Begin 1948 werkte Henkin bij het bureau van de Verenigde Naties van het Amerikaanse ministerie van Buitenlandse Zaken, waar hij een van de personen was die verantwoordelijk was voor het Verdrag betreffende de status van vluchtelingen in 1951, een overeenkomst die de internationaal overeengekomen definitie vaststelde van wat een vluchteling is en de vereisten vaststelde voor landen om asiel te verlenen aan personen die zo zijn aangewezen. Hij verliet het ministerie van Buitenlandse Zaken in 1956 om een jaar lang les te geven aan de Universiteit van Columbia over het onderwerp nucleaire ontwapening, dat het onderwerp werd van zijn boek uit 1958 "Arms Control and Inspection in American Law". Hij gaf les aan de Universiteit van Pennsylvania vanaf 1958, en zette zijn werk voort dat werd gepubliceerd als "The Berlin Crisis
en de Verenigde Naties" in 1959 en het boek "Disarmament: The Lawyer's Interests", dat in 1964 werd uitgebracht.