Válka v Dagestánu začala 7. srpna 1999, během níž Islámská mezinárodní brigáda (IIPB) zahájila neúspěšný vpad do sousední ruské republiky Dagestán ve prospěch Dagestánské šury, která usilovala o nezávislost na Rusku. V září, série bytových bomb
Který zabil asi 300 lidí v několika ruských městech, včetně Moskvy, byl obviněn z čečenských separatistů. Někteří novináři zpochybnili oficiální vysvětlení a místo toho obvinili ruskou tajnou službu z výbuchu budov, aby zahájili novou vojenskou kampaň proti Čečensku. V reakci na bombové útoky byla zahájena dlouhá letecká kampaň odvetných úderů proti íčkerskému režimu a pozemní ofenzíva, která začala v říjnu 1999, což znamenalo začátek druhé čečenské války. Ruské ozbrojené síly, mnohem lépe organizované a plánované než v první čečenské válce, převzaly kontrolu nad většinou regionů. Ruské síly použily brutální sílu a 5. února 2000 zabila 60 čečenských civilistů během čistící operace v Aldy v Čečensku. Po opětovném dobytí Grozného v únoru 2000 se Ichkerův režim rozpadl.