לאחר מותו של האפיפיור יוחנן פאולוס השני ב - 2 באפריל 2005, ברגוליו השתתף בהלוויה שלו ונחשב לאחד "הפאפובים" ליורשת האפיפיור. הוא השתתף כקרדינל בוחר בקונקלבה האפיפיורית ב-2005
שנבחר לאפיפיור בנדיקטוס ה-16. ב"נשיונל קתולי רפורטר", ג'ון אלן ג'וניור דיווח שברגוליו היה במרוץ ראשון בקונקלבה של 2005. בספטמבר 2005, המגזין האיטלקי "Limes" פרסם טענות כי ברגוליו היה הזוכה השני והמתחרה העיקרי של הקרדינל רצינגר בקונקלבה ההיא וכי הוא קיבל 40 קולות בהצבעה השלישית, אך ירד ל -26 בהצבעה הרביעית והכרחית. הטענות היו מבוססות על יומן לכאורה שייך לקרדינל אנונימי שהשתתף בקונקלב. לדברי העיתונאי האיטלקי אנדריאה טורנילי, מספר קולות זה לא היה תקדים ל"פאפביל" של אמריקה הלטינית. "לה סטמפה" דיווחה שברגוליו היה במאבק הדוק עם רצינגר במהלך הבחירות, עד שהוא ביקש באופן רגשי שהקרדינלים לא יצביעו עבורו. לדברי טורנילי, ברגוליו ביקש זאת כדי למנוע מהקונקלבה להעיד יותר מדי בבחירת האפיפיור.