במהלך קרב מונטריי ב-21-24 בספטמבר 1846, סוללתו של דאנקן הוקצה לחטיבתו של תומאס סטניפורד בחטיבתו של ויליאם וורת. טיילור תקף את העיר מצפון, בעוד שלח את כוחותיו של וורת' לתקוף ממערב. סוללותיו של דאנקן וויליאם וו. מקאל היו מעורבות בהשתלטות על ארמון הבישוף ב-22 בספטמבר. דאנקן קיבל תואר קולונל על "התנהגות אמיצה ומצטיינת" במונטריי. בתחילת ינואר 1847 קיבל טיילור פקודה להעביר את הדיוויזיות של וורת' וטוויגס ושתי סוללות, כולל של דאנקן, לצבאו של וינפילד סקוט. דאנקן נלחם במצור על וראקרוז.
ב-9-29 במרץ 1847, בקרב סרו גורדו ב-17-18 באפריל, ובמחלוקת באמאזוק ב-14 במאי.