Ikteb kontinwazzjoni għal dan il-paragrafu - Fl-1341 ir-Re Ġwanni ta' Bohemia ppermetta lill-familji Lhud li jgħixu ġewwa l-ħitan tal-belt, u l-ewwel sinagoga nbniet fl-1380, madankollu diversi pogroms seħħew fl-aħħar tas-seklu 15 u fil-bidu tas-seklu 16. Sa mill- Gwerer Hussiti
, il-belt kienet tradizzjonalment qawwa tal-Knisja Kattolika matul il-kunflitti reliġjużi fit-tul fir-Renju tal-Bojemija. Parti mill-Monarkija tal-Habsburgi mill-1526, Budejovice baqgħet sostenitur leali tal-Imperatur Ferdinand II fil-Gwerra tat-Tletin Sena. Budějovice għadda minn okkupazzjoni qasira mill-Prussja matul il-Gwerer Sileżjani, u l-gwerra bejn l-Habsburgs u l-armata Franċiża fl-1742.