Ekri yon kontinyasyon pou paragraf sa a - Jefferson te ezite pou vin patisipe nan nenpòt ki kalite konfli entènasyonal, men li te kwè ke fòs ta pi bon anpeche eta yo Barbary soti nan mande plis peye lajan taks. Li te bay lòd pou Marin Ameriken an nan lanmè Mediterane a pou defann kont Pirat Barbary yo, kòmanse Premye Gè Barbary la
Li pa gen pwoblèm. Efò inisyal administrasyon an te lajman efikas, e an 1803 Fregat la te kaptire pa Tripoli. An fevriye 1804, Lyetnan Stephen Decatur te dirije yon atak siksè sou pò Tripoli a ki te boule "Philadelphia", fè Decatur yon ewo nasyonal. Jefferson ak jenn marin Ameriken an te fòse Tunis ak Algiers kraze alyans yo ak Tripoli ki finalman deplase li soti nan lagè a. Jefferson te bay lòd tou pou senk bonbadman naval separe nan Tripoli, ki retabli lapè nan Mediterane a pou yon ti tan, byenke Jefferson kontinye peye rès eta yo Barbary jouk nan fen prezidans li.