כתוב המשך לפרק זה - בשריפת קופנהגן של 1728
, ספריית האוניברסיטה הושמדה ו 30,000 כרכים אבדו בלהבות. רק חלק מהחומרים שנלקחו מהמתחם על ידי סטודנטים ופרופסורים בניגוד לכללים נשמרו. לאחר השריפה, הספרייה שוחזרה יחד עם שאר מתחם טריניטיס ונקטו צעדים לבניית אוסף חדש. בשנת 1730, ארני מגנוסון הוריש את אוסף הספרים והידיי שלו לספרייה. הוא כלל, באופן משמעותי ביותר, אוסף נרחב של כתבי יד איסלנדים ונורדיים אחרים, אשר מאז ידוע בשם אוסף כתבי היד של ארנאמאג'ניאן על שמו. הספרייה הציגה הלוואות ב-1788.