Voltooi de volgende zin: Toen de Burgeroorlog uitbrak, werd Kirkland in eerste instantie benoemd tot kapitein in het Confederatieleger en vervolgens tot kolonel van de 11e North Carolina Volunteers, later aangewezen als de 21e North Carolina, in juni 1861. Hij leidde zijn regiment bij First Manassas als onderdeel van brigadegeneraal Milledge Bonham's brigade, maar was niet significant betrokken. In oktober werd het 21ste North Carolina toegevoegd aan de brigade van Isaac Trimble en de volgende lente nam hij deel aan Stonewall Jackson's Shenandoah Valley Campaign. Kirkland werd door beide dijen geschoten tijdens de
Eerste Slag bij Winchester, waardoor hij een paar maanden buiten dienst was. Tijdens zijn herstel diende Kirkland als stafchef voor Patrick Cleburne tijdens de campagne van Murfreesboro in december 1862.