Dokončete následující větu: 15. srpna 1945 Japonci
kapituloval před spojeneckými silami. O dva dny později bylo vyhlášeno vyhlášení nezávislosti Indonésie. Maluku bylo prohlášeno za jednu z provincií Indonéské republiky. Nicméně, formace a pozice Maluku v té době byla nucena probíhat v Jakartě, protože jakmile se Japonci vzdali, Nizozemská indická civilní správa (NICA) okamžitě vstoupila na Maluku, aby převzala kontrolu. Nizozemsko kontrolovalo Maluku až do roku 1949, kdy v dohodách nizozemské konferenční konference o kulatém stole nizozemské Indonésie nizozemci uznali suverenitu Indonésie. Nizozemci brzy opustili Maluku. Vzhledem k hluboké nedůvěře indonéskému vedení, které bylo převážně javanským muslimem, byla v roce 1951 v Ambonu vyhlášena nezávislá Republika jižních Moluk (Indonésky: RMS, Republik Maluku Selatan), podporovaná Holanďany. RMS měla silnou podporu mezi bývalými koloniálními vojáky na Molukách. V důsledku toho indonéské síly napadly Maluku, aby rozdrtily separatisty. Hlavní pevnost povstalecké skupiny RMS na ostrově Ambon byla v listopadu 1950 poražena indonéskými silami, zatímco menší partyzánský boj pokračoval na ostrově Seram až do roku 1962. Porážka na Ambonu však vyústila v útěk samozvané vlády RMS z ostrovů a vytvoření vlády v exilu v Nizozemsku. Následující rok odcestovalo asi 12.000 molukských vojáků spolu se svými rodinami do Nizozemska, kde založili vládu v exilu, nazvanou "Republika jižních Moluk".