Om te compenseren voor het verlies van de voorouderlijke landgoederen van de Metternich in de vallei van de Moezel toen de Franse Republiek de westelijke oever van de Rijn annexeerde, bracht de keizerlijke rust van 1803 de familie Metternich nieuwe landgoederen in Ochsenhausen, de titel van prins en een zetel in de keizerlijke Diet. Metternich werd benoemd tot ambassadeur in het Koninkrijk Pruisen, waarover hij in februari 1803 werd ingelicht en in november van dat jaar zijn functie bekleedde. Hij arriveerde op een kritiek moment in de Europese diplomatie, al snel bezorgd over de territoriale ambities van Napoleon Bonaparte, de nieuwe leider van Frankrijk. Deze angst werd gedeeld door het Russische hof onder Alexander I, en de tsaar hield Metternich op de hoogte van het Russische beleid. In het najaar van 1804 besloot Wenen in augustus 1805 een actie te ondernemen toen het Oostenrijkse Rijk (zoals het Heilige Roomse Rijk in het proces stond te worden) zijn betrokkenheid bij de Oorlog van de Derde Coalitie begon. Metternich's bijna onmogelijke taak was nu om Pruisen te overtuigen om zich bij de coalitie tegen Bonaparte aan te sluiten. Hun uiteindelijke overeenkomst was echter niet te danken aan Metternich, en na de nederlaag van de coalitie in de Slag bij Austerlitz
, Pruisen negeerde de overeenkomst en tekende in plaats daarvan een verdrag met de Fransen.