Dne 11. srpna 2012 zvedl Buffon svou první trofej jako nový kapitán Juventusu, po odchodu Alessandra Del Piera, když Juventus porazil Napoli 4×2 v prodloužení v Supercoppa Italiana 2012.
V Pekingu. Buffon utrpěl lehké zranění a 25. srpna 2012 zmeškal první zápas Serie A v sezóně 2012/13 proti Parmě. Vrátil se do základní sestavy pro další zápas proti Udinese v Udine dne 2. září a nosil kapitánskou náramek; Juventus vyhrál zápas 4<unk>1. Dne 20. září, v prvním zápase Juventusu v Ligě mistrů v sezóně proti obhájícím mistrům Chelsea, Buffon odehrál svůj 400. zápas za Juventus; zápas skončil remízou 2×2. Buffon dosáhl své první čisté karty v sezóně v domácím vítězství 2:0 proti Chievo dne 22. září.