במאי 1859 אוסטריה סבלה תבוסה צבאית בקרב וארזה וביוני במגנטה
נגד הכוחות המשולבים של צרפת וסרדיניה. הקיסר סירב להכיר בחומרת המצב שגרם קשיים גדולים בבית, וקיבל פיקוד ישיר על הצבא, אם כי לא חייל מקצועי. מאוחר יותר באותו חודש תבוסה נוספת בסולפרינו חתמה על גורל אוסטריה, והקיסר מצא את עצמו חייב לקבל את תנאיו של נפוליאון בווילפרנקה. אוסטריה הסכימה לוותר על לומברדיה, ושליטי המדינות המרכזיות של איטליה יוחזרו. עם זאת, הדבר האחרון מעולם לא התרחש, ובשנה שלאחר מכן בפלביסיטים, כולם הצטרפו לממלכת סרדיניה-פידמונט. עד אפריל 1860 גריבלדי פלש ולקח במהירות את סיציליה, ועד פברואר 1861 ממלכת שתי סיציליות חדלה להתקיים, פרנסיס ומריה נמלטו לאוסטריה.