Kelly's tweede ruimtevlucht was als missiecommandant van STS-118, een 12-daagse Space Shuttle-missie naar het ISS in augustus 2007. Kelly's derde ruimtevlucht was als bemanningslid op Expedition 25/26 op het ISS. Hij kwam aan boord van Soyuz TMA-01M op 9 oktober 2010 aan boord van het ISS en diende als vluchtingenieur totdat hij op 25 november 2010 het commando van het station overnam aan het begin van Expedition 26.
9 oktober 2010