Emory diende als brigadekommandant in het Army of the Potomac in 1862, en werd overgeplaatst naar het westelijke theater. Hij werd gepromoveerd tot brigadegeneraal van de vrijwilligers op 17 maart 1862. Later leidde hij een divisie in de campagne van Port Hudson. Vervolgens keerde hij terug naar het Oosten als commandant van het Negentiende Korps, die in alle grote veldslagen in de Shenandoah Valley Campaign van 1864 diende.
, vooral in de Slag bij Cedar Creek, waar Emory's acties hielpen om het leger van de Unie te redden van een verwoestende nederlaag tot de komst van majoor-generaal Philip Sheridan.