Ekri yon kontinyasyon pou paragraf sa a - Sou 16 janvye 2013, li te anonse ke Guardiola ta pran sou kòm manadjè nan Bundesliga klib Bayern Minik apre sezon an 2012-13, ranplase Jupp Heynckes pou sezon kap vini an. Li te adrese konferans pou laprès premye li kòm antrenè Bayern, sou 24 jen 2013, nan Alman, e li te gen premye sesyon fòmasyon li de jou pita. Premye match ofisyèl li te Super Cup Alman an kont Borussia Dortmund, ak Bayern pèdi 4-2. Premye trofe l 'ak Bayern te 2013 UEFA Super Cup la
, li te defèt advèsè lontan José Mourinho, ki te fèk retounen antrenè nan Chelsea. Bayern bat Chelsea dis-moun nan yon tire-soti apre Manuel Neuer sove Romelu Lukaku's kout pye.