In augustus 2015 werd Frederiksen benoemd tot manager van het Deense U21-team, waarbij hij een tweejarig contract tekende. In zijn eerste wedstrijd verloor hij 1<unk>2 tegen Duitsland in een vriendschappelijke wedstrijd op het Stadion Lohmühle in Lübeck, Schleswig-Holstein. Onder Frederiksen kwalificeerde Denemarken zich voor het UEFA European Under-21 Championship in 2017.
en 2019, waar ze in de groepsfase werden uitgeschakeld en respectievelijk derde en tweede eindigden.