In de dertiende en veertiende eeuw werd Macedonië betwist door het Byzantijnse Rijk, het despoot van Epirus, de heersers van Thessalië en het Bulgaarse Rijk, maar de frequente verplaatsing van grenzen leidde niet tot grote bevolkingswijzigingen. In 1338 werd het veroverd door het Servische Rijk, maar na de Slag bij Maritsa
In 1371 erkenden de meeste Servische heren van Macedonië de Ottomaanse overheersing. Na de verovering van Skopje door de Ottomaanse Turken in 1392 werd het grootste deel van Macedonië formeel opgenomen in het Ottomaanse Rijk.