כתוב המשך לפרק זה - יחסי שתי המדינות מאז ההפיכה הסודנית ב-1989
היו להם עליות וירידות. הם הגיעו לשיא בשנת 1995, כאשר גורמים בממשלת סודן היו שותפים במזימה של קבוצת טרור מצרית, גמאא איסלאמיה, לרצוח את נשיא מצרים, חוסני מובארק, בזמן שהוא היה בדרכו משדה התעופה אדיס אבבה לפסגת ארגון האחדות האפריקאית (עכשיו האיחוד האפריקאי) בבירת אתיופיה. עד סוף 1999, הכעס המצרי כלפי סודאן נרגע, והנשיא אל-באשיר ביקר במצרים, שם שני המנהיגים הסכימו לנרמל את היחסים הדיפלומטיים. אל-באשיר חזר לקהיר ב-2002, ובאותו זמן הם הרחיבו את שיתוף הפעולה במגוון נושאים מעשיים. מובארק החזיר את הביקור על ידי טיול לחרטום בשנה שלאחר מכן. ב-2004 אל-באשיר שוב נסע לקהיר, שם חתמו שני המנהיגים על הסכם ארבע החירויות העוסק בחופש הבעלות, תנועה, מגורים ועבודה בין שתי המדינות. היה שיתוף פעולה במאבק בטרור ופרויקטים לפיתוח המשאבים מים מהנהר הנילוס, ושתי הממשלות הסכימו להקים אזור סחר חופשי לאורך הגבול הסודני-מצרי, שבו הן יחליפו סחורות ללא מכסים. סודאן העריכה במיוחד את התמיכה המילולית והמוסרית של מצרים במדיניותה בדארפור. מצרים גם שלחה חיילים למשימה של האו"ם/איחוד אפריקה בדרפור. ההשקעות המצריות בסודאן הגיעו ל-2.5 מיליארד דולר עד 2008, בעוד ההשקעות הסודניות במצרים הסתכמו כמעט ב-200 מיליון דולר. עד 2010 היחסים בין מצרים לסודאן היו טובים יותר ממה שהיו במשך שנים רבות, אם כי מספר סוגיות מחלוקות ארוכות טווח, כגון מעמדו העתידי של דרום סודאן, בעלות על משולש הלחיב, ושימוש במים הנילוס, נותרו ללא פתרון.