גונזלז היה הקצרה הראשית של ה"בלו ג'ייס" מ-1995 עד 2001. בשנת 1999, עונת המשחק שלו הופסקה לאחר שהחל עם ממוצע של.290 בשל קרע בזרוע ההטלה שלו. ד"ר ג'יימס אנדרוס ניתוח באוגוסט, ולאחר שישה חודשים של גמילה, הוא חזר לבלו ג'ייס כקצין ראשי. במהלך הקריירה שלו, גונזלז היה ממוצע של.250 עם כוח הגון עבור שחקן מרכז, אבל לא היה מסוגל להכות בממוצע גבוה. הוא פצה על חוסר הממוצע עם ייצור טוב של RBI והגנה מוצקה. הוא סיים את הקריירה שלו עם 536 RBI ו-137 home runs. הוא הוביל את הליגה האמריקאית פעמיים בפרסנטיה של הפילדינג עבור shortstops והוא מחזיק ברקוד הליגה האמריקאית עבור סיוע במשחק אחד עם 13, והוא מדורג ראשון בשנת 1997 עם סך כל האזור רץ כמו SS עם 13. לאחר שמונה שנים עם טורונטו בלו ג'ייס, הוא הועבר ל"שיקגו קאבס" ב-21 בדצמבר 2001, בתמורה לפליקס הרדיה ולג'יימס דשיין. לגונזלז היו שתי מהעונות הטובות ביותר שלו כשחקן הפוטבול הראשי של הקאבס מ-2002 עד 2003. ב-2003, הוא הכה 20 פעילי הבית הגבוהים ביותר בקריירה והגיע לפוסט-סיזון עם הקאבס. נקודת החוזק של גונזלס בעונה שלאחר מכן הייתה ההתקפה שלו; הוא הכה.275 והיכה 4 הום ראנים ב-12 משחקים בעונה שלאחר מכן. במהלך התמוטטות הסיבוב השמיני של הקאובס במשחק 6 של 2003 נגד פלורידה מארלינס, שהפך לשמצה בגלל
תקרית סטיב ברטמן, גונזלז עשה טעות בפילינג על כדור קרקע בבור שהושלם על ידי מיגל קבררה, תרם למרלינס שהשיגו שבע ריצות, חמישה לא ראויים, לאחר מכן במשחק.