Ze vertrok uit Samar op 4 november en ging terug naar Pearl Harbor waar ze meer dan een maand bleef voordat ze verder ging naar het Panamakanaal. Ze passeerde het kanaal ergens tussen 21 en 24 januari 1946 en verliet de Panama Canal Zone.
op de laatste dag. Yukon arriveerde in Norfolk op de laatste dag van januari en begon de voorbereidingen voor de inactivatie.