במהלך מסע הצ'אטנוגה, הקונפדרציה ניסתה לכפות על צבא קומברלנד כדי לגרום לו להיכנע, אך הגיעו תגבורים מהצבא של טנסי תחת פיקודו של גרנט, ויליאם טקומסה שרמן וג'וזף הוקר. הקונפדרציה הודח מהעיר בקרב בהר לוקהאוט.
ומשיונרי רידג' בנובמבר 1863. למרות הרגשות האיחודיים במזרח טנסי, הקונפדרציה החזיקה באזור במשך רוב המלחמה. כמה ימים לאחר נפילת צ'אטנוגה, הקונפדרציה בראשות ג'יימס לונגסטריט ניסתה ללא הצלחה להשתלט על נוקסוויל על ידי תקיפת פורט סנדרס של גנרל האיחוד אמברוז ברנסייד. כיבוש צ'אטנוגה איפשר לשרמן לפתוח במערכה באטלנטה מהעיר במאי 1864. הקרבות הגדולים האחרונים במדינה היו כאשר גדודי צבא טנסי תחת ג'ון בל הוד פלשו למרכז טנסי בסתיו 1864 בניסיון למשוך את שרמן בחזרה. הם נבדקו על ידי ג'ון סקופילד בפרנקלין בנובמבר ונפזרו לחלוטין על ידי ג'ורג' תומס בנשוויל בדצמבר. ב-27 באפריל 1865, האסון הימי הגרוע ביותר בהיסטוריה האמריקאית התרחש כאשר ספינת הקיטור "סולטנה", שהובילה אסירים משוחררים של האיחוד, התפוצצה בנהר המיסיסיפי מצפון לממפיס, והרגה 1,168 אנשים.