V roce 1796 sloužil pod Napoleonem Bonaparte v italské kampani a byl povýšen na generála divize za dobré služby v terénu. Brune velel francouzské armádě, která v roce 1798 okupovala Švýcarsko a založila Helvétskou republiku. V následujícím roce byl ve velení francouzských vojáků v obraně Amsterdamu proti anglo-ruské invazi do Holandska pod vévodstvím vévody z Yorku, ve které byl zcela úspěšný. Anglo-ruské síly byly poraženy v bitvě u Castricum a byly nuceny po tvrdém ústupu znovu nastoupit. Další dobrou službu poskytl v Vendée a na italském poloostrově od roku 1799 do roku 1801 (vítězství v bitvě u Pozzolo
)