תקופה ארוכה של אימונים נמשכה באת'רטון טבלנדס, כאשר הפוליטיקה הבין-בעלות הברית הובילה להזדמנויות מוגבלות לעבודה של חיילים אוסטרלים במהלך 1944 ועד 1945. כתוצאה מכך, רק באמצע 1945 ה-2/32 נכנסה שוב לקרב. מסע הבורנאו הוכיח בסופו של דבר את מעורבותם האחרונה במלחמה. במהלך המבצעים הראשונים ללכידת Labuan
, הגדוד נשאר במילואים, והגיע לחוף רק ב-12 ביוני. הגדוד הועבר מלבואן למפרץ פאדאס במשך ארבעה ימים, ב-16 ביוני, באמצעות ספינות נחיתה, ולאחר מכן השתתף בכיבוש ווסטון ביום למחרת. לאחר מכן פטרול ה-2/32 לקראת בופורט, ביצע התקפה על העיר בשיתוף עם הגדוד ה-2/43 ב-26 ביוני, כדי לאבטח את קו הרכבת ווסטון-בופורט. במהלך תחילת יולי התקדמה הגדוד לעבר פאפר. ההתקדמות העיקרית נעשתה לאורך קו הרכבת, עם תנועה צמודה שהופקה על ידי פלוגה אחת שביצעה נחיתה אמפיבית לדרום; לאחר תנועות אלה, העיר נלקחה לאחר מכן ב -12 ביולי 1945.