Napíše pokračování tohoto odstavce - Levá strana vpřed, Flores debutoval pro Honduras koncem 80. let a získal celkem 42 zápasů, přičemž zaznamenal 6 gólů. Zastupoval svou zemi ve 12 kvalifikačních zápasech Mistrovství světa FIFA a hrál na Poháru národů UNCAF v roce 1993.
stejně jako na Zlatém poháru CONCACAF v letech 1991 a 1993.