המשרד נוצר במקור כ"משרד הפנים הקיסרי והמלכותי", ששימש כמשרד הפנים של האימפריה האוסטרו-הונגרית. בשנת 1918 הוחלף על ידי "משרד המדינה של הפנים" ("Staatsamt des Innern") של הרפובליקה הראשונה, ומאוחר יותר שונה שמו ל"משרד הפנים הפדרלי". לאחר פירוק גרמניה הנאצית ב-1945
המשרד הוקם מחדש בצורתו הנוכחית.