Schrijf een vervolg op deze paragraaf - In 1649 werd een derde van het dorp verwoest door een brand. Na de Tweede Oorlog van Villmerger
In 1712 werd het land van de Freie Ämter in twee delen verdeeld. Een deel van de nieuwe grenslijn, die zich ten westen uitstrekt van de kerk in Oberlunkhofen tot het "Hochgericht" in Fahrwangen, ging rechtstreeks door Boswil, waarbij het noordelijke deel onder controle stond van de protestantse kantons Zürich, Bern en Glarus, en het zuidelijke deel onder controle stond van de katholieke kantons. Vanwege de unieke positie van Boswil in het domein van twee afzonderlijke rechtsgebieden werd de ontwikkeling ervan beperkt. Zelfs met de vorming van de Helvetische Republiek in 1798 bleef Boswil verdeeld tussen het kanton Baden en het nieuw gevormde kanton Aargau, totdat de twee kantons in 1803 werden samengevoegd als het kanton Aargau. Sindsdien maakt Boswil deel uit van het district Muri.