Voltooi de volgende zin: Na zijn terugkeer naar Australië, werd Wilton benoemd tot brigadier in beheer van de administratie bij het hoofdkwartier Eastern Command, zijn eerste administratieve functie. In november 1955 werd hij toegewezen aan de Generale Staf bij AHQ, waar hij verantwoordelijk was voor inlichtingen, operaties en plannen, en nam deel aan de Australische voorbereidingen voor SEATO-oefeningen. Hij werd gepromoveerd tot generaal-majoor op 24 maart 1957 en werd commandant van het Royal Military College, Duntroon. Hoewel Wilton niet sterk religieus was, beschouwde hij zichzelf als verantwoordelijk voor de geestelijke en morele ontwikkeling van jongere kadetten; hij maakte er een punt van om regelmatig de kerkparade bij te wonen en in 1959 lanceerde hij persoonlijk een beroep op openbare fondsen om de Anzac Memorial Chapel van het college te bouwen, die in 1966 zou worden geopend. Zijn belangrijkste doel was echter academisch: bezorgd dat afgestudeerden het risico lopen achter te blijven bij hun steeds vaker tertiair gekwalificeerde collega's in de industrie en de openbare dienst, werkte hij ijverig om van het college een instelling te maken die diploma's verleent; dit werd gerealiseerd in 1967. Van juni 1960 tot 1962 was Wilton hoofd van het kantoor voor militaire planning op het SEATO-hoofdkwartier in Bangkok. Hij geloofde dat Thailand strategisch van vitaal belang was en verklaarde: "als je Zuidoost-Azië wilt behouden, moet je Thailand behouden". Zijn positie gaf hem de mogelijkheid de
De situatie in Laos verslechterde en dreigde zich uit te spreiden naar Thailand. De westerse mogendheden richtten zich steeds meer op Zuid-Vietnam. Hij werd benoemd tot Companion of the Order of the Bath (CB) in de 1962 Queen's Birthday Honours, in het bijzonder voor zijn "opvallende toewijding aan de plicht en zijn eenheid van doel" als Commandant van Duntroon. Op 21 januari 1963 werd Wilton gepromoveerd tot luitenant-generaal en werd hij Chief of the General Staff (CGS), de opvolger van luitenant-generaal Sir Reginald Pollard. Hij werd benoemd tot Ridder-Commandant van de Orde van het Britse Rijk (KBE) in de 1964 New Year Honours.