في يناير وفبراير 1554 ، اندلع تمرد وايات ، وتم قمعه قريباً. تم إحضار إليزابيث إلى المحكمة ، وتم استجوابها بشأن دورها ، وفي 18 مارس ، سُجنت في برج لندن. احتجت إليزابيث بحماس على براءتها. على الرغم من أنه من غير المرجح أنها تآمر مع المتمردين ، إلا أنه من المعروف أنهم اقتربوا منها. جادل أقرب من يثق بهم في ماري ، سفير تشارلز الخامس ، سيمون رينارد ، أن عرشها لن يكون آمنًا طالما أن إليزابيث كانت حية ؛ وعمل المستشار ، ستيفن جاردينر ، على محاكمة إليزابيث. أقنع أنصار إليزابيث في الحكومة ، بمن فيهم اللورد باجيت ، ماري بتوفير أختها في غياب أدلة قوية ضدها. بدلاً من ذلك ، في 22 مايو ، تم نقل إليزابيث من برج وودستوك إلى برج كراودستوك ، حيث كانت تقضي ما يقرب من عام تحت مسؤول
برج لندن