Aan het begin van de Burgeroorlog werd hij aangesteld als kapitein in de 10e Indiana Infanterie en werd bevorderd tot kolonel in minder dan een maand. Hij leidde een brigade in het Army of the Ohio in de Slag bij Mill Springs in 1862 en werd gepromoveerd tot brigadegeneraal op 24 maart 1862, op basis van zijn acties daar. Generaal Manson werd gewond in de dij en gevangen genomen door de Zuidelijke troepen in de Slag bij Richmond, Kentucky. Hij werd twee maanden later uitgewisseld en vocht tegen Morgan tijdens zijn inval in Ohio. Binnen twee maanden kwam Manson van brigade naar divisie en vervolgens naar het bevel van het XXIII Korps. Hij leidde het korps tijdens de Knoxville-campagne en zag actie bij Campbell's Station en Knoxville. Generaal Manson keerde terug naar brigadekommando, in het leger van de Ohio, tijdens de Atlanta Campagne en werd zwaar gewond in de
Slag bij Resaca, Georgia.