Kammala jumla mai zuwa: Amer ya taka rawar gani a juyin mulkin soja wanda ya hambarar da Sarki Farouk a 1952 kuma wanda ya kawo Janar Muhammad Naguib da Kanar Gamal Abdel Nasser zuwa mulki. A shekara mai zuwa, an daukaka Amer kai tsaye daga Manjo zuwa Manjo-janar, ya tsallake darajoji hudu na soja, kuma ya zama Shugaban Hafsan Hafsoshin Masar. A shekarar 1956, an nada Amer a matsayin babban kwamandan rundunar sojin hadin gwiwa da Masar da Siriya suka kafa. Ya kuma jagoranci sojojin Masar a kan Isra'ila da dakarun Birtaniya da Faransa a lokacin yakin basasa.
Yaƙin Suez na shekarar 1956. Bayan yaƙin ya ƙare, Amer ya zargi Nasser da tayar da yaƙin da ba dole ba sannan kuma ya zargi sojoji da sakamakon. A matsayin wakilin Nasser a Siriya, 'yan tawaye sun tsare Amer a lokacin juyin mulkin Siriya na 1961 kuma aka mayar da shi zuwa Alkahira.