Když se zprávy o občanské válce dostaly do Minnesoty, Bloomer a jeho bratranci se připojili k místní milici Stillwater Guards. Stráže byly 29. dubna 1861 přijaty do prvního Minnesota Volunteer Infantry Regiment ve Fort Snelling a tvořily jádro společnosti B. Bloomerovi byla původně udělena hodnost desátníka a zúčastnil se všech hlavních bojů pluku až do bitvy u Antietamu. Byl lehce zraněn v hlavě v bitvě u Bull Runu. Během bitvy u Savageovy stanice
Dne 29. června 1862, který byl součástí kampaně na poloostrově, byl Bloomer povýšen na seržanta. Uprostřed boje byl zastřelen velitel. Bloomer převzal barvy a byl oddělen od pluku na pět hodin. Vrátil pluku barvy a za svou statečnost byl povýšen.