Verstappen begon het seizoen 2016 bij Toro Rosso, opnieuw naast Sainz. Verstappen kwalificeerde zich als vijfde voor de openingsrace van het seizoen in Australië, maar tijdens de race maakte hij verschillende radio-oproepen naar zijn team vanwege frustratie om achter Sainz op de baan te zitten voordat hij zijn teamgenoot knipte terwijl hij probeerde hem te passeren met drie ronden te gaan, en hij eindigde uiteindelijk als tiende. Verstappen had een succesvol weekend in Bahrein.
, eindigend als zesde om Toro Rosso's eerste punten te scoren op het circuit van Sakhir.