Bat Ayin bylo založeno sedmi rodinami pod vedením rabína Yitzchaka Ginsburga v roce 1989 na půdě původně zakoupené Židy před rokem 1948.
, který byl pod jordánskou vládou až do roku 1967 považován za "nepřátelský majetek". Nakonec bylo velké pozemky rozděleny asi 40 rodinám. Lidé z osady nepřišli z osadní tradice. Mnozí původní osadníci vyrůstali na "kopcích". Získala pověst extrémistky a velmi necitlivé vůči místním Palestincům, z nichž nikdo neměl dovoleno procházet v blízkosti osady. Na začátku roku 2000 volební volby, polovina voličů Bat Ayin vyjádřila preferenci pro Herut kandidát Baruch Marzel. V roce 1993 Motti Karpel a Chaim Nativ založili v Bat Ayin hnutí "Chai Vekayam" (Živý a zdravý), jehož dokument "Identity Card" jasně uvádí, že zákony izraelského státu nejsou pro osadníky na Západním břehu závazné. Podle jednoho obyvatele je Izrael jen pro Židy, kteří jsou "vyvoleným lidem", a Palestinci jsou povinni jim sloužit, podle slov Tóry: "Lidé budou pro tebe pracovat, národy se ti budou klanět". O osadě se říká, že má expanzivní zájmy a založila nelegální základnu nazvanou Západní Bat Ayin.