Door de vruchtbare uitlopers en het gunstige terrein voor verdediging is Pirin sinds de prehistorie continu bewoond. Archeologische overblijfselen van de Thraciërs zijn ontdekt aan de westelijke uitlopers langs de Struma-vallei en in de Razlog-vallei. Toen de regio in de 1e eeuw v.Chr. door het Romeinse Rijk werd geannexeerd, nam het aantal nederzettingen toe. Tijdens de vroege middeleeuwen werd het gebied rond Pirin bewoond door Slavische stammen samen met het grootste deel van de Balkan en werd in de 9e eeuw geabsorbeerd door het Bulgaarse Rijk. Gedurende de Middeleeuwen bleef Pirin betwist tussen het Bulgaarse en het Byzantijnse Rijk totdat het in de late 14e eeuw werd veroverd door de Ottomaanse Turken. De bevolking van de regio speelde een actieve rol tijdens de Bulgaarse Nationale Opwekking en de strijd voor nationale bevrijding. De belangrijke 18e-eeuwse Bulgaarse verlichter Paisius van Hilendar en auteur van "Istoriya Slavyanobolgarskaya" werd geboren in Bansko aan de noordelijke uitlopers van Pirin. Bulgarije bereikte de bevrijding in 1878, maar als gevolg van het Congres van Berlijn bleef Pirin in het Ottomaanse Rijk. Als reactie daarop kwam de lokale bevolking in Pirin in opstand in de Kresna<unk>Razlog opstand (1878<unk>1879) en nam later deel aan de Ilinden<unk>Preobrazhenie opstand
(1903) maar beide werden onderdrukt door de Ottomanen. De regio werd uiteindelijk bevrijd door het Bulgaarse leger in oktober 1912 tijdens de Eerste Balkanoorlog (1912-1913).