1567. februárjában Darnley lakóhelyét egy robbanás pusztította el, és a kertben meggyilkolták. James Hepburn, Bothwell 4. grófja, általában úgy tartották, hogy Darnley halálát rendezte, de 1567. áprilisában felmentették a vád alól, és a következő hónapban feleségül vette Mary-t. A pár ellen indult felkelést követően Mary-t a Loch Leven-kastélyban börtönözték. 1567. július 24-én kényszerítették, hogy lemondjon egyéves fia javára. A trón visszaszerzésének sikertelen kísérlete után délre menekült, és első unokatestvére, I. Erzsébet királynő védelmét kereste. Mary Elizabeth trónját egykor sajátjának tartotta, és angliai katolikusok törvényes uralkodónak tekintették, beleértve számos résztvevőt, akik Darnley halálát rendezték, de 1567. áprilisában felmentették, és a következő hónapban feleségül vette Mary-t.
- Mary.