In januari 1942 werd Houghton tweede in bevel van 40 Commando, en nam deel aan de mislukte aanval op Dieppe.
op 19 augustus 1942. Net als de meerderheid van zijn eenheid, werd hij gevangen genomen door de Duitsers in het fiasco. Als krijgsgevangene werd Houghton 411 dagen geketend en bleef hij de rest van de oorlog in gevangenschap. Hij werd vervolgens bekroond met het Militair Kruis voor zijn moed in Dieppe en voor zijn uithoudingsvermogen als krijgsgevangene.