כתוב המשך לפרק זה - בשנת 1806, הרשויות הצרפתיות של הולנד הפכו את אוניברסיטת אוטרכט ל"école secondaire" (תיכון), אך לאחר הקמת הממלכה המאוחדת של הולנד בשנת 1813, היא קיבלה בחזרה את מעמדה הקודם. ליידן, לובן, גרונינגן, אוטרכט וגנט היו חמש האוניברסיטאות של המדינה החדשה. שתי האוניברסיטאות (לובן וגנט) הפכו לחלק מהמדינה הבלגית החדשה לאחר הפרדת המחוזות שלהם.
ממלכת הולנד המאוחדת בשנת 1830. כתוצאה מכך, אוניברסיטת אוטרכט נותרה אחת משלוש אוניברסיטאות הולנדיות בלבד. במהלך הכיבוש הצרפתי, המלך לואי נפוליאון הורה על בניית ארמון במרכז אוטרכט, שבסופו של דבר הפך לספריה האוניברסיטאית במרכז העיר.