De verdere geschiedenis van Kapellen wordt gekenmerkt door perioden van groei en armoede. Tijdens de val van Antwerpen
Kapellen leed erg. Alle belangrijke gebouwen en 90% van alle huizen werden vernietigd. Tijdens de twaalfjarige wapenstilstand was er een korte opleving van de gemeente tot 1623, toen de pest woedde. De echte opleving moest wachten tot 1674, toen de kerk werd herbouwd.