Před sezonou Světového poháru 2008/09 měl Greis vážný nesouhlas s hlavním trenérem Němců Frankem Ullrichem. Důvodem bylo Ullrichovo autoritativní vedení týmu, což vedlo k Greisovu odchodu z jurisdikce Ullricha, aby trénoval sám. To mu přineslo docela solidní výkon v průběhu roku, s dalšími dvěma vítězstvími na mistrovstvích světa a bronzovou střídačkou na mistrovství světa v biatlonu 2009
v Jižní Koreji.