4. března 1845 byl Lee povýšen na prvního poručíka. Jeho jednotka byla přeložena do Texasu v září téhož roku a umístěna pod generála Zacharyho Taylora. V bitvách u Palo Alto
a Resaca de la Palma, velel rotě pluku, sloužil spolu s prvním poručíkem Jamesem Longstreetem. O obou těchto bitvách napsal báseň.