Greer byl povýšen na poručíka a sloužil v americké armádě od roku 1862 do roku 1863, a pak byl přidělen k kontradmirálovi Davidovi Dixonovi Porterovi do Mississippi Squadron. Když byl velitelem železářských lodí, zúčastnil se Vicksburgské kampaně a bombardování Grand Golfu.
Stejně jako neúspěšná expedice Unie na Rudé řece na začátku roku 1864.