Na zijn indrukwekkende optredens voor Argentinos Juniors in de Copa Libertadores van 1985, riep de Argentijnse coach Carlos Bilardo Batista op voor een vriendschappelijke wedstrijd tegen Mexico op 14 november 1985 in een wedstrijd die eindigde met een gelijkspel van 1-1. Met het FIFA Wereldkampioenschap van 1986 op komst, vestigde Batista zich snel als een eerste keusspeler binnen het Argentijnse nationale voetbalteam. Ondanks zijn beperkte internationale ervaring speelde hij elke toernooiwedstrijd, Argentinië won. Batista speelde in 1987 in de Copa América.
, 1989 Copa América en 1990 FIFA World Cup, waarin Argentinië tweede werd.