Het squadron bereikte de eerste operationele capaciteit in F-16CJ's in 1996. De staartcode van het squadron werd gelijktijdig veranderd van "MJ" naar "WW" in erkenning van het Wild Weasel erfgoed van de vleugel. Op 8 juli van dat jaar werd het squadron de eerste Pacific Air Forces F-16-eenheid die werd ingezet ter ondersteuning van Operatie Southern Watch, waarbij de no-fly zone over Zuid-Irak werd afgedwongen, als gevolg van een beleidswijziging die alle eenheden de mogelijkheid gaf om zich te ontplooien. Tijdens Operatie Southern Watch vloog het eskader zijn eerste gevechtsmissies sinds het Mayaguez-incident in 1975.
Ik weet het. Sinds 1996 is de 13th FS tien keer in Afghanistan, Irak en Jordanië ingezet, het laatst in 2014 naar Jordanië, waar de Panthers de Amerikaanse luchtaanval tegen de Islamitische Staat openden. Uiteindelijk zou deze inspanning bekend worden als Operation Inherent Resolve (OIR).