In 1994 was de Ferrari veel concurrerender, maar verstoord door onbetrouwbaarheid, en teamgenoot Berger werd gevestigd als teamleider. Na een derde plaats te hebben behaald in de eerste race van het seizoen, raakte Alesi zijn rug geblesseerd na een testongeluk op het Mugello-circuit in Italië na de eerste race van het seizoen (Brazilië) en werd vervangen in de Grote Prijs van de Stille Oceaan en de Grote Prijs van San Marino.
door Nicola Larini. Hij keerde terug met een vijfde plaats in Monaco en eindigde een sterke derde in Canada, maar verloor bijna de positie aan het einde van de race vanwege een versnellingsbakprobleem. Hij stopte in de Franse Grand Prix vanwege een botsing met Rubens Barrichello, maar eindigde als tweede in de Britse Grand Prix, dankzij de diskwalificatie van Michael Schumacher, en was op zoek naar een sterk resultaat in de Duitse Grand Prix, als tweede achter teamgenoot Berger, maar zijn motor faalde op de eerste ronde. De daaropvolgende races werden gekenmerkt door een reeks retraites. In Monza behaalde hij zijn eerste pole position en leidde hij tot zijn eerste pitstop, toen zijn versnellingsbak in de pitlane uitviel, en in woede reed hij terug naar Avignon met snelheden van meer dan 200 km/u. Deze reeks eindigde uiteindelijk in Japan, toen hij als derde eindigde na een duel met Nigel Mansell's Williams, en vervolgens als zesde eindigde in Australië. Alesi eindigde vijfde in het kampioenschap met 24 punten.