Toen Leoncio Prado 26 jaar oud was, brak in 1879 de oorlog met Chili uit, de zogenaamde oorlog van de Stille Oceaan, dus keerde de jonge officier terug naar Peru om zijn land te verdedigen. Hij nam deel aan de marine en later aan het leger. Ten eerste kreeg hij de organisatie van een torpedoboot die op het eiland Alacrán in de haven van Arica tegen de Chileense zeemacht moest optreden. Later, toen hij in 1880 het Leger van het Zuiden integreerde, kreeg hij de opdracht om een militair lichaam te vormen waarmee hij deelnam aan de Slag bij Tacna.
In mei. Na de Peruaanse nederlaag in die slag leidde hij een guerrillaoorlog rond Tacna, totdat hij in juli bij Tatara door de Chilenen werd gevangen genomen. Maar toen werd hij vrijgelaten op voorwaarde dat hij niet meer in de oorlog zou vechten, wat hij niet nakwam. Hij nam later deel aan de Sierra-campagne, en stierf kort na de Slag bij Huamachuco in 1883.