De meerderheid van de Armeense bevolking van Shusha werd afgeslacht of verdreven
In maart 1920. De kathedraal werd beschadigd en ging geleidelijk in verval. Nadat de regio onder Sovjet-controle kwam, werd het in 1930 uiteindelijk gesloten en in de jaren veertig werd het omgevormd tot een graanschuur. De koepel en een deel van de omringende muren werden in de jaren vijftig vernietigd. Het werd vervolgens geplunderd en de stenen werden gebruikt om verschillende luxe huizen te bouwen in het Azerbeidzjaanse deel van de stad. Tegen de jaren zeventig leek de kathedraal "een zware bombardementen te hebben overleefd". Na druk van het publiek gaven de Sovjet- en Azerbeidzjaanse autoriteiten in de jaren tachtig toestemming voor de start van een restauratieproject van de kathedraal. De restauratie begon in 1981 en duurde tot 1988 en werd begeleid door Volodya Babayan. Tegen 1987 waren er nog maar twee van de vier stenen engelenbeelden op de klokkentoren bewaard gebleven.