Schrijf een vervolg op deze paragraaf - Op 17 september 2006 werd Sgorbati neergeschoten buiten haar kinderziekenhuis net na 12.30 uur toen ze klaar was met lesgeven en de weg overstak om naar de accommodatie van de zusters te gaan, waar drie andere nonnen wachtten om met haar te lunchen. Haar bewaker en chauffeur Mohamed Osman Mahamud (vader van vier kinderen) werd ook gedood. De aanval werd verondersteld te zijn als reactie op de controversiële opmerkingen die paus Benedictus XVI had gemaakt in zijn Regensburg lezing
, hoewel dit nooit werd bevestigd of onderbouwd. Haar dood kwam vlak na de opmerkingen van 15 september waarin de hardline geestelijke Sheikh Abubakar Hassan Malin aan aanbidders in zijn moskee vertelde om iedereen die de profeet Mohammed beledigde op te sporen en te doden. Verscheidene humanitaire hulpverleners en christelijke vrijwilligers werden rond deze tijd gedood. Twee gewapende mannen kwamen uit taxi's en kiosken en schoten haar drie of vier keer in de rug nadat de eerste kogel haar dij raakte. Haar bewaker beschermde haar en werd neergeschoten nadat hij het vuur opende met de aanvallers. Eén kogel was in haar rug gekomen en had een slagader doorgesneden, wat een ernstige en onmiddellijke bloeding veroorzaakte. Sgorbati werd met spoed naar het SOS-ziekenhuis gebracht, maar overleed later op de operatietafel. Haar laatste woorden waren: "Ik vergeef, ik vergeef, ik vergeef", die ze fluisterde naar zuster Marzia Feurra. Het was om 3 uur's middags dat een vliegtuig kwam om haar overblijfselen naar Nairobi te brengen, waar het om 9 uur's avonds aankwam; haar overblijfselen werden naar het Lee Funeral Home gebracht.