Sur la tero, Aleksejev havis gravajn kaj daŭrajn malkonsentojn kun generalo Kuropatkin, la eksa Ministro de Milito, pri la strategio uzita kontraŭ la japanoj. Aleksejev devigis Kuropatkin preni pli agreseman pozicion, malgraŭ la insisto de Kuropatkin pri kondukado de defensiva milito de eluziĝo ĝis la kompletigo de la Trans-Sibera Fervojo, kiu alportus plifortikigojn kaj provizojn. Sekvante rektan ordonon de la caro, Aleksejev forlasis Port Arthur la 5-an de majo 1904 por Mukden, kaj sekvante la rusan malvenkon en la Batalo de Ŝaho
(5 ĝis 17 oktobro 1904, Nova Stilo), estis malŝarĝita de sia komando kaj ordonita reen al Sankt-Peterburgo la 12an de oktobro 1904.