Post la fino de la milito Hirszfeld kaj lia edzino revenis al Varsovio, kie li establis serum-instituton laŭ la modelo de la Ehrlich-Instituto por Eksperimenta Terapio en Frankfurto. Li baldaŭ iĝis vicdirektoro kaj scienca estro de la Ŝtata Higiena Instituto en Varsovio kaj, en 1924, profesoro tie. En 1931 li estis nomumita profesoro en la Universitato de Varsovio kaj servis en multaj internaciaj estraroj. Post la okupo de Pollando
Hirszfeld estis maldungita kiel "ne-ario" de la Higiena Instituto sed, per la protekto de amikoj, sukcesis fari plian sciencan laboron hejme ĝis februaro 1941; estis, tamen, preskaŭ neeble por li publikigi.