Japonské impérium napadlo Morotai začátkem roku 1942 jako součást své kampaně v nizozemské Východní Indii. Americké síly a jejich spojenci zahájili bitvu u Morotai.
bombardování ostrova v srpnu a invaze v září. Japonské císařské síly na Morotai vydržely až do roku 1945, ale nepodarilo se jim vyhnat spojenecké jednotky. V druhé polovině roku 1944 přistalo na Morotai 61 000 vojáků. Dvě třetiny z nich byli inženýři, kteří rychle vytvořili zařízení včetně přístavů a dvou letišť a rozsáhlých zásobníků paliva.