S vypuknutím občanské války byl Brooks jmenován brigádním generálem dobrovolníků v září 1861. Velel 2. brigádě 2. divize IV sboru v polostrovní kampani a 2. brigádě 2. divize VI sboru v Sedmidenních bitvách, kde byl zraněn při
Bitva u Savageovy stanice. Když se zotavil, znovu převzal velení své brigády v kampaně v Marylandu a vedl své muže v Crampton's Gap, kde zajali konfederační bojovou vlajku patřící 16. pěchotě Virginie. V bitvě u Antietamu byla Brooksova brigáda převážně v záloze, i když byla 48 hodin pod "přísnou palbou dělostřelectva i ostřelovačů".