In augustus voegde Pawnee zich bij het Atlantic Blockading Squadron bij Hampton Roads en zeilde op de 26e naar de kust van North Carolina. Daar nam ze deel aan de aanvallen op Forts Hatteras en Clark.
(28<unk>29th), die capituleren en bezet worden door Amerikaanse troepen. "Pawnee" bleef tot 3 oktober in Hatteras Inlet, vier prijzen veroverd en twee schepen heroverd die eerder door de Confederaten waren veroverd.