היא נקראה על שם דודתה של אמה מצד אביה, הקיסרית הרומית הקדושה אלינורה, שהייתה גם הסנדקית שלה. נישואיה של הוריה של אלינורה נעשו במטרה לחזק את תביעות הסניף הנברס של בית גונזאגה לדוכסות מנטואה ומונטפרט כאשר השושלת הראשית תיכחד. דוכס נוברס, שושלת של ממלכת צרפת, היה צריך להתמודד עם ההתנגדות של פרנטה השני גונזאגה, דוכס גואסטלה, שחשב בתמיכת האימפריה הרומית הקדושה, ממלכת ספרד ודוכסות סבויה, וכך החל במלחמת הירושה של מנטואה
, שבמהלכה ילדה אלונורה, עם הוריה ואחיה הבכור צ'ארלס עוזבים את מנטואה, אך חוזרים שנה לאחר מכן לאחר חתימת הסכם שראסקו (19 ביוני 1631), שבמסגרתו הוכרו זכויותיו של הדוכס צ'ארלס מנברס על הדוכסות של מנטואה (כקרוב קרוב זכר של הקו הראשי הנכחד של בית גונזאגא) ומונטפרט (בגלל נישואיו של יורשו למריה גונזאגא, הצאצאית האחרונה שנותרה בחיים של הקו הראשי של גונזאגא ויורשת לדוכסות זו, אשר הוכח כי ניתן לרשת על ידי נקבות מאז שהגונזאגא רכשו אותו בנישואין עם מרגרטי פאליאולוגה בשנת 1540); עם זאת, חודש לאחר מכן (30 באוגוסט 1631), אביה של אלונורה מת ממחפת, והתחילה סדרה של סכסוכים פוליטיים בין הדוכס צ'ארלס וחתו, שהסתיימו עם גירוש מרגרט מפר