Voltooi de volgende zin: Onder de Confederatie, had hun gerechtsdeurwaarder een kasteel op de rechteroever van de Limmat, die de toegang tot de brug controleerde. Van 1426 tot ongeveer 1712 kwam het Zwitserse parlement herhaaldelijk in Baden bijeen, waardoor Baden een soort hoofdstad van Zwitserland werd. Het stadhuis ('), waar het parlement bijeenkwam, kan nog steeds bezocht worden. In de loop van de 15e eeuw herwon de stad haar populariteit als kuuroord ('). In de stad vond van 21 mei tot 18 juni 1526 een beroemd debat over transsubstantiatie plaats. Hoewel Zwingli weigerde persoonlijk aanwezig te zijn, drukte hij gedurende de hele duur broadsheets en stuurde zijn assistent Johannes Oecolampadius om met Johann Eck en Thomas Murner te debatteren. Uiteindelijk besloot een meerderheid tegen de hervormers, maar er ontstond ook een substantieel blok ten gunste van hen. Johann Pistorius hield in 1589 een disputatie in de stad. Stein werd ergens tussen 1658 en 1670 opnieuw versterkt, maar het fort werd in 1712 verlaten. In 1714 beëindigden de verdragen van Rastatt en Baden de vijandelijkheden tussen Frankrijk en de Habsburgers, het laatste theater van de Spaanse Successieoorlog. Een ander Verdrag van Baden beëindigde de
Oorlog van Toggenburg tussen de protestantse en katholieke Zwitserse kantons in 1718. Baden was de hoofdstad van het kanton Baden van 1798 tot 1803, toen het kanton Aargau werd opgericht.