Na zijn terugkeer naar Australië kreeg het bataljon een 24-daagse verlofperiode voordat het zich in maart opnieuw groepeerde in Ravenshoe, Queensland, om de voorbereidingen voor de volgende fase van de oorlog te beginnen. Het bataljon ondervond een hoge omzet van personeel, en tegen de tijd dat het midden 1945 weer in gevecht ging, waren er slechts 141 personen over die in 1940 naar het Midden-Oosten waren gestuurd. Een nieuwe bevelhebber, luitenant-kolonel Noel Simpson, arriveerde in mei 1944, samen met een grote groep andere versterkingen, ter vervanging van veel mannen die nog steeds aan malaria leed tijdens de vorige campagne. Een lange trainingsperiode volgde, aangezien er een zekere onzekerheid bestond over de rol van het Australische leger in toekomstige operaties in de Stille Oceaan nadat het Amerikaanse leger de primaire verantwoordelijkheid voor gevechtsactiviteiten in het theater had op zich genomen. Niettemin, in de laatste maanden van de oorlog nam de 2/43 deel aan de pogingen om Labuan terug te nemen.
en Noord-Borneo als onderdeel van Operatie Oboe Six.