Tussen de groeiende steden van de confederatie, was Luzern vooral populair in het aantrekken van nieuwe bewoners. Als overwegend katholieke stad organiseerde Luzern van 1453 tot 1616 zijn eigen jaarlijkse passievoorstelling, een tweedaagse voorstelling van 12 uur per dag. Toen de confederatie tijdens de Reformatie uiteenviel, werden na 1520 de meeste nabijgelegen steden protestants, maar Luzern bleef katholiek. Na de overwinning van de katholieken op de protestanten in de Slag bij Kappel in 1531 domineerden de katholieke steden de confederatie. Het was in deze periode dat de jezuïeten in 1567 voor het eerst naar Luzern kwamen, met aanzienlijke steun van kardinaal Carlo Borromeo, aartsbisschop van Milaan. De regio zou echter worden gedomineerd door protestantse steden zoals Zürich, Bern en Basel, die de katholieke troepen in 1712 in de Toggenburger Oorlog versloegen.
Ik weet het. De voormalige prominente positie van Luzern in de confederatie was voor altijd verloren gegaan. In de 16e en 17e eeuw werden oorlogen en epidemieën steeds minder frequent en als gevolg daarvan nam de bevolking van het land sterk toe.