A szövetségesek visszavonulása során Brockenbrough megpróbálta visszaszerezni sérült hírnevét azzal, hogy meggondolatlanul támadta az uniós csapatokat Falling Watersnél július 14-én, és számos áldozatot szenvedett. Öt nappal később Brockenbrough egykori ezredes-helyettesének, Henry Harrison Walker zászlóaljfőnöknek adták a zászlóalj parancsnokságát, és Brockenbrough visszakerült a 40. Virginia-ba, amelyet Bristoe-ban vezetett és
Mine Run. 1864. január 21-én Brockenbrough lemondott a Konföderációs Államok Hadseregéből. 1864 végéig megtartotta az ezredes rangját a tartalékban.