El uso de antimicrobianos no es recomendado ya que estos aumentan la cantidad de toxina en el intestino disponible para su absorción, como consecuencia de la lisis bacteriana, alteran la microbiota intestinal y permiten el sobrecrecimiento de C. botulinum. Deben evitarse especialmente los aminoglucósidos, clindamicina y medicamentos que contengan magnesio, ya que potencian el efecto bloqueador de la toxina22.