In het begin van 1940 bleef de school grotendeels onaangetast door het uitbreken van de oorlog in Europa, en hoewel veel jonge Jerseymen het eiland hadden verlaten om zich bij de oorlogsinspanningen aan te sluiten, hadden verschillende Engelse ouders hun zonen naar de school gestuurd, in de overtuiging dat de Kanaaleilanden de veiligste plaats op de Britse eilanden waren. De ontwikkelingen in de oorlog in mei van dat jaar en de uiteindelijke ineenstorting van het Franse verzet
Het was duidelijk dat het eiland in gevaar was. De Kanaaleilanden werden gedemilitariseerd in de overtuiging dat dit het leven van de eilandbewoners het best zou beschermen, wat betekende dat velen vreesden voor de dreigende bezetting van de eilanden door Duitse troepen. Terwijl veel andere scholen in Jersey evacuatiebeslissingen in handen van ouders lieten, besloot Victoria College om sommige jongens en hun meesters naar het Verenigd Koninkrijk te evacueren, waar ze voor de rest van de Tweede Wereldoorlog verbleven en Engelse openbare scholen bezochten, waaronder Shrewsbury School en Bedford School. Echter, ongeveer 130 jongens en verschillende meesters bleven in Jersey, en de school bleef opereren tijdens de bezetting.