Kompletigu la sekvan frazon: En septembro 1796, Johnston estis nomumita adjudanto al guberniestro John Hunter, kaj en 1800 ricevis sian brevetan rangon kiel majoro. En la sama jaro Johnston estis arestita de vicgubernatoro William Paterson pro akuzoj de "pagado de spiritoj al serĝento kiel parto de lia salajro" kaj malobeo de ordoj. Johnston protestis kontraŭ milita tribunalo en la kolonio, kaj Hunter sendis lin al Anglio. Tie la malfacilaĵoj de kondukado de testo kun atestantoj en Aŭstralio kondukis al la procezo estanta faligita, kaj Johnston revenis al Novsudkimrio en 1802. En 1803 Johnston prenis provizoran komandon de la Novsudkimria Trupo dum la malsano de Paterson, kaj iĝis engaĝita en la konflikto inter King kaj la militistaro. En marto 1804 li agis kun decido kiam en komando de la militistaro sendis kontraŭ iuj
Tiuj estas la malliberuloj kiuj ribelas kontraŭ ni en Castle Hill. Kiam Paterson estis sendita al Port Dalrymple, Johnston iĝis komandanto de la Novsudkimria Trupo.