Voltooi de volgende zin: Johnson begon het seizoen van 2016 goed met zes top-10 finishes in zijn eerste tien evenementen. Na twee finishes buiten de top 10, kwam hij dicht bij het winnen van het Memorial Tournament, eindigend een schot achter uiteindelijke winnaar William McGirt. Een week later behaalde hij nog een top-10-plaats in de FedEx St. Jude Classic. Johnson won de
2016 US Open om zijn eerste grote titel op 19 juni 2016 te claimen in zijn 29e grote verschijning. De overwinning was echter omringd door controverse, omdat Johnson een strafstraf van één schot kreeg nadat zijn laatste ronde was afgelopen vanwege een incident op de vijfde green. Terwijl hij zich voorbereidde om de bal te pakken voor een par putt, bewoog zijn bal lichtjes. Johnson stapte weg en zei dat hij de bal niet had aangesproken. Na een gesprek met een regelgever op het terrein kreeg hij de opdracht om door te gaan met zijn schot, dat hij met succes plaatste. Hij won met drie slagen voor Shane Lowry, Scott Piercy en Jim Furyk. Het bewegende balincident veroorzaakte verontwaardiging onder veel van's werelds beste golfers met spelers zoals Jordan Spieth, Rory McIlroy, Rickie Fowler en Webb Simpson die op sociale media de USGA bekritiseerden voor haar beslissing. Johnson steeg drie plaatsen in de OWGR naar nummer drie na deze overwinning.