16. července 1942 byl Kofman zatčen Vichyskou policií během rafle du Vélodrome d'Hiver.
, spolu s asi 13 000 dalšími Židy, a přestěhoval se do internačního tábora Drancy čekat na deportaci. Podle jeho dcery Sáry se její otec o zatčení dozvěděl prostřednictvím pomluv a odešel z domova velmi brzy, aby varoval ostatní Židy před nebezpečím, než se vrátil domů, připraven obětovat se pro svou rodinu. Byl zatčen ve čtyři odpoledne. Jeho rodina, která ho už nikdy neviděla, obdržela pohlednici, napsanou někým jiným, z tábora v Drancy. Dne 29. července 1942 byl deportován konvojem č. 12 do Osvětimi. Po válce, byl poslán úmrtní list z Osvětimi. Podle svědectví přeživšího z Osvětimi v této době, byl rabín Kofman v táboře po dobu jednoho roku před jeho vraždou Kapo na Šabat, protože odmítl pracovat. Byl zbit pikou a pohřben zaživa. Pachatel zločinu, židovský řezník, se vrátil z deportace a znovu otevřel svůj obchod, Rue des Rosiers, v Pletzl.