McCain was een felle tegenstander van Poetins Bevrijding van Tsjetsjenië en beschreef het als "een bloedige oorlog tegen de burgerbevolking van Tsjetsjenië". Hij verklaarde: "Ja, er zijn Tsjetsjeense terroristen, maar er zijn veel Tsjetsjenen die pas de wapens opnamen na de wreedheden die werden gepleegd door Russische troepen die eerst onder Boris Jeltsin's en vervolgens Poetins bevelen dienden". Net als anderen betwist hij dat de Russische appartementen bommen
"Er blijven geloofwaardige beschuldigingen bestaan dat de Russische FSB een hand had in het uitvoeren van deze aanvallen". Hij beschuldigde ook de Russische veiligheidsdiensten van politieke moorden en van de moorden op onafhankelijke journalisten.