Het team maakte zijn grootste overname toen voormalig wereldkampioen Damon Hill, een afgestudeerde van Jordanië's F3000 programma, Fisichella vervangen. Het team verving ook zijn Peugeots, die naar Prost gingen, met Mugen Honda-motoren. Tot halverwege het seizoen had Jordan geen enkel punt kunnen scoren vanwege betrouwbaarheidsproblemen. Op dat moment tekenden ze Mike Gascoyne van Tyrrell om het technische team te versterken en de langdurige technische directeur Gary Anderson nam een paar maanden later ontslag. Tegen het einde van het seizoen verbeterde de situatie sterk.
Hill gaf Jordan zijn eerste Formule 1-overwinning. Het was ook Hill's 22e overwinning. Ralf Schumacher verzachtte de overwinning door als tweede te eindigen. Later bleek echter dat het teambevelen waren - Schumacher was bevolen om Hill niet te passeren. Michael zei dat Ralf nooit meer voor het team zou racen en kocht het contract van zijn broer op voor 2 miljoen pond. Hill eindigde als zesde in het rijders klassement met Ralf als tiende. Hill's laatste ronde, de laatste bochtbeweging op Heinz-Harald Frentzen in Suzuka, stelde hem in staat om de race op de vierde plaats af te ronden en verdiende ook Jordanië de vierde plaats in het constructeurskampioenschap voor 1998 (dit werd getemperd door de speculatie dat Frentzen de plaats aan Hill had "geschenkt", de Duitser had een verhuizing naar Jordanië voor 1999 bevestigd, na een tumultueuze carrière met Williams).