Fort Clinch is een 19e-eeuws bakstenen fort dat werd gebouwd in 1847 na het einde van de
Tweede Seminole Oorlog. Het werd vernoemd naar generaal Duncan Lamont Clinch, een belangrijke figuur in de Eerste en Tweede Seminole Oorlog. Er werden geen gevechten gevochten bij Fort Clinch. Confederatie-troepen bezetten het onvolledige fort in 1861 toen de troepen van de Unie uit Florida werden teruggetrokken. In 1862 werden de geconfedereerde troepen uit het fort teruggetrokken omdat hun mankracht elders nodig was en de strijdkrachten van de Unie herwonnen de controle over het gebied zonder dat er schoten werden afgevuurd. De strijdkrachten van de Unie begonnen opnieuw met de bouw van het fort en gingen door tot het einde van de oorlog. Het fort zou een basis worden voor de Unie-troepen in het gebied.