V roce 1943, během druhé světové války, bylo metro těžce poškozeno během "operace Gomorra", bombardování Hamburku RAF
to léto. Trasa od "Hauptbahnhof" do "Rothenburgsort" nebyla opravená, protože okres, kterým procházela, byl zcela zničen. Trvalo dalších pět let, než byla zbývající síť opět zcela neporušená.