Město získalo strategický význam během Tudorova dobývání Irska a bylo často napadáno. Během povstání O'Dohertyho v roce 1608 byl napadnut sirem Cahirem O'Doherty, irským náčelníkem Inishowen, který spálil velkou část města.
a zabil guvernéra George Pauleta. Voják a státník Sir Henry Docwra vynaložil velké úsilí na rozvoj města a získal si pověst "zakladatele Derry", ale byl obviněn z toho, že nezabránil útoku O'Dohertyho, a vrátil se do Anglie.