Bouwmeester speelde in drie Wereldkampioenschappen voor junioren met het Canadese juniorenteam. Hij werd de jongste speler die ooit Canada vertegenwoordigde op het toernooi toen hij op 16-jarige leeftijd een bronzen medaille won. Hij maakte twee assists in 2001 toen Canada weer een bronzen medaille won. In 2002
Bouwmeester en het Canadese team wonnen de zilveren medaille, maar verloren het kampioenschap tegen Rusland, 5 tegen 4.