Pettus diende in het westelijke theater van de Amerikaanse Burgeroorlog. Tijdens de Stones River Campaign werd hij gevangen genomen door soldaten van de Unie op 29 december 1862 en kort daarna uitgewisseld voor soldaten van de Unie. Pettus werd opnieuw gevangen genomen op 1 mei 1863, terwijl een deel van het opgegeven garnizoen dat Port Gibson had verdedigd
in Mississippi. Hij wist te ontsnappen en terug te keren naar zijn eigen lijnen. Pettus werd gepromoveerd tot kolonel op 28 mei en kreeg het bevel over het 20e Alabama.