Kościan werd gevangen genomen door de Zweden tijdens de Zweedse invasie van Polen (de "Zweedse zondvloed")
in 1655, maar werd al snel heroverd door een partizanen-eenheid onder leiding van Krzysztof Żegocki. De stad leed onder verdere Zweedse en Russische invasies in de 18e eeuw, en werd geannexeerd door Pruisen in de Tweede Partitie van Polen in 1793. De Poolse opstand van 1794 begon in Kościan. In 1807 werd de stad onderdeel van het kortstondige Poolse hertogdom Warschau, voordat het in 1815 weer door Pruisen werd geannexeerd, en het werd aan Polen teruggegeven nadat het land in 1918 zijn onafhankelijkheid had herwonnen.