השלים את המשפט הבא:
מקינלי נרצח בספטמבר 1901, לונג שינה את דעתו, והגיש את התפטרותו לנשיא רוזוולט ב-1 במאי 1902. הסיבות המדויקות לכך אינן ברורות, אך מספר גורמים כנראה תרמו לכך. ראשית, רוזוולט ניהל יחסים קרובים עם יריבו הפוליטי של לונג, לודג', היה ידוע שלא הסכים עם לונג בענייני חיל הים, ולא קיבל בברכה את נוכחותו בבית הלבן. שנית, חקירה של פעולותיו של אדמירל וינפילד סקוט שליי סביב קרב סנטיאגו דה קובה ביולי 1898 הובילה למספר ניכר של ביקורות על תפקידו של לונג במלחמה. שלישית, אחת מבנותיו מתה באוקטובר 1901, פחות מחודש לאחר ההתנקשות במקינלי. נושאים אלה הובילו את לונג לדיכאון, והמצב החמיר עוד יותר כאשר רוזוולט התווכח איתו על תחילת המלחמה, ולאחר מכן התעלם מכמה מההחלטות שלו. ההיסטוריון וונדל גארט מציין כי רוזוולט התעניין באופן אישי מאוד בחיל הים, והיה לו קשה לעבוד עם המזכירים הבאים.