La plej ofte uzataj nukleazoj en molekula biologio estas la restriktaj endonukleazoj, kiuj tranĉas DNA en specifaj sekvencoj. Ekzemple, la EcoRV-enzimo montrita maldekstre rekonas la 6-baza sekvenco 5′-GATC-3′ kaj faras tranĉon ĉe la horizontala linio. En naturo, ĉi tiuj enzimoj protektas bakteriojn kontraŭ faga infekto per digestado de la faga DNA kiam ĝi eniras la bakterian ĉelon, kiel parto de la restrikta sistemo. En sekvenca teknologio, ĉi tiuj nukleazoj estas uzataj en molekula DNA-klonado kaj fingrospuroj.
6-baza sekvenco 5′-GATATC-3