ג'ונסון התחיל את עונת 2016 היטב עם שישה סיכומים בין עשרת הראשונים בעשר האירועים הראשונים שלו. לאחר שני סיום מחוץ ל-10 הראשונים, הוא היה קרוב לזכייה בטורניר הזיכרון, סיים זריקה אחת מאחורי המנצח הסופי ויליאם מק'גירט. הוא השיג עוד סיום בעשר הראשונים ב"פדקס סנט ג'וד קלאסי" שבוע לאחר מכן. ג'ונסון זכה באליפות ארה"ב הפתוחה ב-2016
לדרוש את התואר הגדול הראשון שלו ב-19 ביוני 2016 בהופעתו הגדולה ה-29. הניצחון היה עטוף במחלוקת, עם זאת, כשג'ונסון קיבל עונש של ירייה אחת לאחר סיום הסיבוב האחרון שלו בשל תקרית על הירוק החמישי. בזמן שהוא התכונן לפנות את הכדור ל-par putt, הכדור שלו זז מעט. ג'ונסון התרחק ואמר שהוא לא פנה לכדור. לאחר שדיבר עם קצין החוקים במקום, נאמר לו להמשיך עם הזריקה שלו, והוא הצליח. בסופו של דבר הוא ניצח בשלוש מכה לפני שיין לורי, סקוט פירסי וג'ים פיוריק. אירוע הכדור המנוע עורר זעם בקרב רבים מהגולפאים המובילים בעולם, כששחקנים כמו ג'ורדן ספית', רורי מקילרוי, ריקי פאוולר ו-ווב סימפסון פנו לרשתות החברתיות כדי למתוח ביקורת על החלטת ה-USGA. ג'ונסון עלה בשלוש עמדות ב-OWGR למספר שלוש לאחר הניצחון הזה.