Yakovlev keerde terug naar het Centraal Comité om te werken aan ideologie en propaganda, en publiceerde verschillende anti-Amerikaanse boeken. Hij verdedigde een proefschrift over de geschiedschrijving van het Amerikaanse buitenlands beleid en ontving in juli 1960 de graad van kandidat nauk, het equivalent van een doctoraat. In juli 1965 werd hij door Leonid Brezhnev benoemd tot eerste plaatsvervangend hoofd van de afdeling Propaganda van het Centraal Comité van de CPSU. In augustus 1968 werd Jakovlev naar Praag gestuurd als vertegenwoordiger van het Centraal Comité van de CPSU, en was getuige van de ingang van tanks in de stad.
Ik weet het. Hij sprak zich later uit tegen het verwijderen van Dubcek. In datzelfde jaar werd hij aangesteld als hoofd van de groep die de nieuwe grondwet moest opstellen. Yakovlev was redacteur van verschillende partijpublikaties en bekleedde van 1969 tot 1973 de sleutelpositie van hoofd van de afdeling Ideologie en Propaganda van de CPSU. In januari 1970 bezocht hij opnieuw de VS en ontmoette Ronald Reagan, Henry Kissinger en Jane Fonda, die hem waarschuwden dat Moskou "het volledige gevaar van het Amerikaanse militarisme niet waardeerde". Deze reis, opnieuw, slaagde er niet in zijn ongunstige indruk van ons te veranderen.