Voltooi de volgende zin: Honda begon haar seizoen met een gouden medaille op de 2016 Asian Trophy. Ze werd toegewezen aan de JGP-evenementen in Japan en Slovenië. In haar eerste evenement op JGP Yokohama, werd ze vijfde in het korte programma en won ze het vrije schaatsen met een junior wereldrecord van 128.64 punten om de tweede plaats te behalen. In haar volgende evenement op JGP Ljubljana won ze nog een zilveren medaille, waardoor ze zich kwalificeerde voor haar tweede JGP-finale. Ze trok zich echter terug uit de finale, onder vermelding van ziekte. In november won ze de bronzen medaille op de
Japan Junior Nationale Kampioenschappen.