Po tomto se Honner ujal role výcviku, sloužil jako velitel australského výcvikového praporu na Středním východě, kam byl vyslán v říjnu 1941. Honner se vrátil do Austrálie v květnu 1942. Po krátkém setkání se svou ženou byl povýšen na podplukovníka a vyslán do Papuy, kde dostal velení 39. praporu, který se podílel na zoufalé kampani proti japonským silám bojujícím podél dráhy Kokoda.
- Ne, ne. Honner dorazil 16. srpna 1942 s pokyny zastavit japonský postup na Isuravu. Po dosažení pozice praporu zjistil Honner, že jeho nové velení bylo již vyčerpáno tropickými chorobami a předchozími bojemi a bylo silně přečísleno.