Komence de la civita milito, Colquitt estis nomumita kapitano de la 6-a Georgia Infanterio. Poste kreskante al kolonelo, li gvidis sian regimenton en la Kampanjo de la Duoninsulo. Ĉe Seven Pines
, li supozis brigadan komandon post kiam brigadgeneralo Gabriel Rains estis vundita, kaj gvidis ĝin tra la Sep Tagoj-Bataloj. Li gvidis sian brigadon sub Stonewall Jackson en la Batalo de Suda Monto, Batalo de Antietam, la Batalo de Fredericksburg, kaj la Batalo de Chancellorsville. Colquitt postvivis Antietam sendamaĝe kvankam preskaŭ ĉiu alia oficiro en la brigado estis mortigita aŭ vundita. Post la batalo, li tuj estis promociita al brigadgeneralo, por rango de septembro 1.