Přestože byla vypuštěna několik dní po "Hiyō", "Jun'yō" byla první z dvojice, která byla uvedena do provozu v květnu 1942. Byla přidělena do čtvrté letadlové divize 1. letecké flotily spolu s. Loď měla za úkol podporovat invazi na Aleutské ostrovy, operaci navrženou tak, aby se shodovala s útokem na Midway. "Jun'yō" měla na palubě 18 A6M2 Zero a 18 D3A pro tuto operaci. Loď zahájila svůj první letecký útok 3. června za úsvitu proti Dutch Harboru.
na ostrově Unalaska. Během této operace dosáhla málo, ztratila pět letadel a její vlastní letadlo sestřelilo pouze pět amerických letadel.