In juli 1813 begon generaal Nariño, gemotiveerd door zijn overwinning op de federalisten, een intensieve militaire campagne tegen de resterende Spaanse en royalistische troepen in het zuiden, met de bedoeling Pasto en uiteindelijk Quito te bereiken. Nariño's troepen, bekend als het Leger van het Zuiden, van 1500 tot 2000 man, slaagden erin om Popayán te veroveren in januari 1814, maar werden in mei 1814 in Pasto volledig verslagen en Nariño werd gearresteerd en vervolgens via Quito naar de Koninklijke gevangenis in Cádiz gestuurd. De federalisten maakten hiervan gebruik om Bogota aan te vallen, waardoor generaal Simón Bolívar van de Verenigde Provincies in december 1814 voorwaarden kon afdwingen. Tegen het midden van 1815 kwam Pablo Morillo echter met een grote Spaanse troepenmacht aan en bracht de regio weer onder zijn macht
aan de sindsdien gerestaureerde Ferdinand. De campagne van Morillo culmineerde met de inname van Santafé op 6 mei 1816.