尤其是大城市, 他們很快成為王室官員被推翻後的衝突和領土解體的來源. 在新格拉納達, 主要城市的精英們在支持西班牙政府方面分歧, 在西班牙官員的指揮下, 皇家派系成功掌握了聖馬爾塔,巴拿馬 (當時仍屬於新格拉納達副王國),波帕亞恩和帕斯托的權力, 儘管皇家主義地區在軍事上弱小, 常常遭到"軍政府"的打敗, 這些皇家主義城市中的一些在後來重新征服新格拉納達的軍事行動中成為了關鍵.
這樣的情況, 這樣的分裂阻礙了新格拉納達的統一國家的建立.