Jakmile v roce 1861 začala americká občanská válka, konfederační síly použily kopuli Windsorského sídla jako pozorovací plošinu a signální stanici. Na jaře roku 1863, jako součást své kampaně Vicksburg, Ulysses S. Grant a 17.000 vojáků Unie přistál v přístavu Bruinsburg a převzal kontrolu nad Windsor sídlem. Po bitvě u Port Gibson
V roce 1864 byl dům využíván vojsky Unie jako nemocnice a jako pozorovací stanice. Rodině Daniellových bylo dovoleno žít ve třetím patře zámku během okupace Unie.