Kompletigu la sekvan frazon: Müller komencis la 2013-14 sezonon sub nova manaĝero Pep Guardiola ludante en la Germana Superpokalo. La 5an de aŭgusto, Müller gajnis trionon kiam Bayern venkis 5-0 en la teamo 2013-14 DFB-Pokal unua ronda ludo kontraŭ Schwarz-Weiß Rehden. En la malfermaĵo de Bayern 2013-14 Bundesliga fiksaĵo, Müller maltrafis punon por la unua fojo. Sekundojn poste, la ŝparado de la puno flikis la manon de Álvaro Domínguez, kiu rezultigis alian punon, kiun David Alaba konvertis. Post tio, Müller deklaris, "Mi ankoraŭ estas feliĉa preni punojn, sed mi pensas, ke David Alaba estas la ĉefa viro por punktoj por nun". Li ludis en la
Superkupo de UEFA.