En Ionio (la moderna egea marbordo de Turkio) la grekaj urboj, kiuj inkludis grandajn centrojn kiel Mileto kaj Halicarnassus, ne povis konservi sian sendependecon kaj venis sub la regadon de la Persa Imperio en la mezo de la 6-a jarcento a.K. En 499 a.K. la grekoj leviĝis en la Ionia Ribelo, kaj Ateno kaj iuj aliaj grekaj urboj iris por helpi ilin. En 490 a.K., la granda reĝo de Persio, Dario la 1-a, subpreminte la jonajn urbojn, sendis floton por puni la grekojn. La la persaj surteriĝis en Atiko, sed estis venkitaj ĉe la Batalo de Maratono
la greka armeo gvidata de la atena generalo Miltiado. La tomboŝtono de la atenaj mortintoj ankoraŭ estas videbla en Maratono. Dek jarojn poste la posteulo de Dario, Kserkso la 1-a, sendis multe pli potencan forton tra la tero. Post esti prokrastita fare de la spartana reĝo Leonidas la 1-a ĉe Termopiloj, Kserkso avancis en Atikon, kie li kaptis kaj bruligis Atenon. Sed la atenanoj evakuis la urbon per la maro, kaj sub Temistoklo ili venkis la persan floton en la batalo de Salamis. Jaron poste, la grekoj, sub la spartana Pausanias, venkis la persan armeon ĉe Plataea. La atena floto tiam turnis sin al postkurado de la persaj el la Egea Maro, kaj en 478 a.K. ili kaptis Bizancon. En la kurso de farado de tio Ateno rekrutis ĉiujn insulajn ŝtatojn kaj kelkajn kontinentajn aliancanojn en aliancon, nomitan la Delia Ligo ĉar ĝia trezoro estis konservita sur la sankta insulo Deloso. La spartanoj, kvankam ili partoprenis en la milito, retiriĝis en izolitecon post ĝi, permesante al Ateno establi nekontestitan mararmean kaj komercan potencon.