במארס 1937 הוסר שניוינד מתפקידו באוניברסיטה ובתחילת 1938 פתחו הרשויות בחקירה פלילית בדבר מעורבותו בכנסייה המוודה. הוא נאלץ לקחת 80% קיצוץ בשכר. מקורות רבים מניחים או מרמזים כי הוא נותר מנותק מפרופסורותו עד סוף המלחמה.
במאי 1945, אבל חקירה חדשה של רשומות כוח אדם שנשמרו בארכיונים באוניברסיטת הלה הראה שפרופסורותו של שניוינד הוחזרה בשקט בצורה מסוימת מאוחר יותר בשנת 1938. אין שום דיווח שהתיק הפלילי הגיע לשלב התביעה. לפי מקור אחד, לצד פעילות ההרצאות שלו מטעם הכנסייה המוכרת, הוא היה מסוגל להמשיך "להדריך את תלמידיו באופן פרטי". לאחר 1939 הוא שילב את פעילותו באוניברסיטה עם עבודה ככומר בבית חולים צבאי.