LeMay velel následným bojovým operacím B-29 Superfortress proti Japonsku, včetně masivních zápalných útoků na 67 japonských měst a atomových bombardování Hirošimy a Nagasaki. To zahrnovalo bombardování Tokya
známý v oficiálních dokumentech jako letecký útok "Operace Meetinghouse" v noci z 9. na 10. března 1945, který se ukázal jako nejničivější bombardovací útok války. Pro tento první útok LeMay nařídil odstranit obranné děla z 325 B-29, naložit každé letadlo zapalovacími skupinami M-47, hořčíkovými bombami, bombami s bílým fosforem a napalmem a nařídil bombardérům létat v proudech nad Tokym. LeMay popsal operaci Meetinghouse slovy "USA konečně přestaly mlátit mouchy a šli po hromadě hnoje".