Kort na de nazi-invasie van Polen, toen Frankrijk zich begon voor te bereiden op de oorlog, dreigde Clémenti publiekelijk tegen Édouard Daladier, de voorzitter van de Raad. Hij werd hiervoor berecht en moest meer dan 4.000 Franse frank schadevergoeding betalen. Tijdens de Phony War van september 1939 werd hij nog drie maanden gevangen gezet, maar uiteindelijk slaagde hij erin de regering ervan te overtuigen dat hij nog steeds loyaal was en vocht met onderscheid in de Slag om Frankrijk. Kort na de overgave van juni 1940
, werd Clémenti een van de eerste vrijwillige nazi-medewerkers in het bezette Frankrijk.