Farenholt ging de marine in als zeeman op 24 april 1861, na 3 jaar in de koopvaardij. Hij nam deel aan gevechten bij
Slag bij Hatteras Inlet Batteries, Slag bij Port Royal, Slag bij Fort Pulaski, en vele anderen. Op 22 oktober 1862 werd Farenholt zwaar gewond in de Slag bij Pocotaligo, Zuid-Carolina en ontslagen uit de marine. Hij ging in februari 1863 weer bij de Amerikaanse marine na zijn herstel en werd toegewezen aan de monitor die van april 1863 tot april 1864 bijna dagelijks deelnam aan de verdediging van Charleston, Zuid-Carolina. Hij nam deel aan de mislukte bestorming van Fort Sumter in september 1863. Hij werd benoemd tot waarnemend vaandeldrager op 19 augustus 1864 en kreeg later dat jaar het commando over de mortier schip verbonden aan het squadron in de Sounds of North Carolina. Hij nam ook deel aan de herovering van Plymouth, North Carolina, en verschillende gevechten op de Roanoke, Chowan en Blackwater rivieren, evenals de inname van Fort Fisher, North Carolina.