Na de Duitse invasie van 1939 werd Groot-Polen opgenomen in nazi-Duitsland, en werd de provincie genaamd, later Reichsgau Wartheland (de Duitse naam voor de rivier de Warta). De Poolse en Joodse bevolking werd door de nazi's geclassificeerd als ondermenselijk en onderworpen aan georganiseerde genocide, met massale moord en etnische zuivering, waarbij veel voormalige functionarissen en anderen die door de nazi's als potentiële vijanden werden beschouwd, werden gevangengezet of geëxecuteerd, onder meer in het beruchte concentratiekamp Fort VII in Poznań. Poznań werd uitgeroepen tot een bolwerk stad () in de laatste stadia van de oorlog, wordt genomen door het Rode Leger in de Slag om Poznań
, die eindigde op 22 februari 1945.