V roce 1863 bojoval nový pluk v bitvě u Grand Golfu.
, bitva u Champion Hill, bitva u mostu Big Black River a obléhání Vicksburgu, kde byl regiment zajat jako součást kapitulace Konfederace. Muži z pluku pak prošli výměnou zajatců a znovu se připojili k armádě Konfederace, stále pod označením 1. a 4. Missouriho pěšího pluku (Společný). V roce 1864 byl pluk zapojen do bitvy u New Hope Church, bitvy u Kennesaw Mountain, obléhání Atlanty, bitvy u Allatoona a bitvy u Franklina. Dne 9. května 1865, v blízkosti konce války, se 1. a 4. Missouri Infanterie (Consolidated) vzdali v bitvě u Fortu Blakely, čímž ukončila existenci jednotky.