כתוב המשך לקטע זה - במהלך המבול
הכנסייה מעץ נהרסה על ידי כוחות שוודים, אך נבנתה מחדש זמן קצר לאחר מכן. בשנת 1695 הקים דיקון ורשה, הכומר מיקולה פופלוסקי, כנסייה חדשה במקומה, עם הכסף שנתרם על ידי המלכה מרי קסימיר לואיז דה לה גרנג ד'ארקין. עם זאת, לאחר מותו של המלך יוחנן השלישי סוביסקי, הונחו הכספים, ורק בשנת 1755 הושלמו עבודות הבנייה. הבניין תוכנן על ידי יואקים דניאל ג'ואך. לאחר מותו, עבודותיו היו תחת פיקוחו של יוהאן פרידריך קנבל. במהלך מצור ורשה (1794) השטח סביב הכנסייה הפך למבצר לכוחות הפולנים והכנסייה נפגעה קשה. הוא נבנה מחדש בשנת 1807 ושוב הוקדש מחדש בשנת 1811. עם זאת, במהלך המצור הרוסי על ורשה בשנת 1831, האזור הפך שוב למבצר והכנסייה נפגעה שוב קשה.