Zpátky na Guam, 3. prapor začal trénovat na přistání na Miyako Jima, ostrově jižně od Okinawy. Tyto příkazy byly nakonec zrušeny, ale prapor se v roce 1945 stále podílel na menších bojích, zúčastnil se dvou operací na Guamu, jejichž cílem bylo zajetí japonských vojáků, kteří se stále drželi v kopcích. Tyto průzkumy proběhly v dubnu a prosinci 1945. 3. prapor se také začal připravovat na operaci Olympic, kde by jako součást V. amfibiového sboru přistál v Kusikinu, Kagoshimu, na Kyushu. Po pádu atomových bomb v srpnu 1945 a kapitulaci Japonska
3. prapor byl oddělen od 3. divize námořní pěchoty v listopadu 1945 a deaktivován následující měsíc 20. prosince 1945. Krátce předtím, než byl deaktivován, 3. prapor utrpěl pochybnou čest, že byl posledním Američanem zabitým ve druhé světové válce, když PFC W.C. Patrick Bates z Kilo Company byl zastřelen japonským odstřelovačem 14. prosince během operace na Guamu (tři měsíce po formálním ukončení nepřátelství).