כתוב המשך לפרק זה - המלחמה הסתיימה
במאי 1945 כששני שלישים המערביים של גרמניה חולקו לארבעה אזורי כיבוש צבאיים. בוואריה הייתה תחת כיבוש צבא ארצות הברית. ב-1946 יוהנס מולר עמד בפני סוג של משפט בפני הנציב הבווארי על רדיפה גזעית, דתית ופוליטית. בגלל "ההלל של היטלר בדיבור ובכתיבה" ("Verherrlichung von Hitler in Wort und Schrift") מולר, עכשיו מעל 80, "ורשע" כפושע מלחמה רציני ("כ"Hauptschuldiger""). פסק הדין היה שנוי במחלוקת מכיוון שמילר מעולם לא היה חבר במפלגה הנאצית ולא היה מעורב צבאי, מה שמרמז על כך שלא היה בסיס משפטי להרשעה. בקשה קשורה לפרישות של ארמון אלמו נכשלה, בתחילה משום שאלזה, הרוזנת וולדרזה, שעדיין הייתה בעלת חלק בו, סירבה למכור את חלקה. מולר סירב להגן על עצמו בפני הנציב, אבל ההפקעה הקבועה של ארמון אלמו לא הושגה. מולר הודה בפתיחות שהוא טעה בהערכתו של היטלר והוא הרחיק את עצמו מהנאציונל סוציאליזם, אבל במובנים אחרים הוא עמד על "הוראתו".