Margaret se narodila na zámku Farleigh Hungerford v Somersetu jako jediná přeživší dcera George Plantageneta, 1. vévody z Clarence, a jeho manželky Isabel Neville, která byla starší dcerou Richarda Neville, 16. hraběte z Warwicku, a jeho manželky Anne de Beauchamp, 16. hraběnky z Warwicku. Její dědeček z matčiny strany byl zabit v boji proti jejímu strýci Eduardovi IV. v bitvě u Barnetu
- Ne, ne. Její otec, již vévoda z Clarence, byl poté jmenován hrabětem ze Salisbury a Warwick. Eduard IV. prohlásil, že by měl být známý jako hrabě z Warwicku, ale nikdy pro něj nebylo vytvořeno žádné páry. Margareta by měla nárok na hrabství Warwick, ale hrabství bylo ztraceno na příjemce jejího bratra Edwarda.