S Rosbergovým odchodem z Formule 1 na konci sezóny 1986, podceněný Švéd Stefan Johansson obsadil místo v McLarenu po boku Prosta. Ačkoli McLaren představil nový Steve Nichols navržený &lt;a href="McLaren%20MP4/3"&gt; MP4/3&lt;/a&gt; po třech sezónách s modelem MP4/2 (Barnard odešel do Ferrari), motory TAG nebyly tak silné, jak byly dříve, zaostávaly za výkonem a nespolehlivostí dříve neviděnou. Nikdy se však nevzdal a vyzýval Piqueta a Mansella téměř do konce, vyhrál tři závody a zlomil rekord Jackieho Stewarta pro vítězství v závodech, když vyhrál 28.krát na Velké ceně Portugalska. "Lidé mi možná neuvěří", řekl tehdy Stewart. Ale jsem rád, že Alain vzal mou desku. Jsem rád, že to udělal, protože si to zaslouží. Není pochyb o tom, že je to nejlepší závodník své generace. Prost považuje svůj vítězství v úvodním kole v Brazílii
jako jeho nejlepší a nejvíce odměňující závod vůbec. Williams-Hondy byly dominantní během kvalifikace, a Prost začal pátý na startovním mřížku s časem tři sekundy pomaleji než Mansellův čas pole. Věděl, že nemá kvalifikační rychlost, pracoval na závodním nastavení a když všichni ostatní chtěli nastavení s vysokým aerodynamickým záporem, šel jiným směrem. Nastavení znamenalo méně opotřebení pneumatik, díky pomalejším rychlostem v zatáčkách při rychlém sjezdu po rovině. Prost byl schopen projít 61 koly abrazivního okruhu Jacarepaguá s pouhými dvěma zastávkami ve srovnání s třemi nebo více jeho rivaly (Piquet se v prvních 40 kolech třikrát dostal na pneumatiky). Prost skončil 40 vteřin před Piquetem, s Johanssonem dalších 16 vteřin zpět na třetím místě.