Během ruské občanské války se Bogdanov v červnu 1918 připojil k Rudé armádě v Petrohradu. Byl jmenován velitelem čety ve 4. kostromském pluku a od dubna 1919 velil rotě 2. rezervního pluku. Od ledna 1920 sloužil jako velitel roty a praporu 502. střelného pluku 56. střelné divize, bojoval v polsko-sovětské válce v bitvách ve Vitebsk, Minsku a Vilně. Za "výjimečnou odvahu v bitvě" byl Bogdanov vyznamenán Řádem Červené vlajky. V říjnu 1920 se vrátil do 2. rezervního pluku, aby v říjnu 1921 převedl velení roty na 40. kostromské pěchotní kurzy pro velitelský personál. Mezi 10. květnem a 20. červencem se zúčastnil potlačení Tambovského povstání.
jako velitel roty a praporu a výkonný velitel kurzu.