V roce 1988 se Lebed stal velitelem 106. gardní letecké divize. Se svými vojáky se podílel na potlačení povstání po celém sovětském Kavkazu, v Gruzii (1989
) a Ázerbájdžán (1990), ve kterých odmítl použít brutalitu k potlačení demonstrantů. V roce 1991 získal Lebed hodnost generálmajora a stal se druhým velitelem vzdušných jednotek. Během pokusu o státní převrat sovětskými radikály proti nové ruské vládě v roce 1991 získal slávu tím, že odmítl následovat příkazy vést své síly proti Borisu Jelcinovi v ruském Bílém domě, což přispělo k pádu převratů. Během této doby se Lebed stal soupeřem generála Pavla Gračeva, velitele vzdušných jednotek a budoucího ruského ministra obrany, kvůli tomu, co Lebed považoval za jeho chybné vojenské reformy. Grachev se tak stal jeho hlavním soupeřem. Údajně kvůli Grachevovi se Lebed ocitl v roce 1992 v Moldavsku jako velitel 14. gardní armády. Tam, v konfliktu mezi ruskými a rumunskými frakcemi, zasáhl a využil své pozice k zprostředkování mírové dohody, která také poskytla ochranu etnickým Rusům. Navzdory tomu Lebed zůstal nepřátelský vůči separatistickému vedení, které považoval za zkorumpované a prohlásil, že je "nemocný a unavený z hlídání spánku a bezpečnosti podvodníků". Nicméně zůstal proti rozhodnutí prezidenta Borise Jelcina stáhnout většinu 14. armády z Moldavska, protože se obával, že by to přineslo chaos do regionu.