Schrijf een vervolg op deze paragraaf - Leunig heeft ook zijn oppositie tegen de Israëlische regering verklaard. Drie van zijn cartoons uit 2004-2006 trokken nationale en internationale protestbrieven in verband hiermee. De drie stukken hadden als onderwerpen: IDF-bommenwerpers (13 april 2004); het bevel van Ariel Sharon om sjeik Ahmed Yassin te vermoorden (11 januari 2006); en de hernieuwde bezetting van Gaza.
(12 juli 2006). Een vierde stuk werd niet gepubliceerd en is sindsdien meer bekritiseerd omdat hij zijn oppositie tegen het beleid van Israël mogelijk verwarde met een antisemitische, gegeneraliseerde ondermijning van de Joodse ervaring, door te vertrouwen op een verwijzing naar de Joodse Holocaust. Deze karikatuur kreeg internationale aandacht nadat ze werd ingeschreven in een Iraanse wedstrijd die door de krant "Hamshahri" was opgezet als vergelding voor de Muhammad cartoons controverse. Leunig ontkende dat hij de cartoon als inschrijving voor de wedstrijd had ingediend en zei: "Ik ben vreselijk, kwaadwillig opgezet". Hij eiste dat zijn cartoon werd ingetrokken; de krant deed dit en verontschuldigde zich ook bij hem. Later bleek dat de cartoon als een grap was ingediend door Richard Cooke, een webcontributor van het Australische komische team "The Chaser".