כתוב המשך לפרק זה - הנטייה לסודיות ולזייפת תאריכים מטילה ספקות באותנטיות של מקורות ראשוניים רבים. מספר היסטוריונים הניחו כי יוחנן השני אולי ידע על קיומו של ברזיל וצפון אמריקה כבר בשנת 1480, ובכך הסביר את רצונו בשנת 1494 בעת חתימת הסכם טורדסילס, לדחוף את קו ההשפעה מערבה יותר. היסטוריונים רבים חושדים שהמסמכים האמיתיים היו מוחזקים בספריית ליסבון. למרבה הצער, שריפה בעקבות רעידת האדמה של ליסבון ב-1755
הרס כמעט את כל הרשומות של הספרייה, אבל עותק נוסף זמין בגואה הועבר למגדל טומבו של ליסבון, במהלך 100 השנים הבאות. קורפו כרונולוג'יו (קורפוס כרונולוגי), אוסף של כתבי יד על חקירות וגיליונות הפורטוגזים באפריקה, אסיה ואמריקה הלטינית, נכלל ברשימת הזיכרון העולמי של אונסק"ו בשנת 2007 מתוך הכרה בערכו ההיסטורי "לכיבוש ידע על ההיסטוריה הפוליטית, הדיפלומטית, הצבאית, הכלכלית והדתית של מדינות רבות בזמן הגילויים הפורטוגזים".