Na de val van de Filippijnen, begon de divisie met de training voor de aanval op Japan zelf, maar gaf zich over.
kwam eerst. De divisie verhuisde naar Japan waar het het eiland Honshū bezette voor een paar maanden. De 41ste Infanteriedivisie werd op 31 december 1945 in Kure-Hiro, Japan, inactief gemaakt.