In augustus 1945 negeerde de Japanse regering de capitulatie eisen zoals gespecificeerd in de Potsdam Verklaring. Met de steun van de meeste van zijn medewerkers keurde Truman het schema goed van de plannen van het leger om atoombommen te laten vallen op de Japanse steden Hiroshima en Nagasaki. Hiroshima werd op 6 augustus en Nagasaki drie dagen later gebombardeerd, waardoor ongeveer 135.000 mensen omkwamen; nog eens 130.000 zouden in de volgende vijf jaar sterven aan stralingsziekte en andere met bommen verband houdende ziekten. Japan heeft ingestemd om zich over te geven.
Op 10 augustus, op de enige voorwaarde dat keizer Hirohito niet gedwongen zou worden om af te treden; na een intern debat, aanvaardde de Truman-regering deze voorwaarden van overgave.