ב-1971, בניסיון למנוע התמודדות אפשרית בין הצבא והעם של מזרח פקיסטן, ב-23 במרץ 1971, חאן, יחד עם פוליטיקאים פקיסטנים אחרים, נפגשו במשותף עם השייח' מוג'יבור רחמן. הם הציעו תמיכה למוג'יב בהקמתה של ממשלה, אבל כבר היה מאוחר מדי כדי לשבור את הבלתי הפיך כי יחיה חאן כבר החליט על מתקפה צבאית בקנה מידה מלא. הפגיעה הגוברת של פקיסטן וזעם בינלאומי נרחב נגד הדיכוי הצבאי יצרו בסופו של דבר מצב שהוביל למלחמה
בין פקיסטן להודו. המלחמה הוכיחה להיות אסורה והגיעה לשיאה בהפסד הכוחות המזוינים של פקיסטן במזרח פקיסטן וביצירתה של מדינת בנגלדש החדשה. בהלם מההפסד, יאיה חאן התפטר ממשרדו ומהצבא. תחת גנרל גול חסן חאן, זולפיקאר עלי בוטו הוחזר מאמריקה ונבחר למנהל המשפטי הראשי והנשיא.