Laŭ kelkaj fontoj, Mohéli revenis al registara kontrolo en 1998. En 1999, Anjouan havis internajn konfliktojn kaj la 1-an de aŭgusto de tiu jaro, la 80-jaraĝa unua prezidanto Foundi Abdallah Ibrahim eksiĝis, transdonante potencon al nacia kunordiganto, Abe Said. La registaro estis faligita en puĉo fare de armeo kaj mararmeaj oficiroj la 9-an de aŭgusto 2001. Mohamed Bajouan baldaŭ ekstaris al gvidado de la ĥunto kiu transprenis kaj antaŭ la fino de la monato li estis la gvidanto de la lando.
1997 -a jaro