ב-1935, ארצות הברית, בהתאם להבטחה של ריבונות מלאה של הפיליפינים, הקימה את קומנוולת הפיליפינים בעקבות אישור החוקה של 1935, שגם החזירה את הנשיאות. הבחירות לנשיאות הלאומיות הראשונות נערכו, ומנואל ל. קווזון (1935-1944) נבחר לתקופה של שש שנים, ללא הוראה לבחירה מחדש, כנשיא הפיליפיני השני ונשיא הקומנוולת הראשון. בשנת 1940, עם זאת, החוקה תוקנה כדי לאפשר בחירה מחדש, אבל קיצר את התקופה לארבע שנים. שינוי בממשלה התרחש שלוש שנים מאוחר יותר כאשר הרפובליקה הפיליפינית השנייה הוקמה עם חקיקת החוקה של 1943, אשר יפן הטילה לאחר כיבוש הפיליפינים בשנת 1942 במהלך מלחמת העולם השנייה. חוזה פ' לורל פעל כנשיא בובה של הממשלה החדשה בחסות יפנית; נשיאותו "דה פקטו", שלא הוכרה באופן חוקי עד שנות השישים, חבתה את נשיאותו של נשיא חבר העמים, שהלך לגלות. הרפובליקה השנייה התפרקה לאחר יפן נכנע
בנות הברית ב-1945; חבר העמים הוחזר בפיליפינים באותה שנה עם סרג'יו אוסמניה (1944-1946) כנשיא.