La clínica viene marcada por el grado de déficit, lo que hace que sea muy heterogéneo. Así, por ejemplo, la variante A+ causa una clínica poco grave debido a que la G6PD del eritrocito pierde su función tras 50-60 días de circulación, sufriendo hemólisis un 20-30% de los eritrocitos deficientes. Pero la mutación mediterránea (tipo A-), o la tipo I de la OMS, es grave porque la G6PD del eritrocito pierde su función mucho más rápidamente (entre horas o pocos días de circulación). Por tanto, la mayoría de eritrocitos deficientes sufren hemólisis.