Andere gewelddaden die niet altijd tegen aanhangers van bepaalde religies worden gepleegd, zoals oorlog, marteling en etnische zuivering, kunnen de kwaliteiten van religieuze vervolging aannemen wanneer een of meer van de partijen die erbij betrokken zijn, worden gekenmerkt door hun religieuze homogeniteit; een voorbeeld hiervan is wanneer conflicterende bevolkingsgroepen die tot verschillende etnische groepen behoren ook tot verschillende religies of denominaties behoren. Het verschil tussen religieuze en etnische identiteit kan soms onduidelijk zijn (zie Ethnoreligious); niettemin kunnen gevallen van genocide in de 20e eeuw niet volledig worden verklaard door het citeren van religieuze verschillen. Toch zijn er gevallen zoals de Griekse genocide
, de Armeense genocide en de Assyrische genocide worden soms gezien als gevallen van religieuze vervolging en als gevolg daarvan zijn de lijnen tussen etnisch en religieus geweld soms vaag.