Op 2 februari 1964 verloor Atalanta thuis met 7 tegen 1 tegen Fiorentina; dit was de slechtste nederlaag van de club ooit. Dit resultaat verontwaardigde de fans, waardoor de politie moest ingrijpen om geweld tussen hen en de spelers te voorkomen. Quario's tactische keuzes werden ook in twijfel getrokken, waardoor hij na de wedstrijd werd ontslagen en vervangen door Carlo Ceseroli. De club eindigde uiteindelijk in het midden van het klassement, maar het seizoen werd vertroebeld door de dood van Turani op 25 april 1964. Attilio Vincentini, die werd genomineerd door ex-coach Luigi Tentorio, verving hem als president die zomer. Tentorio verliet het clubmanagement (en de voetbalwereld in het algemeen) in 1966 toen alle voetbalclubs in aandelenmaatschappijen werden omgevormd, want hij was het fundamenteel oneens met dit idee. Later in de jaren zestig nam Atalanta deel aan een paar continentale (maar niet UEFA) wedstrijden: de Intertoto Cup (toen ook bekend als de Coppa Piano Karl Rappan) in 1966<unk>67 en de Mitropa Cup in 1967<unk>68 en 1968<unk>69. In het seizoen 1967-1968 ontkwam Atalanta slechts nauwelijks aan degradatie: Tabanelli, die in 1967 voor een tweede periode als manager was teruggekeerd, werd tijdens het seizoen als trainer vervangen door voormalig kapitein Stefano Angeleri vanwege slechte resultaten. Na een verlies van 1<unk>0 tegen SPAL op de voorlaatste dag, een resultaat dat beide clubs met 22 punten gelijk maakte, werd het overleven van Atalanta verzekerd dankzij betere resultaten dan de laatste in de laatste twee wedstrijden. De club ontkwam echter niet aan de degradatie in 1969.
, het beëindigen van een run van tien opeenvolgende seizoenen in de top-vlucht. In februari 1969 nam hij na het ontslag van Vicentini de functie van voorzitter over, hoewel hij na slechts een jaar zou worden vervangen door Achille Bortolotti, die al enkele jaren een gedeeltelijke aandeelhouder was geweest na onenigheid in het management tussen Bortolotti, Baracchi en Massimo Masserini.