Halsey stuurde TG 38.1 naar het zuiden om Japanse vliegvelden in het gebied aan te vallen tijdens de invasie van Morotai.
Die begon op de 15e, maar riep ze terug om zich bij TF 38 te voegen voor zijn geplande aanval op Manilla op 21 september. De vliegtuigen van de Hornet namen deel aan de tweede aanval op de baai van Manilla en zonk de oude torpedojager. De Amerikaanse piloten beweerden 110 vliegtuigen te hebben neergeschoten en 95 op de grond te hebben vernietigd, hoewel de First Air Fleet in feite minder dan twee dozijn vliegtuigen aan alle oorzaken verloor. TF38 beweerde zeven olietankers te hebben gezonken of beschadigd, maar Japanse gegevens tonen aan dat er negen werden gezonken of vernield. Het slechte weer dwong de meeste van de voor de tweede dag geplande luchtaanvallen te annuleren, maar Halsey besloot in plaats daarvan Coron Bay op de Calamian-eilanden aan te vallen, een ankerplaats die vaak door Japanse olieboeren werd gebruikt, aan de andere kant van de Filippijnen met TG's 38.1 en 38.3. Hornet's luchtgroep leidde de gecombineerde luchtaanval die twee olieschepen, zes vrachtschepen, verschillende escortes en de watervliegtuig tender tot zinken bracht. TG 38.1 ging vervolgens naar Seeadler Harbour om Air Group 2 aan te vullen en uit te wisselen voor Air Group 11. Clark vertrok uiteindelijk op 1 oktober van de Hornet.