Po dvou docela úspěšných sezónách bez playoffů, v polovině sezóny v roce 2004 Astros trápí. Před sezónou Astros přidali hvězdné nadhazovače Andyho Pettittea a Rogera Clemense do týmu, který již zahrnoval hvězdy jako Lance Berkman a Jeff Kent, stejně jako jádro Bagwella a Biggia. Rychle se stali jedním z favoritů na vítězství v National League. Nicméně, na All-Star Break, oni byli 44<unk>44 z velké části kvůli neschopnosti skóre běží, a špatný záznam v 1-run hry. Poté, co byl na All-Star Game 2004 v Minute Maid Parku vykopán, zatímco sloužil jako trenér pro National League, byl Williams propuštěn a nahrazen Philem Garnerem, který byl hvězdou vítěze druhé divize Astros v roce 1986. Ačkoli mnoho lidí bylo velmi skeptických vůči Garnerovi, který měl průměrný rekord ve svých předchozích manažerských úkolech v Milwaukee a Detroitu, s pouze jednou vítěznou sezónou na každé zastávce (v roce 1992), tým reagoval na Garnera, který vedl tým k 46-26 v druhé polovině a Wild Card National League. Vyhráli svou první play-off sérii v osmi pokusech, porazili Braves v pěti zápasech National League Division Series a postoupili do National League Championship Series.
Už potřetí. Nicméně, prohráli proti St. Louis Cardinals ve sedmi zápasech, nejvíce dramaticky na walk-off home run od Jima Edmondse v 12. inningu hry 6.