Henry pokračoval ve válce s Francií, ale byl sužován finančními problémy, klesajícím zdravím a častými povstáními. Skotská invaze byla poražena v bitvě u Homildon Hill
, ale vyústilo to v dlouhou válku s Henrym Percym, 1. hrabětem z Northumberlandu, o severní Anglii, která byla vyřešena pouze téměř úplným zničením rodiny Percyů v bitvě u Bramham Moor. Ve Walesu byla rozsáhlá vzpoura Owain Glyndŵr potlačena až v roce 1408. Mnozí to považovali za trest od Boha, když byl později postižen malomocenstvím a epilepsií.