Voltooi de volgende zin: Tijdens de oorlog van 1654 tot 1667 met Rusland en tijdens de Grote Noordelijke Oorlog (1700 tot 1721) leed Merkinė zwaar onder Russische en Zweedse legers en verloor het zijn strategische en economische betekenis. Merkinė werd opnieuw verbrand door het Russische leger tijdens de
Opstand van 1794 die probeerde het Poolse-Litouwse Gemenebest van Russische invloed te bevrijden. In 1794 wordt de stad in een inventaris van de rivier Nemunas genoemd, ook de rivieren Nemunas en Merkys werden beoordeeld als geschikt voor navigatie. In 19e-eeuwse documenten werd Merkinė genoemd als rivierhandelscentrum waar rivierhandelsschepen werden gebouwd.