Voorafgaand aan de Israëlische parlementsverkiezingen van 1988 keerde Netanyahu terug naar Israël en trad toe tot de Likud-partij. In de interne verkiezingen van de Likud werd Netanyahu op de vijfde plaats geplaatst op de partijlijst. Later werd hij verkozen tot Knessetlid van de 12e Knesset, en werd benoemd tot plaatsvervanger van de minister van Buitenlandse Zaken Moshe Arens, en later David Levy. Netanyahu en Levy werkten niet samen en de rivaliteit tussen de twee werd daarna alleen maar groter. Tijdens de Golfoorlog in het begin van 1991 kwam de Engels-vlot sprekende Netanyahu naar voren als de belangrijkste woordvoerder voor Israël in media-interviews op CNN en andere nieuwsagentschappen. Tijdens de conferentie van Madrid in 1991
Netanyahu was lid van de Israëlische delegatie onder leiding van premier Yitzhak Shamir. Na de conferentie van Madrid werd Netanyahu benoemd tot vice-minister in het kantoor van de Israëlische premier.