Hij sloot zich in 1973 aan bij de Soedanese luchtmacht. Hussein studeerde af aan de prestigieuze Cranfield University in het Verenigd Koninkrijk met een masterdiploma in luchtvaarttechniek in 1982. Hij speelde een belangrijke rol in de Soedanese staatsgreep van 1989.
, en daarna in 1990 secretaris-generaal van de Revolutionaire Commando Raad voor Nationale Redding; de regerende autoriteit van Soedan tussen 1989 en 1993.