Toen de enige zoon van Vladislas, Lodewijk, in 1526 in de Slag bij Mohács werd gedood en daarmee de heerschappij van de Jagiellon-dynastie in Bohemen eindigde, verkoos een conventie van Boheemse edelen zijn zwager, de Habsburgse aartshertog Ferdinand I van Oostenrijk, als de nieuwe koning van de Boheemse kroonlanden. Samen met het aartshertogdom Oostenrijk en het Hongaarse koninkrijk vormden ze de Habsburgse monarchie, die in de volgende eeuwen uit het Heilige Roomse Rijk groeide tot een afzonderlijke Europese macht. Pogingen van de Boheemse protestantse reformatie-estaten om een autonome confederatie op te bouwen, werden in 1620 in de Slag bij de Witte Berg verstoord
, waarna de administratie in Wenen werd gecentraliseerd. Bovendien verloren de Habsburgse heersers de Lusatias aan het keurvorstendom Saksen na de Dertigjarige Oorlog in de Vrede van Praag van 1635, en ook het grootste deel van Silezië met Kladsko aan het Koninkrijk Pruisen na de Eerste Silezische Oorlog in het Verdrag van Breslau van 1742.