Se realiza entonces fibrobroncoscopia con BAL, que no resulta concluyente, y se completa con biopsia transbronquial; el estudio ultraestructural identifica en el interior de los alvéolos un material granular amorfo eosinófilo PAS positivo y en la pared alveolar algún lipófago con microvacuolas, llegando al diagnóstico de PAP.