במהלך מלחמת העולם השנייה, גם פצצות אוסטרליות וגם פצצות יפניות נפלו על הכלא. בעקבות הפלישה היפנית לטימור הפורטוגזית
ב-1942, בנייני הכלא ששרדו את הגשמים הכבדים הופכו על ידי היפנים למפקדה. לאחר שנגמרה מלחמת העולם השנייה, הבניינים שנפגעו לא שוחזרו.