זה הוביל לרגע המסוכן ביותר בקריירה של פרדיננד, בשנת 1529, כאשר סולימאן ניצל את התמיכה ההונגרית הזו לתקיפה מסיבית אך בסופו של דבר ללא הצלחה על בירת פרדיננד: המצור על וינה
, אשר שלח פרדיננד למקלט בבוהמיה. פלישה עות'מאנית נוספת נדחתה בשנת 1532 (ראה מצור גונס). באותה שנה חתם פרדיננד על שלום עם העות'מאנים, וחלק את הונגריה לשני חלקים: תחום של האבסבורגים במערב ושטח של ג'ון זאפוליה במזרח, שהפך למעשה למדינה שושלת של האימפריה העות'מאנית.