Ikteb kontinwazzjoni għal dan il-paragrafu - Yamaguchi reġa' lura lejn il-Ġappun għal ftit żmien fi tmiem April għall-manutenzjoni fuq il-flotta tiegħu. F'Ġunju ta' l-1942, ġie assenjat għall-operazzjoni ta' Midway
. ħsieb Matul il-battalja, fis-6 ta 'Ġunju 1942, Yamaguchi ma qabilx mal-kmandant tal-flotta, il-Viċi Ammiral Chūichi Nagumo. Ajruplan ta' rikonoxximent skopra trasportatur ta' ajruplani Amerikan () ħdejn Midway. F'dak il- mument, l- ajruplani Ġappuniżi kienu armati għat- tieni attakk fuq Midway, bil- bombardiers tal- livell "Kate" li kienu jġorru l- bombi minflok it- torpedji. Yamaguchi talab għal attakk immedjat fuq il-vapur tal-Istati Uniti, bl-ajruplani armati kif kienu, iżda Nagumo ddeċieda minflok li jistenna sakemm l-ajruplani jkunu ġew armati mill-ġdid. Ftit wara, ajruplani Amerikani li jġorru l- inġenji tal-ajru qerddu l- inġenji tal-ajru Ġappuniżi kollha ħlief l- ajruplan ewlieni taʼ Yamaguchi "Hiryū". Yamaguchi malajr ordna żewġ attakki suċċessivi fuq "Yorktown" li waqqfuh. "Hiryū" imbagħad ġie meqrud minn ajruplani minn, flimkien ma' xi ajruplani orfni "Yorktown".