In 1806 verlaagden de Franse bezettingsautoriteiten van Nederland de status van de universiteit van Utrecht tot een "école secondaire" (hoge school), maar na de oprichting van het Verenigd Koninkrijk van Nederland in 1813 kreeg de universiteit haar vroegere status terug. Leiden, Leuven, Groningen, Utrecht en Gent waren de vijf universiteiten van de nieuwe staat. Twee van de universiteiten (Leuven en Gent) werden onderdeel van de nieuwe Belgische staat nadat hun respectieve provincies waren gescheiden.
van het Verenigd Koninkrijk der Nederlanden in 1830. Als gevolg daarvan bleef Utrecht University een van de slechts drie Nederlandse universiteiten. Tijdens de Franse bezetting gaf koning Lodewijk Napoleon opdracht tot de bouw van een paleis in het centrum van Utrecht, dat uiteindelijk het Universiteitsbibliotheekcentrum werd.