V roce 2006 byl zařazen do ruského národního týmu v boxu a získal zlatou medaili na mistrovství Evropy v amatérském boxu v roce 2006
v Plovdivu. Ayrapetyan je teprve druhým ruským boxerem, který se stal evropským šampiónem v lehké váze, po vysoce vyznamenaném veteránu Sergeji Kazakovovi. V letech 2006 a 2007 Ayrapetyan porazil Kazakova na mistrovství Ruska a získal své místo v národním týmu jako první v lehké váze. Na mistrovství světa v amatérském boxu v roce 2007 Ayrapetyan porazil v prvním kole vice-šampiona Pála Bedáka, ale poté prohrál s vládnoucím světovým šampiónem Zou Shimingem, který znovu vyhrál mistrovství světa. Ayrapetyan soutěžil na Letních olympijských hrách v Pekingu v roce 2008. Nečekaně prohrál v prvním zápase s Georgijem Chygajevem, který v tom roce vyhrál Mistrovství Evropy v letní váze a poté se posunul dolů do váhové třídy.