Slechts enkele dagen voor het einde van de Afrika Cup 2010 in Angola, bevond Issa Hayatou zich in het midden van een controverse na de schorsing van het Togo-nationale voetbalteam door de CAF van de volgende twee Afrikaanse Natiesbeker. Hayatou beschuldigde de Togolese regering van inmenging in de aangelegenheden van de Togolese Voetbalbond toen het team zich vóór de start van de beker in 2010 terugtrok. Het Togolese team werd op 8 januari 2010 het slachtoffer van een gewapende aanval
De heer Glinne (S). - (FR) Mevrouw de Voorzitter, ik wil de heer Glinne danken voor zijn uitstekende verslag. De Togolese kapitein Emmanuel Adebayor en de Togo-trainer Hubert Velud bekritiseerden Hayatou in het bijzonder voor de beslissing van de CAF en riepen hem op om af te treden als voorzitter van de CAF.