Bij zonsopgang op 3 juni lanceerde ze negen B5N's, begeleid door zes Zeros, om Dutch Harbor aan te vallen.
op Unalaska Island. Eén B5N crashte bij het opstijgen, maar zes van de B5Ns en alle Zeros konden het door het slechte weer halen, twee PBY's vernietigen en aanzienlijke schade toebrengen aan de olieopslagtanks en kazerne. Een tweede luchtaanval werd gelanceerd later op de dag om een groep destroyers aan te vallen die door vliegtuigen van de eerste aanval werden ontdekt, maar ze slaagden er niet in de doelen te vinden. Een Zero van "Ryūjō" van de tweede aanval werd beschadigd door een Curtiss P-40 en stortte neer op het eiland Akutan. Het vliegtuig, later de Akutan Zero genoemd, bleef grotendeels intact en werd later gered en getest. De volgende dag lanceerden de twee vliegdekschepen een nieuwe luchtaanval, bestaande uit 15 Zeros, 11 D3As en 6 B5Ns, die met succes Dutch Harbor bombardeerden. Kort nadat de vliegtuigen waren gelanceerd, vielen de Amerikanen de vliegdekschepen aan, maar slaagden er niet in om schade aan te richten. Een Martin B-26 Marauder bommenwerper en een PBY werden neergeschoten door Zeros, en een Boeing B-17 Flying Fortress bommenwerper werd neergeschoten door flak tijdens de aanval.