他從1958年開始被監禁幾次, 在此期間他開始與其他持不同政見人士交往. 瑪爾琴科在1969年出版了他的著作"我的證據" (My Testimony), 這本書在蘇聯內部以"samizdat"的名稱發行有限, 在1968年蘇聯入侵捷克斯洛伐克之前,
總統馬爾琴科寫了一封公開信, 他在1970年代初被釋放, 但在1974年被審訊並被流放到伊爾庫特斯克地區. 在1976年, 馬爾琴科成為莫斯科赫爾辛基集團的創始成員之一, 納森·施查蘭斯基 (Nathan Shcharansky) 在監獄和國內流亡中共度過了約20年的時間, 他對他說:"在尤里·費奧多羅維奇·奧爾洛夫 (Yuri Feodorovich Orlov) 獲釋後, 他絕對是蘇聯首位的良心囚犯".