כתוב המשך לפרק זה - מקרא התגייס כחייל בחיל הרגלים הקל של מונרו, ונבחר לקפטן כאשר הפך לחיל B, גדוד הרגלים ה-15 של צפון קרוליינה. באפריל 1862 הוא הועלה לדרגת סגן קולונל. במהלך מסע חצי האי ובמלחמת מנאסס השנייה, הגדוד שלו היה חלק מהבריגדה של האוול קוב. בקרב אנטיאטם, מקרא פיקד על החטיבה שהצטמצמה ל-250 איש במהלך הלחימה בשבועות הקודמים. חטיבתו של מקראי דחפה שלוש התקפות של האיחוד, אך נסוגה כאשר נותרו לו רק 50 חיילים ואספקת התחמושת שלו נגמרה. ברדריקסבורג הוא נלחם עם הגדוד שלו במרי'ס הייטס. מיד לאחר הקרב ה-15 צפון קרוליינה הועבר לחטיבת צפון קרוליינה של בריגדיר גנרל ג'ון רוג'רס קוק. קוק נפצע קשה בפרידריקסבורג ולא חזר לחטיבה עד אפריל 1863. בפברואר 1863, מקראו הועלה לדרגת קולונל. החטיבה הזו שירתה בצפון קרוליינה ובדרום מזרח וירג'יניה עד לאחר מסע גטיסבורג. בפברואר 1863 קיבלה תואר קולונל, ובשנת 1864 קיבלה תואר בריגדיר-גנרל. לאחר שהצטרף שוב לצבא צפון וירג'יניה, מקריי זכה לפרס על גבורה בקרב על תחנת בריסטו. לאחר שגנרל ויליאם וודבי קירקלנד נפצע בקרב על קולד הארבור, מקראיי הועבר באופן זמני לדרגת בריגדיר גנרל והוקצה לפקודתו על חטיבת קירקלנד (הייתה זו גם החטיבה הקודמת של בריגדיר גנרל ג'וןסטון פטיגרו). בתחנת רים
הבריגדות של מקראיי, ליין וקוק דחפו את הדיוויזיה השנייה של ג'ון גיבון של חיל הפיקוד השני של וינפילד סקוט הנקוק מהמעוזים שלהם בחזית ולקחו תותח ארטילריה. לאחר שירות ראוי בקרב בואידטון, נשאר מקרא עם הצבא במהלך מסע אפומטוקס.