Cena għamel ritorn sorpriż bħala l-aħħar parteċipant tal-logħba Royal Rumble, irbaħha, u t-titlu tradizzjonali ta 'WrestleMania XXIV, billi elimina Triple H. Minflok ma stenna sa WrestleMania, it-titlu ttieħed kontra dak iż-żmien WWE Champion Randy Orton f'No Way Out fl-2008 f'logħba li Cena rebaħ b'skwalifika u, għalhekk, ma ngħatax il-kampjonat. Il-lejl ta 'wara fuq "Raw", Cena tpoġġa lura fil-logħba tal-WWE Championship ta' WrestleMania li għelbet lil Orton f'logħba mhux tat-titlu b'Triple H bħala referee mistieden speċjali, u għamlet partita ta 'theddida tripla bejn it-tliet irġiel, li matulha kien imwaħħal minn Orton. F'Backlash, Cena naqas milli jerġa' jikseb it-titlu f'logħba fatali ta' eliminazzjoni b'erba' modi, li fiha ġie eliminat minn Orton. Matul dik il-logħba, Cena eliminat lil JBL, u ġedded il-konflitt tagħhom mill-2005. Cena rebaħ lil JBL f'Jum il-Ġudizzju
u mbagħad fil- One Night Stand fil- logħba First Blood. Cena ma rnexxilux jirkupra l-WWE Championship minn Triple H fil-Night of Champions. Aktar tard, JBL rebaħ lil Cena f'Parking Lot Brawl fi New York City fil-Great American Bash f'Lulju biex itemm il-konflitt. Fl-episodju tal-4 ta 'Awwissu ta' "Raw", Cena sar Champion tat-Tag Team tad-Dinja għat-tieni darba, flimkien ma' Batista biex jegħleb lil Cody Rhodes u Ted DiBiase iżda naqas milli jżomm il-kampjonat il-ġimgħa ta 'wara kontra l-kampioni preċedenti. Cena tilef minn Batista f'SummerSlam. Ftit wara, Cena kien imsemmi bħala wieħed minn erba 'kontendenti għall-Kampjonat Dinji tal-Pesat Għoli ta' CM Punk fil-logħba tal-Championship Scramble f'Unforgiven, iżda ġie sostitwit minn Rey Mysterio wara li sofra disk herniated fil-għonq tiegħu fil-logħba tiegħu f'SummerSlam, li teħtieġ kirurġija. Cena sar operazzjoni b'suċċess biex issewwi l-korriment.