V březnu 1933, pouhé tři měsíce poté, co se Adolf Hitler stal kancléřem, Eisner uprchl z Berlína do Paříže, kde žila jedna sestra. Zde žila nejistě a brala si jakoukoli práci, kterou mohla najít (překladatelství, hlídání dětí atd.) a pracovala, kdykoli to bylo možné, jako nezávislá filmová kritika pro různé mezinárodní časopisy a noviny. V roce 1940 byla zatčena v prvním "Rafle du billet vert" a odvezena do
Vel d'Hiv se stovkami dalších svobodných židovských žen. Odtud byli převezeni do internačního tábora Gurs v Pyreneích, koncentračního tábora řízeného Francouzi pro Němce. Po několika měsících se jí podařilo utéct a odcestovala do Montpellieru, kde se krátce zapsala jako studentka, než se dostala do Rodezu a k pastorovi Exbrayatovi, který jí pomohl získat falešné doklady - stala se Louise Escoffier z Alsasku. Zůstala v kontaktu s Henrym Langloisem, který byl v Paříži a tajně skrýval plechovky filmu po celé zemi, aby se nedostaly do rukou nacistů. Jedno z těchto míst bylo u Figeacu ve střední Francii, v sklepě zámku Béduer. Langlois nařídil Eisnerovi, aby tam šel, aby zachoval filmy (včetně "Velkého diktátora"). Eisner to dokázal v mrazivých podmínkách po dobu jednoho měsíce, než mu došly peníze. Potřebovala pomoc, a tak se jí podařilo získat práci v dívčí škole ve Figeacu. Špatně se s ní zacházelo, začala učit německy některé španělské dívky, které žily u místní učitelky madame Guitardové, která ji vzala k sobě; zůstala tam až do osvobození Paříže koncem srpna 1944.