ב-1978, הוא ניצח בבחירות הראשונות הרפובליקניות לתפקיד סגן המושל ומאוחר יותר באותה שנה הפך לאדם הצעיר ביותר שנבחר לסגן המושל בפנסילבניה. תפקידו הכפול כראש מועצת האנרגיה של המושל וראש מועצת ניהול החירום של פנסילבניה הכניסו אותו למרכז משבר האי של שלושת מיילים
ב-1979. בתור סגן המושל, סקרנטון העסיק את נאט גולדהבר, חבר בתנועת המדיטציה הטרנסנדנטלית, כעוזר ראשי שלו בהריסבורג. ב-1982 נבחר פה אחד לנשיא הוועידה הלאומית של סגני המושלים.