Schrijf een vervolg voor deze paragraaf - Tijdens de oorlog van 1654 <unk> 1667 met Rusland en tijdens de Grote Noordelijke Oorlog (1700 <unk> 1721) leed Merkinė enorm onder Russische en Zweedse legers en verloor het zijn strategische en economische betekenis. Merkinė werd opnieuw verbrand door het Russische leger tijdens de Opstand van 1794
Het was een poging om het Poolse-Litouwse Gemenebest te bevrijden van de Russische invloed. In 1794 wordt de stad in een inventaris van de rivier Nemunas genoemd, ook de rivieren Nemunas en Merkys werden beoordeeld als geschikt voor navigatie. In 19e-eeuwse documenten werd Merkinė genoemd als rivierhandelscentrum waar rivierhandelsschepen werden gebouwd.