在1586年巴托里去世後, 薩摩斯基幫助西吉蒙德三世瓦薩獲得波蘭王位, 在短暫的內戰中與支持哈布斯堡大公馬克西米利安三世的軍隊作戰. 支持西吉斯蒙德的陣營聚集在Zamoyski周圍, 而馬克西米利安得到了Zborowski家族的支持. 薩摩斯基在比奇納戰役中捍衛了克拉科夫並擊敗了馬克西米利安的軍隊.
在1588年. 在這場戰鬥中, 斯拉沃米爾·勒斯涅夫斯基 (Sławomir Leśniewski) 形容這場戰鬥為"波蘭歷史上最重要的戰鬥之一, 也是薩莫伊斯基軍人生涯中最重要的戰鬥之一", 馬克西米利安被俘, 這項提案未能通過塞姆. 只有斯拉夫血統的候選人才有資格獲得波兰王位. 這項計畫甚至可以想像到天主教波蘭,正統派莫斯科和半新教波希米亞之間的聯盟. 這項提案反對親哈布斯堡的政策.