Stallman an haife shi ne a ranar 16 ga Maris, 1953, a Birnin New York, a cikin dangin Yahudawa. Iyayensa Alice Lippman, malamin makaranta, da Daniel Stallman, dan kasuwa na buga takarda. Stallman yana da dangantaka mai wuya tare da iyayensa, kamar yadda mahaifinsa yake da shan giya da kuma cin zarafin mahaifiyarsa. Daga baya ya zo ya bayyana iyayensa a matsayin "masu zalunci". Ya kasance mai sha'awar kwakwalwa a lokacin da yake matashi; lokacin da Stallman ya kasance a cikin sansanin rani, ya karanta littattafai na IBM 7094. Daga 1967 zuwa 1969, Stallman ya halarci shirin Jami'ar Columbia a ranar Asabar don daliban makarantar sakandare. Stallman ya kasance mai taimakawa mai ba da agaji a sashen ilmin halitta a Jami'ar Rockefeller. Ko da yake yana da sha'awar ilimin lissafi da ilimin lissafi, farfesa a Rockefeller ya yi tunanin cewa zai ciyar da shi a matsayin masanin ilimin halitta.
sashen nazarin halittu a Jami'ar Rockefeller