De wortels van Fort Beaufort is een zendingsstation dat de eerwaarde Joseph Williams van de Londense Zendingsvereniging in 1816 oprichtte. In 1822 bouwde kolonel Maurice Scott van het Royal Warwickshire Regiment een blokhut op ongeveer drie mijl van het zendingsstation als militaire grenspost en bolwerk tegen invallen van de Xhosa onder hun leider, Maqoma. De Britten noemden het Fort Beaufort ter ere van de hertog van Beaufort, de vader van Lord Charles Henry Somerset, de eerste Britse gouverneur van de Kaapkolonie (1814 tot 1826). Na de 6e Xhosa Oorlog
(1834-1835), gaf gouverneur Sir Benjamin d'Urban toestemming voor de bouw van een fort op de plaats van het oorspronkelijke blokhuis. De nieuwe gebouwen omvatten een militair ziekenhuis, wachthuizen, infanteriebarakken en officiersverblijven.