أكمل الجملة التالية: في سبتمبر 1796، تم تعيين جونستون مساعدًا للمعسكر للحاكم جون هنتر، وفي عام 1800 حصل على رتبة برافته كرائد. في نفس السنة ، تم إلقاء القبض على جونستون من قبل نائب الحاكم ويليام باترسون بتهمة "دفع المشروبات الروحية إلى رقيب كجزء من أجره وعصيان الأوامر". اعترض جونستون على المحاكمة من قبل المحكمة العسكرية في المستعمرة ، وأرسله هانتر إلى إنجلترا. هناك صعوبات في إجراء محاكمة مع شهود في أستراليا أدت إلى إسقاط الإجراءات ، وعاد جونستون إلى نيو ساوث ويلز في عام 1802. في عام 1803 ، تولى جونستون قيادة مؤقتة لجيش نيو ساوث ويلز خلال مرض باترسون ، وتورط في الصراع بين كينج والجيش. في مارس 1804 عمل مع القرار لما كان في قيادة الجيش المبعوث ضد بعض
المجرمين اللي تمردوا في كاسل هيل. عندما تم إرسال باترسون إلى بورت دالريمبل ، أصبح جونستون قائد فيلق نيو ساوث ويلز.