פרודניקובה שיחקה עבור נבחרת רוסיה באולימפיאדת השחמט הנשית של 1992 ו-1996, וסיפקה מקום שלישי באירוע האחרון. היא ייצגה את יוגוסלביה בשנת 2000, 2002 ו-2004, ועזרה לקבוצתה להגיע למקום החמישי באולימפיאדת השחמט ה-34.
בשנת 2000. היא זכתה בשתי מדליות זהב אינדיבידואליות באולימפיאדה בשני המקרים: ב-1992 וב-2002.