In november 2008 speelde Morales zijn eerste wedstrijd voor het tweede team van Hertha BSC in de Regionalliga. In 2010 mocht hij voor het eerst met de professionele spelers naar het zomertrainingskamp reizen, maar hij kon het niet maken. Vanwege blessures van Fanol Perdedaj en Raffael maakte hij echter zijn professionele debuut voor het eerste team van Hertha op 5 december 2010, in een wedstrijd tegen 1860 München, die Hertha verloor met 0<unk>1. Op 17 mei 2013 sloot Morales zich aan bij FC Ingolstadt op een tweejarig contract.
Fanol Perdedaj en Raffael