Altafini komencis sian karieron en Italio kun AC Milan en 1958, post la Monda Pokalo en Svedio; lia talento kaj ofensiva potencialo estis rimarkita de la agentoj de Milano dum kelkaj amikaj matĉoj en Italio kontraŭ Inter kaj Fiorentina en preparo por la venonta turniro, en kiu Altafini trafis. Li estis aĉetita de la itala klubo antaŭ la Monda Pokalo en Svedio por 135 milionoj da liroj. Altafini faris sian senpoentitan Milan debuton la 21an de septembro 1958, en la aĝo de 20, kaj, en sia unua sezono, li ludis 32 ludojn kaj trafis 28 golojn, gajnante la 1958-59 Serie A
titolon laŭ la vojo, kaj montrante sian gajnantan kapablon; li ankaŭ sukcesis 4 golojn en 4 Coppa Italia aperoj tiun sezonon, finante la sezonon kun totalo de 32 goloj en 36 aperoj en ĉiuj konkuradoj. Lia unua ligo celo venis la 5an de oktobro en venko kontraŭ Bari. Altafini estis la plej bona poentinto de la 1960-61 Coppa Italia, kun 4 goloj, kvankam Milano ne sukcesis pasigi la duan raŭndon de la konkurado. La 27an de marto 1960, li trafis kvar golojn en la Milan derbio kontraŭ lokaj rivaloj Inter, kiu finiĝis en 5-3 venko por Milano. Dum tiuj venontaj sezonoj, Milano sukcesis pri tria kaj dua loko, ĉar Altafini daŭre atingis la 20-golajn sezonajn markojn. La 12an de novembro 1961, li ankaŭ sukcesis kvar golojn kontraŭ Juventus, ĉar Milano daŭriĝis por gajni la Serie A-titolon denove dum la sezono 1961-62, en kiu Altafini finis kiel la komuna plej bona poentinto de la ligo kun 22 goloj en 33 ludoj, kune kun Aurelio Milani.