In 1900 ging Clarke bij de Pittsburgh Pirates als speler en manager, een functie die hij vervulde tot zijn pensionering in 1915. Het was misschien wel het beste seizoen in Clarke's carrière. Hij leidde de Major Leagues in slugging gemiddelde en OPS en leidde de National League in dubbels. Hij eindigde op de tweede plaats achter zijn teamgenoot, Honus Wagner, voor de National League slagtitel. In de eerste World Series
Clarke sloeg.265, maar Boston's Cy Young en Bill Dinneen overtroffen Pittsburgh en wonnen de serie in acht wedstrijden.