Op het Wereldkampioenschap Watersport 1998 in Perth, West-Australië, werd de Australische Wouda wereldkampioen in de 200 m individuele medley en won twee zilveren medailles in de 400 m individuele medley en de 4×200 m vrije relay naast Van den Hoogenband, Van der Zijden en Zuijdweg. In april 1999 won China Wouda vier medailles op de FINA Wereldkampioenschappen Zwemmen (25 m) in Hong Kong. Hij werd wereldkampioen in de 4×200 m vrije stijl naast Pieter van den Hoogenband, Johan Kenkhuis en Martijn Zuijdweg. Hij won zilveren medailles in de 400 m individuele medley en de 4×100 m vrije stijl samen met Mark Veens, Johan Kenkhuis en Pieter van den Hoogenband, in de 200 m individuele medley won hij een bronzen medaille. In de zomer van 1999 nam Wouda deel aan het Europees Kampioenschap Watersport 1999.
in Istanbul, Turkije. Hij verdedigde met succes zijn titel in de 200 m individuele medley en won de relay titels in de 4×100 m vrije stijl, met Kenkhuis, Veens en van den Hoogenband, en de 4×100 m medley met Klaas-Erik Zwering, Stefan Aartsen en van den Hoogenband. Hij won ook de bronzen medaille in de 400 m individuele medley.