נסטה החל את העונה האחרונה שלו עם מילאנו על ידי זכייה בסופר קופה איטליה 2011 ב-6 באוגוסט 2011, בהביס את יריבי העיר Internazionale 2<unk>1 בבייג'ינג. מילאן סיימה במקום השני אחרי יובנטוס בסריה א.
באותה עונה, והושמדו בחצי הגמר של גביע איטליה ורבע הגמר של ליגת האלופות. ב-10 במאי, במהלך מסיבת עיתונאים, הודיע נסטה על פרישתו מסריא א' בסוף העונה. במהלך עשר העונות שלו במועדון המילאני, נאסטה צבר 325 משחקים, כבש 10 שערים. עם מילאנו, הוא זכה בשני תארים בסריה א', בקופה איטליה, בשני סופר קופה איטליה, בשתי ליגות האלופות, בשני גביע סופר של האו"ם ובגביע העולם למועדונים של פיפ"א.