Emory sloužil jako velitel brigády v armádě Potomacu v roce 1862, a byl přeložen do západního divadla. Dne 17. března 1862 byl povýšen na brigádního generála dobrovolníků. Později velel divizi v kampani v přístavu Hudson. Následně se vrátil na východ jako velitel devatenáctého sboru, sloužil ve všech hlavních bitvách v kampani Shenandoah Valley v roce 1864.
, zejména v bitvě u Cedar Creek, kde Emoryho akce pomohly zachránit armádu Unie před zničující porážkou až do příjezdu generála majora Philipa Sheridana.