Ikteb kompitu għal dan il-paragrafu - Wara li l-istat ta 'Mississippi seċeda eżatt qabel il-bidu tal-Gwerra Ċivili, Barksdale irriżenja mill-Kungress biex isir aġutant ġenerali, u mbagħad kwartermaster ġenerali, tal-Milizzja ta 'Mississippi, fil-grad ta' brigadier ġenerali, bid-data tal-grad ta 'Marzu 1, 1861. Fl-1 ta 'Mejju, ġie maħtur kolonel fl-Armata tal-Istati Konfederati tat-13 Infanterija tal-Mississippi, reġiment li mexxa fl-Ewwel Battalja ta' Bull Run dak is-sajf, u l-Battalja ta 'Ball's Bluff f'Ottubru. Ir-Rebbiegħa ta' wara, hu ħa r-reġiment tiegħu lejn il-Peniżola tal-Virġinja u kkampa fil-Kampanja tal-Peniżola u l-Battalji tas-Seba' Jumejn. Meta l-kmandant tal-brigata tiegħu, il-Brigadier Ġeneral Richard Griffith, kien ferut b'mod mejjet fil-Battalja ta' Savage's Station
Fid-29 ta' Ġunju, 1862, Barksdale assuma l-kmand tal-brigata u mexxietha f'attakk erojku, iżda mdemmi u bla skop, fil-Battalja ta' Malvern Hill. Il-brigata saret magħrufa bħala "Barksdale's Mississippi Brigade". Huwa ġie promoss bħala ġeneral tal-brigata fit-12 ta 'Awwissu, 1862.