Toen de Grieken echter verwikkeld raakten in burgeroorlogen, riep de sultan zijn sterkste onderdaan, Muhammad Ali van Egypte, om hulp. Geplaagd door interne conflicten en financiële moeilijkheden om de vloot in constante paraatheid te houden, slaagden de Grieken er niet in de verovering en vernietiging van Kasos en Psara in 1824 te voorkomen, of de landing van het Egyptische leger bij Modon. Ondanks de overwinningen bij Samos en Gerontas, dreigde de revolutie met ineenstorting tot de interventie van de grote mogendheden in de Slag bij Navarino.
In 1827. Daar werd de Egyptisch-Ottomaanse vloot beslissend verslagen door de gecombineerde vloot van Groot-Brittannië, Frankrijk en het Russische Rijk, waardoor de onafhankelijkheid van Griekenland effectief werd verzekerd.