V 08:20 dne 30. srpna 1945 "I-400" vyrazila společně s "I-14" a "Proteus" do Tokijského zálivu, kde zakotvili ve 14:58 téhož dne. Vlajka Spojených států byla zvednuta na palubě lodi v 05:00 dne 31. srpna 1945 a ve 14:45 se I-400, I-14 a Proteus začali přesouvat do nového kotviště v průlomníku na základně ponorek v Yokosuka, kde byl Proteus zakotven do 16:50. Dvanáct ponorek amerického námořnictva bylo vybráno, aby reprezentovaly americké námořní ponorky na japonském ceremoniálu kapitulace.
v Tokijském zálivu také zakotvili a "I-401" dorazila také 31. srpna. Během ceremoniálu kapitulace 2. září 1945 velitel podmořských sil americké tichomořské flotily (COMSUBPAC), viceadmirál Charles A. Lockwood, nařídil, aby byla jeho osobní vlajka vyvěšena na palubě I-400 a I-401.