השלים את המשפט הבא: התגייס לצבא האיחוד במאי 1861, הוא קיבל משרה כקצין עם גדוד חיל הרגלים המתנדב התשיעי בניו יורק, הידוע בכינויו "הזואבים של הוקינס", ומאוחר יותר את חיל הצבא התשיעי שבו הוא שירת תחת גנרל בנג'מין באטלר בקרב ביג בת'ל ו
המשלחת למפרץ האטרס. בשנת 1862 הוא ליווה את צבא הפוטומק במשלחת רואנוק של הגנרל אמברוז ברנסייד ולקח חלק בקרבות של מפרץ האטרס, אי רואנוק, סאות' מאונטיין, אנטיטאם ופרדריקסבורג. לאחר שנפצע פעמיים במהלך המערכה, ג'ארדין הועלה לדרגת מייג'ור על "התנהגות אמיצה" ופיקד לזמן קצר על גדוד הרגלים ה-89 בניו יורק.