ב-11 באפריל 2017 התרחשו שלושה פיצוצים ליד האוטובוס של הקבוצה בדרכה למשחק ליגת האלופות נגד א.ס. מונקו בפארק סיגנל אידונה. המגן מארק ברטרה נפצע, ונלקח לבית החולים. דורטמונד הפסידה במשחק 2 ל-3 מול מונקו. המאמן של דורטמונד, תומאס טוהל, האשים את הפסד כתוצאה מהחלטה בורות של אופ"א. UEFA המשיך לומר כי הקבוצה לא התנגדה לשחק, וכי ההחלטה התקבלה בהתאם למועדון ולאכיפת החוק המקומית. במשחק הגב, דורטמונד הפסידה 1<unk>3, והותירה את התוצאה הכוללת ב-3<unk>6, וראה אותם מודחלים מליגת האלופות של יוון באותה שנה. ב-26 באפריל, דורטמונד הביסה את ביירן מינכן 3<unk>2 במינכן כדי להתקדם לגמר גביע דה-אף-בי 2017.
, הגמר הרביעי ברציפות של דורטמונד והחמישי בשש עונות. ב-27 במאי, דורטמונד ניצחה את גביע דפ"ב 2016/17 2-1 על אינטראכט פרנקפורט, והנצחון הגיע מפריצת עונש של פייר אמריק אובאמיאנג.