Napiš pokračování tohoto odstavce - Hrozný zemětřesení, které zničilo Lisabon
1. listopadu 1755, změnil navždy Perezův výstup. Ópera do Tejo byla po šesti měsících po otevření zničena a dvůr se z divadel stáhl. Následujících sedm let nebyla produkována žádná opera a poté pouze méně velkolepým způsobem. Během posledních 23 let svého života napsal Perez jen tři nové opery. Namísto toho složil obrovské množství církevní hudby, která zahrnovala téměř všechny rituály a praktiky dvou hlavních hudebních kaplí v Lisabonu, královské a Seminário da Patriarcal. Nikdy neopustil Portugalsko, takže jeho mezinárodní uznání pomalu klesalo. Přesto Gerber poznamenal, že od roku 1766 byly Perezovy skladby známé a žádané v Německu a že v roce 1790 byl "jedním z nejproslulějších a nejoblíbenějších skladatelů mezi italskými mistry... jedním z nejnovějších skladatelů, kteří si zachovali přísnost kontrapunktu". J. C. Krause jmenoval Hasse, Perez a Paisiello jako uspokojivé modely. V roce 1774 se Perez stal aklamačním členem Londýnské akademie staré hudby a měl jediné plnohodnotné dílo vytištěné za svého života, "Mattutino de' Morti" (jeho třetí sada Úřadu mrtvých), které tam publikoval Bremner. Jeho hudba, zejména náboženská, byla v Itálii široce kopírována. Během posledních čtyř let svého života trpěl Perez chronickou chorobou, nakonec ztratil zrak, ale pokračoval ve skládání. V roce 1778 ho jeho žák, nyní portugalská královna Maria I., jmenovala rytířem Řádu Krista; když zemřel v Lisabonu, nařídila si na královské náklady propracovaný pohřeb.