Na de dood van Batory in 1586 hielp Zamoyski Sigismund III Vasa de Poolse troon te veroveren, vechtend in de korte burgeroorlog tegen de krachten die Habsburgse aartshertog Maximiliaan III van Oostenrijk steunden. Het kamp dat Sigismund steunde, werd samengebracht rond Zamoyski, terwijl Maximiliaan werd gesteund door de familie Zborowski. Zamoyski verdedigde Krakau en versloeg de troepen van Maximiliaan in de Slag bij Byczyna
In 1588. In die slag, die Sławomir Leśniewski beschrijft als "een van de belangrijkste in de Poolse geschiedenis en de belangrijkste in de militaire carrière van Zamoyski", werd Maximiliaan gevangen genomen en in het resulterende Verdrag van Bytom en Będzin van 1589 moest hij alle aanspraken op de Poolse kroon opgeven. Later dat jaar stelde Zamoyski een hervorming van de koninklijke verkiezingen voor, die niet door de Sejm werd aangenomen. Zamoyski presenteerde aan deze Sejm een project dat in het geval de huidige koning zonder nakomelingen zou sterven, niemand anders dan een kandidaat van een Slavische afkomst voortaan in aanmerking zou komen voor de Poolse troon. Dit was een project dat zelfs de mogelijkheid kon voorstellen van een soort unie tussen het katholieke Polen, het orthodoxe Moskou en het half-protestantse Bohemen. In feite was het een omslachtig en onhandig tegenvoorstel tegen het pro-Habsburgse beleid.