De stress van het racen het hele jaar door en op verschillende continenten veroorzaakte uiteindelijk medische problemen voor Stewart. Hij won het wereldkampioenschap van 1971 ondanks het lijden aan mononucleose en het oversteken van de Atlantische Oceaan 186 keer als gevolg van media-verbintenissen in de Verenigde Staten. Tijdens het Grand Prix seizoen 1972 miste hij de Belgische Grand Prix.
Hij moest plannen om een Can-Am McLaren te rijden annuleren, maar won de Argentijnse, Franse, Amerikaanse en Canadese Grands Prix, om op de tweede plaats te komen na Emerson Fittipaldi in het klassement van de coureurs. Stewart reed ook in een Ford Capri RS2600 in het Europees Touring Car Kampioenschap, met zijn F1-teamgenoot François Cevert en andere F1-piloten, in een tijd dat de concurrentie tussen Ford en BMW op zijn hoogtepunt was. Hun beste resultaat was op de 6 uur van Paul Ricard, als tweede. In 1972 ontving Stewart ook de OBE.