השלים את המשפט הבא: עד שמרגרט, בנה וחתנה (אנה) היו מוכנים לעקוב אחרי וורוויק בחזרה לאנגליה, השולחנות שוב הסתובבו לטובת היורקיסטים, והרוזן הובס ונרצח על ידי המלך אדוארד הרביעי החוזר בממלכה.
קרב ברנט ב-14 באפריל 1471. מרגרט נאלצה להוביל את צבאה בקרב טוקסברי ב-4 במאי 1471, שבו הובסו הכוחות הלנקסטריים ובנה בן ה-17 אדוארד מווסטמינסטר נהרג. נסיבות מותו של אדוארד מעולם לא הובהרו; לא ידוע אם הוא נהרג בקרב בפועל או הוצא להורג לאחר הקרב על ידי הדוכס מקלרנס. במהלך עשר השנים הקודמות, מרגרט זכו למוניטין של תוקפנות ואכזריות, אבל לאחר התבוסה שלה בטוקסברי ומותו של בנה היחיד, היא הייתה שבורה לחלוטין ברוח. לאחר שנלקחה בשבי על ידי ויליאם סטנלי בסוף הקרב, מרגרט נכלאה בפקודת המלך אדוארד. היא נשלחה לראשונה לטירת וולינגפורד, ואז הועברה למגדל לונדון המאובטח יותר. הנרי השישי נכלא גם במגדל בעקבות טוקסברי והוא מת שם בליל ה-21 במאי; סיבת מותו אינה ידועה, אם כי חשדו ברצח המלך. ב-1472 היא הועברה למשמורת גבירתה לשעבר אליס צ'וסר, הדוכסית מסאפוק, שם היא נשארה עד שקיבלה כופר על ידי לואי השביעי ב-1475.