V červenci 1936 rodina nakonec uprchla do Madridu. Když rodina dorazila, město bylo pod kontrolou republikánských sil, které odolaly pokusu o invazi od nacionalistů. V říjnu se však nacionalistické síly rozhodly obléhat město.
A Julián byl zapsán do republikánských rezervních sil a vedl tým mul, který přepravoval zásoby. Mezitím Bahamontes spolu se svou matkou a sestrami uprchl do vesnice Villarrubia de Santiago kvůli zintenzivňujícím leteckým náletům v Madridu. Po válce se k nim připojil Julián, ale rodina pokračovala v boji; protože byl s republikány, poraženou stranou, Bahamontesův otec nedostal žádný důchod a byl nucen lámat kameny pro výstavbu silnic, aby vydělal dostatek peněz pro rodinu. Mladý Bahamontes se uchýlil k krádeži, aby se o sebe a svou rodinu postaral; skočil z mostu přes silnici do přívěsů náklaďáků, než naplnil pytel jídlem z přívěsu. Také vykopal živou munici z zákopů občanské války, aby ji prodal jako šrot.