Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - la prunto de Courtois al Atlético estis plilongigita por kovri la sezonon 2012-13. Lia unua matĉo de la pruntedono estis kontraŭ gepatra klubo Chelsea en la UEFA Superpokalo 2012.
la fina matĉo en Monako, kiu finiĝis per 4-1 por Atlético de Madrido. Poste en la sezono Courtois starigis novan Atlético Madrid rekordon de 820 minutoj sen koncedi golon ĉe la Estadio Vicente Calderon, finiĝante per malvenko en 1-0 perdo al Real Sociedad. Atlético atingis la 2013-datita Copa del Rey Finalo, kaj Courtois estis nomita viro de la matĉo en 2-1 venko kontraŭ Real, la unuan fojon ke Atlético venkis siajn urbajn rivalojn en 14 jaroj.