In juni 1945 werd Jones gepromoveerd tot waarnemend kapitein van de RNR... en naar Zuidoost-Azië onder bevel van admiraal Mountbatten. Hij werd aangesteld als divisioneel zeetransport officier van Nederlands-Indië, gevestigd in Java, Batavia. De oorlog in Azië eindigde in augustus 1945 met de Japanse capitulatie.
Maar ze moesten zich nog steeds bezighouden met het terugtransport van troepen en voorraden, evenals het verschepen van de burgerlijke en militaire krijgsgevangenen uit de Japanse kampen.