V 13. století se mongolský vůdce Čingischán, kdysi vazal Jurčínů, vzbouřil proti dynastii Jin. V následném mongolském dobytí dynastie Jin
, kočovní útočníci se vyhýbali přímým útokům na Jinské opevnění. Místo toho, když mohli, Mongolové jednoduše jezdili kolem zdí; účinným příkladem této taktiky je rok 1211, kdy obcházeli podstatnou pevnost v Zhangjiakou a způsobili strašlivou porážku armádám Jin v bitvě u Yehuling. Mongolové také využili přetrvávajícího odporu Liao vůči Jinům; Khitanští obránci posádek podél zdí Jin, jako například v Gubeikou, často raději kapitulovali Mongolům, než aby s nimi bojovali. Jediná významná bitva podél hlavní linie Velké zdi se odehrála u těžce bráněného průsmyku Juyong: namísto obléhání, mongolský generál Jebe lákal obránce do léčky a pronikl otevřenými branami. V roce 1215 obléhal, zajal a vyrazil hlavní město Jin, Yanjing (dnešní Peking). Jinská dynastie se nakonec zhroutila po obléhání Caizhou v roce 1234. Západní Xia již padla v roce 1227 a Jižní Song odolal Mongolům až do roku 1279.