הוא נמצא מת ב-24 במרץ 2015, בקספיסק בנסיבות חשודות, למרות שהחקירה הרשמית קבעה שהוא מת מסיבות טבעיות. תנועת סדואל פרסמה הצהרה שבה מנהיגיה, נאזים ג'אגיב, הצהיר בפומבי שהוא משוכנע שמגומדרגימוב נהרג בשל פעילותו (ג'אגיב עצמו נרצח שנה לאחר מכן). בשנת 2021 חקירה של שפיגל, בלנגקט ו- The Insider, הציע כי מגומדרגימוב אולי היה קורבן של אותו צוות של ה- FSB שהיה מעורב בהרעלת אלכסיי נאבלי
אני לא יודע.