Shelby American spolupracoval s Fordem na přepracování GT40 pro sezónu '66, přičemž motor o objemu 289 cm3 (4,7 l) nahradil Fordův větší, výkonnější motor o objemu 427 cm3. (7,0 L) motor. Model Mk II GT40 dosáhl velkého úspěchu, když Shelby American vyhrál v Daytoně, Sebringu a Le Mans, čímž Ford získal Mezinárodní šampionát výrobců v roce 1966. Shelby americké vozy skončily první (Miles & Ruby znovu) a druhý (Gurney & Jerry Grant) v Daytoně, první v Sebringu (Miles & Ruby) a první (McLaren & Chris Amon) a druhý (Miles & Denny Hulme) v Le Mans
- Ne, ne. Gurney a Grant by skončili na druhém místě v Sebringu, kdyby se jim na posledním kole pokazilo auto a Gurney ho přetlačil přes cílovou čáru, čímž je automaticky diskvalifikoval.