במשך שש השנים הבאות, בוגדנוב היה דמות מרכזית בקרב הבולשביקים המוקדמים, שני רק לולדימיר לנין בהשפעה. ב-1904-1906, הוא פרסם שלושה כרכים של המאמר הפילוסופי "Empiriomonizm" ("Empiriomonism"), שבו הוא ניסה לשלב את המרקסיזם עם הפילוסופיה של ארנסט מאך, וילהלם אוסטוולד, וריצ'רד אוונריוס. עבודתו השפיעה מאוחר יותר על מספר תיאורטיקנים מרקסיסטים רוסים, כולל ניקולאי בוכרין. ב-1907, הוא עזר לארגן את שוד הבנק של 1907 בטיפליס.
עם לנין וליאוניד קרסין.