Za Konfederace měl jejich komorník hrad na pravém břehu Limmatu, kde kontroloval přístup k mostu. Švýcarský sněm se v Badenu opakovaně scházel od roku 1426 do roku 1712, což z Badenu udělalo něco jako hlavní město Švýcarska. Městská radnice ('), kde se scházel parlament, je stále přístupná. V průběhu 15. století získalo město svou popularitu jako lázeňské středisko ('). Ve městě se od 21. května do 18. června 1526 odehrála slavná debata o transsubstantiaci. Přestože se Zwingli osobně zúčastnit odmítl, vytiskl brožury po celou dobu trvání a poslal svého asistenta Johanna Oecolampadiuse, aby debatoval s Johannem Eckem a Thomasem Murnerem. Nakonec se většina rozhodla proti reformátorům, ale vznikl také značný blok jejich zájmu. Johann Pistorius uspořádal v roce 1589 ve městě disputaci. Stein byl znovu opevněn někdy mezi lety 1658 a 1670, ale pevnost byla opuštěna v roce 1712. V roce 1714 ukončily smlouvy Rastatt a Baden nepřátelství mezi Francií a Habsburky, poslední divadlo války o španělské dědictví. Další Badenská smlouva ukončila Toggenburskou válku
mezi protestantskými a katolickými švýcarskými kantony v roce 1718. Baden byl hlavním městem kantonu Baden od roku 1798 do roku 1803, kdy byl vytvořen kanton Aargau.