أكمل الجملة التالية: عند اندلاع الحرب الأهلية الأمريكية، انضم جونز بسهولة إلى جيش الاتحاد. في 7 يوليو 1861 ، انضم إلى 37th New York Volunteers ، المعروف باسم "Irish Rifles" ، تحت قيادة الكولونيل جون إتش. ماكان. كان في البداية جندي ولكن سرعان ما وجد نفسه منتخبا في رتبة ملازم ثان من قبل الرجال في الفوج. كان حاضر في معركة بول ران الأولى ، بعد أسبوعين فقط من التجنيد ، لكنه لم يشاهد أي عمل حيث تم الاحتفاظ بالوحدة في الاحتياطي. أظهر جونز "سلوكًا شجاعًا" خلال السنوات الأولى مع الفوج وسرعان ما ارتفع في الرتبة إلى ملازم أول ومساعد في 4 نوفمبر 1861 ، ثم رائد في 21 يناير 1862. انضم هو و "الآيرلنديين" في وقت لاحق إلى الفيلق الثالث للجنرال صموئيل بي هنتزلمان ، كجزء من اللواء الثالث للفرقة الثالثة تحت قيادة العميد العام فيليب كيرني ، خلال حملة شبه الجزيرة وشارك في ويليامزبرج ،
حملة سبع صنوبر وسبعة أيام. كان جونز حاضر أيضًا عندما كان 37th New York Volunteers ، ثم تم إرفاقه مع اللواء الثالث من الفرقة الأولى من الفيلق الثالث ، في معركة بول ران الثانية. في مايو ويونيو ، بدأ يعاني من الملاريا وتم إيداعه في المستشفى في واشنطن العاصمة في 26 سبتمبر ، وبقي هناك حتى نهاية أكتوبر. كان أيضًا ضابطًا لفترة وجيزة للجنرال فرانز سيجل قبل تقاعد الجنرال أمبروز بيرنسايد وإعادة تنظيم جيش بوتوماك.