Киёмидзү-дэра нь Хэйан үеийн эхэн үед байгуулагдсан. Хурлыг 778 онд Саканоэ но Тамурамаро байгуулсан бөгөөд одоогийн барилга нь 1633 онд Токугава Иемицугийн тушаалаар баригдсан юм. Бүт бүтцэд нэг ч шавьж ашиглагдаагүй байна. Энэ нь ойролцоох нуруунаас урсдаг цогцолборт орших усны уснаас нэрээ авсан юм. Киёмидзү гэдэг нь цэвэр ус гэсэн үг юм. Энэ нь анх Нарагийн үеийн эртний нөлөө бүхий Хоссогийн шашинтай холбоотой байсан. Гэвч 1965 онд энэ холбоог салгаж, одоогийн хамгаалагчид нь өөрсдийгөө "Китахоссо" шашинтай холбогдсон хүмүүс гэж нэрлэдэг.
1965 он