לאחר סיום התיקונים שלה, "פאנשאו ביי" המשיכה לפעול כספינת הדגל של דיוויזיית נושאות 25, כעת תחת פיקודו של האדמירל קליפטון א. לאחר שעזבה את פרל הארבור, היא הגיעה לאי מאנוס, באיי אדמירלטי. "פרץ פנסו", יחד עם חמש נושאות ליווי אחרות ומסך של שמונה ליווי משחתות, הוקצה לקבוצת משימה 77.1, אשר תמיכה הנחיתה
על מורוטאי. לאחר מכן הוחלפה חילופי המטוסים שלה, וכעת היא אירחה את טייסת 66 המורכבת (VC-66). היא עזבה את מאנוס ב-10 בספטמבר, והחלה בפעולות תמיכה אווירית ב-15 בספטמבר. ב-17 בספטמבר, שני נוקמים, אחד מהם מ"פרץ פנסו", התנגשו תוך כדי התקדמות בסיור נגד צוללות. מתוך שישה האנשים המעורבים, רק ניצול אחד הוחזר על ידי רודף הצוללות. ב-19 בספטמבר, "פאנשו ביי" איבדה מטוס נוסף, כאשר אחד מכלי הטיס שלה, ויילד קאטס, צלל על זירו, נעדר והתפוצץ במגע עם המים. נושאת המטוסים המשיכה לדמם מטוסים, כששני מטוסי קרב נוספים ומטוס טורפדו התרסקו ב-27 בספטמבר.