כתוב המשך לקטע זה - בתקופת בית המקדש השני היחסים בין היהודים והשומרונים נותרו מתוחים. בשנת 120 לפנה"ס, המלך האסמוני יוחנן הירקנוס הראשון הרס את המקדש השומרוני בהר גריזים, בשל טינה בין שתי הקבוצות על מחלוקת אם הר מוריה בירושלים או הר גריזים בשכם היה האתר בפועל של אקדח, והמקום הנבחר למקדש הקדוש, מקור מחלוקת שגדל מאז שני הבתים של המלוכה המאוחדת לשעבר התפצלו לראשונה בשנת 930 לפנה"ס ובסופו של דבר התפוצץ למלחמה. 190 שנה לאחר חורבן בית המקדש השומרוני והשטח הסובב את שכם, הוציא הגנרל הרומי והקיסר העתידי וספרסיאן מבצע צבאי כדי לרסק את המרד היהודי
של שנת 66 לספירה, אשר הביא להרס בית המקדש היהודי בירושלים בשנת 70 לספירה על ידי בנו טיטוס, והגלות שלאחר מכן של יהודים מיהודה וגליל בשנת 135 לספירה בעקבות מרד בר קוכבה.