Begin 1863 werd het regiment overgeplaatst naar de Big Black River, waar het een brug bewaakte. In maart verhuisde het regiment naar Grand Gulf, Mississippi, waar de mannen versterkingen bouwden, waardoor de verdediging van Vicksburg, Mississippi, werd versterkt. Op 5 april werd de 3rd Missouri Infantry, als onderdeel van een grotere kracht, over de Mississippi rivier naar Louisiana verplaatst, waar ze in de buurt van Bayou Vidal in Tensas Parish kampeerden. Op 8 april vocht de eenheid in een kleine actie bij James' Plantation in de buurt. Een poging van de verkenningstroepen om op 15 april een zware klap te geven aan de troepen van de Unie die het gebied bezetten, mislukte toen het verrassingselement voor een geplande aanval verloren ging. Op 17 april dwongen de schepen van de marine van de Unie de Zuidelijken terug te keren naar Mississippi. Het regiment voegde zich vervolgens bij de verdediging bij Grand Gulf. Bij de Slag bij de Grote Golf
Op 29 april verdedigde de 3e Missouri Infanterie een lijn van geweerkuilen die zich uitstrekte tussen de twee belangrijkste Confederatie versterkingen. De positie van de eenheid stelde de mannen in staat om te schieten in de luiken van de schepen van de Unie die de Confederatiepositie beschoeiden. Het regiment verloor één man gedood en drie gewond in de strijd. De overwinning van de Confederatie verhinderde dat generaal-majoor Ulysses S. Grant op dat moment een eenheid kon landen, hoewel Grant in staat was om een sterke eenheid ten zuiden van de positie te landen. Brigadegeneraal John S. Bowen, de bevelhebber van de Confederatie in Grand Gulf, reageerde op de landing van de Unie door een troepenmacht naar Port Gibson, Mississippi te sturen om Grant te onderscheppen.