השלם את המשפט הבא: ב-13 ביולי 2011, הוכרז כי ג'ונתן יעזוב את סנטוס כדי להתאמן עם אינטר מילאן, עד לסיום העברה. יומיים לאחר מכן, ב-15 ביולי, הוא הפך באופן רשמי לשחקן אינטר, וחתם על חוזה בן ארבע שנים. ג'ונתן עשה את הופעת הבכורה שלו באינטר ב-11 בספטמבר 2011 בשבוע השני של
2011<unk>12 סרייה א', שיחק 90 דקות מלאות בהפסד 4<unk>3 מחוץ לבית מול פלרמו. שלושה ימים לאחר מכן ג'ונתן הופיע לראשונה בליגת האלופות, כששיחק את כל המשחק ביום המשחק הראשון נגד קבוצת הטרבזונספור הטורקית בהפסד של 0-1 בסן סירו.