בינואר 1966, הנסיך סאדרודין מונה למפקח העליון של האו"ם לפליטים לאחר ששירת שלוש שנים כסגן המפקח העליון. בגיל 33 הוא הפך לאדם הצעיר ביותר אי פעם להוביל את UNHCR. במשך 12 השנים הבאות, הוא הוביל את סוכנות הפליטים של האו"ם באחת התקופות הקשות ביותר שלה, תוך תיאום התגובה הבינלאומית למשבר בנגלדש בשנת 1971.
זה עקר אנשים, יציאת 1972 של מאות אלפי הוטו מבורונדי לטנזניה, והטרגדיה של אנשי הספינה הוויאטנמית של אמצע שנות ה-70. ב-1972, הנסיך סדרודין שיחק תפקיד מרכזי במציאת בתים חדשים לעשרות אלפי דרום אסיאתיים שגורשו מאוגנדה על ידי אידי אמין.