In tegenstelling tot de Britse vliegdekschepen, die hun brandstof in afzonderlijke cilinders of kofferdammen bewaarden, omringd door zeewater, hadden alle Japanse vliegdekschepen van voor de oorlog hun brandstoftanks integraal met de romp van het schip gebouwd en de "Shōkaku" was geen uitzondering. De gevaren die dit met zich meebrengt, werden echter pas zichtbaar toen ervaringen uit de oorlogstijd aantoonden dat deze vaak vatbaar waren voor scheuren en lekken, omdat de schokken en spanningen van treffers of bijna treffers op de romp van het vliegdekschip onvermijdelijk werden overgedragen naar en geabsorbeerd door de brandstoftanks. Na het debacle bij Midway
In het midden van 1942 werden de lege luchtruimtes rond de Shōkaku-vliegtuigbrandstoftanks, die normaal gesproken vol met inerte kooldioxide werden gepompt, in plaats daarvan gevuld met beton in een poging om ze te beschermen tegen mogelijke schade. Maar dit deed weinig om te voorkomen dat vluchtige dampen zich naar de hangardekken verspreidden in het geval dat er schade was opgetreden, zoals vooral werd aangetoond toen de "Cavalla" werd getorpedeerd en tot zinken bracht. "Shōkaku" verstopte normaal 150.000 gallons avgas voor operationele gebruik.