In 1943 vormde de Japanse bezettingsregering de Defenders of the Fatherland Army, een hulpmacht bestaande uit Indonesiërs die ontworpen waren om de Japanners te helpen als de geallieerden Indonesië zouden binnenvallen. Zoals veel van zijn militaire tijdgenoten, ging Panggabean mee. In het geval van Panggabean echter, leek hij er alleen in geslaagd om militaire scholing en basistraining te volgen voordat de Japanners zich overgaven.
en nationalistische leiders Soekarno en Mohammad Hatta riepen de onafhankelijkheid van Indonesië uit.