Az első 747-100-eket hat felső fedélzeti ablakkal (három oldalról) építették, hogy felső emeleti lounge területeket foglaljanak el. Később, amikor a légitársaságok a felső fedélzetet prémium utasülések helyett kezdték használni, a Boeing tíz ablakos felső fedélzetet kínált. Néhány korai -100-at új konfigurációval felépítettek. A -100 Pratt & Whitney JT9D-3A motorokkal volt felszerelve. Ennek a modellnek nem volt tehergépjármű-változata, de sok 747-100-at átalakítottak tehergépjárművé. Összesen 168 747-100-at építettek; 167-et szállítottak ügyfeleknek, míg a Boeing megtartotta a prototípust, Everett City-t.
hat ablak a felső fedélzeten (három oldalról)