Píše pokračování tohoto odstavce - Vstoupil do sudánských leteckých sil v roce 1973. Hussein absolvoval prestižní Cranfield University ve Velké Británii a v roce 1982 získal magisterský titul v leteckém inženýrství. Hrál hlavní roli v sudánském převratu v roce 1989.
, a poté v roce 1990 se stal generálním tajemníkem Rady revolučního velení pro národní záchranu; vládnoucího orgánu Súdánu v letech 1989 až 1993.