במהלך מלחמות נפוליאון, מואקון הוביל את הגדוד ה-39 של המרשל מישל ניי בקמפיין 1805 באלצ'ינגן ובקמפיין 1806-07 בינה, מגדבורג, סולדהו ואילאו. הוא הועבר לקצין גנרל, והוביל חטיבה בפרידלנד ב-1807. בספרד בין 1808 ל-1811, הוא פיקד על חטיבה בגאלגוס, טמאמס
, אלבה דה טורמס, סיודאד רודריגו, אלמידה, בוסאקו, קאסל נובו, ופואנטס דה אונורו.