بمرور القرن السادس عشر، خطوت الإنسانية المتأخرة بجانب الكالفينية كمدرسة فكر مهيمنة؛ وفقدت شخصيات مثل بول شيد، جان غروتر، مارتن أوبيتز، وماتس ميريان تعليمها في الجامعة. جذبت العلماء من جميع أنحاء القارة وتطورت إلى مركز ثقافي وأكاديمي. ومع ذلك، مع بداية حرب الثلاثين عامًا في عام 1618، تراجعت الثروة الفكرية والمالية للجامعة. في عام 1622، سُرقت Bibliotheca Palatina (مكتبة الجامعة) الشهيرة في ذلك الوقت من كاتدرائية الجامعة ونُقِلَت إلى روما. تم تخطي جهود إعادة الإعمار بعد ذلك من قبل قوات الملك لويس الرابع عشر، والتي دمرتها بالكامل في عام 1693. نتيجة للإصلاح المضاد، فقدت الجامعة البروتستانتية طابعها، وأصبحت من قبل تلاميذات الجامعة القديمة. في عام
الثروة الفكرية والمالية للجامعة انخفضت