La unua operacio en kiu la ŝipo partoprenis estis malsukcesa floto antaŭen en la Nordan Maron la 18-19an de aŭgusto 1916, monaton post kiam ŝi estis komisiita. La ŝipo ankaŭ partoprenis en Operacio Albion en la Golfo de Rigo, sed baldaŭ post kiam la germana atako komenciĝis la 12an de oktobro 1917, Bayern estis minita kaj devis esti retirita por riparoj. Ŝi estis internigita kun la plimulto de la Alta Maro-Floto ĉe Scapa Flow en novembro 1918 sekvante la finon de la Unua Mondmilito. La 21an de junio 1919, admiralo Ludwig von Reuter ordonis la floton esti mallevita; Bayern sinkis je 14:30.
14:30 horoj