كان رأس ماسوسوبونديلوس الصغير تقريباً نصف طول الفخذ. عدد من الفتحات، أو النوافذ، في الجمجمة خففت من وزنه وفرت مساحة لتثبيت العضلات والأعضاء الحسية. كانت هذه النوافذ موجودة بشكل أزواج، واحدة على كل جانب من الجمجمة. في مقدمة الجمجمة كان هناك اثنين من الأنف الطويلة، والتي كانت تقريباً نصف حجم المدارات. كانت المدارات أكبر نسبياً في ماسوسوبونديلوس من الأجناس ذات الصلة، مثل Plateosaurus. كانت النوافذ الأمامية، الأصغر من تلك التي شوهدت في Plateosaurus، تقع بين العينين والأنف. في الجزء الخلفي من الجمجمة كان هناك زوجين آخرين من النوافذ الزمني: النوافذ الزمني خلف العين، والذي كان على شكل "Tondilus fenestrae" في كل جانب من الجماجمة. ويمكن أيضًا أن تكون هذه النوافذان متباينة بسبب اختلافات في سمكها وسمة الج
العيون والأنف