V roce 2007 na EuroBasket Giannakis vedl Řecko na čtvrtém místě. Na letních olympijských hrách v Pekingu 2008
, vedl Řecko na páté místo. V prosinci 2008 ukončil Giannakis svou funkci hlavního trenéra staršího národního týmu Řecka. V této roli ho nahradil Jonas Kazlauskas.