سلسلة من الانتفاضات اليعقوبية وقعت ايضا في اسكتلندا، حيث قام الفيسكونت دندي برفع قوات هايلاند وفاز في 27 يوليو 1689 في معركة كيليكرانكي
، لكنه مات في القتال وبعد شهر قوات الكاميرون الاسكتلندية قامت بتخضع الانتفاضة في معركة دنكيلد. عرض ويليام على العشائر الاسكتلندية التي شاركت في الانتفاضة عفو بشرط أن توقعوا على الولاء بحلول الموعد النهائي ، وعاقبت حكومته في اسكتلندا التأخير بمذبحة جلينكو عام 1692 ، والتي أصبحت سيئة السمعة في الدعاية اليعقوبية حيث وقع ويليام على الأوامر. من خلال الانحناء للرأي العام ، قام ويليام بطرد المسؤولين عن المذبحة ، على الرغم من أنهم بقيوا في صالحه. في كلمات المؤرخ جون دالبرج-أكتون ، "أحدهم أصبح عقيدًا ، وآخر فارسًا ، وثلثًا من الأقران ، ورابعًا إيرل".