Ekri yon kontinyasyon pou paragraf sa a - Nan mwa septanm 1796, Johnston te nonmen aide-de-kan pou Gouvènè John Hunter, ak nan 1800 te resevwa ran brevet li kòm majò. Nan menm ane a Johnston te mete anba arestasyon pa Lyetnan Gouvènè William Paterson sou akizasyon de "peye lespri yo nan yon sèjan kòm yon pati nan peye l' ak dezobeyisans nan lòd". Johnston te fè objeksyon kont jijman pa tribinal militè nan koloni an, e Hunter te voye l nan Angletè. Gen difikilte nan fè yon jijman ak temwen nan Ostrali te mennen nan pwosedi yo te tonbe, ak Johnston retounen nan New South Wales nan 1802. Nan 1803 Johnston te pran lòd tanporè nan New South Wales Kò a pandan maladi a nan Paterson, e li te vin patisipe nan konfli a ant wa a ak militè yo. Nan mwa mas 1804 li te aji ak desizyon lè nan lòd nan militè a voye kont kèk kondane ki te revòlte nan Castle Hill
Li pa gen pwoblèm. Lè Paterson te voye nan Port Dalrymple, Johnston te vin kòmandan nan New South Wales Kò.