ב-1172 מורסיה נכבשה על ידי אלמוהדים מצפון אפריקה, האימפריה המוסלמית האחרונה ששלטה בדרום ספרד, וכשהכוחות של Reconquista הנוצרי זכו ביד העליונה, הייתה בירת אמירתי מוסלמי קטן מ 1223 עד 1243. על ידי הסכם אלקרז, ב-1243, המלך הנוצרי פרדיננד השלישי מקסטיליה הפך את מורסיה לחסות, וקיבל גישה לים התיכון בעוד מורסיה הייתה מוגנת מפני גרנדה ואראגון. האוכלוסייה הנוצרית של העיר הפכה לרוב כאשר מהגרים זרמו כמעט מכל חלקי חצי האי האיברי. ההגירה הנוצרית עודדה במטרה להקים בסיס נוצרי נאמן. אמצעים אלה הובילו למרד המוסלמי העממי.
ב-1264, שנדחק על ידי ג'יימס הראשון מאראגון ב-1266, כובש את מורסיה והביא עמו מהגרים אראגונים וקטלאנים.