請繼續閱讀此段 - 庫珀於1863年3月26日被重新任命為肯塔基第4騎兵隊的中校, 在1863年6月4日, 在田納西州的弗蘭克林, 他曾在1864年九月的奇卡穆加戰役中指挥軍團. 柯珀於1864年因為病而回到肯塔基州的列克辛頓. 接著庫珀帶領當地部隊對抗約翰亨特摩根的突擊隊. 他拒絕了摩根要求在1864年6月9日降伏雷克辛頓, 在1865年4月, 他指揮了阿拉巴馬州蒙哥馬利的哨所, 他於1865年8月21日在喬治亞州的麥肯市榮<unk>地退役. 他曾在西洛,科林斯,里士滿,奇卡馬烏加,摩根入侵肯塔基,雷薩卡戰役以及威爾遜入侵蒙哥美利的戰役中獲得戰役榮<unk>. 他於1867年3月2日因在雷薩卡戰役的英勇與卓越服務而獲得陸軍中校和中校的榮<unk>.
在喬治亞州和亞拉巴馬州的蒙哥馬利被俘.