השלים את המשפט הבא: ב-1861, הוקינס עזר לגייס את חיל הרגלים התשיעי בניו יורק, גדוד בסגנון זואב, הידוע בכינויו "הוקינס זואב" לשירות במלחמת האזרחים. הוקינס מונה לקולונל של הגדוד ב-4 במאי 1861 ושימש בהצטיינות בצפון קרוליינה בתחילת המלחמה. הוא היה חלק מהמשלחת של בנג'מין באטלר
תפיסת פורט האטרס ב-1861. הוא ציפה לקבל קידום לגנרל חטיבה עבור שירותו בפורט האטרס, אך במקום זאת הוקל ממנהיגתו בשל חוסר ציות. ב-8 באוקטובר 1861 כתב הוקינס מרוצה: "גנרלים חטיבה עשויים מעץ מוזר כל כך בימינו, שלא הייתי מעריך את זה ככבוד גדול להיות אחד מהם". הוקינס קיבל קידום ברייט לגנרל בריגדיר ב-1866, בדרגה החל מ-13 במרץ 1865. למרות תוקפנותו, שליחתו המוקדמת של הוקינס תפסה את תשומת לבו של הנשיא אברהם לינקולן. הוקינס הוזמן לבית הלבן כדי לשוחח עם הנשיא ועם הגנרל-מפקד ג'ורג' מקללן. שם הוא שימש ככלי לשכנע את המפקד העליון של האיחוד באפשרות של מבצע משולב נגד פאמליקו סאונד בצפון קרוליינה.