Journalisten zeiden dat hij mogelijk "een leidende rol heeft gespeeld in het orkestreren" van de verkiezingsoverwinning van Ahmadinejad, en dat hij mogelijk "een sleutelfiguur is in het orkestreren van de repressie tegen anti-regeringsdemonstranten" in juni 2009, en direct verantwoordelijk is voor de paramilitaire Basij, ondanks een verduistering van zijn naam in de pers van het regime. In een open brief schrijft Mehdi Karroubi, ex-voorzitter van de Majlis (parlement) en een reformistische kandidaat in de presidentsverkiezingen van 2009
, beschuldigde Mojtaba Khamenei expliciet van deelname aan een samenzwering om de verkiezingen te manipuleren, verwijzend naar illegale inmenging van "een netwerk".