Dne 1. listopadu 1864 byl José Luís jmenován velitelem 2. divize v hlavní brazilské armádě, která se tehdy nazývala "Armáda jihu" a vedla jeho strýc polní maršál João Propício Mena Barreto (později baron São Gabriel). Armáda Jihu napadla Uruguay 1. prosince. José Luís se zúčastnil obléhání
Uruguayské město Paysandú, které padlo 2. ledna 1865. Brazílská armáda a spojenecké síly Colorados pak obléhali uruguajské hlavní město Montevideo. Než bylo možné zahájit jakýkoli útok na město, Blancos kapitulovali a ukončili konflikt.