Op 25 mei 1985 werd Obando tot kardinaal-priester van San Giovanni Evangelista a Spinaceto gekroond en werd daarmee de eerste Nicaraguaanse kardinaal. Hij nam deel aan het pausconclaaf van 2005
die paus Benedictus XVI heeft gekozen. Obando was van december 1999 tot november 2005 voorzitter van de bisschoppenconferentie van Nicaragua.