Během sezóny 2009/10 debutovala Agafonová v sérii Junior Grand Prix (JGP). V Německu získala bronzovou medaili a v Polsku se umístila na šestém místě. Vyhrála zlato na ruských juniorských národních soutěžích.
a byla poslána soutěžit na juniorské světové soutěži, Agafonova získala bronzovou medaili v této události.