Tijdens de Praagse Lente, die in 1968 veel internationale aandacht trok, namen veel leden van de academische gemeenschap van Palacký deel aan democratiseringsinspanningen, in een poging de heersende totalitaire dictatuur naar een socialistische democratie te brengen. De beweging werd verpletterd en de hervormingen omgekeerd toen gecombineerde Warschaupact legers uit de Sovjet-Unie, Bulgarije, Oost-Duitsland, Hongarije en Polen
Ze vielen Tsjecho-Slowakije binnen. De Sovjet-militaire bezetting volgde. Op dit moment werd de "Unie van Universiteitsstudenten van Bohemen en Moravië", een nieuwe studentenorganisatie, opgericht in Olomouc, en organiseerde later studentenstaking in de herfst van 1968. Tegelijkertijd werden pogingen gedaan om de Faculteit der Theologie te herstellen, maar ze mislukten en het bleef niet meer dan een tak van de Charles University Theologische Faculteit van Litoměřice, en werd gedwongen om opnieuw te sluiten in 1974.