ב-480 לפנה"ס, המלך הפרסי כסרקסס הקריב 1,000 בקר במקדש אתנה איליאס בזמן שצעד דרך האזור הלספונטי לעבר יוון. בעקבות התבוסה הפרסית ב-480-479, איליון והטריטוריה שלה הפכו לחלק מהחזקים היבשתיים של מיטילינה ונשארו תחת שליטה מיטילינית עד למרד מיטיליני כושל.
ב 428<unk>427. אתונה שחררה את מה שנקרא הערים האקטאיות כולל איליון והרשמה את הקהילות הללו לליגת דליאן. ההשפעה האתונאית בהלספונט פחתה בעקבות ההפיכה האוליגרכית של 411, ובאותה שנה הגנרל הספארטי מיינדרוס חיקל את כשרקסס על ידי הקרבה לאתונה איליאס. החל מ-410<unk>399, איליון היה בתוך תחום ההשפעה של השושלת המקומית בלמפסקוס (זניס, אשתו מאניה, והמשתלט מיידיאס) אשר ניהלו את האזור מטעם הסאטראפ הפרסי פרנבאזוס.