V srpnu 1845 se Magruder dobrovolně přihlásil do Corpus Christi v Texasu, aby se tam připojil k armádě generála Zacharyho Taylora a okupoval bývalou republiku; USA byly na pokraji války s Mexikem kvůli otázce anexe. Po zahájení válečných akcí 25. dubna 1846 se Magruder poprvé objevil v bitvě u Palo Alto.
Čtrnáct dní později. Dne 18. dubna 1847 sloužil Magruder s "hnáním a schopností" v expedici generála Winfielda Scotta, pod těžkou palbou a obrátil proti nim mexické dělostřelectvo v Cerro Gordo, za což byl chválen svými nadřízenými a povýšen na majora. Do 12. září americké síly začaly zaměřovat Chapultepec, v jedné ze série střetnutí v bitvě o Mexico City. Magruder - lehce zraněný - nařídil první výstřely brzy ráno 13. a nabídl pronásledování, navzdory nadřazenému počtu Mexičanů, aby zajal křižovatku Anzures, Veronica a Belen - klíčovou křižovatku, která by blokovala snahy generála Santa Anny uvolnit palác.