כתוב המשך לפרק זה - לאחר ששרת בתחנה זו, קליי הועלה לתפקיד פוסט-קפטן ב-29 באפריל 1802. הוא שירת מ-20 ביולי 1805 עד מאי 1808 כקצין הרגולציה בבלפסט, ולאחר מכן הצטרף ל-98 תותחים כקצין מפקד. במהלך תקופה זו, סנט ג'ורג' הייתה ספינת הדגל של האדמירל סר אליאב הארווי. לאחר מכן עבר קליי לקחת פיקוד על ספינת ה-98 תותחים ב-6 בפברואר 1809, עם הוראות לחזור לבאלטים כספינת הדגל של סר מנלי דיקסון. מלחמה פרצה עם הדנים.
לאחר קרב קופנהגן השני ב-1807, צי בריטי הוצב בים הבלטי תחת פיקודו של סר ג'יימס סומארז. "טמרייר" הגיע במאי 1809 ונשלח לחסום את קרלסקרונה על החוף השבדי.