V červnu 1846, při vypuknutí Mexiko-americké války, byl Van Buren znovu jmenován do armády jako finanční ředitel s hodností majora. Van Buren sloužil jako asistent generálů Zacharyho Taylora a Winfielda Scotta a zúčastnil se bitvy u Contreras, bitvy u Monterrey, obléhání Veracruzu
, bitva u Cerro Gorda a bitva u Churubusca.