השלים את המשפט הבא: ב-15 באוגוסט 1945, היפנים
נכנע לכוחות הברית. יומיים לאחר מכן, ההכרזה על עצמאות אינדונזיה הוכרזה. מלוקו הוכרזה כאחת מחוזות הרפובליקה של אינדונזיה. עם זאת, היווצרותו ומעמדו של מלוקו באותה תקופה נאלצו להתרחש בג'קרטה, משום שברגע שהיפנים נכנעו, המנהל האזרחי של הודו ההולנדית (NICA) נכנס מיד למלוקו כדי לקחת על עצמו את השליטה. הולנדים שלטו במלוקו עד 1949, כאשר בהסכמים של ועידת השולחן העגול ההולנדי-אינדונזי, ההולנדים מכירים בריבונות של אינדונזיה. ההולנדים עזבו את מלוקו. בשל חוסר אמון עמוק במנהיגות האינדונזית, שהייתה בעיקר מוסלמית ג'אוואנית, בשנת 1951 הוכרזה רפובליקה עצמאית של דרום מולוקס (אינדונזית: RMS, Republik Maluku Selatan) באמבון, בתמיכת ההולנדים. ל-RMS היה תמיכה חזקה בקרב חיילי המושבות המולוקניים לשעבר. כתוצאה מכך, כוחות אינדונזיים פלשו למלוקו כדי למחוץ את הפרדים. המבצר העיקרי של קבוצת המורדים RMS באמבון הובס על ידי כוחות אינדונזיים בנובמבר 1950, בעוד מאבק גרילה בקנה מידה קטן יותר נמשך באי סראם עד 1962. התבוסה באמבון הביאה לעקירת ממשלת RMS מהאיים, והקמת ממשלה בגלות בהולנד. בשנה שלאחר מכן, כ-12,000 חיילים מלוקאים, מלווים במשפחותיהם, נסעו להולנד, שם הם הקימו "רפובליקה של דרום מלוקות" ממשלה בגלות.