Voltooi de volgende zin: Cooper werd op 26 maart 1863 opnieuw benoemd tot luitenant-kolonel van de 4e Kentucky Cavalerie en werd in april kolonel; na het ontslag van kolonel Bayles. Op 4 juni 1863 raakte Cooper gewond toen een paard op hem viel in Franklin, Tennessee. Hij leidde het regiment in de Slag bij Chickamauga in september 1864. Cooper keerde terug naar Lexington, Kentucky in 1864 voor een ziekteverlof. Toen leidde Cooper de lokale troepen tegen de overvallers van John Hunt Morgan. Hij weigerde Morgan's eisen voor de overgave van Lexington op 9 juni 1864 en sloeg zijn troepen terug. In april 1865 had hij het bevel over de post van Montgomery, Alabama en in mei en juli 1865 over de post van Albany, Georgia. Hij werd op 21 augustus 1865 eervol opgeroepen in Macon, Georgia. Hij ontving strijdprijzen voor zijn dienst bij Shiloh, Corinth, Richmond, Chickamauga, Morgan's Raid in Kentucky, de Slag bij Resaca en voor Wilson's Raid op Montgomery. Hij werd benoemd tot luitenant-kolonel en kolonel in het reguliere leger op 2 maart 1867, voor dappere en verdienstelijke diensten bij de
De slag bij Resaca in Georgia en de inname van Montgomery, Alabama.