לאחר שהצי של וירג'יניה הצטרף לחיל הים של הקונפדרציה, ברון קיבל פקודה כמפקד ונבחר לראש משרד הפקודות והפרטים ב-10 ביוני. בארון נשאר בתפקיד זה עד 20 ביולי, כאשר מזכיר הצי של הקונפדרציה, סטיבן ר' מאלורי, הסכים לבקשתו של בארון להיות מפקד הגנות החוף של וירג'יניה וצפון קרוליינה, נמל חשוב עבור פרטי הקונפדרציה המבוססים בפמליקו סאונד. הגיע למפקדה שלו בפורט האטרס
ב-28 באוגוסט, בארון פיקד על ההגנה על שני המבצרים, האטראס וקלארק, נגד קצין דגל האיחוד סילאס ה. סטרינגהם במהלך קרב המפרץ האטראס ב-28 באוגוסט. ברון נלכד לאחר כניעת שני המבצרים. נערך בפורט קולומבוס על האי המושל בנמל ניו יורק, ואז בפורט. וורן, נמל בוסטון, בארון שוחרר בסופו של דבר בהחלפת אסירים בשנה הבאה.