השלים את המשפט הבא: הוא הצטרף לצבא הקיסרי. בשנת 1634 הוא כבר היה קולונל של גדוד. הוא עלה במהירות בדרגות, חלקית על ידי יכולותיו, חלקית על ידי שם משפחתו (אלאונורה גונזאגה הייתה הקיסרית של האימפריה הרומית הקדושה, אשתו של הקיסר פרדיננד השני). גונזאגה היה אחד המפקדים ב
קרב נורדלינגן (1634). בשנת 1640, הוא הפך למפקד העיר וינה. שני מבצרים שהוא בנה נקראו על שמו. בשנת 1642 הוא פיקד עם הרוזן ברוי על הכנף הימנית של הצבא הקיסרי בקרב האסון של ברייטנפלד. שנה לאחר מכן, הוא פיקד על צבא קיסרי בהונגריה.