Během japonské okupace Nizozemské Východní Indie se v Medanu konal nábor důstojníků japonského císařského námořnictva (IJN). Nasution se připojil k náborovému programu a absolvoval námořní vzdělání v Bandungu a Kjótu. Nakonec dostal hodnost poručíka a stal se v roce 1944 kormidelníkem na lodi Haraokamaru. Účastnil se pacifického divadla a bojoval proti americkým silám v kampani na Šalomounových ostrovech.
a na Filipínách. Během námořní bitvy na Filipínách byla jeho loď zasažena a zapálila se. Nasution byl zraněn a málem zemřel.