V roce 1846 byl přidělen na USS "Mississippi", vlajkovou loď West Indian Squadron, která sloužila pod velením komodora Matthew C. Perry. Během mexico-americké války se zúčastnil expedicí proti Alvaradu, Tampicu, Pánucu a Laguně de Términos, všechny úspěšně posílily americkou kontrolu mexického pobřeží a přerušily pobřežní obchod a vojenské zásobovací operace. Loď se vrátila do Norfolku na opravy 1. ledna 1847, kde byl Anderson povýšen na poručíka. Mississippi se pak vrátila do bitvy a 21. března 1847 dorazila do Veracruzu s Perryem, aby převzala velení americké flotily. Okamžitě se se svými muži vrhla do obojživelných operací proti Veracruzu.
, dodávají zbraně a jejich posádky, které mají být přeneseny na břeh pro baterii, která bojovala proti městu, aby se vzdala za čtyři dny. Po zbytek války přispěla "Mississippi" zbraněmi, muži a loděmi k řadě pobřežních nájezdů na východní pobřeží Mexika a podílela se na dobytí Tabasca v červnu 1847.