In maart 1937 werd Schniewind van zijn universitaire functie ontheven en begin 1938 begonnen de autoriteiten een strafrechtelijk onderzoek naar zijn betrokkenheid bij de Belijdende Kerk. Hij was verplicht om een salarisverlaging van 80% te aanvaarden. Veel bronnen veronderstellen of suggereren dat hij tot het einde van de oorlog zijn professoraat ontzegd bleef.
In mei 1945 werd de professoratie van Schniewind hersteld, maar uit recente onderzoeken van personeelsdossiers in de archieven van de Universiteit van Halle is gebleken dat de professoratie van Schniewind in stilte werd hersteld in een of andere vorm later in 1938. Er is geen melding dat de strafzaak het stadium van een vervolging heeft bereikt. Volgens één bron kon hij, naast zijn lezingen ten behoeve van de Belijdende Kerk, "zijn studenten privé blijven bijbrengen". Na 1939 combineerde hij zijn activiteiten aan de universiteit met werk als militair-ziekenhuiskapelaan.