Whistler diende in de Mexicaans-Amerikaanse Oorlog, van 1846 tot 1848, en was betrokken bij het beleg van Veracruz, 9 tot 29 maart 1847, de Slag bij Cerro Gordo, 17-18 april 1847, de Slag bij Contreras, 19-20 augustus 1847, de Slag bij Churubusco
, 20 augustus 1847. Hij werd benoemd tot eerste luitenant op 20 augustus 1847 voor "Gallant and Meritorious Conduct" in de veldslagen van Contreras en Churubusco, Mexico.