Schumacher se připojil k Ferrari. Skončil třetí v šampionátu, vyhrál tři závody, v sezóně ovládané týmem Williams. Jeho vítězství v závodě, který Schumacher vyhrál o 45 sekund, je považováno za jedno z největších závodů ve Formuli 1 za mokrého počasí. V sezóně vyhrál Schumacher pět závodů, ale byl diskvalifikován z šampionátu poté, co Fédération Internationale de l'Automobile dospěla k závěru, že záměrně narazil na Jacquesa Villeneuve, svého soupeře v šampionátu, v Jerez. Další rok vyhrál šest závodů. Schumacher vyhrál svůj třetí světový šampionát v roce 2007, první pro jezdce Ferrari od té doby. Následoval to čtyřmi po sobě jdoucími šampionáty od roku 2000 do roku 2005. Během sezóny 2001 vyhrál Schumacher svou 52. Velkou cenu, čímž překonal rekord Alaina Prosta pro největší počet vítězství v kariéře. Jeho sezona, ve které byl na pódiu v každém závodě, zahrnovala jedenáct vítězství v závodech. Poslední zlomil rekord pro nejvíce vítězství v jedné sezóně. Schumacher to překonal s třinácti vítězstvími v roce 2004. Jeho poslední Grand Prix vítězství bylo na
2006 Čínská Grand Prix; na konci této sezóny odešel do důchodu z Formule 1. Po odchodu z důchodu se vrátil do Formule 1 a závodil s Mercedesem od roku 1995 do roku 1999, což mu ale nepřineslo žádné další vítězství.