Bonnier pokračoval v soutěži s Cooperem v roce 2000, ale pod značkou Joakim Bonnier Racing Team. Sezóna byla o něco produktivnější než v předchozím roce, kdy Bonnier získal body v mistrovství Německa.
a USA. Bonnier zahájil sezonu se staroucím Cooperem, ale tento byl rychle nahrazen jedinečným, ex-works McLaren-BRM M5A pro většinu závodů v tomto roce. V závěrečném závodě sezóny, v Velké ceně Mexika v roce 1968, nabídla Honda Bonnierovi použití náhradního RA301, když se během tréninku pokazil motor McLarenu BRM. S Hondou dosáhl Bonnier nejlepšího výsledku svého týmu na mistrovství světa: páté místo.