De eerste muiterij vond plaats in 1573, waarbij de soldaten uiteindelijk werden betaald met 60 florins per man, twee verdere muiterijen volgden, die de voortgang van de Spaanse campagne bevroren. In 1575 en 1576 duurde de muiterij voort tot de dood van de bevelhebber van het leger, Requesens. Het leger stortte in feite in, en voedde zich door geld en voedsel af te persen van de lokale bevolking. Opnieuw begonnen brede nieuwe Nederlandse opstanden, vergezeld van een algemene uitroep van 'dood aan de Spanjaarden'. De nieuwe commandant in Nederland, Don John van Oostenrijk, was niet in staat om de orde te herstellen, wat resulteerde in de Sak van Antwerpen
, een verschrikkelijke gebeurtenis waarbij 1000 huizen werden verwoest en 8000 mensen werden gedood door woedende soldaten. De Generaals, beïnvloed door de plundering, ondertekenden slechts vier dagen later de Pacificatie van Gent, waarbij de opstandige provincies en de loyale provincies werden verenigd met als doel alle Spaanse soldaten uit Nederland te verwijderen en de vervolging van ketters te stoppen. Dit vernietigde praktisch alles wat de Spanjaarden de afgelopen tien jaar hadden bereikt. In een poging de situatie te verzachten, trok Don John zijn Spaanse troepen in 1577 uit het land, voordat hij ze kort daarna terugriep toen de politieke situatie opnieuw verslechterde. Toen Don John stierf, verving Alexander Farnese hem als gouverneur en ging hij de Spaanse politiek in het katholieke Vlaanderen matigen terwijl hij protestantse buitenposten met geweld verminderde. Dit beleid ging terug. In 1579 plunderden zijn troepen Maastricht, waarbij meer dan 10.000 burgers omkwamen.