Přestože Mulholland později prohlásil, že v bitvě u Gettysburgu 2. července 1863 osobně převzal velení nad 140. pěchotou Pensylvánie a vedl ji do akce, tato skutečnost není zmíněna ani v jeho oficiální zprávě o bitvě, ani v zprávě podplukovníka velitele 140. Když byl 116. regiment na počátku roku 1864 navrácen k plné síle, byl povýšen na plukovníka. Byl zraněn podruhé v bitvě o divočinu, 5. května 1864. U řeky Po byl zraněn potřetí, ale zůstal v nemocnici jen deset dní. Znovu převzal velení a byl znovu nebezpečně zraněn v bitvě u Totopotomoy Creek.
- Ne, ne. Rychle se uzdravil a velel své brigádě ve všech akcích kolem Petrohradu, zvláště se vyznačil tím, že vtrhl do pevnosti na Boydton Plank Road. Mulholland byl vyřazen ze služby 3. června 1865.