Tamen, la Konfederacio generis rezistojn inter pluraj grupoj en ambaŭ landoj, kiuj indignis pri la diluado de naciaj identecoj kaj de najbaraj landoj. Multaj peruaj politikistoj kontraŭstarantaj la ideon de la Konfederacio fuĝis al Ĉilio, kie ili ricevis subtenon kaj tio kondukis al la Milito de la Konfederacio
Ĉilio deklaris militon la 28-an de decembro 1836, kaj Argentino sekvis la samon la 9-an de majo 1837. La ĉilia armea ekspedicio kontraŭ Santa Cruz, gvidita de admiralo Manuel Blanco Encalada, malsukcesis kaj devis submetiĝi al la subskribo de la Traktato de Paucarpata, la 17-an de novembro 1837.