Napíšeš pokračování tohoto odstavce - Byla pojmenována po tetě své matky ze strany otce, císařovně Eleonorě, která byla také její kmotrou. Manželství Eleonorových rodičů bylo uzavřeno za účelem posílení nároků Neversské větve domu Gonzaga na vévodství Mantua a Montferrat, když hlavní linie zanikne. Vévoda z Neveru, vazal francouzského království, musel čelit opozici Ferranta II. Gonzaga, vévody z Guastalla, který počítal s podporou Svaté říše římské, Španělského království a vévodství Savoje, a tak zahájil válku o mantovské dědictví.
, během kterého kojenec Eleonora s rodiči a starším bratrem Karlem opustí Mantuu, ale vrátí se o rok později po podpisu smlouvy z Cherasca (19. června 1631), podle níž byla uznána práva vévody Karla z Neveru na vévodství z Mantuy (jako nejbližší mužský příbuzný zaniklé hlavní linie rodu Gonzaga) a Montferrat (v důsledku manželství jeho dědice s Marií Gonzaga, posledním přeživším potomkem hlavní linie Gonzaga a dědičkou tohoto vévodství, které bylo prokazatelně dědičné ženami, protože Gonzagas ho získali manželstvím s Margherita Paleologa v roce 1540); nicméně o měsíc později (30 srpna 1631), Eleonorův otec zemřel na tuberkulózu a začala se řada politických konfliktů mezi vévodou Karlem a její snachou, které skončily vyhnáním Margaret (Mariiny matky Savoy) z Mantuy.