ב-1 במאי, הגדוד נלחם בקרב פורט גיבסון
, שם הוא והגדוד הרביעי של חיל הרגלים של מיזורי פשטו על קו האיחוד בניסיון להפוך את הצד הפתוח של האויב. עם זאת, שני הגדודים לא פגעו בקו האיחוד בצד, ובמקום זאת פגעו באזור עם תמיכה גדולה יותר. לאחר קרבות כבדים, שני הגדודים נאלצו לסגת. ב-16 במאי, הגדוד הצטרף למתקפה גדולה בקרב על גבעת צ'מפיון. הטרחה של הקונפדרציה על גבעת צ'מפיון תפסה שני מאפיינים חשובים בשדה הקרב, אך תגבורת האיחוד וחוסר תחמושת אילצו את הגברים לסגת. לאחר שהובסו בקרב גשר הנהר השחור הגדול ב-17 במאי, הפלוגה נכנסה להגנות של ויקסבורג, מיסיסיפי. במהלך המצור על ויקסבורג, הגדוד עזר להדוף את התקפות האיחוד ב-19 וב-22 במאי. ב-25 ביוני וב-1 ביולי, הגדוד התנגד לניסיונות של האיחוד לשבור את קווי הקונפדרציה על ידי פיצוץ אבק שחור מתחת לעבודות ההגנה של הקונפדרציה. חיל המצב הקונפדרטי של ויקסבורג נכנע ב-4 ביולי, ואנשי חיל הרגלים החמישי של מיזורי שוחררו על תנאי. לאחר החלפתם, חיל הרגלים החמישי של מיזורי הצטרף לחיל הרגלים השלישי של מיזורי כדי ליצור את גדודי הרגלים השלישי והחמישי של מיזורי (המחובר); חיל הרגלים החמישי של מיזורי חדל להתקיים כגוף נפרד.