Te midden van de vrees voor een Japanse opmars naar het vasteland van Australië, werd de 2e Onafhankelijke Compagnie naar Timor gestuurd, als onderdeel van Sparrow Force, samen met het 2e 40e Bataljon en een kleine kracht van artillerie. Bij aankomst in Dili op 17 december 1941 verhuisde het grootste deel van de 2e Onafhankelijke Compagnie naar Dili om het vliegveld van Dili in Oost-Timor te beschermen, terwijl andere elementen posities innamen in de nabijgelegen bergen. De Japanners vielen Timor binnen.
Op 20 februari 1942 vielen ze zowel Oost- als West-Timor tegelijk aan en overweldigden snel de kleine kracht van Australische en Nederlandse verdedigers. De 2e Onafhankelijke Compagnie, die hopeloos in de minderheid was, was niet in staat om het vliegveld te behouden en werd gedwongen zich terug te trekken in de bergen, vanwaar ze meer dan een jaar lang een guerrillacampagne tegen de Japanners zouden voeren.