Lowry velel vojenskému transportnímu parníku "George Peabody", vylodil vojáky během bitvy u Hatteras Inlet Batteries
v srpnu 1861. Poté velitel kanonice od října 1861 do února 1862 a jako součást Severní atlantické blokádní eskadry se zúčastnil operací u Severní Karolíny, v listopadu potopil tři blokády u vchodu do Ocracoke Inlet a poté v únoru 1862 zajal nepřátelské opevnění na ostrově Roanoke a poté se zúčastnil následného zachycení Elizabeth City.