בדצמבר 1944, כשהכוחות הפיליפינים והאמריקאים המשותפים המשיכו להתקדם כדי לשחרר את הפיליפינים מכוחות יפנים, ממשלת הרפובליקה הפיליפינית השנייה, שכללה את אקינו, הועברה לבגואיו. לאחר מכן, היא טסה ליפן שם, יחד עם פקידים אחרים, חבריה נעצרו ונכלאו בכלא סוגאמו כאשר היפנים נכנעו
אני לא יודע. ב-25 באוגוסט 1946, אקינו נשלח בחזרה לפיליפינים למשפטו באשמת בגידה על ידי בית המשפט העממי; כמה שבועות לאחר מכן הוא שוחרר בערבות.