Když vypukla druhá světová válka, McKinnon byl v Anglii na kurzu dělostřeleckého výcviku. Připojil se ke druhé novozélandské expediční jednotce a sloužil s 3. novozélandskou divizí během kampaně na Šalomounových ostrovech.
- Ne, ne. Původně byl velitelem 28. těžkého protiletadlového pluku, ale když byla jeho jednotka v červenci 1942 rozpuštěna, převzal 29. lehký protiletadlový pluk. Se svým plukem přistál na Treasury a Green Islands. Když byla divize v roce 1944 demobilizována, vrátil se do Anglie, aby navštěvoval Staff College v Camberley. Po absolvování personálního kurzu vstoupil do 2. novozélandské divize, která v té době bojovala v Itálii s 8. armádou spolu s dalšími dělostřeleckými důstojníky, kteří sloužili v Tichém oceánu. Po příjezdu do Itálie v únoru 1945 byl zástupcem velitele 4. polního pluku a poté 6. polního pluku.