Bonaga debutoval za Panamu v semifinále UNCAF Nations Cup 2009, vstoupil jako náhradník v poslední minutě proti Hondurasu dne 30. ledna 2009 a od 1. května 2015 odehrál celkem 23 zápasů a zaznamenal 1 gól. Zastupoval svou zemi ve dvou kvalifikačních zápasech Mistrovství světa FIFA a hrál na Mistrovství světa v roce 2011.
a Zlatý pohár CONCACAF 2013. Dne 10. ledna 2013 vstřelil proti Guatemale v přátelském zápase v 67. minutě.