أكمل الجملة التالية: في عام 2016، بدأ باغنايا الموسم بمنصب على منصة التتويج في لوسيل ومنصب آخر على منصة التتويج في خيريز، حيث أنهى الموسم في المركز الثالث في كلتا الحالتين. في سباقه في الوطن في إيطاليا ، أكد باغنايا مركزًا ثالثًا آخرًا ، ففاز على نيكولو أنطونيللي بفارق 0.006 ثانية. بعد تحطم في برشلونة، أكد باجنايا أول فوز له في الجائزة الكبرى في التاريخية
حلبة أسن في سباقه الـ 59 في موتو 3 وكان أول فوز لماهيندرا كمان. كان عندة 4 منصات تخرج على المنصة في أول 8 سباقات الموسم ووجد نفسه يقاتل من أجل اللقب. بعد سباقين متوسطين وتحطم في برنو ، حصل باجنايا على أول مركز له في سيلفرستون المتأثر بالمطر وانتهى في المركز الثاني خلف براد بيندر في سباق مثير. فاز باغنايا في سباقه الثاني من الموسم في سيبانج ، فاز بالسباق بسهولة بفجوة كبيرة بعد أن تعرض براد بيندر ، جوان مير ، ولورينزو دالا بورتا للانهيار في نفس الزاوية خلال بداية السباق ، والذي كان مليءً بالعديد من الحوادث. أنهى الموسم بـ 145 نقطة ليحتل المرتبة الرابعة في بطولة Moto3 مع مجموع فوزين وستة منصات تقدم. باغنايا كان له الفرصة لانهاء 2 في بطولة العالم وراء براد بيندر ولكن للأسف تم اخراجه في كل من جزيرة فيليب وفالنسيا من قبل غابرييل رودريجو. رودريجو طرد فابيو دي جيانانتونيو في أستراليا اللي نزلت وجمعت باجنايا معه. في فالنسيا رودريجو عمل تحطم عالية في اللفة الأولى يقترب من المنعطف الأخير، مرة أخرى سقط باجنايا بشكل لا مفر منه.