Johnson beda sew l-istaġun tal-2016 b'sitt finali fost l-aqwa 10 fl-ewwel għaxar avvenimenti tiegħu. Wara żewġ finijiet barra mill-aqwa 10, huwa wasal qrib li jirbaħ it-Turnew Memorial, u spiċċa sparatura waħda wara r-rebbieħ eventwali William McGirt. Huwa rreġistra ieħor top-10 finish fil-FedEx San Ġuda Classic ġimgħa wara. Johnson rebaħ l-U.S. Open tal-2016
biex jikseb l-ewwel titlu maġġuri tiegħu fid-19 ta' Ġunju 2016 fit-29 dehra maġġuri tiegħu. Ir-rebħa kienet imdawra f'kontroversja madankollu peress li Johnson ingħata penali ta 'quċċata waħda wara li kien temm ir-rawnd finali tiegħu minħabba inċident fuq il-ħames aħdar. Hekk kif kien qed jipprepara biex jindirizza l- ballun għal par putt, il- ballun tiegħu miexja ftit. Johnson telaq lura u qal li ma kienx indirizza l- ballun. Wara li tkellem ma' uffiċjal tar-regoli fuq il-post, intqallu biex ikompli bil-ħatra tiegħu, li għamel b'suċċess. Hu spiċċa jirbaħ bi tliet strokes 'il quddiem minn Shane Lowry, Scott Piercy u Jim Furyk. L-inċident tal-ballun li kien qed jiċċaqlaq qajjem ir-rabja fost ħafna mill-aqwa golfers tad-dinja b'plejers bħal Jordan Spieth, Rory McIlroy, Rickie Fowler u Webb Simpson li ħadu fuq il-midja soċjali biex jikkritikaw lill-USGA għad-deċiżjoni tagħha. Johnson tela 'tliet pożizzjonijiet fl-OWGR għan-numru tlett wara din ir-rebħa.