V roce 1870, 1873, 1893, 1955, 1968, 1974, 1989, 1992, 1999 a 2011 způsobily významné záplavy podél řeky Mary zaplavení města.
a roku 2013. První zaznamenaná záplava v Gympie byla v roce 1870. Většina povodní se vyskytuje mezi prosincem a dubnem a je obvykle způsobena silnými deštěmi v hlavních vodách na jihu.