V roce 1172 byla Murcia dobytá severoafrickými Almohady, poslední muslimskou říší, která vládla jižní Španělsku, a když síly křesťanské Reconquisty získaly nadvládu, byla od roku 1223 do roku 1243 hlavním městem malého muslimského emirátu. Podle smlouvy z Alcarazu v roce 1243 křesťanský král Ferdinand III. z Kastilie učinil Murcii protektorát, získal přístup k Středozemnímu moři, zatímco Murcia byla chráněna proti Granadě a Aragonu. Křesťanské obyvatelstvo města se stalo většinou, protože se sem přistěhovalci proudili z téměř všech částí Iberského poloostrova. Křesťanské přistěhovalectví bylo podporováno s cílem vytvořit věrnou křesťanskou základnu. Tato opatření vedla k muslimské lidové vzpouře.
v roce 1264, který byl potlačen Jamesem I. z Aragonu v roce 1266, který dobyl Murcii a přivedl s sebou aragonské a katalánské přistěhovalce.