השלים את המשפט הבא: לאחר ששימש בתחנה זו, קליי הועלה לתפקיד פוסט-קפטן ב-29 באפריל 1802. הוא שירת מ-20 ביולי 1805 עד מאי 1808 כקצין הרגולציה בבלפסט, ולאחר מכן הצטרף ל-98 תותחים כקצין מפקד. במהלך תקופה זו, סנט ג'ורג' הייתה ספינת הדגל של האדמירל סר אליאב הארווי. לאחר מכן עבר קליי לקחת פיקוד על ספינת ה-98 תותחים ב-6 בפברואר 1809, עם הוראות לחזור לבאלטים כספינת הדגל של סר מנלי דיקסון.
המלחמה פרצה עם הדנים לאחר הקרב השני על קופנהגן בשנת 1807, וצי בריטי היה מוצב בים הבלטי תחת סר ג'יימס סומארז. "טמרייר" הגיע במאי 1809 ונשלח לחסום את קרלסקרונה על החוף השבדי.