V červnu 1992 se Avila připojil k Floridským Marlinům jako zástupce ředitele pro Latinskou Ameriku. Po dvou sezónách u Marlinů byl povýšen na ředitele latinských operací. Pod vedením Avily, Marlins podepsal 1997 NLCS
a MVP Světové série Liván Hernández, během Floridské Světové série.