Post lia reveno al Usono meze de 1942, Wilkes ĉeestis la Mararmean Militakademion, poste iĝis komandanta oficiro de la nova malpeza krozŝipo, portante ŝin al Mediteranea Maro por partopreni en la invado de Sicilio en julio 1943. Ekde aŭgusto 1943 kontradmiralo Wilkes havis amfibiajn komandojn en Anglio kaj Francio, ludante gravan rolon en preparoj por la invado de Normandio en junio 1944, kaj la invado de Suda Francio.
du monatojn poste. Ĉar la Aliancita grunda ofensivo moviĝis en Germanion, Wilkes estis en pagendaĵo de usonaj havenoj kaj bazoj en Francio, materie helpante la ofensivon kun sia administrado de loĝistiko.