V roce 1878 působil jako architekt indické sekce a obchodní agent pro indickou vládu na Pařížské výstavě. V roce 1880 uspořádal Clarke indické sbírky v Jižním Kensingtonu, což vedlo k tomu, že převzal pozici zvláštního komisaře v Indii a poté se v roce 1883 stal správcem Indického muzea v Jižním Kensingtonu. Mezi jeho akvizice patřily Hamzanama folie, rané mogulské ilustrace epických dobrodružství Hamzy od severních indických a íránských umělců. Kupoval také současné řemesla, architektonické dřevěné práce a kresby. V roce 1892 byl Clarke jmenován dozorcem uměleckých sbírek, v roce 1893 byl povýšen na zástupce ředitele a nakonec se stal ředitelem v roce 1896. Během svého působení jako ředitel také zastával funkci královského komisaře na pařížské výstavě v roce 1900 a v St.
V roce 1904. V roce 1905 odstoupil z South Kensington Museum (přejmenovaný v roce 1899 na Victoria and Albert Museum).