Na twee redelijk succesvolle seizoenen zonder een playoff verschijning, midden in het seizoen in 2004 de Astros waren worstelen. Voor het seizoen hadden de Astros Andy Pettitte en Roger Clemens toegevoegd aan een team dat al sterren had zoals Lance Berkman en Jeff Kent, evenals de kern van Bagwell en Biggio. Ze werden snel gezalfd als één van de favorieten om de National League te winnen. Echter, bij de All-Star Break, waren ze 44<unk>44 grotendeels te wijten aan een onvermogen om runs te scoren, en een slecht record in 1-run games. Nadat hij tijdens de All-Star Game van 2004 in het Minute Maid Park was uitgejouwd, werd Williams ontslagen en vervangen door Phil Garner, die in 1986 een ster was geweest voor de winnaar van de tweede divisie van de Astros. Hoewel veel mensen zeer sceptisch waren over Garner, die een middelmatig track record had in zijn eerdere manageriële stints in Milwaukee en Detroit, met slechts één winnend seizoen bij beide haltes (in 1992), reageerde het team op Garner, die het team leidde naar een 46 tegen 26 record in de tweede helft en de Wild Card van de National League. Ze zouden hun eerste playoff-serie winnen in acht pogingen, de Braves verslaan in vijf wedstrijden van de National League Division Series om door te gaan naar de National League Championship Series.
voor de derde keer. Ze zouden echter verliezen van de St. Louis Cardinals in zeven wedstrijden, het meest dramatisch op een walk-off home run van Jim Edmonds in de 12e inning van Game 6.