Dokončete následující větu: 5. prosince 1990 byli Alomar a Joe Carter vyměněni za Freda McGriffa a Tonyho Fernandeze za Toronto Blue Jays. Bylo to v Torontu, že se vyvinul v prvního útočného druhého hráče, kombinující.300-plus pálkařský průměr s mocí a vysokou rychlostí na základnách. V roce 1991 využil své rychlosti s 11 trojkami a 53 ukradenými základy, což vedlo tým k prvnímu ze tří po sobě jdoucích playoffů. Následující rok zaznamenal 105 běhů, 87 projíždění a měl.405 na základní procento. V roce 1993 měl Alomar svou nejlepší sezónu s Blue Jays, kdy prodal 17 home runs (HR), 93 runs batted in (RBI) a 55 ukradených bází, přičemž batted.326, třetí v American League za spoluhráči John Olerud a Paul Molitor. Byl ústřední postavou v mistrovstvích Světové série v Torontu v letech 1992 a 1993; ve šestém zápase Světové série v roce 1992 zaznamenal vítězný běh série na dvojnásobek dvou běhů Davea Winfielda v jedenáctém zápase. Alomarův homerun v devátém zápase proti Oaklandskému pomocnému eso Dennisovi Eckersleymu ve čtvrté hře
1992 American League Championship Series (ALCS), je považován mnoha za nejdůležitější hit v historii klubu, protože tři předchozí cesty týmu do ALCS skončily zklamáním; byl jmenován nejcennějším hráčem (MVP) série. V roce 1995 odehrál 104 po sobě jdoucích zápasů bez chyby, čímž vytvořil rekord pro hráče druhé základny. V každé ze svých pěti sezón s Blue Jays byl Alomar jmenován do All-Star týmu a získal cenu Zlatá rukavice.