De Spaanse "veroveraar" Pedro de Alvarado passeerde Soconusco met een aanzienlijke troepenmacht in 1523, op weg naar Guatemala
Ik weet het. Het leger van Alvarado omvatte geharde veteranen van de verovering van de Azteken, en omvatte cavalerie en artillerie; er waren ook een groot aantal inheemse bondgenoten uit Cholula, Tenochtitlan, Tezcoco, Tlaxcala en Xochimilco. Alvarado werd in vrede ontvangen in Soconusco, en de inwoners zwoeren trouw aan de Spaanse kroon. Zij meldden dat naburige groepen in Guatemala hen aanvielen vanwege hun vriendelijke houding ten opzichte van de Spanjaarden. Alvarado's brief aan Hernán Cortés waarin hij zijn doortocht door Soconusco beschrijft, is verloren gegaan, en kennis van de gebeurtenissen daar komt uit het verslag van Bernal Díaz del Castillo, die niet aanwezig was, maar het verslag van Gonzalo de Alvarado vertelde. Tegen 1524 was Soconusco volledig door Alvarado en zijn troepen bevrijd. In de komende vijftig jaar stortte de inheemse populatie catastrofaal in als gevolg van blootstelling aan ziekten uit de Oude Wereld, met een geschatte daling van 90-95%. Desondanks eiste het koloniale bestuur twee keer zoveel cacao als de Azteeken vóór de Spaanse invasie hadden gekregen, en cacao bleef gedurende de hele koloniale periode een belangrijk gewas. Vanwege het economische belang van cacao voor de nieuwe kolonie, waren de Spanjaarden terughoudend om de inheemse bewoners ver van hun gevestigde cacao boomgaarden te verplaatsen. Als gevolg hiervan was het minder waarschijnlijk dat de inwoners van Soconusco in nieuwe "reducción" - nederzettingen werden opgerold, waar het planten van een nieuw cacaoboogst vijf jaar zou hebben geduurd om te rijpen.