Truman požádal členy Rooseveltovy vlády, aby zůstali na svých místech a řekl jim, že je otevřen jejich radám. Zdůraznil základní zásadu své vlády: on bude rozhodovat a oni ho budou podporovat. Během druhé světové války, kdy se blížila invaze do Japonska, schválil plán, podle něhož by byly na japonskou pevninu vrženy dvě atomové bomby, aby se zabránilo nákladné invazi. Podle vojenských odhadů by invaze na Japonsko mohla trvat rok a vyústit v 250.000 až 500.000 amerických obětí. Spojené státy bombardovaly Hirošimu 6. srpna a Nagasaki o tři dny později, přičemž zemřelo 105 000 lidí. Sovětský svaz vyhlásil válku Japonsku 9. srpna a napadl Mandžusku.
- Ne, ne. Japonsko souhlasilo s kapitulací následující den. Truman řekl, že útok na Japonsko atomovými bombami zachránil mnoho životů na obou stranách. S koncem druhé světové války Truman zavedl Marshallův plán. Kromě primárek a kampaně v roce 1948 se Truman zabýval berlínskou blokádou, která je považována za první velkou diplomatickou krizi studené války. Během jeho prezidentství poklesl Trumanův rating z 80% na začátku roku 1945 na 30% na začátku roku 1947. Volby v polovině funkčního období v roce 1946 znepokojily Trumana, když republikáni získali kontrolu nad oběma komorami Kongresu poprvé od 20. let 20. století. V roce 1947 Truman řekl svému tajemníkovi obrany Jamesovi Forrestalovi, že kromě odměny za službu nenašel ve funkci prezidenta mnoho uspokojení.