Farenholt vstoupil do námořnictva jako námořník 24. dubna 1861, po 3 letech v obchodní službě. Zúčastnil se bojů v bitvě u Hatteras Inlet Batteries.
, bitva u Port Royal, bitva u Fort Pulaski, a mnoho dalších. Dne 22. října 1862, když sloužil jako člen dělostřelecké posádky na palubě USS Franklin, byl obyčejný námořník Farenholt těžce zraněn v bitvě u Pocotaliga v Jižní Karolíně a byl propuštěn z námořnictva. V únoru 1863 vstoupil do námořnictva USA po zotavení a byl přidělen k monitoru, který se účastnil téměř denních střetů s obranou Charlestonu v Jižní Karolíně od dubna 1863 do dubna 1864. Zúčastnil se neúspěšného útoku na Fort Sumter v září 1863. Za vynikající služby byl 19. srpna 1864 jmenován zastávajícím praporčíkem a později toho roku byl velitel minometné škunery připojené k letce v Severní Karolíně. Zúčastnil se také dobytí Plymouthu v Severní Karolíně a několika střetů na řekách Roanoke, Chowan a Blackwater, stejně jako dobytí Fort Fisher v Severní Karolíně.