In 1878 was hij architect van de Indiase sectie en commercieel agent van de Indiase regering op de Parijse tentoonstelling. In 1880 organiseerde Clarke de Indiase collecties in South Kensington, wat leidde tot het aannemen van de functie van speciale commissaris in India en vervolgens in 1883 bewaker van het India Museum in South Kensington werd. Zijn bezittingen omvatten de Hamzanama-folios, vroege Mughal-illustraties van de epische avonturen van Hamza door Noord-Indiase en Iraanse kunstenaars. Hij kocht ook eigentijdse ambachten, architectonische houtwerk en tekeningen. In 1892 werd Clarke benoemd tot bewaarder van de kunstcollecties, in 1893 bevorderd tot assistent-directeur voordat hij uiteindelijk directeur werd in 1896. Tijdens zijn tijd als directeur bekleedde hij ook de functies van Koninklijk Commissaris op de Parijse tentoonstelling van 1900 en in St Louis.
In 1904. In 1905 nam hij ontslag bij het South Kensington Museum (in 1899 omgedoopt tot het Victoria and Albert Museum).