Schrijf een voortzetting voor deze paragraaf - Lincoln ging in augustus 1778 terug naar Washington buiten New York en werd in september benoemd tot commandant van het zuidelijke departement. Washington stuurde Lincoln, Lafayette en Lee (Henry "Light Horse Harry") naar het zuidelijke departement om zich te verzetten tegen het Britse leger onder Clinton en Cornwallis. Lincoln nam deel aan de mislukte Franse belegering.
In oktober 1779 trok hij zich terug naar Charleston, South Carolina. Hij nam het bevel over het garnizoen van Charleston. In maart 1780 werd de stad omsingeld door een aanzienlijke Britse troepenmacht die vanuit New York was gestuurd. Na een relatief korte belegering werd Lincoln gedwongen om meer dan 5.000 man over te geven aan luitenant-generaal Sir Henry Clinton op 12 mei 1780, maar deed dit op een manier die de militie van South Carolina en enkele continentale troepen die de Britten naar Lincoln hadden geïrriteerd, in staat stelde te ontsnappen.