Když byl Vladislavův jediný syn Ludvík zabit v bitvě u Mohácu v roce 1526 a ukončil vládu Jagiellonské dynastie v Čechách, shromáždění českých šlechticů zvolilo jeho švagra, habsburského arcivévody Ferdinanda I. rakouského, za nového krále českých korunových zemí. Společně s rakouským arcivévodstvím a maďarským královstvím vytvořili habsburskou monarchii, která v následujících stoletích vyrostla ze Svaté říše římské do samostatné evropské moci. Pokusy českých protestantských reformačních panství vybudovat autonomní konfederaci byly zmařeny v bitvě u Bílé hory v roce 1620
, poté byla správa centralizována ve Vídni. Navíc Habsburští vládci ztratili Lusatii na voličství Saska po třicetileté válce v Pražském míru z roku 1635, a také většinu Slezska s Kladskem do Pruského království po první Slezské válce v roce 1742 Breslavská smlouva.