En majo 1940, Weygand estis revokita por aktiva deĵoro kaj supozis komandon de la franca armeo dum la germana invado. Sekvante serion de armeaj malsukcesoj, Weygand konsilis armisticon kaj Francio poste kapitulacis. Li aliĝis al la Vichy-registaro de Philippe Pétain kiel Ministro pri Defendo kaj servis ĝis septembro 1940, kiam li estis nomumita Delegito-Generalo en Franca Nordafriko. Weygand preferis nur limigitan kunlaboron kun Germanio kaj estis maldungita de sia posteno en novembro 1941 laŭ la postulo de Hitler. Post la Aliancita invado de Nordafriko
en novembro 1942, Weygand estis arestita de la germanoj kaj malliberigita en Itter Castle en Aŭstrio ĝis majo 1945. Post reveno al Francio, li estis tenita kiel kunlaboranto ĉe la Val-de-Grâce sed estis liberigita en 1946 kaj malplenigita de pagendaĵoj en 1948. Li mortis en januaro 1965 en Parizo en la aĝo de 98.