Na začátku občanské války, Hays znovu vstoupil do služby jako plukovník z 63. Pennsylvania dobrovolnické pěší pluku, také drží hodnost kapitána v 16. americké pěchoty v pravidelné armádě k datu od 14. května 1861. Jeho muži ho znali jako statečného "jako lev". Během polostrovní kampaně byl se svým plukem připojen k první brigádě Kearnyho divize Heintzelmanova III. sboru. Bojoval v bitvách Yorktown, Williamsburg, Seven Pines, Savage's Station
, a Malvern Hill. Na konci sedmidenní bitvy byl jmenován důstojnickým podplukovníkem v pravidelné armádě za statečnost v akci, protože Hays nasměroval bajonetový útok se svým plukem do nepřátelských linií, aby kryl ústup své brigády. Hays krátce odešel na nemocenskou dovolenou o měsíc později, trpěl částečnou slepotou a ochrnutím levé paže, zranění způsobená bitvou.