V srpnu Butler velel expediční jednotce, která ve spojení s námořnictvem Spojených států
Forty Hatteras a Clark v Severní Karolíně. Tento krok, první významné vítězství Unie po prvním Bull Run, byl chválen ve Washingtonu a získal Butler ocenění od prezidenta Lincolna. Butler byl poté poslán zpět do Massachusetts, aby získal nové síly. To vrhlo Butlera do boje o moc s guvernérem Andrew, který trval na tom, že si zachová svou pravomoc jmenovat důstojníky pluku, a odmítl pověřit (mimo jiné) Butlerova bratra Andrewa a několik blízkých spolupracovníků generála. Ten spor vyvolal rekrutní válku mezi Butlerem a státní milicí. Spor zpozdil Butlerův návrat do Virginie, ale v listopadu byl místo toho přidělen k velení pozemních jednotek pro operace v Louisianě.