כתוב המשך לפרק זה - אחרי ההפיכה של 1989
על ידי נשיא עומר אל-באשיר, דרום סודאן נשארה תחת סודאן במשך 16 שנים. ב-9 בינואר 2005, הסכם שלום מקיף נחתם בניירובי, קניה, באצטדיון ניאיו, אשר נתן אור ירוק להגדרה עצמית. לדבריו של ד"ר ג'ון גרנג דה מאביור המנוח, "דרום סודאנים ינסו בסופו של דבר להישאר מדינה באמצעות תהליך הגדרה עצמית במסגרת משאל עם כדי להחליט אם להישאר תחת סודאן המאוחדת או כסודאן החדשה אשר יראה בהפרדה ידידותית".