Majorův premiérský mandát se shodoval s rozpadem Jugoslávie a následnou válkou v Bosně a Hercegovině (a částech Chorvatska). Napětí mezi republikami tvořícími Jugoslávii vzrůstalo od smrti prezidenta Josepa Broza Tita v roce 1980, které se zhoršilo politickou nejistotou způsobenou pádem komunismu ve východní Evropě v období 1989-1991. V červnu 1991 Slovinsko a Chorvatsko vyhlásily nezávislost; zatímco srbská centrální vláda v Bělehradě nechala téměř homogenní Slovinsko odejít po krátké válce,
, situace v Chorvatsku, jehož části obsahovaly velký počet etnických Srbů, byla mnohem více sporná. EU na naléhavou žádost Německa uznala nezávislost obou států v prosinci 1991. Válka vypukla mezi Srbskem (vedeným nacionalistickým Slobodanem Miloševičem) a Chorvatskem (vedeným Franjem Tuđmanem) kvůli srbsky obydlenému regionu Slavonie v severovýchodním Chorvatsku, což vedlo k tomu, že OSN vyslala mírové síly (UNPROFOR). Nejkrutější boje se však odehrály po vyhlášení nezávislosti Bosny a Hercegoviny pod vedením prezidenta Alije Izetbegovića dne 6. dubna 1991; obyvatelstvo horské republiky bylo rozděleno mezi bosenských Srbů, bosenských Chorvatů a bosenských muslimů (nebo "Bosňáků"), a mezi nimi vypukla plnohodnotná občanská válka, přičemž bosenskí Chorvaté a bosenskí Srbové byli podporováni Tuđmanem a Miloševičem. Válka zasáhla Evropu i celý svět nečekaně a po celém světě se začaly vysílat šokující scény z válečných zajateckých táborů (které někteří přirovnávali k nacistickým koncentračním táborům), obrovské toky uprchlíků a kampaně etnické čistky, což vedlo k výzvám na intervenci.