השלים את המשפט הבא: כאשר פרצה מלחמת האזרחים האמריקאית ב-1861, ג'ונס התנדב לשירות בצבא האיחוד. ב-3 באוקטובר הוא נבחר לקפטן של גדוד חיל הרגלים ה-53 באוהיו, וראה פעולה ככזה במהלך קרב שילה והמצור על קורינתוס. ב-2 במאי 1862, ג'ונס הפך לקולונל של מחלקה ה-53 של אוהיו ולקצין המפקד שלה. הוא הוביל את הגדוד שלו במהלך המצור על ויקסבורג ובקרב מיסיונרי רידג', שניהם בשנת 1863. ג'ונס ראה פעילות נוספת במהלך מסע האימפריה של אטלנטה בשנת 1864, נלחם ברסקה, דאלאס, הר קנסו ו
אטלנטה. באוגוסט, ג'ונס מונה למפקד החטיבה כאשר הקצין הבכיר שלו, בריגדיר גנרל ג'וזף איי. ג'יי. לייטבורן נפצע ונטש את הפיקוד לשארית המלחמה. קולונל ג'ונס הוביל כעת את החטיבה השנייה בחטיבה השנייה של ויליאם ב. האזן של חיל XV בג'ונסבורו. במקרה, החטיבה הראשונה של הדיוויזיה הזו הובלת גם על ידי "קולונל ג'ונס" אחר, תיאודור ג'ונס מהדיוויזיה ה-30 מאוהיו. וולס ג'ונס השתתף במרץ 1864 אל הים, ונפצע במהלך פעולות סביב פורט מקליסטר, ג'ורג'יה, ב-13 בדצמבר.