בקיץ 1981 הצטרף פיליפוביץ' בן ה-28 לאלוף הפורטוגלי S.L. Benfica, שם במהלך שלוש העונות הבאות הוא כבש 28 שערים ב-54 משחקים בליגה. זוראן פיליפוביץ' הוביל גם את מועדון בנפיקה לגמר גביע האו"ם 1983.
נגד R.S.C. אנדרלקט, להיות הבקיע העליון של התחרות של אותה העונה וקיבל מטרות בלתי נשכחות עבור הפורטוגזים ברבע הגמר נגד א.ס. רומה ובחצי הגמר נגד אוניברסיטה קרייובה.