Po zajištění Okinawy se 3. flotila soustředila na operace proti samotnému Japonsku. Od 10. do 29. července 1945 podpořila Merrimack nájezdy ohromné síly na japonské cíle, které urychlily konec války. Po kapitulaci Japonska
15. srpna 1945 podnikl Merrimack několik plaveb mezi západním pobřežím Spojených států a východní Asií, přinášející ropu pro lodě podporující okupaci Japonska a operující podél pobřeží Číny a Koreje. Byla přidělena k vojenské námořní dopravní službě (MSTS) v říjnu 1949, krátce před zahájením předinactivační opravy. "Merrimack" byla vyřazena z provozu dne 8. února 1950 a vstoupila do rezervní flotily Atlantiku v Orange v Texasu.