במהלך המלחמה הקרה, 13 AF נשארו בפיליפינים, מספקים הגנה אווירית של האומה והופכים לאחד מכוחות האוויר המסומנים של כוחות האוויר של האוקיינוס השקט (PACAF). במהלך מלחמת קוריאה, יחידותיה סיפקו אזורי סידור לאנשים ולציוד המיועדים לאזור המלחמה. עם התדרדרות מלחמת וייטנאם בסוף שנות השישים ובתחילת שנות השבעים, ה-13th AF סיפק פיקוד ושליטה ליחידות חיל האוויר האמריקני שהוצבו בתאילנד, והיחידות שלה ביצעו משימות קרב ברחבי הודו-סין עד אוגוסט 1973. 13 יחידות חיל האוויר השתתפו לאחרונה בקרב במהלך תקרית SS Mayaguez
במאי 1975.