ביולי 1813, ומונע על ידי ניצחונו על הפדרליסטים, החל הגנרל נרינו במערכה צבאית אינטנסיבית נגד הכוחות הספרדים והרויאליסטים שנותרו בדרום, מתוך כוונה להגיע לפאסטו ולבסוף לקוויטו. כוחותיו של נריניו, הידועים כ"צבא הדרום", המונה 1500 עד 2000 איש, הצליחו ללכוד את פופאיאן בינואר 1814, אך הובסו לחלוטין בפאסטו במאי 1814, ונריניו נעצר ולאחר מכן נשלח לכלא המלכותי בקדיס דרך קוויטו. הפדרליסטים ניצלו את זה כדי לתקוף את בוגוטה, מה שאיפשר לגנרל סימון בוליבר מהמחוזות המאוחדים לכפות תנאים בדצמבר 1814. אולם באמצע שנת 1815, הגיע פבלו מורילו עם כוח ספרדי גדול והשיב את האזור לכניעה
לפרדיננד שחזר מאז. המערכה של מורילו הגיעה לשיאה עם כיבוש סנטאפה ב-6 במאי 1816.