La sekvan sezonon Nesta gajnis sian unuan brakon por Milano en venko 2-1 super Chievo en la Serie A. Li komencis reaperi kiel komencanto por la klubo kaj estis unu el la plej koheraj ludantoj de Milano dum la tuta sezono 2009-10 sub Leonardo. Nesta daŭrigis sian elstaran partnerecon kun la alia centro Thiago Silva dum la 2010-11 sezono sub Massimiliano Allegri, formante formidablan defensivan parigon, koncedi nur 24 golojn en 38 ludoj dum la venka Serie A de Milano.
kampanjon. Milan ankaŭ sukcesis atingi la duonfinalon de la Coppa Italia, sed denove estis seniluziige eliminita en la raŭndo de 16 de la Ĉampionligo. Dum la 2010-11 sezono, konjekto indikis ke Nesta retiriĝus ĉe la fino de la sezono. Tamen, li poste konfirmis ke li volis ludi unu plian sezonon en Milano antaŭ demisiado kaj subskribis kontraktan plilongigon la 18an de majo 2011, kiu konservis lin en la taĉmento de Milano ĝis somero 2012. Nesta estis elektita por esti parto de la Serie A Teamo de la Jaro por liaj prezentoj dum la sukcesa titolo de Milano en tiu sezono.