Po sporných íránských prezidentských volbách v červnu 2009
Obama odsoudil zásah íránské vlády proti íránské opozici Zeleného hnutí, skupině prodemokratických demonstrantů. Dne 15. června 2009 uspořádali příznivci Mussavího největší protesty od revoluce v roce 1979. Obama prohlásil: "Respektujeme íránskou suverenitu a chceme se vyhnout tomu, aby Spojené státy byly problémem uvnitř Íránu, ale jsem hluboce znepokojen násilím, které jsem viděl v televizi. Myslím, že demokratický proces - svoboda projevu, schopnost lidí mírumilovně nesouhlasit - to vše jsou univerzální hodnoty a musí být respektovány". Po dalším násilí zaměřeném na protestující Obama prohlásil: "Spojené státy a mezinárodní společenství jsou zděšeny a pobouřeny hrozbami, bitím a uvězněním posledních několika dní" a vydaly silné odsouzení "těchto nespravedlivých činů". Někteří kritici, včetně jeho soupeře v prezidentské kampani v roce 2012, Mitta Romneyho, obvinili Obamu, že měl udělat více pro podporu Zeleného hnutí. Jiní nesouhlasili s tím a uvedli, že Zelené hnutí nepotřebuje ani nechce přímou zahraniční podporu, a tvrdili, že přímá americká podpora íránské opozice by pravděpodobně "podkopala její důvěryhodnost a možná by dokonce dala důvěryhodnost vládnímu tvrzení, že hnutí je zahraničně inspirovaný spiknutí, které připraví Írán o jeho nezávislost".