In maart 1945 vertrok het 2/9e gepantserde regiment naar Morotai in Nederlands-Indië als onderdeel van de voorbereidingen voor een van de laatste veldtochten van de oorlog. Het regiment was verbonden aan de 9e divisie tijdens de Borneo-campagne om gepantserde ondersteuning te bieden. Aangezien de operaties van de 9e divisie op verschillende locaties en op verschillende tijden zouden plaatsvinden, vormde het regiment een aantal squadron-groepen die op brigadeniveau zouden worden toegevoegd. Het eerste element van het regiment dat actie zag was 'C' Squadron, dat de 26e Brigade ondersteunde tijdens de Slag bij Tarakan in mei en juni en deelnam aan de opmars langs de Anzac en Bourke Highways, en hielp het vliegveld en de olievelden te beveiligen. Op 10 juni 1945 nam 'B' Squadron deel aan de landing bij Labuan.
als onderdeel van Operatie Oboe Six, en ondersteunde de 24e Brigade's opmars, bij het veroveren van het vliegveld, en verschillende posities langs de MacArthur Road. Tegelijkertijd landde 'A' Squadron op het schiereiland Borneo, waarbij de stad werd beveiligd voordat het werd gebruikt in een defensieve rol vanwege het ondoordringbare terrein verder in het binnenland, dat alleen te voet passeerbaar was.