De vlucht van de graven in 1607 liet hem achter als een van de meest senior Gaelic figuren die in Ulster overblijven. In 1608, toen Sir Cahir O'Doherty de O'Doherty's Opstand lanceerde door Derry te verbranden
MacDonnell overwoog niet om samen te werken met hem. O'Doherty, een voormalig loyalist van de Kroon, was woedend over zijn behandeling door lokale ambtenaren. O'Doherty werd verslagen en gedood in de Slag bij Kilmacrennan en de opstand stortte in. In de nasleep van de opstand besloot de regering een meer uitgebreide Plantage van Ulster in te voeren dan oorspronkelijk was gepland. Dit had geen grote invloed op MacDonnell, aangezien de graafschappen Antrim en Down werden uitgesloten van de Plantage, omdat er al grootschalige Schotse nederzettingen plaatsvonden.