Op de Olympische Zomerspelen van 2008 in Beijing, kwalificeerde Rubacek zich voor de tweede keer in de 100 m vlinder van de mannen.
, door een FINA B-cut van 53.71 van het Europees Kampioenschap in Eindhoven, Nederland, te klaren. Hij daagde zeven andere zwemmers uit in de vierde heat, waaronder de drievoudige Olympische kampioen Ioan Gherghel uit Roemenië en Juan Veloz uit Mexico. Rubacek liep naar de vierde plaats met vijf honderdsten van een seconde (0,05) voor op Veloz, en brak een nieuw Tsjechisch record van 53,53 seconden. Rubacek slaagde er niet in om door te gaan naar de halve finale, omdat hij op de 42e plaats uit 66 zwemmers in de voorrondes stond.