Bonaga maakte zijn debuut voor Panama in de halve finales van de UNCAF Nations Cup 2009 als laatste minuut vervanger tegen Honduras op 30 januari 2009 en heeft vanaf 1 mei 2015 in totaal 23 caps verdiend, waarbij hij 1 doelpunt scoorde. Hij vertegenwoordigde zijn land in 2 FIFA Wereldbeker kwalificatiewedstrijden en speelde in de 2011
en 2013 CONCACAF Gold Cups. Op 10 januari 2013 scoorde hij tegen Guatemala in een vriendschappelijke wedstrijd in de 67e minuut.