Los diagnósticos diferenciales deben realizarse con otras erupciones papulopustulosas del período neonatal, como sífilis congénita, impétigo neonatal, infección herpética diseminada, pustulosis estafilocócica, melanosis pustulosa transitoria neonatal, eritema tóxico y acropustulosis infantil; en estos tres últimos, la citología y el aspirado de las lesiones son estériles.