Tijdens de Japanse bezetting van Nederlands-Indië werd in Medan een werving voor officieren van de Keizerlijke Japanse Marine (IJN) gehouden. Nasution sloot zich aan bij het wervingsprogramma en onderging marine-opleidingen in Bandung en Kyoto. Uiteindelijk kreeg hij de rang van luitenant en werd hij stuurman op het Haraokamaru-schip in 1944. Hij nam deel aan de Pacific Theater en vocht tegen de Amerikaanse troepen in de Salomonseilanden campagne.
en in de Filippijnen campagne. Tijdens een zeeslag in de Filippijnen werd zijn schip geraakt en in brand gestoken. Nasution raakte gewond en stierf bijna.