במשך שנה וחצי הקרובות, קרלין פיקד על החטיבה השנייה, הדיוויזיה הראשונה של חיל ה-20. הוא השתתף במערכה של טלהומה ובקרב צ'יקמוגה. בסתיו 1863, הוא נלחם בהר Lookout
ובמיסיונרי רידג' במהלך הקרבות על צ'אטנוגה. בקיץ 1864, הוא הוביל את חטיבתו במערכה באטלנטה, ולקח חופשה קצרה במהלך הקמפיין כדי לחזור לאילינוי כדי להתחתן. הוא הועלה לפיקוד דיוויזיה לפני קרב ג'ונסבורו בספטמבר. לאחר מכן הוא השתתף במצעד של שרמן אל הים ובכיבוש סוואנה, ג'ורג'יה.