En la kazo de polimorfaj virusoj, tamen, ĉi tiu malĉifrada modulo ankaŭ estas modifita ĉe ĉiu infekto. Bone verkita polimorfa viruso do ne havas partojn, kiuj restas identaj inter infektoj, igante ĝin tre malfacile detekti rekte per "signo". Antivirusa programaro povas detekti ĝin per malĉifrado de la virusoj uzante emulatoron, aŭ per statistika ŝablono de la ĉifrita virusa korpo. Por ebligi polimorfan viruson, la polimorfa viruso devas havi mutacian motoron (tiel nomatan "mutanta motoro" aŭ "mutanta motoro") ie, kiu estas malĉifrita per malĉifrada modulo.
havas polimorfan motoron