En januaro kaj februaro 1554, la ribelo de Wyatt eksplodis; ĝi baldaŭ estis subpremita. Elizabeto estis alportita al tribunalo, kaj pridemandita koncerne sian rolon, kaj la 18an de marto, ŝi estis malliberigita en la Turo de Londono. Elizabeto fervore protestis kontraŭ sia senkulpeco. Kvankam estas neverŝajne ke ŝi konspiris kun la ribelantoj, kelkaj el ili estis konataj esti alproksimiĝinta al ŝi. La plej proksima konfidato de Maria, la ambasadoro de Karlo la 5-a, Simon Renard, argumentis ke ŝia trono neniam estus sekura dum Elizabeto vivis; kaj la kanceliero, Stephen Gardiner, laboris por havi Elizabetojn kondamnitajn. La subtenantoj de Elizabeto en la registaro, inkluzive de Lord Paget, konvinkis Mary ŝpari ŝian fratinon pro la foresto de malmola indico kontraŭ ŝi. Anstataŭe, la 22an de majo, Elizabeto estis translokita de la Turo al Woodstock, kie ŝi estis arestita por pasigi preskaŭ jaron sub la
Turo de Londono