Aby se kompenzovala ztráta Metternichových dědických statků v údolí Mosely, když Francouzská republika anektovala západní břeh Rýna, císařská přestávka z roku 1803 přinesla Metternichově rodině nové statky v Ochsenhausenu, titul prince a místo v císařském parlamentu. V následné diplomatické změně byl Metternich jmenován velvyslancem v Pruském království, byl o tom informován v únoru 1803 a v listopadu téhož roku nastoupil na své místo. Dorazil v kritickém okamžiku evropské diplomacie, brzy se začal obávat územních ambicí Napoleona Bonaparte, nového vůdce Francie. Tento strach sdílel ruský dvůr pod Alexandrem I. a car informoval Metternicha o ruské politice. Na podzim roku 1804 se Vídeň rozhodla o akci, která byla zahájena v srpnu 1805, kdy rakouská říše (jako Svatá římská říše byla v procesu vzniku) zahájila své zapojení do války třetí koalice. Metternichův nyní téměř nemožný úkol byl přesvědčit Prusko, aby se připojilo ke koalici proti Bonaparteovi. Jejich konečná dohoda však nebyla způsobena Metternichem a po porážce koalice v bitvě u Austerlitz
, Prusko ignorovalo dohodu a místo toho podepsalo smlouvu s Francouzi.