ولد قبل الأوان، كان نيوتن طفلا صغيرا؛ قالت أمه هانا آيسكوفي بعد ذلك أنه كان يمكن أن يصلح داخل كوب رباعي. عندما كان نيوتن في الثالثة من عمره، تزوجت أمه من جديد وذهبت للعيش مع زوجها الجديد، القس بارناباس سميث، تاركة ابنها في رعاية أمه الأم، مارجري آيسكوفي. كره والده وأبقى بعض العداوة تجاه أمه الزوجة له، كشف عن ذلك في كلية وولستورب باي كولسترورث، قرية صغيرة في مقاطعة لينكولنشاير. كان والده، اسمه أيضًا إسحاق نيوتن، قد مات قبل ثلاثة أشهر. في شهر يونيو عام 1661، عاد إلى كلية الملك هاري نيوتن، حيث كان قد تم إعطاءه من قبل والدته دورة دراسية في المدرسة الثانية، وربما كان قد تم إبعاده من قبل والدته. في شهر يونيو عام 1659، تم إبعاده إلى كلية الملك هاري نيوتن، حيث كان قد تم إبعاده من
جدته من جهة امه، مارجري آيسكوف