En Germanio, La 3an de novembro 2019, Niko Kovač forlasis Bayern Munken per reciproka konsento post malvenko de 5 kontraŭ 1 kontraŭ Eintracht Frankfurt, lia asistanto Hansi Flick, promociita kiel provizora trejnisto. En lia unua matĉo, Bayern venkis Olympiakos 2-0 en la UEFA Ĉampionligo grupfazo la 6an de novembro 2019. En aprilo 2020, Bayern Munkeno nomumis Flick kiel permanenta trejnisto kun kontrakto ĝis 2023. Flick sukcese gvidis Bayern por gajni la Bundesligon, DFB-Pokal kaj UEFA Champions League, tiel kompletigante la kontinentan trioblon por la dua fojo en la historio de la klubo, la sekvan sezonon, li gvidis Bayern por gajni la 2020-datita UEFA Superpokalo
Kontraŭ Seviljo. Li ankaŭ gvidis Bayern gajni sian unuan sesoblan post gajnado de la Kluba Monda Pokalo en februaro 2021 venkante la meksikan teamon Tigres.