באוגוסט 2015, פרדריקסן מונה למנהל נבחרת דנמרק מתחת לגיל 21, וחתם על חוזה לשנתיים. במשחק הראשון שלו בתפקיד, הם הפסידו 1<unk>2 לגרמניה במשחק ידידותי באצטדיון Lohmühle בלובק, שלסוויג-הולשטיין. תחת פדרריקסן, דנמרק זכתה באליפות אירופה מתחת לגיל 21 בשנת 2017.
וב-2019, שם הם נפלו בשלבי הקבוצות, והסתיימו במקום השלישי והשני, בהתאמה.