A náci hatalomrablás után, 1933-ban, az igazgatótanács zsidó tagjait, Richard Mertont, Julius Levisohn-t és Heinrich Wohlwill-t le kellett mondania. A Norddeutsche Affinerie a megnövekedett állami beruházásokból hasznot húzott, és jelentősen bővítette üzleti tevékenységét. 1939-re a vállalat a német réz igénye közel felét fedezte, és 1450 embert foglalkoztatott. Azután, hogy
November pogromok, a vállalat részt vett az arany feldolgozásában, amelyet zsidó tulajdonosoktól zsaroltak ki. 1939-ben Wilhelm Avieny a Metallgesellschaft-től és Hermann Schlosser, a Degussa vezérigazgatója, vezető pozícióba került a Norddeutsche Affinerie felügyelőbizottságában. Mindketten az NSDAP korai támogatói voltak, és a náci politikával kapcsolatban álltak a vállalatok jelentősége miatt. A II. világháború alatt a Norddeutsche Affinerie fontos beszállítója volt a lőszergyártásnak, és kényszermunkát használt a termelés fenntartásához. 1944 júliusában, a csúcsidőben, a 1900 alkalmazottból 806-a kényszermunkás volt.