وبالرغم من ولادته في عائلة انجليكانية، بحلول الثلاثينات من عمره، كان نيوتن يملك إيمان مسيحي، ولو تم إعلانه، لما اعتبره المسيحي الرسمي الأرثوذكسي من قبل المسيحية السائدة؛ في الأوقات الأخيرة وصف بأنه بدعوي. بحلول عام 1672 بدأ يسجل أبحاثه اللاهوتية في دفاتر ملاحظات لم يظهرها لأي شخص، والتي تم فحصها مؤخرًا. تظهر معرفة واسعة بكتابات الكنيسة المبكرة وتظهر أنه في الصراع بين أثناسيوس وأريوس الذي حدد العقيدة، اتخذ جانب أريوس، الخاسر، الذي رفض الرؤية التقليدية للثالوث. نيوتن "اعتبر المسيح وسيطًا إلهيًا بين الله والإنسان، الذي كان تابعاً للآب الذي خلقه". كان مهتمًا بشكل خاص في النبوء، ولكن بالنسبة له، "المسيح كان مرتدًا إلى الأرثوذكسي الثلاثي الأرثوذكسي.
كان مرتد