In 1943 diende Serong als General Staff Officer 2 met de gecombineerde 6e en 7e divisies op het Atherton Tableland in Far North Queensland, waar ze rustten en opnieuw trainden voordat ze verdere operaties voerden. In het begin van 1944 gaf hij les op de stafcursus in Cabarlah. In augustus verhuisde hij naar Aitape om zich voor te bereiden op de inzet van de 6e divisie. Hij was later verbonden aan de Amerikaanse troepen voor de landing op Morotai Island.
Midden september 1944 in Nederlands-Indië. In de laatste weken van de oorlog werd Serong in berichten genoemd voor zijn acties tegen de Japanners bij Wewak, terwijl hij diende bij de infanterie in het 35e bataljon. Tijdens een incident op 21 juli 1945 leidde hij een groep van drie pelotons en lokale politie op patrouille om een Japanse munitieopslagplaats te vernietigen. Hoewel hij meer tijd in trainingsrollen dan in gevechten doorbracht, had Serong tijdens de oorlog belangrijke contacten gelegd met wie hij later in toekomstige posten zou werken, waaronder kolonel Reg Pollard, die later Chief of the General Staff (CGS) werd, en kolonel Charles Spry, later directeur van de militaire inlichtingendienst en directeur-generaal van de Australische veiligheidsintelligentieorganisatie (ASIO).