Hij eindigde op de derde plaats in Monaco, Duitsland en Portugal, en eindigde in de top zes in Brazilië, Frankrijk, Hongarije en Spanje (ondanks een stop en go straf voor een sprongstart in de Spaanse Grand Prix). De Ferrari van 1991 bleek ook onbetrouwbaar te zijn, en hij had negen retraites tijdens het seizoen, waaronder een mechanische storing terwijl hij de Belgische Grand Prix leidde. Na een somber seizoen in 1991 werd Alesi's teamgenoot Prost ontslagen na de Japanse Grand Prix.
Toen hij de auto publiekelijk beschreef als een "truck" en een jaar lang sabbatical nam van racen, en zo werd Alesi de nummer één coureur van het team voor 1992. Alesi scoorde 21 punten en eindigde als zevende in het kampioenschap.