לאחר פרוץ מלחמת העולם השנייה, הונר התגייס לכוח האימפריאלי האוסטרלי השני (2nd AIF) ב-24 באוקטובר 1939. בדצמבר 1939 הוא קיבל את פיקודו בחברת "C" של הגדוד ה-2/11, גדוד חיל רגלים מערבי אוסטרלי, בדרגת קפטן. הונר והגדוד שלו הפליגו למזרח התיכון באפריל 1940, והגיעו בחודש שלאחר מכן. לאחר אימונים בפלסטין, החלו חיילי פלוגת הונר להילחם במלחמות במערכה במדבר המערבי נגד האיטלקים בברדיה.
, טוברוק ודרנה לפני שנשלח ליוון בעקבות הפלישה הגרמנית באפריל 1941. ביוון, הונר הוביל את אנשיו בסדרה של נסיגות קרבות כשהם נדחפו בחזרה על ידי כוחות גרמניים חזקים יותר. מאוחר יותר הם הועברו לכרתים, שם הם לקחו חלק בקרב הכבד סביב רטימו. לאחר מכן הוביל הונר קבוצה מעבר לאי כדי להימנע מעצר, ולאחר פגישה עם צוללת של הצי המלכותי, הם פונו לאלכסנדריה. לאחר מכן הועלה לדרגת מייג'ור, ועל מנהיגותו במהלך הלחימה סביב תרמופילים במערכה היוונית הקודמת, הוענק לו הצלב הצבאי.