El paciente no accedió a hacerse nuevas exploraciones y mantuvo buen estado general durante 2 años y medio, teniendo una o dos deposiciones al día formadas con cierta incontinencia anal, recibió hierro por anemia ferropénica, plantago ovata y omeprazol 20 mg al día. En octubre de 2004 se realizó una colonoscopia por diarrea que demostró una colitis segmentaria desde los 15 cm de margen anal a los 35 cm con pseudopólipos y friabilidad que impresionaba como colitis ulcerosa. El recto no presentaba lesiones. Las biopsias del colon sugerían colitis ulcerosa activa. El paciente recibió tratamiento con mesalacina oral y después esteroides desde noviembre de 2004 hasta febrero de 2005. El paciente ingresó varias veces por empeoramiento de su enfisema pulmonar y sufrió un neumotórax bilateral. Fue seguido ya sólo en consultas de neumología hasta abril de 2006.