Czisny skončil třetí na Skate Canada International 2008 v sérii Grand Prix 2008/09 za Joannie Rochette a Fumie Suguri. Na mistrovství USA v roce 2009
, vyhrála krátký program o více než pět bodů. Skončila třetí v dlouhém programu, ale získala zlatou medaili díky vedení z krátkého. Czisny vyhrála svůj první národní titul, před Rachael Flatt a Caroline Zhang. Získala svou druhou cestu na čtyři kontinenty a na mistrovství světa, kde skončila na devátém a jedenáctém místě.