In oktober 2015 bekritiseerde Horst Seehofer, premier van de Beierse deelstaat en leider van de CSU, het beleid van Merkel om honderdduizenden migranten uit het Midden-Oosten binnen te laten.
"We zijn nu in een gemoedstoestand zonder regels, zonder systeem en zonder orde vanwege een Duitse beslissing". Seehofer viel het beleid van Merkel in scherpe taal aan, dreigde de regering voor het hooggerechtshof aan te klagen en liet doorschemeren dat de CSU Merkel zou kunnen omverwerpen. Veel parlementsleden van Merkel's CDU-partij spraken ook hun ontevredenheid over Merkel uit. Kanselier Merkel stond erop dat Duitsland de economische kracht heeft om de toestroom van migranten aan te kunnen en herhaalde dat er geen wettelijke maximumlimiet is voor het aantal migranten dat Duitsland kan aannemen.