Jen pár dní před koncem Afrického poháru 2010 v Angole se Issa Hayatou ocitl uprostřed kontroverze poté, co CAF suspendoval národní fotbalový tým Togo z dalších dvou afrických pohárů národů. Hayatou obvinil togoleskou vládu z vměšování do záležitostí togoleské fotbalové asociace, když tým odstoupil od pohárů v roce 2010 před jeho začátkem. 8. ledna 2010 se týmu z Togo stala obětí ozbrojeného útoku
při cestování autobusem do Angoly před začátkem mistrovství, což vedlo k dvěma úmrtím v Togo delegace. Togolese kapitán Emmanuel Adebayor a Togo trenér Hubert Velud ostře kritizoval Hayatou zejména pro rozhodnutí CAF, vyzval ho, aby odstoupil z předsednictví CAF.