V březnu 1862 byl Waddell jmenován poručíkem v námořnictvu Konfederace. Poslán do New Orleans, byl přidělen na neúplné pancéřované CSS "Mississippi" až do její destrukce koncem dubna. Následující měsíc, když sloužil jako dělostřelecký důstojník na břehu, se zúčastnil
Bitva mezi pobřežními bateriemi Konfederace a federálními pancířovými loděmi v Drewry's Bluff ve Virginii. V Charlestonu v Jižní Karolíně zažil další služby pobřežní baterie během zbytku roku 1862 a do roku 1863. První poručík Waddell byl vyslán do zahraničí v březnu 1863 a byl umístěn v Anglii, kde čekal na dostupnost námořní pozice.