De divisie voerde actie tegen het Amerikaanse leger tijdens de Slag bij Morotai.
van september 1944 tot het einde van de oorlog. Twee bataljons van het 211ste Infanterie Regiment werden naar Morotai gestuurd, dat slechts op korte afstand van Halmahera was, om een vliegveld te ontwikkelen in mei 1944, maar deze werden in juli 1944 teruggetrokken toen het vliegveld werd verlaten vanwege drainageproblemen. Dit liet Morotai slechts licht verdedigen toen een grote geallieerde troepenmacht daar op 15 september 1944 landde en de geallieerden in staat waren om hun doelstellingen in het zuidwesten van het eiland snel te beveiligen. Elementen van de 32e divisie, waaronder het 3e bataljon van het 210e infanterie regiment en het hele 211e infanterie regiment, werden tussen september en november 1944 door een blokkade van de Amerikaanse marine naar Morotai getransporteerd in een poging om de geallieerde basis aan te vallen die op het eiland werd ontwikkeld. De divisie was echter niet in staat om deze aanval te lanceren, omdat er niet voldoende voorraden door de Amerikaanse blokkade konden worden gebracht. Als gevolg daarvan trokken de Japanse troepen op Morotai zich terug naar het midden van het eiland, waar velen stierven aan ziekte en honger.