Post Gettysburg, Munsell partoprenis en la Batalo de Kelly's Ford, la Batalo de Mine Run
, kaj la Batalo de Manassas Gap. Li tiam ricevis plilongigitan forpermeson por ĉeesti la Liberan Militan Lernejon en Vaŝingtono, kie li foriris kiel unua leŭtenanto. Li tiam aliĝis al sia regimento kaj partoprenis en la Batalo de Malvarma Haveno, la Sieĝo de Petersburg, kaj la Dua Batalo de Profunda Fonto. En ĉi-lasta batalo, Munsell estis kaptita kaj tenita kiel militkaptito ĝis lia liberigo en 1865. Li revenis al sia kompanio denove, nun kiel kapitano.