- היחסים בין המדינות התדרדרו במהירות בעקבות ההפיכה הצבאית של 1989
והעלייה של מנהיגים איסלאמיים בממשלת סודן. תמיכה סודנית לעיראק במהלך מלחמת המפרץ 1990-1991 סייעה להבטיח את המיתון. ארצות הברית, דוחפת על ידי קבוצות אינטרסים מקומיות כגון נוצרים אונגליסטים והקונגרס השחור, הביעה חוסר שביעות רצון גלוי על ניהול המלחמה של חרטום עם ה-SPLM, מצב זכויות האדם, כולל תמיכה ממשלתית לכאורה בעבדות, וסביבה מקובלת כלפי קבוצות טרור בינלאומיות. וושינגטון הכניסה את סודן לרשימת המדינות התומכות בטרור ב-1993, פעולה שהובילה לסנקציות נוספות נגד סודן.