PWS estas kaŭzita de la forigo de la patraj kopioj de la SNRPN kaj NDN necdin genoj kune kun aretoj de snoRNAs: SNORD64, SNORD107, SNORD108 kaj du kopioj de SNORD109, 29 kopioj de SNORD116 (HBII-85) kaj 48 kopioj de SNORD115 (HBII-52). Tiuj estas sur kromosomo 15 situanta en la regiono 15q11-13. Ĉi tiu tiel nomata PWS/AS regiono povas esti perdita per unu el pluraj genetikaj mekanismoj, kiuj en la plimulto de kazoj okazas per hazarda mutacio. Aliaj, malpli oftaj mekanismoj inkluzivas uniparajn disromiajn kazojn, sporadajn mutaciojn, kromosomajn translokadojn, kaj genforigojn. Pro imprintado, la hereditaj kopioj de ĉi tiuj genoj estas praktike silentaj kaj nur la patraj kopioj reprezentas, la unuaj kopioj de la patrinaj genoj estas esprimitaj en la sama kromosoma regiono.
fenomeno konata kiel "imprinting"