V roce 1687 byl Parthenon značně poškozen největší katastrofou, která se mu v jeho dlouhé historii stala. V rámci Moreanské války (1684-1699)
, Benátčané vyslali expedici pod vedením Francesca Morosiniho k útoku na Athény a dobytí Akropoly. Osmanské Turky opevnili Akropolis a používali Parthenon jako zásobník střelného prachu, a to navzdory tomu, že byli předem varováni před nebezpečím tohoto použití výbuchem z roku 1656, který vážně poškodil Propylaea, a jako útočiště pro členy místní turecké komunity.