Villeneuveova flotila prošla opravami v Cádizi, krytými rychle sestavenou blokádou britských válečných lodí, původně velených kontradmirálem Cuthbertem Collingwoodem, a od 27. září viceadmirálem Nelsonem, který dorazil z Anglie, aby převzal velení. Následující týdny strávil přípravou a zdokonalováním své taktiky pro očekávanou bitvu a večeří se svými kapitány, aby se ujistil, že pochopili jeho záměry. Nelson vymyslel plán útoku, který předpokládal, že spojenecká flotila se bude formovat v tradiční bojové linii. Z vlastních zkušeností z Nilu a Kodaně a z příkladů Duncana v Camperdownu a Rodneyho v Saintes
Nelson se rozhodl rozdělit svou flotilu na eskadry, spíše než ji utvořit do podobné linie paralelně s nepřítelem. Tyto eskadry pak na několika místech přerušily nepřátelskou linii, což umožnilo vyvinout bitvu, ve které britské lodě mohly přemoci a zničit části formace svých protivníků, než jim nepřátelské lodě mohly přijít na pomoc.