Da Matta dokončil svůj krok nahoru v závodním žebříčku v roce 2003, dosáhl vrcholu motoristického sportu s týmem Toyota Formule 1. Ten rok získal 10 bodů v šampionátu, čtyři více než zkušený veterán a spoluhráč Olivier Panis, a brzy se proslavil ve formuli 1, když strávil většinu první poloviny Velké ceny Brazílie v roce 2003 pronásledováním současného světového šampiona Michaela Schumachera v závodě, který byl postižen monzunem, než nakonec skončil desátý. V roce 2003 vedl Velkou cenu Velké Británie.
po sedmnácti kolech, poté co byl závod narušen protestujícím, který vtrhl na trať a spustil bezpečnostní vůz. To způsobilo, že většina předních vozů udělala neplánované zastávky v boxech, čímž Da Matta skončil v čele a nakonec skončil sedmý za jeden ze čtyř bodů, které v jeho debutové sezóně získal. V roce 2004 se však jeho bohatství zhoršilo. Po získání pouhých 3 bodů v šampionátu, da Matta ztratil své místo v závodě na Ricarda Zonta po Velké ceně Německa v Hockenheimu. To nebylo jen kvůli problémům s výkonem, ale také kvůli Da Matta otevřeně činění prohlášení o tom, jak nekonkurenceschopná Toyota byla.