In september 1939 brak de oorlog uit en Möller ging in dienst. Hij hervatte zijn functies bij de, hoewel de vereniging tot 1945 vrij inactief bleef.
Ik weet het. In dat jaar stierf Nirrnheim een paar dagen na zijn tachtigste verjaardag, en Möller keerde terug van de oorlog naar Hamburg, waar hij zijn taken hervatte zowel bij de Hamburgse Geschiedenisvereniging als als senior lid van het managementteam bij de stadsarchieven. In 1948 werd hij benoemd tot directeur (hoofd) van de Hij trad op 1 januari 1948 in functie, maar werd begin februari 1948 met verlof weggestuurd, met het vooruitzicht van ontslag.