في 1 أكتوبر 2003 ، تم دمج ثلاث منظمات لتشكيل JAXA الجديدة: معهد اليابان للعلوم الفضائية والفلكية (ISAS) ، ومختبر الفضاء الوطني في اليابان (NAL) ، ووكالة تطوير الفضاء الوطنية في اليابان (NASDA). تم تشكيل JAXA كمؤسسة إدارية مستقلة تديرها وزارة التعليم والثقافة والرياضة والعلوم والتكنولوجيا (MEXT) ووزارة الشؤون الداخلية والاتصالات (MIC). قبل الاندماج ، كانت ISAS مسؤولة عن أبحاث الفضاء والكواكب ، في حين ركزت NAL على أبحاث الطيران. كان NASDA ، التي تأسست في 1 أكتوبر 1969 ، قد طورت الصواريخ والأقمار الصناعية ، وأيضاً بنيت الوحدة التجريبية اليابانية القديمة. كان مقر NASDA موجود في موقع مركز Tanegashima الفضائي الحالي ، على جزيرة Tanegashima ، 115 كيلومتر جنوبًا من رئيس الوزراء الياب
1 اكتوبر 2003