Lee se zúčastnil kampaně na poloostrově v roce 1862, zejména během bitvy u Seven Pines 31. května a 1. června, bitvy u Savage Station
29. června během sedmidenní bitvy od 25. června do 1. července a bitvy u Malvern Hill také 1. července. Krátce sloužil v 4. kavalerii Virginie v červenci, byl povýšen na plukovníka dne 9. července a převzal velení dělostřeleckého praporu generála majora Jamese Longstreeta ve stejném měsíci. Pod Longstreetem bojoval Lee v druhé bitvě u Manassasu v srpnu a pak v bitvě u Antietamu 17. září, kde jeho zbraně hrály významnou roli při obraně území poblíž slavného Dunker Church. Následuje shrnutí Leeho zapojení do Sharpsburgu: