Toen de Burgeroorlog in 1861 begon, sloot Corput zich aan bij het leger van de Confederatie. Hij werd gecommandeerd als derde luitenant (1861) in de "Cherokee Artillery" batterij; een eenheid gerekruteerd uit de Floyd en Cherokee provincies. Verschillende van zijn familieleden sloten zich ook aan bij de eenheid, zijn broer Felix was de Quartermaster Sergeant. De eenheid gaf zich over tijdens het beleg van Vicksburg, maar keerde daarna snel terug naar het veld. Tegen 1864 was Corput gepromoveerd tot kapitein en gaf hij het bevel over de batterij. Bij de Slag bij Resaca
Zijn vier 12-ponders Napoleon's werden gevangen genomen. Corput zelf werd een krijgsgevangene op 12 april 1865 in Salisbury, North Carolina. Hij werd gevangen gehouden in Camp Chase, Ohio tot zijn voorwaardelijke vrijlating in oktober.