Schrijf een vervolg voor deze paragraaf - Toen de oorlog slecht begon te gaan voor Roemenië toen de herfst van 1916 aanbrak, was het ministerie betrokken bij het organiseren van verzet tegen de door Duitsland geleide bezetting, het vernietigen van de petroleuminfrastructuur, het zinken van graanopslagplaatsen in de Donau en het verzenden van de Roemeense schatkist naar Moskou. Toen het leger zich in Moldavië begon terug te trekken, werd Morțun beschuldigd van zijn behandeling van de materiële evacuatie, in het bijzonder van de graanvoorziening. Hij werd ook bekritiseerd omdat hij niet van tevoren werkte aan het creëren van een netwerk van informanten in potentieel bezette gebieden. Hij verliet de regering na de Slag om Boekarest.
Het resultaat was dat de hoofdstad in handen viel van de centrale mogendheden en het nationale leiderschap verhuisde naar Iași. Tijdens zijn latere tijd als voorzitter van de Vergadering hield hij toezicht op de goedkeuring in juni 1917 van hervormingen van de Grondwet, die voorzien in verkiezings- en grondhervorming, en de ratificatie in april 1918 van de unie van Bessarabië met Roemenië. Hij bezat een landgoed in Broșteni, Neamț County, buiten Roman; tijdens de boerenopstand van 1907 verwoestte een menigte van ongeveer 400 boeren het huis van de Joodse huurder. Morțun zelf, die leefde om veel van zijn landgoed onteigend te zien, stierf in Broșteni in 1919 en werd op het terrein begraven.