Imla l-frażi li ġejja: Fit-13 ta 'Lulju 2011, ġie mħabbar li Jonathan kien se jħalli lil Santos biex jitħarreġ mal-ġganti tas-Serie A Inter Milan, sakemm jiġi ffinalizzat it-trasferiment. Jumejn wara, fil-15 ta 'Lulju, huwa sar uffiċjalment plejer ta' Inter, u ffirma kuntratt ta 'erba' snin. Jonathan għamel id-debutt tiegħu fl-Inter fil-11 ta 'Settembru 2011 fit-tieni ġimgħa ta'
2011<unk>12 Serie A, jilgħab il-90 minuta sħaħ f'telfa ta '4<unk>3 barra lejn Palermo. Tliet ijiem wara Jonathan għamel id-debutt tiegħu fil-Champions League, u lagħab il-logħba kollha fil-Matchday 1 kontra n-naħa Torka Trabzonspor f'telfa ta '0<unk>1 fis-San Siro.