בעונת 2016-17, פרנקפורט הצליחה לסיים באמצע הטבלה בעמדה ה-11, כמו גם להגיע בפרט לגמר DFB-Pokal 2017, הגמר הראשון של המועדון מאז 2006, שם פרנקפורט הפסידה 1<unk>2 נגד בורוסיה דורטמונד. בעונת 2017/18, פרנקפורט התחרה על מקום בתחרות האירופית בעונה הבאה. קובאץ' השתמש בדרך כלל בפורמציה של 3<unk>4<unk>2<unk>1 עם דגש על יציבות הגנתית ועל משחק כנפיים. הוא לקח את פרנקפורט לגמר גביע דה-אף-בי 2018
, השני ברציפות עבור המועדון, שם הוא ניצח את המעסיק העתידי שלו, ביירן מינכן. עם הניצחון הזה, קובאץ' הוביל את פרנקפורט לכותרת הראשונה שלה מאז 1988. הוא סיים עם שיא של 38 ניצחונות, 20 תיקו, ו 33 הפסדים ב 91 משחקים. אדי הוטר הפך ליורשו.