1862. július 16-án parancsnoki hadnaggyá emelték, és parancsnokságot adott a csavargépnek az East Gulf Blockading Squadron-ban. A North Atlantic Squadron gőzfegyveres hajójára került, Chandler a hajójával harcolt a Fort Fisher bombázásán és bukásán
és a Wilmington elfoglalása 1865 elején, 1866. július 25-én parancsnok lett.