Kiam la Civita Milito komenciĝis, Batalo ricevis komisionon kiel majoro de la tria Alabama Infanterio la 28-an de aprilo 1861, kaj estis sendita kun la regimento al Norfolk, Virginio. La 31-an de julio, li estis promociita al subkolonelo de la regimento. Li batalis en la Batalo de Sep Pinoj.
Li estis promociita al kolonelo la 31-an de majo 1862. Li maltrafis la Septagajn Batalojn, sed revenis al la armeo ĝustatempe por la Marilanda Kampanjo, en septembro 1862, batalante ĉe la bataloj de Suda Monto kaj Antietam. Li estis vundita post falo de sia ĉevalo ĵus antaŭ la Kampanjo de Chancellorsville kaj estis devigita rezigni pri komando. Kvankam li denove transprenis komandon nur unu tagon poste, liaj vundoj plimalboniĝis kiam lia ĉevalo saltis fosaĵon, devigante lin transdoni komandon denove.