Nakajima, die op zijn beurt erg in de schaduw werd gezet door zijn teamgenoot, bleek stabiel te zijn als de niet spectaculaire coureur. Hij gaf openlijk toe dat hij de voorkeur gaf aan de snellere circuits zoals Silverstone, Hockenheim, Österreichring en Monza, evenals zijn thuisbaan van Suzuka, maar zich niet op zijn gemak voelde op de strakkere circuits. Hij kwalificeerde zich als 17e in Monaco en eindigde als 10e, 24e in Detroit voordat hij op ronde 1 uitkwam, en 17e in Hongarije voordat hij in de eerste ronde een gebroken aandrijfas onderging. Nakajima's beste finish in zijn eerste seizoen was een vierde plaats in Silverstone voor de Britse Grand Prix. Hij eindigde het seizoen op de twaalfde plaats met 7 punten. Nakajima's beste kwalificatieprestatie kwam in Ronde 15 in Japan voor wat de eerste Japanse Grand Prix was sinds 1977
Ik weet het. Op het Suzuka-circuit, eigendom van Honda, kwalificeerde Nakajima zich op de 11e plaats, slechts vier plaatsen, en 0,962 seconden achter Senna. Het was het dichtstbijzijnde dat hij zich het hele seizoen zou kwalificeren voor zijn teamgenoot (aangezien het zijn thuisbaan was, had Nakajima eigenlijk meer ronden in Suzuka afgerond dan de hele F1-grid gecombineerd). Tijdens het seizoen konden de televisiekijkers van dichtbij zien hoe de Japanse groentje reed, omdat zijn auto meestal een camera aan boord had.