1964-ben lázadás tört ki a Jinja-i katonai laktanyán, Uganda második városában és az ugandiai hadsereg 1. zászlóaljának otthona. Hasonló lázadások voltak két másik kelet-afrikai államban is; mindhárom ország a brit hadsereg katonáinak támogatását kérte. Mielőtt megérkeztek, azonban Obote küldte védelmi miniszterét, Felix Onamát, hogy tárgyaljon a lázadókkal. Onamát túszként tartották, és sok követelésnek egyezett, beleértve a jelentős fizetésemelést a hadseregnek, és sok tiszt gyors előléptetését, beleértve a jövőbeli elnököt is. 1965-ben a kenyaiakat megtiltették a kormányzati vezetési pozícióktól, ezt követte 1969-ben az ugandiaiak tömeges eltávolítása Obote vezetésével. Obote miniszterelnököt a szövetségi száműzéssel vádolták Idi Amin-el, az Ugandiai Hadsereg helyettesével; mindhárom ország kérte a brit hadsereg csapatok támogatását.
felfüggesztette az alkotmányt, és 1966-ban elnöknek nyilvánította magát.