L-Imperu tal-Ġappun invada Maluku kmieni fl-1942 bħala parti mill-Kampanja tiegħu għall-Indji Olandiżi tal-Lvant tat-Tieni Gwerra Dinjija, u ħarab lill-Olandiżi mir-reġjun. Halmahera saret is-sit ta' bażi navali Ġappuniża fil-Bajja ta' Kao. Sentejn wara, il-forzi Amerikani u l-alleati tagħhom bdew il-Battalja ta' Morotai
Fl-1944, il-gżira ġiet bombardata f'Awwissu u ġiet invasa f'Settembru. Il- forzi imperjali Ġappuniżi fuq Morotai baqgħu għaddejjin sal- 1945 imma naqsu milli jeħilsu lill- invasuri Allati. Fl- aħħar parti tal- 1944, 61,000 persuna niżlu fuq Morotai. Żewġ terzi minnhom kienu inġiniera, li malajr stabbilixxew faċilitajiet li kienu jinkludu portijiet u żewġ ajruporti flimkien maʼ ħwienet estensivi taʼ fjuwil. Il-kunsinna formali tat-Tieni Armata Ġappuniża seħħet f'Morotai fid-9 ta 'Settembru 1945. L-aħħar ġappuniż li baqa' lura mill-gwerra, il-Privat Teruo Nakamura (Amis: Attun Palalin), ġie skopert mill-Forza tal-Ajru Indoneżjana fuq Morotai, u rriżenja f'patrulja ta' tfittxija fit-18 ta' Diċembru, 1974.