כתוב המשך לפרק זה - בשנת 1989 היה יאנשה מעורב בהקמת אחת מפלגות האופוזיציה הראשונות בסלובניה, האיחוד הדמוקרטי הסלובני (SDZ) והפך לסגן הנשיא הראשון שלה, ולאחר מכן לנשיא מועצת המפלגה. בעקבות הבחירות החופשיות הראשונות במאי 1990 הוא הפך לשר ההגנה בקבינט של לוג'ה פטרלה, תפקיד שהוא מילא במהלך מלחמת העצמאות הסלובנית.
ביוני ויולי 1991. יחד עם שר הפנים איגור באבצ'אר, יאנשה היה המארגן העיקרי של האסטרטגיה של סלובניה נגד צבא העם היוגוסלבי.