השלים את המשפט הבא: כ-52,000 אסירים הוחזקו שם בתקופת פעילותה. האסירים היו בעיקר מ תנועות ההתנגדות בשטחים הכבושים על ידי הגרמנים. זה היה מחנה עבודה, מחנה מעבר, וכשהמלחמה התקדמה, זה היה מקום להוצאה להורג. חלקם מתו מאמצי העבודה והתת-תזונה. היו כ - 22,000 מקרי מוות במחנה, כולל רשת המחנות המשניים. אסירים רבים הועברו למחנות אחרים; בפרט, בשנת 1944 ראש לשעבר של מחנה הריכוז אושוויץ הובא כדי לפנות את האסירים של Natzweiler-Struthof לדאכאו
צבאות בעלות הברית התקרבו. רק צוות קטן של אנשי הס"ס הנאצים נותר עד שהמחנה שוחרר על ידי הצבא הצרפתי הראשון תחת פיקודו של קבוצת הצבא השישית של ארצות הברית ב-23 בנובמבר 1944.