Tijdens de Tweede Wereldoorlog werd Thessaloniki zwaar gebombardeerd door fascistisch Italië (met 232 doden, 871 gewonden en meer dan 800 gebouwen beschadigd of vernietigd in november 1940 alleen), en, de Italianen hebben gefaald in hun invasie van Griekenland
, viel het op 8 april 1941 in handen van nazi-Duitsland en kwam onder Duitse bezetting. De nazi's dwongen al snel de Joodse inwoners in een getto in de buurt van de spoorwegen en op 15 maart 1943 begon de deportatie van de joden van de stad naar de concentratiekampen Auschwitz en Bergen-Belsen. De meesten werden onmiddellijk naar de gaskamers gestuurd. Van de 45.000 Joden die naar Auschwitz werden gedeporteerd, overleefde slechts 4%.