Voltooi de volgende zin: Pinckney hielp de St James Mounted Riflemen te vormen en leidde hen. Hun doel was om de verschillende plantages op de Santee River delta te verdedigen tegen Noordse invallen. Hij gebruikte verder zijn land bij Echaw Plantation om Battery Warren te bouwen om een Zuidelijke spoorwegbrug over de Santee te beschermen. Na verloop van tijd werden hij en zijn mannen gereorganiseerd onder het bevel van toenmalig majoor Arthur Middleton Manigualt in McClellanville en later, onder generaal M. C. Butler, werden ze naar Virginia gestuurd. Bij de
Pinckney werd gevangen genomen. Als krijgsgevangene werd hij bijna uitgehongerd en in de vuurlinie gehouden op Morris Island door soldaten van de Unie als vergelding voor de behandeling van soldaten van de Unie door de Confederatie. Hij en de anderen die zo werden behandeld, werden in de Confederatie bekend als de Onsterfelijke Zeshonderd omdat ze weigerden een eed van trouw aan de Verenigde Staten af te leggen. Uiteindelijk werd Pinckney uitgewisseld voor soldaten van de Unie en voorwaardelijk vrijgelaten.