Met het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog in Europa, verhoogde de SSRNVR de werving van voornamelijk inheemse personeel in de kracht, om de lokale defensie te versterken, omdat Royal Navy-bronnen in Europa nodig waren. Leden van de SSRNVR werden opgeroepen voor actieve dienst, en de kracht werd versterkt door leden van de Royal Navy Malay Section. Dit vormde de basis van de marine in Malaya, de zogenaamde Maleisische Marine, bemand door inheemse Maleisisch personeel. (Op dezelfde manier werden de Maleis gerekruteerd in het jonge Maleisische Regiment dat in 1936 werd opgericht). De Maleisische marine had een sterkte van 400 mannen die hun training ontvingen op HMS Pelandok, de Royal Navy training in Malaya. De werving werd verhoogd en in 1941 bij het uitbreken van de oorlog in Azië had de Maleisische marine een sterkte van 1450 man. Tijdens de Tweede Wereldoorlog diende de Maleisische marine bij de geallieerde strijdkrachten in het Indiase en Stille Oceaan theater van operaties. Toen de oorlog eindigde met de Japanse overgave
In 1945 meldden zich slechts 600 man van de Maleisische marine. Door de economische beperkingen na de oorlog werd de Maleisische marine in 1947 ontbonden.