ביוני 1999, כאשר אנדו הייתה בת 16, היא נבחרה לקבוצת נבחרת יפן לגביע העולם לנשים 1999. בתחרות זו, ב-26 ביוני, היא שיחקה לראשונה נגד נורבגיה. היא שיחקה בגביע העולם ארבע פעמים ובאולימפיאדת הקיץ שלוש פעמים. היא הייתה חלק מהקבוצה שהביסה את ארצות הברית במשחק העונשים בגמר.
כדי לזכות בגביע העולם 2011, אנדו התחיל את הגמר. היא הייתה גם חלק מהקבוצה היפנית שזכתה במדליית הכסף באולימפיאדת הקיץ 2012 ובמקום השני בגביע העולם 2015. בגביע העולם 2015, במשחק הראשון נגד שווייץ, היא קיבלה בעיטת עונש, אבל היא שברה את הקרסול השמאלי שלה באותו רגע. המשחק הזה היה האחרון שלה כחלק מהצוות הלאומי של יפן. היא שיחקה 126 משחקים וקיבלה 19 שערים עבור יפן עד 2015.