Na training en oefeningen voor de kust van Californië vertrok de "Muskogee", bemand door een bemanning van de kustwacht van de Verenigde Staten, op 18 juni 1944 uit San Pedro, Californië, naar Nouméa, Nieuw-Caledonië, waar ze op 18 juli 1944 aankwam, voor patrouille- en escortdiensten vanuit Nouméa en, na de inname ervan, Humboldt Bay, Nieuw-Guinea. Ze was tot oktober 1944 verantwoordelijk voor de anti-duikbootpatrouille en het screenen van schepen die rond Nieuw-Guinea opereren. Op 18 oktober 1944 ging ze de tweede versterkingsgroep screenen die op weg was naar de nieuw binnengevallen
Leyte in de Filippijnse eilanden, aankomst in San Pedro Bay op 24 oktober om transporten en bevoorradingsschepen te screenen onder talrijke Japanse luchtaanvallen terwijl ze wachtten op een groep lege tanklandingschepen om zich op te stellen voor de terugkeer. Terwijl haar konvooi zich op 26 oktober 1944 terugtrok, vielen Japanse vliegtuigen het opnieuw aan, en "Muskogee" sloot zich aan bij het neerschieten van verschillende vijandelijke vliegtuigen. Een tweede escorte-reis naar Leyte in het begin van november 1944 was minder gebeurtenissenrijk.