כתוב המשך לפרק זה - מלחמת הקואליציה השלישית נמשכה בערך מ-1803 עד 1806. בעקבות התבוסה בקרב
על ידי הצרפתים בראשות נפוליאון בדצמבר 1805, הקיסר הרומי הקדוש פרנסיס השני התפטר, והאימפריה התפרקה ב-6 באוגוסט 1806. האמנה שנוצרה הקמה את קונפדרציית הריין ביולי 1806, שהצטרפה שש עשרה מהבעלות ברית של צרפת בין המדינות הגרמניות (כולל בוואריה ו). לאחר קרב אוקטובר 1806 במלחמת הקואליציה הרביעית, גם מדינות גרמניות אחרות, כולל סקסוניה וסטפליה, הצטרפו לקונפדרציה. רק אוסטריה, פרוסיה, דנמרק, פומרניה השוודית, ונסיכות ארפורט הכבושה על ידי צרפת נשארו מחוץ לקונפדרציה של הריין. מלחמת הקואליציה השישית מ-1812 עד חורף 1814 ראתה את תבוסתו של נפוליאון ואת שחרור גרמניה. ביוני 1814, הפטריוט הגרמני המפורסם היינריך וום שטיין יצר את רשות הניהול המרכזית של גרמניה ("Zentralverwaltungsbehörde") בפרנקפורט כדי להחליף את הקונפדרציה של הריין. עם זאת, הסמכנים המלאים שנאספו בקונגרס וינה היו נחושים ליצור איחוד חלש יותר של מדינות גרמניות ממה שנדמה שטיין.