Voltooi de volgende zin: Toen de Amerikaanse Burgeroorlog in 1861 begon, meldde Jones zich als vrijwilliger voor het leger van de Unie. Op 3 oktober werd hij gekozen tot kapitein van het 53e Ohio Infanterie Regiment, en zag actie als zodanig tijdens de Slag bij Shiloh en de Belegering van Corinth. Op 2 mei 1862 werd Jones kolonel van de 53e Ohio en de commandant ervan. Hij leidde zijn regiment tijdens het beleg van Vicksburg en in de slag bij Missionary Ridge, beide in 1863. Jones vocht verder in de Atlanta-campagne van 1864, vechtend bij Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain en
Atlanta. In augustus werd Jones benoemd tot brigadecommandant toen zijn superieure officier, brigadier-generaal Joseph A. J. Lightburn gewond raakte en het commando voor de rest van de oorlog opgaf. Kolonel Jones leidde nu de 2e brigade in William B. Hazen's 2e divisie van het XV Korps bij Jonesboro. Toevallig werd de 1e brigade van die divisie ook geleid door een andere "kolonel Jones", Theodore Jones van de 30e Ohio. Wells Jones nam deel aan de Mars naar de Zee van 1864 en werd gewond tijdens operaties rond Fort McAllister, Georgia, op 13 december.