Mezitím byl španělský král Ferdinand VII. navrácen k moci a poslal velkou armádu, aby potlačila povstání a znovu dobyla ztracené kolonie. Španělská armáda pod velením generála Pabla Morilla vedla násilný a úspěšný vojenský tažení
které vyvrcholilo dobytím Santafé 6. května 1816. Torres se obával Morillových vojáků a utekl do městečka El Pital poblíž Neivy. Poté se pokusil utéct ze země, když nastoupil na loď do Argentiny v přístavu Buenaventura, ale byl zajat vojsky Juana Sámana poté, co loď odplouvala bez něj a dalších v červenci 1816. Byl poslán do Santafé, kde byl 5. října 1816 popraven zastřelením za zradu proti španělské monarchie.