Jackson's troepen dienden goed onder Lee in de reeks van gevechten bekend als de Seven Days Battles, maar Jackson's eigen prestaties in die gevechten wordt over het algemeen als slecht beschouwd. Hij arriveerde laat in Mechanicsville en gaf zijn mannen onverklaarbaar het bevel om voor de nacht te bivakeren binnen hoorbereik van de strijd. Hij was te laat bij Savage's Station.
Ik weet het. Bij White Oak Swamp slaagde hij er niet in om veerplaatsen te gebruiken om White Oak Swamp Creek over te steken, terwijl hij urenlang probeerde een brug te herbouwen, wat zijn betrokkenheid beperkte tot een ineffectief artillerie-duel en een gemiste kans om beslissend in te grijpen in de Slag bij Glendale, die in de buurt woedde. Bij Malvern Hill nam Jackson deel aan de nutteloze, fragmentarische frontale aanvallen tegen de verankerde infanterie van de Unie en de massale artillerie, en leed zware verliezen (maar dit was een probleem voor het hele leger van Lee in die slecht overwogen strijd). De redenen voor Jackson's trage en slecht gecoördineerde acties tijdens de Zeven Dagen worden betwist, hoewel een ernstig gebrek aan slaap na de uitputtende mars en treinreis vanuit de Shenandoah-vallei waarschijnlijk een belangrijke factor was. Zowel Jackson als zijn troepen waren volledig uitgeput. Een verklaring voor deze en andere tekortkomingen van Jackson werd terloops aangeboden door zijn collega en zwager generaal Daniel Harvey Hill: "Jackson's genie straalde nooit toen hij onder het bevel van een ander stond".