כתבו המשך לפרק הזה - המחאות האפרו-אמריקאיות בדרום גדלו בתחילת שנות השישים, וה-ACLU סייעה בכל צעד. לאחר ארבעה סטודנטים אפרו-אמריקאים ביצעו שביתה
בחנות מרחב מופרדת בצפון קרוליינה, תנועת ה"סיד-אין" צברה תנועה ברחבי ארצות הברית. במהלך 1960-1961, ACLU הגן על סטודנטים שחורים שנעצרו על הפגנות בצפון קרוליינה, פלורידה, ולואיזיאנה. האגודה סיפקה גם עזרה משפטית למסע החירות ב-1961, לאינטגרציה של אוניברסיטת מיסיסיפי, למסע הבחירות בברמינגהם ב-1963, ולקיץ החירות ב-1964.