Schrijf een vervolg op deze paragraaf - Terug in Congo-Brazzaville, diende Mondjo als een legerofficier en was hij van 1987 tot 1993 directeur van lessen en studies aan de Marien Ngouabi Militaire Academie in Brazzaville. Hij stond aan de kant van de rebellenleider Denis Sassou Nguesso tijdens de burgeroorlog van juni tot oktober 1997.
De oorlog eindigde met de terugkeer van Sassou Nguesso aan de macht en de afzetting van president Pascal Lissouba. In december 1997 werd Mondjo benoemd tot commandant van Militaire Zone 1, die de economische hoofdstad van het land, Pointe-Noire, omvatte; hij bleef vijf jaar in die functie. Hij werd benoemd tot stafchef van de Congolese strijdkrachten op 20 december 2002 en werd bevorderd tot de rang van generaal-majoor ("général de division").