Duterte hervatte de vredesbesprekingen met de Communistische Partij van de Filipijnen in 2016, maar annuleerde alle onderhandelingen in februari 2017 na aanvallen en ontvoeringen van soldaten door NPA-leden, waarbij de CPP-NPA officieel tot een terroristische groep werd uitgeroepen. Na de bezetting van Marawi door de Maute Groep
Duterte heeft de noodtoestand uitgeroepen in heel Mindanao, die later werd verlengd met twee jaar tot 2019 in een poging om de orde op het eiland te verzekeren. De slag om Marawi duurde vijf maanden van 23 mei tot 17 oktober 2017, de dag na de dood van de militante leiders Omar Maute en Isnilon Hapilon, waarbij Duterte Marawi als "bevrijd van terroristische invloed" verklaarde.