Po Notiu se velení obou flotil změnilo. Vzhledem k omezeným funkčním termínům na pozici navarcha byl Lysander nahrazen Kallikratidou; na aténské straně pád Alkibiada také svrhl jeho přátele Thrasybula a Theramena a celkový velení byl dán Cononovi. Během následujícího roku se flotily dvakrát střetly, nejprve v bitvě, kde s dvojnásobkem lodí než Conon, Callicratidas porazil Athéňany a uvěznil je v Mytilene; Athénská pomocná flotila poté rozhodně porazila a zabila Callicratida u Arginusae. Tyto aténské vítězství se však ukázaly jako zbytečné, neboť v roce 405 př. n. l. se Lysander vrátil k neoficiálnímu velení a zničil aténskou flotilu u Aegospotami
, čímž skončila Peloponéská válka se Spartou jako vítězem.