Toen het III Korps werd afgeschaft, werd de batterij van Clark overgeplaatst naar de reserve-artillerie in de brigade van majoor John A. Tompkins. In die formatie diende Clark's batterij in de vroege veldslagen van de Overland Campagne. Tegen de tijd van de Slag bij Cold Harbor was de batterij van Clark overgedragen aan de artilleriebrigade van het II Korps onder kolonel John C. Tidball. Tijdens het beleg van Petersburg bleef Clark's batterij in het II Korps onder Tidball en vervolgens onder kolonel John G. Hazard. Clark raakte licht gewond in de Tweede Slag bij Ream's Station.
In 1864. Later begeleidde hij de troepen in zijn batterij, waarvan de dienstverlening was verlopen, terug naar Trenton, New Jersey, voordat hij terugkeerde naar het Petersburg-front. Terug in Petersburg was Clark in december 1864 de leiding over de artillerie aan de frontlijnen van het II Korps.