UNU-CS je nástupcem United Nations University International Institute for Software Technology (UNU-IIST), který byl vytvořen Univerzitou Spojených národů v Macau v roce 1991 na základě dohody mezi OSN, vládami Macau, Portugalska a Číny. Po převodu suverenity nad Macaem
, UNU-IIST ztratil určitou úroveň viditelnosti. V roce 2015 byl ředitel UNU-CS profesor Michael L. Best odpovědný za vybudování nového nástupnického institutu "od nuly".