De divisie van Banks was technisch gezien van George McClellan... ondanks het feit dat het een onafhankelijk commando was in de Shenandoah Valley. Op 14 maart 1862 gaf president Lincoln een uitvoerend bevel uit waarin alle troepen in McClellan's afdeling in een korps werden gevormd. Banks werd dus een korpscommandant, verantwoordelijk voor zijn eigen voormalige divisie, nu onder bevel van brigadegeneraal Alpheus Williams, en de divisie van brigadegeneraal James Shields, die werd toegevoegd aan het commando van Banks. Nadat Stonewall Jackson werd teruggedraaid in de Eerste Slag bij Kernstown op 23 maart, kreeg Banks in plaats daarvan de opdracht om Jackson de vallei op te volgen, om te voorkomen dat hij de verdediging van Richmond versterkte. Toen Banks' mannen de zuidelijke vallei bereikten aan het einde van een moeilijke bevoorradingslijn, riep de president ze terug naar Strasburg, aan het noordelijke einde. Jackson marcheerde vervolgens snel door de aangrenzende Luray-vallei en ontmoette enkele van Banks' krachten in de Slag bij Front Royal op 23 mei. Hierdoor trok Banks zich terug naar Winchester, waar Jackson
Weer aangevallen op 25 mei. De strijdkrachten van de Unie waren slecht uitgerust in de verdediging en trokken zich in wanorde terug over de Potomac rivier en terug naar Maryland. Een poging om Jackson's troepen te vangen in een pincerbeweging (met troepen onder leiding van John Frémont en Irvin McDowell) mislukte, en Jackson was in staat om Richmond te versterken. Banks werd bekritiseerd omdat hij zijn troepen slecht behandelde en onvoldoende verkenning uitvoerde in de campagne, terwijl zijn politieke bondgenoten de schuld van het debacle op het ministerie van Oorlog probeerden te schuiven.