In december 1944, toen de gecombineerde Filippijnse en Amerikaanse troepen hun opmars voortzetten om de Filippijnen van de Japanse troepen te bevrijden, werd de regering van de Tweede Filippijnse Republiek, waaronder Aquino, naar Baguio verplaatst. Vervolgens werd het naar Japan gevlogen waar, samen met andere functionarissen, de leden werden gearresteerd en gevangen gezet in de Sugamo-gevangenis toen de Japanners zich overgaven.
Ik weet het. Op 25 augustus 1946 werd Aquino teruggevlogen naar de Filippijnen voor zijn proces op grond van verraadsaanklachten door het People's Court; een paar weken later werd hij op borgtocht vrijgelaten.