Haryanto was de tweede coureur die werd uitgeschakeld voor de kwalificatie voor de Grand Prix van Bahrein in 2016.
, voor Felipe Nasr. Dit betekende echter een 20e plaats op de grid vanwege Renault's Kevin Magnussen die vanaf de pitlane moest starten nadat hij tijdens de training niet had kunnen stoppen om te wegen. Hij was de laatste auto die de race beëindigde, op de 17e plaats en een ronde achter. Hij slaagde erin de andere Renault-coureur Jolyon Palmer te verslaan naar de 21e plaats in China, voordat hij verstrikt raakte in een eerste ronde crash in Rusland waarbij Nico Hülkenberg en Esteban Gutiérrez betrokken waren. Haryanto herhaalde zijn prestatie in Bahrein in Spanje, met zijn volgende race in Monaco die hem een carrière-beste 15e plaats opleverde, hoewel 4 ronden achter en opnieuw de laatste geklasseerde finisher. Hij bleef de laatste gerangschikte auto in de volgende twee races, met 19e en 18e plaatsen, voordat een 16e plaats in Oostenrijk de aandacht vestigde op de kloof in talent tussen hem en teamgenoot Wehrlein, die in dezelfde race het enige punt van het seizoen van Manor scoorde. Hij sloeg af in het natte in Groot-Brittannië, terwijl wat zijn laatste twee races zouden worden, hem opnieuw de laatste geklasseerde finisher zag, omdat zijn toekomst onduidelijk werd vanwege een gebrek aan sponsoring.