في 10 يونيو ، غادرت فرقة المقاتلات 1 من تاويتاوي إلى باتجان للتحضير لعملية كون ، وهو هجوم مضاد مخطط له ضد الغزو الأمريكي لبياك
. بعد ثلاثة أيام ، عندما تم إخطار الأدميرال سويمو تويودا ، القائد العام للأسطول المشترك ، بالهجمات الأمريكية على سايبان ، تم إلغاء عملية كون وتم تحويل قوة أوجاكي إلى جزر ماريانا. التقت السفن الحربية بقوة أوزاوا الرئيسية في 16 يونيو. خلال معركة بحر الفلبين ، رافقت "ناغاتو" حاملات الطائرات والناقلة الخفيفة. أطلقت قذائف شظايا مضادة للطائرات الحارقة من النوع 3 "سانكايدان" بطول 41 سم على الطائرات من الناقلة الخفيفة التي كانت تهاجم "جونيو" وادعت أنها أسقطت طائرتين من طراز Grumman TBF Avenger. تم قصف السفينة من قبل الطائرات الأمريكية خلال المعركة ، لكنها لم تتضرر ولم تتعرض لأي إصابات. خلال المعركة ، أنقذت "ناغاتو" الناجين من "هيو" الذين تم نقلهم إلى الناقلة بمجرد وصول السفينة إلى أوكيناوا في 22 يونيو. واصلت إلى كوري حيث تم تجديدها بأجهزة رادار إضافية وبنادق AA خفيفة. غير مدوكة في 8 يوليو ، حملت "ناغاتو" فوج من فرقة المشاة 28 في اليوم التالي وتسليمهم إلى أوكيناوا في 11 يوليو. وصلت إلى لينجا عبر مانيلا في 20 يوليو.