Kiam Gates sendis lin al la Kongreso kun oficialaj mesaĝoj pri la venko en la Batalo de Saratogo en 1777, Wilkinson konservis la Kontinentan Kongreson
atendante, dum li okupiĝis pri personaj aferoj. Kiam li finfine aperis, li plibeligis sian propran rolon en la venko, kaj estis patentita kiel brigadgeneralo (malgraŭ esti nur 20-jaraĝa tiutempe) la 6-an de novembro 1777, kaj nomumita al la lastatempe kreita Board of War (Estraro de Milito). La promocio super pli senioraj koloneloj kaŭzis tumulton inter kontinentaj oficiroj, precipe ĉar la klaĉado de Wilkinson ŝajnis indiki, ke li estis partoprenanto en la Conway Cabal, komploto por anstataŭigi George Washington kun Horatio Gates kiel ĉefkomandanto de la Kontinenta Armeo. Gates baldaŭ havis sufiĉe da Wilkinson, kaj la juna oficiro estis devigita eksiĝi en marto 1778. La 29-an de julio 1779, la Kongreso nomumis lin vestisto-generalo de la armeo, sed li eksiĝis la 27-an de marto 1781, pro sia "manko de taŭgeco por la tasko".