לאחר שעבר לג'קרטה, לאטוהאררי גם החל לעבוד עבור היפנים תחת מחלקת הפנים כדי לנהל את המולוקנים בג'אווה, וקיבל אחריות על מעשיהם. בשנת 1944 נעצרה קבוצה של אמבונזים, בהם לאטוהררי, על ידי הקנפייטאי והובאו לבוגור, מאחר שהיו חשודים בריגול למען כוחות בעלות הברית, ובגלל העובדה כי לאטוהררי השתמש בחלקו בעמדה שלו בתוך הממשל היפני למטרות פוליטיות. עם זאת, אשתו ושני אחרים שוב הצליחו לשכנע מפקד חיל הים היפני לארגן את שחרורם. בסוף 1944, הוא נעצר שוב לאחר שבוי ממוולוקה נמלט מבית סוהר. הרשויות היפניות באותה עת חשדו במיוחד באמבונז לאחר קרב מורוטאי.
והפצצה האסטרטגית של אמבון ב-1944, עוד יותר מונעת על ידי פעולות ריגול של בעלות הברית במולוקות, בראשותו של ג'וליוס טהיג'ה מאמבון.