ב-2002 הוא הורשע בבית המשפט המיוחד לכמרים במספר אישומים, כולל "הפצת שקרים, העלבת מקדשים אסלאמיים". הוא הודח על ידי הרפובליקה האסלאמית ושירת ארבע שנים בכלא לפני ואחרי הרשעתו. במהלך האכיפה על מחאות הבחירות לנשיאות ב-2009
באיראן, אשקווארי נמלט לגרמניה כדי לבקש מקלט פוליטי.