Napište pokračování tohoto odstavce - MacRae se zapsal jako voják do Monroeovy lehké pěchoty, a byl zvolen kapitánem, když se stala Společností B, 15. Pěchotní pluk Severní Karolíny. V dubnu 1862 byl povýšen na podplukovníka. Během kampaně na poloostrově a v druhé bitvě u Manassasu byl jeho regiment součástí brigády Howella Cobba. V bitvě u Antietamu MacRae velel brigádě, která byla během bojů v předchozích týdnech snížena na 250 mužů. MacRaeova brigáda odrazila tři útoky Unie, ale ustoupila, když mu zbývalo jen 50 mužů a jeho zásoby munice byly vyčerpány. U Fredericksburgu bojoval se svým plukem u Marye's Heights. Bezprostředně po bitvě byl 15. severokaroinský pluk přenesen do brigády brigádního generála Johna Rogerse Cookeho. Cooke byl těžce zraněn u Fredericksburgu a do brigády se vrátil až v dubnu 1863. V únoru 1863 byl MacRae povýšen na plukovníka. Tato brigáda sloužila v Severní Karolíně a jihovýchodní Virginii až do Gettysburského tažení. V únoru 1863 získal plukovníka a v roce 1864 byl pověřen brigádním generálem. Poté, co se vrátil do armády Severní Virginie, MacRae byl vyznamenán za statečnost v bitvě u Bristoe Station. Poté, co byl brigádní generál William Whedbee Kirkland zraněn v bitvě u Cold Harboru, byl MacRae dočasně povýšen do hodnosti brigádního generála a byl přidělen k velení Kirklandovy brigády (to byla také bývalá brigáda brigádního generála J. Johnstona Pettigrewa). Na Reamově stanici
Brigády MacRae, Lane a Cooke vyhnali 2. divizi Johna Gibbona z 2. sboru Winfielda Scotta Hancocka z jeho základen v jejich přední části a zajali dělostřeleckou baterii. Po záslužné službě v bitvě u Boydtonu zůstal MacRae v armádě během Appomattoxovy kampaně.