השלים את המשפט הבא: במהלך החורף של 1861-62, ווילסון השתתף בשמירה על מסילת הרכבת בבולטימור ואוהיו ובקמפיינים בווירג'יניה תחת הגנרלים נתניאל בנקס וג'ון פופ. הוא נלחם בקרב אנטיאטם, ב-17 בספטמבר 1862. ב-5 במאי 1863, הוא נפצע קשה בקרב צ'נסלורסוויל, וירג'יניה. הוא לא חזר לשירות עד ספטמבר 1863 תחת פיקודו של הגנרל ג'וזף הוקר, כאשר חיל ה-11 וה-12 של צבא הפוטומק עבר מערבה כדי לחזק את צבא קומברלנד סביב צ'אטנוגה, טנסי. שם, ווילסון השתתף בקרבות של ווהאטצ'י,
הר Lookout, רכס מיסיונרי, Peavine Creek, ו Ringgold Gap.