أكمل الجملة التالية: في يوليو 1999، تم تعيين جاكوبي مدير الاستخبارات (J2) في الموظفين المشتركين. شغله بدأ بقيادة جهود الاستخبارات لدراسة العمليات في البلقان وكوسوفو. واصلت عمليات الحراسة الشمالية والجنوبية فرض مناطق حظر الطيران والعقوبات ضد العراق. بالإضافة، طائرة استطلاع البحرية الأمريكية إي بي-3 تم احتجازها من قبل الصينيين في جزيرة هاينان بعد اصطدامها بمقاتلة صينية أثناء عمليات فوق بحر الصين الجنوبي والهجوم على
USS "كول" حصل في عدن، اليمن. أدى الحدث الأخير إلى تغيير أساسي في النهج للتحليل الإرهابي ودعم القوات التشغيلية واللي اتجسد في القوة المشتركة المشتركة للمخابرات لمكافحة الإرهاب (JITF-CT) اللي بتعمل تحت إشراف هيئة الأركان المشتركة J-2 كجزء من وكالة مخابرات الدفاع. كان جاكوبي يدافع عن زيادة التمويل لـ JITF-CT بعد ظهر يوم 10 سبتمبر 2001 مع كبار الموظفين في لجنة الاستخبارات الدائمة في مجلس النواب. كان في البنتاغون لما اتعرض للهجوم في 11 سبتمبر 2001. قاده التخطيط الاستخباراتي للحرب العالمية على الإرهاب والعمليات العسكرية في أفغانستان ، ويشرف على أنشطة J-2 خلال المرحلة الأولية من العمليات القتالية في أفغانستان وكان له دور فعال في تطوير وصون مفهوم عمليات يسمى "2 Plus 7" والذي أصبح نقطة مركزية للعمليات الأمريكية لتفكيك منظمة القاعدة ومهاجمة مهام القيادة والتخطيط المركزية. الجهد ركز العمليات ضد الزعيمين وسبعة من كبار مخططي العمليات. النتيجة كانت تدهور كبير في قدرات المنظمة. أكمل جاكوبي تمديده لسنة واحدة كرئيس للأركان المشتركة جي-2 في يوليو 2002.