Shackleton se narodil v Kilkea v hrabství Kildare v Irsku. Když mu bylo deset let, přestěhoval se se svou anglo-irskou rodinou do Sydenhamu na předměstí jižního Londýna. Shackletonova první zkušenost s polárními oblastmi byla jako třetí důstojník na expedici "Discovery" kapitána Roberta Falcon Scotta v letech 1901-1904, ze které byl kvůli zdravotním důvodům poslán domů, poté, co on a jeho společníci Scott a Edward Adrian Wilson stanovili nový jižní rekord pochodem na 82°S. Během expedice "Nimrod"
V letech 1907-1909, on a tři společníci vytvořili nový rekord Nejvzdálenější jižní zeměpisná šířka na 88 ° S, jen 97 geografických mil (112 zákonných mil nebo 180 kilometrů) od jižního pólu, největší pokrok k pólu v historii průzkumu. Členové jeho týmu také vylezli na horu Erebus, nejaktivnější antarktickou sopku. Za tyto úspěchy byl Shackleton po návratu domů jmenován rytířem králem Eduardem VII.