Na začátku sezóny 1997 dostal Alesi ultimátum od Flavia Briatore, který ho varoval, že rok 1997 bude jeho poslední šancí dosáhnout dobrých výsledků. V předsezónních testech auto dosáhlo dobrých výsledků, ale Ross Brawn, Nigel Stepney a Rory Byrne se připojili k Schumacherovi ve Ferrari a forma Benettonů během sezóny byla nestálá. Jeho příčině nepomohl trapný odchod do důchodu v úvodní australské Grand Prix.
Když ignoroval několik rádiových zpráv od mechaniků, aby se dostal do boxu, a pokračoval pět kol, dokud mu došel benzín, kritizoval ho Briatore, který měl pocit, že ztratil šanci na pódium. V následujících čtyřech závodech získal pouze tři body, ale pak měl silný běh s několika pódií, a posunul se na třetí místo v šampionátu jezdců. Nicméně došlo k dalším nepříjemným incidentům, jako například na Velké ceně Francie, kdy zbytečně vytlačil Davida Coultharda z trati, a na Velké ceně Rakouska, kde jeho pokus o předstihnutí Eddieho Irvina z téměř osmi délek za sebou způsobil kolize, která vedla k tomu, že Alesi byl vyšetřován za nebezpečnou jízdu po závodě. Získal pole position v Italské Grand Prix, což poslalo fanoušky do extáze navzdory skutečnosti, že už nejezdil pro Ferrari a vedl brzy v závodě, ale prohrál s McLarenem Davida Coultharda kvůli pomalé zastávce. S 36 body skončil čtvrtý v mistrovství díky diskvalifikaci Michaela Schumachera na konci sezóny. Alesiho pověst byla poškozena během jeho působení v Benettonu, protože se mu nepodařilo vyhrát Grand Prix, a to navzdory tomu, že měl konkurenceschopné auto, a trpěl v porovnání se Schumacherem ve Ferrari. Alesiho smlouva s Benettonem nebyla na konci sezóny obnovena a podepsal dvouletou smlouvu se Sauberem.