V roce 2004 na letních olympijských hrách v Aténách rozšířila Stojanovská svůj program, plavala ve třech individuálních soutěžích. Na mistrovství Evropy dosáhla FINA A-standardu 2:13.01 (200 m motýl)
v Madridu, Španělsko, což jí umožnilo zahrnout 200 a 400 m volný styl do jejího závodního sestavu. Druhého dne olympijských her se Stojanovska umístila na sedmadvacátém místě v celkovém pořadí na 400 m volným stylem. V druhém kole překonala hranici 4:20 s časem 4:19.39 a získala čtvrté místo nad Jamajkou Janelle Atkinsonovou. Další den skončila na třicátém čtvrtém místě za Janou Myškovou z České republiky o 0,02 sekundy v ranních závodech na 200 m volným stylem s časem 2:04.64. V závěrečném závodě, 200 m motýlem, Stojanovska ukončila svůj olympijský běh s dvacátým šestým místem a nepodařilo se jí dosáhnout semifinále pátýkrát po sobě od roku 2000. Plavání ve třetím hře, zaokrouhlovala pole osmi plavců na posledním místě s časem 2:16.51, téměř čtyři sekundy od národního rekordu Mirjany Boševské.