Jakovlev se vrátil do Ústředního výboru, pracoval na ideologii a propagandě a vydal několik antiamerických knih. Obhajoval disertační práci zabývající se historiografií americké zahraniční politiky a v červenci 1960 obdržel titul kandidat nauk, což je ekvivalent doktorátu. V červenci 1965 byl jmenován Leonidem Brežněvem prvním zástupcem vedoucího oddělení propagandy Ústředního výboru CPSU. V srpnu 1968 byl Jakovlev vyslán do Prahy jako zástupce Ústředního výboru CPSU a byl svědkem vstupu tanků do města.
- Ne, ne. Později se vyslovil proti odstranění Dubčeka. Ve stejném roce byl jmenován velitelem skupiny pověřené přípravou nové ústavy. Jakovlev působil jako redaktor několika stranických publikací a v letech 1969 až 1973 se dostal na klíčovou pozici vedoucího oddělení ideologie a propagandy KSSS. V lednu 1970 znovu navštívil USA a setkal se s Ronaldem Reaganem, Henry Kissingerem a Jane Fondou, kteří ho varovali, že Moskva "neocení plné nebezpečí amerického militarismu". Tento výlet opět nezměnil jeho nepříznivý dojem z USA.