Shelby American werkte samen met Ford om de GT40 voor het seizoen '66 opnieuw te ontwerpen, waarbij de 289 kubieke inch (4.7 L) motor werd vervangen door de grotere, krachtiger 427 kubieke inch van Ford. (7,0 L) motor. De Mk II GT40 behaalde een groot succes, met Shelby American's overwinningen in Daytona, Sebring en Le Mans, waardoor Ford in 1966 het internationale kampioenschap van de fabrikant won. Shelby American auto's eindigden als eerste (Miles & Ruby opnieuw) en tweede (Gurney & Jerry Grant) in Daytona, als eerste in Sebring (Miles & Ruby), en als eerste (McLaren & Chris Amon) en tweede (Miles & Denny Hulme) in Le Mans
Ik weet het. Gurney en Grant zouden op Sebring als tweede zijn geëindigd... als hun auto niet in de laatste ronde kapot was gegaan... en Gurney hem over de finishlijn had geduwd, waardoor ze automatisch gediskwalificeerd waren.