L-Imperu tal-Ġappun invada lil Morotai kmieni fl-1942 bħala parti mill-Kampanja tiegħu għall-Indji Olandiżi tal-Lvant. Il-forzi Amerikani u l-alleati tagħhom bdew il-Battalja ta'Morotai
Fl-1944, il-gżira ġiet bombardata f'Awwissu u ġiet invasa f'Settembru. Il- forzi imperjali Ġappuniżi fuq Morotai baqgħu għaddejjin sal- 1945 imma naqsu milli jitkeċċew it- truppi Allati. Fl- aħħar parti tal- 1944, 61,000 persuna niżlu fuq Morotai. Żewġ terzi minnhom kienu inġiniera, li malajr stabbilixxew faċilitajiet li kienu jinkludu portijiet u żewġ ajruporti flimkien maʼ ħwienet estensivi taʼ fjuwil.