V roce 1670 uzavřel dohodu z Doveru, alianci se svým prvním bratrancem králem Francie Ludvíkem XIV. Ludvík souhlasil, že mu pomůže ve třetí anglo-holandské válce a zaplatí mu důchod, a Karel tajně slíbil, že se sám obrátí na katolicismus v blízké budoucnosti. Karel se pokusil o zavedení náboženské svobody pro katolíky a protestantské disidenty s jeho královskou deklarací o odpustcích z roku 1672, ale anglický parlament ho donutil, aby ji odvolal. V roce 1679 vyvolaly odhalení Titova papežství krizi náboženské tolerance, i když podporoval politiku náboženské tolerance.
Clarendonský kodex