2. února 1964 prohrála Atalanta doma 7-1 proti Fiorentině; to byla nejhorší domácí porážka klubu. Tento výsledek pobouřil fanoušky, což vyžadovalo policejní zásah, aby se zabránilo násilí mezi nimi a hráči. Taktické volby Quaria byly také zpochybněny, což způsobilo, že byl po zápase propuštěn a nahrazen Carlo Ceserolim. Klub nakonec skončil uprostřed pořadí, ale sezónu narušila Turaniho smrt 25. dubna 1964. Attilio Vincentini, který byl nominován bývalým trenérem Luigi Tentoriem, ho v létě nahradil jako prezident. Tentorio opustil vedení klubu (a vůbec svět fotbalu) v roce 1966, kdy byly všechny fotbalové kluby přeměněny na akciové společnosti, protože s touto myšlenkou v zásadě nesouhlasil. Později v šedesátých letech se Atalanta zúčastnila několika kontinentálních (i když ne UEFA) soutěží: Intertoto Cup (tehdy také známý jako Coppa Piano Karl Rappan) v roce 1966<unk>67 a Mitropa Cup v letech 1967<unk>68 a 1968<unk>69. V sezóně 1967-1968 Atalanta jen těsně unikla sestupu: Tabanelli, který se vrátil na druhý stint jako manažer v roce 1967, byl během sezóny kvůli špatným výsledkům nahrazen jako trenér bývalým kapitánem Stefano Angeleri. Po porážce 1<unk>0 proti SPAL ve třetí předposlední den v poslední minutě, což vedlo k vyrovnání obou klubů na 22 bodů, bylo přežití Atalanta zajištěno díky lepším výsledkům než ten druhý v posledních dvou zápasech. V roce 1969 se však klubu nepodařilo uniknout sestupu.
, končí řadu deseti po sobě jdoucích sezón v nejvyšší ligy. V únoru 1969 převzal funkci prezidenta po odstoupení Vicentiniho, ačkoli byl po pouhém roce nahrazen jako prezident Achilleem Bortolottim, který již několik let byl částečným akcionářem po neshodách v řízení mezi Bortolottim, Baracchiem a Massimem Masserinim.