Malajské námořnictvo bylo reaktivováno 24. prosince 1948 při vypuknutí Malajské nouze.
, komunisticky inspirované povstalecké války proti britské koloniální vládě. Malajské námořní síly (MNF) byla vydána 4. března 1949 koloniálními úřady a byla založena na bývalé rozhlasové základně Královského letectva ve Woodlands v Singapuru. Základna se nazývala "MNF Barracks", ale později byla přejmenována na HMS "Malaya". Královská námořní dobrovolnická rezerva (RNVR) byla obnovena jako společná síla zahrnující singapurskou divizi a federační divizi na základě nařízení přijatého v Singapuru v roce 1952. Hlavním posláním malajských námořních sil (MNF) byly pobřežní hlídky, aby zastavily komunisty, kteří dostávali zásoby z moře. Kromě toho byla jednotka pověřena ochranou přístupu do Singapuru a dalších přístavů. MNF byla vybavena lodí HMS "Test", která byla používána jako cvičná loď. Do roku 1950 se flotila MNF rozšířila o bývalou japonskou minovou loď HMS "Laburnum", tankovou loď (LCT) HMS "Pelandok" ("Mousedeer"), motorové rybářské plavidlo HMS "Panglima" ("Marshal"), torpédové záchranné plavidlo HMS "Simbang" a několik námořních obranných motorových startů (SDML). V srpnu 1952 udělila královna Alžběta II. titul "Královské malajské námořnictvo" malajské námořní síle v uznání její vynikající služby v akci během malajské nouze.