Během rusko-japonské války v letech 1904-1905 se "Yaeyama" zúčastnila námořní bitvy u Port Arthura a následné blokády tohoto přístavu. Navzdory své malé velikosti a zastaralosti byla také přítomna v bitvě u Žlutého moře a v závěrečné rozhodující bitvě u Cushimy, stejně jako při japonské invazi na Sachalin.
, kde její vysoká rychlost byla užitečná při přepravě citlivých příkazů a zpráv mezi loděmi a z lodi na pobřeží.