אל-שובאקי נולד בעיירה אידנה שבממשלת חברון במהלך סיפוח הגדה המערבית על ידי ירדן למשפחה פלסטינית שהיגרה מהכפר בית ג'ברין (הושמד במהלך מלחמת 1948
) במחוז חברון. יש לו תואר ראשון בגיאוגרפיה מאוניברסיטת ביירות הערבית.