Wouda was twee jaar lang hoofdcoach van het Nederlandse junior zwemteam, voordat hij in oktober 2006 werd benoemd tot assistent-coach van Verhaeren in Eindhoven. Hij leidde Maarten van der Weijden naar zijn wereldtitel in de 25 km en de Olympische titel in de 10 km. Hij is ook de coach van Hinkelien Schreuder die deel uitmaakte van het Nederlandse gouden 4×100 m vrije stijl team en een individuele 7e plaats behaalde in de 50 m vrije stijl.
op de Olympische Spelen van Beijing in 2008.