Een reden waarom het regentschap nooit naar behoren werd beëindigd, was de Dertigjarige Oorlog, die Hanau rond 1630 naderde. Toen de keizerlijke troepen Hanau bereikten, koos Philipp Moritz hun kant, om het militaire commando van zijn hoofdstad te behouden. Hij werd benoemd tot kolonel en moest drie compagnieën leveren. In november 1631 bezetten Zweedse troepen Hanau en kwam koning Gustavus Adolphus van Zweden de stad binnen. Philipp Moritz besloot van kant te veranderen. Hij was een calvinist en voor hem was de keuze tussen de katholieke keizer en de lutherse Zweedse koning misschien als een keuze tussen Scylla en Charybdis. Gustavus Adolphus benoemde hem tot kolonel en gaf hem een Zweeds regiment. Als beloning voor zijn wisselende zijde gaf hij hem het district Orb en de aandelen die het kiesdistrict Mainz in het voormalige graafschap Rieneck had gehouden en de districten Partenstein, Lohrhaupten, Bieber en Alzenau. Hij gaf de broers van Philipp Moritz, Heinrich Ludwig (1609-1632) en Jakob Johann (1612-1636) de stad en het district Steinheim, dat ook een voormalig bezit van Mainz was. Deze bezittingen gingen verloren toen de katholieke kant de overhand kreeg na de Slag bij Nördlingen
in september 1634. Als hij weer van kant zou wisselen, zou Philipp Moritz onbetrouwbaar lijken, dus besloot hij te vluchten. Hij vluchtte naar Metz en van daar via Chalon, Rouen en Amsterdam naar zijn Oranje-Nassau-verwanten in Den Haag en Delft. Hij liet zijn jongste broer, Jakob Johann, als regent in Hanau achter, omdat Jakob Johann als politiek neutraal werd beschouwd.