Het verhaal volgt de avonturen van Garde-piloot Nagate Tanikaze, die sinds zijn geboorte in de ondergrondse laag van Sidonia woonde en door zijn grootvader werd opgevoed. Hij heeft nooit iemand anders ontmoet, hij traint zichzelf elke dag in een oude Guardian-pilotsimulator en beheert het uiteindelijk. Na de dood van zijn grootvader komt hij naar de oppervlakte en wordt hij geselecteerd als een Guardian-piloot, net zoals Sidonia opnieuw wordt bedreigd door de Gauna. Vraag: Wat wordt hij geselecteerd als na het overlijden van zijn grootvader?
Beschermer piloot.