V listopadu 1576 Španělé vyplienili
a spálil Antverpy - v podstatě ukončil svou nadřazenost jako obchodní centrum a nejbohatší město Evropy - a Plantin musel zaplatit nesmírně vysoké výkupné, aby ochránil své tiskárny. Založil pobočku své firmy v Paříži. V roce 1583 hledali holandští státníci typografa pro nově založenou univerzitu v Leidenu. Plantin se tam přestěhoval poté, co své značně omezené podnikání v Antverpách zanechal svým zetům Johnu Moerentorfovi a Fransi van Ravelingenovi (Raphelengiusovi). Plantin zanechal svůj lejdenský úřad Raphelengiovi a vrátil se do Antverp, když se stala více osídlenou, po jejím dobytí knížetem z Parmy v roce 1585. Plantin pracoval v Antverpách až do své smrti.