Na de dood van Gussie Busch in 1989, nam de brouwerij de controle over en huurde Joe Torre in om het team te managen in 1990, en verkocht het team aan een investeringsgroep onder leiding van William DeWitt, Jr. in 1996. Tony La Russa verving Torre in het voorjaar van 1996. In 1998 concurreerde Mark McGwire met Sammy Sosa van de Cubs voor een stortvloed aan homeruns in hun streven naar het homerunrecord in één seizoen. Van 2000 tot 2013 herstelde de Cardinals hun weg naar de top met tien playoff-optredens, vier NL-vlaggen, twee World Series-titels en 1.274 reguliere seizoensoverwinningen tegen 993 verliezen voor een winstpercentage van.560, leidend in de National League en op de tweede plaats in MLB na de New York Yankees. Met de toevoeging van Jim Edmonds, Albert Pujols, en Scott Rolen, de Cardinals gekenmerkt drie prominente sluggers en verdedigers bijgenaamd "MV3;" Pujols won drie MVPs en sloeg.328 met 445 home runs in zijn Cardinals carrière. In 2004, playoff stalwart Chris Carpenter's 3.09 ERA en 15 overwinningen hielpen de kracht van het team naar een major-league beste 105 overwinningen en neem de NL vlag
Ik weet het. In 2006, geteisterd door blessures en inconsistentie, wonnen ze de World Series, waarbij ze Detroit in vijf wedstrijden versloegen om een all-time record van 83 overwinningen voor een World Series-winnaar te maken.