Během americké občanské války byl pověřen jako podplukovník 18. Wisconsinské dobrovolnické pěchoty pod plukovníkem Jamesem S. Albanem. 18. wisconsinská armáda byla zorganizována v únoru 1862, v březnu pokračovala do Tennessee a byla vržena do bitvy u Shiloh
den po jejich příjezdu. Beall byl zraněn v bitvě a jeho noha byla amputována pod kolenem. Plukovník Alban byl zabit spolu se třetím velitelem pluku, majorem Josiahem W. Craneem. Po uzdravení sloužil Beall jako zástupce velitele válečného zajateckého tábora v Elmirě v New Yorku, kde ho vězni přezdívali "stará kolíková noha" a obvinili ho z opakované krutosti a týrání.