כתוב המשך לפרק זה - כנסיות רבות בקרואטיה נפגעו או הושמדו במהלך מלחמת קרואטיה (1991<unk>95). הבישופים והכמרים והמאמינים ביותר של eparchies של זגרב, של Karlovac, של סלאבוניה ושל דלמציה הפכו לפליטים. שלושת האחרונים ננטשו כמעט לחלוטין לאחר יציאת הסרבים מכרואטיה בשנת 1995 (מבצע סערה). גם הכנסייה של דלמציה העבירה את מושבה באופן זמני לקנין לאחר הקמתה של הרפובליקה הסרבית קריינה. הכנסייה של סלאבוניה העבירה את כס הכנסייה מפקראץ לדארוור. לאחר מבצע סערה
, שני מנזרים נפגעו במיוחד, מנזר קרופה שנבנה בשנת 1317 ומנזר קרקה שנבנה בשנת 1345.