ב-30 ביוני 1989, קולונל עומר אל-באשיר הוביל הפיכה צבאית ללא שפיכות דמים
אני לא יודע. הממשלה הצבאית החדשה השעתה את המפלגות הפוליטיות והכניסה קוד חוקי אסלאמי ברמה הלאומית. מאוחר יותר אל-באשיר ביצע טיהורים והוצאות להורג בשורות העליונות של הצבא, איסור על איגודים, מפלגות פוליטיות ועיתונים עצמאיים, והכלא של דמויות פוליטיות עיקריות ועיתונאים. ב-16 באוקטובר 1993 מינה אל-באשיר את עצמו ל"נשיא" ופיזר את מועצת הפיקוד המהפכנית. הסמכויות המבצעות והחוקיות של המועצה נלקחו על ידי אל-באשיר.