Po výcviku a cvičení u pobřeží Kalifornie, "Muskogee", posádka pobřežní stráže Spojených států, odjela ze San Pedra, Kalifornie, 18. června 1944, do Nouméa, Nová Kaledonie, kde dorazila 18. července 1944, na hlídkovou a eskortní službu z Nouméa a po jejím zajetí, Humboldt Bay, Nová Guinea. Protiponorková hlídka a sledování lodí operujících kolem Nové Guineje byly její hlavní úkoly do října 1944. Dne 18. října 1944 se vydala na průzkum druhé posily směřující do nově obsazených oblastí.
Leyte na Filipínských ostrovech, přijíždí do San Pedro Bay dne 24. října, aby prověřil transportní a zásobovací lodě pod mnoha japonskými leteckými útoky, zatímco čeká na skupinu prázdných tankových přistávacích lodí, aby se sestavily pro návrat. Když se konvoj 26. října 1944 stáhl, japonská letadla na něj znovu zaútočila a "Muskogee" se připojila k sestřelení několika nepřátelských letadel. Druhá eskortní plavba do Leyte na začátku listopadu 1944 byla méně zajímavá.