V první polovině 17. století byla polská populace z velké části přivedená zpět do stáda katolicismu, ale protiprotestantské útoky pokračovaly. Nejčastěji to byly písemné katolické propagandistické brožury a přísná církevní cenzura odlišných názorů. Jediným jasným příkladem aktivního pronásledování náboženské menšiny bylo vyhoštění polských bratrů, kteří během švédské potopy
silně podporoval krále Karla Gustava. Sejm v roce 1658 odsoudil takzvané ariány k vyhnanství, pokud se nepřemění na katolicismus. V důsledku toho několik set rodin (asi pět tisíc lidí) opustilo v roce 1660 Společenství, zatímco jiní, ohroženi trestem smrti a konfiskací, předstírali obrácení, jen aby se podrobili dalšímu zákonnému pronásledování. Polští bratři patřili k nejvíce osvíceným skupinám společnosti a jejich vyhoštění mělo silné škodlivé účinky na intelektuální rozvoj země. Ostatní protestantské denominace zůstaly, přinejmenším formálně, chráněny pravidly Varšavské konfederace z roku 1573. Mnoho slezských protestantů vstoupilo do Společenství, aby se zabránilo rekatolizaci ve Svaté římské říši po vestfálském míru z roku 1648. Brzy však následovaly další omezení.