היא עזבה את סמר ב-4 בנובמבר וחזרה לפארל הארבור, שם היא עצרה במשך יותר מחודש לפני שהמשכה אל תעלת פנמה. היא עברה את התעלה מתישהו בין ה-21 ל-24 בינואר 1946 ועזבה את אזור תעלת פנמה
ביום אחרון. "יוקון" הגיעה לנורפולק ביום האחרון של ינואר והתחילה את ההכנות להפסקת הפעולה.