In mei 1859 leed Oostenrijk een militaire nederlaag in de Slag bij Varese en in juni bij Magenta.
tegen de gecombineerde troepen van Frankrijk en Sardinië. De keizer weigerde de ernst van de situatie te erkennen, die thuis grote ontberingen veroorzaakte, en nam het directe bevel over het leger, hoewel hij geen professionele soldaat was. Later die maand besloot een nieuwe nederlaag bij Solférino het lot van Oostenrijk, en de keizer moest bij Villafranca de voorwaarden van Napoleon aanvaarden. Oostenrijk stemde ermee in Lombardije af te staan en de heersers van de centrale Italiaanse staten moesten worden hersteld. Dit laatste gebeurde echter nooit, en het volgende jaar voegden ze zich in plebiscissen allemaal bij het Koninkrijk Sardinië-Piedmont. In april 1860 had Garibaldi Sicilië binnengevallen en snel onderworpen, en in februari 1861 hield het Koninkrijk van de Twee Sicilieën op te bestaan, Franciscus en Maria vluchtten naar Oostenrijk.