ביוני 1945 ג'ונס הועלה לתפקיד קפטן RNR ונשלח לפקודת דרום מזרח אסיה תחת אדמירל מאונטבאטן. הוא מונה כקצין תחבורה ימית של הודו המזרחית ההולנדית, המבוסס בג'אווה, באטביה. המלחמה באסיה הסתיימה באוגוסט 1945 עם כניעת יפן.
אבל הם עדיין נדרשו להתמודד עם תחבורה חזרה של חיילים ואספקה, כמו גם משלוח של האסירים האזרחיים והצבאיים של מלחמה מחנות היפנים.