Hernández was scheidsrechter in de World Series in 2002 en 2005, evenals de All-Star Game in 1999, 2009 en 2017. Hij heeft geoordeeld in zeven League Championship Series (2000, 2001, 2003, 2004, 2007, 2010).
, 2016), en in elf League Division Series (1997, 1998, 2002, 2005, 2009, 2011, 2012, 2015, 2017, 2018, 2020). Hernández werkte ook Game 7 van de 2008 ALCS als een blessure fill-in voor Derryl Cousins. Voor de tweede helft van het honkbalseizoen 2011 werd Hernández verplaatst van de scheidsrechterskrew van Joe West naar de crew van Gerry Davis.