השלים את המשפט הבא: בשנת 1341 איפשר המלך יוחנן של בוהמיה למשפחות יהודיות לגור בתוך חומות העיר, והבית הכנסת הראשון נבנה בשנת 1380; עם זאת, מספר פוגרומים התרחשו בסוף המאה ה -15 ותחילת המאה ה -16. מאז
במהלך מלחמות ההוסיטים, העיר הייתה מסורתית מצודה של הכנסייה הקתולית במהלך הסכסוכים הדתיים הארוכים בממלכת בוהמיה. כחלק ממלכות ההבסבורגים משנת 1526, בודהיוביץ' נשארה תומכת נאמנה של הקיסר פרדיננד השני במלחמת שלושים השנים. בודהיוביץ סבלה מעצמה קצרה על ידי פרוסיה במהלך מלחמות סליזיה, ומלחמת האבסבורגים עם הצבא הצרפתי בשנת 1742.