Na haar afstuderen in 1982 trad Kunanayakam toe tot het Ontwikkelingsprogramma van de Verenigde Naties (UNDP) in Genève, waar ze tot 1983 werkte. Tussen 1983 en 1984 was ze consultant en beleidsadviseur van de Lutherse Wereldfederatie. Eind juli 1983 stuurde ze een fax naar de Lutheraanse Wereldfederatie afgevaardigden die de Wereldraad van Kerken conferentie bijwoonden in Vancouver, waar ze hun beoordeling van de recente anti-Tamil rellen
die zich in Sri Lanka had voorgedaan: