In 1937 werden de trotskisten uit de Socialistische Partij gestuurd, een actie die leidde tot de vorming van de Socialistische Arbeiderspartij (SWP) aan het eind van het jaar. Binnen de SWP sloot Burnham zich aan bij Max Shachtman in een factiekamp over de positie van de meerderheidsfractie van de SWP, geleid door James P. Cannon en gesteund door Leon Trotsky, die de Sovjet-Unie verdedigde als een gedegenereerde arbeidersstaat tegen de invallen van het imperialisme. Shachtman en Burnham, vooral na het getuige te zijn geweest van het Nazi-Sovjet pact van 1939 en de invasies van Polen, Letland, Litouwen en Estland door het regime van Joseph Stalin, evenals de Sovjet-invasie van Finland
In november 1939 kwam hij te beweren dat de USSR een nieuwe vorm van imperialistische klassenmaatschappij was en dus niet eens de kritieke steun van de socialistische beweging waard was.