In juni 1992 ging Avila bij de Florida Marlins werken als assistent-directeur Latijns-Amerika. Na twee seizoenen bij de Marlins, werd hij gepromoveerd tot directeur van Latijns-Amerikaanse operaties. Onder leiding van Avila, tekenden de Marlins 1997 NLCS
en World Series MVP Liván Hernández, tijdens Florida's World Series run.