Voltooi de volgende zin: Hamšík begon in de
2012 Supercoppa Italiana, gehouden in Beijing, op 11 augustus; Napoli werd echter in de verlenging met 4 tegen 2 verslagen door Juventus. Later die maand, in de eerste competitiewedstrijd van Napoli van het Serie A-seizoen 2012/13, scoorde Hamšík het eerste doelpunt van de club en assisteerde hij de strike van Christian Maggio in een uiteindelijke 3-0 nederlaag van Palermo. Na het missen van toonaangevende doelman Edinson Cavani voor de wedstrijd van de club tegen Chievo op 28 oktober 2012, maakte Hamšík een verbinding op een Juan Camilo Zúñiga cross om Napoli een 1-0 overwinning te geven. Op 6 januari 2013 maakte hij zijn 200e Serie A-wedstrijd in een 4-1 thuisoverwinning op Roma. Op de voorlaatste wedstrijddag van het Serie A-seizoen, Hamšík verzamelde een pas van Goran Pandev en duwde de bal naar huis in de 93e minuut, het redden van een 2<unk>1 overwinning op Siena, het bevestigen van de plaats van de club in de groepsfase van de Champions League, terwijl het veroordelen van Siena tot degradatie. De Slowaak speelde in elke Serie A-wedstrijd voor Napoli tijdens het seizoen 2012-13, en leverde 11 doelpunten en 14 assists, terwijl de "Partenopei" tweede eindigde achter de regerende kampioen Juventus, een seizoen dat de laatste was van manager Walter Mazzarri bij de club, omdat hij later die zomer coach van Internazionale werd.