Píše pokračování tohoto odstavce - Severní Halmahera, zejména Morotai, hrála roli ve druhé světové válce. Ostrov Morotai dobyli Japonci na začátku roku 1942. Jižní rovina Morotai byla americkými silami obsazena v září 1944 během bitvy u Morotai.
, a byl použit jako základna pro spojeneckou invazi na Filipíny na začátku roku 1945 a Borneo v květnu a červnu téhož roku. Japonský voják Teruo Nakamura byl objeven v džungli Morotai v roce 1974, jako jeden z japonských vojáků z druhé světové války, kteří se drželi po kapitulaci japonské armády. Ostrov Morotai již od roku 2009 není součástí regionu Severní Halmahera.