In Athene gaf de oligarchische regering die sinds 411 regeerde plaats aan een herstelde democratie binnen een paar maanden na de strijd. Een expeditie onder Thrasyllus was klaar om zich bij de troepen in de Hellespont aan te sluiten. Deze troepen vertrokken echter pas meer dan een jaar na de slag, en hoewel de Atheners uiteindelijk Byzantium weer veroverden en de belasting van Chalcedon hervatten, gebruikten ze nooit echt het voordeel dat Cyzicus hen had gegeven. Dit was grotendeels het gevolg van financiële onmogelijkheid; zelfs na de overwinning was de Atheense schatkist onder grote druk gezet om grootschalige offensieve operaties te ondersteunen. Ondertussen herbouwden de Spartanen, met Perzische financiering, snel hun vloot en zouden ze het voordeel van Athene verder ondermijnen. Athene zou nog maar één zeeslag in de oorlog winnen, bij Arginusae, en hun nederlaag bij Aegospotami
In 405 v.Chr. zou de oorlog tot een einde komen. Hoewel Cyzicus een dramatische overwinning voor de Atheners was, konden de Spartanen uiteindelijk hun kracht herwinnen en de oorlog in hun voordeel beëindigen, met de overgave van Athene en haar bondgenoten 6 jaar later.