הוא נסע להונג קונג ומת שם ב-7 בדצמבר 1899, מהתקף לב. שרידיו נקברו בהונג קונג ובשנת 1920 הוצאו מהגופה ושמרו בביתו של אנדרס לונה, כדי שיועברו מאוחר יותר לנישה בקריפטת כנסיית סן אוגוסטין בפיליפינים. חמש שנים מאוחר יותר, חואן יחזור להיות אמן בעל שם עולמי ו"אנשים ומלכים", יצירתו הגדולה האחרונה, הוכרזה כפרסומת הטובה ביותר בתערוכה העולמית בסנט לואיס
בסנט לואיס, מיזורי. חלק מהציורים שלו הושמדו באש במלחמת העולם השנייה.