Tegen de tijd dat Alexander Farnese, de toekomstige hertog van Parma, in 1578 de controle over het leger overnam, waren de Lage Landen steeds meer verdeeld tussen het opstandige noorden en die zuidelijke provincies die nog steeds loyaal waren aan Spanje. Met de komst van een groot aantal troepen uit Spanje, begon Farnese de Spaanse controle in het zuiden te consolideren, te beginnen met Maastricht. Farnese begon het beleg van Maastricht op 12 maart 1579. Hij beval zijn troepen om de muren te sabberen. Ook de inwoners van Maastricht graven om de Spaanse tunnels te bereiken. Diep onder de grond ging het gevecht door. Honderden Spaanse soldaten stierven toen kokend water in hun tunnels werd gegoten. Anderen stierven door zuurstofgebrek toen de Nederlandse verdedigers in hen vuren aanstaken. Nog eens 500 Spaanse soldaten stierven toen een mijn, die zij van plan waren te gebruiken om de muur op te blazen, voortijdig explodeerde. In de nacht van 29 juni slaagde Farnese erin de stad binnen te komen terwijl de uitgeputte verdedigers sliepen. Spaanse eenheden die de stadsmuren doorbraken, verkrachtten eerst de vrouwen (sommige van hen hadden, in het vechten om de stad te verdedigen, de genderrollen overtreden en hun recht op barmhartigheid verbeurd gelaten), vervolgens massaslachtoffers van de bevolking. In 1585 had Farnese de steden Brussel, Gent en Antwerpen weer veroverd
, evenals de provincie Brabant en het grootste deel van Vlaanderen. Op dit punt werd het leger afgeleid van zijn oorspronkelijke functie van het bestrijden van de noordelijke rebellen naar het aanpakken van het probleem van Engeland, in oorlog met Spanje. Farnese geloofde dat het leger kon hopen om het Kanaal met kracht over te steken, en vertrouwde op een katholieke opstand in Engeland om het te ondersteunen; in plaats daarvan besloot Filips in 1588 een zeeaanval te ondernemen met behulp van de Spaanse Armada. Het Vlaamse Leger trok tegen Oostende en Duinkerken in voorbereiding op een vervolgmanoeuvre over het Kanaal ter ondersteuning van de Armada, maar de nederlaag van de belangrijkste zeemacht bracht een einde aan deze plannen.