De 'heilige drie-eenheid' van Best, Law en Charlton was echter nog steeds net zo effectief als altijd in de campagne van 1968-1969. Hoewel, het werd duidelijk dat de nieuwe rekruten van de club waren niet tot het nulpunt als United gedaald tot 11e in de competitie voordat Busby kondigde zijn pensionering. Best zei later dat "ik steeds meer het gevoel had dat ik het team soms op het veld droeg". Hij scoorde 22 doelpunten in 55 wedstrijden, hoewel alleen hij en Denis Law meer dan zes doelpunten in de competitie scoorden. In de Intercontinental Cup keken fans en spelers ernaar uit om te zien hoe United de Argentijnse tegenstander Estudiantes de La Plata in de loop van twee etappes zou verslaan.
Ik weet het. Best zei echter dat "niemand harder of vuiler tackelde dan dit Argentijnse team" toen een 1-0 nederlaag op het Estadio Camilo Cichero werd gevolgd door een 1-0 gelijkspel op Old Trafford. In de thuiswedstrijd werd Best geschopt en gespuugd door José Hugo Medina, en beide spelers werden buitengestuurd nadat Best reageerde met een stoot. Ondanks hun slechte vorm in de competitie, slaagde United erin de halve finales van de Europese Cup te bereiken (ze hadden een relatief gemakkelijke run om voorbij de Ierse Waterford United, de Belgische Anderlecht en de Oostenrijkse Rapid Wien te komen), waar ze 2 tegen 1 in totaal werden uitgeschakeld door AC Milan na een 2 tegen 0 nederlaag op het San Siro; De doelman van Milaan, Fabio Cudicini, was de held nadat United slechts één doelpunt op Old Trafford had behaald.