In het seizoen 2016/17 wist Frankfurt midden op de tabel te eindigen op de 11e positie, en bereikte met name de 2017 DFB-Pokal-finale, de eerste finale van de club sinds 2006, waar Frankfurt 1<unk>2 verloor tegen Borussia Dortmund. In het seizoen 2017/18 streed Frankfurt om een plaats in de Europese competitie voor het volgende seizoen. Kovač heeft meestal een 3<unk>4<unk>2<unk>1 formatie gebruikt met de nadruk op defensieve stabiliteit en vleugelspel. Hij bracht Frankfurt naar de DFB-Pokal-finale van 2018
, de tweede in opvolging voor de club, waar hij zijn toekomstige werkgever, Bayern München, versloeg. Met die overwinning, leidde Kovač Frankfurt naar zijn eerste trofee sinds 1988. Hij eindigde met een record van 38 overwinningen, 20 gelijkspel en 33 verliezen in 91 wedstrijden. Adi Hütter werd zijn opvolger.