Op 16 juli 2013 werd aangekondigd dat Naughtie's presentatorische rol op "Today" tijdelijk zou worden verminderd, omdat hij twee dagen per week presentator van "Good Morning Scotland" zou worden in de aanloop naar het Schotse onafhankelijkheidsreferendum in 2014
Ik weet het. Hij keerde terug naar zijn gebruikelijke rol op "Today" op tijd voor de algemene verkiezingen van 2015.