En 1933, post kiam la nazioj ekregis, Baeck laboris por defendi la judan komunumon kiel prezidanto de la Reichsvertretung der Deutschen Juden, ombrelorganizo kiu unuigis germanan judismon de 1933 ĝis 1938. Post kiam la Reichsvertretung estis dissolvita dum la Novembra Pogromo
La Nazioj kunvenigis la membrojn de la Konsilio sub la registara kontrolo Reichsvereinigung. Leo Baeck estris tiun organizon kiel ĝia prezidanto ĝis sia deportado. La 27-an de januaro 1943, li estis deportita al la koncentrejo Theresienstadt.