הקתדרלה שרדה את רעידת האדמה של ניקרגואה בשנת 1931, מכיוון שרק הליבה הברזלית שלה הוקמה באותה עת. ארבעה עשורים לאחר מכן, הקתדרלה נפגעה קשות במהלך רעידת האדמה של ניקרגואה בשנת 1972
, והבניין נחרץ לאחר מכן, למרות שלא נהרס. סגירת הקתדרלה הובילה בסופו של דבר לבניית הקתדרלה המטרופוליטית של תפיסה טהורה של מרי, הידועה גם כקתדרלה החדשה של מנאגואה, אשר הושלמה בשנת 1993. מאז, השיקום של הקתדרלה העתיקה נראה אפשרי.