Op 16 januari 1940 werd Vinnichevsky ter dood veroordeeld door de Sovjet rechtbank. De veroordeelde diende een gratie in, waarin hij beweerde dat hij klaar was om vergeving te winnen in de strijd, en uitte zijn wens om een tanker te worden, aangezien op het moment van de USSR in oorlog was met Finland
Zijn genade werd geweigerd en hij werd geëxecuteerd.