במהלך 2006 היידפלד זכה בנקודות מספר פעמים עבור הקבוצה החדשה שלו. במלבורן הוא רץ גבוה כמו השני עד מכונית הבטיחות יצאה. הוא סיים במקום הרביעי. באינדיאנפוליס, הוא הודח בתאונת סיבוב ראשונה מרהיבה, שגרמה גם לרוכבים אחרים כמו סקוט ספיד, ג'נסון באטון, קימי רייקונן וחואן פבלו מונטויה לצאת מהסיבוב. המכונית של היידפלד הושקפה לתוך גלגל חבית ארבעה, אבל הוא והנהגים האחרים כולם הלכו משם ללא פגע. הפרס הגדול ההונגרי
היידפלד נתן ל-BMW Sauber את המקום הראשון שלהם על הפודיום ואת התוצאה הטובה ביותר של השנה, כאשר הוא סיים במקום השלישי, למרות שהוא הגיע רק במקום העשירי על הרשת.