Ikteb kompitu għal dan il-paragrafu - Clemens ħareġ mill-irtirar, u ffirma ftehim ta' sena ma' Houston Astros, il-belt fejn ġie adottat, fit-12 ta' Jannar 2004, u ngħaqad mal-ħabib tal-qrib u l-eks sieħeb tat-tim tal-Yankees Andy Pettitte. Fil-5 ta 'Mejju, 2004, Clemens irreġistra l-4137 strikeout tal-karriera tiegħu biex ipoġġih fit-tieni post fuq il-lista ta' l-aħħar wara Nolan Ryan. Huwa kien imsemmi bħala l-istartjar għat-tim tal-All-Star tal-Liga Nazzjonali iżda fl-aħħar mill-aħħar kien il-pitcher li tilef f'dik il-logħba wara li ppermetta sitt run fuq ħames hits, inkluż home run ta 'tliet run lil Alfonso Soriano. Clemens temm l-istaġun b'rekord ta '18 × 4, u ngħata s-seba' Cy Young Award tiegħu, u sar l-akbar plejer li qatt rebaħ il-Cy Young fl-età ta '42 sena. Dan għamel lilu wieħed mis-sitt pitchers li rebħu l-premju fiż-żewġ ligi, flimkien ma 'Gaylord Perry, Pedro Martínez, u Randy Johnson u aktar tard ingħaqad ma' Roy Halladay u Max Scherzer. Clemens kien il-pitcher li tilef għall-Astros fil-Logħba 7 tal-NLCS tal-2004
kontra St. Louis Cardinals, li ħalla 4 runnijiet f'6 innings ta' xogħol. Għalkemm kien jaqtaʼ tajjeb, hu kien għajjien fis-sitt inning, u ċeda l-erbaʼ runjiet kollha.