Během americké občanské války, Chattanooga byla centrem bitvy. Chattanooga sloužila jako uzel spojující padesát procent arzenálů Konfederace, které byly umístěny v Atlantě, Auguste, Columbus a Maconu. Železnice Chattanooga se ukázaly jako životně důležité pro přepravu surovin Konfederace do zpracovatelských závodů, kde byly zodpovědné za výrobu střeliva pro malé zbraně. Během bitvy u Chickamaugy bombardovala unionistická dělostřelectvo Chattanoogu jako diverzi a 9. září 1863 ji obsadila. Po bitvě u Chickamaugy se poražená armáda Unie stáhla do bezpečí v Chattanooge. 23. listopadu 1863 začaly bitvy o Chattanoogu, když síly Unie vedené generálem Ulyssesem S. Grantem posílily vojáky v Chattanoogu a postoupily do Orchard Knob proti konfederačním jednotkám, které obléhaly město. Další den, bitva u Lookout Mountain
bylo bojováno, vyhánění Konfederace z hory. 25. listopadu Grantova armáda porazila Konfederaci v bitvě u Missionary Ridge. Pokud jde o vítězství Unie, Chattanooga je jedním ze tří rozhodujících momentů, které změnily občanskou válku ve svůj prospěch. Bitva u Gettysburgu ukončila řadu vítězství získaných Konfederací, zatímco obléhání Vicksburgu rozdělilo samotnou Konfederaci na polovinu, zatímco Chattanooga sloužila jako brána do hlubokého jihu. Tyto bitvy byly následujícího jara následovány kampaní v Atlantě, která začala těsně za nedalekou státní hranicí v Georgii a posunula se na jihovýchod. Po skončení války se město stalo hlavním železničním uzlem a průmyslovým a výrobním centrem.