הוא התגייס לצבא האיחוד במאי 1861 וקיבל משרה כקצין בגדוד חיל הרגלים המתנדב התשיעי בניו יורק, הידוע בכינויו "הזואבים של הוקינס", ולאחר מכן בגדוד הצבא התשיעי, שם שירת תחת פיקודו של גנרל בנג'מין באטלר בקרב ביג בת'ל ובמסע המפרץ האטרס.
אני לא יודע. בשנת 1862 הוא ליווה את צבא הפוטומק במשלחת רואנוק של הגנרל אמברוז ברנסייד ולקח חלק בקרבות של מפרץ האטרס, אי רואנוק, סאות' מאונטיין, אנטיטאם ופרדריקסבורג. לאחר שנפצע פעמיים במהלך המערכה, ג'ארדין הועלה לדרגת מייג'ור על "התנהגות אמיצה" ופיקד לזמן קצר על גדוד הרגלים ה-89 בניו יורק.