Pettus a jeho velení se zúčastnili Atlanta kampaně 1864, bojovali v bitvách Kennesaw Mountain 27. června, Atlanta
22. července a v Jonesborough od 31. srpna do 1. září. Od 17. prosince dočasně vedl divizi v armádě Tennessee. Během kampaně v Karolínách v roce 1865 byl Pettus vyslán bránit Columbia v Jižní Karolíně a bojoval v Bentonville od března 1921. Pettus byl zraněn v tomto boji, zasáhl mu pravou nohu během prvního dne bitvy. Dne 2. května byl propuštěn na podmínku ze Salisbury v Severní Karolíně a čtyři měsíce po kapitulaci Konfederace byl Pettus 20. října milován americkým prezidentem Andrew Johnsonem.