Además, para explorar la existencia de mutaciones que pudieran estar potencialmente asociadas a una mayor gravedad clínica, se hizo un estudio de secuenciación del segmento HA1 de la hemaglutinina viral, mediante secuenciación por el método de Sanger en un equipo Applied Biosystems/Genetic analyzer 3500. Ambas muestras fueron comparadas con un grupo de 76 muestras de distintas regiones del país, tanto de pacientes ambulatorios como hospitalizados, incluyendo 11 muestras de pacientes fallecidos. El análisis de la secuenciación del segmento HA1 de virus influenza H1N1pdm09, comparado con la cepa estándar A/California/07/2009 demostró que ambos casos presentaron las mismas ocho mutaciones comunes a las otras 76 muestras analizadas del año 2015, indicando que fueron las mismas cepas circulantes (datos no mostrados). Sin embargo, la muestra del caso 1 evidenció en forma única la mutación D222N que no se detectó en ninguna de las otras muestras analizadas. En las dos muestras analizadas y en el resto de las muestras de esa temporada, no se detectaron otras mutaciones previamente reportadas como A90S ni K180Q.