V pozdějších letech se spojitost Sauberu s Ferrari oslabila. Na konci sezóny 2004 se postavili na stranu týmů, které nejsou Ferrari, kvůli plánovaným změnám pravidel a také se připojili k GPWC. Poté se rozhodli přejít na pneumatiky Michelin, zatímco Ferrari pokračovalo v používání pneumatik Bridgestone. Mezitím společnost Red Bull opustila Sauber v roce 2005, když založila svůj vlastní tým, Red Bull Racing. Vlastnictví BMW začalo dne 1. ledna 2006 tím, že BMW koupilo podíl Credit Suisse v týmu. Poslední velkou cenou Sauberu před převzetím BMW byla Velká cena Číny v roce 2005.
, s Massa skóre vítaný šesté místo k zaokrouhlení historie týmu. Sauber dokončil svůj nezávislý běh ve F1 se šesti třetím místem a dvěma starty v první řadě byly jejich nejlepší výsledky. Mezi významnými jezdci Sauberu byli Jean Alesi, Felipe Massa, Johnny Herbert a mistr světa Jacques Villeneuve z roku 1997. Dva bývalí jezdci Sauberu jeli pro nový tým BMW Sauber v roce 2006: Nick Heidfeld, který byl jezdcem Sauberu od roku 2001 do roku 2003, a Villeneuve, který jezdil pro tým v roce 2005.