Imwieled u trabba f'San Diego, California, Prior ingaġġa lil Tom House bħala t-tutur tal-pitching tiegħu fis-sekondarja. Karriera fl-Università ta'l-Kalifornja tan-Nofsinhar, fejn rebaħ il-Premju Golden Spikes, ra lilu jsir wieħed mill-aqwa prospetti fl-MLB draft ta'l-2001, meta kien it-tieni pick ġenerali mill-Cubs. Huwa għamel biss sitt dehriet fil-ligi minuri qabel ma debutta mat-tim fl-2002. Fl-2003, huwa spiċċa fit-tielet post fil-votazzjoni tal-Premju Cy Young tal-Liga Nazzjonali (NL), u kklassifikat fost il-mexxejja b'18 rebħa, medja ta '2.43 imġarrba (ERA), u 245 strikeout. Huwa għen lill-Cubs jirbħu t-titlu ta' NL Central, kien aktar minn Greg Maddux fis-Serje ta' Diviżjoni tal-NL u rebaħ il-Game 2 tas-Serje ta' Kampijonat tal-NL, iżda kien fuq il-mound għall-Game 6 meta
Steve Bartman impedixxa lil Moisés Alou milli jaqbad ballun ta'foul (Bartman kien wieħed minn diversi fannijiet li ppruvaw jaqbdu l-ballun ta'foul li kien ċarament fit-trejlers).