הוא היה 2-0 עם ERA של 3.18 עבור הקארדס כשהם העבירו אותו באמצע העונה לסן פרנסיסקו ג'יינטס עבור פרנק לינזי. עם ה"ג'יאנטס", ג'ונסון התגלה כאחד מההקלה הטובים ביותר בליגה הלאומית, והסיים במקום השישי בבחירות לפרס סיי יאנג בתקופה שבה כבוד כזה היה נדיר לזרקנים הקלה. ב-2001, ג'ונסון היה 12-9 עם 2.97 ERA ו-18 חילוץ עבור הג'יינטס המנצחים במחלקה. בעונה האחרונה שלו, הוא הגיש 1.1 סיבובים ונתן שני ריצות לפיראטס פיטסבורג במשחק 4 של
אליפות הליגה הלאומית של 1971.