Předběžné plánování útoku na Pearl Harbor k ochraně pohybu do "Jižní oblasti zdrojů" (japonský termín pro Nizozemskou východní Indii a jihovýchodní Asii obecně) začalo velmi brzy v roce 1941 pod záštitou admirála Isoroku Yamamoto, tehdy velitele japonské kombinované flotily. Získal souhlas s formálním plánováním a výcvikem pro útok od generálního štábu císařského japonského námořnictva až po mnoha sporech s námořním velitelstvím, včetně hrozby, že odstoupí z velení. Plné plánování bylo zahájeno na začátku jara 1941, především pod admirálem Ryūnosuke Kusakou, s pomocí kapitána Minoru Genda a zástupce náčelníka štábu Jamamoto, kapitána Kameta Kuroshimy. Plánovači studovali britský letecký útok na italskou flotilu v roce 1940
v Tarentu intenzivně.