ولو ولد في عائلة انجليكانية، بحلول الثلاثينات من عمره، كان نيوتن يملك إيمان مسيحي، لو تم إعلانه، لما اعتبره المسيحي الأرثوذكسي من قبل المسيحية السائدة؛ في الأوقات الأخيرة وصف نيوتن بأنه بدوي. بحلول عام 1672 بدأ يسجل أبحاثه اللاهوتية في دفاتر ملاحظات لم يظهرها لأحد ولم يتم فحصها إلا مؤخرًا. فهي تظهر معرفة واسعة بكتابات الكنيسة المبكرة وتظهر أنه في الصراع بين أثناسيوس وأريوس الذي حدد العقيدة، اتخذ جانب أريوس، الخاسر، الذي رفض الرؤية التقليدية للثالوث. "اعترف نيوتن المسيح كوسيط إلهي بين الله والإنسان، الذي كان خاضعًا للآب الذي خلقه". كان مهتمًا بشكل خاص بالنبوء، ولكن بالنسبة له، كان المسيح "مرتدًا من المسيح".
كان مرتد