Voltooi de volgende zin: Aan het begin van de Burgeroorlog ging Hays opnieuw in dienst als kolonel van het 63e Pennsylvania Volunteer Infantry Regiment, ook met de rang van kapitein in de 16e Amerikaanse infanterie in het reguliere leger tot op 14 mei 1861. Zijn mannen wisten dat hij "zo dapper als een leeuw" was. Tijdens de Peninsula Campaign werd hij met zijn regiment verbonden aan de eerste brigade van Kearny's divisie van Heintzelmans III Korps. Hij vocht in de veldslagen van Yorktown, Williamsburg, Seven Pines,
Savage's Station, en Malvern Hill. Aan het einde van de Zeven Dagen Slag werd hij benoemd tot brevet luitenant-kolonel in het reguliere leger voor dapperheid in actie, omdat Hays een bajonetlading met zijn regiment in de vijandelijke linies had geleid om de terugtocht van zijn brigade te dekken. Hays ging een maand later een kort ziekteverlof op omdat hij gedeeltelijk blind werd en zijn linkerarm verlamd raakte door verwondingen die hij had opgelopen in de strijd.