בעונה שלאחר מכן, פרננדיניו שיחק בגביע הסופר 7×1 נגד טאבריה סימפרופול ב-4 ביולי. ב-18 ביולי, הוא כבש את שער השוויון במשחק הדביקה של 1 על 1 עם מטאלורח זאפוריז'יה. ב-7 באוגוסט הוא כבש את שער הפתיחה בניצחון 5-0. הוא גם השתתף בגביע הסופר של האו"ם.
הפסד לברצלונה ב-28 באוגוסט. ב-10 בספטמבר הוא נשבר ברגלו בתבוסה של 1-0 נגד אובולון קייב, מה שעלול להוציא אותו מהמשחק לאורך כל העונה. בסופו של דבר הוא חזר ב-1 באפריל 2011 לאחר כמעט שבעה חודשים מחוץ לפעולה בניצחון 3-1 על איליצ'יבטס מריופול. הוא כבש את שער הניצחון בדקה ה-94 של המשחק בניצחון 2-1 על טאבריה, שערו הראשון מאז שחזר מפציעה. ב-25 במאי, הוא שיחק את כל 90 הדקות בניצחון של שאכטאר בגביע אוקראינה 2<unk>0 על דינמו קייב. בסוף העונה זכתה שקטאר באליפות, כאשר פרננדיניו תרם שלושה שערים מ-15 הופעותיו בליגה. הם הצליחו לזכות בשלושה פרסים (ליגת הפרימייר, גביע וסופר גביע).