Na het oplopen van de griep, trok Hanyu zich terug uit de Japanse Nationale Kampioenschappen.
Ik weet het. Desondanks werd hij geselecteerd om deel te nemen aan de 2017 Four Continents Championships en 2017 World Championships. Bij de 2017 Four Continents Championships, Hanyu werd derde in het korte programma met een score van 97.04 punten, als gevolg van een fout in zijn combinatie. Tijdens de vrije skate maakte hij, ondanks een goede start, opnieuw een fout in wat een viervoudige-drievoudige combinatie zou moeten zijn. Hanyu improviseerde vervolgens zijn lay-out voor de tweede helft van het programma, waarbij hij met succes drie van zijn sprongpasjes veranderde in moeilijker elementen om zijn score na de fout te maximaliseren. Hij behaalde de eerste plaats in de vrije skate met een score van 206,67, maar in het algemeen eindigde hij op de tweede plaats achter Nathan Chen met ongeveer vier punten.