כתוב המשך לפרק זה - בנוסף לקולוניזציה הספרדית, הפיליפינים סבלו גם בהיסטוריה האחרונה יותר מהקולוניזציה האמריקאית שעדיין מתמשכת עד היום. ב-10 בדצמבר 1898, ספרד מסרה את הפיליפינים לארצות הברית באמצעות הסכם פריז. זה החל תקופה ארוכה של קולוניזציה אמריקאית, ששיחקה תפקיד עצום בארכיאולוגיה הפיליפינית, שכן היא אפשרה לאנתרופולוגים אמריקאים לחקור אתרים ארכיאולוגיים נרחבים עם ראיות עמוקות של כיבוש אנושי והתפתחות. מאוחר יותר, ארכיאולוגים כמו ה. אוטלי בייר הצליחו להכניס את הפיליפינים לרשומות הארכיאולוגיות באמצעות אירועים כמו תערוכת סנט לואיס העולמית ב-1904
, אשר יזם את פיתוח הארכיאולוגיה בפיליפינים.