Při vypuknutí druhé světové války byla "Athos II" stále na dálnovýchodní trase, ale 1. února 1940 se v Kolombu připojila k australskému / novozélandskému konvoji, označenému US1 pro utajení a přepravujícího asi 13 500 vojáků do severní Afriky, pod doprovodem tehdy vedené. Po průjezdu Suezským kanálem a návratu do Francie začala Athos II sloužit v Marseille, Egyptě a Sýrii až do německo-francouzského příměří z 22. června 1940.
když byla loď uložena v Alexandrii v Egyptě spolu s dalšími francouzskými loděmi zadrženými v Suezském průplavu a egyptských vodách. Kromě obchodních lodí byla francouzská námořní síla, Force X, pod vedením admirála Rene-Emile Godfroy, která operovala s britskou flotilou z Alexandrie. Po pádu Francie s německou kontrolovanou Vichy Francií, která kontrolovala francouzské přístavy, se Francouzi setkali s možností pokračovat s spojenci pod generálem de Gaullem, demilitarizovat nebo být potopeni Brity. Britská akce proti francouzské flotile v Oranu zastavila demilitarizaci, ale po dalších jednáních byla obnovena, což vedlo ke snížení počtu mužů francouzské flotily, asi 4000 mužů, na jednu třetinu. Dvě tisíce francouzských námořníků již opustilo Alexandrii, když bylo 13. července 1940 povoleno, aby "Athos II" odplul s 1000 zbývajícími členy personálu Force X a některými členy obchodní posádky do Francie. V září 1940 se vrátila s francouzskými vojáky ze Sýrie a poté se stala strážní lodí v Alžíru, dokud ji nepřebrali Spojenci v listopadu 1942 během operace Torch.