Post ricevi sian Juris Doctor en 1973 de la Universitato de Virginio-Lernejo de Juro, Mueller laboris kiel procesisto ĉe la firmao Pillsbury, Madison kaj Sutro en San Francisco ĝis 1976. Li tiam servis dum 12 jaroj en la usonaj prokuroroj. Li unue laboris en la oficejo de la usona prokuroro por la Norda Distrikto de Kalifornio en San Francisco, kie li iĝis ĉefo de la krima dividado, kaj en 1982, li translokiĝis al Boston por labori en la oficejo de la usona prokuroro por Masaĉuseco kiel helpanto de usona prokuroro, kie li esploris kaj persekutis gravajn financajn fraŭdojn, terorismojn kaj publikajn koruptajn kazojn, same kiel narkotajn komplotojn kaj internaciajn monŝuistojn. Post servado kiel partnero en la advokata firmao de Boston kaj Barlow Hill, Mueller laboris por la registaro.
Universitato de Virginio Lernejo de Juro