באמצע מועד ההחלפה של 2002, הוא הועבר לפלורידה מארלינס. הסטטיסטיקה שלו לעונה השתפרה באופן דרסטי לאחר העסקה. בעונה שלאחר מכן, הוא היה שוב חלק מרכזי בסיוע למרלינס חסרי הניסיון לזכות ב-2003 World Series. במשחק 6 של ה-NLCS, ה"מרלינס" היו במרחק חמישה אאוטים מלהימחק כשמעריץ הקאבס, סטיב ברטמן
, מנע כדור עבירה מלהיות נתפס על ידי הרחבת זרועותיו על מואס אלו בזמן שאלו ניסה למגרש את הפופ-אפ. מרדכי לאחר מכן כפול של שלושה ריצים פוצץ את המשחק, מדגיש את ההתמוטטות ההיסטורית של הקאובס במה שמכונה לפעמים פשוט "האינינג". מרדכי היה ממשיך לנצח את סדרת העולם השנייה שלו, כאשר מרלינס ניצחו את הינקיס בסדרת העולם.