Facchetti strávil celou svou profesionální kariéru s Interem, později kapitánem týmu, po Armandu Picchi, Mario Corso a Sandro Mazzole, během jeho poslední sezóny s klubem, mezi lety 1977-1978. Se svým klubem Facchetti vyhrál čtyři scudetti v letech 1963, 1965, 1966 a 1971; jeden italský pohár v roce 1978; dva evropské poháry v letech 1964 a 1965; a dva interkontinentální poháry v roce 1964
a 1965. Vzhledem k jeho výkonům pro Inter, Facchetti také těsně zmeškal příležitost stát se prvním obráncem, který vyhrál Zlatý míč, umístil se na druhém místě v roce 1965, poté, co těsně zmeškal sezónu s trojnásobným vítězstvím s Interem v tomto roce; Inter vyhrál Serie A a Evropský pohár, ale byl poražen v finále Coppa Italia v roce 1965 Juventusem. Facchettiho 59 gólů v Serie A z něj dělá nejplodnějšího obránce v historii italské ligy.