ינואר 2004, קץ הודיע על תוכנית להגדיל באופן משמעותי את מספר המתנחלים בגולן. במרץ 2004, הוא הציע לערוך משאל עם בקרב כל חברי הליכוד הרשומים, אשר איפשר לאריאל שרון, בכוונה לגייס את דעת הקהל לתמוך בתוכנית הפרידה שלו מעזה
, כדי להשיג התנגדות בתוך כנס הליכוד, נשלט על ידי קבוצות לחץ מתנחלים ישראלים. קץ יחד עם בנימין נתניהו, סילבן שלום ולימור ליבנט הודיעו שהם יפטרו מהממשלה בתוך שבועיים אם שרון לא יסכים לערוך משאל עם על תוכנית ההפרדה. באותה תקופה, הוא השתדל, יחד עם הארגון הציוני העולמי, ש-32 מיליארד דולר ייקחו בצד כדי לספק תמריצים וסובסידיות להתנחלויות בגדה המערבית.