خلال التسعينات، بعد حرب الخليج، كان للهجمات الإرهابية تأثير كبير على قوات المركزية. في مواجهة هجمات مثل تفجير أبراج خوبار في عام 1996 ، والذي قتل 19 طيار أمريكي ، أطلقت القيادة عملية تركيز الصحراء ، والتي صممت لنقل المنشآت الأمريكية إلى مواقع أكثر دفاعًا (مثل قاعدة الأمير سلطان الجوية) ، وتقليل "بصمة" الأمريكية الأمامية عن طريق القضاء على المراكز غير الضرورية ، وإعادة المعالين إلى الولايات المتحدة. في سنة 1998 هاجم الارهابيون السفارات الامريكية
في كينيا وتنزانيا، وقتلوا 250 شخص، بمن فيهم 12 أمريكي. الهجوم في أكتوبر 2000 على السفينة الأمريكية "كول" ، والذي أسفر عن مقتل 17 بحار أمريكي ، كان مرتبط بتنظيم القاعدة في أسامة بن لادن.