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1959年藏区骚乱中，第十四世達賴喇嘛出走，十世班禅选择留在西藏，接受了中央人民政府任命的西藏自治区筹备委员会代主任的职务。出于对中华人民共和国在藏区实施改革中产生问题的不满，十世班禅于1962年编写了《七万言书》，对中华人民共和国的西藏政策进行了严厉的挞伐。该报告与国防部长彭德怀《八万言书》一起，被中国共产党中央委员会主席毛泽东定性为“反动派的疯狂反扑”，导致班禅与共產黨关系恶化。1964年，十世班禅出人意外地于一次万余藏人参与的集会中，表示达赖喇嘛是西藏最高领袖，宣扬西藏独立，此后立即被逮捕，被指控为“反人民、反社会主义、蓄谋叛乱”、“最大的反动农奴主之一”被剥夺了一切职务。1966年文化大革命爆发后，十世班禅被批判为“班禅集团”受到迫害入狱。直到1978年平反，在得到时任中国共产党中央委员会副主席邓小平的允许后，十世班禅得以出狱。出狱后，十世班禅被恢复党和国家领导人职务，并在西藏实施了一系列涉及藏族文化、宗教、语言、习俗的重建与改革，得到了许多藏族人的爱戴。