V květnu 1942 pak poručík Shiga převzal velení stíhací skupiny letadlové lodi "Jun'yō", což byl post, který zastával až do prosince 1942. Během této doby vedl Shiga stíhačky letadlové lodi v bitvách u Dutch Harboru.
a ostrovy Santa Cruz. V druhé bitvě zaútočil na americké letadlové lodě USS Enterprise, při níž byla letadlová loď potopena, zatímco Enterprise byla těžce poškozena. Následně velel stíhací skupině letadlové lodi "Hiyō" od prosince 1942 do ledna 1943, když byla letadlová loď v přístavu v Japonsku.