ב-1656, מתח בין פרוטסטנטים וקתולים עלה שוב והוביל להתפרצות מלחמת וילמרגן הראשונה. הקתולים ניצחו ויכלו לשמור על שליטתם הפוליטית. מלחמת טוגנבורג
בשנת 1712 היה סכסוך בין קנטונים קתולים ופרוטסטנטים. על פי שלום אראו מ-11 באוגוסט 1712 ושלום באדן מ-16 ביוני 1718, המלחמה הסתיימה עם סוף ההגמוניה הקתולית. גם מלחמת הסונדרבונד של 1847 הייתה מבוססת על דת.