Schrijf een vervolg op deze paragraaf - In de loop van de migratiecrisis van 2015
Kern organiseerde het vervoer van honderdduizenden migranten die van de "Balkan route" door het hele land kwamen. Hij wordt beschouwd als een aanhanger van het migratiebeleid van de Duitse bondskanselier Angela Merkel. Een vooraanstaand Oostenrijkse vakbondslid, die ook voorzitter is van de ondernemingsraad van de ÖBB, beschreef Kern in 2016 als "de eerste ÖBB-baas die echt achter zijn werknemers staat".