Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Kun la ekapero de la filipina-usona milito
Malone estis transdonita al la lastatempe establita 27-a Infanteriregimento en Filipinio meze de 1901 kaj partoprenis en la postkuro de ribelanto Emilio Aguinaldo al la marĉoj kaj marĉoj de Luzono. Li estis ordonita reen al Usono, kaj post sia promocio al kapitano la 2-an de novembro 1901, li estis nomumita instruisto de kemio ĉe la Usona Armea Akademio en West Point, New York. Dum en ĉi tiu kapacito, Malone instruis estontan generalon de la armeo kaj ricevanto de Medalo de Honoro, Douglas MacArthur.