Kammala jumla mai zuwa: Lokacin da aka sake yakin a 1799, Jourdan ya kasance a kan jagorancin sojojin a kan Rhine, amma ya sake shan wahala a hannun Archduke Charles a yakin da aka yi a
Ostrach da Stockach a ƙarshen Maris. Ya yi baƙin ciki da rashin lafiya, ya ba da umurni ga Janar André Masséna. Ya ci gaba da ayyukansa na siyasa kuma ya kasance fitaccen mai adawa da Juyin mulkin 18 Brumaire, bayan haka aka kore shi daga Majalisar ɗari biyar. Ba da daɗewa ba, duk da haka, ya zama mai sulhu da sabon "regime", kuma ya karɓi sabon aikin soja da aikin farar hula daga Napoleon. A shekara ta 1800, Jourdan ya zama babban jami'in kula da sojan doki da sojoji kuma wakilin bukatun Faransa a Jamhuriyar Cisalpine.