Do 18. století se snížená produkce stříbra a ekonomická diverzifikace výrazně snížily královské příjmy. V reakci na to Koruna přijala reformy Bourbonů, řadu dekretů, které zvýšily daně a rozděli místopravnost. Tyto nové zákony vyvolaly vzpouru Túpaca Amaru II.
A další vzpoury, které byly potlačeny. Výsledkem těchto a dalších změn bylo, že Španělé a jejich kreolští nástupci získali kontrolu nad půdou a zmocnili se mnoha nejlepších zemí, které byly opuštěny masivním vylidňováním domorodců. Nicméně Španělé neodolali portugalské expanzi Brazílie přes meridián. Smlouva z Tordesillas ztratila význam mezi lety 1580 a 1640, když Španělsko kontrolovalo Portugalsko. Potřeba usnadnit komunikaci a obchod se Španělskem vedla k rozdělení místodržitelství a vytvoření nových místodržitelství Nové Granady a Rio de la Plata na úkor území, která tvořila místodržitelství Peru; to snížilo moc, význam a význam Limy jako místodržitelského hlavního města a přesunulo lukrativní andský obchod do Buenos Aires a Bogoty, zatímco pád těžební a textilní výroby urychlil postupný úpadek místodržitelství Peru.