Schrijf een vervolg op deze paragraaf - Een fervente tegenstander van de reactie van bondskanselier Angela Merkel op de migratiecrisis in de jaren 2010
Seehofer dreigde een formele klacht in te dienen bij het Grondwettelijk Hof, met de historische CDU/CSU alliantie in gevaar om te splitsen en voor het eerst tegen elkaar op te treden in heel Duitsland, maar dat gebeurde niet. Hij is voorstander van een federale limiet op het aantal vluchtelingen dat de Duitse regering moet opnemen. Na een historisch slechte campagne in de federale verkiezingen van 2017 met een campagne die werd bekritiseerd voor het nabootsen van het Alternatief voor Duitsland, de partij die haar slechtste resultaat sinds 1949 behaalde, en een mislukte poging om in 2018 voor een derde termijn als minister-president te lopen, werd hij onder druk gezet door zijn partij om af te treden en in plaats daarvan besloot hij het ambt van minister van Binnenlandse Zaken, Bouw en Gemeenschap (oorspronkelijk bedoeld voor Joachim Herrmann) in de vierde regering van Merkel op zich te nemen, om het migratiebeleid naar zijn mening vorm te geven. In juli 2018 bracht een weeklang meningsverschil tussen Seehofer en Merkel de regering bijna ten val en dreigde opnieuw serieus met een splitsing tussen de CDU en de CSU, maar ze vonden uiteindelijk een compromis.