De kathedraal overleefde de aardbeving in 1931 in Nicaragua, omdat alleen de ijzeren kern op dat moment was opgericht. Vier decennia later werd de kathedraal zwaar beschadigd tijdens de aardbeving in Nicaragua in 1972
, en het gebouw werd vervolgens veroordeeld, hoewel het niet werd gesloopt. De sluiting van de kathedraal leidde uiteindelijk tot de bouw van de Metropolitan Cathedral of the Immaculate Conception of Mary, ook bekend als de Nieuwe Kathedraal van Managua, die in 1993 werd voltooid. Sindsdien lijkt de restauratie van de oude kathedraal mogelijk.