Napíšeš pokračování tohoto odstavce - Blízko konce června 1861 se Hotchkiss přihlásil jako konfederační kamionista, aby přinesl zásoby Churchvillské kavalerii v Rich Mountain v Západní Virginii. Hotchkiss nabídl své služby jako kartograf brigádnímu generálu Richardu B. Garnettovi, jehož konfederační brigáda působila v západní Virginii. Hotchkiss sloužil na Rich Mountain a vytvořil mapy pro plánovanou kampaň generála Roberta E. Leeho v horách. Vzal si krátkou lékařskou dovolenou poté, co byl postižen tyfusem, ale vrátil se do služby v březnu 1862 jako hlavní topografický inženýr Valley District, podřízený generálmajorovi Stonewall Jacksonovi. Po počáteční porážce v bitvě u Kernstownu během jeho kampaně v údolí v roce 1862
Dne 26. března 1862 Jackson zavolal Hotchkisse do svého velitelství v Narrow Passage poblíž Woodstocku a nařídil mu, aby "udělal mapu údolí od Harper's Ferry do Lexingtonu, která by ukázala všechna místa útoku a obrany [sic] na těchto místech". Hotchkiss okamžitě doporučil, aby Jacksonova linie na Stony Creek u Woodstocku byla nebránitelná a že by se Jackson měl stáhnout na Rude's Hill, obranný malý předměstí jižně od Mt. Jacksonová. V Rude's Hill Jackson reorganizoval své velení pro zbytek své úspěšné kampaně v roce 1862 v údolí Shenandoah.