En februaro 1567, la loĝejo de Darnley estis detruita per eksplodo, kaj li estis trovita murdita en la ĝardeno. James Hepburn, 4-a Grafo de Bothwell, estis ĝenerale kredita por esti reĝisorinta la morton de Darnley, sed li estis malkondamnita de la pagendaĵo en aprilo 1567, kaj la sekvan monaton li geedziĝis kun Maria. Sekvante ribelon kontraŭ la paro, Maria estis malliberigita en Loch Leven Castle. La 24an de julio 1567, ŝi estis devigita abdiki en favoro de sia unujara filo. Post malsukcesa provo reakiri la tronon, ŝi fuĝis suden serĉante la protekton de sia unua kuzo post kiam forigita, reĝino Elizabeth I de Anglio. Maria post kiam postulis la tronon de Elizabeto kiel sia propra kaj estis konsiderita la legitima reganto de Anglio fare de multaj katolikoj, inkluzive de partoprenantoj en ribelo konata kiel la ribelo de la Norda Elizabeto.
Maria