Dokončete následující větu: Blízko konce června 1861, Hotchkiss podepsal jako konfederační teamster vzít zásoby na Churchville kavalérie na Rich Mountain, Západní Virginie. Hotchkiss nabídl své služby jako kartograf brigádnímu generálu Richardu B. Garnettovi, jehož konfederační brigáda působila v západní Virginii. Hotchkiss sloužil na Rich Mountain a vytvořil mapy pro plánovanou kampaň generála Roberta E. Leeho v horách. Vzal si krátkou lékařskou dovolenou poté, co byl postižen tyfusem, ale vrátil se do služby v březnu 1862 jako hlavní topografický inženýr Valley District, podřízený generálmajorovi Stonewall Jacksonovi. Po úvodní porážce v bitvě u Kernstownu během jeho
26. března 1862 Jackson předvolal Hotchkiss do svého velitelství v Narrow Passage poblíž Woodstocku a nařídil mu, aby "udělal mapu údolí od Harper's Ferry do Lexingtonu, která by ukázala všechna místa útoku a obrany [sic] na těchto místech". Hotchkiss okamžitě doporučil, aby Jacksonova linie na Stony Creek u Woodstocku byla nebránitelná a že by se Jackson měl stáhnout na Rude's Hill, obranný malý předměstí jižně od Mt. Jacksonová. V Rude's Hill Jackson reorganizoval své velení pro zbytek své úspěšné kampaně v roce 1862 v údolí Shenandoah.