Do 2. února 1944 bylo obléhání Leningradu u konce a sovětské jednotky byly na hranici s Estonskem. Po neúspěšném průlomu
, Sověti zahájili Tartu ofenzivu dne 10. srpna a pobaltskou ofenzivu dne 14. září s jednotkami v celkové výši 1,5 milionu. Vrchní velitelství německé armády vydala 16. září operaci Aster, při níž by estonské síly kryly německé stažení. Brzy po sovětské opětovné okupaci estonského hlavního města Tallinnu bylo prvním úkolem NKVD zastavit každého, kdo utíká ze země; nicméně mnoho uprchlíků uniklo do Švédska nebo Finska, zejména estonských Švédů, kteří žili v pobřežním Estonsku od dnů dánského a švédského Estonska. NKVD se také zaměřila na členy Národního výboru Estonské republiky. Estonské lesní bratři (založené v roce 1941) se zpočátku během sovětské opětovné okupace udržovaly na nízké úrovni. Den VE 1945 nepřinesl obnovení nezávislosti Estonska a Lesní bratři pak obnovili svou kampaň zabíjení sovětských vysokých ozbrojených sil a důstojníků NKVD.