Dokončete následující větu: Pinturault nebyl schopen zahájit sezonu v Söldenu v říjnu 2012, protože si při hraní tenisu zranil kotník a musel se na tři měsíce zastavit. V prosinci vyhrál svůj druhý závod Světového poháru v slalomu ve Val-d'Isère, kde nadchnul domácí fanoušky skvělým druhým během pod reflektory, aby se zvedl z šestého místa. Přesvědčivě porazil německého Felixe Neureuthera o půl sekundy a budoucího šampióna Světového poháru Marcela Hirschera, který vedl o 0,57 sekundy po prvním běhu. Pinturaultův třetí vítězství bylo na super-kombinované v Wengen ve Švýcarsku, kde jeho vynikající slalomové dovednosti byly klíčové. Po umístění na 22. místě v sjezdovce skončil o 1,15 sekundy před Ivicí Kosteličem z Chorvatska. Trénink pro sjezdovou část byl jeho první na sjezdových lyžích po měsících, protože zmeškal předsezónní rychlostní trénink po operaci na levém kotníku v srpnu, aby opravil vazové vazby poškozené při hraní tenisu. Pinturault nezískal medaili na mistrovství světa v
2013, ale měl čtyři první šest. O týden později získal čtvrté vítězství na mistrovství světa, své první v obřím slalomu v Garmischu v Německu. Druhý po prvním běhu, Pinturaultův celkový čas byl o 0,60 sekundy před druhým Hirscherem. Dne 15. března byl oceněn jako 2013 Longines Rising Star, jako nejlepší mladý závodník (pod 23) sezony.