Badoer's debuut in de Formule 1 in 2009 werd verstoord door BMS Scuderia Italia's niet-competitieve Lola chassis, die, ondanks Ferrari motoren, de langzaamste auto in het kampioenschap was in termen van kwalificatie tempo. In Zuid-Afrika
Badoer stopte na 20 ronden vanwege een versnellingsbakfout. In Brazilië kwalificeerde Badoer als 21ste en eindigde als 12de nadat hij door een incident moest pitten voor een nieuwe neuskegel. In Donington werd hij het slachtoffer van een nieuwe regel die de kwalificatie beperkte tot de snelste 24 auto's (zijn tijd was alleen goed genoeg voor de 26e). In Imola werd Badoer zesde, maar eindigde zevende. Dit bleef Badoer's beste resultaat in de Formule 1. In Spanje kon hij niet finishen en in Monaco eindigde Badoer als laatste. Hij eindigde als vijftiende in Canada. Bij Magny-Cours, Silverstone, Hockenheim en Boedapest, slaagde Badoer er niet in om te finishen, tweemaal door schorsingsfout. In Spa werd het Lola-team betrouwbaarder en Badoer eindigde als dertiende. Bij zijn thuisrace in Monza was hij Christian Fittipaldi voor en vocht hij meerdere ronden voordat de Braziliaan de auto van Badoer raakte en uiteindelijk de 10e plaats eindigde. Bij Estoril eindigde Badoer als veertiende na als laatste te zijn gestart. Na de race reisde Lola niet naar de races in Japan en Australië nadat het team had aangekondigd dat ze in 1994 met Minardi zouden fuseren.