A los 2 meses de su inclusión en lista de espera se realizó el trasplante intestinal con un donante isogrupo. Al donante se le administró timoglobulina a dosis de 2 mg/kg con el objetivo de deplecionar al máximo el número de linfocitos y así disminuir la probabilidad de rechazo y de enfermedad de injerto contra huésped. El receptor presentaba una trasposición de los grandes vasos con la vena cava situada a la izquierda de la arteria aorta. Este problema se solucionó con una rotación del injerto de 180º sobre su eje mesentérico, con el objetivo de que la vena y la arteria mesentérica superior del injerto coincidieran con la vena cava y la arteria aorta del receptor. La primera asa yeyunal del injerto se anastomosó de forma latero-lateral a la cuarta porción duodenal y el íleon terminal del injerto al colon transverso de forma latero-terminal dejando una ileostomía en forma de "chimenea" para poder acceder con facilidad a la mucosa intestinal y realizar las biopsias de protocolo. Al girar el injerto 180º, la ileostomía quedó fijada en el flanco derecho del abdomen en lugar del izquierdo. Además, se dejó una yeyunostomía de alimentación y se realizó una colecistectomía por barro biliar, muy frecuente en este tipo de pacientes.