Když v červenci 1936 vypukla španělská občanská válka, Juan Guilloto se zúčastnil útoku na Cuartel de la Montaña a bitvy u Guadarramy bojoval v pohoří Guadarrama. Byl jedním z vůdců Pátého pluku, který se stal jeho velitelem od října 1936. Bojoval v Talavere de la Reina.
, Santa Olalla a Illescas (září 1936), obrana Madridu a druhá bitva na Corunna Road, stejně jako v bitvě u Jaramy (únor 1937).