V červnu 1992 se Avila připojil k Floridským Marlinům jako zástupce ředitele pro Latinskou Ameriku. Po dvou sezónách u Marlinů byl povýšen na ředitele latinských operací. Pod vedením Avily, Marlins podepsal
1997 NLCS a World Series MVP Liván Hernández, během Floridy World Series běhu.