Ikteb kontinwazzjoni għal dan il-paragrafu - Il-Flotta Magħquda ġiet taħt il-kmand dirett tal-Kwartieri Ġenerali Imperjali fl-1937. Bil-bidu tal-Gwerra tal-Paċifiku bl-attakk fuq Pearl Harbor imwettaq mill-"Kido Butai" tal-Flotta Magħquda (l-Ewwel Flotta tal-Ajru), il-Flotta Magħquda saret kważi sinonima mal-Navy Imperjali Ġappuniża, taħt il-kmand tal-ammiral Isoroku Yamamoto sa April 1943 meta miet wara li l-ajruplan tiegħu nqatel mill-forzi tal-ajru tal-Istati Uniti fuq il-Gżira Bougainville. Din kienet tikkomprendi l-bastimenti tal-gwerra, it-trasportaturi tal-ajruplani, l-ajruplani, u l-komponenti li kienu jagħmlu l-qawwa tal-ġlied prinċipali tal-IJN. L-ewwel kienet immobilizzata għall-Battalja ta' Midway. Wara t- telf devastanti ta'trasportaturi f' Midway u fil- kampanja tal- Gżejjer Solomon
, il-flotta ġiet organizzata mill-ġdid f'għadd ta '"Flottijiet ta' Żona" għall-kontroll operazzjonali lokali ta' diversi żoni ġeografiċi. Il-Flotta Magħquda mbagħad evolviet f'organizzazzjoni aktar amministrattiva.