ב-13 ביולי 2011, הוכרז כי ג'ונתן יעזוב את סנטוס כדי להתאמן עם אינטר מילאן, עד לסיום העברה. יומיים לאחר מכן, ב-15 ביולי, הוא הפך באופן רשמי לשחקן אינטר, וחתם על חוזה בן ארבע שנים. ג'ונתן הופיע לראשונה באינטר ב-11 בספטמבר 2011 בשבוע השני של 2011-12 Serie A.
שיחקו 90 דקות מלאות בהפסד 4-3 על פלרמו. שלושה ימים לאחר מכן ג'ונתן הופיע לראשונה בליגת האלופות, כששיחק את כל המשחק ביום המשחק הראשון נגד קבוצת הטרבזונספור הטורקית בהפסד של 0-1 בסן סירו.