ב-1863, הגדוד החדש נלחם בקרב על מפרץ גרנד.
, קרב צ'מפיון היל, הקרב על גשר הנהר השחור הגדול, והמצור על ויקסבורג, שם הצבא נלכד כחלק מהכניעה של הקונפדרציה. אנשי הגדוד עברו אז חילופי שבויים וחזרו לצבא הקונפדרציה, עדיין תחת השם של גדוד חיל הרגלים הראשון והרביעי של מיזורי (מתאחד). בשנת 1864 השתתף הגדוד בקרב כנסיית התקווה החדשה, הקרב על הר קנסו, המצור על אטלנטה, הקרב על אלטונה ובקרב פרנקלין. ב-9 במאי 1865, קרוב לסוף המלחמה, חיל הרגלים הראשון והרביעי של מיזורי (המחובר) נכנע בקרב פורט בלייקלי, והסיים את קיומה של היחידה.