Erdoğan trouwde met Emine Gülbaran (geboren 1955, Siirt) op 4 juli 1978. Ze hebben twee zonen; Ahmet Burak en Necmettin Bilal, en twee dochters, Esra en Sümeyye. Zijn vader, Ahmet Erdoğan, overleed in 1988 en zijn 88-jarige moeder, Tenzile Erdoğan, overleed in 2011. Hij is lid van de Gemeenschap van İskenderpaşa, een Turkse sufi gemeenschap van Naqshbandi tariqah.
Emine Gülbaran