Voltooi de volgende zin: Prost tekende in 1990 bij Ferrari, en werd de eerste coureur die tekende bij het team na de dood van teamoprichter Enzo Ferrari in 1988. Hij verving Gerhard Berger bij Ferrari en werkte samen met de Brit Nigel Mansell voor (Berger nam Prost's plaats in bij McLaren). Als regerend wereldkampioen nam Prost de leiding over als hoofdcoureur van het team en zou hij op deze status hebben gespeeld. Mansell herinnert zich een incident waar bij de Britse Grand Prix van 1990, de auto die hij reed niet hetzelfde handelde als in de vorige race waar hij de pole position had behaald, en later van de teammechanica ontdekte dat Prost Mansell zag als een superieure auto en ze had geruild zonder dat Mansell het wist. Prost won vijf races voor Ferrari dat jaar, in Brazilië,
Mexico, Frankrijk, Engeland en Spanje. Opmerkelijk onder deze was de Mexicaanse Grand Prix, waar hij won na een start op de 13e positie. In zowel de Mexicaanse als de Spaanse races, leidde hij Mansell naar Ferrari 1<unk>2 finishes. Het kampioenschap kwam opnieuw in de voorlaatste ronde van het seizoen in Japan met Prost achter zijn McLaren-tegenstander, Ayrton Senna, met negen punten. Net als in 1989 eindigde een controversiële botsing tussen de twee de race. In de eerste bocht reed Senna, zoals hij een jaar later toegaf, opzettelijk met zijn raceauto in Prost's, waardoor ze beiden uit de race kwamen en de titel in zijn voordeel verzegelden. "Wat hij deed was walgelijk", zei Prost. "Hij is een man zonder waarde". Prost eindigde het seizoen zeven punten achter Senna, en zijn Ferrari-team was tweede na McLaren.