In het seizoen 2011-12 speelde Júlio César zijn 200ste Serie A-wedstrijd op 1 oktober 2011 in het 3-0 thuisverlies tegen Napoli, waarbij hij in de eerste helft een strafschop bespaarde. Later op 22 november maakte Júlio César zijn 50e UEFA Champions League-optreden in de 1-1 gelijkspel tegen Trabzonspor in de 2011-12 UEFA Champions League Groep B wedstrijddag 4. Deze remise was genoeg voor Inter om een plek in de achtste ronde te krijgen. Hij bereikte een eeuw van schone lakens in Serie A op 18 maart 2012 door te spelen in de doelloze gelijkspel tegen Atalanta in de wedstrijddag 28. Deze remise betekende dat Inter slechts één van hun laatste negen competitiewedstrijden heeft gewonnen. Júlio César's 300ste optreden in alle wedstrijden voor Inter vond plaats op 6 mei in de voorlaatste week van de Serie A tegen Milaan, waarin Inter won met 4-2. Hij gaf een controversiële strafschop toe aan Kevin-Prince Boateng en was betrokken bij een verbale confrontatie met Zlatan Ibrahimović die de strafschop omzette. Hij werd geboekt voor de strafschop waardoor hij de laatste wedstrijd van het seizoen tegen Lazio miste. Hij eindigde zijn zevende seizoen bij Inter door 40 wedstrijden te spelen in alle competities. Inter eindigde zesde in de competitie.
, met het team slechts vijf doelpunten te kort om hun slechtste concessie aller tijden in een enkele Serie A-seizoen te evenaren. In de Champions League werd het team in de achtste ronde geëlimineerd door Marseille op weggoelregel en werd het uit de Coppa Italia uitgeschakeld door Napoli. Met sommige critici die geloofden dat Júlio César in vorm was gedaald sinds het seizoen 2009/10, tekende Inter de Sloveense keeper Samir Handanović van Udinese om de eerste keeper te worden.