Píše pokračování tohoto odstavce - Prkačin byl členem juniorského národního týmu Chorvatska do 22 let. Jeho debut na velkém turnaji se starším chorvatským národním týmem se uskutečnil na EuroBasket 1997. Poté hrál s Chorvatskem na následujících hlavních turnajích FIBA: EuroBasket 1999, EuroBasket 2001, EuroBasket 2003, EuroBasket 2005 a EuroBasket 2007. Zastupoval také Chorvatsko na Letních olympijských hrách 2008.
a Eurobasket 2009. Prkačin byl dvakrát kapitánem týmu Chorvatska.