Na de oorlog bleef O'Doherty trouw aan de Kroon, maar in 1608, na een geschil met de nieuwe gouverneur van Derry, kwam O'Doherty in opstand met het kasteel als zijn hoofdkwartier. De verbranding van Derry
In april ontstond wat bekend werd als O'Doherty's Rebellion. Als reactie stuurden de Dublinse autoriteiten troepen om O'Doherty's Inishowen hartlanden te overvallen. Na een belegering veroverden ze Burt Castle en bevrijdden de gevangenen die in Derry werden gevangen gehouden. Kort daarna werd O'Doherty gedood in de Slag bij Kilmacrennan en de opstand stortte in.