עם פרוץ מלחמת האזרחים, ברוקס מונה לגנרל חטיבה של המתנדבים בספטמבר 1861. הוא פיקד על החטיבה השנייה, הדיוויזיה השנייה של חיל ה-IV במערכה בחצי האי, ועל החטיבה השנייה, הדיוויזיה השנייה של חיל ה-VI בקרב שבעת הימים, שם נפצע בקרב על תחנת סאבאג'.
אני לא יודע. לאחר שחלים, הוא החזיר את פיקודו על חטיבתו במערכה במרילנד והוביל את אנשיו בקראמפטון'ס גאפ, שם הם תפסו דגל קרב של הקונפדרציה ששייך לחיל הרגלים ה-16 של וירג'יניה. בקרב אנטיאטם, חטיבתו של ברוקס הייתה בעיקר במילואים, למרות שהייתה תחת "אש כבדה של ארטילריה וצלפים" במשך 48 שעות.