Do roku 1672 začal zaznamenávat své teologické výzkumy v poznámkových knihách, které nikomu neukazoval a které byly nedávno prozkoumány. Ukazují rozsáhlou znalost raných církevních spisů a ukazují, že v konfliktu mezi Athanasiusem a Ariem, který definoval vyznání víry, se postavil na stranu Ariuse, poraženého, který odmítl konvenční pohled na trojici. Newton "uznal Krista jako božského prostředníka mezi Bohem a člověkem, který byl podřízen Otci, který ho stvořil". Obzvláště se zajímal o prorokování, ale pro něj byl Kristus "apostatik, trinitarián".
byl kacíř