V roce 1953 je komunistická vláda odsoudila "in absentia" za "nezákonnou dovolenou" v zahraničí. V roce 1956 ho režim pozval zpět "s sliby svobody dělat cokoliv jsem chtěl", řekl Kubelík, ale odmítl pozvání. V roce 1957 Kubelík v dopise pro "The Times" uvedl, že bude vážně uvažovat o návratu, až budou propuštěni všichni političtí vězni v zemi a všichni emigranti dostanou tolik svobody, kolik by měl on. V roce 1966 byl režimem znovu pozván, ale opět odmítl; v roce 1968, poté, co byla pražská jaro ukončena sovětskou invazí
, organizoval mezinárodní bojkot, kterému se zúčastnilo mnoho významných klasických umělců Západu.