ב-1899, הוקמה ועדת התעלה האיסטמית כדי לקבוע איזה אתר יהיה הטוב ביותר עבור התעלה (ניקרגואה או פנמה) ולאחר מכן לפקח על בניית התעלה. אחרי שניקרגואה הושלכה, פנמה הייתה הבחירה הברורה. עם זאת, עלו כמה בעיות. עם האינטרסים המוצקדים של ארה"ב בפנמה (אז חלק קטן מקולומביה), הן קולומביה והן החברה הצרפתית שהייתה אמורה לספק את חומרי הבנייה העלו את המחירים שלהם. ארה"ב, שסירבה לשלם את התשלומים הגבוהים יותר מהצפוי, "תכננה מהפכה" בקולומביה. ב-3 בנובמבר 1903, פנמה (בתמיכת חיל הים של ארצות הברית) התקוממה נגד קולומביה. פנמה הפכה לרפובליקה חדשה, וקיבלה 10 מיליון דולר מארה"ב לבדה. פנמה קיבלה גם תשלום שנתי של 250,000 דולר, וביטחונות של עצמאות. ארה"ב קיבלה את הזכויות על רצועת התעלה.
"לנצח". רוזוולט אמר מאוחר יותר שהוא "לקח את התעלה, והניח לקונגרס לדון". לאחר שקולומביה איבדה את פנמה, הם ניסו לפנות לארה"ב על ידי שיקול חוזר של הסכמים ואפילו שם עיר פנמה בירת קולומביה.