Toen de eenheid oorspronkelijk uit dienst werd gehaald, na het verstrijken van de 90-daagse dienstplicht, accepteerde Nugent een opdracht als kapitein in het reguliere leger. Hij werd onmiddellijk toegewezen aan het 13e Infanterie Regiment waarvan de bevelhebber, kolonel William Tecumseh Sherman, persoonlijk verzocht. Hij nam verlof om terug te keren naar New York en hielp Thomas Francis Meagher bij het organiseren van de Irish Brigade. Het pas hervormde 69th Infantry Regiment was de eerste eenheid die werd toegewezen aan de Ierse Brigade en, met Nugent als kolonel, leidde hij de "Fighting 69th" in de Slagen van Fair Oaks, Gaines Mill, Savage Station
White Oak Swamp, Glendale en Malvern Hill.