In de voorverkiezingen van de Republikeinen in 2016 steunde Estrosi ook Sarkozy als kandidaat van de partij voor de Franse presidentsverkiezingen van 2017. Tien maanden voor de verkiezingen bekritiseerden hij en andere lokale conservatieven minister van Binnenlandse Zaken Bernard Cazeneuve agressief voor de kracht van de aanwezigheid van de nationale politie in de nacht van de vrachtwagen-aanval in Nice in 2016.
Ik weet het. Tijdens de Fillon-affaire, in maart 2017, sloot Estrosi zich aan bij Xavier Bertrand, Valérie Pécresse en anderen om Alain Juppé op te roepen om François Fillon te vervangen als kandidaat van de partij. Ook ontmoette hij Emmanuel Macron tijdens zijn campagne.