Jeho otec, také pojmenovaný Isaac Newton, zemřel tři měsíce předtím. Předčasně narozený, Newton byl malé dítě; jeho matka Hannah Ayscoughly uvedla, že by se mohl vejít do hrnku. Když Newtonovi bylo tři roky, jeho matka se znovu provdala a odešla žít se svým novým manželem, reverendem Barnabášem Smithem, zanechala svého syna na péči matčiny matky, Margery Ayscough. Jeho otci se nelíbil a udržoval si nepřátelství vůči jeho matce, protože se s ním oženil, jak se ukázalo, jako s dvanácti studenty z Woolsthorpe Manor v Woolsthorpe-by-Colsterworth, vesnici v hrabství Lincolnshire. Jeho otec, také pojmenovaný Isaac Newton, zemřel před třemi měsíci.
Přesvědčil svou matku, aby ho poslala zpátky do školy.