Uprostřed termínu pro výměnu v roce 2002 byl vyměněn za Florida Marlins. Jeho statistiky se po výměně výrazně zlepšily. Následující sezónu byl opět klíčovou součástí pomoci nezkušeným Marlinsům vyhrát Světovou sérii v roce 2003. V šestém zápase NLCS, Marlins byli pět outů od eliminace, když fanoušek Cubs, Steve Bartman
, zabránil potenciálnímu chycení faulového míče tím, že natáhl ruce na Moisés Alouho, zatímco Alou se pokoušel dostat pop-up. Mordecaiho následný trojbodový dvojitý úder otevřel hru, zdůraznil historický kolaps Cubs v tom, co je někdy nazýváno jednoduše "The Inning". Mordecai vyhrál svou druhou Světovou sérii, když Marlins snadno porazili Yankees ve Světové sérii.