Založitel Choshutského chánátu Güshi Khan svrhl prince z Tsangu a učinil z 5. dalajlámy nejvyšší duchovní a politickou autoritu v Tibetu, který v roce 1642 založil režim známý jako Ganden Phodrang. Dzungarský khanát pod vedením Tsewang Rabtana v roce 1717 napadl Tibet, svrhl pretendenta na pozici dalajlámu Lha-bzang Khana, posledního vládce Khoshutského khanátu, a zabil Lha-bzang Khana a celou jeho rodinu. V reakci na to, expedice
Poslán císařem Kangxi z dynastie Qing, spolu s tibetskými silami pod vedením Polhané Sönam Topgyé z Tsangu a Kangchennas (také hláskovaný Gangchenney), guvernér západního Tibetu, vyhnal Dzungary z Tibetu v roce 1720 jako patrony Khoshutů a osvoboditelé Tibetu od Dzungarů. Tím začala administrativní vláda Čchingů v Tibetu, která trvala až do pádu dynastie Čchingů v roce 1912, ačkoli region si zachoval určitý stupeň politické autonomii pod vládou dalajlámů. Císaři Čching jmenovali do Tibetu císařské obyvatele známé jako Ambans, kteří velel více než 2000 vojákům umístěným v Lhasě a podávali zprávy Lifan Yuanovi.