Op 1 maart 1862 ging Timrod als soldaat in dienst bij Compagnie B van het 20ste regiment van Zuid-Carolina en werd hij als klerk bij het hoofdkwartier van het regiment in dienst gesteld, maar zijn tuberculose verhinderde veel dienst en hij werd naar huis gestuurd. Na de bloedige Slag van Shiloh
Hij probeerde opnieuw het kampleven te leven als oorlogscorrespondent voor de Charleston Mercury, maar ook dit was van korte duur omdat hij niet sterk genoeg was voor de ruige taak.