De DNA-strengen zelf worden vervolgens gesynthetiseerd met behulp van standaard oligonucleotidesynthese methoden, meestal geautomatiseerd in een oligonucleotidesynthesizer, en strengen van aangepaste sequenties zijn commercieel verkrijgbaar. Strengen kunnen worden gezuiverd door indien nodig gel-elektroforese te denaturen, en nauwkeurige concentraties worden bepaald via een van de verschillende nucleïnezuur kwantummetoden met behulp van ultraviolette absorptiespectroscopie. De volledig gevormde doelstructuren kunnen worden geverifieerd met behulp van native gel-elektroforese, die informatie geeft over de grootte en vorm van de nucleïnezuurcomplexen.
of een structuur alle gewenste strengen bevat