San Pedro Yepocapa má svůj původ v době před španělským dobytím Guatemaly.
Původně bylo město přímo vedle Vulcán de Fuego, ale muselo být přesunuto na jiné místo kvůli jeho četným erupcím. Španělský voják Antonio de Guzmán je považován za toho, kdo našel město, když konquistadori dorazili v roce 1520.