היא חזרה לנורפולק לתיקונים ב-1 בינואר 1847, ואז הגיעה לוורקרוז ב-21 במרץ 1847, נושאת את פרי כדי לקחת פיקוד על הצי האמריקאי. מיד היא ואנשיה צללו לתוך
מבצעים אמפיביים נגד ורה קרוז, אספקת תותחים ואנשי הצוות שלהם שיוצאים לחוף עבור הסוללה שנלחמה בעיר כדי להיכנע תוך ארבעה ימים. במהלך שאר המלחמה תרמה "מיסיסיפי" תותחים, אנשים וסירות לסדרה של פשיטות על החוף המזרחי של מקסיקו, והשתתפה בכיבוש טבאסקו ביוני 1847.