La Perua-Bolivia Konfederacio estis kontraŭbatalita de najbaraj landoj ekde ĝia komenco, precipe Ĉilio kaj Argentino, kiel ebla armea kaj ekonomia minaco, kaj pro ĝia subteno al disidentoj en ekzilo. La Milito de la Konfederacio
estis ekigita baldaŭ post ĝia formado kiam Ĉilio kaj Argentino sendepende invadis la landon. Argentino estis venkita en 1837, sed kombinita forto de Ĉilio kaj nordaj peruaj disidentoj konataj kiel la Unuiĝinta Restaŭro-Armeo estis venka en la Batalo de Yungay en januaro 1839, kiu "de facto" finis la konfederacion kiam Peruo kaj Bolivio estis restarigitaj kiel sendependaj ŝtatoj, kaj Santa Cruz fuĝis en ekzilon. La Peru-Bolivia Konfederacio estis oficiale deklarita dissolvita la 25-an de aŭgusto 1839, fare de generalo Agustín Gamarra post lia nomumo kiel Prezidanto de Peruo.