La 1an de oktobro 2003, tri organizoj estis kunfanditaj por formi la novan JAXA: Japana Instituto de Spaco kaj Astronaŭtika Scienco (ISAS), la Nacia Aerospaca Laboratorio de Japanio (NAL), kaj Nacia Spaca Disvolva Agentejo de Japanio (NASDA). JAXA estis formita kiel Sendependa Administra Institucio administrata de la Ministerio pri Edukado, Kulturo, Sportoj, Scienco kaj Teknologio (MEXT) kaj la Ministerio pri Internaj Aferoj kaj Komunikadoj (MIC). Antaŭ la fuzio, ISAS respondecis pri spaco kaj planeda esplorado, dum NAL temis pri aviada esplorado. NASDA, kiu estis fondita la 1an de oktobro 1969, evoluigis raketojn, satelitojn, kaj ankaŭ konstruis la malnovan japanan Eksperimentan Modulon.
1a de oktobro 2003