כתוב המשך לפרק זה - החל משנת 1942 היה קרוגר מסוגל להיות פתוח לגבי החברותו במפלגה הקומוניסטית של גרמניה ו-1943 הוא קיבל על עצמו אחריות על פרסום גרסה שוויצרית של כתב העת של התנועה המומכת במוסקבה עבור גרמניה החופשית ("Bewegung Freies Deutschland"). במהלך 1944 ו-1945 הוא חיבר באופן פעיל תמיכה לתנועת גרמניה החופשית במחנות העבודה השוויצריים, והחזיק בתפקיד מזכיר שוויצרי לתנועה עד שהתפרקה בסוף 1945. עד אז המלחמה הסתיימה.
, באופן רשמי במאי 1945, משאיר את שני השלישים המערביים של גרמניה מחולקים לארבעה אזורי כיבוש צבאי. בינואר 1946 חזר הרברט קרוגר לגרמניה, והתיישב לא בעיר הולדתו לשעבר ברלין, אלא באזור הכיבוש האמריקני, רחוק יותר מערבה. בין השנים 1946 ל-1948 הוא שימש כפקיד בכיר ("Regierungsrat") עם אחריות על רווחת הנוער במשרד העבודה והרווחה במדינת ההס החדשה. מעמדו הפך להיות חריג לאחר שנערכו בחירות אזוריות בדצמבר 1946, שבהן המפלגה הקומוניסטית ביצעה ביצועים גרועים ולאחר מכן הם נסוגו בהתאם מהסדרי שיתוף פעולה עם ה- SPD האזורי שהיו עד אז. זה היה יותר משנה לאחר מכן לפני שהמפלגה הורה קרוגר להתפטר ממשרדו בממשלה, אשר הוא עשה ב -31 בינואר 1948.