Schrijf een vervolg op deze paragraaf - Kovalyov is een uitgesproken criticus van de autoritaire neigingen in de regeringen van Boris Jeltsin en Vladimir Poetin. In 1996 nam hij ontslag als hoofd van de presidentiële mensenrechtencommissie van Jeltsin, nadat hij een open brief aan Jeltsin had gepubliceerd, waarin Kovalyov de president beschuldigde van het opgeven van democratische principes. In 2002 organiseerde hij een openbare commissie om de bomaanslagen in Moskou in 1999 te onderzoeken.
(de Kovalyov-commissie), die feitelijk verlamd werd nadat een van haar leden, Sergei Yushenkov, werd vermoord, een ander lid, Yuri Shchekochikhin, naar verluidt vergiftigd met thallium, en de juridische adviseur en onderzoeker, Mikhail Trepashkin, werden gearresteerd.