In februari 2004 verdween Rybkin onder mysterieuze omstandigheden. Een dag na zijn terugkeer beschuldigde hij de regering van Poetin van medeplichtigheid aan de bomaanslagen in Moskou in 1999.
Dat leidde tot een oorlog in de Russische republiek Tsjetsjenië. Vijf dagen later verscheen Rybkin in Kiev. Hij verklaarde later dat hij was ontvoerd en gedrogeerd door Russische FSB-agenten die hem naar Oekraïne lokten met de belofte een ontmoeting te regelen met de voormalige Tsjetsjeense leider Aslan Maskhadov. Bij aankomst werd hem in het appartement een verfrissende drank aangeboden, waarop hij "zeer slaperig" werd. Na bewusteloos te zijn geweest, werd hij op 10 februari wakker. Toen hij bijkwam, werd hem een videoband getoond waarin hij "afstotende daden" verrichtte die door "afschuwelijke perverse mensen" werden verricht. Hij kreeg te horen dat de band openbaar zou worden gemaakt als hij door zou gaan met zijn presidentiële campagne. Volgens Alexander Litvinenko behandelden de FSB-agenten Rybkin blijkbaar met hun standaard waarheidsdrug.