בשנת 1940 קיבל פרידמן משרה באוניברסיטת ויסקונסין במדיסון, אך עזב אותה בשל חילוקי דעות עם הסגל בנוגע למעורבות ארצות הברית במלחמת העולם השנייה. פרידמן האמין שארצות הברית צריכה להיכנס למלחמה. בשנת 1943 הצטרף פרידמן לחטיבת מחקר המלחמה באוניברסיטת קולומביה (בראשה של ו. אלן ווליס והרולד הוטלינג), שם בילה את שארית מלחמת העולם השנייה בעבודה כסטטיסטי מתמטי, תוך התמקדות בבעיות של עיצוב כלי נשק, טקטיקות צבאיות וניסויים מטלורגיים. בשנת 1945 העביר פרידמן את הכנסות מעבודה מקצועית עצמאית (בשותף עם קוזנץ והושלם במהלך 1940) לקולומביה כתיבת עבודת הדוקטורט שלו. האוניברסיטה העניקה לו תואר דוקטור בשנת 1946. פרידמן בילה את שנת הלימודים 1945-1946 באוניברסיטת מינסוטה (שם עבד חברו ג'ורג' סטיגלר). ב-12 בפברואר 1945, נולד בנו, דייויד
1945.