לקראת סוף 1945, קומנדו אוסטרלי הוצב באי על ידי צוללות אמריקאיות עם יחידת Z המיוחדת של בעלות הברית, שביצעה פעולות מודיעין והכשרה של אלפי תושבים ילידים להילחם ביפנים במלחמת גרילה במערכה בורנאו כהכנה להגעת משימות השחרור העיקריות של בעלות הברית. בעקבות הנחיתה בצפון בורנאו ובלבואן
החל מ-10 ביוני 1945 על ידי שילוב של כוחות אוסטרלים ואמריקאים, האי בורנאו שוחרר. הממשל הצבאי הבריטי השתלט רשמית על היפנים ב-12 בספטמבר 1945.