De regering van Đukanović stuurde troepen om de afscheiding van Kroatië te bestrijden, omdat hij zich verzette tegen de gevolgen van Joegoslavië veroorzaakt door de Sloveense onafhankelijkheid.
en opstanden in andere gebieden. Het kabinet van Đukanović nam actief deel aan het beleg van Dubrovnik van de herfst van 1991 tot het voorjaar van 1992, waardoor de stad zware structurele schade leed. Het omliggende gebied van Konavli leed ook onder plunderingen. Gedurende deze periode was Đukanović een van de meest luidruchtige haviken in de Montenegrijnse regering. Enkele van zijn opmerkelijke uitspraken uit deze periode zijn een proclamatie over "het beginnen te haten van schaak vanwege de šahovnica (het schaakbord Kroatische wapenschild) " en een agressieve verklaring in een openbare toespraak tijdens de aanval op Dubrovnik dat "We hebben al de AVNOJ-grenzen van Montenegro en Herzegovina, dat is oostelijk Bosnië en Montenegro, verdund.