In augustus 2006 keerde hij terug naar zijn voormalige club, de Scarlets, nadat hij was benoemd tot directeur van Rugby. In zijn eerste seizoen in de regio leidde hij de ploeg naar een vierde plaats in de 2006-07 Celtic League, terwijl hij de ploeg ook leidde naar de halve finales van de 2006-07 Heineken Cup, waarbij hij verloor van Leicester Tigers 33-17. In 2007/08 hadden de Scarlets moeite onder Davies, ze verloren alle zes wedstrijden in de 2007/08 Heineken Cup en daalden naar de zesde plaats in de 2007/08 Celtic League.
Ik weet het. In april 2008 werd aangekondigd dat de Scarlets Davies hadden ontslagen, en dat de 10 mei botsing met Edinburgh zijn laatste zou zijn. Na het verlaten van Llanelli, diende hij als consultant hoofdcoach bij Cardiff RFC van november 2008 tot mei 2009. Daar werd hij National Academy Manager voor de Welsh Rugby Union, waar hij verantwoordelijk was voor het ontwikkelen van een internationale route bij de WRU. Deze rol verdubbelde met zijn taken als hoofdcoach van Wales U20 die hij in september 2008 werd benoemd.