Brzy poté začal Caodaismus přitahovat pozornost různých politických aktérů kvůli svým povstaleckým myšlenkám, které nakonec viděly, že některé z jeho frakcí se účastnily ozbrojeného povstání proti Francouzům, Japoncům a komunistům až do padesátých let. V důsledku toho bylo náboženství demilitarizováno, jeho vůdci byli uvězněni a následovníci potlačeni různými politickými režimy, což přispělo k poklesu jeho vlivu ve společnosti. Když komunistické síly získaly úplnou kontrolu po pádu Saigonu,
V roce 1975 se náboženské pronásledování kaodaistů zintenzivnilo a náboženství bylo oficiálně zakázáno. Vzhledem k tomu, že hlavní Tây Ninh Svatý stolec a další místa byla hluboce militarizována a jejich vnější náboženské praktiky byly zakázány, téměř se zdá, že náboženství by zmizelo bez následné generace vůdců, kteří by ho vedli. Mnozí z jejích následovníků se ukryli, aby přežili, zatímco jiní hledali útočiště v zahraničí před náboženským pronásledováním, čímž vytvořili diasporové komunity v zemích po celém světě. Po období ekonomické reformy v 90. letech 20. století byl kaodaismus schopen vzkřísit svou veřejnou přítomnost opětovným otevřením svých chrámů, protože náboženská přítomnost získala státní legitimitu. Nicméně, kontroverzní seance je dodnes zakázána.