Rubuta ci gaba ga wannan sakin layi - Jefferson ya ƙi shiga cikin kowane irin rikici na duniya, amma ya yi imanin cewa karfi zai fi kyau ya hana Barbary States daga neman ƙarin haraji. Ya umurci sojojin Amurka su shiga Bahar Rum don kare kansu daga Barbary Pirates, wanda ya fara yakin farko na Barbary
Ka yi haƙuri. Ƙoƙarin farko na gwamnatin ya kasance ba shi da tasiri, kuma a 1803 Tripoli ya kama jirgin. A watan Fabrairun 1804, Laftanar Stephen Decatur ya jagoranci nasarar kai hari kan tashar jiragen ruwa ta Tripoli wanda ya ƙone "Philadelphia", yana mai da Decatur gwarzo na ƙasa. Jefferson da matasan sojojin Amurka sun tilasta Tunis da Algiers su karya kawancen su da Tripoli wanda a karshe ya fitar da ita daga yakin. Jefferson kuma ya ba da umarnin harbe-harben jiragen ruwa guda biyar na Tripoli, wanda ya dawo da zaman lafiya a cikin Bahar Rum na ɗan lokaci, kodayake Jefferson ya ci gaba da biyan sauran Barbary States har zuwa ƙarshen shugabancinsa.