כתוב המשך לקטע זה - לאחר שלא הצליח להבקיע בקטאר, שם הוא פרש מהמרוץ בשל פגיעה בכנף הקדמי, באגנייה לקח את שתי הנקודות הראשונות שלו באליפות העולם ב-MotoGP עם מקום 14 בארגנטינה, לאחר שהחל את המירוץ מ-17 על הרשת. באגנייה סיים במקום התשיעי באוסטין, לאחר שמרק מרקז וקאל קראצ'לו נפלו מהמרוץ בתאונות נפרדות. גם מאבריק וינאלס וגם ג'ואן מיר קפצו מההתחלה, ולאחר מכן נענשו עם ריצה דרך עונשים. לפני המירוץ הרביעי בג'רז Bagnaia היה שלושה גמרים רצופים על הפודיום, החל משנת 2016. הוא הגיע במקום העשירי על הרשת, אך הוא התרסק בסיבוב השישי, בקרב עם פול אספרגארו. בל-מאן, שם באגנייה זכה במירוץ ב-Moto2.
בשנת 2018 הוא התרסק בסיבוב השישי לאחר תקרית עם מאבריק וינאלס. במירוץ הבא במוגלו, הגראנד פרי ביתו, באגנייה, הייתה לו התחלה מוצקה לסוף השבוע. הוא הגיע לראש העמודים השני של האימונים החופשיים בדרכו להתאמן במקום השמיני על הרשת. עם זאת, הוא התרסק בפינה האחרונה בסיבוב ה-11 במקום השביעי. זו הייתה הפעם הראשונה בקריירה של Bagnaia כי הוא לא הצליח לסיים שלושה מירוצים ברציפות, כולם עם התרסקויות. באוסטריה Bagnaia היה סוף השבוע המירוץ הטוב ביותר שלו מאז זמנו במוטו 2, הן במונחים של ההסמכה שלו ומירוץ. הוא הצליח להתקדם לקו 2 לצד קאל קראצ'לו, שם הוא התאים לאחר מכן במקום החמישי על הרשת. מאוחר יותר הוא סיים את המירוץ במקום השביעי. בפיליפ איילנד סיים בגנייה את המירוץ במקום הרביעי, וחסר לו את הפודיום עם 0.055 שניות בלבד מאחורי חברו לקבוצה ג'ק מילר.