Japonské impérium napadlo Maluku počátkem roku 1942 jako součást své kampaně v nizozemské Východní Indii druhé světové války a vyhnalo Holanďany z regionu. Halmahera se stala místem japonské námořní základny v zátoce Kao. O dva roky později zahájily americké síly a jejich spojenci bitvu u Morotai.
bombardování ostrova v srpnu a invaze v září. Japonské císařské síly na Morotai vydržely až do roku 1945, ale nepodařilo se jim vyhnat spojenecké útočníky. V druhé polovině roku 1944 přistalo na Morotai 61 000 vojáků. Dvě třetiny z nich byli inženýři, kteří rychle vytvořili zařízení včetně přístavů a dvou letišť a rozsáhlých zásobníků paliva. Formální kapitulace druhé japonské armády se uskutečnila v Morotai 9. září 1945. Poslední japonský vytrvalý z války, voják Teruo Nakamura (Amis: Attun Palalin), byl objeven indonéským letectvem na Morotai a 18. prosince 1974 se vzdal pátrací hlídce.