Kiernan trval na tom, že se přidá do bojových řad, a v této funkci byl zřejmě jmenován majorem v 6. Missouri. V květnu 1863 v Port Gibson
Byl zraněn v levé plíci a nechal ho na hřišti, aby zemřel. Získal se a byl uvězněn, uprchl zpět k jednotkám Unie a rezignoval na své pověření. Dne 1. srpna 1863 byl pověřen brigádním generálem dobrovolníků prezidentem Abrahamem Lincolnem; velitel stanice v Miliken's Bend na řece Mississippi. Nicméně špatné zdraví v důsledku zranění na bojišti ho přinutilo rezignovat 3. února 1864.