Mientras espera el resultado de las biopsias, empeora su situación clínica con aumento del número de deposiciones e hipertermia de 39o por lo que ingresa en el hospital. Se aprecia afectación del estado general, fiebre de 38,5o y dolor difuso abdominal. No hay lesiones cutáneas, ni se palpan adenopatías. En la analítica resaltan los siguientes datos: hematocrito 29,8% (40-50), plaquetas 409.000 mm3 (140-400.000), proteínas totales 4,9 g/dl, albúmina 2 g/dl, hierro 10 ng/dl (60-160), saturación de transferrina 3% (15-50) y test de D-xilosa compatible con malabsorción. Las determinaciones de bilirrubina, glucosa, urea, creatinina, vitamina B12, ácido fólico, hormonas tiroideas, triglicéridos, fósforo, magnesio, pruebas hepáticas, inmunoglobulinas, transferrina, ferritina y anticuerpos antiendomisio y antigliadina son normales. El estudio microbiológico de heces, sangre y orina, así como la serología para virus y bacterias (virus de la inmunodeficiencia humana, virus de la hepatitis B y C, Salmonella, Clostridium difficile y micobacterias), fueron normales o negativas.