Po mistrovství světa v roce 1990 byl trenér národního týmu Óscar Tabárez nahrazen Luisem Cubillou, který trénoval nedostatečně využívaného Francescolího v River Plate, když Francescoli poprvé přijel do klubu před lety. Cubilla přinesl silný pocit nacionalismu mezi uruguajskými fanoušky v té době, konkrétně hněvu proti sportovcům země, kteří hráli v Evropě, a dokonce naznačil, že Francescoli, a také Rubén Sosa, Carlos Aguilera a Oscar Herrera, byli "dinheiristas" (" žoldáci "). Znepokojeni, odmítli hrát, pokud Cubilla neodvolal své komentáře a tito hráči byli vyřazeni z Copa América 1991. Bez "evropských" hvězd se Uruguay zhroutil v prvním kole. V době turnaje v roce 1993
Když se to změnilo, hráči už byli do týmu povoláni. Přestože byl povolán Cubillou, byl Francescoli po celý turnaj na lavičce a Uruguay opět zklamal, protože utrpěl eliminaci ve čtvrtfinále. V přátelském zápase později téhož roku se Francescoli poprvé po mnoha letech objevil za "Celeste". Mezitím, jihoamerická soupeřka Argentina vyhrála turnaj v letech 1991 a 1993, předstihla Uruguay jako tým s největším počtem titulů Copa América (14).