V 80. letech minulého století byl v Jugoslávii rozmach cestovního ruchu. Národní park Plitvická jezera se brzy stal jednou z nejoblíbenějších turistických atrakcí Jugoslávie. Začátek 90. let však znamenal další velký obrat v historii tohoto národního parku. V březnu 1991 se stal scénou Plitvických jezer Incident
(také nazývaná "Krvavá Velikonoce v Plitvicích"), první ozbrojená konfrontace chorvatské války za nezávislost, která vyústila ve smrtelné ztráty. Park byl během konfliktu držen místními srbskými povstalci podporovanými Slobodánem Miloševičem a Jugoslávskou lidovou armádou (JNA) jako součást samozvané "Republice srbské Krajiny" a utrpěl v průběhu konfliktu určitou škodu, přičemž hotely a další zařízení byly použity jako kasárny. Během období pod kontrolou srbských sil loajálních k Bělehradu byli Chorvaté systematicky etnicky vyčištěni z regionu. V srpnu 1995 byla oblast znovu dobyta chorvatskou armádou během operace Bouře a většina srbského obyvatelstva byla vyhoštěna.