סקוט היה בשירות פעיל במהלך המלחמה המקסיקנית-אמריקאית. במאי 1846, הוא נלחם תחת המייג'ור גנרל זאקרי טיילור בקרב פאלו אלטו
וResaca דה לה פאלמה וקיבל brevet (קידום כבוד) למייג'ור. הוא הועלה לדרגת מייג'ור מלאה ב-29 ביוני 1846.