McKay aanvaardde een aanstelling onder Dorothea Dix als ziekenhuis verpleegster, en begon haar ziekenhuis leven in Frederick, Maryland, in maart 1862, waar ze werd toevertrouwd met de zorg van een groot aantal gewonden van de Eerste Slag van Winchester
Ik weet het. In september 1862 werd de stad twee of drie dagen gevuld met Stonewall Jackson's Korps op weg naar South Mountain en Antietam. De rebellen namen het ziekenhuis in bezit en vulden het voorlopig met hun zieken en gewonden. Verzet was nutteloos, en McKay behandelde de rebellen officieren en mannen beleefd, en deed wat ze kon voor de zieken; haar beleefdheid en vriendelijkheid werden erkend, en ze werd met respect behandeld. Na de Slag bij Antietam waren Frederick City en haar ziekenhuizen vol met gewonden, maar zodra de gewonden hersteld waren, ging ze naar Washington, DC en werd ze voor een tijdje in dienst gesteld in de ziekenhuizen van de hoofdstad. In januari ging ze naar Falmouth, Virginia en vond werk als verpleegster in het Third Corps Hospital. Hier bracht ze al snel een evolutie teweeg in het ziekenhuis; van het slechtste werd het het beste van de korpsziekenhuizen aan het front. Generaal David B. Birney en zijn vrouw ondersteunden en moedigden al haar inspanningen voor verbetering aan.