Po uvedení do provozu byla loď přidělena do čtvrté letadlové divize 1. letecké flotily pod velením kontradmirála Kakuji Kakuta. Byla pověřena podporovat operaci AL, plánovaný útok na několik Aleutských ostrovů, aby poskytla předběžné varování v případě amerického útoku z Aleutských ostrovů na Kurilské ostrovy, zatímco hlavní část americké flotily byla obsazena obranou Midway. "Jun'yō" měla na palubě 18 A6M2 Zero a 18 D3A pro tuto operaci. Za úsvitu 3. června vypustila devět Zero a tucet D3A k útoku na Dutch Harbor.
na ostrově Unalaska. Museli se vrátit kvůli špatnému počasí, i když americký průzkumný letoun PBY Catalina byl sestřelen Zero. Druhý nálet byl zahájen později v den, aby napadl skupinu torpédoborců objevených letadly z prvního útoku, ale nepodařilo se jim najít cíle. Další letecký útok byl zahájen následující den dvěma letadlovými loděmi, které se skládaly z 15 Zero, 11 D3A a 6 B5N a úspěšně bombardovaly Dutch Harbor. Když se letadla z "Jun'yō" po útoku přeskupila, byla napadena osmi stíhačkami Curtiss P-40, které sestřelily 2 Zero a pár D3A a přišly o 2 své vlastní. Další D3A se ztratil a nedokázal se vrátit na loď. Krátce po vypuštění letadel Američané zaútočili na letadlové lodě, ale nepodařilo se jim způsobit žádné škody. Martin B-26 Marauder a PBY byly sestřeleny Zero, a Boeing B-17 Flying Fortress byl sestřelen protiletadlem během útoku.