-האלסי נעשה מפקד אזור דרום האוקיינוס השקט, והוביל את כוחות הברית במהלך הקרב על גואדלקנל (1942-1943), והקרבות במעלה שרשרת סולומון
(1942<unk>1945). ב-1943 הוא מונה למפקד הצי השלישי, בתפקיד ששימש עד סוף המלחמה. הוא השתתף בקרב במפרץ לייטה, הקרב הימי הגדול ביותר במלחמת העולם השנייה, ולפי כמה קריטריונים, הקרב הימי הגדול ביותר בהיסטוריה. הוא הועלה לדרגת אדמירל צי בדצמבר 1945 ופרש מהשירות הפעיל במרץ 1947.