V sezóně 2016/17 se Frankfurtu podařilo skončit v polovině tabulky na 11. pozici, stejně jako zejména dosáhnout finále DFB-Pokal 2017
, první finále klubu od roku 2006, kdy Frankfurt prohrál 1<unk>2 proti Borussii Dortmund. V sezóně 2017/2018 se frankfurtský tým soutěžil o místo v evropské soutěži pro následující sezónu. Kovač typicky používal 3<unk>4<unk>2<unk>1 formaci s důrazem na defenzivní stabilitu a křídlovou hru. Vzal Frankfurt do finále DFB-Pokal 2018, což bylo druhé v pořadí pro klub, kde porazil svého budoucího zaměstnavatele, Bayern Mnichov. Tímto vítězstvím Kovač přivedl Frankfurt k první trofeji od roku 1988. V 91 zápasech vyhrál 38 zápasů, 20 zápasů bylo remízou a 33 zápasů prohrál. Jeho nástupcem se stal Adi Hütter.