גיבון היה שוב בפיקוד הדיוויזיה השנייה במהלך מסע הקרקע של גנרל גרנט במאי ויוני 1864, וראה פעולה בקרב של המדבר, בית המשפט של ספוטסילבניה, וקולד הארבור. ב-7 ביוני 1864, הוא הועלה לגנרל-מייג'ור של המתנדבים. במהלך מסע המצור של פטרסבורג (יוני 1864 עד אפריל 1865), גיבון התייאש כאשר חייליו סירבו להילחם בתחנת ריאם
באוגוסט 1864. הוא פיקד לזמן קצר על הקורפוס ה -18 לפני שעזב לחופשת מחלה, אך שירותו היה בעל ערך רב מדי, והוא חזר כדי לפקד על הקורפוס ה -24 שנוצר לאחרונה בצבא ג'יימס. חייליו סייעו בהצלחה מכרעת בקרב השלישי על פטרסבורג באפריל 1865, כשכבשו את פורט גרג, חלק ממגנות הקונפדרציה. במהלך מסע אפומטוקס, הוא עזר לחסום את נתיב הבריחה של הקונפדרציה בקרב בית המשפט אפומטוקס, וכתוצאה מכך נכנעה הגנרל לי. הוא היה אחד משלושת הנציגים של כניעת הקונפדרציה.