Voltooi de volgende zin: Na zijn terugkeer naar Vlaanderen bleef Coxie in Mechelen en nam twee leerlingen in zijn werkplaats aan. Mechelen was echter een culturele woestenij geworden, terwijl Antwerpen aantrekkelijke mogelijkheden bood, omdat veel van de vernietigde altaarstukken vervangen moesten worden en de toonaangevende geschiedenisschilders Frans Floris en Willem Key net waren overleden. Hij voltooide een altaarstuk in Antwerpen in 1575 en werd in 1578 ingeschreven in het gilde van Sint-Lukas van Antwerpen. Hij verbleef in Antwerpen in de periode van 1580 tot 1585, toen de stad werd geregeerd door een calvinistische regering. Als katholiek kon hij zelfs opdrachten krijgen van de plaatselijke regering, die tolerant was ten opzichte van katholieken. In 1585 werd hij geregistreerd als huurder in de Kloosterstraat in Antwerpen, terwijl zijn huis in Mechelen werd verhuurd. Na de
Na de val van Antwerpen en de terugkeer van de Spaanse katholieke controle over de stad in 1585, kreeg Coxie onmiddellijk opdrachten van beschermheren in Mechelen, waaronder de stadsregering. De blijvende waardering van de Spaanse koning voor de bejaarde kunstenaar werd aangetoond toen hij hem in 1589 een annuïteit verleende. Coxie bleef schilderen, zelfs toen hij meer dan 90 jaar oud was. Zijn laatste werk, gedateerd 1592, was de, vandaag in de kathedraal van St. Michael en St. Gudula in Brussel. Deze bevat op de achterkant van een van de zijpanelen het enige bekende portret van Filips II geschilderd door de kunstenaar. Kort daarna stierf hij na per ongeluk van een steiger te zijn gevallen terwijl hij werkte aan de restauratie van het "Oordeel van Salomo" in het Antwerpse stadhuis dat hij negen jaar eerder voor de Antwerpse gemeenteraad had gemaakt.