في أواخر سبتمبر 1997، بعد أشهر من المداخلة السودانية (التي كتبها البشير في رسالة هاملتون) ، أعلنت وزارة الخارجية الأمريكية، بتوجيه من وزيرة الخارجية مادلين أولبرايت، أنها ستعيد الدبلوماسيين الأمريكيين إلى الخرطوم لمتابعة بيانات مكافحة الإرهاب في حوزة المخابرات. في غضون أيام، عكست الولايات المتحدة هذا القرار وفرضت عقوبات اقتصادية وتجارية ومالية أقسى وأكثر شمولاً ضد السودان، والتي دخلت حيز التنفيذ في أكتوبر 1997. في أغسطس 1998، بعد تفجيرات سفارة شرق أفريقيا
، الولايات المتحدة أطلقت ضربات صواريخ كروز ضد الخرطوم. السفير الأمريكي الأخير في السودان، السفير تيم كارني، رحل عن منصبه في فبراير 1996 ولم يتم تعيين سفير جديد حتى ديسمبر 2019، عندما توصلت إدارة الرئيس الأمريكي دونالد ترامب إلى اتفاق مع الحكومة السودانية الجديدة لتبادل السفراء.