Tegen het einde van 1945 werden Australische commando's naar het eiland gestuurd door Amerikaanse onderzeeërs met de Allied Z Special Unit die inlichtingenoperaties uitvoerde en duizenden inheemse mensen trainde om de Japanners te bestrijden in guerrilla-oorlogvoering in de Borneo-campagne ter voorbereiding op de komst van de belangrijkste bevrijdingsmissies van de geallieerden. Na aanlanding in Noord-Borneo en Labuan
Op 10 juni 1945 werd het eiland Borneo bevrijd door een combinatie van Australische en Amerikaanse troepen. De Britse militaire administratie nam formeel de leiding over van de Japanners op 12 september 1945.