מלא את המשפט הבא: במרץ 1861, פרגוסון מונה לקפטן במליציית דרום קרוליינה, ולאחר מכן מונה לסגן וסייע למחנה של גנרל בריגדיירים של צבא קרוליינה, פ.ג.ט. בורגארד. הוא היה אחד הקצינים שקיבלו את הכניעה הרשמית של רב-סרן רוברט אנדרסון בפורט סאמר, הרים את דגל הקונפדרציה הראשון, ופרסם את השומרים הראשונים בפורט סאמר. לאחר המצור, הוא נשלח להציג את דגל הקונפדרציה הראשון שנפגע על ידי ירי אויב לקונגרס הזמני של מדינות הקונפדרציה. הוא היה סגן-קולונל ועוזר-המחנה של גנרל בורגארד במהלך
הקרב על שילו. במהלך קרב פארמינגטון, הוא היה בגדוד הפרשים ה-28 של מיסיסיפי. הוא פיקד על היחידה בעת ההגנה על ויקסבורג, ועזר לעצור התקפות שנערכו על ידי מייג'ור גנרל ויליאם ט' שרמן וקומדור דוד פורטר.