Skribu daŭrigon por tiu paragrafo - La 9-an de februaro 1995, Desjardins estis interŝanĝita al la Filadelfia Flugiloj kune kun John LeClair kaj Gilbert Dionne en interŝanĝo por Mark Recchi kaj tria ronda elekto en la 1995-datita NHL Entry Draft
(Martin Hohenberger). Li estis alportita por solidigi la defendon de la flugiloj kaj tion li faris kiam li gajnis la unuan el sep Barry Ashbee Trophies, premion donitan ĉiujare al la plej bona flugilo. Li ludis la reston de sia kariero kun la flugiloj, atingante du NHL dua teamo All-Star selektadoj (1999, 2000) kaj du pli All-Star Game aspektoj (1996, 2000). Liaj 396 poentoj kun la flugiloj estas la dua inter la defendantoj nur al la 480 de Mark Howe en la historio de la teamo. Dum la 1999-2000 sezono, Desjardins iĝis la flugiloj kapitano post kiam Eric Lindros estis senvestigita de kapitaneco por liaj plendoj pri la flugiloj medicina kunlaborantaro.