Schrijf een voortzetting voor deze paragraaf - De grote aardbeving in 1755
De storm die een groot deel van Portugal trof, vernietigde een deel van het fort, dat vervolgens werd hersteld. In 1773 werd de kapel van Santa Bárbara in het fort verbouwd. Kort daarna werd een inspectierapport opgesteld dat negatief over de toestand van de haven sprak en in 1800 werden nieuwe batterijen gebouwd om het landen in de haven moeilijker te maken en werd ook de parapet van het fort met uitzicht op de zee verhoogd. De omvang van de uitgevoerde werkzaamheden veroorzaakte financiële problemen voor de plaatselijke bevolking, die hulp van koningin Maria I zocht en kreeg. In 1807 werden verdere uitgebreide verbeteringen uitgevoerd. Het fort bleek echter in december 1807 tijdens de Spaanse-Franse Oorlog ineffectief, toen Frans-Spaanse troepen bij Peniche aan land gingen. Na hun nederlaag door de Anglo-Portugese troepen werd het in 1810 kort overwogen als een mogelijk instappunt voor Britse troepen als de hernieuwde Franse invasie dit noodzakelijk zou maken. Na het Congres van Wenen in 1815, dat de vrede in Europa vestigde, werd het fort verlaten. Met de stedelijke druk als gevolg van de bevolkingsgroei van Peniche werden bepaalde delen ontmanteld. In 1824 werd het tijdelijk omgebouwd tot een gevangenis en gebruikt om politieke gevangenen vast te houden. Tijdens de Portugese Burgeroorlog (1828-1834) werd het opnieuw bezet, maar toen liberale troepen het Berlengas Fort in 1833 bezetten, verlieten de absolutistische troepen Peniche. In 1837 leidde een explosie van kruit in het fort tot een hevige brand, die het huis van de gouverneur volledig verwoestte. In 1871 rapporteerde de gouverneur van het fort over de slechte staat ervan en werd wat restauratiewerk verricht.