Na začátku občanské války byl jmenován kapitánem 10. pěchoty Indiana a za méně než měsíc byl povýšen na plukovníka. Velel brigádě v armádě Ohia v bitvě u Mill Springs v roce 1862 a 24. března 1862 byl povýšen na brigádního generála na základě svých akcí. Generál Manson byl zraněn v stehně a zajat konfederačními silami v bitvě u Richmondu v Kentucky. O dva měsíce později byl vyměněn a bojoval s Morganem při jeho nájezdu do Ohia. Během dvou měsíců Manson postoupil z brigády na divizi a pak na velení XXIII sboru. Vedl sbor během kampaně v Knoxville a viděl akci na Campbellově stanici a v Knoxville. Generál Manson se vrátil k velení brigády v armádě Ohia během Atlanta kampaně a byl vážně zraněn v bitvě u Resaca
Georgii.