In oktober 1941 kreeg Vian het commando over het 15e Cruiser Squadron (vlag in, gestationeerd in Alexandrië. De belangrijkste maritieme taken in deze fase van de Middellandse Zee-campagne waren om het voortbestaan van Malta als een Brits bezit en militaire basis te verzekeren door de bescherming van de bevoorradingsconvooien, terwijl het voorkomen van Italiaanse konvooien die hun troepen in Noord-Afrika bevoorraden. Secundaire taken omvatten de levering en artillerie-ondersteuning van geallieerde militaire acties in Noord-Afrika en elders, zoals een succesvolle bombardement op Derna in december. Vians eerste konvooi was in december 1941 en leidde tot de Eerste Slag bij Sirte.
Ik weet het. Dit was in feite een reeks van schermutselingen tussen Britse en Italiaanse oorlogsschepen die dringend benodigde bevoorradingsconvooien begeleidden. Over het algemeen was het gevecht onbeslissend, maar beide kanten slaagden erin om de voorraden te leveren. Er waren meerdere vluchten om het leger te ondersteunen en om Italiaanse konvooien te onderscheppen. Tijdens zo'n operatie, begin maart 1942, werd Vians vlaggenschip, HMS "Naiad", getorpedeerd en gezonken door een torpedo. Vian verplaatste zijn vlag naar en later naar.