Na začátku druhé světové války byla Protée přidělena k 3. ponorkové divizi, se sídlem v Toulonu, spolu se svými sestry, a. Na začátku února 1940 byla 3. ponorková divize krátce přeložena do Casablanky, aby prováděla dohled nad Kanárskými ostrovy, kde byla přítomna několik německých nákladních lodí. Podmořská divize byla poté přidělena do Středozemního moře 12. dubna, nejprve v Bizerte, pak bez "Fresnel" v Bejrútu, pod vedením britského vrchního velitele v Alexandrii. "Protée" se zúčastnila několika hlídek na Dodekanesech až do podpisu příměří mezi Francií a Německem.
22. června 1940. Dne 25. června, kdy vstoupilo v platnost příměří, kapitán "Protée" ignoroval rozkaz vrátit se do Bejrútu a místo toho vyplul do Alexandrie, kde se stal součástí Síly X. Kapitán byl za tento incident potrestán.