Girman Indonesiya, yanayin zafi, da kuma yanayin yanki na tsibirin suna tallafawa babban nau'in halittu. Tsire-tsire da dabbobi suna haɗuwa da nau'in Asiya da Australasia. Tsibirin Sunda Shelf (Sumatra, Java, Borneo, da Bali) sun kasance suna da alaƙa da babban yankin Asiya, kuma suna da wadataccen fauna na Asiya. Manyan nau'ikan kamar Sranumater tiger, rhinoceros, orangutan, giwa na Asiya, da damisa, sun kasance suna da yawa har zuwa gabas kamar Bali, amma lambobi da rarraba sun ragu sosai. Sulawesi, Nusa Tenggara, da Maluku <unk> kasancewar an rabu da su daga ƙasa <unk> sun haɓaka nasu tsire-tsire da fauna na musamman. Papua wani ɓangare ne na ƙananan ƙasar Australiya, kuma gida ne ga fauna da flora na musamman waɗanda ke da alaƙa da Australiya, gami da tsuntsaye na nahiyar.
Kashi 70 cikin dari