Het Mexicaanse leger verplaatste de monniken die hier woonden tijdens de Mexicaans-Amerikaanse Oorlog om Mexico City te verdedigen tegen het binnenvallende Amerikaanse leger. De Mexicanen versterkten het gebouw, inclusief het bouwen van de parapet. Op dat moment was het complex ver buiten de stadsgrenzen. Op 20 augustus 1847, Slag bij Churubusco
werd gevochten. Toen de Mexicanen geen munitie meer hadden, werd het een gevecht met de handen in elkaar. Toen de Mexicanen verslagen waren vroeg generaal David Twiggs generaal Pedro María de Anaya om zijn munitie over te geven. Anaya antwoordde: "Als er een was, zou je hier niet zijn". Dit was ook de laatste standplaats van het Saint Patrick's Battalion, een regiment van meestal Ierse overlopers van het Amerikaanse leger. Bij de hoofdingang staat een gedenkplaat ter ere van hen. In 1869 verklaarde president Benito Juárez de site tot een nationaal monument ter ere van de slag, wat in 1933 opnieuw werd bevestigd. Dit heeft het echter niet tot een museum gemaakt. Van 1876 tot 1914 diende het als militair ziekenhuis, gespecialiseerd in besmettelijke ziekten. In de jaren '20 was het een kunstacademie, en van 1920 tot 1960 was het een depot. In de jaren zestig en zeventig stond dit gebouw officieel bekend als het Transport Museum, omdat er een groot aantal oude voertuigen werden opgeslagen. Deze collectie werd uiteindelijk in 1985 naar Zacatecas gestuurd.