Zkušenosti získané v letech 1964 a 1965 umožnily sedmilitrovému Mk II dominovat následující rok. V únoru GT40 opět vyhrála v Daytoně. To byl první rok, kdy se Daytona probíhala ve formátu 24 hodin a Mk II skončil 1., 2. a 3. V březnu 1966 na 12 hodinách v Sebringu, GT40s opět získal všechny tři nejlepší závody, s X-1 Roadster první, Mk II za druhé, a Mk I na třetím místě. Pak v červnu, na 24 hodinách v Le Mans
, GT40 dosáhl dalšího 1<unk>2<unk>3 výsledku.