Voltooi de volgende zin: Op 13 juli 2011 werd aangekondigd dat Jonathan Santos zou verlaten om te trainen bij Serie A-reuzen Inter Milan, in afwachting van de afronding van de transfer. Twee dagen later, op 15 juli, werd hij officieel een Inter-speler en tekende een contract van vier jaar. Jonathan maakte zijn Inter-debuut op 11 september 2011 in de tweede week van
2011-12 Serie A, speelde de volledige 90 minuten in een 4-3 buitenspel verlies tegen Palermo. Drie dagen later maakte Jonathan zijn debuut in de Champions League, waarbij hij de hele wedstrijd speelde op de eerste wedstrijd tegen het Turkse Trabzonspor in een 0-1 verlies op het San Siro.