זה הוביל לרגע המסוכן ביותר בקריירה של פרדיננד, ב-1529, כאשר סולימאן ניצל את התמיכה ההונגרית הזו לתקיפה מסיבית אך בסופו של דבר ללא הצלחה על בירת פרדיננד:
המצור על וינה, אשר שלח את פרדיננד למקלט בבוהמיה. פלישה עות'מאנית נוספת נדחתה בשנת 1532 (ראה מצור גונס). באותה שנה חתם פרדיננד על שלום עם העות'מאנים, וחלק את הונגריה לשני חלקים: תחום של האבסבורגים במערב ושטח של ג'ון זאפוליה במזרח, שהפך למעשה למדינה שושלת של האימפריה העות'מאנית.