La sekva grava ŝanĝo en ĉela strukturo okazis kiam bakterioj estis englutitaj de eŭkariotaj ĉeloj, en kooperativa asocio nomata endosimbiozo. La englutitaj bakterioj kaj la gastiganta ĉelo tiam spertis koevolucion, kun la bakterioj evoluantaj en aŭ mitokondriojn aŭ hidrogenosomojn. Alia englutado de cikanobacteri-similaj organismoj kondukis al la formado de kloroplastoj en algoj kaj plantoj.
Neniuj evidentaj ŝanĝoj en morfologio aŭ ĉela organizo