V roce 1991 byl Batistuta vybrán, aby hrál za Argentinu na Copa América, která se konala v Chile, kde dokončil turnaj jako nejlepší střelce se šesti góly, když Argentina vyhrála. Následující rok vyhrál s Argentinou Pohár konfederací FIFA a skončil jako nejlepší střelec turnaje. V roce 1993 hrál Batistuta ve své druhé Copa América
, tentokrát se konalo v Ekvádoru, který Argentina vyhrála s Batistutou, který vstřelil oba góly ve vítězství nad Mexikem ve finále 2: 1.