Zároveň odmítnutí Portugalska se zavázat k kontinentálnímu systému a neschopnost Španělska ho udržet vedla k poloostrovní válce a vypuknutí války páté koalice. Francouzi okupovali Španělsko a vytvořili španělské klientské království, čímž ukončili spojenectví mezi oběma zeměmi. Brzy následovalo intenzivní britské zapojení na Iberském poloostrově, zatímco britské úsilí dobýt Antverpy selhalo. Napoleon dohlížel na situaci v Iberii, porazil Španěly
, a vyhnání Britů z poloostrova. Rakousko, které chtělo získat zpět území ztracené během války třetí koalice, napadlo francouzské klientské státy ve východní Evropě. Napoleon porazil pátou koalici u Wagramu.