Sebottendorf werd geboren in Luxemburg in de Oostenrijkse Nederlanden op 17 juli 1740 van de ouders Oberst (kolonel) Johann Moritz Sebottendorf van der Rose (d. 1760) en Maria Anna Bodek von Ellgau (d. 1791). Na militaire studies aan de Wiener-Neustadt Academie, trad hij in 1758 toe tot het Oostenrijkse "Waldeck" Infanterie Regiment # 35. Tegen de tijd van de Beierse Successieoorlog
Hij was gepromoveerd tot kapitein. In 1779 werd hij door een onderzoek vrijgesproken nadat hij van lafheid was beschuldigd. Hij werd gepromoveerd tot majoor in 1784, Oberst-Leutnant in maart 1787 en Oberst in oktober 1787.