De Finse coureur Mika Häkkinen werd Schumacher's belangrijkste titelrivaal. Häkkinen won de eerste twee races van het seizoen en kreeg een voorsprong van 16 punten op Schumacher. Schumacher won vervolgens in Argentinië en, met de Ferrari die in de tweede helft van het seizoen aanzienlijk verbeterde, behaalde Schumacher zes overwinningen en had nog vijf andere podiumplaatsen. Ferrari behaalde een 1<unk>2 finish in de, de eerste Ferrari 1<unk>2 finish sinds 1990, en de, die Schumacher met Häkkinen verbond voor de leiding van het rijderskampioenschap met 80 punten. Häkkinen won het kampioenschap echter door de laatste twee races te winnen. Er waren twee controverses tijdens het seizoen; bij de, leidde Schumacher op de laatste ronde toen hij in de pitbaan ging, de start-finishlijn overstak en stopte om zijn tien seconden durende stop-go-straf te dienen (ontvangen voor het inhalen van een auto met een rondje (Alexander Wurz) tijdens een periode van de veiligheidswagen). Er bestond enige twijfel of dit als een strafschop werd gerekend, maar omdat hij de finishlijn had overschreden toen hij de pitlane binnenkwam, was de overwinning geldig. Bij de Belgische Grand Prix
, Schumacher leidde de race met 40 seconden in zware spray, maar botste met David Coulthard's McLaren toen de Schot, een ronde achter, vertraagde op de racelijn in zeer slecht zicht om Schumacher voorbij te laten gaan. Zijn Ferrari verloor een wiel, maar kon terugkeren naar de pits, hoewel hij gedwongen werd met pensioen te gaan. Schumacher sprong uit zijn auto en ging op een woedende manier naar de garage van McLaren en beschuldigde Coulthard ervan "hem te proberen te vermoorden". Coulthard gaf vijf jaar later toe dat het ongeluk zijn fout was.