תקופה זו של חופש ושגשוג הסתיימה במאה ה-16, כאשר סגן המלך הספרדי פיליברט ואן אורנג'ה הרס חלקית את לאקילה והקים פיאודליזם ספרדי בכפר שלה. העיר, שנפרדה מהשורשים שלה, מעולם לא התפתחה שוב. זכויות קדומות בוטלו. לאקילה הושמדה שוב ברעידת אדמה
בשנת 1703. רעידות אדמה רצופות פגעו שוב ושוב בקתדרלה הגדולה של העיר, והרסו את הכיפה המקורית של באזיליקה של סן ברנרדינו, שתוכננה על פי קו הכיפה של סנטה מריה דל פיורה בפירנצה. העיר נבזזה גם פעמיים על ידי כוחות צרפתיים בשנת 1799.