Obama během svého prvního funkčního období zvýšil počet amerických vojáků v Afghánistánu a ve svém druhém funkčním období odvolal většinu vojenského personálu. Po nástupu do úřadu Obama oznámil, že americká vojenská přítomnost v Afghánistánu bude do léta 2009 posílena o 17 000 nových vojáků navíc k přibližně 30 000 vojákům, kteří byli v Afghánistánu na začátku roku 2009. Ministr obrany Robert Gates, ministryně zahraničí Hillary Clintonová a předseda generálního štábu Michael Mullen všichni argumentovali pro další vojáky a Obama vyslal další vojáky po dlouhém procesu přezkumu. Počet amerických vojáků v Afghánistánu dosáhne vrcholu na 100 000 v roce 2010. V roce 2012 podepsaly USA a Afghánistán strategickou dohodu o partnerství, v níž USA souhlasily s předáním hlavní bojové operace afghánským silám. Ve stejném roce Obamova administrativa označila Afghánistán za hlavního spojence mimo NATO. V roce 2014 oznámil Obama, že většina vojáků opustí Afghánistán do konce roku 2016, přičemž malá část zůstane na americké ambasádě. V září 2014 nastoupil Ashraf Ghani po Hamidovi Karzaiovi na post prezidenta Afghánistánu poté, co USA pomohly vyjednat dohodu o sdílení moci mezi Ghanim a Abdulláhem Abdulláhem. 1. ledna 2015 americká armáda ukončila operaci Trvalá svoboda a zahájila misi Rozhodná podpora
, ve kterém se USA přesunuly na výcvikovou roli, ačkoli některé bojové operace pokračovaly. V říjnu 2015 oznámil Obama, že američtí vojáci zůstanou v Afghánistánu na neurčito, aby podpořili afghánskou vládu v občanské válce proti Talibanu, al-Káidě a ISIL. Předseda sboru náčelníků štábů Martin Dempsey zformuloval rozhodnutí ponechat vojáky v Afghánistánu jako součást dlouhodobé protiteroristické operace rozkládající se napříč Střední Asií. Obama odešel z úřadu s přibližně 8400 americkými vojáky, kteří zůstali v Afghánistánu.