Následující sekvence DNA řetězců tvořících cílovou strukturu jsou navrženy výpočetně pomocí molekulárního modelování a termodynamického modelovacího softwaru. Samotné nukleové kyseliny jsou poté syntetizovány pomocí standardních metod syntézy oligonukleotidů, obvykle automatizovaných v oligonukleotidovém syntetizátoru, a řetězce vlastních sekvencí jsou komerčně dostupné. Řetězce mohou být čištěny denaturační gelovou elektroforézou, je-li to nutné, a přesné koncentrace určeny pomocí některé z několika kvantových metod nukleové kyseliny pomocí ultrafialové absorpční spektroskopie. Plně vytvořené cílové struktury mohou být ověřeny pomocí nativní gelové elektroforézy, která poskytuje informace o velikosti a tvaru komplexních nukleových kyselin.
zda struktura obsahuje všechny požadované vlákna