Dne 23. srpna 1951 Wisner nahradil Allena W. Dullese a stal se druhým zástupcem ředitele plánů, s Richardem Helmsem jako jeho šéfem operací. V této pozici, měl zásadní roli v podpoře proamerických sil, které svrhli
Mohammed Mossadegh v Íránu v roce 1953 a Jacobo Arbenz Guzmán v Guatemale v roce 1954. Dalším projektem, do kterého se zapojil, bylo s ohledem na vůdce Běloruské brigády, jednotky začleněné do německé divize SS, které byly po druhé světové válce asistovány do Spojených států, a to především díky jeho úsilí. V rozporu s federálním zákonem, John Loftus tvrdil, že Úřad pro koordinaci politiky pomohl získat víza pro nacistické spolupracovníky z Běloruska, o kterých se věřilo, že usnadnili četné zvěrstva nacistického Německa. Podle Loftuse to všechno bylo součástí plánu studené války vést partyzánskou válku v Evropě pod sovětskou okupací, ve které měli hrát klíčovou roli nacističtí kolaboranti. Když se však projekt zhroutil, Bělorusi se rychle usadili a získali americké občanství <unk> a zpravodajské agentury je chránily před odhalením po celá desetiletí.