הוועדה המנהלת של ה-WJC תיארה את ההחלטה כ"ניסיון להשמיץ את הציונות על ידי השוואה לה עם אימפריאליזם, קולוניאליזם, גזענות ואפרטהייד,... שמהווה להסית לגזענות ושנאה גזעית". כל הקהילות והארגונים הקשורים לקונגרס נדרשו לנקוט פעולה מיידית כדי לגייס את דעת הקהל נגד ההחלטה. ישראל עשתה את ביטול החלטה 3379 תנאי להשתתפותה בוועידת השלום במדריד
של 1991. החלטה 3379 בוטלה בשנת 1991 על ידי החלטת האסיפה הכללית של האו"ם 4686.