V roce 1971, ve snaze odvrátit možnou konfrontaci mezi armádou a lidmi Východního Pákistánu, se 23. března 1971 Khan společně s dalšími pákistánskými politiky setkal se šejkem Mujiburem Rahmanem. Nabídli Mujeebovi podporu při formování vlády, ale bylo již příliš pozdě na to, aby se vyhnul slepé uličce, protože Yahya Khan se již rozhodl pro plnohodnotný vojenský zásah. Rostoucí zranitelnost Pákistánu a rozšířené mezinárodní pobouření proti vojenskému zásahu nakonec vytvořily situaci, která vedla k válce.
mezi Pákistánem a Indií. Tato válka byla katastrofální a vyvrcholila porážkou pákistánských ozbrojených sil ve východním Pákistánu a vytvořením nového státu Bangladéš. Šokován porážkou, Yahya Khan rezignoval z úřadu a armády. Za generála Gul Hassana Khana byl Zulfikar Ali Bhutto přiveden z Ameriky a jmenován prezidentem.