Az Abe kormány 2012-es megválasztása után Koizumi-t kinevezték az újjáépítésért felelős miniszterhelyettesnek, és a Japán északkeleti régiójára összpontosított, amelyet a 2011. márciusi cunami pusztított el.
és az azt követő nukleáris katasztrófát. Nyilvánosan ellenezte apja felhívását Japánnak, hogy azonnal hagyja abba az atomenergiát. 2019-ben Shinzo Abe miniszterelnök a környezetvédelmi miniszterként kinevezte Koizumi-t a kabinetbe, ezt a szerepet megtartotta, amikor Yoshihide Suga 2020-ban Abe miniszterelnökévé vált.