למרות הכניעה הרשמית, הייתה תנועת התנגדות מקומית משמעותית לכיבוש היפני. אלמנטים של הצבא הפיליפיני המשיכו את פעילותם והצליחו לשחרר את כל החמישים מחוזות של הפיליפינים, מלבד שתים עשרה, בעוד קבוצות אחרות כגון Hukbalahap היו מעורבות גם כן. בעודו בגלות, נשיא פיליפינים, מנואל ל. קווזון, המשיך לייצג את הפיליפינים עד מותו משחפת בשנת 1944. כוחות אמריקאים תחת פיקודו של גנרל מקארתור חזרו באוקטובר 1944, החל עם הנחיתה האמפיבית
על Leyte.