A második világháborút indító lengyelországi német invázió idején, 1939. szeptember 13-án, Leżajskot elfoglalta a Wehrmacht. Ezután a német "Einsatzgruppe I" belépett a városba, hogy különböző kegyetlenségeket kövessen el a lakosság ellen. 1939. november 3-án a német biztonsági rendőrség tömeges letartóztatásokat hajtott végre a helyi lengyelek ellen az "Intelligenzaktion" részeként. A lengyeleket vagy a helyi börtönbe zárták be, vagy a helyi temetőben mészárolták le. A lemészárolt lengyelek között voltak tanárok, iskolai igazgatók, papok és katonai tisztek. A lengyelek Leżajskból is voltak az oroszok által 1940 áprilisában és májusában elkövetett nagy katyn-i mészárlás áldozatai. A
A német megszállás idején, a Belföldi Hadsereg nagyon aktív volt a térségben. 1940 májusa óta a lengyel ellenállási mozgalom a "Odwet" néven ismert underground lengyel újságot terjesztette Leżajskban. 1943. május 28-án a németek lelőtték a város 43 lakóját. Leżajskot 1944. július 27-én elfoglalta a Belföldi Hadsereg.