Li Zongren werd geboren in Xixiang Village (西鄉村), in de buurt van Guilin in de provincie Guangxi, de tweede oudste in een Han-familie van vijf jongens en drie meisjes. Zijn vader, Li Peiying (李培英), was een schoolmeester van het dorp. Na een onvolledige opleiding ging Li naar een provinciale militaire school. Hij trad in 1910 toe tot de Tongmenghui, de revolutionaire partij van Sun Yat-sen, maar had op dat moment weinig begrip van de bredere doelstellingen van Sun van hervorming en nationale hereniging. Li's provincie Guangxi was ook de thuisprovincie van Taiping.
Generaal Li Xiucheng, met wie Li's familie beweerde verwant te zijn.