Írj folytatást erre a bekezdésre - 1580-ban, az 1580-as dinasztikus válság folyamán, a Guarda püspöke, D. João, a portugál függetlenség mellett állt, és ellenezte a Fülöp-szigeteki uralmat. A püspök ellenállt az Alcântara-i csata eredményének
és továbbra is António, Crato elődje oldalán állt, ellentétben az összes többi portugál püspökkel. 1582. március 18-án a pápa elítélte D. João, a Guarda püspöke által elkövetett "túlzásokat", és 1592-ben halt meg Spanyolország II. Fülöp (Portugália I. Fülöp) uralma alatt.