Když byla jednotka původně vyřazena ze služby, po uplynutí 90denní doby, Nugent přijal pověření jako kapitán v pravidelné armádě. Okamžitě byl přidělen do 13. pěšího pluku, jehož velitel, plukovník William Tecumseh Sherman, osobně požádal. Vzal si dovolenou, aby se vrátil do New Yorku, a pomáhal Thomasovi Francisovi Meagherovi při organizaci irské brigády. Nově reformovaný 69. pěší pluk byl první jednotkou přidělenou irské brigádě a s Nugentem jako plukovníkem vedl "Bojující 69." v bitvách u Fair Oaks, Gaines Mill, Savage Station
White Oak Swamp, Glendale a Malvern Hill.