De familie vluchtte uiteindelijk in juli 1936 naar Madrid. Toen de familie aankwam, werd de stad bezet door Republikeinse troepen die een poging tot invasie van de nationalisten hadden weerstaan. In oktober besloot de Nationalistische troepen de stad te belegeren.
En Julián werd ingelijfd bij de Republikeinse reservistroepen en leidde een muilezel team dat leveringen vervoerde. Ondertussen ontsnapte Bahamontes samen met zijn moeder en zussen naar het dorp Villarrubia de Santiago vanwege de toenemende luchtaanvallen in Madrid. Na de oorlog kwam Julián bij hen, maar de familie bleef worstelen; omdat hij bij de Republikeinen, de verliezende partij, was geweest, kreeg Bahamontes' vader geen pensioen en moest hij stenen breken voor de wegenbouw om genoeg geld voor de familie te verdienen. De jonge Bahamontes greep zijn toevlucht tot diefstal om zichzelf en zijn gezin te onderhouden; hij sprong van een brug over een weg in de aanhangwagens van vrachtwagens voordat hij een zak met voedsel uit de aanhangwagen vulde. Hij heeft ook munitie uit de loopgraven van de burgeroorlog opgegraven om als schroot te verkopen.