לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה, ממשלת צרפת שלחה את ראפקין ללונדון בינואר 1940, במשימה רשמית כדי להבטיח אספקת פחם לצרכים תעשייתיים וצבאיים צרפתיים. בעוד באנגליה, הוא סייע לג'יימס קראות'ר ביצירת אגודת המדעים האנגלו-צרפתית כדי לאשר את שיתוף הפעולה המדעי בין שתי המדינות. ביוני 1940, לאחר כניעת צרפת לגרמניה
, רפקין תמך בכך שהאגודה תעזור למדענים צרפתים למצוא מקלט בבריטניה, אך האגודה התפרקה כאשר העוינות בין צרפת לאנגליה ניתקה את שיתוף הפעולה המדעי. ראפקין ואנרי לוג'יר עזבו את לונדון כדי להמשיך את מאמציהם בארצות הברית.