Op de EuroBasket 2007 leidde Giannakis Griekenland naar een vierde plaats. Op de Olympische Zomerspelen van Beijing 2008
, leidde hij Griekenland naar een vijfde plaats. In december 2008 beëindigde Giannakis zijn ambtstermijn als hoofdcoach van het senior nationaal team van Griekenland. Hij werd opgevolgd in die rol door Jonas Kazlauskas.