Po vypuknutí války s Japonskem se Allen v březnu 1942 vrátil do Austrálie a v srpnu převzal velení nad operacemi proti
Japonci postupují po Kokoda Track. Ačkoli byl úspěšný, Allen se přesto dostal do toho, co mnozí považují za nespravedlivou kritiku od velitele spojeneckých sil v oblasti jihozápadního Tichého oceánu, amerického generála Douglase MacArthura a velitele spojeneckých pozemních sil, australského generála sira Thomase Blameyho, za to, že se příliš pomalu pohyboval při pronásledování Japonců přes Owen Stanley Ranges. Byl zbaven velení 29. října 1942. Následovaly menší jmenování, ale v říjnu 1944 Blamey Allenovi doporučil, aby se stal rytířem velitelem řádu britského impéria, ačkoli Allen nebyl nikdy jmenován.