V následujících šesti letech byl Bogdanov hlavní postavou mezi ranými bolševiky, vlivem druhý po Vladimíru Leninovi. V letech 1904-1906 vydal tři svazky filozofické pojednání "Empiriomonizm" ("Empiriomonismus"), ve kterém se snažil spojit marxismus s filozofií Ernsta Macha, Wilhelma Ostwalda a Richarda Avenariuse. Jeho práce později ovlivnila řadu ruských marxistických teoretiků, včetně Nikolaje Bucharina. V roce 1907 pomohl zorganizovat bankovní loupež v Tiflis
s Leninem i Leonidem Krasinem.