Po zastavení v Šanghaji Gordon navštívil čínské venkovské oblasti a byl zděšen zvěrstvy páchanými Taipingy proti místním rolníkům, napsal své rodině, že by rád rozdrtil tuto "krutou" armádu svou "přítomností", která zabíjela bez slitování. Do Tianjinu dorazil v září 1860. Byl přítomen při dobývání Pekingu a při zničení Letního paláce. Gordon souhlasil s lordem Elginem, že poté, co čínské úřady zavraždily skupinu britských a francouzských důstojníků, kteří cestovali pod bílou vlajkou, aby se dohodli, že odveta je v pořádku, ale nazval pálení Letního paláce "vandálským" a informoval svou sestru v dopise, "že to způsobilo bolest srdce" ho spálit. Anglo-francouzské síly zůstaly v severní Číně až do dubna 1862, poté pod velením generála Charlese Williama Dunbara Staveleyho se stáhly do Šanghaje, aby ochránily evropské osídlení před povstalci Taiping
Armáda.