Voltooi de volgende zin: Nadat hij op dit station had gediend, werd Clay op 29 april 1802 gepromoveerd tot post-kapitein. Hij diende van 20 juli 1805 tot en met mei 1808 als de Regulerende Officier in Belfast, en voegde zich vervolgens bij de 98-gun als haar bevelhebber. Gedurende deze tijd was de "St George" het vlaggenschip van contradmiraal Sir Eliab Harvey. Clay nam vervolgens op 6 februari 1809 het commando over de 98-kanonnen schip, met de opdracht om terug te keren naar de Baltische Zee als het vlaggenschip van contradmiraal Sir Manley Dixon.
Na de Tweede Slag bij Kopenhagen in 1807 was er oorlog uitgebroken met de Denen en was een Britse vloot onder leiding van Sir James Saumarez in de Oostzee gestationeerd. Temeraire arriveerde in mei 1809 en werd gestuurd om Karlskrona aan de Zweedse kust te blokkeren.