1798-ban Jourdan kinevezte a megfigyelő hadsereg vezérkari főnökévé. Ernouf a megfigyelő hadsereggel volt, amikor átkelt a Rajna folyón, amit a brit történészek a Campo Formio-i szerződés megsértésének neveztek, ami a második koalíció háborújához vezetett. Március 2-án a hadsereget a Duna Hadseregének nevezték át, és felvonult a Felső-Svábiába, ahol összecsapott Károly herceg Habsburg erőivel a
Ostrachban március 21-én, és ismét március 25-én Stockachban. Mindkét csatában a Habsburgok emberei, akik hárommal eggyel és kettővel eggyel fölötte voltak a franciák számát, elnyomták a francia vonalakat; Jourdan, a hadsereg parancsnoka nem tudta eléggé összpontosítani erőit, hogy ellensúlyozza a Habsburgok számát, és március végén visszavonult a Fekete-erdőbe. Ernouf átvette a Duna Hadseregének parancsnokságát, míg Jourdan visszatért Párizsba, hogy több csapatot kérjen. A Duna Hadsereg parancsnokaként André Masséna váltotta fel, és Massena vezérkari főnöke volt a 1799-es svájci hadjáratban, amelynek során Zürichben és Közép-Svájcban vett részt; ismét Zürichben volt a francia győzelemre Alexander Rimsky-Korsakov ellen.