במהלך עונת 2009-10 אגאפונובה שיחקה לראשונה בסדרת ג'וניור גרנד פרי (JGP). היא זכתה במדליית ברונזה בגרמניה והגיעה למקום השישי בפולין. היא זכתה בזהב באליפות הרוסית הצעירה.
נשלחה להתחרות באליפות העולם לג'וניור, אגפונובה זכתה במדליית הברונזה באירוע.