Voltooi de volgende zin: In 1861, aan het begin van de Burgeroorlog, werd hij door de commandant van de New Yorkse Nationale Garde, brigadegeneraal John F. Rathbone, aangesteld als hoofd medisch officier bij het depot in Albany. In juni 1862, na
Terwijl het Army of the Potomac met zijn artsen zich terugtrok, bleef Swinburne om de duizenden gewonde gevangenen, zowel van de Unie als van de Confederatie, te verzorgen. Met respect voor zijn principieel standpunt gaf de Confederatie-commandant Stonewall Jackson hem een pasje, met een bijgevoegde persoonlijke nota, waarmee hij gevangenen van de Unie mocht bezoeken. In 1864 werd hij door gouverneur Horatio Seymour benoemd tot gezondheidsbeambte van de haven van New York en in 1867 werd hij door gouverneur Reuben Fenton herbenoemd tot gezondheidsbeambte van de haven van New York, waar hij in totaal zes jaar diende, tot 1870. Tijdens zijn regering, ondanks de terughoudendheid van de staatswetgever om financiering toe te wijzen, hield hij toezicht op de bouw van toenmalige state-of-the-art quarantainefaciliteiten op eilanden die Swinburne en Hoffman werden genoemd.