Op 16 juni 2009, vier dagen na de betwiste presidentsverkiezingen
, werd gemeld dat Hajjarian was gearresteerd. Volgens berichten is hij op 7 juli in de gevangenis van Evin gestorven onder martelingen. Later werd echter toegevoegd dat hij nog leefde, maar op 8 juli een zenuwinzinking had gehad en in kritieke toestand in een militair ziekenhuis in Teheran lag. Later kwamen er berichten dat hij nog steeds in de Evin-gevangenis was, mogelijk in een kliniek daar, en dat volgens zijn vrouw, de arts Vajiheh Marsoussi, zijn medische toestand in de gevangenis "ernstig verslechterde".