Pomocný manažer Jimmy Murphy převzal funkci manažera, zatímco Busby se zotavil z zranění a prozatímní strana klubu se dostala do finále FA Cupu, ve kterém prohráli s Boltonem Wanderers. Jako uznání pro tragédii týmu, UEFA pozvala klub, aby soutěžil v Evropském poháru 1958/59 spolu s eventuálními šampiony ligy Wolverhampton Wanderers. Navzdory souhlasu fotbalové asociace se fotbalová liga rozhodla, že klub by se neměl účastnit soutěže, protože se nekvalifikoval. Busby znovu vybudoval tým v 60. letech tím, že podepsal hráče jako Denis Law a Pat Crerand, kteří se spojili s další generací mladých hráčů, včetně George Best, aby vyhráli FA Cup v roce 1963. Následující sezónu skončili na druhém místě v lize, pak vyhráli titul v letech 1965 a 1967. V roce 1968 se Manchester United stal prvním anglickým (a druhým britským) klubem, který vyhrál Evropský pohár, porazil Benfiku 4-1 ve finále s týmem, který obsahoval tři evropské fotbalisty roku: Bobbyho Charltona, Denise Lawa a George Best. Poté reprezentovali Evropu v mezikontinentálním poháru v roce 1968.
Proti Estudiantes z Argentiny, ale prohrál remízu poté, co prohrál první etapu v Buenos Aires, před remízou 1:1 na Old Trafford o tři týdny později. Busby odstoupil jako manažer v roce 1969, než byl nahrazen trenérem rezervního týmu, bývalým hráčem Manchesteru United Wilfem McGuinnessem.