In het midden van de uiterste uitwisselingsdatum van 2002 werd hij verhandeld naar de Florida Marlins. Zijn statistieken voor het seizoen drastisch verbeterd na de handel. Het volgende seizoen speelde hij opnieuw een sleutelrol in het helpen van de onervaren Marlins om de World Series van 2003 te winnen. In wedstrijd 6 van de NLCS, waren de Marlins vijf outs verwijderd van de uitslag toen Cubs fan,
Steve Bartman verhinderde dat een foutbal werd gepakt door zijn armen over Moisés Alou uit te strekken terwijl Alou probeerde de pop-up in het veld te zetten. Mordecai's daaropvolgende drie-run dubbele blies het spel open, en benadrukte de historische ineenstorting van de Cubs in wat soms gewoon "The Inning" wordt genoemd. Mordecai zou zijn tweede World Series winnen, toen de Marlins de Yankees in de World Series versloegen.