En la parko estas pli ol 1,700 specioj de arboj kaj aliaj vaskulaj plantoj. Pliaj 170 specioj estas konsiderataj kiel ekzotikaj specioj kaj ne estas indiĝenaj. El la ok specioj de pingloarboj dokumentitaj, Lodgepole Pine-arbaroj kovras 80% de la totalaj arbarkovritaj areoj. Aliaj pingloarboj, kiel ekzemple Subalpine Fir, Engelmann Spruce, Rocky Mountain Douglas-fir kaj Whitebark Pine, estas trovitaj en disaj arbaretoj tra la tuta parko. Aktuale en 2007, la blanka pinarbo estas minacata de fungo konata kiel blanka pinarbo-buŝa rusto; tamen, tio estas plejparte limigita al arbaroj bone en la nordo kaj okcidento. En Yellowstone, proksimume sep procentoj de la blanka pinarbo specioj estis trafitaj de la fungo, kompare kun preskaŭ kompletaj infestadoj en norda Montano.
Subalpa Fero, Engelmann-Spruco, Roka Monto-Douglas-fero kaj Whitebark Pine