Malagridův vliv na lisbonském dvoře se setkal s hlubokým nepřátelstvím od premiéra Carvalho, budoucího markýze z Pombalu. Carvalho se snažil znovu vybudovat Lisabon po zemětřesení v roce 1755
, který Malagrida kázal, byl trestem spravedlivého Boha na hříšném lidu. Carvalho nesnášel implicitní kritiku vlády a přesvědčil krále Josého, aby v listopadu 1756 vyhnal Malagridu do Setúbalu a všechny jezuity odstranil z dvora.