Márquez is de derde speler in de geschiedenis van het Mexicaanse nationale team met de meeste caps, met 147 in zijn carrière. In 2018 werd hij slechts de vierde speler die voor zijn nationale team speelde in vijf opeenvolgende edities van het FIFA Wereldkampioenschap, naast landgenoot Antonio Carbajal, Lothar Matthäus en Gianluigi Buffon, die verschenen in de 2002, 2006, 2010, 2014 en 2018 edities van het toernooi. Hij is ook de Mexicaanse speler met de meeste World Cup wedstrijden gespeeld met 19. Met het nationale team won Márquez de 1999 FIFA Confederations Cup, en de 2003 en 2011
de edities van de CONCACAF Gold Cup.