V roce 1882 byla fakulta rozdělena na českou a německou část a Fakulta přírodních věd se stala samostatnou institucí v letech 1920-1939. V roce 1939 byla škola uzavřena okupačními silami nacistického Německa a následovalo brutální pronásledování učitelů i studentů. Po skončení okupace v roce 1945 se Fakulta umění na několik let opět rozkvetla; to bylo násilně ukončeno v roce 1948 komunistickým pučem v roce 1948. Prestiž fakulty rychle klesl v důsledku nuceného odchodu mnoha uznávaných učitelů a zavedení marxistických-leninistických studií. V šedesátých letech se fakulta začala pomalu otevírat prominentním myslitelům té doby, ale tento trend byl zvrácen sovětskou okupací v roce 1968.
, proti němuž Jan Palach, student fakulty, protestoval tím, že se zapálil. Po skončení komunistického režimu v Československu v roce 1989 a odchodu jeho zástupců z fakulty byla znovu založena jako jedna z nejvíce uznávaných univerzitních institucí v zemi.