Od ledna 2016 je Filatov hlavním trenérem ruského mužského národního šachového týmu. Tým získal bronzovou medaili na 42. šachové olympiádě v Baku v září 2016, stříbrnou medaili v týmovém šampionátu v Chanty-Mansijsk v červnu 2017, bronzovou medaili na 43. šachové olympiádě
v říjnu 2018 v Batumi a zlatou medaili na mistrovství světa v týmech v Astaně v březnu 2019.