Porter werd benoemd tot adjudant-generaal onder Gideon J. Pillow en hielp het Voorlopige Leger van Tennessee te organiseren. Nadat dit leger aan het grotere Verbonden Leger was toegevoegd, werd Porter toegewezen aan generaal Benjamin F. Cheatham. Als stafchef van Cheatham nam Porter deel aan de veldslagen van Belmont, Shiloh
Chickamauga, Missionary Ridge, en het Beleg van Atlanta.