Bat Ayin werd opgericht door zeven families onder leiding van rabbijn Yitzchak Ginsburg in 1989, op land dat oorspronkelijk was gekocht door Joden voor 1948.
, die tot 1967 onder Jordaans bewind als "vijandelijk eigendom" werd behandeld. Uiteindelijk werden grote stukken grond aan zo'n 40 gezinnen toegewezen. De mensen van de nederzetting kwamen niet uit het gevestigde kolonistenmainstream. Veel van de oorspronkelijke kolonisten zijn opgegroeid op de "heuvels". Het kreeg een reputatie van bijzonder extremistisch en zeer gevoelloos tegenover de lokale Palestijnen, van wie niemand mocht passeren in de buurt van de nederzetting. In de algemene verkiezingen van begin jaren 2000 gaf de helft van de Bat Ayin-kiezers de voorkeur aan de Herut-kandidaat Baruch Marzel. In 1993 richtten Motti Karpel en Chaim Nativ de "Chai Vekayam" (levend en gezond) beweging op in Bat Ayin, waarvan het document, "Identity Card", duidelijk verklaarde dat de wetten van de staat Israël niet bindend zijn voor kolonisten op de Westelijke Jordaanoever. Volgens een inwoner, in een uitgebreid interview, is Israël alleen voor Joden, die een "uitverkoren volk" zijn, en zijn de Palestijnen verplicht om hen te dienen, volgens de woorden van de Torah: "Mensen zullen voor u werken, naties zullen voor u buigen". De nederzetting zou expansionistische belangen hebben en een illegale buitenpost hebben opgericht die West-West Bat Ayin wordt genoemd.