Kompleta din il- frażi: Il- knisja oriġinat fis- seklu 12, u ftit drapp taʼ dak iż- żmien hu inkorporat fl- istruttura tagħha. It-torri nbena fi żmien mhux ċert qabel is- seklu 15. Il-bini tal-bqija tal-knisja seħħ matul is-seklu 15 u tlesta fl-1451. F'dan iż- żmien il- belt kienet prospera minħabba l- kummerċ tagħha bil- suf u l- drapp. Il-belt ġiet imħassra ħażin mill-forzi Lancastrian matul il
Il- Gwerra tar- Roses fl- 1461, iżda San Ġwann kien apparentement bla ħsara. Il-qafas tal-bell ġie mibni mill-ġdid bejn madwar is-sena 1680 u s-sena 1710. L-interjuri ġew imwaħħla mill-ġdid matul is-seklu 18. Fl-1856 ġie rrestawrat fit-tradizzjoni tal-knisja għolja mill-arkitett lokali Edward Browning, li kien ħadem ukoll fuq knejjes oħra fil-qrib. Kien hemm aktar restawrati fl-1867, fl-1897-99 meta tneħħiet id-dekorazzjoni miżbugħa ta' Browning fil-kanċell, u fl-1903, meta ġie miżjud kostwarju. Fl-1950-1953 l-arkada tat-tramuntana ġiet parzjalment mibnija mill-ġdid, u l-parapett tat-torri ġie mġedded. Ix-xogħol fuq l-arkada sar neċessarju minħabba li l-art kienet qed tinżel minħabba l-kollass tal-vaults tal-qabar li kienu taħthom. Dan ix-xogħol sar minn E. Bowman and Sons. Il-knisja ġiet iddikjarata bla bżonn fl-2003, u sar aktar tiswijiet minn dak iż-żmien 'l hawn.