Bij het uitbreken van de Burgeroorlog, leidde hij het 18e Louisiana Infanterie Regiment, waar hij een strenge discipline was die ook opmerkelijk vriendelijk en gezellig was met de gewone man. Gewonde bij
Shiloh, werd hij een brigadekommandant onder generaal Richard Taylor, met wie hij succesvol de inspanningen van de Unie om de Bayou Teche regio van zuidelijk Louisiana te beveiligen belemmerde. In de Red River-campagne werd Mouton gedood in de Slag bij Mansfield, terwijl hij zijn mannen leidde in een cavalerie-aanval.