כתוב המשך לפרק זה - ברגע שמלחמת האזרחים האמריקאית החלה ב-1861, כוחות הקונפדרציה השתמשו בקופלה של ביתו של וינדזור כפלטפורמת תצפית ותחנת אות. באביב 1863, כחלק ממסע ויקסבורג שלו, אוליסס ס. גרנט ו-17,000 חיילי האיחוד נחתו בנמל ברונסבורג והשתלטו על האחוזה של וינדזור. לאחר קרב פורט גיבסון
, האחוזה שימשה על ידי חיילי האיחוד כבית חולים וכמקום תצפית. למשפחת דניאל הורשה לגור בקומה השלישית של האחוזה במהלך הכיבוש של האיחוד.