Voltooi de volgende zin: In 1341 stond koning Jan van Bohemen Joodse gezinnen toe binnen de stadsmuren te wonen, en de eerste synagoge werd in 1380 gebouwd; er vonden echter verschillende pogroms plaats in de late 15e en vroege 16e eeuw. Sinds de
Tijdens de Hussitische Oorlogen was de stad traditioneel een bolwerk van de Katholieke Kerk tijdens de langdurige religieuze conflicten in het Koninkrijk Bohemen. Budejovice was vanaf 1526 onderdeel van de Habsburgse monarchie en bleef een trouwe aanhanger van keizer Ferdinand II in de Dertigjarige Oorlog. Budějovice onderging een korte bezetting door Pruisen tijdens de Silezische Oorlogen en de oorlog tussen de Habsburgers en het Franse leger in 1742.