בשנים האחרונות, הקשרים של סאובר עם פרארי נחלשו. הם התייצבו לצד הקבוצות הלא-פרריות על שינויי הכללים המתוכננים בסוף עונת 2004 וגם הצטרפו ל-GPWC. ואז הם החליטו לעבור לצמיגי מישלן, בעוד פרארי המשיכה להשתמש בצמיגי ברידג'סטון. בינתיים, חברת המשקאות רד בול עזבה את סאובר בשנת 2005 כשהם הקימו את הקבוצה שלהם, רד בול רייסינג. הבעלות על BMW החלה ב-1 בינואר 2006 כאשר BMW קנתה את החלק של קרדיט סוויס בקבוצה. הגראנד פרי האחרון של סאובר לפני השתלטות ב-BMW היה גראנד פרי סיני 2005.
, עם מאסה הבקיע מקום שישי ברוכים הבאים לסיים את ההיסטוריה של הקבוצה. סאובר סיים את המירוץ העצמי שלה ב-F1 עם שישה מקומות שלישיים ושני מקומות ראשונים הם התוצאות הטובות ביותר שלהם. בין הנהגים הבולטים של סאובר היו ז'אן אלסי, פליפה מאסה, ג'וני הרברט, וז'אק וילנוב. שני נהגים לשעבר של סאובר נהגו עבור קבוצת ב.מ.וו. סאובר החדשה בשנת 2006: ניק היידפלד שהיה נהג סאובר משנת 2001 עד 2003, וילנוב שנהג עבור הקבוצה בשנת 2005.