In 1899 werd de Commissie voor het Isthmische Kanaal opgericht om te bepalen welke plaats het beste zou zijn voor het kanaal (Nicaragua of Panama) en vervolgens toezicht te houden op de bouw van het kanaal. Nadat Nicaragua was uitgesloten, was Panama de voor de hand liggende keuze. Er waren echter enkele problemen ontstaan. Toen de belangen van de Verenigde Staten in Panama (toen een klein deel van Colombia) sterk werden, verhoogden zowel Colombia als het Franse bedrijf dat de bouwmaterialen moest leveren, hun prijzen. De Verenigde Staten, die weigerden de hoger dan verwachte vergoedingen te betalen, "maakten een revolutie" in Colombia. Op 3 november 1903 kwam Panama (met de steun van de marine van de Verenigde Staten) in opstand tegen Colombia. Panama werd een nieuwe republiek, en kreeg alleen al 10 miljoen dollar van de VS. Panama kreeg ook een jaarlijkse betaling van $250.000 en garanties van onafhankelijkheid. De Verenigde Staten kregen de rechten op de kanaalstrook.
"in eeuwigheid". Roosevelt zei later dat hij "het Kanaal nam, en het Congres liet debatteren". Nadat Colombia Panama verloor, probeerden ze een beroep te doen op de VS door verdragen te heroverwegen en zelfs Panama City de hoofdstad van Colombia te noemen.