Dokončete následující větu: Kennedy se v dubnu 1861 přihlásil do armády Konfederace a stal se kapitánem roty E, 2. pěšího pluku Jižní Karolíny, pod vedením kolegy z Camdenu plukovníka Josepha Brevarda Kershawa. V první bitvě u Manassasu byl zasažen kulkou Minie a těžce zraněn. Po zotavení byl povýšen na plukovníka, když byl Kershaw povýšen na brigádního generála. Kennedyho první akce ve velení pluku se odehrála při potyčce na Nine-Mile Road poblíž Richmondu ve Virginii v červnu 1862 během kampaně na poloostrově. Po bitvě na
V bitvě u Savageovy stanice byl několik týdnů postižen horečkou. Vrátil se do svého pluku včas na Marylandskou kampaň. Během útoku Stonewalla Jacksona na Harpers Ferry byl Kennedy s Kershawovou brigádou při dobývání důležitých Marylandských výšin. Vedl svůj pluk v Kershawově protiútoku během bitvy u Antietamu, kdy před ním poháněl část II. sboru Unie. Nicméně, byl bolestně zraněn při prvním útoku, když byl zasažen do Achillovy šlachy a kůry při překročení dřevěného plotu podél Hagerstown Pike. Kennedy se opět zotavil včas pro velkou bitvu a vedl 2. a 8. jižní karolínskou armádu na podporu generála Howella Cobba u Marye's Heights, kde se odehrály nejžhavější boje u Fredericksburgu.