כתוב המשך לפרק זה - לאחר פרישתו כשחקן, ג'ונסון הפך למנהל מצליח. הוא הוביל את ניו יורק מטס לתואר סדרת העולם ב-1986, ולתואר נוסף בליגה הלאומית המזרחית ב-1988. הוא זכה בפרס מנהל השנה של הליגה האמריקאית בשנת 1997 כאשר הוביל את בולטימור אוריולס אל אליפות הליגה המזרחית של הליגה האמריקאית. הוא זכה באותה פרס בליגה הלאומית בשנת 2012 כאשר הוביל את וושינגטון נשיונלס לתואר הדיוויזיה הראשון של הזכייה מאז שעבר לוושינגטון הבירה, והראשון שלהם מאז 1981. ג'ונסון ניהל קבוצות שהגיעו לסדרת אליפות הליגה שלהם בשלוש שנים ברציפות - סינסינטי רדס ב-1995 והאוריולס בשתי 1996
ובשנת 1997. הוא גם ניהל את הדודג'רס של לוס אנג'לס.