ב-9 באפריל 1940, כוחות גרמניים פלשו לכבוש את דנמרק.
אני לא יודע. במהלך הכיבוש הגרמני, הוא שמר על פרופיל נמוך, אבל הוא ניסה לשמור על הרוח על ידי שירה מחמאה מוסתרת. בשנת 1940 תרמה הננינגסן את השיר לרוויו "Dyveke" של קיילד אבל, שכינה את ההתנגדות לנאצים באופן בולט שהצנזורה הגרמנית פירשה באופן שגוי כשיר על קשרים מגבילים של נישואין. לפני שהנאצים יכלו לגרש אותו למחנות הריכוז או לסכן אותו בדרך אחרת, הוא עזב בחשאי את דנמרק יחד עם רוב היהודים הדנים בשנת 1943. הוא נמלט לשוודיה הנייטרלית עם האדריכל היהודי ארנה ג'ייקובסן ונשיםיהם בסירה משוטרת שהובילה מהנדס אזרחי יהודי ותלמיד משוטר בשם הרברט מרקוס.