Malagrida's invloed aan het Hof van Lissabon ontmoette diepe vijandigheid van de eerste minister, Carvalho, de toekomstige markies van Pombal. Carvalho probeerde Lissabon opnieuw op te bouwen na de
De aardbeving van 1755, waarvan Malagrida predikte, was de straf van een rechtvaardige God op een zondig volk. Carvalho was boos op de impliciete kritiek op de regering en overtuigde koning José om Malagrida in november 1756 naar Setúbal te verbannen en alle jezuïeten van het hof te laten verwijderen.