כתוב המשך לפרק זה - אובמה הגדיל את מספר החיילים האמריקאים באפגניסטן בתקופת כהונתו הראשונה לפני שהסיג את רוב אנשי הצבא בתקופת כהונתו השנייה. עם כניסתו לתפקיד, אובמה הודיע כי הנוכחות הצבאית של ארה"ב באפגניסטן תוגבר ב-17,000 חיילים חדשים עד קיץ 2009, בנוסף לכ-30,000 חיילים שכבר היו באפגניסטן בתחילת 2009. מזכיר ההגנה רוברט גייטס, מזכיר המדינה הילרי קלינטון, וראש הצוות המשותף מייקל מולן כולם התנגדו לכוחות נוספים, ואובמה שלח חיילים נוספים לאחר תהליך ביקורת ארוך. מספר החיילים האמריקאים באפגניסטן יגיע לשיא של 100,000 בשנת 2010. ב-2012, ארה"ב ואפגניסטן חתמו על הסכם שותפות אסטרטגית שבו ארה"ב הסכימה למסור מבצע קרב גדול לכוחות האפגנים. באותה שנה, ממשל אובמה מינה את אפגניסטן כבעלת ברית גדולה מחוץ לנאט"ו. ב-2014, אובמה הודיע שרוב החיילים יעזבו את אפגניסטן עד סוף 2016, עם כוח קטן שנשאר בשגרירות ארה"ב. בספטמבר 2014, אשרף גאני ירש את חמיד קרזאי כנשיא אפגניסטן לאחר שארה"ב עזרה במשא ומתן על הסכם חלוקת כוח בין גאני ואבדאללה עבדאללה. ב-1 בינואר 2015, צבא ארה"ב סיים את מבצע חופש מתמיד והחל במשימת תמיכה נחושה
, שבו ארה"ב עברה יותר לתפקיד אימונים, אם כי כמה מבצעים קרביים נמשכו. באוקטובר 2015 הודיע אובמה כי חיילי ארה"ב יישארו באפגניסטן ללא הגבלת זמן כדי לתמוך בממשלת אפגניסטן במלחמת האזרחים נגד הטליבאן, אל-קאעידה ו-ISIL. יו"ר המטה המשותף, מרטין דמפסי, קבע את ההחלטה להשאיר חיילים באפגניסטן כחלק ממבצע נגד טרור ארוך טווח, המשתרע ברחבי מרכז אסיה. אובמה עזב את תפקידו עם כ 8,400 חיילים אמריקאים שנותרו באפגניסטן.