Unser bleef verbeteren op het CART circuit, vierde eindigend in de puntenlijst in 1986, derde in 1987, tweede in 1988 en uiteindelijk het winnen van de serie voor de eerste keer in 1990. In 1989 stond Unser op het punt om zijn eerste Indianapolis 500 te winnen, maar toen hij met Emerson Fittipaldi vocht om de leiding, raakten de twee wielen elkaar aan en Unser draaide uit, raakte de muur en beëindigde zijn kansen. Deze race wordt herinnerd voor een opmerkelijke show van sportiviteit, toen Little Al uit zijn vernielde racewagen klom en Fittipaldi de "duim omhoog" gaf toen hij onder voorzichtigheid langs Unser reed. Unser zou zijn dag hebben in Indy in 1992
Hij versloeg Scott Goodyear met 0,043 van een seconde, de dichtstbijzijnde finish in de geschiedenis van de Indianapolis 500.