Halsey poslal TG 38.1 na jih, aby zaútočil na japonská letiště v této oblasti.
Invaze na Morotai, která začala 15. září, ale vyzvala je zpět, aby se připojili k hlavní části TF 38 před plánovaným útokem na Manilu 21. září. Letadla "Hornet" se účastnila druhé vlny útoků na Manila Bay a potopila starší torpédoborec. Američtí piloti tvrdili, že sestřelili 110 letadel a zničili 95 na zemi, ačkoli První letecká flotila ve skutečnosti ztratila méně než dva tucty letadel z různých příčin. TF38 tvrdila, že potopila nebo poškodila sedm ropných tankerů, ale japonské záznamy ukazují, že devět bylo potopeno nebo zničeno. Špatné počasí přinutilo zrušit většinu leteckých útoků plánovaných na druhý den, ale Halsey se rozhodl místo toho zaútočit na Coron Bay na Calamian Islands, kotviště často používané japonskými ropnými loděmi, na druhé straně Filipín s TG 38.1 a 38.3. Hornetova letecká skupina vedla společný nálet, který potopil dva ropné lodě, šest nákladních lodí, několik doprovodných lodí a hydroplán. TG 38.1 poté vyplul do přístavu Seeadler, aby doplnil a vyměnil Air Group 2 za Air Group 11. Clark konečně opustil Hornet 1. října.