Po odchodu z Gordonstounu na začátku roku 1939 dokončil Philip termín jako kadet na Royal Naval College v Dartmouthu, poté se vrátil do Řecka a uprostřed roku 1939 žil s matkou v Aténách měsíc. Na příkaz řeckého krále Jiřího II. (jeho bratranec) se v září vrátil do Británie, aby pokračoval ve výcviku pro Královské námořnictvo. Další rok absolvoval Dartmouth jako nejlepší kadet ve svém kurzu. Během druhé světové války i nadále sloužil v britských silách, zatímco dva jeho švagři, princ Christoph z Hesse a Berthold, markgraf z Badenu, bojovali na opačné straně Německa. V lednu 1940 byl Philip jmenován midshipmanem. Strávil čtyři měsíce na bitevní lodi, chránil konvoje australských expedičních sil v Indickém oceánu, následoval kratší vysílání na, na, a v britském Cejlonu. Po italské invazi do Řecka
V říjnu 1940 byl přeložen z Indického oceánu na bitevní loď ve Středozemní flotile.