اكتب استمرار لهذه الفقرة - مع اندلاع الحرب الفلبينية الأمريكية
، تم نقل مالون إلى فوج المشاة السابع والعشرين الجديد في الفلبين في منتصف عام 1901 وشارك في مطاردة زعيم المتمردين إيميليو أغينالدو إلى مستنقع ومستنقعات لوزون. تم طلب عودته إلى الولايات المتحدة ، وبعد ترقيته إلى قبطان في 2 نوفمبر 1901 ، تم تعيينه مدربًا للكيمياء في الأكاديمية العسكرية للولايات المتحدة في ويست بوينت ، نيويورك. أثناء وجوده في هذه الصفة ، علم مالون جنرال الجيش المستقبلي وحاصل على وسام الشرف ، دوغلاس ماك آرثر.