Ikteb kontinwazzjoni għal dan il-paragrafu - Mat-tifqigħa tat-Tieni Gwerra Dinjija fl-Ewropa, l-SSRNVR żied ir-reklutaġġ ta' persunal prinċipalment indiġenu fil-forza, biex isaħħaħ id-difiżi lokali peress li r-riżorsi tal-Navy Rjali kienu meħtieġa fl-Ewropa. Il-membri tal-SSRNVR ġew imsejħa għad-dmir attiv, u l-forza ġiet miżjuda minn membri tas-Sezzjoni Malay tal-Navy Rjali. Dan kien il-bażi tal-flotta fil-Malaja, imsejħa l-Flotta Maljana, imħaddma minn persunal Maljan indiġenu. (B'mod simili, il-Malay ġew irreklutati fir-Reġiment Malti li kien għadu kemm twaqqaf fl-1936). Il-Flotta Maltija kellha saħħa ta '400 raġel li rċevew it-taħriġ tagħhom fl-HMS Pelandok, l-istabbiliment ta' taħriġ tal-Flotta Rjali fil-Malaja. Ir-reklutaġġ żdied u fl-1941 meta faqqgħet il-gwerra fl-Asja, il-Flotta Maltija kellha saħħa ta' 1,450 raġel. Matul it-Tieni Gwerra Dinjija, il-Flotta Maltija serva mal-Forzi Alleati fit-teatru tal-operazzjonijiet tal-Indja u l-Paċifiku. Meta l-gwerra spiċċat bil-Japanese Surrender
Fl-1945, kien hemm biss 600 persuna tal-Flotta tal-Baħar tal-Malasja li rrappurtaw għall-ġbir. Ir-restrizzjonijiet ekonomiċi ta' wara l-gwerra raw it-tneħħija tal-Flotta tal-Baħar Maltija fl-1947.