في يوم 6 مايو ، عادت ماري وبوتويل إلى إدنبرة وفي يوم 15 مايو ، إما في قصر هوليرود أو دير هوليرود ، تزوجا حسب الطقوس البروتستانتية. اعتقدت ماري أصلاً أن العديد من النبلاء دعموا زواجها ، لكن سرعان ما تدهورت العلاقات بين بوتويل (دوق أوركني) المنتخب حديثًا وزملائه ، وأصبح الزواج غير شعبية بشكل كبير. تم اختطاف ماري ، طوعًا أو بدون رغبة ، من قبل اللورد بوتويل ورجاله ونقلها إلى قلعة دنبار ، حيث ربما اغتصبها. في يوم 23 يوليو 1578 ، تم سجن ماري في قصر لوكبيري ، حيث تم إلقاء القبض عليها في معركة ضد جيمس هوليرود ، و بعد ذلك تم إلقاء القبض عليها في قصر ليكس هيل ، حيث تم إلقاء القبض على زوجها. تم سجن ماري في قصر ليكس هيل ، و بعد ذلك تم تسجيل الزواج في قصر ليكس هيل
ابني