Aanvankelijk werd de tempel opgericht als een meditatiecentrum, nadat Maechi Chandra en de pas gewijde monnik Luang Por Dhammajayo niet langer konden voorzien in het toenemende aantal deelnemers aan activiteiten in Wat Paknam Bhasicharoen. Het centrum werd in 1977 een officiële tempel. De tempel groeide exponentieel in de jaren tachtig, toen de programma's van de tempel algemeen bekend werden onder de stedelijke middenklasse. Wat Phra Dhammakaya breidde zijn gebied uit en de bouw van een enorme "stupa" (pagode) werd gestart. Tijdens de periode van de Aziatische financiële crisis van 1997 werd de tempel onderworpen aan wijdverspreide kritiek voor zijn fondsenwervingsmethoden en leringen, omdat Luang Por Dhammajayo werd beschuldigd van verduistering en werd verwijderd uit zijn ambt als abt. In 2006 werden de aanklachten ingetrokken en werd hij hersteld als abt. De tempel groeide verder en werd bekend om zijn vele projecten op het gebied van onderwijs, bevordering van ethiek en wetenschap. De tempel werd ook geaccepteerd als onderdeel van de reguliere Thaise Sangha (kloostergemeenschap). Tijdens de militaire junta in 2014
, werden de abt en de tempel opnieuw onder de loep genomen en Luang Por Dhammajayo werd beschuldigd van het ontvangen van gestolen geld van een supporter en het witwassen van geld. De tempel wordt gezien als de enige invloedrijke organisatie in Thailand die nog niet onderworpen is door de heersende junta, die de meeste oppositie heeft afgesloten sinds het aan de macht is gekomen. De gerechtelijke processen tegen de abt en de tempel sinds de jaren negentig hebben geleid tot veel debat over de procedures en de rol van de staat ten aanzien van religie, een debat dat is geïntensiveerd tijdens de sluiting van de tempel door de junta in 2017. In 2017 was de verblijfplaats van Luang Por Dhammajayo nog onbekend en in 2018 werd Phrakhru Sangharak Rangsarit aangewezen als de officiële abt.