Een moslimgroep die bekend staat als de Rabedis, die in Córdoba in Al-Andalus (Andalusië in het hedendaagse Spanje) in opstand was gekomen, vestigde zich in 818 in Volubilis. Hoewel er nog enkele eeuwen lang mensen in Volubilis woonden, was het waarschijnlijk tegen de 14e eeuw bijna verlaten. Leo Africanus beschrijft de muren en poorten, evenals het graf van Idris, bewaakt door slechts twee of drie kastelen. Zijn lichaam werd vervolgens naar Moulay Idriss Zerhoun gebracht, waar een groot mausoleum voor hem werd gebouwd. De naam van de stad werd vergeten en werd door de plaatselijke bevolking "Ksar Faraoun" of het "kasteel van de farao" genoemd, een verwijzing naar een legende dat de oude Egyptenaren het hadden gebouwd. Niettemin bleven sommige van de gebouwen staan, hoewel geruïneerd, tot zo laat als de 17e eeuw toen Moulay Ismail de site plunderde om bouwmateriaal te leveren voor zijn nieuwe keizerlijke hoofdstad in Meknes. De aardbeving van Lissabon in 1755
veroorzaakte verdere ernstige vernietiging. De Engelse antiquaris John Windus had de plaats echter in 1722 geschetst. In zijn boek "A Journey to Mequinez" uit 1725 beschreef Windus het toneel: