En la tri jarcentoj kiuj sekvis, la franciskanoj estis en kaj el Nazareto, depende de la loka politika situacio, kiu estis konstante en fluo. franciskanoj raportoj de tiu periodo dokumentoj ilia elpelo en 1363, ilia reveno en 1468 kaj masakro de kelkaj el iliaj membroj en 1542. lokaj kristanaj familioj kun franciskanoj subteno helpis prizorgi la preĝejon ankaŭ dum tiu periodo.Emir Fakr ad-Din donis al la franciskanoj permeson reveni en 1620, en kiu tempo ili konstruis malgrandan strukturon por enfermi la sankta groto kiu estas honorata kiel la domo de Maria.
1954-a jaro