כתוב המשך לפרק זה - עם פרוץ מלחמת האזרחים, הוא פיקד על גדוד חיל הרגלים ה-18 של לואיזיאנה, שם הוא הוכיח את עצמו כמשמעת קפדנית, שהיה גם ידידותי במיוחד וחברתי עם השוטרים. נפצע בשילה
בשנת 1863, הוא מונה למפקד חטיבה תחת גנרל ריצ'רד טיילור, איתו הוא הצליח לחסום את מאמצי האיחוד לאבטח את אזור בייו טצ'ה בדרום לואיזיאנה. במערכה לנהר האדום, מוטון נהרג בקרב מנספילד, בזמן שהוביל את אנשיו בתקיפה של חיל הפרשים.