לאחר שחזר מספרד, שם הוא גם השיג רישיון אימון לאומי, קוטילאס מונה למאמן הראשי של נבחרת הפיליפינים בסוף 1967 בעקבות אמיליו פאצ'קו. בין תוצאותיו עם הנבחרת הלאומית במכה הראשונה שלו היה ניצחון 2-1 על המועדון האמריקאי דאלאס טורנדו בביתו בשנת 1968 עם כמעט אותה קבוצה ששיחקה ברקוד 0<unk>15 שהפסידה ליפן בבחירות האולימפיות האסיאתיות. הוא גם מאמן את נבחרת הפיליפינים שהשתתפה באליפות ה-AFC לצעירים בשנת 1968. הפיליפינים הגיעו לרבע הגמר, הסיום הטוב ביותר שלהם בטורניר. פלורנטינו ברוזה קיבל את תפקיד המאמן הראשי של הנבחרת הלאומית מ-1993 עד 1994. הביצועים הרעים של הנבחרת הלאומית במשחקים האסיאתיים של 1974
גרם לאיגוד הכדורגל הפיליפיני למנות מחדש את קוטילאס. קוטילאס מאמן עד 1978.