Tijdens 1938 en 1939 was er een groeiende overtuiging dat een nieuwe oorlog tussen Frankrijk en Duitsland onvermijdelijk werd. In september 1939 verklaarde de Franse regering de oorlog aan Duitsland en werd een algemene mobilisatie ingevoerd. Tijdens de laatste bijeenkomst (voordat de CGT-SR tien dagen eerder werd verboden) had de CGT-SR plannen opgesteld om een algemene staking uit te roepen in het geval van een algemene mobilisatie, maar deze plannen lijken de realiteit van de Duitse en Sovjet-invasie van Polen niet te hebben overleefd. Paul Lapeyre behoorde tot degenen die in augustus/september 1939 in het leger werden opgeroepen. Hij aarzelde enkele dagen voordat hij zich bij de kazerne in Auch meldde. Hij werd naar de Elzas gestuurd, die in 1919 weer in Frankrijk was opgenomen, en bracht enkele maanden door aan de oevers van de Rijn. Het was vermoedelijk in de context van de Duitse invasie van Frankrijk, die plaatsvond in mei en juni 1940, dat het regiment waarin Lapeyre diende zich omsingeld en gedwongen zag zich over te geven. Nu Duitse krijgsgevangenen, werden Lapeyre en zijn kameraden iets meer dan een maand in hun kazerne gehouden voordat ze naar een grote boerderij werden overgebracht en aan het werk werden gezet in Hoisdorf, ongeveer 25 kilometer ten oosten van Hamburg. Een ontsnappingspoging mislukte. Lapeyre bracht de volgende vijf jaar door in een opeenvolging van vier werkkampen. Op een gegeven moment ontkwam hij nauwelijks dat hij naar het beruchte vernietigingskamp Rava-Ruska werd gestuurd, maar uiteindelijk werd hij teruggestuurd naar de regio Hamburg, waar hij samen met de andere krijgsgevangenen werkte. Een week in juli 1943
De geallieerde bombardementen verwoestten de zaagmolen waar hij werkte. Uiteindelijk werd hij echter in juni 1945 door de Engelsen ("... par les Anglais") bevrijd.