השלים את המשפט הבא: כאשר מלחמת האזרחים החלה בשנת 1861 קורפוט הצטרף לצבא מדינות הקונפדרציה. הוא הועמד לסגן שלישי (1861) בחטיבת "הארטילריה הצ'רוקי"; יחידה שגויסה מחוזות פלויד וצ'רוקי. כמה קרובי משפחתו הצטרפו גם הם ליחידה, אחיו פליקס היה הסמל הקוורטרמסטר. היחידה נכנעה במהלך המצור על ויקסבורג, אך חזרה במהירות לשדה הקרב לאחר מכן. עד 1864 קורפוט הועבר לקפטן ופיקד על הסוללה. ב
בקרב רסקה, ארבעה מטוסי נפוליאון משקל 12 פאונד נלכדו. קורפוט עצמו הפך לאסיר מלחמה ב-12 באפריל 1865 בסאליסברי, צפון קרוליינה. הוא הוחזק כאסיר במחנה צ'ייס, אוהיו עד שוחרר על תנאי באוקטובר.