De eerste kerk op Omø was een houten kerk gebouwd in 1601. Daarvoor was er een kleine kapel op het eiland, en de eilandbewoners moesten naar het vasteland reizen voor grotere kerkelijke activiteiten. De kerk werd geleidelijk versleten door wind en weer. Tijdens de Engelse oorlogen
In 1801-1814 werd de kerk, ondanks de slechte staat, omgebouwd tot een vesting. De huidige kerk werd gebouwd in 1828. Het bestond uit een schip en een toren, waarbij de toren ook als kerkveranda fungeerde. De kerk werd in 1851 gerenoveerd.