השלם את המשפט הבא: ברני מונה לסגן בחיל הים של מדינות הקונפדרציה ב-2 ביולי 1861. הוא פיקד על ספינת הים "ג'יימסטאון" במהלך קרב רחובות המפטון, הקרב המפורסם עם האונייה האמריקאית, שבמהלכו הוא כבש שתי בריג'ים וספינת סיור Accomac מחוץ לניופורט ניוז פוינט בעוד ספינת הים "וירג'יניה" החזיקה את תשומת הלב של חיל הים של האיחוד. לאחר הפינוי של הקונפדרציה מנורפולק, ה"ג'יימסטאון" הושלכה כדי לחסום את נהר ג'יימס בדריו'ס בלף. במקומות הבאים
בקרב דרוורי'ס בלף, שבו סוללות החוף של הקונפדרציה דחפו את כוחות חיל הים של האיחוד שהגיעו לריצ'מונד, התותחים של "ג'יימסטאון" נחשבו לגורם העיקרי בהדחת ספינות האויב. בעקבות הקרב, הוא זכה לשבחים מהקונגרס הקונפדרטי וקידמו אותו למפקד.