species	ID	dfam_target_name	ltr_similarity	similarity	protein_domain	orfs	chromosome	start	end	strand	width	annotation	pred_tool	frame	score	lLTR_start	lLTR_end	lLTR_length	rLTR_start	rLTR_end	rLTR_length	lTSD_start	lTSD_end	lTSD_motif	rTSD_start	rTSD_end	rTSD_motif	PPT_start	PPT_end	PPT_motif	PPT_strand	PPT_offset	PBS_start	PBS_end	PBS_strand	tRNA	tRNA_motif	PBS_offset	tRNA_offset	PBS/tRNA_edist	orf.id	repeat_region_length	PPT_length	PBS_length	dfam_acc	dfam_bits	dfam_e_value	dfam_bias	dfam_hmm-st	dfam_hmm-en	dfam_strand	dfam_ali-st	dfam_ali-en	dfam_env-st	dfam_env-en	dfam_modlen	dfam_target_description	Clust_Cluster	Clust_Target	Clust_Perc_Ident	Clust_cn	TE_CG_abs	TE_CG_rel	TE_CHG_abs	TE_CHG_rel	TE_CHH_abs	TE_CHH_rel	TE_CCG_abs	TE_CCG_rel	TE_N_abs	CG_3ltr_abs	CG_3ltr_rel	CHG_3ltr_abs	CHG_3ltr_rel	CHH_3ltr_abs	CHH_3ltr_rel	CCG_3ltr_abs	CCG_3ltr_rel	N_3ltr_abs	CG_5ltr_abs	CG_5ltr_rel	CHG_5ltr_abs	CHG_5ltr_rel	CHH_5ltr_abs	CHH_5ltr_rel	CCG_5ltr_abs	CCG_5ltr_rel	N_5ltr_abs	cn_3ltr	cn_5ltr
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon1	NA	83.95	(82,84]	NA	2	1	149500	155909	-	6410	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	149500	149661	162	155757	155909	153	149496	149499	tcac	155910	155913	tcac	NA	NA	NA	NA	NA	155742	155752	-	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Lys-CTT-2-3 (chr1.trna225-LysCTT) chr1:5518062-5518134 (-) Lys (CTT) 73 bp Sc: 83.1	cgctcaccgtg	4	0	1	1_CHROMOSOME_dumped__149500_155909	6418	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	245	0.0382215288611544	177	0.027613104524181	924	0.14414976599064	60	0.0093603744149766	0	13	0.0802469135802469	10	0.0617283950617284	37	0.228395061728395	8	0.0493827160493827	0	13	0.0802469135802469	10	0.0617283950617284	37	0.228395061728395	8	0.0493827160493827	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon2	NA	85.94	(84,86]	NA	1	1	249531	259127	-	9597	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	249531	249713	183	258936	259127	192	249527	249530	aaga	259128	259131	aaga	249717	249727	agaagaagaga	-	4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__249531_259127	9605	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	186	0.0193810565801813	264	0.0275085964363864	1229	0.128060852349693	28	0.00291757840991977	0	6	0.0327868852459016	12	0.0655737704918033	21	0.114754098360656	0	0	0	6	0.0327868852459016	12	0.0655737704918033	21	0.114754098360656	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon3	NA	84.96	(84,86]	NA	1	1	428932	438092	-	9161	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	428932	429046	115	437960	438092	133	428928	428931	cacc	438093	438096	cacc	429050	429063	gagaagaagaagaa	-	4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__428932_438092	9169	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	235	0.0256522213732125	228	0.0248881126514573	1157	0.126296255867263	48	0.00523960266346469	0	2	0.0173913043478261	3	0.0260869565217391	9	0.0782608695652174	0	0	0	2	0.0173913043478261	3	0.0260869565217391	9	0.0782608695652174	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon4	NA	85.05	(84,86]	NA	0	1	2659374	2663971	-	4598	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2659374	2659694	321	2663653	2663971	319	2659370	2659373	ccca	2663972	2663975	ccca	2659667	2659676	gaaggaagtg	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__2659374_2663971	4606	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	116	0.0252283601565898	105	0.0228360156589822	640	0.139190952588082	26	0.00565463244889082	0	12	0.0373831775700935	11	0.0342679127725857	51	0.158878504672897	1	0.00311526479750779	0	12	0.0373831775700935	11	0.0342679127725857	51	0.158878504672897	1	0.00311526479750779	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon5	NA	84.68	(84,86]	NA	2	1	3357954	3363283	.	5330	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3357954	3358064	111	3363160	3363283	124	3357950	3357953	agga	3363284	3363287	agga	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__3357954_3363283	5338	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	129	0.024202626641651	158	0.0296435272045028	810	0.151969981238274	30	0.00562851782363977	0	2	0.0161290322580645	3	0.0241935483870968	19	0.153225806451613	0	0	0	2	0.0161290322580645	3	0.0241935483870968	19	0.153225806451613	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon6	NA	100	(98,100]	rve	1	1	3780765	3785720	+	4956	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3780765	3781204	440	3785281	3785720	440	3780760	3780764	cttgt	3785721	3785725	cttgt	3785272	3785280	aagaggggg	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__3780765_3785720	4966	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	118	0.0238095238095238	30	0.00605326876513317	669	0.13498789346247	26	0.00524616626311542	0	0	0	0	0	75	0.170454545454545	0	0	0	0	0	0	0	75	0.170454545454545	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon7	NA	87.31	(86,88]	NA	1	1	3907118	3911673	.	4556	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3907118	3907314	197	3911483	3911673	191	3907114	3907117	agaa	3911674	3911677	agaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__3907118_3911673	4564	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	98	0.0215100965759438	90	0.0197541703248464	593	0.130158033362599	16	0.00351185250219491	0	4	0.0209424083769634	2	0.0104712041884817	27	0.141361256544503	0	0	0	4	0.0209424083769634	2	0.0104712041884817	27	0.141361256544503	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon8	NA	83.02	(82,84]	NA	0	1	4081628	4091086	.	9459	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4081628	4081733	106	4090985	4091086	102	4081624	4081627	tatt	4091087	4091090	tatt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__4081628_4091086	9467	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	180	0.0190294957183635	175	0.0185008986150756	1018	0.107622370229411	44	0.00465165450893329	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon9	NA	87.5	(86,88]	NA	2	1	4119030	4126617	.	7588	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4119030	4119157	128	4126498	4126617	120	4119026	4119029	aata	4126618	4126621	aata	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__4119030_4126617	7596	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	236	0.0311017395888245	236	0.0311017395888245	1017	0.134027411702688	63	0.00830258302583026	0	7	0.0583333333333333	4	0.0333333333333333	14	0.116666666666667	1	0.00833333333333333	0	7	0.0583333333333333	4	0.0333333333333333	14	0.116666666666667	1	0.00833333333333333	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon10	NA	92.98	(92,94]	NA	0	1	4405997	4411118	.	5122	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4405997	4406167	171	4410948	4411118	171	4405993	4405996	caat	4411119	4411122	caat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__4405997_4411118	5130	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	75	0.014642717688403	61	0.0119094103865677	659	0.128660679422101	8	0.00156188988676298	0	1	0.00584795321637427	2	0.0116959064327485	16	0.0935672514619883	0	0	0	1	0.00584795321637427	2	0.0116959064327485	16	0.0935672514619883	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon11	NA	89.76	(88,90]	Retrotrans_gag/rve	2	1	5691759	5696703	+	4945	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5691759	5691959	201	5696499	5696703	205	5691755	5691758	attg	5696704	5696707	attg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__5691759_5696703	4953	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	81	0.0163801820020222	226	0.0457027300303337	757	0.153083923154702	13	0.00262891809908999	0	3	0.0146341463414634	5	0.024390243902439	30	0.146341463414634	2	0.00975609756097561	0	3	0.0146341463414634	5	0.024390243902439	30	0.146341463414634	2	0.00975609756097561	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon12	NA	82.67	(82,84]	NA	2	1	5897842	5902839	.	4998	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5897842	5898141	300	5902552	5902839	288	5897838	5897841	tcct	5902840	5902843	tcct	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__5897842_5902839	5006	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	105	0.0210084033613445	191	0.0382152861144458	589	0.117847138855542	25	0.00500200080032013	0	8	0.0277777777777778	12	0.0416666666666667	32	0.111111111111111	2	0.00694444444444444	0	8	0.0277777777777778	12	0.0416666666666667	32	0.111111111111111	2	0.00694444444444444	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon13	NA	90.88	(90,92]	NA	0	1	5920835	5927113	.	6279	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5920835	5921108	274	5926845	5927113	269	5920831	5920834	caga	5927114	5927117	caga	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__5920835_5927113	6287	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	127	0.0202261506609333	199	0.031692944736423	827	0.131708870839306	29	0.00461856983596114	0	6	0.0223048327137546	7	0.0260223048327138	31	0.115241635687732	1	0.00371747211895911	0	6	0.0223048327137546	7	0.0260223048327138	31	0.115241635687732	1	0.00371747211895911	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon14	NA	94.39	(94,96]	rve	3	1	6009304	6014076	-	4773	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6009304	6009575	272	6013792	6014076	285	6009300	6009303	ttga	6014077	6014080	ttga	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__6009304_6014076	4781	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	56	0.0117326628954536	136	0.0284936098889587	555	0.116279069767442	11	0.00230463021160696	0	2	0.00735294117647059	3	0.0110294117647059	23	0.0845588235294118	2	0.00735294117647059	0	2	0.00735294117647059	3	0.0110294117647059	23	0.0845588235294118	2	0.00735294117647059	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon15	NA	96.23	(96,98]	NA	1	1	6191403	6197517	.	6115	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6191403	6191508	106	6197414	6197517	104	6191399	6191402	tttt	6197518	6197521	tttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__6191403_6197517	6123	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	214	0.0349959116925593	183	0.0299264104660671	803	0.131316434995912	63	0.0103025347506132	0	1	0.00961538461538462	1	0.00961538461538462	20	0.192307692307692	0	0	0	1	0.00961538461538462	1	0.00961538461538462	20	0.192307692307692	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon16	NA	100	(98,100]	NA	0	1	6538418	6543536	-	5119	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6538418	6538580	163	6543374	6543536	163	6538413	6538417	ttttt	6543537	6543541	ttttt	6538553	6538570	agagaaagagatagaaga	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__6538418_6543536	5129	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	77	0.0150420003907013	62	0.0121117405743309	660	0.128931431920297	8	0.00156280523539754	0	0	0	1	0.00613496932515337	17	0.104294478527607	0	0	0	0	0	1	0.00613496932515337	17	0.104294478527607	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon17	NA	94.59	(94,96]	NA	2	1	6719067	6724311	.	5245	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6719067	6719324	258	6724053	6724311	259	6719063	6719066	ttaa	6724312	6724315	ttaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__6719067_6724311	5253	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	152	0.0289799809342231	108	0.0205910390848427	700	0.133460438512869	33	0.00629170638703527	0	2	0.00772200772200772	2	0.00772200772200772	24	0.0926640926640927	0	0	0	2	0.00772200772200772	2	0.00772200772200772	24	0.0926640926640927	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon18	NA	91.43	(90,92]	NA	1	1	6767255	6773967	.	6713	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6767255	6767954	700	6773276	6773967	692	6767250	6767254	aaaac	6773968	6773972	aaaac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__6767255_6773967	6723	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	172	0.0256219276031581	154	0.0229405630865485	1001	0.149113660062565	33	0.00491583494711753	0	19	0.0274566473988439	20	0.0289017341040462	107	0.154624277456647	3	0.00433526011560694	0	19	0.0274566473988439	20	0.0289017341040462	107	0.154624277456647	3	0.00433526011560694	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon19	NA	87.61	(86,88]	NA	0	1	6825176	6830220	.	5045	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6825176	6825287	112	6830108	6830220	113	6825171	6825175	ataca	6830221	6830225	ataca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__6825176_6830220	5055	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	115	0.022794846382557	183	0.0362735381565907	568	0.112586719524281	26	0.00515361744301288	0	4	0.0353982300884956	7	0.0619469026548673	13	0.115044247787611	1	0.00884955752212389	0	4	0.0353982300884956	7	0.0619469026548673	13	0.115044247787611	1	0.00884955752212389	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon20	NA	93.55	(92,94]	NA	5	1	7025897	7047012	.	21116	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7025897	7026051	155	7046860	7047012	153	7025893	7025896	tgtc	7047013	7047016	tgtc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__7025897_7047012	21124	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	581	0.0275146808107596	477	0.0225895055881796	2734	0.129475279408979	126	0.00596703921197196	0	6	0.0392156862745098	9	0.0588235294117647	15	0.0980392156862745	4	0.0261437908496732	0	6	0.0392156862745098	9	0.0588235294117647	15	0.0980392156862745	4	0.0261437908496732	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon21	NA	91.48	(90,92]	NA	4	1	8445394	8466734	-	21341	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8445394	8445874	481	8466257	8466734	478	8445390	8445393	aaat	8466735	8466738	aaat	8445854	8445871	aagaggagcgacaggaag	-	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__8445394_8466734	21349	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	459	0.0215078956000187	564	0.0264280024366243	2892	0.135513799728223	98	0.00459209971416522	0	5	0.0103950103950104	20	0.0415800415800416	69	0.143451143451143	2	0.00415800415800416	0	5	0.0103950103950104	20	0.0415800415800416	69	0.143451143451143	2	0.00415800415800416	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon22	NA	84.67	(84,86]	NA	0	1	8578711	8588761	.	10051	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8578711	8579006	296	8588462	8588761	300	8578707	8578710	aaat	8588762	8588765	aaat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__8578711_8588761	10059	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	196	0.0195005472092329	222	0.0220873544920903	1420	0.141279474679136	24	0.00238782210725301	0	5	0.0166666666666667	9	0.03	63	0.21	1	0.00333333333333333	0	5	0.0166666666666667	9	0.03	63	0.21	1	0.00333333333333333	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon23	NA	87.1	(86,88]	NA	2	1	8643650	8649288	.	5639	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8643650	8643771	122	8649165	8649288	124	8643646	8643649	cata	8649289	8649292	cata	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__8643650_8649288	5647	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	129	0.0228763965242064	113	0.0200390140095762	772	0.13690370633091	27	0.00478808299343855	0	3	0.0241935483870968	5	0.0403225806451613	19	0.153225806451613	2	0.0161290322580645	0	3	0.0241935483870968	5	0.0403225806451613	19	0.153225806451613	2	0.0161290322580645	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon24	NA	97.24	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	2	1	9368344	9373311	-	4968	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9368344	9368521	178	9373131	9373311	181	9368335	9368343	tgtctctta	9373312	9373320	tgtctctta	9368494	9368501	ttccagtt	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__9368344_9373311	4986	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	70	0.0140901771336554	168	0.0338164251207729	681	0.13707729468599	14	0.00281803542673108	0	1	0.00561797752808989	1	0.00561797752808989	17	0.0955056179775281	0	0	0	1	0.00561797752808989	1	0.00561797752808989	17	0.0955056179775281	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon25	NA	98.33	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	1	1	9476002	9480634	+	4633	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9476002	9476121	120	9480515	9480634	120	9475997	9476001	gtttg	9480635	9480639	gtttg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__9476002_9480634	4643	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	165	0.0356140729548888	155	0.0334556442909562	876	0.189078350960501	46	0.00992877185409022	0	0	0	1	0.00833333333333333	15	0.125	0	0	0	0	0	1	0.00833333333333333	15	0.125	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon26	NA	84.8	(84,86]	NA	0	1	10121579	10125768	+	4190	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10121579	10121749	171	10125602	10125768	167	10121574	10121578	gatta	10125769	10125773	gatta	10125583	10125593	aaaggaaaaaa	+	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__10121579_10125768	4200	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	84	0.0200477326968974	111	0.026491646778043	547	0.13054892601432	17	0.00405727923627685	0	5	0.029940119760479	4	0.0239520958083832	26	0.155688622754491	1	0.00598802395209581	0	5	0.029940119760479	4	0.0239520958083832	26	0.155688622754491	1	0.00598802395209581	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon27	NA	92.63	(92,94]	Retrotrans_gag/rve	2	1	10696719	10701589	+	4871	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10696719	10696906	188	10701400	10701589	190	10696715	10696718	tatt	10701590	10701593	tatt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__10696719_10701589	4879	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	84	0.0172449189078218	192	0.0394169575035927	734	0.150687743789776	15	0.00307944980496818	0	2	0.0105263157894737	4	0.0210526315789474	24	0.126315789473684	1	0.00526315789473684	0	2	0.0105263157894737	4	0.0210526315789474	24	0.126315789473684	1	0.00526315789473684	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon28	NA	78.26	(78,80]	NA	0	1	11125145	11133104	.	7960	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11125145	11125303	159	11132944	11133104	161	11125141	11125144	attc	11133105	11133108	attc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__11125145_11133104	7968	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	169	0.0212311557788945	150	0.0188442211055276	991	0.124497487437186	26	0.00326633165829146	0	2	0.0124223602484472	5	0.031055900621118	24	0.149068322981366	1	0.0062111801242236	0	2	0.0124223602484472	5	0.031055900621118	24	0.149068322981366	1	0.0062111801242236	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon29	NA	96.37	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	1	1	11148084	11152830	-	4747	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11148084	11148386	303	11152531	11152830	300	11148080	11148083	gtga	11152831	11152834	gtga	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__11148084_11152830	4755	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	124	0.0261217611122814	190	0.040025279123657	810	0.170634084685064	26	0.00547714345902675	0	6	0.0198019801980198	12	0.0396039603960396	53	0.174917491749175	1	0.0033003300330033	0	6	0.0198019801980198	12	0.0396039603960396	53	0.174917491749175	1	0.0033003300330033	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon30	NA	90.14	(90,92]	NA	2	1	11284903	11295619	.	10717	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11284903	11285389	487	11295136	11295619	484	11284899	11284902	ttga	11295620	11295623	ttga	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__11284903_11295619	10725	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	216	0.0201548940934963	217	0.0202482037883736	1454	0.135672296351591	32	0.00298591023607353	0	5	0.0103305785123967	7	0.0144628099173554	67	0.138429752066116	3	0.00619834710743802	0	5	0.0103305785123967	7	0.0144628099173554	67	0.138429752066116	3	0.00619834710743802	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon31	NA	78.6	(78,80]	NA	1	1	11339006	11344662	.	5657	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11339006	11339459	454	11344205	11344662	458	11339002	11339005	tatc	11344663	11344666	tatc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__11339006_11344662	5665	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	179	0.0316422131872017	129	0.0228036061516705	720	0.127275941311649	51	0.00901537917624182	0	30	0.0655021834061135	13	0.0283842794759825	62	0.135371179039301	7	0.0152838427947598	0	30	0.0655021834061135	13	0.0283842794759825	62	0.135371179039301	7	0.0152838427947598	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon32	NA	83.02	(82,84]	NA	2	1	11346530	11355061	+	8532	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11346530	11347051	522	11354532	11355061	530	11346526	11346529	agaa	11355062	11355065	agaa	11354528	11354536	aggggaaga	+	4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__11346530_11355061	8540	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	263	0.0308251289263947	186	0.0218002812939522	1041	0.122011251758087	79	0.00925925925925926	0	35	0.0660377358490566	26	0.0490566037735849	62	0.116981132075472	12	0.0226415094339623	0	35	0.0660377358490566	26	0.0490566037735849	62	0.116981132075472	12	0.0226415094339623	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon33	NA	87.39	(86,88]	NA	1	1	11697950	11705480	+	7531	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11697950	11698279	330	11705140	11705480	341	11697945	11697949	ttgtt	11705481	11705485	ttgtt	11705109	11705118	aaacgaaaaa	+	22	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__11697950_11705480	7541	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	166	0.0220422254680653	150	0.0199176736157217	915	0.121497809055902	46	0.00610808657548798	0	4	0.0117302052785924	10	0.0293255131964809	68	0.19941348973607	3	0.00879765395894428	0	4	0.0117302052785924	10	0.0293255131964809	68	0.19941348973607	3	0.00879765395894428	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon34	NA	97.12	(96,98]	rve	1	1	11789447	11794074	+	4628	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11789447	11789724	278	11793801	11794074	274	11789443	11789446	acag	11794075	11794078	acag	11793796	11793805	aagggaggga	+	4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__11789447_11794074	4636	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	107	0.0231201382886776	142	0.0306828003457217	433	0.0935609334485739	18	0.00388936905790838	0	4	0.0145985401459854	6	0.0218978102189781	27	0.0985401459854015	0	0	0	4	0.0145985401459854	6	0.0218978102189781	27	0.0985401459854015	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon35	NA	77.78	(76,78]	NA	2	1	11890866	11900756	.	9891	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11890866	11891020	155	11900595	11900756	162	11890862	11890865	aaat	11900757	11900760	aaat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__11890866_11900756	9899	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	133	0.013446567586695	229	0.0231523607319786	1555	0.157213628551208	17	0.00171873420281064	0	3	0.0185185185185185	2	0.0123456790123457	25	0.154320987654321	0	0	0	3	0.0185185185185185	2	0.0123456790123457	25	0.154320987654321	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon36	NA	87.39	(86,88]	NA	0	1	12194788	12199420	.	4633	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12194788	12195008	221	12199191	12199420	230	12194784	12194787	attt	12199421	12199424	attt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__12194788_12199420	4641	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	79	0.017051586445068	116	0.0250377725016188	610	0.131664148499892	10	0.00215842866393266	0	3	0.0130434782608696	0	0	22	0.0956521739130435	0	0	0	3	0.0130434782608696	0	0	22	0.0956521739130435	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon37	NA	77.06	(76,78]	NA	1	1	12541821	12546900	.	5080	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12541821	12541987	167	12546731	12546900	170	12541817	12541820	aaat	12546901	12546904	aaat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__12541821_12546900	5088	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	117	0.0230314960629921	130	0.0255905511811024	691	0.136023622047244	22	0.00433070866141732	0	3	0.0176470588235294	1	0.00588235294117647	20	0.117647058823529	1	0.00588235294117647	0	3	0.0176470588235294	1	0.00588235294117647	20	0.117647058823529	1	0.00588235294117647	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon38	NA	89.47	(88,90]	Retrotrans_gag/rve	5	1	12664511	12673933	-	9423	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12664511	12664681	171	12673776	12673933	158	12664507	12664510	ccaa	12673934	12673937	ccaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__12664511_12673933	9431	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	664	0.0704658813541335	405	0.0429799426934097	1378	0.146237928472885	175	0.0185715801761647	0	16	0.0935672514619883	8	0.0467836257309941	30	0.175438596491228	5	0.0292397660818713	0	16	0.0935672514619883	8	0.0467836257309941	30	0.175438596491228	5	0.0292397660818713	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon39	NA	96.02	(96,98]	NA	0	1	12871512	12878779	.	7268	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12871512	12872274	763	12878002	12878779	778	12871508	12871511	aata	12878780	12878783	aata	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__12871512_12878779	7276	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	113	0.0155476059438635	91	0.0125206384149697	792	0.108970831040176	20	0.00275178866263071	0	22	0.0282776349614396	14	0.0179948586118252	110	0.141388174807198	2	0.0025706940874036	0	22	0.0282776349614396	14	0.0179948586118252	110	0.141388174807198	2	0.0025706940874036	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon40	NA	80.95	(80,82]	NA	0	1	12969459	12975236	+	5778	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12969459	12969646	188	12975048	12975236	189	12969455	12969458	aaac	12975237	12975240	aaac	12975025	12975035	aaaggaagaaa	+	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__12969459_12975236	5786	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	81	0.014018691588785	139	0.0240567670474213	813	0.140706126687435	11	0.00190377293181032	0	3	0.0158730158730159	0	0	31	0.164021164021164	0	0	0	3	0.0158730158730159	0	0	31	0.164021164021164	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon41	NA	88.89	(88,90]	rve	2	1	13324761	13329591	+	4831	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13324761	13324867	107	13329484	13329591	108	13324757	13324760	atat	13329592	13329595	atat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__13324761_13329591	4839	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	152	0.0314634651210929	140	0.0289795073483751	940	0.194576692196233	37	0.00765886979921341	0	0	0	1	0.00925925925925926	7	0.0648148148148148	0	0	0	0	0	1	0.00925925925925926	7	0.0648148148148148	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon42	NA	91.92	(90,92]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	1	1	13334465	13339870	+	5406	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13334465	13334860	396	13339477	13339870	394	13334461	13334464	caat	13339871	13339874	caat	NA	NA	NA	NA	NA	13334865	13334879	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Thr-AGT-3-1 (chr1.trna209-ThrAGT) chr1:18230479-18230552 (-) Thr (AGT) 74 bp Sc: 65.5	tgctttccttgagag	4	0	1	1_CHROMOSOME_dumped__13334465_13339870	5414	NA	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	102	0.0188679245283019	197	0.036440991490936	741	0.137069922308546	30	0.00554938956714761	0	8	0.0203045685279188	8	0.0203045685279188	55	0.139593908629442	3	0.00761421319796954	0	8	0.0203045685279188	8	0.0203045685279188	55	0.139593908629442	3	0.00761421319796954	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon43	NA	83.46	(82,84]	RVT_1	4	1	13388869	13396650	-	7782	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13388869	13389001	133	13396527	13396650	124	13388863	13388868	ttaaaa	13396651	13396656	ttaaaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__13388869_13396650	7794	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	191	0.0245438190696479	183	0.0235158057054742	1066	0.13698278077615	44	0.00565407350295554	0	2	0.0150375939849624	0	0	10	0.075187969924812	0	0	0	2	0.0150375939849624	0	0	10	0.075187969924812	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon44	NA	85.44	(84,86]	Retrotrans_gag	0	1	13398499	13402662	+	4164	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13398499	13398652	154	13402505	13402662	158	13398495	13398498	gctt	13402663	13402666	gctt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__13398499_13402662	4172	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	77	0.0184918347742555	123	0.0295389048991354	574	0.137848222862632	10	0.00240153698366955	0	2	0.0126582278481013	2	0.0126582278481013	23	0.145569620253165	0	0	0	2	0.0126582278481013	2	0.0126582278481013	23	0.145569620253165	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon45	NA	95.5	(94,96]	rve	5	1	13439443	13448531	+	9089	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13439443	13440020	578	13447955	13448531	577	13439439	13439442	atat	13448532	13448535	atat	13447942	13447954	aaaaagggggaga	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__13439443_13448531	9097	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	146	0.0160633733083948	378	0.0415887336340632	1064	0.117064583562548	36	0.00396083177467268	0	10	0.0173310225303293	21	0.0363951473136915	49	0.0849220103986135	1	0.00173310225303293	0	10	0.0173310225303293	21	0.0363951473136915	49	0.0849220103986135	1	0.00173310225303293	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon46	NA	98.71	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	4	1	13559843	13564825	+	4983	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13559843	13560074	232	13564594	13564825	232	13559838	13559842	caaaa	13564826	13564830	caaaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__13559843_13564825	4993	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	92	0.0184627734296608	215	0.0431466987758378	758	0.152117198474814	22	0.00441501103752759	0	4	0.0172413793103448	4	0.0172413793103448	34	0.146551724137931	2	0.00862068965517241	0	4	0.0172413793103448	4	0.0172413793103448	34	0.146551724137931	2	0.00862068965517241	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon47	NA	95.35	(94,96]	Retrotrans_gag	1	1	13593058	13599710	+	6653	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13593058	13594283	1226	13598486	13599710	1225	13593054	13593057	caag	13599711	13599714	caag	NA	NA	NA	NA	NA	13594286	13594299	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Asp-GTC-5-1 (chr5.trna27-AspGTC) chr5:11785055-11785129 (+) Asp (GTC) 75 bp Sc: 60.1	tggcgccgtttccg	2	0	1	1_CHROMOSOME_dumped__13593058_13599710	6661	NA	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	156	0.023448068540508	226	0.0339696377574027	963	0.144746730798136	27	0.00405831955508793	0	27	0.0220408163265306	30	0.0244897959183673	152	0.124081632653061	5	0.00408163265306122	0	27	0.0220408163265306	30	0.0244897959183673	152	0.124081632653061	5	0.00408163265306122	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon48	NA	86.84	(86,88]	RVT_1	1	1	13676498	13682108	-	5611	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13676498	13676685	188	13681919	13682108	190	13676493	13676497	attgt	13682109	13682113	attgt	13676658	13676680	gatgaatcttaattattcggttt	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__13676498_13682108	5621	23	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	116	0.0206736767064694	169	0.030119408305115	875	0.15594368205311	27	0.00481197647478168	0	4	0.0212765957446809	2	0.0106382978723404	22	0.117021276595745	0	0	0	4	0.0212765957446809	2	0.0106382978723404	22	0.117021276595745	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon49	NA	99.47	(98,100]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	1	1	13818567	13823889	+	5323	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13818567	13818943	377	13823511	13823889	379	13818563	13818566	tgtt	13823890	13823893	tgtt	13823498	13823510	gaaaggggggaga	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__13818567_13823889	5331	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	140	0.026300958106331	208	0.0390757091865489	572	0.10745820026301	15	0.00281795979710689	0	16	0.0422163588390501	12	0.0316622691292876	31	0.0817941952506596	0	0	0	16	0.0422163588390501	12	0.0316622691292876	31	0.0817941952506596	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon50	NA	95.31	(94,96]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	5	1	13883095	13890935	+	7841	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13883095	13884201	1107	13889807	13890935	1129	13883091	13883094	aaaa	13890936	13890939	aaaa	13889797	13889805	gagggagaa	+	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__13883095_13890935	7849	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	297	0.037877821706415	311	0.0396633082514985	585	0.0746078306338477	53	0.00675934192067338	0	39	0.0345438441098317	27	0.0239149689991143	72	0.0637732506643047	6	0.00531443755535872	0	39	0.0345438441098317	27	0.0239149689991143	72	0.0637732506643047	6	0.00531443755535872	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon51	NA	92.08	(92,94]	NA	1	1	13912841	13919010	+	6170	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13912841	13913379	539	13918468	13919010	543	13912837	13912840	tatt	13919011	13919014	tatt	NA	NA	NA	NA	NA	13913385	13913397	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Asp-GTC-5-1 (chr5.trna27-AspGTC) chr5:11785055-11785129 (+) Asp (GTC) 75 bp Sc: 60.1	tggcgccgttgcc	5	0	0	1_CHROMOSOME_dumped__13912841_13919010	6178	NA	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	104	0.0168557536466775	150	0.0243111831442464	969	0.157050243111831	19	0.00307941653160454	0	7	0.0128913443830571	15	0.0276243093922652	87	0.160220994475138	2	0.00368324125230203	0	7	0.0128913443830571	15	0.0276243093922652	87	0.160220994475138	2	0.00368324125230203	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon52	NA	96.88	(96,98]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	4	1	14019278	14024519	+	5242	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14019278	14019565	288	14024233	14024519	287	14019274	14019277	aaga	14024520	14024523	aaga	14024208	14024229	gaagggggggggggggaggggg	+	4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__14019278_14024519	5250	22	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	108	0.0206028233498665	181	0.0345288057993132	550	0.104921785578024	13	0.00247996947729874	0	8	0.0278745644599303	9	0.0313588850174216	20	0.0696864111498258	0	0	0	8	0.0278745644599303	9	0.0313588850174216	20	0.0696864111498258	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon53	NA	87.75	(86,88]	NA	1	1	14179555	14183988	.	4434	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14179555	14179749	195	14183785	14183988	204	14179551	14179554	atca	14183989	14183992	atca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__14179555_14183988	4442	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	116	0.0261614794767704	153	0.0345060893098782	729	0.164411366711773	14	0.0031574199368516	0	3	0.0147058823529412	5	0.0245098039215686	32	0.156862745098039	1	0.00490196078431373	0	3	0.0147058823529412	5	0.0245098039215686	32	0.156862745098039	1	0.00490196078431373	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon54	NA	96.14	(96,98]	Retrotrans_gag	2	1	14214740	14225657	-	10918	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14214740	14216423	1684	14223976	14225657	1682	14214736	14214739	tctt	14225658	14225661	tctt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__14214740_14225657	10926	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	204	0.0186847407950174	315	0.0288514379923063	1739	0.159278256090859	35	0.00320571533247848	0	35	0.0207838479809976	39	0.0231591448931116	270	0.160332541567696	4	0.00237529691211401	0	35	0.0207838479809976	39	0.0231591448931116	270	0.160332541567696	4	0.00237529691211401	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon55	NA	92.55	(92,94]	NA	0	1	14282118	14286791	-	4674	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14282118	14282721	604	14286202	14286791	590	14282114	14282117	tgaa	14286792	14286795	tgaa	14282734	14282741	agttctaa	-	13	14286186	14286200	-	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Lys-TTT-1-1 (chr1.trna180-LysTTT) chr1:29833117-29833188 (+) Lys (TTT) 72 bp Sc: 87.3	cgccgtctgtgggga	1	0	0	1_CHROMOSOME_dumped__14282118_14286791	4682	8	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	173	0.0370132648694908	161	0.0344458707744972	703	0.150406504065041	48	0.0102695763799743	0	13	0.021523178807947	10	0.0165562913907285	90	0.149006622516556	4	0.00662251655629139	0	13	0.021523178807947	10	0.0165562913907285	90	0.149006622516556	4	0.00662251655629139	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon56	NA	84.36	(84,86]	Retrotrans_gag	1	1	14745962	14750821	-	4860	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14745962	14746236	275	14750553	14750821	269	14745958	14745961	atct	14750822	14750825	atct	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__14745962_14750821	4868	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	85	0.0174897119341564	129	0.0265432098765432	693	0.142592592592593	10	0.00205761316872428	0	1	0.00363636363636364	1	0.00363636363636364	44	0.16	0	0	0	1	0.00363636363636364	1	0.00363636363636364	44	0.16	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon57	NA	94.44	(94,96]	rve	2	1	15610250	15615956	-	5707	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15610250	15610590	341	15615615	15615956	342	15610246	15610249	atcc	15615957	15615960	atcc	15610563	15610572	gtatggatgt	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__15610250_15615956	5715	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	133	0.0233047135097249	96	0.0168214473453653	763	0.133695461713685	30	0.00525670229542667	0	2	0.00586510263929619	2	0.00586510263929619	49	0.143695014662757	1	0.00293255131964809	0	2	0.00586510263929619	2	0.00586510263929619	49	0.143695014662757	1	0.00293255131964809	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon58	NA	97.13	(96,98]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	7	1	16012601	16019700	-	7100	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16012601	16013156	556	16019143	16019700	558	16012597	16012600	atgg	16019701	16019704	atgg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__16012601_16019700	7108	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	260	0.0366197183098592	286	0.0402816901408451	533	0.0750704225352113	45	0.00633802816901408	0	13	0.0233812949640288	7	0.012589928057554	32	0.0575539568345324	1	0.00179856115107914	0	13	0.0233812949640288	7	0.012589928057554	32	0.0575539568345324	1	0.00179856115107914	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon59	NA	97.28	(96,98]	NA	1	1	16117817	16124067	+	6251	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16117817	16118368	552	16123522	16124067	546	16117813	16117816	ggaa	16124068	16124071	ggaa	16123512	16123524	aaaaagggggaga	+	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__16117817_16124067	6259	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	119	0.019036954087346	211	0.0337545992641177	644	0.103023516237402	25	0.00399936010238362	0	11	0.0201465201465201	18	0.032967032967033	48	0.0879120879120879	2	0.00366300366300366	0	11	0.0201465201465201	18	0.032967032967033	48	0.0879120879120879	2	0.00366300366300366	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon60	NA	85.51	(84,86]	rve	1	1	16176836	16181678	+	4843	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16176836	16177049	214	16181467	16181678	212	16176832	16176835	aaat	16181679	16181682	aaat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__16176836_16181678	4851	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	129	0.0266363824075986	81	0.0167251703489573	559	0.115424323766261	24	0.00495560602932067	0	1	0.00471698113207547	1	0.00471698113207547	23	0.108490566037736	0	0	0	1	0.00471698113207547	1	0.00471698113207547	23	0.108490566037736	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon61	NA	89.04	(88,90]	RVT_1/rve	2	1	16387793	16398190	+	10398	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16387793	16388151	359	16397817	16398190	374	16387787	16387792	attgag	16398191	16398196	attgag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__16387793_16398190	10410	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	291	0.0279861511829198	270	0.0259665320253895	1217	0.117041738795922	66	0.00634737449509521	0	13	0.0347593582887701	9	0.0240641711229947	33	0.0882352941176471	2	0.0053475935828877	0	13	0.0347593582887701	9	0.0240641711229947	33	0.0882352941176471	2	0.0053475935828877	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon62	NA	85.8	(84,86]	NA	0	1	16537640	16548760	.	11121	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16537640	16537792	153	16548599	16548760	162	16537635	16537639	ggttt	16548761	16548765	ggttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__16537640_16548760	11131	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	274	0.0246380721158169	249	0.0223900728351767	1284	0.115457243053682	73	0.00656415789946947	0	5	0.0308641975308642	5	0.0308641975308642	21	0.12962962962963	1	0.00617283950617284	0	5	0.0308641975308642	5	0.0308641975308642	21	0.12962962962963	1	0.00617283950617284	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon63	NA	96.5	(96,98]	rve	3	1	16551721	16557069	-	5349	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16551721	16552120	400	16556671	16557069	399	16551716	16551720	cagcc	16557070	16557074	cagcc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__16551721_16557069	5359	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	134	0.0250514114787811	75	0.0140213123948402	862	0.161151617124696	32	0.00598242662179847	0	4	0.01	4	0.01	82	0.205	2	0.005	0	4	0.01	4	0.01	82	0.205	2	0.005	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon64	NA	96.68	(96,98]	rve	4	1	16569870	16575240	-	5371	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16569870	16570797	928	16574307	16575240	934	16569866	16569869	atgt	16575241	16575244	atgt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__16569870_16575240	5379	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	113	0.0210389126792031	115	0.0214112828151182	600	0.11171104077453	21	0.00390988642710855	0	16	0.0172413793103448	16	0.0172413793103448	95	0.102370689655172	5	0.00538793103448276	0	16	0.0172413793103448	16	0.0172413793103448	95	0.102370689655172	5	0.00538793103448276	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon65	NA	96.19	(96,98]	Retrotrans_gag/RVT_1/RNase_H/rve	2	1	16626036	16637234	-	11199	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16626036	16626560	525	16636715	16637234	520	16626032	16626035	catc	16637235	16637238	catc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__16626036_16637234	11207	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	655	0.0584873649432985	502	0.0448254308420395	1839	0.164211090275917	148	0.0132154656665774	0	16	0.0304761904761905	18	0.0342857142857143	93	0.177142857142857	2	0.00380952380952381	0	16	0.0304761904761905	18	0.0342857142857143	93	0.177142857142857	2	0.00380952380952381	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon66	NA	93.52	(92,94]	Retrotrans_gag/rve	2	1	16638793	16645558	-	6766	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16638793	16639008	216	16645343	16645558	216	16638789	16638792	agaa	16645559	16645562	agaa	16639024	16639032	caattcaag	-	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__16638793_16645558	6774	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	169	0.0249778303281111	175	0.0258646172036654	1044	0.154300916346438	29	0.00428613656517884	0	4	0.0185185185185185	4	0.0185185185185185	29	0.134259259259259	1	0.00462962962962963	0	4	0.0185185185185185	4	0.0185185185185185	29	0.134259259259259	1	0.00462962962962963	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon67	NA	92.93	(92,94]	rve	2	1	16674908	16683328	+	8421	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16674908	16675277	370	16682947	16683328	382	16674904	16674907	tgta	16683329	16683332	tgta	16682932	16682945	aaaaaagggggaga	+	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__16674908_16683328	8429	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	224	0.0266001662510391	287	0.0340814630091438	907	0.10770692316827	27	0.00320627003918774	0	10	0.0261780104712042	10	0.0261780104712042	36	0.0942408376963351	0	0	0	10	0.0261780104712042	10	0.0261780104712042	36	0.0942408376963351	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon68	NA	94.93	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	1	1	16853317	16858040	-	4724	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16853317	16853448	132	16857903	16858040	138	16853313	16853316	taga	16858041	16858044	taga	NA	NA	NA	NA	NA	16857888	16857898	-	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Ala-TGC-4-1 (chr3.trna60-AlaTGC) chr3:23036880-23036952 (+) Ala (TGC) 73 bp Sc: 63.7	cttcgatatcc	4	3	1	1_CHROMOSOME_dumped__16853317_16858040	4732	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	189	0.040008467400508	162	0.0342929720575783	949	0.200889077053345	51	0.0107959356477561	0	0	0	1	0.00757575757575758	19	0.143939393939394	0	0	0	0	0	1	0.00757575757575758	19	0.143939393939394	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon69	NA	96.8	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	4	1	17023916	17029257	-	5342	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17023916	17024415	500	17028758	17029257	500	17023911	17023915	caaag	17029258	17029262	caaag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__17023916_17029257	5352	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	62	0.0116061400224635	251	0.0469861475102958	860	0.160988393859978	14	0.00262074129539498	0	9	0.018	17	0.034	77	0.154	2	0.004	0	9	0.018	17	0.034	77	0.154	2	0.004	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon70	NA	84.05	(84,86]	Retrotrans_gag/rve	3	1	17054990	17060023	+	5034	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17054990	17055151	162	17059861	17060023	163	17054986	17054989	agtc	17060024	17060027	agtc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__17054990_17060023	5042	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	67	0.0133094954310687	159	0.031585220500596	674	0.133889551052841	20	0.00397298371076679	0	1	0.00613496932515337	1	0.00613496932515337	21	0.128834355828221	0	0	0	1	0.00613496932515337	1	0.00613496932515337	21	0.128834355828221	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon71	NA	83.9	(82,84]	NA	0	1	17156581	17161059	.	4479	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17156581	17156689	109	17160942	17161059	118	17156577	17156580	tata	17161060	17161063	tata	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__17156581_17161059	4487	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	81	0.0180843938379102	141	0.0314802411252512	630	0.14065639651708	20	0.00446528242911364	0	5	0.0423728813559322	2	0.0169491525423729	14	0.11864406779661	1	0.00847457627118644	0	5	0.0423728813559322	2	0.0169491525423729	14	0.11864406779661	1	0.00847457627118644	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon72	NA	96.15	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	3	1	17247721	17252580	-	4860	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17247721	17247849	129	17252451	17252580	130	17247717	17247720	tcat	17252581	17252584	tcat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__17247721_17252580	4868	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	210	0.0432098765432099	152	0.0312757201646091	796	0.163786008230453	57	0.0117283950617284	0	3	0.0232558139534884	0	0	18	0.13953488372093	0	0	0	3	0.0232558139534884	0	0	18	0.13953488372093	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon73	NA	97.85	(96,98]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	6	1	17255285	17265290	+	10006	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17255285	17255701	417	17264872	17265290	419	17255281	17255284	taag	17265291	17265294	taag	NA	NA	NA	NA	NA	17255705	17255720	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Asn-GTT-3-1 (chr1.trna168-AsnGTT) chr1:26049478-26049551 (+) Asn (GTT) 74 bp Sc: 81.8	cgctagaaggaggggt	3	0	0	1_CHROMOSOME_dumped__17255285_17265290	10014	NA	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	605	0.0604637217669398	444	0.0443733759744154	1336	0.13351988806716	152	0.0151908854687188	0	27	0.0644391408114559	14	0.0334128878281623	38	0.0906921241050119	6	0.0143198090692124	0	27	0.0644391408114559	14	0.0334128878281623	38	0.0906921241050119	6	0.0143198090692124	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon74	NA	97.56	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	3	1	17520596	17525126	+	4531	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17520596	17520758	163	17524963	17525126	164	17520592	17520595	attc	17525127	17525130	attc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__17520596_17525126	4539	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	75	0.0165526373868903	179	0.0395056278967115	585	0.129110571617744	18	0.00397263297285367	0	1	0.00609756097560976	3	0.0182926829268293	18	0.109756097560976	1	0.00609756097560976	0	1	0.00609756097560976	3	0.0182926829268293	18	0.109756097560976	1	0.00609756097560976	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon75	NA	98.49	(98,100]	NA	0	1	17528667	17536139	-	7473	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17528667	17529197	531	17535610	17536139	530	17528663	17528666	gaga	17536140	17536143	gaga	NA	NA	NA	NA	NA	17535589	17535604	-	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Lys-CTT-2-3 (chr1.trna225-LysCTT) chr1:5518062-5518134 (-) Lys (CTT) 73 bp Sc: 83.1	cgcccaccgtggggct	5	0	0	1_CHROMOSOME_dumped__17528667_17536139	7481	NA	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	437	0.0584771845309782	275	0.0367991435835675	1527	0.204335608189482	104	0.0139167670279673	0	21	0.0395480225988701	22	0.0414312617702448	89	0.167608286252354	7	0.0131826741996234	0	21	0.0395480225988701	22	0.0414312617702448	89	0.167608286252354	7	0.0131826741996234	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon76	NA	80.65	(80,82]	NA	1	1	17574998	17592212	.	17215	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17574998	17575245	248	17591982	17592212	231	17574994	17574997	gctt	17592213	17592216	gctt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__17574998_17592212	17223	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	347	0.0201568399651467	336	0.0195178623293639	2171	0.126110949753122	61	0.00354342143479524	0	7	0.0303030303030303	4	0.0173160173160173	38	0.164502164502165	1	0.00432900432900433	0	7	0.0303030303030303	4	0.0173160173160173	38	0.164502164502165	1	0.00432900432900433	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon77	NA	93.83	(92,94]	NA	3	1	17606460	17612336	.	5877	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17606460	17606778	319	17612013	17612336	324	17606456	17606459	aagg	17612337	17612340	aagg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__17606460_17612336	5885	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	178	0.0302875616811298	171	0.0290964777947933	946	0.160966479496342	36	0.00612557427258806	0	5	0.0154320987654321	10	0.0308641975308642	35	0.108024691358025	1	0.00308641975308642	0	5	0.0154320987654321	10	0.0308641975308642	35	0.108024691358025	1	0.00308641975308642	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon78	NA	88.82	(88,90]	NA	3	1	18198315	18206598	.	8284	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18198315	18198941	627	18205955	18206598	644	18198311	18198314	aatt	18206599	18206602	aatt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__18198315_18206598	8292	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	106	0.0127957508450024	225	0.0271607918879768	1249	0.150772573635925	22	0.00265572187349107	0	19	0.0295031055900621	28	0.0434782608695652	113	0.175465838509317	2	0.0031055900621118	0	19	0.0295031055900621	28	0.0434782608695652	113	0.175465838509317	2	0.0031055900621118	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon79	NA	83.78	(82,84]	NA	0	1	18552993	18557995	-	5003	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18552993	18553100	108	18557885	18557995	111	18552989	18552992	aata	18557996	18557999	aata	18553087	18553106	aaagaaaaaacaaaacaaaa	-	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__18552993_18557995	5011	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	93	0.0185888466919848	100	0.0199880071956826	636	0.127123725764541	16	0.00319808115130921	0	4	0.037037037037037	4	0.037037037037037	20	0.185185185185185	0	0	0	4	0.037037037037037	4	0.037037037037037	20	0.185185185185185	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon80	NA	86.8	(86,88]	NA	2	1	18639849	18648168	.	8320	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18639849	18640666	818	18647359	18648168	810	18639843	18639848	taatgg	18648169	18648174	taatgg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__18639849_18648168	8332	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	146	0.0175480769230769	155	0.0186298076923077	993	0.119350961538462	30	0.00360576923076923	0	17	0.0209876543209877	14	0.0172839506172839	85	0.104938271604938	1	0.00123456790123457	0	17	0.0209876543209877	14	0.0172839506172839	85	0.104938271604938	1	0.00123456790123457	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon81	NA	97.94	(96,98]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	7	1	18962095	18971496	-	9402	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18962095	18962530	436	18971065	18971496	432	18962091	18962094	taac	18971497	18971500	taac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__18962095_18971496	9410	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	585	0.0622208040842374	431	0.045841310359498	1287	0.136885768985322	152	0.0161667730270155	0	29	0.0665137614678899	12	0.0275229357798165	52	0.119266055045872	7	0.0160550458715596	0	29	0.0665137614678899	12	0.0275229357798165	52	0.119266055045872	7	0.0160550458715596	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon82	NA	88.41	(88,90]	NA	0	1	18996885	19001831	.	4947	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18996885	18997156	272	19001556	19001831	276	18996881	18996884	acat	19001832	19001835	acat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__18996885_19001831	4955	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	67	0.0135435617545987	64	0.0129371336163331	593	0.119870628663837	10	0.00202142712755205	0	4	0.0144927536231884	3	0.0108695652173913	45	0.16304347826087	0	0	0	4	0.0144927536231884	3	0.0108695652173913	45	0.16304347826087	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon83	NA	95.59	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	1	1	20085162	20090239	+	5078	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	20085162	20085487	326	20089900	20090239	340	20085158	20085161	attt	20090240	20090243	attt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__20085162_20090239	5086	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	96	0.018905080740449	221	0.0435210712879086	840	0.165419456478929	20	0.00393855848759354	0	12	0.0352941176470588	17	0.05	60	0.176470588235294	3	0.00882352941176471	0	12	0.0352941176470588	17	0.05	60	0.176470588235294	3	0.00882352941176471	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon84	NA	93.15	(92,94]	Retrotrans_gag/rve	1	1	21244323	21249201	-	4879	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21244323	21244468	146	21249061	21249201	141	21244319	21244322	ggag	21249202	21249205	ggag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__21244323_21249201	4887	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	191	0.0391473662635786	179	0.0366878458700553	746	0.15290018446403	50	0.0102480016396803	0	3	0.0205479452054795	2	0.0136986301369863	21	0.143835616438356	1	0.00684931506849315	0	3	0.0205479452054795	2	0.0136986301369863	21	0.143835616438356	1	0.00684931506849315	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon85	NA	91.25	(90,92]	NA	2	1	21318903	21325509	+	6607	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21318903	21319496	594	21324929	21325509	581	21318899	21318902	tgat	21325510	21325513	tgat	21324920	21324933	aaaaagagagaaaa	+	4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__21318903_21325509	6615	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	147	0.0222491297109127	136	0.0205842288481913	841	0.127289238686242	23	0.00348115634932647	0	19	0.0327022375215146	17	0.0292598967297763	109	0.187607573149742	4	0.00688468158347676	0	19	0.0327022375215146	17	0.0292598967297763	109	0.187607573149742	4	0.00688468158347676	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon86	NA	99.46	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	2	1	21346162	21351041	-	4880	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21346162	21346346	185	21350857	21351041	185	21346157	21346161	gaaat	21351042	21351046	gaaat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__21346162_21351041	4890	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	159	0.0325819672131148	160	0.0327868852459016	628	0.128688524590164	29	0.00594262295081967	0	3	0.0162162162162162	2	0.0108108108108108	24	0.12972972972973	0	0	0	3	0.0162162162162162	2	0.0108108108108108	24	0.12972972972973	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon87	NA	79.69	(78,80]	NA	2	1	21438251	21442649	-	4399	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21438251	21438544	294	21442330	21442649	320	21438247	21438250	gatc	21442650	21442653	gatc	21438568	21438575	gagaagag	-	24	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__21438251_21442649	4407	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	83	0.0188679245283019	111	0.0252330075017049	581	0.132075471698113	11	0.00250056831097977	0	8	0.0272108843537415	9	0.0306122448979592	63	0.214285714285714	2	0.00680272108843537	0	8	0.0272108843537415	9	0.0306122448979592	63	0.214285714285714	2	0.00680272108843537	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon88	NA	85.94	(84,86]	NA	1	1	21930876	21937598	.	6723	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21930876	21931066	191	21937407	21937598	192	21930872	21930875	gcag	21937599	21937602	gcag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__21930876_21937598	6731	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	163	0.0242451286627993	134	0.0199315781645099	832	0.123754276364718	34	0.00505726610144281	0	10	0.0520833333333333	0	0	18	0.09375	0	0	0	10	0.0520833333333333	0	0	18	0.09375	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon89	NA	82.89	(82,84]	NA	1	1	21947272	21951934	.	4663	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21947272	21947415	144	21951783	21951934	152	21947268	21947271	ggta	21951935	21951938	ggta	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__21947272_21951934	4671	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	79	0.0169418829079991	71	0.0152262491957967	520	0.111516191293159	14	0.00300235899635428	0	4	0.0263157894736842	6	0.0394736842105263	16	0.105263157894737	3	0.0197368421052632	0	4	0.0263157894736842	6	0.0394736842105263	16	0.105263157894737	3	0.0197368421052632	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon90	NA	97.32	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	4	1	22100643	22105329	-	4687	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22100643	22100754	112	22105218	22105329	112	22100639	22100642	atcc	22105330	22105333	atcc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__22100643_22105329	4695	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	190	0.0405376573501173	170	0.0362705355237892	991	0.211435886494559	65	0.0138681459355665	0	1	0.00892857142857143	0	0	15	0.133928571428571	0	0	0	1	0.00892857142857143	0	0	15	0.133928571428571	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon91	NA	88.74	(88,90]	NA	0	1	22272951	22280403	-	7453	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22272951	22273181	231	22280181	22280403	223	22272947	22272950	gcat	22280404	22280407	gcat	22273154	22273163	aaggagagag	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__22272951_22280403	7461	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	150	0.0201261237085737	213	0.0285790956661747	963	0.129209714209043	30	0.00402522474171475	0	8	0.0346320346320346	6	0.025974025974026	27	0.116883116883117	1	0.00432900432900433	0	8	0.0346320346320346	6	0.025974025974026	27	0.116883116883117	1	0.00432900432900433	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon92	NA	90.46	(90,92]	NA	1	1	22619338	22624555	.	5218	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22619338	22619723	386	22624147	22624555	409	22619334	22619337	ctct	22624556	22624559	ctct	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__22619338_22624555	5226	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	102	0.0195477194327328	96	0.0183978535837486	589	0.112878497508624	18	0.00344959754695286	0	9	0.0220048899755501	11	0.0268948655256724	69	0.168704156479218	1	0.00244498777506112	0	9	0.0220048899755501	11	0.0268948655256724	69	0.168704156479218	1	0.00244498777506112	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon93	NA	83.95	(82,84]	NA	0	1	22831590	22837366	+	5777	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22831590	22831751	162	22837210	22837366	157	22831586	22831589	aaat	22837367	22837370	aaat	22837219	22837236	agagagaacaaaagggaa	+	26	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__22831590_22837366	5785	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	109	0.0188679245283019	105	0.0181755236281807	623	0.107841440193872	23	0.00398130517569673	0	3	0.0191082802547771	3	0.0191082802547771	15	0.0955414012738854	1	0.00636942675159236	0	3	0.0191082802547771	3	0.0191082802547771	15	0.0955414012738854	1	0.00636942675159236	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon94	NA	92.1	(92,94]	NA	0	1	22941592	22946917	.	5326	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22941592	22942261	670	22946247	22946917	671	22941588	22941591	gatt	22946918	22946921	gatt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__22941592_22946917	5334	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	119	0.022343221930154	137	0.0257228689447991	688	0.129177619226436	24	0.00450619601952685	0	15	0.022354694485842	24	0.0357675111773472	99	0.147540983606557	1	0.0014903129657228	0	15	0.022354694485842	24	0.0357675111773472	99	0.147540983606557	1	0.0014903129657228	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon95	NA	88.11	(88,90]	NA	4	1	23000655	23008290	.	7636	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	23000655	23001268	614	23007682	23008290	609	23000651	23000654	gatg	23008291	23008294	gatg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__23000655_23008290	7644	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	181	0.0237035096909377	168	0.0220010476689366	948	0.124148768988999	34	0.00445259298061812	0	17	0.0279146141215107	21	0.0344827586206897	94	0.154351395730706	6	0.00985221674876847	0	17	0.0279146141215107	21	0.0344827586206897	94	0.154351395730706	6	0.00985221674876847	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon96	NA	96.4	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	3	1	23118242	23123215	+	4974	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	23118242	23118620	379	23122827	23123215	389	23118238	23118241	atgg	23123216	23123219	atgg	23122827	23122835	gaaggaggg	+	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__23118242_23123215	4982	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	135	0.0271411338962606	182	0.0365902694008846	852	0.171290711700844	39	0.00784077201447527	0	5	0.012853470437018	12	0.0308483290488432	54	0.138817480719794	2	0.0051413881748072	0	5	0.012853470437018	12	0.0308483290488432	54	0.138817480719794	2	0.0051413881748072	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon97	NA	85.64	(84,86]	NA	2	1	23569996	23575851	-	5856	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	23569996	23570197	202	23575657	23575851	195	23569992	23569995	gttt	23575852	23575855	gttt	23570172	23570187	agaggagaaggaaaca	-	25	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__23569996_23575851	5864	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	150	0.0256147540983607	121	0.0206625683060109	593	0.101263661202186	21	0.00358606557377049	0	8	0.0396039603960396	7	0.0346534653465347	24	0.118811881188119	0	0	0	8	0.0396039603960396	7	0.0346534653465347	24	0.118811881188119	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon98	NA	81.15	(80,82]	NA	3	1	23646949	23653338	-	6390	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	23646949	23647065	117	23653217	23653338	122	23646945	23646948	tttc	23653339	23653342	tttc	23647075	23647096	aaaagagagaaaaaaaaaggaa	-	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__23646949_23653338	6398	22	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	130	0.0203442879499218	172	0.0269170579029734	926	0.14491392801252	25	0.00391236306729264	0	3	0.0256410256410256	2	0.0170940170940171	22	0.188034188034188	1	0.00854700854700855	0	3	0.0256410256410256	2	0.0170940170940171	22	0.188034188034188	1	0.00854700854700855	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon99	NA	85.49	(84,86]	NA	4	1	24506842	24514619	.	7778	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	24506842	24507034	193	24514429	24514619	191	24506838	24506841	tcgt	24514620	24514623	tcgt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__24506842_24514619	7786	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	216	0.0277706351247107	162	0.020827976343533	1088	0.13988171766521	47	0.00604268449472872	0	11	0.0575916230366492	4	0.0209424083769634	21	0.109947643979058	2	0.0104712041884817	0	11	0.0575916230366492	4	0.0209424083769634	21	0.109947643979058	2	0.0104712041884817	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon100	NA	85.39	(84,86]	NA	1	1	24873949	24879663	-	5715	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	24873949	24874256	308	24879362	24879663	302	24873945	24873948	aaga	24879664	24879667	aaga	24874249	24874257	ggaagaaga	-	7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__24873949_24879663	5723	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	122	0.0213473315835521	95	0.0166229221347332	717	0.125459317585302	26	0.00454943132108486	0	16	0.051948051948052	10	0.0324675324675325	48	0.155844155844156	3	0.00974025974025974	0	16	0.051948051948052	10	0.0324675324675325	48	0.155844155844156	3	0.00974025974025974	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon101	NA	88.51	(88,90]	NA	0	1	24938566	24945901	.	7336	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	24938566	24938861	296	24945614	24945901	288	24938562	24938565	aatt	24945902	24945905	aatt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__24938566_24945901	7344	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	117	0.015948745910578	111	0.0151308615049073	870	0.118593238822246	25	0.00340785169029444	0	7	0.0243055555555556	9	0.03125	43	0.149305555555556	5	0.0173611111111111	0	7	0.0243055555555556	9	0.03125	43	0.149305555555556	5	0.0173611111111111	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon102	NA	78.21	(78,80]	NA	2	1	25265020	25271109	.	6090	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	25265020	25265175	156	25270960	25271109	150	25265016	25265019	ctaa	25271110	25271113	ctaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__25265020_25271109	6098	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	131	0.0215106732348112	136	0.0223316912972085	826	0.135632183908046	30	0.00492610837438424	0	2	0.0133333333333333	3	0.02	24	0.16	0	0	0	2	0.0133333333333333	3	0.02	24	0.16	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon103	NA	95.75	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	1	1	26366608	26371676	+	5069	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	26366608	26366819	212	26371465	26371676	212	26366604	26366607	attt	26371677	26371680	attt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__26366608_26371676	5077	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	80	0.0157822055632275	173	0.0341290195304794	758	0.14953639771158	15	0.00295916354310515	0	0	0	3	0.0141509433962264	19	0.089622641509434	0	0	0	0	0	3	0.0141509433962264	19	0.089622641509434	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon104	NA	83.57	(82,84]	NA	4	1	27199829	27210847	-	11019	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	27199829	27199968	140	27210713	27210847	135	27199825	27199828	acga	27210848	27210851	acga	27199981	27199994	gaatgggaaagagg	-	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__27199829_27210847	11027	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	234	0.0212360468282058	414	0.0375714674652872	1392	0.126327252926763	47	0.0042653598330157	0	6	0.0428571428571429	4	0.0285714285714286	35	0.25	1	0.00714285714285714	0	6	0.0428571428571429	4	0.0285714285714286	35	0.25	1	0.00714285714285714	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon105	NA	83.04	(82,84]	NA	0	1	27829437	27835759	.	6323	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	27829437	27829719	283	27835493	27835759	267	27829433	27829436	gtcc	27835760	27835763	gtcc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__27829437_27835759	6331	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	188	0.0297327218092678	157	0.0248299857662502	711	0.112446623438241	51	0.00806579155464178	0	8	0.0299625468164794	15	0.0561797752808989	44	0.164794007490637	2	0.00749063670411985	0	8	0.0299625468164794	15	0.0561797752808989	44	0.164794007490637	2	0.00749063670411985	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon106	NA	86.23	(86,88]	NA	3	1	27930411	27936476	.	6066	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	27930411	27931100	690	27935793	27936476	684	27930407	27930410	cgta	27936477	27936480	cgta	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__27930411_27936476	6074	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	176	0.0290141773821299	162	0.0267062314540059	816	0.134520276953511	52	0.00857237059017475	0	24	0.0350877192982456	27	0.0394736842105263	82	0.119883040935673	9	0.0131578947368421	0	24	0.0350877192982456	27	0.0394736842105263	82	0.119883040935673	9	0.0131578947368421	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon107	NA	79.04	(78,80]	NA	0	1	28501879	28506082	.	4204	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	28501879	28502042	164	28505916	28506082	167	28501875	28501878	gaag	28506083	28506086	gaag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__28501879_28506082	4212	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	91	0.0216460513796384	81	0.019267364414843	450	0.107040913415794	20	0.00475737392959087	0	4	0.0239520958083832	7	0.0419161676646707	17	0.101796407185629	0	0	0	4	0.0239520958083832	7	0.0419161676646707	17	0.101796407185629	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon108	NA	92.81	(92,94]	NA	0	1	29587846	29595895	.	8050	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	29587846	29587984	139	29595759	29595895	137	29587842	29587845	tctt	29595896	29595899	tctt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__29587846_29595895	8058	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	187	0.0232298136645963	225	0.0279503105590062	1024	0.127204968944099	32	0.00397515527950311	0	2	0.0145985401459854	8	0.0583941605839416	16	0.116788321167883	0	0	0	2	0.0145985401459854	8	0.0583941605839416	16	0.116788321167883	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon109	NA	91.26	(90,92]	NA	2	1	29642083	29647526	.	5444	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	29642083	29643422	1340	29646177	29647526	1350	29642079	29642082	gttg	29647527	29647530	gttg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__29642083_29647526	5452	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	224	0.0411462160176341	139	0.0255326965466569	713	0.130969875091844	45	0.00826598089639971	0	82	0.0607407407407407	42	0.0311111111111111	197	0.145925925925926	17	0.0125925925925926	0	82	0.0607407407407407	42	0.0311111111111111	197	0.145925925925926	17	0.0125925925925926	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon110	NA	85.59	(84,86]	NA	1	1	29700884	29707698	.	6815	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	29700884	29700998	115	29707581	29707698	118	29700880	29700883	tgtt	29707699	29707702	tgtt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__29700884_29707698	6823	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	152	0.0223037417461482	145	0.0212765957446809	842	0.123550990462216	27	0.00396184886280264	0	3	0.0254237288135593	4	0.0338983050847458	17	0.144067796610169	1	0.00847457627118644	0	3	0.0254237288135593	4	0.0338983050847458	17	0.144067796610169	1	0.00847457627118644	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon111	NA	91.6	(90,92]	NA	0	1	30419866	30424328	-	4463	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	30419866	30420115	250	30424084	30424328	245	30419862	30419865	gaaa	30424329	30424332	gaaa	30420123	30420130	gagagaaa	-	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	1_CHROMOSOME_dumped__30419866_30424328	4471	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	124	0.0277840017925162	145	0.0324893569347972	634	0.142056912390769	22	0.00492941967286579	0	3	0.012	4	0.016	31	0.124	0	0	0	3	0.012	4	0.016	31	0.124	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon112	NA	90.24	(90,92]	NA	0	2	2080	10521	.	8442	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2080	2243	164	10370	10521	152	2076	2079	ctcg	10522	10525	ctcg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__2080_10521	8450	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	627	0.074271499644634	364	0.0431177446102819	952	0.112769485903814	157	0.0185974887467425	0	10	0.0657894736842105	8	0.0526315789473684	8	0.0526315789473684	1	0.00657894736842105	0	10	0.0657894736842105	8	0.0526315789473684	8	0.0526315789473684	1	0.00657894736842105	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon113	NA	90.93	(90,92]	NA	3	2	167975	174024	.	6050	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	167975	168390	416	173606	174024	419	167971	167974	tggc	174025	174028	tggc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__167975_174024	6058	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	157	0.0259504132231405	172	0.0284297520661157	909	0.150247933884298	47	0.00776859504132231	0	16	0.0381861575178998	15	0.035799522673031	44	0.105011933174224	2	0.00477326968973747	0	16	0.0381861575178998	15	0.035799522673031	44	0.105011933174224	2	0.00477326968973747	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon114	NA	71.77	[70,72]	NA	2	2	593307	610013	+	16707	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	593307	593428	122	609890	610013	124	593303	593306	tacg	610014	610017	tacg	609859	609869	gacggaagaaa	+	21	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__593307_610013	16715	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	367	0.0219668402466032	351	0.021009157838032	2369	0.141796851619082	72	0.00430957083857066	0	9	0.0725806451612903	6	0.0483870967741935	12	0.0967741935483871	4	0.032258064516129	0	9	0.0725806451612903	6	0.0483870967741935	12	0.0967741935483871	4	0.032258064516129	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon115	NA	80.75	(80,82]	NA	1	2	611690	617410	-	5721	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	611690	611954	265	617170	617410	241	611686	611689	ggaa	617411	617414	ggaa	611953	611962	aaaaaaggga	-	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__611690_617410	5729	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	146	0.0255200139835693	112	0.0195769970284915	609	0.106449921342423	29	0.0050690438734487	0	11	0.0415094339622641	7	0.0264150943396226	42	0.158490566037736	4	0.0150943396226415	0	11	0.0415094339622641	7	0.0264150943396226	42	0.158490566037736	4	0.0150943396226415	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon116	NA	89.14	(88,90]	NA	0	2	775782	782412	.	6631	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	775782	775952	171	782238	782412	175	775778	775781	caaa	782413	782416	caaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__775782_782412	6639	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	130	0.0196048861408536	209	0.0315186246418338	1011	0.152465691449254	20	0.00301613632936209	0	0	0	11	0.0628571428571429	31	0.177142857142857	0	0	0	0	0	11	0.0628571428571429	31	0.177142857142857	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon117	NA	94.51	(94,96]	NA	0	2	909733	914339	-	4607	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	909733	909896	164	914176	914339	164	909729	909732	agtt	914340	914343	agtt	909869	909885	agagaaagagatagaag	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__909733_914339	4615	17	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	66	0.0143260256131973	55	0.0119383546776644	584	0.126763620577382	7	0.00151942695897547	0	1	0.00609756097560976	1	0.00609756097560976	13	0.0792682926829268	0	0	0	1	0.00609756097560976	1	0.00609756097560976	13	0.0792682926829268	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon118	NA	81.53	(80,82]	NA	1	2	959966	964731	.	4766	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	959966	960214	249	964487	964731	245	959962	959965	ggat	964732	964735	ggat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__959966_964731	4774	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	145	0.0304238355014687	80	0.0167855644146034	576	0.120856063785145	27	0.00566512798992866	0	11	0.0448979591836735	9	0.036734693877551	28	0.114285714285714	1	0.00408163265306122	0	11	0.0448979591836735	9	0.036734693877551	28	0.114285714285714	1	0.00408163265306122	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon119	NA	83.1	(82,84]	NA	1	2	975729	990317	.	14589	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	975729	975870	142	990188	990317	130	975725	975728	ctgt	990318	990321	ctgt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__975729_990317	14597	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	405	0.0277606415792721	312	0.0213859757351429	1860	0.127493316882583	88	0.00603194187401467	0	4	0.0307692307692308	1	0.00769230769230769	30	0.230769230769231	0	0	0	4	0.0307692307692308	1	0.00769230769230769	30	0.230769230769231	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon120	NA	87.14	(86,88]	NA	0	2	1235983	1250415	-	14433	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1235983	1236192	210	1250213	1250415	203	1235979	1235982	acct	1250416	1250419	acct	1236167	1236176	aaaaggaaaa	-	25	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__1235983_1250415	14441	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	265	0.0183607011709277	241	0.0166978452158248	1548	0.107254209104136	56	0.00387999722857341	0	4	0.019047619047619	4	0.019047619047619	19	0.0904761904761905	1	0.00476190476190476	0	4	0.019047619047619	4	0.019047619047619	19	0.0904761904761905	1	0.00476190476190476	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon121	NA	84.87	(84,86]	NA	0	2	1292790	1297013	+	4224	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1292790	1292935	146	1296862	1297013	152	1292785	1292789	aactg	1297014	1297018	aactg	1296861	1296880	aaaaacaaaaaggaaagaaa	+	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__1292790_1297013	4234	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	56	0.0132575757575758	73	0.017282196969697	508	0.120265151515152	14	0.00331439393939394	0	2	0.0131578947368421	3	0.0197368421052632	17	0.111842105263158	1	0.00657894736842105	0	2	0.0131578947368421	3	0.0197368421052632	17	0.111842105263158	1	0.00657894736842105	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon122	NA	97.8	(96,98]	NA	3	2	1388832	1393901	+	5070	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1388832	1389013	182	1393720	1393901	182	1388827	1388831	gttat	1393902	1393906	gttat	1393724	1393746	agaaaagaagaagaagaggaaga	+	26	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__1388832_1393901	5080	23	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	110	0.0216962524654832	113	0.0222879684418146	698	0.13767258382643	15	0.0029585798816568	0	0	0	1	0.00549450549450549	19	0.104395604395604	0	0	0	0	0	1	0.00549450549450549	19	0.104395604395604	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon123	NA	94.67	(94,96]	NA	0	2	1395261	1399523	-	4263	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1395261	1395428	168	1399355	1399523	169	1395257	1395260	aaaa	1399524	1399527	aaaa	1395401	1395411	agagaaagagg	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__1395261_1399523	4271	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	63	0.0147783251231527	47	0.0110250996950504	535	0.12549847525217	8	0.00187661271405114	0	1	0.00595238095238095	1	0.00595238095238095	17	0.101190476190476	0	0	0	1	0.00595238095238095	1	0.00595238095238095	17	0.101190476190476	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon124	NA	89.26	(88,90]	NA	1	2	1523655	1531024	.	7370	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1523655	1523767	113	1530904	1531024	121	1523651	1523654	attt	1531025	1531028	attt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__1523655_1531024	7378	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	165	0.0223880597014925	159	0.0215739484396201	913	0.123880597014925	35	0.00474898236092266	0	1	0.00826446280991736	3	0.0247933884297521	20	0.165289256198347	0	0	0	1	0.00826446280991736	3	0.0247933884297521	20	0.165289256198347	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon125	NA	83.9	(82,84]	Retrotrans_gag/rve	4	2	1557140	1562062	-	4923	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1557140	1557257	118	1561960	1562062	103	1557136	1557139	attt	1562063	1562066	attt	1557249	1557277	aagtacatgccatcttgagggggcataat	-	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__1557140_1562062	4931	29	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	88	0.0178752793012391	177	0.0359536867763559	611	0.124111314239285	21	0.00426569165143205	0	2	0.0169491525423729	4	0.0338983050847458	11	0.0932203389830508	2	0.0169491525423729	0	2	0.0169491525423729	4	0.0338983050847458	11	0.0932203389830508	2	0.0169491525423729	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon126	NA	96.31	(96,98]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	4	2	1629671	1637490	-	7820	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1629671	1630786	1116	1636354	1637490	1137	1629667	1629670	tttt	1637491	1637494	tttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__1629671_1637490	7828	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	300	0.0383631713554987	314	0.040153452685422	588	0.0751918158567775	49	0.00626598465473146	0	40	0.03584229390681	29	0.0259856630824373	69	0.0618279569892473	5	0.00448028673835125	0	40	0.03584229390681	29	0.0259856630824373	69	0.0618279569892473	5	0.00448028673835125	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon127	NA	98.97	(98,100]	RVT_1	2	2	1882607	1887821	+	5215	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1882607	1883377	771	1887044	1887821	778	1882603	1882606	tatt	1887822	1887825	tatt	1887028	1887046	gacaaaaaaaaaaaaagaa	+	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__1882607_1887821	5223	19	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	164	0.0314477468839885	161	0.0308724832214765	778	0.149185043144775	28	0.00536912751677852	0	23	0.0295629820051414	12	0.0154241645244216	101	0.129820051413882	1	0.0012853470437018	0	23	0.0295629820051414	12	0.0154241645244216	101	0.129820051413882	1	0.0012853470437018	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon128	NA	94.95	(94,96]	rve	3	2	1970254	1974960	+	4707	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1970254	1970550	297	1974674	1974960	287	1970250	1970253	caaa	1974961	1974964	caaa	1974685	1974693	aaaggggag	+	19	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__1970254_1974960	4715	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	86	0.0182706607180795	108	0.0229445506692161	542	0.115147652432547	17	0.00361164223496919	0	0	0	0	0	27	0.0940766550522648	0	0	0	0	0	0	0	27	0.0940766550522648	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon129	NA	94.59	(94,96]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	3	2	2075307	2080607	-	5301	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2075307	2075631	325	2080275	2080607	333	2075303	2075306	gtaa	2080608	2080611	gtaa	2075648	2075656	caaggttct	-	17	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__2075307_2080607	5309	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	110	0.0207508017355216	193	0.0364082248632333	577	0.108847387285418	22	0.00415016034710432	0	10	0.0307692307692308	10	0.0307692307692308	37	0.113846153846154	2	0.00615384615384615	0	10	0.0307692307692308	10	0.0307692307692308	37	0.113846153846154	2	0.00615384615384615	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon130	NA	98.01	(98,100]	NA	3	2	2274202	2280048	+	5847	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2274202	2274752	551	2279497	2280048	552	2274198	2274201	aaaa	2280049	2280052	aaaa	2279483	2279495	aaaaagggggaga	+	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__2274202_2280048	5855	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	96	0.0164186762442278	213	0.0364289379168805	588	0.100564391995895	21	0.00359158542842483	0	12	0.0217391304347826	20	0.036231884057971	48	0.0869565217391304	3	0.00543478260869565	0	12	0.0217391304347826	20	0.036231884057971	48	0.0869565217391304	3	0.00543478260869565	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon131	NA	96.21	(96,98]	rve	2	2	2302464	2307170	+	4707	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2302464	2302753	290	2306882	2307170	289	2302460	2302463	agaa	2307171	2307174	agaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__2302464_2307170	4715	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	99	0.0210325047801147	109	0.0231570002124495	578	0.122795835988953	19	0.00403654132143616	0	0	0	0	0	27	0.0934256055363322	0	0	0	0	0	0	0	27	0.0934256055363322	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon132	NA	95	(94,96]	rve	2	2	2745600	2752272	+	6673	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2745600	2745717	118	2752153	2752272	120	2745595	2745599	ccttt	2752273	2752277	ccttt	2752142	2752152	gaggggggggg	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__2745600_2752272	6683	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	239	0.0358159748239173	199	0.0298216694140566	1008	0.151056496328488	51	0.00764273939757231	0	0	0	1	0.00833333333333333	14	0.116666666666667	0	0	0	0	0	1	0.00833333333333333	14	0.116666666666667	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon133	NA	85.42	(84,86]	rve	2	2	2844749	2849616	-	4868	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2844749	2845033	285	2849322	2849616	295	2844745	2844748	gaat	2849617	2849620	gaat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__2844749_2849616	4876	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	92	0.018898931799507	159	0.0326622843056697	479	0.0983976992604766	16	0.00328677074774034	0	14	0.0491228070175439	13	0.0456140350877193	19	0.0666666666666667	6	0.0210526315789474	0	14	0.0491228070175439	13	0.0456140350877193	19	0.0666666666666667	6	0.0210526315789474	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon134	NA	96.64	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	1	2	2858551	2864192	-	5642	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2858551	2859321	771	2863420	2864192	773	2858547	2858550	ctca	2864193	2864196	ctca	2859325	2859335	cagctaatcca	-	4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__2858551_2864192	5650	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	87	0.0154200638071606	247	0.043778801843318	946	0.167671038638781	14	0.00248138957816377	0	12	0.0155642023346304	25	0.0324254215304799	105	0.136186770428016	2	0.00259403372243839	0	12	0.0155642023346304	25	0.0324254215304799	105	0.136186770428016	2	0.00259403372243839	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon135	NA	100	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	2	2	2902330	2907117	+	4788	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2902330	2902486	157	2906961	2907117	157	2902325	2902329	caaat	2907118	2907122	caaat	2906952	2906960	gagggggag	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__2902330_2907117	4798	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	164	0.0342522974101921	141	0.0294486215538847	650	0.135756056808688	31	0.00647451963241437	0	2	0.0127388535031847	1	0.00636942675159236	17	0.10828025477707	0	0	0	2	0.0127388535031847	1	0.00636942675159236	17	0.10828025477707	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon136	NA	83.25	(82,84]	NA	2	2	2911997	2919582	.	7586	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2911997	2912190	194	2919386	2919582	197	2911993	2911996	taca	2919583	2919586	taca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__2911997_2919582	7594	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	117	0.0154231479040337	112	0.014764039019246	822	0.108357500659109	24	0.00316372264698128	0	3	0.0152284263959391	2	0.0101522842639594	10	0.050761421319797	1	0.0050761421319797	0	3	0.0152284263959391	2	0.0101522842639594	10	0.050761421319797	1	0.0050761421319797	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon137	NA	97.06	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	2	2	3083903	3089468	-	5566	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3083903	3084406	504	3088958	3089468	511	3083899	3083902	ctat	3089469	3089472	ctat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__3083903_3089468	5574	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	136	0.0244340639597557	82	0.0147323032698527	938	0.168523176428315	47	0.00844412504491556	0	16	0.0317460317460317	7	0.0138888888888889	95	0.188492063492063	6	0.0119047619047619	0	16	0.0317460317460317	7	0.0138888888888889	95	0.188492063492063	6	0.0119047619047619	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon138	NA	97.5	(96,98]	rve	1	2	3160549	3166281	-	5733	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3160549	3161267	719	3165569	3166281	713	3160545	3160548	aaga	3166282	3166285	aaga	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__3160549_3166281	5741	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	83	0.0144775859061573	223	0.0388976103261818	631	0.110064538635967	11	0.00191871620443049	0	13	0.0180806675938804	21	0.0292072322670376	88	0.122392211404729	1	0.00139082058414465	0	13	0.0180806675938804	21	0.0292072322670376	88	0.122392211404729	1	0.00139082058414465	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon139	NA	90.91	(90,92]	rve/RVT_1	8	2	3221681	3238915	-	17235	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3221681	3222246	566	3238344	3238915	572	3221677	3221680	aaca	3238916	3238919	aaca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__3221681_3238915	17243	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	611	0.0354511169132579	513	0.0297650130548303	1928	0.111865390194372	135	0.00783289817232376	0	7	0.0123674911660777	12	0.0212014134275618	81	0.143109540636042	0	0	0	7	0.0123674911660777	12	0.0212014134275618	81	0.143109540636042	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon140	NA	96.63	(96,98]	NA	2	2	3270279	3289109	.	18831	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3270279	3270482	204	3288902	3289109	208	3270275	3270278	tttg	3289110	3289113	tttg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__3270279_3289109	18839	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	686	0.036429292124688	726	0.0385534490998885	2613	0.138760554404971	187	0.00993043385906218	0	9	0.0432692307692308	2	0.00961538461538462	14	0.0673076923076923	1	0.00480769230769231	0	9	0.0432692307692308	2	0.00961538461538462	14	0.0673076923076923	1	0.00480769230769231	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon141	NA	91.15	(90,92]	rve	1	2	3367929	3386289	-	18361	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3367929	3368154	226	3386067	3386289	223	3367925	3367928	atga	3386290	3386293	atga	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__3367929_3386289	18369	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	576	0.0313708403681717	692	0.0376885790534285	2577	0.140351832688851	175	0.00953107129241327	0	3	0.0132743362831858	6	0.0265486725663717	29	0.128318584070796	2	0.00884955752212389	0	3	0.0132743362831858	6	0.0265486725663717	29	0.128318584070796	2	0.00884955752212389	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon142	NA	93.36	(92,94]	NA	5	2	3426174	3451000	+	24827	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3426174	3426392	219	3450775	3451000	226	3426170	3426173	gtca	3451001	3451004	gtca	3450748	3450763	aaaagtaaaagaaagg	+	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__3426174_3451000	24835	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	973	0.0391912031256294	910	0.0366536432110203	3820	0.153864744028678	267	0.0107544205904862	0	6	0.0265486725663717	4	0.0176991150442478	29	0.128318584070796	2	0.00884955752212389	0	6	0.0265486725663717	4	0.0176991150442478	29	0.128318584070796	2	0.00884955752212389	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon143	NA	85.17	(84,86]	Retrotrans_gag	3	2	3539977	3559406	-	19430	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3539977	3540235	259	3559144	3559406	263	3539973	3539976	agtc	3559407	3559410	agtc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__3539977_3559406	19438	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	445	0.0229027277406073	591	0.030416881111683	2627	0.13520329387545	77	0.00396294390118374	0	8	0.0308880308880309	5	0.0193050193050193	27	0.104247104247104	0	0	0	8	0.0308880308880309	5	0.0193050193050193	27	0.104247104247104	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon144	NA	84.25	(84,86]	NA	0	2	4080728	4088155	.	7428	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4080728	4080854	127	4088031	4088155	125	4080724	4080727	aaat	4088156	4088159	aaat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4080728_4088155	7436	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	112	0.0150780829294561	73	0.00982767905223479	843	0.113489499192246	22	0.00296176628971459	0	1	0.008	4	0.032	24	0.192	0	0	0	1	0.008	4	0.032	24	0.192	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon145	NA	91.22	(90,92]	Retrotrans_gag/RVT_1	4	2	4090709	4096103	-	5395	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4090709	4091059	351	4095751	4096103	353	4090705	4090708	ataa	4096104	4096107	ataa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4090709_4096103	5403	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	151	0.0279888785912882	187	0.0346617238183503	747	0.138461538461538	24	0.00444856348470806	0	5	0.0142450142450142	5	0.0142450142450142	30	0.0854700854700855	0	0	0	5	0.0142450142450142	5	0.0142450142450142	30	0.0854700854700855	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon146	NA	91.46	(90,92]	rve/RVT_1	2	2	4110947	4115696	+	4750	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4110947	4111191	245	4115451	4115696	246	4110942	4110946	tctcc	4115697	4115701	tctcc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4110947_4115696	4760	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	66	0.0138947368421053	222	0.0467368421052632	511	0.107578947368421	12	0.00252631578947368	0	5	0.0203252032520325	3	0.0121951219512195	35	0.142276422764228	1	0.0040650406504065	0	5	0.0203252032520325	3	0.0121951219512195	35	0.142276422764228	1	0.0040650406504065	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon147	NA	93.77	(92,94]	rve	4	2	4116023	4120740	+	4718	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4116023	4116311	289	4120462	4120740	279	4116018	4116022	atcac	4120741	4120745	atcac	4120451	4120461	aagagggagaa	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4116023_4120740	4728	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	91	0.0192878338278932	107	0.0226791013141161	510	0.108096651123357	8	0.00169563374311149	0	0	0	0	0	18	0.0645161290322581	0	0	0	0	0	0	0	18	0.0645161290322581	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon148	NA	94.88	(94,96]	Retrotrans_gag	1	2	4161050	4173975	-	12926	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4161050	4162259	1210	4172768	4173975	1208	4161045	4161049	gacac	4173976	4173980	gacac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4161050_4173975	12936	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	396	0.0306359275878075	346	0.0267677549125793	1779	0.13762958378462	67	0.00518335138480582	0	23	0.0190082644628099	23	0.0190082644628099	163	0.134710743801653	4	0.00330578512396694	0	23	0.0190082644628099	23	0.0190082644628099	163	0.134710743801653	4	0.00330578512396694	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon149	NA	96.88	(96,98]	rve	3	2	4230743	4236513	+	5771	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4230743	4231512	770	4235748	4236513	766	4230739	4230742	ttac	4236514	4236517	ttac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4230743_4236513	5779	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	80	0.0138624155259054	204	0.0353491595910587	624	0.108126841102062	14	0.00242592271703344	0	15	0.0195822454308094	22	0.0287206266318538	93	0.121409921671018	2	0.00261096605744125	0	15	0.0195822454308094	22	0.0287206266318538	93	0.121409921671018	2	0.00261096605744125	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon150	NA	88.86	(88,90]	rve	0	2	4408338	4413617	-	5280	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4408338	4408747	410	4413205	4413617	413	4408334	4408337	catc	4413618	4413621	catc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4408338_4413617	5288	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	111	0.0210227272727273	142	0.0268939393939394	852	0.161363636363636	22	0.00416666666666667	0	14	0.0341463414634146	13	0.0317073170731707	81	0.197560975609756	0	0	0	14	0.0341463414634146	13	0.0317073170731707	81	0.197560975609756	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon151	NA	86.89	(86,88]	RVT_1	3	2	4542920	4547698	+	4779	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4542920	4543125	206	4547498	4547698	201	4542916	4542919	atta	4547699	4547702	atta	4547496	4547515	gaaaagcagagcaagaaaaa	+	17	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4542920_4547698	4787	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	130	0.0272023435865244	105	0.0219711236660389	492	0.102950408035154	12	0.00251098556183302	0	3	0.0149253731343284	5	0.0248756218905473	23	0.114427860696517	0	0	0	3	0.0149253731343284	5	0.0248756218905473	23	0.114427860696517	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon152	NA	94.22	(94,96]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	4	2	4558517	4566125	-	7609	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4558517	4559018	502	4565631	4566125	495	4558513	4558516	taac	4566126	4566129	taac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4558517_4566125	7617	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	300	0.0394269943487975	330	0.0433696937836772	576	0.0756998291496912	60	0.0078853988697595	0	25	0.049800796812749	19	0.0378486055776892	32	0.0637450199203187	4	0.00796812749003984	0	25	0.049800796812749	19	0.0378486055776892	32	0.0637450199203187	4	0.00796812749003984	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon153	NA	85.45	(84,86]	NA	3	2	4682601	4690775	-	8175	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4682601	4682930	330	4690453	4690775	323	4682597	4682600	gact	4690776	4690779	gact	4682920	4682927	ggataaag	-	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4682601_4690775	8183	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	191	0.0233639143730887	226	0.0276452599388379	1236	0.151192660550459	21	0.00256880733944954	0	6	0.0181818181818182	5	0.0151515151515152	35	0.106060606060606	0	0	0	6	0.0181818181818182	5	0.0151515151515152	35	0.106060606060606	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon154	NA	97.28	(96,98]	NA	1	2	4693482	4698777	.	5296	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4693482	4694323	842	4697933	4698777	845	4693477	4693481	atttg	4698778	4698782	atttg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4693482_4698777	5306	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	136	0.0256797583081571	150	0.0283232628398792	791	0.149358006042296	26	0.00490936555891239	0	34	0.0402366863905325	33	0.0390532544378698	143	0.169230769230769	6	0.00710059171597633	0	34	0.0402366863905325	33	0.0390532544378698	143	0.169230769230769	6	0.00710059171597633	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon155	NA	80.5	(80,82]	Retrotrans_gag	2	2	4737963	4753533	-	15571	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4737963	4738419	457	4753057	4753533	477	4737959	4737962	ttta	4753534	4753537	ttta	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4737963_4753533	15579	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	409	0.0262667779847152	338	0.0217070194592512	1763	0.113223299723846	99	0.00635797315522446	0	11	0.0240700218818381	13	0.0284463894967177	56	0.12253829321663	2	0.00437636761487965	0	11	0.0240700218818381	13	0.0284463894967177	56	0.12253829321663	2	0.00437636761487965	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon156	NA	93.6	(92,94]	Retrotrans_gag	2	2	4775685	4780521	-	4837	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4775685	4776356	672	4779850	4780521	672	4775681	4775684	gtta	4780522	4780525	gtta	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4775685_4780521	4845	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	62	0.01281786231135	157	0.0324581352077734	780	0.161256977465371	8	0.00165391771759355	0	16	0.0238095238095238	18	0.0267857142857143	104	0.154761904761905	0	0	0	16	0.0238095238095238	18	0.0267857142857143	104	0.154761904761905	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon157	NA	93.02	(92,94]	rve	2	2	4818686	4826103	+	7418	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4818686	4818943	258	4825849	4826103	255	4818682	4818685	attg	4826104	4826107	attg	4825840	4825848	aaggaggag	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__4818686_4826103	7426	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	172	0.0231868428147749	172	0.0231868428147749	867	0.116877864653545	33	0.00444863844702076	0	5	0.0196078431372549	6	0.0235294117647059	23	0.0901960784313725	2	0.00784313725490196	0	5	0.0196078431372549	6	0.0235294117647059	23	0.0901960784313725	2	0.00784313725490196	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon158	NA	91.38	(90,92]	RVT_1	0	2	5040989	5048393	+	7405	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5040989	5041510	522	5047894	5048393	500	5040985	5040988	gatt	5048394	5048397	gatt	NA	NA	NA	NA	NA	5041516	5041530	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Lys-TTT-1-1 (chr1.trna180-LysTTT) chr1:29833117-29833188 (+) Lys (TTT) 72 bp Sc: 87.3	cgctgtctgtgggga	5	0	1	2_CHROMOSOME_dumped__5040989_5048393	7413	NA	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	369	0.04983119513842	329	0.0444294395678596	1323	0.178663065496286	101	0.0136394328156651	0	15	0.03	17	0.034	92	0.184	2	0.004	0	15	0.03	17	0.034	92	0.184	2	0.004	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon159	NA	97.65	(96,98]	rve	1	2	5073848	5078420	+	4573	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5073848	5074358	511	5077910	5078420	511	5073844	5073847	tgat	5078421	5078424	tgat	5077882	5077889	gaagaaga	+	21	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__5073848_5078420	4581	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	84	0.0183686857642685	176	0.0384867701727531	438	0.0957795757708288	12	0.00262409796632408	0	15	0.0293542074363992	15	0.0293542074363992	43	0.0841487279843444	4	0.00782778864970646	0	15	0.0293542074363992	15	0.0293542074363992	43	0.0841487279843444	4	0.00782778864970646	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon160	NA	95.11	(94,96]	rve	1	2	5394710	5399650	+	4941	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5394710	5395036	327	5399326	5399650	325	5394706	5394709	gttg	5399651	5399654	gttg	5399318	5399326	aagggggag	+	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__5394710_5399650	4949	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	192	0.0388585306618094	164	0.0331916616069622	704	0.142481279093301	64	0.0129528435539365	0	14	0.0430769230769231	13	0.04	56	0.172307692307692	6	0.0184615384615385	0	14	0.0430769230769231	13	0.04	56	0.172307692307692	6	0.0184615384615385	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon161	NA	94.68	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	2	2	6023868	6032902	-	9035	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6023868	6024050	183	6032715	6032902	188	6023861	6023867	ctttgta	6032903	6032909	ctttgta	6024024	6024032	gtatcaatg	-	26	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__6023868_6032902	9049	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	326	0.036081903707803	328	0.0363032650802435	1172	0.129717764250138	82	0.00907581627006088	0	4	0.0218579234972678	2	0.0109289617486339	26	0.14207650273224	0	0	0	4	0.0218579234972678	2	0.0109289617486339	26	0.14207650273224	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon162	NA	93.57	(92,94]	RVT_1/rve	3	2	6256496	6260935	+	4440	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6256496	6256663	168	6260765	6260935	171	6256491	6256495	agtta	6260936	6260940	agtta	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__6256496_6260935	4450	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	190	0.0427927927927928	166	0.0373873873873874	620	0.13963963963964	46	0.0103603603603604	0	1	0.00584795321637427	2	0.0116959064327485	31	0.181286549707602	1	0.00584795321637427	0	1	0.00584795321637427	2	0.0116959064327485	31	0.181286549707602	1	0.00584795321637427	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon163	NA	96.46	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	3	2	6422229	6427295	-	5067	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6422229	6422612	384	6426901	6427295	395	6422225	6422228	gtac	6427296	6427299	gtac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__6422229_6427295	5075	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	129	0.0254588513913558	201	0.0396684428656009	871	0.171896585750937	35	0.00690744029998026	0	11	0.0286458333333333	9	0.0234375	66	0.171875	1	0.00260416666666667	0	11	0.0286458333333333	9	0.0234375	66	0.171875	1	0.00260416666666667	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon164	NA	99.27	(98,100]	rve	2	2	6819006	6823730	+	4725	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6819006	6819278	273	6823459	6823730	272	6819001	6819005	cagct	6823731	6823735	cagct	6823450	6823458	aagggggag	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__6819006_6823730	4735	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	140	0.0296296296296296	91	0.0192592592592593	592	0.125291005291005	20	0.00423280423280423	0	5	0.0183823529411765	6	0.0220588235294118	32	0.117647058823529	0	0	0	5	0.0183823529411765	6	0.0220588235294118	32	0.117647058823529	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon165	NA	92.16	(92,94]	rve	3	2	6837314	6843322	+	6009	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6837314	6837734	421	6842916	6843322	407	6837310	6837313	acaa	6843323	6843326	acaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__6837314_6843322	6017	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	88	0.0146446996172408	203	0.0337826593443169	624	0.103844233649526	16	0.00266267265768015	0	6	0.0147420147420147	4	0.00982800982800983	56	0.137592137592138	1	0.00245700245700246	0	6	0.0147420147420147	4	0.00982800982800983	56	0.137592137592138	1	0.00245700245700246	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon166	NA	73.71	(72,74]	NA	0	2	6894106	6899938	-	5833	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6894106	6894337	232	6899735	6899938	204	6894102	6894105	ctta	6899939	6899942	ctta	6894336	6894349	gggaagaaggagga	-	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__6894106_6899938	5841	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	139	0.0238299331390365	90	0.0154294531116064	688	0.117949597119835	37	0.00634321961254929	0	8	0.0344827586206897	4	0.0172413793103448	39	0.168103448275862	2	0.00862068965517241	0	8	0.0344827586206897	4	0.0172413793103448	39	0.168103448275862	2	0.00862068965517241	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon167	NA	90.24	(90,92]	NA	0	2	7157625	7166649	+	9025	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7157625	7157919	295	7166353	7166649	297	7157621	7157624	aagt	7166650	7166653	aagt	7166351	7166360	aaaaagaaaa	+	7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__7157625_7166649	9033	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	206	0.0228254847645429	217	0.0240443213296399	1180	0.130747922437673	55	0.00609418282548476	0	2	0.00673400673400673	0	0	23	0.0774410774410774	0	0	0	2	0.00673400673400673	0	0	23	0.0774410774410774	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon168	NA	89.81	(88,90]	Retrotrans_gag/rve	3	2	7224084	7229138	-	5055	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7224084	7224333	250	7228874	7229138	265	7224080	7224083	taaa	7229139	7229142	taaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__7224084_7229138	5063	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	203	0.0401582591493571	168	0.0332344213649852	548	0.108407517309594	40	0.00791295746785361	0	7	0.028	8	0.032	15	0.06	1	0.004	0	7	0.028	8	0.032	15	0.06	1	0.004	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon169	NA	89.74	(88,90]	NA	0	2	7373364	7379268	.	5905	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7373364	7373475	112	7379152	7379268	117	7373360	7373363	ttta	7379269	7379272	ttta	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__7373364_7379268	5913	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	112	0.0189669771380186	116	0.0196443691786621	668	0.113124470787468	22	0.00372565622353937	0	2	0.0170940170940171	4	0.0341880341880342	15	0.128205128205128	0	0	0	2	0.0170940170940171	4	0.0341880341880342	15	0.128205128205128	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon170	NA	98.26	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	4	2	7448762	7454290	-	5529	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7448762	7448932	171	7454119	7454290	172	7448758	7448761	ttta	7454291	7454294	ttta	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__7448762_7454290	5537	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	81	0.0146500271296799	200	0.0361729064930367	755	0.136552722011214	12	0.0021703743895822	0	2	0.0116959064327485	3	0.0175438596491228	22	0.128654970760234	0	0	0	2	0.0116959064327485	3	0.0175438596491228	22	0.128654970760234	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon171	NA	80.08	(80,82]	NA	1	2	8697239	8702070	.	4832	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8697239	8697479	241	8701830	8702070	241	8697235	8697238	taac	8702071	8702074	taac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__8697239_8702070	4840	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	82	0.0169701986754967	98	0.0202814569536424	617	0.127690397350993	14	0.00289735099337748	0	4	0.016597510373444	3	0.012448132780083	34	0.141078838174274	1	0.004149377593361	0	4	0.016597510373444	3	0.012448132780083	34	0.141078838174274	1	0.004149377593361	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon172	NA	94.79	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	1	2	8816049	8820894	-	4846	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8816049	8816235	187	8820703	8820894	192	8816045	8816048	acga	8820895	8820898	acga	8816255	8816263	caaaacatc	-	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__8816049_8820894	4854	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	96	0.0198101527032604	201	0.0414775072224515	669	0.138052001650846	13	0.00268262484523318	0	5	0.0267379679144385	1	0.0053475935828877	22	0.117647058823529	1	0.0053475935828877	0	5	0.0267379679144385	1	0.0053475935828877	22	0.117647058823529	1	0.0053475935828877	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon173	NA	92.7	(92,94]	NA	0	2	8873017	8891285	+	18269	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8873017	8873153	137	8891150	8891285	136	8873013	8873016	tttt	8891286	8891289	tttt	8891137	8891158	aagaacagaaaagaaaacaaag	+	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__8873017_8891285	18277	22	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	328	0.0179539109967705	279	0.0152717718539603	2064	0.11297826919919	47	0.00257266407575675	0	3	0.0220588235294118	3	0.0220588235294118	7	0.0514705882352941	0	0	0	3	0.0220588235294118	3	0.0220588235294118	7	0.0514705882352941	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon174	NA	98.63	(98,100]	rve/RVT_1	2	2	9187492	9195280	-	7789	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9187492	9188217	726	9194552	9195280	729	9187488	9187491	ggtt	9195281	9195284	ggtt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__9187492_9195280	7797	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	229	0.0294004365130312	265	0.0340223391963025	898	0.115290794710489	41	0.0052638336115034	0	14	0.0192837465564738	19	0.0261707988980716	100	0.137741046831956	3	0.00413223140495868	0	14	0.0192837465564738	19	0.0261707988980716	100	0.137741046831956	3	0.00413223140495868	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon175	NA	82.21	(82,84]	NA	5	2	9306572	9319034	.	12463	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9306572	9306734	163	9318881	9319034	154	9306568	9306571	ttca	9319035	9319038	ttca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__9306572_9319034	12471	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	334	0.0267993260049747	328	0.0263179009869213	1767	0.141779667816738	99	0.00794351279788173	0	4	0.025974025974026	5	0.0324675324675325	35	0.227272727272727	1	0.00649350649350649	0	4	0.025974025974026	5	0.0324675324675325	35	0.227272727272727	1	0.00649350649350649	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon176	NA	95.07	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	1	2	9927681	9932559	-	4879	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9927681	9927822	142	9932425	9932559	135	9927677	9927680	ttag	9932560	9932563	ttag	9927842	9927853	tacggattacgt	-	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__9927681_9932559	4887	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	206	0.0422217667554827	158	0.0323836851813896	754	0.154539864726378	42	0.00860832137733142	0	3	0.0211267605633803	1	0.00704225352112676	19	0.133802816901408	0	0	0	3	0.0211267605633803	1	0.00704225352112676	19	0.133802816901408	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon177	NA	84.97	(84,86]	NA	0	2	10464648	10471481	.	6834	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10464648	10464800	153	10471341	10471481	141	10464644	10464647	actc	10471482	10471485	actc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__10464648_10471481	6842	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	89	0.0130231196956395	83	0.0121451565700907	669	0.0978928884986831	16	0.00234123500146327	0	1	0.00709219858156028	0	0	22	0.156028368794326	0	0	0	1	0.00709219858156028	0	0	22	0.156028368794326	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon178	NA	84.87	(84,86]	rve	3	2	10483666	10492018	-	8353	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10483666	10483784	119	10491916	10492018	103	10483662	10483665	tgtt	10492019	10492022	tgtt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__10483666_10492018	8361	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	235	0.0281336046929247	266	0.0318448461630552	1007	0.120555489045852	45	0.00538728600502813	0	3	0.0252100840336134	3	0.0252100840336134	13	0.109243697478992	1	0.00840336134453781	0	3	0.0252100840336134	3	0.0252100840336134	13	0.109243697478992	1	0.00840336134453781	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon179	NA	77.35	(76,78]	NA	1	2	10637411	10647335	.	9925	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10637411	10637719	309	10647045	10647335	291	10637407	10637410	ttat	10647336	10647339	ttat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__10637411_10647335	9933	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	116	0.0116876574307305	132	0.0132997481108312	1133	0.114156171284635	29	0.00292191435768262	0	1	0.00343642611683849	2	0.00687285223367698	30	0.103092783505155	0	0	0	1	0.00343642611683849	2	0.00687285223367698	30	0.103092783505155	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon180	NA	90.28	(90,92]	NA	0	2	11435732	11443090	.	7359	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11435732	11436262	531	11442556	11443090	535	11435727	11435731	aaagt	11443091	11443095	aaagt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__11435732_11443090	7369	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	165	0.0224215246636771	159	0.0216061964940889	803	0.109118086696562	32	0.00434841690447072	0	13	0.0242990654205607	16	0.0299065420560748	78	0.145794392523364	2	0.00373831775700935	0	13	0.0242990654205607	16	0.0299065420560748	78	0.145794392523364	2	0.00373831775700935	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon181	NA	88.24	(88,90]	NA	1	2	11721105	11726615	-	5511	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11721105	11721325	221	11726404	11726615	212	11721101	11721104	atga	11726616	11726619	atga	NA	NA	NA	NA	NA	11726393	11726403	-	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Ser-GCT-9-2 (chr2.trna13-SerGCT) chr2:3494382-3494469 (+) Ser (GCT) 88 bp Sc: 43.1	ggagaaaatgg	0	1	1	2_CHROMOSOME_dumped__11721105_11726615	5519	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	124	0.0225004536381782	121	0.0219560878243513	752	0.136454363999274	25	0.00453638178189076	0	7	0.0316742081447964	3	0.0135746606334842	16	0.0723981900452489	0	0	0	7	0.0316742081447964	3	0.0135746606334842	16	0.0723981900452489	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon182	NA	72.96	(72,74]	RVT_1	3	2	12445635	12457164	-	11530	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12445635	12445793	159	12457017	12457164	148	12445630	12445634	tttaa	12457165	12457169	tttaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__12445635_12457164	11540	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	291	0.0252385082393755	316	0.0274067649609714	1545	0.133998265394623	58	0.00503035559410234	0	2	0.0125786163522013	3	0.0188679245283019	19	0.119496855345912	1	0.00628930817610063	0	2	0.0125786163522013	3	0.0188679245283019	19	0.119496855345912	1	0.00628930817610063	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon183	NA	79.48	(78,80]	NA	0	2	12620243	12625077	-	4835	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12620243	12620452	210	12624849	12625077	229	12620239	12620242	gaga	12625078	12625081	gaga	12620461	12620477	agagaaaggaagagaag	-	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__12620243_12625077	4843	17	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	100	0.0206825232678387	81	0.0167528438469493	521	0.10775594622544	20	0.00413650465356774	0	9	0.0428571428571429	8	0.0380952380952381	11	0.0523809523809524	3	0.0142857142857143	0	9	0.0428571428571429	8	0.0380952380952381	11	0.0523809523809524	3	0.0142857142857143	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon184	NA	94.23	(94,96]	NA	3	2	13508554	13515938	+	7385	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13508554	13509170	617	13515315	13515938	624	13508549	13508553	cgatg	13515939	13515943	cgatg	13515291	13515302	aggagaggagga	+	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__13508554_13515938	7395	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	200	0.02708192281652	154	0.0208530805687204	769	0.104129993229519	35	0.004739336492891	0	30	0.0480769230769231	17	0.0272435897435897	49	0.078525641025641	6	0.00961538461538462	0	30	0.0480769230769231	17	0.0272435897435897	49	0.078525641025641	6	0.00961538461538462	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon185	NA	77.78	(76,78]	NA	0	2	13664992	13669870	.	4879	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13664992	13665113	122	13669727	13669870	144	13664988	13664991	acaa	13669871	13669874	acaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__13664992_13669870	4887	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	81	0.016601762656282	134	0.0274646443943431	669	0.137118261938922	13	0.00266448042631687	0	5	0.0347222222222222	8	0.0555555555555556	25	0.173611111111111	0	0	0	5	0.0347222222222222	8	0.0555555555555556	25	0.173611111111111	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon186	NA	83.23	(82,84]	NA	4	2	14026300	14032819	-	6520	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14026300	14026466	167	14032657	14032819	163	14026296	14026299	gtta	14032820	14032823	gtta	14026443	14026458	gaaagaggagaaaagg	-	23	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__14026300_14032819	6528	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	177	0.0271472392638037	140	0.0214723926380368	817	0.125306748466258	29	0.0044478527607362	0	2	0.0119760479041916	0	0	17	0.101796407185629	0	0	0	2	0.0119760479041916	0	0	17	0.101796407185629	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon187	NA	84	(82,84]	NA	0	2	14406571	14412855	.	6285	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14406571	14406688	118	14412731	14412855	125	14406567	14406570	cacc	14412856	14412859	cacc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__14406571_14412855	6293	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	154	0.024502784407319	203	0.0322991249005569	758	0.1206046141607	43	0.00684168655529037	0	6	0.048	5	0.04	9	0.072	0	0	0	6	0.048	5	0.04	9	0.072	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon188	NA	77.68	(76,78]	NA	3	2	16280712	16302420	.	21709	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16280712	16280937	226	16302188	16302420	233	16280708	16280711	ctct	16302421	16302424	ctct	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__16280712_16302420	21717	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	522	0.0240453268229766	454	0.0209129853977613	2858	0.131650467548022	124	0.00571191671656917	0	2	0.00858369098712446	1	0.00429184549356223	16	0.0686695278969957	0	0	0	2	0.00858369098712446	1	0.00429184549356223	16	0.0686695278969957	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon189	NA	80.56	(80,82]	NA	0	2	17136148	17141211	+	5064	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17136148	17136399	252	17140974	17141211	238	17136144	17136147	ggct	17141212	17141215	ggct	17140965	17140978	aggaaaatgaagga	+	4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__17136148_17141211	5072	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	154	0.0304107424960506	158	0.0312006319115324	642	0.126777251184834	30	0.00592417061611374	0	5	0.0210084033613445	10	0.0420168067226891	20	0.0840336134453782	0	0	0	5	0.0210084033613445	10	0.0420168067226891	20	0.0840336134453782	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon190	NA	88.03	(88,90]	NA	0	2	17252349	17258537	.	6189	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17252349	17252487	139	17258396	17258537	142	17252345	17252348	agat	17258538	17258541	agat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__17252349_17258537	6197	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	174	0.028114396509937	125	0.0201971239295524	692	0.111811278074002	43	0.00694781063176604	0	10	0.0704225352112676	8	0.0563380281690141	24	0.169014084507042	3	0.0211267605633803	0	10	0.0704225352112676	8	0.0563380281690141	24	0.169014084507042	3	0.0211267605633803	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon191	NA	95.81	(94,96]	NA	0	2	17270937	17278587	-	7651	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17270937	17271603	667	17277920	17278587	668	17270933	17270936	agaa	17278588	17278591	agaa	17271597	17271607	aaaaagaaaaa	-	6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__17270937_17278587	7659	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	205	0.0267938831525291	252	0.0329368709972553	961	0.125604496144295	53	0.00692719905894654	0	28	0.0419790104947526	23	0.0344827586206897	66	0.0989505247376312	5	0.00749625187406297	0	28	0.0419790104947526	23	0.0344827586206897	66	0.0989505247376312	5	0.00749625187406297	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon192	NA	78.26	(78,80]	NA	1	2	17676479	17684201	.	7723	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17676479	17676616	138	17684065	17684201	137	17676475	17676478	tcta	17684202	17684205	tcta	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__17676479_17684201	7731	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	124	0.0160559368121196	225	0.0291337563123139	1090	0.141136863912987	26	0.0033665673960896	0	5	0.0364963503649635	6	0.0437956204379562	29	0.211678832116788	1	0.0072992700729927	0	5	0.0364963503649635	6	0.0437956204379562	29	0.211678832116788	1	0.0072992700729927	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon193	NA	85.27	(84,86]	NA	0	2	18347446	18355355	.	7910	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18347446	18347574	129	18355230	18355355	126	18347442	18347445	tttt	18355356	18355359	tttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__18347446_18355355	7918	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	194	0.0245259165613148	159	0.0201011378002528	888	0.112262958280657	32	0.00404551201011378	0	3	0.0238095238095238	3	0.0238095238095238	12	0.0952380952380952	0	0	0	3	0.0238095238095238	3	0.0238095238095238	12	0.0952380952380952	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon194	NA	95.87	(94,96]	NA	0	2	18659187	18664902	.	5716	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18659187	18659607	421	18664467	18664902	436	18659183	18659186	caag	18664903	18664906	caag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	2_CHROMOSOME_dumped__18659187_18664902	5724	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	120	0.0209937018894332	161	0.0281665500349895	894	0.156403079076277	23	0.00402379286214136	0	6	0.0137614678899083	9	0.0206422018348624	81	0.185779816513761	0	0	0	6	0.0137614678899083	9	0.0206422018348624	81	0.185779816513761	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon195	NA	95.42	(94,96]	NA	1	3	780904	798849	-	17946	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	780904	781187	284	798567	798849	283	780900	780903	ttgt	798850	798853	ttgt	781206	781213	agagagga	-	19	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__780904_798849	17954	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	397	0.0221219213195141	585	0.0325977933801404	2387	0.133010141535718	89	0.00495932241167948	0	1	0.00352112676056338	7	0.0246478873239437	27	0.0950704225352113	1	0.00352112676056338	0	1	0.00352112676056338	7	0.0246478873239437	27	0.0950704225352113	1	0.00352112676056338	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon196	NA	98.03	(98,100]	NA	1	3	1526151	1535730	.	9580	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1526151	1526758	608	1535129	1535730	602	1526146	1526150	ccaag	1535731	1535735	ccaag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__1526151_1535730	9590	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	198	0.0206680584551148	284	0.0296450939457202	1337	0.139561586638831	40	0.00417536534446764	0	15	0.0249169435215947	12	0.0199335548172757	64	0.106312292358804	1	0.00166112956810631	0	15	0.0249169435215947	12	0.0199335548172757	64	0.106312292358804	1	0.00166112956810631	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon197	NA	93.02	(92,94]	NA	3	3	1657651	1681989	.	24339	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1657651	1657943	293	1681689	1681989	301	1657647	1657650	agtt	1681990	1681993	agtt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__1657651_1681989	24347	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	459	0.0188586219647479	780	0.0320473314433625	3451	0.141788898475697	86	0.00353342372324253	0	14	0.0465116279069767	7	0.0232558139534884	45	0.149501661129568	2	0.00664451827242525	0	14	0.0465116279069767	7	0.0232558139534884	45	0.149501661129568	2	0.00664451827242525	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon198	NA	98.06	(98,100]	NA	4	3	3110405	3124906	+	14502	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3110405	3110659	255	3124649	3124906	258	3110401	3110404	ttga	3124907	3124910	ttga	3124656	3124668	ggatggaaaagag	+	19	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__3110405_3124906	14510	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	615	0.0424079437318991	524	0.0361329471796994	1839	0.126810095159288	151	0.0104123569162874	0	6	0.0232558139534884	1	0.00387596899224806	10	0.0387596899224806	1	0.00387596899224806	0	6	0.0232558139534884	1	0.00387596899224806	10	0.0387596899224806	1	0.00387596899224806	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon199	NA	99.74	(98,100]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	1	3	3807306	3812643	-	5338	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3807306	3807689	384	3812260	3812643	384	3807301	3807305	cacaa	3812644	3812648	cacaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__3807306_3812643	5348	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	142	0.0266017234919445	210	0.0393405769951293	573	0.107343574372424	15	0.0028100412139378	0	17	0.0442708333333333	13	0.0338541666666667	31	0.0807291666666667	0	0	0	17	0.0442708333333333	13	0.0338541666666667	31	0.0807291666666667	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon200	NA	79.08	(78,80]	NA	0	3	6188741	6193283	.	4543	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6188741	6188975	235	6193045	6193283	239	6188736	6188740	caaac	6193284	6193288	caaac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__6188741_6193283	4553	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	90	0.0198106977767995	99	0.0217917675544794	576	0.126788465771517	25	0.00550297160466652	0	4	0.0167364016736402	2	0.00836820083682008	37	0.154811715481172	1	0.00418410041841004	0	4	0.0167364016736402	2	0.00836820083682008	37	0.154811715481172	1	0.00418410041841004	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon201	NA	98.71	(98,100]	NA	1	3	6372409	6378607	+	6199	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6372409	6373650	1242	6377363	6378607	1245	6372405	6372408	tcca	6378608	6378611	tcca	6377366	6377380	gaaagatagagaaag	+	17	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__6372409_6378607	6207	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	173	0.0279077270527504	160	0.0258106146152605	812	0.130988869172447	18	0.00290369414421681	0	23	0.0184738955823293	16	0.01285140562249	167	0.134136546184739	1	0.000803212851405623	0	23	0.0184738955823293	16	0.01285140562249	167	0.134136546184739	1	0.000803212851405623	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon202	NA	80.3	(80,82]	NA	2	3	7354085	7359059	+	4975	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7354085	7354208	124	7358928	7359059	132	7354081	7354084	aaaa	7359060	7359063	aaaa	7358943	7358952	ggagaaagaa	+	24	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__7354085_7359059	4983	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	147	0.0295477386934673	122	0.0245226130653266	535	0.107537688442211	29	0.00582914572864322	0	9	0.0681818181818182	6	0.0454545454545455	14	0.106060606060606	3	0.0227272727272727	0	9	0.0681818181818182	6	0.0454545454545455	14	0.106060606060606	3	0.0227272727272727	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon203	NA	76.08	(76,78]	NA	0	3	7728276	7733244	-	4969	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7728276	7728484	209	7733049	7733244	196	7728272	7728275	gctc	7733245	7733248	gctc	7728479	7728488	aagaaaaggg	-	5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__7728276_7733244	4977	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	117	0.0235459851076675	79	0.0158985711410747	629	0.126584825920708	16	0.00321996377540753	0	5	0.0239234449760766	4	0.0191387559808612	53	0.253588516746411	1	0.00478468899521531	0	5	0.0239234449760766	4	0.0191387559808612	53	0.253588516746411	1	0.00478468899521531	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon204	NA	82.01	(82,84]	NA	0	3	7760615	7765156	-	4542	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7760615	7760748	134	7765018	7765156	139	7760611	7760614	caac	7765157	7765160	caac	7760721	7760729	aagaaaagg	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__7760615_7765156	4550	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	108	0.023778071334214	94	0.0206957287538529	593	0.130559225011008	25	0.0055041831792162	0	1	0.00746268656716418	1	0.00746268656716418	33	0.246268656716418	0	0	0	1	0.00746268656716418	1	0.00746268656716418	33	0.246268656716418	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon205	NA	84.62	(84,86]	NA	2	3	8046323	8051045	-	4723	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8046323	8046439	117	8050937	8051045	109	8046318	8046322	atgga	8051046	8051050	atgga	8046441	8046449	aaaaggaaa	-	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__8046323_8051045	4733	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	99	0.0209612534406098	164	0.0347236925682829	637	0.134871903451196	15	0.00317594749100148	0	2	0.0170940170940171	4	0.0341880341880342	15	0.128205128205128	0	0	0	2	0.0170940170940171	4	0.0341880341880342	15	0.128205128205128	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon206	NA	96.96	(96,98]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	3	3	8537355	8543559	+	6205	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8537355	8538176	822	8542738	8543559	822	8537350	8537354	tatat	8543560	8543564	tatat	8542729	8542737	gggagagga	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__8537355_8543559	6215	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	93	0.0149879129734085	122	0.0196615632554392	868	0.139887187751813	28	0.00451248992747784	0	7	0.00851581508515815	11	0.01338199513382	160	0.194647201946472	4	0.0048661800486618	0	7	0.00851581508515815	11	0.01338199513382	160	0.194647201946472	4	0.0048661800486618	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon207	NA	80.49	(80,82]	NA	3	3	8632393	8638600	.	6208	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8632393	8632546	154	8638437	8638600	164	8632389	8632392	aaat	8638601	8638604	aaat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__8632393_8638600	6216	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	125	0.0201353092783505	225	0.0362435567010309	975	0.157055412371134	26	0.00418814432989691	0	0	0	2	0.0121951219512195	38	0.231707317073171	0	0	0	0	0	2	0.0121951219512195	38	0.231707317073171	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon208	NA	98.97	(98,100]	rve	2	3	9226633	9231377	+	4745	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9226633	9226922	290	9231088	9231377	290	9226628	9226632	accta	9231378	9231382	accta	9231077	9231086	aaaagggaga	+	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__9226633_9231377	4755	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	87	0.0183350895679663	127	0.0267650158061117	547	0.115279241306639	21	0.00442571127502634	0	0	0	0	0	27	0.0931034482758621	0	0	0	0	0	0	0	27	0.0931034482758621	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon209	NA	96.57	(96,98]	NA	0	3	9243115	9251762	+	8648	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9243115	9243492	378	9251384	9251762	379	9243111	9243114	tgat	9251763	9251766	tgat	9251384	9251397	gaagaagaagaaga	+	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__9243115_9251762	8656	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	176	0.0203515263644773	236	0.0272895467160037	1131	0.130781683626272	38	0.0043940795559667	0	12	0.0316622691292876	14	0.0369393139841689	59	0.155672823218997	2	0.00527704485488127	0	12	0.0316622691292876	14	0.0369393139841689	59	0.155672823218997	2	0.00527704485488127	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon210	NA	92.38	(92,94]	Retrotrans_gag/rve	4	3	9387852	9393276	+	5425	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9387852	9388061	210	9393070	9393276	207	9387848	9387851	gggt	9393277	9393280	gggt	9393065	9393074	gaggagggga	+	4	9388058	9388068	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Met-CAT-1-1 (chr1.trna166-MetCAT) chr1:25941164-25941235 (+) Met (CAT) 72 bp Sc: 66.0	tatcagagcca	4	0	0	3_CHROMOSOME_dumped__9387852_9393276	5433	10	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	77	0.0141935483870968	161	0.0296774193548387	760	0.140092165898618	16	0.00294930875576037	0	6	0.0289855072463768	5	0.0241545893719807	17	0.0821256038647343	3	0.0144927536231884	0	6	0.0289855072463768	5	0.0241545893719807	17	0.0821256038647343	3	0.0144927536231884	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon211	NA	87.47	(86,88]	NA	2	3	9404664	9410413	.	5750	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9404664	9405110	447	9409967	9410413	447	9404660	9404663	ttag	9410414	9410417	ttag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__9404664_9410413	5758	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	170	0.0295652173913043	137	0.0238260869565217	790	0.137391304347826	39	0.00678260869565217	0	26	0.058165548098434	20	0.0447427293064877	53	0.118568232662192	6	0.0134228187919463	0	26	0.058165548098434	20	0.0447427293064877	53	0.118568232662192	6	0.0134228187919463	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon212	NA	92.79	(92,94]	NA	2	3	9604460	9613216	+	8757	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9604460	9605849	1390	9611816	9613216	1401	9604456	9604459	aaaa	9613217	9613220	aaaa	9611806	9611821	agaagaaagatgaaag	+	5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__9604460_9613216	8765	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	208	0.0237524266301245	207	0.0236382322713258	1177	0.134406760306041	47	0.00536713486353774	0	39	0.0278372591006424	34	0.0242683797287652	210	0.149892933618844	8	0.00571020699500357	0	39	0.0278372591006424	34	0.0242683797287652	210	0.149892933618844	8	0.00571020699500357	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon213	NA	94.91	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	2	3	9692211	9697532	-	5322	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9692211	9692735	525	9697003	9697532	530	9692207	9692210	actg	9697533	9697536	actg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__9692211_9697532	5330	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	64	0.0120255543028936	243	0.0456595264937993	825	0.155016910935738	14	0.00263059000375799	0	5	0.00952380952380952	18	0.0342857142857143	71	0.135238095238095	0	0	0	5	0.00952380952380952	18	0.0342857142857143	71	0.135238095238095	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon214	NA	98.11	(98,100]	NA	2	3	10494353	10500970	-	6618	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10494353	10495030	678	10500284	10500970	687	10494349	10494352	agta	10500971	10500974	agta	NA	NA	NA	NA	NA	10500278	10500288	-	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Gln-CTG-2-1 (chr1.trna6-GlnCTG) chr1:892514-892585 (+) Gln (CTG) 72 bp Sc: 69.6	ccacctgagac	5	5	1	3_CHROMOSOME_dumped__10494353_10500970	6626	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	121	0.0182834693260804	217	0.0327893623451194	1306	0.197340586279843	33	0.00498640072529465	0	12	0.0176991150442478	19	0.028023598820059	134	0.1976401179941	3	0.00442477876106195	0	12	0.0176991150442478	19	0.028023598820059	134	0.1976401179941	3	0.00442477876106195	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon215	NA	99.32	(98,100]	rve	2	3	10577158	10581825	-	4668	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10577158	10577450	293	10581534	10581825	292	10577154	10577157	tcaa	10581826	10581829	tcaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__10577158_10581825	4676	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	116	0.0248500428449015	172	0.0368466152527849	429	0.0919023136246787	19	0.00407026563838903	0	7	0.0238907849829352	10	0.0341296928327645	25	0.0853242320819113	0	0	0	7	0.0238907849829352	10	0.0341296928327645	25	0.0853242320819113	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon216	NA	77	(76,78]	NA	4	3	10711160	10725823	+	14664	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10711160	10711372	213	10725620	10725823	204	10711156	10711159	ttga	10725824	10725827	ttga	10725616	10725628	gaagaagaaagag	+	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__10711160_10725823	14672	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	318	0.0216857610474632	259	0.0176623022367703	1699	0.115861974904528	56	0.00381887615930169	0	8	0.0392156862745098	7	0.0343137254901961	21	0.102941176470588	2	0.00980392156862745	0	8	0.0392156862745098	7	0.0343137254901961	21	0.102941176470588	2	0.00980392156862745	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon217	NA	100	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	2	3	11016111	11020804	+	4694	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11016111	11016228	118	11020687	11020804	118	11016106	11016110	ataac	11020805	11020809	ataac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__11016111_11020804	4704	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	185	0.0394120153387303	165	0.0351512569237324	995	0.211972731146144	54	0.0115040477204942	0	0	0	0	0	15	0.127118644067797	0	0	0	0	0	0	0	15	0.127118644067797	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon218	NA	99.29	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	2	3	11122707	11127675	-	4969	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11122707	11122846	140	11127536	11127675	140	11122703	11122706	gaat	11127676	11127679	gaat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__11122707_11127675	4977	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	189	0.0380358220970014	161	0.0324008854900382	719	0.144697122157376	45	0.00905614811833367	0	1	0.00714285714285714	1	0.00714285714285714	19	0.135714285714286	0	0	0	1	0.00714285714285714	1	0.00714285714285714	19	0.135714285714286	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon219	NA	91.51	(90,92]	RVT_1/rve	2	3	11387801	11394402	+	6602	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11387801	11388221	421	11393979	11394402	424	11387797	11387800	tcaa	11394403	11394406	tcaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__11387801_11394402	6610	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	112	0.0169645561950924	180	0.0272644653135414	947	0.143441381399576	15	0.00227203877612845	0	7	0.0165094339622642	5	0.0117924528301887	79	0.186320754716981	2	0.00471698113207547	0	7	0.0165094339622642	5	0.0117924528301887	79	0.186320754716981	2	0.00471698113207547	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon220	NA	100	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	1	3	11652697	11657743	+	5047	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11652697	11652950	254	11657490	11657743	254	11652692	11652696	gaaac	11657744	11657748	gaaac	11657481	11657489	gaggggggg	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__11652697_11657743	5057	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	206	0.0408163265306122	188	0.0372498513968694	536	0.106201703982564	39	0.0077273627897761	0	7	0.0275590551181102	6	0.0236220472440945	22	0.0866141732283465	1	0.00393700787401575	0	7	0.0275590551181102	6	0.0236220472440945	22	0.0866141732283465	1	0.00393700787401575	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon221	NA	100	(98,100]	rve	1	3	11664969	11669787	+	4819	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11664969	11665342	374	11669414	11669787	374	11664964	11664968	acaca	11669788	11669792	acaca	11669405	11669413	aaggaggag	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__11664969_11669787	4829	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	123	0.0255239676281386	87	0.0180535380784395	523	0.108528740402573	16	0.00332019091097738	0	9	0.0240641711229947	9	0.0240641711229947	29	0.0775401069518717	2	0.0053475935828877	0	9	0.0240641711229947	9	0.0240641711229947	29	0.0775401069518717	2	0.0053475935828877	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon222	NA	70.68	[70,72]	Retrotrans_gag	0	3	11853471	11859849	+	6379	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11853471	11853603	133	11859717	11859849	133	11853467	11853470	tatt	11859850	11859853	tatt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__11853471_11859849	6387	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	124	0.0194387835083869	157	0.0246120081517479	889	0.139363536604483	13	0.00203793698071798	0	0	0	2	0.0150375939849624	17	0.12781954887218	0	0	0	0	0	2	0.0150375939849624	17	0.12781954887218	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon223	NA	80	(78,80]	Retrotrans_gag	3	3	12056081	12071267	-	15187	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12056081	12056255	175	12071108	12071267	160	12056077	12056080	attt	12071268	12071271	attt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12056081_12071267	15195	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	287	0.0188977414894318	353	0.0232435635741094	1961	0.129123592546257	41	0.00269967735563311	0	3	0.0171428571428571	2	0.0114285714285714	15	0.0857142857142857	0	0	0	3	0.0171428571428571	2	0.0114285714285714	15	0.0857142857142857	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon224	NA	87.5	(86,88]	Retrotrans_gag	1	3	12275508	12287360	-	11853	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12275508	12275610	103	12287257	12287360	104	12275504	12275507	agat	12287361	12287364	agat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12275508_12287360	11861	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	218	0.0183919682780731	224	0.0188981692398549	1469	0.123934868809584	25	0.00210917067409095	0	2	0.0194174757281553	0	0	10	0.0970873786407767	0	0	0	2	0.0194174757281553	0	0	10	0.0970873786407767	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon225	NA	91.37	(90,92]	NA	0	3	12303477	12308746	-	5270	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12303477	12303673	197	12308552	12308746	195	12303473	12303476	ttta	12308747	12308750	ttta	12303685	12303694	aagagataag	-	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12303477_12308746	5278	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	103	0.0195445920303605	127	0.0240986717267552	812	0.154079696394687	30	0.00569259962049336	0	1	0.0050761421319797	3	0.0152284263959391	27	0.137055837563452	0	0	0	1	0.0050761421319797	3	0.0152284263959391	27	0.137055837563452	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon226	NA	85.9	(84,86]	NA	0	3	12314647	12319070	-	4424	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12314647	12314861	215	12318844	12319070	227	12314643	12314646	aaat	12319071	12319074	aaat	12314869	12314877	gaagagaaa	-	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12314647_12319070	4432	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	117	0.0264466546112116	109	0.0246383363471971	582	0.131555153707052	41	0.00926763110307414	0	4	0.0186046511627907	1	0.00465116279069767	23	0.106976744186047	0	0	0	4	0.0186046511627907	1	0.00465116279069767	23	0.106976744186047	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon227	NA	96.83	(96,98]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	4	3	12478086	12486327	+	8242	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12478086	12479253	1168	12485171	12486327	1157	12478082	12478085	ttct	12486328	12486331	ttct	12485161	12485169	gggggagaa	+	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12478086_12486327	8250	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	318	0.0385828682358651	325	0.0394321766561514	622	0.0754671196311575	52	0.00630914826498423	0	42	0.0363007778738116	27	0.0233362143474503	70	0.0605012964563526	6	0.00518582541054451	0	42	0.0363007778738116	27	0.0233362143474503	70	0.0605012964563526	6	0.00518582541054451	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon228	NA	94.04	(94,96]	Retrotrans_gag/RVT_1/RNase_H/rve	2	3	12491757	12502106	-	10350	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12491757	12492226	470	12501642	12502106	465	12491753	12491756	ccaa	12502107	12502110	ccaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12491757_12502106	10358	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	564	0.0544927536231884	467	0.0451207729468599	1743	0.168405797101449	141	0.0136231884057971	0	16	0.0340425531914894	16	0.0340425531914894	86	0.182978723404255	3	0.00638297872340425	0	16	0.0340425531914894	16	0.0340425531914894	86	0.182978723404255	3	0.00638297872340425	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon229	NA	91.76	(90,92]	RVT_1	2	3	12502664	12508397	+	5734	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12502664	12502930	267	12508135	12508397	263	12502660	12502663	tttc	12508398	12508401	tttc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12502664_12508397	5742	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	114	0.0198814091384723	176	0.0306941053365888	782	0.136379490756889	27	0.00470875479595396	0	10	0.0380228136882129	11	0.0418250950570342	55	0.209125475285171	4	0.0152091254752852	0	10	0.0380228136882129	11	0.0418250950570342	55	0.209125475285171	4	0.0152091254752852	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon230	NA	98.44	(98,100]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	4	3	12549509	12555919	-	6411	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12549509	12550408	900	12555024	12555919	896	12549505	12549508	ctcc	12555920	12555923	ctcc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12549509_12555919	6419	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	212	0.0330681640929652	125	0.0194977382623616	988	0.154110123225706	78	0.0121665886757136	0	17	0.0188888888888889	14	0.0155555555555556	192	0.213333333333333	8	0.00888888888888889	0	17	0.0188888888888889	14	0.0155555555555556	192	0.213333333333333	8	0.00888888888888889	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon231	NA	98.84	(98,100]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	5	3	12613331	12620941	-	7611	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12613331	12614366	1036	12619912	12620941	1030	12613325	12613330	ttaaaa	12620942	12620947	ttaaaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12613331_12620941	7623	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	304	0.0399421889370648	308	0.0404677440546577	559	0.0734463276836158	58	0.00762054920509788	0	40	0.0386100386100386	27	0.0260617760617761	56	0.0540540540540541	6	0.00579150579150579	0	40	0.0386100386100386	27	0.0260617760617761	56	0.0540540540540541	6	0.00579150579150579	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon232	NA	83.78	(82,84]	NA	0	3	12636500	12644002	-	7503	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12636500	12636875	376	12643636	12644002	367	12636496	12636499	tcat	12644003	12644006	tcat	12636897	12636904	aaagaaag	-	22	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12636500_12644002	7511	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	211	0.0281220844995335	121	0.0161268825803012	979	0.130481140876983	41	0.00546448087431694	0	2	0.00531914893617021	2	0.00531914893617021	60	0.159574468085106	0	0	0	2	0.00531914893617021	2	0.00531914893617021	60	0.159574468085106	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon233	NA	83.19	(82,84]	rve	0	3	12674274	12684173	-	9900	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12674274	12674386	113	12684061	12684173	113	12674270	12674273	gaat	12684174	12684177	gaat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12674274_12684173	9908	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	327	0.033030303030303	250	0.0252525252525253	1338	0.135151515151515	59	0.00595959595959596	0	1	0.00884955752212389	2	0.0176991150442478	10	0.0884955752212389	0	0	0	1	0.00884955752212389	2	0.0176991150442478	10	0.0884955752212389	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon234	NA	96.1	(96,98]	Retrotrans_gag	2	3	12695928	12704543	+	8616	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12695928	12697878	1951	12702606	12704543	1938	12695924	12695927	gtgg	12704544	12704547	gtgg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12695928_12704543	8624	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	223	0.0258820798514392	285	0.0330779944289694	1097	0.127321262766945	50	0.00580315691736305	0	58	0.0299277605779154	48	0.0247678018575851	250	0.128998968008256	10	0.00515995872033024	0	58	0.0299277605779154	48	0.0247678018575851	250	0.128998968008256	10	0.00515995872033024	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon235	NA	95	(94,96]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	4	3	12960389	12968468	-	8080	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12960389	12961529	1141	12967339	12968468	1130	12960385	12960388	ggtc	12968469	12968472	ggtc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__12960389_12968468	8088	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	302	0.0373762376237624	324	0.0400990099009901	613	0.0758663366336634	57	0.00705445544554455	0	36	0.0315512708150745	30	0.0262927256792287	68	0.0595968448729185	6	0.00525854513584575	0	36	0.0315512708150745	30	0.0262927256792287	68	0.0595968448729185	6	0.00525854513584575	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon236	NA	96.17	(96,98]	Retrotrans_gag/RVT_1	3	3	13087350	13092790	-	5441	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13087350	13088106	757	13092042	13092790	749	13087346	13087349	cctc	13092791	13092794	cctc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__13087350_13092790	5449	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	333	0.0612019849292409	232	0.0426392207314832	814	0.149604852049256	96	0.0176438154750965	0	45	0.059445178335535	28	0.0369881109643329	111	0.14663143989432	17	0.0224570673712021	0	45	0.059445178335535	28	0.0369881109643329	111	0.14663143989432	17	0.0224570673712021	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon237	NA	86.79	(86,88]	RVT_1/rve	4	3	13096163	13112097	+	15935	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13096163	13096903	741	13111356	13112097	742	13096159	13096162	taag	13112098	13112101	taag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__13096163_13112097	15943	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	401	0.0251647317226232	431	0.0270473799811735	1701	0.106746156259805	84	0.00527141512394101	0	11	0.0148247978436658	9	0.0121293800539084	98	0.132075471698113	1	0.00134770889487871	0	11	0.0148247978436658	9	0.0121293800539084	98	0.132075471698113	1	0.00134770889487871	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon238	NA	90.88	(90,92]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	4	3	13318010	13323173	-	5164	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13318010	13318269	260	13322900	13323173	274	13318006	13318009	gtaa	13323174	13323177	gtaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__13318010_13323173	5172	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	116	0.0224632068164214	186	0.0360185902401239	555	0.107474825716499	20	0.00387296669248644	0	11	0.0423076923076923	8	0.0307692307692308	21	0.0807692307692308	1	0.00384615384615385	0	11	0.0423076923076923	8	0.0307692307692308	21	0.0807692307692308	1	0.00384615384615385	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon239	NA	80.41	(80,82]	NA	0	3	13334612	13342566	.	7955	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13334612	13334745	134	13342419	13342566	148	13334608	13334611	ttaa	13342567	13342570	ttaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__13334612_13342566	7963	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	116	0.0145820238843495	190	0.0238843494657448	671	0.0843494657448146	24	0.00301697045883092	0	3	0.0202702702702703	0	0	8	0.0540540540540541	0	0	0	3	0.0202702702702703	0	0	8	0.0540540540540541	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon240	NA	96.05	(96,98]	rve	5	3	13360109	13368309	-	8201	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13360109	13360639	531	13367779	13368309	531	13360104	13360108	ccacc	13368310	13368314	ccacc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__13360109_13368309	8211	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	129	0.0157297890501158	352	0.0429215949274479	865	0.105474942080234	14	0.00170710888915986	0	10	0.0188323917137476	17	0.032015065913371	38	0.0715630885122411	1	0.00188323917137476	0	10	0.0188323917137476	17	0.032015065913371	38	0.0715630885122411	1	0.00188323917137476	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon241	NA	98.41	(98,100]	rve	3	3	13369174	13374107	+	4934	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13369174	13369613	440	13373667	13374107	441	13369169	13369173	caccc	13374108	13374112	caccc	13373658	13373666	aagaggggg	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__13369174_13374107	4944	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	113	0.0229023104985813	32	0.00648561005269558	662	0.13417105796514	25	0.00506688285366842	0	0	0	2	0.00453514739229025	71	0.160997732426304	0	0	0	0	0	2	0.00453514739229025	71	0.160997732426304	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon242	NA	94.06	(94,96]	Retrotrans_gag/RVT_1/RNase_H/rve	5	3	13440036	13449242	-	9207	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13440036	13440506	471	13448785	13449242	458	13440032	13440035	ttaa	13449243	13449246	ttaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__13440036_13449242	9215	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	518	0.0562615401325079	383	0.0415987835342674	1552	0.168567394373846	125	0.0135766264798523	0	13	0.0276008492569002	17	0.0360934182590234	79	0.167728237791932	3	0.00636942675159236	0	13	0.0276008492569002	17	0.0360934182590234	79	0.167728237791932	3	0.00636942675159236	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon243	NA	96.27	(96,98]	Retrotrans_gag	2	3	14073146	14081964	-	8819	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14073146	14074779	1634	14080334	14081964	1631	14073142	14073145	acca	14081965	14081968	acca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14073146_14081964	8827	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	204	0.0231318743621726	270	0.0306157160675814	1330	0.150810749518086	37	0.00419548701666856	0	54	0.0330477356181151	51	0.0312117503059976	245	0.149938800489596	7	0.00428396572827417	0	54	0.0330477356181151	51	0.0312117503059976	245	0.149938800489596	7	0.00428396572827417	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon244	NA	99.12	(98,100]	Retrotrans_gag	4	3	14117876	14141561	+	23686	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14117876	14119466	1591	14139972	14141561	1590	14117872	14117875	tcat	14141562	14141565	tcat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14117876_14141561	23694	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	741	0.0312843029637761	717	0.0302710461876214	3415	0.144177995440345	163	0.00688170227138394	303	50	0.0314465408805031	46	0.0289308176100629	199	0.125157232704403	11	0.00691823899371069	0	50	0.0314465408805031	46	0.0289308176100629	199	0.125157232704403	11	0.00691823899371069	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon245	NA	84.29	(84,86]	NA	5	3	14272824	14285579	.	12756	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14272824	14272963	140	14285443	14285579	137	14272815	14272823	atactaatt	14285580	14285588	atactaatt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14272824_14285579	12774	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	226	0.017717152712449	368	0.0288491690185011	1629	0.127704609595484	54	0.00423330197554092	0	0	0	0	0	10	0.072992700729927	0	0	0	0	0	0	0	10	0.072992700729927	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon246	NA	90.4	(90,92]	rve	1	3	14329874	14334136	+	4263	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14329874	14329998	125	14334016	14334136	121	14329870	14329873	ttca	14334137	14334140	ttca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14329874_14334136	4271	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	137	0.0321369927281257	123	0.0288529204785362	870	0.204081632653061	38	0.0089139103917429	0	0	0	1	0.00826446280991736	13	0.107438016528926	0	0	0	0	0	1	0.00826446280991736	13	0.107438016528926	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon247	NA	77.52	(76,78]	Retrotrans_gag/RVT_1	4	3	14504089	14511689	-	7601	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14504089	14504217	129	14511568	14511689	122	14504085	14504088	atat	14511690	14511693	atat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14504089_14511689	7609	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	310	0.0407841073542955	216	0.0284173135113801	1102	0.144980923562689	93	0.0122352322062886	0	1	0.00775193798449612	2	0.0155038759689922	25	0.193798449612403	0	0	0	1	0.00775193798449612	2	0.0155038759689922	25	0.193798449612403	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon248	NA	93.91	(92,94]	NA	2	3	14579222	14584089	+	4868	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14579222	14579707	486	14583597	14584089	493	14579218	14579221	gagt	14584090	14584093	gagt	14583566	14583576	ggagatgggag	+	21	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14579222_14584089	4876	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	162	0.033278553820871	128	0.0262941659819228	740	0.152013147082991	17	0.00349219391947412	0	16	0.0324543610547667	8	0.0162271805273834	56	0.113590263691684	0	0	0	16	0.0324543610547667	8	0.0162271805273834	56	0.113590263691684	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon249	NA	78.23	(78,80]	rve	1	3	14608928	14615360	-	6433	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14608928	14609051	124	14615245	14615360	116	14608924	14608927	attc	14615361	14615364	attc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14608928_14615360	6441	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	120	0.0186538162599098	131	0.0203637494170682	666	0.1035286802425	22	0.0034198663143168	0	3	0.0241935483870968	6	0.0483870967741935	13	0.104838709677419	2	0.0161290322580645	0	3	0.0241935483870968	6	0.0483870967741935	13	0.104838709677419	2	0.0161290322580645	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon250	NA	96.43	(96,98]	NA	3	3	14616107	14623209	+	7103	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14616107	14616832	726	14622481	14623209	729	14616103	14616106	gtat	14623210	14623213	gtat	14622471	14622483	aaaaagggagaga	+	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14616107_14623209	7111	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	149	0.0209770519498803	279	0.039279177812192	753	0.106011544417852	17	0.00239335492045615	0	21	0.0288065843621399	18	0.0246913580246914	67	0.0919067215363512	1	0.00137174211248285	0	21	0.0288065843621399	18	0.0246913580246914	67	0.0919067215363512	1	0.00137174211248285	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon251	NA	97.92	(96,98]	rve	2	3	14671141	14675856	+	4716	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14671141	14671429	289	14675568	14675856	289	14671136	14671140	aaatg	14675857	14675861	aaatg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14671141_14675856	4726	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	98	0.0207803223070399	108	0.0229007633587786	582	0.123409669211196	18	0.00381679389312977	0	0	0	0	0	28	0.0968858131487889	0	0	0	0	0	0	0	28	0.0968858131487889	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon252	NA	92.13	(92,94]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	2	3	14729381	14734607	-	5227	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14729381	14729774	394	14734215	14734607	393	14729375	14729380	ggtttg	14734608	14734613	ggtttg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14729381_14734607	5239	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	225	0.0430457241247369	130	0.0248708628276258	692	0.132389515974747	35	0.00669600153051464	0	12	0.0304568527918782	8	0.0203045685279188	72	0.182741116751269	1	0.00253807106598985	0	12	0.0304568527918782	8	0.0203045685279188	72	0.182741116751269	1	0.00253807106598985	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon253	NA	88.46	(88,90]	NA	6	3	14762490	14785730	.	23241	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14762490	14762671	182	14785550	14785730	181	14762486	14762489	aaca	14785731	14785734	aaca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14762490_14785730	23249	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	532	0.0228905813002883	690	0.0296889118368401	3372	0.145088421324384	111	0.00477604233896992	0	7	0.0386740331491713	2	0.0110497237569061	19	0.104972375690608	1	0.00552486187845304	0	7	0.0386740331491713	2	0.0110497237569061	19	0.104972375690608	1	0.00552486187845304	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon254	NA	90.66	(90,92]	rve/RVT_1	2	3	14860990	14866191	+	5202	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14860990	14861246	257	14865941	14866191	251	14860986	14860989	taat	14866192	14866195	taat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14860990_14866191	5210	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	81	0.0155709342560554	283	0.05440215301807	531	0.102076124567474	10	0.00192233756247597	0	6	0.0239043824701195	8	0.0318725099601594	32	0.127490039840637	1	0.00398406374501992	0	6	0.0239043824701195	8	0.0318725099601594	32	0.127490039840637	1	0.00398406374501992	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon255	NA	88.1	(88,90]	NA	0	3	14890955	14900038	.	9084	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14890955	14891164	210	14899837	14900038	202	14890951	14890954	tctt	14900039	14900042	tctt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14890955_14900038	9092	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	169	0.0186041391457508	155	0.0170629678555702	1076	0.118450022016733	21	0.00231175693527081	0	4	0.0198019801980198	4	0.0198019801980198	32	0.158415841584158	2	0.0099009900990099	0	4	0.0198019801980198	4	0.0198019801980198	32	0.158415841584158	2	0.0099009900990099	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon256	NA	97.59	(96,98]	NA	0	3	14956986	14962254	-	5269	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14956986	14957276	291	14961970	14962254	285	14956982	14956985	attg	14962255	14962258	attg	14957279	14957287	aagggggag	-	3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__14956986_14962254	5277	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	76	0.0144239893717973	65	0.0123363066995635	576	0.109318656291516	9	0.00170810400455494	0	1	0.00343642611683849	4	0.013745704467354	53	0.18213058419244	0	0	0	1	0.00343642611683849	4	0.013745704467354	53	0.18213058419244	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon257	NA	97.01	(96,98]	rve	5	3	15540529	15549180	+	8652	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15540529	15541024	496	15548679	15549180	502	15540525	15540528	aaaa	15549181	15549184	aaaa	15548663	15548679	agagaaaaagggggtga	+	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__15540529_15549180	8660	17	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	144	0.0166435506241331	359	0.0414932963476653	1017	0.11754507628294	29	0.00335182616736015	0	10	0.0199203187250996	22	0.0438247011952191	40	0.0796812749003984	1	0.00199203187250996	0	10	0.0199203187250996	22	0.0438247011952191	40	0.0796812749003984	1	0.00199203187250996	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon258	NA	96.29	(96,98]	rve	4	3	15591669	15600822	+	9154	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15591669	15592180	512	15600314	15600822	509	15591665	15591668	cttc	15600823	15600826	cttc	15600300	15600319	aaaaagggggagaatgaaga	+	5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__15591669_15600822	9162	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	218	0.0238147258029277	443	0.0483941446362246	1060	0.115796373170199	56	0.0061175442429539	0	12	0.0235756385068762	15	0.0294695481335953	43	0.0844793713163065	1	0.00196463654223969	0	12	0.0235756385068762	15	0.0294695481335953	43	0.0844793713163065	1	0.00196463654223969	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon259	NA	95.18	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	3	3	15621872	15626854	+	4983	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15621872	15622035	164	15626689	15626854	166	15621868	15621871	gttt	15626855	15626858	gttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__15621872_15626854	4991	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	66	0.0132450331125828	142	0.0284968894240417	627	0.125827814569536	10	0.00200682319887618	0	3	0.0180722891566265	5	0.0301204819277108	12	0.072289156626506	1	0.00602409638554217	0	3	0.0180722891566265	5	0.0301204819277108	12	0.072289156626506	1	0.00602409638554217	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon260	NA	98.77	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	1	3	15768786	15773747	-	4962	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15768786	15768947	162	15773586	15773747	162	15768782	15768785	ctag	15773748	15773751	ctag	15768920	15768927	taaaccat	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__15768786_15773747	4970	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	98	0.0197501007658202	182	0.0366787585650947	628	0.126561870213624	21	0.00423216444981862	0	4	0.0246913580246914	7	0.0432098765432099	13	0.0802469135802469	3	0.0185185185185185	0	4	0.0246913580246914	7	0.0432098765432099	13	0.0802469135802469	3	0.0185185185185185	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon261	NA	84.42	(84,86]	NA	2	3	15779153	15801235	+	22083	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15779153	15779338	186	15801037	15801235	199	15779149	15779152	agta	15801236	15801239	agta	15801046	15801064	gagaggtagaggaagatga	+	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__15779153_15801235	22091	19	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	452	0.0204682334827696	442	0.0200153964588145	3073	0.139156817461396	83	0.00375854729882715	0	11	0.0552763819095477	4	0.0201005025125628	22	0.110552763819095	1	0.0050251256281407	0	11	0.0552763819095477	4	0.0201005025125628	22	0.110552763819095	1	0.0050251256281407	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon262	NA	94.58	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	2	3	15919026	15924075	-	5050	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15919026	15919228	203	15923874	15924075	202	15919022	15919025	gtta	15924076	15924079	gtta	15919233	15919244	ccatcttgaggg	-	5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__15919026_15924075	5058	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	83	0.0164356435643564	171	0.0338613861386139	825	0.163366336633663	18	0.00356435643564356	0	0	0	1	0.00492610837438424	15	0.0738916256157636	0	0	0	0	0	1	0.00492610837438424	15	0.0738916256157636	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon263	NA	87.62	(86,88]	RVT_1	4	3	16172247	16183071	+	10825	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16172247	16172351	105	16182971	16183071	101	16172243	16172246	tttt	16183072	16183075	tttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__16172247_16183071	10833	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	247	0.0228175519630485	275	0.0254041570438799	1173	0.108360277136259	47	0.00434180138568129	0	0	0	1	0.0099009900990099	18	0.178217821782178	0	0	0	0	0	1	0.0099009900990099	18	0.178217821782178	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon264	NA	83.74	(82,84]	RVT_1	4	3	16243296	16256896	+	13601	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16243296	16243418	123	16256788	16256896	109	16243292	16243295	ttgt	16256897	16256900	ttgt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__16243296_16256896	13609	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	418	0.0307330343357106	388	0.0285273141680759	1759	0.129328725828983	92	0.00676420851407985	0	4	0.036697247706422	2	0.018348623853211	13	0.119266055045872	1	0.00917431192660551	0	4	0.036697247706422	2	0.018348623853211	13	0.119266055045872	1	0.00917431192660551	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon265	NA	97.84	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	1	3	16809187	16814152	-	4966	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16809187	16809418	232	16813921	16814152	232	16809182	16809186	aacat	16814153	16814157	aacat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__16809187_16814152	4976	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	156	0.031413612565445	197	0.0396697543294402	625	0.125855819573097	38	0.0076520338300443	0	8	0.0344827586206897	5	0.021551724137931	27	0.116379310344828	1	0.00431034482758621	0	8	0.0344827586206897	5	0.021551724137931	27	0.116379310344828	1	0.00431034482758621	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon266	NA	80.71	(80,82]	NA	1	3	16826414	16832203	.	5790	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16826414	16826547	134	16832064	16832203	140	16826410	16826413	tcat	16832204	16832207	tcat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__16826414_16832203	5798	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	91	0.0157167530224525	132	0.0227979274611399	621	0.107253886010363	15	0.00259067357512953	0	4	0.0285714285714286	2	0.0142857142857143	10	0.0714285714285714	1	0.00714285714285714	0	4	0.0285714285714286	2	0.0142857142857143	10	0.0714285714285714	1	0.00714285714285714	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon267	NA	85.05	(84,86]	NA	3	3	16885889	16894261	-	8373	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16885889	16885988	100	16894155	16894261	107	16885885	16885888	ttta	16894262	16894265	ttta	16885982	16885990	aaaaaagag	-	6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__16885889_16894261	8381	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	254	0.0303356025319479	219	0.0261554998208527	1142	0.136390779887734	62	0.00740475337394005	0	6	0.06	4	0.04	12	0.12	2	0.02	0	6	0.06	4	0.04	12	0.12	2	0.02	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon268	NA	97.17	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	3	3	16957465	16962731	-	5267	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16957465	16957957	493	16962238	16962731	494	16957460	16957464	ccctt	16962732	16962736	ccctt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__16957465_16962731	5277	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	69	0.0131004366812227	256	0.048604518701348	848	0.161002468198215	17	0.00322764382001139	0	10	0.0202839756592292	21	0.0425963488843813	82	0.16632860040568	2	0.00405679513184584	0	10	0.0202839756592292	21	0.0425963488843813	82	0.16632860040568	2	0.00405679513184584	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon269	NA	81.22	(80,82]	NA	0	3	17031074	17041106	-	10033	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17031074	17031271	198	17040894	17041106	213	17031070	17031073	tcca	17041107	17041110	tcca	17031264	17031276	gaaaaaagaaaaa	-	7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__17031074_17041106	10041	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	222	0.0221269809628227	214	0.0213296122794777	1318	0.131366490581082	67	0.00667796272301405	0	8	0.0404040404040404	8	0.0404040404040404	27	0.136363636363636	3	0.0151515151515152	0	8	0.0404040404040404	8	0.0404040404040404	27	0.136363636363636	3	0.0151515151515152	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon270	NA	83.59	(82,84]	NA	2	3	17235380	17239718	.	4339	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17235380	17235702	323	17239403	17239718	316	17235376	17235379	cttg	17239719	17239722	cttg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__17235380_17239718	4347	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	128	0.0294998847660751	72	0.0165936851809173	630	0.145194745333026	24	0.00553122839363909	0	15	0.0474683544303797	6	0.0189873417721519	52	0.164556962025316	4	0.0126582278481013	0	15	0.0474683544303797	6	0.0189873417721519	52	0.164556962025316	4	0.0126582278481013	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon271	NA	87.39	(86,88]	NA	2	3	17354612	17359635	-	5024	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17354612	17354839	228	17359406	17359635	230	17354607	17354611	tgtaa	17359636	17359640	tgtaa	17354824	17354832	gaaaaagga	-	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__17354612_17359635	5034	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	89	0.0177149681528662	106	0.0210987261146497	668	0.13296178343949	20	0.00398089171974522	0	7	0.0307017543859649	9	0.0394736842105263	37	0.162280701754386	2	0.0087719298245614	0	7	0.0307017543859649	9	0.0394736842105263	37	0.162280701754386	2	0.0087719298245614	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon272	NA	81.9	(80,82]	NA	4	3	17403584	17414141	.	10558	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17403584	17403699	116	17414031	17414141	111	17403580	17403583	gtaa	17414142	17414145	gtaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__17403584_17414141	10566	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	151	0.0143019511271074	253	0.0239628717560144	881	0.083443834059481	28	0.0026520174275431	0	1	0.00900900900900901	1	0.00900900900900901	5	0.045045045045045	0	0	0	1	0.00900900900900901	1	0.00900900900900901	5	0.045045045045045	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon273	NA	90.83	(90,92]	NA	0	3	17447389	17451847	+	4459	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17447389	17447606	218	17451630	17451847	218	17447385	17447388	aata	17451848	17451851	aata	17451623	17451631	ggaaaaaaa	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__17447389_17451847	4467	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	134	0.0300515810719892	88	0.0197353666741422	531	0.119084996636017	21	0.00470957613814757	0	10	0.0458715596330275	4	0.018348623853211	21	0.0963302752293578	0	0	0	10	0.0458715596330275	4	0.018348623853211	21	0.0963302752293578	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon274	NA	94.83	(94,96]	rve	2	3	17978754	17983948	-	5195	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17978754	17979256	503	17983427	17983948	522	17978750	17978753	agtt	17983949	17983952	agtt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__17978754_17983948	5203	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	77	0.0148219441770934	230	0.0442733397497594	524	0.100866217516843	16	0.00307988450433109	0	19	0.0377733598409543	19	0.0377733598409543	44	0.0874751491053678	5	0.0099403578528827	0	19	0.0377733598409543	19	0.0377733598409543	44	0.0874751491053678	5	0.0099403578528827	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon275	NA	83.33	(82,84]	NA	2	3	18151296	18168081	.	16786	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18151296	18151457	162	18167932	18168081	150	18151292	18151295	gaca	18168082	18168085	gaca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__18151296_18168081	16794	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	482	0.0287144048611939	464	0.0276420826879542	2175	0.129572262599786	113	0.00673180030978196	0	0	0	7	0.0466666666666667	26	0.173333333333333	0	0	0	0	0	7	0.0466666666666667	26	0.173333333333333	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon276	NA	82.8	(82,84]	NA	1	3	18169847	18174127	+	4281	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18169847	18170032	186	18173949	18174127	179	18169843	18169846	agaa	18174128	18174131	agaa	18173936	18173953	aggaggaggtaagggagg	+	4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__18169847_18174127	4289	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	94	0.0219574865685587	87	0.0203223545900491	422	0.0985750992758701	18	0.00420462508759636	0	4	0.0223463687150838	6	0.0335195530726257	19	0.106145251396648	0	0	0	4	0.0223463687150838	6	0.0335195530726257	19	0.106145251396648	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon277	NA	92.21	(92,94]	NA	1	3	18536569	18541113	.	4545	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18536569	18536719	151	18540960	18541113	154	18536565	18536568	tgat	18541114	18541117	tgat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__18536569_18541113	4553	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	102	0.0224422442244224	106	0.0233223322332233	605	0.133113311331133	30	0.0066006600660066	0	1	0.00649350649350649	5	0.0324675324675325	20	0.12987012987013	0	0	0	1	0.00649350649350649	5	0.0324675324675325	20	0.12987012987013	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon278	NA	95.88	(94,96]	NA	0	3	18734248	18739393	-	5146	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18734248	18734417	170	18739231	18739393	163	18734244	18734247	agaa	18739394	18739397	agaa	18734390	18734399	agagaaagag	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__18734248_18739393	5154	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	78	0.0151574038087835	62	0.0120481927710843	653	0.126894675476098	10	0.00194325689856199	0	1	0.00588235294117647	1	0.00588235294117647	17	0.1	0	0	0	1	0.00588235294117647	1	0.00588235294117647	17	0.1	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon279	NA	96.2	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	1	3	18791152	18796089	+	4938	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18791152	18791519	368	18795736	18796089	354	18791148	18791151	tgct	18796090	18796093	tgct	18795727	18795735	gagggggaa	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__18791152_18796089	4946	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	95	0.0192385581206966	185	0.0374645605508303	805	0.16302146618064	25	0.0050627784528149	0	3	0.00847457627118644	9	0.0254237288135593	57	0.161016949152542	1	0.00282485875706215	0	3	0.00847457627118644	9	0.0254237288135593	57	0.161016949152542	1	0.00282485875706215	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon280	NA	85.12	(84,86]	NA	1	3	19290470	19296623	+	6154	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	19290470	19290678	209	19296409	19296623	215	19290466	19290469	cttt	19296624	19296627	cttt	19296420	19296431	aaaggagaaaga	+	22	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__19290470_19296623	6162	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	159	0.025836854078648	119	0.0193370165745856	796	0.129346766330842	30	0.0048748781280468	0	9	0.0418604651162791	7	0.0325581395348837	34	0.158139534883721	3	0.013953488372093	0	9	0.0418604651162791	7	0.0325581395348837	34	0.158139534883721	3	0.013953488372093	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon281	NA	80.21	(80,82]	NA	3	3	19759349	19765040	.	5692	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	19759349	19759537	189	19764849	19765040	192	19759345	19759348	gagg	19765041	19765044	gagg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__19759349_19765040	5700	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	128	0.022487702037948	135	0.0237174982431483	904	0.158819395643008	32	0.005621925509487	0	2	0.0104166666666667	6	0.03125	34	0.177083333333333	1	0.00520833333333333	0	2	0.0104166666666667	6	0.03125	34	0.177083333333333	1	0.00520833333333333	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon282	NA	98.54	(98,100]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	2	3	20304946	20310167	-	5222	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	20304946	20305287	342	20309827	20310167	341	20304941	20304945	gtgtg	20310168	20310172	gtgtg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__20304946_20310167	5232	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	126	0.0241286863270777	190	0.036384527001149	565	0.108196093450785	20	0.00382995021064726	0	12	0.0350877192982456	8	0.0233918128654971	28	0.0818713450292398	1	0.00292397660818713	0	12	0.0350877192982456	8	0.0233918128654971	28	0.0818713450292398	1	0.00292397660818713	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon283	NA	88.92	(88,90]	NA	1	3	21485038	21491983	.	6946	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21485038	21485394	357	21491623	21491983	361	21485034	21485037	cctg	21491984	21491987	cctg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__21485038_21491983	6954	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	157	0.022602936942125	195	0.0280737114886265	834	0.120069104520587	32	0.00460696803915923	0	7	0.0193905817174515	4	0.0110803324099723	46	0.127423822714681	0	0	0	7	0.0193905817174515	4	0.0110803324099723	46	0.127423822714681	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon284	NA	74.38	(74,76]	NA	1	3	21576037	21593706	-	17670	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21576037	21576229	193	21593504	21593706	203	21576033	21576036	ttaa	21593707	21593710	ttaa	21576203	21576222	ggaggagaaactggaagaag	-	26	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__21576037_21593706	17678	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	385	0.0217883418222977	494	0.0279569892473118	1961	0.110979060554612	71	0.00401810979060555	0	3	0.0155440414507772	10	0.0518134715025907	13	0.0673575129533679	0	0	0	3	0.0155440414507772	10	0.0518134715025907	13	0.0673575129533679	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon285	NA	85.36	(84,86]	NA	4	3	21642929	21660064	.	17136	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21642929	21643290	362	21659712	21660064	353	21642925	21642928	tctg	21660065	21660068	tctg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__21642929_21660064	17144	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	385	0.0224673202614379	520	0.0303454715219421	2152	0.125583566760037	64	0.00373482726423903	0	15	0.0424929178470255	17	0.0481586402266289	49	0.138810198300283	4	0.0113314447592068	0	15	0.0424929178470255	17	0.0481586402266289	49	0.138810198300283	4	0.0113314447592068	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon286	NA	81.43	(80,82]	NA	3	3	21894821	21904623	-	9803	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21894821	21894960	140	21904490	21904623	134	21894817	21894820	gtga	21904624	21904627	gtga	21894969	21894977	gagaagaga	-	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__21894821_21904623	9811	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	211	0.0215240232581863	245	0.0249923492808324	1338	0.136488829950015	44	0.0044884219116597	0	2	0.0142857142857143	6	0.0428571428571429	19	0.135714285714286	1	0.00714285714285714	0	2	0.0142857142857143	6	0.0428571428571429	19	0.135714285714286	1	0.00714285714285714	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon287	NA	79.49	(78,80]	NA	0	3	21971055	21975268	+	4214	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21971055	21971210	156	21975114	21975268	155	21971051	21971054	tcta	21975269	21975272	tcta	21975102	21975113	ggagaagaagga	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__21971055_21975268	4222	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	91	0.0215946843853821	97	0.0230185097294732	493	0.116990982439487	12	0.00284765068818225	0	4	0.0258064516129032	3	0.0193548387096774	20	0.129032258064516	0	0	0	4	0.0258064516129032	3	0.0193548387096774	20	0.129032258064516	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon288	NA	81.52	(80,82]	NA	1	3	22015001	22020670	.	5670	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22015001	22015184	184	22020491	22020670	180	22014997	22015000	tcag	22020671	22020674	tcag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__22015001_22020670	5678	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	145	0.0255731922398589	132	0.0232804232804233	767	0.135273368606702	32	0.00564373897707231	0	5	0.0277777777777778	1	0.00555555555555556	22	0.122222222222222	1	0.00555555555555556	0	5	0.0277777777777778	1	0.00555555555555556	22	0.122222222222222	1	0.00555555555555556	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon289	NA	99.77	(98,100]	rve	2	3	22059535	22064329	+	4795	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22059535	22059974	440	22063890	22064329	440	22059530	22059534	gctct	22064330	22064334	gctct	22063881	22063889	aagaggggg	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__22059535_22064329	4805	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	111	0.0231491136600626	30	0.00625651720542231	650	0.13555787278415	26	0.00542231491136601	0	0	0	0	0	74	0.168181818181818	0	0	0	0	0	0	0	74	0.168181818181818	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon290	NA	88.17	(88,90]	rve	1	3	22232190	22236820	+	4631	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22232190	22232439	250	22236559	22236820	262	22232186	22232189	gaaa	22236821	22236824	gaaa	22236550	22236558	aagggaggg	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__22232190_22236820	4639	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	125	0.026992010364932	148	0.0319585402720795	424	0.0915568991578493	28	0.00604621032174476	0	7	0.0267175572519084	6	0.0229007633587786	23	0.0877862595419847	2	0.00763358778625954	0	7	0.0267175572519084	6	0.0229007633587786	23	0.0877862595419847	2	0.00763358778625954	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon291	NA	99.66	(98,100]	NA	0	3	22237229	22242466	-	5238	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22237229	22238122	894	22241573	22242466	894	22237225	22237228	gact	22242467	22242470	gact	NA	NA	NA	NA	NA	22241549	22241567	-	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Lys-TTT-1-1 (chr1.trna180-LysTTT) chr1:29833117-29833188 (+) Lys (TTT) 72 bp Sc: 87.3	cgccgtctgtggggaacga	5	0	1	3_CHROMOSOME_dumped__22237229_22242466	5246	NA	19	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	247	0.0471554028255059	210	0.0400916380297824	862	0.164566628484154	66	0.0126002290950745	0	37	0.0413870246085011	25	0.0279642058165548	137	0.15324384787472	14	0.0156599552572707	0	37	0.0413870246085011	25	0.0279642058165548	137	0.15324384787472	14	0.0156599552572707	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon292	NA	79.28	(78,80]	NA	0	3	22334467	22341333	.	6867	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22334467	22334799	333	22341008	22341333	326	22334463	22334466	aatc	22341334	22341337	aatc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__22334467_22341333	6875	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	207	0.0301441677588467	201	0.0292704237658366	864	0.125819134993447	59	0.00859181593126547	0	27	0.0828220858895705	16	0.049079754601227	53	0.162576687116564	9	0.0276073619631902	0	27	0.0828220858895705	16	0.049079754601227	53	0.162576687116564	9	0.0276073619631902	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon293	NA	85.81	(84,86]	Retrotrans_gag/RVT_1/RNase_H/rve	3	3	22513587	22521224	-	7638	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22513587	22513730	144	22521077	22521224	148	22513583	22513586	tctc	22521225	22521228	tctc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__22513587_22521224	7646	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	522	0.0683424980361351	314	0.0411102382822728	1114	0.145849698874051	141	0.0184603299293009	0	14	0.0972222222222222	7	0.0486111111111111	19	0.131944444444444	5	0.0347222222222222	0	14	0.0972222222222222	7	0.0486111111111111	19	0.131944444444444	5	0.0347222222222222	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon294	NA	100	(98,100]	rve	1	3	22695566	22700521	-	4956	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22695566	22696005	440	22700082	22700521	440	22695561	22695565	tacga	22700522	22700526	tacga	22695993	22696001	gaaagttaa	-	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__22695566_22700521	4966	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	117	0.0236077481840194	31	0.00625504439063761	671	0.135391444713479	27	0.00544794188861985	0	0	0	0	0	75	0.170454545454545	0	0	0	0	0	0	0	75	0.170454545454545	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon295	NA	96.82	(96,98]	rve	2	3	23100313	23104853	-	4541	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	23100313	23100532	220	23104635	23104853	219	23100309	23100312	ctaa	23104854	23104857	ctaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	3_CHROMOSOME_dumped__23100313_23104853	4549	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	111	0.0244439550759745	175	0.0385377670116714	463	0.101959920722308	23	0.0050649636643911	0	5	0.0227272727272727	6	0.0272727272727273	20	0.0909090909090909	1	0.00454545454545455	0	5	0.0227272727272727	6	0.0272727272727273	20	0.0909090909090909	1	0.00454545454545455	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon296	NA	90.29	(90,92]	NA	0	4	178046	186886	.	8841	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	178046	178148	103	186785	186886	102	178042	178045	gatg	186887	186890	gatg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__178046_186886	8849	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	151	0.0170795158918674	227	0.0256758285261848	1271	0.143762017871282	40	0.00452437507069336	0	2	0.0196078431372549	9	0.0882352941176471	14	0.137254901960784	2	0.0196078431372549	0	2	0.0196078431372549	9	0.0882352941176471	14	0.137254901960784	2	0.0196078431372549	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon297	NA	87.9	(86,88]	NA	0	4	1340159	1351874	.	11716	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1340159	1340282	124	1351752	1351874	123	1340155	1340158	aata	1351875	1351878	aata	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__1340159_1351874	11724	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	186	0.0158757255035848	195	0.0166439057698873	1264	0.107886650734039	32	0.00273130761351997	0	0	0	1	0.00813008130081301	26	0.211382113821138	0	0	0	0	0	1	0.00813008130081301	26	0.211382113821138	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon298	NA	84.43	(84,86]	NA	2	4	1473821	1478344	-	4524	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1473821	1473933	113	1478223	1478344	122	1473817	1473820	gttt	1478345	1478348	gttt	1473935	1473943	gccatatca	-	2	1478207	1478218	-	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Thr-TGT-4-1 (chr3.trna53-ThrTGT) chr3:21959510-21959580 (+) Thr (TGT) 71 bp Sc: 66.3	cacaagcaggat	4	3	1	4_CHROMOSOME_dumped__1473821_1478344	4532	9	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	148	0.0327144120247569	151	0.0333775419982317	644	0.142351900972591	27	0.00596816976127321	0	3	0.0265486725663717	4	0.0353982300884956	8	0.0707964601769911	0	0	0	3	0.0265486725663717	4	0.0353982300884956	8	0.0707964601769911	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon299	NA	98.7	(98,100]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	4	4	1619054	1624381	+	5328	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1619054	1619283	230	1624151	1624381	231	1619050	1619053	taaa	1624382	1624385	taaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__1619054_1624381	5336	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	194	0.0364114114114114	259	0.0486111111111111	420	0.0788288288288288	41	0.0076951951951952	0	5	0.0216450216450216	1	0.00432900432900433	8	0.0346320346320346	1	0.00432900432900433	0	5	0.0216450216450216	1	0.00432900432900433	8	0.0346320346320346	1	0.00432900432900433	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon300	NA	97.12	(96,98]	rve	1	4	1749269	1755807	+	6539	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1749269	1749855	587	1755218	1755807	590	1749265	1749268	acag	1755808	1755811	acag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__1749269_1755807	6547	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	125	0.0191160727940052	152	0.0232451445175103	694	0.106132436152317	23	0.00351735739409696	0	13	0.0220338983050847	14	0.023728813559322	67	0.113559322033898	4	0.00677966101694915	0	13	0.0220338983050847	14	0.023728813559322	67	0.113559322033898	4	0.00677966101694915	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon301	NA	90.65	(90,92]	Retrotrans_gag	0	4	1814108	1818633	-	4526	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1814108	1814521	414	1818206	1818633	428	1814104	1814107	acca	1818634	1818637	acca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__1814108_1818633	4534	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	122	0.0269553689792311	124	0.0273972602739726	633	0.139858594785683	28	0.00618647812638091	0	10	0.0241545893719807	3	0.0072463768115942	63	0.152173913043478	2	0.00483091787439614	0	10	0.0241545893719807	3	0.0072463768115942	63	0.152173913043478	2	0.00483091787439614	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon302	NA	95.07	(94,96]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	8	4	1943797	1955321	+	11525	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1943797	1944303	507	1954829	1955321	493	1943792	1943796	aagac	1955322	1955326	aagac	NA	NA	NA	NA	NA	1944309	1944323	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Lys-TTT-1-1 (chr1.trna180-LysTTT) chr1:29833117-29833188 (+) Lys (TTT) 72 bp Sc: 87.3	cgccgtctgtgggga	5	0	0	4_CHROMOSOME_dumped__1943797_1955321	11535	NA	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	659	0.0571800433839479	535	0.0464208242950108	1904	0.165206073752711	165	0.0143167028199566	0	19	0.0385395537525355	20	0.0405679513184584	84	0.170385395537525	3	0.00608519269776876	0	19	0.0385395537525355	20	0.0405679513184584	84	0.170385395537525	3	0.00608519269776876	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon303	NA	94.9	(94,96]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	5	4	2001193	2010885	+	9693	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2001193	2001918	726	2010160	2010885	726	2001189	2001192	tgtt	2010886	2010889	tgtt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2001193_2010885	9701	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	660	0.0680903744970597	408	0.0420922315072733	1432	0.147735479211802	182	0.0187764366037347	0	44	0.0606060606060606	28	0.0385674931129477	112	0.154269972451791	16	0.0220385674931129	0	44	0.0606060606060606	28	0.0385674931129477	112	0.154269972451791	16	0.0220385674931129	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon304	NA	89.61	(88,90]	rve	3	4	2064089	2068818	-	4730	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2064089	2064319	231	2068598	2068818	221	2064085	2064088	tctt	2068819	2068822	tctt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2064089_2068818	4738	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	66	0.013953488372093	177	0.0374207188160677	472	0.0997885835095137	10	0.00211416490486258	0	7	0.0303030303030303	8	0.0346320346320346	22	0.0952380952380952	1	0.00432900432900433	0	7	0.0303030303030303	8	0.0346320346320346	22	0.0952380952380952	1	0.00432900432900433	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon305	NA	100	(98,100]	rve	3	4	2188978	2194314	+	5337	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2188978	2189368	391	2193924	2194314	391	2188974	2188977	gttt	2194315	2194318	gttt	2193916	2193924	gagggggag	+	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2188978_2194314	5345	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	138	0.0258572231590781	59	0.0110548997564175	860	0.161139216788458	42	0.00786958965711074	0	5	0.0127877237851662	2	0.0051150895140665	78	0.199488491048593	2	0.0051150895140665	0	5	0.0127877237851662	2	0.0051150895140665	78	0.199488491048593	2	0.0051150895140665	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon306	NA	98.19	(98,100]	NA	1	4	2198167	2203996	-	5830	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2198167	2198717	551	2203444	2203996	553	2198163	2198166	cact	2203997	2204000	cact	2198716	2198728	aaaaagggggaga	-	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2198167_2203996	5838	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	101	0.0173241852487136	212	0.0363636363636364	589	0.101029159519726	19	0.0032590051457976	0	12	0.0217785843920145	20	0.0362976406533575	48	0.0871143375680581	3	0.00544464609800363	0	12	0.0217785843920145	20	0.0362976406533575	48	0.0871143375680581	3	0.00544464609800363	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon307	NA	82.24	(82,84]	NA	5	4	2243443	2261156	-	17714	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2243443	2243656	214	2260951	2261156	206	2243439	2243442	tttc	2261157	2261160	tttc	2243653	2243661	gaaaaaagg	-	3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2243443_2261156	17722	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	527	0.0297504798464491	496	0.0280004516201874	2750	0.155244439426442	114	0.00643558767076888	0	6	0.0280373831775701	3	0.014018691588785	45	0.210280373831776	2	0.00934579439252336	0	6	0.0280373831775701	3	0.014018691588785	45	0.210280373831776	2	0.00934579439252336	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon308	NA	91.96	(90,92]	NA	1	4	2279948	2286705	+	6758	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2279948	2280388	441	2286258	2286705	448	2279944	2279947	ctga	2286706	2286709	ctga	2286248	2286259	gaagaggagaga	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2279948_2286705	6766	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	145	0.0214560520864161	274	0.0405445398046759	1198	0.1772713820657	27	0.00399526487126369	0	13	0.0290178571428571	7	0.015625	88	0.196428571428571	2	0.00446428571428571	0	13	0.0290178571428571	7	0.015625	88	0.196428571428571	2	0.00446428571428571	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon309	NA	95.12	(94,96]	rve	1	4	2302657	2307843	+	5187	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2302657	2303148	492	2307362	2307843	482	2302653	2302656	atat	2307844	2307847	atat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2302657_2307843	5195	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	88	0.0169654906497012	189	0.0364372469635627	533	0.102756892230576	12	0.00231347599768652	0	14	0.029045643153527	17	0.0352697095435685	48	0.0995850622406639	4	0.00829875518672199	0	14	0.029045643153527	17	0.0352697095435685	48	0.0995850622406639	4	0.00829875518672199	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon310	NA	83.98	(82,84]	NA	1	4	2442384	2446881	.	4498	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2442384	2442589	206	2446689	2446881	193	2442380	2442383	tgat	2446882	2446885	tgat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2442384_2446881	4506	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	132	0.0293463761671854	147	0.0326811916407292	575	0.127834593152512	29	0.00644730991551801	0	8	0.0414507772020725	10	0.0518134715025907	19	0.0984455958549223	2	0.0103626943005181	0	8	0.0414507772020725	10	0.0518134715025907	19	0.0984455958549223	2	0.0103626943005181	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon311	NA	94.89	(94,96]	rve	3	4	2597020	2602180	-	5161	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2597020	2597469	450	2601735	2602180	446	2597016	2597019	taga	2602181	2602184	taga	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2597020_2602180	5169	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	91	0.017632241813602	192	0.0372020926177097	545	0.105599689982562	15	0.00290641348575857	0	20	0.0444444444444444	12	0.0266666666666667	45	0.1	4	0.00888888888888889	0	20	0.0444444444444444	12	0.0266666666666667	45	0.1	4	0.00888888888888889	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon312	NA	79.87	(78,80]	NA	1	4	2615229	2622565	.	7337	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2615229	2615387	159	2622424	2622565	142	2615225	2615228	taaa	2622566	2622569	taaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2615229_2622565	7345	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	147	0.020035436827041	87	0.0118577075098814	829	0.112988960065422	24	0.00327109172686384	0	2	0.0140845070422535	1	0.00704225352112676	10	0.0704225352112676	0	0	0	2	0.0140845070422535	1	0.00704225352112676	10	0.0704225352112676	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon313	NA	77.13	(76,78]	NA	0	4	2763293	2771367	.	8075	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2763293	2763465	173	2771180	2771367	188	2763289	2763292	gtca	2771368	2771371	gtca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2763293_2771367	8083	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	190	0.0235294117647059	167	0.0206811145510836	1038	0.128544891640867	30	0.00371517027863777	0	4	0.0212765957446809	6	0.0319148936170213	30	0.159574468085106	2	0.0106382978723404	0	4	0.0212765957446809	6	0.0319148936170213	30	0.159574468085106	2	0.0106382978723404	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon314	NA	96.79	(96,98]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	3	4	2867762	2875913	-	8152	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2867762	2868909	1148	2874761	2875913	1153	2867758	2867761	tttc	2875914	2875917	tttc	2868883	2868890	cggaaaat	-	26	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2867762_2875913	8160	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	309	0.0379048086359176	308	0.0377821393523062	624	0.0765456329735034	56	0.00686947988223749	0	40	0.0348432055749129	24	0.0209059233449477	65	0.0566202090592334	6	0.00522648083623693	0	40	0.0348432055749129	24	0.0209059233449477	65	0.0566202090592334	6	0.00522648083623693	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon315	NA	97.9	(96,98]	NA	0	4	2989830	2994788	.	4959	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2989830	2990401	572	2994219	2994788	570	2989826	2989829	gaaa	2994789	2994792	gaaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__2989830_2994788	4967	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	115	0.0231901593063118	154	0.0310546481145392	975	0.196612220205687	37	0.00746118168985683	0	23	0.0403508771929825	14	0.0245614035087719	101	0.17719298245614	7	0.012280701754386	0	23	0.0403508771929825	14	0.0245614035087719	101	0.17719298245614	7	0.012280701754386	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon316	NA	91.9	(90,92]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	4	4	3704587	3716723	-	12137	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3704587	3705092	506	3716221	3716723	503	3704581	3704586	acccac	3716724	3716729	acccac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__3704587_3716723	12149	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	498	0.0410315563977919	347	0.0285902611848068	1562	0.128697371673395	114	0.00939276592238609	0	12	0.0237154150197628	12	0.0237154150197628	63	0.124505928853755	7	0.0138339920948617	0	12	0.0237154150197628	12	0.0237154150197628	63	0.124505928853755	7	0.0138339920948617	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon317	NA	87.3	(86,88]	RVT_1	1	4	3881650	3886431	+	4782	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3881650	3881823	174	3886243	3886431	189	3881646	3881649	ggag	3886432	3886435	ggag	3886229	3886249	agggtgggggtgggggggggg	+	6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__3881650_3886431	4790	21	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	108	0.0225846925972397	194	0.040568799665412	510	0.106649937264743	21	0.00439146800501882	0	6	0.0317460317460317	1	0.00529100529100529	16	0.0846560846560847	0	0	0	6	0.0317460317460317	1	0.00529100529100529	16	0.0846560846560847	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon318	NA	96.72	(96,98]	NA	4	4	3907466	3915200	+	7735	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3907466	3908075	610	3914591	3915200	610	3907462	3907465	gagc	3915201	3915204	gagc	3914577	3914586	aaaaaggggg	+	5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__3907466_3915200	7743	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	187	0.0241758241758242	314	0.0405946994182288	855	0.110536522301228	29	0.0037491919844861	0	18	0.0295081967213115	15	0.0245901639344262	56	0.0918032786885246	2	0.00327868852459016	0	18	0.0295081967213115	15	0.0245901639344262	56	0.0918032786885246	2	0.00327868852459016	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon319	NA	94.9	(94,96]	NA	3	4	4464332	4482516	.	18185	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4464332	4465306	975	4481536	4482516	981	4464326	4464331	ttcata	4482517	4482522	ttcata	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__4464332_4482516	18197	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	653	0.0359087159747044	572	0.0314544954632939	1947	0.107066263403904	130	0.00714874896893044	0	38	0.0387359836901121	12	0.0122324159021407	85	0.0866462793068298	5	0.00509683995922528	0	38	0.0387359836901121	12	0.0122324159021407	85	0.0866462793068298	5	0.00509683995922528	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon320	NA	90.91	(90,92]	rve	0	4	4623486	4628226	-	4741	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4623486	4623737	252	4627974	4628226	253	4623482	4623485	ttaa	4628227	4628230	ttaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__4623486_4628226	4749	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	104	0.0219363003585741	72	0.0151866694790129	633	0.133516135836321	14	0.00295296350980806	0	0	0	0	0	48	0.19047619047619	0	0	0	0	0	0	0	48	0.19047619047619	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon321	NA	94.41	(94,96]	Retrotrans_gag/RVT_1	2	4	4677141	4684195	-	7055	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4677141	4678300	1160	4683033	4684195	1163	4677137	4677140	attc	4684196	4684199	attc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__4677141_4684195	7063	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	257	0.0364280652019844	258	0.0365698086463501	536	0.0759744861800142	44	0.00623671155209072	0	38	0.0327586206896552	24	0.0206896551724138	74	0.0637931034482759	5	0.00431034482758621	0	38	0.0327586206896552	24	0.0206896551724138	74	0.0637931034482759	5	0.00431034482758621	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon322	NA	97.51	(96,98]	Retrotrans_gag	4	4	4958195	4969598	+	11404	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4958195	4960001	1807	4967795	4969598	1804	4958191	4958194	ttac	4969599	4969602	ttac	NA	NA	NA	NA	NA	4960001	4960013	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Asp-GTC-7-1 (chr1.trna211-AspGTC) chr1:16585702-16585776 (-) Asp (GTC) 75 bp Sc: 57.1	tggcgccgttgcc	1	0	1	4_CHROMOSOME_dumped__4958195_4969598	11412	NA	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	327	0.0286741494212557	454	0.0398105927744651	1788	0.156787092248334	70	0.0061381971238162	0	47	0.0260532150776053	77	0.0426829268292683	289	0.16019955654102	4	0.00221729490022173	0	47	0.0260532150776053	77	0.0426829268292683	289	0.16019955654102	4	0.00221729490022173	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon323	NA	97.07	(96,98]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	4	4	5127101	5135153	-	8053	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5127101	5128258	1158	5133993	5135153	1161	5127097	5127100	ctct	5135154	5135157	ctct	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__5127101_5135153	8061	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	301	0.0373773748913448	328	0.040730162672296	605	0.0751272817583509	56	0.00695393021234323	0	37	0.0319516407599309	31	0.0267702936096718	66	0.0569948186528497	7	0.00604490500863558	0	37	0.0319516407599309	31	0.0267702936096718	66	0.0569948186528497	7	0.00604490500863558	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon324	NA	78.32	(78,80]	NA	0	4	5291921	5296999	+	5079	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5291921	5292146	226	5296798	5296999	202	5291917	5291920	aaat	5297000	5297003	aaat	5296788	5296796	aaggaagag	+	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__5291921_5296999	5087	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	147	0.0289427052569403	86	0.0169324670210671	515	0.101397912974995	22	0.00433156133097066	0	5	0.0247524752475248	4	0.0198019801980198	22	0.108910891089109	1	0.00495049504950495	0	5	0.0247524752475248	4	0.0198019801980198	22	0.108910891089109	1	0.00495049504950495	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon325	NA	90.96	(90,92]	Retrotrans_gag/rve	3	4	5591440	5596425	+	4986	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5591440	5591627	188	5596243	5596425	183	5591436	5591439	atgg	5596426	5596429	atgg	5596236	5596244	gagggggag	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__5591440_5596425	4994	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	162	0.0324909747292419	120	0.0240673886883273	638	0.12795828319294	19	0.00381066987565182	0	4	0.0218579234972678	2	0.0109289617486339	19	0.103825136612022	0	0	0	4	0.0218579234972678	2	0.0109289617486339	19	0.103825136612022	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon326	NA	99.26	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	1	4	5822426	5827300	+	4875	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5822426	5822560	135	5827166	5827300	135	5822421	5822425	atata	5827301	5827305	atata	5827157	5827165	gaggagggg	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__5822426_5827300	4885	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	187	0.0383589743589744	177	0.0363076923076923	749	0.153641025641026	47	0.00964102564102564	0	3	0.0222222222222222	2	0.0148148148148148	20	0.148148148148148	1	0.00740740740740741	0	3	0.0222222222222222	2	0.0148148148148148	20	0.148148148148148	1	0.00740740740740741	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon327	NA	95.71	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	1	4	5987008	5991992	+	4985	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5987008	5987396	389	5991597	5991992	396	5987004	5987007	tgta	5991993	5991996	tgta	5991588	5991596	gaaggaggg	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__5987008_5991992	4993	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	134	0.0268806419257773	182	0.0365095285857573	856	0.171715145436309	41	0.0082246740220662	0	5	0.0126262626262626	12	0.0303030303030303	55	0.138888888888889	2	0.00505050505050505	0	5	0.0126262626262626	12	0.0303030303030303	55	0.138888888888889	2	0.00505050505050505	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon328	NA	98.93	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	1	4	6588726	6593808	+	5083	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6588726	6589098	373	6593436	6593808	373	6588721	6588725	ctttc	6593809	6593813	ctttc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__6588726_6593808	5093	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	146	0.0287231949636042	192	0.0377729687192603	828	0.16289592760181	37	0.00727916584694078	0	10	0.0268096514745308	15	0.0402144772117962	64	0.171581769436997	2	0.00536193029490617	0	10	0.0268096514745308	15	0.0402144772117962	64	0.171581769436997	2	0.00536193029490617	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon329	NA	91.34	(90,92]	NA	0	4	6594136	6598635	+	4500	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6594136	6594412	277	6598364	6598635	272	6594132	6594135	gtag	6598636	6598639	gtag	6598364	6598372	aaaagaaag	+	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__6594136_6598635	4508	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	101	0.0224444444444444	89	0.0197777777777778	637	0.141555555555556	32	0.00711111111111111	0	11	0.0404411764705882	7	0.0257352941176471	45	0.165441176470588	3	0.0110294117647059	0	11	0.0404411764705882	7	0.0257352941176471	45	0.165441176470588	3	0.0110294117647059	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon330	NA	86.64	(86,88]	NA	0	4	6659028	6672586	+	13559	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6659028	6659272	245	6672325	6672586	262	6659024	6659027	caag	6672587	6672590	caag	6672298	6672305	aatggaag	+	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__6659028_6672586	13567	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	240	0.0177004203849841	227	0.0167416476141308	1593	0.117486540305332	31	0.00228630429972712	0	1	0.00381679389312977	5	0.0190839694656489	18	0.0687022900763359	0	0	0	1	0.00381679389312977	5	0.0190839694656489	18	0.0687022900763359	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon331	NA	96.63	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	3	4	6723347	6728791	+	5445	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6723347	6723554	208	6728586	6728791	206	6723343	6723346	tgga	6728792	6728795	tgga	6728576	6728583	gagggggg	+	3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__6723347_6728791	5453	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	84	0.0154269972451791	190	0.0348943985307622	754	0.138475665748393	21	0.00385674931129477	0	8	0.0388349514563107	9	0.0436893203883495	19	0.0922330097087379	5	0.0242718446601942	0	8	0.0388349514563107	9	0.0436893203883495	19	0.0922330097087379	5	0.0242718446601942	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon332	NA	86.99	(86,88]	NA	2	4	6826682	6833259	.	6578	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6826682	6827248	567	6832691	6833259	569	6826678	6826681	tata	6833260	6833263	tata	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__6826682_6833259	6586	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	162	0.0246275463666768	128	0.0194588020674977	948	0.144116752812405	33	0.00501672240802676	0	31	0.054481546572935	17	0.0298769771528998	88	0.154657293497364	6	0.0105448154657293	0	31	0.054481546572935	17	0.0298769771528998	88	0.154657293497364	6	0.0105448154657293	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon333	NA	96.3	(96,98]	Retrotrans_gag/rve	2	4	6914662	6919598	-	4937	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6914662	6914877	216	6919383	6919598	216	6914657	6914661	ctctc	6919599	6919603	ctctc	6914850	6914867	attgctacttatcttatt	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__6914662_6919598	4947	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	168	0.0340287624063196	185	0.0374721490783877	669	0.135507393153737	40	0.00810208628721896	0	0	0	3	0.0138888888888889	36	0.166666666666667	0	0	0	0	0	3	0.0138888888888889	36	0.166666666666667	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon334	NA	88.89	(88,90]	NA	3	4	7298372	7305107	.	6736	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7298372	7298488	117	7304992	7305107	116	7298368	7298371	cgcg	7305108	7305111	cgcg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__7298372_7305107	6744	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	235	0.0348871733966746	197	0.0292458432304038	1032	0.153206650831354	83	0.0123218527315914	0	7	0.0603448275862069	1	0.00862068965517241	13	0.112068965517241	1	0.00862068965517241	0	7	0.0603448275862069	1	0.00862068965517241	13	0.112068965517241	1	0.00862068965517241	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon335	NA	98.77	(98,100]	NA	0	4	7359462	7364591	-	5130	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7359462	7359623	162	7364430	7364591	162	7359457	7359461	atttt	7364592	7364596	atttt	7359596	7359613	agagaaagagatagagga	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__7359462_7364591	5140	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	80	0.0155945419103314	64	0.0124756335282651	660	0.128654970760234	9	0.00175438596491228	0	0	0	1	0.00617283950617284	18	0.111111111111111	0	0	0	0	0	1	0.00617283950617284	18	0.111111111111111	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon336	NA	81.25	(80,82]	NA	1	4	7522904	7527330	+	4427	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7522904	7523122	219	7527107	7527330	224	7522900	7522903	cctg	7527331	7527334	cctg	7527076	7527083	ggaaaaaa	+	24	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__7522904_7527330	4435	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	114	0.0257510729613734	68	0.0153602891348543	596	0.134628416534899	15	0.00338829907386492	0	9	0.0401785714285714	5	0.0223214285714286	35	0.15625	2	0.00892857142857143	0	9	0.0401785714285714	5	0.0223214285714286	35	0.15625	2	0.00892857142857143	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon337	NA	97.53	(96,98]	NA	0	4	7816826	7821792	-	4967	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7816826	7816987	162	7821631	7821792	162	7816821	7816825	gattt	7821793	7821797	gattt	7816960	7816977	agagaaagagatagagga	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__7816826_7821792	4977	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	75	0.0150996577410912	58	0.0116770686531105	647	0.130259714113147	9	0.00181195892893094	0	1	0.00617283950617284	1	0.00617283950617284	17	0.104938271604938	0	0	0	1	0.00617283950617284	1	0.00617283950617284	17	0.104938271604938	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon338	NA	83.62	(82,84]	NA	1	4	8086223	8092247	.	6025	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8086223	8086399	177	8092074	8092247	174	8086219	8086222	attt	8092248	8092251	attt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__8086223_8092247	6033	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	132	0.0219087136929461	138	0.0229045643153527	763	0.126639004149378	31	0.00514522821576763	0	5	0.028735632183908	4	0.0229885057471264	18	0.103448275862069	1	0.00574712643678161	0	5	0.028735632183908	4	0.0229885057471264	18	0.103448275862069	1	0.00574712643678161	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon339	NA	88.28	(88,90]	NA	0	4	8202631	8206965	.	4335	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8202631	8202753	123	8206838	8206965	128	8202627	8202630	tcag	8206966	8206969	tcag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__8202631_8206965	4343	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	111	0.0256055363321799	131	0.0302191464821223	664	0.153171856978085	29	0.00668973471741638	0	2	0.015625	9	0.0703125	18	0.140625	1	0.0078125	0	2	0.015625	9	0.0703125	18	0.140625	1	0.0078125	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon340	NA	90.69	(90,92]	Retrotrans_gag/rve	2	4	8313595	8319066	+	5472	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8313595	8313841	247	8318828	8319066	239	8313591	8313594	acat	8319067	8319070	acat	8318837	8318846	gaggggggga	+	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__8313595_8319066	5480	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	93	0.0169956140350877	196	0.0358187134502924	732	0.133771929824561	20	0.00365497076023392	0	7	0.0292887029288703	4	0.0167364016736402	26	0.108786610878661	2	0.00836820083682008	0	7	0.0292887029288703	4	0.0167364016736402	26	0.108786610878661	2	0.00836820083682008	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon341	NA	87.27	(86,88]	NA	0	4	8589987	8597164	-	7178	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8589987	8590096	110	8597063	8597164	102	8589983	8589986	tgat	8597165	8597168	tgat	8590071	8590079	ggagaaaga	-	25	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__8589987_8597164	7186	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	117	0.0162998049595988	121	0.0168570632488158	875	0.12190025076623	25	0.00348286430760658	0	1	0.00909090909090909	1	0.00909090909090909	16	0.145454545454545	0	0	0	1	0.00909090909090909	1	0.00909090909090909	16	0.145454545454545	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon342	NA	78.34	(78,80]	NA	1	4	8852913	8857290	.	4378	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8852913	8853062	150	8857134	8857290	157	8852909	8852912	cttg	8857291	8857294	cttg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__8852913_8857290	4386	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	132	0.0301507537688442	105	0.0239835541343079	624	0.142530835998173	42	0.00959342165372316	0	9	0.0573248407643312	9	0.0573248407643312	44	0.280254777070064	5	0.0318471337579618	0	9	0.0573248407643312	9	0.0573248407643312	44	0.280254777070064	5	0.0318471337579618	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon343	NA	88.69	(88,90]	NA	1	4	9163509	9172988	-	9480	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9163509	9163729	221	9172779	9172988	210	9163505	9163508	tatt	9172989	9172992	tatt	9163734	9163749	aaaagtaagaaaggag	-	5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__9163509_9172988	9488	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	235	0.024789029535865	282	0.029746835443038	1291	0.136181434599156	47	0.004957805907173	0	2	0.00904977375565611	3	0.0135746606334842	35	0.158371040723982	0	0	0	2	0.00904977375565611	3	0.0135746606334842	35	0.158371040723982	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon344	NA	95.18	(94,96]	NA	0	4	9182952	9188015	.	5064	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9182952	9183455	504	9187497	9188015	519	9182948	9182951	tata	9188016	9188019	tata	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__9182952_9188015	5072	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	139	0.0274486571879937	105	0.0207345971563981	611	0.12065560821485	35	0.00691153238546603	0	14	0.0269749518304432	7	0.0134874759152216	62	0.119460500963391	2	0.00385356454720617	0	14	0.0269749518304432	7	0.0134874759152216	62	0.119460500963391	2	0.00385356454720617	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon345	NA	93.46	(92,94]	NA	0	4	9570498	9575604	+	5107	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9570498	9570646	149	9575452	9575604	153	9570494	9570497	agag	9575605	9575608	agag	9575446	9575454	aagggggag	+	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__9570498_9575604	5115	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	78	0.015273154493832	55	0.0107695320148815	557	0.1090659878598	10	0.00195809672997846	0	0	0	0	0	32	0.209150326797386	0	0	0	0	0	0	0	32	0.209150326797386	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon346	NA	90.73	(90,92]	Retrotrans_gag/rve	1	4	9732605	9737731	-	5127	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9732605	9732809	205	9737538	9737731	194	9732601	9732604	ccta	9737732	9737735	ccta	9732790	9732800	gtatatactta	-	19	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__9732605_9737731	5135	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	70	0.0136532085039984	168	0.0327677004095963	685	0.133606397503413	21	0.00409596255119953	0	3	0.0146341463414634	3	0.0146341463414634	21	0.102439024390244	1	0.0048780487804878	0	3	0.0146341463414634	3	0.0146341463414634	21	0.102439024390244	1	0.0048780487804878	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon347	NA	97.04	(96,98]	NA	0	4	9908989	9914046	+	5058	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9908989	9909157	169	9913880	9914046	167	9908985	9908988	atat	9914047	9914050	atat	9913896	9913907	agagaaagagat	+	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__9908989_9914046	5066	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	79	0.0156188216686437	59	0.0116646896006327	655	0.129497825227363	8	0.00158165282720443	0	2	0.0119760479041916	2	0.0119760479041916	17	0.101796407185629	0	0	0	2	0.0119760479041916	2	0.0119760479041916	17	0.101796407185629	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon348	NA	84	(82,84]	NA	0	4	9950615	9958242	+	7628	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9950615	9950753	139	9958093	9958242	150	9950611	9950614	actt	9958243	9958246	actt	9958066	9958075	aaagaaagaa	+	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__9950615_9958242	7636	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	188	0.0246460409019402	211	0.0276612480335606	979	0.128342947037231	52	0.00681699003670687	0	5	0.0333333333333333	5	0.0333333333333333	16	0.106666666666667	2	0.0133333333333333	0	5	0.0333333333333333	5	0.0333333333333333	16	0.106666666666667	2	0.0133333333333333	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon349	NA	91.81	(90,92]	NA	0	4	10899527	10904693	-	5167	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10899527	10899697	171	10904531	10904693	163	10899523	10899526	atta	10904694	10904697	atta	10899670	10899679	agagaaagag	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__10899527_10904693	5175	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	74	0.0143216566673118	59	0.0114186181536675	672	0.130056125411264	10	0.00193535900909619	0	1	0.00584795321637427	1	0.00584795321637427	18	0.105263157894737	0	0	0	1	0.00584795321637427	1	0.00584795321637427	18	0.105263157894737	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon350	NA	98.43	(98,100]	rve	1	4	10992996	10998058	+	5063	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10992996	10993377	382	10997677	10998058	382	10992991	10992995	atcat	10998059	10998063	atcat	NA	NA	NA	NA	NA	10993381	10993391	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Met-CAT-1-1 (chr1.trna166-MetCAT) chr1:25941164-25941235 (+) Met (CAT) 72 bp Sc: 66.0	tatcagagcca	3	0	0	4_CHROMOSOME_dumped__10992996_10998058	5073	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	69	0.0136282836263085	263	0.0519454868654948	821	0.162156824017381	12	0.00237013628283626	0	7	0.0183246073298429	15	0.0392670157068063	60	0.157068062827225	1	0.00261780104712042	0	7	0.0183246073298429	15	0.0392670157068063	60	0.157068062827225	1	0.00261780104712042	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon351	NA	94.56	(94,96]	RVT_1	2	4	11040514	11046715	+	6202	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11040514	11040968	455	11046238	11046715	478	11040510	11040513	gcaa	11046716	11046719	gcaa	11046207	11046218	atggagagagaa	+	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__11040514_11046715	6210	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	350	0.0564334085778781	283	0.04563044179297	724	0.116736536601096	98	0.0158013544018059	0	31	0.0648535564853557	27	0.0564853556485356	85	0.177824267782427	9	0.0188284518828452	0	31	0.0648535564853557	27	0.0564853556485356	85	0.177824267782427	9	0.0188284518828452	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon352	NA	96.02	(96,98]	NA	0	4	11206541	11211219	-	4679	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11206541	11206791	251	11210976	11211219	244	11206537	11206540	tttt	11211220	11211223	tttt	NA	NA	NA	NA	NA	11210959	11210973	-	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Arg-CCT-1-1 (chr1.trna72-ArgCCT) chr1:18387802-18387874 (+) Arg (CCT) 73 bp Sc: 77.0	cgcgccaggtagggg	2	0	0	4_CHROMOSOME_dumped__11206541_11211219	4687	NA	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	399	0.0852746313314811	160	0.0341953408848044	753	0.160931823039111	86	0.0183799957255824	0	14	0.0557768924302789	4	0.0159362549800797	46	0.183266932270916	2	0.00796812749003984	0	14	0.0557768924302789	4	0.0159362549800797	46	0.183266932270916	2	0.00796812749003984	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon353	NA	86.05	(86,88]	NA	0	4	11481824	11486753	.	4930	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11481824	11481995	172	11486582	11486753	172	11481820	11481823	ttga	11486754	11486757	ttga	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__11481824_11486753	4938	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	79	0.0160243407707911	109	0.0221095334685598	615	0.12474645030426	14	0.00283975659229209	0	1	0.00581395348837209	5	0.0290697674418605	37	0.215116279069767	1	0.00581395348837209	0	1	0.00581395348837209	5	0.0290697674418605	37	0.215116279069767	1	0.00581395348837209	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon354	NA	87.63	(86,88]	NA	1	4	11703299	11707622	-	4324	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11703299	11703597	299	11707331	11707622	292	11703293	11703298	agattt	11707623	11707628	agattt	11703604	11703614	aagaaaaaaga	-	7	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__11703299_11707622	4336	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	131	0.0302960222016651	105	0.0242830712303423	537	0.124190564292322	26	0.00601295097132285	0	10	0.0334448160535117	10	0.0334448160535117	38	0.127090301003344	1	0.00334448160535117	0	10	0.0334448160535117	10	0.0334448160535117	38	0.127090301003344	1	0.00334448160535117	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon355	NA	82.68	(82,84]	NA	2	4	11734522	11739041	.	4520	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11734522	11734775	254	11738796	11739041	246	11734518	11734521	acac	11739042	11739045	acac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__11734522_11739041	4528	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	108	0.0238938053097345	90	0.0199115044247788	656	0.145132743362832	20	0.00442477876106195	0	7	0.0284552845528455	4	0.016260162601626	38	0.154471544715447	1	0.0040650406504065	0	7	0.0284552845528455	4	0.016260162601626	38	0.154471544715447	1	0.0040650406504065	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon356	NA	81.42	(80,82]	NA	0	4	12211784	12218169	-	6386	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12211784	12211896	113	12218069	12218169	101	12211780	12211783	gaag	12218170	12218173	gaag	12211884	12211895	ggggaggagaag	-	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__12211784_12218169	6394	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	88	0.0137801440651425	143	0.0223927341058566	809	0.126683369871594	16	0.00250548073911682	0	0	0	3	0.0265486725663717	13	0.115044247787611	0	0	0	0	0	3	0.0265486725663717	13	0.115044247787611	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon357	NA	89.23	(88,90]	NA	1	4	13336302	13341644	-	5343	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13336302	13336496	195	13341458	13341644	187	13336298	13336301	ttgt	13341645	13341648	ttgt	13336478	13336486	gaaagaaaa	-	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__13336302_13341644	5351	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	181	0.0338760995695302	156	0.0291970802919708	683	0.127830806662923	39	0.0072992700729927	0	9	0.0461538461538462	7	0.0358974358974359	24	0.123076923076923	1	0.00512820512820513	0	9	0.0461538461538462	7	0.0358974358974359	24	0.123076923076923	1	0.00512820512820513	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon358	NA	99.2	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	3	4	14258825	14263830	+	5006	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14258825	14259197	373	14263458	14263830	373	14258820	14258824	ctatt	14263831	14263835	ctatt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__14258825_14263830	5016	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	72	0.0143827407111466	208	0.0415501398322014	816	0.163004394726328	11	0.00219736316420296	0	8	0.0214477211796247	11	0.0294906166219839	74	0.198391420911528	0	0	0	8	0.0214477211796247	11	0.0294906166219839	74	0.198391420911528	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon359	NA	92.02	(92,94]	NA	3	4	14503006	14512023	.	9018	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14503006	14503242	237	14511786	14512023	238	14503002	14503005	cttt	14512024	14512027	cttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__14503006_14512023	9026	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	258	0.0286094477711244	271	0.0300510090929253	1372	0.152140164116212	57	0.00632069194943446	0	5	0.0210084033613445	11	0.046218487394958	31	0.130252100840336	0	0	0	5	0.0210084033613445	11	0.046218487394958	31	0.130252100840336	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon360	NA	84.38	(84,86]	NA	1	4	14684005	14688751	+	4747	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14684005	14684260	256	14688501	14688751	251	14684001	14684004	agaa	14688752	14688755	agaa	14688470	14688486	aaaaaaaacaagaaaag	+	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__14684005_14688751	4755	17	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	122	0.025700442384664	80	0.0168527491046977	626	0.13187276174426	21	0.00442384663998315	0	6	0.0239043824701195	3	0.0119521912350598	37	0.147410358565737	1	0.00398406374501992	0	6	0.0239043824701195	3	0.0119521912350598	37	0.147410358565737	1	0.00398406374501992	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon361	NA	90.06	(90,92]	NA	1	4	15027814	15033127	.	5314	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15027814	15028114	301	15032816	15033127	312	15027810	15027813	atca	15033128	15033131	atca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__15027814_15033127	5322	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	132	0.0248400451637185	151	0.0284155062100113	633	0.11911930748965	12	0.00225818592397441	0	15	0.0480769230769231	7	0.0224358974358974	32	0.102564102564103	0	0	0	15	0.0480769230769231	7	0.0224358974358974	32	0.102564102564103	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon362	NA	97.34	(96,98]	RNase_H/Retrotrans_gag	6	4	15551901	15565729	-	13829	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15551901	15552088	188	15565544	15565729	186	15551896	15551900	aactt	15565730	15565734	aactt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__15551901_15565729	13839	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	643	0.0464964928772869	515	0.0372405813869405	1821	0.131679803311881	119	0.00860510521368139	0	6	0.0319148936170213	5	0.0265957446808511	27	0.143617021276596	1	0.00531914893617021	0	6	0.0319148936170213	5	0.0265957446808511	27	0.143617021276596	1	0.00531914893617021	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon363	NA	86.3	(86,88]	NA	0	4	15840427	15844699	.	4273	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15840427	15840571	145	15844554	15844699	146	15840423	15840426	gaaa	15844700	15844703	gaaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__15840427_15844699	4281	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	74	0.0173180435291364	129	0.0301895623683595	604	0.141352679616195	14	0.00327638661362041	0	2	0.0136986301369863	3	0.0205479452054795	25	0.171232876712329	0	0	0	2	0.0136986301369863	3	0.0205479452054795	25	0.171232876712329	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon364	NA	91.16	(90,92]	NA	0	4	16320863	16325954	-	5092	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16320863	16321077	215	16325744	16325954	211	16320859	16320862	cttt	16325955	16325958	cttt	16321078	16321095	agagaagaagacgaaaag	-	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__16320863_16325954	5100	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	104	0.0204241948153967	148	0.0290652003142184	705	0.138452474469756	15	0.00294579732914375	0	10	0.0465116279069767	3	0.013953488372093	35	0.162790697674419	0	0	0	10	0.0465116279069767	3	0.013953488372093	35	0.162790697674419	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon365	NA	83.54	(82,84]	NA	0	4	17225299	17230933	.	5635	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17225299	17225454	156	17230776	17230933	158	17225295	17225298	gaga	17230934	17230937	gaga	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__17225299_17230933	5643	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	143	0.025377107364685	116	0.0205856255545697	680	0.120674356699201	24	0.00425909494232476	0	8	0.0506329113924051	9	0.0569620253164557	19	0.120253164556962	2	0.0126582278481013	0	8	0.0506329113924051	9	0.0569620253164557	19	0.120253164556962	2	0.0126582278481013	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon366	NA	94.34	(94,96]	rve	3	4	17712151	17716968	+	4818	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17712151	17712468	318	17716664	17716968	305	17712147	17712150	tttt	17716969	17716972	tttt	17716653	17716663	aagggggaaaa	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__17712151_17716968	4826	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	137	0.0284350352843504	84	0.0174346201743462	517	0.107305936073059	22	0.0045662100456621	0	0	0	0	0	26	0.0852459016393443	0	0	0	0	0	0	0	26	0.0852459016393443	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon367	NA	90.1	(90,92]	NA	6	4	18381613	18390512	-	8900	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18381613	18381804	192	18390326	18390512	187	18381609	18381612	agaa	18390513	18390516	agaa	18381821	18381835	aagacgacgaagaag	-	17	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	4_CHROMOSOME_dumped__18381613_18390512	8908	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	316	0.0355056179775281	268	0.0301123595505618	1107	0.12438202247191	70	0.00786516853932584	0	7	0.0364583333333333	8	0.0416666666666667	39	0.203125	2	0.0104166666666667	0	7	0.0364583333333333	8	0.0416666666666667	39	0.203125	2	0.0104166666666667	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon368	NA	99.7	(98,100]	rve	2	5	64772	71199	-	6428	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	64772	65108	337	70863	71199	337	64767	64771	gcatc	71200	71204	gcatc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__64772_71199	6438	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	236	0.0367143746110765	202	0.0314250155569384	913	0.142034847542004	78	0.0121344119477287	0	15	0.0445103857566766	13	0.0385756676557863	58	0.172106824925816	7	0.0207715133531157	0	15	0.0445103857566766	13	0.0385756676557863	58	0.172106824925816	7	0.0207715133531157	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon369	NA	84.98	(84,86]	NA	3	5	211336	219089	-	7754	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	211336	212169	834	218251	219089	839	211332	211335	tcgt	219090	219093	tcgt	212179	212187	aaaggaaaa	-	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__211336_219089	7762	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	368	0.0474593758060356	207	0.026695898890895	941	0.121356719112716	69	0.00889863296363167	0	62	0.0743405275779376	24	0.0287769784172662	87	0.10431654676259	8	0.00959232613908873	0	62	0.0743405275779376	24	0.0287769784172662	87	0.10431654676259	8	0.00959232613908873	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon370	NA	82.38	(82,84]	NA	3	5	1331310	1337190	+	5881	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1331310	1331710	401	1336788	1337190	403	1331306	1331309	ttct	1337191	1337194	ttct	1336772	1336783	aaagagaggaaa	+	5	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__1331310_1337190	5889	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	239	0.0406393470498215	186	0.0316272742730828	629	0.106954599557898	55	0.00935215099472879	0	39	0.0967741935483871	13	0.032258064516129	29	0.0719602977667494	5	0.0124069478908189	0	39	0.0967741935483871	13	0.032258064516129	29	0.0719602977667494	5	0.0124069478908189	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon371	NA	89.24	(88,90]	NA	3	5	1961367	1970365	.	8999	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	1961367	1961649	283	1970078	1970365	288	1961363	1961366	gttt	1970366	1970369	gttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__1961367_1970365	9007	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	215	0.0238915435048339	251	0.0278919879986665	1362	0.151350150016669	41	0.00455606178464274	0	17	0.0590277777777778	11	0.0381944444444444	38	0.131944444444444	2	0.00694444444444444	0	17	0.0590277777777778	11	0.0381944444444444	38	0.131944444444444	2	0.00694444444444444	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon372	NA	85.47	(84,86]	RVT_1	2	5	2373775	2379810	+	6036	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2373775	2373946	172	2379643	2379810	168	2373770	2373774	tcagt	2379811	2379815	tcagt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__2373775_2379810	6046	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	177	0.029324055666004	186	0.0308151093439364	636	0.105367793240557	38	0.00629555997349238	0	4	0.0238095238095238	4	0.0238095238095238	9	0.0535714285714286	0	0	0	4	0.0238095238095238	4	0.0238095238095238	9	0.0535714285714286	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon373	NA	83.39	(82,84]	NA	9	5	2380969	2405489	.	24521	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2380969	2381239	271	2405219	2405489	271	2380965	2380968	aaat	2405490	2405493	aaat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__2380969_2405489	24529	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	701	0.0285877411198565	728	0.0296888381387382	3307	0.134863994127483	191	0.00778924187431181	0	16	0.0590405904059041	12	0.044280442804428	27	0.0996309963099631	4	0.014760147601476	0	16	0.0590405904059041	12	0.044280442804428	27	0.0996309963099631	4	0.014760147601476	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon374	NA	84.03	(84,86]	NA	3	5	2510278	2515356	-	5079	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	2510278	2510515	238	2515121	2515356	236	2510274	2510277	tgaa	2515357	2515360	tgaa	2510488	2510501	aagaagaagaagag	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__2510278_2515356	5087	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	82	0.0161449104154361	148	0.0291395944083481	736	0.144910415436109	25	0.00492222878519394	0	7	0.0294117647058824	8	0.0336134453781513	53	0.222689075630252	4	0.0168067226890756	0	7	0.0294117647058824	8	0.0336134453781513	53	0.222689075630252	4	0.0168067226890756	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon375	NA	95.48	(94,96]	NA	1	5	3247646	3253022	+	5377	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3247646	3247844	199	3252833	3253022	190	3247642	3247645	ggct	3253023	3253026	ggct	3252802	3252812	aaaaaaaaaaa	+	21	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__3247646_3253022	5385	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	176	0.0327320066951832	193	0.0358936209782407	645	0.119955365445416	32	0.00595127394457876	0	4	0.0210526315789474	4	0.0210526315789474	23	0.121052631578947	2	0.0105263157894737	0	4	0.0210526315789474	4	0.0210526315789474	23	0.121052631578947	2	0.0105263157894737	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon376	NA	96.3	(96,98]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	4	5	3904675	3909862	-	5188	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	3904675	3904942	268	3909593	3909862	270	3904671	3904674	caag	3909863	3909866	caag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__3904675_3909862	5196	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	119	0.0229375481881264	212	0.0408635312259059	558	0.107555898226677	15	0.00289128758673863	0	14	0.0522388059701493	8	0.0298507462686567	20	0.0746268656716418	2	0.00746268656716418	0	14	0.0522388059701493	8	0.0298507462686567	20	0.0746268656716418	2	0.00746268656716418	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon377	NA	100	(98,100]	rve	1	5	4208083	4213084	-	5002	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	4208083	4208545	463	4212622	4213084	463	4208078	4208082	gtttt	4213085	4213089	gtttt	4208533	4208541	gaaagttaa	-	12	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__4208083_4213084	5012	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	121	0.0241903238704518	31	0.00619752099160336	673	0.134546181527389	28	0.00559776089564174	0	0	0	0	0	78	0.168466522678186	0	0	0	0	0	0	0	78	0.168466522678186	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon378	NA	79.87	(78,80]	NA	2	5	5603823	5608721	-	4899	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	5603823	5604106	284	5608424	5608721	298	5603819	5603822	tcca	5608722	5608725	tcca	5604106	5604113	aaaagaaa	-	0	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__5603823_5608721	4907	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	176	0.0359256991222699	121	0.0246989181465605	637	0.130026536027761	29	0.00591957542355583	0	9	0.0316901408450704	7	0.0246478873239437	39	0.137323943661972	0	0	0	9	0.0316901408450704	7	0.0246478873239437	39	0.137323943661972	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon379	NA	80.8	(80,82]	NA	1	5	6064597	6068747	.	4151	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6064597	6064709	113	6068623	6068747	125	6064593	6064596	gttt	6068748	6068751	gttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__6064597_6068747	4159	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	115	0.0277041676704409	125	0.0301132257287401	545	0.131293664177307	27	0.00650445675740785	0	3	0.024	3	0.024	21	0.168	0	0	0	3	0.024	3	0.024	21	0.168	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon380	NA	93.4	(92,94]	Retrotrans_gag/rve	2	5	6403057	6408054	-	4998	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6403057	6403268	212	6407843	6408054	212	6403053	6403056	aata	6408055	6408058	aata	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__6403057_6408054	5006	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	93	0.0186074429771909	214	0.0428171268507403	667	0.133453381352541	19	0.0038015206082433	0	4	0.0188679245283019	4	0.0188679245283019	32	0.150943396226415	2	0.00943396226415094	0	4	0.0188679245283019	4	0.0188679245283019	32	0.150943396226415	2	0.00943396226415094	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon381	NA	99.24	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	3	5	6433629	6438777	-	5149	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6433629	6433759	131	6438646	6438777	132	6433625	6433628	aagc	6438778	6438781	aagc	6433780	6433790	aatccttcaga	-	21	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__6433629_6438777	5157	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	73	0.0141775101961546	182	0.0353466692561662	735	0.142746164303748	12	0.00233054962128569	0	0	0	0	0	12	0.0916030534351145	0	0	0	0	0	0	0	12	0.0916030534351145	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon382	NA	90.99	(90,92]	NA	1	5	6468251	6472831	-	4581	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	6468251	6468359	109	6472721	6472831	111	6468247	6468250	agtt	6472832	6472835	agtt	6468339	6468348	aaaaaaggga	-	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__6468251_6472831	4589	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	99	0.0216110019646365	105	0.022920759659463	548	0.119624536127483	20	0.00436585898275486	0	1	0.00917431192660551	2	0.018348623853211	16	0.146788990825688	1	0.00917431192660551	0	1	0.00917431192660551	2	0.018348623853211	16	0.146788990825688	1	0.00917431192660551	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon383	NA	88.51	(88,90]	NA	1	5	7170326	7177335	.	7010	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7170326	7170647	322	7177029	7177335	307	7170322	7170325	ttgg	7177336	7177339	ttgg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__7170326_7177335	7018	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	199	0.0283880171184023	148	0.0211126961483595	805	0.114835948644793	59	0.00841654778887304	0	23	0.0749185667752443	8	0.0260586319218241	16	0.0521172638436482	6	0.0195439739413681	0	23	0.0749185667752443	8	0.0260586319218241	16	0.0521172638436482	6	0.0195439739413681	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon384	NA	85.02	(84,86]	NA	2	5	7210794	7219564	-	8771	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7210794	7211000	207	7219370	7219564	195	7210790	7210793	atgg	7219565	7219568	atgg	7210984	7210992	gagaagaag	-	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__7210794_7219564	8779	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	171	0.0194960665830578	243	0.0277049367232927	1222	0.139322768213431	44	0.00501653175236575	0	3	0.0144927536231884	5	0.0241545893719807	37	0.178743961352657	0	0	0	3	0.0144927536231884	5	0.0241545893719807	37	0.178743961352657	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon385	NA	83.09	(82,84]	NA	1	5	7505453	7511007	.	5555	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7505453	7505583	131	7510872	7511007	136	7505449	7505452	cttt	7511008	7511011	cttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__7505453_7511007	5563	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	113	0.0203420342034203	95	0.0171017101710171	583	0.104950495049505	21	0.00378037803780378	0	4	0.0294117647058824	5	0.0367647058823529	14	0.102941176470588	1	0.00735294117647059	0	4	0.0294117647058824	5	0.0367647058823529	14	0.102941176470588	1	0.00735294117647059	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon386	NA	76.47	(76,78]	NA	1	5	7511425	7516841	-	5417	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7511425	7511618	194	7516638	7516841	204	7511421	7511424	tgtt	7516842	7516845	tgtt	NA	NA	NA	NA	NA	7516628	7516638	-	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Gln-CTG-1-1 (chr4.trna5-GlnCTG) chr4:1501607-1501678 (+) Gln (CTG) 72 bp Sc: 70.4	ctaccgagatt	1	5	0	5_CHROMOSOME_dumped__7511425_7516841	5425	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	114	0.0210448587779214	119	0.02196787889976	795	0.146760199372346	19	0.00350747646298689	0	5	0.0257731958762887	6	0.0309278350515464	29	0.149484536082474	0	0	0	5	0.0257731958762887	6	0.0309278350515464	29	0.149484536082474	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon387	NA	86.74	(86,88]	NA	2	5	7820047	7826629	.	6583	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7820047	7820681	635	7825989	7826629	641	7820043	7820046	cggt	7826630	7826633	cggt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__7820047_7826629	6591	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	219	0.0332675072155552	119	0.0180768646513748	704	0.10694212365183	42	0.00638006987695579	0	56	0.0873634945397816	26	0.0405616224648986	70	0.109204368174727	12	0.0187207488299532	0	56	0.0873634945397816	26	0.0405616224648986	70	0.109204368174727	12	0.0187207488299532	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon388	NA	90.45	(90,92]	NA	3	5	7858641	7864260	.	5620	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	7858641	7859260	620	7863633	7864260	628	7858637	7858640	ttgt	7864261	7864264	ttgt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__7858641_7864260	5628	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	108	0.0192170818505338	123	0.0218861209964413	768	0.136654804270463	21	0.00373665480427046	0	18	0.0286624203821656	18	0.0286624203821656	81	0.128980891719745	4	0.00636942675159236	0	18	0.0286624203821656	18	0.0286624203821656	81	0.128980891719745	4	0.00636942675159236	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon389	NA	84.85	(84,86]	NA	0	5	8204176	8218846	+	14671	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8204176	8204340	165	8218686	8218846	161	8204172	8204175	agca	8218847	8218850	agca	NA	NA	NA	NA	NA	8204346	8204356	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Ser-TGA-6-1 (chrCp.trna25-SerTGA) chrCp:35312-35403 (-) Ser (TGA) 92 bp Sc: 57.9	ggagagtgagg	5	1	1	5_CHROMOSOME_dumped__8204176_8218846	14679	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	289	0.0196987253765933	250	0.0170404198759457	1777	0.121123304478222	49	0.00333992229568537	0	4	0.0248447204968944	8	0.0496894409937888	34	0.211180124223602	0	0	0	4	0.0248447204968944	8	0.0496894409937888	34	0.211180124223602	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon390	NA	72.73	(72,74]	NA	3	5	8245442	8252558	.	7117	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8245442	8245650	209	8252357	8252558	202	8245438	8245441	gtgg	8252559	8252562	gtgg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__8245442_8252558	7125	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	119	0.0167205283124912	223	0.0313334270057609	1160	0.162990023886469	38	0.00533932836869467	0	6	0.0297029702970297	13	0.0643564356435644	28	0.138613861386139	1	0.00495049504950495	0	6	0.0297029702970297	13	0.0643564356435644	28	0.138613861386139	1	0.00495049504950495	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon391	NA	98.22	(98,100]	rve	1	5	8927997	8934328	+	6332	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	8927997	8928333	337	8933992	8934328	337	8927992	8927996	tttct	8934329	8934333	tttct	8933983	8933991	aagggggag	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__8927997_8934328	6342	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	238	0.0375868603916614	198	0.0312697409981049	912	0.144030322173089	79	0.0124763108022742	0	16	0.0474777448071217	14	0.0415430267062315	58	0.172106824925816	9	0.0267062314540059	0	16	0.0474777448071217	14	0.0415430267062315	58	0.172106824925816	9	0.0267062314540059	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon392	NA	94.7	(94,96]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	3	5	9181894	9189365	+	7472	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9181894	9182742	849	9188523	9189365	843	9181890	9181893	aatt	9189366	9189369	aatt	9188510	9188526	aaaggagaaaaagagag	+	3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__9181894_9189365	7480	17	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	274	0.0366702355460385	296	0.0396145610278373	558	0.074678800856531	47	0.00629014989293362	0	27	0.0320284697508897	24	0.0284697508896797	43	0.0510083036773428	3	0.00355871886120996	0	27	0.0320284697508897	24	0.0284697508896797	43	0.0510083036773428	3	0.00355871886120996	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon393	NA	96.55	(96,98]	NA	0	5	9381694	9386622	-	4929	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9381694	9381866	173	9386449	9386622	174	9381690	9381693	attt	9386623	9386626	attt	9381839	9381846	tgcccatt	-	27	9386434	9386444	-	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Tyr-GTA-6-1 (chr1.trna79-TyrGTA) chr1:21269122-21269206 (+) Tyr (GTA) 85 bp Sc: 71.2	tcctacctagc	4	0	1	5_CHROMOSOME_dumped__9381694_9386622	4937	8	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	76	0.0154189490768919	63	0.0127814972611077	539	0.109352809900588	9	0.00182592818015825	0	0	0	1	0.00578034682080925	36	0.208092485549133	0	0	0	0	0	1	0.00578034682080925	36	0.208092485549133	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon394	NA	95.23	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	2	5	9949175	9954432	+	5258	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	9949175	9949677	503	9953947	9954432	486	9949171	9949174	taga	9954433	9954436	taga	9953953	9953960	gaggggga	+	13	9949676	9949686	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Met-CAT-1-1 (chr1.trna166-MetCAT) chr1:25941164-25941235 (+) Met (CAT) 72 bp Sc: 66.0	tatcagagcca	2	0	0	5_CHROMOSOME_dumped__9949175_9954432	5266	8	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	62	0.0117915557246101	226	0.0429821224800304	822	0.156333206542412	7	0.00133130467858501	0	4	0.00823045267489712	13	0.0267489711934156	75	0.154320987654321	0	0	0	4	0.00823045267489712	13	0.0267489711934156	75	0.154320987654321	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon395	NA	74.4	(74,76]	NA	0	5	10026369	10030633	.	4265	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10026369	10026536	168	10030480	10030633	154	10026365	10026368	ttac	10030634	10030637	ttac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__10026369_10030633	4273	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	108	0.0253223915592028	113	0.0264947245017585	567	0.132942555685815	29	0.00679953106682298	0	7	0.0454545454545455	6	0.038961038961039	24	0.155844155844156	0	0	0	7	0.0454545454545455	6	0.038961038961039	24	0.155844155844156	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon396	NA	95.83	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	2	5	10128753	10133863	+	5111	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10128753	10128917	165	10133696	10133863	168	10128748	10128752	attac	10133864	10133868	attac	10133687	10133695	gagggggag	+	1	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__10128753_10133863	5121	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	207	0.0405008804539229	173	0.0338485619252592	704	0.137742124828801	45	0.00880453922911368	1	2	0.0119047619047619	1	0.00595238095238095	14	0.0833333333333333	0	0	0	2	0.0119047619047619	1	0.00595238095238095	14	0.0833333333333333	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon397	NA	85.4	(84,86]	Retrotrans_gag/rve	4	5	10359352	10364274	-	4923	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10359352	10359485	134	10364138	10364274	137	10359348	10359351	ttca	10364275	10364278	ttca	10359458	10359465	atataagt	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__10359352_10364274	4931	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	178	0.0361568149502336	131	0.0266097907779809	996	0.202315661182206	46	0.00934389599837497	0	2	0.0149253731343284	2	0.0149253731343284	12	0.0895522388059701	0	0	0	2	0.0149253731343284	2	0.0149253731343284	12	0.0895522388059701	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon398	NA	89.6	(88,90]	Retrotrans_gag/rve	2	5	10638480	10643372	+	4893	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10638480	10638650	171	10643200	10643372	173	10638476	10638479	tgat	10643373	10643376	tgat	10643208	10643216	gagggggag	+	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__10638480_10643372	4901	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	193	0.0394441038217862	134	0.0273860617208257	647	0.132229715920703	37	0.00756182301246679	0	2	0.0115606936416185	0	0	20	0.115606936416185	0	0	0	2	0.0115606936416185	0	0	20	0.115606936416185	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon399	NA	88.8	(88,90]	rve	3	5	10808404	10812940	+	4537	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	10808404	10808634	231	10812700	10812940	241	10808400	10808403	agaa	10812941	10812944	agaa	10812710	10812722	aaagagatgagag	+	22	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__10808404_10812940	4545	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	116	0.0255675556535155	84	0.0185144368525457	515	0.113511130703108	20	0.00440819925060613	0	1	0.004149377593361	1	0.004149377593361	21	0.0871369294605809	0	0	0	1	0.004149377593361	1	0.004149377593361	21	0.0871369294605809	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon400	NA	95.37	(94,96]	Retrotrans_gag	2	5	11159506	11166120	+	6615	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11159506	11160714	1209	11164913	11166120	1208	11159501	11159505	gtata	11166121	11166125	gtata	NA	NA	NA	NA	NA	11160719	11160732	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Asp-GTC-5-1 (chr5.trna27-AspGTC) chr5:11785055-11785129 (+) Asp (GTC) 75 bp Sc: 60.1	tggcgccgtcgccg	4	0	1	5_CHROMOSOME_dumped__11159506_11166120	6625	NA	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	155	0.0234315948601663	210	0.0317460317460317	945	0.142857142857143	28	0.00423280423280423	0	27	0.0223509933774834	26	0.021523178807947	159	0.131622516556291	3	0.00248344370860927	0	27	0.0223509933774834	26	0.021523178807947	159	0.131622516556291	3	0.00248344370860927	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon401	NA	89.86	(88,90]	NA	0	5	11491567	11496131	+	4565	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11491567	11491856	290	11495836	11496131	296	11491563	11491566	ttga	11496132	11496135	ttga	11495835	11495860	aagagaaatgaatgaaatggaggaag	+	24	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__11491567_11496131	4573	26	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	57	0.012486308871851	39	0.00854326396495071	491	0.107557502738226	6	0.00131434830230011	0	2	0.00675675675675676	0	0	25	0.0844594594594595	0	0	0	2	0.00675675675675676	0	0	25	0.0844594594594595	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon402	NA	95.41	(94,96]	RVT_1/rve	4	5	11503488	11512862	-	9375	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11503488	11504268	781	11512078	11512862	785	11503484	11503487	ttgt	11512863	11512866	ttgt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__11503488_11512862	9383	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	592	0.0631466666666667	380	0.0405333333333333	1395	0.1488	167	0.0178133333333333	0	45	0.057618437900128	31	0.0396927016645326	129	0.1651728553137	16	0.0204865556978233	0	45	0.057618437900128	31	0.0396927016645326	129	0.1651728553137	16	0.0204865556978233	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon403	NA	95.24	(94,96]	Retrotrans_gag	0	5	11515554	11521087	-	5534	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11515554	11516309	756	11520336	11521087	752	11515550	11515553	tcca	11521088	11521091	tcca	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__11515554_11521087	5542	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	97	0.0175280086736538	147	0.0265630646910011	712	0.128659197687026	32	0.00578243585110228	0	11	0.0145502645502645	22	0.0291005291005291	83	0.10978835978836	4	0.00529100529100529	0	11	0.0145502645502645	22	0.0291005291005291	83	0.10978835978836	4	0.00529100529100529	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon404	NA	96.07	(96,98]	rve	8	5	11621561	11635005	-	13445	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11621561	11622067	507	11634497	11635005	509	11621557	11621560	attt	11635006	11635009	attt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__11621561_11635005	13453	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	177	0.0131647452584604	434	0.0322796578653775	1467	0.109111193752324	31	0.00230568984752696	0	8	0.0157790927021696	17	0.0335305719921105	45	0.0887573964497041	3	0.00591715976331361	0	8	0.0157790927021696	17	0.0335305719921105	45	0.0887573964497041	3	0.00591715976331361	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon405	NA	95.32	(94,96]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	2	5	11980554	11994151	+	13598	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	11980554	11981749	1196	11992959	11994151	1193	11980550	11980553	ttgt	11994152	11994155	ttgt	11992972	11992979	aaaaggag	+	20	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__11980554_11994151	13606	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	310	0.0227974702162083	405	0.0297837917340785	2054	0.151051625239006	49	0.00360347109869098	0	34	0.0284995808885163	29	0.0243084660519698	194	0.162615255658005	2	0.00167644593461861	0	34	0.0284995808885163	29	0.0243084660519698	194	0.162615255658005	2	0.00167644593461861	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon406	NA	92.87	(92,94]	rve	3	5	12189060	12194348	-	5289	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	12189060	12189648	589	12193781	12194348	568	12189056	12189059	acac	12194349	12194352	acac	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__12189060_12194348	5297	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	373	0.0705237284930989	212	0.0400831915295897	795	0.150311968235961	97	0.0183399508413689	0	38	0.0645161290322581	23	0.0390492359932088	96	0.162988115449915	10	0.0169779286926995	0	38	0.0645161290322581	23	0.0390492359932088	96	0.162988115449915	10	0.0169779286926995	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon407	NA	88.8	(88,90]	Retrotrans_gag/rve	2	5	13253687	13258453	-	4767	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13253687	13253811	125	13258330	13258453	124	13253683	13253686	taat	13258454	13258457	taat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__13253687_13258453	4775	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	93	0.0195091252359975	191	0.040067128172855	689	0.144535347178519	18	0.00377595972309629	0	0	0	2	0.016	17	0.136	0	0	0	0	0	2	0.016	17	0.136	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon408	NA	99.43	(98,100]	Retrotrans_gag/RVT_1/rve	4	5	13261021	13272510	-	11490	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13261021	13262781	1761	13270750	13272510	1761	13261016	13261020	ggttc	13272511	13272515	ggttc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__13261021_13272510	11500	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	308	0.0268059181897302	440	0.0382941688424717	1693	0.147345517841601	54	0.00469973890339426	0	65	0.0369108461101647	70	0.0397501419647927	268	0.152186257808064	10	0.0056785917092561	0	65	0.0369108461101647	70	0.0397501419647927	268	0.152186257808064	10	0.0056785917092561	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon409	NA	91.15	(90,92]	RVT_1	4	5	13344204	13354020	+	9817	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13344204	13344463	260	13353761	13354020	260	13344200	13344203	atat	13354021	13354024	atat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__13344204_13354020	9825	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	262	0.0266883976774982	219	0.0223082408067638	1286	0.130997249668942	58	0.00590811856982785	0	3	0.0115384615384615	0	0	21	0.0807692307692308	0	0	0	3	0.0115384615384615	0	0	21	0.0807692307692308	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon410	NA	85.91	(84,86]	NA	0	5	13607605	13621821	+	14217	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13607605	13608031	427	13621389	13621821	433	13607601	13607604	gtaa	13621822	13621825	gtaa	13621365	13621375	aaaataaaaaa	+	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__13607605_13621821	14225	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	276	0.0194133783498628	191	0.0134346205247239	1436	0.10100583808117	72	0.00506435956952944	0	3	0.0069284064665127	6	0.0138568129330254	25	0.0577367205542725	1	0.0023094688221709	0	3	0.0069284064665127	6	0.0138568129330254	25	0.0577367205542725	1	0.0023094688221709	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon411	NA	83.33	(82,84]	RVT_1	3	5	13712934	13721136	+	8203	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13712934	13713243	310	13720825	13721136	312	13712930	13712933	taaa	13721137	13721140	taaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__13712934_13721136	8211	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	162	0.0197488723637694	309	0.0376691454345971	1140	0.138973546263562	36	0.00438863830305986	0	2	0.00641025641025641	4	0.0128205128205128	14	0.0448717948717949	0	0	0	2	0.00641025641025641	4	0.0128205128205128	14	0.0448717948717949	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon412	NA	93.08	(92,94]	rve	3	5	13736102	13741134	-	5033	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13736102	13736226	125	13741005	13741134	130	13736098	13736101	tttg	13741135	13741138	tttg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__13736102_13741134	5041	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	77	0.0152990264255911	150	0.029803298231671	702	0.13947943572422	21	0.00417246175243394	0	1	0.008	3	0.024	4	0.032	1	0.008	0	1	0.008	3	0.024	4	0.032	1	0.008	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon413	NA	95.12	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	4	5	13948926	13953982	+	5057	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	13948926	13949089	164	13953819	13953982	164	13948921	13948925	gataa	13953983	13953987	gataa	13953815	13953823	gagggggag	+	4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__13948926_13953982	5067	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	181	0.0357919715246193	149	0.0294641091556259	691	0.136642278030453	25	0.00494364247577615	0	2	0.0121951219512195	2	0.0121951219512195	16	0.0975609756097561	0	0	0	2	0.0121951219512195	2	0.0121951219512195	16	0.0975609756097561	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon414	NA	86.92	(86,88]	Retrotrans_gag/rve	3	5	14083253	14088531	-	5279	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14083253	14083382	130	14088413	14088531	119	14083249	14083252	ggtg	14088532	14088535	ggtg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__14083253_14088531	5287	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	71	0.0134495169539686	170	0.0322030687630233	735	0.139230914946013	7	0.00132600871377155	0	0	0	1	0.00769230769230769	12	0.0923076923076923	0	0	0	0	0	1	0.00769230769230769	12	0.0923076923076923	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon415	NA	92.96	(92,94]	Retrotrans_gag/rve	2	5	14113154	14118424	-	5271	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14113154	14113295	142	14118283	14118424	142	14113150	14113153	tttt	14118425	14118428	tttt	14113317	14113325	ttccttcct	-	22	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__14113154_14118424	5279	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	75	0.0142287990893569	158	0.0299753367482451	759	0.143995446784291	16	0.0030354771390628	0	0	0	0	0	13	0.0915492957746479	0	0	0	0	0	0	0	13	0.0915492957746479	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon416	NA	94.11	(94,96]	rve	3	5	14203867	14209072	+	5206	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14203867	14204375	509	14208578	14209072	495	14203863	14203866	tcca	14209073	14209076	tcca	NA	NA	NA	NA	NA	14204373	14204383	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Leu-TAA-2-1 (chr2.trna49-LeuTAA) chr2:15320234-15320316 (+) Leu (TAA) 83 bp Sc: 81.1	caggctttggg	3	2	1	5_CHROMOSOME_dumped__14203867_14209072	5214	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	97	0.0186323472915866	193	0.0370726085286208	521	0.100076834421821	17	0.00326546292739147	0	19	0.0383838383838384	18	0.0363636363636364	44	0.0888888888888889	5	0.0101010101010101	0	19	0.0383838383838384	18	0.0363636363636364	44	0.0888888888888889	5	0.0101010101010101	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon417	NA	94.08	(94,96]	NA	0	5	14409576	14414448	+	4873	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14409576	14409727	152	14414299	14414448	150	14409572	14409575	caaa	14414449	14414452	caaa	14414293	14414301	aagggggag	+	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__14409576_14414448	4881	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	77	0.0158013544018059	71	0.014570080032834	528	0.108352144469526	8	0.00164169915862918	0	0	0	0	0	28	0.186666666666667	0	0	0	0	0	0	0	28	0.186666666666667	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon418	NA	94.08	(94,96]	NA	0	5	14468876	14473748	+	4873	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14468876	14469027	152	14473599	14473748	150	14468872	14468875	caaa	14473749	14473752	caaa	14473593	14473601	aagggggag	+	2	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__14468876_14473748	4881	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	77	0.0158013544018059	71	0.014570080032834	528	0.108352144469526	8	0.00164169915862918	0	0	0	0	0	28	0.186666666666667	0	0	0	0	0	0	0	28	0.186666666666667	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon419	NA	85.79	(84,86]	NA	2	5	14756546	14764119	.	7574	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14756546	14756718	173	14763937	14764119	183	14756542	14756545	tatt	14764120	14764123	tatt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__14756546_14764119	7582	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	176	0.0232373910747293	199	0.0262740955901769	853	0.112622128333773	36	0.004753102719831	0	5	0.0273224043715847	6	0.0327868852459016	19	0.103825136612022	0	0	0	5	0.0273224043715847	6	0.0327868852459016	19	0.103825136612022	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon420	NA	86.37	(86,88]	NA	0	5	14873452	14880646	.	7195	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	14873452	14873890	439	14880192	14880646	455	14873448	14873451	ttaa	14880647	14880650	ttaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__14873452_14880646	7203	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	130	0.0180681028492008	91	0.0126476719944406	773	0.107435719249479	17	0.00236275191104934	0	9	0.0197802197802198	9	0.0197802197802198	61	0.134065934065934	2	0.0043956043956044	0	9	0.0197802197802198	9	0.0197802197802198	61	0.134065934065934	2	0.0043956043956044	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon421	NA	95.81	(94,96]	NA	1	5	15175722	15180975	+	5254	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15175722	15176317	596	15180381	15180975	595	15175718	15175721	gaat	15180976	15180979	gaat	15180363	15180377	aaagacaaggtggag	+	4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__15175722_15180975	5262	15	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	80	0.0152264940997335	177	0.0336886181956604	531	0.101065854586981	13	0.0024743052912067	0	13	0.0218487394957983	18	0.0302521008403361	74	0.12436974789916	3	0.00504201680672269	0	13	0.0218487394957983	18	0.0302521008403361	74	0.12436974789916	3	0.00504201680672269	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon422	NA	80.6	(80,82]	NA	4	5	15277978	15284587	-	6610	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15277978	15278104	127	15284454	15284587	134	15277974	15277977	cttt	15284588	15284591	cttt	15278110	15278117	aaagggaa	-	6	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__15277978_15284587	6618	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	130	0.0196671709531014	191	0.0288956127080182	861	0.130257186081694	18	0.0027231467473525	0	5	0.0393700787401575	1	0.0078740157480315	14	0.110236220472441	1	0.0078740157480315	0	5	0.0393700787401575	1	0.0078740157480315	14	0.110236220472441	1	0.0078740157480315	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon423	NA	86.9	(86,88]	NA	3	5	15320410	15326088	-	5679	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15320410	15320638	229	15325863	15326088	226	15320405	15320409	tgaaa	15326089	15326093	tgaaa	15320628	15320637	aaagaagaag	-	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__15320410_15326088	5689	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	128	0.0225391794329988	115	0.0202500440218348	812	0.142982919528086	23	0.00405000880436697	0	2	0.00873362445414847	3	0.0131004366812227	18	0.0786026200873362	1	0.00436681222707424	0	2	0.00873362445414847	3	0.0131004366812227	18	0.0786026200873362	1	0.00436681222707424	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon424	NA	96.11	(96,98]	NA	0	5	15377478	15384917	+	7440	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15377478	15378066	589	15384327	15384917	591	15377474	15377477	attc	15384918	15384921	attc	15384340	15384348	agaaaagga	+	21	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__15377478_15384917	7448	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	182	0.0244623655913979	132	0.017741935483871	1028	0.138172043010753	48	0.00645161290322581	0	22	0.0372250423011844	15	0.0253807106598985	84	0.142131979695431	9	0.0152284263959391	0	22	0.0372250423011844	15	0.0253807106598985	84	0.142131979695431	9	0.0152284263959391	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon425	NA	85.93	(84,86]	NA	1	5	15411867	15416287	.	4421	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15411867	15412127	261	15416018	15416287	270	15411863	15411866	aaga	15416288	15416291	aaga	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__15411867_15416287	4429	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	105	0.0237502827414612	113	0.0255598280931916	615	0.139108798914273	17	0.00384528387242705	0	11	0.0407407407407407	9	0.0333333333333333	59	0.218518518518519	3	0.0111111111111111	0	11	0.0407407407407407	9	0.0333333333333333	59	0.218518518518519	3	0.0111111111111111	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon426	NA	98.93	(98,100]	rve	2	5	15646198	15651172	-	4975	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15646198	15646572	375	15650798	15651172	375	15646194	15646197	agag	15651173	15651176	agag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__15646198_15651172	4983	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	128	0.0257286432160804	222	0.0446231155778894	816	0.164020100502513	33	0.00663316582914573	0	17	0.0453333333333333	12	0.032	63	0.168	2	0.00533333333333333	0	17	0.0453333333333333	12	0.032	63	0.168	2	0.00533333333333333	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon427	NA	89.82	(88,90]	NA	2	5	15813256	15821248	.	7993	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	15813256	15813479	224	15821023	15821248	226	15813252	15813255	agaa	15821249	15821252	agaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__15813256_15821248	8001	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	232	0.0290253972225697	315	0.0394094832978856	998	0.124859251845365	83	0.0103840860753159	0	16	0.0707964601769911	13	0.0575221238938053	31	0.13716814159292	12	0.0530973451327434	0	16	0.0707964601769911	13	0.0575221238938053	31	0.13716814159292	12	0.0530973451327434	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon428	NA	86.97	(86,88]	NA	2	5	16509654	16515435	.	5782	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16509654	16509960	307	16515135	16515435	301	16509650	16509653	attt	16515436	16515439	attt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__16509654_16515435	5790	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	111	0.0191975095122795	95	0.0164303009339329	790	0.136630923555863	18	0.00311310965063992	0	9	0.0299003322259136	8	0.026578073089701	60	0.199335548172757	0	0	0	9	0.0299003322259136	8	0.026578073089701	60	0.199335548172757	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon429	NA	83.02	(82,84]	NA	2	5	16615185	16620067	.	4883	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16615185	16615338	154	16619909	16620067	159	16615181	16615184	tcat	16620068	16620071	tcat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__16615185_16620067	4891	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	116	0.0237558877739095	159	0.0325619496211345	749	0.153389309850502	29	0.00593897194347737	0	1	0.00628930817610063	3	0.0188679245283019	35	0.220125786163522	1	0.00628930817610063	0	1	0.00628930817610063	3	0.0188679245283019	35	0.220125786163522	1	0.00628930817610063	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon430	NA	84.13	(84,86]	NA	0	5	16882616	16889700	.	7085	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	16882616	16882737	122	16889575	16889700	126	16882612	16882615	ttct	16889701	16889704	ttct	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__16882616_16889700	7093	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	138	0.0194777699364855	179	0.0252646436132675	859	0.121242060691602	23	0.00324629498941426	0	2	0.0158730158730159	5	0.0396825396825397	18	0.142857142857143	0	0	0	2	0.0158730158730159	5	0.0396825396825397	18	0.142857142857143	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon431	NA	95.65	(94,96]	Retrotrans_gag/rve	1	5	17090770	17095675	-	4906	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17090770	17090930	161	17095515	17095675	161	17090766	17090769	tgcg	17095676	17095679	tgcg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__17090770_17095675	4914	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	76	0.0154912352221769	176	0.0358744394618834	634	0.129229514879739	17	0.0034651447207501	0	4	0.0248447204968944	4	0.0248447204968944	15	0.093167701863354	1	0.0062111801242236	0	4	0.0248447204968944	4	0.0248447204968944	15	0.093167701863354	1	0.0062111801242236	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon432	NA	75	(74,76]	NA	2	5	17394157	17400642	.	6486	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17394157	17394300	144	17400507	17400642	136	17394153	17394156	agcc	17400643	17400646	agcc	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__17394157_17400642	6494	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	143	0.0220474868948504	136	0.020968239284613	687	0.105920444033303	46	0.00709219858156028	0	3	0.0220588235294118	4	0.0294117647058824	18	0.132352941176471	2	0.0147058823529412	0	3	0.0220588235294118	4	0.0294117647058824	18	0.132352941176471	2	0.0147058823529412	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon433	NA	98.56	(98,100]	rve	3	5	17596764	17605847	+	9084	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	17596764	17597314	551	17605293	17605847	555	17596760	17596763	atat	17605848	17605851	atat	17605284	17605296	aaaaagggggaga	+	3	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__17596764_17605847	9092	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	215	0.0236679876706297	346	0.0380889476001761	988	0.108762659621312	44	0.00484368119771026	0	11	0.0198198198198198	18	0.0324324324324324	47	0.0846846846846847	2	0.0036036036036036	0	11	0.0198198198198198	18	0.0324324324324324	47	0.0846846846846847	2	0.0036036036036036	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon434	NA	79.74	(78,80]	NA	6	5	18119049	18132012	.	12964	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18119049	18119196	148	18131860	18132012	153	18119045	18119048	cagt	18132013	18132016	cagt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__18119049_18132012	12972	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	395	0.0304689910521444	401	0.0309318111693922	1764	0.136069114470842	72	0.00555384140697316	0	1	0.0065359477124183	2	0.0130718954248366	30	0.196078431372549	0	0	0	1	0.0065359477124183	2	0.0130718954248366	30	0.196078431372549	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon435	NA	100	(98,100]	Retrotrans_gag/rve	2	5	18142156	18146897	-	4742	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18142156	18142275	120	18146778	18146897	120	18142151	18142155	gattt	18146898	18146902	gattt	18142259	18142269	gagttgtatat	-	16	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__18142156_18146897	4752	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	214	0.0451286377056094	140	0.0295234078447912	913	0.19253479544496	60	0.0126528890763391	0	0	0	0	0	16	0.133333333333333	0	0	0	0	0	0	0	16	0.133333333333333	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon436	NA	96.15	(96,98]	rve	2	5	18233616	18238203	+	4588	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18233616	18233874	259	18237944	18238203	260	18233612	18233615	aact	18238204	18238207	aact	18237932	18237940	ggaaaggag	+	4	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__18233616_18238203	4596	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	74	0.0161290322580645	196	0.042720139494333	474	0.103312990409765	12	0.002615518744551	0	4	0.0153846153846154	9	0.0346153846153846	29	0.111538461538462	2	0.00769230769230769	0	4	0.0153846153846154	9	0.0346153846153846	29	0.111538461538462	2	0.00769230769230769	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon437	NA	99.64	(98,100]	rve	1	5	18490606	18495233	-	4628	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18490606	18490879	274	18494961	18495233	273	18490602	18490605	tttt	18495234	18495237	tttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__18490606_18495233	4636	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	107	0.0231201382886776	143	0.0308988764044944	433	0.0935609334485739	18	0.00388936905790838	0	4	0.0145985401459854	7	0.0255474452554745	28	0.102189781021898	0	0	0	4	0.0145985401459854	7	0.0255474452554745	28	0.102189781021898	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon438	NA	79.86	(78,80]	NA	1	5	18511248	18518552	.	7305	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18511248	18511380	133	18518414	18518552	139	18511244	18511247	acaa	18518553	18518556	acaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__18511248_18518552	7313	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	199	0.0272416153319644	167	0.022861054072553	871	0.119233401779603	57	0.00780287474332649	0	4	0.0287769784172662	1	0.00719424460431655	23	0.165467625899281	1	0.00719424460431655	0	4	0.0287769784172662	1	0.00719424460431655	23	0.165467625899281	1	0.00719424460431655	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon439	NA	84.35	(84,86]	NA	1	5	18551370	18557055	.	5686	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18551370	18551484	115	18556954	18557055	102	18551366	18551369	taag	18557056	18557059	taag	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__18551370_18557055	5694	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	117	0.0205768554344003	101	0.0177629264861062	679	0.119416109743229	18	0.00316567006683081	0	3	0.0294117647058824	3	0.0294117647058824	18	0.176470588235294	0	0	0	3	0.0294117647058824	3	0.0294117647058824	18	0.176470588235294	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon440	NA	84.23	(84,86]	NA	0	5	18673108	18678357	.	5250	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18673108	18673367	260	18678110	18678357	248	18673104	18673107	attg	18678358	18678361	attg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__18673108_18678357	5258	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	140	0.0266666666666667	100	0.019047619047619	642	0.122285714285714	31	0.0059047619047619	0	13	0.0524193548387097	7	0.0282258064516129	36	0.145161290322581	5	0.0201612903225806	0	13	0.0524193548387097	7	0.0282258064516129	36	0.145161290322581	5	0.0201612903225806	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon441	NA	97.2	(96,98]	NA	1	5	18933102	18938947	-	5846	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	18933102	18933630	529	18938412	18938947	536	18933098	18933101	attt	18938948	18938951	attt	18933647	18933659	aaaaagggggaga	-	17	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__18933102_18938947	5854	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	100	0.017105713308245	210	0.0359219979473144	589	0.100752651385563	19	0.00325008552856654	0	12	0.0226843100189036	20	0.0378071833648393	45	0.0850661625708885	4	0.00756143667296786	0	12	0.0226843100189036	20	0.0378071833648393	45	0.0850661625708885	4	0.00756143667296786	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon442	NA	84.48	(84,86]	NA	1	5	19345986	19351107	.	5122	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	19345986	19346159	174	19350942	19351107	166	19345982	19345985	ggat	19351108	19351111	ggat	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__19345986_19351107	5130	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	128	0.0249902381882077	188	0.0367044123389301	735	0.143498633346349	34	0.00663803201874268	0	5	0.0301204819277108	9	0.0542168674698795	27	0.162650602409639	2	0.0120481927710843	0	5	0.0301204819277108	9	0.0542168674698795	27	0.162650602409639	2	0.0120481927710843	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon443	NA	89.8	(88,90]	NA	0	5	19700784	19710576	.	9793	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	19700784	19701028	245	19710340	19710576	237	19700780	19700783	aaaa	19710577	19710580	aaaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__19700784_19710576	9801	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	179	0.0182783620953742	283	0.0288981925865414	1121	0.114469519044215	30	0.00306341264168283	0	4	0.0168776371308017	5	0.0210970464135021	28	0.118143459915612	1	0.00421940928270042	0	4	0.0168776371308017	5	0.0210970464135021	28	0.118143459915612	1	0.00421940928270042	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon444	NA	92.02	(92,94]	NA	0	5	19987111	19992585	+	5475	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	19987111	19987273	163	19992424	19992585	162	19987107	19987110	atca	19992586	19992589	atca	19992412	19992441	gaaaaaagtgataaagaaagaagacaggga	+	17	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__19987111_19992585	5483	30	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	109	0.0199086757990868	171	0.0312328767123288	797	0.145570776255708	25	0.0045662100456621	0	3	0.0185185185185185	5	0.0308641975308642	22	0.135802469135802	1	0.00617283950617284	0	3	0.0185185185185185	5	0.0308641975308642	22	0.135802469135802	1	0.00617283950617284	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon445	NA	84.86	(84,86]	NA	2	5	20391919	20401644	.	9726	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	20391919	20392103	185	20401467	20401644	178	20391914	20391918	ctttt	20401645	20401649	ctttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__20391919_20401644	9736	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	206	0.0211803413530742	204	0.0209747069710055	1135	0.116697511823977	36	0.00370141887723627	0	3	0.0168539325842697	4	0.0224719101123595	27	0.151685393258427	0	0	0	3	0.0168539325842697	4	0.0224719101123595	27	0.151685393258427	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon446	NA	83.64	(82,84]	NA	0	5	21384430	21390116	+	5687	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21384430	21384643	214	21389919	21390116	198	21384426	21384429	tgaa	21390117	21390120	tgaa	21389893	21389905	gggggaaaaaaag	+	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__21384430_21390116	5695	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	126	0.0221557939159487	107	0.018814840865131	656	0.115350800070336	24	0.00422015122208546	0	8	0.0404040404040404	9	0.0454545454545455	17	0.0858585858585859	4	0.0202020202020202	0	8	0.0404040404040404	9	0.0454545454545455	17	0.0858585858585859	4	0.0202020202020202	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon447	NA	84.4	(84,86]	NA	0	5	21800243	21805138	+	4896	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21800243	21800351	109	21805030	21805138	109	21800239	21800242	agaa	21805139	21805142	agaa	21805049	21805057	gaagagaaa	+	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__21800243_21805138	4904	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	117	0.0238970588235294	104	0.0212418300653595	549	0.112132352941176	26	0.00531045751633987	0	3	0.0275229357798165	1	0.00917431192660551	6	0.055045871559633	0	0	0	3	0.0275229357798165	1	0.00917431192660551	6	0.055045871559633	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon448	NA	82	(80,82]	NA	1	5	21915762	21920415	.	4654	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	21915762	21916311	550	21919877	21920415	539	21915758	21915761	atcg	21920416	21920419	atcg	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__21915762_21920415	4662	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	128	0.0275032230339493	127	0.0272883541039966	748	0.160721959604641	31	0.00666093682853459	0	16	0.0296846011131725	21	0.038961038961039	128	0.23747680890538	8	0.0148423005565863	0	16	0.0296846011131725	21	0.038961038961039	128	0.23747680890538	8	0.0148423005565863	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon449	NA	93.33	(92,94]	Retrotrans_gag/rve	3	5	22002013	22006896	-	4884	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22002013	22002207	195	22006704	22006896	193	22002009	22002012	gttt	22006897	22006900	gttt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__22002013_22006896	4892	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	154	0.0315315315315315	160	0.0327600327600328	628	0.128583128583129	29	0.00593775593775594	0	1	0.00512820512820513	3	0.0153846153846154	25	0.128205128205128	0	0	0	1	0.00512820512820513	3	0.0153846153846154	25	0.128205128205128	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon450	NA	90.74	(90,92]	NA	0	5	22911048	22916161	-	5114	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	22911048	22911208	161	22916000	22916161	162	22911043	22911047	aaaat	22916162	22916166	aaaat	22911181	22911198	agagaaagagataaaaga	-	27	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__22911048_22916161	5124	18	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	78	0.0152522487289793	63	0.0123191239734063	648	0.126710989440751	8	0.00156433320297223	0	0	0	1	0.0062111801242236	17	0.105590062111801	0	0	0	0	0	1	0.0062111801242236	17	0.105590062111801	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon451	NA	70.64	[70,72]	NA	3	5	24129974	24138730	+	8757	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	24129974	24130082	109	24138627	24138730	104	24129970	24129973	tgtt	24138731	24138734	tgtt	NA	NA	NA	NA	NA	24130080	24130090	+	Arabidopsis_thaliana_tRNA-Gln-CTG-1-1 (chr4.trna5-GlnCTG) chr4:1501607-1501678 (+) Gln (CTG) 72 bp Sc: 70.4	ctaccgaaatt	3	5	1	5_CHROMOSOME_dumped__24129974_24138730	8765	NA	11	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	204	0.0232956491949298	205	0.0234098435537284	1164	0.132922233641658	36	0.00411099691675231	0	2	0.0192307692307692	0	0	18	0.173076923076923	0	0	0	2	0.0192307692307692	0	0	18	0.173076923076923	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon452	NA	86.67	(86,88]	NA	2	5	24526077	24530973	.	4897	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	24526077	24526689	613	24530359	24530973	615	24526073	24526076	ttta	24530974	24530977	ttta	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__24526077_24530973	4905	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	131	0.02675107208495	135	0.0275678987134981	674	0.137635286910353	33	0.00673881968552175	0	9	0.0146341463414634	10	0.016260162601626	73	0.11869918699187	3	0.0048780487804878	0	9	0.0146341463414634	10	0.016260162601626	73	0.11869918699187	3	0.0048780487804878	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon453	NA	83.9	(82,84]	NA	5	5	25509002	25517288	.	8287	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	25509002	25509119	118	25517171	25517288	118	25508998	25509001	cact	25517289	25517292	cact	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__25509002_25517288	8295	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	191	0.0230481477012188	199	0.0240135151442018	1207	0.145649812960058	25	0.00301677325932183	0	1	0.00847457627118644	6	0.0508474576271186	22	0.186440677966102	0	0	0	1	0.00847457627118644	6	0.0508474576271186	22	0.186440677966102	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon454	NA	82.32	(82,84]	NA	0	5	25992308	25997851	-	5544	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	25992308	25992505	198	25997667	25997851	185	25992304	25992307	ctgt	25997852	25997855	ctgt	25992519	25992528	aaaagagaaa	-	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__25992308_25997851	5552	10	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	94	0.016955266955267	140	0.0252525252525253	749	0.13510101010101	24	0.00432900432900433	0	8	0.0404040404040404	5	0.0252525252525253	25	0.126262626262626	1	0.00505050505050505	0	8	0.0404040404040404	5	0.0252525252525253	25	0.126262626262626	1	0.00505050505050505	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon455	NA	88.07	(88,90]	NA	2	5	26207873	26219365	+	11493	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	26207873	26207981	109	26219266	26219365	100	26207869	26207872	agat	26219366	26219369	agat	26219266	26219279	agagagagagacga	+	13	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__26207873_26219365	11501	14	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	240	0.0208822761681023	245	0.0213173235882711	1376	0.119725050030453	46	0.00400243626555294	0	4	0.04	0	0	10	0.1	0	0	0	4	0.04	0	0	10	0.1	0	0	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon456	NA	82.09	(82,84]	NA	1	5	26587592	26591987	+	4396	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	26587592	26587723	132	26591854	26591987	134	26587588	26587591	gatt	26591988	26591991	gatt	26591838	26591846	aaagaaagg	+	8	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	5_CHROMOSOME_dumped__26587592_26591987	4404	9	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	96	0.0218380345768881	142	0.0323020928116469	551	0.125341219290264	10	0.00227479526842584	0	5	0.0373134328358209	10	0.0746268656716418	13	0.0970149253731343	1	0.00746268656716418	0	5	0.0373134328358209	10	0.0746268656716418	13	0.0970149253731343	1	0.00746268656716418	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon457	NA	93.75	(92,94]	rve	1	mitochondria	111563	129916	-	18354	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	111563	111753	191	129725	129916	192	111559	111562	cagt	129917	129920	cagt	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	mitochondria_CHROMOS_111563_129916	18362	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	580	0.031600740982892	690	0.037593984962406	2570	0.140023972975918	174	0.0094802222948676	0	2	0.0104712041884817	4	0.0209424083769634	26	0.136125654450262	2	0.0104712041884817	0	2	0.0104712041884817	4	0.0209424083769634	26	0.136125654450262	2	0.0104712041884817	0	NA	NA
Athaliana	Athaliana_LTR_retrotransposon458	NA	94.23	(94,96]	NA	3	mitochondria	241879	260732	.	18854	LTR_retrotransposon	LTRpred	.	.	241879	242086	208	260529	260732	204	241875	241878	caaa	260733	260736	caaa	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	mitochondria_CHROMOS_241879_260732	18862	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	686	0.0363848520207913	721	0.0382412220218521	2869	0.152169300944097	180	0.00954704571974117	0	10	0.0490196078431373	4	0.0196078431372549	44	0.215686274509804	4	0.0196078431372549	0	10	0.0490196078431373	4	0.0196078431372549	44	0.215686274509804	4	0.0196078431372549	0	NA	NA
