השלים את המשפט הבא: באוקטובר 1861, סקוט הפך לסגן קולונל של חיל הרגלים ה-68 באוהיו, ולקולונל של הגדוד הזה בשנת 1862. הוא שירת בטנסי, שם פיקד על התקדמות הדיוויזיה של מייג'ור גנרל ג'ון א' לוגן במצעד אל מיסיסיפי. הוא היה מאורס ב
פורט גיבסון, ריימונד, וצ'מפיון היל.