En la universitato, li okupiĝis pri judoj en diskuto kaj legis publikaĵojn de Theodor Herzl kaj aliaj eminentaj cionistoj. Antaŭ 1946 li estis araba naciisto kaj komencis akiri armilojn por esti kontrabandita en la antaŭan britan Mandaton de Palestino, por uzo de neregulaj en la Araba Supera Komitato kaj la Armeo de la Sankta Milico. Dum la Araba-Israela Milito de 1948, Arafat forlasis la Universitato kaj, kune kun aliaj araboj, serĉis eniri Palestinon por aliĝi al arabaj fortoj batalantaj kontraŭ arabaj trupoj kaj la kreado de la ŝtato Israelo. Tamen, anstataŭ aliĝi al la rangoj de la palestinaj manko de manĝaĵo, Arafat batalis kune kun la Islama Frateco, kvankam li ne aliĝis al la organizo. Li partoprenis en la ĉefa batalo en Gazao en 1956.
1949-a jaro