2013. július 6-án Fernandezt kiválasztották, hogy a Marlins-t képviselje a National League All-Star csapatában. A 2013-as All-Star meccsen tökéletes hatodik inninget dobott.
Dustin Pedroia-t kiütötte, Miguel Cabrera-t kiszállította, és Chris Davis-t is kiütötte. Ezzel a teljesítménnyel Fernández az egyetlen három dobó az All-Star Game történetében, akik két ütőt ütöttek ki a 21. születésnapjuk előtt az All-Star debütálásukhoz, a másik kettő Dwight Gooden és Bob Feller.