כתוב המשך לפרק זה - במהלך הפלישה השוודית
(המכונה בדרך כלל "המבול") הכנסייה התמוטטה ונשרפה לאחר מכן, אך החלטת השופט משנת 1664 הבטיחה כי לבית החולים יש הכנסה. בשנת 1665, לכבוד ההגנה על ורשה, השופט הבטיח לכמרים של מסדר פאולין מקדש פולחן חדש.