तुलनात्मक जीनोम विश्लेषणाचा मुख्य भाग म्हणजे जीन्स (ऑर्थॉलॉजी विश्लेषण) किंवा वेगवेगळ्या जीवनातील इतर जीनोमिक वैशिष्ट्यांमधील पत्रव्यवहार स्थापित करणे. दोन जीनोमच्या भिन्नतेसाठी जबाबदार असलेल्या उत्क्रांतीच्या प्रक्रियेचा मागोवा घेणे हे आंतरजीनोमिक नकाशे आहेत. विविध संस्थात्मक पातळीवर कार्य करणाऱ्या अनेक उत्क्रांती घटना जीनोम उत्क्रांतीला आकार देतात. सर्वात खालच्या पातळीवर, बिंदू उत्परिवर्तन वैयक्तिक न्यूक्लियोटाइड्सवर परिणाम करते. उच्च पातळीवर, मोठ्या गुणसूत्र विभागांमध्ये डुप्लिकेशन, बाजूकडील हस्तांतरण, उलटा, स्थानांतर, हटविणे आणि समाविष्ट करणे होते. अंततः, संपूर्ण जीनोम संकरणाच्या प्रक्रियेत सामील असतात, पॉलीप्लोयडिझेशन आणि एंडोसिम्बायोसिस, ज्यामुळे बर्याचदा वेगवान प्रजाती निर्माण होतात. जीनोम उत्क्रांतीची गुंतागुंत गणिती मॉडेल आणि अल्गोरिदमच्या विकसकांना अनेक रोमांचक आव्हाने देते, ज्यांना अचूक, हेरिस्टिक्स, निश्चित पॅरामीटर आणि अंदाजे अल्गोरिदम पासून संभाव्य मॉडेलवर आधारित समस्यांसाठी मार्कोव्ह चेन मॉन्टे कार्लो अल्गोरिदम संभाव्य मॉडेलवर आधारित समस्यांचे बायेसियन विश्लेषण.  यापैकी बरेच अभ्यास प्रथिने कुटुंबांना अनुक्रम देण्यासाठी अनुक्रम समरूपता शोधण्यावर आधारित आहेत.
तुलनात्मक जीनोमिक्स म्हणजे काय?