بيكيرل ولد في باريس في عائلة غنية من أربعة أجيال من الفيزيائيين: جد بيكيرل (أنطوان سيزار بيكيرل) وأب (ألكساندر إدموند بيكيرل) وابن (جان بيكيرل). هنري بدى تعليمه عن طريق التحاق بمدرسة لويس لو جراند، مدرسة إعدادية في باريس. درس الهندسة في مدرسة البوليتكنيك و مدرسة الجسور والشارع. في سنة 1874، هنري تزوج من لوسي زوي ماري جامين، واللي ماتت وقت ولادة ابنهما، جان. في سنة 1890 تزوج من لويز ديزيري لوريوكس.
ألكسندر إدموند بيكيرل