In 1861, bij het uitbreken van de Amerikaanse Burgeroorlog, werd Twitchell ingelijfd in Company I, 4th Vermont Infantry. Nadat het regiment in Washington, D.C. was aangekomen om bewakingsdienst uit te voeren en de training te voltooien ter voorbereiding op de strijd, werd Twitchell toegewezen als zijn bedrijfschrijver. Hij werd gepromoveerd tot korporaal, sergeant en eerste sergeant. Hij nam deel aan het Beleg van Yorktown in 1862, en werd drie keer gewond bij de Slag bij Lee's Mill, maar geen enkele keer ernstig. Hij nam deel aan extra gevechten met het 4th Vermont, waaronder de Slag bij Savage's Station.
en de Zeven Dagen Slag.