Napíšte pokračování tohoto odstavce - Nagatomo začal svou druhou sezónu Interu Milán tím, že hrál 62 minut v úvodní Serie A
Zápas proti Palermu skončil porážkou 4:3. Dne 27. září 2011 poskytl Nagatomo asistenci Giampaolo Pazziniho tím, že přihrál Alekseje Berezutského před tím, než přenesl míč přes branku během vítězství 3×2 proti CSKA Moskvy ve druhém zápase skupinové fáze Ligy mistrů. Svůj první gól sezony vstřelil 10. prosince 2011 během domácího vítězství 2:0 proti Fiorentině v 15. zápase Serie A. O tři dny později byl opět na zápase, když se vrátil domů na Rickyho Álvareze v vítězství 1:0 proti Janově. V posledním zápase roku 2011 proti Lecce doma Nagatomo vytvořil výkon "man of the match" poskytnutím dvou asistencí v eventuálním vítězství 4-1.