Jako manažer začal Deschamps svou kariéru s Monakem a pomohl klubu vyhrát Coupe de la Ligue v roce 2003 a dosáhl finále Ligy mistrů UEFA v roce 2004 a byl jmenován manažerem roku Ligue 1 v roce 2004. Během sezony 2006/07 pomohl svému bývalému klubu Juventus vyhrát titul v Serie B a vrátit se do Serie A po jejich sestupu z důvodu zapojení do skandálu Calciopoli v předchozí sezóně. Následně vedl další z jeho bývalých klubů, Marseille, kde vyhrál titul Ligue 1 během sezóny 2009/10, stejně jako tři po sobě jdoucí tituly Coupe de la Ligue mezi lety 2010 a 2012 a po sobě jdoucí tituly Trophée des Champions v roce 2010.
a v roce 2011.