La stacio, origine nomita simple Messina, estis inaŭgurita la 12an de decembro 1866, kiel la fina stacio de la fervojo al Taormina, la unua sekcio de la linio Messina-Katania-Sirakuso. Peze difektita post la sismo de 1908
, kiun oni riparis kelkajn jarojn poste. En 1939 ĝi estis finfine renovigita kaj anstataŭigita per la moderna "Messina Centrale", kun la stacidomkonstruaĵo projektita de la arkitekto Angiolo Mazzoni.