Fl-elezzjoni primarja tar-Repubblika fl-2016, Estrosi appoġġa wkoll lil Sarkozy bħala l-kandidat tal-partit għall-elezzjoni presidenzjali Franċiża tal-2017. Għaxar xhur qabel l-elezzjonijiet, hu u konservattivi lokali oħra kkritikaw b'mod aggressiv lill-Ministru tal-Intern Bernard Cazeneuve għall-qawwa tal-preżenza tal-forza tal-pulizija nazzjonali fil-lejl tal-attakk bil-karozza ta 'Nice fl-2016
. ħsieb F'nofs l-affara ta 'Fillon, f'Marzu 2017, Estrosi ngħaqad ma' Xavier Bertrand, Valérie Pécresse u oħrajn biex jitolbu għal Alain Juppé biex jissostitwixxi lil François Fillon bħala l-kandidat tal-partit. Barra minn hekk, huwa ltaqa' ma' Emmanuel Macron matul il-kampanja tiegħu.