השלים את המשפט הבא: מתנגדת נלהבת לתגובה של הקנצלרית אנגלה מרקל
משבר המהגרים של 2010, זיהופר איים להגיש תלונה רשמית לבית המשפט החוקתי, כשהברית ההיסטורית של CDU/CSU נמצאת בסכנה להתפצל ולהתמודד אחד נגד השני בכל גרמניה בפעם הראשונה, אבל אף אחד מהם לא קרה. הוא תומך בגבול פדרלי למספר הפליטים שהממשלה הגרמנית אמורה לקבל. לאחר שהסתדרו בצורה גרועה מבחינה היסטורית בבחירות הפדרליות של 2017 עם קמפיין שהות ביקורת על חיקוי אלטרנטיבה לגרמניה, המפלגה קיבלה את התוצאה הגרועה ביותר מאז 1949, וניסה ללא הצלחה לרוץ לכהונה שלישית כשר נשיא בשנת 2018, הוא נלחץ על ידי מפלגתו להתפטר ובמקום זאת החליט לתפוס את תפקיד שר הפנים, הבנייה והקהילה (מקורו מיועד ליואכים הרמן) בממשלה הרביעית של מרקל, על מנת לעצב את מדיניות ההגירה על פי דעותיו. ביולי 2018, חילוקי דעות שנמשך שבוע בין זיהופר למרקל כמעט הוריד את הממשלה והאיים שוב ברצינות על פיצול CDU / CSU, אבל בסופו של דבר הם מצאו פשרה.