La dua sezono komenciĝas ok horojn post la fuĝo, temigante plejparte la ok fuĝintojn. Serio kreinto Paul Scheuring priskribas la duan sezonon kiel "The Fugitive times eight" kaj komparas ĝin kun la "dua duono de The Great Escape". La fuĝintoj disiĝas kaj vojaĝas al lokoj tra la lando kun la aŭtoritatoj proksimaj malantaŭ ili kiam ili ĉiu persekutas siajn individuajn celojn. Brad Bellick estas maldungita de la malliberejo kie li laboris kiel la ĉefa gardisto kaj postkuras la malliberigitojn mem por la rekompenca mono. Pluraj el la fuĝintoj reunuiĝas por serĉi grandan kaŝejon de mono enterigita antaŭ longe de alia Fox River malliberulo, Charles Westmoreland. Federacia agento Alexander Mahone estas asignita por elspuri kaj kapti la ok fuĝintojn, sed estas rivelita esti laboranta por La Firmao, kiu volas ĉiujn ok virojn mortajn.
Duono.