Od roku 1948 pracoval Henkin v kanceláři Spojených národů ve Státním departementu Spojených států, kde byl jedním z osob odpovědných za Úmluvu o postavení uprchlíků v roce 1951, dohodu, která stanovila mezinárodně dohodnutou definici toho, co tvoří uprchlíka, a stanovila požadavky na země, které poskytují azyl jednotlivcům tak označeným. V roce 1956 opustil ministerstvo zahraničí, aby rok vyučoval na Kolumbijské univerzitě na téma jaderného odzbrojení, které se stalo předmětem jeho knihy z roku 1958 "Kontroly zbraní a inspekce v americkém právu". Vyučoval na univerzitě v Pensylvánii od roku 1958, pokračoval ve své práci, která byla publikována jako "The Berlin Crisis
a Organizace spojených národů" v roce 1959 a knihu "Disarmament: The Lawyer's Interests", která vyšla v roce 1964.