Dokončete následující větu: Poté, co se stát Mississippi odtrhl těsně před začátkem občanské války, Barksdale rezignoval z Kongresu, aby se stal generálním adjutantem a poté generálním velitelem milice Mississippi, v hodnosti brigádního generála, s datem 1. března 1861. Dne 1. května byl jmenován plukovníkem armády Konfederačních států 13. pěchoty Mississippi, pluku, který vedl v první bitvě u Bull Runu v létě a v bitvě u Ball's Bluff v říjnu. Následujícího jara vzal svůj pluk na Virgínský poloostrov a bojoval v polostrovní kampani a Sedmidenních bitvách. Když byl jeho velitel brigády, brigádní generál Richard Griffith, smrtelně zraněn na
Bitva u Savage's Station 29. června 1862, Barksdale převzal velení brigády a vedl ji v hrdinské, ale krvavé a marné útoku v bitvě u Malvern Hill. Brigáda se stala známá jako "Barksdaleova Mississippi brigáda". Dne 12. srpna 1862 byl povýšen na brigádního generála.