Schrijf een vervolg op deze paragraaf - Vaughan overleefde de plundering van Derry in 1608
Tijdens de opstand van O'Doherty. Hij werd in 1611 militair gouverneur van de stad en herstelde de fortificaties die oorspronkelijk door Docwra waren gebouwd. Hij werd in 1615 tot ridder benoemd. Hij was ook twee keer burgemeester van de stad en is beschreven als "de meest opvallende figuur in Derry gedurende vijfendertig jaar [...] een permanent element in het bestuur van de stad". Als gouverneur was hij verantwoordelijk voor de bouw van veel van de belangrijke structuren van de stad, met name de stadsmuren van Derry en de St Columb's Cathedral, die onder zijn toezicht in 1633 werden voltooid. Vaughan was verantwoordelijk voor het organiseren van de verdediging van Derry tijdens de opstand van 1641 en het begin van de Confederatie Oorlogen, maar stierf in 1643 en werd opgevolgd als gouverneur door Robert Stewart.