Jako delegát junty vedl nešťastnou paraguayskou kampaň. Jeho vojska porazil Bernardo de Velasco v bitvách u Campichuelo a Paraguarí
- Ne, ne. Ačkoli byl poražen, kampaň zahájila řetězec událostí, které vedly k nezávislosti Paraguaje v květnu 1811. Ustoupil do okolí Rosaria, aby ho opevnil proti možnému royalistickému útoku z východního pásma řeky Uruguay. Zatímco tam, on vytvořil vlajku Argentiny. První triumvirát vlajku neschválil, ale kvůli pomalým komunikacím se o ní Belgrano dozvěděl až o mnoho týdnů později, když posílil armádu severu v Jujuy. Tam, když věděl, že má strategickou nevýhodu proti royalistickým armádám přicházejícím z Horního Peru, nařídil Belgrano Jujujský exodus, který evakuoval celou populaci provincie Jujuy do San Miguel de Tucumán. Jeho protiofenzíva v bitvě u Tucumánu vyústila v klíčové strategické vítězství a brzy následovalo úplné vítězství nad royalistickou armádou Pío Tristána v bitvě u Salta. Nicméně jeho hlubší vpády do Horního Peru vedly k porážkám u Vilcapugia a Ayohumy, což vedlo k tomu, že Druhý triumvirát nařídil jeho nahrazení velitelem Armády severu nově příchozím José de San Martínem. Do té doby Asamblea del Año XIII schválila použití Belgranovy vlajky jako národní válečné vlajky.