ولو ولد في عائلة انجليكانية، بحلول الثلاثينات من عمره، كان نيوتن يملك إيمان مسيحي، ولو تم إعلانه، لما اعتبره المسيحي الرسمي من قبل المسيحية السائدة؛ في الأوقات الأخيرة وصف بأنه بدعوي. بحلول عام 1672 بدأ يسجل أبحاثه اللاهوتية في دفاتر ملاحظات لم يظهرها لأحد ولم يتم فحصها إلا مؤخرًا. يظهرون معرفة واسعة بكتابات الكنيسة المبكرة ويظهرون أنه في الصراع بين أثناسيوس وأريوس الذي حدد العقيدة، اتخذ جانب أريوس، الخاسر، الذي رفض الرؤية التقليدية للثالوث. نيوتن "اعترف المسيح كوسيط إلهي بين الله والإنسان، الذي كان تابعاً للآب الذي خلقه". كان مهتمًا بشكل خاص بالنبوء، ولكن بالنسبة له، "المسيح كان مرتدًا من الديانة الرومانية.
كان بدعة