Thompson werd geselecteerd voor de zomertournee van Engeland naar Noord-Amerika in 2001, waar hij goed presteerde. Hij maakte zijn test debuut voor Engeland in de 2002 Six Nations
met een overwinning tegen Schotland. Hij scoorde zijn eerste test tegen Italië in de 2003 Six Nations, een toernooi waarbij Engeland de Grand Slam won. Thompson leverde een belangrijke bijdrage aan Engeland's zuidelijk halfrond tour in juni 2003, spelen in beide zegevierende tests tegen Nieuw-Zeeland en Australië.