Tijdens de voorjaarsopleiding van 2008 kreeg Garciaparra een microfractuur aan zijn hand na een hit-by-pitch. Dat dwong hem om het seizoen 2008 op de gehandicaptenlijst te beginnen. Rookie Blake DeWitt speelde derde honk in de tussentijd. Op 16 april startte hij zijn eerste wedstrijd tegen de Pittsburgh Pirates, maar negen dagen later kreeg hij een gespannen linker kalfspier, wat resulteerde in een nieuwe trip naar de DL. Hij keerde terug op 4 juli en speelde voor het eerst sinds 2005 als shortstop als gevolg van een blessure van Rafael Furcal. Op 1 augustus werd Garciaparra op de DL geplaatst om plaats te maken voor Manny Ramirez, die in een ruil was verworven. Nomar had zijn knie verstuikt in een wedstrijd op 27 juli tegen de Washington Nationals nadat hij eerst op het derde honk in spikes was geslingerd toen Garciaparra had geprobeerd een worp te plaatsen en de loper Lastings Milledge te taggen. Hij keerde terug op 12 augustus en bleef de tijd bij shortstop zien tot het einde van de maand. Op 13 augustus sloeg hij een walk-off homerun tegen de Philadelphia Phillies, waardoor de Dodgers 7 tegen 6 wonnen. Garciaparra zag meer tijd als shortstop in 2008 dan op welke andere positie dan ook, om andere spelers van de Dodgers te accommoderen. Maar in september was hij terug bij het eerste en derde honk en werd hij gebruikt als pinchhitter. Ondanks de terugkeer naar de positie waar hij het meeste succes in zijn carrière had, was het een moeilijk seizoen voor Nomar. Hij sloeg.264 voor het jaar, met 8 homeruns en 28 RBI, omdat hij verscheen in slechts 55 wedstrijden. De Dodgers ontmoette de Phillies in de 2008 NLCS
Garciaparra sloeg goed, ging 3-voor-7 (.429) met 1 RBI in de serie. Hij verscheen echter niet in Game 1, en speelde vervolgens geen enkele game in de serie, omdat hij ofwel als vervanger werd gebruikt, of werd vervangen toen het spel doorging in Games 2<unk>5. De Dodgers werden in de vijfde wedstrijd verslagen door de Phillies, die uiteindelijk de World Series van 2008 wonnen.