Po jeho prodeji Marlinů, Henry vedl nákup Boston Red Sox s partnery Tomem Wernerem a New York Times Company od Yawkey Trustu vedeného Johnem Harringtonem. Henry, jako hlavní majitel a Werner, jako předseda, shromáždili front office tým vedený Larry Lucchinem s výslovným cílem "zlomit kletbu Bambina". Najal také baseballového průkopníka Bill Jamese, jehož práce se stala široce známou po vydání "Moneyball" v roce 2003. Henry dosáhl svého cíle v mistrovství v roce 2004 World Series, proti jeho bývalé dětství oblíbené Cardinals, a porazil Cardinals znovu v roce 2013. Tým také vyhrál Světovou sérii v roce 2007 proti franšíze, s níž měl Henry před expanzí zapojení, Rockies, a Světovou sérii v roce 2018.
proti Dodgerům. Henry je také zodpovědný za záchranu Fenway Parku od demoliční koule. Předchozí majitelé Red Sox plánovali vybudovat nový Fenway Park vedle, ale Henry se rozhodl udržet a zrenovovat (včetně nových sedadel nad Green Monster) současný Fenway Park, který oslavil své století v roce 2012.