Po Fort Donelsonu byla 41. Illinois přidělena k 1. brigádě ve 4. divizi armády Tennessee Stephena A. Hurlbuta. Krátce po začátku bojů v bitvě u Šilohu
Williams byl těžce zraněn a velení brigády bylo předáno Pughovi. Plukovník Pugh dovedně vedl brigádu během dvou dnů bojů u Shiloh v okolí "Krvavého jezírka".