Příští léto byl kapitán Cristiano Doni zařazen mezi podezřelé z účasti na skandálu s domluvenými zápasy (známém také jako "Calcioscommesse"). Atalanta čelila šest bodovému pokutě v Serie A 2011/12
Doni byl 19. srpna suspendován na tři a půl roku ze všech aktivit souvisejících s fotbalem, čímž ukončil svou kariéru ve věku 38 let. Obhajovatel Thomas Manfredini byl také obviněn z účasti na skandálu a byl původně odsouzen na tři roky, i když byl později osvobozen. Také to léto Atalanta podepsal argentinského útočníka Germana Denis, který se stal jedním z nejplodnějších brankářů klubu s 56 góly za čtyři a půl sezony. Na začátku sezóny získala Atalanta 10 bodů ve svých prvních čtyřech zápasech, zatímco společnost pracovala na obraně sebe a svých hráčů před těmito obviněními. Atalanta získala 52 bodů před šestibodovým trestem a stanovila nový klubový rekord pro většinu bodů v Serie A. To následovalo po konzistentních výkoních po celou sezónu (26 bodů v každém poločase) a čtvrté nejlepší obraně v lize s 43 přijatými góly, na stejné úrovni jako Bologna a Fiorentina. Klub si zajistil vítězství v Serie A ve čtvrtém předposledním zápase s domácím vítězstvím 2:0 proti Fiorentině, ačkoli prohrál poslední tři zápasy proti Milánu, Laziu a Juventusu.