Válaszul egy 1996. évi külügyminisztériumi figyelmeztetésre Bin Ladenről és az 1998-as amerikai nagykövetségek bombázásáról Kelet-Afrikában
Clinton több katonai küldetést is elrendelt Bin Laden elfogására vagy megölésére, amelyek mindegyike sikertelen volt. 1998 augusztusában Clinton parancsot adott az afganisztáni és szudáni terrorista célpontok elleni rakétatámadásokra, amelyek célpontja az Al-Shifa gyógyszergyár volt Szudánban, amely gyanúsított volt bin Laden vegyi fegyverek előállításában való segítségnyújtásában, valamint bin Laden terrorista kiképző táborjai Afganisztánban.