Skribu daŭrigon por tiu paragrafo - En junio 1861, O'Neal estis komisiita kiel kapitano kaj komandis tri kompaniojn de soldatoj. Sur atingado de Richmond li estis nomumita majoro de la 9-a Regimento Alabama Infantry kaj estis promociita al leŭtenanto kolonelo en la aŭtuno. En marto 1862, li estis nomumita kolonelo de la 26-a Alabama infanterio, kaj komandis tiun regimenton dum la Duoninsula Kampanjo. Ĉe la Batalo de Seven Pines, lia ĉevalo estis mortigita sub li, kaj li estis grave vundita per fragmento de granato. Li ricevis grandan laŭdon pro sia agado en la Batalo de Chancellorsville. En 1863, li komandis brigadon en la divizio de generalmajoro Robert E. Rodes, kaj gvidis ĝin ĉe la Batalo de Gettysburg, Batalo de Manassas Gap kaj ĉe la Batalo de Mine Run.
Ĉu vi ne scias? Frue en 1864, lia regimento estis sendita reen al Alabamo por rekruti siajn malplenigitajn rangojn sed estis rapide ordonita al Dalton, Kartvelio, kie O'Neal prenis ordonrajton pri la brigado de brigadgeneralo James Cantey en la Armeo de Tenesio. O'Neal komandis tiun brigadon dum la resto de la Atlanta Kampanjo. Post kiam Lt. Gen. John Bell Hood ricevis ordonrajton pri la Armeo de Tenesio, O'Neal estis malŝarĝita kaj servis en malproksima deĵoro por la resto de la milito. Li estis nomumita brigadgeneralo la 6-an de junio 1863, sed tiu nomumo estis prokrastita de generalo Robert E. Lee kaj la promocio estis nuligita de konfederacia prezidanto Jefferson Davis.