Flores kien attakkant ta' naħa tax-xellug, u għamel id-debutt tiegħu għall-Honduras fl-aħħar tas-snin tmenin u kellu total ta' 42 logħba, u skorja 6 goli. Huwa rrappreżenta lil pajjiżu f'12-il logħba ta' kwalifika għat-Tazza tad-Dinja tal-FIFA u lagħab fit-Tazza tan-Nazzjonijiet tal-UNCAF tal-1993
kif ukoll fit-Tazza tad-Deheb tal-CONCACAF tal-1991 u l-1993.