Frizzell werd die dag gevangen genomen door de Confederatie. Een week later werd hij vrijgelaten door de Confederatie in een gevangenenruil en bracht de volgende twee maanden door in een ziekenhuis in Memphis, Tennessee. Later in 1863 voegde zijn eenheid zich bij de gelederen van generaal William Tecumseh Sherman en vocht in de
Slag bij Lookout Mountain bij Chattanooga. Na opnieuw te zijn ingelijfd in januari 1864, sloot Frizzell en de 6th Missouri infanterie zich aan bij generaal Sherman op zijn mars door Georgia. Frizzell werd op 14 mei 1864 in de slag bij Resaca, Georgia, in de linkerknie geschoten. Hij bleef vechten tot Lynch Creek, North Carolina, waar de Confederaten hem weer gevangen namen op 1 maart 1865. Nadat hij was ontsnapt, hoorde hij dat de oorlog voorbij was en, in zijn eigen woorden, "begon hij zijn weg terug naar Madison County te werken, zo goed als hij kon".