באפריל 2006 יחד עם צ'נטל גרוט, הינקליאן שרודר ואינג דקר, וולדהיוס קבעה שיא עולמי וזכתה במדליית הזהב במעבורת 4×100 מטרים חופשי באליפות העולם 2006 של FINA. היא לא הצליחה להגן על התואר שלה ב-50 מטר חופשי, והסתיימה במקום השלישי. היא סיימה במקום השני מאחורי יריבה העתיקה ליבי לנטון ב-100 מטר חופשי. בקיץ היא השתתפה באליפות אירופה באתרי מים 2006.
, בבודפשט, הונגריה, שם סיימה במקום השני במירוץ 100 מטר חופשי, מאחורי הגרמנית בריטה סטפן ששברה את שיא העולם, ושלישית במירוץ 50 מטר חופשי. בתחרות המילוי חופשי 4×100 מטר היא זכתה במדליית כסף יחד עם צ'נטל גרוט, אינג דקר וראנומי קרומובידג'ו. לאחר אליפות אלו היא נפרדה מהמאמן שלה, פדור הוס, והתחילה לעבוד עם ג'קו ורהרן, שבאותה תקופה עבד גם עם אלוף האולימפיאדים פיטר ואן דן הוגנבנד. בהלסינקי היא הגנה בהצלחה על תארים בגולשים חופשיים בגודל 50 מ' ו-100 מ' באליפות אירופה לשחייה במסלול קצר ב-2006, אך איבדה את תארים הסבב כשהקבוצה שלה סיימה במקום השני בגולשים חופשיים בגודל 4 × 50 מ' ולא התחילה בגולשים משולבים בגודל 4 × 50 מ'. ממש לפני האליפות היא שיפרה את השיא הלאומי של אנמרי וורסטפן ב-200 מטר חופשי.