Soto speelde 75 internationale wedstrijden voor het nationale team van Peru en scoorde drie doelpunten. Hij maakte zijn debuut op 25 november 1992 in een 1-1 gelijkspel tegen Ecuador, en speelde zijn laatste internationale wedstrijd op 33-jarige leeftijd in een kwalificatiewedstrijd voor het WK tegen Chili op 9 september 2003. Soto's internationale carrière omvatte de Copa América-toernooien van 1993
, 1995, 1999 en 2001.