Neuner utrpěl další neúspěchy na mistrovství světa v roce 2009
v Pyeongchangu, kde se potýkala s nachlazením a vysokým počtem chyb ve střelbě. Skončila na osmém místě ve sprintu, ve kterém havarovala na sjezdovém svahu, a skončila na jedenáctém místě v závodě pronásledování. Nebyla jmenována pro individuální závod a nemohla začít v smíšené střídačce kvůli jejímu nachlazení. Dne 21. února 2009 získala Neuner stříbro jako součást německé ženského štafetu vedle Martiny Beck, Andrey Henkel a Kati Wilhelm. V poslední den mistrovství skončila sedmá v masovém startu.