Voltooi de volgende zin: De volgende zomer werd kapitein Cristiano Doni echter genoemd als een van de verdachten voor betrokkenheid bij een matchfixing-schandaal (ook bekend als "Calcioscommesse"). Atalanta kreeg een zespuntsstraf in de
Doni kreeg op 19 augustus een drieënhalfjarig verbod op alle voetbalgerelateerde activiteiten, waardoor zijn carrière op 38-jarige leeftijd effectief eindigde. Verdediger Thomas Manfredini werd ook beschuldigd van betrokkenheid bij het schandaal en kreeg aanvankelijk een driejarig verbod, hoewel hij later werd vrijgesproken. Ook die zomer tekende Atalanta de Argentijnse aanvaller Germán Denis, die een van de meest productieve doelpunten van de club zou worden met 56 doelpunten in vier en een half seizoenen. Aan het begin van het seizoen behaalde Atalanta 10 punten in zijn eerste vier wedstrijden, terwijl het bedrijf werkte om zichzelf en zijn spelers te verdedigen tegen deze beschuldigingen. Atalanta behaalde 52 punten voor de zespuntsstraf en zette een nieuw clubrecord op voor de meeste punten in Serie A. Dit volgde op consistente prestaties gedurende het hele seizoen (26 punten in elke helft) en de vierde beste verdediging in de competitie met 43 toegelaten doelpunten, gelijk aan Bologna en Fiorentina. De club verzekerde Serie A-veiligheid op de voorlaatste wedstrijddag met een 2 tegen 0 thuisoverwinning tegen Fiorentina, hoewel ze de laatste drie wedstrijden tegen Milaan, Lazio en Juventus verloren.