-קלינן הועבר לסגן בחיל האזרחים ביוני 1940, והוגדר לאנשי המהנדסים המלכותיים של אוסטרליה. במרץ 1941 התנדב לשירות בחו"ל והצטרף לכוח האימפריאלי האוסטרלי השני, וקיבל משרה כמדריך בחטיבת ההריסה, במרכז האימונים של חיל הרגלים השביעי. הוא הועלה לקפטן ביולי 1941, ולאחר מכן הוצב כמפקד שני לחטיבה השניה העצמאית, והועבר איתם לטימור.
כחלק מכוח הדרור בדצמבר 1941. לאחר מכן הוא הוביל את הקומנדו במהלך מסע הפעולה שלהם על האי ובחודש יולי 1942 הוא הועבר באופן זמני למייג'ור.