這座會堂很快成為一個小但充滿活力的猶太社區的中心, 1947年8月印度教與穆斯林之間的宗教分歧使卡拉奇市落入巴基斯坦新穆斯林佔多數的國家, 在1948年以色列獨立宣言後, 穆斯林暴徒攻擊並焚燒了該會堂. 這一段時間, 巴基斯坦各地的猶太人遭到攻擊, 在巴基斯坦的猶太人遭到攻擊的頻率在阿拉伯-以色列戰爭後逐漸增加,
在1948年,1956年,1967年和1973年. 因為猶太人從穆斯林國家逃離, 巴基斯坦的猶太社群在很大程度上離開以色列或印度, 這座教堂於1988年7月17日被拆除,