La rezulta miksaĵo povas esti purigita uzante ultracentrifugadon, kiu frakcias la diversajn ĉelajn komponentojn en frakciojn enhavantajn solveblajn proteinojn; membranajn lipidojn kaj proteinojn; ĉelajn organelojn, kaj nukleajn acidojn. Precipitado per metodo konata kiel saltado povas koncentri la proteinojn de ĉi tiu lisato. Diversaj specoj de kromatografio tiam estas uzataj por izoli la proteinon aŭ la proteinojn de intereso surbaze de molekulaj afinecoj kiel molekula pezo, neta kaj liganta forto. La nivelo de purigado povas esti kontrolita uzante diversajn specojn de proteinoj se la ĉela membrano estas interrompita kaj ĝia interna enhavo liberigita en solvaĵon konatan kiel kruda lisato. La rezulta miksaĵo povas esti purigita uzante ultracentrifugadon, kiu frakcias la diversajn ĉelajn komponentojn en frakciojn enhavantajn solveblajn proteinojn; membranajn lipidojn kaj proteinojn; ĉela
devas esti purigita for de aliaj ĉelaj komponantoj