Tijdens de Amerikaanse Burgeroorlog werd hij benoemd tot luitenant-kolonel van de 18e Wisconsin Volunteer Infantry onder kolonel James S. Alban. Het 18e Wisconsin werd georganiseerd in februari 1862, ging in maart naar Tennessee en werd in de strijd bij Shiloh geworpen.
een dag na hun aankomst. Beall werd gewond in de strijd en zijn been werd geamputeerd onder de knie. Kolonel Alban werd gedood, samen met de derde in bevel van het regiment, majoor Josiah W. Crane. Nadat Beall hersteld was, diende hij als tweede in bevel van een krijgsgevangenenkamp in Elmira, New York, waar de gevangenen hem de bijnaam "oude stokbeen" gaven en hem beschuldigden van een patroon van herhaalde wreedheid en misbruik.