כתוב המשך לפרק זה - ג'וניפרו סרה בילה שמונה שנים בפרויקט בניית המשימות עד 1770. כאשר מספר אירועים היסטוריים, כולל גירוש הנוצרים, אילצו את התפטרות המשימות. סרה עבר לקליפורניה. כאשר סרה עזב, המשימות נותרו בידיים של אנשי דת רגילים. במהלך מלחמת העצמאות המקסיקנית והמהפכה המקסיקנית
, המשימות סבלו פינוי והרס. עבודות שיקום ראשוניות לחוץ לכנסיות המיסיון החלו בשנות השמונים. בין השנים 1991-1997 בוצעו עבודות פנים על מזבח, מקהלות, איברים וציורים. עבודות נוספות היו בחסות המדינה בין 1997 ל-2002. עבודות שנעשו בשנות התשעים כללו גם עבודות שנעשו על כיכרות ובניינים מסביב. המאמץ לרשום את המשימות כאתר מורשת עולמית החל בשנת 2000 והיה בסופו של דבר מוצלח בשנת 2003, כאשר הוא הוסיף במהלך הישיבה ה-27 של ועדת המורשת העולמית.