בעניין העצמאות של סקוטלנד, דוקינס הצטרף ליותר מ-200 סלבריטאים, כולל הלנה בונהם קרטר, ג'ודי דנץ', סטיבן הוקינג ואנדרו לויד וובר, בחתימת מכתב פתוח שאומר, "אנחנו רוצים שתדעו עד כמה אנו מעריכים את קשרי האזרחות שלנו איתכם, ולהביע את תקוותנו שתצביעו לחדש אותם. מה שמאחד אותנו הרבה יותר גדול ממה שמפריד בינינו. בואו נישאר ביחד", דוחק בעם הסקוטי להצביע "לא" על משאל העם ב-2014 בנושא
אני לא יודע. לאחר משאל העם על הברקזיט, הוא צייץ "אבל אם הייתי סקוטי היום, הייתי רוצה לעזוב את המרחב הקטן והמגעיל שאנגליה הופכת להיות".