V primárních volbách republikánů v roce 2016 Estrosi také podpořil Sarkozyho jako kandidáta strany na francouzské prezidentské volby v roce 2017. Deset měsíců před volbami on a další místní konzervativci agresivně kritizovali ministra vnitra Bernarda Cazeneuveho za přítomnost národní policie v noci, kdy došlo k útoku kamionem v Nice v roce 2016.
- Ne, ne. Během Fillonovy aféry se Estrosi v březnu 2017 připojil k Xavierovi Bertrandovi, Valérie Pécresse a dalším, kteří požadovali, aby Alain Juppé nahradil Françoise Fillona jako kandidáta strany. Také se setkal s Emmanuelem Macronem během jeho kampaně.