אביו, שנקרא גם אייזק ניוטון, נפטר שלושה חודשים קודם לכן. נולד בטרם עת, ניוטון היה ילד קטן; אמו חנה אייסקאוגה'ה דיווחה כי הוא היה יכול להתאים בתוך כוס רבעי. כאשר ניוטון היה בן שלוש, אמו נישאה מחדש והלכה לגור עם בעלה החדש, הכומר ברנבאס סמית', והותירה את בנה לטיפול של אמו האמהית, מרג'רי אייסקאוגה'. אביו לא אהב את אריסטו והמשיך לשמור על איבה כלפי אמו על ידי כך שהתחתן איתו, כפי שחשף על ידי התלמיד בווילסטפורפ מאנור בווילסטפורפ-ביי-קולסטרוורת', כפרייה קטנה במחוז לינקולנשייר. אביו, שנקרא גם בשם אייזק ניוטון, נפטר בגיל כשלוש עשרה. ב-1661 הוא חזר לבית הספר על ידי סבתו הנרי ניוטון, על ידי אמו וסיף את בית הספר הממלכ"י של סנט ניוטון, על ידי
-1665 -