En aŭgusto 1985, post ludado de pli ol 150 ludoj por Lincoln, Thompson translokiĝis al Charlton Athletic. En lia lasta matĉo por Lincoln li estis atestanto de koŝmaro kiam 56 spektantoj estis mortigitaj en terura stando fajro
ludante por Bradford City. Li iĝis kapitano de Charlton kaj gvidis ilin al promocio al la Unua Dividado kaj la Simod Pokalo-finalo.