Naquin overleefde ook de aanval op Pearl Harbor aan boord van het slagschip, dat zonk in ondiep water nadat het werd geraakt door een bom en twee torpedo's in de Japanse aanval op 7 december 1941. Tijdens de Tweede Wereldoorlog diende hij als navigator van de zware kruiser in de slag om de Koraalzee en Midway.
Ik weet het. Tijdens de Slag bij Tassafaronga op 30 november 1942 werd de kruiser geraakt door een Japans torpedo, dat de voorste magazijnen en benzinetanks van het schip liet ontploffen en de daaropvolgende explosie sneed 150 voet van haar boeg voorop van torentje # 2. De afgehakte boeg, inclusief torentje #1, zwaaide rond aan de bakboordzijde en vermorzelde verschillende gaten in de romp van de "New Orleans" voordat deze aan de achterzijde zonk en de boordpropeller aan boord beschadigde. Naquin leidde het schip naar de haven van Tulagi, die op 1 december 1942 bij dageraad werd bereikt voor reparaties en kreeg een Bronsen Ster voor zijn rol in het redden van het schip.