In 1856 werd Kekulé aangesteld als hoogleraar aan de Universiteit van Gent, waarna hij in 1867 werd opgeroepen naar Bonn, waar hij de rest van zijn carrière actief bleef. Gebaseerd op zijn ideeën van zijn voorgangers zoals Williamson, Edward Frankland, William Odling, Auguste Laurent, Charles-Adolphe Wurtz en anderen, was Kekulé de belangrijkste formuleerder van de theorie van de chemische structuur (1857<unk>58). Deze theorie is gebaseerd op het idee van de atoomvalentie, met name de tetravalentie van koolstof (die Kekulé eind 1857 aankondigde) en het vermogen van koolstofatomen om elkaar te koppelen (in een artikel gepubliceerd in 1858), maar keken kon direct worden ingehuurd als hoogleraar aan de Universiteit van Gent. In 1867 werd hij geroepen naar Bonn, waar hij bleef voor de rest van zijn carrière.
chemische structuur