Barry Zito strávil další dvě sezóny s A's poté, co vyměnili Hudsona a Muldera. V sezóně 2006 Zito skončil s 16-10 rekordem, 3,83 ERA a 151 strikeoutů, aby pomohl A's vést k titulu AL West. Zito měl silný start pro A's v prvním zápase ALDS, protože se vzdal jen jednoho běhu v osmi zápasech, aby vedl A's k vítězství 3-2 nad Minnesota Twins v prvním zápase. A's nakonec vyhráli další dva zápasy, aby přemohli Twins a postoupili do ALCS roku 2006 poprvé od roku 1992.
, také vyhráli svou první postseason sérii od roku 1990. Zito se dostal na hřiště pro první zápas ALCS proti Detroit Tigers, ale vzdal se pěti běhů v 3,2 vteřinách, když A padli na Tigers 5-1. A's nakonec prohráli další tři zápasy a v ALCS je porazili Tigers.