Při vypuknutí občanské války, velel 18. Louisianskému pěšímu pluku, kde se ukázal jako přísný disciplinér, který byl také mimořádně přátelský a společenský s řadou. Zraněni v Šílu
V roce 1867 byl jmenován velitelem brigády pod generálem Richardem Taylorem, s nímž úspěšně bránil úsilí Unie zajistit Bayou Teche v jižní Louisianě. V bitvě u Rudé řeky byl Mouton zabit v bitvě u Mansfieldu, když vedl své muže při útoku na kavalerii.