Dvě písně, které byly zahrnuty na původním albu - tradiční lidová píseň z Liverpoolu "Maggie Mae" a improvizační skladba "Dig It" - byly vyřazeny, protože "byly v pořádku pro soundtrackové album [...], ale neseděly pohodlně s konceptem přímého alba", podle remixera alba Allana Rouse. Lennonova "Don't Let Me Down" byla přidána do pořadí, ačkoli "Naked" obsahuje kompozitní úpravu obou verzí z koncertu na střeše
, spíše než B-strana z singlu "Get Back". "I've Got a Feeling" byl také představen v nové kompozitní edici dvou koncertních vystoupení na střeše. Na "The Long and Winding Road" použili producenti "Naked" finální záběr, který byl zaznamenán pět dní poté, co Spector vybral pro původní album.