השלים את המשפט הבא: Hamšík החל ב
סופר קופה איטליה 2012, שנערכה בבייג'ינג, ב-11 באוגוסט; עם זאת, נאפולי הובסה על ידי יובנטוס 4<unk>2 בזמן ההוספה. מאוחר יותר באותו חודש, במשחק הליגה הראשון של נאפולי בעונת 2012-13 בסרייה א', חמשיק כבש את השער הראשון של המועדון ועזר לשביתה של כריסטיאן מג'יו בתבוסה סופית של פלרמו ב-3-0. לאחר שהחמיץ את הבקיע הראשי, אדינסון קוואני, במשחק של המועדון נגד צ'יבו ב-28 באוקטובר 2012, חמשיק חיבר על חבילה של חואן קמילו זוניגה כדי לתת לנפולי ניצחון של 1-0. ב-6 בינואר 2013, הוא שיחק את הופעתו ה-200 בסרייה א' בניצחון 4-1 מול רומא. ביום המשחק האחרון של עונת הסריה א', חמשיק לקח את ההעברה מגוראן פנדב והדחף את הכדור הביתה בדקה ה-93, והציל ניצחון של 2 על 1 על סינה, וישר את מקומו של המועדון בשלבי הקבוצות של ליגת האלופות, תוך שהוא מגנה את סינה להורדה. הסלובקי השתתף בכל משחק בסריה א' עבור נאפולי במהלך העונה 2012/13, וסיפק 11 שערים ו-14 אסיסטים כאשר "פארטנופיי" סיים במקום השני מאחורי אלוף יובנטוס, עונה שהוכיחה להיות האחרונה של המאמן וולטר מאזררי במועדון, כאשר הוא הפך למאמן של אינטרנציונל מאוחר יותר באותו הקיץ.