השפעתה של מלגרידה בבית המשפט של ליסבון נתקלה בעוינות עמוקה מצד ראש הממשלה, קארוואלו, המרקיז העתידי של פומבל. קארוואלו ניסה לבנות מחדש את ליסבון לאחר רעידת האדמה של 1755
, אשר Malagrida דרש היה העונש של אלוהים צודק על אנשים חוטאים. קרוואלו כעס על הביקורת הבלתי מפורשת על הממשלה, והכריח את המלך חוסה לגרש את מלגרדה לסטובאל בנובמבר 1756 ולקח את כל הישועים מהבית המשפט.