V roce 1938 ho francouzská vláda jmenovala guvernérem Francouzské Indie, kolonie otřesené nepokoji v textilních továrnách. V průběhu francouzského vojenského debaklu během druhé světové války telegrafoval Bonvin 20. června 1940 francouzské vládě (tehdy v Bordeaux), kde prohlásil vůli lidu francouzské Indie pokračovat ve válce na straně spojenců. Nicméně po podpisu příměří z 22. června 1940
, okamžitě uznal vládu maršála Pétain. Krátce poté, pod tlakem plukovníka Schomberga, britského konzula v Pondicherry, který ho varoval, že britská indická armáda okupuje kolonii, pokud se nehlásí za generála de Gaulla, změnil své rozhodnutí. Ve své výzvě k lidu ze dne 27. června 1940 Bonvin oznámil, že francouzská koloniální říše (a proto i francouzská zařízení v Indii) "zůstane na britské straně až do konečného vítězství". Dne 12. července guvernér Bonvin prostřednictvím Britů ujistil de Gaulla o spolupráci francouzské Indie.