ב-מרץ 1861, פרגוסון קיבל משרה של קפטן במליציית דרום קרוליינה, לאחר מכן מונה לסגן וסייע למחנה של גנרל בריג'דיר פ.ג.ט. בורגארד. הוא היה אחד הקצינים שקיבלו את הכניעה הרשמית של רב-סרן רוברט אנדרסון בפורט סאמר, הרים את דגל הקונפדרציה הראשון, ופרסם את השומרים הראשונים בפורט סאמר. לאחר המצור, הוא נשלח להציג את דגל הקונפדרציה הראשון שנפגע על ידי ירי אויב לקונגרס הזמני של מדינות הקונפדרציה. הוא היה סגן קולונל ועוזר המחנה של גנרל בורגארד במהלך קרב שילה.
אני לא יודע. במהלך קרב פארמינגטון, הוא היה בגדוד הפרשים ה-28 של מיסיסיפי. הוא פיקד על היחידה בעת ההגנה על ויקסבורג, ועזר לעצור התקפות שנערכו על ידי מייג'ור גנרל ויליאם ט' שרמן וקומדור דוד פורטר.