Hij moest terug naar Norfolk, Virginia, om reparaties te doen en was er nog steeds toen de amfibieën landden bij Veracruz.
heeft plaatsgevonden. Zijn terugkeer naar de VS gaf zijn superieuren de kans om hem eindelijk de opdracht te geven om Commodore Conner op te volgen als commandant van het Home Squadron. Perry keerde terug naar de vloot, en zijn schip ondersteunde het beleg van Veracruz vanaf de zee. Na de val van Veracruz trok Winfield Scott het binnenland in en Perry trok de overgebleven Mexicaanse havensteden aan. Perry verzamelde de Mosquito Fleet en nam Tuxpan in april 1847 gevangen. In juli 1847 viel hij Tabasco persoonlijk aan, leidde een landingsmacht van 1.173 man aan land en viel de stad San Juan Bautista aan van land, versloeg de Mexicaanse troepen en nam de stad in.