Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Dum la Dua Mondmilito, la urbo estis sub germana okupo
de la 5-a de septembro 1939 ĝis la 22-a de januaro 1945, la areo fariĝis parto de la Reichsgau Wartheland. La pola loĝantaro estis submetita al diversaj krimoj, inkluzive de murdoj, deportadoj al naziaj koncentrejoj kaj elpeloj. Loĝantoj de Margonin estis inter 41 poloj murditaj en la proksima vilaĝo de Morzewo la 7-an de novembro 1939. La 10-an de decembro 1939, la germanoj forpelis multajn polajn loĝantojn al la Varsovia Distrikto de la Ĝenerala Registaro en german-okupata centra Pollando. La germanoj funkciigis nazian malliberejon en la urbo kaj devigan laborkampon por judoj. La pola subtera rezista movado estis aktiva en Margonin, kaj multaj el ĝiaj membroj mortis en koncentrejoj, post kiam la germanoj malkovris siajn operaciojn. Post 2-a Mondmilito, la areo revenis al Pollando.