A polgárháború első éveiben az északi kaszárnákban fogva tartották a konföderációs tiszteket, akiket hadifoglyokká tettek, amíg át nem szállítottak más uniós börtönökbe, mint például Camp Johnson Ohio-ban, Fort Delaware vagy Fort Warren Boston Harborban. Fort Columbus és Castle Williams a háború alatt ideiglenes hadifogolytáborként és fogolytáborként szolgált a konföderációs foglyok számára. William H. C. Whiting tábornok (CSA) 1865 februárjában halt meg diszentériában a postai kórházban, röviddel azután, hogy megadta magát a
Fort Fisher-i csata, Észak-Karolina. Ő volt a legmagasabb rangú konföderációs tiszt, aki hadifoglyként halt meg.