במהלך מלחמת מקסיקו-אמריקה, הוא נלחם בקרב קונטרראס ובקרב צ'רובוסקו
שניהם באוגוסט 1847. במהלך הקרב על צ'רובוסקו נפצע שוב, והביצועים שלו שם בשילוב עם פעולותיו בקונטרס הביאו לו את דרגת מייג'ור ב-20 באוגוסט. לאחר מכן השתתף ווקר בקרב מולינו דל ריי בתחילת ספטמבר ונפצע שוב, הפעם בגב. בעקבות פעולותיו שם הוא הועבר לסגן קולונל ב-8 בספטמבר.