הממלכה היפנית פלשה למורוטאי בתחילת 1942 כחלק ממסע הודו המזרחית ההולנדית. כוחות ארה"ב ובעלות הברית שלהם פעלו בקרב מורוטאי.
ב-1944, הפצצה את האי באוגוסט ופלישה אליו בספטמבר. הכוחות היפנים הקיסריים על מורוטאי עמדו עד 1945, אך לא הצליחו לגרש את כוחות הברית. בחלק האחרון של 1944, 61,000 אנשי חיל נחתו על מורוטאי. שני שלישים מהם היו מהנדסים, שהקימו במהירות מתקנים כולל נמל ושני נתיבי טיסה בנוסף לאחסני דלק נרחבים.