ב-אתונה, הממשלה האוליגרכית ששלטה מאז 411 הפכה לדמוקרטיה שחזרה תוך כמה חודשים מהקרב. כוח משלחת תחת פיקודו של טרסילוס היה מוכן להצטרף לכוחות בהלספונט. עם זאת, הכוח הזה לא עזב עד למעלה משנה לאחר הקרב, ולמרות שהאת'נים כבשו לבסוף את ביזנציה וחזרו לאסוף מחווה מקלקדון, הם מעולם לא השתמשו באמת ביתרון שקיזיקוס נתן להם. בעיקר, זו הייתה תוצאה של חוסר יכולת פיננסית; אפילו לאחר הניצחון, האוצר האתני היה תחת לחץ קשה כדי לתמוך בפעולות התקפה בקנה מידה גדול. בינתיים, הספרטנים, עם מימון פרסי, בנו במהירות את הצי שלהם, והיו ממשיכים לערער את היתרון האתני. אתונה תנצח רק בקרב ימי אחד נוסף במלחמה, בארגנוסאי, וההפסד שלהם באגוספוטמי
בשנת 405 לפנה"ס, תביא את המלחמה לסיומה. למרות שקיסיקוס היה ניצחון דרמטי עבור האתונאים, הספרטאים הצליחו בסופו של דבר לשחזר את כוחם ולסיים את המלחמה לטובתם, עם כניעת אתונה ובעלות בריתה 6 שנים מאוחר יותר.