De eerste atoombom-test door de Sovjet-Unie in augustus 1949 kwam eerder dan verwacht door de Amerikanen, en McMahon drong er onmiddellijk op aan dat de Amerikaanse productie van atoomwapens aanzienlijk zou worden verhoogd. Bovendien was er gedurende de daaropvolgende maanden een hevig debat binnen de Amerikaanse regering, het leger en de wetenschappelijke gemeenschappen over de vraag of men met de ontwikkeling van de veel krachtiger waterstofbom, toen bekend als "de Super", zou doorgaan. McMahon was sterk voorstander van het doorgaan met de Super, en betoogde dat in een reeks brieven die hij aan president Truman schreef. De senator verwierp morele argumenten tegen de waterstofbom, omdat die inherent destructiever is dan eerdere wapens. Hij vroeg: "Waar is het geldige ethische onderscheid tussen" de vele dag-en-nacht bombardementen van Hamburg in de Tweede Wereldoorlog, de brandbommen van Toyko
, en de atoombom van Hiroshima, en elke toekomstige aanval met welke technologie dan ook die massale slachtoffers veroorzaakte.