Skribu daŭrigon por tiu paragrafo - Sur la ekapero de la Usona Enlanda Milito, Jones volonte aliĝis al la Unio-Armeo. La 7-an de julio 1861, li aliĝis al la 37-a New York Volunteers, populare konata kiel la "Irish Rifles", sub kolonelo John H. McCunn. Li estis komence soldato, sed rapide estis elektita al la rango de dua leŭtenanto de la viroj en la regimento. Li ĉeestis ĉe la Unua Batalo de Bull Run, nur du semajnojn post sia rekrutado, sed vidis neniun agon kiam la unuo estis tenita en rezervo. Jones montris "galan konduton" dum siaj unuaj jaroj kun la regimento kaj baldaŭ pliiĝis en rango al unua leŭtenanto kaj adjutanto la 4-an de novembro 1861, kaj tiam majoro la 21-an de januaro 1862. Li kaj la "Irish Rifles" poste aliĝis al la III-Korpuso de generalo Samuel P. Heintzelman, kiel parto de la tria brigado de la tria divizio sub brigadgeneralo Philip Kearny, dum la Duoninsula kampanjo kaj partoprenis en Williamsburg, Seven Pines
kaj la kampanjo "Sep tagoj". Jones ankaŭ ĉeestis kiam la 37-a New York Volunteers, tiam ligita al la tria brigado de la unua dividado de la III Corps, estis ĉe la Dua Batalo de Bull Run. En majo kaj junio, li komencis suferi de malario kaj estis hospitaligita en Vaŝingtono la 26-an de septembro restante tie ĝis la fino de oktobro. Li ankaŭ estis oficiro de generalmajoro Franz Sigel antaŭ la emeritiĝo de generalo Ambrose Burnside kaj la reorganizado de la Armeo de la Potomac.