V roce 2006 tým získal svého největšího hráče, když bývalý mistr světa Damon Hill, absolvent programu F3000 v Jordánsku, nahradil Fisichellu. Tým také nahradil své Peugeoty, které byly prodány Prostovi, motory Mugen Honda. Až do poloviny sezóny Jordan kvůli problémům se spolehlivostí nezískal jediný bod. V té době podepsali smlouvu s Mikem Gascoynem z Tyrrell, aby posílil technický tým a dlouholetý technický ředitel Gary Anderson odstoupil o několik měsíců později. Na konci sezóny se situace výrazně zlepšila a na letošní deštivé Velké ceně Belgie
v němž skončilo jen šest vozů, Hill získal Jordanovi jejich první vítězství ve formuli 1, což bylo také Hillovo 22. vítězství v kariéře. Ralf Schumacher oslabil vítězství tím, že skončil druhý. Později se však ukázalo, že to byly příkazy týmu - Schumacherovi bylo nařízeno, aby neprojel Hilla. Rozzuřený tím, Michael řekl Jordanovi, že Ralf už nikdy nebude závodit pro tým a koupil smlouvu svého bratra za 2 miliony liber. Hill skončil šestý v pořadí jezdců s Ralfem desátým. Hillův poslední kolo, poslední zatáček přesun na Heinz-Harald Frentzen na Suzuka mu umožnil dokončit závod na čtvrtém místě a také získal Jordan čtvrté místo v šampionátu konstruktérů v roce 1998 (to bylo zmateno spekulacemi, že Frentzen "daroval" místo Hillovi, protože Němec potvrdil přesun do Jordánska v roce 1999 po bouřlivé kariéře s Williamsem).