Aminacidoj kiuj preferas adopti helikajn konformaciojn en proteinoj inkludas metioninon, alaninon, leucinon, glutamaton kaj lizinon ("MALEK" en aminoacid 1-litera kodoj); kontraste, la grandaj aromaj restaĵoj (triptofano, tirozino kaj fenilalanino) kaj Cβ-branĉigitaj aminoacidoj (isoleucino, valonino, kaj trionstrino) preferas adopti β- kaj β-konformaciojn. Tamen, tiuj preferoj ne estas sufiĉe fortaj por produkti fidindan metodon antaŭdirantan sekvencon de sekundara strukturo uzante ĉi tiun tipon de DNA-metodo.
sekundara strukturo