In 1846 werd hij toegewezen aan de USS "Mississippi", het vlaggenschip van het West-Indiase Squadron onder Commodore Matthew C. Perry. Tijdens de Mexicaans-Amerikaanse Oorlog nam hij deel aan expedities tegen Alvarado, Tampico, Pánuco en Laguna de Términos, die allemaal succesvol waren in het vergroten van de Amerikaanse controle over de Mexicaanse kustlijn en het onderbreken van commerciële en militaire bevoorradingsactiviteiten langs de kust. Het schip keerde terug naar Norfolk voor reparaties op 1 januari 1847, waar Anderson werd gepromoveerd tot luitenant. Mississippi keerde vervolgens terug naar de strijd, aankomend in Veracruz op 21 maart 1847, met Perry om het commando over de Amerikaanse vloot over te nemen. Zij en haar mannen begonnen onmiddellijk met de amfibie-operaties tegen Veracruz.
Ze leverden wapens en bemanningen aan de batterij die de stad binnen vier dagen overgaf. Gedurende de rest van de oorlog droeg de Mississippi wapens, manschappen en boten bij aan een reeks aanvallen op de oostkust van Mexico. In juni 1847 nam ze deel aan de inname van Tabasco.