In maart 1862 werd Waddell benoemd tot luitenant in de marine van de Confederatie. Hij werd naar New Orleans gestuurd en werd toegewezen aan de onvolledige wapenschip CSS "Mississippi" tot haar vernietiging eind april. De volgende maand nam hij deel aan de slag.
Tussen de Confederatie-batterijen en de Federale pantserschepen in Drewry's Bluff, Virginia. Hij zag meer shore-batterijdienst in Charleston, South Carolina, gedurende de rest van 1862 en in 1863. In maart 1863 werd eerste luitenant Waddell naar het buitenland gestuurd en werd in Engeland gestationeerd in afwachting van de beschikbaarheid van een maritieme positie.