Het dorp Słomniki werd voor het eerst genoemd in 1287, als een jachtplaats in het midden van dichte bossen. In die tijd behoorde het toe aan cisterciënzer monniken en lag het langs een handelsroute van Bochnia en Wieliczka naar Groot-Polen. In de 13e eeuw leed Klein-Polen onder verschillende Mongolische invallen (zie Mongolische invasie van Polen), waarbij Słomniki ook werd vernietigd. In 1358 verleende koning Kazimierz Wielki Słomniki Magdeburg-rechten, en werd het middeleeuwse marktplein gevormd, dat nog steeds bestaat. De stad ontwikkelde zich, en verschillende Poolse heersers bezochten het in de 15e en 16e eeuw. In 1554 werd Słomniki een van de belangrijkste centra van de Protestantse Reformatie, toen hier een calvinistische tempel werd geopend. In 1564 vond in Słomniki de synode van de Poolse Gereformeerde Kerk plaats. Zoals de meeste steden in Klein-Polen, werd Słomniki volledig verwoest tijdens de Zweedse invasie van Polen
, en de periode van welvaart eindigde.