Po pěti letech ve své roli v IRFU se Clarke vrátil do Ulsteru v roce 2012 jako asistent pod vedením Marka Anscombea. Clarke pokračoval v této roli pod Anscombem nástupci, Neil Doak a Les Kiss. Během svého druhého působení s Ulster Doak pokračoval v příležitostném zapojení do irské sestavy, sloužil jako hlavní trenér Emerging Ireland během jejich úspěšného Tbilisi Cup 2015
Kampaň.