أكمل الجملة اللي جاية: في موسم 2008/09، اتعافى توتي من الإصابة السابقة، وشارك في
نهائي سوبر كوبا إيطاليا 2008 في 24 أغسطس 2008؛ بعد تعادل 2<unk>2 مع إنتر بعد وقت الإضافي ، فوت توتي عقوبته في تبادل الرماية الناتج ، والذي سمح لخافيير زانيتي بفوز بالمباراة لإنتر بركلة الفورية التالية. في 8 نوفمبر 2008 ، ظهر في مباراته الرابعة المئة في الدوري الألماني ، في تعادل 1 × 1 ضد بولونيا ، حيث سجل الهدف الافتتاحي للمباراة. في وقت لاحق من ذلك الشهر ، ذهب لمساعدة فريقه على هزيمة لاتسيو في دوري روما ، حيث ساعد جوليو باتيستا في تحقيق هدف الفوز بالمباراة. استمر تشغيل توتي في الشكل الجيد حيث قدم مساعدات لميركو فوشينيتش وسجل هدفًا في فوز 3 <unk> 0 في مباراة الدوري ضد ليتشي في 23 نوفمبر ، بينما سجل ركلة حرة في فوز 3 <unk> 1 ضد CFR Cluj في دوري الأبطال في وقت لاحق من ذلك الأسبوع ، في 27 نوفمبر. كما سجل الهدف الثاني في الفوز بنتيجة 2: 0 ضد بوردو في 10 ديسمبر ، والذي أكد مرور روما إلى دور ال 16 من المسابقة كفائزين في المجموعة. في 19 أبريل 2009 ، سجل توتي هدفه الـ 175 في الدوري الإيطالي في فوز 3<unk>2 على ليتشي ، متجاوزًا أميدو أماداي باعتباره أعلى هداف في تاريخ روما. مع الهدف ، أصبح توتي أيضًا واحدًا من أفضل عشرة هدافين في تاريخ الدوري الإيطالي.