מרי וואגאקי (באנגלית: Mary Wagaki; נולדה ב-20 ביוני 1954) היא רצה קנייתית למרחקים ארוכים. היא התחרתה במרתון הנשים.
באולימפיאדת הקיץ של 1984. וואגקי זכה במדליית כסף במרוץ 1500 מטר במשחקי כל אפריקה 1973.