כתוב המשך לפרק זה - מלחמת העולם השנייה פרצה ב-3 בספטמבר, וקלה נפל לידי הגרמנים ב-25 במאי 1940. מחלקת פא-דה-קלאה הפכה לאזור של שליטה מיוחדת, המנוהל על ידי "Oberkommando der Wehrmacht" בבריסל, בלגיה. לאורך החוף היה "אזור האדום". נאמר שהחוק הצרפתי לא חל באזור הזה. תחת תנאי הפסקת האש
, צרפת הייתה למסור את מסילות הרכבת שלה לגרמנים ללא נזק ועובדת עם הרשויות הגרמניות כדי לשחזר אותם למצב שימושי. בשנת 1940, שירותי הנוסעים האזרחיים הצטמצמו לשתי פעמים ביום, אם כי רכבות אחרות היו פועלות עבור הצבא של אנשי הצבא. בשנת 1942, ה- "Marine Verpflegungsamt" (MVA) הפך אחראי על ניהול מערכת VFIL בפס-דה-קלה. ב-1943, ה-MVA דרשה מ-TVAPA להעביר 240 טונות של חומר ביום לתמיכה בבניית אתרי שיגור לפצצות מעופפות V-1 בג'ורני. ב-1943, שירותי מטען רצו פעמיים ביום, שלושה ימים בשבוע.