Als afgevaardigde van de Junta leidde hij de rampzalige Paraguay-campagne. Zijn troepen werden verslagen door Bernardo de Velasco in de veldslagen van Campichuelo en Paraguarí.
Ik weet het. Hoewel hij werd verslagen, leidde de campagne tot een reeks gebeurtenissen die leidde tot de onafhankelijkheid van Paraguay in mei 1811. Hij trok zich terug naar de omgeving van Rosario, om het te versterken tegen een mogelijke royalistische aanval van de Oostelijke Band van de Uruguayrivier. Daar creëerde hij de vlag van Argentinië. Het Eerste Triumviraat keurde de vlag niet goed, maar vanwege de trage communicatie zou Belgrano er pas vele weken later van leren, terwijl hij het leger van het Noorden bij Jujuy versterkte. Daar, wetende dat hij een strategisch nadeel had tegen de royalistische legers die uit Boven-Peru kwamen, gaf Belgrano het bevel tot de Jujuy-exodus, die de hele bevolking van de provincie Jujuy naar San Miguel de Tucumán evacueerde. Zijn tegenaanval in de Slag bij Tucumán resulteerde in een belangrijke strategische overwinning, en het werd al snel gevolgd door een volledige overwinning op het royalistische leger van Pío Tristán in de Slag bij Salta. Echter, zijn diepere invallen in Upper Perú leidden tot nederlagen bij Vilcapugio en Ayohuma, waardoor het Tweede Triumviraat zijn vervanging als commandant van het Leger van het Noorden bestelde door de nieuw aangekomen José de San Martín. Tegen die tijd had de Asamblea del Año XIII het gebruik van de vlag van Belgrano als nationale oorlogsvlag goedgekeurd.