V roce 1815 byla rusko-německá legie začleněna do pruské armády a Clausewitz znovu vstoupil do pruské služby jako plukovník. Brzy byl jmenován náčelníkem štábu III. sboru Johanna von Thielmanna. V této funkci sloužil v bitvě u Ligny a v bitvě u Wavre během Waterloo v roce 1815. Armáda pod osobním vedením Napoleona porazila 16. června 1815 Prusy u Ligny (jižně od Mont-Saint-Jean a vesnice Waterloo), ale v dobrém pořádku ustoupila. Napoleonovo selhání v zničení pruských sil vedlo k jeho porážce o několik dní později v bitvě u Waterloo (18. června 1815), kdy pruské síly přišly pozdě odpoledne na jeho pravé křídlo, aby podpořily anglo-holandsko-belgické síly, které tlačí na jeho frontu. Napoleon přesvědčil své vojáky, že ty šedé uniformy jsou uniformy granátníků maršála Grouchyho. Clausewitzova jednotka bojovala v početní převaze.
Wavre (18-19 června 1815), který zabránil velkému posily v dosažení Napoleona u Waterloo. Po válce byl Clausewitz ředitelem "Kriegsakademie", kde působil až do roku 1830. V tomto roce se vrátil do aktivní služby v armádě. Brzy poté vypuklo v Evropě několik revolucí a v Polsku vypukla krize, což se zdálo být předzvěstí další velké evropské války. Clausewitz byl jmenován náčelníkem štábu jediné armády, kterou Prusko bylo schopno mobilizovat v této nouzi, která byla poslána na polské hranice. Jeho velitel, Gneisenau, zemřel na choleru (srpen 1831) a Clausewitz převzal velení snahou pruské armády vybudovat pevnost, která měla zabránit velké epidemii cholery (poprvé se cholera objevila v moderní srdci Evropy, což způsobilo paniku na celém kontinentu). Clausewitz sám zemřel na stejnou nemoc krátce poté, 17. listopadu 1831.