השלם את המשפט הבא: קופר הועמד שוב לסגן קולונל של חיל הפרשים הרביעי של קנטקי ב-26 במרץ 1863 והפך לקולונל באפריל; בעקבות התפטרותו של קולונל ביילס. ב-4 ביוני 1863, קופר נפצע כשסוס נפל עליו בפרנקלין, טנסי. הוא פיקד על הגדוד בקרב צ'יקמוגה בספטמבר 1864. קופר חזר לקסינגטון, קנטאקי בשנת 1864 לחופשת מחלה. ואז קופר הוביל כוחות מקומיים נגד הפורצים של ג'ון האנט מורגן. הוא סירב לדרישותיו של מורגן לכניעת לקסינגטון ב-9 ביוני 1864 ודחה את חייליו. באפריל 1865 הוא פיקד על העמדה במונטגומרי, אלבמה ובמאי ויולי 1865 על העמדה באלבני, ג'ורג'יה. הוא שוחרר בכבוד ב-21 באוגוסט 1865 במקון, ג'ורג'יה. הוא קיבל כבוד קרב על שירותו בשילה, קורינתוס, ריצ'מונד, צ'יקמאוגה, הפשיטה של מורגן לקנטקי, קרב רסקה ועל הפשיטה של וילסון על מונטגומרי. הוא הועלה לדרגת סגן-קולונל וקולונל בצבא הרגיל ב-2 במרץ 1867, על שירותים אמיצים ומצוינים
בקרב רסקה בג'ורג'יה ובכיבוש מונטגומרי, אלבמה.