Twee nummers die waren opgenomen op het originele album - het traditionele Liverpoolse volkslied "Maggie Mae" en het improvisatiestuk "Dig It" - werden weggelaten, omdat ze "goed waren voor een soundtrackalbum [...] maar ze pasten niet comfortabel in het concept van een straight album", volgens albumremikser Allan Rouse. Lennon's "Don't Let Me Down" werd toegevoegd aan de volgorde, hoewel "Naked" een samengestelde bewerking van de twee versies van het dakconcert bevat
, in plaats van de B-kant van de "Get Back" single. "I've Got a Feeling" werd ook gepresenteerd in een nieuwe composietedit van de twee rooftopconcertbeelden. Op "The Long and Winding Road" gebruikten de "Naked" producers de laatste take, opgenomen vijf dagen na de ruwe run-through die Spector had geselecteerd voor het originele album.