Ĉiukaze, "Zafiro" foriris el Honkongo kun la eskadro de Dewey en aprilo 1898 kaj servis kun ĝi kiel karboŝipeto kaj proviza ŝipo dum la Batalo de Manilbajo kaj la sekva kampanjo en Filipinoj. La manko de dokumentoj kovrantaj ŝiajn agadojn en 1898 kaj la unua duono de 1899 malhelpas ajnan detalan rakonton por tiu periodo. Supozeble, ĝi trairis la akvojn de la Filipinaj Insuloj portante soldatojn, provizojn kaj sendadojn inter punktoj en la arkipelago. Bazita en Cavite sur Luzono, ŝi estas konata por esti plenuminta tiajn misiojn dum la periodo de julio 1899 <unk> junio 1904. Tiuj movadoj en subteno de la subpremado de la usona armeo de la filipina ribelo
kaj kampanjoj kontraŭ la islamaj morooj kondukis ŝin al multaj ekzotikaj lokoj, kaj la longo kaj larĝo de la insuloj.