עם פרוץ מלחמת העולם השנייה באירופה, ה-SSRNVR הגדיל את גיוסם של אנשי ילידים בעיקר לכוח, כדי לחזק את ההגנה המקומית כמו משאבי הצי המלכותי נדרשו באירופה. חברי SSRNVR נקראו לשירות פעיל, והכוח הוגדל על ידי חברים בחטיבה המלכותית של הצי המלכותי. זה היווה את הבסיס של הצי במלאיה, שנקרא הצי המלאי, מאויש על ידי אנשי מאלאי ילידים. (באותו אופן, המלאים גויסו לרגימנט המלאי החדש שנוסד בשנת 1936). חיל הים המלאי היה בעל כוח של 400 גברים שקיבלו את אימונם ב-HMS Pelandok, מוסד האימונים של חיל הים המלכותי במלויה. הגיוס גדל ובשנת 1941, עם פרוץ המלחמה באסיה, לחיל הים המלאי היה כוח של 1,450 איש. במהלך מלחמת העולם השנייה, חיל הים המלאי שירת עם כוחות הברית בתיאטרון המבצעים ההודי והאוקיינוס השקט. כשהמלחמה הסתיימה עם כניעת היפנים,
ב-1945, רק 600 אנשי חיל הים המלאי התייצבו. אילוצים כלכליים לאחר המלחמה גרמו לפרקתה של חיל הים המלאי בשנת 1947.