כתוב המשך לקטע זה - כאשר בנו היחיד של ולדיסלאס, לואיס, נהרג בקרב מוהאץ' בשנת 1526 והסיים את שלטונו של שושלת יג'ילון בבוהמיה, כינוס של אצילים בבוהמיה בחר את גיסו, הארכידוכס הפסבורגי פרדיננד הראשון מאוסטריה, כמלך חדש של אדמות הכתר הבוהמי. יחד עם הארכידוכסות של אוסטריה "אדמות תורשתיות" והממלכה ההונגרית, הם הקימו את המונרכיה האבסבורגית, אשר במאות הבאות גדלה מתוך האימפריה הרומית הקדושה לכוח אירופי נפרד. הניסיונות של ערי הרפורמציה הפרוטסטנטית הבוהמית לבנות קונפדרציה אוטונומית הושמדו בקרב ההר הלבן בשנת 1620
, ולאחר מכן הממשל היה מרוכז בווינה. יתר על כן, שליטי האבסבורג איבדו את Lusatias אל הנבחרת של סקסוניה לאחר מלחמת שלושים השנים ב-1635 שלום פראג, וגם את רוב סילזיה עם Kladsko לממלכת פרוסיה לאחר מלחמת סילזיה הראשונה ב-1742 הסכם ברסלב.