Jilotepeque Viejo bylo osídleno Chajomou, aby poskytlo hlavní město, které bylo bezpečnější před útokem nepřátelského království Iximche Kaqchikel než jejich předchozí hlavní město. Navzdory tomu se město dostalo pod nadvládu Iximche a architektura města, rozmístěná v několika opevněných skupinách podél hřebenu obklopeného hlubokými roklami, ukazuje směs stylu Chajoma a Kaqchikel. V době španělského dobytí
, Chajoma z Jilotepeque Viejo se možná zpočátku spojili se Španěly spolu s Iximche a připojili se k všeobecnému povstání Kaqchikel proti Španělům v roce 1524. Místo bylo po dobytí opuštěno a nikdy nebylo znovu obsazeno.