كتب استمرار لهذه الفقرة - واحد من مجموعة من ثلاثة ، معروفين باسم "بنجامينات ثوجوت" (مساعدين موثوقين لوزير الخارجية يوهان أماديوس فرانسيس دي بولا ، بارون ثوجوت ، خلال حملة عام 1799 ، خدم وايروثر كرئيس أركان لفلدزيغميستر بال كراي ، حيث تميز نفسه في ليجناجو (26 مارس) ، ماغنانو (5 أبريل) ، والآن يعمل كضابط اتصال مع المارشال الروسي ألكسندر سوفروف ، في نوفي
في 15 أغسطس. بعد كده خطط للمسيرة الملحمية للقوات الروسية تحت قيادة ألكسندر سيفوروف عبر ممر سان غوتارد. تمت ترقيته إلى "أوبيرست" (عقيد) في 5 فبراير 1800 ، وتم إعطاء ويروثر قيادة فوج المشاة رقم 7 "شرويدر" ، الذي كان جزءًا من الجيش في ألمانيا تحت قيادة Pál Kray ، لكن إصابة أخرى وتوترات الحملات أدت إلى مغادرته الجيش للتعافي. تم استدعائه في خريف عام 1800 ، وأعينه الإمبراطور فرانسيس الثاني رئيسًا للأركان ليوهان ، دوق النمسا البالغ من العمر 18 عامًا ، قائد الجيش الجديد في بافاريا ، و"أدلتوس" (الرئيس المستشار) فرانز فون لاور. معتقدًا أن جيش جان موريو الفرنسي في الانسحاب ، نظم وايروتر ملاحقة عدوانية عبر أرض مشجرة بشدة من قبل أربعة أعمدة غير داعمة لبعضها البعض. بدلًا من ذلك ، ثبّت موريو موقعه ، وقام بمكيدة ، وحاصر الجناح الأسترالي الأيسر. اتضح أن معركة هوهينليندن الناتجة كانت كارثة للنمساويين ، مما أنهى فعلياً حرب التحالف الثاني. ومع ذلك ، تم تعيين Weyrother كمستشار عسكري لوزير الخارجية الجديد ، الكونت لودفيج كوبينزل في المفاوضات بعد هدنة Steyr ، والتي أدت إلى سلام Luneville في عام 1801.