Zeman vyzval k jednotné ozbrojené operaci proti Islámskému státu (ISIL) pod vedením Rady bezpečnosti OSN. V červnu 2015 Zeman komentoval: "Pokud evropské země přijmou vlnu migrantů, budou mezi nimi teroristické skupiny, před kterými varoval i libyjský ministr. Přijetím migrantů velmi usnadňujeme expanzi Islámského státu do Evropy". Zeman popsal uprchlíky z Blízkého východu, kteří přicházejí do Evropy.
jako "organizovaná invaze". V září 2015 Zeman odmítl návrh Evropské unie na povinné kvóty migrantů a řekl: "Jen budoucnost ukáže, že to byla velká chyba".