ב-1991, בטיסטוטה נבחר לשחק עבור ארגנטינה בקופה אמריקה שהתקיימה בצ'ילה, שם סיים את הטורניר כמתאגרף הטוב ביותר עם שישה שערים כאשר ארגנטינה זכה בניצחון. בשנה שלאחר מכן, הוא זכה בגביע הקונפדרציות של פיפ"א עם ארגנטינה, והסיים כבקיע העליון בטורניר. ב-1993, באטיסטוטה שיחק בקופה אמריקה השנייה שלו.
, הפעם נערכה באקוודור, אשר ארגנטינה ניצחה עם באטיסטוטה שירה את שני השערים בניצחון 2-1 על מקסיקו בגמר.