أزمة الخلافة في 1580، بدأت فترة ستين سنة من الملكية المزدوجة في البرتغال وإسبانيا تحت حكم هابسبورغ الإسبانية. يشار إلى هذا باسم "الدومينيون الفلبيني" ("Domínio Filipino") ، لأن جميع الملوك الإسبان الثلاثة خلال تلك الفترة كانوا يسمى فيليب ("فيليب"). في سنة 1589، كانت لشبونة هدف غزو من قبل الأسطول الإنجليزي
بقيادة فرانسيس دريك ، في حين أن الملكة إليزابيث دعمت متظاهرًا برتغاليًا في أنطونيو ، رئيس كراتو ، لكن دعم كراتو كان مفقودًا وكانت الرحلة الفاشلة. حرب الترميم البرتغالية، واللي بدأت بانقلاب دولي نظمه النبلاء والبرجوازية في لشبونة وتم تنفيذه في 1 ديسمبر 1640، أعادت الاستقلال البرتغالي. تميزت الفترة من ١٦٤٠ إلى ١٦٦٨ بمناوشات دورية بين البرتغال وإسبانيا ، بالإضافة إلى حلقات قصيرة من الحرب الأكثر خطورة حتى تم توقيع معاهدة لشبونة في ١٦٦٨.