Goren's carrière werd gekenmerkt door een toewijding aan de religieuze zionistische waarden van zijn jeugd. Hij meldde zich in 1936 als vrijwilliger bij de Haganah en diende als kapelaan voor het gebied van Jeruzalem tijdens de Onafhankelijkheidsoorlog van 1948.
, waarin hij getest en gekwalificeerd werd als IDF-paratroeper. Goren was een kapelaan van de Carmeli Brigade tijdens de oorlog. Onmiddellijk na de Onafhankelijkheidsoorlog nam hij, vaak met groot persoonlijk risico, deel aan het verzamelen van de lichamen en het geven van een behoorlijke begrafenis aan soldaten wiens overblijfselen in het veld waren achtergelaten. Hij was sterk tegen het idee van afzonderlijke religieuze en seculiere eenheden en werkte voor de integratie van alle soldaten in verenigde leger eenheden. Hij was de meest prominente halakhist die betrokken was bij de uitspraken voor religieuze soldaten met betrekking tot hun militaire dienst. Goren werd uiteindelijk gepromoveerd tot brigadegeneraal.