species	ID	dfam_target_name	ltr_similarity	ltr_age_mya	ltr_evo_distance	similarity	protein_domain	orfs	chromosome	start	end	strand	width	annotation	pred_tool	frame	score	lLTR_start	lLTR_end	lLTR_length	rLTR_start	rLTR_end	rLTR_length	lTSD_start	lTSD_end	lTSD_motif	rTSD_start	rTSD_end	rTSD_motif	PPT_start	PPT_end	PPT_motif	PPT_strand	PPT_offset	PBS_start	PBS_end	PBS_strand	tRNA	tRNA_motif	PBS_offset	tRNA_offset	PBS/tRNA_edist	orf.id	repeat_region_length	PPT_length	PBS_length	dfam_acc	dfam_bits	dfam_e_value	dfam_bias	dfam_hmm-st	dfam_hmm-en	dfam_strand	dfam_ali-st	dfam_ali-en	dfam_env-st	dfam_env-en	dfam_modlen	dfam_target_description	Clust_Cluster	Clust_Target	Clust_Perc_Ident	Clust_cn	TE_CG_abs	TE_CG_rel	TE_CHG_abs	TE_CHG_rel	TE_CHH_abs	TE_CHH_rel	TE_CCG_abs	TE_CCG_rel	TE_N_abs	CG_3ltr_abs	CG_3ltr_rel	CHG_3ltr_abs	CHG_3ltr_rel	CHH_3ltr_abs	CHH_3ltr_rel	CCG_3ltr_abs	CCG_3ltr_rel	N_3ltr_abs	CG_5ltr_abs	CG_5ltr_rel	CHG_5ltr_abs	CHG_5ltr_rel	CHH_5ltr_abs	CHH_5ltr_rel	CCG_5ltr_abs	CCG_5ltr_rel	N_5ltr_abs	cn_3ltr	cn_5ltr
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon1	NA	80.73	0.793624638606372	0.206342406037657	(80,82]	RVT_1	1	NC000024.10Homosa	3143582	3162877	-	19296	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3143582	3143687	106	3162769	3162877	109	3143578	3143581	acag	3162878	3162881	acag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NC000024.10Homosa_3143582_3162877	19304	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	62	0.00321310116086236	659	0.0341521558872305	2571	0.133240049751244	13	0.000673714759535655	0	1	0.00943396226415094	2	0.0188679245283019	18	0.169811320754717	0	0	0	1	0.00943396226415094	2	0.0188679245283019	18	0.169811320754717	0	0	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon3	NA	89.85	0.283113870813814	0.0736096064115917	(88,90]	RVT_1	1	NC000024.10Homosa	3275798	3299928	-	24131	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3275798	3276408	611	3299338	3299928	591	3275794	3275797	ttgt	3299929	3299932	ttgt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NC000024.10Homosa_3275798_3299928	24139	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	125	0.00518005884546848	830	0.0343955907339107	3454	0.143135386017985	24	0.000994571298329949	0	0	0	24	0.0392798690671031	69	0.112929623567921	0	0	0	0	0	24	0.0392798690671031	69	0.112929623567921	0	0	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon4	NA	79.71	0.712749401018559	0.185314844264825	(78,80]	NA	0	NC000024.10Homosa	3313536	3318551	+	5016	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3313536	3313665	130	3318414	3318551	138	3313532	3313535	ttag	3318552	3318555	ttag	NA	NA	NA	NA	NA	3313667	3313677	+	Homo_sapiens_tRNA-Ser-AGA-6-1 (chr11.trna9-SerAGA) chr11:109165314-109165391 (+) Ser (AGA) 78 bp Sc: 27.57	aattagctgga	1	1	1	NC000024.10Homosa_3313536_3318551	5024	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	35	0.00697767145135566	150	0.0299043062200957	748	0.149122807017544	6	0.00119617224880383	0	1	0.0072463768115942	9	0.0652173913043478	18	0.130434782608696	0	0	0	1	0.0072463768115942	9	0.0652173913043478	18	0.130434782608696	0	0	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon5	NA	83.21	0.330281728256106	0.0858732493465875	(82,84]	NA	0	NC000024.10Homosa	3372383	3385334	+	12952	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3372383	3372508	126	3385198	3385334	137	3372379	3372382	ccat	3385335	3385338	ccat	NA	NA	NA	NA	NA	3372512	3372522	+	Gorilla_gorilla_gorilla_chr12.trna6-AspGTC (122247754-122247824)  Asp (GTC) 71 bp  Sc: 32.33	ctccatgttgg	3	0	1	NC000024.10Homosa_3372383_3385334	12960	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	70	0.00540457072266831	396	0.0305744286596665	1743	0.134573810994441	15	0.00115812229771464	0	4	0.0291970802919708	8	0.0583941605839416	26	0.18978102189781	2	0.0145985401459854	0	4	0.0291970802919708	8	0.0583941605839416	26	0.18978102189781	2	0.0145985401459854	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon6	NA	84.93	0.39645260324945	0.103077676844857	(84,86]	RVT_1	0	NC000024.10Homosa	3390751	3411614	-	20864	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3390751	3390968	218	3411396	3411614	219	3390747	3390750	ccca	3411615	3411618	ccca	NA	NA	NA	NA	NA	3411385	3411395	-	Sorghum_bicolor_chr_2.trna13-MetCAT (8064303-8064393)  Met (CAT) 91 bp  Sc: 60.49	tgcaatatcta	0	2	1	NC000024.10Homosa_3390751_3411614	20872	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	139	0.00666219325153374	742	0.0355636503067485	3150	0.150977760736196	33	0.0015816717791411	0	8	0.036697247706422	14	0.0642201834862385	43	0.197247706422018	2	0.00917431192660551	0	8	0.036697247706422	14	0.0642201834862385	43	0.197247706422018	2	0.00917431192660551	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon7	NA	87.56	0.447585066640451	0.116372117326517	(86,88]	NA	0	NC000024.10Homosa	3448914	3466474	+	17561	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3448914	3449356	443	3466025	3466474	450	3448910	3448913	tgga	3466475	3466478	tgga	3466022	3466048	agaggagaggatgtggagaaataggaa	+	23	3449362	3449372	+	Bos_taurus_chr2.trna341-CysGCA (12200671-12200742)  Cys (GCA) 72 bp  Sc: 37.11	tggacacagga	5	5	1	NC000024.10Homosa_3448914_3466474	17569	27	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	83	0.00472638232446899	570	0.0324582882523774	2375	0.135242867718239	16	0.00091110984568077	0	3	0.00666666666666667	14	0.0311111111111111	70	0.155555555555556	0	0	0	3	0.00666666666666667	14	0.0311111111111111	70	0.155555555555556	0	0	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon8	NA	75.52	0.760010999673003	0.197602859914981	NA	RVT_1	0	NC000024.10Homosa	3541388	3547227	-	5840	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3541388	3541530	143	3547099	3547227	129	3541384	3541387	aggc	3547228	3547231	aggc	NA	NA	NA	NA	NA	3547090	3547100	-	Bos_taurus_chrUn.004.3263.trna2-TrpCCA (11935-11863)  Trp (CCA) 73 bp  Sc: 57.31	tatctacagaa	2	1	1	NC000024.10Homosa_3541388_3547227	5848	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	26	0.00445205479452055	198	0.0339041095890411	836	0.143150684931507	4	0.000684931506849315	0	1	0.00699300699300699	9	0.0629370629370629	23	0.160839160839161	1	0.00699300699300699	0	1	0.00699300699300699	9	0.0629370629370629	23	0.160839160839161	1	0.00699300699300699	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon9	NA	76.47	0.442229844872045	0.114979759666732	[76,78]	RVT_1	1	NC000024.10Homosa	3568176	3591658	-	23483	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3568176	3568306	131	3591523	3591658	136	3568172	3568175	ccct	3591659	3591662	ccct	NA	NA	NA	NA	NA	3591516	3591527	-	Glycine_max_scaffold_29.trna51-MetCAT (99003-98930)  Met (CAT) 74 bp  Sc: 63.92	atcacgtgactg	5	5	1	NC000024.10Homosa_3568176_3591658	23491	NA	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	257	0.0109440872120257	825	0.0351317974705106	3231	0.1375888940936	69	0.0029382957884427	0	11	0.083969465648855	9	0.0687022900763359	13	0.099236641221374	4	0.0305343511450382	0	11	0.083969465648855	9	0.0687022900763359	13	0.099236641221374	4	0.0305343511450382	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon10	NA	80.28	0.462891345362271	0.12035174979419	(80,82]	NA	0	NC000024.10Homosa	3674859	3695232	-	20374	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3674859	3675142	284	3694963	3695232	270	3674855	3674858	tttt	3695233	3695236	tttt	NA	NA	NA	NA	NA	3694954	3694965	-	Homo_sapiens_chr17.trna11-SupCTA (15408685-15408758)  Sup (CTA) 74 bp  Sc: 28.00	agtgctgggatt	3	4	0	NC000024.10Homosa_3674859_3695232	20382	NA	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	176	0.00863846078335133	780	0.0382840875625798	2854	0.140080494748208	52	0.00255227250417198	0	11	0.0387323943661972	18	0.0633802816901408	54	0.190140845070423	5	0.0176056338028169	0	11	0.0387323943661972	18	0.0633802816901408	54	0.190140845070423	5	0.0176056338028169	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon11	NA	82.24	0.662992754868855	0.172378116265902	(82,84]	NA	0	NC000024.10Homosa	3716926	3728096	-	11171	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3716926	3717032	107	3727993	3728096	104	3716922	3716925	aaaa	3728097	3728100	aaaa	NA	NA	NA	NA	NA	3727984	3727994	-	Petromyzon_marinus_Contig105151.trna1-PheGAA (1006-934)  Phe (GAA) 73 bp  Sc: 69.43	tgatgaaaccc	2	0	1	NC000024.10Homosa_3716926_3728096	11179	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	64	0.0057291200429684	371	0.0332109927490824	1395	0.124876913436577	14	0.00125324500939934	0	1	0.00934579439252336	8	0.0747663551401869	18	0.168224299065421	1	0.00934579439252336	0	1	0.00934579439252336	8	0.0747663551401869	18	0.168224299065421	1	0.00934579439252336	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon12	NA	83.87	0.547017733148824	0.142224610618694	(82,84]	NA	0	NC000024.10Homosa	3744330	3760525	-	16196	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3744330	3744484	155	3760374	3760525	152	3744326	3744329	gctt	3760526	3760529	gctt	3744471	3744488	cccagctaattttttgta	-	13	3760363	3760373	-	Bos_taurus_chr3.trna2162-CysACA (60930328-60930399)  Cys (ACA) 72 bp  Sc: 40.63	cttcctcacca	0	0	1	NC000024.10Homosa_3744330_3760525	16204	18	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	88	0.00543344035564337	525	0.0324154112126451	2200	0.135836008891084	17	0.00104964188688565	0	3	0.0193548387096774	8	0.0516129032258065	30	0.193548387096774	1	0.00645161290322581	0	3	0.0193548387096774	8	0.0516129032258065	30	0.193548387096774	1	0.00645161290322581	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon13	NA	76.92	0.774359929820888	0.201333581753431	[76,78]	RVT_1	0	NC000024.10Homosa	3918792	3942018	-	23227	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3918792	3918924	133	3941876	3942018	143	3918788	3918791	aaat	3942019	3942022	aaat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NC000024.10Homosa_3918792_3942018	23235	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	144	0.00619968140526112	731	0.0314719938003186	3078	0.132518190037456	26	0.00111938692039437	0	0	0	4	0.0300751879699248	24	0.180451127819549	0	0	0	0	0	4	0.0300751879699248	24	0.180451127819549	0	0	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon14	NA	76.92	0.571776808413557	0.148661970187525	[76,78]	NA	1	NC000024.10Homosa	4040794	4054001	+	13208	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4040794	4040907	114	4053872	4054001	130	4040790	4040793	gtgg	4054002	4054005	gtgg	NA	NA	NA	NA	NA	4040905	4040915	+	Pristionchus_pacificus_chrUn.trna1032-AlaCGC (110051365-110051294)  Ala (CGC) 72 bp  Sc: 47.07	aaaaaaaaaaa	3	0	0	NC000024.10Homosa_4040794_4054001	13216	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	86	0.00651120533010297	448	0.0339188370684434	1772	0.134161114476075	20	0.00151423379769836	0	0	0	9	0.0692307692307692	20	0.153846153846154	0	0	0	0	0	9	0.0692307692307692	20	0.153846153846154	0	0	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon15	NA	77.46	0.426451092647965	0.110877284088471	[76,78]	NA	0	NC000024.10Homosa	4199051	4208073	-	9023	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4199051	4199192	142	4207941	4208073	133	4199047	4199050	tgtc	4208074	4208077	tgtc	NA	NA	NA	NA	NA	4207930	4207940	-	Danio_rerio_chr4.trna2768-LysTTT (47054795-47054867)  Lys (TTT) 73 bp  Sc: 74.30	tgacccaacag	0	0	1	NC000024.10Homosa_4199051_4208073	9031	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	61	0.00676050094203702	339	0.0375706527762385	1339	0.148398537071927	16	0.00177324614873102	0	3	0.0211267605633803	8	0.0563380281690141	28	0.197183098591549	1	0.00704225352112676	0	3	0.0211267605633803	8	0.0563380281690141	28	0.197183098591549	1	0.00704225352112676	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon16	NA	89.53	0.288995846359233	0.0751389200534006	(88,90]	RVT_1	0	NC000024.10Homosa	4328187	4334684	+	6498	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4328187	4328368	182	4334494	4334684	191	4328183	4328186	aaat	4334685	4334688	aaat	4334511	4334521	ggggaaaacaa	+	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NC000024.10Homosa_4328187_4334684	6506	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	15	0.0023084025854109	173	0.0266235764850723	905	0.139273622653124	1	0.00015389350569406	0	0	0	9	0.0471204188481675	26	0.136125654450262	0	0	0	0	0	9	0.0471204188481675	26	0.136125654450262	0	0	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon17	NA	93.57	0.23390610022866	0.0608155860594517	(92,94]	RVT_1	1	NC000024.10Homosa	4355391	4361230	-	5840	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4355391	4355841	451	4360781	4361230	450	4355384	4355390	gataaca	4361231	4361237	gataaca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NC000024.10Homosa_4355391_4361230	5854	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	61	0.0104452054794521	290	0.0496575342465753	1530	0.261986301369863	19	0.00325342465753425	0	7	0.0155210643015521	22	0.0487804878048781	120	0.266075388026608	1	0.00221729490022173	0	7	0.0155210643015521	22	0.0487804878048781	120	0.266075388026608	1	0.00221729490022173	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon18	NA	82.35	0.695017846032897	0.180704639968553	(82,84]	RVT_1	2	NC000024.10Homosa	4418118	4423841	+	5724	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4418118	4418480	363	4423468	4423841	374	4418114	4418117	acat	4423842	4423845	acat	NA	NA	NA	NA	NA	4418478	4418489	+	Ornithorhynchus_anatinus_chr12.trna1126-CysGCA (8435612-8435541)  Cys (GCA) 72 bp  Sc: 55.55	gcatttgaattt	3	5	1	NC000024.10Homosa_4418118_4423841	5732	NA	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	32	0.00559049615653389	258	0.0450733752620545	940	0.164220824598183	9	0.00157232704402516	0	0	0	13	0.0347593582887701	62	0.165775401069519	0	0	0	0	0	13	0.0347593582887701	62	0.165775401069519	0	0	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon20	NA	79.51	0.677883055215718	0.176249594356087	(78,80]	RVT_1	0	NC000024.10Homosa	4703375	4720133	-	16759	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4703375	4703496	122	4720014	4720133	120	4703371	4703374	ccaa	4720134	4720137	ccaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NC000024.10Homosa_4703375_4720133	16767	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	64	0.00381884360642043	569	0.0339519064383316	2316	0.138194403007339	14	0.000835372038904469	0	1	0.00819672131147541	5	0.0409836065573771	18	0.147540983606557	0	0	0	1	0.00819672131147541	5	0.0409836065573771	18	0.147540983606557	0	0	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon21	NA	80.91	0.668010160277288	0.173682641672095	(80,82]	NA	0	NC000024.10Homosa	4840994	4852675	+	11682	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4840994	4841221	228	4852435	4852675	241	4840990	4840993	aact	4852676	4852679	aact	NA	NA	NA	NA	NA	4841227	4841241	+	Ailuropoda_melanoleuca_GL192351.1.trna261-LysCTT (2200071-2199999)  Lys (CTT) 73 bp  Sc: 43.56	cagcattaactcaaa	5	4	1	NC000024.10Homosa_4840994_4852675	11690	NA	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	36	0.00308166409861325	371	0.0317582605718199	1721	0.147320664269817	8	0.000684814244136278	0	0	0	4	0.016597510373444	61	0.253112033195021	0	0	0	0	0	4	0.016597510373444	61	0.253112033195021	0	0	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon23	NA	78.42	0.193226978119301	0.0502390143110184	(78,80]	RVT_1	3	NC000024.10Homosa	4962523	4980841	+	18319	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4962523	4962655	133	4980703	4980841	139	4962519	4962522	gcct	4980842	4980845	gcct	NA	NA	NA	NA	NA	4962657	4962667	+	Populus_trichocarpa_scaffold_3.trna15-MetCAT (17081925-17081996)  Met (CAT) 72 bp  Sc: 67.87	tattagagcct	1	0	1	NC000024.10Homosa_4962523_4980841	18327	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	160	0.00873410120639773	742	0.0405043943446695	2857	0.155958294666739	41	0.00223811343413942	0	9	0.0647482014388489	8	0.0575539568345324	25	0.179856115107914	4	0.0287769784172662	0	9	0.0647482014388489	8	0.0575539568345324	25	0.179856115107914	4	0.0287769784172662	0	NA	NA
Hsapiens_ChrY	Hsapiens_ChrY_LTR_retrotransposon24	NA	92.75	0.259414610894503	0.0674477988325708	(92,94]	RVT_1	1	NC000024.10Homosa	5324785	5330428	-	5644	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5324785	5325239	455	5329976	5330428	453	5324781	5324784	ggaa	5330429	5330432	ggaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NC000024.10Homosa_5324785_5330428	5652	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	104	0.0184266477675408	282	0.0499645641389086	1461	0.258858965272856	40	0.0070871722182849	0	9	0.0197802197802198	25	0.0549450549450549	113	0.248351648351648	1	0.0021978021978022	0	9	0.0197802197802198	25	0.0549450549450549	113	0.248351648351648	1	0.0021978021978022	0	NA	NA
