Bowen werd geboren in Jackson County, Georgia. Als 22-jarige had hij ervaring in het onderdrukken van een indianenopstand in Georgia en nam hij deel aan de tweede Seminole Oorlog.
Ik weet het. Vervolgens meldde hij zich vrijwillig bij Texas in hun onafhankelijkheidsstrijd tegen Mexico. Het was tijdens zijn verblijf in Texas dat Bowen Christus vond, na zijn terugkeer naar Georgia, begon hij te prediken en werd al snel een predikant. Bowens kerk was verbonden aan de American Baptist Mission, maar na een splitsing in 1845 verlegde zijn trouw naar de Southern Baptist Convention (SBC). In 1848, toen Bowen zijn visie van zendingswerkzaamheden in het binnenland van West-Afrika begon uit te werken, was de SBC al betrokken bij zendingswerk in China, India en in Liberia, maar de bestaande missie in Liberia was niet veelbelovend. De zendingsinspanningen van de Triennale Conventie aan de West-Afrikaanse kust stuurden vijftien blanke zendelingen, maar negen stierven en de rest keerde terug naar Boston. Bowen zocht naar een missie in het Afrikaanse binnenland van Centraal-Afrika of West-Soedan, wat het huidige Noordwest-Afrika vormt als een regio die meer ontvankelijk is voor buitenlandse zendelingen. Hij had een basis, maar beperkte kennis van West-Afrika, voornamelijk uit informatie die hij las over de activiteiten van Europese ontdekkingsreizigers, verkregen uit referentiewerken uit de Penny-cyclopedie en Chambers verzameling. Bowen werd ook bevriend met W.B. Hodgson, een mede-Georgiër die werken had geschreven over de Berbers en Fulani's van Noord- en West-Afrika. Igboho was het vertrekpunt van zijn zendingswerk in Afrika, omdat het dicht bij het Fulani-rijk lag. Het bekeren van de Fulani's was van cruciaal belang voor de verspreiding van het christendom in West-Afrika.