ובר התגייס להילחם במלחמת האזרחים כקולונל ב-16 במאי 1861. הוא הקים יחידה גרמנית-אמריקאית הידועה בשם "טורנר רייפלס", פלוגה שבסופו של דבר הפכה לחלק מהחטיבה ה-20 של חיל הרגלים של ניו יורק. ובר היה מוצב בפורט מונרו בווירג'יניה. הוא השתתף בכיבוש פורט האטרס.
אני לא יודע. בספטמבר 1861 עד מאי 1862, הוא פיקד על מחנה המילטון, ליד פורט מונרו, והוכרז לגנרל חטיבה של המתנדבים ב-28 באפריל 1862. הוא היה בניופורט ניוז במהלך הקרב בין "מוניטור" ו"וירג'יניה" בהתראה לתקפת קונפדרציה על הקרקע. הוא השתתף בכיבוש נורפולק, וירג'יניה במאי, ולאחר מכן פיקד בסאפוק עד ספטמבר, כאשר הוזמן לצבא הפוטומק, שם פיקד על החטיבה השלישית, הדיוויזיה השלישית, חיל הצבא השני בצבא הפוטומק.