Fl-1670, hu daħal fit-Trattat ta' Dover, alleanza mal-ewwel qarib tiegħu, is-Sultan Louis XIV ta' Franza. Louis qabel li jgħinlu fit-Tielet Gwerra Anglo-Olandiża u jħallaslu pensjoni, u Charles fil-moħbi wiegħed li jikkonverta waħdu għall-Kattoliċiżmu f'data futura mhux speċifikata. Charles ipprova jintroduċi l-libertà reliġjuża għall-Kattoliċi u d-dissidenti Protestanti bid-Dikjarazzjoni Rjali tiegħu tal-Indulġenza tal-1672, iżda l-Parlament Ingliż ġiegħlu jirtiraha. Fl-1679, ir-rivelazzjonijiet ta' Oates wasslu għal Kriżi ta' Clarendon minkejja li huwa kien favur politika ta' tolleranza reliġjuża. Matul il-kriżi, hu rċieva xi liġi ta' esklużjoni mill-Partiti Kattoliċi li kienu ġew maħruġa wara l-mewt ta' Charles Whig, id-Duka ta'York, Charles Whig u Charles Wiggs, u dak li
il-Kodiċi Clarendon