La 4-an de februaro Peiper renkontiĝis la lastan fojon kun Himmler en lia provizora ĉefsidejo. Post tio li batalis en la Operacio Suda Vento. Lia trupo partoprenis en la operacio "Fonta vekiĝo".
, kiu malsukcesis. Kvankam la unuo de Peiper kaŭzis grandan nombron da viktimoj, pro lia agresema stilo de komando li perdis multajn virojn. La 1an de majo, kiam LSSAH estis devigita eniri Aŭstrion, la viroj de Peiper estis informitaj pri la morto de Hitler. La 8an de majo, la LSSAH ricevis la ordonon transiri la Enns kaj kapitulaci al la usonaj soldatoj. Anstataŭ kapitulaci, Peiper elektis piediri hejmen. Li estis arestita la 22an de majo fare de usonaj soldatoj.