Van juli 1863 tot januari 1864, terwijl hij herstelde van wonden, diende hij in de staf van de gouverneur van Ohio David Tod en leidde Ohio Militia-eenheden in reactie op Morgan's Raid. Hij leidde later de 3e Brigade van de 4e Divisie van het XXIII Korps in Kentucky en Tennessee en nam deel aan Shermans Atlanta-campagne bij de veldslagen van Rocky Face Ridge en Resaca.
Ik weet het. Runkle werd op 21 juli 1864 eervol opgeroepen en op 29 augustus 1864 werd hij benoemd tot luitenant-kolonel in het Veteran Reserve Corps, waar hij het 21ste Regiment tot het einde van de oorlog leidde.