Post la invado de Jugoslavio fare de la Akso en aprilo 1941, Krek elmigris al Palestino kaj poste al Londono, kiel membro de la jugoslava registaro en ekzilo, gvidata de Dušan Simović. Post la morto de Fran Kulovec en la aeratako de Beogrado
Krek iĝis la ekzila gvidanto de la Slovena Popola Partio, dum Marko Natlačen iĝis la gvidanto de la partio en okupita Slovenio.