Po dokončení oprav pokračovala "Fanshaw Bay" jako vlajková loď divize 25, nyní pod velením kontradmirála Cliftona A. F. Sprague. Po odjezdu z Pearl Harboru dorazila na ostrov Manus, který patří k ostrovům Admirality. "Fanshaw Bay", spolu s pěti dalšími doprovodnými loděmi a osmi destroyerovými doprovody, byla přidělena do pracovní skupiny 77.1, která by podpořila přistání
na Morotai. Později se na palubě lodi objevila letadlová jednotka, která se stala hostitelkou složené eskadry 66 (VC-66). 10. září opustila Manus a 15. září zahájila operace letecké podpory. Dne 17. září se dva Avengers, jeden z "Fanshaw Bay", srazili při pohybu do formace na protiponorkové hlídce. Z šesti mužů, jen jeden přežil. Dne 19. září ztratila Fanshaw Bay další letadlo, přičemž jeden z jejích Wildcats se potápěl na Zero, zmizel a explodoval při kontaktu s vodou. Letadlová loď pokračovala v krvácení letadel, s dalšími dvěma stíhačkami a torpédovým bombardérem, které se zřítily 27. září.