Jackson begon zijn carrière in het leger van de Verenigde Staten als tweede luitenant in Company K van het 1st U.S. Artillery Regiment, door Pennsylvania, langs de Ohio en Mississippi Rivers naar New Orleans, en van daaruit de troepen aan boord voor Point Isabel, Texas en werden gestuurd om te vechten in de Mexicaans-Amerikaanse Oorlog van 1846 tot 1848. Jackson's commando kreeg de opdracht zich te melden bij generaal Taylor en onmiddellijk via Matamoros en Camargo naar Monterey en vervolgens naar Saltillo te gaan. Voorafgaand aan de Slag bij Buena Vista kreeg luitenant Jackson's commando de opdracht zich terug te trekken uit het leger van generaal Taylor en naar de monding van de Rio Grande te marcheren, waar ze naar Veracruz zouden worden overgebracht. Hij diende bij het beleg van Veracruz.
en de veldslagen van Contreras, Chapultepec, en Mexico City, uiteindelijk verdiend twee brevet promoties, en de reguliere leger rang van eerste luitenant. Het was in Mexico dat Thomas Jackson voor het eerst Robert E. Lee ontmoette.