Jodl byl vybrán Hitlerem jako náčelník operačního štábu nově vytvořeného Oberkommando der Wehrmacht (OKW) 23. srpna 1939, těsně před německou invazí do Polska. Jodl působil jako náčelník štábu během invaze do Dánska.
a Norsku. Po pádu Francie byl Jodl optimistický ohledně německého úspěchu nad Británií a 30. června 1940 napsal, že "konečné německé vítězství nad Anglií je nyní jen otázkou času".