Bij het uitbreken van de Burgeroorlog in april 1861, werd hij benoemd tot vlaggeofficier van het Atlantic Blockading Squadron. In augustus werd hij met troepen onder bevel van generaal Benjamin F. Butler gestuurd om twee kustforten bij Cape Hatteras te veroveren. In de
In de daaropvolgende strijd werden de vestingen zonder verliezen veroverd, hoewel niet zonder enige moeilijkheden als gevolg van het weer, en de vloot keerde terug naar Fort Monroe met algemene lof. Dit maakte echter al snel plaats voor kritiek op Stringham omdat hij zijn schepen niet dichterbij nam en de aanvallen langs de kust voortzette. Het feit dat zijn schepen te veel water haalden om de ondiepe kustwateren binnen te dringen, en dat hij rechtstreeks was bevolen om onmiddellijk terug te keren, kwam uiteindelijk naar boven, maar blijkbaar te laat om zijn irritatie te kalmeren, want de volgende maand werd hij op eigen verzoek van zijn bevel ontheven. Als kleine vergoeding op 1 augustus 1862 werd hij gepromoveerd tot de rang van achteradmiraal op de pensioenlijst.