Voltooi de volgende zin: In de loop van de 5e eeuw werd het Westerse Rijk overrompeld door de invasies van Germaanse stammen. De prefectuur van Italië werd echter behouden door het nieuwe Ostrogotische koninkrijk, dat nog steeds "de jure" deel uitmaakte van het Rijk, en de Ostrogotische koning Theodoric de Grote vestigde zelfs de prefectuur van Gallië opnieuw in het kleine deel van Gallië dat hij in de jaren 510 veroverde. Na de herovering van Noord-Afrika door het Oostelijk Rijk tijdens de
In de Vandale Oorlog van 533-534 werden de nieuwe provincies door keizer Justinianus I gegroepeerd tot een nieuwe praetoriaanse prefectuur van Afrika, die later zou worden omgevormd tot het Exarchat van Afrika. De praetoriaanse prefectuur van Italië werd ook opnieuw opgericht na het einde van de Gotische Oorlog, voordat het ook uitgroeide tot een exarchat. In het oosten zouden de prefectuur blijven functioneren tot het midden van de 7e eeuw, toen het verlies van de meeste oostelijke provincies aan de islamitische verovering en van de Balkan aan Slavische stammen leidde tot de creatie van het thema-systeem. In de tussentijd hadden de hervormingen onder Heraclius de prefect echter ontdaan van een aantal van zijn ondergeschikte financiële bureaus, die als onafhankelijke afdelingen onder logotheten werden opgericht. De laatste keer dat de prefect van het Oosten rechtstreeks wordt getuigd, komt uit een wet van 629. Volgens sommige geleerden overleefden echter sporen van het systeem tot in het begin van de 9e eeuw: Ernst Stein toonde aan dat sommige aspecten van de Illyrische prefectuur overleefden in het bestuur van Thessaloniki, terwijl John Haldon, gebaseerd op sigillografisch bewijs en verwijzingen in de Byzantijnse "Taktika", het overleven van het eerdere civiele provinciale bestuur binnen het themasysteem heeft gedocumenteerd, met de prefect in Constantinopel mogelijk in een toezichthoudende functie, tot de jaren 840.