Ĝi altiris akademiulojn el la tuta kontinento kaj evoluis en kulturan kaj akademian centron. Tamen, kun la komenco de la Tridekjara Milito en 1618, la intelekta kaj fiska riĉeco de la universitato malkreskis. En 1622, la tiama mondfama Bibliotheca Palatina (la biblioteko de la universitato) estis ŝtelita de la Universitato-Katedralo kaj prenita al Romo. La rekonstru-klopodoj poste estis venkitaj de la soldatoj de reĝo Ludoviko la 14-a, kiu preskaŭ tute detruis ĝin en 1693. Kiel sekvo de la malfrua Kontraŭreformacio, la kristana universitato perdis sian protestantan karakteron kaj estis kanalista de figuroj kiel Paul Schede, Jan Gruter, Martin Opitz, kaj Matthäus Merian.
intelekta kaj financa riĉeco de la universitato malkreskis