Johnson začal sezónu 2016 dobře, když v prvních deseti soutěžích skončil šestkrát v první desítce. Po dvou závěrech mimo první desítku se dostal blízko k vítězství v Memorial Tournament, skončil jeden výstřel za eventuálním vítězem Williamem McGirtem. O týden později skončil v první desítce v FedEx St. Jude Classic. Johnson vyhrál US Open 2016
19. června 2016 získal svůj první titul v 29. turnaji. Vítězství však bylo zahaleno kontroverzí, protože Johnson dostal trest za jeden výstřel poté, co jeho poslední kolo skončilo kvůli incidentu na pátém greenu. Když se připravoval na to, že míč dostane na par putt, jeho míč se lehce pohnul. Johnson odešel a řekl, že se k míči nepostavil. Poté, co mluvil s úředníkem na místě, bylo mu řečeno, aby pokračoval ve střelu, který úspěšně odpálil. Nakonec vyhrál o tři údery před Shane Lowry, Scottem Piercym a Jimem Furykem. Incident s pohybujícím se míčem vyvolal rozhořčení mezi mnoha špičkovými golfisty světa s hráči, jako jsou Jordan Spieth, Rory McIlroy, Rickie Fowler a Webb Simpson, kteří kritizovali USGA za jeho rozhodnutí na sociálních médiích. Johnson se po tomto vítězství posunul o tři pozice na třetí místo v OWGR.