De Gecombineerde Vloot kwam in 1937 onder het directe bevel van het Keizerlijke Hoofdkwartier. Met het begin van de Stille Oceaan Oorlog met de aanval op Pearl Harbor uitgevoerd door Combined Fleet's "Kido Butai" (1st Air Fleet), werd de Combined Fleet bijna synoniem met de Keizerlijke Japanse Marine, onder het bevel van admiraal Isoroku Yamamoto tot april 1943 toen hij stierf nadat zijn vliegtuig werd neergeschoten door de Amerikaanse luchtmacht boven Bougainville Island. Het bestond uit de slagschepen, vliegdekschepen, vliegtuigen en de componenten die de belangrijkste strijdkracht van de IJN vormden. Het werd voor het eerst gemobiliseerd voor de Slag bij Midway. Na de verwoestende verliezen bij Midway en in de campagne op de Salomonseilanden
In het begin van de Tweede Wereldoorlog werd de marine gereorganiseerd in een aantal "Area Fleets" voor lokale operationele controle van verschillende geografische zones. De gecombineerde vloot evolueerde vervolgens meer naar een administratieve organisatie.