לאחר שחרורו, בונה ארגן קבוצה של ספורטאים קומוניסטים משנת 1939 והצטרף לקבוצת Bästlein-Jacob-Abshagen, קבוצת התנגדות אנטי-נאצית, בשנת 1941. הוא נעצר ונכלא שוב ב-1942, אבל הצליח לברוח לאחר הפצצת המבורג.
ביולי 1943. ב-5 בינואר 1944 ניסו שלושה קציני גסטאפו לעצור את בונה בהמבורג; כאשר ניסה להגן על עצמו, הוא נורה למוות.