Jako palatín vedl arcivévoda Alexander Leopold zpočátku umírněnou vládu. Po jakobínském spiknutí v roce 1794 však svou politiku změnil, což ho hluboce zklamalo. Cílem tohoto spiknutí bylo učinit Maďarsko nezávislým na habsburské monarchii, s Alexandrem Leopoldem jako jejím králem. Přísně potrestal povstalce a vyměnil umírněné hodnostáře, přijal politiku represe. Téhož roku Tadeusz Kościuszko, který si přál zajistit neutralitu Rakouska během povstání proti císařskému Rusku a pruskému království
, nabídl polskou korunu arcivévodovi Alexandrovi Leopoldovi. Nabídka byla odmítnuta.