Dne 29. září 1938 byl Thomas odvolán do aktivní služby a připojil se k posádce bitevní lodi. 13. srpna 1939 nastoupil na křižník, kde sloužil, když vypukla druhá světová válka. Dne 27. června 1940 byl povýšen na velitele. Poté, co ho potopili Italové při nájezdu na Souda Bay
, byl přidělen na HMS "Nil", pobřežní základnu Královského námořnictva v Egyptě, a sloužil ve štábu vrchního velitele středomořské flotily. 10. září 1941 se podruhé oženil s Mary Fedorou Douglas-Watsonovou, pianistkou a skladatelkou. Byla vdovou kolegy námořního důstojníka, velitele Francise Douglase-Watsona, a dcerou bývalého australského senátora Anthonyho St Ledgera.