Napíšeš pokračování tohoto odstavce - Nakajima byl udržován Williamsem na sezónu 2009. Na Velké ceně Austrálie v roce 2009 narazil do zdi v šesté zatáčce, což ho vyloučilo z závodu. Nakajima byl jediným jezdcem, který v Bahrajnu skončil, když před koncem zastavil pět kol kvůli přehřátí oleje. Také havaroval v předposledním kole Velké ceny Monaka, když běžel na 10. místě. Blížil se k dosažení gólu na několika Grand Prix, včetně ztráty bodového cíle po zpoždění v boxovém pruhu na Grand Prix Turecka. Na Velké ceně Velké Británie si Nakajima zajistil své nejvyšší místo v historii Formule 1 a kvalifikoval se na působivém pátém místě před lídrem světového šampionátu Jensonem Buttonem. Nicméně jeho závod byl ohrožen špatnou strategií a nakonec skončil mimo body. Nakajima opět téměř skóroval na maďarské Grand Prix.
, dokončení jen 0,7 sekundy za osmé místo Jarno Trulli. Zase skončil devátý v Singapuru. V Brazílii byl Nakajima opět v zápase o body, dokud nebyl vyřazen nováčkem a krajanem Kamui Kobayashiem. Nakajima dokončil sezónu bez bodů, jeho spoluhráč Nico Rosberg byl zodpovědný za každý bod, který získal tým Williams, a Nakajima byl jediný, kdo nezískal body z řidičů, kteří se zúčastnili každého závodu v roce 2009.