Po Fort Donelsonu byla 41. Illinois přidělena k 1. brigádě ve 4. divizi armády Tennessee Stephena Hurlbuta. Krátce poté, co začaly boje na
V bitvě u Shiloh byl velitel 1. brigády plukovník Nelson G. Williams těžce zraněn a velení brigády bylo předáno Pughovi. Plukovník Pugh dovedně vedl brigádu během dvou dnů bojů u Shiloh v okolí "Krvavého jezírka".