השלם את המשפט הבא: ביולי 1861 ארגן קולונל ג'יי. וו. ביסל גדוד המכונה "גדוד המהנדסים של המערב", שנגייס בעיקר במדינות אילינוי ומיזורי, והנרי פלאד נעשה קפטן בחברה ב'. באוגוסט אותה שנה הוא הוזמן על ידי הגנרל פרמונט, שהיה אז מפקד בסנט לואיס, לשירות בבניית מבצרים בקייפ ג'יררדו, מיזורי, שם נשאר מספר חודשים. מאוחר יותר באותה שנה, כשפרמונט הוחלף על ידי הגנרל האלק, הורה לקפטן פלאד להצטרף לגנרל פופ בדרום מזרח מיזורי, ושירת כקצין סגל במערכה של ניו מדריד ופוינט פלזנט ולקחת האי מספר עשר, לאחר מכן חזר לגדוד שלו בניו מדריד. הוא היה עם הגדוד שלו בפורט פילו
פיטסבורג הנחיתה ובפעולות לפני קורנתוס. במהלך קיץ 1862 הוא היה מעורב בתיקון מסילת הרכבת של מובייל ואוהיו, בבניית מבצרים בקורינתוס, ובתיקון מסילת הרכבת המרכזית של מיסיסיפי. הוא היה מעורב גם בהתקדמותו של גרנט על גרנדה. בפברואר 1863, הוא הוזמן ליאנגס פוינט, שם הוא היה מועסק בעבודות הנדסה, כפי שהיה מאוחר יותר בבקסטר בייו, באגם פרובידנס ובבאיו מאקון.