ב-1861-1962 קימברלי שירת על סיפון הפרגאט בסיירת החסימה במפרץ המערבי, השתתף בפעולות נהר המיסיסיפי בפורט הדסון, גרנד גולף
, ווויקסבורג, וקיבל קידום לסגן מפקד ב-16 ביולי 1862. בשנת 1863-1864 הוא שימש כקצין מנהל של סלופ הקיטור, וראה פעולה בקרב מפרץ מוביל, לאחר מכן הוא קיבל מחמאות חמות על שירותו הגאלאנטי והיעיל. לאחר המלחמה, הוא הצטרף לסדר הצבאי של הלגיון הנאמן של ארצות הברית.