Mezitím, japonské vrchní velení aktivovalo svůj plán na obranu Filipín s kombinovanou flotilou. Japonské válečné lodě byly rozděleny do čtyř skupin. Severní síla byla postavena kolem zbývajících letadlových lodí Spojené flotily, nyní zbavených svých válečných letadel, a měla čekat jako návnada severně od Luzonu. Japonsko doufalo, že přiláká americkou Fast Carrier Task Force do bodu dostatečně vzdáleného od Leyteho zálivu, aby byla mimo akci, zatímco další tři císařské síly, složené z povrchových válečných lodí, zničily americkou lodní dopravu podporující plážový náčelník generála Douglas MacArthura na Leyte. Tak doufali, že uvíznou americké vetřelce na Leyte.
Jako MacArthurovi vojáci byli chyceni na Bataanu asi před třemi lety. Nejmocnější ze všech těchto povrchových sil měla překročit Sibujské moře, projít přes úžinu San Bernardino a sestoupit na záliv Leyte ze severu. Další dvě měly vyjít z průlivu Surigao a z jihu zaútočit na útočníky v zálivu Leyte.