Dne 13. července 2011 bylo oznámeno, že Jonathan opustí Santos, aby trénoval s obry Serie A Interem v Miláně, dokud nebude dokončen transfer. O dva dny později, 15. července, se oficiálně stal hráčem Interu a podepsal čtyřletou smlouvu. Jonathan debutoval v Interu 11. září 2011 ve druhém týdnu sezony.
2011<unk>12 Serie A, hrál celých 90 minut v prohře 4<unk>3 proti Palermu. O tři dny později Jonathan debutoval v Ligě mistrů a odehrál celý zápas v prvním zápase proti tureckému týmu Trabzonspor ve ztrátě 0:01 na San Siru.