De MP4/6 reed met een handgeschakelde H-versnellingsbak. Een semi-automatische transmissie werd getest tijdens het seizoen (en getoond op de Hongaarse Grand Prix
; de auto die ermee uitgerust was, reed 4 ronden op het circuit in de praktijk voordat Senna afdraaide; de auto werd vervolgens opnieuw omgebouwd naar een handmatige versnelling) maar werd nooit goed genoeg geacht om in een race te worden gebruikt; Ferrari en Williams waren de enige teams die halfautomatische versnellingsbakken gebruikten in 1991. De MP4/6 zou de laatste Formule 1-auto worden die een wereldkampioenschap won met een handgeschakelde versnellingsbak of een V12-motor.