כתוב המשך לקטע זה - עניים בגלל מלחמות האזרחים בין הפלגים הפדרליסטים והמרכזיים, כמו גם התנגשויות ומלחמות נגד ערים רויאליסטיות, המחוזות היו במצב מסוכן כבר בסוף 1814. זה הוסיף לעובדה שרבים במחוזות העצמאיים לאחרונה מעולם לא דחו את הלגיטימיות של פרדיננד השביעי כמלך ריבוני, וכי למרות תנועת העצמאות, החיים הפוליטיים והתרבותיים במחוזות לא השתנו במידה רבה ועדיין היו תחת ההשפעה העוצמתית של ספרד. בנוסף, הכנסייה הקתולית התנגדה בעיקר לעצמאות. עד אמצע 1815, כוח משלחת ספרדי גדול
פבלו מורילו הגיע לגראנדה החדשה, אשר חיזק את ההתקדמות המלוכה הקודמת של סנטה מרתה. מורילו הטיל מצור על קרטחנה באוגוסט והיא נפלה לבסוף חמישה חודשים לאחר מכן בדצמבר, כאשר העיר סבלה ממספר רב של נפגעים אזרחיים עקב רעב ומחלות. ב-6 במאי 1816 כבשו מורילו ורויאליסטים מהדרום את בוגוטה, ובכך החזירו את כל גרנדה החדשה לשליטה רויאליסטית, שנמשכה עד אוגוסט 1819, כאשר כוחות תחת פיקודו של סימון בוליבר כבשו מחדש את החלק המרכזי של האזור.