Od května 1938 byl Filitti také generálním administrativním inspektorem království. Vypuknutí druhé světové války ho opět vytlačilo z veřejného života. Rumunsko bylo zemí Osy, a jako takové, Bukurešť vydržel těžké bombardování
letectvem Spojených států. Letecký útok ze dne 4. dubna 1944 skutečně zničil rezidenci Filitti, její sbírku umění (včetně skleněných předmětů z Murana) a desítky needitovaných dokumentů. Historik přežil, ale podle Georgety Filittiové tento incident "pospíšil jeho smrt".