Op 15 februari 2006 benoemde paus Benedictus XVI hem tot Apostolisch Nuntius in Egypte en afgevaardigde bij de Liga van Arabische Staten, zijn eerste diplomatieke post. Hij was een van de weinige nuntius die niet aan de Pauselijke Kerkelijke Academie was gestudeerd. Volgens de BBC heeft "de beslissing van de in Duitsland geboren paus een opschudding veroorzaakt. Vaticaanse waarnemers proberen uit te zoeken of de verhuizing een degradatie is, of een erkenning van de bijzondere talenten van de aartsbisschop". Fitzgerald zei: "Mijn achtergrond in Arabische en islamitische studies wordt waarschijnlijk nuttig geacht op dit moment voor de ontwikkeling van de betrekkingen met Egypte en de rest van de islamitische wereld". Een correspondent van het Vaticaan noemde de herplaatsing van Fitzgerald "tot nu toe de slechtste beslissing van de paus" en zijn afwezigheid werd door de pers opgemerkt toen paus Benedictus de moslims beledigde met zijn lezing in Regensburg
in september 2006. De overdracht van Fitzgerald bleek deel uit te maken van de herstructurering van de curiële afdelingen door Benedictus om interreligieuze discussies met niet-christenen te heroriënteren door de rol van voorzitter van de PCID te verenigen met die van de Pauselijke Raad voor Cultuur, een herstructurering die Benedictus in maart 2006 initieerde en in juni 2007 omgekeerd.