Implementace ústavy Malajské federace založené na revidovaných ústavních návrzích dne 1. února 1948 a rozhodnutí MCP zahájit ozbrojenou vzpouru znamenaly začátek konce koalice PUTERA-AMCJA a AMCJA jako celku. S vyhlášením celostátního stavu nouze
, se složící organizace buď stáhly z koalice, odešly do utajení, nebo v případě MDU se dobrovolně rozpadly a AMCJA přestala existovat jako orgán.