V roce 2002 byl ve zvláštním soudu pro duchovní odsouzen za řadu obvinění, včetně "šíření lží, urážení islámských posvátných míst". Byl vyloučen z funkce Islámskou republikou a před a po odsouzení strávil čtyři roky ve vězení. Během potlačení protestů proti prezidentským volbám v roce 2009
v Íránu, Eshkevari uprchl do Německa, aby získal politický azyl.