Od července 1863 do ledna 1864, když se zotavil z ran, sloužil v štábu guvernéra Ohia Davida Tod a vedl jednotky milice Ohia v reakci na Morganovu nájezdu. Později velel 3. brigádě 4. divize XXIII sboru v Kentucky a Tennessee a zúčastnil se Shermanovy kampaně v Atlantě v bitvách u Rocky Face Ridge a Resaca.
- Ne, ne. Runkle byl čestně odvolán 21. července 1864 a 29. srpna 1864 byl jmenován podplukovníkem v rezervním sboru veteránů, kde do konce války velil 21. pluku.