V červenci 2008 se jako hráč bez smlouvy vrátil do Rakouska na další období s FC Red Bull Salzburg, ale před začátkem sezóny podepsal smlouvu s Udinese Calcio, kde nahradil Antonio Chimentiho, který byl v Juventusu. Nicméně, v kariéře krátkých pohybů, zůstal s severovýchodním italským klubem jen dva týdny, než byl podepsán Juventus jako záloha pro Gianluigi Buffon a Chimenti v srpnu 2008. Dlouhodobé zranění Buffona vedlo k tomu, že Manninger hrál za první jedenáctku od začátku října 2008 do konce února 2009. Během svého působení v Juventusu se Manninger objevil třicet pětkrát ve všech soutěžích a získal díky svým výkonům v médiích uznání. Po zranění Buffona během Mistrovství světa v roce 2010 podepsal Juventus v létě roku 2010 Marco Storariho z Milána a Manninger byl degradován do role třetího brankáře klubu. Byl propuštěn na konci sezóny 2011/12
, po vítězství Juventusu v ligu.