ב-29 בספטמבר 1938, תומאס נקרא לשירות פעיל, והצטרף לצוות של ספינת הקרב. ב-13 באוגוסט 1939, הוא הצטרף לציידת, שם הוא שירת כאשר פרצה מלחמת העולם השנייה. ב-27 ביוני 1940 הועלה לדרגת מפקד. לאחר שהטביעה על ידי האיטלקים בפשיטה על מפרץ סודה
בשנת 1916, הוא הוקצה לספינת הים "ניל" של הצי המלכותי במצרים, ושירת בצוותו של המפקד העליון של צי הים התיכון. הוא התחתן בפעם השנייה ב-10 בספטמבר 1941, עם מרי פדורה דאגלס-ווטסון, פסנתרנית ומלחינה. היא הייתה אלמנתו של קצין חיל הים, קומנדר פרנסיס דאגלס ווטסון, ובתו של הסנאטור האוסטרלי לשעבר אנתוני סנט לדרג'ר.