La 16an de januaro 2013, estis sciigite ke Guardiola transprenos kiel manaĝero de Bundesliga klubo Bayern Munkeno post la sezono 2012/13, anstataŭigante Jupp Heynckes por la sekva sezono. Li alparolis sian unuan gazetaran konferencon kiel Bayern-manaĝero, la 24an de junio 2013, en la germana, kaj havis sian unuan trejnadon du tagojn poste. Lia unua oficiala matĉo estis la Germana Superpokalo kontraŭ Borussia Dortmund, kie Bayern perdis 4-2. Lia unua trofeo kun Bayern estis la 2013 UEFA Superpokalo.
, venkante longtempan kontraŭulon José Mourinho, kiu ĵus revenis por trejni ĉe Chelsea. Bayern venkis Chelsea-n per dek viroj en pafado post kiam Manuel Neuer ŝparis la piedbaton de Romelu Lukaku.