Tuj post la emeritiĝo, aperis en pli ol 300 matĉoj en la dua nivelo de Hispanio, Garitano translokiĝis al trejnado, funkciante kiel asistanto ĉe Eibar, ankaŭ ĵus forigita. Post periodo en pagendaĵo de la rezervoj li estis nomumita unua-teama manaĝero por la 2012-13 kampanjo, kiu inkludis la eliminon
de Athletic Bilbao <unk> la finalistoj de la antaŭa jaro <unk> de la Copa del Rey, kaj finiĝis en promocio.