Když v roce 1861 začala občanská válka, Magruder opustil armádu Unie, aby přijal pověření v Konfederaci. Jako velitel armády poloostrova opevnil polostrov Virginie a vyhrál bitvu u Big Betelu. V kampaně na poloostrově zastavil McClellanovu armádu Potomacu u Yorktownu, což generálmajorovi Josephovi E. Johnstonovi umožnilo dorazit s posily, zorganizovat ústup a bránit hlavní město Konfederace Richmond. Magruder byl kritizován za své vedení v bitvách na Savage Station
a Malvern Hill během Sedmidenní bitvy. Zbývající část války strávil správou okresu Texas, Nového Mexika a Arizony a departementu Arkansas; během jeho funkčního období Magruder zrušil námořní blokádu nad Galvestonem a znovu dobyl město v roce 1863.