Linscott werd benoemd tot operatie- en opleidingsofficier bij de staf van de Amfibie-eenheid, Atlantische Vloot onder generaal-majoor Holland Smith en werd gepromoveerd tot kolonel in oktober 1941. Na de toetreding van de Verenigde Staten tot de Tweede Wereldoorlog, werd Linscott in juni 1942 naar de Zuid-Pacifische Oceaan gestuurd en toegevoegd aan de staf van de commandant, Amphibious Force South Pacific onder vice-admiraal Richmond K. Turner. Linscott werd benoemd tot adjunct stafchef en nam deel aan verschillende grote campagnes op de Salomonseilanden.
, New Georgia, Bougainville en de Gilbert- en Marshall-eilanden. Hij bleef in Turner's staf na de herbenoeming van Amphibious Force South Pacific tot de Third Amphibious Force en onderscheidde zich in die hoedanigheid. Later ontving hij twee onderscheidingen van het Legioen van Verdienste voor zijn dienst.