Dne 15. května 2017 podepsal Haller s Eintracht Frankfurt čtyřletou smlouvu. V DFB-Pokalu 2017/18 vstřelil čtyři góly pro frankfurtský klub, který vyhrál finále.
, označuje první trofej Hallerovy kariéry. V sezóně 2018/19 v Bundesligě vstřelil 15 ligových gólů ve 29 zápasech a klub skončil na sedmém místě.