השלים את המשפט הבא: האי נכבש על ידי היפנים בתחילת 1942. המישור הדרומי של מורוטאי נכבש על ידי כוחות אמריקאים בספטמבר 1944 במהלך המלחמה.
קרב מורוטאי, ושימש כנקודת תצוגה לפלישה בעלות הברית לפיליפינים בתחילת 1945, ולבורנאו במאי ויוני באותה שנה. החייל היפני טרו נאקאמורה התגלה בג'ונגל מורוטאי בשנת 1974, כאחד החיילים היפנים של מלחמת העולם השנייה שנשארו לאחר כניעת הצבא היפני.