V březnu 2016 získal Samford Fellowship, což mu umožnilo zajistit si jako trenéra Vladimira Tukmakova. V srpnu 2016 So skončil jako první na Sinquefield Cup 2016, před bývalými světovými šampiony Viswanathanem Anandem a Veselinem Topalovem, vítězem z roku 2014 Fabianem Caruanou a vítězem z roku 2015 Levonem Aronianem. Vyhrál 2 zápasy a 7 zápasů remizoval. V prosinci 2016 So také skončil jako první na Londýnské šachové klasice 2016, před bývalými světovými šampiony Viswanathanem Anandem, Vladimirem Kramnikem a Veselinem Topalovem. Vyhrál 3 zápasy a 6 zápasů remizoval (+3−0=6). Vyhrál Sinquefield Cup, London Chess Classic a skončil druhý na rychlém a bleskovém turnaji Your Next Move Leuven, vyhrál Grand Chess Tour 2016. Jeho první vystoupení za Spojené státy přineslo individuální zlatou medaili na desce 3, stejně jako týmové zlato na šachové olympiádě
se koná v Baku.