V roce 1523 musel Jiří Schellenberský prodat Krnov Hohenzollernskému markgrafovi Jiřímu z Brandenburgu-Ansbachu, který se mohl spolehnout na maďarské dědictví své manželky Beatrice de Frangepan, vdovy Mattiase Corvina. Od roku 1532 panoval markgraf nad celým Horním Slezskem, kdy také zdědil vévodství Opole a Racibórz od piastského vévody Jana II. Dobrého. Přestavěl hrad Krnov a zavedl protestantskou reformaci na Slezsku, přičemž místní teutonské rytíře, františkány a minority byli vyhoštěni. Rostoucí moc protestantského rodu Hohenzollernů v zemích slezské koruny byla podezřele zpozorována Ferdinandem I. z Habsburku, českým králem od roku 1526. Nicméně Jiří, stejně jako jeho syn Markgraf Jiří Fridrich, který vládl od roku 1543, si vévodství udržel. Konflikt se zhoršil, když Georg Fridrich zemřel bez dětí v roce 1603 a odkázal Krnov svému bratranci kurátorovi Joachimovi III. Fridrichu z Brandenburgu, který jej v roce 1607 dal svému synovi Johannu Georgovi. Habsburští vládci považovali vévodství za vrácené panství a po české povstání a bitvě o Bílou horu v roce 1620
Císař Ferdinand II. zabavil majetek Hohenzollernů ve svých českých zemích. Ferdinandův věrný stoupenec princ Karel I. z Lichtenštejnska, vévoda z Opavy od roku 1613, obdržel Krnov. Obě vévodství byly sloučeny v roce 1623 a podrobeny protireformaci.