Kun la kreado de la Cisalpina Respubliko sub napoleona okupo, Giovanni estis nomita unu el la direktoroj de la nova registaro. Sed kverelo kun generalo Brune kondukis al lia maldungo. Kun la reveno de la Habsburg-registaro, li estis malliberigita en la Fortikaĵo de Cattaro. Post la Batalo de Marengo
, kaj la malvenko de la aŭstroj, li estis revokita al registaro. Li tenis diversajn poziciojn, inkluzive de prezidanto de la Senato en la jaroj 1809, 1811 kaj 1812. Li subtenis la celojn de Napoleono por postuli la titolon de reĝo de Italio, kaj kiel rekompenco li ricevis titolon de grafo, kaj premiojn de la Fero-Krono kaj Legion of Honor (Legiono de Honoro). Li celvarbis malsukcese por ke Eugène de Beauharnais estu nomumita reĝo de la Norda itala respubliko. Kun la falo de Napoleono, lia ĉefa enspezo estis instruado de matematiko.