Dokončete následující větu: Bourdais testoval značně pro tým Toro Rosso během zimy, i když si nebyl jistý jízdou do nového roku. Dne 6. února 2009 byl ovšem potvrzen jako řidič Toro Rosso na druhý rok, jako partner švýcarského nováčka Sébastiena Buemiho. Navzdory dvěma bodovým závodům v roce na Velké ceně Austrálie a v Monaku se Bourdais snažil vyrovnat svého méně zkušeného spoluhráče. V
Spain Bourdais zasáhl Buemiho auto, když se pole pokoušelo vyhnout se Jarno Trulliho v prvním kole, což ukončilo závod pro oba jezdce. Na Velké ceně Velké Británie se Bourdais srazil s jezdcem McLarenu Heikkim Kovalainenem, což opět ukončilo závod pro oba. Na Velké ceně Německa utrpěl mechanickou poruchu po kvalifikaci poslední o více než sekundu.