Skribu daŭrigon por ĉi tiu paragrafo - Kiam Litovio estis okupita de Sovet-Unio en junio 1940, Aukštuolis kune kun aliaj eminentuloj salutis Vladimir Dekanozov, la vicministron de Vjaĉeslav Molotov, ĉe la Kaunas Flughaveno. Li restis en Litovio kvankam lia edzino fuĝis al Argentino kaj li uzis siajn diplomatiajn kontaktojn por helpi al Martynas Yčas eskapi al Berlino. Post la sovetia transpreno, Aukštuolis perdis sian laboron en la ministerio sed kun rekomendo de Justas Paleckis (ili laboris kune en la litova ambasado en Rigo) akiris laboron kiel instruisto de la rusa lingvo en la Mezlernejo N-ro 1 en Panevėžys. Li estis unu el la 17.500 litovoj deportitaj al Siberio dum la junio-deportado
en la jaro 1941. Kune kun pluraj aliaj eminentaj litovoj, inkluzive de iama prezidanto Aleksandras Stulginskis kaj ministro Stasys Šilingas, Aukštuolis finiĝis en Kraslag en la Krasnojarsk Krai. En 1942, li kaj 16 aliaj litovoj denove estis arestitaj kaj akuzitaj pri kontraŭsovetiaj agadoj. La NKVD rekomendis mortkondamnon, sed la fina puno de 25 jaroj en malliberejo estis sciigita nur en februaro 1952 <unk> preskaŭ tri jarojn post la morto de Aukštuolis pro tuberkulozo kaj subnutrado en Dubravlag.