Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Alfa estis aktiva dum la Dua Ĉeĉena Milito kiu komenciĝis en 1999, same kiel la posta ribelo en la Norda Kaŭkazo
Ĉu vi ne scias? Dum la Batalo de Komsomolskoye en 2000, Alpha-pafistoj ligitaj al la Okcidenta Grupo de Vladimir Shamanov de federaciaj fortoj, estis deplojitaj en provo subpremi la pafilistojn de Ruslan Gelayev en la vilaĝo. Laŭ la veteranoj de la unuo, operacioj, en kiuj partoprenis Alpha, kondukis al aresto de ĉeĉena komandanto Salman Raduyev en 2000, la murdo de ĉeĉena komandanto Arbi Barayev en 2001, la murdo de ĉeĉena separisma prezidanto Aslan Maskhadov en 2005, kaj la murdo de eksterlanda militema gvidanto Abu Hafs en Dagestano en 2006. Sekvante la translokigon de respondeco por operacioj en Ĉeĉenio de la Ministerio pri Defendo al la FSB en januaro 2001, kaj antaŭ la politiko de "Ĉeĉenigo" kiu komenciĝis en 2003, Alpha-membroj (kune kun la alia rusa personaro kaj pro-Moskva ĉeĉena milico) partoprenis en almenaŭ 10 miksitaj "kombinaj specialaj grupoj" (, SSG), konsideritaj morttaĉmentoj de homaj-rajtaj grupoj kaj eksteraj observantoj. Oni kredas, ke la SSG estis malantaŭ multaj el la multnombraj "nomoj/adresoj" ("imeny/adressny zachistki"): kutime noktaj atakoj de maskitaj viroj en nemarkitaj veturiloj, celante specifajn aktivajn aŭ iamajn ribelantojn, iliajn subtenantojn, iliajn parencojn, aŭ aliajn civilulojn por aŭ devigita malapero aŭ rekta eksterjuĝa mortigo. En 2005, Human Rights Watch deklaris, ke la malaperoj atingis la amplekson de krimo kontraŭ la homaro, kaj ke "Rusio havas la malgloran distingon esti mondgvidanto en devigaj malaperoj". La UFSB de Ĉeĉenio ankaŭ formis lokan Alfa-unuon, kredite esti simila en sia rolo al la SSG.