Nepevněný "Untere Stadt" byl zdevastován osmanskými silami při obléhání Vídně v roce 1529
a 1683 bitva u Vídně, zatímco opevněná "Obere Stadt" byla úspěšně obhájena v obou případech. V 18. století císař Karel VI., který nemohl zvítězit ve válce o španělské dědictví, vytvořil plány na přestavbu klášterního komplexu Klosterneuburg na základě modelu Escorial. Výstavba barokních budov začala v roce 1730, ale nepřežila počáteční fázi.