הוא הצטרף לחיל האוויר הסודני ב-1973. חוסיין סיים את לימודיו באוניברסיטת קרנפילד המפורסמת בבריטניה עם תואר שני בהנדסה אווירית ב-1982. הוא שיחק תפקיד מרכזי בהפיכה הסודנית ב-1989.
, ולאחר מכן בשנת 1990 הפך למזכיר הכללי של מועצת הפיקוד המהפכני עבור הישועה הלאומית; הרשות השלטת של סודן בין 1989 ל -1993.