- Massa začal dobře u Ferrari, kvalifikoval se jako druhý v úvodním závodě v Bahrajnu
, a přichází z 21. pozice na 5. v Malajsii, porazí spoluhráče Michaela Schumachera, který začal na 14. místě. V Bahrajnu však Massa v sobotních trénincích i v závodě pokračoval ve svém sklonu ke spinu, když těsně zmeškal Fernanda Alonsa, eventuálního vítěze závodu. Na Velké ceně Austrálie zhroutil svůj Ferrari v kvalifikaci, pak se srazil s Christianem Klienem a Nico Rosbergem v první zatáčce závodu. Nicméně Massa na Nürburgringu dosáhl svého prvního pódiu v kariéře, když skončil třetí za Michaelem Schumacherem a Fernandem Alonso. V Barceloně v roce 2006 také dosáhl nejrychlejšího kola. Massa měl v roce 2006 čtyři další pódium a získal svou první pole position ve F1 a první vítězství ve F1 na okruhu Istanbul Park. Jeho budoucí pozice u Ferrari byla zajištěna, když Michael Schumacher oznámil 10. září 2006, že odejde z F1 na konci sezony 2006. Dne 22. října Massa vyhrál svůj domácí závod na Interlagos, což bylo poprvé, co brazilský závodník vyhrál v Interlagos od Ayrtona Senny v roce 1993. Massa skončil sezonu na třetím místě s 80 body, za světovým šampiónem Fernando Alonso a týmovým kolegou Michaelem Schumacherem.