Dobře si uvědomuje hojnost talentů v Pittsburghu, Murtaugh požádal o převzetí manažerské pozice poté, co byl Larry Shepard propuštěn v posledním týdnu sezóny. Jakmile byl lékařsky vyčištěn, stal se opět kapitánem Pirátů. (Pouze několik hodin po tomto opětovném přijetí 9. října zemřel Don Hoak, jeho třetí hráč na mistrovství Světové série v roce 1960 Pirates a manažer v farmě Pirates v roce 1969, na infarkt poté, co věřil, že je předním uchazečem o vedení mateřského klubu.) Jeho první dva kluby vyhrály v letech 1970-71 titul Národní ligy východní divize. Ačkoli tým v té sezóně prohrál v National League Championship Series proti Cincinnati Reds, Murtaughovi Piráti z roku 1971 porazili San Francisco Giants v NLCS.
a pak získal Světovou sérii v roce 1971 s nezapomenutelným návratem z deficitu dvou zápasů proti favoritům Baltimore Orioles. Tato světová série byla poznamenána brilantním výkonem budoucího hráče baseballu Roberta Clementeho, který si zahrál.414 s 12 údery a vedl svůj tým k mistrovství.