Voltooi de volgende zin: Yegipko keerde in augustus 1938 terug naar de USSR en nam de functie van commandant van de Tweede Onderzeebrigade van de Zwarte Zeevloot op zich. Hij bekleedde deze functie tot december 1939, toen hij commandant werd van de onderzeeërbrigade van de Baltische Vloot. Hij bekleedde deze functie tijdens de
Sovjet-Finse Oorlog, vertrok in mei 1940 om zijn studies aan de Marine Academie te hervatten. Hij studeerde af in april 1941 en werd op 26 april gepromoveerd tot kapitein 1e rang. Vanaf die maand tot september was hij commandant van de 1e Onderzeeërbrigade van de Baltische Vloot. Yegipko nam deel aan militaire operaties na de Duitse invasie van de Sovjet-Unie in juni 1941. Tijdens de Sovjet-evacuatie van Tallinn in augustus 1941 raakte zijn onderzeeër, "S-5", een mijn, en Yegipko werd van de stuurtoren in het water geblazen. Hij werd gered, met een zware hersenschudding, door een ander schip. Van september tot oktober 1941 stond hij ter beschikking van de Militaire Raad van de Baltische Vloot, voordat hij benoemd werd tot maritiem attaché bij de Sovjet-ambassade in het Verenigd Koninkrijk. Als marineattaché trad Yegipko vaak op als waarnemer op Britse oorlogsschepen en zeilde aan boord van Britse schepen op Arctic-konvooien.