Júnior Baiano speelde 25 keer voor het Braziliaanse nationale team in 1997 en 1998 en was lid van het Braziliaanse elftal dat deelnam aan het WK 1998, de CONCACAF Gold Cup 1998
, en die in 1997 de FIFA Confederations Cup won. Tijdens het WK 1998 speelde Baiano een sleutelrol in de Braziliaanse ploeg die de finale van het WK 1998 in Parijs bereikte, hoewel hij in de wedstrijd tegen Noorwegen, die Brazilië verloor met 2-1, een "krachtproef" verloor met Tore André Flo onmiddellijk voordat de spits de bal buiten het bereik van Claudio Taffarel sloeg om te gelijkmaken, en ook een paar minuten later dezelfde speler fouteerde, wat resulteerde in de toekenning van een strafschop, waaruit de Noormannen het beslissende doelpunt scoorden.