Na slechts een korte periode van rust werd de 2/1st naar Nieuw-Guinea gestuurd, waar ze in september 1942 aankwamen, net als het tij van de Kokoda Track-campagne
begon terug te keren in het voordeel van de geallieerden. Het bataljon voegde zich vervolgens bij de geallieerde achtervolging van de zich terugtrekkende Japanners naar het noorden naar hun bruggenhoofden rond Buna<unk>Gona, en tijdens het tegenaanval was het 2/1ste bataljon betrokken bij de grote veldslagen bij Eora Creek en vervolgens bij Gorari, gevolgd door Sanananda tussen oktober en eind november 1942. Het bataljon leed zware verliezen tijdens de campagne, met meer dan 60 procent gedood, gewond of ziek geëvacueerd. Na de Kokoda-campagne keerde het 2/1 terug naar Australië om te herbouwen. Op dit moment ontvingen ze een grote partij versterkingen van het 49e bataljon, een militiebataljon dat rond Sanananda had gevochten voordat het werd ontbonden.