פרק: הסיפור מתרחש בשנת 3394, אלף שנים לאחר שהאנושות בורחת מכדור הארץ לאחר שהושמד על ידי גזע של חייזרים מחליפים צורה <unk> הגאונה (奇居子 ((ガウナ))), על סיפון מאות חלליות מאסיביות שנוצרו מהשרידים של הפלנטה. אחת מהספינות הללו היא סידוניה, שפיתחה תרבות אנושית משלה בהתבסס על זו של יפן, שבה שיבוט אנושי, הרבייה חסרת מין והנדסה גנטית אנושית, כגון מתן פוטוסינתזה לבני אדם, הם דבר שכיח. כמו כן, מתגלה כי הדרגות העליונות של החברה הזאת קיבלו בחשאי אלמוות. עם אוכלוסייה של מעל 500,000 איש, סידוניה היא ככל הנראה ההתיישבות האנושית האחרונה שנותרה, שכן גורל הספינות האחרות אינו ידוע. שאלה: על מה התבססה תרבות ספינת סידוניה במידה רבה?
יפן