הרננדז היה שופט במשחקי הסדרה העולמית ב-2002 ו-2005, כמו גם במשחק האול-סטאר ב-1999, 2009 ו-2017. הוא שימש כשופט בשבע סדרות אליפות ליגה (2000, 2001, 2003, 2004).
, 2007, 2010, 2016), ו-11 משחקים בסדרת הליגה (1997, 1998, 2002, 2005, 2009, 2011, 2012, 2015, 2017, 2018, 2020). הרננדז שיחק גם במשחק 7 של 2008 ALCS כפליל פציעה עבור דריל קוזנס. במחצית השנייה של עונת הבייסבול 2011, הרננדז הועבר מצוות השופט של ג'ו ווסט לצוות של ג'רי דייוויס.