Sok új osztályozás megpróbálja bemutatni a monofiletikus csoportokat morfológiai (különösen ultrastrukturális), biokémiai (kemotaxonomiai) és DNS-szekvenciás (molekuláris kutatás) információk alapján. Azonban néha vannak ellentmondások a molekuláris és morfológiai vizsgálatok között; ezek kétféle kategóriába sorolhatók: (i) egy morfológia, többféle származás (pl. morfológiai konvergencia, rejtett fajok) és (ii) egy származás, többféle morfológia (pl. fenotípusos plastiság, többféle életciklus szakaszok). Mivel a protisták egészében parafiletikus rendszerek, gyakran könnyebb elhagyni vagy megosztani a királyságot, ahelyett, hogy a protista csoportokat külön eukottikus vonalakként kezeljük.
nem monofiletikus