بتشمل الأساليب التجريبية الشائعة كريستالوجرافيا الأشعة السينية والطيفية النيرومغناطيسية النووية، واللتان كلاهما قادران على إنتاج معلومات هيكلية في دقة ذرية. ومع ذلك، فإن تجارب النيرومغناطيسية النووية قادرة على توفير معلومات من خلالها يمكن تقدير مجموعة فرعية من المسافات بين أزواج الذرات، والتشكيلات النهائية المحتملة للبروتين يتم تحديدها عن طريق مشكلة هندسة المسافة. كارتالوجرافيا التداخلية القطبية هي طريقة تحليلية كمية لقياس تشكيل البروتينات الشاملة والتشكيلات التفاعلية الفيروسية أو كيف يمكن أن تتأثر، أي في تصميم الأدوية. وبما أن البروتينات صغيرة جدًا بحيث لا يمكن رؤيتها تحت المجهر الميكروسكوبي الضوئي، فإنه يتعين استخدام أساليب أخرى لتحديد هيكل البروتينات المعروفة بشكل أسهل عن طريق تحديد
كريستالوجرافيا الإلكترون