- Další plavby na moři byly na palubě USS "Java", "Delaware" a "Philadelphia". Dne 13. června 1830 byl povýšen do řádné hodnosti kapitána a následně byl umístěn v Norfolku ve Virginii. Poté se vrátil do "Delaware" až do března 1836. O tři měsíce později se připojil k oddílu mariňáků ve Fort Monroe ve Virginii, aby bojoval s armádou v indiánských válkách. Během tohoto období sloužil s význačností v kampani Creek v Alabamě a ve válce s Seminole Indiány.
na Floridě. Velitel plukovníka Archibald Henderson, který sloužil v terénu během této kampaně, uvedl v dopise ministrovi námořnictva, že "kapitán Harris, zatímco byl na Floridě, měl velení na mořské pěchoty a v této funkci dobře sloužil".