在18世紀, 銀產量下降和經濟多元化大大減少了王室收入. 波爾本改革是一系列增加稅收和分割副王國的法令. 這項新法令引發了圖帕克·阿馬魯二世的叛亂.
其他叛亂也被鎮壓. 接著西班牙人及他們的克里奧爾後繼人<unk>奪了土地, 佔領了原住民大量流亡所遺棄的許多最好的土地. 但西班牙人並沒有抵擋葡萄牙人對巴西的擴張. 在西班牙控制葡萄牙期間, 這使得利馬的權力,地位和重要性降低,並將利潤豐厚的安第斯貿易轉移到布宜諾斯艾利斯和波哥大, 而礦業和<unk>織產業的衰落加快了秘魯副王國的漸進式衰退.