Kompletigu la sekvan frazon: Rowley servis kiel kolonelo de la 13-a Pensilvania Infanterio de la 25-a de aprilo 1861 ĝis la 6-a de aŭgusto de la sama jaro. Li tiam iĝis kolonelo de la 102-a Pensilvania Volontulo-Infanteriregimento. Li estis vundita ĉe la
Batalo de Seven Pines, dum li gvidis sian regimenton en la Army of the Potomac (Armeo de la Potomac). Li (nelonge) gvidis brigadon en VI Corps ĉe la Batalo de Fredericksburg. Antaŭenigite al la rango de brigadgeneralo por rango de la 29-a de novembro 1862, Rowley poste komandis brigadon de I Corps ĉe la Batalo de Chancellorsville. Li estis portempa komandanto de la tria divizio, I-Korpuso komence de la Batalo de Gettysburg, dum generalmajoro Abner Doubleday estis portempa korpuso komandanto. (Chapman Biddle gvidis la brigadon de Rowley.) La 1-an de julio 1863, la brigado suferis pezajn perdojn alfrontante konfederitojn de la dividado de generalmajoro Harry Heth. Li estis deĵetita de sia ĉevalo dum la retiriĝo kiam ĝi haltis mallonge ĉe la rivereto. Li estis infektita de tuberkulozo. La vundo, kiu invadis liajn internojn, estis tiel grava, ke li estis febrega kaj nervoza. Sekvante alfrontiĝon inter Rowley kaj brigadgeneralo Lysander Cutler super la konduto de kelkaj el la 7-a Viskonsinaj oficiroj, Cutler arkivis akuzojn pri ebriaĵo en aprilo 1864. Donita malpli ol 24 horojn por prepari defendon por proceso, Rowley estis kondamnita de militkortumo kiun verkinto John F. Krumwiede deklaras estis, "mankante senpartiecon kaj marŝante al sia propra tamburo". Kvankam reinstalita per ordo de Sekretario de Milito Edwin M. Stanton kaj Prezidanto Abraham Lincoln, al Rowley estis asignita nur distrikta komando en okcidenta Pensilvanio, pro la daŭranta malamikeco inter la armeokomandanto generalo George G. Meade kaj la nun korpkomandanto generalo Gouverneur K. Warren. Malhelpita de la agoj de generalo Darius N. Couch en la provo ĉesigi la 1864-datita invadon de Pensilvanio fare de konfederita generalo Jubal Early, li eksiĝis de sia komisiono la 29-an de decembro 1864.