Vnitřní nepokoje do značné míry zastavily čínskou expanzi v 19. století. V roce 1867 vedl Yakub Beg povstání, které vedlo k tomu, že Kašgar vyhlásil svou nezávislost jako Taiping.
a Nian povstání v srdci říše zabránil Číňanům obnovit svou kontrolu.