كان ماغواير نباتي منذ عام 1992؛ في عام 2009، أصبح نباتي. أعلنت منظمة بيتا أنه أكثر نباتي جنسيًا في العالم في عام 2002. قام بتغييرات في نظامه الغذائي إما لزيادة أو فقدان الوزن لأدوار السينمائية: خفض بشكل كبير استهلاك السعرات الحرارية لسيابيسكويت، تليها زيادة سريعة لاستعادة الوزن لسبايدر مان 2. ماغواير كان رصينًا منذ سن 19 بعد تعرضه لـ "بعض الصعوبات" مع الكحول في أواخر سن المراهقة. التقى ماغواير بمصممة المجوهرات جينيفر ماير في عام 2003 أثناء تصوير فيلم Seabiscuit في ستوديوز يونيفرسال، وتزوجوا في أبريل 2006. ولدت ابنتهما في نوفمبر 2006. وُلد ماغواير وماير في 3 سبتمبر 2007 في هاواي. ولد ابنهما الثاني في مايو 2009. في 18 أكتوبر 2016 ، بعد تسع سنوات من انفصالهما ، أعلنوا رسميا عن
كونا، هاواي