اكتب استمرار لهذه الفقرة - كانت ألفا نشطة خلال الحرب الشيشانية الثانية التي بدأت في عام 1999 ، وكذلك التمرد اللاحق في شمال القوقاز
. خلال معركة كومسومولسكويه 2000 ، تم نشر قناصة ألفا المرتبطين بالمجموعة الغربية للقوات الاتحادية بقيادة فلاديمير شمانوف في محاولة لقمع قناصة روسلان جيلايف في القرية. وفقًا لخبراء الوحدة ، أدت العمليات التي شاركت فيها ألفا إلى اعتقال القائد الشيشاني سلمان رادوييف في عام 2000 ، وقتل القائد الشيشاني أربي باراييف في عام 2001 ، وقتل الرئيس الشيشاني الانفصالي أسلان ماسخادوف في عام 2005 ، وقتل زعيم المسلحين الأجانب أبو حفس في داغستان في عام 2006. بعد نقل المسؤولية عن العمليات في الشيشان من وزارة الدفاع إلى جهاز الأمن الفيدرالي في يناير 2001 ، وقبل سياسة "التششنة" التي بدأت في عام 2003 ، شارك أعضاء ألفا (مع الأفراد الروس الآخرين والميليشيات الشيشانية الموالية لموسكو) في 10 على الأقل "مجموعات خاصة مختلطة" (، SSGs) ، التي اعتبرت فرق الموت من قبل مجموعات حقوق الإنسان والمراقبين الخارجيين. ويعتقد ان قوات الدفاع الوطني كانت وراء العديد من عمليات "تطهير الاسم/العنوان" ("imeny/adressny zachistki"): عادةً غارات ليلية من قبل رجال ملثمين في سيارات غير مميزة، واستهداف مقاتلين متمردين نشطين أو سابقين، ومؤيديهم، وأقاربهم، أو مدنيين آخرين إما للإخفاء القسري أو القتل خارج نطاق القضاء. في عام 2005، أعلنت هيومن رايتس ووتش إن عمليات الاختفاء وصلت إلى مستوى جريمة ضد الإنسانية، وأن "روسيا ليها تميز غير مجيد كونها رائدة عالمياً في عمليات الاختفاء القسري". شكل UFSB في الشيشان أيضًا وحدة ألفا محلية ، والتي يعتقد أنها متشابهة في دورها مع SSGs.