Voltooi de volgende zin: In 1365<unk>66 en 1384<unk>85 diende de stad als toevluchtsoord voor de bisschop van Constance toen hij uit Constance werd verdreven. Vóór 1324 en tussen 1371 en 1386 werd de stad aan externe eigenaars verpand als onderpand voor een lening. Van 1359 tot 1403 was het kasteel eigendom van de lokale bevolking. In 1374 kregen ze een vrijstelling van de oorlogsbelasting. De bisschoppelijke heerschappij werd verzwakt door de overgang van de soevereiniteit van de Habsburgers naar het graafschap Baden in 1415. Door zijn ligging aan de religieuze grens vormde Kaiserstuhl een belangrijk bruggenhoofd voor de katholieke regio's. In zowel de Eerste Oorlog van Villmergen, in 1655/56, als de
Tijdens de Tweede Oorlog van Villmergen, in 1712, werd het dorp bezet door Zürich. Tijdens de religieuze conflicten werd het verkeer naar Kaiserstuhl gedwongen om in plaats daarvan de Rijn over te steken in door Zürich gecontroleerde gebieden. Aangezien de stad niet het recht had om het scheepsverkeer op de Rijn te belasten, kostte dit verlies aan landverkeer de stad het grootste deel van haar douane-inkomsten. De stad bleef echter welvarend vanwege de wijnbouw en de veeteelt, door het krediet en het bankwezen en door buitenlandse dienstverlening. De welvaart komt tot uiting in de statige huizen die in deze tijd werden gebouwd. (Gasthaus zur Krone in 1550, administratiezaal van het klooster van St. Blaise in 1563 en 1612, en het "Marschallhaus" in 1764). De gebouwen die Kaiserstuhl als regionaal centrum konden laten functioneren, bevonden zich aan de rechteroever van de Rijn en gingen in 1798 verloren met de oprichting van het kanton Baden. Na de vernietiging van de brug door de Fransen in 1799 stopte het grensverkeer via Kaiserstuhl bijna twee decennia lang.