כתוב המשך לפרק זה - חיל הים המלאי הופעל מחדש ב-24 בדצמבר 1948 עם פרוץ מצב החירום במלאיה
, המלחמה המורדת בהשראה קומוניסטית נגד הממשלה הקולוניאלית הבריטית. תקנות חיל הים המלאי (MNF) פורסמו ב-4 במרץ 1949 על ידי הרשויות הקולוניאליות, והתבססו בתחנת רדיו לשעבר של חיל האוויר המלכותי בווודלנדס, סינגפור. הבסיס נקרא "מגורי ה-MNF", אך מאוחר יותר הועבר ל-HMS "מלאיה". חיל המילואים המלכותי של חיל הים (RNVR) הוקם מחדש ככוח משותף הכולל את מחלקת סינגפור ואת מחלקת הפדרציה, על ידי צו שעבר בסינגפור בשנת 1952. המשימה העיקרית של חיל הים המלאי (MNF) הייתה סיורים חופים כדי לעצור את הקומוניסטים מקבלים אספקה מהים. בנוסף, הכוח קיבל את המשימה לשמור על הגישות לסינגפור ונמלים אחרים. ה-MNF היה מצויד ב-HMS "Test", ששימש כספינת אימונים. עד 1950, צי ה- MNF התרחב כדי לכלול את ה- HMS "Laburnum" היפני לשעבר, טנקים (LCT) HMS "Pelandok" ("Mousedeer"), ספינת דיג מנועית HMS "Panglima" ("מרשל"), ספינת התאוששות טורפדו HMS "Simbang" ומספר שידורי מנועי הגנה (SDML). באוגוסט 1952, המלכה אליזבת השנייה העניקה את התואר "צי המלכותי המלכותי" לחיל הים המלכותי בהכרה בשירותו המצטיין בפעולה במהלך מצב החירום במלאיה.