بعد ثلاث سنين في عام 1159 ، وضع يوشيتومو وفوجيوارا نو نوبويوري جو شيراكاوا تحت الإقامة الجبرية وقتلوا خادمه ، الباحث فوجيوارا نو ميشينوري ، في ما يسمى تمرد هيجي. في النهاية ، تايرا نو كيوموري ، بدعم جو شيراكاوا ، هزم يوشيتومو. أثناء الفرار من كيوتو ، أُجبر يوشيتومو على قتل ابنه توموناغا. في وقت لاحق ، تم خيانة يوشيتومو وقتله في حمامه. تم بعد ذلك إعدام ثلاثة من أبنائه ، يوريتومو ، مينيتسيو يوشونيه و مينيتسيو نوريوي ، ونفي من قبل كيوموري. ومع ذلك ، تم إعدام يوشي و نوبويوري. قبره في مقاطعة أيتشي محاط من جميع الجوانب بسيوف خشبية (بوكوتو) ، كما كانت كلماته الأخيرة "لو كان لدي فقط أسطورة... ما هي أسماء ثلاثة من أبناء تايرا بوكوتو؟"
يوريتومو، ميناموتو نو يوشيتسوني و ميناموتو نو نوريوري