V roce 1940 Friedman přijal pozici na univerzitě ve Wisconsinu v Madison, ale odešel kvůli neshodám s fakultou ohledně zapojení Spojených států do druhé světové války. Friedman věřil, že Spojené státy by měly vstoupit do války. V roce 1943 se Friedman připojil k oddělení válečného výzkumu na Kolumbijské univerzitě (vedené W. Allenem Wallisem a Haroldem Hotellingem), kde strávil zbytek druhé světové války jako matematický statistik, zaměřený na problémy návrhu zbraní, vojenské taktiky a metalurgických experimentů.
V roce 1945