In oktober 1985 werd hij verkozen tot lid van het YSP-Politbureau en tot secretaris van het Centraal Comité, maar de crisis was op 13 januari 1986 uitgebroken in een gewelddadige strijd in Aden tussen de aanhangers van Ali Nasir en de aanhangers van Ismail. (Zie Zuid-Jemen burgeroorlog
De gevechten duurden meer dan een maand en resulteerden in duizenden slachtoffers, de afzetting van Ali Nasir en de mysterieuze verdwijning van Ismail. Hij werd vermoedelijk gedood toen zeemachtjes die loyaal waren aan Ali Nasir zijn huis in Aden beschoot.