-ההבדלים הדתיים הודגשו על ידי חוסר התאמה כלכלית גובר. הקנטונים הקתולים, בעיקר הכפריים במרכז שוויץ, היו מוקפים בקנטונים פרוטסטנטים עם כלכלות מסחריות יותר ויותר. הקנטונים הדומיננטיים מבחינה פוליטית היו ציריך וברנה (שניהם פרוטסטנטים), אך הקנטונים הקתולים היו בעלי השפעה מאז מלחמת קפל השנייה בשנת 1531. ניסיון ב-1655 (בראשות ציריך) לשלב מחדש את הפדרציה נבלם על ידי התנגדות קתולית, שהובילה לקרב הראשון של וילמרגן ב-1656; המפלגה הקתולית ניצחה, וביססה את ה"סטטוס קוו". הבעיות נותרו ללא פתרון, התפרצו שוב בשנת 1712 עם הקרב השני של Villmergen
אני לא יודע. הפעם הקנטונים הפרוטסטנטיים ניצחו, ושלטו על הקונפדרציה. עם זאת, רפורמה אמיתית הייתה בלתי אפשרית; האינטרסים האישיים של שלוש עשרה החברים היו מגוונים מדי, והממשלות הקנטוניות האבסולוטיסטיות התנגדו לכל הניסיונות לניהול בכל רחבי הקונפדרציה. מדיניות החוץ נותרה מפולגת.