Aan het begin van de Tweede Wereldoorlog werd de Protée toegewezen aan de 3e onderzeeërdivisie, gevestigd in Toulon, naast haar zussen, en. Begin februari 1940 werd de 3e onderzeese divisie kort naar Casablanca overgeplaatst om de Canarische Eilanden te bewaken, waar een paar Duitse vrachtschepen aanwezig waren. De onderzeeërdivisie werd vervolgens op 12 april toegewezen aan het Middellandse Zeegebied, eerst bij Bizerte en vervolgens, zonder de "Fresnel", bij Beiroet, onder het gezag van de Britse opperbevelhebber in Alexandrië. "Protée" nam deel aan verschillende patrouilles in de Dodecanese tot de ondertekening van de wapenstilstand tussen Frankrijk en Duitsland
22 juni 1940. Op 25 juni, de datum waarop de wapenstilstand in werking trad, negeerde de kapitein van de "Protée" een bevel om terug te keren naar Beiroet en zeilde in plaats daarvan naar Alexandrië, en werd deel van Force X. De kapitein werd gestraft voor dit incident.