Kovalainen ging in de eerste bocht in botsing met Mark Webber en in Maleisië spinde hij in de eerste ronde af terwijl hij vocht voor de positie met Hamilton en Massa. In China scoorde hij zijn eerste punten van het seizoen door vijfde te eindigen. McLaren ontwikkelde geleidelijk de auto en de resultaten begonnen te verbeteren, met Kovalainen als achtste in Duitsland, als vijfde in Hongarije.
En zijn beste resultaat van het seizoen, een vierde plaats in de finale. Dit werd gevolgd door back-to-back zesde plaatsen in Spa en Monza, en zevende in Singapore. Hij eindigde het seizoen met 22 punten na vijf retirements, waardoor hij op de twaalfde plaats in het kampioenschap stond. Op 18 november werd aangekondigd dat de onlangs gekroonde wereldkampioen Jenson Button een meerjarig contract had getekend als teamgenoot van Hamilton, waardoor Kovalainen zonder een 2010 F1-rit zou zijn.