כתוב המשך לפרק זה - בגלל מיקומה האסטרטגי לאורך קווי תשתית חשובים, ובגלל הסחר המשגשג, העיר התעשתה. זה אפשר מידה מסוימת של חופש (במיוחד בתוך השטחים הנשלטים על ידי האבסבורגים) בתוך הקונפדרציה השוויצרית שהסתיימה עם הקמתה של הקנטונים השוויצריים על ידי נפוליאון בשנת 1799. בשנת 1656 ו-1712 (מלחמת וילמרגן הראשונה ומלחמת טוגנבורג
, או מלחמת וילמרגן השנייה, בהתאמה), רפרסוויל היה מעורב במלחמות בין הקנטונים הקתולים והרפורמים של הקונפדרציה השוויצרית הישנה. ראפרסוויל הייתה בתחילה חלק מהקנטון של עיר הבירה של לינט. לאחר חוק התיווך של 1803, היא הצטרפה לקנטון סנט גאלן, וה"Herrschaft Rapperswil" לשעבר חולקה לקהילות Rapperswil ו- Jona.