V roce 1991 byl Barghouti delegátem na madridské konferenci.
, která se konala s cílem ukončit izraelsko-palestinský konflikt a první intifádu. V roce 1996 se neúspěšně ucházel o místo v zákonodárném sboru při prvních volbách Palestinské samosprávy. V roce 2002 Barghouti opustil Palestinskou lidovou stranu. V červnu 2002 Barghouti, Haidar Abdel-Shafi, Ibrahim Dakkak a Edward Said založili Palestinskou národní iniciativu ("al-Mubadara al-Wataniyya al-Filistiniyya"), pokus o vybudování reformní, inkluzivní alternativy jak k zavedené Organizaci pro osvobození Palestiny, tak k islámským militantním skupinám, jako je Hamas. Barghouti je v současné době generálním tajemníkem Iniciativy.