כתוב המשך לפרק זה - עם ההכרזה הבריטית של מצב חירום
ב-1948 ופעילות נגד מפלגות השמאל המלאי וה-MCP, היכולת של ה-PKMM לפעול צנחה בהרבה. הארגון היה הארגון הראשון שנאסר, ומנהיגים לאומניים כמו אחמד בוסטאם, יצחק חאגי מוחמד, קטיג'ה סידק ובורחנודין אל-הלמי נכלאו. בעקבותיה, האקטיביזם של PKMM התפצל. חלקם פרשו לחלוטין מפעילות פוליטית, אחרים ביקשו ליצור שינוי פוליטי מתוך האומנו עצמה, כאשר חבר ה-KMM וה-PKMM לשעבר, מוסטפה חוסיין, הפסיד לטונקו עבדול רחמן בקול אחד בתחרות לנשיאות האומנו. אחרים כמו שמשיה פקה, וואהי אנוואר ומוסה אחמד נמלטו לג'ונגלים ובריתו את עצמם עם מלחמת הגרילה של הקהילה נגד הבריטים. בעוד שאחרים ימשיכו להקים או להוביל מפלגות פוליטיות לאומיות, סוציאליסטיות או אסלאמיות. כך, לאחר שחרורם, אחמד בוסטאמאם ייסד את מפלגת העם, ואילו יצחק חאג'י מוחמד ייסד את מפלגת העבודה, שניהם ימשיכו מאוחר יותר להקמת מפלגת מרהן מלזיה, בעוד בורחנודין אל-הלמי ימשיך להוביל את מפלגת האיסלאם-מלזיה מ-1956 עד מותו בשנת 1969.