Příběh sleduje dobrodružství pilota Garde Nagate Tanikaze, který od narození žil v podzemní vrstvě Sidonie a byl vychován svým dědečkem. Nikdy se s nikým jiným nesetkal, každý den se cvičí ve starém simulátoru pilotů Strážců a nakonec ho zvládne. Po smrti svého dědečka se objeví na povrch a je vybrán jako pilot Strážců, stejně jako Sidonie je opět ohrožena Gaunou. Otázka: Co je vybrán jako po smrti svého dědečka?
Pilot Strážce