Schrijf een voortzetting voor deze paragraaf - Na McKinley werd vermoord
In september 1901 veranderde Long van gedachten... en gaf zijn ontslag aan president Roosevelt op 1 mei 1902. De precieze redenen hiervoor zijn onduidelijk, maar verscheidene factoren hebben waarschijnlijk bijgedragen. Ten eerste had Roosevelt een nauwe relatie met Long's politieke rivaal Lodge, was bekend dat hij het niet eens was met Long over maritieme aangelegenheden, en was niet blij met zijn aanwezigheid in het Witte Huis. Ten tweede had een onderzoek naar de acties van admiraal Winfield Scott Schley rond de slag om Santiago de Cuba in juli 1898 geresulteerd in een aanzienlijke hoeveelheid kritiek op de rol van Long in de oorlog. Ten derde stierf een van zijn dochters in oktober 1901, minder dan een maand na de moord op McKinley. Deze zaken dreven Long in een depressie, en de situatie werd verder verergerd toen Roosevelt ruzie met hem over het begin van de oorlog, en vervolgens maakte nieuwswaardige overschrijden van een aantal van zijn beslissingen. De historicus Wendell Garrett merkt op dat Roosevelt een grote persoonlijke interesse had in de marine en moeite had met het werken met daaropvolgende secretarissen.