Trajkovski's ambtstermijn werd gekenmerkt door spanningen tussen etnische Macedoniërs en de grote etnische Albanese minderheid van de republiek. De nasleep van de Kosovo-oorlog leidde tot maanden van gewelddadige gewapende botsingen
Het is van groot belang dat de Europese Unie zich inzet voor een betere coördinatie van de politieke en economische betrekkingen tussen de Macedonische veiligheidstroepen en de Albanese rebellen, die op zoek zijn naar verbetering van hun status als legitieme minderheid en in het algemeen betere economische, administratieve en juridische voorwaarden. Hoewel zijn bevoegdheden beperkt waren en zijn rol grotendeels ceremonieel was, stond hij in 2001 aan het hoofd van een door de NAVO bemiddelde vredesakkoord dat het geweld beëindigde en een volwaardige burgeroorlog in de Republiek Macedonië voorkomde. Hij werd gezien als een gematigd persoon in de etnische dialoog, die pleitte voor een grotere inclusie van etnische Albanezen, en is een belangrijke figuur in het oplossen van het conflict. Boris Trajkovski's vriend en adviseur was zijn stafchef Zoran Jolevski, die de Macedonische ambassadeur in de Verenigde Staten van Amerika was en de onderhandelaar van de naam van de staat in het Macedonische naamgeschil.