כתוב המשך לפרק זה - סטיוארט מונה לגנרל בריגדיר ב-8 בנובמבר ומוקצה לפיקוד על החטיבה השנייה, הדיוויזיה השנייה, מחוז קולומבוס, של מחלקת הקונפדרציה מס. שניים (הקדמוני למחלקת טנסי), תחת ליאונידס פולק. סטיוארט החזיק בתפקיד זה מ-16 בנובמבר עד דצמבר, כאשר החטיבה שלו הועברה לדיוויזיה הגאוגרפית הראשונה של המחלקה, עד פברואר 1862. החטיבה שלו חזרה למערב קנטאקי, והוספה לזמן קצר לדיוויזיה של ג'ון פ. מק'קאוון, והובילה את ההגנה על העיר בקרב על ניו מדריד לפני שמקאוון הורה על פינויה ונסוג במורד נהר המיסיסיפי. ב-1 באפריל, אנשיו של סטיוארט הצטרפו לדיוויזייתו של צ'ארלס קלארק, בחילו של לאונידס פולק, בצבא מיסיסיפי של אלברט סידני ג'ונסטון, בדיוק בזמן לקרב על שילו
אני לא יודע. שם, סטיוארט הוביל את חטיבתו בהתקפות היום הראשון על אזור "אסם הנחש" במרכז קו האיחוד.