Con el objetivo de profundizar en la caracterización de esta nueva cepa clínica de V. cholerae no-O1, no-O139, ésta fue derivada al Laboratorio de Microbiología Molecular de Vibrios del Programa de Microbiología y Micología de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile. Estudios de serotipificación con antisueros anti-O1 y anti-O139 demostraron que este aislado pertenece al tipo no-O1 y no-O139. Todos los partidores utilizados en este estudio para ensayos de reacción de polimerasa en cadena (RPC) se detallan en la Tabla 1. Con el fin de corroborar los resultados serológicos se amplificó y secuenció una región del gen del ARN 16S utilizando el par de partidores: fD1 y rP210. La secuencia obtenida (Laboratorio Dr. Andrew Camilli, Tufts University Medical School, Boston, MA, USA) fue analizada por BLAST confirmando con certeza que la secuencia pertenece a la especie V. cholerae (el mayor grado de identidad, esto es 99%, ocurrió con la cepa de V. cholerae AM-19226 que pertenece al tipo no-O1, no-O139). Entre los probables genes de virulencia de esta cepa se estudiaron por RPC estándar la toxina del cólera (CTX), el pilus TCP y la presencia de un segmento homólogo de la isla de patogenicidad denominada VPaI-7 de V. parahaemolyticus4-7. El gen ctxA y tcpA codificantes para la subunidad catalítica de la CTX y la subunidad pilina del pilus TCP, respectivamente, resultaron ambos negativos. Se realizaron además ensayos de RPC estándar para amplificar diferentes segmentos, incluyendo ambos extremos y la zona central, de la región génica descrita previamente por el grupo de Mekalanos7. El objetivo de este ensayo fue establecer con cierto grado de confidencia si nuestra cepa diarreogénica portaba esta estructura genética de manera completa o parcial. Para ello, los siguientes pares de partidores fueron utilizados: el par P5 fue diseñado para amplificar el segmento proximal de la isla de patogenicidad, el par Pm para la región central y el par P3 para su región terminal. Los pares P5 y Pm amplificaron un fragmento del tamaño esperado. El par P3 amplificó un segmento de un tamaño de aproximadamente 3.000 pb siendo el tamaño esperado 1.832 pb. Dada la diferencia de tamaños, el amplicón P3 fue secuenciado parcialmente para corroborar su identidad.