Kiyomizu-dera byla založena na počátku období Heian. Chrám byl založen v roce 778 Sakanoue no Tamuramaro a jeho současné budovy byly postaveny v roce 1633 na příkaz Tokugawa Iemitsu. V celé struktuře není použit jediný hřebík. Vezme své jméno z vodopádu v rámci komplexu, který teče z blízkých kopců. Kiyomizu znamená čistá voda nebo čistá voda. Původně byl spojen se starou a vlivnou sektou Hossō z doby Nara. Nicméně, v roce 1965 přerušil tuto příslušnost a její současní správci se nazývají členy sekty "Kitahossō".
V roce 1965