Před sezónou Světového poháru 2008/09 měl Greis vážný nesouhlas s hlavním trenérem Němců Frankem Ullrichem. Důvodem bylo Ullrichovo autoritativní řízení týmu, což vedlo k Greisovu odchodu z jurisdikce Ullricha, aby trénoval sám. To mu přineslo v průběhu roku docela solidní výkon, s dalšími dvěma vítězstvími na mistrovstvích světa a bronzovou štafetou na
Světové mistrovství v biatlonu 2009 v Jižní Koreji.