Od roku 1983 do roku 1993 se Arafat usadil v Tunisku a začal posouvat svůj přístup od otevřeného konfliktu s Izraelci k vyjednávání. V roce 1988 uznal právo Izraele na existenci a usiloval o řešení izraelsko-palestinského konfliktu na základě dvou států. V roce 1994 se vrátil do Palestiny, usadil se v Gaze a prosazoval samosprávu palestinských území. Zapojil se do řady jednání s izraelskou vládou, aby ukončil konflikt mezi ní a PLO. Mezi ně patřila Madridská konference v roce 1991
, dohody z Osla z roku 1993 a summit v Camp Davidu v roce 2000. V roce 1994 obdržel Arafat Nobelovu cenu míru společně s Yitzhakem Rabinem a Šimonem Peresem za jednání v Oslu. V té době podpora Fatahu mezi Palestinci klesla s růstem Hamásu a dalších militantních soupeřů. Na konci roku 2004, poté, co byl izraelskou armádou více než dva roky uzavřen ve svém areálu v Ramalláhu, spadl Arafat do kómatu a zemřel. Zatímco příčina Arafatovy smrti zůstává předmětem spekulací, vyšetřování ruských a francouzských týmů zjistilo, že se nejedná o žádnou hru.