القصة تدور في عام 3394، بعد ألف سنة من هروب البشرية من الأرض بعد تدميرها من قبل سباق من الغرباء المتحولين للشكل <unk> الجونا (奇居子 ((ガウナ)) ، على متن مئات السفن الفضائية الضخمة التي تم إنشاؤها من بقايا الكوكب. إحدى هذه السفن هي سفينة سيدونيا، التي طورت ثقافتها البشرية الخاصة بناءً على اليابان حيث استنساخ البشر، التكاثر اللاجنسي، والهندسة الوراثية البشرية، مثل منح البشر التمثيل الضوئي، أمر شائع. كما تم الكشف عن أن الطبقات العليا من هذا المجتمع قد منحت الخلود سراً. مع عدد سكان يزيد عن 500،000 شخص، قد تكون سيدونيا آخر مستوطنة بشرية متبقية حيث مصير السفن الأخرى غير معروف.
اليابان