Completeer de volgende zin: Cena maakte een verrassende terugkeer als de laatste deelnemer van de Royal Rumble match, en won deze, en de traditionele WrestleMania XXIV titel shot, door Triple H te elimineren. In plaats van te wachten tot WrestleMania, werd de titel shot geactiveerd tegen de toenmalige WWE Champion Randy Orton op 2008's No Way Out in een match Cena won door diskwalificatie en werd daarom niet bekroond met het kampioenschap. De volgende avond op "Raw", Cena werd terug geplaatst in WrestleMania's WWE Championship match verslaan Orton in een niet-titel match met Triple H als speciale gast scheidsrechter, waardoor het een triple threat match tussen de drie mannen, waarin hij werd vastgezet door Orton. Bij Backlash slaagde Cena er niet in om de titel terug te winnen in een fatale eliminatiewedstrijd, waarin hij werd geëlimineerd door Orton. Tijdens die wedstrijd elimineerde Cena JBL en vernieuwde hun vete van 2005. Cena versloeg JBL op
Judgment Day en dan op One Night Stand in een First Blood match. Cena slaagde er ook niet in om het WWE Championship terug te winnen van Triple H bij Night of Champions. Later versloeg JBL Cena in een New York City Parking Lot Brawl op The Great American Bash in juli om de vete te beëindigen. Op de 4 augustus aflevering van "Raw", Cena werd een World Tag Team Champion voor de tweede keer, samen met Batista om Cody Rhodes en Ted DiBiase te verslaan, maar niet om het kampioenschap te behouden de volgende week tegen de voormalige kampioenen. Cena verloor van Batista bij SummerSlam. Kort daarna werd Cena benoemd tot een van de vier kandidaten voor CM Punk's World Heavyweight Championship in de Championship Scramble match op Unforgiven, maar hij werd vervangen door Rey Mysterio na een hernia in zijn nek te hebben geleden in zijn match op SummerSlam, waarvoor een operatie nodig was. Cena onderging een succesvolle operatie om de verwonding te herstellen.