לאחר תיקונים קצרים, הצטרפה "קוואליאר" לנחיתה החזרות בהוואי, וב-15 בספטמבר 1944, הפליגה למאנוס והכנות אחרונות לנחיתה בלייט
, הצעד הראשון לשחרור הפיליפינים. עם כוח ההתקפה הדרומי היא הפליגה ב-14 באוקטובר, ולאחר מעבר שקט, הגיעה לדולאג, לייטה ב-20 באוקטובר. תכנון והכשרה יסודיים השתלמו. הסירות של "קוואליאר" נחתו חיילים וציוד בצורה חלקה. היא נשארה מחוץ לחוף, סיימה את הפריקה וקיבלה נפגעים, עד 23 באוקטובר, כאשר היא פנתה למאנוס ערב קרב מפרץ לייטה.