Na een periode als instructeur in het Verenigd Koninkrijk, keerde Plagis in september 1943 terug in actie als commandant van No. 64 Squadron, vliegend met Spitfire Mk VC's boven Noord-Frankrijk. Hij nam het bevel over No. 126 (Perzische Golf) Squadron in juni 1944, en leidde vele aanvallen op Duitse posities tijdens de invasie van Frankrijk en de campagne
Hij werd neergeschoten boven Arnhem tijdens operatie "Market Garden", maar slechts licht gewond. Na zijn omschakeling naar de Mustang IIIs, leidde hij een vleugel op basis van RAF Bentwaters die bombardementen ondersteunde. Hij beëindigde de oorlog met de rang van squadronleider en bleef daarna bij de RAF, waar hij Gloster Meteors bediende aan het hoofd van No. 266 (Rhodesia) Squadron.