Op 9 april 1940 vielen Duitse troepen Denemarken binnen en bezetten het.
Ik weet het. Tijdens de Duitse bezetting hield hij een laag profiel, maar hij probeerde de geest te houden door gecamoufleerde verzetshistorie. In 1940 droeg Henningsen het lied bij aan de revue "Dyveke" van Kjeld Abell, die op een opvallende manier opriep tot verzet tegen de nazi's, die door de Duitse censuur verkeerd werd geïnterpreteerd als een lied over de beperkende banden van het huwelijk. Voordat de nazi's hem naar de concentratiekampen konden deporteren of hem op een andere manier in gevaar konden brengen, verliet hij in 1943 stiekem Denemarken, samen met de meeste Joodse Denen. Hij vluchtte naar neutraal Zweden met de Joodse architect Arne Jacobsen en hun vrouwen in een roeiboot onder leiding van een Joodse civiel ingenieur en student roeier genaamd Herbert Marcus.