V F1, po jeho slibném začátku v předchozím roce, byl rok 1966 pro Stewarta špatným rokem; 3-litrové H16 BRM byly nespolehlivé, ačkoli Stewart vyhrál Velkou cenu Monaka v voze s 2-litrovým motorem. Nejdůležitější událostí toho roku byla jeho nehoda na Velké ceně Belgie.
v Spa-Francorchamps, což vyvolalo jeho kampaň na zlepšení bezpečnosti ve F1 a způsobilo, že zmeškal Velkou cenu Francie v Reims.