Cena udělal překvapivý návrat jako poslední účastník Royal Rumble zápasu, vyhrál ho, a tradiční WrestleMania XXIV titulek střela, tím, že naposledy eliminuje Triple H. Namísto čekání do WrestleMania, titulek střela byla vyplacena proti tehdy WWE šampión Randy Orton na 2008's No Way Out v zápase Cena vyhrál diskvalifikací a proto není udělen šampionát. Následujícího večera na "Raw" byl Cena umístěn zpět do zápasu WWE Championship WrestleMania, kde porazil Ortona v ne-titulovém zápase s Triple H jako speciálním hostem rozhodčího, což z něj činilo trojitý boj mezi třemi muži, během kterého byl Ortonem přidržován. Na Backlash, Cena se nepodařilo získat titul ve smrtelném čtyř-cestovní eliminační zápas, ve kterém byl vyloučen Orton. Během tohoto zápasu Cena eliminoval JBL, obnovil jejich spor z roku 2005. Cena porazil JBL v Den soudu.
a pak v One Night Stand v First Blood zápase. Cena se také nepodařilo získat WWE Championship od Triple H v Night of Champions. Později JBL porazil Cenu v New York City Parkování Lot Brawl na The Great American Bash v červenci ukončit spor. V epizodě "Raw" ze 4. srpna se Cena stal World Tag Team Champion podruhé, když se spojil s Batistou, aby porazil Codyho Rhodese a Teda DiBiase, ale nedokázal si udržet šampionát následující týden proti bývalým šampionům. Cena prohrál Batistovi na SummerSlamu. Krátce poté byl Cena jmenován jedním ze čtyř uchazečů o CM Punk's World Heavyweight Championship v zápase Championship Scramble v Unforgiven, ale byl nahrazen Rey Mysterio poté, co utrpěl v zápase SummerSlam herniát disku v krku, který vyžadoval operaci. Cena podstoupil úspěšnou operaci k nápravě zranění.