Voltooi de volgende zin: Op 5 december 1990 werden Alomar en Joe Carter verhandeld naar de Toronto Blue Jays in ruil voor Fred McGriff en Tony Fernández. Het was in Toronto dat hij zich ontwikkelde tot een premier aanvallende tweede honkballer, een combinatie van een.300-plus slaggemiddelde met kracht en hoge snelheid op de bases. In 1991 maakte hij gebruik van zijn snelheid met 11 triples en 53 gestolen bases, en leidde het team naar de eerste van drie opeenvolgende playoff-optredens. Het jaar daarop scoorde hij 105 runs, maakte 87 walks en had een.405 on-base percentage. In 1993, Alomar had zijn beste seizoen met de Blue Jays, het produceren van 17 home runs (HR), 93 runs batted in (RBI), en 55 gestolen bases, terwijl batting.326, derde in de American League achter teamgenoten John Olerud en Paul Molitor. Hij was een centrale figuur in Toronto's World Series kampioenschappen in 1992 en 1993; in Game 6 van de 1992 World Series, scoorde hij de serie-winnende run op Dave Winfield's twee-run double in de 11e inning. Alomar's game-evening, negende inning homerun tegen Oakland hulp aas Dennis Eckersley, in Game 4 van de
1992 American League Championship Series (ALCS), wordt door velen beschouwd als de belangrijkste hit in de geschiedenis van de club, omdat de drie eerdere reizen van het team naar de ALCS in teleurstelling waren geëindigd; hij werd uitgeroepen tot de meest waardevolle speler (MVP) van de serie. In 1995 speelde hij 104 opeenvolgende wedstrijden zonder een fout te maken, een AL-record voor tweede honkballers. In elk van zijn vijf seizoenen bij de Blue Jays werd Alomar benoemd tot het All-Star-team en won hij de Gold Glove Award.