Morrison estis frua subtenanto de la reformmovado en Supra Kanado kaj partoprenis renkontiĝojn por instigi al politika ŝanĝo. Li parolis plurfoje kontraŭ armita ribelo kaj kuraĝigis William Lyon Mackenzie daŭre peti subtenon por siaj reformoj. Li ne partoprenis en la Supra Kanada Ribelo.
kaj restis en sia hejmo. Tamen, li estis arestita kaj akuzita pri ŝtatperfido por planado kaj efektivigado de la ribelo kaj trovita senkulpa ĉe posta proceso. Timante pliajn akuzojn, Morrison fuĝis al Usono kaj rekomencis praktiki medicinon. Kiam amnestio estis koncedita al la plej multaj partoprenantoj de la ribelo en 1843, li revenis al Toronto por daŭrigi sian medicinan praktikon kaj servi en diversaj medicinaj estraroj. Li mortis la 19-an de marto 1856, pro paralizo en Toronto.