كان فترة الثمانينيات فترة اضطرابات خارج الملعب لبايرن، مع العديد من التغييرات في الموظفين والمشاكل المالية. على الميدان، قاد بول بريتنر و كارل هاينز رومينيجيه، المعروفين باسم FC Breitnigge، الفريق للفوز بألقاب البوندسليجا في عامي 1980 و 1981. وبصرف النظر عن فوز DFB-Pokal في عام 1982، تبع ذلك موسمين غير ناجحين نسبيًا، بعد تقاعد بريتنر وعاد المدرب السابق اودو لاتيك. فاز بايرن ب DFB-Pokal في عام 1984 وذهب للفوز بخمس بطولات في البوندسليجا في ستة مواسم، بما في ذلك مزدوج في عام 1986. ومع ذلك، كان النجاح الأوروبي مراوغًا خلال العقد؛ تمكن بايرن من المطالبة بالمركز الثاني في البطولة الأوروبية في عام 1982 و 1987. تم تعيين بول بريتنر في عام 1987، ولكن بعد بطولتين متتاليتين في عام 1988، تم إلغاء بطولة النادي
خمسه