השלים את המשפט הבא: במערכה של גרנט בוויקסבורג, לוגאן פיקד על הדיוויזיה השלישית של חיל XVII של ג'יימס מקפרסון, שהייתה הראשונה שנכנסה לעיר ויקסבורג ביולי 1863 לאחר כיבושה. לוגן שימש אז כמושל הצבאי של העיר. בנובמבר 1863 הוא ירש את ויליאם טקומסה שרמן בפיקוד על חיל ה-15.
קרב אטלנטה (22 ביולי 1864), לאחר מותו של ג'יימס מקפרסון במהלך היום, הוא קיבל את הפיקוד על צבא טנסי. הוא הוחלף זמן קצר לאחר מכן על ידי אוליבר או. הווארד. הוא חזר לאילינוי לבחירות ב-1864, אך חזר לצבא לאחר מכן ופיקד על חיל ה-15 בקמפיין קרולינה של שרמן.