צבא גרמניה הפנה את תשומת ליבו מערבה, ובאפריל 1940 פלש לדנמרק
אני לא יודע. "שלסוויג-הולשטיין" הוקצה לחלק הימי של כוח הפלישה. במהלך הפלישה, הספינה הונחה לזמן קצר בחגורה הגדולה, מערבה לאגרסו. בעקבות המבצע, היא הועברה בחזרה למשימות אימונים, כספינת הדגל של ראש יחידות האימונים. בסוף 1943, הפעלה מחדש של "שלסוויג-הולשטיין" הוחלטה שוב. לטובתה הייתה העובדה שהיא שמרה על כמה דודנים על פחם, בהתחשב במצב היעדרת אספקת הנפט. כך, ב-1 בפברואר 1944 היא הוחזרה שוב לשירות, בתחילה חזרה לתפקידה הקודם כספינת אימונים לקדטים, ואז מאוחר יותר באותה שנה עגינה בגוטנהפן (גדיניה) לשיפוץ. היא הייתה אמורה להפוך לספינת ליווי של שיירות עם חימוש נגד מטוסים משופע מאוד, אך לאחר שנפגעה שלוש פעמים על ידי מפציצי חיל האוויר המלכותי ב -18 בדצמבר 1944, היא בסופו של דבר נסגרה במים רדודים. מכיוון שהספינה הייתה פגומה לצמיתות, צוותה נשלח לחוף כדי לסייע בהגנה על מרינבורג.