V roce 1936 byl reorganizován generální štáb armády. V letech 1940-1941, během řecko-italské války
a následné německé invazi do Řecka, generální štáb armády sloužil jako jádro nad generálním velitelstvím pod bývalým náčelníkem generálního štábu armády, generálporučíkem Alexandrem Papagosem. Po okupaci Řecka mocnostmi Osy byly řecké ozbrojené síly obnoveny na Středním východě řeckou vládou v exilu spolu s základním generálním štábem armády.