Op 29 september 1938 werd Thomas teruggeroepen naar actieve dienst en werd lid van de bemanning van het slagschip. Op 13 augustus 1939 werd hij lid van de kruiser, waar hij diende toen de Tweede Wereldoorlog uitbrak. Hij werd gepromoveerd tot commandant op 27 juni 1940. Nadat het was gezonken door de Italianen tijdens de aanval op Souda Bay.
, werd hij toegewezen aan HMS "Nile", de kustbasis van de Royal Navy in Egypte, en diende hij in de staf van de Commander-in-Chief, Middellandse Zee-vloot. Hij trouwde een tweede keer op 10 september 1941, met Mary Fedora Douglas-Watson, een pianiste en componist. Ze was de weduwe van een collega-maritieme officier, commandant Francis Douglas-Watson, en de dochter van de voormalige Australische senator Anthony St Ledger.