A PWS-t egy olyan epigenetikai jelenség okozza, amelyet imprinting néven ismernek, amelyet az SNRPN és az NDN necdin gének apától származó másolatainak törlése okoz, valamint az snoRNA-k csoportjai: SNORD64, SNORD107, SNORD108 és az SNORD109 két másolata, az SNORD116 29 másolata (HBII-85) és az SNORD115 48 másolata (HBII-52). Ezek a 15q11-13 régióban található 15. kromoszómán vannak. Ez az úgynevezett PWS / AS régió elveszíthető számos genetikai mechanizmus egyikével, amely a legtöbb esetben véletlenszerű mutáció révén fordul elő. Más, kevésbé gyakori mechanizmusok közé tartoznak az AS uniparental diszsomia, a sporadikus mutációk, a kromoszómás transzlokációk és a gének törlése. Az anya által örökölt gének másolatai nyomás miatt gyakorlatilag csendes, és csak az apától származó gének másolatai vannak jelen, és a PWS-szind
A jelenséget imprinting néven ismerik.