Yagüe werd toen bevorderd tot kolonel en trok vervolgens naar Madrid, waar hij Trujillo, Navalmoral de la Mata en Talavera de la Reina veroverde.
, maar was niet in staat om de hoofdstad te nemen. Hij nam deel aan het Aragonese Offensief en nam de controle over Belchite, Caspe en Lérida. Hij speelde ook een leidende rol in de Nationalistische overwinning in de Slag bij de Ebro. In mei 1938 werd Yagüe van zijn commando ontheven en gevangengezet wegens onbezonnen opmerkingen die hij maakte in een toespraak in Burgos, kritisch tegenover Franco. Hij was terug aan het front binnen enkele weken.