بيتم الاعتقاد ان عائلة الحيتان الزرقاء انفصلت عن العائلات الاخرى من فرع ميستيكيتي منذ فترة طويلة مثل منتصف العصر الأوليغوسيني (28 م م م). ان خط الحيتان الزرقاء انفصل عن الحيتان الزرقاء الاخرى خلال العصر الميوسيني ، بين 7.5 و 10.5 مليون سنة مضت. ومع ذلك ، يبدو أن التدفق الجيني بين الأنواع استمر بعد ذلك من ذلك التاريخ. الحوت الأزرق لديه أكبر تنوع جيني من أي حوت بالي ، وتنوع أعلى من المتوسط بين الثدييات الحديثة. أكبر حوت زرقاء معروف علمياً هو حفريات الحيتان الزرقاء الجزئية في جنوب إيطاليا ، والتي تعود إلى ما بين 1.25 و 1.49 مليون سنة. يعتقد الباحثون أن التسلسل الجيني بين الحيتان الزرقاء والحيتان الزرقاء أقرب من 300،000 سنة مضت ، بما في ذلك تحليل الحيتان الزرقاء في مكان آخر. يعتقد الباحثون أنه يوجد فاصل بين الحيتان الزرقاء والحوت الأزرقاء.
الحوت الحاجب، الحوت المزلق، حوت برايد، الحوت الساي، والحوت المينك