بالرغم من أنه ولد في عائلة انجليكانية، بحلول الثلاثينات من عمره، كان نيوتن يملك إيمان مسيحي، لو كان قد تم إعلانه، لما اعتبره المسيحي الأرثوذكسي من قبل المسيحية السائدة؛ في الأوقات الأخيرة تم وصفه بأنه بدعوي. بحلول عام 1672 بدأ في تسجيل أبحاثه اللاهوتية في دفاتر ملاحظات لم يظهرها لأي شخص، والتي تم فحصها مؤخرًا. يظهروا معرفة واسعة بكتابات الكنيسة الأولى ويظهروا أنه في الصراع بين أثناسيوس وأريوس الذي حدد العقيدة، اتخذ جانب أريوس، الخاسر، الذي رفض الرؤية التقليدية للثالوث. نيوتن "اعتبر المسيح وسيطًا إلهيًا بين الله والإنسان، والذي كان خاضعًا للآب الذي خلقه". كان مهتمًا بشكل خاص في النبوء، ولكن بالنسبة له، "المسيح كان مرتدًا من الرواتب الرواتدكسية".
كان مرتد.