Po jeho impozantním vystoupení v Argentinos Juniors v Copa Libertadores 1985 pozval argentinský trenér Carlos Bilardo Batistu do přátelského zápasu proti Mexiku 14. listopadu 1985 ve hře, která skončila remízou 1<unk>1. S blížícím se mistrovstvím světa FIFA 1986 se Batista rychle stal prvním hráčem v argentinském národním fotbalovém týmu. Navzdory jeho omezeným mezinárodním zkušenostem hrál každý turnajový zápas, Argentina vyhrála. Batista hrál v roce 1987 na Copa América.
, 1989 Copa América a 1990 FIFA World Cup, v němž Argentina skončila na druhém místě.