In 1943, tijdens de Tweede Wereldoorlog, werd de metro zwaar beschadigd tijdens 'Operatie Gomorra', de RAF-bombardementen op Hamburg.
die zomer. Het stuk van "Hauptbahnhof" naar "Rothenburgsort" werd niet gerepareerd omdat het district waar het doorheen ging volledig was verwoest. Het duurde nog vijf jaar voordat het resterende netwerk weer volledig intact was.