Maflin won drie wedstrijden om de laatste ronde te bereiken in de kwalificatie voor twee van de eerste vijf ranglijsten van het seizoen 2012/2013. Deze kwamen in de Wuxi Classic waar hij verloor in een beslissend frame tegen Michael Holt, en het Internationaal Kampioenschap waar hij verloor 2<unk>6 tegen Mark Davis. Hij maakte gebruik van het nieuwe plattere kwalificatiesysteem dat werd gebruikt in de Duitse Masters, waarbij hij slechts twee wedstrijden hoefde te winnen om door te gaan naar de hoofdfase in Berlijn, door Joel Walker en Tom Ford te verslaan, waarbij hij slechts één frame verloor. Op de locatie versloeg Maflin Xiao Guodong met 5 tegen 4, voordat hij in de laatste 16 met 3 tegen 5 verloor van Holt. Maflin had een zeer goed seizoen in de PTC-evenementen van de lagere ranglijst, met zijn beste resultaten op de Gdynia Open en de FFB Open, waar hij in de kwartfinales werd uitgeschakeld door respectievelijk Jamie Burnett en Rod Lawler. In het laatste geval had Maflin misschien wel de beste overwinning van zijn carrière, door terug te komen van 0<unk>3 om de in-vorm Neil Robertson te verslaan in een televisiewedstrijd. Hij bereikte ook de laatste 16 van de Scottish Open.
Hij eindigde als 23e in de Orde van Verdienste, binnen de top 26 die zich kwalificeerden voor de finale. Daar had Maflin de beste run in een ranglijst van zijn carrière door de wereldkampioen van 1997 Ken Doherty 4×2, Lawler en Ben Woollaston beide 4×3 te verslaan om de halve finales te bereiken. Hij speelde tegen Ding Junhui en werd verslagen in een 0<unk>4 nederlaag, maar slaagde er alleen in om in totaal 52 punten te scoren in de hele wedstrijd. Niettemin was de cheque van £ 20.000 voor het bereiken van de laatste vier de hoogste van zijn carrière tot nu toe. Maflin versloeg Craig Steadman en Steve Davis om door te gaan naar de laatste ronde van de kwalificatie voor het wereldkampioenschap. Hij leidde voormalig wereldkampioen Peter Ebdon 8 tegen 6, maar verloor vier frames achter elkaar om voor het eerst een plaats in het wereldkampioenschap te verliezen. Hij verhoogde zijn rangorde met acht plaatsen tijdens het jaar om het wereldnummer 64 te beëindigen.