Na začátku roku 1863 byl 6. Missouri přesunut do Grand Galu v Mississippi, kde pluk pomáhal stavět opevnění. Pluk byl přítomen v bitvě u Grand Golfu.
29. dubna. Společně s mnoha dalšími muži z první brigády Missouri byl 6. Missouri přesunut do Port Gibson, Mississippi 1. května, aby čelil vylodění Unie. V bitvě u Port Gibsona, která se odehrála 1. května, byla 6. Missouri využita k podpoře pravého křídla konfederační linie. Když vojska Unie vyhrožovala, že přeruší konfederační ústupní cestu, 6. Missouri protiútok. Útok pronikl hluboko do linie Unie, ale byl nucen ustoupit na určitou vzdálenost, když narazil na posily Unie. 6. Missouri se izolovala od zbytku síly Konfederace, začala jí docházet munice a byla nucena ustoupit, aby se připojila k hlavní síle Konfederace, která ustoupila.