במהלך 1998, הונדה שקל לחזור לפורמולה 1 עם הקבוצה שלהם. הפרויקט בוטל לאחר מותו של המנהל הטכני שלו, הארווי פוסטלטווייט. במקום זאת הונדה חזרה כמספק מנוע רשמי ל-British American Racing (BAR), ולזמן קצר לגראנד פרי של ירדן. יחד עם BAR והונדה השיגו 15 פודיום ומקום שני באליפות הבונים 2004. הונדה קנתה חלק בקבוצה ב-2004 לפני שקנתה את הקבוצה באופן מוחלט בסוף 2005, והפכה להיות קונסטרקטור בפעם הראשונה מאז שנות השישים. הונדה ניצחה בפרס הגדול של הונגריה ב-2006
עם הנהג ג'נסון באטון. בדצמבר 2008, הודיעה הונדה כי היא תפרוש מפורמולה 1 בתוקף מיידי עקב המשבר הכלכלי העולמי של 2008.