עד שנת 1672 הוא החל לרשום את המחקרים התיאולוגיים שלו בספרים שהוא לא הראה לאף אחד והם נבדקו רק לאחרונה. הם מראים ידע נרחב של כתבי הכנסייה הקדומה ומראים כי בסכסוך בין אטנאסיוס ואריוס אשר הגדיר את האמונה, הוא לקח את הצד של אריוס, המפסיד, אשר דחה את השקפת השילוש המקובלת של השילוש. ניוטון "הכיר בישוע כמתווך אלוהי בין אלוהים לאדם, שהיה כפוף לאב שיצר אותו". הוא היה מעוניין במיוחד בנבואות היסטוריות, אך עבורו, "האמונה בישוע הייתה כפירה למשיח. הנויטון היה נוטוניסטון האתולוקסיני היה נוטוניסטוריון האתולוקסיני, אך סנפסיניסט היה נוטוניסטודוקס. ניוטון החזיק בדעתו העתיקה של ישוע, אך סנפסיניסטודוקס היה נוטוניסטודוקס באופן יסודי. ניוטון סיר
היה כופר.