Fine de 1587 en Parizo, li estis arestita en bordelo, trovita en lito kun virino kaj maskla servisto de la Grafo de Essex. Komence metite en la malliberejon de la episkopo, liaj kaptintoj pripensis sendi lin reen al Walsingham. Poste li estis transdonita al la Bastille por atendi proceson. Raporto pri lia pridemandado montras, ke li provis impliki Morgan kaj Paget en duoblaj transakcioj. En aŭgusto 1589 li estis alportita antaŭ la tribunalon kaj kondamnita al dudekjara malliberigo pro agado kontraŭ la interesoj de la Katolika Eklezio. Tiutempe Parizo estis sub la kontrolo de la Katolika Ligo, kiu ribelis kontraŭ la franca reĝo. Dum li estis en malliberejo lia sano malboniĝis. Ĉe la Batalo de Ivry
En marto 1590 la armeo de la ligo estis detruita, kaj la reĝo marŝis al Parizo, decidita malsatigi la ĉefurbon en submetiĝon. La sieĝo daŭris ĝis aŭgusto kaj kaŭzis malsatkatastrofon. Gifford mortis kelkajn monatojn poste, en novembro 1590.