V období Druhého chrámu zůstaly vztahy mezi Židy a Samaritany napjaté. V roce 120 př. n. l. hašmonejský král Johanán Hyrkanos I. zničil samaritský chrám na hoře Gerizim, kvůli rozhořčení mezi oběma skupinami kvůli neshodě, zda je hora Moria v Jeruzalémě nebo hora Gerizim v Šekemu skutečným místem Aqedah a vybraným místem pro svatý chrám, což je zdroj sporu, který rostl od doby, kdy se dva domy bývalé sjednocené monarchie poprvé rozdělili v roce 930 př. n. l. a který nakonec vypukl ve válce. 190 let po zničení samaritského chrámu a okolní oblasti Sichem zahájil římský generál a budoucí císař Vespasián vojenskou kampaň, aby potlačil židovskou vzpouru
Jeho syn Titus zničil v roce 70 židovský chrám v Jeruzalémě a následně v roce 135 vyhnal Židy z Judeje a Galileje po povstání Bar Kochba.