Jilotepeque Viejo werd door de Chajoma gesticht om een hoofdstad te bieden die veiliger was tegen aanvallen van het vijandige Iximche Kaqchikel-koninkrijk dan hun vorige hoofdstad. Desondanks viel de stad onder de overheersing van Iximche en de architectuur van de stad, verspreid in een aantal versterkte groepen langs een bergrug omringd door diepe ravijnen, toont een mengeling van Chajoma- en Kaqchikel-stijlen. Ten tijde van de Spaanse verovering
In 1524 sloot de Chajoma van Jilotepeque Viejo zich samen met de Iximche aan bij de algemene Kaqchikel opstand tegen de Spanjaarden. De site werd na de verovering verlaten en nooit meer bewoond.