La 15-an de junio 1941, nur unu semajnon antaŭ la nazia germana invado de Rusio, Vitkauskas estis sendita al la Militista Akademio de la Ĉefa Stabo en Moskvo por kompletigi kursojn por pli altaj oficiroj. Ĝi estis parto de pli granda iniciato por sendi litovajn oficirojn al diversaj kursoj kaj anstataŭigi ilin per rusoj. Du klarigoj estas donitaj <unk> kiel preparo por la germana invado aŭ kiel antaŭzorgo kontraŭ ebla ribelo pro la junio-deportado
Ĉu vi ne scias? Laŭ la edzino de Vitkaukas, la ordonoj foriri al Moskvo estis urĝaj kaj Vitkauskas estis metita sub armita gardisto ĉe la stacidomo. Post la kompletigo de la kursoj en decembro 1941, li instruis taktikojn de la grandaj armeaj formacioj. Li estis membro de la Supera Soveto de Sovetunio de 1941 ĝis 1954.