في عام 1997 ، أعلنت جزر أنجوان وموهلي استقلالها عن جزر القمر. فشلت محاولة لاحقة من قبل الحكومة لاستعادة السيطرة على الجزر المتمردة بالقوة ، وفي الوقت الحاضر يقوم الاتحاد الأفريقي بالتوسط في المفاوضات لإحداث مصالحة. هذه العملية اكتملت إلى حد كبير ، على الأقل من الناحية النظرية. وفقًا لبعض المصادر ، عاد موهلي إلى سيطرة الحكومة في عام 1998. في عام 1999 ، كان لدى أنجوان صراعات داخلية وفي 1 أغسطس من تلك السنة ، استقال أول رئيس عمره 80 عامًا فوندي عبد الله إبراهيم ، ونقل السلطة إلى منسق وطني ، آبيد سعيد. تم الإطاحة بالحكومة من قبل انقلاب الجيش والبحرية في 9 أغسطس 2001. وسرعان ما صعد محمد باكاري إلى قيادة المجلس الذي تولى القيادة وبحلول نهاية الشهر كان زعيم البلاد. على الرغم من محاولات التمردة لثلاثة أشهر ، مات
سنة 1997