כתוב המשך לקטע הזה - קרוב לסוף יוני, 1861, Hotchkiss חתום על כרכוב קונפדרציה כדי לקחת אספקה לצ'רצ'וויל פרשים בהר ריץ ', מערב וירג'יניה. הוטצ'קיס הציע את שירותיו כעורך מפות לגנרל ריצ'רד ב. גארנט, שהבריגדה הקונפדרטית שלו פעלה במערב וירג'יניה. הוטצ'קיס שירת בהר ריץ' ויצר מפות למערכה המתוכננת של הגנרל רוברט אי. לי בהרים. הוא לקח חופשה רפואית קצרה לאחר שנדבק בחום הטיפוס, אך חזר לשירות במרץ 1862 כמהנדס טופוגרפי הראשי של מחוז העמק, והגיש דו"ח למייג'ור גנרל סטונוול ג'קסון. בעקבות התבוסה הראשונית בקרב קרנסטאון במהלך מסע העמק שלו בשנת 1862
ב-26 במרץ 1862, ג'קסון זימן את הוטצ'קיס למטה שלו בנרוב פאסאז' ליד וודסטוק והורה לו "לכין לי מפה של העמק, מפריית הארפר'ס ללקסינגטון, המראה את כל נקודות ההתקפה וההגנה במקומות אלה". ההמלצה המיידית של הוטצ'קיס הייתה שהקו של ג'קסון על סטוני קריק ב וודסטוק היה בלתי ניתן להגנה, וכי ג'קסון צריך לסגת ל רוד'ס היל, חוף קטן שניתן להגנה דרומית למונט. ג'קסון. ג'קסון ארגן מחדש את הפיקוד שלו ב"רוד'ס היל" לשאר מסע המלחמה המוצלח שלו ב-1862 בעמק שננדואה.