Dum 2-a Mondmilito, Stewart estis komisiita en la Armeo-Filmo kaj Fotografia Unuo (AFPU) en 1940 kaj en 1942 gvidis Nr. 2 AFPU dum la Aliancitaj alteriĝoj en Tunizio. La sekvan jaron li redaktis filmaĵon de la bataloj en la dokumentan filmon "Desert Victory". En 1944 li reĝisoris "Tunisian Victory" kun Frank Capra kaj John Houston, kvankam multe de tiu filmo estis filmita en Usono. Stewart daŭriĝis por gvidi Nr. 5 AFPU, kovrante la D-tagan alteriĝojn, la Batalon por Caen
kaj la transirejo de Rejno.