ב-2004 באולימפיאדת הקיץ באתונה, סטואנובסקה הרחיבה את תכנית השחייה שלה, בשחייה בשלושה תחרויות פרטיות. היא רשמה תקן FINA A של 2: 13.01 (200 מטר פרפר) מהאליפות האירופית
במדריד, ספרד, המאפשר לה לכלול 200 ו 400 מטר חופשי בשורה האירוע שלה. ביום השני של המשחקים, סטוג'אנובסקה סיכם במקום ה-27 בסך הכל ב-400 מטר חופשי. בשחייה במחזור השני, היא ניתקה את מחסום 4:20 על ידי פרסום זמן של 4:19.39 כדי לקחת את הזרע הרביעי על ג'אנל אטקינסון מג'מייקה. ביום למחרת, היא סיימה במקום ה-34 אחרי ג'אנה מיסקובה מהצ'כיה ב- 0.02 שניה בתחרויות הבוקר של 200 מטר חופשי עם זמן של 2:04.64. במירוץ הסופי שלה, 200 מטר פרפר, סטואנובסקה סיימה את המירוץ האולימפי שלה עם מאמץ במקום ה-26, ולא הצליחה להגיע לחצי הגמר בפעם החמישית ברציפות מאז 2000. בשחייה במחזור השלישי, היא סיים את המגרש של שמונה שחיינים למקום האחרון עם זמן של 2:16.51, כמעט ארבע שניות מאחורי השיא הלאומי של מיריאנה בושבסקה.