Přestože Pizarro rychle zvítězil, brzy začaly indiánské povstání, které se během koloniálního období pravidelně opakovaly. V roce 1537 se Manco Inca, kterého Španělé ustanovili jako loutkového císaře, vzbouřil proti novým vládcům a obnovil "neoinkovský" stát. Tento stát pokračoval ve vzdorování španělské moci i poté, co Španělé potlačili povstání a v roce 1572 na veřejném náměstí v Cuzcu usekli hlavu Túpacu Amaruovi. Pozdější vzpoury v bolivijských vysočinách byly obvykle organizovány staršími členy komunity a zůstaly místní povahy, výjimkou je velká vzpoura
Túpac Amaru II. v osmnáctém století.