Pinturault kon het seizoen in Sölden in oktober 2012 niet opstarten, omdat hij zijn enkel verwondde tijdens het spelen van tennis en drie maanden moest pauzeren. In december won hij zijn tweede WK-wedstrijd in een slalomwedstrijd in Val-d'Isère, waar hij de thuisfans opviel met een schitterende tweede run onder de schijnwerpers om van de zesde plaats op te stijgen. Hij versloeg overtuigend de Duitser Felix Neureuther met een halve seconde en de toekomstige Wereldkampioen Marcel Hirscher, die na de eerste run met 0,57 seconden leiding had. Pinturaults derde overwinning was op de supercombined in Wengen, Zwitserland, waar zijn superieure slalomvaardigheden van cruciaal belang waren. Na een 22e plaats te hebben behaald in het afdalende gedeelte, eindigde hij 1,15 seconden voor op Ivica Kostelić uit Kroatië. De training voor de afdaling was zijn eerste keer op downhill ski's in maanden, omdat hij de snelheidstraining voor het seizoen miste na een operatie aan zijn linker enkel in augustus om ligamenten te herstellen die beschadigd waren tijdens het spelen van tennis. Pinturault won geen medaille op het wereldkampioenschap in 2013
, maar had vier top zes finishes. Een week later behaalde hij zijn vierde WK-zege, zijn eerste in de reuzenslalom, in Garmisch, Duitsland. De tweede na de eerste run, Pinturault's totale tijd was 0,60 seconden voor op de tweede plaats Hirscher. Op 15 maart werd hij geëerd als de 2013 Longines Rising Star, als de beste jonge racer (onder 23) van het seizoen.