V roce 1861, při vypuknutí americké občanské války, Twitchell nastoupil do 1. roty 4. vermontské pěchoty. Poté, co pluk dorazil do Washingtonu, D.C., aby vykonával hlídkovou službu a dokončil výcvik v přípravě na boj, byl Twitchell přidělen jako jeho sekretář. Byl povýšen na desátníka, seržanta a prvního seržanta. V roce 1862 se zúčastnil obléhání Yorktownu a byl třikrát zraněn v bitvě u Lee's Mill, ale žádný z nich nebyl vážný. Zúčastnil se dalších bojů s 4. vermontskou, včetně bitvy u Savage's Station
a Sedmidenní bitvy.