V říjnu 1944 byla 3. flotila označena jako "Severní síla" v plánu tří sil k porážce
Spojenecká invaze na Filipíny. Nákladní lodě 3. flotily byly zbaveny všech letadel kromě 108 a byly vyslány, aby odlákali americkou flotilu od ochrany lodí přistávajících s vojáky. Dne 25. až 26. října, čelit velké síly, která zahrnovala deset letadlových lodí USN, s 600 až 1 000 letadly, 3. flotila ztratila 4 letadlové lodě, jeden lehký křižník a jeden torpédoborec v bitvě u mysu Engaño. Třetí flotila skutečně přestala existovat a byla oficiálně rozpuštěna 15. prosince 1944.