Od roku 1990 do roku 1992 Berger pracoval pro Ayrtona Sennu v McLarenu. Jeho příchod byl vítán s velkým očekáváním, protože prokázal skvělou formu pro Benetton a Ferrari. Zdálo se, že McLaren-Honda nabízí Bergerovi opravdovou šanci na mistrovství světa poprvé. Nicméně, ačkoli byl obecně rychlejší než jeho předchůdce Alain Prost ve vztahu k Senně v kvalifikaci (často se kvalifikoval na druhém místě za Sennou), během závodů byl jen zřídka schopen vyrovnat tempo brazilského závodníka. V těchto třech sezónách získal tři vítězství, v roce 1991 získal japonskou Grand Prix.
Senna; stejně jako vítězství v Kanadě a Austrálii v roce 1992. Během svých tří let v McLarenu získal Berger také čtyři pole positiony a předstihl Sennu 8krát.