Hoewel geboren in een Anglicaanse familie, had Newton tegen zijn dertigste een christelijk geloof dat, als het openbaar was gemaakt, niet als orthodox zou zijn beschouwd door het reguliere christendom; in de afgelopen tijd is hij beschreven als een ketter. Tegen 1672 had hij zijn theologische onderzoeken in notitieboeken begonnen op te nemen die hij aan niemand liet zien en die pas onlangs zijn onderzocht. Ze tonen een uitgebreide kennis van de geschriften van de vroege kerk aan en tonen aan dat hij in het conflict tussen Athanasius en Arius, die de Geloofsbelijdenis definieerden, de kant van Arius, de verliezer, die de conventionele kijk op de Drie-eenheid verwierp, aanhield. Newton "erkende Christus als een goddelijke bemiddelaar tussen God en de mens, die ondergeschikt was aan de Vader die hem had geschapen". Hij was vooral geïnteresseerd in profetie, maar voor hem was Christus "de apostasie van het orthodoxe christendom".
was een ketter.