Op 16 september 2008 maakte Puyol zijn 400ste optreden voor Barcelona in een Champions League groepsfasewedstrijd tegen Sporting CP. In het seizoen van de competitie speelde hij, ondanks blessures, in 28 wedstrijden en hielp hij hen een andere titel te winnen. Zijn enige doelpunt kwam tegen Real Madrid in "El Clásico" op het Santiago Bernabéu op 2 mei 2009, die eindigde met een geweldige 6 tegen 2 overwinning, en hij vierde zijn doel door zijn Catalaanse vlag armband te kussen voor de woedende Madrid fans. Hij was essentieel voor het winnen van de Copa del Rey in 2009, de Champions League in 2009 en de UEFA Super Cup in 2009.
en de 2009 FIFA Club World Cup om een ongekende zesvoudige te voltooien, die in bijna 100 officiële wedstrijden verscheen.