Aan het begin van de Napoleontische Oorlogen was Marcognet generaal en bevelhebber van een brigade in het korps van Maarschalk Michel Ney. Hij leidde zijn troepen bij Günzburg, Elchingen en Scharnitz in 1805. In de campagne van 1806-1807 leidde hij zijn brigade bij Jena, Magdeburg, Eylau, Guttstadt-Deppen en Friedland. Nadat Ney's korps naar Spanje was overgeplaatst, vocht hij bij Tamames
, Alba de Tormes, Ciudad Rodrigo, Almeida, Bussaco, Torres Vedras, Casal Novo en Fuentes de Onoro.