Dokončete následující větu: Když vypukla občanská válka, Kirkland byl zpočátku jmenován kapitánem v armádě Konfederace a poté zvolen plukovníkem 11. dobrovolníků Severní Karolíny, později označeného za 21. Severní Karolinu, v červnu 1861. Velel svému pluku v Prvním Manassasu jako součást brigády brigádního generála Milledge Bonhama, ale nebyl významně zapojen. V říjnu byl 21. Severní Karolína připojen k brigádě Isaaca Trimblea a následujícího jara se zúčastnil kampaně Stonewall Jacksona v údolí Shenandoah. Kirkland byl střelen do obou stehn během
První bitva u Winchesteru ho na několik měsíců vyřadila z boje. Během svého zotavení sloužil Kirkland jako náčelník štábu pro Patricka Cleburna během kampaně v Murfreesboro v prosinci 1862.