גארדנר למד בבתי הספר המקומיים ובילה שנתיים כסטודנט בסמינר ג'נזי וויומינג. באוגוסט 1862, במהלך מלחמת האזרחים האמריקאית, הוא התגייס לחטיבה C של גדוד חיל הרגלים ה-130 בניו יורק. הגדוד הפך מאוחר יותר לגדוד הפרשים ה-19 בניו יורק ולאחר מכן לגדוד הדרגונים הראשון בניו יורק. בהתחלה היה רב-טוראי של החטיבה, מאוחר יותר הוא הועבר לסמל. בסתיו 1864, במהלך מסעות העמק של 1864
, הוא איבד את הרגל הימנית, שנקטעה בבית החולים רחוב קמדן בבולטימור. התפתח גנגרנה לאחר הקטיעה, והוא היה צריך לעבור ניתוח בפעם השנייה. הוא שוחרר מהצבא באפריל 1865. לאחר שחזר לאטטיקה, הוא מונה לקצין דואר ברכבת ארי, משרה שהחזיק בה בשלוש השנים הבאות.