לאחר סירובו של ג'ינה לקבל את צפון ארקאן לתחום הדומיניון הפקיסטני, כמה זקני רוהינג'ה שתמכו בתנועת "ג'יהאד", הקימו את מפלגת "מוג'אהד" בצפון ארקאן בשנת 1947. מטרת מפלגת המוג'אהיד הייתה ליצור מדינה אסלאמית אוטונומית בארקאן. בשנות החמישים, הם החלו להשתמש במונח "רוהינג'ה" אשר עשוי להיות המשך המונח Rooinga כדי להקים זהות נפרדת ולהזהה את עצמם כאינדיאנים. הם היו הרבה יותר פעילים לפני ההפיכה בבורמה ב-1962.
על ידי גנרל ני ווין, גנרל בורמני שהחל את הקריירה הצבאית שלו בלחימה עבור היפנים במלחמת העולם השנייה. ני וין ביצע פעולות צבאיות נגדם במשך תקופה של שני עשורים. אחד הבולטים היה מבצע מלך הדרקון, שהתרחש בשנת 1978; כתוצאה מכך, מוסלמים רבים באזור נמלטו לבנגלדש השכנה כפליטים. בנוסף לבנגלדש, מספר גדול של רוהינג'ים היגרו גם לקראצ'י, פקיסטן. המוג'אהדין הרוהינגי עדיין פעיל באזורים המרוחקים של ארקאן.