Námořní válka také pokračovala, s Spojeným královstvím udržujícím blokádu Francie po moři. Nebojovníci Rusko, Prusko, Dánsko a Švédsko se připojily k ochraně neutrální lodní dopravy před britskými útoky, ale neuspěly. Britský admirál Horatio Nelson zaútočil na dánskou flotilu v přístavu v bitvě u Kodaně a zničil velkou část flotily jednoho z nejpevnějších francouzských spojenců v tomto období. Příměří mu znemožnilo pokračovat do Baltského moře, aby zaútočil na ruskou flotilu v Revalu (Tallinn). Mezitím, u Gibraltaru, početně menší francouzská letka pod Linois odmítla první britský útok pod Saumarez v první bitvě u Algeciras
, zachytit bojovou loď. Ve druhé bitvě u Algeciras, o čtyři dny později, Britové zajali francouzskou loď a potopili dvě španělské, zabili asi 2000 většinou španělských námořníků za ztrátu 12 Britů.