השלם את המשפט הבא: טרומן ביקש מחברי הקבינט של רוזוולט להישאר בעמדותיהם, ואמר להם שהוא פתוח לעצותיהם. הוא הדגיש עקרון מרכזי של הנהלתו: הוא יהיה זה שיקבל את ההחלטות, והם ימשיכו לתמוך בו. במהלך מלחמת העולם השנייה, כשהפלישה ליפן הייתה סמוכה, הוא אישר את לוח הזמנים להפלת שתי פצצות אטום כדי למנוע פלישה יקרה ליבשת יפן. ההערכות הצבאיות לפלישה ליפן היו שייתכן שהיא תימשך שנה ותביא ל-250,000 עד 500,000 נפגעים אמריקאים. ארה"ב הפציצה את הירושימה ב-6 באוגוסט, ונגסאקי שלושה ימים לאחר מכן, והותירה 105,000 הרוגים. ברית המועצות הכריזה מלחמה על יפן ב-9 באוגוסט ופלישה למנצ'וריה. יפן
הסכים להיכנע למחרת. טרומן אמר שתקיפת יפן עם פצצות אטום הצילה חיים רבים משני הצדדים. עם סוף מלחמת העולם השנייה, טרומן יישם את תוכנית מרשל. מלבד הבחירות הראשוניות והקמפיין ב-1948, טרומן התמודד עם המצור על ברלין, שנחשב למשבר הדיפלומטי הגדול הראשון של המלחמה הקרה. במהלך כהונתו כנשיא, שיעור האישור של טרומן ירד באופן משמעותי מ- 80% בתחילת 1945 ל- 30% בתחילת 1947. בחירות האמצע של 1946 הפחידו את טרומן כאשר הרפובליקנים זכו בשליטה בשני בתי הקונגרס בפעם הראשונה מאז שנות ה-20. ב-1947, טרומן אמר למזכיר ההגנה שלו, ג'יימס פורסטל, כי מלבד פרס השירות, הוא מצא מעט סיפוק בלהיות נשיא.