De 13e divisie werd aanvankelijk opgericht in Takada stad in nu Jōetsu, Niigata van mannen in Niigata Prefecture onder het bevel van luitenant-generaal Haraguchi Kensai. Het kreeg de onafhankelijke opdracht om Sakhalin te bezetten.
Voor de sluiting van het Verdrag van Portsmouth, landde op Sakhalin op 7 juli 1905, slechts drie maanden na de vorming, en het veiligstellen van het eiland tegen 1 augustus 1905. Als gevolg van de succesvolle operatie kreeg Japan tijdens het Verdrag van Portsmouth het zuiden van Karafuto, een van de weinige territoriale winsten van Japan tijdens de oorlog.