Op 4 maart 2017 slaagde Aubameyang voor het tweede achtereenvolgende seizoen 20 Bundesliga-doelen met twee doelpunten in een 6 tegen 2 nederlaag van Bayer Leverkusen. Vier dagen later scoorde hij een hat-trick in een 4 tegen 0 overwinning op Benfica om Dortmund in de kwartfinale van de Champions League te brengen. Op 20 mei scoorde Aubameyang twee keer in Borussia's laatste dag nederlaag van Werder Bremen om het seizoen af te sluiten als topscorer van de Bundesliga met 31 doelpunten. In de finale
Op 27 mei 2017 scoorde hij het winnende doelpunt, een strafschop, toen Dortmund Eintracht Frankfurt versloeg met 2-1.