La situacio en Paderborn estis malfavora - ĝi estis en la mezo de grava financa krizo kaj von Fürstenberg tiel rezignis pri la kutimaj multekostaj festadoj por bonvenigi novan princon-episkopojn. Tamen, tio gajnis al li la reputacion de avarulo inter liaj subjektoj, kiuj daŭre kontraŭbatalis liajn provitajn financajn reformojn. Li faris provojn redukti la ŝuldojn de la du episkopejoj, elstarajn ekde la Sepjara Milito, sed la Milito de la Unua Koalicio
rapide ĉesigi ilin. La malbona financa situacio ankaŭ limigis provojn de pluraj partioj en la princo-episkopejo por antaŭenigi komercon - von Fürstenberg iomete malstreĉis la antaŭe striktajn restriktojn rilatajn al la komercgildoj kaj antaŭenigis pli racian arbarpolitikon, kvankam ĉi-lasta havis malmultan efikon. Liaj lernejaj reformoj havis pli daŭran efikon kaj estis parte modeligitaj laŭ tiuj de lia frato Franz Friedrich Wilhelm von Furstenberg en la Princo-Episkopejo de Munster. La reformoj de Franz enkondukis novan sistemon de lernejoj, instruado kaj trejnado de instruistoj same kiel anstataŭigante la latinan per la germana kiel la ĉefa lingvo en kiu studentoj estis instruitaj.