اتعمل تشريح بعدين في نفس يوم وفاة ماكينلي؛ قاد مان فريق من 14 طبيباً. ووجدوا أن الرصاصة مرت من المعدة، ثم من خلال القولون العرضي، واختفت من خلال البريتوني بعد اختراق زاوية من الكلى اليسرى. كان هناك أيضًا تلف في الغدد الكظرية والبنكرياس. مينتر، الذي شارك في تشريح الجثة، صرح فيما بعد عن اعتقاده بأن الرصاصة استقرت في مكان ما في عضلات الظهر، على الرغم من أن هذا غير مؤكد لأنه لم يتم العثور عليها أبدًا. بعد أربع ساعات، طالبت إيدا ماكينلي إنهاء تشريح الجثة. تم أخذ قناع الموت، وحدثت خدمات خاصة في منزل ميلبورن قبل نقل الجثة إلى مدينة بوفالو وهال لبدء خمسة أيام من الحداد الوطني. تم نقل جثة ماكينلي من بوفالو إلى واشنطن، ثم عبر القولون العرضي، ثم تم إيقافه بعد تسعة أيام من إطلاق النار على الجثة. وفي يوم 19 سبتمبر، قال أ
19 سبتمبر