Voltooi de volgende zin: Van juli 1863 tot januari 1864, terwijl hij herstelde van wonden, diende hij in de staf van de gouverneur van Ohio David Tod en leidde Ohio Militia-eenheden in reactie op Morgan's Raid. Hij leidde later de 3e Brigade van de 4e Divisie van het XXIII Korps in Kentucky en Tennessee en nam deel aan Shermans Atlanta-campagne bij de veldslagen van Rocky Face Ridge en
Resaca. Runkle werd op 21 juli 1864 eervol opgeroepen en op 29 augustus 1864 werd hij benoemd tot luitenant-kolonel in het Veteran Reserve Corps, waar hij het 21ste Regiment tot het einde van de oorlog leidde.