Ellis se dobrovolně přihlásil do služby a byl zařazen do 15. pluku, 2. brigády, 4. divize armády Tennessee, ve Freeportu, Illinois. 15. pluk se zúčastnil akce u Fortu Donelson poblíž Clarksville, Tennessee, před akcí během bitvy u Shiloh
- Ne, ne. Dne 6. dubna 1862, když byl v Hornet's Nest povýšen do hodnosti plukovníka, byl Ellis několikrát zasažen nepřátelskou palbou, ale pokračoval ve vedení svých vojáků, dokud ho nezasáhla smrtelná kulka. Po bitvě bylo jeho tělo vyzdviženo z bitevního pole a jeho ostatky byly přepraveny do Rockfordu k pohřbu. Po důkladném pohřbu byl Ellis pohřben na rodinném pozemku, který koupil jen před několika lety po smrti jedné z jeho dcer.