A ranar 1 ga Oktoba 2003, an haɗu da ƙungiyoyi uku don samar da sabon JAXA: Cibiyar Nazarin Harkokin Kasuwanci da Astronautical Science (ISAS), Cibiyar Nazarin Harkokin Kasuwancin Aerospace na Japan (NAL), da kuma Cibiyar Harkokin Harkokin Kasuwancin Kasa ta Japan (NASDA). An kafa JAXA a matsayin Cibiyar Gudanarwa mai zaman kanta wanda Ma'aikatar Ilimi, Al'adu, Wasanni, Kimiyya da Fasaha (MEXT) da Ma'aikatar Harkokin Cikin Gida da Sadarwa (MIC) ke gudanarwa.Kafin a hadewa, ISAS ke da alhakin binciken sararin samaniya da na duniya, yayin da NAL ya mayar da hankali kan binciken jiragen sama. NASDA, wanda aka kafa a ranar 1 ga Oktoba 1969, ya ci gaba da rokoki, tauraron dan adam, kuma ya gina tsohuwar Gwajin Japan.
1 ga Oktoba 2003