بعد سنوات ، بعد مغامرتهم في مدغشقر ، حيوانات حديقة الحيوانات - أليكس ، مارتي ، ميلمان ، غلوريا ، البطريق سكيبر ، كوالسكي ، ريكو ، و بريفيت ، والشمبانزي ميسون وفيل - يستعدون للعودة إلى نيويورك على متن طائرة محطمة يقودها البطريق ، مصحوبين بالليمورات الملك جوليان الثالث عشر الليمور ذي الذيل الحلق ، موريس آي آي ، ومورت الليمور الفأر. الطائرة تنفد من الوقود وتحطم في القارة الأفريقية. الحيوانات تجد نفسها في حفرة مياه في محمية طبيعية ، وتشعر بالحماسة لمقابلة أشخاص آخرين من نوعها. أليكس يتوحد مع والديه ويبهرهم بقصص عن مكانته كـ "ملك نيويورك". مارتي يتحدث مع قطيع من الزبرات الأخرى التي تبدو مثله تمامًا. ويميلمان ، وهو ساحر متضايق ، لم يعين أي حديقة للطيران ،
نسر نهر ذكر ناعم الكلام