Lee werd vrijgelaten uit zijn post in Turkije in maart 1941 en kort na zijn aankomst in Egypte werd hij benoemd tot Senior Officer Administration bij Air Vice Marshal John D'Albiac, commandant van de Britse luchtmacht in Griekenland, ter ondersteuning van de Grieken na de Italiaanse invasie
Ik weet het. Ondanks de vroege successen bracht de interventie van de Duitsers de geallieerde troepen al snel in de verdediging, en de Britten werden uiteindelijk verdreven, eerst naar Kreta, dan naar Egypte. Voor de rest van 1941 diende Lee als stafofficier (operaties) in het hoofdkwartier van RAF Middle East Command, vervolgens als adjunct senior luchtstafofficier in de Desert Air Force.