بعد وفاة الملك هنري (31 يناير 1580) ، كان فرانسيس من البرتغال واحد من الأعضاء القلائل من الأرستقراطية العليا الذين دعموا بنشاط "دوم" أنطونيو كملك للبرتغال. تم تعيينه من قبل الملك الجديد كضابط له ، وشاركوا معًا في معركة ألكانتارا (1580)
، دافع عن لشبونة من الجيوش الإسبانية، بقيادة دوق ألبا.