Ekri yon kontinyasyon pou paragraf sa a - Fè yon alyans politik ak Empress Dowager la, epi vin yon lènmi ki dire lontan nan Guangxu Anperè a, Yuan kite kapital la nan 1899 pou nouvo randevou li kòm Gouvènè nan Shandong. Pandan twa ane manda li Rebelyon Boksè a (1899 <unk> 1901) te eklate; Yuan asire represyon Boksè yo nan pwovens lan, byenke twoup li yo pa te pran okenn pati aktif deyò Shandong li menm. Yuan te pran bò a nan faksyon an pro-etranje nan Tribinal la Imperial, ansanm ak Prince Qing, Li Hongzhang, ak Ronglu. Li te refize kanpe bò kote Boksè yo epi atake fòs Alyans Uit Nasyon yo, rantre nan lòt gouvènè Chinwa ki te kòmande gwo lame modènize tankou Zhang Zhidong ki pa t patisipe nan Rebelyon Boksè yo. Li ak Zhang inyore deklarasyon lagè Empress Dowager Cixi a kont pouvwa etranje yo epi yo kontinye siprime Boksè yo. Klike sa a te konnen kòm Pwoteksyon Mityèl nan Sidès Lachin. Anplis de sa nan pa goumen Alyans la uit-Nasyon ak siprime Boxers yo nan Shandong, Yuan ak lame l'(Divisyon an Dwa) tou te ede Alyans la uit-Nasyon siprime Boxers yo apre Alyans la te kaptire Beijing
nan mwa Out 1900. Fòs Yuan Shikai te masakre dè dizèn de milye de moun nan kanpay anti-Boxer yo nan Zhili. Yuan opere soti nan Baoding pandan kanpay la, ki te fini an 1902.