V září 1939 vypukla válka a Möller se přidal k armádě.
- Ne, ne. V tomto roce Nirrnheim zemřel několik dní po svých osmdesátých narozeninách a Möller se vrátil z války do Hamburku, kde pokračoval ve svých povinnostech jak v Historické asociaci Hamburku, tak jako vedoucí člen vedení městského archivu. V roce 1948 byl jmenován ředitelem Vstoupil do úřadu 1. ledna 1948, ale na začátku února 1948 byl poslán na dovolenou, protože čelil vyhlídce na propuštění.