Skribu daŭrigon por ĉi tiu alineo - Bayern plenumis la deziron de Guardiola subskribi Thiago Alcântara de FC Barcelona kaj la unua sezono de Guardiola komenciĝis bone kun Bayern plilongiganta serion de nevenkitaj ligo-matĉoj de la lasta sezono al 53 matĉoj. La fina malvenko al Augsburg okazis du matĉtagojn post kiam Bayern jam postulis la ligtitolon. Dum la sezono, Bayern ankaŭ postulis du aliajn titolojn, la FIFA Club World Cup kaj la UEFA Superpokalo.
Ĉi-lasta estis la lasta grava trofeo kiun la klubo ankoraŭ ne gajnis. Bayern ankaŭ gajnis la pokalon por kompletigi sian dekan hejman duoblon, sed perdis en la duonfinalo de la Ĉampionligo al Real Madrido. Ekstere de la kampo, la prezidanto de Bayern Uli Hoeneß estis kondamnita pro impostfraŭdo la 13an de marto 2014 kaj kondamnita al tri kaj duona jaroj en malliberejo. Hoeneß eksiĝis la sekvan tagon. Vicprezidanto Karl Hopfner estis elektita prezidanto la 2an de majo. Antaŭ la 2014-15 sezono, Bayern kolektis Robert Lewandowski post kiam lia kontrakto finiĝis ĉe Borussia Dortmund, kaj pruntedonis Xabi Alonso de Real Madrid. Bayern ankaŭ lasis Toni Kroos foriri al Realo. Klubaj ikonoj Bastian Schweinsteiger kaj Claudio Pizarro foriris antaŭ la sezono 2015-16. En tiuj du sezonoj, Bayern defendis sian ligon titolo, inkluzive de alia duobla en 2015-16, sed ne progresis preter la duonfinalo en la Ĉampionligo. Kvankam la gvidado de la klubo provis konvinki Guardiola resti, la trejnisto decidis ne plilongigi sian trijaran kontrakton.