כתוב המשך לפרק זה - ממצאי כלי חרס מעידים על כך שקולונאי היה מיושב בתקופה הפרהיסטורית, אך לא ידוע אם הייתה כל המשכיות בין תקופת ההתיישבות שלה לבין התקופה היוונית. חומר קרמיקה יווני מופיע באתר מהמאה השביעית לפנה"ס, מה שמציין את הקמתה כיישוב יווני. בתקופה שבה כתב דאיס מקולונאי (כנראה במאה הרביעית לפנה"ס), תושבי קולונאי חשבו שהוקמו על ידי יוונים אאוליים. בהתחשב בעובדה שלסבוס הייתה גם אתנית אאוליאנית וקולונה הייתה אחת מהערים האקטאיות, שאתונה כבשה ממטילינה לאחר סיום המרד המיטיליני.
בשנת 427 לפנה"ס, סביר להניח כי מיטילין ייסדה את קולונאי ולאחר מכן השליטה בה. קטע מושחת של הגיאוגרף סטראבון מציע כי קולוניה שייכת לפרייה של טנדוס, אך יש כעת הסכמה בין הסכמה כי כתבי היד צריכים להתייחס אליה שייכת לפרייה של לסבוס.