Unionisten wonnen in maart 1861 een eerste secesieconventie na de verkiezing van Abraham Lincoln in 1860. Nadat Zuid-Carolina echter op Fort Sumter had geschoten en Lincoln troepen had opgeroepen, werd op de ochtend van 6 mei 1861 een tweede afscheidingskonventie bijeengebracht in het State House. Na intensief debat werd een besluit tot afscheiding aangenomen met vijf tegenstemmen. Vier tegenstrijdige afgevaardigden gaven toe nadat er op werd aangedrongen tot eenparigheid van stemmen. Isaac Murphy, een afgevaardigde uit Madison County, hield vol ondanks enorme druk. Na de overwinning van de Unie in de Slag bij Bayou Fourche
In september 1863 bezetten federale troepen het gebouw voor de rest van de oorlog.