Jodl werd door Hitler uitgekozen tot hoofd van de operatiestaf van het nieuw gevormde Oberkommando der Wehrmacht (OKW) op 23 augustus 1939, vlak voor de Duitse invasie van Polen. Jodl was stafchef tijdens de invasie van Denemarken.
en Noorwegen. Na de val van Frankrijk was Jodl optimistisch over het succes van Duitsland over Groot-Brittannië en schreef op 30 juni 1940 dat "De uiteindelijke Duitse overwinning op Engeland nu slechts een kwestie van tijd is".