In 1940 aanvaardde Friedman een functie aan de Universiteit van Wisconsin-Madison, maar verliet het vanwege verschillen met de faculteit over de betrokkenheid van de Verenigde Staten bij de Tweede Wereldoorlog. Friedman geloofde dat de Verenigde Staten de oorlog zouden moeten aangaan. In 1943 sloot Friedman zich aan bij de afdeling Oorlogsonderzoek aan de Columbia University (onder leiding van W. Allen Wallis en Harold Hotelling), waar hij de rest van de Tweede Wereldoorlog doorbracht als wiskundig statisticus, gericht op problemen van wapenontwerp, militaire tactieken en metallurgische experimenten.
1945 - De oorlog