Seculiere moslims en de overwegend niet-moslim zuiderlingen waren fel tegen de oplegging van de islamitische wet. Zelfs voor de uitgifte van de Septemberwetten had John Garang, de leider van de Soedanese Volksbevrijdingsbeweging (SPLM), echter de regering verlaten en begon hij de zuidelijke oppositie te organiseren om Nimeiry omver te werpen. De handhaving van de hududstraf, waaronder zweepslagen en het amputeren van handen en voeten, wekte wijdverspreid verzet tegen de regering van Nimeiry. Na de omverwerping van Nimeiry in 1985 heeft de Swar al-Dahab-regering de strengste hudud-straffen opgeschort. Zowel Swar al-Dahab als zijn democratisch gekozen opvolger, Sadiq al-Mahdi, steunden de sharia, maar bekritiseerden de wijze waarop Nimeiry de sharia ten uitvoer legde. Begin 1989 sprak een terughoudende al-Mahdi zijn bereidheid uit om de afschaffing van de controversiële shariawetten te overwegen. Dit zorgde ervoor dat zijn coalitiepartner, al-Turabi en het Nationale Islamitische Front (NIF), uit protest uit de regering ontslag namen. Al-Mahdi kondigde aan dat het kabinet op 1 juli 1989 een wetsontwerp zou overwegen om de septemberwetten in te trekken en dat het met SPLM-leiders zou vergaderen om op vreedzame wijze een einde te maken aan de burgeroorlog. De militaire staatsgreep van juni 1989
De door al-Bashir geleide verkiezingen vonden plaats slechts 24 uur voordat de al-Mahdi-regering zou moeten stemmen over het intrekken van de Septemberwetten.