Aan het begin van het seizoen 1997 kreeg Alesi een ultimatum van Flavio Briatore. Hij waarschuwde hem dat 1997 zijn laatste kans zou zijn om goede resultaten te behalen. De auto leverde goede resultaten op in de pre-seizoentests, maar Ross Brawn, Nigel Stepney en Rory Byrne sloten zich aan bij Schumacher bij Ferrari, en de vorm van de Benetton tijdens het seizoen was onregelmatig. Zijn zaak werd niet geholpen door een gênante aftreden in de seizoen-opening Australische Grand Prix
Hij negeerde de radio-berichtjes van de monteurs... en bleef vijf ronden rijden... tot de brandstof op was. Briatore vond dat hij z'n kans op een podium had verknald. Hij scoorde slechts drie punten in de volgende vier races, maar had toen een sterke reeks met enkele podiumplaatsen, en steeg naar de derde plaats in het rijderskampioenschap. Er waren echter nog meer gênante incidenten, zoals bij de Franse Grand Prix toen hij David Coulthard onnodig van de baan duwde, en de Oostenrijkse Grand Prix, waar zijn poging om Eddie Irvine van bijna acht lengtes achter te breken een botsing veroorzaakte die Alesi na de race onder onderzoek bracht voor gevaarlijk rijden. Hij nam de pole position in de Italiaanse Grand Prix, wat de fans in vervoering bracht, ondanks het feit dat hij niet langer voor Ferrari reed en vroeg in de race leidde, maar verloor van David Coulthard's McLaren vanwege een langzame pitstop. Hij eindigde vierde in het kampioenschap met 36 punten, dankzij de diskwalificatie van Michael Schumacher aan het einde van het seizoen. Alesi's reputatie werd beschadigd tijdens zijn tijd bij Benetton, omdat hij geen Grand Prix had kunnen winnen ondanks het feit dat hij een concurrerende auto had, en leed door vergelijking met Schumacher bij Ferrari. Alesi's contract met Benetton werd aan het eind van het seizoen niet verlengd en hij tekende een tweejarig contract met Sauber.