Dokončete následující větu: Hardee rezignoval na své pověření v americké armádě 31. ledna 1861, poté, co se jeho rodný stát Georgia odtrhl od Unie. 7. března vstoupil do armády Konfederace jako plukovník a dostal velení nad Forty Morgan a Gaines v Alabamě. Následně byl povýšen na brigádního generála (17. června) a generálmajora (7 října). 10. října 1862 se stal jedním z prvních konfederačních generálů. Jeho prvním úkolem jako generála bylo zorganizovat brigádu Arkansaských pluků a zapůsobil na své muže a kolegy důstojníky tím, že vyřešil obtížné problémy s zásobováním a důkladným výcvikem, který dal své brigádě. Přijal svou přezdívku "Starý spolehlivý", zatímco s tímto velením. Hardee působil v Arkansasu, dokud nebyl povolán, aby se připojil k armádě generála Alberta Sidneyho Johnstona ve středním Kentucky jako velitel sboru. Johnston by se stáhnout z Kentucky a Tennessee, do Mississippi, před zahájením překvapivý útok na
Bitva u Shiloh na jaře roku 1862. Hardee byl zraněn v ruce 6. dubna 1862 během prvního dne bitvy. Johnston byl zabit v Shiloh a Hardeeho sbor se připojil k armádě Tennessee generála Braxtona Bragg před obležením Corinth, Mississippi, dokud velitel oddělení P.G.T. Beauregard nevyhodil město a neodstoupil do Tupela. Beauregard byl nahrazen Braggem, který následně přestěhoval svou armádu do Chattanoogy, než se vydal do své ofenzívy Heartland Confederate do Kentucky. Tato kampaň skončila bitvou u Perryville v říjnu 1862, kde Hardee velel levému křídlu Braggovy armády.