Před výstavbou paláce se biskupství Krakova nacházelo na Wawelu od roku 1000, kde stále existují pozůstatky dřívějších budov. Palác, postavený na svém současném místě na ul. Franciszkańska 3, naproti historickému františkánskému kostele v Krakově, byla poprvé zmíněna ve 14. století. V roce 1462 ho pohltil požár a poté byl znovu postaven. Palác byl zrekonstruován s novým schodištěm a rustikálními portály biskupem Piotrem Gembickim v letech 1642-1647. Byl zrekonstruován po švédské invazi.
v roce 1655 a znovu zrekonstruován v letech 1817-1820 Szczepanem Humbertem. V roce 1850 vyhořel v celém městě většina nábytku a exponátů národních památek. Architekt Tomasz Pryliński dohlížel na renovaci paláce v letech 1881-1884. Navzdory své bouřlivé historii, včetně požárů a různých národních pohrom, jako jsou rozdělení, sloužil palác vždy svému původnímu účelu.