כתוב המשך לפרק זה - המערכת הפוליטית של הרפובליקה של סודן הותקנה מחדש בעקבות הפיכה צבאית ב-30 ביוני 1989
, כאשר עומר אל-בשיר, אז רב-חטיבה בצבא הסודני, הוביל קבוצה של קצינים ופיטר את ממשלת ראש הממשלה סאדיק אל-מהדי. תחת הנהגתו של אל-באשיר, הממשלה הצבאית החדשה השעתה את המפלגות הפוליטיות והכניסה קוד חוקי אסלאמי ברמה הלאומית. לאחר מכן הוא הפך ליושב ראש מועצת הפיקוד המהפכני להצלה הלאומית (גוף שנוסד לאחרונה עם סמכויות חקיקה ומנהלת עבור מה שתואר כהתקופה מעברית), וקיבל את תפקידי ראש המדינה, ראש הממשלה, ראש הכוחות המזוינים ושר ההגנה. בהמשך, לאחר שהיסד את חוק השריעה בחלק הצפוני של המדינה יחד עם חסן אל-טורבי, אל-בשיר הוציא את הטיהורים וההוצאות להורג בשורות העליונות של הצבא, איסור על אגודות, מפלגות פוליטיות ועיתונים עצמאיים והכלא של דמויות פוליטיות עיקריות ועיתונאים. ב-1993, סודאן הפכה למדינה חד-מפלגתית טוטליטרית אסלאמית כאשר אל-באשיר ביטל את מועצת הפיקוד המהפכנית ויצר את החזית האסלאמית הלאומית (NIF) עם פרלמנט וממשלה חדשים שהושגו אך ורק על ידי חברי ה-NIF, והכריז על עצמו כנשיא סודאן. כתוצאה מכך, מלחמת האזרחים הסודנית השנייה עם צבא השחרור של העם הסודני (SPLA) רק התדרדרה בשנים הבאות.