Čech komencis en la unua matĉo de Chelsea de la sezono 2012-13, la Komunuma Ŝildo 2012 kontraŭ Manchester City, sed ne sukcesis konservi puran tabulon kiam Chelsea malvenkis 3<unk>2 al goloj de Yaya Touré, Carlos Tevez kaj Samir Nasri. Li ankaŭ ĉeestis en la lasta UEFA Superpokalo.
ludita en Stade Louis II de Monako, en kiu li malvenkis kvar golojn kiam Chelsea perdis 4-1 al la gajnintoj de la UEFA-Eŭropa Ligo Atlético Madrido. En oktobro 2012, Čech prenis la brakon de la kapitano kiam la kutima kapitano de Chelsea, John Terry, estis flankenmetita kun kvar-matĉa malpermeso.