לאחר מכן הונר קיבל תפקיד אימונים, כקצין מפקד של גדוד אימונים אוסטרלי במזרח התיכון, שאליו הוא הועבר באוקטובר 1941. הונר חזר לאוסטרליה במאי 1942. לאחר שהתאחד לזמן קצר עם אשתו, הוא הועלה לסגן קולונל ונשלח לפפואה, שם קיבל פיקוד על הגדוד ה-39, שהיה מעורב במערכה נואשת נגד הכוחות היפנים שנלחמו לאורך מסלול קוקודה.
אני לא יודע. עם הוראות לעצור את ההתקדמות היפנית באיסורהווה, הונר הגיע ב-16 באוגוסט 1942. לאחר שהגיע לעמדת הגדוד, מצא הונר כי הפיקוד החדש שלו כבר היה מותש ממחלות טרופיות ומלחימות קודמות, והיה בהרבה פחות במספר.