Haller vocht tegen Seminole Indianen in Florida in 1840-1841 en diende later met onderscheiding in Monterrey, Veracruz.
, en andere veldslagen tijdens de Mexicaans-Amerikaanse Oorlog, als officier in hetzelfde regiment als Ulysses S. Grant. Hij onderscheidde zich in de Slag bij Churubusco, waar hij een sleutelrol speelde in de aanval op Molino del Rey. In 1852 promoveerde het leger Haller tot majoor en overdroeg hem in 1853 naar het Washington Territory, gestationeerd in Fort Dalles, Oregon met Amerikaanse 4e infanterie-eenheden. Hij nam deel aan de Noordwest-Indiase oorlogen van 1855-56 en de San Juan-eilanden' Varkens Oorlog grenscrisis tussen de Verenigde Staten en Groot-Brittannië in 1859.