A Streptomycin-t először 1943. október 19-én izolálta Albert Schatz, a Rutgers Egyetem Selman Abraham Waksman laboratóriumának doktori hallgatója a Merck és Co. által finanszírozott kutatási projektben. Waksman és laboratóriumi személyzete számos antibiotikumot fedezett fel, köztük az actinomycin, a clavacin, a streptothricin, a streptomycin, a grisein, a neomycin, a fradicin, a candicidin és a candidin. Ezek közül a streptomycin és a neomycin széles körben alkalmazták számos fertőző betegség kezelésében.
1943-ban