השלים את המשפט הבא: היא נקראה על שם דודתה של אמה, הקיסרית הרומית הקדושה אלינורה, שהייתה גם הסנדקית שלה. נישואיה של הוריה של אלינורה נעשו במטרה לחזק את תביעות הסניף הנברס של בית גונזאגה לדוכסות מנטואה ומונטפרט כאשר השושלת הראשית תיכחד. הדוכס של ניברס, שושלת של ממלכת צרפת, היה צריך להתמודד עם ההתנגדות של פרנטה השני גונזאגה, דוכס גואסטלה, שחשב בתמיכה של האימפריה הרומית הקדושה, ממלכת ספרד ודוכסות סבויה, וכך החל את
מלחמת הירושה של מנטואה, שבמהלכה ילדה אלונורה, עם הוריה ואחיה הבכור צ'ארלס עזבו את מנטואה, אך חזרו שנה לאחר מכן לאחר חתימת הסכם שראסקו (19 ביוני 1631), שבמסגרתו הוכרו זכויותיו של הדוכס צ'ארלס מנברס על הדוכסות של מנטואה (כקרוב קרוב זכר של השושלת הראשית המתה של בית גונזאגא) ומונטפרט (בשל נישואיו של יורשו למריה גונזאגא, הצאצאית האחרונה שנותרה בחיים של השושלת הראשית של גונזאגא ויורשת לדוכסות, שהוכיחה כי ניתן להורשת על ידי נשים מאז שהגונזאגא רכשו אותה בנישואיה עם מרגרטה פאלאגרטי ב-1540); עם זאת, חודש מאוחר יותר (30 באוגוסט 1631), אביה של אלונורה מת ממחפת, והחל סדרה של קונפליקטים פוליטיים בין הדוכס צ'ארלס ממנטואה, שהסתיימו