De stad werd in 1852 uitgeroepen tot de nationale hoofdstad. Vroeger wisselde de hoofdstad af tussen de steden León en Granada. De aardbeving in Nicaragua in 1972
en jaren van burgeroorlog in de jaren tachtig brachten ernstige verstoringen en vertraging van de groei van Managua. Pas in het midden van de jaren negentig begon er in Managua weer een opleving te plaatsen.