Greer werd gepromoveerd tot luitenant-commandant en diende van 1862 tot 1863, en werd vervolgens toegevoegd aan het Mississippi Squadron van Rear Admiraal David Dixon Porter. Als bevelhebber van de ironclads, nam hij deel aan de Vicksburg campagne en de bombardementen op Grand Gulf.
evenals de mislukte Red River expeditie van de Unie in het begin van 1864.