De Amerikaanse Burgeroorlog brak uit in april 1861, en dat jaar meldde Howell zich aan boord van het stoomfregat, dat werd toegewezen aan het Noord-Atlantische Blockade Squadron om deel te nemen aan de blokkade van de Confederate States of America door de Unie. Aan boord van de Minnesota was hij getuige van de slag bij Hatteras Inlet Batteries.
op de Outer Banks van North Carolina op 28-29 augustus 1861.