Nijhuis reisde vervolgens naar Boedapest, Hongarije voor het Europees kampioenschap watersport 2006.
Ik weet het. Daar eindigde ze zesde op de 50 m borst en 25ste op de 100 m. Met het 4 × 100 m medley team eindigde ze op de 5e plaats naast Hinkelien Schreuder, Inge Dekker en Marleen Veldhuis. Op het Europees kampioenschap zwemmen op korte afstand 2006 in Helsinki, Finland, eindigde ze als vierde op de 50 m borst en als elfde op de 100 m borst.