Po absolvování Air Command and Staff College v roce 1966 se Secord vrátil do Vietnamu jako důstojník leteckých operací, než byl v srpnu 1966 přeložen na thajskou leteckou základnu Udorn. Později byl povýšen na majora a připojil se k operaci Waterpump, aby vycvičil královské letectvo Laosu. Během této doby byl Secord přidělen do Ústřední zpravodajské agentury, aby sloužil v tajné válce
V Laosu. Pracoval pro Teda Shackleyho a Thomase Clines a znal je. Pracoval přímo s důstojníky CIA dodávajícími tajnou válku v Laosu, Jamesem Williamem Lairem a Lloydem C. "Pat" Landry.