Multaj pli novaj klasifikoj provas prezenti monofiletikajn grupojn bazitajn sur morfologiaj (aparte ultrastrukturaj), biokemiaj (kemotaxonomio) kaj DNA-sekvenco (molekula esplorado) informoj. Tamen, kelkfoje ekzistas malkonsentoj inter molekulaj kaj morfologiaj enketoj; ĉi tiuj povas esti klasifikitaj kiel du tipoj: (i) unu morfologio, multoblaj genlinioj (ekz. morfologia konverĝo, kriptaj specioj) kaj (ii) unu genlinio, multoblaj morfologioj (ekz. fenotipa plasteco, multoblaj vivciklaj stadioj). Ĉar la protofiletoj kiel tutaĵo estas parafilaj sistemoj, ofte estas pli facile forlasi aŭ disigi la regnon, anstataŭ trakti la protofiletojn kiel apartajn eŭktikajn liniojn.
ne monofiletika