Ve své vojenské kariéře byl Humala také zapojen do dvou hlavních perujských konfliktů za posledních 20 let, bitvy
proti povstalecké organizaci Shining Path a válce Cenepa v roce 1995 s Ekvádorem. V roce 1992 sloužil Humala v Tingo María v boji proti pozůstatkům Zářící stezky a v roce 1995 sloužil ve válce Cenepa na hranici s Ekvádorem.