La 16an de januaro 1643, Thomas, Lord Grey of Groby estis nomumita ĉefkomandanto de la Midland County Association kaj tiam ordonita prizorgi Nottingham dum la dua Civita Milito. Li transprenis ĉefsidejon tie en junio 1643, kun forto de ĉirkaŭ 6,000 viroj. En letero al sia filo Thomas, datita la 5-an de marto 1643, Henry Grey (la patro de Thomas) priskribas batalon por balai la landon, trairante urbojn kiel Lutterworth, Hinckley, Barwell, Lichfield, kaj Newark. La 29-an de aŭgusto 1643, en Aylesbury, li aliĝis al la Grafo de Essex dum la marŝo por malŝarĝi Gloucester. Post kiam la sieĝo estis levita, li batalis ĉe la unua batalo de Newbury
pro kio li ricevis dankon. En 1644, li ricevis pli da aprezo por la redukto de lokoj en Derbyshire. Li tiam forlasis Leicester pro miskompreno sed estis, en 1645, petita reen por renkonti rojalistan atakon. En 1648, Lord Grey kolektis trupojn en Leicestershire. Post la malvenko de la skotoj ĉe Preston, li persekutis la Dukon de Hamilton kaj lian ĉevalon al Uttoxeter kaj prenis krediton por lia kapto, kvankam Duke Hamilton asertis ke li kapitulacis. Ĝis aŭgusto, Grey tenis diversajn komandojn en la milico. En 1651, li estis sendita por kolekti volontulojn kun la komisiono de ĉefkomandanto en la distriktoj de Leicester, Nottingham, Northampton kaj Rutland, por renkonti la skotan invadon. En septembro, Sir Edward Massie kapitulacis al Lord Grey post la batalo de Worcester.