כתוב המשך לפרק זה - פרנהולט נכנס לחיל הים כמאמן 24 באפריל 1861, לאחר 3 שנים בשירות הסוחר. הוא השתתף במערכות ובקרבות של סוללות המפרץ האטרס.
, קרב פורט רויאל, קרב פורט פולסקי, ועוד רבים אחרים. ב-22 באוקטובר 1862, בעת ששימש כחבר בצוות תותחי האוביצר על סיפונה של ספינת ה-Mars, הפצוע הפשוט פרנהולט נפצע קשה בקרב פוקוטליגו, דרום קרוליינה, ופורש מהצי. הוא חזר לחיל הים האמריקאי בפברואר 1863 לאחר שחלים והוקצה למפקח, שהשתתף במערכות כמעט יומיות עם ההגנה של צ'רלסטון, דרום קרוליינה מאפריל 1863 עד אפריל 1864. הוא השתתף במתקפה כושלת על פורט סאמטר בספטמבר 1863. שירותו המצטיין הוביל למנויו לשרת סגן סגן בפועל ב-19 באוגוסט 1864, והוא היה מפקד על סקונית המורטרה שהוקצבה לצבא בסאונדס של צפון קרוליינה מאוחר יותר באותה שנה. הוא השתתף גם בהשתלטות על פלימות, צפון קרוליינה, ובכמה קרבות על נהרות רואנוק, צ'ואן ובלקווטר, כמו גם בהשתלטות על פורט פישר, צפון קרוליינה.