לאחר הפלישה הגרמנית ב-1939, פולין הגדולה הצטרפה לגרמניה הנאצית, והפכה למחוז שנקרא, מאוחר יותר Reichsgau Wartheland (השם הגרמני לנהר וארטה). האוכלוסייה הפולנית והיהודית מסווגת על ידי הנאצים כבלתי אנושית והייתה נתונה לרצח עם מאורגן, הכולל רצח המוני וטיהור אתני, כאשר בכירים לשעבר רבים ואחרים שנחשבו כאויבים פוטנציאליים על ידי הנאצים נכלאו או הוצאו להורג, כולל במחנה הריכוז הידוע לשמצה פורט VII בפוז'ניין. פוז'ניין הוכרזה כעיר מבצר (Pozna) בשלבים הסופיים של המלחמה, שנלקחה על ידי הצבא האדום בקרב פוז'ניין
, שהסתיימה ב-22 בפברואר 1945.