Jansen keerde terug naar de Pacific Coast League als speler-coach bij Seattle (1955 en 1957) en Portland (1958<unk>60). Na een telefoontje van zijn voormalige teamgenoot Alvin Dark, keerde Jansen terug naar de Major Leagues als pitching coach voor de San Francisco Giants in, met Dark als manager. Jansen bleef elf seizoenen pitchingcoach en hielp de toekomstige Hall-of-Famers Juan Marichal en Gaylord Perry te ontwikkelen. Tijdens zijn ambtstermijn speelde de Giants in de World Series van 1962 en de National League Championship Series van 1971.
Ik weet het. Hij verhuisde vervolgens naar zijn laatste MLB-coachbaan, waarbij hij pitchers voor de Chicago Cubs in 1973 behandelde, werkend voor zijn oude Giants-manager, Leo Durocher, en toen voor zijn voormalige teamgenoot Whitey Lockman.