Aldone al la teamaj medaloj, kiujn li kolektis, Toni ankaŭ gajnis plurajn individuajn honorojn: dum sia unua sorĉo kun Fiorentina, li gajnis la premion "Capocannoniere" (Serie A plej alta poentinto) dum la sezono 2005/06, en kiu li trafis 31 golojn (la plej multaj goloj en Serie A-sezono ekde 1958/1959).
), kiu ankaŭ gajnis al li la Eŭropan Oran Ŝuon, iĝante la unua itala ludanto iam gajninta la premion; li ankaŭ estis la komuna plej bona poentinto de la ligo en la sezono 2014/15 Serie A, en kiu li iĝis la plej maljuna ludanto gajninta la premion en la aĝo de 38, kun 22 goloj. Toni ankaŭ finis kiel plej bona poentinto en la 2007-08 Bundesliga, kun 24 goloj, kaj en la 2007-08 UEFA Pokalo, kun 10 goloj.