كان محمد مستشار وممول لتفجير مركز التجارة العالمي سنة 1993 وعم رامزي يوسف، المفجر الرئيسي في الهجوم. تم القبض على محمد في 1 مارس 2003 في راولبندي، باكستان، من قبل مسؤولين أمنيين باكستانيين يعملون مع وكالة المخابرات المركزية الأمريكية. ثم احتجز في سجون سرية متعددة في وكالة المخابرات المركزية الأمريكية وغوانتانامو حيث تعرض للتعذيب وأخذ يستخدم أساليب من بينها إغراق الماء. خلال فترة اعتقال الولايات المتحدة في غوانتانامو في مارس 2007، أقر محمد بأنه مسؤول عن هجمات 11 سبتمبر من قبل جماعة القاعدة الإسلامية، وأعلن مرة أخرى أنه لم يكن مسؤولاً عن الهجمات الإرهابية.
هجمات 9/11