Op 15 oktober versloegen de Marlins de Chicago Cubs met vier tegen drie in de Championship Series. Beckett's complete game-shutout in game 5 hield de Marlins in leven. In wedstrijd 6 speelden de Marlins een rol in een van de meest beruchte momenten van honkbal: "The Inning". Met één uit in de achtste inning en de Cubs 3 runs voor, gooit Marlins tweede honk Luis Castillo een popfoul op de tribune langs de derde honklijn. Cubs-fan Steve Bartman greep de bal, waardoor Cubs LF Moisés Alou niet uit kon en een 8-run Marlins-rally begon. Het incident met Steve Bartman.
En een come-from-behind overwinning in Wrigley Field in Game 7 hielp de Marlins hun tweede NL vlag te veroveren, het houden van de "Vervloeking van de Billy Goat" levend en wel.