Jordan werd toegewezen aan de westelijke grensdienst tot 1846, toen hij werd gepromoveerd tot eerste luitenant. In de Mexicaans-Amerikaanse Oorlog, diende hij op eervolle wijze in de slag bij Palo Alto.
en Resaca de la Palma. In 1847 werd hij bevorderd tot kapitein en diende als kwartiermeester. Hij bleef een jaar na de oorlog in Vera Cruz in een administratieve rol. Vervolgens werd hij overgeplaatst naar verschillende garnizoenen in het Zuiden en aan de kust van de Stille Oceaan.