في ألمانيا، في 3 نوفمبر 2019، ترك نيكو كوفاتش بايرن ميونخ بموافقة متبادلة بعد خسارة 5<unk>1 أمام إينتراخت فرانكفورت، تم ترقية مساعده هانسي فليك كمدرب مؤقت. في أول مباراة له في المسؤولية ، هزم بايرن أولمبياكوس 2 <unk> 0 في مرحلة المجموعات في دوري أبطال أوروبا في 6 نوفمبر 2019. في أبريل 2020 ، عين بايرن ميونيخ فليك مدربًا دائمًا بعقد حتى عام 2023. قاد فليك بايرن بنجاح للفوز ببوندسليجا ودفب-بوكال ودوري أبطال أوروبا ، وبالتالي أكمل الثلاثي القاري للمرة الثانية في تاريخ النادي ، وفي الموسم التالي ، قاد بايرن للفوز بكأس سوبر أوروبا 2020.
ضد سيفيللا. كما قاد بايرن للفوز بأول ستة مرات بعد الفوز بكأس العالم للأندية في فبراير 2021 من خلال هزيمة فريق تايجرز المكسيكي.