Massa beda tajjeb f'Ferrari, u kkwalifika fit-tieni post fil-garaxx tal-ftuħ fil-Baħrejn
, u minn 21 post għal 5 fil-Malasja, u rebħet lil Michael Schumacher, li kien beda minn 14 post. Madankollu, fil-prattika tas-Sibt u fit-tellieqa, Massa reġaʼ beda jdawwar, u ftit li xejn ħasel lil Fernando Alonso, li eventwalment rebaħ it-tellieqa. Fil-GP tal-Awstralja ħabbat il-Ferrari tiegħu fil-kwalifika, imbagħad qabbad ma 'Christian Klien u Nico Rosberg fl-ewwel kurva tar-razza. Madankollu, Massa kiseb l-ewwel podju tal-karriera tiegħu fin-Nürburgring, u spiċċa fit-tielet post wara Michael Schumacher u Fernando Alonso. Huwa stabbilixxa wkoll l-iktar dawra mgħaġġla f'Barċellona fl-2006. Massa kellu erba 'qagħda oħra fuq il-podium fl-2006, u ħa l-ewwel pole position tiegħu fil-F1 u l-ewwel rebħa tiegħu fil-F1 fiċ-ċirkwit ta' Istanbul Park. Il-pożizzjoni futura tiegħu f'Ferrari kienet assigurata meta Michael Schumacher ħabbar fl-10 ta 'Settembru 2006, li kien se jirritira mill-F1 fi tmiem l-istaġun 2006. Fit-22 ta 'Ottubru, Massa rebaħ it-tellieqa tad-dar tiegħu fl- Interlagos, u b'hekk saret l-ewwel darba li sewwieq Brażiljan rebaħ f'Interlagos minn Ayrton Senna fl-1993. Massa spiċċa t-tielet fl-istaġun b'80 punt, wara l-kampjonat tad-dinja Fernando Alonso u l-kollega tat-tim ta 'Ferrari Michael Schumacher.