Secular Muslims a převážně nemuslimští jižané se silně postavili proti zavedení islámského práva. Již před vydáním Zákonů z září však John Garang, vůdce Súdánského lidového osvobozeneckého hnutí (SPLM), přeběhl z vlády a začal organizovat opozici na jihu, aby svrhl Nimeiry. Provádění trestu hudud, který zahrnoval bičování a amputaci rukou a nohou, vyvolalo širokou opozici vůči vládě Nimeiry. Po svržení Nimeiryho v roce 1985 vláda Swar al-Dahaba pozastavila nejpřísnější tresty hudud. Swar al-Dahab i jeho demokraticky zvolený nástupce Sadiq al-Mahdi podporovali šaría, ale kritizovali způsob jejího provádění Nimeiry. Na počátku roku 1989 neochotný al-Mahdi vyjádřil ochotu zvážit zrušení kontroverzních zákonů šaría. To způsobilo, že jeho koaliční partner, al-Turabi a Národní islámská fronta (NIF), rezignovali na vládu jako protest. Al-Mahdi oznámil, že vláda zváží návrh zákona zrušující září zákony 1. července 1989 a setká se s vůdci SPLM k mírovému vyřešení ukončení občanské války. Vojenský převrat v červnu 1989
k tomu došlo pouhých 24 hodin před tím, než měla vláda al-Mahdího hlasovat o zrušení zářijových zákonů.