Voltooi de volgende zin: Vanwege de strategische ligging langs belangrijke infrastructuurlijnen, en vanwege de bloeiende handel, werd de stad rijk. Dit gaf een zekere mate van vrijheid (vooral binnen de door de Habsburgers gecontroleerde gebieden en) binnen de Zwitserse Bondsstaat die eindigde met de vorming van de Zwitserse kantons door Napoleon in 1799. In 1656 en 1712 (de Eerste Oorlog van Villmergen en de
Toggenburg Oorlog, of Tweede Oorlog van Villmergen, respectievelijk), Rapperswil was betrokken bij oorlogen tussen de katholieke en de gereformeerde kantons van de Oude Zwitserse Bondsstaat. Rapperswil was in eerste instantie een deel van de Helvetische kanton en de hoofdstad van Linth. Na de bemiddelingswet van 1803 werd het lid van het kanton St. Gallen en de voormalige "Herrschaft Rapperswil" werd opgedeeld in de gemeenten Rapperswil en Jona.