השלים את המשפט הבא: בעקבות זאת הונר לקח על עצמו תפקיד אימונים, כקצין מפקד של גדוד אימונים אוסטרלי במזרח התיכון, אליו הוא הוצב באוקטובר 1941. הונר חזר לאוסטרליה במאי 1942. לאחר שהתאחד לזמן קצר עם אשתו הוא הועלה לסגן קולונל ונשלח לפפואה שם הוא קיבל פיקוד על הגדוד ה-39, שהיו מעורבים במערכה נואשת נגד הכוחות היפנים שנלחמו לאורך
מסלול קוקודה. עם הוראות לעצור את ההתקדמות היפנית באיסורהווה, הונר הגיע ב-16 באוגוסט 1942. לאחר שהגיע לעמדת הגדוד, מצא הונר כי הפיקוד החדש שלו כבר היה מותש ממחלות טרופיות ומלחימות קודמות, והיה בהרבה פחות במספר.