Většina těch, kteří byli zabiti během bitvy, byla pohřbena na moři. Později byly Nelsonovy ostatky převezeny do Anglie, kde byl pohřben v kryptě v katedrále sv. Pavla. Zranění z bitvy byli převezeni do Gibraltaru; ti, kteří později zemřeli na zranění, byli pohřbeni na hřbitově St. Mnoho hrobů na Trafalgarském hřbitově představuje oběti tří epidemií žluté zimnice. Tyto epidemie v Gibraltaru byly nejzávažnější v letech 1804, 1813 a 1814. Na Trafalgarském hřbitově jsou také pohřbeni námořníci, kteří zemřeli v jiných bitvách francouzské revoluční a napoleonské války, včetně první bitvy u Algeciras
v roce 1801 a konflikty u Cádiz a Málaga v letech 1810 a 1812, respektive.