Voltooi de volgende zin: Op 1 mei vocht het regiment bij de
Slag bij Port Gibson, waar het en het 3e Missouri Infanterie Regiment de lijn van de Unie belaagden in een poging om de blootgestelde flank van de vijand om te draaien. De twee regimenten raakten echter de Unielijn niet aan de flank en raakten in plaats daarvan een gebied met meer steun. Na zware gevechten werden de twee regimenten gedwongen zich terug te trekken. Op 16 mei voegde het regiment zich bij een grote aanval in de Slag bij Champion Hill. De geconfedereerde aanval op Champion Hill veroverde twee belangrijke slagvelden, maar versterkingen van de Unie en een gebrek aan munitie dwongen de mannen zich terug te trekken. Na een nederlaag in de Slag bij de Big Black River Bridge op 17 mei, ging het regiment de verdediging van Vicksburg, Mississippi binnen. Tijdens het beleg van Vicksburg hielp het regiment de aanvallen van de Unie af te weren op 19 en 22 mei. Op 25 juni en 1 juli verzette het regiment zich tegen pogingen van de Unie om de Confederatielijnen te doorbreken door zwart poeder te laten ontploffen onder de Confederatie verdedigingswerken. Het Confederatie garnizoen van Vicksburg gaf zich op 4 juli over en de mannen van de 5e Missouri Infanterie werden voorwaardelijk vrijgelaten. Na de uitwisseling werd de 5th Missouri Infantry gecombineerd met de 3rd Missouri Infantry om het 3rd en 5th Missouri Infantry Regiment (Consolidated) te vormen; de 5th Missouri Infantry hield op te bestaan als een aparte eenheid.