במהלך מלחמת האזרחים האמריקאית, הוא הועבר לסגן קולונל של חיל הרגלים המתנדב ה-18 של ויסקונסין תחת פיקודו של קולונל ג'יימס אלבן. ויסקונסין ה-18 הוקם בפברואר 1862, המשיך לטנסי במרץ, ונזרק לקרב בשילה
יום לאחר הגעתם. ביל נפצע בקרב והרגל שלו נקטעה מתחת לברך. קולונל אלבן נהרג, יחד עם המפקד השלישי של הגדוד, מייג'ור ג'ושיה וו. קריין. לאחר החלמתו, שימש ביל כסגן מפקד במחנה שבויים במלחמה באלמירה, ניו יורק, שם האסירים כינו אותו "רגל עץ זקן" והאשימו אותו בדפוס של אכזריות והתעללות חוזרות ונשנות.