למרות שהושקה כמה ימים לאחר "היו", "ג'ונ'יו" הייתה הראשונה של השניים שנקבעה במאי 1942. היא הוקצה לדיוויזיה הרביעית של הצי האווירי הראשון, יחד עם. הספינה קיבלה את המשימה לתמוך בפלישה לאיי אלוטים, מבצע שנועד להתמקד בהתקפה על מידוויי. "ג'וניו" נשא 18 A6M2 Zeros ו-18 D3As למבצע זה. הספינה ביצעה את התקיפה האווירית הראשונה שלה בשחר של ה-3 ביוני נגד הדאץ' הארבור.
באי אונאלסקה. היא השיגה מעט במהלך המבצע הזה, איבדה חמישה מטוסים מכל הסיבות, והמטוס שלה הוריד רק חמישה מטוסים אמריקאים.