In 1528 vluchtte Jan uit Hongarije naar Polen, waar hij bij prins Jan Amor Tarnowski verbleef. In 1529 benaderde Johannes de Ottomanen en stemde ermee in om Hongarije tot een vazalstaat te maken in ruil voor erkenning en steun. Sultan Suleiman de Grote accepteerde en stuurde Ottomaanse legers om Oostenrijk binnen te vallen (waaronder het Beleg van Wenen
), een oorlog die tot 1533 duurde. Hierdoor kon Johannes in 1529 zijn positie in Hongarije herwinnen, dankzij de inspanningen van Frater George Martinuzzi, ondanks de associatie met de Ottomanen die hem destijds bezoedelde. Martinuzzi werd koninklijke penningmeester en de meest vertrouwde minister van John.