Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Realo Madrido komencis la sezonon 2012/13 gajnante la Supercopa de España, venkante Barcelonon per foraj goloj. Tamen, la superpokalo montriĝis ilia sola trofeo de la sezono, malgraŭ esti proksima al gajnado de ili ĉiuj. Realo finiĝis dualokulo al Barça en La Liga, akumulante 85 poentojn, kaj atingis la duonfinalon de la UEFA Ĉampionligo por la tria jaro sinsekve, kie ili estis eliminitaj de Borussia Dortmund 3 kontraŭ 4 sur entute. Madrido ankaŭ eniris la Reĝan Pokalon.
en la raŭndo de 32, daŭrante en memorinda kuro al la finalo, kiu vidis ilin venki Barcelonon en la duonfinalo antaŭ ol perdi al Atlético Madrid 1<unk>2 a.e.t. en korŝira modo. Grava translokigo de la sezono estis subskribo de Luka Modrić de Tottenham Hotspur por pago en la regiono de 33 milionoj £. Post malvenko al Atlético Madrid en la finalo de la Copa del Rey, Pérez anoncis la foriron de José Mourinho ĉe la fino de la sezono per "interkonsento".