Vul de volgende zin in: "Wajxaklajun" betekent "achttien" in de Chuj-taal; dit is geïnterpreteerd als afgeleid van de site die oorspronkelijk bestond uit achttien heuvels. Dit is echter een moderne interpretatie en het is mogelijk dat de naam oorspronkelijk afgeleid is van een Maya-kalendernaam. Een langere vorm van de naam is geregistreerd als Chonjab' Tepan Wajxaklajun; dit vertaalt zich als "stad en tempel achttien", van "chonhap" "stad" en "tepan" "kerk". Alternatieve namen voor de site zijn Yolk'u (wat "in de zon" betekent) en El Calvario, soms samengevoegd tot Carvao of Curvao. Op het tijdstip van de
Na de Spaanse verovering van Guatemala kreeg Wajxaklajun de Nahuatl-naam "Ystapalan" (wat "plaats van zout" betekent); dit werd later gewijzigd in "Ystatlan" ("overvloed aan zout" in het Nahuatl).