השלים את המשפט הבא: כאשר מלחמת האזרחים החלה בשנת 1861, מגרודר עזב את צבא האיחוד כדי לקבל עמדה בקונפדרציה. כמפקד צבא חצי האי, הוא חזק את חצי האי וירג'יניה וזכה בקרב ביג בת'ל. במערכה בחצי האי, הוא עצר את צבא הפוטומק של מקללן מחוץ לירקטאון, ומאפשר למייג'ור ג'וזף ג'ונסטון להגיע עם תגבורת, לארגן נסיגה ולהגן על בירת הקונפדרציה, ריצ'מונד. מגרודר נלקח על ידי ביקורת על מנהיגותו בקרב ב
תחנת סאבאג' ומלברן היל במהלך קרבות שבעת הימים. הוא בילה את שארית המלחמה בהנהלת מחוז טקסס, ניו מקסיקו ואריזונה ומחלקת ארקנסו; בתקופת כהונתו, מגרודר הרים את המצור הימי על גלוסטון וכבש את העיר בשנת 1863.