Doe de volgende zin af: Doherty begon het seizoen 2012-13 door 4<unk>5 te verliezen van Stuart Bingham in de tweede ronde van de Wuxi Classic en 3<unk>5 van Martin Gould in de eerste ronde van de Australian Goldfields Open. Hij maakte uiteindelijk de eerste officiële 147 break van zijn carrière op de gerangschikte 2012 Paul Hunter Classic in Duitsland tijdens een overwinning in de eerste ronde tegen Julian Treiber. Hij bereikte de kwartfinale van het evenement, waarbij hij 0-4 verloor van Mark Selby. Doherty werd verslagen in de kwalificatie voor de Shanghai Masters en het 2012 UK Championship en slaagde er niet in om verder te gaan dan de wildcard ronde van het internationale kampioenschap. Tijdens het vijfde European Tour-evenement
Scottish Open, hij zag uit de wil van Luca Brecel en Ryan Day om de halve finale te bereiken, waar hij verloor 2 tegen 4 tegen Ding Junhui. Doherty werd in de eerste ronde van de German Masters geëlimineerd door Peter Lines, maar had toen zijn beste run van het seizoen op de Welsh Open. Hij versloeg viervoudig wereldkampioen John Higgins 4×1 en Tom Ford 4×3 om door te komen naar de kwartfinale. Hij leidde Stuart Bingham met 2 tegen 0, maar een reeks gemiste potten zorgde ervoor dat Doherty zijn vertrouwen verloor en hij verloor met 3 tegen 5. Zijn bovengenoemde run naar de halve finale van de Scottish Open hielp hem 16e te eindigen op de PTC Order of Merit om zich te kwalificeren als een van de top 26 spelers voor de finale, maar hij verloor 2 tegen 4 van Kurt Maflin in de eerste ronde. Doherty haalde bijna een van zijn kenmerkende comebacks uit tegen Matthew Selt in de laatste ronde van de kwalificatie voor het wereldkampioenschap. Van 4 tegen 9 naar beneden werd hij gelijk op 9 tegen 9, maar verloor het beslissende frame. Het resultaat betekende dat dit het eerste seizoen was waarin Doherty niet had gespeeld in een van de snooker Triple Crown-evenementen. Doherty verhoogde zijn rangorde met acht plaatsen tijdens het seizoen om het als nummer 27 te eindigen.