Duterte obnovil mírové rozhovory s Komunistickou stranou Filipín v roce 2016, ale zrušil všechny jednání v únoru 2017 po útocích a únosu vojáků členy NPA a oficiálně označil CPP-NPA za teroristickou skupinu. Po okupaci Marawi skupinou Maute
Duterte vyhlásil stanné právo na celém ostrově Mindanao, které bylo později prodlouženo o dva roky do roku 2019 ve snaze zajistit pořádek na ostrově. Bitva o Marawi trvala pět měsíců od 23. května do 17. října 2017, den po smrti militantních vůdců Omara Maute a Isnilon Hapilon, přičemž Duterte Marawi prohlásil za "osvobozené od teroristického vlivu".