Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - En julio 1999, Jacoby estis nomumita kiel direktoro por spionado (J2) en la komuna stabo. Lia permanenta ofico komenciĝis kun gvidado de la spionado de la klopodoj por ekzameni la operaciojn en Balkano kaj Kosovo. Operacioj Norda kaj Suda Gardado daŭre devigis No-Fly Zones kaj sankciojn kontraŭ Irako. Krome, la usona mararmea EP-3-spionaviadilo estis konfiskita de la ĉinoj sur Hainan-Insulo post kolizio kun ĉina ĉasaviadilo dum operacioj super la Suda Ĉina Maro kaj la atako kontraŭ USS "Cole"
okazis en Adeno, Jemeno. Ĉi-lasta okazaĵo ekigis fundamentan ŝanĝon en aliro al terorismo analizo kaj subteno al funkciigado fortoj kiu estis enkarnigita en la proponita Joint Intelligence Task Force, Combating Terrorism (JITF-CT) funkciiganta sub la konsilado de la Joint Staff J-2 kiel parto de la Defence Intelligence Agency. Jacoby rekomendis pliigitan financadon por JITF-CT dum la posttagmezo de la 10-a de septembro 2001 kun altranga stabo en la House Permanent Select Committee on Intelligence (Domo Permanenta Selektkomisiono pri Inteligenteco). Li estis en la Pentagono, kiam ĝi estis atakita la 11-an de septembro 2001. Li gvidis la starigon de JITF-CT, estis aktiva en spionado planado por la Tutmonda Milito kontraŭ Terorismo kaj militaj operacioj en Afganio, kontrolis J-2 agadoj dum la komenca fazo de batalaj operacioj en Afganio kaj estis instrumenta en evoluigado kaj ĉampioneco de operacia koncepto nomita "2 Plus 7" kiu iĝis la centra punkto por usonaj operacioj por malmuntado de la Al-Kaida organizo kaj ataki ĝia centralizita gvidado kaj planado funkcioj. La klopodoj koncentris operaciojn kontraŭ la du gvidantoj kaj la sep altrangaj operaciaj planistoj. La rezulto estis signifa malkresko en la kapabloj de la organizo. Jacoby finis sian unujaran plilongigon kiel Joint Staff J-2 en julio 2002.