In november 1943 werd Baker toegewezen als vliegcommandant bij het 493e Fighter Squadron, 48th Fighter Group, in Tullahoma, Tenn. Begin 1944 ging hij naar het Europese Theater van Operaties met de groep die was toegewezen aan de Negende Luchtmacht. Hij vloog P-47 Thunderbolt vliegtuigen in de campagnes van Air Offensive, Europa; Normandië; en Rijnland
Ik weet het. Hij werd bekroond met de zilveren ster voor dapperheid in actie en ontving ook een eikenblad cluster aan het Distinguished Flying Cross. Tegen het einde van zijn tweede Europese dienstperiode had hij in totaal 523 uur gevlogen op 272 gevechtsmissies in Britse Spitfire- en Thunderbolt-jagers.