Kiernan stond erop om mee te vechten... en werd benoemd tot majoor in het 6e Missouri. In mei 1863 in Port Gibson
Hij raakte gewond in de linkerlong en werd voor dood achtergelaten. Hersteld en gevangengezet, ontsnapte hij terug naar de Unie-troepen en nam zijn ontslag. Op 1 augustus 1863 werd hij door president Abraham Lincoln benoemd tot brigadegeneraal van de vrijwilligers; hij had het bevel over een post bij Miliken's Bend aan de Mississippi. Zijn slechte gezondheid als gevolg van zijn verwondingen op het slagveld dwong hem echter om op 3 februari 1864 af te treden.