Ikkompleta l-frażi li ġejja: Fil-5 taʼ Diċembru, 1990, Alomar u Joe Carter ġew skambjati lejn it-Toronto Blue Jays bi skambju għal Fred McGriff u Tony Fernández. Kien f'Toronto li żviluppa f'second baseman offensiv ta' primjum, billi kkombina medja ta' batting ta' aktar minn.300 ma' qawwa u veloċità għolja fuq il-bażijiet. Fl-1991, huwa kkapitalizza fuq il-veloċità tiegħu b'11 triplu u 53 bażi misruqa, u wassal lit-tim għall-ewwel minn tliet dehriet konsekuttivi fil-playoffs. Is-sena taʼ wara, hu skorja 105 run, għamel 87 walk, u kellu perċentwal taʼ.405 fuq il-bażi. Fl-1993, Alomar kellu l-aħjar staġun tiegħu mal-Blue Jays, u pproduċa 17 home runs (HR), 93 runs batted in (RBI), u 55 bażijiet misruqa, filwaqt li batted.326, it-tielet fil-Liga Amerikana wara sħabha fit-tim John Olerud u Paul Molitor. Huwa kien figura ċentrali fil-kampjonati tal-World Series ta 'Toronto fl-1992 u l-1993; fil-Logħba 6 tal-World Series tal-1992, huwa skorja l-wirja rebbieħa tas-serje fuq it-tnejn ta' Dave Winfield f'ħmistax-il inning. Il-logħba ta' Alomar, home run fid-disa' inning kontra l-ass ta' Oakland Dennis Eckersley, fil-logħba 4 tal-
1992 American League Championship Series (ALCS), hija meqjusa minn ħafna bħala l-aktar suċċess importanti fl-istorja tal-klabb, peress li t-tliet vjaġġi preċedenti tat-tim għall-ALCS spiċċaw b'diżappunt; huwa kien imsejjaħ l-aktar Plejer ta 'Valur (MVP) tas-serje. Fl-1995, huwa lagħab 104 logħba konsekuttiva mingħajr ma kkommetta żball, u stabbilixxa rekord AL għat-tieni basemen. F'kull wieħed mill-ħames staġuni tiegħu mal-Blue Jays, Alomar ġie msemmi fit-tim All-Star u rebaħ il-Gold Glove Award.