Ranpli fraz sa a: Rowley te sèvi kòm kolonèl nan 13yèm Pennsylvania Infantry soti nan 25 avril 1861, jiska 6 out nan menm ane a. Apre sa, li te vin kolonèl nan 102yèm Pennsylvania Volunteer Infantry Regiment. Li te blese nan
Batay nan sèt Pines, pandan y ap dirije rejiman li nan Lame a nan Potomac la. Li (pou yon ti tan) te dirije yon brigad nan VI Kò nan batay la nan Fredericksburg. Pwomosyon nan ran an nan brigadye jeneral nan ran soti nan Novanm 29, 1862, Rowley pwochen kòmande yon brigad nan I Kò nan batay la nan Chancellorsville. Li te aji kòm kòmandan 3yèm Divizyon, I Kò nan kòmansman batay Gettysburg la, pandan Majò Jeneral Abner Doubleday te aji kòm kòmandan kò. (Chapman Biddle te dirije brigad Rowley a.) Sou 1 jiyè 1863, brigad la te soufri gwo pèt konfwonte konfederasyon soti nan divizyon Majò Jeneral Harry Heth la. Li te jete soti nan chwal li pandan retrè a lè li te sispann kout nan kouran an. Maladi ak enfeksyon soti nan bouyi gwosè a nan ze poul sou inner thighs l 'yo, li te fèb, ak tanperaman. Aprè yon konfwontasyon ant Rowley ak Brig. Jeneral Lysander Cutler sou konduit kèk nan ofisye 7yèm Wisconsin yo, Cutler depoze akizasyon pou ebri nan mwa avril 1864. Bay mwens pase 24 èdtan pou prepare yon defans pou jijman, Rowley te kondane pa yon tribinal masyal ke otè John F. Krumwiede deklare te, "ki manke enparyalite ak mache nan pwòp tanbou li". Malgre ke retabli pa lòd nan Sekretè Lagè Edwin M. Stanton ak Prezidan Abraham Lincoln, Rowley te asiyen sèlman yon kòmandman distri nan lwès Pennsylvania, akòz feud la kontinyèl ant kòmandan lame a Jeneral George G. Meade ak kòmandan kò a kounye a Jeneral Gouverneur K. Warren. Bloke pa aksyon yo nan Jeneral Darius N. Couch nan tantativ la yo sispann envazyon an 1864 nan Pennsylvania pa Konfederasyon Jeneral Jubal Early, li demisyone komisyon l'sou Desanm 29, 1864.