בינואר 1943, הגדוד חזר לאוסטרליה על סיפון הספינה "איל דה פראנס" כחלק מההעברה הסופית של כוחות הקרקע האוסטרליים מהמזרח התיכון אל האוקיינוס השקט. לאחר היציאה, ה- 2/12 הוקם מחדש בקארי, באת'רטון טבלנדס בקווינסלנד באפריל 1943. תקופה של ארגון מחדש והכשרה נמשכה, כאשר ה-2/12 הועבר למלחמה בג'ונגל. בסוף יולי, הם עלו על ידי מפרקים בקארנס על מספר תחבורה כולל, "ואן האץ", "ו אלרי צ'אנינג", ו "ואן דר לין", בדרך לגינאה החדשה, שם הם היו להצטרף למאבק נגד היפנים. לאחר שהגיעו למפרץ מילן באוגוסט, הם השתתפו בהמשך בהנחות סביב לאה ולאחר מכן פינשהפן בספטמבר, וראו פעולה במהלך מסע הבחירות בחצי האי הון. בתמיכת חטיבת הרגלים ה-20 במהלך הנחיתה הראשונית סביב חוף סקרלט, לאחר שפינשהפן הובטחה, תותחי הגדוד תומכים בהתקפה על סאטלברג מהשדה החוף, לפני שתומכים בהתקדמות נוספת צפונה כחלק מההתקדמות לעבר סיאו לפני שחזרו לאוסטרליה בתחילת 1944. לאחר שנת אימונים ארוכה סביב רייבנסו, קווינסלנד, החלה החטיבה במערכה הסופית של המלחמה בשנת 1945, תוך מתן תמיכה באש במהלך קרב צפון בורנאו. הוקצה לתמיכה בחטיבת חיל הרגלים ה-24, במהלך הנחיתה על לבואן.
שני חיילים מהגדוד ה-12 הגיעו לחוף לצד חיל הרגלים המתקיף במכוניות קרביות, משהו שהצבא האוסטרלי לא עשה בעבר. מאוחר יותר, במהלך יוני, 14 תותחים מהגדוד הועברו על ידי סירה לתמיכה בפעולות סביב ווסטון ובופורט. הקרקע הביצה באזור הציבה בעיות עבור התותחים, שהיו צריכים לחזק את הקרקע בעצי קוקוס. בסיום המלחמה, התפרק הגדוד, והרשומה האחרונה שלו ביומן המלחמה נעשתה ב-1 במרץ 1946.