השלים את המשפט הבא: לאחר שחזר לפולין ב-1784, קוסצ'יוסקו הועמד למייג'ור-גנרל בצבא הקומנונוולת הפולני-ליטאני ב-1789. לאחר
מלחמת פולין-רוסיה של 1792 הובילה לחלוקה השנייה של הקומנוולטה, הוא הוביל התקוממות נגד האימפריה הרוסית במרץ 1794 עד שנתפס בקרב מאצ'יאוביץ' באוקטובר 1794. תבוסת מרד קוסצ'יוסקו בנובמבר הובילה לחלוקה השלישית של פולין בשנת 1795, שהסיים את הקומנוולטה. בשנת 1796, לאחר מותה של הצ'ריצה קתרינה השנייה, קוסצ'יוסקו קיבל חנינה על ידי יורשתה, הצ'אר פאולוס הראשון, והוא היגר לארצות הברית. ידיד קרוב של תומאס ג'פרסון, שאיתו שיתף את האידיאלים של זכויות האדם, קוסצ'יוסקו כתב צוואה בשנת 1798, והקדיש את נכסיו בארה"ב לחינוך ולחופש העבדים בארה"ב. קוסצ'יוסקו שב לבסוף לאירופה וחי בשווייץ עד מותו בשנת 1817. ההוצאה לפועל של צוואתו הוכיחה מאוחר יותר קשה, והכספים מעולם לא שימשו למטרה כוונתו של קוסצ'יוסקו.