In 1796 diende hij onder Napoleon Bonaparte in de Italiaanse campagne, en werd gepromoveerd tot "général de division" voor goede dienst in het veld. Brune leidde het Franse leger dat Zwitserland in 1798 bezette en de Helvetische Republiek stichtte. In het volgende jaar was hij de bevelhebber van de Franse troepen in de verdediging van Amsterdam tegen de Anglo-Russische invasie van Holland onder de hertog van York, waarin hij volledig succesvol was. De Anglo-Russische troepen werden verslagen in de Slag bij Castricum en werden gedwongen, na een harde terugtrekking, opnieuw aan boord te gaan. Hij leverde verdere goede diensten in de Vendée en op het Italiaanse schiereiland van 1799 tot 1801 (winst in de Slag bij Pozzolo
) van de Commissie.