Gepromoveerd tot generaal-officier, werd Habert naar Spanje gestuurd waar hij roem verwierf in de Spaanse Oorlog. Nadat hij in 1808 en 1809 met verschillende fortuinen had gevochten, kwam generaal en later maarschalk Louis-Gabriel Suchet aan om het bevel in Aragon over te nemen. Een reeks van bijna ononderbroken successen volgde. Hoewel hij slechts een brigadegeneraal was, werd hij benoemd om Suchet's 3e divisie te leiden in acties bij Lerida, Tortosa en Tarragona. Na zijn promotie leidde hij zijn divisie bij Saguntum, Valencia, Castalla en Ordal. Hij werd bekend als de Ajax van het leger van Catalonië voor zijn langdurige verdediging van Barcelona in 1814. Hij leidde een divisie tijdens de Honderd Dagen bij Ligny en Wavre.
, hoewel hij de Slag bij Waterloo miste. Habert is een van de namen die onder de Arc de Triomphe staan.