In het midden van de 14e eeuw werd de regio veroverd door Stefan Dushan voor Servië, maar het duurde niet lang voordat de controle van het Servische Rijk over de regio versnipperde, omdat de lokale families de controle opnieuw opeisten. Vier decennia later, de Slag bij Savra
(zoals een van de vlakten van Myzeqe in de Middeleeuwen bekend was) markeerde de heerschappij van het Ottomaanse Rijk in de regio. In de 15e eeuw sloten de Muzaka-familie en andere lokale Albanese heren zich aan bij Skanderbeg's Liga van Lezhë om de groeiende dominantie van de Ottomanen te proberen te beteugelen, maar na een lang conflict kwam Myzeqe en het bredere Albanië tot het begin van de 20e eeuw beslist onder Ottomaanse heerschappij. Sommige van de lokale Albanese heersers, evenals een deel van de bevolking, vluchtten uiteindelijk naar vreemde landen, maar sommige van de heersers bleven en werden geïntegreerd in het Ottomaanse machtsapparaat.