Voltooi de volgende zin: Hardee nam ontslag bij het Amerikaanse leger op 31 januari 1861, nadat zijn thuisstaat Georgia zich van de Unie had afgescheiden. Hij trad toe tot het Confederate States Army als kolonel op 7 maart en kreeg het bevel over Fort Morgan en Gaines in Alabama. Hij werd vervolgens gepromoveerd tot brigadegeneraal (17 juni) en majoor-generaal (7 oktober). Tegen 10 oktober 1862 was hij een van de eerste Confederate luitenant-generaals. Zijn eerste opdracht als generaal was om een brigade van Arkansas regimenten te organiseren en hij maakte indruk op zijn mannen en collega-officieren door het oplossen van moeilijke bevoorradingsproblemen en voor de grondige training die hij zijn brigade gaf. Hij kreeg zijn bijnaam, "Old Reliable", terwijl hij dit commando had. Hardee werkte in Arkansas totdat hij werd opgeroepen om zich bij generaal Albert Sidney Johnston's Army of Central Kentucky aan te sluiten als korpscommandant. Johnston zou zich terugtrekken uit Kentucky en Tennessee, naar Mississippi, voordat hij een verrassingsaanval op de
Slag bij Shiloh in de lente van 1862. Hardee werd gewond in de arm op 6 april 1862, tijdens de eerste dag van de slag. Johnston werd gedood bij Shiloh en Hardee's korps voegde zich bij generaal Braxton Bragg's Army of Tennessee voorafgaand aan het beleg van Corinth, Mississippi, totdat afdeling Commander PGT Beauregard de stad geëvacueerd en zich teruggetrokken naar Tupelo. Beauregard werd vervangen door Bragg, die vervolgens zijn leger verhuisde naar Chattanooga voordat hij zijn Confederate Heartland Offensive in Kentucky begon. Die campagne eindigde met de Slag bij Perryville in oktober 1862, waar Hardee de linkse vleugel van Bragg's leger leidde.