V dubnu 1862 v bitvě u Shiloh v západním Tennessee, byl Holtzclaw vážně zraněn v pravé plíci během prvního dne boje. Původně se předpokládalo, že byl smrtelně zraněn, ale po devadesáti dnech se úspěšně zotavil a vrátil se ke svým povinnostem. Byl povýšen na plukovníka a sloužil nějakou dobu v Montgomery. V roce 1863 byl znovu zraněn, tentokrát když byl shoděn z koně během bitvy u Chickamauga v severní Georgii. Zranění však nebylo natolik vážné, aby ho donutilo odejít z hřiště. V listopadu 1863 převzal velení brigády ve Stewartově divizi ve druhém sboru armády Tennessee a vedl ji během Chattanooga Campaign, včetně bitvy u Lookout Mountain
- Ne, ne. Nějakou dobu dočasně vedl brigádu Henryho Claytona.