V roce 1691 byl Churchill jmenován podplukovníkem v kůňové gardě a velel 96-dělné lodi HMS "St. Andrew" v Barfleur a La Hogue
v červnu 1692. Nicméně aféra Torringtonu rozdělila námořnictvo a když se Russell stal prvním lordem admirálstva v roce 1693, rezignoval ze služby. Zachoval si své křeslo jako poslanec a pokračoval v úzkých vztazích s princem Georgem; když Russell odešel do důchodu v roce 1699, byl jmenován lordem komisařem admirality.