In maart 1992 ging de manager van de Pirates, Ted Simmons, akkoord met een deal met Atlanta Braves tegenhanger John Schuerholz om Bonds te ruilen, in ruil voor Alejandro Peña, Keith Mitchell, en een speler die later zal worden genoemd. De manager van de Pirates, Jim Leyland, verzette zich heftig tegen de ruil en het voorstel werd ingetrokken. Bonds bleef bij Pittsburgh en won zijn tweede MVP award dat seizoen. Hij sloeg.311 met 34 homers en 103 RBIs en bracht de Pirates naar hun derde opeenvolgende National League East divisie titel. Echter, Pittsburgh werd verslagen door de Braves in een zeven-game National League Championship Series
Ik weet het. Bonds nam deel aan het laatste spel van Game 7 van de NLCS, waarbij hij een honk van Francisco Cabrera in het veld zette en probeerde Sid Bream op de thuisplaat uit te gooien. Maar de worp naar Mike LaValliere was laat en Bream scoorde de winnende run. Voor het derde achtereenvolgende seizoen, werd de NL East Champion Pirates een reis naar de World Series ontzegd. Na het verlies, werden Bonds en zijn teamgenoot Doug Drabek verwacht te hoge salarissen te krijgen voor Pittsburgh om ze weer te tekenen.