Na rozdíl od britských letadlových lodí, jejichž letecké palivo bylo uloženo v samostatných válcích nebo v nádrží obklopených mořskou vodou, všechny předválečné japonské lodě měly své nádrže pro letecké palivo integrované s lodním trupem a "Shōkaku" nebyla výjimkou. Nebezpečí, které to znamenalo, však nebylo zřejmé, dokud zkušenosti z válečných let neprokázaly, že lodě byly často náchylné k prasknutí a úniku, protože otřesy a napětí z úderů nebo téměř úderů trupu dopravce byly nevyhnutelně přeneseny a absorbovány palivovými nádržemi. Po debaklu u Midway
V polovině roku 1942 byly prázdné vzduchové prostory kolem nádrží palivového paliva "Shōkaku", které se normálně pumpovaly plné inertního oxidu uhličitého, namísto toho naplněny betonem ve snaze chránit je před možným poškozením. To ovšem v případě, že by došlo k poškození hangáru, především v případě torpédového útoku a potopení lodě "Cavalla", nebránilo šíření těkavých výparů na palubu hangáru. "Shōkaku" normálně ukládal 150 000 galonů Avgas pro operační použití.