De tweede noodtoestand werd op 25 maart 1969 door generaal Agha Mohammad Yahya Khan ingesteld, nadat generaal Ayub Khan de macht overdroeg aan de opperbevelhebber van het leger, en niet aan de voorzitter van de Nationale Vergadering zoals vastgelegd in de grondwet. Toen generaal Yahya Khan het presidentschap nam, stemde hij in op de eisen van het volk door op 1 juli 1970 het één-eenheidssysteem in West-Pakistan af te schaffen en algemene verkiezingen te bevelen op basis van het principe van één man één stem. De eerste algemene verkiezingen werden gehouden in december 1970, maar de regering werd niet overgedragen aan de Awami League-verkiezingen. Dit resulteerde in de vernietiging van de nationale eenheid (voornamelijk door militaire heersers) en uiteindelijk de scheiding van Oost-Pakistan.
werd gevochten.