V září 2006 papež Benedikt XVI. přednesl projev o otázce "rozumnosti" křesťanské víry na univerzitě v Regensburgu v Německu. V Regensburské přednášce
Mluvil o racionalitě víry a citoval komentáře byzantského císaře Manuela II. Paleologa, který, jak řekl papež, řekl: "Ukažte mi, co Mohamed přinesl nového, a tam najdete věci jen zlé a nelidské, jako například jeho příkaz šířit mečem víru, kterou kázal". Tato citace vyvolala kritiku muslimů po celém světě, včetně pákistánského parlamentu, který papeže za jeho komentáře odsoudil a požádal ho o omluvu. Po tomto projevu vedl Choudary 17. září protest před Westminsterskou katedrálou, kde novinářům řekl: "Kdokoli uráží poselství Mohameda, bude potrestán smrtí". Metropolitní policie vyšetřovala jeho komentáře, ale dospěla k závěru, že během demonstrace nebyly spáchány "žádné podstatné trestné činy". Stínový ministr vnitra David Davis, který vyzval k přijetí opatření proti Choudaryovi, řekl: "Je to docela hanebné. Posílá to poselství muslimským extremistům, že my, jako země, nemáme morální odvahu postavit se jim". Nicméně, existují tvrzení, že Choudary UK policejní orgány měly při mnoha příležitostech dostatečné důkazy k provedení zatčení. Bylo jim to zabráněno, protože byl klíčový pro vyšetřování prováděné britskými bezpečnostními službami.