Strach z hrozby od japonského impéria během druhé světové války, tehdy neutrální Spojené státy začaly opevňovat Dutch Harbor v roce 1940, což vedlo k výstavbě Dutch Harbor námořní operační základny a Fort Mears, který byl dokončen zcela do září 1941, tři měsíce před překvapivým útokem na Pearl Harbor, který způsobil, že USA vstoupily do války. Dne 3. června 1942 bylo město napadeno japonskými leteckými silami v bitvě o Dutch Harbor
, součást Aleutských ostrovů kampaně. Po útoku a japonské okupaci ostrovů Kiska a Attu byli téměř všichni domorodí obyvatelé ostrova Amaknak evakuováni. Mnoho z nich bylo po celou dobu války drženo v táborech na jihovýchodě Aljašky v špatných podmínkách; značný počet internovaných zemřel během věznění.