V červenci 1813 a motivován svým vítězstvím nad federalisty, generál Nariño zahájil intenzivní vojenskou kampaň proti zbývajícím španělským a royalistickým silám na jihu, s úmyslem dosáhnout Pasta a nakonec Quita. Nariñovy síly, známé jako Armáda jihu, počítané 1500 až 2000 mužů, se podařilo v lednu 1814 dobýt Popayán, ale v květnu 1814 byly zcela poraženy v Pastu a Nariño byl zatčen a poté poslán do královské věznice v Cádiz přes Quito. Federalisté to využili k útoku na Bogotu, což generálovi Simónovi Bolívarovi ze Sjednocených provincií umožnilo v prosinci 1814 vynutit podmínky. V polovině roku 1815 však Pablo Morillo přijel s velkou španělskou armádou a region opět podmanil
od té doby restaurovaný Ferdinand. Morillova kampaň vyvrcholila 6. května 1816 dobytím Santafé.