ב-1860, יאנג דיווח על הספינה "סיידוויל סטים פריגט", שפועלה במפרץ מקסיקו, בסיירת הים התיכון, ו לאורך החוף המזרחי של ארצות הברית. הוא היה על סיפון סוסקהנה כאשר פרצה מלחמת האזרחים האמריקאית באפריל 1861, והשתתף במצור האיחוד על מדינות הקונפדרציה של אמריקה. הוא גם השתתף על סיפון "סוסקהנה" בהפיגוע
קרב המפרץ האטראס, צפון קרוליינה, ב-28 באוגוסט 1861 וקרב פורט רויאל בפורט רויאל, דרום קרוליינה, ב-7 בנובמבר 1861. בין נובמבר 1861 ליוני 1862 הוא היה קצין בכיר של סלופ-אוף-וואר, שהשתתף במצור על וילמינגטון, צפון קרוליינה, ובין יוני 1862 לנובמבר 1862 הוא היה קצין בכיר של פריגטת הקיטור בצד בצ'רלסטון, דרום קרוליינה, והועדף ללוטיננט קומנדר ב-16 ביולי 1862.