Při vypuknutí občanské války v dubnu 1861, byl jmenován vlajkovým důstojníkem Atlantické blokádní eskadry. V srpnu byl vyslán s vojsky pod velením generála Benjamina F. Butlera, aby dobyl dvě pobřežní pevnosti poblíž mysu Hatteras. V následné bitvě
, byly opevnění dobyta bez ztrát, i když ne bez obtíží kvůli počasí, a flotila se vrátila do Fort Monroe k všeobecnému uznání. To však brzy ustoupilo kritice Stringhama za to, že nepřiblížil své lodě a pokračoval v útoku podél pobřeží. Skutečnost, že jeho lodě čerpaly příliš mnoho vody, aby vstoupily do mělkých pobřežních vod, a že mu bylo přímo nařízeno, aby se okamžitě vrátil, se nakonec objevila, ale zřejmě příliš pozdě, aby uklidnila jeho podráždění, protože následující měsíc, na jeho vlastní žádost, byl zbaven svého velení. Jako malou odměnu byl 1. srpna 1862 povýšen do hodnosti kontradmirála na seznamu důchodců.