ב-6 במאי 2002, בגיל 54, פורטואן נרצח
על ידי ירי בהילברסום, צפון הולנד, על ידי וולקרט ואן דר גרף. ההתקפה התרחשה במגרש חניה מחוץ לסטודיו רדיו שבו פורטיין נתן הרגע ראיון. זה היה תשעה ימים לפני הבחירות הכלליות, שבהן הוא התמודד. התוקף נרדף על ידי האנס סמולדרס, הנהג של פורטואן, והוא נעצר על ידי המשטרה זמן קצר לאחר מכן, עדיין מחזיק אקדח. חודשים לאחר מכן הודה ואן דר גראף בבית המשפט ברצח הפוליטי הנודע הראשון בהולנד מאז 1672 (למעט מלחמת העולם השנייה), וב-15 באפריל 2003 הוא הורשע ברצח פורטואן ונידון ל-18 שנות מאסר. הוא שוחרר על תנאי במאי 2014 לאחר ששירת שני שלישים מהעונש שלו, ההליך הרגיל תחת מערכת העונשין ההולנדית.