ב-5 בדצמבר 1990, אלומר וג'ו קרטר הועברו לטורונטו בלו ג'ייס בתמורה לפרד מקגריף וטוני פרננדז. זה היה בטורונטו שהוא פיתח להיות שחקן בסיס שני מתקפה בכיר, שילוב של ממוצע פעימה של מעל 300 עם כוח ומהירות גבוהה על הבסיסים. ב-1991, הוא ניצל את המהירות שלו עם 11 טריפלס ו-53 בסיסים גנובים, והוביל את הקבוצה לראשונה משלוש הופעות ברציפות בפלייאוף. בשנה שלאחר מכן, הוא השיג 105 ריצות, 87 סיבובים, והיה לו אחוז בסיס של.405. ב-1993 הייתה לאלומר העונה הטובה ביותר שלו עם ה"בלו ג'ייס", כאשר הוא הוציא 17 ריצות הביתה, 93 ריצות (RBI), ו -55 בסיסים גנובים, בעודו מכה.326, שלישי בליגה האמריקנית מאחורי חבריו לקבוצה ג'ון אולרוד ופול מוליטור. הוא היה דמות מרכזית באליפות הסדרה העולמית של טורונטו ב-1992 ו-1993; במשחק 6 של הסדרה העולמית של 1992, הוא הבקיע את הסיבוב המנצח על דו-סיבוב של דייב וינפילד בשני ריצות בחבילה ה-11. הלהיט של אלומר, הלהיט הראשון במשחק נגד דניס אקרסלי, במשחק 4 של אליפות הליגה האמריקנית ב-1992
(ALCS), נחשב על ידי רבים כהיעד החשוב ביותר בהיסטוריה של המועדון, שכן שלושת הנסיעות הקודמות של הקבוצה ל-ALCS הסתיימו באכזבה; הוא נקרא השחקן בעל הערך ביותר (MVP) של הסדרה. ב-1995, הוא שיחק 104 משחקים ברציפות מבלי לבצע טעות, והציב שיא באליפורניה עבור שחקני הבסיס השני. בכל אחת מחמש העונות שלו עם ה"בלו ג'ייס", אלומר נבחר לקבוצת כל הכוכבים וזכה בפרס כפפת הזהב.