כתוב המשך לפרק זה - במהלך מלחמת האזרחים הספרדית בהגנה מלאה של מדריד
, הכנסייה סגורה והבית החולים ממשיך לפעול. האזור נהרס מפצצות ארטילריה אינטנסיביות, והכנסייה נהרסה לחלוטין. לאחר המלחמה הבניין נבנה מחדש. חוק ה-7 במרץ 1940, הפטרונוזה המלכותית משולבת במורשת הלאומית עם שאר הפטרונוזות המלכותיות לשעבר. הירידה הסופית של בית החולים מסומנת על ידי החלטת מועצת ניהול המורשת הלאומית מ-9 ביוני 1942, שבה הוסרה שירותי בית החולים של אל בון סוסו, אשר הופכים להיות מכוסים על ידי המנהל הכללי לבריאות של צבא האוויר, תוך שימוש באותו בניין באמצעות חוזה שכירות. משמעות הדבר הייתה, למעשה, חיסול הפטרונאז' ההיסטורי, על ידי שלילת מטרתו המהותית, גם אם, מבחינה משפטית, היא המשיכה להתקיים עד היום. הפולחן הדתי נמשך עד היום, הודות להסכם שנחתם בין המורשת הלאומית לאגודת מדריד-אלקלה, שבאמצעותו הועבר הבניין לתפעול הקהילה החדשה של קורפוס כריסטי המבורך באיגליזה דל בון סוסו.