V létě roku 1981 se 28-letý Filipović připojil k současnému portugalskému šampionovi S.L. Benficce, kde v následujících třech sezónách vstřelil 28 gólů v 54 ligových zápasech. Zoran Filipović také vedl klub Benfica k
1983 UEFA Cup Final proti R.S.C. Anderlecht, byl nejlepším střelcem soutěže té sezóny a zaznamenal památné góly pro Portugalce ve čtvrtfinále proti AS Roma a v semifinále proti Universitatea Craiova.