Nadat de vloot van Virginia was geïntegreerd met de Confederate Navy, kreeg Barron een commissie als commandant en werd hij benoemd tot hoofd van het Office of Orders and Details op 10 juni. Barron zou in die functie blijven tot 20 juli, toen de Confederate Secretary of the Navy Stephen R. Mallory instemde met het verzoek van Barron om te worden toegewezen als commandant van de kustverdediging van Virginia en North Carolina, een belangrijke haven voor Pamlico Sound-gebaseerde Confederate kapers. Barron arriveerde op 28 augustus in zijn hoofdkwartier op Fort Hatteras en gaf het bevel over de verdediging van zowel het fort Hatteras als het fort Clark tegen Union Flag Officer Silas H. Stringham tijdens de Slag bij Hatteras Inlet.
op 28-29 augustus. Barron werd gevangen genomen na de overgave van de twee forten. Gehouden in Fort Columbus op Governors Island in de haven van New York, vervolgens in Ft. Barron werd uiteindelijk vrijgelaten in een gevangenenruil het volgende jaar.