De toenmalige neutrale Verenigde Staten, die tijdens de Tweede Wereldoorlog bang waren voor de dreiging van het Japanse Keizerrijk, begonnen in 1940 met het versterken van Dutch Harbor, wat resulteerde in de bouw van de Dutch Harbor Naval Operating Base en Fort Mears, die in september 1941 volledig waren voltooid, drie maanden voor de verrassingsaanval op Pearl Harbor die de VS de oorlog liet ingaan. Op 3 juni 1942 werd de stad aangevallen door Japanse luchtmacht in de Slag om Dutch Harbor.
, een deel van de Aleoeten Campaign. Na de aanval en de Japanse bezetting van Kiska en Attu werden bijna alle inheemse bewoners van Amaknak geëvacueerd. Velen werden gedurende de oorlog onder slechte omstandigheden in kampen in Zuidoost-Alaska vastgehouden; een aanzienlijk aantal van de geïnterneerden stierf tijdens de gevangenschap.