Po začlenění flotily Virginie do námořnictva Konfederace byl Barron jmenován velitelem a 10. června byl jmenován šéfem Úřadu rozkazů a podrobností. Barron zůstal v tomto postavení až do 20. července, kdy konfederační tajemník námořnictva Stephen R. Mallory souhlasil s Barronovou žádostí, aby byl přidělen jako velitel pobřežní obrany Virginie a Severní Karolíny, což je důležitý přístav pro konfederační koripéře sídlící v Pamlico Sound. Při příjezdu do svého velitelství ve Fort Hatteras dne 28. srpna, Barron velel obraně obou pevností
Hatteras a Clark proti důstojníkovi Silasovi H. Stringhamovi během bitvy u Hatteras Inlet 28. až 29. srpna. Barron byl zajat po kapitulaci obou pevností. Koná se ve Fort Columbus na Governors Island v přístavu v New Yorku, pak ve Ft. Warren, bostonský přístav, Barron byl nakonec propuštěn během výměny vězňů následujícího roku.