Po Jinnahově odmítnutí přijmout severní Arakan do Pákistánské nadvlády, založili někteří Rohingští starší, kteří podporovali hnutí "džihád", v roce 1947 stranu "Mujahid" v severním Arakánu. Cílem strany mudžáhidů bylo vytvořit autonomní islámský stát v Arakánu. V padesátých letech začali používat termín "Rohingya", který může být pokračováním termínu Rooinga, aby vytvořili odlišnou identitu a identifikovali se jako domorodci. Byli mnohem aktivnější před burmským převratem v roce 1962.
Generál Ne Win, barmský generál, který začal svou vojenskou kariéru bojováním za Japonce ve druhé světové válce. Ne Win proti nim prováděl vojenské operace po dobu dvou desetiletí. Nejvýznamnější z nich byla operace Král drak, která se konala v roce 1978; v důsledku toho mnoho muslimů v regionu uprchlo do sousedního Bangladéše jako uprchlíci. Kromě Bangladéše se také velké množství Rohingů přestěhovalo do Karačí v Pákistánu. Rohingyští mudžahedínové jsou stále aktivní v odlehlých oblastech Arakánu.