Schrijf een vervolg op deze paragraaf - De betrekkingen tussen de landen verslechterden snel na de militaire staatsgreep van 1989
en de opkomst van islamitische leiders in de Soedanese regering. De steun van Soedan aan Irak tijdens de Golfoorlog van 1990-1991 zorgde voor de teruggang. De Verenigde Staten, gedreven door binnenlandse belangengroepen zoals evangelische christenen en de Congressional Black Caucus, uitten openlijk hun ontevredenheid over de manier waarop Khartoem de oorlog met de SPLM aanpakt, de mensenrechtensituatie, inclusief vermeende steun van de overheid voor slavernij, en de gastvrije omgeving voor internationale terroristische groepen. Washington plaatste Soedan op zijn lijst van staten die terrorisme steunen in 1993, een actie die resulteerde in extra Amerikaanse sancties tegen Soedan.