Pardo debutoval v reprezentaci Mexika v roce 1996 v turnaji U.S. Cup proti USA. Od té doby Pardo několikrát kapitánoval své zemi a po mnoho let hrál důležitou roli pro národní tým, pomáhal své zemi vyhrát 1998
a turnaje Zlatého poháru CONCACAF 2003 a Pohár konfederací FIFA 1999. Hrál ve Francii 98, stejně jako v Copa América 1997 a 1999 a v zmíněném Puze konfederací 2005 a Světovém poháru 2006.