Om te voorkomen dat gewone moslims, Turken, Koerden of Arabieren, het leven van de Armeniërs konden redden, werd een decreet aangenomen dat de straf voor het beschermen van Armeniërs de dood door ophanging en de vernietiging van iemands huis was; ondanks dit decreet hebben een aantal gewone Turken, Koerden en Arabieren Armeniërs beschermd tegen de woede van de Speciale Organisatie. Andere gewone Turken, Koerden en Arabieren hielpen het leger, de gendarmes en de Speciale Organisatie bij de deportaties en moorden, gemotiveerd door de wens om Armeens eigendom te plunderen, Armeense vrouwen en meisjes als seksslaven te hebben of vanwege aanzetten door moslimgeestelijke geestelijken die zeiden dat de genocide een daad van "jihad" was. Terwijl de gendarmes de Armeniërs oppakten voor deportatie, was het gebruikelijk dat er slavenmarkten werden opgericht waar een moslimman voor de juiste prijs Armeense vrouwen en / of meisjes kon kopen om als zijn seksslaven te gebruiken. Naast de genocide tegen de Armeniërs voerde het CUP-regime de Assyrische genocide tegen de Assyrische minderheid en de Pontic Greek genocide
tegen de Pontic Grieken in Pontus. In Thracië en het westen van Anatolië werd door de Speciale Organisatie, bijgestaan door regerings- en legerfunctionarissen, alle Griekse mannen van militaire leeftijd gedeporteerd naar arbeidersbrigades die begonnen in de zomer van 1914 en duurde tot 1916.