Ikteb kontinwazzjoni għal dan il- paragrafu - Meta bdiet il- Gwerra Ċivili Amerikana fl- 1861 Jones irriklama ruħu biex iservi fl- Armata tal- Unjoni. Fit-3 ta 'Ottubru ġie elett kaptan tal-53rd Ohio Infantry Regiment, u ra azzjoni bħala tali matul il-Battalja ta' Shiloh u l-Assedju ta 'Korintu. Fit-2 ta 'Mejju, 1862, Jones sar kolonel tal-53rd Ohio u l-uffiċjal kmandanti tiegħu. Huwa mexxa r-reġiment tiegħu waqt l-Assedju ta' Vicksburg u fil-battalja ta' Missionary Ridge, it-tnejn fl-1863. Jones ra azzjoni ulterjuri matul il-Kampanja ta 'Atlanta tal-1864, waqt li ġieled f'Resaca, Dallas, Kennesaw Mountain u Atlanta
. ħsieb F'Awwissu, Jones inħatar għall-kmand tal-brigata meta l-uffiċjal superjuri tiegħu, il-Brigadier Ġeneral Joseph A. J. Lightburn, inqatel u rrinunzja għall-kmand għall-bqija tal-gwerra. Il-Kolonel Jones issa mexxa t-Tieni Brigata fit-Tieni Diviżjoni ta 'William B. Hazen tal-XV Korp ta' Jonesboro. B'kumbinazzjoni, l-1 Brigata ta' dik id-diviżjoni kienet ukoll immexxija minn "Kolonel Jones" ieħor, Theodore Jones tat-30 Ohio. Wells Jones ipparteċipa fil-Marċ tal-1864 lejn il-Baħar, u nqatel waqt operazzjonijiet madwar Fort McAllister, Ġeorġja, fit-13 ta' Diċembru.