V březnu 1861 byl Ferguson pověřen kapitánem v milici Jižní Karolíny, poté byl jmenován poručíkem a aide-de-campem brigádního generála armády P. G. T. Beauregarda. Byl jedním z důstojníků, kteří přijali formální kapitulaci amerického armádního majora Roberta Andersona ve Fort Sumter, zvedli první vlajku Konfederace a vyslali první stráže ve Fort Sumter. Po obléhání byl poslán, aby předložil první konfederační vlajku zasáhla nepřátelská střelba na prozatímním kongresu konfederačních států. Byl podplukovníkem a adjutantem generála Beauregarda během bitvy u Shiloh.
- Ne, ne. Během bitvy u Farmingtonu byl ve 28. kavalerickém pluku Mississippi. Velel jednotce při obraně Vicksburgu a pomohl zastavit útoky amerického generála majora Williama T. Shermana a amerického komodora Davida Portera.