לי זונגרן נולד בכפר שישיאנג (西鄉村), ליד גווילין במחוז גואנגסי, הבכור השני במשפחת האן של חמישה בנים ושלוש בנות. אביו, לי פייינג (李培英), היה מורה בבית ספר בכפר. לאחר חינוך לא מאוזן, לי נרשם לבית ספר צבאי פרובינציאלי. הוא הצטרף לטונגמנג-חוי, המפלגה המהפכנית של סון יאט-סן, בשנת 1910, אך לא היה לו הבנה רבה באותה עת על המטרות הרחבות יותר של סון של רפורמה ואיחוד לאומי. מחוז גואנגשי, מקום הולדתו של לי, היה גם מחוז הבית של טייפינג.
הגנרל לי שיוצ'נג, שאיתו משפחתו של לי טענה שהיא קשורה.