في فبراير 1567، تم تدمير مسكن دارنلي بسبب انفجار، وتم العثور عليه مقتولًا في الحديقة. كان يعتقد عمومًا أن جيمس هيبورن، إيرل بوتويل الرابع، هو من نظم موت دارنلي، لكنه تم تبرئته من التهمة في أبريل 1567، وفي الشهر التالي تزوج ماري. بعد انتفاضة ضد الزوجين، سُجنت ماري في قلعة لوك ليفن. في 24 يوليو 1567، أُجبرت على التنازل لصالح ابنها البالغ من العمر عام واحد. بعد محاولة فاشلة لاستعادة العرش، هربت جنوبًا بحثًا عن حماية ابن عمها الأول الذي تمت إزاله مرة أخرى، الملكة إليزابيث الأولى من إنجلترا. كانت ماري قد ادعت عرش إليزابيث على أنه ملكها وتم اعتباره السيادة الشرعية لإنجلترا من قبل العديد من المشاركين الكاثوليكيين، بما في ذلك التمردد المعروف باسم ثمانية عشر عامًا لثمانية
ماري