Když válka začala pro Rumunsko špatně pokračovat na podzim roku 1916, ministerstvo se zapojilo do organizování odporu proti německé okupaci, ničení ropné infrastruktury, potopení zásob obilí v Dunaji a odeslání rumunského pokladu do Moskvy. Když armáda začala ustupovat do Moldavska, Morțun byl obviněn z toho, že se zabýval evakuací materiálu, zejména zásobováním obilím. Byl také kritizován za to, že nepracoval včas na vytvoření sítě informátorů v potenciálně okupovaných oblastech. Opustil vládu hned po bitvě u Bukurešti.
Výsledkem bylo, že hlavní město padlo do rukou centrálních mocností a národní vedení se přestěhovalo do Iași. Během svého následného působení jako předseda shromáždění dohlížel na přijetí reforem ústavy v červnu 1917, které stanovily volební a pozemkovou reformu, a na ratifikaci unie Besarábie s Rumunskem v dubnu 1918. Vlastnil panství v Broșteni v okrese Neamț, mimo Roman; během rolnické vzpoury v roce 1907 dav asi 400 rolníků zničil dům svého židovského nájemce. Sám Morțun, který se dožil vyvlastnění velké části svého majetku, zemřel v Broșteni v roce 1919 a byl pohřben na místě.