De meest problematische standpunten van metropoliet Conon werden tijdens de Eerste Wereldoorlog, een periode van politieke verdeeldheid, geuit. In 1916 sloot Roemenië zich aan bij de Entente, maar verloor snel de Slag om Boekarest.
aan de Centrale Mogendheden: hun legers bezetten de stad en dwongen de regering de hoofdstad naar Iași te verplaatsen. Conon, die in het bezette Boekarest bleef, werd door de Duitse autoriteiten overgehaald een brief te ondertekenen aan de soldaten en de orthodoxe gelovigen in Moldavië, waarin hen werd aangespoord de strijd tegen Duitsland op te geven. De brief, geschreven door de auteur Gala Galaction op verzoek van de collaborationistische politicus Virgil Arion, werd later door de Duitse autoriteiten zonder toestemming van Galaction gewijzigd en als propagandafolder in de lucht over de Roemeense loopgraven gegooid.