Ikteb kontinwazzjoni għal dan il-paragrafu - F'Marzu 1861, Ferguson ġie kkummissjonat bħala kaptan fil-milizzja ta 'South Carolina, wara li ġie maħtur Luwtnant u aide-de-camp għall-Brigadier Ġenerali tal-Armata C.S. P. G. T. Beauregard. Huwa kien wieħed mill-uffiċjali li rċieva l-kunsinna formali tal-Maġġur tal-Armata tal-Istati Uniti Robert Anderson f'Fort Sumter, għolla l-ewwel bandiera tal-Istati Konfederali, u stazzjonat l-ewwel gwardji f'Fort Sumter. Wara l-assedju, hu ntbagħat biex jippreżenta l-ewwel bandiera Konfederali milquta minn sparatura tal-għadu lill-Kungress Provviżorju tal-Istati Konfederali. Huwa kien tenent-kolonel u aide-de-camp għall-Ġenerali Beauregard matul il-Battalja ta'Shiloh
. ħsieb Matul il-Battalja ta' Farmington, kien fit-28 Rġiment tal-Kavallerja tal-Mississippi. Huwa kmandat l-unità waqt li kien qed jiddefendi Vicksburg, u għen biex iwaqqaf l-attakki magħmula mill-Ġenerali Major William T. Sherman u l-Kummodur tal-Istati Uniti David Porter.