La spermo estas granda (proksimume 70 <unk> 90 mikrometroj) kaj similas al la spermo de cikadoj, kiuj estas iomete pli grandaj. La spermo de ginkgo unue estis malkovrita de la japana botanikisto Sakugoro Hirase en 1896. La spermo havas kompleksan plurtavolan strukturon, kiu estas kontinua zono de bazaj korpoj, kiuj formas la bazon de pluraj mil flageloj, kiuj fakte havas cilia-similan movadon. La flagelo / cilia aparato tiras la korpon de la spermo antaŭen. La spermo havas nur distancon por vojaĝi al la arĥegonio, el kiu kutime estas du aŭ tri spermoj. Du estas produktitaj, el kiuj unu sukcese fekundigas la ovulon. Kvankam estas vaste opiniite, ke la fekundigado de ginkgo okazas tuj antaŭ aŭ post la falo de la semoj de ginkgo aŭ ĝuste antaŭ la jaro, ili estis malkovritaj en la komenco de la aŭtuno kaj ĝuste post la falo de la semoj de ginkgo.
1896-a jaro