Haller bojoval proti Seminole Indiánům na Floridě v letech 1840-1841 a později sloužil s vyznamenáním v Monterrey,
Veracruz, a další bitvy během Mexiko-americké války, důstojník ve stejném pluku jako Ulysses S. Grant. Vyznamenal se v bitvě u Churubusca, kde se podílel na útoku na Molino del Rey. V roce 1852 byl Haller povýšen na majora a v roce 1853 byl přeložen do Washingtonu, umístěn ve Fort Dalles v Oregonu se 4. pěší jednotkou. Zúčastnil se severozápadních indiánských válek v letech 1855-56 a hraniční krize v prasečí válce na ostrovech San Juan mezi Spojenými státy a Velkou Británií v roce 1859.