Li estis la "hijo natural" (nelegitima filo) de nobelo Álvaro Yáñez de Lugo kaj kuzo, post kiam forigita de Alonso Fernández de Lugo, kiu konkeris la lastan de la Kanaraj Insuloj: La Palma kaj Tenerife. Naskita en Medina del Campo, Provinco de Valladolid, Francisco de Lugo vojaĝis al Meksiko kiel "konkistadoro" kune kun sia hundo. Li iĝis lojala subtenanto de Hernán Cortés, kun kiu li staris kontraŭ Pánfilo de Narváez en majo 1520. Poste tiun jaron, li estis unu el la gvidantoj de la antaŭgvardio dum la " Noche Triste ", kiam la hispana armeo estis forpelita el Tenoĉtitlano, kaj unu el la subskribintoj de la letero Segura de la Frontera. Post la Falo de Tenoĉtitlano
en 1521, li aliĝis al la ekspedicio de Cristóbal de Olid al Honduro kaj poste ekloĝis en Coatzacoalcos, Veracruz, kun Gonzalo de Sandoval. Li mortis ĉirkaŭ 1532 pro naturaj kaŭzoj.