في عام 1260، دمر بايبارس وجيشه المملوك الكنيسة أثناء هجومهم على الناصرة. تمكن عدد قليل من الفرنسيسكان من البقاء في الناصرة حتى سقوط أكو في عام 1291. في القرون الثلاثة التالية، كان الفرنسيسكان داخلون وخارج الناصرة، حسب الوضع السياسي المحلي، الذي كان في تغير مستمر. ويشير حسابات الفرنسيسكان لهذه الفترة إلى طردهم في عام 1363، وعودتهم في عام 1468 ومذبحة بعض أعضائهم في عام 1542. ساعدت العائلات المسيحية المحلية بدعم الفرنسيسكان في رعاية الكنيسة خلال هذه الفترة. منح الأمير فكر الدين الفرنسيسكان الإذن بالعودة في عام 1620، في ذلك الوقت قاموا ببناء هيكل صغير لتغطية الكهف المقدس الذي يُكرّم كمنزل مريم. في عام 1730، سمح زاهير أومار ببناء كنيسة مسيحية جديدة، والتي أصبحت كنيسة مركزية لبنصرة الناصرة في
سنة 1954