אוגנדה הופיעה לראשונה באולימפיאדת הפרא-אולימפיאדה ב-1972 בהיידלברג, מערב גרמניה. לאחר שהשתתפו באולימפיאדת הטרונטו בשנת 1976, הם נעדרו מאולימפיאדת הטרונטו עד לאולימפיאדת אטלנטה 1996.
השתתפו בכל משחקי האולימפיאדה הפראלימפית מאז. המשחקים האלה בריו דה ז'ניירו היו הופעת האומה השמינית באולימפיאדת הפראלימפיאדה הקיץ. אוגנדה לא זכתה במדליה הפרא-אולימפית הראשונה שלה לפני המהדורה בריו דה ז'ניירו. אולימפיאדת הפרא-אולימפיאדת הקיץ 2016 נערכה בין 7 ל-18 בספטמבר 2016 ובה השתתפו 4,328 ספורטאים המייצגים 159 ועדות לאומיות פרא-אולימפיות. רץ האתלטיקה דיוויד אמונג היה המתחרה היחיד של אוגנדה בריו דה ז'ניירו. שלושה ספורטאים אחרים, כריסטין אקולו, עמנואל ווקוג'ה ובאשיר בוואנגה, לא הצליחו להיכנס לקבוצה בשל החסרון שלהם במפגשים הסופיים שלהם. אמונג נבחר לשאת את הדגל של מצעד האומות במהלך טקס הפתיחה.