Het Duitse leger richtte vervolgens zijn aandacht naar het westen en viel in april 1940 Denemarken binnen.
Ik weet het. "Schleswig-Holstein" werd toegewezen aan de marinecomponent van de invasie. Tijdens de invasie werd het schip kort op de grond gezet in de Grote Gordel, ten westen van Agersø. Na de operatie werd ze weer overgeplaatst naar de trainingstaken, als het vlaggenschip van de Chief of Training Units. Eind 1943 werd de reactivering van "Schleswig-Holstein" opnieuw overwogen. In haar voordeel was het feit dat ze enkele kolenketels behield, gezien de steeds slechter wordende olievoorzieningssituatie. Zo werd ze op 1 februari 1944 opnieuw in gebruik genomen, eerst in haar oude rol als cadettenopleidingsschip, en later in het jaar in Gotenhafen (Gdynia) voor een refit. Ze zou worden omgebouwd tot een konvooi escortschip met een sterk verbeterde luchtafweer, maar nadat ze op 18 december 1944 drie keer door Royal Air Force bommenwerpers werd geraakt, zonk ze uiteindelijk in ondiep water. Aangezien het schip permanent was uitgeschakeld, werd haar bemanning naar de wal gestuurd om te helpen bij de verdediging van Marienburg.