כתוב המשך לפרק זה - במהלך מלחמת האזרחים 1947-1948 בפלסטין המנדטורית
, התושבים ברחו בכמה שלבים. רובם נמלטו בתחילת מאי לעבר אל-טירה וכאשר אל-טירה הייתה נטושה הם עזבו לג'נין. חלקם חזרו ונשארו באל-סרפנד עד שכוחות ישראלים - המורכבים מבריגדות קרמלי ואלכסנדרוני - תקפו את הכפר ב-16 ביולי 1948. באותו זמן, מתנדבים של צבא השחרור הערבי ומיליציה מקומית הגנו על אל-סרפנד. רוב התושבים נמלטו לקו הדרום-מזרחי של ואדי ארה, היכן שהצבא העיראקי היה מוצב. מאוחר יותר, הם חצו את נהר הירדן, ומאז רוב הפליטים של אל-סרפנד חיים בירדן. רק תושב אחד לשעבר של אל-סרפנד נשאר בישראל. בתי הכפר לא נהרסו מיד על ידי הישראלים ונותרו ריקים במשך שנים רבות. כשהם נהרסו בסופו של דבר, המסגד היה הבניין היחיד שנשמר.