Ústní tradice naznačuje, že chrám byl přeměněn na protestantský obřad, pak spálen v roce 1626, po
Švédská invaze. Byla přestavěna a zrekonstruována díky podpoře otce Sebastiana Grotowského, archidiakona z Włocławku. V té době vedle kostela stál dům kaplana, s přilehlými budovami, ovocnou zahradou a zahradami, které se tehdy nacházely v okolí dnešního starého města.