Jako školák, který navštěvoval latinskou školu ve svém rodném městě, Kerner, který byl fyzicky malý a slabý, trpěl jak z otcovy přísnosti, tak z šikanování ze strany spolužáků. Jeho protichůdný duch však zůstal neporušený, a to i poté, co mu jeho otec v roce 1779 zajistil přijetí do elitní Karlsschule (vojenské a všeobecné akademie) ve Stuttgartu, kterou jeden zdroj popsal jako "prestižní vévodův institut, jehož cílem bylo poskytovat loajální vládní úředníky, napůl internátní školu, napůl univerzitu". Mezi dalšími žáky patřil Friedrich Schiller. Navzdory vojenské akademii, Kerner nikdy nesplnil intelektuálně to, co se od něj očekávalo. Ve svém projevu na Den jména zakladatele akademie, stárnoucího vládce Württemberku, vévody Karla Eugena, Kerner vyzval k vytvoření systému státního sociálního zabezpečení pro chudé. Schiller opustil akademii ve prospěch kariéry v divadle v roce 1782, ale Kerner byl v roce 1789 stále studentem. Založil politický klub v rámci akademie věnovaný podpoře francouzské revoluce. Dalšími členy byli Christian Heinrich Pfaff a Joseph Anton Koch. Dne 14. července 1790 uspořádali tajnou oslavu k prvnímu výročí vpadnutí do Bastily.
- Ne, ne. Tyto a podobné akce ze strany Kernera a jeho přátel vyvolaly v konzervativním Württembergu nepříznivou reakci mezi občany a aristokratickými francouzskými emigranty, které si vzali k srdci. S pomocí přátel Kerner napsal disertační práci, která ukončila jeho studium a získala mu kvalifikaci na Velikonoce 1791 jako lékař. Nyní, doprovázen první vážnou láskou svého života, se přestěhoval do Štrasburku pod záminkou, že chce zlepšit své lékařské znalosti na univerzitě.