لكن زومالاكارريغي، اللي اتعرف بتهوئه الجاد والصامت ومبادئه الدينية القوية، لم يحب الحياة الفوضوية للحركة، وعندما تم تنظيم القوات النظامية في الشمال، دخل في الكتيبة الأولى في جيبوزكوا كضابط. خلال بقية الحرب خدم في الجيش النظامي. كان شقيقه ميغيل أنطونيو دي زومالاكارريغي في كاديز في الوقت الذي أقرت فيه الكورتيس دستور عام 1812 ، و انتخب نائب رئيس جيبوزكوا. ثم تم إرسال توماس مع رسائل إلى الوصاية في كاديز ، وتلقى مهمته كقائد. في رتبته دي كان حاضر في معركة سان مارسيال
في أغسطس 1813. بعد استعادة فرديناند السابع، استمر في الجيش، ويقال إنه درس بعناية نظرية الحرب.