Aanvankelijk werd de tempel opgericht als een meditatiecentrum, nadat Maechi Chandra en de pas geordende monnik Luang Por Dhammajayo het toenemende aantal deelnemers aan hun activiteiten in Wat Paknam Bhasicharoen niet meer konden herbergen. Het centrum werd in 1977 een officiële tempel. De tempel groeide exponentieel tijdens de jaren 1980, toen de trainingsprogramma's van de tempel algemeen bekend werden onder de stedelijke middenklasse. Wat Phra Dhammakaya breidde zijn gebied uit en de bouw van een enorme "stupa" (pagode) werd gestart. Tijdens de periode van de Aziatische economische crisis werd de tempel echter onderworpen aan kritiek omdat Luang Por Dhammajayo werd beschuldigd van verduistering en werd verwijderd uit zijn ambt als abt. In 2006 werd hij van deze aanklachten vrijgesproken en werd hij hersteld als abt. De tempel groeide verder en werd bekend om haar activiteiten op het gebied van onderwijs, het bevorderen van ethiek en wetenschappelijke projecten. Onder de militaire "junta" van 2014
, werden de abt en de tempel opnieuw onder de loep genomen en Luang Por Dhammajayo werd beschuldigd van het ontvangen van gestolen geld via de donaties van een supporter. De tempel wordt gezien als de enige invloedrijke organisatie in Thailand die nog niet onderworpen is door de heersende junta, die de meeste oppositie heeft afgesloten sinds het aan de macht kwam. De gerechtelijke processen tegen de abt en de tempel sinds de jaren negentig hebben geleid tot veel debat over de procedures en de rol van de staat ten aanzien van religie, een debat dat is geïntensiveerd tijdens de sluiting van de tempel door de junta in 2017. Vanaf 2017 hebben de autoriteiten Luang Por Dhammajayo niet gevonden, en in 2018 werd Phrakhru Sangharak Rangsarit in plaats daarvan aangesteld als officiële abt.