ב-1861, בתחילת מלחמת האזרחים, הוא מונה על ידי מפקד המשמר הלאומי של ניו יורק, בריגדיר גנרל ג'ון F. רת'בון, לשמש כקצין רפואי ראשי במחסן באלבני. ביוני 1862, לאחר קרב תחנת סאבאג'
כשהצבא של הפוטומק, יחד עם הרופאים שלו, נסוג, סווינברן נשארה כדי לטפל באלפי האסירים הפצועים, הן של האיחוד והן של הקונפדרציה. מתוך כבוד לעמדתו העקרונית, מפקד הקונפדרציה סטונוול ג'קסון נתן לו אישור, עם פתק אישי, המאפשר ביקורים באסירים של האיחוד. בשנת 1864 מינה אותו המושל הורציו סימור לתפקיד קצין הבריאות של נמל ניו יורק, ובשנת 1867 הוא הונה מחדש על ידי המושל רובן פנטון, שירת בסך הכל שש שנים, עד 1870. במהלך כהונתו, למרות סירובו של המחוקקים המדיניים להקצות מימון, הוא פיקח על בניית מתקני הסגר מתקדמים באיים שנקראו סווינבורן והופמן.