השלים את המשפט הבא: הדוכס ראנושיו הראשון נפטר ב-5 במרץ 1622. אחיו הצעיר, הקרדינל אודורדו, שימש כרג'נט של הדוכסות של פרמה בשם אחיינו בן ה-10 והדוכס החדש אודורדו. מותו של הקרדינל בפברואר 1626 איפשר למרגריטה, כעת הדוכסית האלמנה, להפוך לריג'נט החדש של בנה. תקופת כהונתה של שנתיים חלפה במהלך מלחמת שלושים השנים; היא הצליחה לשמור על יציבות בדוכסות, תוך שמירה על נייטרליות. ב
במלחמת הירושה המנטואנית היא תמכה בצ'ארלס גונזאגה, דוכס ניברס, שהפך בדוכס הבא של מנטואה ומונטפרטו.