Kiel la milito estis finita, la komunistaj organizoj estis leĝigitaj, kaj Pekkala estis reelektita al la Parlamento en la parlamenta elekto de 1945 reprezentante la Finnan Popolan Demokratan Ligon. En 1945-1946 li funkciis kiel Ministro de Eduko, kaj 1946-1948 kiel Ministro de Justeco. En 1946-1947, Pekkala estis membro de la speciala tribunalo de la Milito-respondeco-procesoj
Tio estis planita de la Aliancitaj Fortoj. Pekkala forlasis la politikon en 1948, kaj administris advokatfirmaon en Helsinko ĝis sia morto en septembro 1956.