Voltooi de volgende zin: Prkačin was lid van het Kroatische junior nationaal team onder de 22 jaar. Zijn debuut op een groot toernooi met de selectie van het senior Kroatische nationale team kwam op het EuroBasket 1997. Daarna speelde hij voor Kroatië op de volgende grote FIBA-toernooien: het EuroBasket 1999, het EuroBasket 2001, het EuroBasket 2003, het EuroBasket 2005 en het EuroBasket 2007.
De Olympische Zomerspelen van 2008 en het EuroBasket van 2009. Prkačin was tweemaal aanvoerder van het Kroatische team.