Voltooi de volgende zin: In 2001, na het uitbreken van de Tweede Tsjetsjeense Oorlog, sloot Khangoshvili zich aan bij het gewapende verzet van de Tsjetsjeense Republiek Ichkeria in hun strijd tegen Rusland. Khangoshvili was een veldcommandant en had nauwe banden met de voormalige Tsjetsjeense president Aslan Maskhadov. Maskhadov werd in maart 2005 gedood tijdens een inval door de FSB, de Russische binnenlandse inlichtingendienst. Volgens Khangoshvili's broer, Zurab, nam Zelimkhan deel aan de
In juni 2004 werd een aanval gepleegd op de veiligheids-, militaire en politiemacht in de Russische republieken Ingoesje en Dagestan, waarbij 88 politieagenten en burgers werden gedood; Zelimkhan werd tijdens de operatie naar verluidt in het been gewond. De Russische president Vladimir Poetin beweerde dat hij een van de daders was van een bomaanslag in de metro van Moskou. Zelimkhan zelf ontkende echter dat hij ooit verantwoordelijk was voor oorlogsmisdaden en vertelde de Georgische media: "De Russen geven mij de schuld van veel dingen, waaronder terroristische aanslagen. Dat is een leugen. Niemand kan bewijs leveren dat een enkele burger gewond of gedood is bij een van mijn acties!".