Bij het uitbreken van de Burgeroorlog werd Brooks in september 1861 benoemd tot brigadegeneraal van de vrijwilligers. Hij leidde de 2e Brigade, 2e Divisie van het IV Korps in de Peninsula Campaign, en de 2e Brigade, 2e Divisie van het VI Korps bij de Zeven Dagen Slag, waar hij gewond raakte bij de
De Slag om Savage's Station. Hij herstelde en nam het commando over zijn brigade voor de Maryland-campagne weer over en leidde zijn mannen bij Crampton's Gap, waar ze een Confederate slagvlag van de 16th Virginia Infantry veroverden. Tijdens de Slag bij Antietam was Brooks' brigade voornamelijk in reserve, hoewel ze 48 uur lang onder "gallant vuur van zowel artillerie als scherpschutters" stond.