Nur kvin tagojn poste, kun la ekapero de la Boera Milito, Knox ricevis ordonrajton pri la 13-a Infanteribrigado pri la mobilizado de la 6-a Dividado sub generalo Kelly-Kenny, kiu estis parto de la Suda Afrika Kampa Forto. Sekvante la krizhelpon de Kimberley, li partoprenis en la Batalo de Paardeberg
en februaro 1900, kaj estis grave vundita per pafo en la brusto. En marto 1902, li estis nomumita al la komando de la Bloemfontein-garnizono en la Oranĝa Rivero-Kolonio. Sekvante la finon de la milito en junio de tiu jaro, Knox revenis al Britio en la "SS Dunottar Castle", kiu alvenis en Southampton en julio 1902. Por liaj servoj dum la milito, li estis trifoje Menciita en Despatches, aljuĝita al la Reĝino Sudafriko Medalo kaj la Reĝo Sudafriko Medalo, promociita substantiva generalmajoro (datita 4 decembro 1899), kaj nobeligita kiel Kavaliro Komandanto de la Ordeno de la Bath (KCB) en la aprilo 1901 Suda Arica Honors listo (la ordo estis datita al 29 novembro 1900, kaj li estis nur investita kiel tia post sia reveno hejmen, de reĝo Edward VII en Buckingham Palace la 24an de oktobro 1902).