Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Li estis nomumita en marto 811 de la kalifo al-Amin, anstataŭigante Hatim ibn Harthamah ibn A'yan. Baldaŭ poste, tamen, li estis devigita alfronti la ekaperon de la civita milito.
inter al-Amin kaj lia frato al-Ma'mun, kaj antaŭ longa lia daŭra lojaleco al la unua metis lin en konflikton kun frakcio de la loka "jundo" gvidita de al-Sari ibn al-Hakam, kiu preferis rekoni al-Ma'mun kiel kalifo anstataŭe. En la printempo de 812 la "jund", kun la instigo de al-Ma'mun, malkaŝe ŝanĝis sian fidelecon kaj ribelis, kaj Jabir estis faligita de sia pozicio. Subtenanto de al-Ma'mun, Abbad ibn Muhammad ibn Hayyan, tiam supozis la guberniestrecon kaj ekregis en Fustat, sed aliaj partoj de Egiptujo daŭre restis lojalaj al al-Amin sub la kontraŭ-guberniestro Rabi'ah ibn Qays ibn Zubayr al-Jurashi.