V době svého jmenování byl Putin poměrně neznámým politikem, ale rychle se prosadil jak ve veřejném mínění, tak i v Jelcinově hodnocení jako důvěryhodný šéf vlády, a to především díky druhé čečenské válce. Jen pár dní poté, co Jelcin jmenoval Putina kandidátem na premiéra, čečenské síly se střetly s ruskou armádou v Dagestánu, ruské autonomie poblíž Čečenska. V následujícím měsíci zemřelo několik set lidí při bombových útocích na bytové domy
v Moskvě a dalších městech, bombové útoky, které ruské úřady připisují čečenským rebelům. V reakci na to ruská armáda vstoupila do Čečenska koncem září 1999, čímž začala druhou čečenskou válku. Ruská veřejnost v té době, rozzlobená teroristickými bombovými útoky, válku široce podpořila. Tato podpora se proměnila v rostoucí popularitu Putina, který podnikl rozhodné kroky v Čečensku.