Byl nahrazen u Ferrari rakouským Gerhardem Bergerem a přestěhoval se do McLarenu jako řidič číslo dvě za dvojnásobným a vládnoucím světovým šampiónem Alainem Prostem. McLaren nebyl v roce 1987 tak konkurenceschopný jako v letech 1984-1986 s Prostem, který přidal pouze tři vítězství (a překonal rekord 27 vítězství v Grand Prix, který držel Jackie Stewart s jeho 28. vítězstvím v Portugalsku) a nepodařilo se mu úspěšně obhájit šampionát řidičů. Další pódiové umístění následovalo pro Švéda a Johansson skončil šestý v šampionátu jezdců. Pozice Stefana Johanssona v McLarenu byla mnoha považována za stopa od šéfa týmu Rona Dennise, který se nepodařilo přilákat Ayrtona Sennu z Lotusu, protože měl smlouvu do konce roku 1987 a vždy měl v úmyslu podepsat brazilce. Johansson slavně dokončil Velkou cenu Německa v roce 1987 na třech kolech, když měl v posledním kole propíchnutí. Také skončil druhý za Prostem v Belgii a přidal další pódium v Brazílii.
, Španělsko a Japonsko. Navzdory 11 pódií ve třech sezónách, Johansson byl stále bez vítězství a nebyl požadován špičkovým týmem (doufal, že se připojí k Williams v roce 1988 jako náhrada za odcházejícího světového šampiona roku 1987 Nelsona Piqueta, ale Williams místo toho podepsal Riccarda Patrese). V roce 1991 se vrátil do McLarenu jako testovací řidič, kde testoval motor Honda V12 na Suzukě v Japonsku.