Americká občanská válka vypukla v dubnu 1861. Téhož roku se Howell hlásil na palubě parní fregaty, která byla přidělena k severní atlantické blokádní eskadře, aby se zúčastnila blokády Konfederačních států Ameriky. Když byl na palubě "Minnesota", viděl bitvu u Hatteras Inlet Batteries
na Outer Banks v Severní Karolíně 28. a 29. srpna 1861.