ב-2010, רשות העתיקות הישראלית סיימה שיקום וניקוי של שער יפו במשך חודשיים כחלק מפרויקט של 4 מיליון דולר שהחל בשנת 2007 כדי לשפץ את אורך חומות העיר העתיקה. הניקוי כלל החלפת אבנים שבורות, ניקוי הקירות של עשרות שנים של מוציאי מכוניות, והרכיבה מחדש של כתובת ערבית מורכבת שהוקמה בהקדשה המקורית של השער בשנת 1593. שברים של כדורים בשער, מהלחימה במלחמת 1948 בין ישראל לערבים
, נשמרו. עבודות תשתית ליד שער יפו חשפו גם מבול מים עתיק מהמאה השנייה או השלישית לספירה.