القصة تدور في عام 3394، بعد ألف سنة من هروب البشرية من الأرض بعد ما تدمرها من قبل أجنبيين يغيرون أشكالهم <unk> الجونا (奇居子 ((ガウナ)) ، على متن مئات السفن الفضائية الكبيرة المخلوقة من بقايا الكوكب. وحدة من السفن هذه هي سيدونيا، والتي طورت ثقافة بشرية خاصة بها على أساس اليابان حيث الإستنساخ البشري، التكاثر اللاجنسي، والهندسة الوراثية البشرية، مثل منح البشر التمثيل الضوئي، شائعين. ويتم كشف زاد على أن القيادات العليا من هذا المجتمع تلقوا الخلود سرا. مع عدد سكان يزيد على 500،000 شخص، سيدونيا يمكن أن تكون آخر مستوطنة بشرية متبقية حيث مصير السفن الأخرى غير معروف.
اليابان