Ondertussen was koning Ferdinand VII van Spanje aan de macht hersteld en stuurde een groot leger om de opstanden te onderdrukken en de verloren koloniën te heroveren. Het Spaanse leger onder bevel van generaal Pablo Morillo voerde een gewelddadige, succesvolle militaire campagne
Die culmineerde in de verovering van Santafé op 6 mei 1816. Uit angst voor de troepen van Morillo vluchtte Torres naar het kleine stadje El Pital, nabij Neiva. Vervolgens probeerde hij het land te ontvluchten door aan boord van een schip naar Argentinië te gaan in de haven van Buenaventura, maar hij werd gevangen genomen door de troepen van Juan Sámano nadat het schip in juli 1816 zonder hem en anderen was vertrokken. Hij werd naar Santafé gestuurd, waar hij op 5 oktober 1816 door een vuurpeloton werd geëxecuteerd wegens verraad tegen de Spaanse monarchie.