Írj folytatást erre a bekezdésre - Az 1966-os nigériai puccs után
Shagari a kormányzati tisztviselők közé tartozott, akik átadták a kormányt Aguiyi Ironsi tábornok vezetésének. Visszatért Sokoto-ba, hogy elősegítse az oktatást. 1967-ben a Sokoto tartományi Oktatási Fejlesztési Alapjának ügyvezető titkáraként szolgált, ahol számos tartományi iskolát épített. Később kinevezték a létesítési és képzési biztosnak, és rövid ideig az oktatási biztosként szolgált az elpusztult északnyugati államokban, mielőtt felkérték, hogy szolgáljon Yakubu Gowon tábornok szövetségi katonai kormánya alatt.