השלים את המשפט הבא: בונוצי החל את העונה
סופר קופה איטליה 2012 עם יובנטוס. הוא עשה את הופעת הבכורה שלו בליגת האלופות נגד צ'לסי בשלב הקבוצות והכניס את השער הראשון שלו בתחרות נגד שאקטאר דונצסק באוקטובר 2012 בהגרלה של 1<unk>1. בדצמבר 2012 בונוצ'י קיבל ביקורת על צלילה במשחק ליגה נגד פלרמו, אשר תואר על ידי מספר עיתונאים כ"הצלילה הגרועה ביותר אי פעם". הוא הוזכר על ידי השופט במהלך המשחק ולאחר מכן קיבל איסור משחק אחד וקנס של 2000 יורו על ידי הרשויות. יובנטוס סיימה את העונה על ידי זכייה בתואר הסדרה א' של 2012-13.