Schrijf een voortzetting voor deze paragraaf - Vanaf 1903 was Mischchenko commandant van de Trans-Baikal Cossack Brigade. Tijdens de Russisch-Japanse Oorlog van 1904-1905 leidde hij een aparte Oost-Baikalse Kozakkenbrigade, die actief was in veel van de veldslagen van die oorlog. Aanvankelijk waren zijn troepen in Korea, met instructies om de landing van het Japanse Eerste Leger en zijn mars naar Mantsjoerije te belemmeren. Na verschillende kleine schermutselingen trok Mischchenko zich echter terug over de rivier de Yalu. Hij speelde een kleine rol in de slag om de rivier de Yalu.
, en maakte ook deel uit van de Russische verdediging in de Slag bij Hsimucheng en de Slag bij Te-li-Ssu. In de Slag bij Liaoyang en in de Slag bij Shaho, leidde hij de Russische cavalerieformaties die de achterhoede van de Russische terugtocht dekten. Hij werd gepromoveerd tot luitenant-generaal in oktober 1904 en benoemd tot commandant van het nieuwe Cavalier Corps in december 1904 en leidde een grote aanval naar het zuiden op 6 januari 1905 met 6000 ruiters op een missie om de Japanse voorraden opgeslagen bij Niuchang te vernietigen. De missie was een ramp, en de troepen keerden twaalf dagen later terug met massale slachtoffers. Hij werd gewond in het been tijdens de Slag bij Sandepu en hoewel hij in maart 1905 weer werd hersteld als commandant van het Cavalier Corps, was hij niet in de Slag bij Mukden.