Op 29 juli 2015 maakte Sabonis zijn debuut voor het Litouwse nationale mannenteam in een wedstrijd tegen Australië, waarbij hij 4 punten scoorde en 7 rebounds pakte. Sabonis was de jongste speler die ooit voor het nationale team speelde, en versloeg Jonas Valančiūnas met een paar dagen. Sabonis scoorde gemiddeld 6 punten en 5.9 rebounds tijdens de voorbereidingswedstrijden en was de tweede beste rebounder van het team na Valančiūnas. Sabonis speelde voor Litouwen op EuroBasket 2015 en won een zilveren medaille in zijn debuutjaar. Hij was ook lid van het Litouwse Olympische nationale team tijdens de Olympische Zomerspelen van 2016.
, waar hij gemiddeld 5.5 punten en 4.5 rebounds.