השלים את המשפט הבא: כאשר פרצה מלחמת האזרחים, קירקלנד מונה בתחילה לקפטן בצבא הקונפדרציה ולאחר מכן נבחר לקולונל של המתנדבים ה-11 של צפון קרוליינה, שהוכרז מאוחר יותר כ-21 צפון קרוליינה, ביוני 1861. הוא פיקד על הגדוד שלו במנאססס הראשונה כחלק מהבריגדה של הגנרל מילדג' בונהם, אך לא היה מעורב באופן משמעותי. באוקטובר, ה-21 צפון קרוליינה הוקצה לחטיבת אייזק טרימבל ובאביב שלאחר מכן, הוא השתתף במסע עמק שננדואה של סטונוול ג'קסון. קירקלנד נורה בשני הירכיים במהלך
הקרב הראשון של וינצ'סטר, שהוציא אותו מהקרב לכמה חודשים. במהלך ההחלמה שלו, קירקלנד שימש כראש הסגל של פטריק קלבורן במהלך מסע המערכה של מרפריסבורו בדצמבר 1862.