In het volgende seizoen slaagde de club er niet in zich te kwalificeren voor de Champions League na een nederlaag tegen Arsenal, maar bereikte de zestiende ronde van de UEFA Europa League 2011/12, waarbij ze werden uitgeschakeld door het Nederlandse AZ. Ze beëindigden de 2011<unk>12 Serie A
op de derde plaats, het beste resultaat in de geschiedenis van de club, gelijk aan Alberto Zaccheroni's seizoen 1996-1997, opnieuw een plaats in de kwalificatieronde voor de UEFA Champions League 2012-13. In zijn derde seizoen bij Udinese, slaagde Guidolin er opnieuw niet in om de Champions League te bereiken, verloor hij op strafschoppen tegen Braga, maar deze keer eindigde hij ook als laatste van hun groep in de UEFA Europa League 2012-13. In de Serie A eindigde de club op de vijfde plaats en bereikte voor de derde keer de kwalificatieronde van de Europa League.