Město bylo prohlášeno za hlavní město země v roce 1852. Dříve se hlavní město střídalo mezi městy León a Granada. Zemětřesení v Nikaragui v roce 1972
a roky občanské války v osmdesátých letech vážně narušily a zpomalily růst Managuy. Teprve v polovině devadesátých let začala Managua zažívat oživení.