Na de onafhankelijkheid van Mexico in 1821 bleef een groot aantal Spaanse troepen San Juan de Ulúa tot 1825 bezetten. Het was de laatste site in de voormalige kolonie Nieuw-Spanje die door de Spanjaarden werd gehouden en werd in november 1825 overgegeven aan de Mexicaanse generaal Miguel Barragán. De rechtvaardiging voor het bevel van uitzetting door president Vicente Guerrero was hun mislukte poging om Mexico opnieuw te veroveren. Sindsdien diende San Juan de Ulúa als een militair en politiek symbool van het Mexicaanse verzet tegen buitenlandse invasies en bezettingen, dankzij verscheidene van die in de negentiende eeuw plaatsvonden. In 1836 bombardeerden de Fransen het fort in de Slag van Veracruz tijdens de Pasterij Oorlog, een conflict als gevolg van een Franse burger in Mexico die schadevergoeding zocht voor zijn naar verluidt beschadigde banketbakkerij; tijdens de Mexicaans-Amerikaanse Oorlog belegerden de Verenigde Staten het fort.
De Franse bezette de stad in 1863 kort nadat Maximiliaan I tot keizer van Mexico was geïnstalleerd. Gedurende een groot deel van de negentiende eeuw diende het fort als gevangenis, vooral voor politieke gevangenen die als oppositie tegen de regering werden beschouwd. Veel prominente Mexicaanse politici brachten hier tijd door toen ze niet aan de macht waren.