Ikkompleta l- frażi li ġejja: Meta bdiet il- Gwerra Ċivili fl-1861, Magruder telaq mill- Armata tal- Unjoni biex jaċċetta kummissjoni fil- Konfederazzjoni. Bħala kmandant tal- Armata tal- Peniżola, hu ffortifika l- Peniżola taʼ Virginia u rebaħ il- Battalja taʼ Big Bethel. Fil-Kampanja tal-Peniżola, huwa waqqaf lill-Armata tal-Potomac ta 'McClellan barra minn Yorktown, u ppermetta lill-Maġġur Ġeneral Joseph E. Johnston jasal b'rinforzi, jorganizza ritir, u jiddefendi l-kapitali Konfederata, Richmond. Magruder kien ikkritikat għall-mexxejja tiegħu fil-battalji fil
Stazzjon Savage u Malvern Hill matul il-Battalji ta 'Seven Days. Huwa qatta 'l-bqija tal-gwerra amministra d-Distrett tat-Texas, New Mexico, u Arizona u d-Dipartiment ta' Arkansas; fil-kariga tiegħu, Magruder neħħa l-imblukkar navali fuq Galveston u rkupra l-belt fl-1863.