Czisny eindigde als derde op de 2008 Skate Canada International in de 2008-09 Grand Prix-serie achter Joannie Rochette en Fumie Suguri. Bij de 2009 U.S. Championships
Ze won het korte programma met meer dan vijf punten. Ze eindigde derde in het lange programma, maar won de gouden medaille vanwege haar voorsprong op de korte. Czisny won haar eerste nationale titel, voor Rachael Flatt en Caroline Zhang. Ze verdiende haar tweede reis naar de Vier Continenten en het Wereldkampioenschap, waarin ze respectievelijk negende en elfde eindigde.