כתוב המשך לפרק זה - ניוארק נשרף
ב-1967, שם שישה ימים של מהומות השאירו 26 מתים, 1,500 פצועים, והמרכז העיר נשרף. בדטרויט ב-1967, המושל ג'ורג' רומני שלח 7,400 חיילי משמר לאומי כדי לדכא פיגועי אש, שוד, ותקיפות על עסקים ושוטרים. ג'ונסון שלח לבסוף כוחות פדרליים עם טנקים ורובים. דטרויט המשיכה לשרוף במשך שלושה ימים נוספים עד שבסופו של דבר, 43 נהרגו, 2,250 נפצעו, 4,000 נעצרו; נזק לרכוש הסתכם במאות מיליוני דולרים. הגל הגדול ביותר של מהומות הגיע באפריל 1968, ביותר ממאה ערים לאחר ההתנקשות במרטין לותר קינג. ג'ונסון קרא להוצאה של עוד מיליארדי דולרים בערים ולחוק פדרלי נוסף לזכויות האזרח הנוגע לדיור, אך בקשה זו קיבלה מעט תמיכה בקונגרס. פופולריותו של ג'ונסון צנחה כשההתנגדות הפוליטית הלבנה המסיבית קיבלה צורה, ומחזקת את התחושה שג'ונסון איבד שליטה על הרחובות של הערים הגדולות, כמו גם על מפלגתו. ג'ונסון יצר את ועדת קרנר כדי לחקור את בעיית המהומות העירוניות, בראשותו של מושל אילינוי אוטו קרנר. לדברי מזכיר התקשורת ג'ורג' כריסטיאן, ג'ונסון לא הופתע מהמהומות, ואמר: "מה ציפית? אני לא יודע למה אנחנו כל כך מופתעים. כשאתה שם את הרגל שלך על צווארו של אדם ומחזיק אותו למטה במשך שלוש מאות שנים, ואז אתה נותן לו למעלה, מה הוא הולך לעשות? הוא הולך להפיל את הבלוק שלך".