ב-23 באוגוסט 1951, ויזנר ירש את אלן דולס והפך לסגן המנהל השני לתכנון, עם ריצ'רד הלמס כמפקד המבצעים שלו. בתפקיד זה, הוא היה מכשיר בתמיכה בכוחות פרו-אמריקאים שהפילו
מוחמד מוסאדק באיראן ב-1953 וג'קובו ארבנץ גוזמן בגואטמלה ב-1954. פרויקט נוסף שבו היה מעורב היה בנוגע למנהיגי חטיבת בולארוס, יחידה שהוספכה לדיוויזיה של האס.אס הגרמנית, אשר קיבלו סיוע בארצות הברית לאחר מלחמת העולם השנייה, בעיקר בזכות מאמציו. בניגוד לחוק הפדרלי, אמר ג'ון לופטוס, משרד התיאום המדיני עזר להשיג ויזות לשיתופי פעולה נאציים מבלארוס, אשר סבורים שסייעו לפשעים הרבים של גרמניה הנאצית. לדברי לופטוס, כל זה היה חלק מתוכנית המלחמה הקרה לנהל מלחמת גרילה באירופה הכבושה על ידי הסובייטים, שבה משתפי הפעולה הנאצים היו לשחק תפקיד מרכזי. כאשר הפרויקט התמוטט, עם זאת, הלבנוצרים התיישבו במהירות וקיבלו אזרחות אמריקאית <unk> וסוכנויות המודיעין הגנו עליהם מפני חשיפה במשך עשרות שנים.