Wąbrzeźno estis invadita de Nazia Germanio en septembro 1939, dum la Dua Mondmilito, kaj estis okupita de Germanio
ĝis 1945. La germanoj aranĝis amasajn arestojn de poloj en oktobro 1939. Proksimume 1,000 poloj estis arestitaj kaj malliberigitaj, plejparte en provizora koncentrejo, establita en loka fabriko, sed kelkaj ankaŭ en la loka malliberejo. Kelkaj el tiuj poloj estis murditaj en Skrwilno inter la 15-a de oktobro kaj la 15-a de novembro 1939 kaj en Nielub la 17-an de oktobro 1939, dum la plej multaj estis murditaj en grandaj masakroj en Łopatki kaj Kurkocin (vidu "Intelligenzaktion"). Preskaŭ 4,000 polaj loĝantoj de Wąbrzeźno kaj la ĉirkaŭaj komunumoj estis senditaj al naziaj koncentrejoj, establitaj en Potulice kaj Toruń, kaj forpelitaj. La germanoj malpermesis la uzon de la pola lingvo, likvidis polajn lernejojn kaj organizojn, kaj transloĝigis la urbon kun germanaj kolonianoj, tamen, la poloj daŭre organizis la subteran polan rezistan movadon.