השלים את המשפט הבא: כאשר פרצה המלחמה עם מקסיקו, מורגן מונה לקולונל של חיל הרגלים המתנדב השני של אוהיו. לאחר מכן הוא הועמד לקולונל של חיל הרגלים האמריקני ה-15 במרץ 1847, שירת תחת גנרל וינפילד סקוט. כדי לשים קץ למלחמת הגרילה והרצח של חיילים אמריקאים, קולונל מורגן תפס מספר אזרחים מקסיקנים בולטים ופרסם הכרזה שהודיעה שכל חייל אמריקאי שנהרג על ידי הגרילות, אזרח ייהרג. הרציחות הפסיקו מיד. הוא הועלה לגנרל-בריגדיר ב-1848 על גבורה שלו בקרב קונטרראס ו
צ'רובוסקו, שם הוא נפצע קשה. לאחר שחזר לאוהיו כדי להחלים, הוא קיבל את התודה הרשמית של המחוקקים באוהיו.