- Vysoká škola utrpěla vážné lidské a kapitálové ztráty během švédské invaze v roce 1656
a mor z roku 1710, ale uzdraven. Po potlačení jezuitů v roce 1773 byla správa vysoké školy převzata Komisí národního vzdělávání. Po třetím rozdělení Polsko-Litovského společenství řídili školu od roku 1797 do roku 1817 karmelitáni z Kolajín. V roce 1817 carské úřady sekularizovaly školu, změnily její název na gymnázium, zavedly třídy základního vzdělávání a přenesly její správu na Vilniuskou univerzitu. Počet studentů tak vzrostl a přesáhl 400.