Taffarel debutoval pro Brazílii 7. července 1988 v Austrálii Bicentenary Gold Cup, hrát všechny čtyři hry a přijímat dva góly jako jeho tým vyhrál turnaj. Byl také brankářem na Copa América následujícího roku.
, kterou také vyhrála Brazílie (v průběhu své desetileté mezinárodní kariéry se objevil v pěti vydáních posledního turnaje, vyhrál titul podruhé v roce 1997 a získal medaile v roce 1991 a 1995). Na Letních olympijských hrách v Soulu v roce 1988 získal stříbrnou medaili, když zachránil tři trestné rány proti Západnímu Německu v semifinále turnaje: jeden v pravidelném čase a dva v úspěšné střelbě Brazílie. Byl také členem brazilského týmu, který se zúčastnil Mistrovství světa ve fotbale 1990 v Itálii, kde Brazílie byla vyřazena z kola šestnácti po porážce 1: 0 proti soupeřům a obhájícím šampionům Argentině, přičemž Taffarel připustil celkem pouze dva góly v celém turnaji.