De Maleisische marine werd op 24 december 1948 opnieuw geactiveerd bij het uitbreken van de Maleisische Noodsituatie.
, de door de communisten geïnspireerde opstandelingen oorlog tegen de Britse koloniale regering. De Maleisische Zeemacht (MNF) werd op 4 maart 1949 door de koloniale autoriteiten in het officiële tijdschrift bekendgemaakt en was gebaseerd op een voormalig radiobasis van de Royal Air Force in Woodlands, Singapore. De basis werd de 'MNF Barracks' genoemd, maar werd later omgedoopt tot HMS "Malaya". De Royal Naval Volunteer Reserve (RNVR) werd hersteld als een gezamenlijke kracht bestaande uit de Singapore Division en de Federation Division, door een verordening die in 1952 in Singapore werd aangenomen. De belangrijkste missie van de Maleisische Zeemacht (MNF) was kustpatrouilles om de communisten te stoppen met het ontvangen van bevoorrading van de zee. Daarnaast was de Force belast met het bewaken van de toegangen tot Singapore en andere havens. De MNF was uitgerust met een HMS "Test", die als trainingsschip werd gebruikt. Tegen 1950 was de MNF-vloot uitgebreid met de voormalige Japanse mijnenlegger HMS "Laburnum", Landing Craft Tank (LCT) HMS "Pelandok" ("Mousedeer"), motorvissersvaartuig HMS "Panglima" ("Marshal"), torpedo-herstelvaartuig HMS "Simbang" en verschillende motorlanceringen voor zeevaartverdediging (SDML). In augustus 1952 verleende koningin Elizabeth II de titel "Royal Malayan Navy" aan de Maleisische Zeemacht in erkenning van haar uitstekende dienst in actie tijdens de Maleisische Noodsituatie.