בינתיים, בודהיזם מזרח אסיה סבל ממלחמות שונות שהרסו את סין בתקופה המודרנית, כגון מרד טייפינג
ומלחמת העולם השנייה (ששפיעה גם על הבודהיזם הקוריאני). במהלך התקופה הרפובליקנית (1912-1949), התפתחה תנועה חדשה בשם בודהיזם הומניסטי על ידי דמויות כמו טייקסו (1899-1947), ולמרות שמוסדות בודהיסטיים נהרסו במהלך המהפכה התרבותית (1966-1976), הייתה תחייה של הדת בסין לאחר 1977. גם הבודהיזם היפני עבר תקופת מודרניזציה בתקופת מייג'י. בינתיים, באסיה המרכזית, הגעת הדיכוי הקומוניסטי לטיבט (1966-1980), ומונגוליה (בין 1924-1990) הייתה השפעה שלילית חזקה על מוסדות בודהיסטיים, אם כי המצב השתפר במקצת מאז שנות ה-80 וה-90.