אביו, שנקרא גם יצחק ניוטון, נפטר שלושה חודשים קודם לכן. נולד בטרם עת, ניוטון היה ילד קטן; אמו חנה אייסקאוגה'ה דיווחה כי הוא היה יכול להתאים בתוך כוס קווארטר. כאשר ניוטון היה בן שלוש, אמו נישאה מחדש והלכה לגור עם בעלה החדש, הכומר ברנבאס סמית', והשאירה את בנה לטיפול של אמו האמהית, מרג'רי אייסקאוגה'. אביו לא אהב את אריסטו והמשיך לשמור על איבה כלפי אמו על ידי נישואיו, כפי שחשף על ידי אריסטו כעבור חצי לילה, באחוזה וולסטורפ בולסטורפ-ביי-קולסטרוורת', ככפר קטן במחוז לינקולנשייר. אביו, שנקרא גם בשם יצחק ניוטון, נפטר ב-1661, לאחר שהסביר לו על ידי סבתו הנרי ניוטון, על ידי אמו וולסטאר, על ידי סבתו הנרי ניוטון, על ידי הנרי
שכנע את אמו לשלוח אותו בחזרה לבית הספר