Tijdens de SEA Games van 1991 scoorde Fandi beide doelpunten van Singapore tegen Myanmar in de groepsfase, maar werd vervangen in de halve finale, nadat de Indonesische fullback Herry Setyawan hem in het oog had geslagen. Die wedstrijd eindigde doelloos en de Lions verloren op strafschoppen. Fandi miste ook de mislukte poging van Singapore om zich te kwalificeren voor de Asian Cup van 1992, nadat hij een hielblessure had opgelopen. Op de SEA Games van 1993
, captain Fandi scoorde een hat-trick in de 7<unk>0 nederlaag van de Filipijnen, gevolgd door de tweede Singapore doel in de 3<unk>3 semi-finale gelijkspel met Myanmar en scoorde een keer in de 3<unk>1 overwinning op Indonesië dat een bronzen medaille voor Singapore verzekerd. Fandi speelde ook in de eerste Tiger Cup en scoorde een gelijkmakende goal tegen Maleisië, een doelpunt tegen Brunei en twee tegen de Filippijnen. 1997 was een teleurstellend jaar voor Fandi, die niet in de Dunhill Cup en de kwalificatiewedstrijden voor het WK scoorde. Na de SEA Games van 1997, waar zijn doelpunt in de halve finale een 1<unk>2 nederlaag tegen Indonesië niet kon voorkomen, trok Fandi zich terug uit het internationale voetbal.