Jones, vaak "Jenk" genoemd, werd in 1862 ingelijfd bij de 6e Batterij van het Wisconsin Vrijwilligersleger. Zijn militaire dienst omvatte de veldslagen van Vicksburg, Missionary Ridge, Chattanooga, Lookout Mountain
en Atlanta. Hij had een gebroken voet op Missionary Ridge waardoor hij voor de rest van zijn leven met een stok moest lopen. Zijn ervaringen tijdens de oorlog overtuigden hem dat mensen een andere manier moeten vinden om hun geschillen op te lossen. Nadat hij uit het leger was gehaald, werd Jones een uitgesproken pacifist.