Hij werd hersteld met de rang van kolonel en diende als hoofdstaf van brigadier T. I. Weeratunga toen hij in juni 1981 terugkeerde naar Jaffna als commandant van de veiligheidstroepen - Jaffna om de Tamil militante groepen die daar opereren te onderwerpen. In 1983 nam Balthazar de leiding over als Commandant van de Veiligheidsdiensten - Jaffna met de rang van Brigadier. Als commandant van de veiligheidstroepen in Jaffna had hij de Task Force 4 Noord van het leger en alle eenheden van de strijdkrachten in de provincie onder zijn bevel. Hij leidde militaire operaties om de Tamil militante groeperingen te onderwerpen die zich in 1983 in Jaffna vorm gaven. Hij slaagde erin om de Tamil militante leider Charles Lucas Anthony alias Seelan op 15 juli 1983 te vermoorden. Hij probeerde op 24 juli 1983 een inval te plegen in de schuilplaats van de Tamil militante leider Sellakili. Echter, Sellakili overvalde een van Balthazar's routinepatrouilles, Four Four Bravo, waarbij dertien soldaten omkwamen. Dit incident leidde tot de Black July rellen.
en wordt beschouwd als het begin van de Sri Lankaanse Burgeroorlog. Hij werd opgevolgd door brigadier Nalin Seneviratne. Hij diende als stafchef van het leger onder generaal Seneviratne tijdens de Vadamarachchi-operatie.