Napište pokračování tohoto odstavce - Kovaljov byl otevřeným kritikem autoritářských tendencí v administratiích Borise Jelcina a Vladimíra Putina. V roce 1996 odstoupil z funkce předsedy Jelcinovy prezidentské komise pro lidská práva poté, co zveřejnil otevřený dopis Jelcinovi, kde Kovaljov obvinil prezidenta z toho, že se vzdal demokratických zásad. V roce 2002 zorganizoval veřejnou komisi pro vyšetřování bombových útoků v Moskvě v roce 1999.
(Kovaljovská komise), která byla fakticky paralyzována poté, co byl jeden z jejích členů, Sergej Jušenkov, zavražděn, další člen, Jurij Ščekochikhin, údajně otráven thalliem a její právní poradce a vyšetřovatel, Michail Trepaškin, zatčen.