Unu el grupo de tri, konataj kiel "Thugut's Benjamins" (fidindaj asistantoj al la Ministro pri Eksterlandaj Aferoj Johann Amadeus Francis de Paula, Barono de Thugut, dum la kampanjo de 1799, Weyrother funkciis kiel ĉefo de kunlaborantaro al Feldzeugmeister Pál Kray, kie li distingiĝis ĉe Legnago (26 marto), Magnano (5 aprilo) kaj, nun funkciante kiel ligoficiro kun la rusa feldmarŝalo Alexander Suvorov, ĉe Novi
la 15an de aŭgusto. Li tiam planis la eposan marŝon de la rusaj trupoj sub Aleksandro Suvorov trans la Sankt-Gotardo-Paso. Antaŭenigita al Oberst (kolonelo) la 5an de februaro 1800, Weyrother ricevis komandon de Infanterie-regimento Nr. 7 "Schröder", kiu estis parto de la armeo en Germanio sub Pál Kray, sed plia vundo kaj la streĉoj de kampanjado kondukis al lia forlasado de la armeo por resaniĝi. Revokita en la aŭtuno de 1800, imperiestro Francisko la 2-a asignis lin kiel ĉefo de la stabo de la 18-jaraĝa Ĉefduko Johano de Aŭstrio, la nova komandanto de la armeo en Bavario, kaj lia "Adlatus" (ĉefkonsilisto) Franz von Lauer. Kredante, ke la franca armeo de Jean Moreau retiriĝas, Weyrother organizis agreseman postkuron tra tre arbarkovrita tereno per kvar ne reciproke subtenantaj kolonoj. Anstataŭe, Moreau restis firme, embuskis kaj ĉirkaŭis la aŭstran maldekstran flankon. La rezulta Batalo de Hohenlinden montriĝis katastrofo por la aŭstroj, efike finante la Milito de la Dua Koalicio. Tamen, Weyrother estis nomumita armea konsilisto al la nova Ministro pri Eksterlandaj Aferoj, Graf Ludwig Cobenzl en la intertraktadoj sekvantaj la Armisticon de Steyr, kiu kondukis al la Paco de Luneville en 1801.