In 1805 sloot Rusland zich aan bij de coalitie tegen Napoleon. Na de val van de Oostenrijkers bij Ulm in oktober 1805 werd Bagration geprezen voor zijn succesvolle verdediging in de Slag bij Schöngrabern
(November 1805) die de Russische troepen in staat stelde zich terug te trekken en zich te verenigen met het belangrijkste Russische leger van Michail Koetoevo. In december 1805 leed het gecombineerde Russisch-Oostenrijkse leger een nederlaag in de Slag bij Austerlitz, waar Bagration de geallieerde rechtervleugel aanvoerde tegen de Fransen onder Jean Lannes. Later leidde hij Russische troepen in de Finse Oorlog (1808-1809) tegen Zweden en in een andere oorlog tegen de Turken (1806-1812) aan de Donau.