עם נבחרת הכדורגל הלאומית של ברזיל, ז'וניור זכה בתשע עשרה משחקים בינלאומיים בין 1996 ל-2004, כבש שער אחד, שהגיע נגד קוסטה ריקה בקמפיין המנצחת של 2002 FIFA World Cup. הוא גם היה בעבר חבר בצוות הברזילאי שהשתתף בגביע הזהב של קונקק"אף ב-1998
ו 2001 קופה אמריקה.