S brazilským národním fotbalovým týmem získal Júnior mezi lety 1996 a 2004 devětnáct mezinárodních zápasů, přičemž jeden gól zasáhl proti Kostarice v vítězném zápase na mistrovství světa FIFA 2002. Dříve byl také členem brazilského týmu, který se zúčastnil Zlatého poháru CONCACAF v roce 1998.
a Copa América v roce 2001.