De Amerikaanse Revolutie verdeelde de loyaliteiten in de gemeenschap, met verschillende families die de Tories steunden, terwijl anderen voorstander waren van onafhankelijkheid. Veel mannen vochten in veldslagen elders in de staat, hoewel er weinig oorlogvoering werd gevoerd in en rond Beaufort. Na de inname van het nabijgelegen Savannah, Georgia in 1778, verhuisden Britse troepen naar Port Royal Island in januari 1779, maar werden teruggeslagen door milities onder het commando van William Moultrie in de Slag bij Beaufort. Het gebied werd later in 1779 met succes bezet door de Britten, maar zij trokken zich terug toen Savannah werd belegerd.
Ik weet het. Het grootste deel van de kust van Zuid-Carolina werd gedomineerd door Britse troepen na het beleg van Charleston in 1780. Na de Amerikaanse overwinning in het beleg van Yorktown in 1781, begon het Britse leger zich in de zomer van 1782 uit de Lowcountry te verplaatsen. In tegenstelling tot andere regio's zoals Massachusetts en St. Augustine, Florida, besloten vrijwel alle loyalisten in Beaufort te blijven. De leidende patriotten van Zuid-Carolina, waaronder de "Swamp Fox" Francis Marion en de "Game Cock" Thomas Sumter, speelden allemaal een belangrijke rol bij het overtuigen van de loyalistische gemeenschap van Zuid-Carolina om niet te vertrekken, en om ervoor te zorgen dat hun eigendom en zichzelf in het nieuwe land zouden worden gerespecteerd. Deze inspanning was succesvol, en in Beaufort verlieten na de oorlog vrijwel geen Loyalisten de stad. Het Verdrag van Beaufort waarin de grens tussen Zuid-Carolina en Georgia werd vastgelegd, werd in 1787 in de stad ondertekend.