כתוב המשך לפרק זה - לאחר תבוסת יפן ב-2 בספטמבר 1945
, היחסים הושעו ומשרה השגריר הפיליפיני ביפן הפכה רדומה עד 1952, מאז היחסים והמידע הועברו למפקד העליון של כוחות הברית ביפן הכבושה. באוקטובר 1952 הוקמה מחדש השגרירות היפנית במנילה, בהתאם להסכם סן פרנסיסקו שנחתם ב-8 בספטמבר 1951 שישרת כסיום רשמי של מלחמת העולם השנייה. ב -23 ביולי 1956, מיד לאחר אישור הסכם השלום והסכם הפיצויים בין הפיליפינים ליפן (שנחתם ב -9 במאי 1956), יחסי הדיפלומטיה בין שתי המדינות הוחזרו באופן מלא ונקימה מחדש משרה של שגריר הפיליפינים ביפן.