Aan boord van de Missouri leidde Halsey de Derde Vloot op 29 augustus 1945 naar de baai van Tokio. Op 2 september 1945, de documenten van de overgave van het Japanse Rijk
Het einde van de oorlog werd getekend op het dek van de Missouri. De Derde Vloot bleef in Japanse wateren tot eind september 1945, toen de schepen naar de westkust van de Verenigde Staten werden gestuurd. Op 7 oktober 1945 werd de Derde Vloot uitgeroepen tot reservevloot en uit dienst genomen.