ב-1911, רוס ופורדהאם פקדו על ג'ון לפעול כצייד ראשים ולתפוס את חבריו לשעבר מחוץ לחוק. כדי להניע את ג'ון ולוודא שהוא יסכים, הסוכנים חוטפים את ג'ק ואביגיל, ומבטיחים לשחרר אותם עם השלמת התחייבויותיו של ג'ון. הוא עובד עם אנשים רבים ברחבי מדינת ניו אוסטין, שעוזרים לו לתקוף את המבצר של חבר כנופיה לשעבר ביל וויליאמסון. כאשר ביל בורח למקסיקו כדי לחפש את עזרתו של חברו לשעבר בכנופיה חוויאר אסקואלה, ג'ון רודף אחריהם. שם, ג'ון הופך ללא רצון מעורב במלחמת אזרחים
בין מורדים לחיילים. הוא עובד בעקשנות עבור שני הצדדים, ורק רוצה מידע על ביל וחוויאר, אבל מתכחש לחיילים כשהם בוגדים בו. בסופו של דבר הוא מוצא את חוויאר, והשחקן יכול להחליט אם להרוג אותו או למסור אותו לסוכנים. גם ביל מוצא את דרכו ונרצח, או על ידי ג'ון או על ידי מנהיג המורדים אברהם רייס.