ב-1846, בתחילת המלחמה המקסיקנית-אמריקאית, רוברטס מונה מחדש לסגן ראשון, רובים רכובים, בצבא הרגיל. הוא הועלה לקפטן בשנת 1847, וראה פעולה ב ורה קרוז, סררו גורדו, קונטרס, צ'רובוסקו
, והכיבוש של מקסיקו סיטי, Matamoros ו Galajara לעבור. בצ'רובוסקו, הוא קיבל תואר רב-סרן על שהוביל קבוצת תוקפים. הוא קיבל תואר נוסף, סגן קולונל בשנת 1847 על אומץ לב במהלך המלחמה. לאחר סיום המלחמה, הוא שירת בגבול ובוושינגטון.