Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Doherty komencis la 2012-13 sezonon per perdo de 4<unk>5 al Stuart Bingham en la dua raŭndo de la Wuxi Classic kaj 3<unk>5 al Martin Gould en la unua raŭndo de la Aŭstralia Goldfields Open
.&lt;ref name="2012/13"&gt;&lt;/ref&gt; Li finfine kompilis la unuan oficialan 147 paŭzon de sia kariero ĉe la negrava rango 2012 Paul Hunter Classic en Germanio dum unua raŭnda venko kontraŭ Julian Treiber. Li daŭriĝis por atingi la kvaronfinalon de la okazaĵo, perdante 0<unk>4 al Mark Selby. Doherty estis venkita en la kvalifiko por la Ŝanhajo Majstroj kaj la 2012 UK Ĉampioneco kaj ne progresis preter la wildcard rondo de la Internacia Ĉampioneco. Ĉe la kvina Eŭropa Turneo, la Skota Malferma, li venkis Luca Brecel kaj Ryan Day por atingi la duonfinalon kie li perdis 2 kontraŭ 4 kontraŭ Ding Junhui. Doherty estis eliminita en la unua raŭndo de la Germana Majstro fare de Peter Lines, sed tiam havis sian plej bonan kuron de la sezono ĉe la Kimra Malferma Turniro. Li venkis la kvarfojan mondĉampionon John Higgins 4<unk>1 kaj Tom Ford 4<unk>3 por atingi la kvaronfinalon. Li gvidis Stuart Bingham 2<unk>0, sed serio de maltrafitaj potoj vidis Doherty perdi sian fidon kaj li daŭriĝis por perdi 3<unk>5. Lia supre menciita kuro al la duonfinalo de la Skota Malferma Turniro helpis lin finiĝi 16-a en la PTC-Ordo de Merito por kvalifikiĝi kiel unu el la supraj 26 ludantoj por la Finalo, sed li perdis 2 kontraŭ 4 al Kurt Maflin en la unua raŭndo. Doherty preskaŭ eltiris unu el siaj famaj revenoj kontraŭ Matthew Selt en la fina raŭndo de la Monda Ĉampioneco-kvalifiko, ĉar de 4<unk>9 malsupren li egaligis je 9<unk>9, sed perdis la decidan kadron. La rezulto signifis ke tio estis la unua sezono kie Doherty ne estis prezentita en iu el la Triobla Krono de snooker okazaĵoj. Doherty plialtigis sian rangotabelon je ok lokoj dum la sezono por fini ĝin kiel la 27-a tutmonda rangotabelo.