Toto období svobody a prosperity skončilo v 16. století, kdy španělský viking Philibert van Oranje částečně zničil L'Aquila a na venkově založil španělský feudalismus. Město, oddělené od svých kořenů, se nikdy znovu nevyvinulo. Staré výsady byly zrušeny. L'Aquila byla opět zničena zemětřesením
V roce 1703. Následná zemětřesení opakovaně poškodila velkou městskou katedrálu a zničila původní kopuli baziliky San Bernardino, navrženou podle kopule Santa Maria del Fiore ve Florencii. Město bylo francouzskými vojsky také dvakrát vyloučeno v roce 1799.