Bij het uitbreken van de Mexicaans-Amerikaanse Oorlog in juni 1846, werd Van Buren herbenoemd in het leger als paymaster met de rang van majoor. Van Buren diende als adviseur van generaals Zachary Taylor en Winfield Scott en nam deel aan de Slag bij Contreras, Slag bij Monterrey, Belegering van Veracruz
, Slag bij Cerro Gordo, en Slag bij Churubusco.