盧塞恩是南方聯邦中最受歡迎的城市之一, 盧塞恩仍以天主教為主的城市, 在1520年以來, 大部分附近的城市成為新教, 在1531年的卡佩爾戰役中, 在這段時間內, 耶穌會在1567年首次來到盧塞恩, 他們的到來得到了米蘭大主教卡洛·波羅梅奧枢機卿的大量支持. 這一區域注定會由蘇黎世,伯恩和巴塞爾等新教城市主宰,
這樣的情況, 盧塞恩在聯邦的前重要地位永遠消失了. 在16世紀和17世紀, 戰爭和流行病逐漸減少,