وُلد قبل الموعد، كان نيوتن طفل صغير؛ وذكرت أمه هانا آيسكووغلي انه كان ممكن ان يصلح داخل كوب رباعي. وعندما كان نيوتن في الثالثة من عمره، تزوجت أمه من جديد وذهبت للعيش مع زوجها الجديد، القس بارناباس سميث، وترك ابنها في رعاية أمه من ناحية الولادة، مارجري آيسكووغلي. ابنه ارسطو كره والده ويحافظ على بعض العداوة تجاه أمه لانه تزوجته، وكما كشفت له في كلية وولستورب باي كولسترورث، قرية صغيرة في مقاطعة لينكولنشاير. والده اسحاق نيوتن، اسمه ايضا اسحاق نيوتن، توفي قبل ثلاثة اشهر من ولادته. في شهر يونيو عام 1661، بعد ان اعاد والدته وقدم له الدراسة في كلية وولستورب غرانت، وربما كان قد اعادته الى مدرسة ما بعد الثانية عشرين من عمره، ووصي به من قبل والد
جدته من ناحية أمها، مارجري آيسكوف