השפעתו של מלגרדה בחצר ליסבון נתקלה בעוינות עמוקה מצד ראש הממשלה, קרוואלו, המרקיז העתידי של פומבל. קארוואלו ניסה לבנות מחדש את ליסבון בעקבות
רעידת האדמה ב-1755, שמלאגרידה דרש, הייתה העונש של אלוהים צודק על אנשים חוטאים. קרוואלו כעס על הביקורת הבלתי מפורשת על הממשלה, והכריח את המלך חוסה לגרש את מלגרדה לסטובאל בנובמבר 1756 ולקח את כל הישועים מהבית המשפט.