הוא עזב את ההרגלים לתקופה קצרה ונכנס לסמינר הקונצילי של בונוס איירס בשנת 1860. הוא שירת ככומר צבאי במהלך מלחמת פרגוואי, ובגלל התנהגותו ההרואית הועלה לדרגת סגן קולונל. קנאברי היה נוכח בקרב על יטאיי,
קרב טויוטי, קרב קורופייטי וקרב לומאס ולנטינס, התרחשו ב-27 בדצמבר 1868. סיים את המלחמה הוא הוסיף לחיילים שכבשו את העיר אסונסיון. הוא היה הכומר הראשון ששרת בווילה אוקסידנטל, והוחלף בתפקיד על ידי חוסה פבלו לינץ' וקבררה.