Její další důležitá služba přišla následující léto, když byla poslána pracovní skupina proti Fort Clark a Fort Hatteras na vnějších březích Severní Karolíny, aby zkontrolovala blokádu v této oblasti. Lodě vypluly z Hampton Roads 26. srpna 1861 do bitvy u Hatteras Inlet Batteries
, první důležitá kombinovaná obojživelná operace války. Druhý den ráno se Harriet Lane přiblížila k pobřeží, aby poskytla přímou podporu přistání, zatímco těžší lodě zasahují pevnosti z hlubších vod. Poslední odpor byl potlačen následující odpoledne, čímž se zvýšila morálka na severu, která byla zklamaná o měsíc dříve porážkou v první bitvě u Bull Runu. Důležitější byla skutečnost, že tato kombinovaná operace otevřela vnitrozemské vodní cesty pro lodě Unie a dala severní atlantické blokádní eskadře základnu hluboko v jižních vodách.