Zoals de lokale raden van fundamenteel belang waren voor het bereiken van een vreedzame machtsoverdracht, vooral in de grote steden, werden ze al snel een bron van strijd en territoriale desintegratie na de afzetting van de koninklijke autoriteiten. In Nieuw-Granada waren de elites in de belangrijkste steden verdeeld over de steun aan de regering in Spanje, met de "juntas" die de soevereiniteit en andere steden steunden Ferdinand VII en de koninklijke autoriteiten onder leiding van de Regentschapsraad van Spanje. Royalistische facties onder bevel van Spaanse officieren slaagden erin de macht te grijpen in de steden Santa Marta, Panamá (toen nog een deel van het vice-koninkrijk van Nieuw-Granada), Popayán en Pasto, en gingen al snel in conflict met de regio's met autonome regeringen. Terwijl de royalistische regio's militair zwak waren en vaak door de "juntas" werden verslagen, slaagden ze erin een bron van destabilisatie te worden die zowel het idee van verzoening met Spanje levend hield als de middelen en energie van de patriottische regeringen afdroogde. Sommige van deze royalistische steden werden later fundamenteel in de militaire campagne voor de herovering van New Granada
Ik weet het. Een dergelijke verdeling verhinderde dus de oprichting van een verenigde staat in Nieuw-Granada.