De vloot van Villeneuve onderging reparaties in Cádiz, gedekt door een haastig opgezette blokkade van Britse oorlogsschepen, aanvankelijk onder bevel van Rear-Admiraal Cuthbert Collingwood, en vanaf 27 september door Vice-Admiraal Nelson, die uit Engeland was aangekomen om het bevel over te nemen. Hij bracht de volgende weken door met het voorbereiden en verfijnen van zijn tactiek voor de verwachte strijd en dineren met zijn kapiteins om ervoor te zorgen dat ze zijn bedoelingen begrepen. Nelson had een aanvalsplan bedacht dat voorspelde dat de geallieerde vloot zich in een traditionele slaglijn zou vormen. Hij baseerde zich op zijn eigen ervaring van de Nijl en Kopenhagen, en op de voorbeelden van Duncan bij Camperdown en Rodney bij de Saintes
Nelson besloot zijn vloot te verdelen in squadrons in plaats van het te vormen in een lijn parallel aan de vijand. Deze squadrons zouden vervolgens de vijandelijke lijn op een aantal plaatsen doorbreken, waardoor een slag met de vijand zich kon ontwikkelen waarin de Britse schepen delen van de formatie van hun tegenstanders konden overweldigen en vernietigen, voordat de niet-betrokken vijandelijke schepen hen konden helpen.