ב-F1, לאחר ההתחלה המבטיחה שלו בשנה הקודמת, 1966 הייתה שנה גרועה עבור סטיוארט; ה-H16 BRMs של 3 ליטרים לא היו אמינים, אם כי סטיוארט זכה בפרס הגדול של מונקו במכונית עם מנוע של 2 ליטרים. האירוע המשמעותי ביותר באותה שנה היה התאונה שלו בפרס הגדול של בלגיה.
בספא-פרנקורשמפס, אשר עורר את הקמפיין שלו כדי לשפר את הבטיחות ב-F1 וגרם לו לפספס את הפרס הגדול של צרפת בריימס.