Ekri yon kontinyasyon pou paragraf sa a - Nan mwa Jiyè 1999, Jacoby te asiyen kòm direktè pou entèlijans (J2) sou Joint Staff la. Tèm li te kòmanse ak dirije leson yo te aprann nan entèlijans efò pou egzamine operasyon yo nan Balkan yo ak Kosovo. Operasyon Northern ak Southern Watch kontinye fè respekte Zòn ki pa gen vòl ak sanksyon kont Irak. Anplis de sa, avyon rekonesans US Navy EP-3 la te konfiske pa Chinwa yo sou Hainan Island apre yon kolizyon ak yon avyon de gè Chinwa pandan operasyon sou lanmè Sid Lachin ak atak la sou USS "Cole"
te pran plas nan Aden, Yemen. Evènman sa a lèt pwovoke yon chanjman fondamantal nan apwòch nan analiz teworis ak sipò nan fòs opere ki te enkòpore nan pwopoze Joint entèlijans Task Force la, konbat teworis (JITF-CT) opere anba gidans la nan Joint Staff J-2 kòm yon pati nan Ajans la entèlijans defans. Jacoby te defann ogmante finansman pou JITF-CT sou apremidi a nan 10 septanm 2001 ak anplwaye ansyen sou Komite a Pèmanan Chwazi nan Chanm nan sou entèlijans. Li te nan Pentagòn lè li te atake sou 11 septanm 2001. Li te dirije kanpe-up nan JITF-CT, te aktif nan planifikasyon entèlijans pou lagè mondyal la sou teworis ak operasyon militè nan Afganistan, sipèvize J-2 aktivite pandan faz inisyal la nan operasyon konba nan Afganistan e li te enstrimantal nan devlope ak defann yon konsèp operasyonèl ki rele "2 plis 7" ki te vin pwen santral la pou operasyon US yo demantèlman òganizasyon an Al-Qaeda ak atake lidèchip santralize li yo ak fonksyon planifikasyon. Efò a konsantre operasyon kont de lidè yo ak sèt ansyen planifikatè operasyonèl yo. Rezilta a te yon degradasyon siyifikatif nan kapasite òganizasyon an. Jacoby te fini yon pwolongasyon yon ane li kòm Joint Staff J-2 nan mwa Jiyè 2002.