כתוב המשך לקטע זה - עד המאה ה-18, ירידה בייצור הכסף והגוון הכלכלי צמצמו במידה רבה את ההכנסה המלכותית. בתגובה, הכתר העביר את רפורמות הבורבון, סדרה של צווים שהגדילו מיסים וחלקו את סגן המלך. החוקים החדשים עוררו את המרד של טופאק אמארו השני.
ומרד אחר, שכולו היה מדוכא. כתוצאה מהשינויים הללו ואחרים, הספרדים ויורשיהם הקריאוליים הגיעו לשלוט על האדמה, ושתלטו על הרבה מהאדמות הטובות ביותר שננטשו על ידי הפחתת האוכלוסייה הילידית המסיבית. עם זאת, הספרדים לא התנגדו להרחבה הפורטוגזית של ברזיל מעבר למרידיאן. הסכם טורדסילאס הפך חסר משמעות בין 1580 ל-1640 בזמן שספרד שלטה בפורטוגל. הצורך להקל על התקשורת והמסחר עם ספרד הוביל לפרידת המושל והקמתה של מושלות חדשות של גרנדה החדשה וריו דה לה פלאטה על חשבון השטחים שהקימו את המושל של פרו; זה הפחית את הכוח, הבולטות והחשיבות של לימה כבירת המושל והעביר את הסחר האנדי הרווחי לבואנוס איירס ובוגוטה, בעוד נפילת ייצור הכרייה והטקסטיל האיצה את התדרדרות ההדרגתית של המושל של פרו.