In 1861 meldde Irwin zich aan boord van het schroeffregat. De Amerikaanse Burgeroorlog brak uit in april 1861, en Irwin zag veel actie tegen de geconfedereerde troepen aan boord van de "Wabash". Tijdens Irwin's tournee nam "Wabash" deel aan de verovering van Forts Hatteras en Clark
Op 29 augustus 1861 bij Hatteras Inlet, North Carolina, voordat het het vlaggenschip werd van het South Atlantic Blockading Squadron, een van de squadrons die betrokken waren bij de blokkade van de Zuidelijke havens door de Unie. "Wabash" nam vervolgens deel aan de inname van Fort Walker, Fort Beauregard en Port Royal Sound, South Carolina, in de Slag bij Port Royal op 7 november 1861. Irwin was later de bevelhebber van de howitzers "Wabash" die aan wal werden geplaatst tijdens de Slag bij Port Royal Ferry, South Carolina, op 1 januari 1862, en was aan boord van de "Wabash" voor de Slag bij Fort Pulaski op Cockspur Island, Georgia, op 10 en 11 april 1862. Hij werd gepromoveerd tot luitenant-commandant op 16 juli 1862.