Ikteb kompitu għal dan il-paragrafu - Opponent qawwi tar-rispons tal-Kanċillier Angela Merkel għall-kriżi tal-2010 tal-migranti
, Seehofer thedded li jippreżenta ilment formali mal-Qorti Kostituzzjonali, bl-alleanza storika ta' &lt;a href="CDU/CSU"&gt;CDU/CSU&lt;/a&gt; fil-periklu li tinqasam u tiġġieled kontra xulxin fil-Ġermanja kollha għall-ewwel darba, iżda l-ebda waħda minnhom ma seħħet. Huwa favur limitu federali fuq in-numru ta' refuġjati li l-gvern Ġermaniż għandu jieħu. Wara li mar ħażin storikament fl-elezzjoni federali tal-2017 b'kampanja li ġiet ikkritikata għall-imitazzjoni tal-Alternattiva għall-Ġermanja, il-partit li rċieva l-agħar riżultat mill-1949, u pprova mingħajr suċċess biex jikkandidata għat-tielet terminu bħala Ministru President fl-2018, huwa ġie pressjonat mill-partit tiegħu biex jirriżenja u minflok iddeċieda li jieħu l-kariga ta' Ministru tal-Intern, il-Bini u l-Komunità (oriġinarjament maħsub għal Joachim Herrmann) fir-raba 'gvern ta' Merkel, sabiex ifassal il-politika tal-migranti wara l-fehmiet tiegħu. F'Lulju 2018, nuqqas ta' qbil ta' ġimgħa bejn Seehofer u Merkel kważi kkaġuna l-waqgħa tal-gvern u għal darb'oħra thedded b'mod serju li jkun hemm firda bejn il-CDU u l-CSU, iżda fl-aħħar misjuba kompromess.