Porter byl pověřen jako generální adjutant pod Gideonem J. Pillowem a pomohl zorganizovat prozatímní armádu Tennessee. Poté, co byla tato armáda připojena k větší armádě Konfederace, byl Porter přidělen generálu Benjaminu F. Cheathamovi. Jako Cheathamův náčelník štábu se Porter zúčastnil bitvy u Belmontu, Shiloh
, Chickamauga, Missionary Ridge, a Obléhání Atlanty.