1862 júniusában Jewett belépett az Unió hadseregébe, hogy harcoljon a polgárháborúban, és másodhadnagy lett a 9. Vermont-i gyalogságban. Augusztus 3-án elfogták, és 25 napig a Konföderáció foglya maradt. Jewett 1863. májusában előléptették első hadnaggyá. Szolgálati idejében részt vett a Harper's Ferry (13. és 15. szeptember 1862), a Newport Barracks (2. február 1864), a Chaffin's Farm (29. szeptember 1864) és
Fair Oaks (október 27, 1864). 1864. novemberében lemondott, és visszatért Vermontba.