Diagnóstico. Debe sospecharse en base a los hallazgos clínicos y confirmarse con la identificación de la toxina y/o el microorganismo en las deposiciones o la presencia de toxina en el suero, resultando esta última rara vez positiva debido a la mínima cantidad de toxina botulínica circulante. Si se identifica C. botulinum en deposiciones, el diagnóstico es inequívoco ya que este microorganismo no es considerado parte de la microbiota intestinal residente. Con fines epidemiológicos, es importante analizar además alimentos sospechosos y muestras del ambiente.