Skopri aktar dwar dan il-paragrafu - Fit-13 ta 'Lulju 2011, ġie mħabbar li Jonathan kien se jitlaq minn Santos biex jitħarreġ mal-ġganti tas-Serie A Inter Milan, sakemm jiġi ffinalizzat it-trasferiment. Jumejn wara, fil-15 ta 'Lulju, huwa sar uffiċjalment plejer ta' Inter, u ffirma kuntratt ta 'erba' snin. Jonathan għamel id-debutt tiegħu fl-Inter fl-11 ta 'Settembru 2011 fit-tieni ġimgħa tas-Serie A 2011/12
, lagħbu l- 90 minuta sħaħ f'telfa ta' 4 għal 3 barra minn Palermo. Tliet ijiem wara Jonathan għamel id-debutt tiegħu fil-Champions League, u lagħab il-logħba kollha fil-Matchday 1 kontra n-naħa Torka Trabzonspor f'telfa ta '0<unk>1 fis-San Siro.