Obando byl jmenován kardinálem-knězem San Giovanni Evangelista a Spinaceto 25. května 1985, a stal se prvním nikaragujským kardinálem. Zúčastnil se papežského konklave v roce 2005
který zvolil papeže Benedikta XVI. Obando byl prezidentem Nikaragujské biskupské konference od prosince 1999 do listopadu 2005.