Většina ostrovů je součástí ekosystému deštných pralesů na Šalamounových ostrovech, který zahrnuje také ostrovy Bougainville a Buka; tyto lesy jsou pod tlakem lesnických činností. Santa Cruzovy ostrovy jsou součástí ekosystému deštných pralesů Vanuatu spolu s sousedním souostrovím Vanuatu. Kvalita půdy se pohybuje od extrémně bohatých sopečných (existují sopky s různým stupněm aktivity na některých větších ostrovech) až po poměrně neplodné vápence. Více než 230 druhů orchidejí a dalších tropických květin rozjasňuje krajinu. Na ostrovech jsou vzácní savci, přičemž jedinými suchozemskými savci jsou malí netopýři a netopýři.
Dva.