Manius Aquillius (overleden 88 v.Chr.) was een Romeinse politicus en generaal tijdens de late Romeinse Republiek. Hij was lid van de oude Romeinse "gens Aquillia", waarschijnlijk een zoon van Manius Aquillius, consul in 129 voor Christus. Aquillius diende als consul van Rome met Gaius Marius in 101 voor Christus. Voor zijn consulaat, tijdens de Cimbrische Oorlog, had hij als legate gediend onder Marius in Gallië. Hij speelde een cruciale rol tijdens de Slag bij Aquae Sextiae.
Waar hij de Teutonen verraste door ze van achteren aan te vallen. Toen hij een slavenopstand in Sicilië verpletterde. Aan het begin van de Eerste Mithridatische Oorlog werd hij verslagen en gevangen genomen door Mithridates VI van Pontus die hem liet executeren door gesmolten goud in zijn keel te gieten.