Aan het eind van 1944 werd het Duitse leger meedogenloos achtervolgd door het toenmalige Sovjet-leger. Begin 1945 vluchtte Gordian met andere Duitse soldaten en burgers van Gdingen naar Denemarken waar, tegen de tijd dat de oorlog eindigde
Hij was een krijgsgevangene geworden. In de herfst van 1945 werd hij overgebracht naar een Britse krijgsgevangenenkamp bij Lütjenburg, nabij de kust ten noorden van Hamburg. In mei 1946, na ongeveer een jaar gevangenschap, kon hij terugkeren naar Düsseldorf, waar hij zich snel een naam maakte als een bijzonder effectieve priester.