In juni 1999, toen Ando 16 jaar oud was, werd ze geselecteerd voor het Japanse nationale team voor het FIFA Women's World Cup 1999. Op deze wedstrijd debuteerde ze op 26 juni tegen Noorwegen. Ze speelde vier keer in het WK en drie keer in de Olympische Zomerspelen. Ze was lid van het team dat de Verenigde Staten versloeg in een strafschietpartij in de finale
Ando startte de finale. Ze maakte ook deel uit van het Japanse team dat de zilveren medaille won op de Olympische Zomerspelen van 2012 en de tweede plaats won op het Wereldkampioenschap voetbal van 2015. Op het WK 2015, in de eerste wedstrijd tegen Zwitserland, kreeg ze een strafschop, maar ze brak haar linker enkel op dat moment. Deze wedstrijd was haar laatste als lid van het Japanse nationale team. Ze speelde 126 wedstrijden en scoorde 19 doelpunten voor Japan in 2015.