Happer ging in 1855 op medisch verlof en de Tweede Anglo-Chinese Oorlog
Het vertraagde de terugkeer van de Happer tot 1859. Na de oorlog werden echter door de door de oorlog geproduceerde verdragen vrije en onbeperkte toegang tot Canton bevorderd. Dit leidde tot een opwelling van zendelingen in het Kanton met toenemende bekeringen tot het christendom. In de jaren 1860 stichtte Happer de First Presbyterian Church, talrijke kostscholen en een opleidingsschool voor predikers, leraren en colporteurs van Canton. Happer diende als voorganger van de First Presbyterian Church in Canton, opgericht in 1862. Door meerdere vormen van educatieve diensten op te richten, volbracht Happer zijn missie om christelijk hoger onderwijs naar China te brengen, hoewel een groot deel van het studentenbestand van de opleidingsschool mensen omvatte die voor de kerk werkten. Om Chinese regeringsleiders te bereiken door middel van westers onderwijs, leidde Happer van 1865 tot 1867 het Interpreter's College van de Chinese regering in Canton en gaf hij les in Engels en wiskunde aan studenten die als buitenlandse specialisten de overheidsdienst binnentreden. Door christelijke leerstellingen in zijn cursussen te introduceren, zette hij zijn zending van evangelisatie voort en zag hij de geleidelijke groei van de Presbyterianen van Canton. Dit wordt ondersteund door de statistieken die door de Canton-missie zijn gerapporteerd, namelijk dat er in 1866 147 personen in zendingsscholen waren ingeschreven.