במלחמת האזרחים האמריקאית, גדס שירת בצבא האיחוד, התגייס כחייל בחטיבת חיל הרגלים השמינית באייווה. הוא הועלה לקפטן ולאחר מכן לסגן קולונל, ולאחר פברואר 1862 לקולונל של המתנדבים. הוא השתתף במלחמות שילה.
, שם הוא נפצע ונלכד. הוא נכלא לזמן מה במדיסון, ג'ורג'יה, ובכלא ליבי בריצ'מונד, וירג'יניה. לאחר שהוחלף, הוא נלחם בוויקסבורג וג'קסון. באוקטובר 1863, הוא קיבל פיקוד על חטיבה ונשלח לבראונסוויל, טקסס. לאחר מכן, הוא שימש כמרשל פדרלי של ממפיס, טנסי, אותו הציל מהפיגוע על ידי חיל הפרשים הקונפדרטי תחת נתן בדפורד פורסט. הוא פיקד על חטיבה במערכה הניידת ונלחם בהצטיינות בקרב על המבצר הספרדי. ב-13 בינואר 1866 מינה הנשיא אנדרו ג'ונסון את גדס לתפקיד בריגדיר גנרל מתנדבים, לתפקיד החל מ-5 ביוני 1865, וסנאט ארצות הברית אישר את המינוי ב-12 במרץ 1866.