Komenciĝante en 1170, la registaro de Goryeo estis fakte kontrolita de sinsekvo de potencaj familioj el la militista klaso, precipe la familio Choe, en milita diktatoreco simila al "ŝogunlando". Dum la milita regado, Goryeo rezistis al invadoj de la Mongola Imperio.
dum preskaŭ 30 jaroj, ĝis la reganta estro de la familio Choe estis murdita en 1258 de kontraŭuloj en la kortego, post kiu la aŭtoritato estis restarigita al la monarkio kaj paco estis farita kun la mongoloj; tamen, potencrivalecoj daŭris en la kortego kaj milita regado ne finiĝis ĝis 1270. De tiu punkto, Goryeo iĝis semi-sendependa "filo-en-leĝo nacio" de la Mongol-gvidita Yuan-dinastio tra reĝa intergeedziĝo kaj sangaj ligoj. Sendependeco estis reakirita dum la regado de Gongmin en la mezo de la 14-a jarcento, kaj poste generaloj Choe Yeong kaj Yi Seong-gye ekstaris al eminenteco kun venkoj super invadado de Ruĝturban armeoj de la nordo kaj Wokou maroduloj de la sudo. En 1388, Yi Seong-gye estis sendita por invadi la Ming-dinastion ĉe Liaodong, sed li turnis siajn fortojn kaj venkis Choe Yeong en "puĉo"; en 1392, li anstataŭigis Goryeo kun la nova ŝtato de Joseon, finante 474 jarojn da Goryeo-regulo sur la Korea Duoninsulo.