V roce 1949 Rada židovské komunity v Praze zbylé židovské komunity v českých zemích postoupila kontrolu nad muzeem komunistickému režimu. Dne 4. dubna 1950 bylo přejmenováno na Státní židovské muzeum, kulturní instituce rozložená na šesti synagogách, slavnostní sále a hřbitově, založená jako "památník, historická agentura pro zachování a výzkumný institut". Komunisté potlačovali judaismus, zakazovali kontakty se zahraničními badateli a jediné výstavy, které byly povoleny, byly výstavy dětských kreseb z Terezína. Po sovětské invazi v roce 1968
, bylo uskutečněno jen málo nových výstav. Ačkoli muzeum bylo největší turistickou atrakcí Československa, která každoročně lákala 700.000 návštěvníků, sbírka Judaica byla známa pouze odborníkům v této oblasti.