Jones, často nazývaný "Jenk", vstoupil v roce 1862 do 6. baterie dobrovolné armády Wisconsinu. Jeho vojenská služba zahrnovala bitvy u Vicksburgu, Missionary Ridge, Chattanooga, Lookout Mountain
a Atlantě. Utrpěl na Missionary Ridge zlomenou nohu, která ho donutila chodit s hůlkou po zbytek jeho života. Zkušenosti z války ho přesvědčily, že lidé musí najít jiný způsob, jak vyřešit své neshody. Poté, co byl odvolán z armády, se Jones stal otevřeným pacifistem.