V důsledku porážky první Lisabonské smlouvy v referendu byl Mullen jmenován do podvýboru pro evropské záležitosti, který měl vyšetřit politickou slepou uličku. Mullen nesouhlasil s závěrečnou zprávou podvýboru a uvedl, že podvýbor nebral vážně potenciální střety mezi právem EU a irským ústavním právem v sociálně-etických otázkách. Mullen navrhl, aby byla Lisabonská smlouva přijatá referendum právně závaznými zárukami, které by měly být připojeny k Smlouvě znovu potvrzující suverenitu s ohledem na ústavní postoj Irska k právu na život nenarozených dětí, rodině, vzdělání a náboženství. Navrhl také, aby evropské právo i ústava Irska zahrnuly takové meze, aby se v budoucnu zabránilo "překročení pravomocí". Návrh týkající se právně závazných záruk byl nakonec přijat irskou vládou v rámci jednání s EU v rámci přípravy druhého pokusu o referendum. V době druhého lisabonského referenda
vláda zajistila záruky, ale v rámci plebiscitu nebyla navržena žádná jiná ústavní změna. Lisabonská smlouva byla přijatá při druhém hlasování hlasy 67,1% ve prospěch a 32,9% proti.