בין השנים 1570-80 פפרוצקי התאמת עם המאמצים הפוליטיים האומללים של משפחת זבורובסקי, הצטרף לשורות המפלגה הקתולית ותמך במועמדותו של המקסמיליאן השני, הקיסר הרומי הקדוש, לכס הפולני (בחירה מלכותית). פפרוצקי תמך במרד דנזיג, ובשנת 1577 השתתף במצור על דנזיג. בעקבות מאמציו הכושלים של מקסימיליאן השלישי, הארכידוכס האוסטרי לכתר הפולני ולאחר הניצחון של זיגיסמונד השלישי ואסה בשנת 1588 בקרב ביצ'ינה
, פפרוצקי נאלץ לעזוב את פולין והלך לגלות פוליטית במורביה.