Pro antisemitismo kaj persekuto en la 1920-aj jaroj kaj 1930-aj jaroj, la juda loĝantaro de Königsberg estis en malkresko antaŭ la tempo de la Nazia Partio prenis kontrolon tra la "Machtergreifung" en 1933. En tiu jaro loĝis en la urbo nur 3500 judoj. Kontraŭjudaj leĝoj en antaŭmilita Nazia Germanio, devigitaj de Erich Koch, limigis komercon kaj igis multajn Königsberg-judojn elmigri, plejparte al Usono kaj Britio. Michael Wieck skribis pri la diskriminacio kiun li suferis de la Hitlerjugend. Ĉe la malfermo de la Ostmesse en 1935, Hjalmar Schacht kritikis la persekuton senutile. La persekuto igis la judan komunumon krei apartan judan lernejon por 82 studentoj en aprilo 1935; ĝi kreskis por ampleksi 180 studentojn en 6 klasoj kun 4 instruistoj antaŭ oktobro 1935. En februaro 1938 la propagandpapero "Der Student der Ostmark" publikigis la nomojn de 201 judaj komercistoj, 38 kuracistoj, kaj 22 advokatoj restantaj en la urbo, kiu estis uzata de la Sturmabteilung dum la Nokto de rompita vitro
en novembro 1938. La Nova Sinagogo estis bruligita, la ortodoksa Adass Jisroel-sinagogo kaj du tombejoj estis vandaligitaj; la juda lernejo estis atakita sed poste remalfermita, same kiel la ortodoksa sinagogo, kie Michael Wieck iĝis Bar Mitzva meze de 1941. Multaj el la judaj loĝantoj estis ekspeditaj al naziaj koncentrejoj ene de Germanio.