כתוב המשך לפרק זה - בשנות ה-80 התיירות בוגרה ביוגוסלביה. הפארק הלאומי של אגמי פליטביץ' הפך במהרה לאחת האטרקציות התיירותיות הפופולריות ביותר ביוגוסלביה. עם זאת, תחילת שנות התשעים סימנה נקודת מפנה גדולה נוספת בהיסטוריה של הפארק הלאומי הזה. במרץ 1991 זה הפך לזירת האירוע של אגם פלטיביץ
(המכונה גם "חג הפסחא העקוב מדם של פליטביץ '), העימות החמוש הראשון של מלחמת העצמאות של קרואטיה שהביא למותם. הפארק היה בידי מורדים סרבים מקומיים שנתמכו על ידי סלובודאן מילושביץ' והצבא העממי היוגוסלבי (JNA) כחלק מ"רפובליקה הסרבית קריינה" במהלך הסכסוך וסבל כמה נזקים בתהליך, עם בתי מלון ומתקנים אחרים המשמשים כבסיס. במהלך התקופה תחת השליטה של הכוחות הסרבים הנאמנים לבילגרד, קרואטים הוסקו אתנית מהאזור באופן שיטתי. האזור הוחזר על ידי הצבא הקרואטי באוגוסט 1995 במהלך מבצע סערה, ורוב האוכלוסייה הסרבית גורשה.