Nakajima nam deel aan 80 Formule 1 Grands Prix, debuteerde in de Braziliaanse Grand Prix
Op 12 april 1987 bracht Honda motoren naar het Lotus team. Hij was 34 jaar oud in zijn debuutrace, waardoor hij een van de oudste Formule 1-debutanten van het moderne tijdperk is. Hij eindigde als zesde en scoorde een punt in zijn tweede race, de San Marino Grand Prix van 1987. Tijdens zijn debuutseizoen werd Nakajima overtroffen door zijn teamgenoot Ayrton Senna, en velen stelden Nakajima's plaats in de F1 in twijfel, en zeiden dat als het niet voor Honda was, hij er niet op verdienste zou zijn geweest.