在1861年內戰開始時, 他被紐約國家衛隊司令約翰·F·拉斯本 (John F. Rathbone) 任命為奧爾巴尼倉庫的首席醫護官. 在1862年6月,
隨著波多瑪陸軍及其醫師撤退, 斯溫伯恩留下來照顧數千名受傷的囚犯, 該團體的領導人Stonwall Jackson尊重他的原則立场, 在1864年, 總督Horatio Seymour提名他擔任紐約港的衛生官員, 在1867年, 他被總督魯本芬頓重新提名, 在總共六年, 直到1870年. 儘管州立法機關不願意分配資金, 他仍監督在島<unk>上建造當時最先進的隔離設施,