floridában, beleértve az Olustee-i csatát is.