En junio 1862, Jewett aliĝis al la Unio-Armeo por batali en la Civita Milito, kaj estis komisiita kiel dua leŭtenanto en la 9-a Vermonta Infanterio. La 3-an de aŭgusto, li estis kaptita, kaj restis kaptito de la Konfederacio dum 25 tagoj. Jewett estis promociita al unua leŭtenanto en majo 1863. Dum lia servo, li partoprenis en la bataloj de Harper's Ferry (la 13-an kaj 15-an de septembro 1862), Newport Barracks (la 2-an de februaro 1864), Chaffin's Farm (la 29-an de septembro 1864), kaj Fair Oaks
(la 27-an de oktobro 1864). Li eksiĝis en novembro 1864, kaj revenis al Vermonto.