To vedlo k nejnebezpečnějšímu okamžiku Ferdinandovy kariéry, v roce 1529, kdy Suleiman využil této maďarské podpory pro masivní, ale nakonec neúspěšný útok na Ferdinandovo hlavní město: Obléhání Vídně
, který poslal Ferdinanda do útočiště v Čechách. Další osmanská invaze byla v roce 1532 odražena (viz Obléhání Güns). V tomto roce uzavřel Ferdinand mír s Otomany a rozdělil Maďarsko na sektor Habsburků na západě a oblast Jana Zápolyi na východě, která byla fakticky vazalským státem Osmanské říše.