כתוב המשך לקטע הזה - שומאכר הצטרף פרארי ב. הוא סיים במקום השלישי באליפות, וזכה בשלושת המירוצים, בעונה שבה הדומיננציה הייתה של קבוצת וויליאמס. ניצחונו ב-F1 ששומהר זכה בו בהפרש של 45 שניות, נחשב לאחד מהניצחונות הגדולים ביותר בפורמולה 1 במים רטובים. בעונה זו זכה שומאכר בחמישה מירוצים, אך הודח מהאליפות לאחר שהפדרציה הבינלאומית לאוטומוביל הגיעה למסקנה כי הוא התנגש במכוון עם ז'אק וילנוב, יריבו באליפות, ב- Jerez. בשנה שלאחר מכן, הוא זכה בשישה מירוצים. שומאכר זכה באליפות העולם השלישית שלו ב- 1995, הראשונה של נהג פרארי מאז. הוא עקב אחרי זה עם ארבעה אליפויות ברציפות מ - במהלך עונת 2001, ב-2001, שומר זכה בפרס הגדול ה-52 שלו, ושבר את שיא אלן פרוסט עבור רוב הניצחונות בקריירה. העונה שלו, שבה הוא עלה על הפודיום בכל מירוץ, כללה 11 ניצחונות. האחרון שבר את השיא ביותר ניצחונות בעונה אחת. שומאכר התעלה על זה עם 13 ניצחונות במירוץ ב-2004. הניצחון האחרון שלו בגראנד פרי היה בגראנד פרי סיני 2006.
בסוף אותה עונה הוא פרש מפורמולה 1. הוא יצא מהפרישה וחזר למירוץ פורמולה 1 עם מרצדס בין 1999 ל-2003, אך לא זכה בהצלחה נוספת.