בקיץ 1607 הוא נותר כאחד הגאלים הבכירים ביותר שנותרו באולסטר. בשנת 1608 כאשר סר קאהיר או'דוהרטי השיק את מרד או'דוהרטי על ידי שריפת דרי
מקדונל לא שקל להצטרף אליו. אודורהטי, נאמן לשעבר לכתר, כעס על ההתייחסות שלו על ידי פקידים מקומיים. אודוהרטי הובס ונרצח בקרב על קילמקרנן והמרד התמוטט. בעקבות המרד, החליטה הממשלה להקים חקלאות של אולסטר רחבה יותר מכפי שתוכננה במקור. זה לא השפיע במידה רבה על מקדונל, שכן מחוזות אנטרים ודאון הושארו מחוץ לתחום הפלנטציה, שכן ההתיישבות הסקוטית בקנה מידה גדול כבר התקיימה שם.