Op 11 juli 2016 ging Rebić naar Eintracht Frankfurt op een seizoenlange lening, waar hij weer samenkwam met de voormalige nationale ploegmanager Niko Kovač. Na een korte strijd met mononucleose, maakte Rebić zijn debuut op 17 september tegen Bayer Leverkusen, als invaller en assisteerde Marco Fabián voor het winnende doelpunt in een 2<unk>1 overwinning. Op 5 februari 2017 scoorde hij zijn eerste doelpunt voor zijn nieuwe team om een 2<unk>0 overwinning op het Hessische team SV Darmstadt 98 in de Commerzbank Arena af te sluiten. Op 27 mei equalized hij in de 2017 DFB-Pokal Finale.
, hoewel Frankfurt 2 tegen 1 verloor van Borussia Dortmund.