תחת הקונפדרציה, המפקח שלהם החזיק בטירה על הגדה הימנית של Limmat, שליטה גישה לגשר. בית הנבחרים השוויצרי נפגש בבדן שוב ושוב מ-1426 עד בערך 1712, מה שהפך את באדן למעין עיר הבירה של שוויץ. אולם העירייה ('), שבו התכנס הדיאט, עדיין ניתן לבקר בו. במהלך המאה ה-15, העיר השיגה את פופולריותה כמקום נופש בריאותי ('). העיירה הייתה אתר הדיון המפורסם על טרנסבסטנציה מ-21 במאי עד 18 ביוני 1526. אף על פי שזווינגלי סירב להשתתף באופן אישי, הוא הדפיס גיליונות רחבים לאורך כל משך האירוע ושלח את עוזרו יוהנס אוקלמפדיוס לדיון עם יוהאן אק ותומאס מורנר. בסופו של דבר, הרוב החליט נגד הרפורמים, אבל בלאק משמעותי הופיע גם לטובתם. יוהאן פיסטוריוס ערך מחלוקת בעיר בשנת 1589. שטיין הוחזק מחדש מתישהו בין 1658 ל-1670, אך המבצר ננטש בשנת 1712. בשנת 1714, הסכמי ראסטאט ובאדן סיימו את העוינות בין צרפת והבסבורגים, התיאטרון האחרון של מלחמת הירושה הספרדית. עוד הסכם באדן סיים את מלחמת טוגנבורג
בין הקנטונים השוויצריים הפרוטסטנטיים והקתולים בשנת 1718. באדן הייתה בירת קנטון באדן מ-1798 עד 1803, כאשר נוצר קנטון ארגאו.