V roce 1996 se Johnson vrátil do Baltimoru jako manažer Orioles na tříletou smlouvu za 2,25 milionu dolarů. Orioles měli 71-73 v předchozím roce, ale tým měl slibný talent, aby šel s budoucími členy Hall of Fame Cal Ripken, Jr., Mike Mussina, Eddie Murray a Roberto Alomar. Tým skončil 88-74, čtyři hry za New York Yankees v AL East, ale bylo to dost dobré pro Wild Card o tři hry. Byl to první výlet Orioles do postseason od vítězství v World Series v roce 1983. Orioles se setkali s Cleveland Indians v Division Series, obhájícím šampionem American League, který vyhrál 99 zápasů, nejlepší v majorech té sezóny. Orioles vyhráli první dva zápasy předtím, než Cleveland vyhrál čtvrtý zápas a byli jen jeden inning od dalšího, než se Orioles vrátili s Alomarovým singlem s dvěma RBI, a on jim dal vedení ve 12. vítězství na homerunu, který přinesl Baltimore
Mistrovství proti New York Yankees. Orioles vedli zápas 1 4-3 v sedmém iningu, než byl flyball Derek Jeter nezákonně chycen přes plot fanouškem Jeffrey Maierem přes Tonyho Tarasca, který zápas vyrovnal. Yankees vyhráli zápas v jedenáctém inningu a zatímco Orioles se vrátili k vítězství ve druhém zápase, Yankees pak vyhráli další tři; ve třetím zápase Orioles v osmé inningu předstihli, což změnilo vedení 2-1 v porážku 5-2, zatímco Yankees v osmém zápase ve čtvrtém zápase zaznamenali tři běhy, aby otevřeli rozhodnutí 8-4, zatímco ve pátém zápase Yankees zaznamenali všechny běhy, které potřebovali ve třetím inningu pro rozhodující 6-4.