Ikteb kontinwazzjoni għal dan il- paragrafu - Fl- 1861, fil- bidu tal- Gwerra Ċivili, hu nħatar mill- kmandant tal- Gwardja Nazzjonali taʼ New York, il- Brigadier Ġeneral John F. Rathbone, biex jaqdi bħala uffiċjal mediku ewlieni fid- depożitu taʼ Albany. F'Ġunju 1862, wara l-Battalja ta' Savage's Station
, hekk kif l-Armata tal-Potomac, flimkien mal-mediċini tagħha, irtiraw, Swinburne baqgħet biex tieħu ħsieb eluf ta 'priġunieri feruti, kemm tal-Unjoni kif ukoll tal-Konfederazzjoni. Minħabba li rrispetta l- istat taʼ prinċipju tiegħu, il- kmandant tal- Konfederazzjoni, Stonewall Jackson, ta lilu permess, flimkien maʼ nota personali, biex iżur lill- priġunieri tal- Unjoni. Fl-1864, il-Gvernatur Horatio Seymour innominah għall-kariga ta 'Uffiċjal tas-Saħħa tal-Port ta' New York u, fl-1867, ġie nnominat mill-ġdid mill-Gvernatur Reuben Fenton, li serva total ta'sitt snin, sa l-1870. Matul l-amministrazzjoni tiegħu, minkejja r-riluttanza tal-leġiżlatur tal-istat li jassenja l-finanzjament, huwa ssorvelja l-kostruzzjoni ta 'faċilitajiet ta' kwarantina ta 'l-aħħar ta' dak iż-żmien fuq il-gżejjer li kienu jissejħu Swinburne u Hoffman.