"Fanshaw Bay" se tiše vrátil zpět do Manusu, kde začaly přípravy na Filipínskou kampaň. Konkrétněji, "Fanshaw Bay", jako vlajková loď pro "Taffy 3", by poskytovala vzdušné krytí pro plánované přistání
na ostrově Leyte. Po krátkém období doplňování zásob v Manusu od 7. do 12. října se "Fanshaw Bay" vydal na Filipíny. Na cestě 16. října ztratila Fanshaw Bay další letadlo při nehodě, přičemž jeden z jejích stíhaček se zřítil na palubní palubě, než byl chycen zastavujícím kabelem, což mělo za následek, že letadlo nepevně viselo nad přístavní stranou. Její posádka a po krátké době i letadlo byly následně nalezeny.