השלים את המשפט הבא: לאחר עצמאותה של מקסיקו ב-1821, קבוצה גדולה של חיילים ספרדים המשיכה לכבוש את סן חואן דה אולואה עד 1825. זה היה האתר האחרון במושבה לשעבר של ספרד החדשה שנשמר על ידי הספרדים ונכנע לגנרל המקסיקני מיגל ברגאן בנובמבר 1825. ההצדקה לצו הגירוש שהוצא על ידי הנשיא ויצ'נטה גררו הייתה הניסיון הכושל שלהם לכבוש מחדש את מקסיקו. מאז, סן חואן דה אולואה שימש כסמל צבאי ופוליטי של התנגדות מקסיקנית לפלישות זרות ולכיבוש, הודות לכמה מהם שהתקיימו במהלך המאה התשע עשרה. בשנת 1836 הפציצו הצרפתים את המבצר בקרב ורה קרוז במהלך מלחמת הפסטריות, סכסוך שנוצר כתוצאה מאזרח צרפתי במקסיקו שחיפש פיצויים עבור חנות הפסטריות שנפגעה לכאורה; במהלך מלחמת מקסיקו-אמריקה, ארצות הברית
הצבא הצרפתי הטיל מצור על המבצר במהלך המלחמה, סכסוך שנוצר כתוצאה מחלוקות על הרפובליקה המתעוררת של טקסס, ובשנת 1863 הצרפתים כבשו את העיר לזמן קצר כאשר מיסדו את מקסימיליאן הראשון כקיסר מקסיקו. במשך רוב המאה התשע עשרה, המבצר שימש כלא, במיוחד לאסירים פוליטיים שנחשבו כמתנגדים לממשלה. פוליטיקאים מקסיקנים מפורסמים רבים בילו כאן זמן רב כשהם לא היו בשלטון.