Napište pokračování tohoto odstavce - Hamšík začal v Supercoppa Italiana 2012
, která se konala v Pekingu dne 11. srpna; Nicméně Napoli porazili Juventus 4×2 v prodloužení. Později téhož měsíce, v prvním ligovém zápase Napoli v sezóně 2012/13 v Serie A, Hamšík vstřelil první gól klubu a asistoval na úder Christiana Maggia v konečné porážce Palerma 3: 0. Při chybějícím hlavním brankářovi Edinsonovi Cavaniovi v zápase klubu proti Chievo dne 28. října 2012 Hamšík připojil na křížku Juana Camila Zúñigu, aby dal Napoli vítězství o 1:0. Dne 6. ledna 2013 odehrál svůj 200. zápas v Serie A v domácím vítězství 4-1 nad Romou. V předposledním zápase sezóny v Serie A Hamšík odebral přihrávku od Gorana Pandeva a v 93. minutě odpálil míč domů, čímž zachránil vítězství nad Sienou o 2:1 a potvrdil místo klubu v skupinové fázi Ligy mistrů a odsoudil Sienu k sestupu. Slovák se objevil ve všech zápasech Serie A za Napoli v sezóně 2012/13, poskytl 11 gólů a 14 asistencí, protože "Partenopei" skončil na druhém místě za současným šampiónem Juventusem, sezónu, která se ukázala jako poslední manažer Walter Mazzarri v klubu, protože se stal trenérem Internazionale později v létě.