כותב המשך לקטע זה - נפוליאון בונפארטה, כאשר הוא הפך לקונסול הראשון בשנת 1801, חתם על קונקורדט עם האפיפיור, הסכים לשחזר נכסי כנסייה לשעבר, כולל הפנתיאון. הפנתיון היה תחת סמכות השיפוט של הקנונים של הקתדרלה של נוטרדאם דה פריז. חגיגות של אירועים חשובים, כמו הניצחון של נפוליאון בקרב אוסטרליץ
, נעצרו שם. עם זאת, הקריפטה של הכנסייה שמרה על תפקידה הרשמי כמקום מנוחה עבור צרפתים מפורסמים. כניסה חדשה ישירות לקריפטה נוצרה דרך המרפסת המזרחית (1809<unk>1811). האמן אנטואן-ז'אן גרוס הוזמן לקשט את הפנים של הכיפה. הוא שילב את ההיבטים החילוניים והדתיים של הכנסייה; הוא הראה את ג'נביב נלקחת לשמיים על ידי מלאכים, בנוכחות של מנהיגים גדולים של צרפת, מקלוביס הראשון וקרל הגדול לנפוליאון והקיסרית ג'וזפינה.