Post diplomiĝo en septembro 1864, Nietzsche komencis studojn en teologio kaj klasika filologio en la Universitato de Bonn kun la espero iĝi ministro. Dum mallonga tempo li kaj Deussen iĝis membroj de la Burschenschaft Frankonia. Post unu semestro (kaj al la kolero de sia patrino), li ĉesis siajn teologiajn studojn kaj perdis sian fidon. Jam en sia eseo "Fato kaj Historio" (1862), Nietzsche argumentis, ke historia esplorado misfamigis la centrajn instruojn de kristanismo, sed David Strauss pri la Vivo de Jesuo ankaŭ ŝajnas havi profundan efikon sur la juna viro. Krome, La Esenco de Kristanismo de Ludwig Feuerbach influis junan Nietzsche per sia argumento, ke homoj kreis Dion, kaj ne inverse. En junio 1865, en la aĝo de 20, Nietzsche skribis al sia fratino Elisabeth, kiu estis profunde religia, kaj perdis sian fidon.
Septembro 1864