Voltooi de volgende zin: Yamaguchi keerde eind april kort terug naar Japan voor onderhoud aan zijn vloot. In juni 1942 werd hij toegewezen aan
De Midway operatie. Tijdens de slag, op 6 juni 1942, was Yamaguchi het oneens met de vlootcommandant, vice-admiraal Chūichi Nagumo. Een verkenningsvliegtuig ontdekte een Amerikaans vliegdekschip bij Midway. Op dat moment waren de Japanse vliegtuigen gewapend voor een tweede aanval op Midway, met de "Kate" bommenwerpers met bommen in plaats van torpedo's. Yamaguchi riep op tot een onmiddellijke aanval op het Amerikaanse schip, met de gewapende vliegtuigen zoals ze waren, maar Nagumo besloot in plaats daarvan te wachten tot de vliegtuigen waren herbewapend. Kort daarna vernietigden Amerikaanse vliegdekschepen alle Japanse vliegdekschepen, behalve Yamaguchi's vlaggenschip "Hiryū". Yamaguchi beval snel twee opeenvolgende aanvallen op Yorktown, waardoor het verlamd raakte. "Hiryū" werd vervolgens vernietigd door vliegtuigen van, plus enkele wees "Yorktown" vliegtuigen.