La nova armea registaro, kiu nomis sin Proceso de Reorganización Nacional, komence provis fini la kampanjojn de la gerilanoj, sed la nacio rapide falis en staton de civila agitado. Teroraj organizoj kaj gerilmovadoj ofte renkontis miksaĵon de ŝtatteroro kaj ĝenerala paranojo. La civila loĝantaro nun estis kaptita en polica ŝtato inter paranoja kaj brutala militreĝimo kaj perfortaj disidentaj komunistaj gerilanoj. La PRN nomis ĉi tiun periodon la "Malpura Milito" - termino rifuzita de la juristoj dum la Juĝo de la Juntoj en 1985. Batallón de Inteligencia 601 (la 601-a Inteligenteca bataliono) iĝis fifama dum tiu periodo. Ĝi estis speciala armea spionservo kreita en la malfruaj 1970-aj jaroj, aktiva en la Malpura Milito
kaj Operation Condor, kaj dissolviĝis en 2000. Ĝia personaro kolektis informojn pri kaj infiltris gerilgrupojn kaj homaj-rajtoj-organizojn, kaj kunordigis mortigojn, kidnapojn kaj aliajn fitraktadojn. La unuo ankaŭ partoprenis en la trejnado de nikaragvaj kontraŭuloj kun usona helpo, inkluzive de John Negroponte.