Příběh se odehrává v roce 3394, tisíce let poté, co lidstvo uprchlo z Země poté, co byla zničena rasou mimozemšťanů měnících tvar <unk> Gauna (奇居子 ((ガウナ)) na palubě stovek masivních kosmických lodí vytvořených z pozůstatků planety. Jednou z takových lodí je Sidonia, která vyvinula svou vlastní lidskou kulturu, která je úzce založena na Japonsku, kde je lidské klonování, asexuální rozmnožování a lidské genetické inženýrství, jako je udělení lidské fotosyntézy, běžné. Je také odhaleno, že nejvyšším vrcholům této společnosti byla tajně udělena nesmrtelnost. S populací více než 500 000 lidí je Sidonia pravděpodobně poslední lidskou osadou, protože osudy ostatních lodí jsou neznámé.
Japonsko