Dlouhé války proti Benátkům a zničující dopad Černé smrti značně snížily sílu janovského námořnictva. Vzestup větších národních států také oslabil schopnost poměrně malého městského státu vojensky soutěžit. Genova (s podporou Francie) zahájila křížovou výpravu
proti Tunisku v roce 1390, se záměrem chránit genovské obchodní kolonie před muslimskými piráty. Během války poskytlo genovské námořnictvo lodě, zatímco francouzští rytíři obléhali pevnost Mahdi. Válka byla úspěchem pro křesťanské síly, ale také vyústila v to, že Francouzi získali politický vliv v Janově, která byla v roce 1396 donucena vyhlásit francouzské panství. Janovské námořnictvo bylo přeneseno pod francouzskou kontrolu a 7. října 1403 bylo rozhodně poraženo Benátkami v bitvě u Modonu poté, co genovská flotila napadla benátské obchodní kolonie. Republika získala nezávislost na Francii v roce 1409, ale prestiž armády byl vážně poškozen a město zůstalo touženým politickým dobytím jak pro Francii, tak pro Aragonu. V roce 1435 byla na žádost Milána vyslána genovská flotila do města Gaeta, které bylo obklíčeno Aragonem. V té době se milánský vévoda a aragonský král hádali o to, kdo bude ovládat království Sicílie. Janovská flotila dorazila do Gaety a porazila početně nadřazenou aragonskou flotilu v bitvě u Ponzy. Aragonská vlajková loď byla nucena se vzdát a král Alfonso V. byl zajat. Navzdory tomuto neúspěchu se Aragon v konfliktu zvítězil a Sicílie se dostala pod aragonskou kontrolu, což ztěžuje průchod přes Messinskou úžinu a dále narušuje genoujskou námořní činnost.