A Doppler kutatását megszakították az 1848-as forradalmi események. A
A magyar forradalom után Bécsbe menekült. Ott nevezték ki az Intézetének vezetője kísérleti fizika a University of Vienna 1850. Ott Doppler Franz Ungerrel együtt befolyásolta a fiatal Gregor Mendel fejlődését, a genetika alapító atyját, aki 1851 és 1853 között a bécsi egyetemen tanult.