Gepromoveerd tot commodore, werd Keppel tweede in bevel van de Oost-Indië en China Station, met zijn brede vaandel in de fregat HMS "Raleigh", in september 1856. HMS "Raleigh" ging verloren op een onbekende rots bij Hong Kong, en hoewel Keppel vervolgens voor de krijgsraad werd gebracht, werd hij eervol vrijgesproken voor het verlies van het schip. Vervolgens verplaatste hij zijn vaandel naar de zesde klas HMS "Alligator". Na het bemachtigen van de gecharterde stoomboot, leidde hij het Britse squadron, dat bestond uit de "Hong Kong" en zeven kanonboten, in de actie met Chinese piraten in de Slag bij Fatshan Creek in juni 1857 toen hij ongeveer 100 vijandelijke oorlogsschepen tot zinken bracht. Voor zijn aandeel in deze actie werd Keppel gepromoveerd tot Ridder-commandant van de Orde van het Bad op 12 september 1857. Hij nam ook deel aan de verovering van Canton.
in december 1857 tijdens de Tweede Opiumoorlog.