Op 9 maart 2009 kondigde Mousavi, na 20 jaar politiek stilzwijgen, zijn intentie aan om deel te nemen aan de Iraanse presidentsverkiezingen van 2009.
Ik weet het. Hij verklaarde dat zijn belangrijkste doelen waren: het institutionaliseren van sociale rechtvaardigheid, gelijkheid en eerlijkheid, vrijheid van meningsuiting, het uitroeien van corruptie en het versnellen van het stagnerende privatiseringsproces van Iran, en zo Iran weg te bewegen van wat hij noemde "een aalmoezen-gebaseerde economie". Mousavi bekritiseerde de toenmalige conservatieve president, Mahmoud Ahmadinejad, voor zijn vermeende economische wanbeheer, en vroeg, toen Iran "winsten maakte van de hoge olieprijzen, voorzag hij (Ahmadinejad) in een situatie waarin de prijzen zouden dalen?" Op 16 maart 2009 trok de voormalige Iraanse president Khatami zich terug uit de verkiezingen ter ondersteuning van Mir-Hossein Mousavi.