Během války sloužil jako velitel zbrojnictva v armádě Potomacu, v armádě Ohia a v armádě Cumberlandu. Byl vyznamenán v bitvě u Fort Pulaski, v bitvě u Chickamauga, v bitvě u Wilderness a v druhé bitvě u Ream's Station.
(New Market Heights). Dne 26. června 1902 nebo 8. července 1902 obdržel Porter Medaili cti za bitvu u Chickamauga, jak je uvedeno níže. V posledním roce války sloužil ve štábu generála Ulysse S. Granta, později napsal živé paměti z této zkušenosti, "Campaigning With Grant" (1897).