كان الكونفدرالية البيروبوليفية معارضة من قبل الدول المجاورة من بدايتها، وخاصة تشيلي والأرجنتين، باعتبارها تهديدًا عسكريًا واقتصاديًا محتملًا، ودعمها للمعارضين في المنفى. حرب الكونفدرالية
تم تشغيلها بعد وقت قصير من تكوينها لما غزت تشيلي والأرجنتين البلاد بشكل مستقل. هُزمت الأرجنتين في عام 1837 ، لكن قوة مشتركة من المعارضين في تشيلي وشمال بيرو المعروفين باسم جيش الاستعادة المتحدة انتصروا في معركة يونجاي في يناير 1839 ، والتي أنهت الاتحاد بحكم الأمر الواقع حيث تم استعادة بيرو وبوليفيا كدول مستقلة ، وهرب سانتا كروز إلى المنفى. تم إعلان حل الاتحاد البوليفي في 25 أغسطس 1839 من قبل الجنرال أغوستين غامارا بعد تعيينه رئيسًا لبيرو.