عمل أولًا في مكتب المدعي العام للولايات المتحدة للمنطقة الشمالية من كاليفورنيا في سان فرانسيسكو ، حيث ارتقى لتكون رئيسًا للقسم الجنائي ، وفي عام 1982 ، انتقل إلى بوسطن للعمل في مكتب المدعي العام للولايات المتحدة لماساتشوستس كمساعد مدعي عام للولايات المتحدة ، حيث قام بالتحقيق في قضايا الاحتيال المالي والإرهاب والفساد العام ، وكذلك قضايا التآمر والمخدرات والمال الدولي. بعد أن عمل كشريك في شركة القانون في بوسطن وبارلو هيل ، عمل مولر في شركة القانون في سان فرانسيسكو حتى عام 1976. بعد ذلك عمل لمدة 12 عامًا في مكاتب المدعي العام للولايات المتحدة في عام 1991 ، وعاد إلى مكاتب المدعي العام للولايات المتحدة في سان فرانسيسكو ، حيث ارتقى لتكون رئيسًا لقسم الجريمة في مكاتب القانون في عام 1993 ، وأصبح مساعد المدعي العام للولايات المتحدة في مكاتب القانون في مكاتب القانون في عام 1986 ، وأصبح مساعدًا لوزير القانون في
كلية القانون بجامعة فرجينيا