אנדרה קרוז שיחק 47 משחקים (12 במשחקים לא רשמיים) עם נבחרת ברזיל בין 1988 ל-1998. עם נבחרת ברזיל מתחת לגיל 20, הוא זכה במדליית זהב במשחקים הפאן-אמריקאיים 1987 באינדיאנפוליס, ומדליית כסף באולימפיאדת הקיץ 1988 בסיאול; הוא היה חבר בקבוצת הבוגרים של ברזיל שזכה בקופה אמריקה 1989.
בשנה הבאה. הוא נכלל בקבוצה הברזילאית שזכתה בגביע אמברו ב-1995 וסיים במקום השני בגביע אמריקה ב-1995; מאוחר יותר הוא היה גם חבר בקבוצת הברזילאים שסיים במקום השני בגביע העולם ב-1998.