Montara kaj vulkana, Honŝuo spertas oftajn tertremojn (la Granda Kantō-tertremo grave difektis Tokion en septembro 1923, kaj la tertremo de marto 2011
la nordorientan parton de la insulo kaŭzante gigantajn cunamojn. La plej alta pinto estas la aktiva vulkano Monto Fuĵi je, kiu faras Honŝuo la 7-a plej alta insulo de la mondo. Estas multaj riveroj, inkluzive de la rivero Ŝinano, la plej longa de Japanio. La japanaj Alpoj etendas la larĝon de Honŝuo, de la marbordo de la "Japana Maro" ĝis la Pacifika marbordo. La klimato estas ĝenerale humida subtropika en okcidenta Japanio kaj humida kontinenta en la nordo.