V F1, po jeho slibném začátku v předchozím roce, byl rok 1966 pro Stewarta špatným rokem; 3-litrové H16 BRM byly nespolehlivé, ačkoli Stewart vyhrál Velkou cenu Monaka v voze s 2-litrovým motorem. Nejvýznamnější událostí v tomto roce byla jeho nehoda na
Velká cena Belgie ve Spa-Francorchamps, která vyvolala jeho kampaň na zlepšení bezpečnosti ve F1 a způsobila, že zmeškal Velkou cenu Francie v Reims.