Ikteb kompitu għal dan il-paragrafu - Fl-Olimpjadi tas-Sajf tal-2004 f'Ateni, Stojanovska estendiet il-programm tagħha, billi għadda fi tliet avvenimenti individwali. Hija poġġiet standard FINA A ta'2:13.01 (200 m farfett) mill-Kampjonati Ewropej
f'Madrid, Spanja, li ppermettilha tinkludi l-200 u l-400 m stil ħieles fil-linja tal-avveniment tagħha. Fit-tieni jum tal-Logħob, Stojanovska kklassifikat fis-seba' u għoxrin post totali fil- 400 m stil ħieles. Fil-ħawm it-tieni, hija ħasset il-barriera ta '4:20 billi ppubblika ħin ta' 4: 19.39 biex tieħu r-raba' siġra fuq il-Ġamajkana Janelle Atkinson. L-għada, hija spiċċat fit-tletin u erbgħa totali wara Jana Myšková mir-Repubblika Ċeka b'0.02 ta'sekonda fit-temperaturi tal-għodu tal-200 m stil liberu b'ħin ta' 2:04.64. Fl-avveniment finali tagħha, 200 m farfett, Stojanovska temmet ir-rotta Olimpika tagħha b'tentattiv ta'sitt u għoxrin post, u naqset milli tilħaq is-semifinali għall-ħames darba konsekuttiva mill-2000. Waqt li kienet qed tgħum fit-tielet sessjoni, hija spiċċat fl-aħħar post f'kamp ta' tmien għawwiema b'ħin ta' 2:16.51, kważi erba' sekondi 'l bogħod mir-rekord nazzjonali miżmum minn Mirjana Boševska.