Deze dienst werd voortgezet tot begin 1809, toen zij naar Groot-Brittannië terugkeerde. Groot-Brittannië was inmiddels sterk betrokken bij de Baltische Zee en beschermde handelsbelangen. Een expeditie onder leiding van Sir James Gambier in juli 1807 had het grootste deel van de Deense marine gevangen genomen in de Tweede Slag om Kopenhagen, als reactie op de angst dat het in handen van Napoleon zou kunnen vallen, ten koste van het beginnen van een oorlog met Denemarken.
Ik weet het. Kapitein Hamilton verliet het schip en werd vervangen door kapitein Edward Sneyd Clay. "Temeraire" werd nu het vlaggenschip van contradmiraal Sir Manley Dixon, met de opdracht naar de Oostzee te gaan om de vloot te versterken die daar onder leiding van Sir James Saumarez was gestationeerd. Temeraire arriveerde in mei 1809 en werd gestuurd om Karlskrona aan de Zweedse kust te blokkeren.