Ikteb kontinwazzjoni għal dan il-paragrafu - Bil-seċessjoni ta' ħdax-il stat tan-Nofsinhar u t-tifqigħa tal-Gwerra Ċivili, Miller ngħaqad mal-Armata tal-Unjoni. Fis-27 ta 'Awwissu, 1861, il-Gvernatur Oliver P. Morton ikkummissjona lil Miller bħala Kollonell tad-29 Infanterija ta' Indiana. Wara t-taħriġ, ir-reġiment ġie assenjat lill-Brigata ta 'Kirk fid-diviżjoni ta' Alexander M. McCook fl-Armata ta 'l-Ohio ta' Buell u marru lejn Tennessee. Miller ra azzjoni fit- tieni jum tal- Battalja taʼ Shiloh
, kif ukoll matul l-Assedju sussegwenti ta' Korintu. Miller mexxa r-reġiment tiegħu fit-tramuntana ta 'l-Alabama u t-Tennessee u segwa Braxton Bragg permezz ta' Kentucky. Miller kmandat brigata taħt James Negley waqt il-Battalja ta 'Stones River fl-aħħar ta' Diċembru 1862. Fit-tieni jum tal-battalja, Miller mexxa l-kontraattakk Federali madwar ix-Xmara Stones li rrifjuta l-attakk Konfederali ta 'John C. Breckinridge. Matul din l- attakk, Miller inqatel fil- għonq.