En 1955, li aliĝis al la franca armeo kaj estis sendita al Alĝerio dum la milito de sendependeco.
en 1957. Post sia servo en la franca armeo, Conté revenis al Gvineo, kiu sendependiĝis de Francio la 2an de oktobro 1958, kaj estis integrita en la novan armeon kun la rango de serĝento. En 1962, li ĉeestis la oficirlernejon de la Camp Alpha en Konakrio. Baldaŭ poste, li estis transdonita al la 2-a bataliono artilerio-trejna centro en Kindia. La 1an de julio 1963, li estis promociita al dua leŭtenanto. Tio estis sekvita du jarojn poste per alia promocio de dua leŭtenanto ĝis leŭtenanto. La 22an de novembro 1970, portugalaj militistoj kune kun gvineaj disidentoj invadis la landon de Portugala Gvineo (nun Gvineo Bisaŭo) en ŝajna provo faligi la registaron de prezidanto Ahmed Sékou Touré kaj detrui PAIGC-gerilanojn. Por lia servo al la nacio, li estis promociita al la rango de kapitano la 27an de februaro 1971. En 1973, li estis nomumita komandanto de la operacia zono Boké (en Nordokcidenta Gvineo) por helpi la sendependecan gerilan movadon, African Party for the Independence of Guinea and Cape Verde (PAIGC) en najbara Portugala Gvineo. La 10an de majo 1975, li estis nomumita vicĉefo de la armeo.