Dokončete následující větu: Na konci září začaly těžké boje o kontrolu nad výšinou, která se rozprostírá nad přístavem. Republikánské pobřežní baterie si vyměňovaly palbu s loděmi královského námořnictva, během nichž HMS "Princess Royal" utrpěla těžké ztráty při výbuchu munice, a 30. září republikánské jednotky pod kapitánem Napoleonem Bonaparte zajali kopec Pharon, jen aby byly následující den vypuzeny kombinovanými silami britských, španělských, neapolských a sardinských vojáků pod vedením lorda Mulgravea. Počátkem října napolitanské posily podpořily řadu úspěšných útoků na republikánské výšiny, ale později v měsíci se Hood a Lángara vážně neshodli ohledně velení obléhání, Lángara zašel tak daleko, že ohrozil Hoodovu vlajkovou loď "Victory", než nakonec ustoupil. Na konci měsíce spojenec shromáždil více než 16.000 mužů, včetně 6.000 španělských vojáků. Britský příspěvek byl jen něco přes 2000 mužů, snížených závazky královského námořnictva jinde ve Středozemním moři. Očekávalo se, že z Janova dorazí značné množství rakouských posily, ale zabránilo se jim to kombinací rakouské neústupnosti a hněvu Janovců na britské porušení jejich neutrality během akce z 5. října 1793. Spojenecům tak chybělo vojáků, že Hood najal 1500 žoldáků z rytířů z Malty, ačkoli nepřijeli před ukončením obléhání. Republikánské síly se během tohoto období rychle rozrůstaly, protože posily uvolněné na konci války
Obléhání Lyonu dosáhlo obléhačů v Toulonu, republikánská armáda shromáždila přibližně 33 000 vojáků pod velením generála Jacquese Françoise Dugommier.