Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - La 31an de aŭgusto 2010, li estis subskribita de la itala Serie A-teamo Bologna por 2.1 milionoj da eŭroj (inkluzive de 5% solidara kontribuo al junularaj kluboj). Neniu pago estis planita por tiu tago, sed 2 egalaj partopagoj estis planitaj por la 31a de decembro 2010 kaj la 30a de junio 2011. En Bologna, li kunlaboris kun kunulaj urugvajanoj, Henry Damián Giménez, Gastón Ramírez kaj Miguel Britos, antaŭ ol ĉi tiu forlasis la teamon por aliĝi al S.S.C. Napoli. En la unua sezono de Pérez en la Serie A
, Bologna sukcesis 16-an lokon kaj finis ses poentojn for de malavanco, konfirmante kvaran sinsekvan sezonon en la itala ĉefligo. Li ankaŭ sukcesis tri helpojn dum la kampanjo, ligita por la plej multaj en la teamo kune kun Riccardo Meggiorini.