השלים את המשפט הבא: ב-11 באוגוסט 2012, באפון הרים את הגביע הראשון שלו כקפטן יובנטוס החדש, בעקבות עזיבתו של אלסנדרו דל פיירו כאשר יובנטוס ניצחה את נאפולי 4<unk>2 בזמן ההתרחבות
סופר קופה איטליה 2012 בבייג'ינג. בופון סבל מפציעה קלה וחמיץ את המשחק הראשון של סרייה א' בעונת 2012-13 נגד פרמה ב-25 באוגוסט 2012. ב-2 בספטמבר הוא חזר לקבוצת הימורים למשחק הבא נגד אודינזה באודינה, כשהוא חובש את צמיד הקפטן. יובנטוס ניצחה את המשחק 4-1. ב-20 בספטמבר, במשחק הראשון של יובנטוס בליגת האלופות העונה נגד האלופים המכהנים צ'לסי, באפון הופיע במירוץ ה-400 שלו עבור יובנטוס; המשחק הסתיים בהגרלה של 2-2. בופון השיג את הדף הנקי הראשון שלו בעונה בניצחון של 2 ל-0 נגד צ'יבו ב-22 בספטמבר.