In de zomer van 1981 trad de 28-jarige Filipović toe tot de regerende Portugese kampioenen S.L. Benfica, waar hij in de volgende drie seizoenen 28 doelpunten scoorde in 54 competitiewedstrijden. Zoran Filipović leidde ook de club Benfica naar de UEFA Cup-finale in 1983.
Hij was de topscorer van de competitie van dat seizoen en scoorde gedenkwaardige doelpunten voor de Portugezen in de kwartfinale tegen AS Roma en in de halve finale tegen Universitatea Craiova.