כתוב המשך לפרק זה - הפקולטה חולקה לחלקים צ'כיים וגרמניים בשנת 1882, הפקולטה למדעי הטבע הפכה למוסד נפרד בין 1920-1939. בשנת 1939, בית הספר נסגר על ידי הכוחות הכובשים של גרמניה הנאצית, ורדיפה אכזרית של מורים ותלמידים עקבה. לאחר סיום הכיבוש בשנת 1945, הפקולטה לאמנויות פרחה שוב במשך כמה שנים; זה הושלם בכוח בשנת 1948 על ידי ההפיכה הקומוניסטית בשנת 1948. יוקרה של הפקולטה ירדה במהירות כתוצאה מהעזיבה הכפויה של מורים רבים מכובדים והכנסת מחקרים מרקסיסטיים-לניניסטיים. בשנות השישים, הפקולטה החלה לפתוח לאט לאט למחשבים בולטים של התקופה, אך מגמה זו הוחלפה על ידי הכיבוש הסובייטי בשנת 1968.
, שאן פאלאך, סטודנט של הפקולטה, מחאה על ידי הצתה את עצמו. לאחר הסוף של המשטר הקומוניסטי בצ'כוסלובקיה בשנת 1989, ועזיבת נציגיו בפקולטה, הוא הוקם מחדש כאחד המוסדות האוניברסיטאיים המכובדים ביותר במדינה.