Torrijos zemřel ve věku 52 let, když jeho letadlo, DeHavilland Twin Otter (DHC-6), registrované jako FAP-205 panamského letectva, havarovalo na Cerro Marta, v Coclesito, poblíž Penonomé, Panama dne 31. července 1981. Letadlo zmizelo z radaru během lehkého počasí, ale kvůli omezenému pokrytí radaru v Panamě v té době nebylo letadlo hlášeno jako pohřešované téměř den. Místo havárie bylo nalezeno několik dní později a Torrijosovo tělo bylo zachráněno týmem speciálních sil v prvních dnech srpna. Čtyři pomocníci a dva piloti také zahynuli při nehodě. Jeho smrt vyvolala národní smutek po celé zemi, zejména v chudých oblastech. Po velkém státním pohřbu bylo Torrijosovo tělo krátce pohřbeno na hřbitově v Casco Viejo (Staré město Panamy), než bylo přemístěno do mauzolea v bývalé zóně kanálu na Fort Amador
poblíž Panama City. Jako velitel Národní gardy a "de facto" vůdce Panamy ho následoval Florencio Flores ("de jure" byl vojenským vůdcem, avšak "de facto" nikdy moc jako takový nevykonával), který později uvolnil cestu Rubén Darío Paredes. Místo, kde se letadlo zřítilo, je nyní národním parkem a jeho dům v Coclesitu je nyní muzeem.