El diagnóstico diferencial debe realizarse inicialmente con aquellas patologías que asocien dolor en la cara anterior del cuello (Tabla I), procesos que asocien una VSG elevada y con el resto de tiroiditis (Tabla II). El diagnóstico diferencial de la tiroiditis subaguda y el resto de las patologías que pueden producir dolor en el cuello se realiza en función de las diferencias en el resto de la presentación clínica y de las pruebas complementarias. Así por ejemplo, la presencia de una hemorragia aguda en el interior de una cisterna o un nódulo, suele manifestarse de forma más súbita que la tiroiditis subaguda, con dolor intenso cervical anterior unilateral y siempre sobre un nódulo tiroideo preexistente. Las técnicas de imagen (escáner con radioiodina) nos proporcionará el diagnóstico diferencial, ya que las zonas no afectas de la glándula presentarán función normal.