S vypuknutím druhé světové války v Evropě zvýšila SSRNVR nábor převážně domorodých pracovníků do síly, aby posílila místní obranu, protože byly v Evropě zapotřebí zdroje královského námořnictva. Členové SSRNVR byli povoláni k aktivní službě a síla byla rozšířena členy Malajské sekce královského námořnictva. To tvořilo základ námořnictva v Malajsii, nazývaného Malajské námořnictvo, obsluhované domorodými malajskými pracovníky. (Stejně tak byli Malajci rekrutováni do mladého Malajského pluku vytvořeného v roce 1936). Malajské námořnictvo mělo sílu 400 mužů, kteří absolvovali výcvik na HMS Pelandok, výcvikové základně královského námořnictva v Malajsii. Rekrutování se zvýšilo a v roce 1941, když vypukla válka v Asii, malajské námořnictvo mělo sílu 1450 mužů. Během druhé světové války sloužilo malajské námořnictvo se spojeneckými silami v indickém a tichomořském divadle operací. Když válka skončila japonskou kapitulací
V roce 1945, jen 600 členů malajského námořnictva se hlásilo k výběru. Po válečných ekonomických omezeních došlo k rozpuštění malajského námořnictva v roce 1947.