כתוב המשך לפרק זה - סכסוך
התרחשה בין הממשלה לבין המורדים האתניים האלבנים, בעיקר בצפון ומערב המדינה, בין פברואר לאוגוסט 2001. המלחמה הסתיימה עם התערבותו של כוח פיקוח של נאט"ו. על פי תנאי הסכם אוהריד, הממשלה הסכימה להעביר כוח פוליטי גדול יותר והכרה תרבותית למיעוט האלבני. הצד האלבני הסכים לוותר על דרישות הפרדה ולהכיר במלואם בכל המוסדות של מקדוניה. בנוסף, על פי ההסכם הזה, NLA היה לפרק את הנשק שלהם ולמסור את הנשק שלהם לכוח נאט"ו.