Op 6 en 17 juli 1794 leidde Dubois zijn troepen in gevechten tegen de coalitie. Hij vocht in de Slag bij Aldenhoven op 2 oktober, waar hij de 4.000 man sterke cavalerie reserve leidde. Hij kreeg ruzie met de bevoorradingsafdeling, wat een breuk veroorzaakte met Jourdan. Hij verliet het leger vroeg in 1795. De Opstand van 1 Prairial Jaar III brak uit op 20 mei 1795 toen een menigte gewapende mensen de Nationale Conventie binnendrongen en een afgevaardigde vermoordden. In Parijs kreeg Dubois op 21 maart het bevel over de cavalerie van de hoofdstad. De volgende dag verpletterden soldaten onder Jean-Charles Pichegru de opstand. Dubois keerde terug naar het "Armee van het Noorden" waar hij de Jemappes-afdeling leidde. Geïrriteerd door deze inactieve rol, vroeg hij om een overplaatsing naar het "Armée d'Italie" om de vermoorde Amédée Emmanuel François Laharpe te vervangen; het verzoek werd ingewilligd. Op 4 september 1796 werd Dubois geraakt door drie musketballen terwijl hij zijn ruiters leidde in de Slag bij Rovereto.
Ik weet het. De dodelijk gewond geraakte generaal gaf Napoleon Bonaparte een zucht: "Ik sterf voor de Republiek. Heb ik de tijd om te weten of de overwinning compleet is?" Dubois staat op kolom 25 van de Arc de Triomphe.