Begin april 1945, een paar weken voor het einde van de oorlog
, en worstelen met een wanhopig tekort aan geschoolde arbeidskrachten dankzij de slachting van de oorlog, de militaire autoriteiten opgeroepen Iwan Katz uit het concentratiekamp om te werken als een leger arts voor de eenheden in de stad. Het is niet duidelijk of hij tot op dat moment enige praktische medische ervaring had opgedaan, maar geneeskunde was een van de vakken die hij drie en een half decennium eerder op de universiteit had gestudeerd. Op 20 april 1945 werd hij gepromoveerd tot hoofdarts van de Duitse eenheden in Mauthausen. Bronnen prijzen zijn rol om ervoor te zorgen dat toen de Amerikaanse troepen in mei 1945 aankwamen het fort van Mauthausen werd overgedragen zonder dat er een schot werd afgevuurd van beide kanten. Katz bleef tussen 6 mei en 7 juni 1945 als arts in het kamp, om zijn medevluchtelingen uit het enorme concentratiekamp te verzorgen, dat nu niet meer door het Duitse leger maar door het Amerikaanse bezettingsleger werd gebruikt.