In 1250 leidde een crisis binnen de Ayyubidische staat tot de opkomst van de Mamluks aan de macht en een overgang naar het Mamluk Sultanate, dat is verdeeld tussen de Bahri en Burji perioden. De Ayyubiden probeerden de macht in Syrië te behouden, maar de Mongoolse invasie van 1260
Maak er een eind aan. Een Mamluk leger versloeg de Mongoolse inval en in de nasleep Baybars, de ware stichter van de Mamluk staat, kwam naar voren als heerser van Egypte, de Levant, en de Hijaz. De Mamelukken regeerden over Palestina, inclusief Jeruzalem, van 1260 tot 1516. In de decennia na 1260 werkten ze ook aan het elimineren van de resterende kruisvaarderstaten in de regio. De laatste van hen werd verslagen met de inname van Acre in 1291.