כתוב המשך לקטע זה - אי שביעות הרצון ההולכת וגדלה של האינדיאנים עם השלטון הקולוניאלי עורר את המרד הגדול
של טופאק אמארו השני. הודי משכיל דובר ספרדית זה נולד בשם חוזה גבריאל קונדורקנקי, ולקח את שמו של אבותיו הקדומים, טופאק אמארו. במהלך שנות ה-1770, הוא נעשה מר על הטיפול הקשה של האינדיאנים על ידי "corregidores de indios". בנובמבר 1780 טופאק אמארו השני ואנשיו תפסו והוציאו להורג "קוריג'ידור דה אינדיוס" אכזרי במיוחד. אף על פי שטופאק אמארו השני התעקש כי התנועה שלו הייתה רפורמיסטית ולא ביקשה להפיל את השלטון הספרדי, דרישותיו כללו אזור אוטונומי עבור הילידים. ההתקוממות הפכה במהרה למרד גדול. כ -60,000 אינדיאנים באנדים הפרואניים והבוליביים התגייסו למטרה. לאחר כמה ניצחונות ראשוניים, כולל הפסד בצבא ספרדי של 1,200 גברים, טופאק אמארו השני נתפס ונרצח במאי 1781; עם זאת, המורדת המשיכה, בעיקר בפריו העליונה. שם, תומך של טופאק אמארו השני, הצ'יף האינדיאני טומאס קאטארי, הוביל התקוממות בפוטוסי במהלך החודשים הראשונים של 1780. קטרי נהרג על ידי הספרדים חודש לפני טופאק אמארו השני. מרד גדול נוסף הובל על ידי ג'וליאן אפזה, סקסטון שלקח את השמות של שני השהידים המורדים על ידי קורא לעצמו Túpac Catari (גם כתוב קטרי). הוא הטיל מצור על לא פאז במשך יותר מ-100 ימים. ספרד לא הצליחה להדוף את כל המרדנים עד 1783 ואז החלה להוציא להורג אלפי אינדיאנים.