1801. márciusában hazatért, és parancsot kapott arra, hogy készüljön fel egy évig tartó tengerjárásra a Földközi-tengeren Richard Dale parancsnoki osztagában. Saját kérésére, Decatur-t felmentették a Philadelphia parancsnokságától Samuel Barron kapitány. A század július 1-jén érkezett Gibraltárba, Dale parancsnok a fregatton. A "Philadelphia"-t arra utasították, hogy hajózzon át a szoroson és blokádolja Tripoli partjait, mivel 1801 májusában a Pasha Yusuf Karamanli háborút fenyegetett.
Az Egyesült Államokban, és megragadták az amerikai kereskedelmi hajókat váltságdíjért.