V roce 1899 byla zřízena Komise pro Istmický kanál, aby určila, které místo by bylo nejlepší pro kanál (Nikaragua nebo Panama), a pak dohlížela na výstavbu kanálu. Poté, co byla Nikaragua vyloučena, bylo zřejmé, že Panama bude vybrána. Objevily se však některé problémy. Vzhledem k upevněným zájmům Spojených států v Panamě (tehdy malé části Kolumbie) zvýšila jak Kolumbie, tak francouzská společnost, která měla dodávat stavební materiály, své ceny. Spojené státy odmítly zaplatit vyšší poplatky, než se očekávalo, a tak "vytvořily revoluci" v Kolumbii. 3. listopadu 1903 se Panama (s podporou námořnictva Spojených států) vzbouřila proti Kolumbii. Panama se stala novou republikou, dostávající 10 milionů dolarů jen od USA. Panama také získala roční platbu ve výši 250 000 dolarů a záruky nezávislosti. Spojené státy získaly práva na kanálový pás
"na věky věků". Roosevelt později řekl, že "vzal kanál a nechal Kongres diskutovat". Poté, co Kolumbie přišla o Panamu, se snažili oslovit USA přehodnocením smluv a dokonce jmenováním Panamského města hlavním městem Kolumbie.