Pettus sloužil na západním bojišti americké občanské války. Během kampaně u řeky Stones byl 29. prosince 1862 zajat vojáky Unie a krátce poté vyměněn za vojáky Unie. Pettus byl znovu zajat 1. května 1863, zatímco část kapitulované posádky, která bránila Port Gibson
v Mississippi. Podařilo se mu utéct a vrátit se ke svým vlastním liniím. Pettus byl povýšen na plukovníka 28. května a dostal velení 20. alabamského pluku.