Haar volgende belangrijke dienst kwam de volgende zomer toen een taskforce werd gestuurd tegen Fort Clark en Fort Hatteras op de buitenste oevers van North Carolina om de blokkade in het gebied te controleren. De schepen vertrokken van Hampton Roads op 26 augustus 1861 voor de Slag bij Hatteras Inlet Batteries
, de eerste belangrijke gecombineerde amfibische operatie van de oorlog. De volgende ochtend sloeg de "Harriet Lane" en sloeg dicht bij de kust om directe steun te bieden aan de landingen, terwijl zwaardere schepen de forten vanuit dieper water sloegen. Het laatste verzet werd de volgende middag uitgewist, wat een broodnodige boost gaf aan het moreel in het Noorden, dat een maand eerder was ontmoedigd door de nederlaag in de Eerste Slag bij Bull Run. Van groter belang was het feit dat deze gecombineerde operatie de binnenwateren opende voor de schepen van de Unie en de North Atlantic Blockading Squadron een basis gaf diep in zuidelijke wateren.