De Japanners traden in december 1941 de oorlog in en toen ze naar het zuiden oprukten richting Papoea, werd de 49e onder luchtaanval geplaatst. Tijdens de Kokoda Track campagne
Tijdens de slag bij Kokoda werd een poging gedaan om elementen van het bataljon naar Kokoda te vliegen om het 39e bataljon te ondersteunen, maar dit bleek mislukt. Later sloten troepen van het 49e bataljon zich aan bij de Honner Force, een ad hoc-eenheid die de taak had om langeafstandspatrouilles langs de Goldie-rivier uit te voeren om te voorkomen dat de Japanners het spoor zouden afsnijden, terwijl de rest van het bataljon staande patrouilles tussen de Goldie- en Laloki-rivieren oprichtte. Hoewel er geen contact werd gemaakt met de Japanners, hielp de gevechtsrol de vooruitzichten van de soldaten te verbeteren en verbeterde het moreel. Gedurende de voorafgaande maanden was de sterkte van het bataljon toegenomen en in september 1942 had het een sterkte van 37 officieren en 818 andere rangen, waaronder een opdracht van 12 officieren die in augustus waren gepost van ervaren eenheden van de Tweede Australische Keizerlijke Kracht. Het bataljon bleef uitbreiden in oktober en november, toen meer dan de helft van het personeel vrijwillig overstapte naar de AIF. De mogelijkheden om te trainen bleven echter beperkt, zelfs toen de voorbereidingen werden getroffen om de eenheid in de strijd te sturen. Rond deze tijd werd de machinegeweercompagnie van het bataljon losgemaakt en in combinatie met verschillende andere Militia machinegeweercompagnieën werd het gebruikt om het 7e machinegeweerbataljon te vormen.