Li Zongren se narodil ve vesnici Xixiang (西鄉村), poblíž Guilinu v provincii Guangxi, jako druhý nejstarší z pěti chlapců a tří dívek z rodiny Han. Jeho otec, Li Peiying (李培英), byl vesnický učitel. Po neúplném vzdělání se Li zapsal na vojenskou školu. V roce 1910 se připojil k Tongmenghui, revoluční straně Sun Yat-sena, ale v té době měl málo pochopení širších cílů reformy a národního sjednocení. Liho rodná provincie Guangxi byla také domovskou provincí Taipingu.
Generál Li Xiucheng, s nímž Liho rodina tvrdila, že je příbuzná.