השלים את המשפט הבא: לאחר המלחמה, מקיי למד פיזיקה באוניברסיטת קיימברידג' תחת ארנסט רתרפורד לפני שחזר לאוסטרליה ולעבודתו הקודמת כמרצה באוניברסיטת סידני. מ-1933 עד 1940 הוא היה מנהל בית הספר קרנברוק, סידני. הוא נשאר במילציה בין המלחמות, והיה גנרל-מייג'ור עד פרוץ מלחמת העולם השנייה. הוא נבחר להנהיג את הדיוויזיה השישית בשנת 1940, והוביל אותה בקרב הראשון של הצבא האוסטרלי במלחמה. כל ספק ביכולתו נעלם במהרה עם מחויבות הדיוויזיה למערכה במדבר המערבי. במהלך
קרב ברדיה בינואר 1941, הדיוויזיה השישית כבשה את העיר המבוצרת יחד עם 36,000 אסירים איטלקים. בקרב על יוון, הוא הפך לגנרל האוסטרלי היחיד שהתמודד מול ה"וואפן-אס-אס" בקרב. הוא סבל ממספר כישלונות ביוון, אבל הרשים את החיילים תחת פיקודו באומץ שלו תחת אש. הוא נקרא לאוסטרליה ב-1941 כדי לשרת כקצין כללי מפקד הכוחות המקומיים. ב-6 באפריל 1942 הוא קיבל את הפיקוד על הצבא השני. במהלך 1943 הוא פיקד פעמיים על כוח גינאה החדשה בקרב במערכה בגניאה החדשה. שירותו הפעיל הסתיים עם מינויו כמפקד הגבוה להודו בנובמבר 1943.