Voltooi de volgende zin: Na het uitbreken van de oorlog met Japan keerde Allen in maart 1942 terug naar Australië en nam in augustus de leiding over de operaties tegen de
De Japanners vorderen langs de Kokoda Track. Hoewel hij succesvol was, kwam Allen toch onder wat velen als oneerlijke kritiek beschouwen van de geallieerde commandant in het zuidwestelijke Stille Oceaangebied, de Amerikaanse generaal Douglas MacArthur en de geallieerde landmachtcommandant, de Australische generaal Sir Thomas Blamey, omdat hij te langzaam de Japanners achtervolgde over de Owen Stanley Ranges. Hij werd op 29 oktober 1942 van zijn bevel ontheven. Kleinere benoemingen volgden, maar in oktober 1944 raadde Blamey aan Allen tot riddercommandant van de Orde van het Britse Rijk te benoemen, hoewel Allen nooit werd benoemd.