ב-1940 הוא עבר אימונים על לוחמת צוללות, ובמהלך המלחמה היוונית-איטלקית
(1940-1941) הוא שירת על סיפון צוללות, ביצע סיורים כדי לחטוף שיט איטלקי בים האדריאטי. ב-31 בדצמבר 1940 הועלה לדרגת סגן. במרץ 1941 קיבל את צלב המלחמה על שירותו כקצין על סיפון הצוללת "נירפס". באפריל 1941, כאשר הפלישה הגרמנית ליוון כמעט כבשה את המדינה, רוב הצי היווני שניתן היה להציל נשלח למזרח התיכון שבשליטת בעלות הברית. אף על פי שרק סובאלטן, אנגולפופולוס לקח פיקוד על "נירפס" והוביל את הספינה שלו למזרח התיכון, שם הוא הצטרף לכוחות הממשלה היוונית בגלות. עבור יוזמה זו הוא קיבל את צלב המלחמה השני ב-14 בספטמבר 1944. לאחר מכן הוא שימש כקצין בכיר על סיפון המשחתת "פינדוס", שבה השתתף בקרב הים התיכון, וכן בפלישה של בעלות הברית לסיציליה (יולי 1943) ובפלישה לדרום צרפת ("מבצע דרגון", אוגוסט 1944). הוא לקח לעצמו את הפיקוד על המשחתת לזמן מה בשנת 1944. במהלך המרד הימי הפרו-קומוניסטי באפריל 1944, הוא השתתף בחטיבות העלייה לחללית שקיבלו בכוח את השליטה על הספינות ודחקו את המרד.