Na Jinnah's weigering om Noord-Arakan in het Dominion van Pakistan te accepteren, stichtten enkele Rohingya-oudsten die een "jihad" -beweging steunden, in 1947 de "Mujahid" -partij in Noord-Arakan. Het doel van de Mujahid-partij was om een autonome islamitische staat in Arakan te creëren. In de jaren vijftig begonnen ze de term "Rohingya" te gebruiken, die een voortzetting van de term Rooinga kan zijn, om een aparte identiteit vast te stellen en zich als inheemse te identificeren. Ze waren veel actiever voor de staatsgreep van 1962 in Birma.
door generaal Ne Win, een Birmese generaal die zijn militaire carrière begon met vechten voor de Japanners in de Tweede Wereldoorlog. Ne Win voerde gedurende twee decennia militaire operaties tegen hen uit. De meest prominente was Operatie Koning Draak, die plaatsvond in 1978; als gevolg daarvan vluchtten veel moslims uit de regio naar het naburige Bangladesh als vluchtelingen. Naast Bangladesh is ook een groot aantal Rohingya naar Karachi, Pakistan, geëmigreerd. De Rohingya-mujahideen zijn nog steeds actief in de afgelegen gebieden van Arakan.