Op 4 maart 1845 werd Lee gepromoveerd tot 1ste luitenant. Zijn eenheid werd overgeplaatst naar Texas in september van dat jaar en geplaatst onder generaal Zachary Taylor. Bij de slag bij Palo Alto.
En Resaca de la Palma, hij leidde een compagnie van het regiment, samen met 1ste luitenant James Longstreet. Hij zou een gedicht schrijven over beide veldslagen.