"Fanshaw Bay" trok zich rustig terug naar Manus, waar de voorbereidingen voor de Filipijnse campagne begonnen. Fanshaw Bay, als vlaggenschip van Taffy 3, zou de geplande landingen...
op het eiland Leyte. Na een korte periode van aanvullen in Manus van 7 tot 12 oktober, vertrok Fanshaw Bay naar de Filippijnen. Onderweg verloor Fanshaw Bay op 16 oktober nog een vliegtuig bij een ongeval, waarbij een van haar gevechtsvliegtuigen zichzelf op het cockpit vernielde, voordat het werd gevangen door een vasthoudende kabel, waardoor het vliegtuig onzeker over haar bakboord hing. Haar bemanning en na een korte tijd het vliegtuig werden vervolgens teruggevonden.