תחת המנהל אנטוניו קונטה, צ'יליני חזר לעמדה המקורי שלו בחלק האחורי השמאלי, הודות למירוץ הטוב של ברזגלי ובונוצ'י. לאחר שנאבק כדי להתאים את עצמו לתפקידו הקודם, הוא התגלגל לתפקידו והצליח לשמור על פאולו דה סגלי, השחקן היחיד שנשאר בצוות, על הספסל במשך רוב המחצית הראשונה של עונת 2011-12. במחצית השנייה של עונת 2011-12 עבר קונטה להגנה של שלושה שחקנים, כאשר צ'יליני שיתף פעולה עם בונוצ'י וברזגלי במערכת הגנה מוצלחת מאוד עבור יוב, שסיימה את העונה כמנצחת סריה א', עם השיא הגנתי הטוב ביותר, כמו גם ללא ניצחון בליגה. בשל הביצועים שלהם יחד, הגנת שלושת השחקנים הרוויחה את הכינוי "BBC", התייחסות ראשי התיבות של השחקנים, ובקרוב השלישייה הקימה את עצמה כאחת ההגנה הטובה ביותר בכדורגל העולמי בעונות הבאות. יובנטוס הפסידה בגמר גביע איטליה 2012 נגד נאפולי, אך ניצחה אותם מאוחר יותר בסופר קופה איטליה 2012.
למרות שקיליני יחמיץ את המשחק.