השלים את המשפט הבא: לאחר מותו של באטורי בשנת 1586, זמויסקי עזר לסיגיסמונד השלישי ואסה להשיג את כס המלכות הפולני, נלחם במלחמת האזרחים הקצרה נגד הכוחות התומכים בגרוש הדוכס האבסבורגי מקסימיליאן השלישי מאוסטריה. המחנה התומך בזיגיסמונד נאסף סביב זמויסקי, בעוד שמקסימיליאן נתמך על ידי משפחת זבורובסקי. זמויסקי הגן על קראקוב והביס את כוחותיו של מקסימיליאן
קרב ביצ'ינה בשנת 1588. בקרב זה, שסלאוומיר לסניווסקי מתאר כ"אחד החשובים ביותר בהיסטוריה הפולנית, והחשובה ביותר בקריירה הצבאית של זמויסקי", מקסימיליאן נלקח בשבי ובסכם בייטום ובנדזין של 1589 נאלץ לוותר על כל הטענות לכתר הפולני. מאוחר יותר באותה שנה הציע זמויסקי רפורמה בבחירות המלכותיות, שלא הצליחה להעביר את הסים. זמויסקי הציג בפני הסיים הזה פרויקט שבמקרה שהמלך הנוכחי ימות ללא צאצאים, רק מועמד ממוצא סלאבי יהיה מעתה זכאי לכס הפולני. זה היה פרויקט שיכול היה אפילו לדמיין את האפשרות של איחוד כלשהו בין פולין הקתולית, מוסקביה האורתודוקסית ובוהמיה חצי פרוטסטנטית. למעשה, זו הייתה הצעה נגד עוקפת ומגושמת נגד המדיניות הפרו-הבסבורגית.