La orienta kolo estis ĝis 200 metroj (656 futoj) profunda kun vulkana geologio. La okcidenta kolo havis maksimuman profundon de 140 metroj (459 futoj) kaj geologio konsistanta plejparte el sedimentaj rokoj de la Neogena periodo. La okcidenta kolo estis selektita, kun ĝiaj kondiĉoj konsideritaj favoraj por tunelado. La geologio de la submara parto de la tunelo konsistas el vulkanaj rokoj, piroklasta roko kaj sedimenta roko de la periodo. La ĉefa areo sub la Tsugaru-Markolo estas dividita en orientajn kaj okcidentajn kolojn, ambaŭ ĉirkaŭ 20 km (12 mejl.) larĝe. Komencaj enketoj entreprenitaj en 1946 indikis, ke la orienta kolo estis ĝis 200 metroj (656 futoj) profunda kun vulkana geologio. La okcidenta kolo havis maksimuman profundon de 140 metroj (459 futoj) kaj geologio konsistis plejparte el sedimentaj rokoj de la Neogena periodo.
Igneaj entrudiĝoj kaj faŭltoj