Se planteó un probable compromiso de SNC por enfermedad de Chagas o un síndrome inflamatorio de reconstitución inmune (SIRI), por lo que se decidió trasladar a UCI ese mismo día para protección de la vía aérea (escala Glasgow de coma 5-6 puntos) con ventilación mecánica invasora y monitorización, manteniéndose la TARV, cotrimoxazol y corticoesteroides. Se inició empíricamente nifurtimox 8 mg/kg/día (120 mg fraccionado cada 6 horas por SNG), asociado a meropenem i.v. para el manejo de la infección urinaria. Se amplió el estudio etiológico con una carga viral para citomegalovirus en sangre que fue indetectable y hemocultivos para micobacterias que resultó negativo. Se realizó una segunda punción lumbar, con cultivo corriente, de hongos y tinta china en LCR nuevamente negativos, pero apareció una proteinorraquia de 55 mg/dL. El estudio complementario del LCR con tinción de tripomastigotes, RPC con Xpert MTB/RIF para Mycobacterium tuberculosis y RPC de virus herpes simplex-1 y 2, varicela zoster, Epstein-Barr y JC también fueron negativos. Además, la RPC para T. gondii en sangre periférica y LCR también fue negativa teniendo como target el gen multicopia B1 9. Sin embargo, la RPC para T. cruzi en sangre reveló 1.400 copias/mL, y 35.000 copias/mL en el LCR, confirmándose una encefalitis chagásica. Los targets utilizados para la detección de T. cruzi fueron para el minicírculo contenido en el ADN de kinetoplasto (ADNk)10 y la región repetitiva de 195 pb contenida en el núcleo, denominado ADN satélite (ADNsat).11 En su quinta semana de TARV se realizó control de carga viral de VIH que fue indetectable (con reducción > 1 log respecto a la basal), sin aumento en el recuento CD4 (30 céls/μL), aunque el paciente estaba recibiendo altas dosis de corticoesteroides.