הכוחות בעלות הברית לא ניסו לכבוש מחדש את האיים ג'אווה, סומטרה, טימור או באלי במהלך המלחמה. הכוחות היפנים באיים האלה נכנעו.
בסיום מלחמת העולם השנייה. מרבית אנשי הצבא היפני ומנהלי המושבות האזרחיים הוחזרו ליפן לאחר המלחמה, למעט כמה מאות שנעצרו לחקירות של פשעי מלחמה, שחלקם הועמדו מאוחר יותר למשפט. כ-1,000 חיילים יפנים נטשו את יחידותיהם והתמזגו בקהילות המקומיות. רבים מהחיילים הללו סיפקו סיוע לכוחות הרפובליקנים האינדונזיים במהלך המהפכה הלאומית האינדונזית.