A watan Janairun 1964, an yi tawaye a barikin soja a Jinja, birni na biyu na Uganda kuma gida ne ga Bataliya ta 1 na Sojojin Uganda. Akwai irin wannan tawaye a wasu jihohi biyu na gabashin Afirka; duk kasashe uku sun nemi goyon bayan sojoji daga sojojin Burtaniya. Kafin su isa, duk da haka, Obote ya aika da ministan tsaronsa Felix Onama don yin shawarwari tare da masu tayar da kayar baya. An kama Onama, kuma ya yarda da buƙatu da yawa, gami da haɓaka albashi mai yawa ga sojojin, da saurin ci gaba da jami'ai da yawa, gami da shugaban kasa na gaba. A cikin 1965, an hana Kenyans daga matsayi na jagoranci a cikin gwamnati, kuma wannan ya biyo bayan cirewar 'yan kasar daga Uganda a shekarar 1969, a karkashin jagorancin Obote. An kama Obote a matsayin firaminista, wanda ke da hannu a cikin makircin cin hanci da rashawa na tarayya, tare da Idi Amin, mataimakin shugaban kasar Uganda. A watan Maris na shekarar 1967, an dakatar da Obote tare da jami'an tsaro da dama, wanda ya nemi a dakatar da shi tare da
ya dakatar da kundin tsarin mulki kuma ya ayyana kansa a matsayin shugaban kasa a watan Maris 1966,