במהלך אוגוסט 1945, בראון מונה לסגן ראש המטה של הצבא השישי תחת גנרל וולטר קרוגר. כקצין סגל מנוסה, הוא השתתף בתכנון מבצע "נפילה", הפלישה המתוכננת ליפן. עם זאת, האימפריה היפנית
נכנע ב-2 בספטמבר 1945, והפעולה בוטלה. בראון הוענק את מדליית הכוכב הברונזי על השתתפותו בתכנון. בזמן ששימש בתפקיד זה, הוא גם השתתף בכיבוש יפן.