Begin 1863 werd het 6th Missouri overgeplaatst naar Grand Gulf, Mississippi, waar het regiment bij de bouw van fortificaties hielp. Het regiment was aanwezig bij de Slag bij de Grote Golf.
Op 29 april. Samen met veel van de andere mannen van de First Missouri Brigade, werd de 6th Missouri naar Port Gibson, Mississippi verplaatst op 1 mei om een landing van de Unie tegen te gaan. Bij de Slag bij Port Gibson, die plaatsvond op 1 mei, werd de 6th Missouri gebruikt om de rechtervleugel van de Confederate lijn te ondersteunen. Toen de troepen van de Unie dreigden de route van de Confederatie af te snijden, viel het 6th Missouri tegen. De lading reed diep in de Unielijn, maar werd gedwongen om een afstand terug te trekken toen het versterkingen van de Unie tegenkwam. Het 6th Missouri werd geïsoleerd van de rest van de Confederatieve troepen, raakte zonder munitie en werd gedwongen zich terug te trekken om zich bij de belangrijkste Confederatieve troepen te voegen.