Tegen de tijd dat Margaret, haar zoon en schoondochter (Anne) klaar waren om Warwick terug te volgen naar Engeland, was het spel weer in het voordeel van de Yorkisten en werd de graaf verslagen en gedood door de terugkerende koning Edward IV in de Slag bij Barnet
op 14 april 1471. Margaret werd gedwongen haar eigen leger te leiden in de Slag bij Tewkesbury op 4 mei 1471, waarbij de Lancastriërs werden verslagen en haar zeventienjarige zoon Edward van Westminster werd gedood. De omstandigheden van Eduards dood zijn nooit duidelijk gemaakt; het is niet bekend of hij werd gedood in de eigenlijke gevechten of geëxecuteerd na de strijd door de hertog van Clarence. In de voorafgaande tien jaar had Margaret een reputatie verworven als agressief en meedogenloos, maar na haar nederlaag bij Tewkesbury en de dood van haar enige zoon was ze volledig gebroken in geest. Nadat ze aan het eind van de slag gevangen werd genomen door William Stanley, werd Margaret gevangengezet op bevel van koning Edward. Ze werd eerst naar Wallingford Castle gestuurd en vervolgens naar de veiliger Tower of London overgebracht. Hendrik VI werd ook gevangen gezet in de Tower in de nasleep van Tewkesbury en hij stierf daar in de nacht van 21 mei; de oorzaak van zijn dood is onbekend, hoewel er sprake was van vermoedelijke koningsmoord. In 1472 werd ze overgedragen aan haar voormalige hofdame Alice Chaucer, hertogin van Suffolk, waar ze bleef tot ze werd losgekocht door Lodewijk XI in 1475.