V sezóně 1998/99, Butyrskaja opakovala jako evropská šampionka. Ve finále Grand Prix v tomto roce získala stříbro za uzbečkou Tatianou Malininou poté, co dvakrát upadla v dlouhém programu. Butyrská pak získala zlato na mistrovství světa v roce 1999
, dokončení před obhajovat světový šampión Michelle Kwan. Získala všechna první řádná čísla v krátkém i dlouhém programu, sedm trojek v dlouhém programu a sedm 5,9 za prezentaci.