Dne 14. září 1944 byla provedena stíhací operace proti Aparri, Luzon, po níž se plavila na východ od Luzonu, aby neutralizovala zařízení na východě před
invazní přistání na Leyte. Dne 15. září byla Franklin napadena třemi nepřátelskými letadly, z nichž jedna zasáhla bombou, která zasáhla zadní venkovní roh výtahu na palubě, zabila tři muže a zranila 22.