De commando's van beide vlootjes wisselden van eigenaar na Notium. Vanwege termijnbeperkingen op de positie van navarch werd Lysander vervangen door Callicratidas; aan de Atheense kant bracht de val van Alcibiades ook zijn vrienden Thrasybulus en Theramenes ten val, en het algemene bevel werd gegeven aan Conon. In de loop van het volgende jaar botsten de vloot twee keer, eerst in een slag waarbij Callicratidas met twee keer zoveel schepen als Conon de Atheners versloeg en hen in Mytilene gevangen hield; een Athenese hulpvloot versloeg en doodde Callicratidas bij Arginusae. Deze Athenese overwinningen bleken echter nutteloos te zijn, want in 405 v.Chr. keerde Lysander terug naar het onofficiële commando en vernietigde de Athenese vloot bij Aegospotami.
De Peloponnesische Oorlog eindigde met Sparta als winnaar.