Op 1 januari 1847 keerde ze terug naar Norfolk voor reparaties, waarna ze op 21 maart 1847 in Veracruz aankwam, met Perry aan boord om het bevel over de Amerikaanse vloot over te nemen. Zij en haar mannen begonnen onmiddellijk met de amfibie-operaties tegen Veracruz.
Ze leverden wapens en bemanningen aan de batterij die de stad binnen vier dagen overgaf. Gedurende de rest van de oorlog droeg de Mississippi wapens, mannen en boten bij aan een reeks aanvallen op de oostkust van Mexico, waarbij ze deelnam aan de inname van Tabasco in juni 1847.