Když se však Řecko dostalo do občanské války, sultán požádal o pomoc svého nejsilnějšího poddaného, egyptského Muhammada Aliho. Řečtí vojáci, kteří byli sužováni vnitřními spory a finančními potížemi s udržováním flotily v neustálé pohotovosti, se nepodařilo zabránit dobytí a zničení Kasosu a Psary v roce 1824 nebo vylodění egyptské armády u Modonu. Navzdory vítězstvím u Samosu a Gerontasy byla revoluce ohrožena kolapsem až do zásahu velmocí v bitvě u Navarina.
V roce 1827. Tam byla egyptsko-osmanská flotila rozhodně poražena kombinovanými flotilami Británie, Francie a Ruského impéria, což účinně zajistilo nezávislost Řecka.