Dne 13. července 2011 bylo oznámeno, že Jonathan opustí Santos, aby trénoval s obry Serie A Inter Milánem, dokud nebude dokončen transfer. O dva dny později, 15. července, se oficiálně stal hráčem Interu a podepsal čtyřletou smlouvu. Jonathan debutoval v Interu 11. září 2011 ve druhém týdnu sezony 2011/12 v Serie A.
, hrál celých 90 minut ve 4-3 prohře proti Palermu. O tři dny později Jonathan debutoval v Ligě mistrů a odehrál celý zápas v prvním zápase proti tureckému týmu Trabzonspor ve ztrátě 0:01 na San Siru.