הוא נאלץ לחזור לנורפולק, וירג'יניה, כדי לבצע תיקונים, והוא עדיין היה שם כשהנחיתה האמפיבית בבראקרוז
התרחש. חזרתו לארה"ב נתנה לממונים עליו את ההזדמנות לבסוף לתת לו פקודות להורשת קומודור קונר בפיקוד על טייסת הבית. פרי חזר אל הצי, וספינתו תמכה במצור על ורקרוז מהים. לאחר נפילת ורקרוז, ווינפילד סקוט עבר פנימה, ופרי עבר נגד הערים הנמליות המקסיקניות שנותרו. פרי הרים את צי היתושים ולקח את טוקספן באפריל 1847. ביולי 1847 הוא תקף את טבסקו באופן אישי, הוביל כוח נחיתה של 1,173 איש לחוף ותקף את העיר סן חואן באוטיסטה מהחוף, הביס את הכוחות המקסיקניים ולקח את העיר.