اكتب استمرار لهذه الفقرة - في حوالي أوائل القرن السادس عشر ، بعد بناء قصر ريبيرا بجانب نهر تاجوس ، بدأ قصر ألكاسوفا يفقد أهميته. زلزال وقع في سنة 1531 أضر بقصر قديم، مما ساهم أكثر في تدهوره وإهماله. في 1569، أمر الملك سيباستيان بإعادة بناء الشقق الملكية في القلعة، مع نيته استخدامها كمقر رسمي له. كجزء من إعادة البناء، في 1577 هدم فيليبو تيرزي واحد من الأبراج بالقرب من الواجهة الرئيسية لكنسية لوريتو. ومع ذلك ، لم تكتمل العديد من الأعمال بعد وفاة الملك الشاب الواضح خلال معركة ألكاسير كيبير
. أفتتحت الأزمة السلالية البرتغالية التالية الطريق لمدة ستين عامًا من الحكم الإسباني وتم تحويل القلعة إلى ثكنات عسكرية وسجن. في 30 ديسمبر 1642 ، تم تعيين تيودوسيو دي فرياس الأصغر رئيسًا للبناء لمواصلة الأعمال التي بدأها والده ، لويس دي فرياس ، وجده ، تيودوسيو دي فرياس. كان ده جزء من خطة أكبر من قبل القوات الإسبانية لإعادة تشغيل الحصن.