Na Fort Donelson werd de 41ste Illinois toegewezen aan de 1e Brigade in Stephen A. Hurlbut's 4e Divisie van het Leger van Tennessee. Kort nadat de gevechten begonnen bij de Slag bij Shiloh
Nelson G. Williams werd zwaar gewond en het commando van de brigade werd overgedragen aan Pugh. Kolonel Pugh leidde bekwaam de brigade door de twee dagen van de gevechten bij Shiloh in de buurt van "Bloody Pond".