לאחר הפלישה הגרמנית ב-1939, פולין הגדולה הצטרפה לגרמניה הנאצית, והפכה למחוז בשם Reichsgau Posen, מאוחר יותר Reichsgau Wartheland ("ווארטה" הוא השם הגרמני של נהר וארטה). האוכלוסייה הפולנית הייתה מדוכאת, עם רבים לשעבר בכירים ואחרים נחשבו אויבים פוטנציאליים על ידי הנאצים שנכלאו או הוצאו להורג, כולל במחנה הריכוז הידוע לשמצה פורט VII בפוז'ניין. פוזנאן הוכרזה כעיר מבצר בשלבים הסופיים של המלחמה, שנלקחה על ידי הצבא האדום בקרב פוזנאן
, שהסתיימה ב-22 בפברואר 1945.