Írj folytatást erre a bekezdésre - William J. Clinton elnök közigazgatása ezt követően Szudán elszigetelésére törekedett. Az 1990-es évek közepén a Frontex államok politikáját vezették be a Khartoum elleni nyomásgyakorlásban, Ugandának, Etiópiának és Eritreának segítségével. A szudáni politikák és a szudáni amerikaiakat célzó terrorista fenyegetésekkel kapcsolatos információk miatt növekvő elégedetlenség, amelyek nagy része hamisnak bizonyult, 1996 tavaszán az Egyesült Államokat arra késztette, hogy minden amerikaiat áthelyezzen a khartumi nagykövetségről a nairobi amerikai nagykövetségre. A khartumi nagykövetség nyitva maradt, de szudániak és alkalmi amerikaiak dolgoztak rajta, akik Kenyából jöttek. Az Egyesült Államok sürgetésére Szudán 1996 májusában kényszerítette Osama bin Ladent az ország elhagyására, de Washington nem követte ezt a fejleményet azzal, hogy megpróbálta javítani a kapcsolatokat Szudánnal. A kapcsolatok legalacsonyabb pontja 1998 augusztusában történt, néhány nappal az amerikai nagykövetségek bombázása után.
Dar es Salaamban, Tanzániában, és Nairobiban, Kenyában, amikor egy amerikai haditengerészeti hajó rakétákat lőtt egy gyógyszergyár ellen Khartoumban, azzal a megkérdőjelezhető indokkal, hogy ez a gyár vegyi fegyverek gyártásához kapcsolódik.