Tijdens de Tweede Wereldoorlog was Ford hoofd van de fotografische eenheid van het Office of Strategic Services en maakte hij documentaires voor de marine. Hij werd aangesteld als een commandant in de United States Navy Reserve. Hij won nog twee Academy Awards in deze tijd, een voor de semi-documentaire "The Battle of Midway" (1942), en een voor de propagandafilm "" (1943). Ford filmde de Japanse aanval op Midway.
van de centrale van Sand Island en werd gewond in de arm.