Doherty beda l-istaġun 2012-13 billi tilef 4<unk>5 lil Stuart Bingham fit-tieni rawnd tal-Wuxi Classic u 3<unk>5 lil Martin Gould fl-ewwel rawnd tal-Australian Goldfields Open. Fl-aħħar ikkompila l-ewwel break uffiċjali ta '147 tal-karriera tiegħu fil-klassifika minuri 2012 Paul Hunter Classic fil-Ġermanja waqt rebħa fl-ewwel rawnd kontra Julian Treiber. Huwa kompla biex jilħaq il-kwarti tal-finali tal-avveniment, u tilef 0<unk>4 minn Mark Selby. Doherty ġie megħleb fil-kwalifika għall-Masters ta 'Shanghai u l-Kampjonat tar-Renju Unit tal-2012 u ma rnexxilux jimxi 'l hinn mir-rawnd wildcard tal-Kampjonat Internazzjonali. Fil-ħames avveniment tat-Torri Ewropew,
L-Open ta 'l-Iskozja, huwa rebaħ lil Luca Brecel u Ryan Day biex jilħaq is-semifinali fejn tilef 2 × 4 kontra Ding Junhui. Doherty ġie eliminat fl-ewwel rawnd tal-Masters Ġermaniżi minn Peter Lines, iżda mbagħad kellu l-aħjar run tiegħu tal-istaġun fil-Welsh Open. Huwa rebaħ lill-kampjonat tad-dinja erba 'darbiet John Higgins 4 × 1 u Tom Ford 4 × 3 biex jasal sal-kwarti tal-finali. Huwa mexxa lil Stuart Bingham b'2 <unk> 0, iżda serje ta 'pots li ma kinux irnexxielhom, raw lil Doherty jitlef il-kunfidenza tiegħu u hu kompla jitlef 3 <unk> 5. Il-mixja tiegħu li ssemmiet hawn fuq għas-semifinali tal-Scottish Open għenetlu biex jispiċċa s-16-il post fuq l-Ordni tal-Merit tal-PTC biex jikkwalifika bħala wieħed mill-aqwa 26 plejer għall-Finali, iżda tilef 2 × 4 lil Kurt Maflin fl-ewwel rawnd. Doherty kważi rnexxielu jirbaħ waħda mill-marki tad-ditta tiegħu kontra Matthew Selt fir-rawnd finali tal-kwalifika tal-Kampjonat Dinji peress li minn 4<unk>9 'l isfel huwa rwieħed b'9<unk>9, iżda tilef il-qafas deċiżiv. Ir-riżultat kien ifisser li dan kien l-ewwel staġun fejn Doherty ma kienx jidher f'xi wieħed mill-avvenimenti tat-Triple Crown tal-snooker. Doherty żied il-klassifika tiegħu b'tmien postijiet matul l-istaġun biex jispiċċa fil-klassifika tan-numru 27 tad-dinja.