השלים את המשפט הבא: במהלך העונה השנייה של גווארדיולה כמנהל, ברצלונה החליפה את סמואל אטו ו-46 מיליון אירו בתמורה לזלאטן איברחמיוביץ' מאנטר מילאן. שחקנים רבים עזבו את המועדון באותו חלון העברות <unk> איידור גודג'והנסן נמכר למונקו; החוזים של סילביניו ואלברט ג'ורקרה הסתיימו; שחקנים אחרים הושלמו, כולל אלכסנדר הלב ל- VfB שטוטגרט, מרטין קסרס ליובנטוס, אלברטו בוטיה לספורטינג דה ג'ון, וויקטור סאנצ'ס ל- Xerez. ברצלונה החלה את העונה בהביס על אתלטיק בילבאו בסופר קופה דה ספרד ועל שאכטאר דונייטסק בסופר קופה דה ספרד.
גביע הסופר של UEFA. ב-25 בספטמבר 2009, ברצלונה נתנה לגווארדיולה את ניצחון המקצועי ה-50 שלו, מחוץ לבית מול מלאגה, וב-19 בדצמבר, הם הוכתרו לראשונה בהיסטוריה שלהם לאלוף הגביע העולמי למועדונים של פיפ"א.