De negen maanden van onzekerheid eindigden in mei 1940 toen Duitse troepen Frankrijk binnenvielen. Parijs gaf zich op 14 juni over. Nu werd Noord-Frankrijk rechtstreeks door Duitsland bezet, terwijl in het zuiden, waaronder Rieucros, een marionettenregering een quasi-autonome "vrije zone" beheerde. De overeenkomst
tussen "Vichy Frankrijk" en de Duitsers op voorwaarde dat alle personen die aan de Duitsers moeten worden overhandigd, overhandigd zouden worden. Maria Wachter stond blijkbaar op de lijst, en eind 1941 werd ze aan de Gestapo overhandigd. Gedurende de drie maanden van december 1941 tot februari 1942 werd ze ondergebracht in een opeenvolging van dertien gevangenissen (zoals ze zich later herinnerde), en eindigde ze terug in Düsseldorf, waar ze uitgebreid werd ondervraagd door de Gestapo. De Gestapo was vooral bezorgd om alles te weten over haar twee jaar in Moskou, en hoewel ze aanvankelijk ontkende ooit in Moskou geweest te zijn, werd het steeds duidelijker dat haar ondervragers al uiterst goed waren geïnformeerd, uit andere bronnen, over haar tijd daar.