Zbídačené občanskými válkami mezi federalistickými a centralistickými frakcemi, jakož i potyčkami a válkami proti royalistickým městům, byly provincie již koncem roku 1814 v nejistém postavení. To přispělo k tomu, že mnozí v nedávno nezávislých provinciích nikdy odmítli legitimitu Ferdinanda VII. jako svrchovaného krále a že navzdory hnutí za nezávislost byl politický a kulturní život v provinciích do značné míry nezměněn a stále pod mocným vlivem Španělska. Kromě toho byla katolická církev většinou proti nezávislosti. V polovině roku 1815 velká španělská expediční síla
Pablo Morillo dorazil do Nové Granady, což posílilo dřívější rojalistické pokroky Santa Marty. Morillo obléhal Cartagenu v srpnu a nakonec padla o pět měsíců později v prosinci, kdy město utrpělo velké množství civilních obětí v důsledku hladomoru a nemocí. Do 6. května 1816 Morillo a royalisté z jihu dobyli Bogotu, a tak vrátili celou Novou Granadu pod kontrolu royalistů, která trvala až do srpna 1819, kdy síly pod velením Simóna Bolívara znovu dobyly centrální část regionu.