Hoewel Portugal tijdens de Tweede Wereldoorlog neutraal was, werd Portugees Timor in december 1941 bezet door een kleine Britse, Australische en Nederlandse troepenmacht om een Japanse invasie te voorkomen. Maar de Japanners vielen binnen in de Slag om Timor.
In februari 1942. Onder de Japanse bezetting werden de grenzen van de Nederlanders en Portugezen over het hoofd gezien en werd het eiland Timor tot één administratieve zone van het Keizerlijk Japanse Leger (IJA) gemaakt. 400 Australische en Nederlandse commando's die door de Japanse invasie op het eiland gevangen zaten, voerden een guerrillacampagne, die Japanse troepen vasthield en meer dan 1.000 slachtoffers veroorzaakte. De Timorese en de Portugezen hielpen de guerrilla's, maar na de eventuele evacuatie van de geallieerden was de Japanse vergelding van hun soldaten en de Timorese militie die in West-Timor waren opgevoed, ernstig. Tegen het einde van de oorlog waren naar schatting 40<unk>60.000 Timorezen gestorven, de economie was in puin en hongersnood was wijdverspreid. (zie Slag om Timor).