Dokončete následující větu: V průběhu 5. století byla Západní říše ovládnuta invazí germánských kmenů. Nicméně prefektura Itálie byla zachována novým ostrogotským královstvím, které bylo stále "de jure" součástí říše, a ostrogotský král Teodorik Veliký dokonce obnovil prefekturu Galie v malé části Galie, kterou dobyl v 50. letech 20. století. Po dobytí severní Afriky Východním císařstvím během
Vandalská válka v letech 533 - 534, nové provincie byly seskupeny císařem Justiniánem I. do nové praetoriánské prefektury Afriky, která byla později přeměněna na Exarchát Afriky. Praetoriánská prefektura v Itálii byla také obnovena po skončení gotické války, než se také vyvinula do exarchátu. Na východě by prefektury fungovaly až do poloviny 7. století, kdy ztráta většiny východních provincií muslimským dobytím a Balkánu slovanským kmenům vedla k vytvoření tematického systému. Mezitím však reformy pod Herakleem zbavily prefekta řady jeho podřízených finančních kanceláří, které byly zřízeny jako nezávislé oddělení pod logothety. Naposledy je prefekt Východu přímo potvrzen zákonem z roku 629. Podle některých učenců však stopy systému přežily do počátku 9. století: Ernst Stein prokázal, že některé aspekty illyrické prefektury přežily v administrativě Thessaloniki, zatímco John Haldon, založený na sigillografických důkazech a odkazy v byzantské "Taktikě", zdokumentoval přežití dřívější civilní provinční správy v rámci tematického systému, s prefektem v Konstantinopoli možná v dozorčí schopnosti, až do 840s.