כתוב המשך לפרק זה - לינקולן הצטרף לוושינגטון מחוץ לניו יורק באוגוסט 1778, ונבחר למפקד המחלקה הדרומית בספטמבר. וושינגטון שלח את לינקולן, לאפייט ולי (הנרי "הסוס הקל הארי") למחלקת הדרום כדי להתנגד לצבא הבריטי תחת קלינטון וקורנווליס. לינקולן השתתף במצור הכושל של צרפת
של סוואנה, ג'ורג'יה באוקטובר 1779, לאחר מכן הוא נסוג לצ'רלסטון, דרום קרוליינה. הוא לקח פיקוד על חיל המצב של צ'רלסטון. במרץ 1780 העיר הייתה מוקפת על ידי כוח בריטי גדול שנשלח מניו יורק. לאחר מצור קצר יחסית, נאלץ לינקולן להסגיר יותר מ -5,000 אנשים לסגן גנרל סר הנרי קלינטון ב -12 במאי 1780, אך עשה זאת באופן המאפשר למליציה של דרום קרוליינה לברוח כמו גם לכמה כוחות קונטיננטליים, שהטרידו את הבריטים כלפי לינקולן.