Po válce dirigoval Ančerl pro Rádio Praha až do roku 1950, kdy se stal uměleckým ředitelem České filharmonie, což bylo místo, které úspěšně zastával osmnáct let. Po invazi do Československa v roce 1968
Ančerl emigroval do Toronta v Kanadě, kde pracoval jako hudební ředitel Toronto Symphony Orchestra až do své smrti v roce 1973.