כתוב המשך לפרק זה - רוב האוכלוסייה הארמנית של שושה נרצחה או גורשה
במרץ 1920. הקתדרלה ניזוקה וקיפלה בהדרגה. לאחר שהאזור נכנס לשליטה סובייטית, בשל מדיניות האתאיזם של המדינה, הוא סגור בסופו של דבר בשנת 1930 והפך למחסן דגנים בשנות ה-40. הכיפה שלה וחלק מהקירות שמקיפים אותה נהרסו בשנות החמישים. לאחר מכן הוא נשדד ואבניו שימשו לבניית כמה בתים יוקרתיים בחלק האזרביני של העיר. בשנות ה-70 של המאה ה-20 הקתדרלה "נראתה כאילו היא שרדה את ההפגזות הכבדות". לאחר לחץ ציבורי, הרשויות הסובייטיות והאזרביג'ניות העניקו רשות להשיקתה של פרויקט שיקום של הקתדרלה בשנות השמונים. השיקום החל בשנת 1981 ונמשך עד 1988 ונוהל תחת פיקוחו של וולודיה באבאאן. עד 1987 רק שניים מארבעת פסלוני המלאכים האבן על מגדל הפעמון שרדו.