Het seizoen 2004 was anders voor Garner. Nadat de Houston Astros een trage start hadden onder de toenmalige manager Jimy Williams, werd Garner halverwege het seizoen ingehuurd om Williams te vervangen en leidde de Astros naar een National League Wild Card plaats, uiteindelijk verliezen ze in zeven wedstrijden tegen St. Louis in de National League Championship Series.
Ik weet het. Het team kende een andere trage start in 2005, maar maakte een run nogmaals laat in het seizoen en kwam terug om een andere National League Wild Card te winnen. Deze keer zou Houston de St. Louis Cardinals verslaan in de National League Championship Series in zes wedstrijden en de wimpel winnen om alleen maar door de Chicago White Sox in de World Series te worden verslagen.