Dokončete následující větu: Když v roce 1861 začala americká občanská válka, Jones se dobrovolně přihlásil do armády Unie. Dne 3. října byl zvolen kapitánem 53. pěšího pluku Ohio a jako takový se zúčastnil bitvy u Shiloh a obléhání Korintu. Dne 2. května 1862 se Jones stal plukovníkem 53. Ohio a jejím velícím důstojníkem. Vedl svůj pluk během obléhání Vicksburgu a v bitvě u Missionary Ridge, obě v roce 1863. Jones se podílel na dalších akcích v průběhu kampaně v Atlantě v roce 1864, bojoval v Resace, Dallasu, Kennesaw Mountain a
V Atlantě. V srpnu byl Jones jmenován velitelem brigády, když byl zraněn jeho nadřízený, brigádní generál Joseph A. Plukovník Jones nyní vedl 2. brigádu ve 2. divizi XV sboru Williama B. Hazena v Jonesboro. Náhodou byla 1. brigáda této divize také vedena dalším "plukovníkem Jonesem", Theodoreem Jonesem z 30. Ohio. Wells Jones se zúčastnil pochodu na moře v roce 1864 a byl zraněn během operací kolem Fort McAllister, Georgia, 13. prosince.