השלים את המשפט הבא: עם שובו לפלנדריה, קוקסי נשאר במכלן ולקח על עצמו שני תלמידים בסדנה שלו. עם זאת, מלאן הפכה למדבר תרבותי בעוד אנטוורפן הציעה הזדמנויות אטרקטיביות כמו רבים של פסלי המזבח אשר הושמדו נדרשו להחליף ואת ציירי ההיסטוריה המובילים שלה פרנס פלוריס ווילם מפתח רק מת. הוא השלים את ציור המזבח באנטוורפן בשנת 1575 והוסמך לאגודת סנט לוקס באנטוורפן בשנת 1578. הוא נשאר באנטוורפן בתקופה שבין 1580 ל-1585 כאשר העיר נשלטה על ידי ממשלה קלוויניסטית. כקתולי, הוא אפילו הצליח להשיג עמלות מהממשלה המקומית, שהייתה סובלנית כלפי קתולים. בשנת 1585 הוא נרשם כמשכר ברחוב קלוסטר באנטוורפן, בעוד ביתו במכלן הושכר. לאחר
נפילת אנטוורפן וחזרת השליטה הספרדית הקתולית על העיר ב-1585, קוקסי קיבלה מיד עמלות ממרצים במכלן, כולל ממשלת העיר. ההערכה המתמשכת של המלך הספרדי לאמן הזקן הוכחה כאשר בשנת 1589, הוא העניק לו שכר שנתי. קוקסי המשיך לצייר אפילו כשהוא היה מעל גיל 90. יצירתו האחרונה, בתאריך 1592, הייתה, היום בקתדרלת סנט מיכאל וסנט גודולה בבריסל. זה מכיל בחלק האחורי של אחד הפאנלים הצדדיים את הדיוקן היחיד הידוע של פיליפ השני שצויר על ידי האמן. זמן קצר לאחר מכן, הוא מת לאחר שנפל בטעות מגרש בזמן שעבד על שיקום של "שיפוט שלמה" באולם העיר אנטוורפן שהוא עשה תשע שנים קודם לכן עבור מועצת העיר אנטוורפן.