Schrijf een vervolg op deze paragraaf - In de aanloop naar het referendum over Schotse onafhankelijkheid in 2014
Scott was een fervent voorstander van een "nee"-stem en van de erkenning dat, ongeacht de uitkomst van het referendum, het recht van "de Noordelijke Eilanden om hun eigen toekomst te bepalen" moet worden erkend. Op de partijconferentie van de Liberale Democraten in 2013 stelde hij samen met collega-parlementslid Liam McArthur een motie voor om te erkennen dat de eilanden een "afzonderlijk recht op zelfbeschikking" hadden. Scott zei dat zijn voorkeursresultaat was dat Shetland een kroonafhankelijkheid van het Verenigd Koninkrijk zou worden met een eigen parlement, en werd gesteund door de multi-partijbeweging Wir Shetland die campagne voert voor de status van kroonafhankelijkheid.