Když v roce 1861 začala občanská válka, Corput vstoupil do armády Konfederace. Byl pověřen jako třetí poručík (1861) v baterii "Cherokee Artillery"; jednotka rekrutovaná z Floydových a Cherokee County. Několik jeho příbuzných se také připojilo k jednotce, jeho bratr Felix byl čtvrtní seržant. Jednotka se vzdala během obléhání Vicksburgu, ale po něm se rychle vrátila na pole. V roce 1864 byl Corput povýšen na kapitána a pověřen velením baterie. V bitvě u Resacy
Jeho čtyři 12librové Napoleony byly zajaty. Corput se stal válečným zajatcem 12. dubna 1865 v Salisbury v Severní Karolíně. Byl vězněm v Camp Chase v Ohiu, dokud nebyl propuštěn na podmínku v říjnu.