Barney werd benoemd tot luitenant in de marine van de Confederatie op 2 juli 1861. Hij was de bevelhebber van de CSS "Jamestown" tijdens de Slag bij Hampton Roads, de beroemde slag met de, waarin hij twee brigs en een Accomac-schoener bij Newport News Point veroverde, terwijl de CSS "Virginia" de aandacht van de Unie-marine trok. Na de evacuatie van Norfolk door de Confederatie werd de "Jamestown" gesloopt om de James River te blokkeren bij Drewry's Bluff. In de daaropvolgende Slag bij Drewry's Bluff
Tijdens de Tweede Wereldoorlog, waarin Confederate kustbatterijen een Union Navy-macht op weg naar Richmond afdreven, werden de kanonnen van de "Jamestown" beschouwd als de belangrijkste factor bij het afstoten van de vijandelijke schepen. Na de slag kreeg hij lof van het Confederatiecongres en werd gepromoveerd tot commandant.