In 1989 was Janša betrokken bij de oprichting van een van de eerste oppositiepartijen in Slovenië, de Sloveense Democratische Unie (SDZ) en werd de eerste vice-president en later voorzitter van de partijraad. Na de eerste vrije verkiezingen in mei 1990 werd hij minister van Defensie in het kabinet van Lojze Peterle, een functie die hij bekleedde tijdens de Sloveense onafhankelijkheidsoorlog.
in juni en juli 1991. Samen met minister van Binnenlandse Zaken Igor Bavčar was Janša de belangrijkste organisator van de strategie van Slovenië tegen het Joegoslavische Volksleger.