נפה עשה את הופעת הבכורה הבינלאומית שלו עבור נבחרת הכדורגל הלאומית של פרגוואי ב - 1 ביולי 1989 בקופה אמריקה 1989.
משחק נגד פרו (5-2) ניצחון, שבו הוא כבש פעם אחת (2-1). הוא השיג סך של 15 משחקים בינלאומיים, כבש ארבעה שערים עבור הנבחרת הלאומית.