כתוב המשך לקטע זה - מאסה התחיל טוב בפררי, והגיע במקום השני במירוץ הפתיחה בבחריין
, ומגיע מעמד 21 לחמישי במלזיה, להביס את חברו לקבוצה מייקל שומאכר, שהחל מ 14. בבחריין, עם זאת, הן באימונים בשבת והן במירוץ, מאסה חזר לנטייה שלו לסובב, בקושי החמיץ את פרננדו אלונסו, המנצח הסופי של המירוץ. ב-GP של אוסטרליה הוא התרסק עם הפרארי שלו באימונים, ואז התנגש עם כריסטיאן קליין וניקו רוזברג בפינה הראשונה של המירוץ. למרות זאת, מאסה זכה בפודיום הראשון שלו בקריירה בניירבורגרינג, והסיים במקום השלישי מאחורי מיכאל שומאכר ופרננדו אלונסו. הוא גם קבע את הקפה המהירה ביותר בברצלונה ב-2006. מאסה זכה לארבעה פודיומים נוספים ב-2006, וזכה לראשונה בעמדת הפול הראשון שלו ב-F1 וניצחון הראשון שלו ב-F1 במסלול איסטנבול פארק. מעמדו העתידי בפרארי היה מאובטח כאשר מייקל שומאכר הודיע ב-10 בספטמבר 2006 כי הוא יפרוש מפורמולה 1 בסוף עונת 2006. ב -22 באוקטובר, מאסה ניצח במרוץ ביתו ב -1993, והפך אותו לראשונה שנהג ברזילאי ניצח באינטרלאגוס מאז איירטון סנה ב -1993. מאסה סיים את העונה במקום השלישי עם 80 נקודות, מאחורי אלוף העולם פרננדו אלונסו וחברו לקבוצה של פרארי, מייקל שומאכר.