Röviddel a csata után feleségül vette egy kiemelkedő athéni férfi lányát, és tevékenysége azután egészen haláláig elválaszthatatlanul összekapcsolódott ezzel a várossal. 1826 júniusában, miután Ibrahim Páša elfoglalta Athént, Makriyannis segített megszervezni az Akropolisz védelmét, és a parancsnok, Yannis Gouras halála után a helyőrség ideiglenes parancsnoka lett. Október 7-én sikerült visszavernie a Herodes Atticus Odeon elleni vad támadást, és az Akropolisz védelme során háromszor súlyos sérüléseket szenvedett, a fején és a nyakán. Ezek a sebek élete hátralévő részében zavarják, de nem győzik le arról, hogy részt vegyen a háború utolsó szakaszában: 1827 tavaszán részt vett a Pireusz és a Phaleron csatáiban.
- Igen.