רוזוולט התכוון לבנות את התעלה בכל מקרה, תוך שימוש בהסכם מוקדם יותר עם קולומביה שנתן לארה"ב זכויות מעבר בנוגע למסילת הברזל של פנמה. היי חזה "התקוממות על האיסטמוס [של פנמה] נגד המשטר של הטפשות והשחיתות... בבוגוטה". בונהו-ווארילה השיג פגישות עם שני הגברים, והבטיח להם שמהפכה, וממשלה פנמאנית ידידותית יותר לתעלה, עומדת לבוא. באוקטובר, רוזוולט הורה לספינות חיל הים להיות מוצבות ליד פנמה. הפנמאנים התקוממו בתחילת נובמבר 1903, עם התערבות קולומביאנית שנרתעה על ידי נוכחות הכוחות האמריקאים. לפי הסדר מראש, בונהו-ווארילה מונה כנציג של האומה המתעוררת בוושינגטון, ובמהירות ניהל משא ומתן על הסכם הייו-בונהו-ווארילה, שנחתם ב-18 בנובמבר, והעניק לארה"ב את הזכות לבנות את התעלה באזור
רחב, שבו ארה"ב תפעיל סמכות שיפוט מלאה. זה היה פחות מספק מדיפלומטים פנמיים שהגיעו לוושינגטון זמן קצר לאחר החתימה, אבל הם לא העזו לוותר עליו. ההסכם אושר על ידי שתי המדינות, והעבודה על תעלת פנמה החלה בשנת 1904. היי כתב למזכיר המלחמה, אליהו רוט, שבח "את המסלול הרגיל והמושלם שהנשיא עקב אחריו" כמעדיף על הכיבוש המזוין של האיסטמוס.