Wara li pparteċipa fit-teatru Mediterranju tat-Tieni Gwerra Dinjija f'isem l-Armata Indjana Brittanika tal-Gran Brittanja, huwa għażel iċ-ċittadinanza Pakistani u ngħaqad mal-militar tiegħu wara li r-Renju Unit qasam l-Indja fl-1947, u għen fl-eżekuzzjoni tal-infiltrazzjoni sigrieta fil-Kashmir Indjan li wasslet għall-gwerra mal-Indja fl-1965. Wara li ġie maħtur b'mod kontroversjali biex jassumi l-kmand tal-armata fl-1966, Yahya Khan ħa l-presidenza minn dittatur preċedenti li ma kienx popolari u elett il-President Ayub Khan, li ma setax jittratta l-ribellijoni tal-1969 fil-Pakistan tal-Lvant, sfurzat jirriżenja minn protesti u offra lilu l-uffiċċju. Yahya Khan sussegwentement infurza l-liġi marzjali billi ssospendiet il-kostituzzjoni. Waqt li kellu l-ewwel elezzjonijiet nazzjonali tal-pajjiż fl-1970, 23 sena wara l-indipendenza, huwa ddewwem it-tranżizzjoni tal-poter lis-Sejkh Mujibur Rahman rebbieħ mill-Pakistan tal-Lvant, li kompla jqajjem l-inkwiet ċivili vjolenti fil-Lvant u awtorizza lill-awtoritajiet tal-Pakistan tal-Lvant biex jirrepressu bil-vjolenza r-ribelljoni.
. ħsieb Madwar 10 miljun persuna ħarbu fl- Indja. Skond riċerkaturi indipendenti, bejn 300,000 u 500,000 persuna mietu f'dak li llum huwa meqjus b'mod wiesaʼ bħala l- ġenoċidju tal- Bangladesh tal- 1971.