En la fruaj ĝis mez-1980-aj jaroj, Cruise havis rilatojn kun pli maljunaj virinoj, inkluzive de Rebecca De Mornay, tri jarojn pli aĝa ol li; Patti Scialfa, naŭ jarojn pli aĝa ol li; kaj Cher, 16 jarojn pli aĝa ol li. Cruise geedziĝis kun aktorino Mimi Rogers la 9-an de majo 1987. Ili divorcis la 4-an de februaro 1990. Rogers enkondukis Cruise en la Eklezio de Scientologio. Li renkontis sian duan edzinon, aktorinon Nicole Kidman, sur la aktoraro de sia filmo Days of Thunder (1990). La paro geedziĝis la 24-an de decembro 1990. Cruise kaj Kidman adoptis du infanojn, Isabella Jane (naskita 1992) kaj Connor Antony (naskita 1995). En februaro 2001, Cruise petis eksgeedziĝon de Kidman dum ŝi estis nekonata gravedeco. La gravedeco finiĝis per aborto. En 2007, Kidman klarigis onidirojn pri aborto en ŝia frua geedziĝo al Cruise, dirante en intervjuo kun Cruise, "Ĝi estis laŭdire malĝusta", klarigante ke ŝi havis grandan ektopikan gravede
Februaro 2001