רצפי חתיכות הדנ"א המרכיבים מבנה יעד מתוכננים באופן חישובי, באמצעות מודלים מולקולריים ותוכנת מודלים תרמודינמית. חומצות הגרעין עצמן ממוסכות לאחר מכן באמצעות שיטות סינתזת אוליגונוקליוטידים סטנדרטיות, בדרך כלל אוטומטיות בסינתזאיד אוליגונוקליוטידים, וחתיכות של רצפים מותאמים אישית זמינות באופן מסחרי. ניתן לטהר את החתיכות על ידי דנוטורה של ג'ל אלקטרופורזה במידת הצורך, ומידת ריכוז מדויק נקבעת באמצעות כל אחת ממספר שיטות קוונטיטיטי של חומצות גרעיניות באמצעות ספקטרוסקופיה של ספיגת אולטרה סגולת. ניתן לאמת את מבני היעד שהוקמו באופן מלא באמצעות ג'ל אלקטרופורזה ילידי, אשר מעניק מידע על גודל וצורה של מבני החומצות הגרעיניות המורכבות.
האם מבנה כולל את כל החוטים הרצויים