Na het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog werd Honner op 24 oktober 1939 in dienst genomen bij de Tweede Australische Keizerlijke Leger (2nd AIF). In december 1939 nam hij het bevel over 'C' Company van het 2-11e Bataljon, een West-Australisch infanteriebataljon, met de rang van kapitein. Honner en zijn bataljon zeilden in april 1940 naar het Midden-Oosten en kwamen de volgende maand aan. Na een training in Palestina, vocht Honner's compagnie vervolgens in de veldslagen van de Westelijke Woestijn tegen de Italianen bij Bardia.
, Tobruk en Derna voordat ze naar Griekenland werden gestuurd na de Duitse invasie in april 1941. In Griekenland leidde Honner zijn mannen door een reeks van terugtrekkingen terwijl ze werden teruggedrongen door sterkere Duitse troepen. Later werden ze geëvacueerd naar Kreta, waar ze deelnamen aan de zware gevechten rond Retimo. Honner leidde vervolgens een groep over het eiland om te ontsnappen aan de gevangenneming en, na een ontmoeting met een onderzeeër van de Royal Navy, werden ze geëvacueerd naar Alexandrië. Hij werd vervolgens gepromoveerd tot majoor en voor zijn leiderschap tijdens de gevechten rond de Thermopylae in de eerdere Griekse campagne, werd hij bekroond met het Militair Kruis.