Morehead deelde alle gevaren van de mannen in zijn 106e Pennsylvania Infanterie die door de hele oorlog heen bleef dienen. Eerst bij Ball's Bluff, dan in de Peninsula Campaign waar gevochten werd bij Fair Oaks, Savage Station
, Slag bij Glendale of Charles City Cross Roads en Malvern Hill. Daarna vocht hij bij Antietam en Fredericksburg. Hoewel hij nooit gewond raakte, raakte Morehead gewond toen zijn paard onder hem werd neergeschoten bij Antietam: