Dokončete následující větu: 29. září 1938 byl Thomas odvolán do aktivní služby a připojil se k posádce bitevní lodi. 13. srpna 1939 nastoupil na křižník, kde sloužil, když vypukla druhá světová válka. Dne 27. června 1940 byl povýšen na velitele. Poté, co ho potopili Italové v
Po nájezdu na Souda Bay byl přidělen na HMS "Nil", pobřežní základnu Královského námořnictva v Egyptě, a sloužil ve štábu vrchního velitele středomořské flotily. 10. září 1941 se podruhé oženil s Mary Fedorou Douglas-Watsonovou, pianistkou a skladatelkou. Byla vdovou kolegy námořního důstojníka, velitele Francise Douglas-Watsona, a dcerou bývalého australského senátora Anthonyho St Ledgera.