بعد إعلان قرار نقل رئاسة الاتحاد، قال الزعيم الليبي معمر القذافي إنه حان الوقت لوضع الاتحاد "في المجمد". هذا أثار تساؤلات حول موقف ليبيا تجاه الاتحاد. القلق كان أن ليبيا ستكون لها تأثير سلبي على الطريقة التي ستترأس بها المنظمة. علاوة على ذلك، التنافسات التقليدية بين المغرب والجزائر، والمسألة غير المحلولة عن سيادة الصحراء الغربية، أوقفت اجتماعات النقابات منذ أوائل التسعينيات على الرغم من عدة محاولات لإعادة إطلاق العملية السياسية. الصحراء الغربية، وهي مستعمرة إسبانية سابقة جنوب المغرب والتي "تم إعادة دمجتها" من قبل مملكة المغرب، أعلنت الاستقلال كجمهورية ديمقراطية صحراوية. في أحدث مؤتمر على مستوى أعلى، في منتصف عام 2005، رفض المغرب من قبل المغرب السماح بقضية الصحراء الغربية، بسبب دعم الجزائر للاترية. وفي
المغرب