Jordan byl přidělen na západní hranici až do roku 1846, kdy byl povýšen na prvního poručíka. V Mexiko-americké válce sloužil v bitvách u Palo Alto.
a Resaca de la Palma. V roce 1847 byl povýšen na kapitána a sloužil jako velitel. Po válce zůstal ve Vera Cruz po dobu jednoho roku v administrativní roli. Následně byl přidělen do různých jižních posádek a na pobřeží Tichého oceánu.