Prosperita jeho týmu pokračovala i do druhé poloviny roku 2009, když se Barcelona stala prvním klubem, který dosáhl šestnásobku, když vyhrál šest trofejí v jednom roce. Po vítězstvích v Supercopa de España a UEFA Super Cup
V srpnu vyhrála Barcelona Světový klubový pohár FIFA proti Estudiantes de La Plata 19. prosince, přičemž Messi vstřelil vítězný gól 2<unk>1 hrudníkem. Ve svých 22 letech získal Messi Zlatý míč a cenu FIFA za nejlepšího hráče roku, a to oběma případy největším rozdílem hlasů v historii obou trofejí.