In 1949 gaf de Raad van de Joodse Gemeenschap van Praag van de overblijfsel van de Joodse gemeenschap in de Tsjechische landen de controle over het museum over aan het communistische regime. Op 4 april 1950 werd het omgedoopt tot het Staats Joods Museum, een culturele instelling verspreid over zes synagogen, een ceremoniële zaal en een begraafplaats, opgericht als "een gedenkteken, een historisch bewaringsbureau en een onderzoeksinstituut". De communisten onderdrukten het jodendom, verboden contact met buitenlandse onderzoekers en de enige tentoonstellingen die toegestaan waren, waren tekeningen van kinderen uit Terezín. Na de Sovjet-invasie van 1968
, werden weinig nieuwe tentoonstellingen gehouden. Hoewel het museum de grootste toeristische attractie van Tsjecho-Slowakije was en jaarlijks 700.000 bezoekers trok, was de Judaica-collectie alleen bekend bij geleerden op dit gebied.