In 1982 werd hij voor het eerst verkozen tot lid van het Huis van Afgevaardigden. Hij nam de leiding over van de VVD-fractie van Frits Bolkestein in 1998. Voor de Nederlandse algemene verkiezingen van 2002 was hij de lijsttrekker (topkandidaat), Dijkstal en Ad Melkert de partijleider van de Labour Party waren de voorloper om de volgende premier te worden, maar de onverwachte komst van Pim Fortuyn van Livable Netherlands (LN) en later de Pim Fortuyn List (LPF), veranderde de peilingen. Fortuyn gaf de schuld van de problemen in het land aan de Paarse kabinets (waarin zowel Dijkstal als Melkert ministers waren). Fortuyn beschreef Dijkstal en Melkert als twee bureaucraten die de gevoelens en problemen onder de bevolking niet begrepen. Na een verhitte campagne, enkele dagen voor de verkiezingen, werd Fortuyn vermoord.
in Hilversum. De Volkspartij voor Vrijheid en Democratie leed een zware nederlaag bij de verkiezingen en verloor veertien zetels. Dijkstal aanvaardde de verantwoordelijkheid voor de nederlaag en verliet vervolgens de nationale politiek. Hij nam op 16 mei 2002 ontslag als leider van de Volkspartij voor Vrijheid en Democratie en parlementair leider van de Volkspartij voor Vrijheid en Democratie in het Huis van Afgevaardigden en gaf zijn zetel in het Huis van Afgevaardigden op 1 september 2002 op. Maar toen zijn voormalige partij een zwaar standpunt begon in te nemen ten aanzien van 'allochtonen' (immigranten en hun kinderen), sloot hij zich samen met voormalige politici van een breed scala van andere partijen in protest, om te streven naar een meer tolerante samenleving, onder de naam 'Een Land Een Samenleving' ('Een Land Een Samenleving').