Doherty zahájil sezónu 2012/13 tím, že ve druhém kole Wuxi Classic prohrál 4<unk>5 se Stuartem Binghamem a 3<unk>5 s Martinem Gouldem v prvním kole Australian Goldfields Open. Nakonec sestavil první oficiální 147 break své kariéry na menší kategorii 2012 Paul Hunter Classic v Německu během vítězství v prvním kole proti Julianu Treiberovi. Dospěl do čtvrtfinále, kde prohrál 0:4 proti Markovi Selbymu. Doherty byl poražen v kvalifikaci na Šanghajské mistrovství a 2012 UK Championship a nepodařilo se mu postoupit za divokou kartu kola Mezinárodního šampionátu. Na pátém evropském turné,
Na Scottish Open porazil Lucku Brecela a Ryana Day, aby se dostal do semifinále, kde prohrál 2: 4 proti Ding Junhui. Doherty byl vyřazen v prvním kole německého mistrovství Peterem Linesem, ale pak měl svůj nejlepší běh sezóny na Welsh Open. Porazil čtyřnásobného světového šampiona Johna Higginse 4x1 a Toma Forda 4x3 a prošel do čtvrtfinále. Vedl Stuarta Binghama 2<unk>0, ale po sérii chybějících pohárů Doherty ztratil důvěru a prohrál 3<unk>5. Jeho výše zmíněný závod do semifinále Scottish Open mu pomohl skončit na 16. místě v PTC Order of Merit, aby se kvalifikoval jako jeden z 26 nejlepších hráčů do finále, ale v prvním kole prohrál s Kurtem Maflinem 2 × 4. Doherty málem odvedl jeden ze svých značkových comebacks proti Matthew Seltovi v závěrečném kole kvalifikace na mistrovství světa, protože z 4<unk>9 dolů vyrovnal na 9<unk>9, ale ztratil rozhodující rám. Výsledek znamenal, že to byla první sezóna, kdy Doherty nehrál v žádném snookerovém turnaji Triple Crown. Doherty zvýšil své hodnocení o osm míst během sezóny a skončil na 27. místě.