רכבת היא אמצעי התחבורה העיקרי בטוקיו, שיש לה את רשת הרכבות העירונית הנרחבת ביותר בעולם ורשת נרחבת באותה מידה של קווי שטח. ג'יי.אר. איסט מפעילה את רשת הרכבות הגדולה ביותר בטוקיו, כולל קו ימאנוטה המקיף את מרכז העיר טוקיו. שני ארגונים שונים מפעילים את רשת הרכבת התחתית: מטרו טוקיו הפרטי ומשרד התחבורה העירוני של טוקיו הממשלתי. ממשלת הטוקיו והמובילים הפרטיים מפעילים קווי אוטובוסים ודרך חשמלית אחת. שירותים מקומיים, אזוריים ולאומיים זמינים, עם מסופים גדולים בתחנות הרכבת הענקיות, כולל טוקיו, שינאגווה ושנז'וקו. שאלה: מהו קו רכבת אחד ביפן?
קו ימאנוטה