Od října 1863 do června 1865 byl Brannan velitelem dělostřelectva v departementu Cumberland, kde dohlížel na obranu Chattanoogy. Byl v bitvě u Missionary Ridge a v kampani v Atlantě, kde se zúčastnil bitvy u Resaca, bitvy u Dallasu a bitvy u Kennesaw Mountain. Byl také u obléhání a kapitulace Atlanty.
- Ne, ne. Byl jmenován generálmajorem jak v pravidelné armádě, tak v dobrovolných silách za statečné a záslužné služby v atlantské kampani a na poli během povstání.