הנסיכה מרגרטה נולדה ב-16 באפריל 1940 בארמון פרדריק השמיני, מקום מגוריה של הוריה במתחם ארמון אמלינבורג, מקום המגורים העיקרי של משפחת המלוכה הדנית במחוז פרדריקסטאדן במרכז קופנהגן. היא הייתה הילדה הראשונה של נסיך העצר והנסיכה העצר (באחרונה המלך פרדריק התשיעי והמלכה אינגריד). אביה היה בנו הבכור של המלך כריסטיאן העשירי, ואמה הייתה בתו היחידה של נסיך הכתר של שוודיה (מלך גוסטף השישי אדולף). היא נולדה רק שבוע לאחר פלישת גרמניה הנאצית לדנמרק.
ב-9 באפריל 1940.