Fil-bidu tal-Gwerra Ċivili, Hays reġa' daħal fis-servizz bħala kolonel tas-63rd Pennsylvania Volunteer Infantry Regiment, li kellu wkoll il-grad ta' kaptan fis-16th U.S. Infantry fl-armata regolari sal-lum mill-14 ta' Mejju, 1861. L- irġiel tiegħu kienu jafuh li kien "qalb qawwija bħal lewn". Matul il-Kampanja tal-Peniżola, huwa kien mehmuż mar-reġiment tiegħu mal-ewwel brigata tad-diviżjoni ta 'Kearny tat-III Korp ta' Heintzelman. Huwa ġieled fil-battalji ta' Yorktown, Williamsburg, Seven Pines, Savage's Station
, u Malvern Hill. Fl-aħħar tal-Battalji tas-Seba 'Jiem, ġie maħtur tenent kolonel brevet fl-armata regolari għall-gallantrija fl-azzjoni, peress li Hays kien idderieġa karga ta' bayonet bir-reġiment tiegħu fil-linji tal-għadu biex ikopri l-irtirar tal-brigata tiegħu. Hays mar fuq leave tal-mard għal żmien qasir xahar wara, li kien ibati minn għama parzjali u paraliżi tal-id tax-xellug tiegħu, feriti li ġarrab mill-battalja.