בתחילת מלחמת האזרחים, הוא מונה לקפטן בחטיבת חיל הרגלים ה-10 של אינדיאנה, וזכה לדרגת קולונל תוך פחות מחודש. הוא פיקד על חטיבה בצבא אוהיו בקרב מיל ספרינגס בשנת 1862 וקידמו אותו לגנרל חטיבה ב-24 במרץ 1862, בהתבסס על פעולותיו שם. גנרל מנסון נפצע בירך ונלכד על ידי כוחות הקונפדרציה בקרב ריצ'מונד, קנטאקי. הוא הוחלף חודשיים לאחר מכן ונלחם במורגן בפשיטה שלו לאוהיו. בתוך חודשיים, מאנסון עבר מבריגדה, לדיוויזיה ולאחר מכן לפקד על חיל ה-XXIII. הוא הוביל את הגדוד במהלך מסע נוקסוויל וראה פעולה בתחנת קמפבל ובנוקסוויל. גנרל מנסון חזר למפקד החטיבה, בצבא אוהיו, במהלך מסע אטלנטה ונפצע קשה בקרב רסקה
ג'ורג'יה.