Ikkompleta l-frażi li ġejja: Cooper ġie kkummissjonat mill-ġdid bħala luwtnant-kolonel tal-4 Kavallerja ta 'Kentucky fis-26 ta' Marzu 1863 u sar il-kolonel tagħha f'April; wara r-riżenja tal-Kolonel Bayles. Fl-4 ta 'Ġunju, 1863, Cooper weġġa' meta żiemel waqa' fuqu f'Franklin, Tennessee. Huwa kmandat ir-reġiment fil-Battalja ta 'Chickamauga f'Settembru 1864. Cooper reġa' lura għal Lexington, Kentucky fl-1864 għal permess tal-mard. Imbagħad Cooper mexxa l- forzi lokali kontra l- attakki taʼ John Hunt Morgan. Huwa rrifjuta t-talbiet ta' Morgan għall-kunsinna ta' Lexington fid-9 ta' Ġunju 1864 u rrifjuta t-truppi tiegħu. F'April tal-1865 huwa kkmanda l-post ta 'Montgomery, Alabama u f'Mejju u Lulju tal-1865 il-post ta' Albany, Georgia. Huwa ġie ordnat b'mod onorabbli fil-21 ta 'Awwissu, 1865 f'Macon, Ġeorġja. Huwa rċieva onori ta 'battalja għas-servizz tiegħu f'Shiloh, Corinth, Richmond, Chickamauga, Morgan's Raid fil-Kentucky, il-Battalja ta' Resaca u għall-Raid ta 'Wilson fuq Montgomery. Huwa kien brevetted li Lt Kolonel u Kolonel fl-Armata Regolari fuq Marzu 2, 1867, għal servizzi gallant u meritorjuż fil-
Il-Battalja ta' Resaca f'Georgia u fil-qbid ta' Montgomery, Alabama.