Po vstupu Itálie do války 10. června 1940 se Waller podílel na pátrání po minových polích u pobřeží severní Afriky. Byl zkušený střelec, osobně odpálil plovoucí miny s použitím pušky a kulky, které pronikají brnění. Dne 21. června bombardovala Stuart italské město Bardia. Následující měsíc se jeho 10. torpédoborecká flotila zúčastnila bitvy o Kalabrii. Wallerovy lodě 17. srpna bombardovaly Fort Capuzzo a o týden později italskou vodní základnu v zálivu Bomba. V září mu byl udělen Distinguished Service Order (DSO) za "odvahu, podnikání a oddanost službě při nedávných střetech", zejména za jeho přesné určení nepřátelských minových polí. Ve stejném měsíci byl přeložen na HMAS "Vampire", zatímco "Stuart" šel na opravu. Když spojenecké armády začaly v prosinci 1940 protiútok proti italským silám, vrchní velitel Středozemní flotily, admirál sir Andrew Cunningham, dal Wallerovi velení nově vytvořené Inshore Squadron, která se skládala z torpédoborců, minek a pomocných lodí. Ve své roli Cunninghamova nadřízeného důstojníka na hladině, Waller převzal odpovědnost za námořní podporu při útoku na Bardia
, která padla do rukou spojenců 5. ledna 1941. Krátce poté předal velení Inshore Squadron a převedl se zpět na palubu "Stuarta".