Virus corona liên quan đến hội chứng hô hấp cấp tính nặng

Virus corona liên quan đến hội chứng hô hấp cấp tính nặng (tiếng Anh: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus, viết tắt là SARSr-CoV) là một loài coronavirus gây bệnh ở người, dơi và một số loài động vật có vú khác. Đây là một loại virus có màng bọc mang RNA chuỗi đơn dương, xâm nhập vào tế bào chủ bằng cách kết hợp với thụ thể ACE2. SARSr-CoV thuộc chi Betacoronavirus và phân chi Sarbecoronavirus. Đã có 2 chủng SARSr-CoV gây ra dịch bệnh đường hô hấp nặng ở người: SARS-CoV, gây ra đợt bùng phát dịch hội chứng hô hấp cấp tính nặng (SARS) từ năm 2002 tới 2004, và SARS-CoV-2, gây ra đại dịch bệnh virus corona 2019 (COVID-19) từ cuối năm 2019 đến nay. Có hàng trăm chủng SARSr-CoV khác, toàn bộ trong số đó chỉ được biết đến là gây bệnh cho các loài vật khác: dơi là vật chủ của nhiều chủng virus corona liên quan tới SARS, và một vài chủng còn được xác định tồn tại trong cầy vòi hương, có khả năng chúng là tổ tiên của SARS-CoV. Virus corona liên quan đến SARS được Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) xác định là một trong số nhiều loại virus có thể gây ra đại dịch trong tương lai. Nhận định trên được WHO đưa ra vào năm 2016 trong một kế hoạch mới được phát triển sau dịch Ebola nhằm thúc đẩy nghiên cứu và phát triển trước và trong đại dịch đối với các vấn đề như chẩn đoán, vắc xin và thuốc điều trị. Dự đoán ấy đã trở thành hiện thực với đại dịch COVID-19. Virus corona liên quan đến SARS thuộc chi Betacoronavirus (nhóm 2) và phân chi Sarbecovirus (phân nhóm B). Các sarbecovirus, khác với embecovirus hay alphacoronavirus, chỉ có một proteinase tương tự papain (PLpro) thay vì hai trong khung đọc mở ORF1. SARSr-CoV được xác định là nhánh sớm tách khỏi betacoronavirus. Dơi đóng vai trò là vật chủ chính cho virus corona liên quan tới SARS. Virus đã tiến hóa bên trong vật chủ dơi trong một thời gian dài. Chỉ gần đây mới có một số chủng virus corona liên quan đến SARS tiến hóa và truyền từ dơi sang người, điển hình là hai chủng SARS-CoV và SARS-CoV-2. Cả hai chủng virus này tiến hóa từ một tổ tiên chung nhưng truyền sang người ở hai giai đoạn khác nhau. SARS-CoV-2 không phải là hậu duệ trực tiếp của SARS-CoV. Ngày 17 tháng 3 năm 2020, các nhà khoa học báo cáo rằng virus SARS-CoV-2 mới chỉ có nguồn gốc từ tự nhiên. Virus corona liên quan đến SARS là một virus có màng bọc, RNA chuỗi đơn dương. Bộ gen của nó dài khoảng 30 kb, thuộc hàng lớn nhất trong số các virus RNA. Virus có 14 khung đọc mở có thể chồng gối nhau trong một số trường hợp. Bộ gen virus có một đầu 5′ methylate và đuôi 3′ polyadenylate. Có 265 nucleotide trong vùng 5' UTR và 342 nucleotide trong vùng 3' UTR. Đầu 5′ methylate và đuôi 3′ polyadenylate cho phép bộ gen RNA dương được trực tiếp dịch mã bởi ribosome của tế bào chủ khi virus xâm nhập. SARSr-CoV tương tự các virus corona khác ở điểm quá trình biểu hiện gen được bắt đầu bằng việc ribosome của tế bào chủ dịch mã hai khung đọc mở (ORF) chồng gối lớn đầu tiên, 1a và 1b, cả hai đều sinh ra các polyprotein. Một vài protein virus đã xác định được chức năng. Các ORF 1a và 1b mã hóa polyprotein sao chép/phiên mã, và các ORF sau 2, 4, 5, và 9a lần lượt mã hóa 4 loại protein cấu trúc: gai, màng bọc, màng và vỏ bọc nhân. Các ORF sau cũng mã hóa 8 loại protein đặc trưng (orf3a tới orf9b), gọi là protein phụ (accessory protein), nhiều loại chưa tìm ra được các đồng đẳng. Chức năng của các protein phụ hiện chưa được hiểu rõ. Hình thái của SARSr-CoV tuân theo tính chất chung của họ virus corona. Virus có dạng các hạt đa hình lớn với cấu trúc bề mặt rộng tạo thành hào quang (corona) xung quanh khi nhìn từ kính hiển vi điện tử. Kích thước các hạt virus trong khoảng 80–90 nm. Màng bọc của virus khi nhìn qua kính hiển vi điện tử có dạng như hai lớp vỏ electron dày đặc. Màng bọc virus bao gồm một lớp lipid kép là nơi các protein màng (M), màng bọc (E) và gai (S) bám vào. Các protein gai giúp cho virus có được cấu trúc bề mặt rộng. Sự tương tác của protein gai với thụ thể tương ứng của tế bào chủ là điểm quan trọng trong việc xác định tính hướng mô, tính lây nhiễm và vùng loài của virus. Bên trong màng bọc là vỏ bọc nhân được cấu tạo từ nhiều bản sao protein vỏ bọc nhân (N), có tác dụng bảo vệ cho bộ gen RNA chuỗi đơn dương (~30 kb) được tổ chức dưới dạng chuỗi liên tục. Lớp màng lipid kép, các protein màng và vỏ bọc nhân bảo vệ cho virus khi ở bên ngoài vật chủ. Virus corona liên quan đến SARS tuân theo nguyên tắc nhân lên thường gặp ở tất cả các virus corona khác. Quá trình hấp phụ của SARSr-CoV với tế bào chủ được thực hiện thông qua protein gai và thụ thể. Vùng liên kết thụ thể của protein gai (RBD) nhận dạng và gắn với thụ thể enzyme chuyển hóa angiotensin 2 (ACE2). Sau khi hấp phụ, virus có thể xâm nhập vào tế bào chủ bằng hai con đường khác nhau. Đường xâm nhập của virus còn tùy thuộc vào protease của vật chủ có sẵn để tách và kích hoạt protein gai đã gắn vào thụ thể. Con đường đầu tiên mà virus có thể chọn là xâm nhập tế bào chủ qua nhập bào và hấp thụ virus trong một endosome. Protein gai gắn với thụ thể khi đó được kích hoạt bởi cysteine protease cathepsin L. Sự kích hoạt protein gai gây ra sự thay đổi cấu trúc, và sau đó là sự kết hợp giữa mảng bọc virus và thành endosome. Virus còn có thể xâm nhập tế bào chủ trực tiếp qua rãnh phân giải protein của protein gai gắn với thụ thể bởi serine protease TMPRSS2 hoặc TMPRSS11D của vật chủ tại bề mặt tế bào. Ở virus corona SARS, sự kích hoạt phần đầu C của protein gai gây nên sự hợp nhất của màng bọc virus với màng tế bào chủ bằng cách thúc đẩy sự thay đổi cấu trúc; quá trình này hiện vẫn chưa giải thích được đầy đủ. Sau quá trình hợp nhất, vỏ bọc nhân đi vào trong tế bào chất, nơi bộ gen của virus được giải phóng. Bộ gen đóng vai trò như một RNA thông tin, và ribosome của tế bào dịch mã 2/3 bộ gen, tương đương với khung đọc mở ORF1a và ORF1b, thành hai polyprotein lớn chồng gối nhau, pp1a và pp1ab. Polyprotein lớn hơn pp1ab là kết quả của sự dịch khung ribosome -1 gây ra bởi một chuỗi trơn (UUUAAAC) và một giả nút RNA (RNA pseudoknot) ở cuối khung đọc mở ORF1a. Việc dịch khung ribosome giúp quá trình dịch mã của ORF1a diễn ra liên tục ngay sau ORF1b. Các polyprotein có chứa các protease, PLpro và 3CLpro riêng, giúp phân tách các polyprotein tại các vùng khác nhau. Phần rãnh của polyprotein pp1ab có chứa 16 loại protein phi cấu trúc (nsp1 tới nsp16). Các loại protein được sản sinh ra gồm nhiều loại protein sao chép như RNA polymerase phụ thuộc RNA (RdRp), helicase RNA, và exoribonuclease (ExoN). Một số protein sao chép phi cấu trúc hợp nhấp thành một phức hợp sao chép-phiên mã (replicase-transcriptase complex - RTCA) đa protein. Protein sao chép-phiên mã chính là RNA polymerase phụ thuộc RNA (RdRp). Nó liên quan trực tiếp trong quá trình nhân đôi và phiên mã RNA từ mạch RNA. Các protein phi cấu trúc khác trong phức hợp hỗ trợ cho quá trình nhân đôi và phiên mã. Protein nsp15 là một exoribonuclease 3'-5' nhằm tăng tính chính xác cho quá trình nhân đôi. Exoribonuclease này đem lại cho phức hợp chức năng đọc sửa mà RNA polymerase phụ thuộc RNA thiếu. Tương tự, các protein nsp7 và nsp8 tạo thành kẹp trượt dạng oligomer 16 mắt xích nhằm tăng khả năng processivity của RNA polymerase phụ thuộc RNA. Virus corona yêu cầu phải có sự chính xác và khả năng processivity cao trong quá trình tổng hợp RNA do kích thước bộ gen khá lớn so với các virus RNA khác. Một trong những chức năng chính của phức hợp sao chép-phiên mã là phiên mã bộ gen virus. RdRp trực tiếp gây nên quá trình tổng hợp của các phân tử RNA hạ gen âm từ RNA bộ gen dương. Tiếp sau đó là quá trình phiên mã các phân tử RNA hạ gen âm này thành các mRNA dương tương ứng. Chức năng quan trọng khác của phức hợp sao chép-phiên mã là nhân đôi bộ gen virus. RdRp trực tiếp gây nên quá trình tổng hợp RNA bộ gen âm từ RNA bộ gen dương. Theo sau đó là quá trình nhân đôi RNA bộ gen dương từ RNA bộ gen âm. RNA bộ gen dương sau nhân đôi trở thành bộ gen của các virus con. Các mRNA nhỏ hơn được phiên mã từ 1/3 cuối cùng của bộ gen virus sau các khung đọc mở ORF1a và ORF1b. Các mRNA được dịch mã thành 4 loại protein cấu trúc (S, E, M và N) sẽ trở thành bộ phận của các hạt virus con và 8 loại protein phụ khác (orf3 tới orf9b) hỗ trợ cho virus. Quá trình dịch mã RNA diễn ra bên trong mạng lưới nội chất. Các protein cấu trúc S, E và M của virus đi dọc theo đường bài tiết tới ngăn trung gian Golgi (Golgi intermediate compartment). Tại đó, các protein M chỉ dẫn hầu hết các tương tác protein-protein cần thiết cho việc lắp ráp virus sau khi liên kết với vỏ bọc nhân. Các virus mới được giải phóng khỏi tế bào chủ qua xuất bào bằng các túi bài tiết (secretory vesicle). Virus corona tương tự SARS WIV1 (SL-CoV-WIV1) ^ Hai thuật ngữ SARSr-CoV và SARS-CoV đôi khi được dùng thay thế cho nhau, đặc biệt là vào thời điểm trước khi phát hiện ra SARS-CoV-2. ^ “ICTV Taxonomy history: Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus” (html). International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (bằng tiếng Anh). Truy cập ngày 27 tháng 1 năm 2019. ^ Branswell H (ngày 9 tháng 11 năm 2015). “SARS-like virus in bats shows potential to infect humans, study finds”. Stat News. Truy cập ngày 20 tháng 2 năm 2020. ^ Wong AC, Li X, Lau SK, Woo PC (tháng 2 năm 2019). “Global Epidemiology of Bat Coronaviruses”. Viruses. 11 (2): 174. doi:10.3390/v11020174. PMC 6409556. PMID 30791586. Most notably, horseshoe bats were found to be the reservoir of SARS-like CoVs, while palm civet cats are considered to be the intermediate host for SARS-CoVs [43,44,45]. ^ a b c Ge XY, Li JL, Yang XL, Chmura AA, Zhu G, Epstein JH, và đồng nghiệp (tháng 11 năm 2013). “Isolation and characterization of a bat SARS-like coronavirus that uses the ACE2 receptor”. Nature. 503 (7477): 535–8. Bibcode:2013Natur.503..535G. doi:10.1038/nature12711. PMC 5389864. PMID 24172901. ^ “Virus Taxonomy: 2018 Release”. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (bằng tiếng Anh). tháng 10 năm 2018. Truy cập ngày 13 tháng 1 năm 2019. ^ Woo PC, Huang Y, Lau SK, Yuen KY (tháng 8 năm 2010). “Coronavirus genomics and bioinformatics analysis”. Viruses. 2 (8): 1804–20. doi:10.3390/v2081803. PMC 3185738. PMID 21994708. Figure 2. Phylogenetic analysis of RNA-dependent RNA polymerases (Pol) of coronaviruses with complete genome sequences available. The tree was constructed by the neighbor-joining method and rooted using Breda virus polyprotein. ^ a b c Coronaviridae Study Group of the International Committee on Taxonomy of Viruses (tháng 3 năm 2020). “The species Severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2”. Nature Microbiology. doi:10.1038/s41564-020-0695-z. PMID 32123347. ^ Kohen, Jon; Kupferschmidth, Kai (ngày 28 tháng 2 năm 2020). “Strategies shift as coronavirus pandemic looms”. Science. 367 (6481): 962–963. doi:10.1126/science.367.6481.962. PMID 32108093. ^ Lau SK, Li KS, Huang Y, Shek CT, Tse H, Wang M, và đồng nghiệp (tháng 3 năm 2010). “Ecoepidemiology and complete genome comparison of different strains of severe acute respiratory syndrome-related Rhinolophus bat coronavirus in China reveal bats as a reservoir for acute, self-limiting infection that allows recombination events”. Journal of Virology. 84 (6): 2808–19. doi:10.1128/JVI.02219-09. PMC 2826035. PMID 20071579. ^ Kieny M. “After Ebola, a Blueprint Emerges to Jump-Start R&D”. Scientific American Blog Network. Lưu trữ bản gốc ngày 20 tháng 12 năm 2016. Truy cập ngày 13 tháng 12 năm 2016. ^ “LIST OF PATHOGENS”. World Health Organization. Lưu trữ bản gốc ngày 20 tháng 12 năm 2016. Truy cập ngày 13 tháng 12 năm 2016. ^ Wong AC, Li X, Lau SK, Woo PC (tháng 2 năm 2019). “Global Epidemiology of Bat Coronaviruses”. Viruses. 11 (2): 174. doi:10.3390/v11020174. PMC 6409556. PMID 30791586. See Figure 1. ^ Woo PC, Huang Y, Lau SK, Yuen KY (tháng 8 năm 2010). “Coronavirus genomics and bioinformatics analysis”. Viruses. 2 (8): 1804–20. doi:10.3390/v2081803. PMC 3185738. PMID 21994708. See Figure 1. ^ Woo PC, Huang Y, Lau SK, Yuen KY (tháng 8 năm 2010). “Coronavirus genomics and bioinformatics analysis”. Viruses. 2 (8): 1804–20. doi:10.3390/v2081803. PMC 3185738. PMID 21994708. Furthermore, subsequent phylogenetic analysis using both complete genome sequence and proteomic approaches, it was concluded that SARSr-CoV is probably an early split-off from the Betacoronavirus lineage [1]; See Figure 2. ^ “Coronaviridae - Figures - Positive Sense RNA Viruses - Positive Sense RNA Viruses (2011)”. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) (bằng tiếng Anh). Bản gốc lưu trữ ngày 16 tháng 1 năm 2020. Truy cập ngày 6 tháng 3 năm 2020. See Figure 2. ^ Gouilh MA, Puechmaille SJ, Gonzalez JP, Teeling E, Kittayapong P, Manuguerra JC (tháng 10 năm 2011). “SARS-Coronavirus ancestor's foot-prints in South-East Asian bat colonies and the refuge theory”. Infection, Genetics and Evolution. 11 (7): 1690–702. doi:10.1016/j.meegid.2011.06.021. PMID 21763784. Betacoronaviruses-b ancestors, meaning SARSr-CoVs ancestors, could have been historically hosted by the common ancestor of the Rhinolophidae and Hipposideridae and could have later evolved independently in the lineages leading towards Rhinolophidae and Hipposideridae betacoronaviruses. ^ Cui J, Han N, Streicker D, Li G, Tang X, Shi Z, và đồng nghiệp (tháng 10 năm 2007). “Evolutionary relationships between bat coronaviruses and their hosts”. Emerging Infectious Diseases. 13 (10): 1526–32. doi:10.3201/eid1310.070448. PMC 2851503. PMID 18258002. ^ Scripps Research Institute (ngày 17 tháng 3 năm 2020). “The COVID-19 coronavirus epidemic has a natural origin, scientists say - Scripps Research's analysis of public genome sequence data from SARS-CoV-2 and related viruses found no evidence that the virus was made in a laboratory or otherwise engineered”. EurekAlert!. Truy cập ngày 18 tháng 3 năm 2020. ^ Andersen, Kristian G.; và đồng nghiệp (ngày 17 tháng 3 năm 2020). “The proximal origin of SARS-CoV-2”. Nature Medicine. doi:10.1038/s41591-020-0820-9. Truy cập ngày 18 tháng 3 năm 2020. ^ a b c Snijder EJ, Bredenbeek PJ, Dobbe JC, Thiel V, Ziebuhr J, Poon LL, và đồng nghiệp (tháng 8 năm 2003). “Unique and conserved features of genome and proteome of SARS-coronavirus, an early split-off from the coronavirus group 2 lineage”. Journal of Molecular Biology. 331 (5): 991–1004. doi:10.1016/S0022-2836(03)00865-9. PMID 12927536. The SARS-CoV genome is ∼29.7 kb long and contains 14 open reading frames (ORFs) flanked by 5′ and 3′-untranslated regions of 265 and 342 nucleotides, respectively (Figure 1). ^ a b Fehr AR, Perlman S (2015). “Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis”. Trong Maier HJ, Bickerton E, Britton P (biên tập). Coronaviruses. Methods in Molecular Biology. 1282. Springer. tr. 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. ^ Fehr AR, Perlman S (2015). Maier HJ, Bickerton E, Britton P (biên tập). “An Overview of Their Replication and Pathogenesis; Section 2 Genomic Organization”. Methods in Molecular Biology. Springer. 1282: 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. ^ McBride R, Fielding BC (tháng 11 năm 2012). “The role of severe acute respiratory syndrome (SARS)-coronavirus accessory proteins in virus pathogenesis”. Viruses. 4 (11): 2902–23. doi:10.3390/v4112902. PMC 3509677. PMID 23202509. See Table 1. ^ Tang X, Li G, Vasilakis N, Zhang Y, Shi Z, Zhong Y, Wang LF, Zhang S (tháng 3 năm 2009). “Differential stepwise evolution of SARS coronavirus functional proteins in different host species”. BMC Evolutionary Biology. 9: 52. doi:10.1186/1471-2148-9-52. PMC 2676248. PMID 19261195. ^ Narayanan, Krishna; Huang, Cheng; Makino, Shinji (tháng 4 năm 2008). “SARS coronavirus Accessory Proteins”. Virus Research. 133 (1): 113–121. doi:10.1016/j.virusres.2007.10.009. ISSN 0168-1702. PMC 2720074. PMID 18045721. See Table 1. ^ a b McBride R, Fielding BC (tháng 11 năm 2012). “The role of severe acute respiratory syndrome (SARS)-coronavirus accessory proteins in virus pathogenesis”. Viruses. 4 (11): 2902–23. doi:10.3390/v4112902. PMC 3509677. PMID 23202509. ^ Snijder EJ, Bredenbeek PJ, Dobbe JC, Thiel V, Ziebuhr J, Poon LL, và đồng nghiệp (tháng 8 năm 2003). “Unique and conserved features of genome and proteome of SARS-coronavirus, an early split-off from the coronavirus group 2 lineage”. Journal of Molecular Biology. 331 (5): 991–1004. doi:10.1016/S0022-2836(03)00865-9. PMID 12927536. See Figure 1. ^ Goldsmith CS, Tatti KM, Ksiazek TG, Rollin PE, Comer JA, Lee WW, và đồng nghiệp (tháng 2 năm 2004). “Ultrastructural characterization of SARS coronavirus”. Emerging Infectious Diseases. 10 (2): 320–6. doi:10.3201/eid1002.030913. PMC 3322934. PMID 15030705. Virions acquired an envelope by budding into the cisternae and formed mostly spherical, sometimes pleomorphic, particles that averaged 78 nm in diameter (Figure 1A). ^ Neuman BW, Adair BD, Yoshioka C, Quispe JD, Orca G, Kuhn P, và đồng nghiệp (tháng 8 năm 2006). “Supramolecular architecture of severe acute respiratory syndrome coronavirus revealed by electron cryomicroscopy”. Journal of Virology. 80 (16): 7918–28. doi:10.1128/JVI.00645-06. PMC 1563832. PMID 16873249. Particle diameters ranged from 50 to 150 nm, excluding the spikes, with mean particle diameters of 82 to 94 nm; Also See Figure 1 for double shell. ^ Lai MM, Cavanagh D (1997). “The molecular biology of coronaviruses”. Advances in Virus Research. 48: 1–100. doi:10.1016/S0065-3527(08)60286-9. ISBN 9780120398485. PMID 9233431. ^ Masters PS (ngày 1 tháng 1 năm 2006). The molecular biology of coronaviruses. Advances in Virus Research. 66. Academic Press. tr. 193–292. doi:10.1016/S0065-3527(06)66005-3. ISBN 9780120398690. PMID 16877062. Nevertheless, the interaction between S protein and receptor remains the principal, if not sole, determinant of coronavirus host species range and tissue tropism. ^ Cui J, Li F, Shi ZL (tháng 3 năm 2019). “Origin and evolution of pathogenic coronaviruses”. Nature Reviews. Microbiology. 17 (3): 181–192. doi:10.1038/s41579-018-0118-9. PMID 30531947. Different SARS-CoV strains isolated from several hosts vary in their binding affinities for human ACE2 and consequently in their infectivity of human cells76,78 (Fig. 6b) ^ Fehr AR, Perlman S (2015). Maier HJ, Bickerton E, Britton P (biên tập). “An Overview of Their Replication and Pathogenesis; Section 2 Genomic Organization”. Methods in Molecular Biology. Springer. 1282: 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Virion Structure. ^ Chang CK, Hou MH, Chang CF, Hsiao CD, Huang TH (tháng 3 năm 2014). “The SARS coronavirus nucleocapsid protein--forms and functions”. Antiviral Research. 103: 39–50. doi:10.1016/j.antiviral.2013.12.009. PMID 24418573. See Figure 4c. ^ Neuman BW, Kiss G, Kunding AH, Bhella D, Baksh MF, Connelly S, và đồng nghiệp (tháng 4 năm 2011). “A structural analysis of M protein in coronavirus assembly and morphology”. Journal of Structural Biology. 174 (1): 11–22. doi:10.1016/j.jsb.2010.11.021. PMC 4486061. PMID 21130884. See Figure 10. ^ Tok TT, Tatar G. “Structures and Functions of Coronavirus Proteins: Molecular Modeling of Viral Nucleoprotein” (PDF). Bản gốc (PDF) lưu trữ ngày 18 tháng 2 năm 2020. Truy cập ngày 19 tháng 3 năm 2020. ^ Lal SK biên tập (2010). Molecular Biology of the SARS-Coronavirus. doi:10.1007/978-3-642-03683-5. ISBN 978-3-642-03682-8. ^ a b Cui H, Gao Z, Liu M, Lu S, Mkandawire W, Mo S, Narykov O, Srinivasan S, Korkin D (tháng 1 năm 2020). “Structural genomics and interactomics of 2019 Wuhan novel coronavirus, 2019-nCoV, indicate evolutionary conserved functional regions of viral proteins”. bioRxiv. doi:10.1101/2020.02.10.942136. ^ Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W, Hu Y, và đồng nghiệp (tháng 1 năm 2020). “Complete genome characterisation of a novel coronavirus associated with severe human respiratory disease in Wuhan, China”. bioRxiv. doi:10.1101/2020.01.24.919183. ^ a b Fehr AR, Perlman S (2015). “Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis”. Trong Maier HJ, Bickerton E, Britton P (biên tập). Coronaviruses. Methods in Molecular Biology. 1282. Springer. tr. 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Coronavirus Life Cycle – Attachment and Entry ^ a b Simmons G, Zmora P, Gierer S, Heurich A, Pöhlmann S (tháng 12 năm 2013). “Proteolytic activation of the SARS-coronavirus spike protein: cutting enzymes at the cutting edge of antiviral research”. Antiviral Research. 100 (3): 605–14. doi:10.1016/j.antiviral.2013.09.028. PMC 3889862. PMID 24121034. See Figure 2. ^ Heurich A, Hofmann-Winkler H, Gierer S, Liepold T, Jahn O, Pöhlmann S (tháng 1 năm 2014). “TMPRSS2 and ADAM17 cleave ACE2 differentially and only proteolysis by TMPRSS2 augments entry driven by the severe acute respiratory syndrome coronavirus spike protein”. Journal of Virology. 88 (2): 1293–307. doi:10.1128/JVI.02202-13. PMC 3911672. PMID 24227843. The SARS-CoV can hijack two cellular proteolytic systems to ensure the adequate processing of its S protein. Cleavage of SARS-S can be facilitated by cathepsin L, a pH-dependent endo-/lysosomal host cell protease, upon uptake of virions into target cell endosomes (25). Alternatively, the type II transmembrane serine proteases (TTSPs) TMPRSS2 and HAT can activate SARS-S, presumably by cleavage of SARS-S at or close to the cell surface, and activation of SARS-S by TMPRSS2 allows for cathepsin L-independent cellular entry (26,–28). ^ Zumla A, Chan JF, Azhar EI, Hui DS, Yuen KY (tháng 5 năm 2016). “Coronaviruses - drug discovery and therapeutic options”. Nature Reviews. Drug Discovery. 15 (5): 327–47. doi:10.1038/nrd.2015.37. PMID 26868298. S is activated and cleaved into the S1 and S2 subunits by other host proteases, such as transmembrane protease serine 2 (TMPRSS2) and TMPRSS11D, which enables cell surface non-endosomal virus entry at the plasma membrane. ^ Li Z, Tomlinson AC, Wong AH, Zhou D, Desforges M, Talbot PJ, và đồng nghiệp (tháng 10 năm 2019). “The human coronavirus HCoV-229E S-protein structure and receptor binding”. eLife. 8. doi:10.7554/eLife.51230. PMC 6970540. PMID 31650956. ^ a b c Fehr AR, Perlman S (2015). “Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis”. Trong Maier HJ, Bickerton E, Britton P (biên tập). Coronaviruses. Methods in Molecular Biology. 1282. Springer. tr. 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See Table 2. ^ Masters PS (ngày 1 tháng 1 năm 2006). “The molecular biology of coronaviruses”. Advances in Virus Research. Academic Press. 66: 193–292. doi:10.1016/S0065-3527(06)66005-3. ISBN 9780120398690. PMID 16877062. See Figure 8. ^ a b c Fehr AR, Perlman S (2015). “Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis”. Trong Maier HJ, Bickerton E, Britton P (biên tập). Coronaviruses. Methods in Molecular Biology. 1282. Springer. tr. 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Replicase Protein Expression ^ Sexton NR, Smith EC, Blanc H, Vignuzzi M, Peersen OB, Denison MR (tháng 8 năm 2016). “Homology-Based Identification of a Mutation in the Coronavirus RNA-Dependent RNA Polymerase That Confers Resistance to Multiple Mutagens”. Journal of Virology. 90 (16): 7415–28. doi:10.1128/JVI.00080-16. PMC 4984655. PMID 27279608. Finally, these results, combined with those from previous work (33, 44), suggest that CoVs encode at least three proteins involved in fidelity (nsp12-RdRp, nsp14-ExoN, and nsp10), supporting the assembly of a multiprotein replicase-fidelity complex, as described previously (38). ^ a b Fehr AR, Perlman S (2015). “Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis”. Trong Maier HJ, Bickerton E, Britton P (biên tập). Coronaviruses. Methods in Molecular Biology. 1282. Springer. tr. 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Corona Life Cycle – Replication and Transcription ^ Fehr AR, Perlman S (2015). “Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis”. Trong Maier HJ, Bickerton E, Britton P (biên tập). Coronaviruses. Methods in Molecular Biology. 1282. Springer. tr. 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See Figure 1. ^ a b Fehr AR, Perlman S (2015). “Coronaviruses: an overview of their replication and pathogenesis”. Trong Maier HJ, Bickerton E, Britton P (biên tập). Coronaviruses. Methods in Molecular Biology. 1282. Springer. tr. 1–23. doi:10.1007/978-1-4939-2438-7_1. ISBN 978-1-4939-2438-7. PMC 4369385. PMID 25720466. See section: Coronavirus Life Cycle – Assembly and Release Peiris JS, Lai ST, Poon LL, Guan Y, Yam LY, Lim W, và đồng nghiệp (tháng 4 năm 2003). “Coronavirus as a possible cause of severe acute respiratory syndrome”. Lancet. 361 (9366): 1319–25. doi:10.1016/s0140-6736(03)13077-2. PMID 12711465. Rota PA, Oberste MS, Monroe SS, Nix WA, Campagnoli R, Icenogle JP, và đồng nghiệp (tháng 5 năm 2003). “Characterization of a novel coronavirus associated with severe acute respiratory syndrome”. Science. 300 (5624): 1394–9. Bibcode:2003Sci...300.1394R. doi:10.1126/science.1085952. PMID 12730500. Marra MA, Jones SJ, Astell CR, Holt RA, Brooks-Wilson A, Butterfield YS, và đồng nghiệp (tháng 5 năm 2003). “The Genome sequence of the SARS-associated coronavirus”. Science. 300 (5624): 1399–404. Bibcode:2003Sci...300.1399M. doi:10.1126/science.1085953. PMID 12730501. Snijder EJ, Bredenbeek PJ, Dobbe JC, Thiel V, Ziebuhr J, Poon LL, và đồng nghiệp (tháng 8 năm 2003). “Unique and conserved features of genome and proteome of SARS-coronavirus, an early split-off from the coronavirus group 2 lineage”. Journal of Molecular Biology. 331 (5): 991–1004. CiteSeerX 10.1.1.319.7007. doi:10.1016/S0022-2836(03)00865-9. PMID 12927536. Yount B, Roberts RS, Lindesmith L, Baric RS (tháng 8 năm 2006). “Rewiring the severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) transcription circuit: engineering a recombination-resistant genome”. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 103 (33): 12546–51. Bibcode:2006PNAS..10312546Y. doi:10.1073/pnas.0605438103. PMC 1531645. PMID 16891412. Thiel V biên tập (2007). Coronaviruses: Molecular and Cellular Biology (ấn bản 1). Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-16-5. Enjuanes L, Sola I, Zúñiga S, Almazán F (2008). “Coronavirus Replication and Interaction with Host”. Trong Mettenleiter TC, Sobrino F (biên tập). Animal Viruses: Molecular Biology. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-22-6. Thông cáo báo chí của WHO về việc xác định và đặt tên virus SARS Bản đồ gen virus SARS Lưu trữ 2006-08-18 tại Wayback Machine Tạp chí Science số đặc biệt về virus SARS (nội dung miễn phí: không yêu cầu đăng ký) McGill University SARS Resources tại Wayback Machine (lưu trữ 2005-03-01) Trang chủ về bệnh SARS của Trung tâm Kiểm soát và Phòng chống Dịch bệnh Hoa Kỳ (CDC) World Health Organization on alert