כתוב המשך לקטע זה - כבר נחלש במהלך המאה ה-18, עד אמצע שנות ה-1790 הפולין-ליטאנית הייתה פעמיים מחולקת על ידי שכנותיה: רוסיה, האימפריה ההבסבורגית ופרוסיה. בשנת 1791, הקיסר האוסטרי יוסף השני שינה את מעמדו של קאזימירז כעיר נפרדת והפך אותו למחוז של קרקוב. המשפחות היהודיות העשירות יותר החלו לעזוב. אולם, בגלל ההוראה שלא ניתן היה לנסוע בשבת, רוב המשפחות היהודיות נשארו קרוב יחסית לסינאגות ההיסטוריות. ב-1794, טדאוש קוסצ'יוסקו יזם מרד כושל
בכיכר המרכזית של העיר, אשר, למרות הקרב הניצחוני שלו ברקלאוויץ נגד צבא רוסי עדיף במספר, הוביל לחלוקה השלישית והאחרונה של פולין. בשנת 1809, נפוליאון בונפרטה כבש שטחים פולניים לשעבר מאוסטריה והפך את העיר לחלק מדוכסות ורשה. בעקבות תבוסתו של נפוליאון, הקונגרס של וינה בשנת 1815 החזיר את הגבולות שלפני המלחמה, אך גם יצר את העיר החופשית של קראקוב. התקוממות בשנת 1846 נכשלה, וכתוצאה מכך העיר הצטרפה לאוסטריה תחת השם הדוכסות הגדולה של קראקוב.