כותב המשך לפרק זה - בניגוד לספינות נושאות האוויר הבריטיות, שדלק התעופה שלהן היה מאוחסן בסילינדרים נפרדים או סכרים מוקפים מי ים, לכל ספינות הנושאות היפניות שלפני המלחמה היו מיכלות דלק תעופה שנבנו אינטגרליות עם גוף הספינה ו"שוקאקו" לא היה יוצא מן הכלל. עם זאת, הסכנות שגרמו לכך לא הפכו ברורות עד שחוויות המלחמה הראו כי אלה היו נוטים לעיתים קרובות לפריצות ולדליפות, שכן הלחצים וההלם של פגעים או כמעט פגעים בגוף הספינה הועברו באופן בלתי נמנע לטנקים הדלקים ונטפו אותם. בעקבות האסון במדוויי
באמצע 1942, החללים הריקים סביב מיכלי דלק התעופה של "שוקאקו", שבדרך כלל נשאבו מלאים בחמצן פחמן אינרטי, במקום זאת התמלאו בטון בניסיון להגן עליהם מפני נזק אפשרי. אבל זה לא היה מספיק כדי למנוע עשן נדיף מתפשט על סיפוני האנגר במקרה נזק התרחש, במיוחד הוכח כאשר "קוואלה" טורפדו והטביעה אותה. "שוקאקו" בדרך כלל אוחסן 150,000 גלונים של Avgas לשימוש מבצעי.