Ekri yon kontinyasyon pou paragraf sa a - Alpha te aktif pandan Dezyèm Gè Chechen an ki te kòmanse an 1999, osi byen ke ensolasyon ki vin apre a nan North Caucasus la
Li pa gen pwoblèm. Pandan 2000 Batay Komsomolskoye a, Alpha tirè ki atache ak Gwoup Lwès Vladimir Shamanov nan fòs federal yo, yo te deplwaye nan yon tantativ pou siprime tirè Ruslan Gelayev yo nan vilaj la. Dapre veteran nan inite a, operasyon nan ki Alpha te patisipe mennen nan arestasyon an nan kòmandan Chechen Salman Raduyev nan 2000, touye a nan kòmandan Chechen Arbi Barayev nan 2001, touye a nan Chechen separatis Prezidan Aslan Maskhadov nan 2005, ak touye a nan militan etranje militan lidè Abu Hafs nan Dagestan nan 2006. Apre transfè responsablite pou operasyon nan Chechnya soti nan Ministè defans nan FSB nan mwa janvye 2001, ak anvan politik la "Chechenization" ki te kòmanse nan 2003, manm Alpha (ansanm ak lòt pèsonèl Ris la ak pro-Moskou milis Chechen) te patisipe nan omwen 10 melanje "gwoup espesyal konbine" (, SSGs), konsidere kòm eskadwon lanmò pa gwoup dwa moun ak obsèvatè deyò. Li kwè ke SSG yo te dèyè anpil nan anpil nan "non / adrès netwayaj" ("imeny / addressny zachistki"): anjeneral raids lannwit pa moun ki gen mask nan machin ki pa make, vize espesifik aktif oswa ansyen konbatan rebèl, sipòtè yo, fanmi yo, oswa lòt sivil pou swa disparisyon fòse oswa touye absoliman extrajudicial. An 2005, Human Rights Watch te deklare ke disparisyon yo te rive nan echèl yon krim kont limanite, e ke "Larisi gen distenksyon an inglorious nan ke yo te yon lidè mond nan disparisyon fòse". UFSB Chechnya a tou te fòme yon inite Alpha lokal, kwè yo dwe menm jan an nan wòl li nan SSGs yo.