Prudnikova speelde voor het Russische nationale team in de Vrouwen Schaken Olympiade van 1992 en 1996, en droeg bij aan een 3e plaats eindigen in het laatste evenement. Als vertegenwoordiger van haar geadopteerde land FR Joegoslavië in 2000, 2002 en 2004, hielp ze haar team om een eervolle 5e plaats te behalen op de 34e Schakenolympiade.
In 2000 werd de Ze won twee Olympische individuele gouden medailles op board 2 bij beide gelegenheden: in 1992 en 2002.