Fontàs maakte zijn debuut voor het eerste team op 31 augustus 2009, als vervanger van een andere "La Masia" afgestudeerde, Gerard Piqué, in de laatste zes minuten van een 3<unk>0 La Liga thuisoverwinning tegen Sporting de Gijón. Eerder in het seizoen 2009/10 werd hij door manager Pep Guardiola opgeroepen voor de Spaanse Supercup en de UEFA Super Cup.
De club werd in de eerste drie wedstrijden van de seizoen 2014/15 van de UEFA bekroond, respectievelijk tegen Athletic Bilbao en FC Shakhtar Donetsk, maar uiteindelijk niet op de bank bij beide gelegenheden. Hij bracht het grootste deel van zijn eerste senior seizoenen door geregistreerd bij de reserves.