השלים את המשפט הבא: הוא הצטרף לחיל האוויר הסודני ב-1973. חוסיין סיים את לימודיו באוניברסיטת קרנפילד היוקרתית בבריטניה עם תואר שני בהנדסה אווירית ב-1982. הוא שיחק תפקיד מרכזי
1989 הפיכה בסודאן, ולאחר מכן ב-1990 הפך למזכיר הכללי של מועצת הפיקוד המהפכני עבור הישועה הלאומית; הרשות השלטת בסודאן בין 1989 ל-1993.