Feuds tussen rivaliserende kandidaten voor het regentschap en commerciële conflicten tussen Venetië en Genua, resulteerden in een nieuwe burgeroorlog in 1256 bekend als de Oorlog van Saint Sabas. De pro-Venetiaanse Bohemond VI's conflict met zijn Genuese vazalen de Embriaci bracht de oorlog naar Tripoli en Antiochië. In 1258 plunderde de Hulagu, de jongere broer van de Grote Khan Möngke, Bagdad en beëindigde het Abbasidische kalifaat. Twee jaar later verenigden Hethum I van Cilicië en Bohemond VI hun krachten met de Mongolen bij de plundering van Aleppo, toen Bohemond de moskee in brand stak, en bij de verovering van Noord-Syrië. De Mongolen bevrijdden de christenen van hun status, en de plaatselijke christelijke bevolking werkte samen met de veroveraars. Jeruzalem bleef neutraal toen de Mamluks van Egypte zich na Hulagu richtten op de Mongolen, en veel van zijn troepen verhuisden naar het oosten na de dood van Möngke om de Mongoolse opvolging aan te pakken. De Mamelukken versloegen het sterk verminderde Mongoolse leger bij Ain Jalut
Ik weet het. Bij hun terugkeer werd de Mameluken-sultan Qutuz vermoord en vervangen door de generaal Baibars. Baibars bracht het rijk van Saladin nieuw leven in door Egypte en Syrië te verenigen en Hulagu in toom te houden door een alliantie met de Mongolen van de Gouden Horde. Hij hervormde het bestuur in Egypte en gaf de macht aan de elite. De Franken hadden niet de militaire capaciteit om deze nieuwe dreiging te weerstaan. Een Mongools garnizoen was gestationeerd in Antiochië en afzonderlijke Frankische baronnen sloten afzonderlijke wapenstilstand met Baibars. Hij was vastbesloten om de kruisvaarderstaten te veroveren. Hij veroverde Caesarea en Arsuf in 1265 en Safed in 1266, en plunderde Antiochië in 1268. Jaffa gaf zich over en Baibers verzwakte de militaire orders door de kastelen van Krak des Chevaliers en Montfort te veroveren voordat hij zijn aandacht voor de rest van zijn leven richtte op de Mongolen van het Ilkhanate. Na een Mameluksoverwinning volgden regelmatig bloedbaden van Franken en inheemse christenen.