Op 9 januari 1942 vertrok de Jintsū van Davao voor de invasie van de Celebes, waarbij ze de Sasebo No. 1 Combined Special Naval Landing Force (SNLF) begeleidde. Op 17 januari werd een Kawanishi E7K2 "Alf" verkenningsvliegtuig gelanceerd vanaf "Jintsū" een Nederlandse Lockheed Hudson lichte bommenwerper neergeschoten in de buurt van Menado, maar werd zelf neergeschoten voordat het kon terugkeren. In het begin van februari werd "Jintsū" toegewezen aan de invasiemacht voor Ambon, gevolgd door zowel Nederlands als Portugees Timor.
en Oost-Java. Op 20 februari, terwijl ze voor Alor Island was, viel ze zonder succes de Amerikaanse onderzeeër aan.