ב-1528 יוחנן נמלט מהונגריה לפולין, שם הוא נשאר עם הנסיך יאן אמור טארנובסקי. בשנת 1529 התקרב יוחנן לאוטומנים, והסכים להפוך את הונגריה למדינת נתינה בתמורה להכרה ותמיכה. סולטן סולימאן המפואר הסכים, ושלח צבאות עות'מאניים לפלוש לאוסטריה (שכולל את המצור על וינה
), מלחמה שנמשכה עד 1533. זה איפשר ליוחנן להחזיר את מעמדו בהונגריה בשנת 1529, על ידי מאמציו של האח ג'ורג' מרטינוצי, למרות הקשר עם העות'מאנים אשר טמא אותו באותו הזמן. מרטינוצי הפך לאוצר המלכותי ולשר הנאמן ביותר של ג'ון.