In 1993 hadden de Blue Jays zeven All-Stars: buitenvelders Devon White en Joe Carter, binnenvelders John Olerud en Roberto Alomar, aangewezen hitter Molitor, plus startpitcher Pat Hentgen, en sluiter Duane Ward. In augustus, de Jays verworven voormalige nemesis Rickey Henderson van de Athletics. De Blue Jays kregen een record van 95 tegen 67, zeven wedstrijden voor op de New York Yankees, en wonnen hun derde opeenvolgende divisietitel. De Jays verslaan de Chicago White Sox vier wedstrijden tegen twee in de ALCS.
En dan de Philadelphia Phillies, vier wedstrijden tegen twee, voor hun tweede opeenvolgende World Series overwinning. De World Series bevatte verschillende spannende wedstrijden, waaronder Game 4, gespeeld onder een lichte regen, waarin de Blue Jays terugkwamen van een tekort van 14 tegen 9 om 15 tegen 14 te winnen en een voorsprong van 3 wedstrijden op 1 in de serie te nemen. Het blijft de meest scorende wedstrijd in de World Series geschiedenis. In de zesde wedstrijd in Toronto hadden de Blue Jays een voorsprong van 5-1, maar gaven ze 5 runs op in de zevende inning om 6-5 achter te blijven. Aan het eind van de negende inning sloeg Joe Carter een one-out, drie-run walk-off home run om de serie te winnen van Phillies sluiter Mitch Williams. Alleen de tweede World Series-winnende walk-off home run in de geschiedenis van Major League Baseball (na Bill Mazeroski's in Game 7 in 1960), Carter's hit verschilde van de eerste in dat Toronto, hoewel niet geconfronteerd met eliminatie, achterbleef in de bodem van de 9e. De homerun is ook gedenkwaardig voor de uitzender van de Blue Jays, Tom Cheek: